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lowQualScore : . . ........ . .. . ........... . ... . ..... . . . ... . . .. . .. . . .... ............. . . ..... ...... ...... ... . . ... . ...... . .. . .... ...... . . . .. . .
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gi|10 : ttagttttaaactttttttttagttTTTA-TTT-AAATTTATTT-ATT--------TT-ACT--TCGATTGTGAAACAAGTTATAACAAT-----GT----AGACAAA---TCACGCTCGCAGTCTTCCTT-----CG-TAGAACCAGTAC--TAAGTAT-ATGTAAATAAA-GTGTTTTGTTCCA-GACCC----CAC-------------AC-ATAGCAGggatgcagttgatgaataagaaattgtgtttttttattttgagactattt
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gi|30 : t-C---AGT-----GCTCTACCACTGGGCCACGCGCTCCACAATTAAA-T--A
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|5 : ttagttttaaactttttttttagttTTATTTTACT--------TT-ACT--TCAATTGTGAAACAAATTCTTACAAC-----TT----AGAAAAAAAATCACACTCGAAGTCTTCCTG-----GGTTATAACCAGTAC----AAACAT-ATGTGGAAAAAG---TGTCTTGCTCAAGGACATCGC---AC---AT-------AGCCATGG-CGG---A-CGATCGAA----CCCACAACCCTC-----CGATCATAGGTT-C---GGTGCTCTATCACTAGACCAAGCACTCTACAC-TAGG-T--ggatgcagttgatgaataagaaattgtgtttttttattttgagactattt
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Reference ( family-38 ) : NAGTTTAGTTT-AAACTTATTT-ATT--------TT-ACT--TCGATTGTGAAACAAGTTATTACAAC-----TT----AGACAAA---TCACGCTCGAAGTCTTCCTG-----GG-TAGAACCAGTAC-T--AAGCAT-ATGCGGANAAAG---TGTCTTGCTCAAGGACACCAC---AC---AT-------AGCCGTGG-CGG---A-GGATCGAA----CCCACGACCCTC-----CGATCNTGGGTT-C---GATGCTCTACCACTAGACCACGCGCTCCACA--TAGA-T--ATTATG--TACTTT-TAATGCTNCTACTACTTTT
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Reference ( family-38 ) : NAGTTTAGTTT-AAACTTATTT-ATT--------TT-ACT--TCGATTGTGAAACAAGTTATTACAAC-----TT----AGACAAA---TCACGCTCGAAGTCTTCCTG-----GG-TAGAACCAGTAC-T--AAGCAT-ATGCGGANAAAG---TGTCTTGCTCAAGGACACCAC---AC---AT-------AGCCGTGG-CGG---A-GGATCGAA----CCCACGACCCTC-----CGATCNTGGGTT-C---GATGCTCTACCACTAGACCACGCGCTCCACA--TAGA-T--ATTATG--TACTTT-TANTGCTNCTACTACTTTT
gi|1 : -AAATCTATTT------------TT-AATCATCGATAGTGAAA-AAATTATTGCAAC-----GT----AGACAAA---TAACTCTCAAAATCTTCCTG-----GA-TAGAACAAGTAC-T--AGCCAA-ATACGGATACAG---CGTTTAGCTCAGTGACACCAC---GC---AT-------GGCTGTGGATGG---A-AAA-CGAC----CTCACGACCAAC-----CGGTCTTCGGTC-A---AAAGCCTTACCAACATACCACACGTTTCA
gi|10 : acataaaaataattatttaatttttttccagaattccagaatatcatttgaagttattattctcgttacaaattgtaaattctacTTTA-TTT-AAATTTATTT-ATT--------TT-ACT--TCGATTGTGAAACAAGTTATAACAAT-----GT----AGACAAA---TCACGCTCGCAGTCTTCCTT-----CG-TAGAACCAGTAC-T--AAGTAT-ATGTAAATAAAG---TGTTTTGTTCCA-GACCCCAC---AC---AT-------AGCactacatgctagtttgattaaacaat
gi|11 : tgtatataatatatctagttcaatacttattatgctttcatttatttatttTAGTTT-ACACCTATTT-ATT--------TT-ACT--TCGATCGTGAAACAAGTTATTACAAC-----AT----ATACAAG---TCACGCTTGAAGTTTTCAAG-----GG-GAGAACAAGTAC-T--TAACAT-ATACAGAAAACG---TGTCTTGCTTAATGCCACCAG---AC---AT-------GGTC-------------------------CTCATGACCCTC-----AGATTTTGCATT-C---GATGCTCTACAACTGGACaggcgcacagggatacggcacctagcaagtaccccc
gi|12 : acatatttacactatgttctttgcattgcttaatagaaAAA---TCATGCATGAGGTCTTCCTG-----GT-TATAAATAGTAA-T--AAGCAT-ATGTAGATAAAG---TATGTTGCTTAATGACAACAC---AT---AT-------AGCTTTGA-TGG---A-TGATCGAA----CTCACGACCCTC-----CTATCCTGGGCT-C---GATGCTCCA
gi|13 : ttgttatatatatgttTTA-AAACTTATTT-ATA--------TA-ACG--TCGATTATAAAACAA-------------------------CAAA---TCACACTGGATGCTTGCCTG-----GG-GAGAACCAGTAC-T--AAACATTATGCGGATAAAG---TGTCTTGCTCAAGGACACCAC---AA---AT-------ATCCGTGG-CGA---G-TGATCGAA----CCCACGACCCTCTCCGGCAATCAAGGGTC-C---GATGCTCTACCACTAGACCACGCACTCCAaacatatattttgatattttgtagctctaatggtacctggctataggccg
gi|14 : TAGTTC-AAAATTATTC-AGT--------TT-AGT--TCGCTTGTGAATCCAGTCCTTACAACCTCTTTT----AA--AAA---T-----------TTTTTCTG-----AA-CTGAATAGGTAT-C--AATCAT-CTATGGATAAAT---TGTCTTAC---------CCAC---AC---AT-------GGCCG-GG-T-----A-GG------------------------------TCCTGGATC-T---GATATTCTACCACTAGACCATGCACTC
gi|15 : aACAAT-----TT----ATACTAA---TCAC-CTCGAATTATTTCTGTTGCTGG-TT--ACAAGCACGT----GCAT-TTGCAGCTTA-G---TATGTTGCTCAGAGACAC-ACTTTACGAGATTTGTTTAAACTATAA-------ATGGATCGAA----TCCACGACCACC-----TAATTCTGAGTC-A---GAAGCTCTGCCA
gi|16 : GTTTAGTTT-GAAGTTATTT-TTT--------TT---T--TTG-TTGTGAAACAAGTTATT------------------ACAAA---TCGCACTCATAATCTTTC-G-----GG-TAGAACC-----------------TGGGGAAAAGG---TGTT---------AACATCAC---AC---AT-------ATCCATGG-GGG---A-GTATCGAA----ATCACGACCCTC-----TGATCTTGAGTT-T---GATGtgg
gi|17 : ccGGATAAAGAAATGCCTTTCTGTGGAGAACCTT---GC---AT-------AGCCGTCG-AGG---A-GGACTGAA----CCCAGGACTCTC-----CGTTCTTGGGTT-C---AATGCTCTACAACTGGACCATGCATGTCACA--AAGA-TTAATTAat
gi|18 : tcatgaatattgcatactgaaaTTTAGTTC-AAACTTATTT-AAT--------TT-ACT--TTGATTGTGAAACAAGCTATTACA-------------AGACGCA---T-----TCAAAGCCTCCCT-----------------GTAC-T--AAGCAT-AT
gi|2 : tttttatttctttgaacagttttctttttgttacaaaagatTTAGTTTTAAACTTATTT-ATT--------TT-ACT--TTGATTGTAAAACAAGTTATTACAAC-----TT----GTACAAA---TCAAG-TTGAAGACTTCCTT-----GG-TAGAACCAGTAT-T--AAGGAT-ATATGGAAAAAG---TGTTTTGTTCAAGGACGTCGC---AC---AC-------ATCCATGG--GT---A-AGTTTGAA----TCTACGACCCTC-----TAATTCTGGGTT-A---GATGCTCTACCACTGGACAATGCGCTaattatgcgaaacaag
gi|20 : ttttgtgctgtccacatttttttctacagtttatataataagtgtagtagtgtatttactggttttaaccaattcGGAGTCCTCCTG-----GG-CA-AATTAGT-C-T-------T-ATGC--------------CTTTCTCAAGGACACCAC---AA---AA-------TGCTGTA--CAATATA-GGGTCGAA----CCCACCACTGTT-----TGATCCAGGGTC-C---AATGCTCTAACACTAGACCAatttctggaatttaatttctgatgct
gi|21 : caaggtacgatatCACAAC---AT---AT-------GGTTGGGA-CAA---A-GG---GAAAGGGCCTATCACCCCC-----TGACCGTGGGTC-T---GACGCTCTACCACTACACCACACACTCCACA--CAAACT--ATTCTGTTTACTTTGTATTGCTTTTAC-ATTTTT
gi|22 : TTAGTTT-AAACATATAT-ATT--------TT-ACT--TCGATTGT-AAACAAACTGTCATAAC-----TT----ATACAAA---TCACGCTCGA
gi|23 : acaaacatagcgaaatccgacgtagtttacgaCTTGCTTCAGGGCAC-ACT--AA---AT-------TGTCGATG-TGG---A-GAATCTAA----CTTACAACCTAT-----CGATCCACGCCT-C---TATACCCTACCACTAGACGACGTGGTCTAC
gi|24 : GTGA-TGG-----GGATCGAA----CCAACGACCCT---------TCAT---TT-CTATGATATTCTACATCTAAATCATACACTTGATA--TATA-T--ATTATG--TATTTT-T
gi|25 : AAAAAG---TGTCTTGCCTAATGACACCAC---AC---AT-------AGCAGTGG-CGG---A-GGATTGAT----CCCACAACCCTC-----CAATC
gi|26 : ATTGTGAAACTAGTTATTATTAC-----TT----GCACGGA---TCACGTTCCGTGTCTTTCTG-----GA-AAGAAa
gi|3 : TTGATTT-GAACTTATTT-GTT--------TT-ATT--TCAATTGTGACACAAGTAATTACAAC-----TT----GGATTAA---TCACACTGAAAGTCTTGCTG-----GG-TGGA-TGAGGAC-T--TTACAT-ATGTG-ATAAAA---TGTCTTACTCAAGGACACCAC---AC---AT-------AGCTGTGG-CAG---G-GGCTTGAA----CCCACGACCCTC-----AAATCATGGCTC-A---GAT--------ACTAGACCACACAATC--CA--TAGA-C---TTATttgatataa
gi|30 : atgaaaatgattgataaattagtaattttctgagttatatgataaaaataatctcacattcatgctcatttattgtaaatttaTGCTCTACCACTGGGCCACGCGCTCCACAATTAAA-T--A
gi|31 : ccagTC-----CTATCCTCGGTT-C---GGTGCTCTACCACTGAACCAg
gi|4 : tTTTAGTTTTAAACTTATTT-ATT--------TT-ACT--TCGATTGTGAAACAAGTTCTTACAAC-----TT----AGACAAA---TCATGCTCGAAGTCTTCCTG-----GG-TAGATCCACTAC-A--AAGCAT-ATGCGGAAAAAG---TGTCTTGCTCAAGGACATCAC---AC---AT-------AGCCGTAG-CGG---A-GGATCGAA----CCCAAGACCCTC-----CGATCATGGGTT-T---GGGGCTCTACCAATTGACCACGCGCTCCACA--
gi|5 : ttagttttaaactttttttttagttTTATTTTACT--------TT-ACT--TCAATTGTGAAACAAATTCTTACAAC-----TT----AGAAAAAAAATCACACTCGAAGTCTTCCTG-----GGTTATAACCAGTAC----AAACAT-ATGTGGAAAAAG---TGTCTTGCTCAAGGACATCGC---AC---AT-------AGCCATGG-CGG---A-CGATCGAA----CCCACAACCCTC-----CGATCATAGGTT-C---GGTGCTCTATCACTAGACCAAGCACTCTACAC-TAGG-T--ggatgcagttgatgaataagaaattgtgtttttttattttgagactattt
gi|6 : tcttttgtgttttacgacacatagatctacatcttgtcttttgaatcatgaattatgcaataggtttgTAGTTT-AAACTTGTTT-ACTAAACTATATT-ACT--TCGATTGCGAAACAAATTCTTACAAT-----AT----ATACAAA---TCTCGCTCGAAGTCTTTCTG-----TG-TATACTCAGTAC-T--AAGCAC-GTGCGAAGAAAG---TTTCTTGCTGAAGGACACCAC---AC---AT-------GGCCTTGG--GT---A-GGATCGAA----CCCACGACCTTC-----CGATCCTGGGTT-C---GGTGCTCTATCACTGGACCACGCGCtt
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GAATGTCTTATTGGGTTGATTTAGACCTATAAAAACATATGTGGATAAATTGTCTTACTCAAGTACACAAGACATGATCGTGATGATGGATTGAAACCCATAAATTACAAGTTTGTACATCAATCCCTTGACC
Unaligned ( gi|27 ): CCATAACAATTTTTAAACAACAAATTAAAGATGTTTCTATTCAGAATTTGAAGACAGGGTTGAATATG
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