lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 22222 1111 1 11 1111 111 1111111111 1 444 222 333 1 111111 11111111 2 111111 111 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666666666666666 11 3333333333333 6666666666666666666666666666666 111111 44444444444 99999999999999999999999 11 11 111 1 888888888888888888888888888888888888888 33333333333333333 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 8888888888888888888888888888888888888888888888 1 11111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333333 33333333333333333 22222222 2222 111 8888888888888888888888888 333333 1 11 1 888888888888888888888888888888888888888888 222222 11111 6666666666666 11 1 1
lowQualScore : 6 3 22222 2 3333 444 444 777777 888888 1 77 22 33 2222 000 33 7 7777777777 3 666 3 999 1 2 555 0 6 5 0 6 55 111111 33333333 5 4 888888 66 0 2 777 3 0 2 5 1 000 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 6 2 4444444444444444 0 88 666 3 1 77 7 3333333333333 6 4 6666666666666666666666666666666 7 222222 22222222222 3 22222222222222222222222 22 99 99 000 2 77 4 111111111111111111111111111111111111111 5 2 888 3 11111111111111111 4 4 888 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 3 7777777777777777777777777777777777777777777777 2 11111 0 1 77 2 77 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 11111111111 11 999 5 55 66666 33333333333333333 33333333 77 5 66 5 5 77 1 0000 1 444 4 1111111111111111111111111 6 111111 2 88 3 3 333333333333333333333333333333333333333333 555555 2 2 99 00000 6 4444444444444 6 3 55 0 1 3 0 666 2 4
lowQualScore : . . ..... . .... ... ... ...... ...... . .. .. .. .... ... .. . .......... . ... . ... . . ... . . . . . .. ...... ........ . . ...... .. . . ... . . . . . ... ............................................................. . . . ................ . .. ... . . .. . ............. . . ............................... . ...... ........... . ....................... .. .. .. ... . .. . ....................................... . . ... . ................. . . ... . .......................................................... . . . .............................................. . ..... . . .. . .. ........................................................................................................... . ........... .. ... . .. ..... ................. ........ .. . .. . . .. . .... . ... . ......................... . ...... . .. . . .......................................... ...... . . .. ..... . ............. . . .. . . . . ... . .
lowQualScore : 7 9 44444 5 4444 111 111 222222 222222 9 99 88 88 1111 111 99 8 5555555555 3 000 5 555 0 5 777 8 0 6 1 0 55 555555 88888888 4 0 999999 66 1 4 444 5 6 8 0 7 000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 7 1 8888888888888888 2 66 111 9 7 88 9 5555555555555 3 0 3333333333333333333333333333333 0 888888 33333333333 3 66666666666666666666666 11 33 33 000 0 99 3 888888888888888888888888888888888888888 7 4 777 7 44444444444444444 0 4 888 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 0 5 5555555555555555555555555555555555555555555555 7 44444 4 3 99 7 99 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 22222222222 88 777 2 55 66666 55555555555555555 55555555 66 6 99 0 7 99 0 2222 0 000 0 7777777777777777777777777 2 444444 6 22 2 2 333333333333333333333333333333333333333333 555555 2 8 22 33333 7 8888888888888 7 0 88 2 2 2 0 000 8 0
consensus : NCAAATGGTCTGTGAAAAATAACAATA--T--A-TG---TTATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCCATGA--AT--A--AAG---CGTGA-CCT--TGACCTTT----------GTGTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATCATCATGACATGCTGATCACT--TG-TG--TCAAGC----T---ATTTT-A-AAATCCCTAAATGTAAGACAAAGTTACAGACCGGACACGAAATNTCAAACAAATTGAAAGTG-TGACCTTGAC---CTTGACATCTGA------GGTAAG---GT-TCTGGGTNTTTCAACAG-TAA---ATGCGGGTGACACGT-CGTCATGNCATGTTGATCACT--TG--AAATTGAGCCAAGTTNTTTTAAAATNCATCCATGTAAGACAAAGTTACAG--AC-CGGACACGAAATNTCANACAA-ACTCA-AA----GTGTTGTC-TACA-A-TTAAAGTGTGACCTTGACCTT------TGA-GGTAAAGGT-CTGGGTNT---T---ACAG-TAAATGCAGGTGACACATCATCATGNCATGTTGA---TCACTTG-NGCCAAG----TT-------------------T------AA-----GAC-AAAGTTACAGACCGGACACGAAATNTCA----A----AC------AAATTGAAAGTG-TGACCTTGAC---C-TT------TGA------G---GT-AAG-GT-TCTGGGT-TTTC-TNC----AAACG----TGACA-CNTCGTCATGTCATGTTGATCAACTG------N--G--CA--AAGTGTTTTTAA--AATATATCCATGCACGACAAAGTTACAG-ACCAGACACGAA--ATTT--CA----AAC----TGAAAGTGTTGTCA-AC----TTAAAGTGTGACCTTGACCTT-----T---------TGANGTAAGGNTCTGG-GT---------NTT---A----CAGGTGAA----------ACATCATCATGN-CATGCTGATCACT--TGTGGC-A--A-G-T-ATTT-T---AAAATCCCT-CATGCANGA--CA-AAGTT-AC--AGGCCGGANACGAAATCTCGCACAAACTCCAAGT-ATTGTCAAACAAA-TTAAAGTGTGACCTTGACCTT------TGATGTAANGGTCTGGGTC-----TT---AC---AA--C--GCGGGTGA---CACAT----TATCATGNC---ATGTTGATCACT--TGTG--GCA-AGC--TTT--A---CA-AAATCCATGTATGCACGACA-AAGTTACAGGCCGGACACGAAATNCCGGACG
Reference ( gi|1 ) : TCAAATGGTCTGTGAAAA-TAACGATA--A--A-TT---TTATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCAATGA--AT--A--AAG---TGTGA-CCT--TGACCTCT----------GTGTAACCTTGACCATGACATAT-ATGTAAAGCTCTGGGTATTTCTTTAGGTAAATACAGGTGACACATCATCATGACATGTTGGTCACT--TG-TA--TCAAGC----T---ATTTTAA-AAATTCCTCCATGTAAAACAAAGTTACAGACCAGAAAGGAAATATCAAACAAACTGAAAGTG-TAACCTTGAC---CTCG------GA------GGTAGG---GT-TCTGGGTATT----------A---ACGCA----ACACTT-CGTCATGTCATGTTGATCAAT--TGAAAAATTGAGCCAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGTAAGATAAAGTTACAG--AT-TGGACTTGAAATCTCAAACAA-ACTCA-AA----GTGTTGTTGAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGGCCTT------TGA-GGTACAGG--CTGGGTAT---T---AC------ATGC----GACACATCGTCATTTCATCATGA---TCAATTG-AGCCAAG----TT-------------------T------AA-----GAC-AAAGTTACAGACCAGACACAAAATATCA----A----AC------AAATTGAAAGTG-TGACCTTGAC---C-TT------TAA------G---G--AAG-GT-TCTGGGT----C-TG-----AAACG----TGACA-CTTCATCATGTCATGTTGATCAACT-------C--G--CA--AAGTGTTTTTGA--AATTTATCCATAGGCGACAATGTTACAG-ACTGGACACGAA--ATCT--CA----GAC----TGAAAGTGTTGTCAAACCAAGTTAAATTATGAATTTG-CCTT-----T---------TGAAGTGGGAGTCTGG-GT---------GTT---A----CACGTGAG----------ACATCGTCATGT-TATGTTGATCATT--TGTAGC-A--G-G-T-ATTTAT---AAAATCCATCTATGCATGA--CA-AAGTT-AC--AGGCCGTACACAAAATCTCACACAGACTCCAAGT-ATTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTT------TGAAGTACGGGTGTGGGTC-----TT---AC---T---C--GCA----A---CATGT----TATCATTTT---ATGCTGATCATT--TGTA--GCA-AG---TTTGAA---CA-AAATCCATCTATGCATGACA-AAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACGTAAGGATGGACGTTCCTATGAATGGGTATTTAAGTC
gi|16 : CAAATGGTCGTTGAAAA-TAACAATAT-A--A-TTATGTTATAATAGGTTA---C---GAT------GTA------TCCATGAATAT--A--AAG---AGTAA---T--GGACC
gi|24 : cCAAATGGTCGTTGAAAAATAACAATAT-A--A-TTATGTTATAATAGGTAG---C---GAgatgtttcagacta
gi|26 : cAAATGGTCTGTAAAAA-CAACAAGA--T--A-TT---TCATAATAGGTAG---G---GAT------
gi|12 : AAATAGTCGTTGAAAAATAACAATATAATTA-TT---TTATAATAGATAG---C---GAG------TTA------TCCAAGAATAT--A--AAG---AGTAA---T--GGACTTAT----------GTtt
gi|3 : AATGGTCTGTGAAAA-TAATGGTA--T--T-TG---TTAAAAGAAGTAA---C---GATTTAAATGTA------TTTATGC--AT--A--TAGACACGCAA-TTTCATGATTTTTTTACATTAAAGTGTGACCTTGACCTTGACATCTGATGTAAAGGTCTGAGTATTTCTACAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGACATGTTGATCACTCTTG-CA----AAGC----T---ATTTT-A-AAATACATACATGTAAGACAAAGTTAC---C-----ATGAAATATCTCACAAATTGAAAGTG-TGACCTTGAC---CTTT------TA------GGTAAG---GT-TCTGGGTCTT----------A---ttcagactagacggacttatgt
gi|6 : AATAGTCTGTGAAAAATAACAATA--T--A-TG---CTATAATAGGTTG---T---GAT------GTA------TCCATGA--AT--A--ca
gi|27 : gAATGGTCTGTGAAAAATAACAATA--T--A-TG---TTATAATAGGTAG---C---GAT------tcaaagagtaatggactgatgtttcggactaaacatgcaatttaatgggggggttttacattaaagaatgaccttgacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|5 : tATGGTCTATGAAAAATAAAAATA--T--A-TG---ATATAATAGGAAG---C---AAT------GTA------TCCATGA--AT--ATCAAG---AGTAA---T--GGACTTAT----------GTTTCA----GACTA-GACAT
gi|4 : ATGGTCTGTGAAAAATAACAATA--T--A-TG---ATATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCCATGA--AT--ATCAAG---AGTAA-gcaatttcattttttttttatattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|13 : ATGGTCTGTGAAAAATAACAATA--T--A-TG---TTATAATAGGTAG---C---GAT------ATA------TCCATGA--AT--ATCAAG---AGTAA-tggactgatatttcagactagacatgcaatttaatggggttttttttacattaaagcatgacctaaacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgttatggtttgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacattctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaagtta
gi|8 : ATGATCTGTTAAAA-TAACGATA--C--A-TT---TTATAATAAGTAGGGACTTAGAT------GTA------TTAAT----ATTAA--AAG---TGtggactgatgtttcagactagacatacaatttcatgg
gi|2 : TGGTCTGTGAAAAATAACAATA--T--A-TG---ATATAATAGGTAG---C---GAT------GCA------TATATGA--AT--A--atggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttacattaaagtgtgactttgacctttg
gi|7 : TGGTCTGTGAAAAATAACAATA--T--A-TA---ATATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCCATGA--tcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|9 : TGGTCTGTGAAAA-TAACAATA--T--A-TT---TTATAATAGGTAG---C---AAT------GTA------TCCATGA--AT--A--TCA---TGAGC-CAT--TGACgcatcagagtaatggactgatgtttcagactagatatgcaatttcatgggggttttttaaagcatgactttgacctttgtttaaccttgaccttgacatctgatgttttcaacagttaaatgcaggtaaaacatcattaatacatgctgatcacttgtgtaatgctattttaaaatccctaaatataagacaaa
gi|15 : CTGTGAAAAATAACAATA--A--AATG---TTATAATAGGTGG---C---GAT------GTA------TTCATGA--AT--ATCAAG---AGTAA-tgaggcttcagacaagacacacaatttcatgttattttacattaaagtgtgaccttgaccgttta
gi|19 : --A-TT---TTATAATAGGTAG---T---GAT------TTAAATGTTTCCATGA--AT--ATCAAG---AATAA---T--TGACtggactgatgtttcagtctagatatgcaattttatg
gi|22 : agattgatagtaaaactcatAATAA-TAA---C----AT------ATA------TCAAAGA--A------AAG---AATGATCCT--TGACCTTT----------GTtgacgttt
gi|2 : ctcagtccccaagtggtcattgaT--A--AAG---CATGA-CCT--TGACCTTT----------GTGTAACCTTGATTTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACATTTAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGACATGCTGATCATT--TG-TG--TCAAGC----TAAAATTGT-A-AAATCCCTAAATGT------AAGTTACAGATCA
gi|5 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacatT--A--AAG---CATGA-CCT--TGACCTTT----------GTGTAACCTTCACCTTGACATCTGATATAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACTTGCTGATCACT--TG-TG--TCAAGC----T---ATTCT-A-AAATCCCTAAATGTAAattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcaatgtatccatgaatatcaagagtaatggacttatgtttcagactagacatgcaatttcattttttttttatatT--A--AAG---AATGA-CCT--TGACCTTT----------GTGTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTAA-----TGG-TATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACATGCTGATCACT--TG-TG--TCAAGC----T---ATTTT-A-AAATCCCTAAATGTAAAgttac
gi|4 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtgatgtatccatgaatatcaaagagtaatggactgatgtttcggactaaacatgcaatttaatgggggggttttacatT--A--AAG---CATGA-CCT--AAACCTTT----------GTGTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTTATGGTTTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACATTCTGATCACT--TG-TG--TCAAGC----T---ATTTT-A-AAATCCCTAAATGTAA
gi|7 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgtatccatgaatatcaagagtaatggactgatatttcagactagacatgcaatttaatggggttttttttacatT--A--AAG---CATGA-CTT--TGACCTTT----------GTTTAACCTTGACCTTGACATCTGATGT-------------TTTCAACAGTTAAATGCAGGTAAAACATCATTAATACATGCTGATCACT--TG-TG--TAATGC----T---ATTTT-A-AAATCCCTAAATATAAGACAAAgtta
gi|8 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgatgtatccatgagcatcagagtaatggactgatgtttcagactagatatgcaatttcatgggggtttttT--A--AAG---TGTGA-CTT--TGACCTTT----------G
gi|18 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttacatT--A--AAA---TGTGA-CCT--TGACCT
gi|2 : tgtatccatgaatattgagagtaatgcactgacatttcagactagacaattaatatcatgtttttttacatTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT----TGTTGATCAAT--TGATAAATTGAACGAAGT---GTTTTTG-AAATCTATCCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCAT--ACATACT-G------AA------AGTGTGACAGTGTCTAGGTTTT----------TCTTATG------ACACGT-CGTCATATCATCTTGAT----------AAATTGAGCAAAGT------------------TA-AAGACAAAGTCACAG--AC-CAGACACGCAATATCAAA---------------------------CAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTT------TGA-GG-AAAGGTTCTGGGTCT---T---AC------ATGC----GACACTTAATTATGTCATGTTTA---TCAACTG-AGCCTAG----Tt
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatcccTGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAAT--TG--------AGC--------------A-AAGTT-----A---AAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACAAATTGAAAGTG-TGACCTTGAC---CTTT------GA------GGAAAG---GT-TCTGGGTCTT----------AC--ATGCG----ACACTT-AATTATGTCATGTTTATC----------AACTGAGCCTAGTGTTTTGAAAATATATCCATgttttgaaaatatatccatag
gi|20 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttaTCATGTTATGTTGATCATT--TG-TA--GCAAG----------TTTTAACAAA-------ATACACGACAAAGTTACAGGCCGGACAAGAAATag
gi|23 : gACATATTGATAACT--TG-TG--CCAATT----T---ATTGTAA-AA-TCCCTCCATGTAATAC-AAGTTATAGAtccggacgg
gi|21 : ATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGAAACGAAATCTCACACAAACTCAAAGTG-T
gi|17 : tTCAATCAACTTGTAAATG-TGACCTTGAA---CTTC------GACCTATTGGTAGT---TT-TCTCGTTCTTGCA-------A---ACGTC----ACATTTTCGTCACGTCATGTTtgtcaaacaaagtcaaattgtga
gi|3 : AAAGTG-TGACCTTGAC---CTTGACATCTGA------TGTAAA---GG-TCTGAGTATTTCTACAGGTAA---ATGCAGGTAACACAT-CATTATGACATGTTGATCACTCTTGCAAA-----GCTA-----TTTTAAAATACATACATGTAAGACAAAGTTAC-----------CATGAAATATCTCACAA-ATTGA-AA----GT---------------------GTGACCTTGACCTT------TTA-GGTA-AGGTTCTGGGTCT---T---AC------Acaacc
gi|5 : aatggtctgtgaaaataatggtatttgttaaaagaagtaacgatttaaatgtatttatgcatatagacacgcaatttcatgatttttttacattGTG-TAACCTTCAC---CTTGACATCTGA------TATAAT---GG-TCTGGGTATTTCAACAGTTAA---ATGCAGGTGAAACAT-TATCATGACTTGCTGATCACT--TG-----T---GTCAAGCTATTCTAAAATCCCTAAATGTAAGTTA
gi|4 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcaatgtatccatgaatatcaagagtaatggacttatgtttcagactagacatgcaatttcattttttttttatattaaagcatgaccttgacctttGTG-TAACCTTGAC---CTTGACATCTGAT-----GTTATG---GT-T-TGGGTATTTCAACAGTTAA---ATGCAGGTGAAACAT-TATCATGACATTCTGATCACT--TG-----T---GTCAAGCTATTTTAAAATCCCTAAATGTAAGTTAc
gi|20 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgtatccatgaatatcaagagtaatggactgatatttcagactagacatgcaatttaatggggttttttttacattaaagcatgacctaaacctttGTCATGTTATGTTGATCATT--TG-----T--AG-CAAGTTTTAACAAAATACAC--------GACAAAGTTACAG--GC-CGGACAAGAAATTCCGGAC
gi|2 : TGTTGATCAAT--TGATAAATTGAACGAAGTGTTTTTGAAATCTATCCATGCATGATAAAGTTATA---ATACAGACGTGAAATTTCAAACAG-ATTCA-AA----GTGATGTCATACATACTGAAAGTGTGAC-------------------AGT---GT--CTAGGTTT---T---TC------TTAT----GACACGTCGTCATATCATCTTGA---TAAATTG-AGCAAAG----TT-------------------A------AA-----GAC-AAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCA----A----AC------AAATTGAAAGTG-TGACCTTGAC---C-TT------TGA------G---GA-AAG-GT-TCTGGGT----C-TT-----ACATG----CGACA-CTTAATTATGTCATGTTTATCAACTG------A--G--CC--TAGTGTTTTGAA--AATATATCCATAGgg
gi|23 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaatAT--TGATAACTTGTGCCAATTTATTGTAAAATCCCTCCATGTAATAC-AAGTTATAG--A
gi|9 : acatAATGTATCCATG-AATATCATG----AGCCAT-TG-ACT-GAGGCTTCAGACAAGACACACAATTTCATGTTATTTTACA---TTAAAGTGTGACCTTGACCGT------T
gi|21 : tggtctgtgaaaataacaatatattttataataggtagcATGCATGACAAAGTTACAG--GC-CGGAAACGAAATCTCACACAA-ACTCA-AA----GTGTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAta
gi|8 : tTGTTTTTTTACA---TTAAAGTGTGACTTTGACCTT------TG
gi|3 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgttttttTTAAAGTGTGACCTTGACCTTGACATCTGA-TGTAAAGGT-CTGAGTATTTCT---ACAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGACATGTTGA---TCACTCT-TGCAAAG----CTATTTTAAAATACATACATGT------AA-----GAC-AAAGTTAC--------CATGAAATATCT----C----AC------AAATTGAAAGTG-TGACCTTGAC---C-TT------TTA------G---GT-AAG-GT-TCTGGGT----C-T
gi|5 : aatggtctgtgaaaataatggtatttgttaaaagaagtaacgatttaaatgtatttatgcatatagacacgcaatttcatgatttttttacaTTAAAGCATGACCTTGACCTT------TGtaca
gi|4 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcaatgtatccatgaatatcaagagtaatggacttatgtttcagactagacatgcaatttcattttttttttataTGACCTTGACATC------TGATGTTATGGT--TTGGGTAT---TTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACATTCTGA---TCACTTG-TGTCAAGCTATTT-------------------T------AA-----AAtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|5 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgtatccatgaatatcaagagtaatggactgatatttcagactagacatgcaatttaatggggttttttttacattaaagcatgacctaaacctttgtgtaacctACCTTGACATC------TGA-TATAATGGT-CTGGGTAT---TTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACTTGCTGA---TCACTTG-TGTCAAG----CT-------------------tccctaaatgtaagtta
gi|20 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcaatgtatccatgaatatcaagagtaatggacttatgtttcagactagacatgcaatttcattttttttttatattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttcGTCATGTTATGTTGA---TCATTTGTAGC-AAG----TT-------------------TTAACAAAATACACGAC-AAAGTTACAGGCCGGACAAGAAATattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|9 : CATGAATATCA--TG-AGCCA-------T-------------------T-------------GACTGAGGCTTCAGACAAGACACACAATTTCATGTTATTTTAC--------ATT-AAAGTG-TGACCTTGAC---CGTT------TAtccggacgg
gi|2 : tggtctgtgaaaataacaatatattttataataggtagcaatgtatc-----GAT-AAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCA----A----AC------AGATTCAAAGTGATGTCAT--ACATAC-TG------AAA------GTGTG--ACA-GTGTCTAGGTTTTTC-TT-----A--------TGACA-CGTCGTCATATCATCTTGATAAATT-------GA-G--CA--AAGT-----TAA--A--------------GACAAAGTCACAG-ACCAGACACGCA--ATAT--CA----AAC------AAA---TTG------------AAAGTGTGACCTTG-ACCT-----T---------TGAGGAAAGGTTCTGG-GT---------CTT---A----CATGCGAC----------ACTTAATTATGT-CATGTTTATCAAC--TG-AGC-CT-A-G-T-GTTTTG---AAAATATATCCAT
gi|21 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcat-----GAC-AAAGTTACAGGCCGGAAACGAAATCTCA----C----AC------AAACTCAAAGTG-Tag
gi|18 : tatgcat-----GAC-A---TTTCAGACTAGACAATTAATATCA----T----GTTTTTTTACATTAAAA-TG-TGACCTTGAC---C-TT------tgtcaaacaaagtcaaattgtga
gi|17 : tgtatccatgaatattgagagtaatgcactTCA----A----TC------AACTTGTAAATG-TGACCTTGAA---C-TT------CGACCTATTG---G--TAGTTT-TCTCGTT----CTTGC----AAACG----TCACATTTTCGTCACGTCATGT---TCAAC
gi|3 : ATT-AAAGTG-TGACCTTGAC---C-TTGACATCTGA------T---GTAAAG-GT--CTGAGTATTTC-TACAGGTAAATGCAGGTAACA-CATCATTATGACATGTTGATC-ACT-------CTTG--CA--AAGCTATTTTAA--AATACATACATGTAAGACAAAGTTAC---------CATGAAATATCTCACA----AAT----TGAAAGTGT-----GACC---TTGA-------------CCTT-----T---------T-AGGTAAGGTTCTGG-GT---------CTT---A----CAc
gi|8 : aatggtctgtgaaaataatggtatttgttaaaagaagtaacgatttaaatgtatttatgcatatagacacgcaatttcatgatttttttacATT-AAAGTG-TGACTTTGAC---C-TT------T
gi|20 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttacTCATGTTATGTTGATCA-TT-------T--G--TAGCAAGT---TTTAACAAA-------ATACACGACAAAGTTACAG-GCCGGACAAGAA--ATTC--CG----GAC----g
gi|2 : gTGTTGATCAATTGATAAATT--GAACG--AAGTGTTTTTGA--AATCTATCCATGCATGATAAAGTTATAATAC-AGACGTGAA--ATTT--CA----AACAGATTCAAAGTGATGTCATACATACTGAAAGTGTGA-------C--------------------AGTG----TCTAG-GT---------TTT---T----CTTATGAC----------ACGTCGTCATAT-CATCTTGATAAAT--TG-AGCAA--A-G-T------T---AAA--------------GA--CA-AAGTC-AC--AGACCAGACACG-----------------CAA-----TATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTT------TGAGGAAAGGTTCTGGGTC-----TT---AC---A---T--GCG----A---CACTT----AATTATGTC---ATGTTTATCAAC--TG-A--GCCTAGTGTTTTGAA---AATATATCCATgg
gi|21 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaatGACAAAGTTACAG-GCCGGAAACGAA--ATCT--CACACAAAC----TCAAAGTGTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAag
gi|7 : tatgcatATGTTTCAG-ACTAGATATGCA--ATTT--CA-----------TGGGGGTTTT-----------TTAAAGCATGACTTTGACCTT-----TGTTTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTTTTCAACA-GTT---AAATGCAGGTAAA----------ACATCATTA-ATACATGCTGATCACT--TGT-GT-AATG-C-T-ATTT-T---AAAATCCCTAAATATAAGA--CA-AA
gi|3 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgatgtatccatgagcatcagagtaatggactgTAGACACGCA--ATTT--CA-----------TGA---TTTTTTTA---CA--TTAAAGTGTGACCTTGACCTTGACATC---------TGATGTAAAGGTCTGA-GT---------ATTTCTA----CAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGA-CATGTTGATCACTCTTGCAA--A--G-C-T-ATTT-T---AAAATACATACATGTAAGA--CA-AAGTT-AC----------CATGAAATATCTCACAA----------ATTG------------AAAGTGTGACCTTGACCTT------TTAGGTAAGGTTCTGGGTC-----TT---AC---
gi|5 : aatggtctgtgaaaataatggtatttgttaaaagaagtaacgatttaaatgtatttatgcataGTCTGG-GTATTTCAACAGTT---AAATGCAGGTGAA----------ACATTATCATGA-CTTGCTGATCACT--TGTGTC-A--A-GCT-ATTC-T---AAAATCCa
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcaatgtatccatgaatatcaagagtaatggacttatgtttcagactagacatgcaatttcattttttttttatattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttcaccttgacatctgatataatgT---G----CAGGTGAA----------ACATTATCATGA-CATGCTGATCACT--TGTGTC-A--A-GCT-ATTT-T---AAAATCCctaaatgtaagttac
gi|4 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtgatgtatccatgaatatcaaagagtaatggactgatgtttcggactaaacatgcaatttaatgggggggttttacattaaagaatgaccttgacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaaT---G----CAGGTGAA----------ACATTATCATGA-CATTCTGATCACT--TGTGTC-A--A-GCT-ATTT-T---AAAATCCctaaatgtaaa
gi|11 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgtatccatgaatatcaagagtaatggactgatatttcagactagacatgcaatttaatggggttttttttacattaaagcatgacctaaacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgttatggtttgggtatttcaacagttaaaT---G----CACGCGAC----------ATATTGTCCGAT-TATGATGAGCATT--TTTGAT-A--T-G-TTATTT-C---AAAATCCCTGTACAAATG---CATAAGTT-AA--AACCCG--GACAAAATCACGCACACACctaaatgtaagtta
gi|20 : gtccGTCATGT-TATGTTGATCATT--TGTAGC-A--A-G-T-TTTAAC---AAA--------ATACACGA--CA-AAGTT-AC--AGGCCGGACAAGAAAT
gi|23 : ATATTGATAACT--TGTGCC-A--------ATTTATTGTAAAATCCCTCCATGTAATA--C--AAGTT-AT--AGtccggacgg
gi|9 : acGTAGC-A--ATG-T-ATCCAT---GAA-------TAT-CATGAGCCA----TTGACTGAGGCTTCAGACAAGA---CACACA-ATTTCATGTTATTTT---ACA---TTAAAGTGTGACCTTGACCGT------Ta
gi|21 : tggtctgtgaaaataacaatatattttataatagTATGCATGA--CA-AAGTT-AC--AGGCCGGAAACGAAATCTCACACAAACTCAAAGT-GTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAta
gi|3 : TTAAAGTGTGACCTTGACCTTGACATCTGATGTAAAGGTCTGAGTA-----TT---TC---TA--CAGGTA----AATGCAGGTAACACATCATTATGACATGTTGATCACTCTTGCAAAGCT-AT---TTT-------A-AAATACATACATGTAAGACA-AAGTTAC--------CATGAAATATC
gi|5 : aatggtctgtgaaaataatggtatttgttaaaagaagtaacgatttaaatgtatttatgcatatagacacgcaatttcatgatttttttacaTTAAAGCATGACCTTGACCTT------TGtcacaaattgaaagtgtgaccttgaccttttaggtaaggttctgggtcttaca
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcaatgtatccatgaatatcaagagtaatggacttatgtttcagactagacatgcaatttcattttttttttataTTAAAGAATGACCTTGACCTT------TGtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|7 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtgatgtatccatgaatatcaaagagtaatggactgatgtttcggactaaacatgcaatttaatgggggggttttacaTTAAAGCATGACTTTGACCTT------TGtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|8 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgatgtatccatgagcatcagagtaatggactgatgtttcagactagatatgcaatttcatgggggttttTTAAAGTGTGACTTTGACCTT------TGtttaaccttgaccttgacatctgatgttttcaacagttaaatgcaggtaaaacatcattaatacatgctgatcacttgtgtaatgctattttaaaatccctaaatataagacaaa
gi|18 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttacaTTAAAATGTGACCTTGACCTT------
gi|6 : tgtatccatgaatattgagagtaatgcactgacatttcagactagacaattaatatcatgtttttttacaGTGTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTAATGGTATT--TCAACAGTT---AA---A---T--GCAGGTGA---AACAT----TATCATGAC---ATGCTGATCACT--TGTG--TCA-AGCTATTT------TA-AAATCC
gi|4 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtgatgtatccatgaatatcaaagagtaatggactgatgtttcggactaaacatgcaatttaatgggggggttttacattaaagaatgaccttgacctttGTGTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTTATGGTTTGGGTA-----TTTCAACAGTTAAAT--GCAGGTGA---AACAT----TATCATGAC---ATTCTGATCACT--TGTG--TCA-AGCTATTT------TA-AAATCCctaaatgtaaa
gi|11 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgtatccatgaatatcaagagtaatggactgatatttcagactagacatgcaatttaatggggttttttttacattaaagcatgacctaaacctttGTC-----CT---GC---A---C--GCG----A---CATAT----TGTCCGATT---ATGATGAGCATT--TTTG--ATA-TG---TT---ATTTCA-AAATCCCTGTACAAATG-CATAAGTTAAAACCCGGACA--AAATctaaatgtaagtta
gi|20 : TCATGTT---ATGTTGATCATT--TGTA--GCA-AG---TTTTAA---CA-AA--------ATACACGACA-AAGTTACAGGCCGGACAAGAAATTCCGGACGcacgcacacac
gi|21 : gTATGCATGACA-AAGTTACAGGCCGGAAACGAAATg
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AATAATAACAATTTATTTTTTGATGATAGGTAGCAATATCCATGAATATCAAGAGTAAAGGACTGATGTTCATATTAGACAGCAATTTCATGTGTTTTACATTTAAGTTGTGACCTTG
Unaligned ( gi|14 ): AATTGTCTGTGAAAATGATATATTTTGTATTTGGCAGCAATCCATGAAAATTAAGACTAATGGACTGACGTTTCAGAATAGTCATGAAATTCCATGGTGGT
Unaligned ( gi|25 ): CCCAAACTGGTCGTTGAAAAATAATAATATAATTATGTTATAATAGGT
Unaligned ( gi|28 ): TCCTTAACTATCAAGAGTCATGGATTGATGTTTCAGACTAGACA
Unaligned ( gi|29 ): ACAAAATGATACACACAAACACAGAAACAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111111 1111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 1111111111
lowQualScore : 1111 11 1111 2222 1111111111 111 66666666666666666666666666 222 00000000 0000000000000000 1 11 11 2222 1 44444 11 11 11 555555555555555 11111 444444 6666666666666 11 11 1 333333 1 555555555 1 11 11 777777777777777777777777 1 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 555555555555555 44444444444444 333333 444444 111111 11 2 1 11 1 1111111111 11 2 3333 44444444
lowQualScore : 2 2 8888 0000 0 333 333 333 666666 777777 66 333 77 1111 0000 555 2 1 5555555555 3 66 0 111 5 3 888 5 5 3 11111111111111111111111111 333 88888888 1 7777777777777777 0 33 88 8888 5 66666 2 66 6 1 4 6 44 77 1 1 111111111111111 22222 3 111111 1 4 0000000000000 6 11 99 2 5 1 2 4 6 3 1 888888 6 222222222 3 1 0 44 66 77 3 4 111111111111111111111111 4 8 1 2 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11111 000000000000000 1 999 1 6 1 77777777777777 0 1 9 2 444444 6 666666 000000 1 00 0 4 2 6 1 7 66 5 8888888888 22 999 6 6 3 8888 77777777 2 1
lowQualScore : . . .... .... . ... ... ... ...... ...... .. ... .. .... .... ... . . .......... . .. . ... . . ... . . . .......................... ... ........ . ................ . .. .. .... . ..... . .. . . . . .. .. . . ............... ..... . ...... . . ............. . .. .. . . . . . . . . ...... . ......... . . . .. .. .. . . ........................ . . . . . ................................................................. . ..... ............... . ... . . . .............. . . . . ...... . ...... ...... . .. . . . . . . .. . .......... .. ... . . . .... ........ . .
lowQualScore : 4 6 5555 5555 8 555 777 777 111111 222222 99 777 44 4444 7777 444 3 5 9999999999 6 11 1 888 1 9 888 0 6 2 33333333333333333333333333 333 00000000 0 0000000000000000 5 00 00 5555 0 00000 5 00 0 0 0 0 55 55 0 0 000000000000000 33333 0 555555 0 0 0000000000000 0 55 00 5 0 0 5 0 0 0 0 333333 0 777777777 3 0 7 00 00 00 0 7 888888888888888888888888 1 0 7 6 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 11111 000000000000000 0 666 0 7 0 77777777777777 7 0 3 2 333333 7 555555 888888 0 33 7 0 5 7 0 0 00 0 0000000000 00 555 0 0 0 5555 55555555 5 0
consensus : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---G------ATGTA------TCCATGA--AT---A--AAG---AGTGA-CC-T--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--GACCTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATCATCATGACATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTTT-AAAATCCCTAAATGTAAGACAAAGTTACAGACC----A-GAAAT-----ATCAA---ACAAATTGA---AAGTGTGACCTTGACCTCG-----TNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAAC--TAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGTTGTC-T--ACA-A--TT-AAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNC-TTA-ATGC---TGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGNAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAGGTTCTGGG-CTTCTG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATGTT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATNTATCCATG-----CAC-GA--CA-------ATGTTTCAGACTAGACACGCAATTTCA----------A-------------A--TGAAAG--TG---TT-----GT-------C-A-C----TTAAA-----GTGTGACCTTGACCTT-----T---------TGATGTNATGGTCTGG-GTNTTTCAACA-TTAA-TGCAGGTGAAACATTATCATGACATGCTGATCACTTGTGTCANGCT----ATTT-TAAAATCCCTA--N--ATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATCTCGCACANACTCNAAGTGTTGTCAAACAAA-TCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTGTGGGTCTTAC-TCGC----AACATGTTATCATNTTATGCTGATCATTTGTAGCAAGTTTTGAAACAAAATCCATCTATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACANGAAATNCCGGACG
Reference ( family-591 ) : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---G------ATGTA------TCCATGA--AT---A--AAG---CGTGA-CC-T--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--GACCTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATCATCATGACATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTTT-AAAATCCCTAAATGTAAGACAAAGTTACAGACCGGACACGAAAT-----NTCAA---ACAAATTGA---AAGTGTGACCTTGACCTTGACATCTGAGGTAAGGTTCTGGGTNTTTCAACAGTAAATGCGGGTGACACGTCGTCATGNCATGTTGATCACTTG--A--AATTGAGCCAAGTTNTTTTAAAATNCATCCATGTAAGACAAAGTTACAGACCGGACACGAAATNTCANACAAACTCAAAGTGTTGTC-T--ACA-A--TT-AAAGTGTGACCTTGACCTTTGAGGTAAAGGTCTGGGTNTTACAGTAAATGCAGGTGACACATCATCATGNCATGTTGATCACTTGNGCCAAGTTTAAGACAAAGTTACAGACCGGACACGAAATNTCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTGA------GGTAAGGTTCTGGGTTTTCTNCAAACGTGACA-CNTCGTCATGTCATGTTGATCAACTGNGCAAAGTGTTTTTAAAATATATCCATG-----CAC-GA--CA-------AAGTTACAGACCAGACACGAAATTTCA----------A-------------AC-TGAAAG--TG---TT-----GT-------C-AAC----TTAAA-----GTGTGACCTTGACCTT-----T---------TGANGTAAGGNTCTGG-GTNTT-------------ACAGGTGAAACATCATCATGNCATGCTGATCACTTGTGGCAAG-T----ATTT-TAAAATCCCT---C--ATGCANGACAAAGTTACAGGCCGGANACGAAATCTCGCACAAACTCCAAGTATTGTCAAACAAA-TTAAAGTGTGACCTTGACCTTTGATGTAANGGTCTGGGTCTTACAACGCGGGTGACACATTATCATGNCATGTTGATCACTTGTGGCAAGCTTT--A-CAAAATCCATGTATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATNCCGGACG
gi|1 : CAAA-TGGTCTGTGAAAA-TAACGATA----AA----TTTT---ATAATAGGTAG---C---G------ATGTA------TCAATGA--AT---A--AAG---TGTGA-CC-T--TGACCTCT----------G-TGTAACCTT--GACCATGACATAT-ATGTAAAGCTCTGGGTATTTCTTTAGGTAAATACAGGTGACACATCATCATGACATGTTGGTCACTTGTATCAAGCT---ATTTTAAAAATTCCTCCATGTAAAACAAAGTTACAGACCAGAAAGGAAAT-----ATCAA---ACAAACTGA---AAGTGTAACCTTGACCTCG------GAGGTAGGGTTCTGGGTATT--AAC-----------GCAACACTTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAA--AATTGAGCCAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGTAAGATAAAGTTACAGATTGGACTTGAAATCTCAAACAAACTCAAAGTGTTGT--TGAACA-AACTC-AAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGG-CTGGGTATTAC-----ATGC----GACACATCGTCATTTCATCATGATCAATTGAGCCAAGTTTAAGACAAAGTTACAGACCAGACACAAAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTAA------GG-AAGGTTCTGGG---TCTG-AAACGTGACA-CTTCATCATGTCATGTTGATCAACT-CGCAAAGTGTTTTTGAAATTTATCCATA-----GGC-GA--CA-------ATGTTACAGACTGGACACGAAATCTCA----------G-------------AC-TGAAAG--TG---TT-----GT-------CAAACCAAGTTAAA-----TTATGAATTTG-CCTT-----T---------TGAAGTGGGAGTCTGG-GTGTT-------------ACACGTGAGACATCGTCATGTTATGTTGATCATTTGTAGCAGG-T----ATTTATAAAATCCAT---CT-ATGCATGACAAAGTTACAGGCCGTACACAAAATCTCACACAGACTCCAAGTATTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTGTGGGTCTTAC-TCGC----AACATGTTATCATTTTATGCTGATCATTTGTAGCAAG-TTTGAA-CAAAATCCATCTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|10 : tAATAATAACAATT----TA----TTTTTTGATGATAGGTAG---C---A------A--TA------TCCATGA--AT---ATCAAG---AGTAA-taaggatggacgttcctatgaatgggtatttaagtc
gi|11 : -GTCCT-------------GCACGCGACATATTGTCCGATTATGATGAGCATTTTTGATATG-TT---ATTT-CAAAATCCCTGTACAAATGCAT----AAGTTAAAACCCGGACA--AAATCACGCACACACaggactgatgttcatattagacagcaatttcatgtgttttacatttaagttgtgaccttg
gi|12 : AAA-TAGTCGTTGAAAAATAACAATA----TAATTATTTT---ATAATAGATAG---C---G------AGTTA------TCCAAGAATAT---A--AAG---AGTAA----T--GGACTTAT----------G-T
gi|13 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---G------ATATA------TCCATGA--AT---ATCAAG---AGTAA-ttcagactagacggacttatgt
gi|14 : AA-TTGTCTGTGAA----AATGATA----TA----TTTT---GTATTTGGCAG---C---A----------A------TCCATGA--Atggactgatgtttcagactagacatacaatttcatgg
gi|15 : CTGTGAAAAATAACAATA----AAA---TGTT---ATAATAGGTGG---C---G------ATGTA------TTCATGA--AT---ATCAAG---AGTAA-aattaagactaatggactgacgtttcagaatagtcatgaaattccatggtggt
gi|16 : CAAA-TGGTC-GTTGAAAATAACAATA----TAATTATGTT---ATAATAGGTTA---C---G------ATGTA------TCCATGAATAT---A--AAG---AGTAA----T--GGACCtggactgatgtttcagtctagatatgcaattttatg
gi|17 : cTCAATCAACTTGTAAATGTGACCTTGAACTTCGACCTATTGGTAGTTTTCTCG--TTCTTGCAAACGTCACATTTTCGTCACGTCATGT---TCAACgatgtttcagacta
gi|18 : ATG-----CACTGA--CA----------TTTCAGACTAGACAATTAATATCA---------------------------TG------TT---TT-----TT-------T-ACA----TTAAA-----ATGTGACCTTGACCTT-----c
gi|19 : tgtatccatgaatattgagagtaA----TA----TTTT---ATAATAGGTAG---T---G------ATTTAAATGTTTCCATGA--AT---ATCAAG---AATAA----T--TGAC
gi|2 : agattgatagtaaaactc-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAG---C---G------ATGCA------TATATGA--AT---A--tgacgttt
gi|2 : ATG-----TAC-----TA-------ATGTTTCAGACAAGACATGCAATTCCATGTTT-----ATTTT---------ACATTAAAGCATGACCTT-----G----------ACC----TTT-------GTGTAACCTTGATTTTGACATC---------TGATGTAATGGTCTGG-GTATTTCAACATTTAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGACATGCTGATCATTTGTGTCAAG-CTAAAATTG-TAAAATCCCTA--A--ATGT------AAGTTACAGtcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaT---A--AAG---CATGA-CC-T--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--GATTTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACATTTAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGACATGCTGATCATTTGTGTCAAGCTAAAATTGT-AAAATCCCTAAATGT------AAGTTACAGATC--------AATTGTTGATCAATTGATAAATTGAACGAAGTGTatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacatTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT----TGTTGATCAATTG--ATAAATTGAACGAAGTGTTTTTGAAATCTATCCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCAT--ACATA--CTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTC-TTA--------TGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTGAGCAAAGTTAAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTGA------GGAAAGGTTCTGGGTCTT----ACATGCGACA-CTTAATTATGTCATGTTTATCAACTGAGCCTAGTGTTTTGAAAATATATCCATttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|20 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatcccTCATGTTATGTTGATCATTTGTAGCAAGTTTT--AACAAAAT--------ACACGACAAAGTTACAGGCCGGACAAGAAATTCCGGACGag
gi|21 : g--ATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGAAACGAAATCTCACACAAACTCAAAGTGTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAg
gi|23 : tACATATTGATAACTTGTGCCAATTT---ATTGT-AAAATCCCTCCATGTAATAC-AAGTTATAGA
gi|24 : CAAA-TGGTCGTTGAAAAATAACAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---G------A
gi|25 : cCAAACTGGTCGTTGAAAAATAATAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGT
gi|26 : ccAAA-TGGTCTGT-AAAAACAACAAGA----TA----TTTC---ATAATAGGTAG---G---G------AT
gi|27 : AA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---G------ATtt
gi|3 : tAA-TGGTCTGTGAAAA-TAATGGTA----TT----TGTT---AAAAGAAGTAA---C---GATTTAAATGTA------TTTATGC--AT---A--TAGACACGCAA-TT-TCATGATTTTTTTACATTAAAG-TGTGACCTT--GACCTTGACATCTGATGTAAAGGTCTGAGTATTTCTACAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGACATGTTGATCACTCTTGCAAAGCT---ATTTT-AAAATACATACATGTAAGACAAAGTTAC--------CATGAAAT-----ATCTC---ACAAATTGA---AAGTGTGACCTTGACCTT------TTAGGTAAGGTTCTGGGTCTTACA
gi|4 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAG---C---G------ATGTA------TCCATGA--AT---ATCAAG---AGTAA----T--GGAC---T----------G--ATA--TTTCAGA-CTAGACATGCAATTTAATGG---GGTTTTTTTTACA-TTAAA-GCA
gi|4 : TTTCAGACTAGACATGCAATTT-A----------ATGGGGTTTTTTTTACATTAAAG--CA---T-----------------GAC----CTAAACCTTTGTGTAACCTTGACCTTGACATC---------TGATGTTATGGTTTGG-GTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACATTCTGATCACTTGTGTCAAGCT----ATTT-TAAAATCCCT---tgacctaaacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgttatggtttgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacattctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaagtta
gi|4 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgtatccatgaatatcaagagtaatggactgataT---A--AAG---CATGA-CC-T--AAACCTTT----------G-TGTAACCTT--GACCTTGACATCTGATGTTATGGTTTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACATTCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTTT-AAAATCCCTAAATGTAAGaaatgtaagtta
gi|5 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgtatccatgaatatcaagagtaatggactgatatttcagactagacatgcaatttaatggggttttttttacatA-TGGTCTATGAAAAATAAAAATA----TA----TGAT---ATAATAGGAAG---C---A------ATGTA------TCCATGA--AT---ATCAAG---AGTAA----T--GGACTTAT----------G-Ttta
gi|5 : GTTTCAGACTAGACATGCAATTTCATTTTTTTTTTA-------------TA-TTAAAGCATGACCTT-----G----------ACC----TTT-------GTGTAACCTTCACCTTGACATC---------TGATATAATGGTCTGG-GTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACTTGCTGATCACTTGTGTCAAGCT----ATTC-TAAAATCCCT---ttcagactagacatgcaatttcattttttttttatattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|5 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcaatgtatccatgaatatcaagagtaatggacttatT---A--AAG---CATGA-CC-T--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--CACCTTGACATCTGATATAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACTTGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTCT-AAAATCCCTAAATGTAAGaaatgtaagttac
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcaatgtatccatgaatatcaagagtaatggacttatgtttcagactagacatgcaatttcattttttttttatatAA-TAGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGCT---ATAATAGGTTG---T---G------ATGTA------TCCATGA--ATATCA--AAG---AGTAA----T--GGAC---T----------GATGT---TTC--GGACTAAACATGCAATTTAATGG---GGGGGTTTT-ACA-TTAAAttac
gi|6 : gGTTTCGGACTAAACATGCAATTT------------A-------------A--TGGGGG--GG---TT-----TTA------C-A------TTAAA-----GAATGACCTTGACCTT-----T---------gaatgaccttgacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|6 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtgatgtatccatgaatatcaaagagtaatggactgatT---A--AAG---AATGA-CC-T--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--GACCTTGACATCTGATGTAAT------GGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTTT-AAAATCCCTAAATGTAAgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|7 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtgatgtatccatgaatatcaaagagtaatggactgatgtttcggactaaacatgcaatttaatgggggggttttacat-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TAAT---ATAATAGGTAG---C---G------ATGTA------TCCATGA--a
gi|7 : GTTTCAGACTAGATATGCAATTTCA---------------------------TGGGGG--TT---TT-----------------------TTAAA-----GCATGACTTTGACCTT-----TGTTTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTTTTCAACAGTTAAAT-GCAGGTAAAACATCATTAATACATGCTGATCACTTGTGTAATGCT----ATTT-TAAAATCCCTA--A--ATATAAGACAAAgcatcagagtaatggactgatgtttcagactagatatgcaatttcatgggggttttttaaagcatgactttgacctttgtttaaccttgaccttgacatctgatgttttcaacagttaaatgcaggtaaaacatcattaatacatgctgatcacttgtgtaatgctattttaaaatccctaaatataagacaaa
gi|7 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgatgtatccatgagcatcagagtaatggactgatT---A--AAG---CATGA-CT-T--TGACCTTT----------G-TTTAACCTT--GACCTTGACATCTGATGT-------------TTTCAACAGTTAAATGCAGGTAAAACATCATTAATACATGCTGATCACTTGTGTAATGCT---ATTTT-AAAATCCCTAAATATAAGACAAA
gi|8 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgatgtatccatgagcatcagagtaatggactgatgtttcagactagatatgcaatttcatgggggtttttA-TGATCTGTTAAAA-TAACGATA----CA----TTTT---ATAATAAGTAGGGACTTAG------ATGTA------TTAAT-A--TT---A--AAA----GTGA-
gi|8 : GTTTCAGTCTAGACACACAATTTCA---------------------------TG------TG---TTTTTTTGTTTTTTTAC-A------TTAAA-----GTGTGACTTTGACCTT-----T---------tggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttacattaaagtgtgactttgacctttg
gi|8 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactgatTTTTT-T--ACA----TT-AAAGTGTGACTTTGACCTTTGg
gi|8 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtA-TTAAAGTGTGACTTTGACCTTTG
gi|9 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttac-TGGTCTGTGAAAA-TAACAATA----TA----TTTT---ATAATAGGTAG---C---A------ATGTA------TCCATGA--AT-------AT---CATGAGCCAT--TGAC
gi|9 : AATGTATCCATGAATATCAT-GAGCCATTGACTGAGGCTTCAGACAAGACACACAATTTCA-----------------------------------TG---TT-----ATTTTA---C-A------TTAAA-----GTGTGACCTTGACCGT-----T---------Ttgaggcttcagacaagacacacaatttcatgttattttacattaaagtgtgaccttgaccgttta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTCAGTCCCCAAGTGGTCATTGAAATAATAACATATATCAAAGAAAAGAATGATCCTTGACCTTTGT
Unaligned ( gi|28 ): TCCTTAACTATCAAGAGTCATGGATTGATGTTTCAGACTAGACA
Unaligned ( gi|29 ): ACAAAATGATACACACAAACACAGAAACAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11 11 1111111111 111 22 55555555555 222 222 333 11 333333333 11 2222 3333 7777777777777 555555555555555555555 66666666 333333 1 1 444 1111 1 2222 11 88888888888888888888888888888888 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666666666666 44444444 111 1111 222222 11 4 555 33333333
lowQualScore : 2 2 8888 0000 0 333 333 333 666666 777777 33 66 333 77 333 4444 99 555 3 0 4444444444 3 66 0 111 5 3 888 5 5 33 00 77777777777 333 333 111 1 88 999999999 1 22 88 3333 7777 1 1 22 1 4 0000000000000 333333333333333333333 1 1 00000000 1 1 1 1 1 1 0 888888 3 3 555 6666 0 3 0 0 5555 66 22 1 1 22222222222222222222222222222222 11111111 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222 1 1 1 33333333 5 1 000 5 2222 1 111111 00 0 1 1 0 2 1 333 55555555 1 1
lowQualScore : . . .... .... . ... ... ... ...... ...... .. .. ... .. ... .... .. ... . . .......... . .. . ... . . ... . . .. .. ........... ... ... ... . .. ......... . .. .. .... .... . . .. . . ............. ..................... . . ........ . . . . . . . ...... . . ... .... . . . . .... .. .. . . ................................ ........ . ....................................................................... ............... . . . ........ . . ... . .... . ...... .. . . . . . . ... ........ . .
lowQualScore : 4 6 5555 5555 8 555 777 777 444444 222222 44 99 333 66 777 5555 11 444 3 6 6666666666 6 11 1 888 1 9 888 0 6 55 77 77777777777 333 333 555 0 00 000000000 0 00 00 5555 0000 0 0 00 0 0 5555555555555 555555555555555555555 0 0 55555555 0 0 0 0 0 0 7 333333 3 3 333 0000 7 3 7 7 0000 00 00 0 0 88888888888888888888888888888888 22222222 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999999999999999 0 0 0 99999999 7 0 000 7 1111 0 888888 33 7 0 0 0 5 0 555 00000000 0 0
consensus : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCCATG--A--AT---A--AAGA---GT----GACCT--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--GACCTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATCATCATGACATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTTTAAAA-TCCCTAAATGTAAGACAAAGTTACAGACCA-GAAA-----T-----ATCAA---ACAAATTGA---AAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGNAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGG--TC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAA---CAC----------GA--C-A-------ATG--------TTTCAGACTAGACACGCAATTTCA----------A-A-TGGGG-------G--TG---TTNT-C--ACA---TTAAAG-----------------TGTGACCTTGACCTTGACATC---------TGATGTNATGGTCTGGGTATTTCAACAGTT--AAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATCTCGCACANACTCNAAGTGTTGTCAAACAAANTCAAANTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTGTGGGTCTTACTCGCAACATGTTATCATNTTATGCTGATCATTTGTAGCAAGTTTT-GAACAAAATCCATCTATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACANGAAATNCCGGACG
Reference ( family-591 ) : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCCATG--A--AT---A--AAGA---GT----GACCT--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--GACCTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATCATCATGACATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTTTAAAA-TCCCTAAATGTAAGACAAAGTTACAGACCA-GAAA-----T-----ATCAA---ACAAATTGA---AAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGTTGTC-TA-CA-A--TT-AAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGNAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGCTTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATNTATCCATG-----CAC----------GA--C-A-------ATG--------TTTCAGACTAGACACGCAATTTCA----------A-A-TGAAA-------G--TG---TTGT-C--AC----TTAAAG-----------------TGTGACCTTGACCTT-----T---------TGATGTNATGGTCTGGGTNTTTCAACA-TT--AA-TGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTGTGTCANGCT---ATTT-TAAAATCCCT----ANATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATCTCGCACANACTCNAAGTGTTGTCAAACAAA-TCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTGTGGGTCTTACTCGCAACATGTTATCATNTTATGCTGATCATTTGTAGCAAGTTTTGAAACAAAATCCATCTATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACANGAAATNCCGGACG
gi|1 : CAAA-TGGTCTGTGAAAA-TAACGATA----AA----TTTT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCAATG--A--AT---A--AAGT---GT----GACCT--TGACCTCT----------G-TGTAACCTT--GACCATGACATAT-ATGTAAAGCTCTGGGTATTTCTTTAGGTAAATACAGGTGACACATCATCATGACATGTTGGTCACTTGTATCAAGCT---ATTTTAAAAATTCCTCCATGTAAAACAAAGTTACAGACCA-GAAAGGAAAT-----ATCAA---ACAAACTGA---AAGTGTAACCTTGACCTCG-GAGGTAGGGTTCTGGGTATTA--AC---------GCAACACTTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAA--AATTGAGCCAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGTAAGATAAAGTTACAGATTGGACTTGAAATCTCAAACAAACTCAAAGTGTTGTT-GAACA-AACTC-AAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGG-CTGGGTATTAC---ATGC-GACACATCGTCATTTCATCATGATCAATTGAGCCAAGTTTAAGACAAAGTTACAGACCAGACACAAAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTAA------GG-AAG-GTTCTGGG--TC-TG-AAACGTGACA-CTTCATCATGTCATG-TTGATCAACT-CGCAAAGTGTTTTTGAAATTTATCCATA-----GGC----------GA--C-A-------ATG--------TTACAGACTGGACACGAAATCTCA----------G-ACTGAAA-------G--TG---TTGT-CAAACCAAGTTAAAT-----------------TATGAATTTG-CCTT-----T---------TGAAGTGGGAGTCTGGGTGTT---ACA-C-----------GTGAGACATCGTCATGTT-ATGTTGATCATTTGTAGCAGG-T---ATTTATAAAATCCAT----CTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGTACACAAAATCTCACACAGACTCCAAGTATTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTGTGGGTCTTACTCGCAACATGTTATCATTTTATGCTGATCATTTGTAGCAAGTTT--GAACAAAATCCATCTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|10 : tAATAATAACAATT----TA----TTTTTTGATGATAGGTAG---C---AA--------TA------TCCATG--A--AT---ATCAAGA---GT----AAtaaggatggacgttcctatgaatgggtatttaagtc
gi|10 : -------ATG--------TT-CATATTAGACA-GCAATTTCA--------------TG-------------TG---TTTTAC--AT----TTAAGT-----------------TGTGACCTTGaggactgatgttcatattagacagcaatttcatgtgttttacatttaagttgtgaccttg
gi|11 : aataataacaatttattttttgatgataggtagcaatatccatgaatatcaagagtaaaggactg-TGCACGCGACATATTGTC-CGATTATGATGAGCATTTTTGATATGTT---ATTT-CAAAATCCCTGTACAAATGCAT----AAGTTAAAACCCGGACA--AAATCACGCACACAC
gi|12 : gtccAAA-TAGTCGTTGAAAAATAACAATA----TAATTATTTT---ATAATAGATAG---C---GAG------TTA------TCCAAG--AATAT---A--AAGA---GT----AA--T--GGACTTAT----------G-T
gi|13 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---GAT------ATA------TCCATG--A--AT---ATCAAGA---GT----AAttcagactagacggacttatgt
gi|13 : -------ATG--------TTTCAGACTAGACATACAATTTCA----------tggactgatgtttcagactagacatacaatttcatgg
gi|14 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgttataataggtagcgatatatccatgaatatcaagagtaatggactgAA-TTGTCTGTGAA----AATGATA----TA----TTTT---GTATTTGGCAG---C---A----------A------TCCATGAAA--AT---T--AAGA---CTAATGGAC----TGACGTTT----------tgg
gi|15 : CTGTGAAAAATAACAATA----AAA---TGTT---ATAATAGGTGG---C---GAT------GTA------TTCATG--A--AT---ATCAAGA---GT----AAcagaatagtcatgaaattccatggtggt
gi|15 : -------ATG--------TTTCAGTCTAGATATGCAATTTTA----------tggactgatgtttcagtctagatatgcaattttatg
gi|16 : ctgtgaaaaataacaataaaatgttataataggtggcgatgtattcatgaatatcaagagtaatggactgCAAA-TGGTC-GTTGAAAATAACAATA----TAATTATGTT---ATAATAGGTTA---C---GAT------GTA------TCCATG--AATAT---A--AAGA---GT----AA--T--GGACCtg
gi|17 : cTCAATCAACTTGTAAATGTGACCTTGAACTTCGACCTATTGG-TAGTTTTCTCG--TTCTTGCAAACGTCACATTTTCGTCACGTCATG-T---TCAACgatgtttcagacta
gi|18 : ATG-----CACT---------GA--C-A------------------TTTCAGACTAGACAATTAATATCA--------------TG-------------TT---TTTT-T--ACA---TTAAAA-----------------TGTGACCTTGACCTT-----c
gi|19 : tgtatccatgaatattgagagtaA----TA----TTTT---ATAATAGGTAG---T---GAT------TTAAATGTTTCCATG--A--AT---ATCAAGA---AT----AA--T--TGAC
gi|2 : agattgatagtaaaactc-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GCA------TATATG--A--AT---A--tgacgttt
gi|2 : ATG-----TAC--------------T-A-------ATG--------TTTCAGACAAGACATGCAATTCCATGTTTATTTTACA-TTAAA-------GCATGACCTTGA-C--CT----TT---G-----------------TGTAACCTTGATTTTGACATC---------TGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACA-TTTAAG-TGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCATTTGTGTCAAGCTAAAATTG-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACAGtcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaT---A--AAGC---AT----GACCT--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--GATTTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACATTTAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGACATGCTGATCATTTGTGTCAAGCTAAAATTGTAAAA-TCCCTAAATGT------AAGTTACAGATC----AA-----TTGTTGATCAATTGATAAATTGAACGAAGTGTatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacatCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT----TGTTGATCAATTGA--TAAATTGAACGAAGTGTTTTTGAAATCTATCCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATA-CATA--CTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTA----TGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTGAGCAAAGTTAAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTGA------GGAAAG-GTTCTGGG--TC-TT-ACATGCGACA-CTTAATTATGTCATGTTT-ATCAACTGAGCCTAGTGTTTTGAAAATATATCCATttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|20 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccTCATGTTATGTTGATCATTTGTAGCAAGTTTT--AACAAAAT--------ACACGACAAAGTTACAGGCCGGACAAGAAATTCCGGACGag
gi|21 : gATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGAAACGAAATCTCACACAAACTCAAAGTGTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAg
gi|23 : tACATATTGATAACTTGTGCCAATTT---ATTGTAAAA-TCCCTCCATGTAATAC-AAGTTATAGA
gi|24 : CAAA-TGGTCGTTGAAAAATAACAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---GA
gi|25 : cCAAACTGGTCGTTGAAAAATAATAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGT
gi|26 : ccAAA-TGGTCTGT-AAAAACAACAAGA----TA----TTTC---ATAATAGGTAG---G---GAT------
gi|27 : AA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---GAT------tt
gi|28 : t-------ATG--------TTTCAGACTAGACA
gi|3 : tccttaactatcaagagtcatggattgAA-TGGTCTGTGAAAA-TAATGGTA----TT----TGTT---AAAAGAAGTAA---C---GATTTAAATGTA------TTTATG--C--AT---A--TAGACACGC----AATTTCATGATTTTTTTACATTAAAG-TGTGACCTT--GACCTTGACATCTGATGTAAAGGTCTGAGTATTTCTACAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGACATGTTGATCACTCTTGCAAAGCT---ATTTTAAAA-TACATACATGTAAGACAAAGTT----ACCATGAAA-----T-----ATCTC---ACAAATTGA---AAGTGTGACCTTGACCTT-TTAGGTAAGGTTCTGGGTCTTACA
gi|4 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCCATG--A--AT---ATCAAGA---GT----AA--T--GGAC---T----------G--ATA--TTTCAGA-CTAGACATGCAATTTAATGG---GGTTTTTTTTACA-TTAAA-GCA
gi|4 : ATGTATCCATGAATATCAA----------GAG-T-A-------ATGGACTGATATTTCAGACTAGACATGCAATTT------------A-A-TGGGG-------T--TT---TTTT-T--ACA---TTAAAGCATGACCTAAACCTTTGTGTAACCTTGACCTTGACATC---------TGATGTTATGGTTTGGGTATTTCAACAGTT--AAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATTCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTAtgacctaaacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgttatggtttgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacattctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaagtta
gi|4 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgT---A--AAGC---AT----GACCT--AAACCTTT----------G-TGTAACCTT--GACCTTGACATCTGATGTTATGGTTTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACATTCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTTTAAAA-TCCCTAAATGTAAGagtta
gi|5 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgtatccatgaatatcaagagtaatggactgatatttcagactagacatgcaatttaatggggttttttttacatA-TGGTCTATGAAAAATAAAAATA----TA----TGAT---ATAATAGGAAG---C---AAT------GTA------TCCATG--A--AT---ATCAAGA---GT----AA--T--GGACTTAT----------G-Ttta
gi|5 : -------ATG--------TTTCAGACTAGACATGCAATTTCATTTTTTTTTTATA-TTAAA-------GCATGACCTTGA-C--CT----TT---G-----------------TGTAACCTTCACCTTGACATC---------TGATATAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTT--AAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-TTGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTC-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACttcagactagacatgcaatttcattttttttttatattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|5 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcaatgtatccatgaatatcaagagtaatggacttT---A--AAGC---AT----GACCT--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--CACCTTGACATCTGATATAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACTTGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTCTAAAA-TCCCTAAATGTAAG
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcaatgtatccatgaatatcaagagtaatggacttatgtttcagactagacatgcaatttcattttttttttatatAA-TAGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGCT---ATAATAGGTTG---T---GAT------GTA------TCCATG--A--ATATCA--AAGA---GT----AA--T--GGAC---T----------GATGT---TTC--GGACTAAACATGCAATTTAATGG---GGGGGTTTT-ACA-TTAAAttac
gi|6 : g-------ATG--------TTTCGGACTAAACATGCAATTT------------A-A-TGGGG-------G--GG---TT-T-T--ACA---TTAAAGAATGACCTTGACCTTTGTGTAACCTTGACCTTGACATC---------TGATGTAATGGT------ATTTCAACAGTT--AAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTAgaatgaccttgacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|6 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtgatgtatccatgaatatcaaagagtaatggactgT---A--AAGA---AT----GACCT--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--GACCTTGACATCTGATGTAAT------GGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTTTAAAA-TCCCTAAATGTAAaa
gi|7 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtgatgtatccatgaatatcaaagagtaatggactgatgtttcggactaaacatgcaatttaatgggggggttttacat-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TAAT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCCATG--A--GC---AT-CAGA---GT----AAa
gi|7 : ATGTATCCATGAG---CATCAGAGTAATGGA--CTG-------ATG--------TTTCAGACTAGATATGCAATTTCA--------------TGGGG-------G--TT---TT------------TTAAAG-----------------CATGACTTTGACCTT-----TGTTTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTTTTCAACAGTT--AAATGCAGGTAAAACATCATTAATAC-ATGCTGATCACTTGTGTAATGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATATAAGACAAAtggactgatgtttcagactagatatgcaatttcatgggggttttttaaagcatgactttgacctttgtttaaccttgaccttgacatctgatgttttcaacagttaaatgcaggtaaaacatcattaatacatgctgatcacttgtgtaatgctattttaaaatccctaaatataagacaaa
gi|7 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgT---A--AAGC---AT----GACTT--TGACCTTT----------G-TTTAACCTT--GACCTTGACATCTGATGT-------------TTTCAACAGTTAAATGCAGGTAAAACATCATTAATACATGCTGATCACTTGTGTAATGCT---ATTTTAAAA-TCCCTAAATATAAGACAAA
gi|8 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgatgtatccatgagcatcagagtaatggactgatgtttcagactagatatgcaatttcatgggggtttttA-TGATCTGTTAAAA-TAACGATA----CA----TTTT---ATAATAAGTAGGGACTTAGAT------GTA------TTAAT------AT---T--AAAA---GT----GA
gi|8 : -------ATG--------TTTCAGTCTAGACACACAATTTCA----------T-G-TG---TTTTTTTG--TT---TTTT-T--ACA---TTAAAG-----------------TGTGACTTTGACCTT-----T---------tggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttacattaaagtgtgactttgacctttg
gi|9 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactg-TGGTCTGTGAAAA-TAACAATA----TA----TTTT---ATAATAGGTAG---C---AAT------GTA------TCCATG--A--AT---A--g
gi|9 : TAGCAATGTATCCATGAATATCAT----------GAGCC-ATTGACTGAGG--------CTTCAGACAAGACACACAATTTCA-----------------------------TG---TTAT-TTTACA---TTAAAG-----------------TGTGACCTTGACCGT-----T---------Ttcatgagccattgactgaggcttcagacaagacacacaatttcatgttattttacattaaagtgtgaccttgaccgttta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTCAGTCCCCAAGTGGTCATTGAAATAATAACATATATCAAAGAAAAGAATGATCCTTGACCTTTGT
Unaligned ( gi|29 ): ACAAAATGATACACACAAACACAGAAACAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 22 222222 1111111111 1 1 111 22 55555555555 222 222 333 11 333333333 11 2222 3333 3333333333333 555555555555555555555 66666666 333333 1 1 1111 1 2222 11 5555555555555555555555555555555555555 22222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222222222 11 1111 111 111111 1111 111111 444444444444 2222 1 222 77777777777777
lowQualScore : 2 2 8888 0000 0 333 333 333 666666 777777 33 66 333 00 444 66666 888888 777 9999999999 5 44 99 5 2 3 1 7 2 0 0 3 444 3 8 66 0 3 9 33 00 77777777777 333 333 111 1 88 999999999 1 22 88 3333 7777 1 1 22 1 1 9999999999999 333333333333333333333 1 1 00000000 1 1 1 1 1 1 0 888888 3 3 6666 0 3 0 0 5555 66 22 1 0000000000000000000000000000000000000 22222222 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 7777 55 55555555555555555 5 5 00 5 44 0 1111 0 000 5 444444 66 0 888 5 0000 333333 2 66 2 1 1 1 1 666666666666 3333 2 4 1 0 7 3 7 111 44444444444444 1 1
lowQualScore : . . .... .... . ... ... ... ...... ...... .. .. ... .. ... ..... ...... ... .......... . .. .. . . . . . . . . . ... . . .. . . . .. .. ........... ... ... ... . .. ......... . .. .. .... .... . . .. . . ............. ..................... . . ........ . . . . . . . ...... . . .... . . . . .... .. .. . ..................................... ........ . ...................................................................... . .... .. ................. . . .. . .. . .... . ... . ...... .. . ... . .... ...... . .. . . . . . ............ .... . . . . . . . ... .............. . .
lowQualScore : 4 6 5555 5555 8 555 777 777 444444 222222 44 99 999 66 444 33333 555555 444 4444444444 0 88 22 2 5 7 0 3 2 8 8 0 000 6 0 00 8 2 2 55 77 77777777777 333 333 555 0 00 000000000 0 00 00 5555 0000 0 0 00 0 0 5555555555555 555555555555555555555 0 0 55555555 0 0 0 0 0 0 7 333333 3 3 0000 7 3 7 7 0000 00 00 0 7777777777777777777777777777777777777 33333333 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 7777 00 55555555555555555 7 7 11 7 66 7 4444 7 000 0 444444 99 2 888 0 6666 333333 5 88 0 0 0 0 0 000000000000 0000 5 0 0 7 3 3 3 333 33333333333333 0 0
consensus : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCCATG--A--AT---AT-AAGA---GT----AAC-T--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--GACCTTGACATNCGATGTAATGGTCTGGGTATTTCTACAGTTAAATGCAGGTGANACATCATCATGACATGTTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTNTAAAA-TCCCTACATGTAAGACAAAGTTACAGACCA-GAAA-----T-----ATCAA---ACAAATTGA---AAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGNAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAA---TA-TCAAG---AA---GA--CTG-----------ATG--------TTTCAGACTAGACACGCAATTTCA---TGG---GG------GTNTTT---TT--A---CA--TTA----AA-----G-----------------T-G----TGA--C-----------------CTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTNATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGCATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTNTGGGTCTTNCTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGC-AAGTTTT-AACAAAAT--------GCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
Reference ( family-591 ) : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCCATG--A--AT---A--AAGA---GT----GACCT--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--GACCTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATCATCATGACATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTTTAAAA-TCCCTAAATGTAAGACAAAGTTACAGACCA-GAAA-----T-----ATCAA---ACAAATTGA---AAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGNAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAA---CA-C------------GA--C-A-----------ATG--------TTTCAGACTAGACACGCAATTTCAAA-TGG---GG------GTGTTN---TC--A---CA--TTA----AA-----G-----------------T-G----TGA--C-----------------CTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTNATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATCTCGCACANACTCNAAGTGTTGTCAAACAAANTCAAANTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTGTGGGTCTTACTCGCAACATGTTATCATNTTATGCTGATCATTTGTAGC-AAGTTTTGAACAAAATCCATCTATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACANGAAATNCCGGACG
gi|1 : CAAA-TGGTCTGTGAAAA-TAACGATA----AA----TTTT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCAATG--A--AT---A--AAGT---GT----GACCT--TGACCTCT----------G-TGTAACCTT--GACCATGACATAT-ATGTAAAGCTCTGGGTATTTCTTTAGGTAAATACAGGTGACACATCATCATGACATGTTGGTCACTTGTATCAAGCT---ATTTTAAAAATTCCTCCATGTAAAACAAAGTTACAGACCA-GAAAGGAAAT-----ATCAA---ACAAACTGA---AAGTGTAACCTTGACCTCG-GAGGTAGGGTTCTGGGTATTA--AC---------GCAACACTTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAA--AATTGAGCCAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGTAAGATAAAGTTACAGATTGGACTTGAAATCTCAAACAAACTCAAAGTGTTGTT-GAACA-AACTC-AAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGG-CTGGGTATTAC---ATGC-GACACATCGTCATTTCATCATGATCAATTGAGCCAAGTTTAAGACAAAGTTACAGACCAGACACAAAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTAA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGTGACA-CTTCATCATGTCATG-TTGATCAACT-CGCAAAGTGTTTTTGAAATTTATCCAT--A---GG-C------------GA--C-A-----------ATG--------TTACAGACTGGACACGAAATCTCAGACTGA---AA------GTGTTG---TC--AAACCAAGTTA----AA-----T-----------------T-A----TGA--A-----------------TTTG-CCTT------TTGAA-GTGGGA-GTCTGGGT------------GT---TA----CACGTGAGACATCGTCATGTT-ATGTTGATCATTTG------TA--GCAGG-T---ATTTATAAAATCCAT----CTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGTACACAAAATCTCACACAGACTCCAAGTATTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTGTGGGTCTTACTCGCAACATGTTATCATTTTATGCTGATCATTTGTAGC-AAG-TTTGAACAAAATCCATCTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|10 : tAATAATAACAATT----TA----TTTTTTGATGATAGGTAG---C---AA--------TA------TCCATG--A--AT---ATCAAGA---GT----AAtaaggatggacgttcctatgaatgggtatttaagtc
gi|10 : TATCCATGAA---TA-TCAAGAGTAAAG-GA--CTG-----------ATG--------TT-CATATTAGACA-GCAATTTCA---TG-------------TGTTT---T---A---CA--TTT----AA-----G-----------------TTG----TGA--C-----------------CTTGaggactgatgttcatattagacagcaatttcatgtgttttacatttaagttgtgaccttg
gi|11 : aataataacaatttattttttgatgataggtagcaaTGCACGCGACATATTGTC-CGATTATGATGAGCATTTT------TG--ATATGTT---ATTT-CAAAATCCCTGTACAAATGCAT----AAGTTAAAACCCGGACA--AAATCACGCACACAC
gi|12 : gtccAAA-TAGTCGTTGAAAAATAACAATA----TAATTATTTT---ATAATAGATAG---C---GAG------TTA------TCCAAG--AATAT---A--AAGA---GT----AA--T--GGACTTAT----------G-T
gi|13 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---GAT------ATA------TCCATG--A--AT---ATCAAGA---GT----AAttcagactagacggacttatgt
gi|13 : ATATATCCATGAA---TA-TCAAGAGTAATG-GA--CTG-----------ATG--------TTTCAGACTAGACATACAATTTCAtggactgatgtttcagactagacatacaatttcatgg
gi|14 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgttataataggtagcgAA-TTGTCTGTGAA----AATGATA----TA----TTTT---GTATTTGGCAG---C---A----------A------TCCATGAAA--AT---T--AAGA---CTAATGGAC----TGACGTTT----------tgg
gi|15 : CTGTGAAAAATAACAATA----AAA---TGTT---ATAATAGGTGG---C---GAT------GTA------TTCATG--A--AT---ATCAAGA---GT----AAcagaatagtcatgaaattccatggtggt
gi|15 : ATGTATTCATGAA---TA-TCAAGAGTAATG-GA--CTG-----------ATG--------TTTCAGTCTAGATATGCAATTTTAtggactgatgtttcagtctagatatgcaattttatg
gi|16 : ctgtgaaaaataacaataaaatgttataataggtggcgCAAA-TGGTC-GTTGAAAATAACAATA----TAATTATGTT---ATAATAGGTTA---C---GAT------GTA------TCCATG--AATAT---A--AAGA---GT----AA--T--GGACCtg
gi|17 : cTCAATCAACTTGTAAATGTGACCTTGAACTTCGACCTATTGG-TAGTTTTCTCGTTCTTGCAAACGTCACATTTTCGTCACGTCATG-T---TCAACgatgtttcagacta
gi|18 : TGTATCCATGAA---TA-TTGA---------GAG-T-A-----------ATGCACTGACATTTCAGACTAGACAATTAATATCA---TG-------------TTTTT---TT--A---CA--TTA----AA-----A-----------------T-G----TGA--C-----------------CTTGACCTTc
gi|19 : A----TA----TTTT---ATAATAGGTAG---T---GAT------TTAAATGTTTCCATG--A--AT---ATCAAGA---AT----AA--T--TGAC
gi|2 : agattgatagtaaaactc-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GCA------TATATG--A--AT---A--tgacgttt
gi|2 : -A-----------ATG--------TTTCAGACAAGACATGCAATTCCA------------------TGTTTATTTT--A---CA--TTA----AA-----GCATGACCTTGACCTTTGT-G----TAA--C-----------------CTTGATTTTGACAT-CTGAT-GTAATG-GTCTGGGTA---TTTCAACATT---TAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCATTTG------TG--TCAAGCTAAAATTG-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACAGtcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactT---A--AAGC---AT----GACCT--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--GATTTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACATTTAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGACATGCTGATCATTTGTGTCAAGCTAAAATTGTAAAA-TCCCTAAATGT------AAGTTACAGATC----AA-----TTGTTGATCAATTGATAAATTGAACGAAGTGTatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacatAA-TGGTCTGG------GTATTT---CA--A---CA--TTT----AA-----G-----------------T-GCAGGTGAAAC-----------------ATT-ATCATGACATGCTGATCATT-TGTGTCAAGCTAAAATTGTAA-AATCCCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT-----TGTTGATCAATTGATAAATTGAACGAAGTG---TTTT-TGAAATCTAT----CCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATACATACTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTATGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTG-AGCAAAGTT------AAA--------------GACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT----TGTTGATCAATTGA--TAAATTGAACGAAGTGTTTTTGAAATCTATCCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATA-CATA--CTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTA----TGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTGAGCAAAGTTAAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTGA------GGAAAG-GTTCTGGGTC-TT-ACATGCGACA-CTTAATTATGTCATGTTT-ATCAACTGAGCCTAGTGTTTTGAAAATATATCCATaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|20 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccTCATGTTATGTTGATCATTTGTAGC-AAGTTTT-AACAAAAT--------ACACGACAAAGTTACAGGCCGGACAAGAAATTCCGGACGag
gi|21 : gATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGAAACGAAATCTCACACAAACTCAAAGTGTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAg
gi|23 : tACATATTGATAACTTGTGCCAATTT---ATTGTAAAA-TCCCTCCATGTAATAC-AAGTTATAGA
gi|24 : CAAA-TGGTCGTTGAAAAATAACAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---GA
gi|25 : cCAAACTGGTCGTTGAAAAATAATAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGT
gi|26 : ccAAA-TGGTCTGT-AAAAACAACAAGA----TA----TTTC---ATAATAGGTAG---G---GAT------
gi|27 : AA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAG---C---GAT------tt
gi|28 : t-----------ATG--------TTTCAGACTAGACA
gi|3 : tccttaactatcaagagtcatggattgAA-TGGTCTGTGAAAA-TAATGGTA----TT----TGTT---AAAAGAAGTAA---C---GATTTAAATGTA------TTTATG--C--AT---A--TAGACACGC----AATTTCATGATTTTTTTACATTAAAG-TGTGACCTT--GACCTTGACATCTGATGTAAAGGTCTGAGTATTTCTACAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGACATGTTGATCACTCTTGCAAAGCT---ATTTTAAAA-TACATACATGTAAGACAAAGTT----ACCATGAAA-----T-----ATCTC---ACAAATTGA---AAGTGTGACCTTGACCTT-TTAGGTAAGGTTCTGGGTCTTACA
gi|4 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCCATG--A--AT---ATCAAGA---GT----AA--T--GGAC---T----------G--ATA--TTTCAGA-CTAGACATGCAATTTAATGG---GGTTTTTTTTACA-TTAAA-GCA
gi|4 : ATGTATCCATGAATATCA-A------------GAG-T-A-----------ATGGACTGATATTTCAGACTAGACATGCAATTT--AA-TGG---GG------TTTTTT---TT--A---CA--TTA----AA-----G-----------------C-A----TGA--CCTAAACCTTTGTGTAACCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTTATG-GTTTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATTCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTAtgacctaaacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgttatggtttgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacattctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaagtta
gi|5 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgA-TGGTCTATGAAAAATAAAAATA----TA----TGAT---ATAATAGGAAG---C---AAT------GTA------TCCATG--A--AT---ATCAAGA---GT----AA--T--GGACTTAT----------G-Tagtta
gi|5 : AATGTATCCATGAA---TATC------------AA--G-AGTAATGGACTTATG--------TTTCAGACTAGACATGCAATTTCATT-T--------------TTTTT---TT--A---TA--TTA----AA-----GCATGACCTTGACCTTTGT-G----TAA--C-----------------CTTCACCTTGACAT-CTGAT-ATAATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-TTGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTC-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACttcagactagacatgcaatttcattttttttttatattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|5 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcT---A--AAGC---AT----GACCT--TGACCTTT----------G-TGTAACCTT--CACCTTGACATCTGATATAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGACTTGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTCTAAAA-TCCCTAAATGTAAG
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcaatgtatccatgaatatcaagagtaatggacttatgtttcagactagacatgcaatttcattttttttttatatAA-TAGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGCT---ATAATAGGTTG---T---GAT------GTA------TCCATG--A--ATATCA--AAGA---GT----AA--T--GGAC---T----------GATGT---TTC--GGACTAAACATGCAATTTAATGG---GGGGGTTTT-ACA-TTAAAttac
gi|6 : gATGTATCCATGAA---TA-TCAAAGAGTAATGGA--CTG-----------ATG--------TTTCGGACTAAACATGCAATTT--AA-TGG---GG------GGGTTT---T---A---CA--TTA----AA-----GAATGACCTTGACCTTTGT-G----TAA--C-----------------CTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTAATG-GT------A---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTAgaatgaccttgacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|7 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtg-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TAAT---ATAATAGGTAG---C---GAT------GTA------TCCATG--A--GC---AT-CAGA---GT----AAaa
gi|7 : ATGTATCCATGAG---CA-TCAGAGTAATG--GA--CTG-----------ATG--------TTTCAGACTAGATATGCAATTTCA---TGG---GG------GTTTTT---TA--AAG-CA--TGACTTTGACCTTTG-----------------T-T----TAA--C-----------------CTTGACCTTGACAT-CTGAT-GT-----------------TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTAAAACATCATTAATAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TAATGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATATAAGACAAAtggactgatgtttcagactagatatgcaatttcatgggggttttttaaagcatgactttgacctttgtttaaccttgaccttgacatctgatgttttcaacagttaaatgcaggtaaaacatcattaatacatgctgatcacttgtgtaatgctattttaaaatccctaaatataagacaaa
gi|8 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgA-TGATCTGTTAAAA-TAACGATA----CA----TTTT---ATAATAAGTAGGGACTTAGAT------GTA------TTAAT------AT---T--AAAA---GT----GA
gi|8 : -----------ATG--------TTTCAGTCTAGACACACAATTTCA---TGT---GTTTTTTTGTTTTT---TT--A---CA--TTA----AA-----G-----------------T-G----TGA--C-----------------TTTGACCTTtggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttacattaaagtgtgactttgacctttg
gi|9 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactg-TGGTCTGTGAAAA-TAACAATA----TA----TTTT---ATAATAGGTAG---C---AAT------GTA------TCCATG--A--AT---A--tg
gi|9 : TAGCAATGTATCCATGAATATCA-T------------GAGCC-ATTGACTG----AGG--------CTTCAGACAAGACACACAATTTCA------------------TGTTA---TTTTA---CA--TTA----AA-----G-----------------T-G----TGA--C-----------------CTTGACCtcatgagccattgactgaggcttcagacaagacacacaatttcatgttattttacattaaagtgtgaccttgaccgttta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTCAGTCCCCAAGTGGTCATTGAAATAATAACATATATCAAAGAAAAGAATGATCCTTGACCTTTGT
Unaligned ( gi|29 ): ACAAAATGATACACACAAACACAGAAACAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 22 888888888888888888888888888888888888888888 333 11 1 11 2 55555 333 11 333333333 11 2222 3333 3333333333333 555555555555555555555 66666666 333333 1 1 1111 1 2222 11 11 888888888888888888888888 3333333333333 111 55555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333 11 1111 111 111111 1111 111111 444444444444 2222 1 11 55555555555555
lowQualScore : 2 0 8888 1111 0 333 666666 777777 2 77 2 444 666666666666666666666666666666666666666666 9 1 8 6 000 9 6 33 7 1 1 1 3 3 7 3 7 11 0 00000 77 111 1 88 999999999 1 22 88 3333 7777 1 1 22 1 1 9999999999999 333333333333333333333 1 1 00000000 1 1 1 1 1 1 0 888888 3 3 6666 0 3 0 0 5555 66 22 11 2 333333333333333333333333 5 555 1111111111111 2 3 1 111 55 7777 77777777777777777777777 7777 55 777777777777777777777777777777777777 5 5 00 5 44 0 1111 0 000 5 444444 66 0 888 5 0000 333333 1 66 0 666666666666 3333 1 1 1 7 3 44 99999999999999
lowQualScore : . . .... .... . ... ...... ...... . .. . ... .......................................... . . . . ... . . .. . . . . . . . . . .. . ..... .. ... . .. ......... . .. .. .... .... . . .. . . ............. ..................... . . ........ . . . . . . . ...... . . .... . . . . .... .. .. .. . ........................ . ... ............. . . . ... .. .... ....................... .... .. .................................... . . .. . .. . .... . ... . ...... .. . ... . .... ...... . .. . ............ .... . . . . . .. ..............
lowQualScore : 5 5 9999 1111 1 777 888888 777777 7 77 7 777 666666666666666666666666666666666666666666 6 0 6 7 888 0 4 00 3 0 0 0 3 7 0 7 3 00 0 00000 00 555 0 00 000000000 0 00 00 5555 0000 0 0 00 0 0 5555555555555 555555555555555555555 0 0 55555555 0 0 0 0 0 0 7 333333 3 3 0000 7 3 7 7 0000 00 00 00 5 555555555555555555555555 6 444 5555555555555 3 6 5 444 00 7777 44444444444444444444444 7777 00 666666666666666666666666666666666666 7 7 11 7 66 7 4444 7 000 0 444444 99 2 888 0 6666 333333 0 88 2 000000000000 0000 0 0 0 3 3 33 33333333333333
consensus : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATA-TC-AA-GA---GTAA----TG---GACTTAT----------G-TNTNA-CTT--GA-CTAGACATGCAATTTAATGGTCTGGGTATTTCTACAGNTAAATGCAGGTGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGNAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCA-AG-----A-----GTAATGG------ACTGATGTTTCAGACTAGACACGCAATTTCA---TGG---G------GGTTT-TTTTA---CA--TTA----AA-----G-----------------TG----TGA--CCTTGA-----------------CC-----------------TTGACAT-CTGAT-GTNATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGCATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTNTGGGTCTTNCTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGC-AAGTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
Reference ( family-591 ) : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATA-T--AA-GA---GTAAC---TT---GACCTTT----------G-TGTAACCTT--GACCTTGACATNCGATGTAATGGTCTGGGTATTTCTACAGTTAAATGCAGGTGANACATCATCATGACATGTTGATCACTTGTGTCAAGCTATTNTAAAA-TCCCTACATGTAAGACAAAGTTACAGACCA-GAAA-----TATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGNAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCA-AG-----A-----A-----G------ACTGATGTTTCAGACTAGACACGCAATTTCA---TGG---G------GGTNT-TTTTA---CA--TTA----AA-----G-----------------TG----TGA--CCTTGA-----------------CC-----------------TTGACAT-CTGAT-GTNATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGCATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTNTGGGTCTTNCTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGC-AAGTTTTAACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|1 : CAAA-TGGTCTGTGAAAA-TAACGATA----AA----TTTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCAATGAATA----AA-GT---GTGACC--TT---GACCTCT----------G-TGTAACCTT--GACCATGACATAT-ATGTAAAGCTCTGGGTATTTCTTTAGGTAAATACAGGTGACACATCATCATGACATGTTGGTCACTTGTATCAAGCTATTTTAAAAATTCCTCCATGTAAAACAAAGTTACAGACCA-GAAAGGAAATATCAAACAAACTGAAAGTGTAACCTTGACCTCG-GAGGTAGGGTTCTGGGTATTA--AC---------GCAACACTTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAA--AATTGAGCCAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGTAAGATAAAGTTACAGATTGGACTTGAAATCTCAAACAAACTCAAAGTGTTGTT-GAACA-AACTC-AAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGG-CTGGGTATTAC---ATGC-GACACATCGTCATTTCATCATGATCAATTGAGCCAAGTTTAAGACAAAGTTACAGACCAGACACAAAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTAA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGTGACA-CTTCATCATGTCATG-TTGATCAACT-CGCAAAGTGTTTTTGAAATTTATCCAT---------AG-----G-----C-----G------AC-AATGTTACAGACTGGACACGAAATCTCAGACTGA---A------AGTGT-TGTCAAACCAAGTTA----AA-----T-----------------TA----TGA--ATTTG------------------CC-----------------TT------TTGAA-GTGGGA-GTCTGGGT------------GT---TA----CACGTGAGACATCGTCATGTT-ATGTTGATCATTTG------TA--GCAGG-T---ATTTATAAAATCCAT----CTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGTACACAAAATCTCACACAGACTCCAAGTATTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTGTGGGTCTTACTCGCAACATGTTATCATTTTATGCTGATCATTTGTAGC-AAGTTTGAACAAAATCCATCTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|10 : tAATAATAACAATT----TA----TTTTTTGATGATAGGTAGCAAT--------A------TCCATGAATA-TC-AA-GA---GTAAtaaggatggacgttcctatgaatgggtatttaagtc
gi|10 : TATCCATGAATATCA-AGAGTAAA-----G-----G------ACTGATG-TTCATATTAGACA-GCAATTTCA---TGT---G------------TTTTA---CA--TTT----AA-----GT----------------TG----TGA--CCTTGaggactgatgttcatattagacagcaatttcatgtgttttacatttaagttgtgaccttg
gi|11 : aataataacaatttattttttgatgataggtagcaaTGCACGCGACATATTGTC-CGATTATGATGAGCATTTT------TG--ATATGTT---ATTT-CAAAATCCCTGTACAAATGCAT----AAGTTAAAACCCGGACA--AAATCACGCACACAC
gi|12 : gtccAAA-TAGTCGTTGAAAAATAACAATA----TAATTATTTT---ATAATAGATAGCGAG------TTA------TCCAAGAATA-TA-AA-GA---GTAA----TG---GACTTAT----------G-T
gi|12 : TATCCAAGAATATAA-AG-----A-----GTAATGG------ACTTATGTTTCAGACTAGACttcagactagacggacttatgt
gi|13 : aaatagtcgttgaaaaataacaatataattattttataatagatagcgagtA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------ATA------TCCATGAATA-TC-AA-GA---GTAA----TG---GACTGAT----------G-TTTCA------GA-CTAGACATACAATTTCATGGggacttatgt
gi|14 : AA-TTGTCTGTGAA----AATGATA----TA----TTTT---GTATTTGGCAGCA----------A------TCCATGAAAATT--AA-GA---CTAATGGACT---GACGTTT----------
gi|14 : ATCCATGAAAATTA-AG-----ACTAATG-----G------ACTGACGTTTCAGAATAGTCATGAAATTCCA---TGG---T------GGTcagaatagtcatgaaattccatggtggt
gi|15 : aattgtctgtgaaaatgatatattttgtatttggcagcaCTGTGAAAAATAACAATA----AAA---TGTT---ATAATAGGTGGCGAT------GTA------TTCATGAATA-TC-AA-GA---GTAA
gi|15 : ATGTATTCATGAATATCA-AG-----A-----GTAATGG------ACTGATGTTTCAGTCTAGATATGCAATTTTA---TGtggactgatgtttcagtctagatatgcaattttatg
gi|16 : ctgtgaaaaataacaataaaatgttataataggtggcgCAAA-TGGTC-GTTGAAAATAACAATA----TAATTATGTT---ATAATAGGTTACGAT------GTA------TCCATGAATA-TA-AA-GA---GTAA----TG---GACC
gi|16 : cATGTATCCATGAATATAA-AG-----AGTAATG-----G------ACCGATGTTTCAGACTAgatgtttcagacta
gi|17 : ccaaatggtcgttgaaaataacaatataattatgttataataggttacgTCAATCAACTTGTAAATGTGACCTTGAACTTCGACCTATTGG-TAGTTTTCTCGTTCTTGCAAACGTCACATTTTCGTCACGTCATG-T---TCAAC
gi|18 : TGTATCCATGAATATTG-AG-----A-----GTAAT-GC-----ACTGACATTTCAGACTAGACAATTAATATCA---TG-------------TTT-TTTTA---CA--TTA----AA-----A-----------------TG----TGA--CCTTGA-----------------CC-----------------TTc
gi|19 : A----TA----TTTT---ATAATAGGTAGTGAT------TTAAATGTTTCCATGAATA-TC-AA-GA---ATAA----TT---GAC
gi|19 : agattgatagtaaaactcAGTGATTT--AAATGTTTCCATGAATATCA-AG-----A-----ATAATTG------ACTGACGTTTtgacgttt
gi|2 : agattgatagtaaaactcatattttataataggt-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGAT------GCA------TATATGAATA-TC-AA-AG---GTAA
gi|2 : ATGCATATATGAATATCA-A------A-----G-----GTAATGTACTAATGTTTCAGACAAGACATGCAATTCCA---T-------------GTTTATTTTA---CA--TTA----AA-----G-----------------CA----TGA--CCTTGA-----------------CCTTTGTGTAACCTTGATTTTGACAT-CTGAT-GTAATG-GTCTGGGTA---TTTCAACATT---TAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCATTTG------TG--TCAAGCTAAAATTG-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACAGATCtgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgGACATCTGATGTAA---TGGTCTG------GGTAT-TTCAA---CA--TTT----AA-----G-----------------TGCAGGTGAAACATT-A-----------------TC-----------------ATGACATGCTGATCATT-TGTGTCAAGCTAAAATTGTAA-AATCCCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT-----TGTTGATCAATTGATAAATTGAACGAAGTG---TTTT-TGAAATCTAT----CCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATACATACTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTATGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTG-AGCAAAGTT-----AAA--------------GACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT----TGTTGATCAATTGA--TAAATTGAACGAAGTGTTTTTGAAATCTATCCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATA-CATA--CTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTA----TGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTGAGCAAAGTTAAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTGA------GGAAAG-GTTCTGGGTC-TT-ACATGCGACA-CTTAATTATGTCATGTTT-ATCAACTGAGCCTAGTGTTTTGAAAATATATCCATaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|20 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccGTCATGTTATGTTGATCATTTGTAGC-AAGTTTTAACAAA--------ATACACGACAAAGTTACAGGCCGGACAAGAAATTCCGGACGag
gi|21 : ATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGAAACGAAATCTCACACAAACTCAAAGTGTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAg
gi|23 : tACATATTGATAACTTGTGCCAATTTATTGTAAAA-TCCCTCCATGTAATAC-AAGTTATAGA
gi|24 : CAAA-TGGTCGTTGAAAAATAACAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGTAGCGA
gi|25 : cCAAACTGGTCGTTGAAAAATAATAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGT
gi|26 : ccAAA-TGGTCTGT-AAAAACAACAAGA----TA----TTTC---ATAATAGGTAGGGAT------
gi|27 : AA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------tt
gi|28 : tTCCTTAACTATCA-AG-----A-----GTCATGG------ATTGATGTTTCAGACTAGACA
gi|3 : AA-TGGTCTGTGAAAA-TAATGGTA----TT----TGTT---AAAAGAAGTAACGATTTAAATGTA------TTTATGCATA-T--A--GACACGCAAT---TTCATGATTTTTTTACATTAAAG-TGTGACCTT--GACCTTGACATCTGATGTAAAGGTCTGAGTATTTCTACAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGACATGTTGATCACTCTTGCAAAGCTATTTTAAAA-TACATACATGTAAGACAAAGTT----ACCATGAAA-----TATCTCACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTT-TTAGGTAAGGTTCTGGGTCTTACA
gi|4 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATA-TC-AA-GA---GTAA----TG---GAC---T----------G--ATA--TTTCAGA-CTAGACATGCAATTTAATGG---GGTTTTTTTTACA-TTAAA-GCA
gi|4 : ATGTATCCATGAATATCA-AG-----A-----GTAATGG------ACTGATATTTCAGACTAGACATGCAATTTAA---TGG---G------GTTTT-TTTTA---CA--TTA----AA-----GCATGACCTAAACCTTTGTG----TAA--CCTTGA-----------------CC-----------------TTGACAT-CTGAT-GTTATG-GTTTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATTCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTAtgacctaaacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgttatggtttgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacattctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaagtta
gi|5 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgA-TGGTCTATGAAAAATAAAAATA----TA----TGAT---ATAATAGGAAGCAAT------GTA------TCCATGAATA-TC-AA-GA---GTAA----TG---GACTTAT----------G-TTTCA------GA-CTAGACATGCAATagtta
gi|5 : AATGTATCCATGAATATCA-AG-----A-----GTAATGG------ACTTATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---T------------TTTTT-TTTTA---TA--TTA----AA-----G-----------------CA----TGA--CCTTGACCTTTGTGTAACCTTCACC-----------------TTGACAT-CTGAT-ATAATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-TTGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTC-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACttcattttttttttatattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcAA-TAGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGCT---ATAATAGGTTGTGAT------GTA------TCCATGAATA-TCAAA-GA---GTAA----TG---GAC---T----------GATGT---TTC--GGACTAAACATGCAATTTAATGG---GGGGGTTT-TACA-TTAAA
gi|6 : gATGTATCCATGAATATCA-AA-----G-----A-----GTAATGGACTGATGTTTCGGACTAAACATGCAATTTAA---TGG---G------GGGGT-TTT-A---CA--TTA----AA-----GAATGACCTTGACCTTTGTG----TAA--CCTTGA-----------------CC-----------------TTGACAT-CTGAT-GTAATG-GT------A---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTAgaatgaccttgacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|7 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtg-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TAAT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAGCA-T--CA-GA---GTAA----TG---GACTGAT----------G-TTTCA------GA-CTAGATATGCAATTTCATGG---GGGT-TTTTTAAAGaa
gi|7 : ATGTATCCATGAGCATCAGAGT----A-----ATG---G------ACTGATGTTTCAGACTAGATATGCAATTTCA---TGG---G------GGTTT-TTTAAAG-CA--TGACTTTGACCTTTG-----------------TT----TAA--CCTTGA-----------------CC-----------------TTGACAT-CTGAT-GT-----------------TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTAAAACATCATTAATAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TAATGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATATAAGACAAAcatgactttgacctttgtttaaccttgaccttgacatctgatgttttcaacagttaaatgcaggtaaaacatcattaatacatgctgatcacttgtgtaatgctattttaaaatccctaaatataagacaaa
gi|8 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgAGATGTATT----AATATTA-AA-----A-----GTGATGG------ACTGATGTTTCAGTCTAGACACACAATTTCA---TGT---GTTTTTTTGTTT-TTTTA---CA--TTA----AA-----G-----------------TG----TGA--CTTTGA-----------------CC-----------------TT
gi|9 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggactt-TGGTCTGTGAAAA-TAACAATA----TA----TTTT---ATAATAGGTAGCAAT------GTA------TCCATGAATA-T--CATGA---GCCA----TT---GACtg
gi|9 : TAGCAATGTATCCATGAATATCA-TG-----A-----GCCATTG------ACTGAGGCTTCAGACAAGACACACAATTTCA---TG-------------TTA-TTTTA---CA--TTA----AA-----G-----------------TG----TGA--CCTTGA-----------------CC-----------------tgaggcttcagacaagacacacaatttcatgttattttacattaaagtgtgaccttgaccgttta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTCAGTCCCCAAGTGGTCATTGAAATAATAACATATATCAAAGAAAAGAATGATCCTTGACCTTTGT
Unaligned ( gi|29 ): ACAAAATGATACACACAAACACAGAAACAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111111 5555 444444444444 1 22 1 11 1 11 444444 333 11 333333333 11 2222 3333 3333333333333 555555555555555555555 66666666 333333 1 1 1111 1 2222 11 3333333333333 111 00000000000000000000000 11 1111 111 111111 1111 111111 444444444444 2222 1 6666666666666666666666
lowQualScore : 2 3 8888 0000 0 333 22 7777777 777777 2 444 33 5555 6666666 5555 3 1 8888 2 2 7 111111111111 3 11 0 77 0 3 1 1 7 11 222222 22 111 1 88 999999999 1 22 88 3333 7777 1 1 22 1 1 9999999999999 333333333333333333333 1 1 00000000 1 1 1 1 1 1 0 888888 3 3 6666 0 3 0 0 5555 66 22 1 3 0 5 555 1111111111111 3 1 111 55 7777 88888888888888888888888 7777 55 5 5 00 5 44 0 1111 0 000 5 444444 66 0 888 5 0000 333333 1 66 0 666666666666 3333 1 1 1 7 3 2222222222222222222222
lowQualScore : . . .... .... . ... .. ....... ...... . ... .. .... ....... .... . . .... . . . ............ . .. . .. . . . . . .. ...... .. ... . .. ......... . .. .. .... .... . . .. . . ............. ..................... . . ........ . . . . . . . ...... . . .... . . . . .... .. .. . . . . ... ............. . . ... .. .... ....................... .... .. . . .. . .. . .... . ... . ...... .. . ... . .... ...... . .. . ............ .... . . . . . ......................
lowQualScore : 4 9 5555 5555 8 555 99 8888888 222222 5 444 44 3333 3333333 3333 4 0 5555 7 7 8 999999999999 8 66 6 55 7 3 0 0 3 00 000000 00 555 0 00 000000000 0 00 00 5555 0000 0 0 00 0 0 5555555555555 555555555555555555555 0 0 55555555 0 0 0 0 0 0 7 333333 3 3 0000 7 3 7 7 0000 00 00 0 3 3 6 888 5555555555555 6 5 444 00 7777 33333333333333333333333 7777 00 7 7 11 7 66 7 4444 7 000 0 444444 99 2 888 0 6666 333333 0 88 2 000000000000 0000 0 0 0 3 3 7777777777777777777777
consensus : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGA--T------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TG----GACTG------AT----GTTTCA----GAC-TA-GACATGCAATTTCATG-G--T-TGGGTATTTTTACA-TTAAATGCAGGTGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGNAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACACGCAATTTCA---TGG---G------GGTTT-TTTTA---CA--TTA----AA-----G---G-CC----CC---GTG----TGA--CCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTNATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGCATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTNTGGGTCTTNCTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
Reference ( family-591 ) : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGA--T------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TG----GACTT------AT----GTNTNAC-TTGAC-TA-GACATGCAATTTAATG-G--TCTGGGTATTTCTACAGNTAAATGCAGGTGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGNAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACACGCAATTTCA---TGG---G------GGTTT-TTTTA---CA--TTA----AA-----G-----------------TG----TGA--CCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTNATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGCATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTNTGGGTCTTNCTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|1 : CAAA-TGGTCTGTGAAAA-TAACGATA----AA----TTTT---ATAATAGGTAGCGA--T------GTA------TCAATGAATA---AAGT---GTGACCTT----GACCT------CT----GTGTAACCTTGAC-CATGACATATA-TGTAAAG-C--TCTGGGTATTTCTTTAGGTAAATACAGGTGACACATCATCATGACATGTTGGTCACTTGTATCAAGCTATTTTAAAAATTCCTCCATGTAAAACAAAGTTACAGACCA-GAAAGGAAATATCAAACAAACTGAAAGTGTAACCTTGACCTCG-GAGGTAGGGTTCTGGGTATTA--AC---------GCAACACTTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAA--AATTGAGCCAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGTAAGATAAAGTTACAGATTGGACTTGAAATCTCAAACAAACTCAAAGTGTTGTT-GAACA-AACTC-AAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGG-CTGGGTATTAC---ATGC-GACACATCGTCATTTCATCATGATCAATTGAGCCAAGTTTAAGACAAAGTTACAGACCAGACACAAAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTAA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGTGACA-CTTCATCATGTCATG-TTGATCAACT-CGCAAAGTGTTTTTGAAATTTATCCAT--------A-G-GC----GAC-AATGTTACAGACTGGACACGAAATCTCAGACTGA---A------AGTGT-TGTCAAACCAAGTTA----AA-----T-----------------TA----TGA--ATTTG-CCT-----T-TTGAA-GTGGGA-GTCTGGGT------------GT---TA----CACGTGAGACATCGTCATGTT-ATGTTGATCATTTG------TA--GCAGG-T---ATTTATAAAATCCAT----CTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGTACACAAAATCTCACACAGACTCCAAGTATTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTGTGGGTCTTACTCGCAACATGTTATCATTTTATGCTGATCATTTGTAGCAA-GTTTGAACAAAATCCATCTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|10 : tAATAATAACAATT----TA----TTTTTTGATGATAGGTAGCAA--T--------A------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--AG----GACTG------AT----GT-TCAT----AT-TA-GACA-GCAATTTCATG------TG-----TTTTACATTTAAGTtaaggatggacgttcctatgaatgggtatttaagtc
gi|10 : TATCCATGAATATCAA-GAGTAAAGGACTGATG-TTCATATTAGACA-GCAATTTCA---TGT---G------------TTTTA---CA--TTT----AA-----GT----------------TG----TGA--CCTTGtgtgaccttg
gi|11 : aataataacaatttattttttgatgataggtagcaaTGCACGCGACATATTGTC-CGATTATGATGAGCATTTT------TG--ATATGTT---ATTT-CAAAATCCCTGTACAAATGCAT----AAGTTAAAACCCGGACA--AAATCACGCACACAC
gi|12 : gtccAAA-TAGTCGTTGAAAAATAACAATA----TAATTATTTT---ATAATAGATAGCGA--G------TTA------TCCAAGAATATA-AAGA---GTAA--TG----GACTT------AT----GTTTCA----GAC-TA-GAC
gi|13 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGA--T------ATA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TG----GACTG------AT----GTTTCA----GAC-TA-GACATACAATTTCATG-G--ggacttatgt
gi|14 : AA-TTGTCTGTGAAAA----TGATA----TA----TTTT---GTATTTGGCAGCAA--T----------------CCATGAAAATT-AAGA---CTAA--TG----GACTG------AC----GTTTCA----GAA-TA-GTCATGAAATTCCATG-G--T
gi|14 : ATCCATGAAAATTAA-GACTAATGGACTGACGTTTCAGAATAGTCATGAAATTCCA---TGG---T------GGTggt
gi|15 : aattgtctgtgaaaatgatatattttgtatttggcagcaCTGTGAAAAATAACAATA----AAA---TGTT---ATAATAGGTGGCGA--T------GTA------TTCATGAATATC-AAGA---GTAA--TG----GACTG------AT----GTTTCAG-T---C-TA-GATATGCAATTTTATG-
gi|16 : CAAA-TGGTC-GTTGAAAATAACAATA----TAATTATGTT---ATAATAGGTTACGA--T------GTA------TCCATGAATATA-AAGA---GTAA--TG----GACCG------AT----GTTTCA----GAC-TA-
gi|17 : cTCAATCAACTTGTAAATGTGACCTTGAACTTCGACCTATTGG-TAGTTTTCTCGTTCTTGCAAACGTCACATTTTCGTCACGTCATG-T---TCAAC
gi|18 : TGTATCCATGAATATTGA-GAGTAATGCACTGACATTTCAGACTAGACAATTAATATCA---T-------------GTTT-TTTTA---CA--TTA----AA-----A-----------------TG----TGA--CCTTGACCTTc
gi|19 : A----TA----TTTT---ATAATAGGTAGTGA--T------TTAAATGTTTCCATGAATATC-AAGA---ATAA--TT----GACTG------AC----GTTT
gi|2 : agattgatagtaaaactc-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGA--T------GCA------TATATGAATATC-AAAG---GTAA--TG----TACTA------AT----GTTTCA----GAC-AA-GACATGCAATTCCATG-T--T-----TATTT-TACA-TTAAA-GCA--TGAC
gi|2 : ATGCATATATGAATATCAA-AGGTAATGTACTAATGTTTCAGACAAGACATGCAATTCCA---TG-------------TTTATTTTA---CA--TTA----AA-----GCATGACCTTGACCTTTGTG----TAA--CCTTGATTTTGACAT-CTGAT-GTAATG-GTCTGGGTA---TTTCAACATT---TAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCATTTG------TG--TCAAGCTAAAATTG-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACAGATCcttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgGACATCTGATGTAA---TGGTCTG------GGTAT-TTCAA---CA--TTT----AA-----G-----------------TGCAGGTGAAACATT-ATCATGACATGCTGATCATT-TGTGTCAAGCTAAAATTGTAA-AATCCCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT-----TGTTGATCAATTGATAAATTGAACGAAGTG---TTTT-TGAAATCTAT----CCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATACATACTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTATGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTG-AGCAAAGTT------AA--------A-----GACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT----TGTTGATCAATTGA--TAAATTGAACGAAGTGTTTTTGAAATCTATCCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATA-CATA--CTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTA----TGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTGAGCAAAGTTAAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTGA------GGAAAG-GTTCTGGGTC-TT-ACATGCGACA-CTTAATTATGTCATGTTT-ATCAACTGAGCCTAGTGTTTTGAAAATATATCCATaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|20 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccGTCATGTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTTTAACAAA--------ATACACGACAAAGTTACAGGCCGGACAAGAAATTCCGGACGag
gi|21 : ATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGAAACGAAATCTCACACAAACTCAAAGTGTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAg
gi|23 : tACATATTGATAACTTGTGCCAATTTATTGTAAAA-TCCCTCCATGTAATAC-AAGTTATAGA
gi|24 : CAAA-TGGTCGTTGAAAAATAACAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGTAGCGA--
gi|25 : cCAAACTGGTCGTTGAAAAATAATAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGT
gi|26 : ccAAA-TGGTCTGT-AAAAACAACAAGA----TA----TTTC---ATAATAGGTAGGGA--T------
gi|27 : AA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGA--T------tt
gi|28 : tTCCTTAACTATCAA-GAGTCATGGATTGATGTTTCAGACTAGACA
gi|3 : AA-TGGTCTGTGAAAA-TAATGGTA----TT----TGTT---AAAAGAAGTAACGA--TTTAAATGTA------TTTATGCATAT---AGACACGCAA--TTTCATGATTTTTTTACATTAAAGTGTGACCTTGACCTT-GACATCTGATGTAAAG-G--TCTGAGTATTTCTACAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGACATGTTGATCACTCTTGCAAAGCTATTTTAAAA-TACATACATGTAAGACAAAGTT----ACCAT-----GAAATATCTCACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTT-TTAGGTAAGGTTCTGGGTCTTACA
gi|4 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGA--T------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TG----GACTG------AT----ATTTCA----GAC-TA-GACATGCAATTTAATG-G-----GGTTTTTTTTACA-TTAAA-GCA--TGAC
gi|4 : ATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATATTTCAGACTAGACATGCAATTTAA---TGG---G------GTTTT-TTTTA---CA--TTA----AA-----GCATGACCTAAACCTTTGTG----TAA--CCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTTATG-GTTTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATTCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTActaaacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgttatggtttgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacattctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaagtta
gi|5 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgA-TGGTCTATGAAAAATAAAAATA----TA----TGAT---ATAATAGGAAGCAA--T------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TG----GACTT------AT----GTTTCA----GAC-TA-GACATGCAATTTCATagtta
gi|5 : AATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTTATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TTT------------TTT-TTTTA---TA--TTA----AA-----GCATGACCTTGACCTTTGTG----TAA--CCTTCACCTTGACAT-CTGAT-ATAATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-TTGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTC-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACtttttttttatattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcAA-TAGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGCT---ATAATAGGTTGTGA--T------GTA------TCCATGAATATCAAAGA---GTAA--TG----GACTG------AT----GTTTCG----GAC-TA-AACATGCAATTTAATG-G-----GGGGGTTT-TACA-TTAAA
gi|6 : gATGTATCCATGAATATCAAAGAGTAATGGACTGATGTTTCGGACTAAACATGCAATTTAA---TGG---G------GGGGT-TTT-A---CA--TTA----AA-----GAATGACCTTGACCTTTGTG----TAA--CCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTAATG-GT------A---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTAgaatgaccttgacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|7 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtg-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TAAT---ATAATAGGTAGCGA--T------GTA------TCCATGAGCATC--AGA---GTAA--TG----GACTG------AT----GTTTCA----GAC-TA-GATATGCAATTTCATG-G-----GGGT-TTTTTAAAGaa
gi|7 : ATGTATCCATGAGCATCA--GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGATATGCAATTTCA---TGG---G------GGTTT-TTTAAAG-CA--TGACTTTGACCTTTG-----------------TT----TAA--CCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GT-----------------TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTAAAACATCATTAATAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TAATGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATATAAGACAAAcatgactttgacctttgtttaaccttgaccttgacatctgatgttttcaacagttaaatgcaggtaaaacatcattaatacatgctgatcacttgtgtaatgctattttaaaatccctaaatataagacaaa
gi|8 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgA-TGATCTGTTAAAA-TAACGATA----CA----TTTT---ATAATAAGTAGGGACTT------AGA------TGTATTAATATT-AAAA---GTGA--TG----GACTG------AT----GTTTCAG-T---C-TA-GACACACAATTTCATGTGTTTTTTTGTTTTTTTACA-TTAAA
gi|8 : AGATGTATT----AATATTAA-AAGTGATGGACTGATGTTTCAGTCTAGACACACAATTTCA---TGT---GTTTTTTTGTTT-TTTTA---CA--TTA----AA-----G-----------------TG----TGA--CTTTGACCTTgtgtgactttgacctttg
gi|9 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggactt-TGGTCTGTGAAAA-TAACAATA----TA----TTTT---ATAATAGGTAGCAA--T------GTA------TCCATGAATATC-ATGA---GCCA--TT----GACTG------AG----GCTTCA----GAC-AA-GACACACAATTTCAT--G--T-----TATTT-TACA-TTAAAtg
gi|9 : TAGCAATGTATCCATGAATATCAT-GAGCCATTGACTGAGGCTTCAGACAAGACACACAATTTCA---T-------------GTTA-TTTTA---CA--TTA----AA-----G-----------------TG----TGA--CCTTGACCgtgtgaccttgaccgttta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTCAGTCCCCAAGTGGTCATTGAAATAATAACATATATCAAAGAAAAGAATGATCCTTGACCTTTGT
Unaligned ( gi|29 ): ACAAAATGATACACACAAACACAGAAACAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 111111 222222222222222 55555555555555 2 22 1 11 444444 333 11 333333333 11 2222 3333 3333333333333 555555555555555555555 66666666 333333333 333333 1 1 1111 1 2222 11 2222222 111 3333333333333333333333333 111111 11 1 6666666666666666666666
lowQualScore : 2 3 8888 0000 0 333 8888888 000000 2 444 33 444 000000000000000 2 2 00000000000000 55 4 0 55 0 3 1 1 7 11 222222 22 111 1 88 999999999 1 22 88 3333 7777 1 1 22 1 1 9999999999999 333333333333333333333 1 1 00000000 1 1 1 1 1 11 333333333 66 2 0 888888 3 3 6666 0 3 0 0 5555 66 22 1 5 0 3 777 4444444 4 3 333 66 9999999999999999999999999 0 5 5 88888 11 8888 888 0 4 222222 66 0 777 4 9999 88888 44 6 3 9 33 3 0 3 6 2 44 1 1 1 7 3 2222222222222222222222
lowQualScore : . . .... .... . ... ....... ...... . ... .. ... ............... . . .............. .. . . .. . . . . . .. ...... .. ... . .. ......... . .. .. .... .... . . .. . . ............. ..................... . . ........ . . . . . .. ......... .. . . ...... . . .... . . . . .... .. .. . . . . ... ....... . . ... .. ......................... . . . ..... .. .... ... . . ...... .. . ... . .... ..... .. . . . .. . . . . . .. . . . . . ......................
lowQualScore : 4 9 5555 5555 8 555 3333333 000000 4 111 22 111 999999999999999 5 5 99999999999999 55 4 4 00 7 3 0 0 3 00 000000 00 555 0 00 000000000 0 00 00 5555 0000 0 0 00 0 0 5555555555555 555555555555555555555 0 0 55555555 0 0 0 0 0 77 555555555 22 5 7 333333 3 3 0000 7 3 7 7 0000 00 00 0 7 1 4 888 9999999 4 9 999 11 7777777777777777777777777 7 0 0 22222 66 9999 888 7 4 888888 11 1 888 4 4444 22222 33 4 2 2 88 5 2 2 5 5 00 0 0 0 3 3 7777777777777777777777
consensus : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTCATG-G---T-TGGGT-TTT--TTACAT-TAAATGCAGGTGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TGG---GGGTTT-TTTTA---CA--TTAAA----G----A----CCT-GACCTTTGTGTAACCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTAATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATCATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTNAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTA-GGGTCTGGGTCTTACTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
Reference ( family-591 ) : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTCATG-G---T-TGGGTATTT--TTACAT-TAAATGCAGGTGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGNAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACACGCAATTTCA---TGG---GGGTTT-TTTTA---CA--TTAAA----G----G----CC----CC---GTGTGACCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTNATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGCATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTNTGGGTCTTNCTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|1 : CAAA-TGGTCTGTGAAAA-TAACGATA----AA----TTTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCAATGAATA---AAGT---GTGACCTTGACCTCTGTGT---AACCTT-----------GAC-CATGACATATA-TGTAAAG-C---TCTGGGTATTTCTTTAGGT--AAATACAGGTGACACATCATCATGACATGTTGGTCACTTGTATCAAGCTATTTTAAAAATTCCTCCATGTAAAACAAAGTTACAGACCA-GAAAGGAAATATCAAACAAACTGAAAGTGTAACCTTGACCTCG-GAGGTAGGGTTCTGGGTATTA--AC---------GCAACACTTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAA--AATTGAGCCAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGTAAGATAAAGTTACAGATTGGACTTGAAATCTCAAACAAACTCAAAGTGTTGTT-GAACA-AACTC-AAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGG-CTGGGTATTAC---ATGC-GACACATCGTCATTTCATCATGATCAATTGAGCCAAGTTTAAGACAAAGTTACAGACCAGACACAAAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTAA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGTGACA-CTTCATCATGTCATG-TTGATCAACT-CGCAAAGTGTTTTTGAAATTTATCCAT--------A-G-GC----GAC-AATGTTACAGACTGGACACGAAATCTCAGACTGA---AAGTGT-TGTCAAACCAAGTTAAA-------------------------TTATGAATTTG-CCT-----T-TTGAA-GTGGGA-GTCTGGGT------------GT---TA----CACGTGAGACATCGTCATGTT-ATGTTGATCATTTG------TA--GCAGG-T---ATTTATAAAATCCAT----CTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGTACACAAAATCTCACACAGACTCCAAGTATTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGGTGTGGGTCTTACTCGCAACATGTTATCATTTTATGCTGATCATTTGTAGCAA-GTTTGAACAAAATCCATCTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|10 : tAATAATAACAATT----TA----TTTTTTGATGATAGGTAGCAAT--------A------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--AGGACTGATG-TT---CA---------------TAT-TA-GACA-GCAATTTCATG-------TG-----TT--TTACAT-TTAAtaaggatggacgttcctatgaatgggtatttaagtc
gi|11 : TGCACGCGACATATTGTC-CGATTATGATGAGCATTTT------TG--ATATGTT---ATTT-CAAAATCCCTGTACAAATGCAT----AAGTTAAAACCCGGACA--AAATCACGCACACACgttgtgaccttg
gi|12 : gtccAAA-TAGTCGTTGAAAAATAACAATA----TAATTATTTT---ATAATAGATAGCGAG------TTA------TCCAAGAATATA-AAGA---GTAA--TGGACTTATGTTT---CA---------------GAC-TA-GAC
gi|13 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------ATA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATACAATTTCATG-G---ggacttatgt
gi|14 : AA-TTGTCTGTGAAAA----TGATA----TA----TTTT---GTATTTGGCAGCAAT----------------CCATGAAAATT-AAGA---CTAA--TGGACTGACGTTT---CA---------------GAA-TA-GTCATGAAATTCCATG-G---T-
gi|15 : CTGTGAAAAATAACAATA----AAA---TGTT---ATAATAGGTGGCGAT------GTA------TTCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GTC-TA-GATATGCAATTTTATG-ggt
gi|16 : CAAA-TGGTC-GTTGAAAATAACAATA----TAATTATGTT---ATAATAGGTTACGAT------GTA------TCCATGAATATA-AAGA---GTAA--TGGACCGATGTTT---CA---------------GAC-TA-
gi|17 : cTCA----A----TCAACTTGTAAATGTGACCTTGAACTTCGACCTATTGG-TAGTTTTCTCGTTCTTGCAAACGTCACATTTTCGTCACGTCATG-T---TCAAC
gi|18 : TGTATCCATGAATATTGA-GAGTAATGCACTGACATTTCAGACTAGACAATTAATATCA---T-------GTTT-TTTTA---CA--TTAAA-------------------------ATGTGACCTTGACCTTc
gi|19 : A----TA----TTTT---ATAATAGGTAGTGAT------TTAAATGTTTCCATGAATATC-AAGA---ATAA--TTGACTGACGTTT---
gi|2 : agattgatagtaaaactc-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGAT------GCA------TATATGAATATC-AAAG---GTAA--TGTACTAATGTTT---CA---------------GAC-AA-GACATGCAATTCCATG-T---T-TA-----TT--TTACAT-TAAA-GCA--TGAC
gi|2 : ATGCATATATGAATATCAA-AGGTAATGTACTAATGTTTCAGACAAGACATGCAATTCCA---TG-------TTTATTTTA---CA--TTAAA----GCATGA----CCTTGACCTTTGTGTAACCTTGATTTTGACAT-CTGAT-GTAATG-GTCTGGGTA---TTTCAACATT---TAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCATTTG------TG--TCAAGCTAAAATTG-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACAGATCcttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgGACATCTGATGTAA---TGGTCTGGGTAT-TTCAA---CA--TTTAA----G----T----GC----AG---GTGAAACATT-ATCATGACATGCTGATCATT-TGTGTCAAGCTAAAATTGTAA-AATCCCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT-----TGTTGATCAATTGATAAATTGAACGAAGTG---TTTT-TGAAATCTAT----CCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATACATACTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTATGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTG-AGCAAAGTT------AA--------A-----GACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT----TGTTGATCAATTGA--TAAATTGAACGAAGTGTTTTTGAAATCTATCCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATA-CATA--CTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTA----TGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTGAGCAAAGTTAAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTGA------GGAAAG-GTTCTGGGTC-TT-ACATGCGACA-CTTAATTATGTCATGTTT-ATCAACTGAGCCTAGTGTTTTGAAAATATATCCATaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|20 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccGTCATGTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTTTAACAAA--------ATACACGACAAAGTTACAGGCCGGACAAGAAATTCCGGACGag
gi|21 : ATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGAAACGAAATCTCACACAAACTCAAAGTGTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAg
gi|23 : tACATATTGATAACTTGTGCCAATTTATTGTAAAA-TCCCTCCATGTAATAC-AAGTTATAGA
gi|24 : CAAA-TGGTCGTTGAAAAATAACAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGTAGCGA
gi|25 : cCAAACTGGTCGTTGAAAAATAATAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGT
gi|26 : ccAAA-TGGTCTGT-AAAAACAACAAGA----TA----TTTC---ATAATAGGTAGGGAT------
gi|27 : AA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------tt
gi|28 : t------TCCTTAACTATC-AAGA---GTCA--TGGATTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACA
gi|3 : AA-TGGTCTGTGAAAA-TAATGGTA----TT----TGTT---AAAAGAAGTAACGATTTAAATGTA------TTTATGCATAT---AGACACGCAA--TTTCATGATTTTTTTACATTAAAGTGTGACCTTGACCTT-GACATCTGATGTAAAG-G---TCTGAGTATTT--CTACAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGACATGTTGATCACTCTTGCAAAGCTATTTTAAAA-TACATACATGTAAGACAAAGTT----ACCAT-----GAAATATCTCACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTT-TTAGGTAAGGTTCTGGGTCTTACA
gi|3 : TAGACACGCAATTTCA---TGA------TTT-TTTTA---CA--TTAAA----G---------------------TGTGACCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTAAAG-GTCTGAGTA---TTTCTACAGG---TAAATGCAGGTAACACATCATTATGAC-ATGTTGATCACTCT------TG--CAAAGCT---ATTT-TAAAATACAT----ACATGTAAGACAAAGTTAC--------CATGAAATAT--------CTC-------------ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTTAGGTAAGGTTCTGGGTCTTAC
gi|4 : aatggtctgtgaaaataatggtatttgttaaaagaagtaacgatttaaatgtatttatgcataA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATATTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTAATG-G------GGTTTTTT--TTACAT-TAAA-GCA--TGACa
gi|4 : ATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATATTTCAGACTAGACATGCAATTTAA---TGG---GGTTTT-TTTTA---CA--TTAAA----GCATGA----CCTAAACCTTTGTGTAACCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTTATG-GTTTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATTCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTActaaacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgttatggtttgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacattctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaagtta
gi|5 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgA-TGGTCTATGAAAAATAAAAATA----TA----TGAT---ATAATAGGAAGCAAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTTATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTCAT------T-T---TTTTT--TTATAT-TAAA-GCA--TGACagtta
gi|5 : AATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTTATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TTT------TTT-TTTTA---TA--TTAAA----GCATGA----CCTTGACCTTTGTGTAACCTTCACCTTGACAT-CTGAT-ATAATG-GTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-TTGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTC-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACcttgacctttgtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcAA-TAGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGCT---ATAATAGGTTGTGAT------GTA------TCCATGAATATCAAAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CG---------------GAC-TA-AACATGCAATTTAATG-G---G-GGGG---TT--TTACAT-TAAA
gi|6 : gATGTATCCATGAATATCAAAGAGTAATGGACTGATGTTTCGGACTAAACATGCAATTTAA---TGG---GGGGGT-TTT-A---CA--TTAAA----G----AATGACCTTGACCTTTGTGTAACCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GTAATG-GT------A---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTAgaatgaccttgacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|7 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtg-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TAAT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAGCATC--AGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GATATGCAATTTCATG-G------GGGT-TTT--TTAaa
gi|7 : ATGTATCCATGAGCATCA--GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGATATGCAATTTCA---TGG---GGGTTT-TTTAAAG-CA--T--GACTTTG----A----CC----TTT--GTTTAACCTTGACCTTGACAT-CTGAT-GT-----------------TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTAAAACATCATTAATAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TAATGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATATAAGACAAAaagcatgactttgacctttgtttaaccttgaccttgacatctgatgttttcaacagttaaatgcaggtaaaacatcattaatacatgctgatcacttgtgtaatgctattttaaaatccctaaatataagacaaa
gi|8 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgA-TGATCTGTTAAAA-TAACGATA----CA----TTTT---ATAATAAGTAGGGAC------TTAGA----TGTATTAATATT-AAAA---GTGA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GTC-TA-GACACACAATTTCATGTGTTTT-TTTGTTTTT--TTACAT-TAAA
gi|8 : TTAAAGTGTGACTTTGACCTTTGgtgtgactttgacctttg
gi|9 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttaca-TGGTCTGTGAAAA-TAACAATA----TA----TTTT---ATAATAGGTAGCAAT------GTA------TCCATGAATATC-ATGA---GCCA--TTGACTGAGGCTT---CA---------------GAC-AA-GACACACAATTTCAT--G---T-TA-----TT--TTACAT-TAAA
gi|9 : CAGACAAGACACACAATTTCATGTTATTTTACA--TT-AAAGTGTGACCTTGACCgtgtgaccttgaccgttta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTCAGTCCCCAAGTGGTCATTGAAATAATAACATATATCAAAGAAAAGAATGATCCTTGACCTTTGT
Unaligned ( gi|29 ): ACAAAATGATACACACAAACACAGAAACAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 222222222222222 5555555555555555555 2 22 1 11 444444 333 11 333333333 11 2222 3333 3333333333333 555555555555555555555 66666666 333333333 333333 1 1 1111 1 2222 11 22222222 66666666666666666666666 11111 111 111111 222222 1 6666666666666666666666
lowQualScore : 2 3 8888 0000 0 333 8888888 000000 2 444 33 444 000000000000000 2 2 4444444444444444444 4 0 55 0 3 1 1 7 11 222222 22 111 1 88 999999999 1 22 88 3333 7777 1 1 22 1 1 9999999999999 333333333333333333333 1 1 00000000 1 1 1 1 1 0 333333333 66 2 0 888888 3 3 6666 0 3 0 0 5555 66 22 1 5 0 777 33333333 4 3 66 44444444444444444444444 5 5 22222 000 11 8888 888 0 4 222222 66 0 777 4 9999 88888 44 6 3 9 33 3 0 1 6 2 666666 1 7 3 2222222222222222222222
lowQualScore : . . .... .... . ... ....... ...... . ... .. ... ............... . . ................... . . .. . . . . . .. ...... .. ... . .. ......... . .. .. .... .... . . .. . . ............. ..................... . . ........ . . . . . . ......... .. . . ...... . . .... . . . . .... .. .. . . . ... ........ . . .. ....................... . . ..... ... .. .... ... . . ...... .. . ... . .... ..... .. . . . .. . . . . . ...... . . . ......................
lowQualScore : 4 9 5555 5555 8 555 3333333 000000 4 111 22 111 999999999999999 5 5 5555555555555555555 4 4 00 7 3 0 0 3 00 000000 00 555 0 00 000000000 0 00 00 5555 0000 0 0 00 0 0 5555555555555 555555555555555555555 0 0 55555555 0 0 0 0 0 7 555555555 22 5 7 333333 3 3 0000 7 3 7 7 0000 00 00 0 7 1 888 22222222 4 9 11 44444444444444444444444 0 0 55555 555 66 9999 888 7 4 888888 11 1 888 4 4444 22222 33 4 2 2 88 5 2 0 5 5 000000 0 3 3 7777777777777777777777
consensus : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTCATG-G----T-TGGG--T---TTTTTACAT-TAAATGCAGGTGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TGG---GGGTTT-TTTTA--CATTAAA----G----A-----CC-T-GA-CCTTTGTGTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTAATGGTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATCATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTNAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTA-GGG-TCTGGGTCTTACTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
Reference ( family-591 ) : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTCATG-G----T-TGGG--T---TTTTTACAT-TAAATGCAGGTGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TGG---GGGTTT-TTTTA--CATTAAA----G----A-----CC-T-GA-CCTTTGTGTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTAATGGTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATCATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTNAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTA-GGG-TCTGGGTCTTACTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|1 : CAAA-TGGTCTGTGAAAA-TAACGATA----AA----TTTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCAATGAATA---AAGT---GTGACCTTGACCTCTGTGT---AACCTT-----------GAC-CATGACATATA-TGTAAAG-C----TCTGGG--TATTTCTTTAGGT--AAATACAGGTGACACATCATCATGACATGTTGGTCACTTGTATCAAGCTATTTTAAAAATTCCTCCATGTAAAACAAAGTTACAGACCA-GAAAGGAAATATCAAACAAACTGAAAGTGTAACCTTGACCTCG-GAGGTAGGGTTCTGGGTATTA--AC---------GCAACACTTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAA--AATTGAGCCAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGTAAGATAAAGTTACAGATTGGACTTGAAATCTCAAACAAACTCAAAGTGTTGTT-GAACA-AACTC-AAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGG-CTGGGTATTAC---ATGC-GACACATCGTCATTTCATCATGATCAATTGAGCCAAGTTTAAGACAAAGTTACAGACCAGACACAAAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTAA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGTGACA-CTTCATCATGTCATG-TTGATCAACT-CGCAAAGTGTTTTTGAAATTTATCCAT--------A-G-GC----GAC-AATGTTACAGACTGGACACGAAATCTCAGACTGA---AAGTGT-TGTCA--AACCAA-----------------------------GT-TAAATTATGAATTTGCCTT-TTGAA-----GTGGGAGTCTGGGT------------GT---TA----CACGTGAGACATCGTCATGTT-ATGTTGATCATTTG------TA--GCAGG-T---ATTTATAAAATCCAT----CTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGTACACAAAATCTCACACAGACTCCAAGTATTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGG-TGTGGGTCTTACTCGCAACATGTTATCATTTTATGCTGATCATTTGTAGCAA-GTTTGAACAAAATCCATCTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|10 : tAATAATAACAATT----TA----TTTTTTGATGATAGGTAGCAAT--------A------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--AGGACTGATG-TT---CA---------------TAT-TA-GACA-GCAATTTCATG--------TG---------TTTTACAT-TTAAtaaggatggacgttcctatgaatgggtatttaagtc
gi|11 : TGCACGCGACATATTGTC-CGATTATGATGAGCATTTT------TG--ATATGTT---ATTT-CAAAATCCCTGTACAAATGCAT----AAGTTAAAACCCGGACA--AAATCACGCACACACgttgtgaccttg
gi|12 : gtccAAA-TAGTCGTTGAAAAATAACAATA----TAATTATTTT---ATAATAGATAGCGAG------TTA------TCCAAGAATATA-AAGA---GTAA--TGGACTTATGTTT---CA---------------GAC-TA-GAC
gi|13 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------ATA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATACAATTTCATG-G----ggacttatgt
gi|14 : AA-TTGTCTGTGAAAA----TGATA----TA----TTTT---GTATTTGGCAGCAAT----------------CCATGAAAATT-AAGA---CTAA--TGGACTGACGTTT---CA---------------GAA-TA-GTCATGAAATTCCATG-G----T-
gi|15 : CTGTGAAAAATAACAATA----AAA---TGTT---ATAATAGGTGGCGAT------GTA------TTCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GTC-TA-GATATGCAATTTTATG-ggt
gi|16 : CAAA-TGGTC-GTTGAAAATAACAATA----TAATTATGTT---ATAATAGGTTACGAT------GTA------TCCATGAATATA-AAGA---GTAA--TGGACCGATGTTT---CA---------------GAC-TA-
gi|17 : cTCA----A----TCAACTTGTAAATGTGACCTTGAACTTCGACCTATTGG-TAGTTTTCTCGTTCTTGCAAACGTCACATTTTCGTCACGTCATG-T---TCAAC
gi|18 : TGTATCCATGAATATTGA-GAGTAATGCACTGACATTTCAGACTAGACAATTAATATCA---T-------GTTT-TTTTA--CATTAAAATGTG----A-----CCTT-GA-CCTTc
gi|19 : A----TA----TTTT---ATAATAGGTAGTGAT------TTAAATGTTTCCATGAATATC-AAGA---ATAA--TTGACTGACGTTT---
gi|2 : agattgatagtaaaactc-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGAT------GCA------TATATGAATATC-AAAG---GTAA--TGTACTAATGTTT---CA---------------GAC-AA-GACATGCAATTCCATG-T----T-TA---------TTTTACAT-TAAA-GCA--TGAC
gi|2 : ATGCATATATGAATATCAA-AGGTAATGTACTAATGTTTCAGACAAGACATGCAATTCCA---TG-------TTTATTTTA--CATTAAA----GCATGA-----CC-TTGA-CCTTTGTGTAACCT-TGATTTTGACAT-CTGAT-----GTAATGGTCTGGGTA---TTTCAACATT---TAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCATTTG------TG--TCAAGCTAAAATTG-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACAGATCcttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgGACATCTGATGTAA---TGGTCTGGGTAT-TTCAA--CATTTAA----G----T-----GC-A-G-------GTGAAACAT-T-ATCATGACATGCTGATCATTTGT----GTCAAGCTAAAATTGTAA-AATCCCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT-----TGTTGATCAATTGATAAATTGAACGAAGTG---TTTT-TGAAATCTAT----CCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATACATACTGAAAGTGTGAC------------AGT----G-TCTAGGTTTTTCTTATGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTG-AGCAAAGTT------AA--------A-----GACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT----TGTTGATCAATTGA--TAAATTGAACGAAGTGTTTTTGAAATCTATCCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATA-CATA--CTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTA----TGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTGAGCAAAGTTAAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTGA------GGAAAG-GTTCTGGGTC-TT-ACATGCGACA-CTTAATTATGTCATGTTT-ATCAACTGAGCCTAGTGTTTTGAAAATATATCCATaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|20 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccGTCATGTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTTTAACAAA--------ATACACGACAAAGTTACAGGCCGGACAAGAAATTCCGGACGag
gi|21 : ATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGAAACGAAATCTCACACAAACTCAAAGTGTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAg
gi|23 : tACATATTGATAACTTGTGCCAATTTATTGTAAAA-TCCCTCCATGTAATAC-AAGTTATAGA
gi|24 : CAAA-TGGTCGTTGAAAAATAACAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGTAGCGA
gi|25 : cCAAACTGGTCGTTGAAAAATAATAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGT
gi|26 : ccAAA-TGGTCTGT-AAAAACAACAAGA----TA----TTTC---ATAATAGGTAGGGAT------
gi|27 : AA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------tt
gi|28 : t------TCCTTAACTATC-AAGA---GTCA--TGGATTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACA
gi|3 : AA-TGGTCTGTGAAAA-TAATGGTA----TT----TGTT---AAAAGAAGTAACGATTTAAATGTA------TTTATGCATAT---AGACACGCAA--TTTCATGATTTTTTTACATTAAAGTGTGACCTTGACCTT-GACATCTGATGTAAAG-G----TCTGAG--TA--TTTCTACAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGACATGTTGATCACTCTTGCAAAGCTATTTTAAAA-TACATACATGTAAGACAAAGTT----ACCAT-----GAAATATCTCACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTT-TTAGGTAAGGTTCTGGGTCTTACA
gi|3 : TAGACACGCAATTTCA---T------GATTT-TTTTA--CATTAAA----------------------------GTGTGACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTAAAGGTCTGAGTA---TTTCTACAGG---TAAATGCAGGTAACACATCATTATGAC-ATGTTGATCACTCT------TG--CAAAGCT---ATTT-TAAAATACAT----ACATGTAAGACAAAGTTAC--------CATGAAATAT--------CTC-------------ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTTAGGTA-AGGTTCTGGGTCTTAC
gi|4 : aatggtctgtgaaaataatggtatttgttaaaagaagtaacgatttaaatgtatttatgcataA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATATTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTAATG---------GGGTTT---TTTTTACAT-TAAA-GCA--TGACa
gi|4 : ATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATATTTCAGACTAGACATGCAATTTAA---TGG---GGTTTT-TTTTA--CATTAAA----GCATGA-----CC-T-AAACCTTTGTGTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTTATGGTTTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATTCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTActaaacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgttatggtttgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacattctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaagtta
gi|5 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgA-TGGTCTATGAAAAATAAAAATA----TA----TGAT---ATAATAGGAAGCAAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTTATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTCAT-------T-T--T--T---TTTTTATAT-TAAA-GCA--TGACagtta
gi|5 : AATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTTATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TTT------TTT-TTTTA--TATTAAA----GCATGA-----CC-TTGA-CCTTTGTGTAACCT-TCACCTTGACAT-CTGAT-----ATAATGGTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-TTGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTC-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACcttgacctttgtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcAA-TAGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGCT---ATAATAGGTTGTGAT------GTA------TCCATGAATATCAAAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CG---------------GAC-TA-AACATGCAATTTAATG-G-------GGG--G---GTTTTACAT-TAAA
gi|6 : gATGTATCCATGAATATCAAAGAGTAATGGACTGATGTTTCGGACTAAACATGCAATTTAA---TGG---GGGGGT-TTT-A--CATTAAA----G----AATGACCT-T-GA-CCTTTGTGTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTAATGGT------A---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTAgaatgaccttgacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|7 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtg-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TAAT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAGCATC--AGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GATATGCAATTTCATG-G-------GGG--T---TTTTTAaa
gi|7 : ATGTATCCATGAGCATCA--GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGATATGCAATTTCA---TGG---GGGTTT-TTTAAAGCAT--------G----A-----CT-TTGA-CCTTTGTTTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GT----------------TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTAAAACATCATTAATAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TAATGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATATAAGACAAAaagcatgactttgacctttgtttaaccttgaccttgacatctgatgttttcaacagttaaatgcaggtaaaacatcattaatacatgctgatcacttgtgtaatgctattttaaaatccctaaatataagacaaa
gi|8 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgA-TGATCTGTTAAAA-TAACGATA----CA----TTTT---ATAATAAGTAGGGAC------TTAGA----TGTATTAATATT-AAAA---GTGA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GTC-TA-GACACACAATTTCATGTGTTTTT-TTGT--T---TTTTTACAT-TAAA
gi|8 : TTAAAGTGTGACTTTGACCTTTGgtgtgactttgacctttg
gi|9 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttaca-TGGTCTGTGAAAA-TAACAATA----TA----TTTT---ATAATAGGTAGCAAT------GTA------TCCATGAATATC-ATGA---GCCA--TTGACTGAGGCTT---CA---------------GAC-AA-GACACACAATTTCAT--G----T-TA---------TTTTACAT-TAAA
gi|9 : CAGACAAGACACACAATTTCATGTTATTTTACA--TT-AAAGTGTGACCTTGACCgtgtgaccttgaccgttta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTCAGTCCCCAAGTGGTCATTGAAATAATAACATATATCAAAGAAAAGAATGATCCTTGACCTTTGT
Unaligned ( gi|29 ): ACAAAATGATACACACAAACACAGAAACAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 222222222222222 5555555555555555555 2 22 1 11 444444 333 11 333333333 11 2222 3333 3333333333333 555555555555555555555 66666666 333333333 333333 1 1 1111 1 2222 11 22222222 66666666666666666666666 11111 111 111111 222222 1 6666666666666666666666
lowQualScore : 2 3 8888 0000 0 333 8888888 000000 2 444 33 444 000000000000000 2 2 4444444444444444444 4 0 55 0 3 1 1 7 11 222222 22 111 1 88 999999999 1 22 88 3333 7777 1 1 22 1 1 9999999999999 333333333333333333333 1 1 00000000 1 1 1 1 1 0 333333333 66 2 0 888888 3 3 6666 0 3 0 0 5555 66 22 1 5 0 777 33333333 4 3 66 44444444444444444444444 5 5 22222 000 11 8888 888 0 4 222222 66 0 777 4 9999 88888 44 6 3 9 33 3 0 1 6 2 666666 1 7 3 2222222222222222222222
lowQualScore : . . .... .... . ... ....... ...... . ... .. ... ............... . . ................... . . .. . . . . . .. ...... .. ... . .. ......... . .. .. .... .... . . .. . . ............. ..................... . . ........ . . . . . . ......... .. . . ...... . . .... . . . . .... .. .. . . . ... ........ . . .. ....................... . . ..... ... .. .... ... . . ...... .. . ... . .... ..... .. . . . .. . . . . . ...... . . . ......................
lowQualScore : 4 9 5555 5555 8 555 3333333 000000 4 111 22 111 999999999999999 5 5 5555555555555555555 4 4 00 7 3 0 0 3 00 000000 00 555 0 00 000000000 0 00 00 5555 0000 0 0 00 0 0 5555555555555 555555555555555555555 0 0 55555555 0 0 0 0 0 7 555555555 22 5 7 333333 3 3 0000 7 3 7 7 0000 00 00 0 7 1 888 22222222 4 9 11 44444444444444444444444 0 0 55555 555 66 9999 888 7 4 888888 11 1 888 4 4444 22222 33 4 2 2 88 5 2 0 5 5 000000 0 3 3 7777777777777777777777
consensus : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTCATG-G----T-TGGG--T---TTTTTACAT-TAAATGCAGGTGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TGG---GGGTTT-TTTTA--CATTAAA----G----A-----CC-T-GA-CCTTTGTGTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTAATGGTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATCATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTNAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTA-GGG-TCTGGGTCTTACTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
Reference ( family-591 ) : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTCATG-G----T-TGGG--T---TTTTTACAT-TAAATGCAGGTGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TGG---GGGTTT-TTTTA--CATTAAA----G----A-----CC-T-GA-CCTTTGTGTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTAATGGTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATCATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTNAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTA-GGG-TCTGGGTCTTACTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|1 : CAAA-TGGTCTGTGAAAA-TAACGATA----AA----TTTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCAATGAATA---AAGT---GTGACCTTGACCTCTGTGT---AACCTT-----------GAC-CATGACATATA-TGTAAAG-C----TCTGGG--TATTTCTTTAGGT--AAATACAGGTGACACATCATCATGACATGTTGGTCACTTGTATCAAGCTATTTTAAAAATTCCTCCATGTAAAACAAAGTTACAGACCA-GAAAGGAAATATCAAACAAACTGAAAGTGTAACCTTGACCTCG-GAGGTAGGGTTCTGGGTATTA--AC---------GCAACACTTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAA--AATTGAGCCAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGTAAGATAAAGTTACAGATTGGACTTGAAATCTCAAACAAACTCAAAGTGTTGTT-GAACA-AACTC-AAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGG-CTGGGTATTAC---ATGC-GACACATCGTCATTTCATCATGATCAATTGAGCCAAGTTTAAGACAAAGTTACAGACCAGACACAAAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTAA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGTGACA-CTTCATCATGTCATG-TTGATCAACT-CGCAAAGTGTTTTTGAAATTTATCCAT--------A-G-GC----GAC-AATGTTACAGACTGGACACGAAATCTCAGACTGA---AAGTGT-TGTCA--AACCAA-----------------------------GT-TAAATTATGAATTTGCCTT-TTGAA-----GTGGGAGTCTGGGT------------GT---TA----CACGTGAGACATCGTCATGTT-ATGTTGATCATTTG------TA--GCAGG-T---ATTTATAAAATCCAT----CTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGTACACAAAATCTCACACAGACTCCAAGTATTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGG-TGTGGGTCTTACTCGCAACATGTTATCATTTTATGCTGATCATTTGTAGCAA-GTTTGAACAAAATCCATCTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|10 : tAATAATAACAATT----TA----TTTTTTGATGATAGGTAGCAAT--------A------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--AGGACTGATG-TT---CA---------------TAT-TA-GACA-GCAATTTCATG--------TG---------TTTTACAT-TTAAtaaggatggacgttcctatgaatgggtatttaagtc
gi|11 : TGCACGCGACATATTGTC-CGATTATGATGAGCATTTT------TG--ATATGTT---ATTT-CAAAATCCCTGTACAAATGCAT----AAGTTAAAACCCGGACA--AAATCACGCACACACgttgtgaccttg
gi|12 : gtccAAA-TAGTCGTTGAAAAATAACAATA----TAATTATTTT---ATAATAGATAGCGAG------TTA------TCCAAGAATATA-AAGA---GTAA--TGGACTTATGTTT---CA---------------GAC-TA-GAC
gi|13 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------ATA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATACAATTTCATG-G----ggacttatgt
gi|14 : AA-TTGTCTGTGAAAA----TGATA----TA----TTTT---GTATTTGGCAGCAAT----------------CCATGAAAATT-AAGA---CTAA--TGGACTGACGTTT---CA---------------GAA-TA-GTCATGAAATTCCATG-G----T-
gi|15 : CTGTGAAAAATAACAATA----AAA---TGTT---ATAATAGGTGGCGAT------GTA------TTCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GTC-TA-GATATGCAATTTTATG-ggt
gi|16 : CAAA-TGGTC-GTTGAAAATAACAATA----TAATTATGTT---ATAATAGGTTACGAT------GTA------TCCATGAATATA-AAGA---GTAA--TGGACCGATGTTT---CA---------------GAC-TA-
gi|17 : cTCA----A----TCAACTTGTAAATGTGACCTTGAACTTCGACCTATTGG-TAGTTTTCTCGTTCTTGCAAACGTCACATTTTCGTCACGTCATG-T---TCAAC
gi|18 : TGTATCCATGAATATTGA-GAGTAATGCACTGACATTTCAGACTAGACAATTAATATCA---T-------GTTT-TTTTA--CATTAAAATGTG----A-----CCTT-GA-CCTTc
gi|19 : A----TA----TTTT---ATAATAGGTAGTGAT------TTAAATGTTTCCATGAATATC-AAGA---ATAA--TTGACTGACGTTT---
gi|2 : agattgatagtaaaactc-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGAT------GCA------TATATGAATATC-AAAG---GTAA--TGTACTAATGTTT---CA---------------GAC-AA-GACATGCAATTCCATG-T----T-TA---------TTTTACAT-TAAA-GCA--TGAC
gi|2 : ATGCATATATGAATATCAA-AGGTAATGTACTAATGTTTCAGACAAGACATGCAATTCCA---TG-------TTTATTTTA--CATTAAA----GCATGA-----CC-TTGA-CCTTTGTGTAACCT-TGATTTTGACAT-CTGAT-----GTAATGGTCTGGGTA---TTTCAACATT---TAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCATTTG------TG--TCAAGCTAAAATTG-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACAGATCcttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgGACATCTGATGTAA---TGGTCTGGGTAT-TTCAA--CATTTAA----G----T-----GC-A-G-------GTGAAACAT-T-ATCATGACATGCTGATCATTTGT----GTCAAGCTAAAATTGTAA-AATCCCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT-----TGTTGATCAATTGATAAATTGAACGAAGTG---TTTT-TGAAATCTAT----CCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATACATACTGAAAGTGTGAC------------AGT----G-TCTAGGTTTTTCTTATGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTG-AGCAAAGTT------AA--------A-----GACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT----TGTTGATCAATTGA--TAAATTGAACGAAGTGTTTTTGAAATCTATCCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATA-CATA--CTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTA----TGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTGAGCAAAGTTAAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTGA------GGAAAG-GTTCTGGGTC-TT-ACATGCGACA-CTTAATTATGTCATGTTT-ATCAACTGAGCCTAGTGTTTTGAAAATATATCCATaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|20 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccGTCATGTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTTTAACAAA--------ATACACGACAAAGTTACAGGCCGGACAAGAAATTCCGGACGag
gi|21 : ATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGAAACGAAATCTCACACAAACTCAAAGTGTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAg
gi|23 : tACATATTGATAACTTGTGCCAATTTATTGTAAAA-TCCCTCCATGTAATAC-AAGTTATAGA
gi|24 : CAAA-TGGTCGTTGAAAAATAACAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGTAGCGA
gi|25 : cCAAACTGGTCGTTGAAAAATAATAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGT
gi|26 : ccAAA-TGGTCTGT-AAAAACAACAAGA----TA----TTTC---ATAATAGGTAGGGAT------
gi|27 : AA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------tt
gi|28 : t------TCCTTAACTATC-AAGA---GTCA--TGGATTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACA
gi|3 : AA-TGGTCTGTGAAAA-TAATGGTA----TT----TGTT---AAAAGAAGTAACGATTTAAATGTA------TTTATGCATAT---AGACACGCAA--TTTCATGATTTTTTTACATTAAAGTGTGACCTTGACCTT-GACATCTGATGTAAAG-G----TCTGAG--TA--TTTCTACAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGACATGTTGATCACTCTTGCAAAGCTATTTTAAAA-TACATACATGTAAGACAAAGTT----ACCAT-----GAAATATCTCACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTT-TTAGGTAAGGTTCTGGGTCTTACA
gi|3 : TAGACACGCAATTTCA---T------GATTT-TTTTA--CATTAAA----------------------------GTGTGACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTAAAGGTCTGAGTA---TTTCTACAGG---TAAATGCAGGTAACACATCATTATGAC-ATGTTGATCACTCT------TG--CAAAGCT---ATTT-TAAAATACAT----ACATGTAAGACAAAGTTAC--------CATGAAATAT--------CTC-------------ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTTAGGTA-AGGTTCTGGGTCTTAC
gi|4 : aatggtctgtgaaaataatggtatttgttaaaagaagtaacgatttaaatgtatttatgcataA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATATTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTAATG---------GGGTTT---TTTTTACAT-TAAA-GCA--TGACa
gi|4 : ATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATATTTCAGACTAGACATGCAATTTAA---TGG---GGTTTT-TTTTA--CATTAAA----GCATGA-----CC-T-AAACCTTTGTGTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTTATGGTTTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATTCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTActaaacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgttatggtttgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacattctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaagtta
gi|5 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgA-TGGTCTATGAAAAATAAAAATA----TA----TGAT---ATAATAGGAAGCAAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTTATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTCAT-------T-T--T--T---TTTTTATAT-TAAA-GCA--TGACagtta
gi|5 : AATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTTATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TTT------TTT-TTTTA--TATTAAA----GCATGA-----CC-TTGA-CCTTTGTGTAACCT-TCACCTTGACAT-CTGAT-----ATAATGGTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-TTGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTC-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACcttgacctttgtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcAA-TAGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGCT---ATAATAGGTTGTGAT------GTA------TCCATGAATATCAAAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CG---------------GAC-TA-AACATGCAATTTAATG-G-------GGG--G---GTTTTACAT-TAAA
gi|6 : gATGTATCCATGAATATCAAAGAGTAATGGACTGATGTTTCGGACTAAACATGCAATTTAA---TGG---GGGGGT-TTT-A--CATTAAA----G----AATGACCT-T-GA-CCTTTGTGTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTAATGGT------A---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTAgaatgaccttgacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|7 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtg-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TAAT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAGCATC--AGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GATATGCAATTTCATG-G-------GGG--T---TTTTTAaa
gi|7 : ATGTATCCATGAGCATCA--GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGATATGCAATTTCA---TGG---GGGTTT-TTTAAAGCAT--------G----A-----CT-TTGA-CCTTTGTTTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GT----------------TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTAAAACATCATTAATAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TAATGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATATAAGACAAAaagcatgactttgacctttgtttaaccttgaccttgacatctgatgttttcaacagttaaatgcaggtaaaacatcattaatacatgctgatcacttgtgtaatgctattttaaaatccctaaatataagacaaa
gi|8 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgA-TGATCTGTTAAAA-TAACGATA----CA----TTTT---ATAATAAGTAGGGAC------TTAGA----TGTATTAATATT-AAAA---GTGA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GTC-TA-GACACACAATTTCATGTGTTTTT-TTGT--T---TTTTTACAT-TAAA
gi|8 : TTAAAGTGTGACTTTGACCTTTGgtgtgactttgacctttg
gi|9 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttaca-TGGTCTGTGAAAA-TAACAATA----TA----TTTT---ATAATAGGTAGCAAT------GTA------TCCATGAATATC-ATGA---GCCA--TTGACTGAGGCTT---CA---------------GAC-AA-GACACACAATTTCAT--G----T-TA---------TTTTACAT-TAAA
gi|9 : CAGACAAGACACACAATTTCATGTTATTTTACA--TT-AAAGTGTGACCTTGACCgtgtgaccttgaccgttta
blockSeqs : C A TAAT ATTA TTG TTAAATG AATGTT A CAC . TTA TTAAAGTGTGACCTT C . TGTTTTTTTGTTT G T GG . C T A AT T TC TT C CA TAAATGTAA T GA . . TA G T TA G A ATACATACTG AGTGT T T TTAT A T A A A TGTTATTTT AC G CCTATT A T TTGC T TTT GA CT G A . GGTCTGGG A T AG ATGTGACCTTGA . G CATTT AAT CT AAAA CCC T ATAAAT AA AAA . GTAC ATGAT CC T C A GA T G C T AAGGT A T A TTAACAAAATACAC
blockSeqs : . A TAAT ATTA . T GA . . . . . . . GTCTGAGTAT . . . . A G . . A AA G . . . TT . T . . GGGGT . T . GCATGACCTTGA . . . AAA CA A . . . . . . . ATGAC AT C G A GT A C T G G G . . AAA
blockSeqs : . A . A . A . . . . . . . . GGGTTTT . . . A . . . . GGGGG . A . GCATGACCTAAA . . . TAT CT A . . . . . . . AAGAC TA T A . . . G . .
blockSeqs : . A . . . G . . . . . . . . GGGGGG . . . . . GGGGG . T . GCATGACCTTGA . . . AAT TT A . . . . . . . AAGAC GC . . T
blockSeqs : . A . . . G . . . . . . . . GGGGTT . . . GA . T . GAATGACCTTGA . . . AAT CT A . . . . . . . AT .
blockSeqs : . A . . . T . . . . . . . . TTTTT . . . TT . T . GACTTTGA . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . G . . . . . . . . TTTA . . G . A . GTGCAG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . G . . . . . . . . GTTA . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . G . . . . . . . . TG
blockSeqs : . A . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** *************** GGNTTT************* ** *** GCATGACCTTGA*********** A***
originalCons : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTCATG-G----T-TGGG--T---TTTTTACAT-TAAATGCAGGTGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TGG---GGGTTT-TTTTA--CATTAAA----G----A-----CC-T-GA-CCTTTGTGTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTAATGGTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATCATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTNAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTA-GGG-TCTGGGTCTTACTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
finalCons : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGAT------GTA------TCCATGAATATC-AAGA---GTAA--TGGACTGATGTTT---CA---------------GAC-TA-GACATGCAATTTCATGGGNTTT-------------TTTTACAT-TAAATGCA--TGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCA----A----ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TGG---GGGTTT-TTTTA--CATTAAAGCATGACCTTGA-----------CCTTTGTGTAACCT-TGACCTTGACAT-CTGAT-----GTAATGGTCTGGGTA---TTTCAACAGT---TAAATGCAGGTGAAACATCATCATGAC-ATGCTGATCACTTG------TG--TCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTNAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTA-GGG-TCTGGGTCTTACTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGCAA-GTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTCAGTCCCCAAGTGGTCATTGAAATAATAACATATATCAAAGAAAAGAATGATCCTTGACCTTTGT
Unaligned ( gi|29 ): ACAAAATGATACACACAAACACAGAAACAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 2222222222222 3 1 1 2 1 4 222 44 7777777777777 11 2222 3333 3333333333333 555555555555555555555 66666666 333333 1 1 1111 1 2222 11 2222 1111 111111 1 2 2 4 77777777
lowQualScore : 2 3 8888 0000 0 333 3 000000 2 33 5555 2 77777 7777777777777 1 1 66 5 4 2 4 2 2 6 2 3 0 1 1 5 0 22 111 2 11 1 5555555555555 1 22 88 3333 7777 1 1 22 1 1 9999999999999 333333333333333333333 1 1 00000000 1 1 1 1 1 2 0 888888 3 3 6666 0 3 0 0 5555 66 22 1 5 0 888 4444 5 5 888 66 4 4 3 1 3 1 5 888 5 0000 444444 0 3 2 66 33 6 5 3 3 1 0 0 2 6 6 6 1 0 22222222 2 4
lowQualScore : . . .... .... . ... . ...... . .. .... . ..... ............. . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. ... . .. . ............. . .. .. .... .... . . .. . . ............. ..................... . . ........ . . . . . . . ...... . . .... . . . . .... .. .. . . . ... .... . . ... .. . . . . . . . ... . .... ...... . . . .. .. . . . . . . . . . . . . . ........ . .
lowQualScore : 4 9 5555 5555 8 555 5 000000 4 22 3333 5 77777 5555555555555 0 8 11 5 0 5 0 0 5 0 5 0 0 0 0 5 0 00 000 5 00 0 0000000000000 0 00 00 5555 0000 0 0 00 0 0 5555555555555 555555555555555555555 0 0 55555555 0 0 0 0 0 5 7 333333 3 3 0000 7 3 7 7 0000 00 00 0 7 1 888 2222 0 1 888 99 7 4 9 6 0 4 0 888 0 6666 777777 8 8 5 88 22 5 3 7 7 0 0 0 5 0 0 0 0 0 55555555 5 0
consensus : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGATGTA------TCCATGAATATC-AAGAGTAA--TGGACTGATGTTTCA----GACTA-GACATGCA-----ATTTCAT-GGG-------N-TTTTTTTACATTAAA-GCG--TGACACNTNACCNTGACATGTTGATNACTTGTGCCAANCTATTNTAAAAATCCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCA-GAAAGGAAATATCNNACAAACTNAAAGTGTGACCTTGACCTCG-GAGGTAGGGTTCTGGGTATTA--ACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGNAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACACGCAATTTCA---TGGGGGTTT-TTTTA---CA--TTAAAGCATGA-CCTTGACCTTTGTGTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATCTCGCACANACTC-AAGTGTTGTCAAACAAANTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAGGTACGGGTTNTGGGTCTTACTCGCAACATGTTGTCATNTTATGCTGATCATTTGTAGCAAGTTTNAACAAAATCCATCTATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACANGAAATNCCGGACG
Reference ( family-591 ) : NCAAA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGATGTA------TCCATGAATATC-AAGAGTAA--TGGACTGATGTTTCA----GACTA-GACATGCA-----ATTTCAT-GGG-------N-TTTTTTTACATTAAATGCA--TGACACATCATCATGACATGTTGATCACTCGTGCCAAGCTATTTTAAAA-TNCCTCCATGTAANACAAAGTTACAGACCATGAAAGGAAATATCNNACAAACTGAAAGTGTGACCTTGACCTCGTNAGGTAGGGTTCTGGGTNTTACAACTAAATGTAAGCNACANNTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAATAAATTGAGCNAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGCANGATAAAGTTACAGNNCGGACNTGAAATCTCAAACAGACTCAAAGTGNTGTCANAACATAACCCGAAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGGTCTGGGTNTTNCTTAATGCTGACACGTCGTCATNTCATCNTGATNAATTGAGCNAAGTTNAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTCGA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGCGACA-CTTCGTCACGTCATG-TT-ATCAACTGNGCNNAGTGTTTTNGAAATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TGGGGGTTT-TTTTA---CA--TTAAAGCATGA-CCTTGACCTTTGTGTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATCATCATGAC-ATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTATGACAAAGTTACAGNCCGGACACGAAATCTCACACAGACTCAAAGTGTTGTCAAACAAACTNAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTA-GGG-TCTGGGTCTTACTCGCGACACGTCGTCATNTTATGTTGATCATTTGTAGCAAGTTT-AACAAA--------ATGCACGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|1 : CAAA-TGGTCTGTGAAAA-TAACGATA----AA----TTTT---ATAATAGGTAGCGATGTA------TCAATGAATA---AAGTGTGACCTTGACCTCTGTGTAACCTTGACCATGACATATATGTAAAGCTC-T-GGG-------TATTTCTTTAGGT-AAATACAGGTGACACATCATCATGACATGTTGGTCACTTGTATCAAGCTATTTTAAAAATTCCTCCATGTAAAACAAAGTTACAGACCA-GAAAGGAAATATCAAACAAACTGAAAGTGTAACCTTGACCTCG-GAGGTAGGGTTCTGGGTATTA--AC---------GCAACACTTCGTCATGTCATGTTGATCAATTGAAA--AATTGAGCCAAGTGTTTTTGAAATCCATCCATGTAAGATAAAGTTACAGATTGGACTTGAAATCTCAAACAAACTCAAAGTGTTGTT-GAACA-AACTC-AAAGTGTGACCTTGGCCTTTGAGGTACAGG-CTGGGTATTAC---ATGC-GACACATCGTCATTTCATCATGATCAATTGAGCCAAGTTTAAGACAAAGTTACAGACCAGACACAAAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTAA------GG-AAG-GTTCTGGGTC-TG-AAACGTGACA-CTTCATCATGTCATG-TTGATCAACT-CGCAAAGTGTTTTTGAAATTTATCCAT--------A-G-GC----GAC-AATGTTACAGACTGGACACGAAATCTCAGACTGAAAGTGT-TGTCAAACCAAGTTAAATTATGA-ATTTG-CCTTT----------------------TGAAGTGGGAGTCTGGGT---------GTTA----CACGTGAGACATCGTCATGTT-ATGTTGATCATTTGTAGCAGG-T---ATTTATAAAATCCAT----CTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGTACACAAAATCTCACACAGACTCCAAGTATTGTCAAACAAACTCAAAGTGTGACCTTGACCTTTGAAGTACGGG-TGTGGGTCTTACTCGCAACATGTTATCATTTTATGCTGATCATTTGTAGCAAGTTTGAACAAAATCCATCTATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGACACGAAATACCGGACG
gi|10 : tAATAATAACAATT----TA----TTTTTTGATGATAGGTAGCAAT--A------TCCATGAATATC-AAGAGTAA--AGGACTGATG-TTCA----TATTA-GACA-GCA-----ATTTCAT-GTG------------TTTTACATTTAAtaaggatggacgttcctatgaatgggtatttaagtc
gi|11 : TGCACGCGACATATTGTC-CGATTATGATGAGCATTTTTGATATGTT---ATTT-CAAAATCCCTGTACAAATGCAT----AAGTTAAAACCCGGACA--AAATCACGCACACACgttgtgaccttg
gi|12 : gtccAAA-TAGTCGTTGAAAAATAACAATA----TAATTATTTT---ATAATAGATAGCGAGTTA------TCCAAGAATATA-AAGAGTAA--TGGACTTATGTTTCA----GACTA-GAC
gi|13 : A-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGATATA------TCCATGAATATC-AAGAGTAA--TGGACTGATGTTTCA----GACTA-GACATACA-----ATTTCAT-GGggacttatgt
gi|14 : AA-TTGTCTGTGAAAA----TGATA----TA----TTTT---GTATTTGGCAGCAAT----------CCATGAAAATT-AAGACTAA--TGGACTGACGTTTCA----GAATA-GTCATGAA-----ATTCCAT-GG
gi|15 : CTGTGAAAAATAACAATA----AAA---TGTT---ATAATAGGTGGCGATGTA------TTCATGAATATC-AAGAGTAA--TGGACTGATGTTTCA----GTCTA-GATATGCA-----ATTTTAT-Gtggt
gi|16 : CAAA-TGGTC-GTTGAAAATAACAATA----TAATTATGTT---ATAATAGGTTACGATGTA------TCCATGAATATA-AAGAGTAA--TGGACCGATGTTTCA----GACTA-
gi|17 : cTCAATCAACTTGTAAATGTGACCTTGAACTTCGACCTATTGG-TAGTTTTCTCGTTCTTGCAAACGTCACATTTTCGTCACGTCATG-T---TCAAC
gi|18 : TGTATCCATGAATATTGA-GAGTAATGCACTGACATTTCAGACTAGACAATTAATATCA---T----GTTT-TTTTA---CA--TTAAAATGTGA-CCTTGACCTTc
gi|19 : A----TA----TTTT---ATAATAGGTAGTGATTTAAATGTTTCCATGAATATC-AAGAATAA--TTGACTGACGTTT
gi|2 : agattgatagtaaaactc-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGATGCA------TATATGAATATC-AAAGGTAA--TGTACTAATGTTTCA----GACAA-GACATGCA-----ATTCCAT---G-------T-TTATTTTACATTAAA-GCA--TGAC
gi|2 : ATGCATATATGAATATCAA-AGGTAATGTACTAATGTTTCAGACAAGACATGCAATTCCA---TG----TTTATTTTA---CA--TTAAAGCATGA-CCTTGACCTTTGTGTAACCTTGATTTTGACATCTGATGTAATGGTCTGGGTATTTCAACATTTAAGTGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCATTTGTGTCAAGCTAAAATTG-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACAGATCcttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccctaaatgtaagttacagatcaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|2 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgCTAAATGTAAGTTACAGATCA--AT----TGTTGATCAATTGA--TAAATTGAACGAAGTGTTTTTGAAATCTATCCATGCATGATAAAGTTATAATACAGACGTGAAATTTCAAACAGATTCAAAGTGATGTCATA-CATA--CTGAAAGTGTGAC------------AGT----GTCTAGGTTTTTCTTA----TGACACGTCGTCATATCATCTTGATAAATTGAGCAAAGTTAAAGACAAAGTCACAGACCAGACACGCAATATCAAACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTGA------GGAAAG-GTTCTGGGTC-TT-ACATGCGACA-CTTAATTATGTCATGTTT-ATCAACTGAGCCTAGTGTTTTGAAAATATATCCATaattgttgatcaattgataaattgaacgaagtgtttttgaaatctatccatgcatgataaagttataatacagacgtgaaatttcaaacagattcaaagtgatgtcatacatactgaaagtgtgacagtgtctaggtttttcttatgacacgtcgtcatatcatcttgataaattgagcaaagttaaagacaaagtcacagaccagacacgcaatatcaaacaaattgaaagtgtgaccttgacctttgaggaaaggttctgggtcttacatgcgacacttaattatgtcatgtttatcaactgagcctagtgttttgaaaatatatccatag
gi|20 : tggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgatgcatatatgaatatcaaaggtaatgtactaatgtttcagacaagacatgcaattccatgtttattttacattaaagcatgaccttgacctttgtgtaaccttgattttgacatctgatgtaatggtctgggtatttcaacatttaagtgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcatttgtgtcaagctaaaattgtaaaatccGTCATGTTATGTTGATCATTTGTAGCAAGTTTTAACAAA--------ATACACGACAAAGTTACAGGCCGGACAAGAAATTCCGGACGag
gi|21 : ATGCATGACAAAGTTACAGGCCGGAAACGAAATCTCACACAAACTCAAAGTGTTGTCAAACAAAGTCAAATTGTGAg
gi|22 : tAAAGAATGATCCTTGACCTTTGT
gi|23 : ctcagtccccaagtggtcattgaaataataacatatatcaaagaACATATTGATAACTTGTGCCAATTTATTGTAAAA-TCCCTCCATGTAATAC-AAGTTATAGA
gi|24 : CAAA-TGGTCGTTGAAAAATAACAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGTAGCGA
gi|25 : cCAAACTGGTCGTTGAAAAATAATAATATAATTA----TGTT---ATAATAGGT
gi|26 : ccAAA-TGGTCTGT-AAAAACAACAAGA----TA----TTTC---ATAATAGGTAGGGAT
gi|27 : AA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGTT---ATAATAGGTAGCGATtt
gi|28 : t------TCCTTAACTATC-AAGAGTCA--TGGATTGATGTTTCA----GACTA-GACA
gi|3 : AA-TGGTCTGTGAAAA-TAATGGTA----TT----TGTT---AAAAGAAGTAACGATTTA-------------------------AA--TGTATTTATG---CA----TA-TA-GACACGCA-----ATTTCAT---G-------A-TTTTTTTACATTAAA-GTG--TGAC-CTTGACCTTGACAT-CTGAT
gi|3 : TAGACACGCAATTTCA---TGA---TTT-TTTTA---CA--TTAAAG------------------TGTGACCTTGACCTTGACATCTGATGTAAAGGTCTGAGTATTTCTACAGGTAAATGCAGGTAACACATCATTATGAC-ATGTTGATCACTCTTGCAAAGCT---ATTT-TAAAATACAT----ACATGTAAGACAAAGTTAC--------CATGAAATAT--------CTC-------------ACAAATTGAAAGTGTGACCTTGACCTTTTAGGTA-AGGTTCTGGGTCTTACgtaaaggtctgagtatttctacaggtaaatgcaggtaacacatcattatgacatgttgatcactcttgcaaagctattttaaaatacatacatgtaagacaaagttaccatgaaatatctcacaaattgaaagtgtgaccttgaccttttaggtaaggttctgggtcttaca
gi|4 : aatggtctgtgaaaataatggtatttgttaaaagaagtaacgatttaaatgtatttatgcataA-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGAT---ATAATAGGTAGCGATGTA------TCCATGAATATC-AAGAGTAA--TGGACTGATATTTCA----GACTA-GACATGCA-----ATTTAATGGGG-------T-TTTTTTTACATTAAA-GCA--TGACa
gi|4 : ATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTGATATTTCAGACTAGACATGCAATTTAA---TGGGGTTTT-TTTTA---CA--TTAAAGCATGA-CCTAAACCTTTGTGTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTTATGGTTTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATTCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTActaaacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgttatggtttgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacattctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaagtta
gi|5 : atggtctgtgaaaaataacaatatatgatataataggtagcgA-TGGTCTATGAAAAATAAAAATA----TA----TGAT---ATAATAGGAAGCAATGTA------TCCATGAATATC-AAGAGTAA--TGGACTTATGTTTCA----GACTA-GACATGCA-----ATTTCAT---T-------T-TTTTTTTATATTAAA-GCA--TGACagtta
gi|5 : AATGTATCCATGAATATCAA-GAGTAATGGACTTATGTTTCAGACTAGACATGCAATTTCA---TTT---TTT-TTTTA---TA--TTAAAGCATGA-CCTTGACCTTTGTGTAACCTTCACCTTGACATCTGATATAATGGTCTGGGTATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-TTGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTC-TAAAATCCCT----AAATGT------AAGTTACcttgacctttgtgtaaccttcaccttgacatctgatataatggtctgggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacttgctgatcacttgtgtcaagctattctaaaatccctaaatgtaagttac
gi|6 : atggtctatgaaaaataaaaatatatgatataataggaagcAA-TAGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TGCT---ATAATAGGTTGTGATGTA------TCCATGAATATCAAAGAGTAA--TGGACTGATGTTTCG----GACTA-AACATGCA-----ATTTAAT-GGG-------G-GGGTTTTACATTAAA-GAA--TGAC
gi|6 : gATGTATCCATGAATATCAAAGAGTAATGGACTGATGTTTCGGACTAAACATGCAATTTAA---TGGGGGGGT-TTT-A---CA--TTAAAGAATGA-CCTTGACCTTTGTGTAACCTTGACCTTGACATCTGATGTAATGGT------ATTTCAACAGTTAAATGCAGGTGAAACATTATCATGAC-ATGCTGATCACTTGTGTCAAGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATGTActtgacctttgtgtaaccttgaccttgacatctgatgtaatggtatttcaacagttaaatgcaggtgaaacattatcatgacatgctgatcacttgtgtcaagctattttaaaatccctaaatgtaaa
gi|7 : gaatagtctgtgaaaaataacaatatatgctataataggttgtg-TGGTCTGTGAAAAATAACAATA----TA----TAAT---ATAATAGGTAGCGATGTA------TCCATGAGCATC--AGAGTAA--TGGACTGATGTTTCA----GACTA-GATATGCA-----ATTTCAT-GGG-------G-GTTTTTTA----AA--GCA--TGACaa
gi|7 : ATGTATCCATGAGCATCA--GAGTAATGGACTGATGTTTCAGACTAGATATGCAATTTCA---TGGGGGTTT-TTT-----------AAAGCATGA-CTTTGACCTTTGTTTAACCTTGACCTTGACATCTGATGT-------------TTTCAACAGTTAAATGCAGGTAAAACATCATTAATAC-ATGCTGATCACTTGTGTAATGCT---ATTT-TAAAATCCCT----AAATATAAGACAAAtttgacctttgtttaaccttgaccttgacatctgatgttttcaacagttaaatgcaggtaaaacatcattaatacatgctgatcacttgtgtaatgctattttaaaatccctaaatataagacaaa
gi|8 : tggtctgtgaaaaataacaatatataatataataggtagcgA-TGATCTGTTAAAA-TAACGATA----CA----TTTT---ATAATAAGTAGGGACTTAGA----TGTATTAATATT-AAAAGTGA--TGGACTGATGTTTCA----GTCTA-GACACACA-----ATTTCAT-GTGTTTTTTTG-TTTTTTTACATTAAA-GTG--TGAC
gi|8 : TTAAAGTGTGACTTTGACCTTTGtttgacctttg
gi|9 : atgatctgttaaaataacgatacattttataataagtagggacttagatgtattaatattaaaagtgatggactgatgtttcagtctagacacacaatttcatgtgtttttttgtttttttaca-TGGTCTGTGAAAA-TAACAATA----TA----TTTT---ATAATAGGTAGCAATGTA------TCCATGAATATC-ATGAGCCA--TTGACTGAGGCTTCA----GACAA-GACACACA-----ATTTCAT-G-----------TTATTTTACATTAAA-GTG--TGAC
gi|9 : TATTTTACA---TTAAAGTGTGACCTTGACCcttgaccgttta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ACAAAATGATACACACAAACACAGAAACAGA