lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444 222222 11 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222
lowQualScore : 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 6 222222222 88 333333 33 0 2 5555 33 11 3333333 7777777 222222222222222222222222222222222222222222222222 333 7 3 33 5555 2 444 1 666666 0 2 2 55 2 3 2 555 666 1 2 2 0 8 2 2 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333 6
lowQualScore : . ............................................................. . . ......... .. ...... .. . . .... .. .. ....... ....... ................................................ ... . . .. .... . ... . ...... . . . .. . . . ... ... . . . . . . . . .............................................................................................................................................. ... .
lowQualScore : 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 888888888 88 777777 77 8 7 3333 11 66 6666666 2222222 666666666666666666666666666666666666666666666666 999 7 0 22 0000 4 111 6 888888 1 4 4 99 7 0 9 000 444 7 7 7 9 8 5 6 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 0
consensus : NCATTGTGATT-TTTTGT----TGTCAGGT-----GATAAATACATTAAGAAACTGACTGTCACTGTGAATTATGTGTATATAA-AT-T-NTTTGATTGA---AT-TGATTGATTGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--T-NTT-------T-------CCTG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACT-CAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACTGAGCTAACCGGGCCCG-GCTTNNTTA-TGT----TG-A--AATAATGGCTCAGTTGAACNNNATTTAAGNATAACAGAGCAAGTACANTGAATTAAATAAGTTTA-GCAATG--AAAATACATGTAAA--ATCA--AACTG---TTATTGGTACCTTACTAGTCATTTAAAGTTCAA
Reference ( gi|1 ) : TCATTTTGATTATTTTATATCATTTCATGTTCAACGACAAAAACAT---GTTACTATCTCTCACAA--AAGAATGTATACATAACAT-TGATTTGATTGA---AT-TGATTGATTGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--T-TTT-------T-------CCTG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTAGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACT-CAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACTGAGCTAATCGGGCCCG-GCTACATTA-TAT----TG-A--AATAATGGTACAGTT---TCCCATTTAAGAATATCAGAACAAGT-TAGTGAAGTCAA----TTTATGCTACGTTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGATTGCCTTTATGGTTATTTCA-TA-TCATTTCATGTTTAACGACTCAAA
gi|5 : CATTGTGATT-TTTTGT----TGTCAGGT-----GATAAATACATTAAGAAACTGACTGTCACTGTGAATTATGTGTATAT----T-TTGTCTG-TTG-----T-T--TTGTTTGAATATTTAG--AGTCTTTT-TTATGCCATCAAAGGCTAACAGGGGATCA----ATT----TGAG-A---------------T-------CCTA-----------G-------T------AG---------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACTA-ATCTCTGCAA--GTTACT----TATAACTTTTCCAC-TTGAATCAGAGGTTA---GAGAAGAA------TGATAATGAGAC-T-A-ATGTCATA--TATCAATTATCA-CAGAG------GCCGGGACTAGGGGGAGATTCAAACT-CAC-GAACCCTGAATTGAT-GTCAGACGTGCTACTGACTGAGCTAACTGTGTCCGTGCTTGTTTA-TGTAACATGTA--AATAACG
gi|4 : TAA-AT-T-ATTT--TTGACAGAT-TGATTGACAGAATATTTAA--CATAATTT-TCATGCCATCGAGGGCTAACAGACGTTCA----GTTAACCTAACCAG--TGTTTCCAATGAT-------CCTG-----------AAA-----G------G----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCAATCTCCACAA--GTAACT----GATAACTCTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---AAGACGAT------TGATTTTGAGACAC-A-ATGTC--A--TATCGATCATCA-CGGAGACTGTTGGCG
gi|7 : atttaatatatacaacctgtttactattgttcaacatgaaaccattaattcattataaaaccaacagtaaatattgcacttcttattaacttagattataattaaagaacagttattcaacaggatcattgaaatACATCTGCTTTAACT-A---ATATGATTGATTGA---TTGA---------TT-TTATGCCTTTGAGGGCTAATAGACGATC------------TAACCAT--T-GTT-------T-------CCTG-----------G-------G------A----------TCCTTTAAGGTT---AACCAGTACTCTAGTACAAGCCATCTCTGCAA--GTTACT----GATAACTTCCTCAC-TTGAATCAGCGGTAA---GA-----------------------CAC-A-ATGTCGTA--TATCAGTCATCC-CGAAGACTGTTGCTGGG-T---GGGGA--TTCAAACT-CGC-AACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCTACAGAGGTTATCAGGCCTG-GCTTAACTAGTAT----TG-acagaaagaatttcaacatatcagaacaagtttacaac
gi|18 : tgtatttgtcagatatagttgtgaaatattgttTTTGATTGA----------TGATTGAATATATAGAATATCATTT-TCGTGCCATCGAGACCAAACGGACGATCA----GCTAGCCTAACCAC--T-CTT-------TACGGGATCCTG-----------G-------A------AGC--------T----------T---AACCTGTACTCCAGTACACCC-ATTTCTAAAA--GTAGTT----GATAACTTTCCCAC-ATCAATCAGCGGTAA---GAGACGAATGATATTGATAATGAGACAC-A-TTGTTTCA--TATCttgtctgttggaaaataaaatatatatcactcggcagaca
gi|3 : atatttattttttttttgctagacTTGATTGA----T-TGATTGATTGAATATTTAG--CCTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTTACCAC--T-GTT-------T-------CCTG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCACAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCATTGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-TGGAGACTGTTGCTGGG-C---AGGGG-ATTCGAACT-CAC-GACCCCTGGATTGAATGTCAGACGTGTAACTGACTGAGCTCATCGAGCCCA-GCTTTCTT--TAT----TG-AATAATAAT
gi|19 : atatacacatcattacagtccttttgtttggaatattgggcatattaagtcttaattatgaaatgtatttaaaataaatagttcattcaactgctgttttctgttaA---AT-TGATCGATTAAAAATTAAG--CGTCATTT-TCATGCCATCGAGGGCTAACAGACCACCA----GTTAACCTAACCAC--C-ATT-------T-------CCTG-----------G-------G------ATCCTAAAACGT----------T---AACCAGAACTGAAGCACACtt
gi|14 : tttctgatgaatagaagcgatgtt-TGATTGATTGAATATTTTG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGAGCCAACAGACGATCA----GTTAACGTAACCAC--T-ATC-------T-------CCTG-----------G-------G------A----------TCCTTAAAGGTT---AACCAGTACTCGAGCACACCCCGTCTCTACAA--GTAACT----AATAACTTTCCCAC-TTGAATCAATGGTGA---AAGACGAA------TGATTATGAG--AC-A-ATGTCGTA--AGCAAATAAGCA-CG
gi|10 : tgtcttaagcagccatatttgttatttccaaattcttcgctttcaaagcaGATTGACTGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACTAC--T-GTT-------T-------CCTG-----------A-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACTCCATCTCTACAA--TTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GGGACAAA------TGATGATAAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGG-ATTCGAATT-CAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGAC
gi|2 : cttcactttaaatatgtaacaaaATTAATTGCATACTTAG--CATCATTT-TTATGCCACCGTGAGCTTACAGACGATCA----ATTAACT-----AC--T-GTT-------T-------CCTG-----------G-------G------A----------TCCTGGAAGGTT---AACCAGTACTCAAGCACACCC-ATCTCTGCAA--GTAACTCCGTGATAACTTTTCCGC-TTAATTCAGCGATGA---GAGA---A------TGA--ATGA-ACGT-A-ATGTCCTA--TATAAATCTTCA-CAGAGACTGCTGCCGGG-C---AGGGT-TTCCAAACT-AAC-GACCCCTAGATTGACAGTCAGGCACACAAATGACTG-GC--------CTCG-GTCA-ATGA-T---------A--AGGAATGGCTCAG------AGAATTTAAGAAT----GAGCAAGT-CAATcttgtcataccaattgttgaagtatctctattgataaaacacaatatatacaatcccttctctggcagaca
gi|11 : atctgtatttctgctgtaaaatctgcttttattatagagaagattgttggatttaatgaaagttcattgtttatttctggtgagaaATTGACTGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGTCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAATCAA--T-GTT-------T-------CCTG-----------G-------G------A----------A----------T---AACCAGTACTCCAGCACAGCCCATCTCCGCAA--GTTACT----GATTACTTTTTCAT-TTGAATCAGTGGTGA---TAGAC-AA------GGGTGTTGAATCAC-A-ATttcattattcacaagtgaaattaaatt
gi|15 : tgtggatcatttgaatgtcgtacacacgaattaatgttgaactgctctgcatataccgacatgcatttctggaacactgaacatattgtcaatggttttaaaagtgtcttgttttcatagattgtcctgtgttagtccTGATTGAATATT-AG--CATCATAT-TTATGCCATCTAGGGCTAACAAACGATCA----GTTATCCTAACCAC--T-GTT-------T-------CCTT-----------G-------G------ATACTGGAAGGT----------T---AACCAGAACT----CA------ATCTCTGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTAAGTCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACA--A-ATGTTGTAT-TATCAACCATCA-CTGAGATTGTGGCTGGG-C---GGGGA---TTGAACTACA--GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCtttgatgtgttgatgacacccattcatt
gi|8 : tccaaTTGAATCTTCAG--AATTATTTCTTATGCCATCAAGTGCTAACAGACAACAA----ATTCACTTAACCGC--T-CCT-------T-------CTTG-----------GCATCCTTG------A----------C----------T---AACCGCTACTTGAGCACAACC-ATCTCTGCAA--GTAACT----GATAAATTTCTAAC-TTGAATCTGTGGTGA---CCGACTAA------TGACATTGAGACAC-A-ATGTGTTA--TATCAATCATCATTGGAGACTG--GCCAGT-C---CGG---ATTCAAACT-TAT-GACCGCTGGATTAATATTAAGACACACTACAGCCTAGGCTAACAGGGCCCA-GCT
gi|9 : gaacagaaacaaagtATATTTAG--CATCACTT-TCATGCCATCAAGGGCTAACAGATGATCA----GGTAACTTAACCAC--T-CTT-------T-------CTTGCGATCCTACCTG-------G------AATG-------T----------T---AAACAGTTCTTGAGCACA-----TCTCTGCAACTGTAACT----GATAACTTTCCCTTGTTGAATCAGCGGGAG---GAGATTAA------TGACAATGAGACAC-A-CGGTTGTA--T-TTAGTAATCG-C------TGTGGCTAGG-T---GGC-A-ATTCATAGT-CATAGAACCCTTGATTGATATTCTGGTGTGCTACTGACTGAGCTAACCAGGCCCC-GCTtgaaaaataaaagattcaagttcacatgtgaactcaattaagtttttaatacagcaaacac
gi|13 : tgtttatttgtttcgtttatttgttatgATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATTGAGAGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--T-GTT-------T-------CCTG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTTGAGCACACCCCGTCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---AAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGTCGGG-C---GGGGG-ATTCGAACT-CAC-GA-CCTTGGATTGATTGTCAGACGCGTAACCGACTGAGCTgatccatgtgtacagaatgttaatttcaaaacgaccgtttc
gi|6 : ATTTAC--CATCATTT-T-ATGCCATCGAGGGCTAACA-----TT-----GTTAACCTAACCAC--T-ATT-------T-------CTTG-----------G-------G------G----------TAC--------TGAAAACTAGTAC--AAGTACACCCCCTCTCCACAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GAGATGAA------TGATAATGAGACACAA-ATGTCGTA--TATCAATCATCG-CGGAGACCGTTACCGGG-C---AGGG--ATTCAA----CAC-G---------TT---------AC----AACTG----AGCTGATC-GGCCCG-GTT-CCCTG-TGT----TA-A--A--AAGGGT---GTTGAACTCCATTTAAGCA-AACA-AACAAATATACTGAATTAAATAAGTTTA-GCAATG--AAAATACATGTAAA--ATCA--AACTG---TTATTGGTACCTTACTAGTCATTTAAAGTTCAA
gi|16 : ACAGACGATCAATCAGTTAACCTAACCACACT-TTTCTGCCA-T-------CCTG-----------G-------G------AGG--------T----------T---AAACAGTACC-GAACGCGCCC-ATCTCCACAA--ATAACT----GAT---TTTGCCAC-TGGAATCAGTGGTGA---GAGAAAAA------TGACAATGAGAGGC-A-ATGCCAAA--TATCAATTATCA-AAGAGACAGTGGCCAGG-C---AAGG--ATTCAAATT-TAC-AACTCCTG----GATAGTTAGATTCTT--CTATCTGAGCTAACAACGCCCA-GCCAAATattaaaa
gi|17 : TTAACCTATTCAT--T-CTT-------T-------CCTA-----------A-------G------A----------TCCTGGAAGGTT---GACAAGTACTCGAGCAAACCC-ATCTTCACAA--ATAACT----GATAACTTTCCCAC-TTCAATCGGAGGTCA---GATACGAA------TAATAATGGGAAAC-A-TTGTCGTA--TTTCAATCATCA-TGGAGATTGTGGCTGGG-C---TAGG--ATTCAAACT-CGC-AACTCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCAACTGAGCTAGTCGGACCCG-GCT
gi|12 : aAATTAT--T-TAT-------T-------CCTG-----------G-------GCTGGCTG----------T----------T---AACCAGTACTTGA-CACAACTTATCTCTGCAA--GTCACT----GGCCACTT--CCAC-AAAAATT--TGGAGACACAAGACATA------TGGCCATTGAACAA-AGATG--GTAACTAT--ATTATCA-CAGAGAT----------------AGGA-TTCCAAACT-CAC-GACCATTGGATTGACAGTCTGTTGTATTACCAACTGGGCCAGTCAGACC
gi|21 : tataattgcataaagtagtagatcacatttgcttgtttgtttgcttgtatgtttgtttggtgttttaatccttttttcaacaacatttcG-T---GGGGA---TCAAAAC-CGC-AACCTCTGGATTGATAATC-------TAACAAACTGACCTtag
gi|20 : TTCAAACT-CAC-AACCACTGAATGGA----CAGATGGGTTACTGACCGAGCTATCTGGG
Alignments
lowQualScore : 2 4444 55555 222 1 22222222 22222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111 2222222222222222222222 5555555555555555555555 2222222222 1 2222 2 22 33333333 333 1 1
lowQualScore : 2 0 2222 2 2 00000 4 111 88 4 2 7 7 8 5 77777777 66 6 88888888888 2 33 0 2 5555 33 1 666666 6666666 77777777 666666666666666666666666666666666666666666666666 333 1 33 4444 2 2 333 1 666666 2 2 55 2 2 2 444 444 1 5 0 2 0 3 0 1 4 3333333333333333333333 777 1 5555555555555555555555 3 8888888888 5 1 3 3 4444 0 4 77 3 00000000 555 3 2 5 5 3 4
lowQualScore : . . .... . . ..... . ... .. . . . . . . ........ .. . ........... . .. . . .... .. . ...... ....... ........ ................................................ ... . .. .... . . ... . ...... . . .. . . . ... ... . . . . . . . . . ...................... ... . ...................... . .......... . . . . .... . . .. . ........ ... . . . . . .
lowQualScore : 5 0 5555 5 5 00000 0 555 00 0 5 3 7 8 5 88888888 77 4 55555555555 9 44 1 5 0000 11 8 111111 8888888 66666666 777777777777777777777777777777777777777777777777 777 7 11 7777 2 6 999 0 444444 2 2 66 5 2 7 777 111 0 0 3 9 8 2 1 6 0 1111111111111111111111 333 8 8888888888888888888888 2 2222222222 5 0 0 0 0000 0 0 55 0 55555555 000 0 5 0 0 0 0
consensus : NCATTNTGATTATTTTGTATCATNTCANGTTCAACGACAAANACATTAAGNNACTGNCTNTCACTGTGAANTATGTGTATAT----AA-ATTN-TTTGATT--GA---AT--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCGACTGAGCTAACCGGGCCCG-GCTTNNCTA----TGT----TG-A--AAT-AANGGTTC-AGT-------TGAACTCNATTTAAG--NATAACAGAGCAAGTACANTGAANTNAATAAGTTTATGCNACGTTAAGACACNTGTAAAGGATNATTGACTGCCTTTATNGNTACCTCACTAGTCATTTNANGTTCAA
Reference ( family-300 ) : NCATTGTGATT-TTTTGT----TGTCAGGT-----GATAAATACATTAAGAAACTGACTGTCACTGTGAATTATGTGTATAT----AA-ATTN-TTTGATT--GA---AT--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TNTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCGACTGAGCTAACCGGGCCCG-GCTTNNTTA----TGT----TG-A--AAT-AATGGCTC-AGT-------TGAACNNNATTTAAG--NATAACAGAGCAAGTACANTGAATTAAATAAGTTTA-GCAATG--AAAATACATGTAAA--ATCA--AACTG---TTATTGGTACCTTACTAGTCATTTAAAGTTCAA
gi|1 : CATTTTGATTATTTTATATCATTTCATGTTCAACGACAAAAACAT---GTTACTATCTCTCACAA--AAGAATGTATACAT----AACATTGATTTGATT--GA---AT--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TTTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTAGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GTAACCGACTGAGCTAATCGGGCCCG-GCTACATTA----TAT----TG-A--AAT-AATGGTAC-AGT-------T---TCCCATTTAAG--AATATCAGAACAAGT-TAGTGAAGTCAA----TTTATGCTACGTTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGATTGCCTTTATGGTTATTTCA-TA-TCATTTCATGTTTAA
gi|10 : tGATTGAC-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACTAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------A-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACTCCATCTCTACAA--TTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GGGACAAA------TGATGATAAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGG-ATTCGAATTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACcgactcaaa
gi|11 : cttcactttaaatatgtaacaaaATTGAC-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGTCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAATCAA--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------A----------T---AACCAGTACTCCAGCACAGCCCATCTCCGCAA--GTTACT----GATTACTTTTTCAT-TTGAATCAGTGGTGA---TAGAC-AA------GGGTGTTGAATCAC-A-ATcttgtcataccaattgttgaagtatctctattgataaaacacaatatatacaatcccttctctggcagaca
gi|12 : tgtggatcatttgaatgtcgtacacacgaattaatgttgaactgctctgcatataccgacatgcatttctggaacactgaacatattgtcaatggttttaaaagtgtcttgttttcatagattgtcctgtgttagtccT------T-------CC--------TG-----------G-------GCTGGCTG----------T----------T---AACCAGTACTTGA-CACAACTTATCTCTGCAA--GTCACT----GGCCACTT--CCAC-AAAAATT--TGGAGACACAAGACATA------TGGCCATTGAACAA-AGATG--GTAACTAT--ATTATCA-CAGAGAT----------------AGGA-TTCCAAACTCAC-GACCATTGGATTGACAGTCTGTTGT-ATTACCAACTGGGCCAGTCAGACCtttgatgtgttgatgacacccattcatt
gi|13 : tataattgcataaagtagtagatcacatttgcttgtttgtttgcttgtatgtttgtttggtgttttaatccttttttcaacaacatttcaattatttaATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATTGAGAGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTTGAGCACACCCCGTCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---AAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGTCGGG-C---GGGGG-ATTCGAACTCAC-GA-CCTTGGATTGATTGTCAGACGC-GTAACCGACTGAGCTtag
gi|14 : TATTTGT-TATTTCCAA-ATTC-TTCGCTTTCAA---AGCATGATTGAT-TGAATATTTTG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGAGCCAACAGACGATCA----GTTAACGTAACCAC--TATC------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------TCCTTAAAGGTT---AACCAGTACTCGAGCACACCCCGTCTCTACAA--GTAACT----AATAACTTTCCCAC-TTGAATCAATGGTGA---AAGACGAA------TGATTATGAG--AC-A-ATGTCGTA--AGCAAATAAGCA-CG
gi|15 : tgtcttaagcagccaTGAT-TGAATATT-AG--CATCATAT-TTATGCCATCTAGGGCTAACAAACGATCA----GTTATCCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TT-----------G-------G------ATACTGGAAGGT----------T---AACCAGAACTCA----------ATCTCTGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTAAGTCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACA--A-ATGTTGTAT-TATCAACCATCA-CTGAGATTGTGGCTGGG-C---GGGGA---TTGAACT-ACAGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-
gi|16 : tccaaACAGACGATCAATCAGTTAACCTAACCACACTTTTCTGCCAT-------CC--------TG-----------G-------G------AGG--------T----------T---AAACAGTAC-CGAACGCGCCC-ATCTCCACAA--ATAACT----GAT---TTTGCCAC-TGGAATCAGTGGTGA---GAGAAAAA------TGACAATGAGAGGC-A-ATGCCAAA--TATCAATTATCA-AAGAGACAGTGGCCAGG-C---AAGG--ATTCAAATTTAC-AACTCCTG----GATAGTTAGATTCTTCTAT---CTGAGCTAACAACGCCCA-GC
gi|17 : TTAACCTATTCAT--TCTT------T-------CC--------TA-----------A-------G------A----------TCCTGGAAGGTT---GACAAGTACTCGAGCAAACCC-ATCTTCACAA--ATAACT----GATAACTTTCCCAC-TTCAATCGGAGGTCA---GATACGAA------TAATAATGGGAAAC-A-TTGTCGTA--TTTCAATCATCA-TGGAGATTGTGGCTGGG-C---TAGG--ATTCAAACTCGC-AACTCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCAACTGAGCTAGTCGGACCCG-GCTcaaat
gi|18 : a-TTTGATT--GA-----------TGAT-TGAATATATAGAATATCATTT-TCGTGCCATCGAGACCAAACGGACGATCA----GCTAGCCTAACCAC--TCTT------TACGGGATCC--------TG-----------G-------A------AGC--------T----------T---AACCTGTACTCCAGTACACCC-ATTTCTAAAA--GTAGTT----GATAACTTTCCCAC-ATCAATCAGCGGTAA---GAGACGAATGATATTGATAATGAGACAC-A-TTGTTTCA--TATC
gi|19 : atatttattttttttttgctagacA---AT--TGATCGAT-TAAAAATTAAG--CGTCATTT-TCATGCCATCGAGGGCTAACAGACCACCA----GTTAACCTAACCAC--CATT------T-------CC--------TG-----------G-------G------ATCCTAAAACGT----------T---AACCAGAACTGAAGCACAC
gi|2 : tttctgatgaatagaagcgatgttATTAAT-TGCATACTTAG--CATCATTT-TTATGCCACCGTGAGCTTACAGACGATCA----ATTAACT-----AC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------TCCTGGAAGGTT---AACCAGTACTCAAGCACACCC-ATCTCTGCAA--GTAACTCCGTGATAACTTTTCCGC-TTAATTCAGCGATGA---GAGA---A------TGA--ATGA-ACGT-A-ATGTCCTA--TATAAATCTTCA-CAGAGACTGCTGCCGGG-C---AGGGT-TTCCAAACTAAC-GACCCCTAGATTGACAGTCAGGCAC-ACAAATGACTG-GC--------CTCG-G-TCAATGA----T---------A--AGG-AATGGCTC-AG-------------AGAATTTAAG--AAT----GAGCAAGT-CAAT
gi|20 : atctgtatttctgctgtaaaatctgcttttattatagagaagattgttggatttaatgaaagttcattgtttatttctggtgagaaTTCAAACTCAC-AACCACTGAATGGA----CAGATGG-GTTACTGACCGAGCTATCTGGGttcattattcacaagtgaaattaaatt
gi|21 : aggG-T---GGGGA---TCAAAACCGC-AACCTCTGGATTGATAATC
gi|3 : TTGATT--GA----T--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CCTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTTACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCACAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCATTGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-TGGAGACTGTTGCTGGG-C---AGGGG-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGAATGTCAGACGT-GTAACTGACTGAGCTCATCGAGCCCA-GCTTTCTT-----TAT----TG-AATAAT-AATtaacaaactgacct
gi|4 : atatacacatcattacagtccttttgtttggaatattgggcatattaagtcttaattatgaaatgtatttaaaataaatagttcattcaactgctgttttctgttaT----AA-ATTA-TTT--TT--GACAGAT--TGATTGAC-AGAATATTTAA--CATAATTT-TCATGCCATCGAGGGCTAACAGACGTTCA----GTTAACCTAACCAG--TGTT------T-------CCAATGATCCTG-----------AAA-----G------G----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCAATCTCCACAA--GTAACT----GATAACTCTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---AAGACGAT------TGATTTTGAGACAC-A-ATGTC--A--TATCGATCATCA-CGGAGACTGTTGGCGtt
gi|5 : atttaatatatacaacctgtttactattgttcaacatgaaaccattaattcattataaaaccaacagtaaatattgcacttcttattaacttagattataattaaagaacagttattcaacaggatcattgaaatCATTGTGATT-TTTTGT----TGTCAGGT-----GATAAATACATTAAGAAACTGACTGTCACTGTGAATTATGTGTATAT----T---TTG-TCTG-TT--G-----T--T--TTGTT-TGAATATTTAG--AGTCTTTT-TTATGCCATCAAAGGCTAACAGGGGATCA----ATT----TGAG-A-------------T-------CC--------TA-----------G-------T------AG---------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACTA-ATCTCTGCAA--GTTACT----TATAACTTTTCCAC-TTGAATCAGAGGTTA---GAGAAGAA------TGATAATGAGAC-T-A-ATGTCATA--TATCAATTATCA-CAGAG------GCCGGGACTAGGGGGAGATTCAAACTCAC-GAACCCTGAATTGAT-GTCAGACGT-GCTACTGACTGAGCTAACTGTGTCCGTGCTTGTTTA----TGTAACATGTA--AAT-AACGacagaaagaatttcaacatatcagaacaagtttacaac
gi|6 : ATTTAC--CATCATTT-T-ATGCCATCGAGGGCTAACA-----TT-----GTTAACCTAACCAC--TATT------T-------CT--------TG-----------G-------G------G----------TAC--------TGAAAACTAGTAC--AAGTACACCCCCTCTCCACAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GAGATGAA------TGATAATGAGACACAA-ATGTCGTA--TATCAATCATCG-CGGAGACCGTTACCGGG-C---AGGG--ATTCAA---CAC-G---------TTA-----CA---------ACTGA----GCTGATC-GGCCCG-G-TTCCCTG----TGT----TA-A--A---AAGGGT----GT-------TGAACTCCATTTAAG--CA-AACA-AACAAATATACTGAATTAAATAAGTTTA-GCAATG--AAAATACATGTAAA--ATCA--AACTG---TTATTGGTACCTTACTAGTCATTTAAAGTTCAA
gi|7 : TGTGAAATAT-TGT-TAC----AT-CTGC-TTTAACT---A---ATA-TGATTGAT-TGA---TTGA---------TT-TTATGCCTTTGAGGGCTAATAGACGATC------------TAACCAT--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------TCCTTTAAGGTT---AACCAGTACTCTAGTACAAGCCATCTCTGCAA--GTTACT----GATAACTTCCTCAC-TTGAATCAGCGG--------------------------TAAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAGTCATCC-CGAAGACTGTTGCTGGG-T---GGGG--ATTCAAACTCGC-AACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCTACAGAGGTTATCAGGCCTG-GCTTAACTAGTATTGT----TG-attaaaa
gi|8 : tgtatttgtcagatatagtT-TGAATCTTCAG--AATTATTTCTTATGCCATCAAGTGCTAACAGACAACAA----ATTCACTTAACCGC--TCCT------T-------CT--------TG-----------GCATCCTTG------A----------C----------T---AACCGCTACTTGAGCACAACC-ATCTCTGCAA--GTAACT----GATAAATTTCTAAC-TTGAATCTGTGGTGA---CCGACTAA------TGACATTGAGACAC-A-ATGTGTTA--TATCAATCATCATTGGAGACTG--GCCAGT-C---CGG---ATTCAAACTTAT-GACCGCTGGATTAATATTAAGACAC-ACTACAGCCTAGGCTAACAGGGCCCA-GCTTGA---------------A-A--AATAAAAGATTCAAGTTCACATGTGAACTCAA-TTAAGTTTTTAATACAGCAAACACtctgttggaaaataaaatatatatcactcggcagaca
gi|9 : gaacagaaacaaagtTTA-TTTGTTT--CG---TT--TATTTGTTATGA-TATTTAG--CATCACTT-TCATGCCATCAAGGGCTAACAGATGATCA----GGTAACTTAACCAC--TCTT------T-------CT--------TGCGATCCTACCTG-------G------AATG-------T----------T---AAACAGTTCTTGAGCACA-----TCTCTGCAACTGTAACT----GATAACTTTCCCTTGTTGAATCAGCGGGAG---GAGATTAA------TGACAATGAGACAC-A-CGGTTGTA--T-TTAGTAATCG-C------TGTGGCTAGG-T---GGC-A-ATTCATAGTCATAGAACCCTTGATTGATATTCTGGTGT-GCTACTGACTGAGCTAACCAGGCCCC-GCTGATCCA----TGT----
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222 222 1 22222222 22222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111 11111111111111111111 4444444444444444444 2222222222 1 2222 1 11 11 11 222 1 1
lowQualScore : 1 5 4444 1 1 66666 1 111 22 1 1 7 1 8 5 77777777 66 6 88888888888 2 33 0 2 5555 33 2 666666 6666666 77777777 666666666666666666666666666666666666666666666666 333 1 33 4444 2 2 333 1 666666 2 2 55 2 2 2 444 444 1 5 0 2 0 3 0 1 4 88888888888888888888 777 1 5555555555555555555 1 3 8888888888 5 1 1 1 4444 5 1 88 1 77 1 88 000 1 1 5 5 1 1
lowQualScore : . . .... . . ..... . ... .. . . . . . . ........ .. . ........... . .. . . .... .. . ...... ....... ........ ................................................ ... . .. .... . . ... . ...... . . .. . . . ... ... . . . . . . . . . .................... ... . ................... . . .......... . . . . .... . . .. . .. . .. ... . . . . . .
lowQualScore : 0 5 0000 0 0 55555 0 555 00 0 0 3 0 8 5 88888888 77 4 55555555555 9 44 1 5 0000 11 4 111111 8888888 66666666 777777777777777777777777777777777777777777777777 777 7 11 7777 2 6 999 0 444444 2 2 66 5 2 7 777 111 0 0 3 9 8 2 1 6 0 99999999999999999999 333 0 8888888888888888888 0 2 2222222222 5 0 0 0 0000 5 0 55 0 55 0 55 555 0 0 0 0 0 0
consensus : NCATTNTGATTATTTTGTATCATNTCANGTTCAACGACAAANACATTAAGNNACTGNCTNTCACTGTGAANTATGTGTATAT----AA-ATTN-TTTGATT--GA---AT--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCGACTGAGCTAACCGGGCCCG-GCTTNNCTA----TGT----TG-AAAT-AANGGTTC-AGT-------TGAACTCNATTTAAG--NATAACAGAGCAAGTACANTGAANTNAATAAGTTTATGCNACGTTAAGACACNTGTAAAGGATNATTGACTGCCTTTATNGNTACCTCACTAGTCATTTNANGTTCAA
Reference ( family-300 ) : NCATTNTGATTATTTTGTATCATNTCANGTTCAACGACAAANACATTAAGNNACTGNCTNTCACTGTGAANTATGTGTATAT----AA-ATTN-TTTGATT--GA---AT--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCGACTGAGCTAACCGGGCCCG-GCTTNNCTA----TGT----TG-AAAT-AANGGTTC-AGT-------TGAACTCNATTTAAG--NATAACAGAGCAAGTACANTGAANTNAATAAGTTTATGCNACGTTAAGACACNTGTAAAGGATNATTGACTGCCTTTATNGNTACCTCACTAGTCATTTNANGTTCAA
gi|1 : CATTTTGATTATTTTATATCATTTCATGTTCAACGACAAAAACAT---GTTACTATCTCTCACAA--AAGAATGTATACAT----AACATTGATTTGATT--GA---AT--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TTTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTAGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GTAACCGACTGAGCTAATCGGGCCCG-GCTACATTA----TAT----TG-AAAT-AATGGTAC-AGT-------T---TCCCATTTAAG--AATATCAGAACAAGT-TAGTGAAGTCAA----TTTATGCTACGTTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGATTGCCTTTATGGTTATTTCA-TA-TCATTTCATGTTTAA
gi|10 : tGATTGAC-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACTAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------A-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACTCCATCTCTACAA--TTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GGGACAAA------TGATGATAAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGG-ATTCGAATTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACcgactcaaa
gi|11 : cttcactttaaatatgtaacaaaATTGAC-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGTCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAATCAA--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------A----------T---AACCAGTACTCCAGCACAGCCCATCTCCGCAA--GTTACT----GATTACTTTTTCAT-TTGAATCAGTGGTGA---TAGAC-AA------GGGTGTTGAATCAC-A-ATcttgtcataccaattgttgaagtatctctattgataaaacacaatatatacaatcccttctctggcagaca
gi|12 : tgtggatcatttgaatgtcgtacacacgaattaatgttgaactgctctgcatataccgacatgcatttctggaacactgaacatattgtcaatggttttaaaagtgtcttgttttcatagattgtcctgtgttagtccT------T-------CC--------TG-----------G-------GCTGGCTG----------T----------T---AACCAGTACTTGA-CACAACTTATCTCTGCAA--GTCACT----GGCCACTT--CCAC-AAAAATT--TGGAGACACAAGACATA------TGGCCATTGAACAA-AGATG--GTAACTAT--ATTATCA-CAGAGAT----------------AGGA-TTCCAAACTCAC-GACCATTGGATTGACAGTCTGTTGT-ATTACCAACTGGGCCAGTCAGACCtttgatgtgttgatgacacccattcatt
gi|13 : tataattgcataaagtagtagatcacatttgcttgtttgtttgcttgtatgtttgtttggtgttttaatccttttttcaacaacatttcaattatttaATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATTGAGAGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTTGAGCACACCCCGTCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---AAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGTCGGG-C---GGGGG-ATTCGAACTCAC-GA-CCTTGGATTGATTGTCAGACGC-GTAACCGACTGAGCTtag
gi|14 : TATTTGT-TATTTCCAA-ATTC-TTCGCTTTCAA---AGCATGATTGAT-TGAATATTTTG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGAGCCAACAGACGATCA----GTTAACGTAACCAC--TATC------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------TCCTTAAAGGTT---AACCAGTACTCGAGCACACCCCGTCTCTACAA--GTAACT----AATAACTTTCCCAC-TTGAATCAATGGTGA---AAGACGAA------TGATTATGAG--AC-A-ATGTCGTA--AGCAAATAAGCA-CG
gi|15 : tgtcttaagcagccaTGAT-TGAATATT-AG--CATCATAT-TTATGCCATCTAGGGCTAACAAACGATCA----GTTATCCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TT-----------G-------G------ATACTGGAAGGT----------T---AACCAGAACTCA----------ATCTCTGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTAAGTCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACA--A-ATGTTGTAT-TATCAACCATCA-CTGAGATTGTGGCTGGG-C---GGGGA---TTGAACT-ACAGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-
gi|16 : tccaaACAGACGATCAATCAGTTAACCTAACCACACTTTTCTGCCAT-------CC--------TG-----------G-------G------AGG--------T----------T---AAACAGTAC-CGAACGCGCCC-ATCTCCACAA--ATAACT----GAT---TTTGCCAC-TGGAATCAGTGGTGA---GAGAAAAA------TGACAATGAGAGGC-A-ATGCCAAA--TATCAATTATCA-AAGAGACAGTGGCCAGG-C---AAGG--ATTCAAATTTAC-AACTCCTG----GATAGTTAGATTCTTCTAT---CTGAGCTAACAACGCCCA-GC
gi|17 : TTAACCTATTCAT--TCTT------T-------CC--------TA-----------A-------G------A----------TCCTGGAAGGTT---GACAAGTACTCGAGCAAACCC-ATCTTCACAA--ATAACT----GATAACTTTCCCAC-TTCAATCGGAGGTCA---GATACGAA------TAATAATGGGAAAC-A-TTGTCGTA--TTTCAATCATCA-TGGAGATTGTGGCTGGG-C---TAGG--ATTCAAACTCGC-AACTCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCAACTGAGCTAGTCGGACCCG-GCTcaaat
gi|18 : a-TTTGATT--GA-----------TGAT-TGAATATATAGAATATCATTT-TCGTGCCATCGAGACCAAACGGACGATCA----GCTAGCCTAACCAC--TCTT------TACGGGATCC--------TG-----------G-------A------AGC--------T----------T---AACCTGTACTCCAGTACACCC-ATTTCTAAAA--GTAGTT----GATAACTTTCCCAC-ATCAATCAGCGGTAA---GAGACGAATGATATTGATAATGAGACAC-A-TTGTTTCA--TATC
gi|19 : atatttattttttttttgctagacA---AT--TGATCGAT-TAAAAATTAAG--CGTCATTT-TCATGCCATCGAGGGCTAACAGACCACCA----GTTAACCTAACCAC--CATT------T-------CC--------TG-----------G-------G------ATCCTAAAACGT----------T---AACCAGAACTGAAGCACAC
gi|2 : tttctgatgaatagaagcgatgttATTAAT-TGCATACTTAG--CATCATTT-TTATGCCACCGTGAGCTTACAGACGATCA----ATTAACT-----AC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------TCCTGGAAGGTT---AACCAGTACTCAAGCACACCC-ATCTCTGCAA--GTAACTCCGTGATAACTTTTCCGC-TTAATTCAGCGATGA---GAGA---A------TGA--ATGA-ACGT-A-ATGTCCTA--TATAAATCTTCA-CAGAGACTGCTGCCGGG-C---AGGGT-TTCCAAACTAAC-GACCCCTAGATTGACAGTCAGGCAC-ACAAATGACTG-GC--------CTCG-G----TCAA----TGA----T--AAGG-AATGGCTC-A----------GAG---AATTTAAG--AAT----GAGCAAGT-CAAT
gi|20 : atctgtatttctgctgtaaaatctgcttttattatagagaagattgttggatttaatgaaagttcattgtttatttctggtgagaaTTCAAACTCAC-AACCACTGAATGGA----CAGATGG-GTTACTGACCGAGCTATCTGGGttcattattcacaagtgaaattaaatt
gi|21 : aggG-T---GGGGA---TCAAAACCGC-AACCTCTGGATTGATAATC
gi|3 : TTGATT--GA----T--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CCTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTTACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCACAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCATTGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-TGGAGACTGTTGCTGGG-C---AGGGG-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGAATGTCAGACGT-GTAACTGACTGAGCTCATCGAGCCCA-GCTT-TCTT----TAT----TG--AAT-AATAATTtaacaaactgacct
gi|4 : atatacacatcattacagtccttttgtttggaatattgggcatattaagtcttaattatgaaatgtatttaaaataaatagttcattcaactgctgttttctgttaT----AA-ATTA-TTT--TT--GACAGAT--TGATTGAC-AGAATATTTAA--CATAATTT-TCATGCCATCGAGGGCTAACAGACGTTCA----GTTAACCTAACCAG--TGTT------T-------CCAATGATCCTG-----------AAA-----G------G----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCAATCTCCACAA--GTAACT----GATAACTCTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---AAGACGAT------TGATTTTGAGACAC-A-ATGTC--A--TATCGATCATCA-CGGAGACTGTTGGCGt
gi|5 : atttaatatatacaacctgtttactattgttcaacatgaaaccattaattcattataaaaccaacagtaaatattgcacttcttattaacttagattataattaaagaacagttattcaacaggatcattgaaatCATTGTGATT-TTTTGT----TGTCAGGT-----GATAAATACATTAAGAAACTGACTGTCACTGTGAATTATGTGTATAT----T---TTG-TCTG-TT--G-----T--T--TTGTT-TGAATATTTAG--AGTCTTTT-TTATGCCATCAAAGGCTAACAGGGGATCA----ATT----TGAG-A-------------T-------CC--------TA-----------G-------T------AG---------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACTA-ATCTCTGCAA--GTTACT----TATAACTTTTCCAC-TTGAATCAGAGGTTA---GAGAAGAA------TGATAATGAGAC-T-A-ATGTCATA--TATCAATTATCA-CAGAG------GCCGGGACTAGGGGGAGATTCAAACTCAC-GAACCCTGAATTGAT-GTCAGACGT-GCTACTGACTGAGCTAACTGTGTCCGTGCTTGTTTA----TGTAACATGTAAAT-AACGacagaaagaatttcaacatatcagaacaagtttacaac
gi|6 : ATTTAC--CATCATTT-T-ATGCCATCGAGGGCTAACA-----TT-----GTTAACCTAACCAC--TATT------T-------CT--------TG-----------G-------G------G----------TAC--------TGAAAACTAGTAC--AAGTACACCCCCTCTCCACAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GAGATGAA------TGATAATGAGACACAA-ATGTCGTA--TATCAATCATCG-CGGAGACCGTTACCGGG-C---AGGG--ATTCAA---CAC-G---------TTA-----CA---------ACTGA----GCTGATC-GGCCCG-G-TTCCCTG----TGT----TA-AA---AAGGGT----GT-------TGAACTCCATTTAAG--CA-AACA-AACAAATATACTGAATTAAATAAGTTTA-GCAATG--AAAATACATGTAAA--ATCA--AACTG---TTATTGGTACCTTACTAGTCATTTAAAGTTCAA
gi|7 : TGTGAAATAT-TGT-TAC----AT-CTGC-TTTAACT---A---ATA-TGATTGAT-TGA---TTGA---------TT-TTATGCCTTTGAGGGCTAATAGACGATC------------TAACCAT--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------TCCTTTAAGGTT---AACCAGTACTCTAGTACAAGCCATCTCTGCAA--GTTACT----GATAACTTCCTCAC-TTGAATCAGCGG--------------------------TAAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAGTCATCC-CGAAGACTGTTGCTGGG-T---GGGG--ATTCAAACTCGC-AACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCTACAGAGGTTATCAGGCCTG-GCTTAACTAGTATTGT----TG-attaaaa
gi|8 : tgtatttgtcagatatagtT-TGAATCTTCAG--AATTATTTCTTATGCCATCAAGTGCTAACAGACAACAA----ATTCACTTAACCGC--TCCT------T-------CT--------TG-----------GCATCCTTG------A----------C----------T---AACCGCTACTTGAGCACAACC-ATCTCTGCAA--GTAACT----GATAAATTTCTAAC-TTGAATCTGTGGTGA---CCGACTAA------TGACATTGAGACAC-A-ATGTGTTA--TATCAATCATCATTGGAGACTG--GCCAGT-C---CGG---ATTCAAACTTAT-GACCGCTGGATTAATATTAAGACAC-ACTACAGCCTAGGCTAACAGGGCCCA-GCTTGA---------------A-AAATAAAAGATTCAAGTTCACATGTGAACTCAA-TTAAGTTTTTAATACAGCAAACACtctgttggaaaataaaatatatatcactcggcagaca
gi|9 : gaacagaaacaaagtTTA-TTTGTTT--CG---TT--TATTTGTTATGA-TATTTAG--CATCACTT-TCATGCCATCAAGGGCTAACAGATGATCA----GGTAACTTAACCAC--TCTT------T-------CT--------TGCGATCCTACCTG-------G------AATG-------T----------T---AAACAGTTCTTGAGCACA-----TCTCTGCAACTGTAACT----GATAACTTTCCCTTGTTGAATCAGCGGGAG---GAGATTAA------TGACAATGAGACAC-A-CGGTTGTA--T-TTAGTAATCG-C------TGTGGCTAGG-T---GGC-A-ATTCATAGTCATAGAACCCTTGATTGATATTCTGGTGT-GCTACTGACTGAGCTAACCAGGCCCC-GCTGATCCA----TGT----
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222 222 1 22222222 22222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111 11111111111111111111 4444444444444444444 2222222222 1 2222 1 11 11 11 222 1 1
lowQualScore : 1 5 4444 1 1 66666 1 111 22 1 1 7 1 8 5 77777777 66 6 88888888888 2 33 0 2 5555 33 2 666666 6666666 77777777 666666666666666666666666666666666666666666666666 333 1 33 4444 2 2 333 1 666666 2 2 55 2 2 2 444 444 1 5 0 2 0 3 0 1 4 88888888888888888888 777 1 5555555555555555555 1 3 8888888888 5 1 1 1 4444 5 1 88 1 77 1 88 000 1 1 5 5 1 1
lowQualScore : . . .... . . ..... . ... .. . . . . . . ........ .. . ........... . .. . . .... .. . ...... ....... ........ ................................................ ... . .. .... . . ... . ...... . . .. . . . ... ... . . . . . . . . . .................... ... . ................... . . .......... . . . . .... . . .. . .. . .. ... . . . . . .
lowQualScore : 0 5 0000 0 0 55555 0 555 00 0 0 3 0 8 5 88888888 77 4 55555555555 9 44 1 5 0000 11 4 111111 8888888 66666666 777777777777777777777777777777777777777777777777 777 7 11 7777 2 6 999 0 444444 2 2 66 5 2 7 777 111 0 0 3 9 8 2 1 6 0 99999999999999999999 333 0 8888888888888888888 0 2 2222222222 5 0 0 0 0000 5 0 55 0 55 0 55 555 0 0 0 0 0 0
consensus : NCATTNTGATTATTTTGTATCATNTCANGTTCAACGACAAANACATTAAGNNACTGNCTNTCACTGTGAANTATGTGTATAT----AA-ATTN-TTTGATT--GA---AT--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCGACTGAGCTAACCGGGCCCG-GCTTNNCTA----TGT----TG-AAAT-AANGGTTC-AGT-------TGAACTCNATTTAAG--NATAACAGAGCAAGTACANTGAANTNAATAAGTTTATGCNACGTTAAGACACNTGTAAAGGATNATTGACTGCCTTTATNGNTACCTCACTAGTCATTTNANGTTCAA
Reference ( family-300 ) : NCATTNTGATTATTTTGTATCATNTCANGTTCAACGACAAANACATTAAGNNACTGNCTNTCACTGTGAANTATGTGTATAT----AA-ATTN-TTTGATT--GA---AT--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCGACTGAGCTAACCGGGCCCG-GCTTNNCTA----TGT----TG-AAAT-AANGGTTC-AGT-------TGAACTCNATTTAAG--NATAACAGAGCAAGTACANTGAANTNAATAAGTTTATGCNACGTTAAGACACNTGTAAAGGATNATTGACTGCCTTTATNGNTACCTCACTAGTCATTTNANGTTCAA
gi|1 : CATTTTGATTATTTTATATCATTTCATGTTCAACGACAAAAACAT---GTTACTATCTCTCACAA--AAGAATGTATACAT----AACATTGATTTGATT--GA---AT--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TTTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTAGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GTAACCGACTGAGCTAATCGGGCCCG-GCTACATTA----TAT----TG-AAAT-AATGGTAC-AGT-------T---TCCCATTTAAG--AATATCAGAACAAGT-TAGTGAAGTCAA----TTTATGCTACGTTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGATTGCCTTTATGGTTATTTCA-TA-TCATTTCATGTTTAA
gi|10 : tGATTGAC-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACTAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------A-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACTCCATCTCTACAA--TTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GGGACAAA------TGATGATAAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGG-ATTCGAATTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACcgactcaaa
gi|11 : cttcactttaaatatgtaacaaaATTGAC-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGTCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAATCAA--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------A----------T---AACCAGTACTCCAGCACAGCCCATCTCCGCAA--GTTACT----GATTACTTTTTCAT-TTGAATCAGTGGTGA---TAGAC-AA------GGGTGTTGAATCAC-A-ATcttgtcataccaattgttgaagtatctctattgataaaacacaatatatacaatcccttctctggcagaca
gi|12 : tgtggatcatttgaatgtcgtacacacgaattaatgttgaactgctctgcatataccgacatgcatttctggaacactgaacatattgtcaatggttttaaaagtgtcttgttttcatagattgtcctgtgttagtccT------T-------CC--------TG-----------G-------GCTGGCTG----------T----------T---AACCAGTACTTGA-CACAACTTATCTCTGCAA--GTCACT----GGCCACTT--CCAC-AAAAATT--TGGAGACACAAGACATA------TGGCCATTGAACAA-AGATG--GTAACTAT--ATTATCA-CAGAGAT----------------AGGA-TTCCAAACTCAC-GACCATTGGATTGACAGTCTGTTGT-ATTACCAACTGGGCCAGTCAGACCtttgatgtgttgatgacacccattcatt
gi|13 : tataattgcataaagtagtagatcacatttgcttgtttgtttgcttgtatgtttgtttggtgttttaatccttttttcaacaacatttcaattatttaATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATTGAGAGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTTGAGCACACCCCGTCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---AAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGTCGGG-C---GGGGG-ATTCGAACTCAC-GA-CCTTGGATTGATTGTCAGACGC-GTAACCGACTGAGCTtag
gi|14 : TATTTGT-TATTTCCAA-ATTC-TTCGCTTTCAA---AGCATGATTGAT-TGAATATTTTG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGAGCCAACAGACGATCA----GTTAACGTAACCAC--TATC------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------TCCTTAAAGGTT---AACCAGTACTCGAGCACACCCCGTCTCTACAA--GTAACT----AATAACTTTCCCAC-TTGAATCAATGGTGA---AAGACGAA------TGATTATGAG--AC-A-ATGTCGTA--AGCAAATAAGCA-CG
gi|15 : tgtcttaagcagccaTGAT-TGAATATT-AG--CATCATAT-TTATGCCATCTAGGGCTAACAAACGATCA----GTTATCCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TT-----------G-------G------ATACTGGAAGGT----------T---AACCAGAACTCA----------ATCTCTGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTAAGTCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACA--A-ATGTTGTAT-TATCAACCATCA-CTGAGATTGTGGCTGGG-C---GGGGA---TTGAACT-ACAGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-
gi|16 : tccaaACAGACGATCAATCAGTTAACCTAACCACACTTTTCTGCCAT-------CC--------TG-----------G-------G------AGG--------T----------T---AAACAGTAC-CGAACGCGCCC-ATCTCCACAA--ATAACT----GAT---TTTGCCAC-TGGAATCAGTGGTGA---GAGAAAAA------TGACAATGAGAGGC-A-ATGCCAAA--TATCAATTATCA-AAGAGACAGTGGCCAGG-C---AAGG--ATTCAAATTTAC-AACTCCTG----GATAGTTAGATTCTTCTAT---CTGAGCTAACAACGCCCA-GC
gi|17 : TTAACCTATTCAT--TCTT------T-------CC--------TA-----------A-------G------A----------TCCTGGAAGGTT---GACAAGTACTCGAGCAAACCC-ATCTTCACAA--ATAACT----GATAACTTTCCCAC-TTCAATCGGAGGTCA---GATACGAA------TAATAATGGGAAAC-A-TTGTCGTA--TTTCAATCATCA-TGGAGATTGTGGCTGGG-C---TAGG--ATTCAAACTCGC-AACTCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCAACTGAGCTAGTCGGACCCG-GCTcaaat
gi|18 : a-TTTGATT--GA-----------TGAT-TGAATATATAGAATATCATTT-TCGTGCCATCGAGACCAAACGGACGATCA----GCTAGCCTAACCAC--TCTT------TACGGGATCC--------TG-----------G-------A------AGC--------T----------T---AACCTGTACTCCAGTACACCC-ATTTCTAAAA--GTAGTT----GATAACTTTCCCAC-ATCAATCAGCGGTAA---GAGACGAATGATATTGATAATGAGACAC-A-TTGTTTCA--TATC
gi|19 : atatttattttttttttgctagacA---AT--TGATCGAT-TAAAAATTAAG--CGTCATTT-TCATGCCATCGAGGGCTAACAGACCACCA----GTTAACCTAACCAC--CATT------T-------CC--------TG-----------G-------G------ATCCTAAAACGT----------T---AACCAGAACTGAAGCACAC
gi|2 : tttctgatgaatagaagcgatgttATTAAT-TGCATACTTAG--CATCATTT-TTATGCCACCGTGAGCTTACAGACGATCA----ATTAACT-----AC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------TCCTGGAAGGTT---AACCAGTACTCAAGCACACCC-ATCTCTGCAA--GTAACTCCGTGATAACTTTTCCGC-TTAATTCAGCGATGA---GAGA---A------TGA--ATGA-ACGT-A-ATGTCCTA--TATAAATCTTCA-CAGAGACTGCTGCCGGG-C---AGGGT-TTCCAAACTAAC-GACCCCTAGATTGACAGTCAGGCAC-ACAAATGACTG-GC--------CTCG-G----TCAA----TGA----T--AAGG-AATGGCTC-A----------GAG---AATTTAAG--AAT----GAGCAAGT-CAAT
gi|20 : atctgtatttctgctgtaaaatctgcttttattatagagaagattgttggatttaatgaaagttcattgtttatttctggtgagaaTTCAAACTCAC-AACCACTGAATGGA----CAGATGG-GTTACTGACCGAGCTATCTGGGttcattattcacaagtgaaattaaatt
gi|21 : aggG-T---GGGGA---TCAAAACCGC-AACCTCTGGATTGATAATC
gi|3 : TTGATT--GA----T--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CCTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTTACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCACAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCATTGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-TGGAGACTGTTGCTGGG-C---AGGGG-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGAATGTCAGACGT-GTAACTGACTGAGCTCATCGAGCCCA-GCTT-TCTT----TAT----TG--AAT-AATAATTtaacaaactgacct
gi|4 : atatacacatcattacagtccttttgtttggaatattgggcatattaagtcttaattatgaaatgtatttaaaataaatagttcattcaactgctgttttctgttaT----AA-ATTA-TTT--TT--GACAGAT--TGATTGAC-AGAATATTTAA--CATAATTT-TCATGCCATCGAGGGCTAACAGACGTTCA----GTTAACCTAACCAG--TGTT------T-------CCAATGATCCTG-----------AAA-----G------G----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCAATCTCCACAA--GTAACT----GATAACTCTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---AAGACGAT------TGATTTTGAGACAC-A-ATGTC--A--TATCGATCATCA-CGGAGACTGTTGGCGt
gi|5 : atttaatatatacaacctgtttactattgttcaacatgaaaccattaattcattataaaaccaacagtaaatattgcacttcttattaacttagattataattaaagaacagttattcaacaggatcattgaaatCATTGTGATT-TTTTGT----TGTCAGGT-----GATAAATACATTAAGAAACTGACTGTCACTGTGAATTATGTGTATAT----T---TTG-TCTG-TT--G-----T--T--TTGTT-TGAATATTTAG--AGTCTTTT-TTATGCCATCAAAGGCTAACAGGGGATCA----ATT----TGAG-A-------------T-------CC--------TA-----------G-------T------AG---------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACTA-ATCTCTGCAA--GTTACT----TATAACTTTTCCAC-TTGAATCAGAGGTTA---GAGAAGAA------TGATAATGAGAC-T-A-ATGTCATA--TATCAATTATCA-CAGAG------GCCGGGACTAGGGGGAGATTCAAACTCAC-GAACCCTGAATTGAT-GTCAGACGT-GCTACTGACTGAGCTAACTGTGTCCGTGCTTGTTTA----TGTAACATGTAAAT-AACGacagaaagaatttcaacatatcagaacaagtttacaac
gi|6 : ATTTAC--CATCATTT-T-ATGCCATCGAGGGCTAACA-----TT-----GTTAACCTAACCAC--TATT------T-------CT--------TG-----------G-------G------G----------TAC--------TGAAAACTAGTAC--AAGTACACCCCCTCTCCACAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GAGATGAA------TGATAATGAGACACAA-ATGTCGTA--TATCAATCATCG-CGGAGACCGTTACCGGG-C---AGGG--ATTCAA---CAC-G---------TTA-----CA---------ACTGA----GCTGATC-GGCCCG-G-TTCCCTG----TGT----TA-AA---AAGGGT----GT-------TGAACTCCATTTAAG--CA-AACA-AACAAATATACTGAATTAAATAAGTTTA-GCAATG--AAAATACATGTAAA--ATCA--AACTG---TTATTGGTACCTTACTAGTCATTTAAAGTTCAA
gi|7 : TGTGAAATAT-TGT-TAC----AT-CTGC-TTTAACT---A---ATA-TGATTGAT-TGA---TTGA---------TT-TTATGCCTTTGAGGGCTAATAGACGATC------------TAACCAT--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------TCCTTTAAGGTT---AACCAGTACTCTAGTACAAGCCATCTCTGCAA--GTTACT----GATAACTTCCTCAC-TTGAATCAGCGG--------------------------TAAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAGTCATCC-CGAAGACTGTTGCTGGG-T---GGGG--ATTCAAACTCGC-AACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCTACAGAGGTTATCAGGCCTG-GCTTAACTAGTATTGT----TG-attaaaa
gi|8 : tgtatttgtcagatatagtT-TGAATCTTCAG--AATTATTTCTTATGCCATCAAGTGCTAACAGACAACAA----ATTCACTTAACCGC--TCCT------T-------CT--------TG-----------GCATCCTTG------A----------C----------T---AACCGCTACTTGAGCACAACC-ATCTCTGCAA--GTAACT----GATAAATTTCTAAC-TTGAATCTGTGGTGA---CCGACTAA------TGACATTGAGACAC-A-ATGTGTTA--TATCAATCATCATTGGAGACTG--GCCAGT-C---CGG---ATTCAAACTTAT-GACCGCTGGATTAATATTAAGACAC-ACTACAGCCTAGGCTAACAGGGCCCA-GCTTGA---------------A-AAATAAAAGATTCAAGTTCACATGTGAACTCAA-TTAAGTTTTTAATACAGCAAACACtctgttggaaaataaaatatatatcactcggcagaca
gi|9 : gaacagaaacaaagtTTA-TTTGTTT--CG---TT--TATTTGTTATGA-TATTTAG--CATCACTT-TCATGCCATCAAGGGCTAACAGATGATCA----GGTAACTTAACCAC--TCTT------T-------CT--------TGCGATCCTACCTG-------G------AATG-------T----------T---AAACAGTTCTTGAGCACA-----TCTCTGCAACTGTAACT----GATAACTTTCCCTTGTTGAATCAGCGGGAG---GAGATTAA------TGACAATGAGACAC-A-CGGTTGTA--T-TTAGTAATCG-C------TGTGGCTAGG-T---GGC-A-ATTCATAGTCATAGAACCCTTGATTGATATTCTGGTGT-GCTACTGACTGAGCTAACCAGGCCCC-GCTGATCCA----TGT----
blockSeqs : G . . G G . T TAA AA A G T T T A TTCCAAA C C TCAAAGCA A AA C ATCA AC G CTGCCA ACGGGAT AATGATCC CGATCCTACCTGGAATGT GAA C CT CCGT G T CAC A TGATAT A G AC T T A TAG AGA G A T C A T TGTTTATGTAACATGT ATA T TCAAGTTCACATGTGAACT A T TTTTTAATAC A A T A TAAG . A . A . C . . T G C G A A
blockSeqs : T A G . AAA A A GACAGAT . . . . . G . . . GGATCCTTAAAGGT . C . . . T . A . . . T . T . . GA A A . C A . TAACTAGTATTGTTG GG T GTTGAACT C T CAAACA A C
blockSeqs : . . ATC G A AATA . . . . . G . . . GGATACTGGAAGGT . T . . . T . G . . . . . G . . AT G . . C G . TCCCTGTGTTA AT C TCAGAG A . AATG .
blockSeqs : T C A CGTT . . . . . A . . . AGATCCTGGAAGGT . C . . . T . G . . . . . G . . GA G . . T G . TTCTTTATTG AT G
blockSeqs : A T GAT . . . . . G . . . GGATCCTAAAACGT . C . . . T . G . . . . . G . . TT A . . T G . TCAATGAT . A
blockSeqs : . GA . . . . . T . . . GGATCCTGGAAGGT . C . . . C . A . . . . . T . . GA A . . T G . TGAA
blockSeqs : . GT . . . . . C . . . GGATCCTTTAAGGT . A . . . T . G . . . . . T . . AA A . . T A .
blockSeqs : . . . . . C . . . GCATCCTTGAC . C . . . A . G . . . . . T . . A A . . T G .
blockSeqs : . . . . . A . . . GGCTGGCTGT . C . . . C . G . . . . . T . . A A . . C A .
blockSeqs : . . . . . G . . . GGAGGT . . . . . C . G . . . . . T . . A G . . A .
blockSeqs : . . . . . G . . . GAAGCT . . . . . T . G . . . . . G . . A A . . T .
blockSeqs : . . . . . G . . . AAAGGT . . . . . T . G . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . GGGTAC . . . . . A . T . . . . . . . . A A . .
blockSeqs : . . . . G . . . GTAGT . . . . . T . T . . . . . . . . A A .
blockSeqs : . . . . C . . . AGAT . . . . . C . . . . . . . A .
blockSeqs : . . C . . . GGAA . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GGAT . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . GGAT .
blockSeqCons : AN****** N* GGATCTAAGGT************************************* A**
originalCons : NCATTNTGATTATTTTGTATCATNTCANGTTCAACGACAAANACATTAAGNNACTGNCTNTCACTGTGAANTATGTGTATAT----AA-ATTN-TTTGATT--GA---AT--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TG-----------G-------G------A----------T----------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA-ATTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCGACTGAGCTAACCGGGCCCG-GCTTNNCTA----TGT----TG-AAAT-AANGGTTC-AGT-------TGAACTCNATTTAAG--NATAACAGAGCAAGTACANTGAANTNAATAAGTTTATGCNACGTTAAGACACNTGTAAAGGATNATTGACTGCCTTTATNGNTACCTCACTAGTCATTTNANGTTCAA
finalCons : NCATTNTGATTATTTTGTATCATNTCANGTTCAACGACAAANACATTAAGNNACTGNCTNTCACTGTGAANTATGTGTATATAN------TTN-TTTGATT--GA---AT--TGATTGAT-TGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCAC--TGTT------T-------CC--------TGGGATCTAAGGT-------------------------------------T---AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAACT----GATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGG-C---GGGGA--TTCGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCGACTGAGCTAACCGGGCCCG-GCTTNNCTA----TGT----TG-AAAT-AANGGTTC-AGT-------TGAACTCNATTTAAG--NATAACAGAGCAAGTACANTGAANTNAATAAGTTTATGCNACGTTAAGACACNTGTAAAGGATNATTGACTGCCTTTATNGNTACCTCACTAGTCATTTNANGTTCAA
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222 222 1111 11 1111 66666666666666666666 11111111111111111111 4444444444444444444 2222222222 1 2222 1 11 11 11 222 1 1
lowQualScore : 1 5 4444 1 1 66666 1 111 22 1 1 7 1 6 7 2222 44 66 0 8888 4 33 0 2 5555 2 33333333333333333333 0 7 33 4444 2 2 333 666666 2 2 55 2 2 8 2 5 1 5 0 2 0 3 0 1 4 88888888888888888888 777 1 5555555555555555555 1 3 8888888888 5 1 1 1 4444 5 1 88 1 77 1 88 000 1 1 5 5 1 1
lowQualScore : . . .... . . ..... . ... .. . . . . . . .... .. .. . .... . .. . . .... . .................... . . .. .... . . ... ...... . . .. . . . . . . . . . . . . . . .................... ... . ................... . . .......... . . . . .... . . .. . .. . .. ... . . . . . .
lowQualScore : 0 5 0000 0 0 55555 0 555 00 0 0 3 0 7 3 8888 33 66 7 2222 4 44 1 5 0000 4 33333333333333333333 5 6 11 7777 2 6 999 444444 2 2 66 5 2 0 5 0 0 0 3 9 8 2 1 6 0 99999999999999999999 333 0 8888888888888888888 0 2 2222222222 5 0 0 0 0000 5 0 55 0 55 0 55 555 0 0 0 0 0 0
consensus : NCATTNTGATTATTTTGTATCATNTCANGTTCAACGACAAANACATTAAGNNACTGNCTNTCACTGTGAANTATGTGTATATAT--TTG-TTTGATTGA---AT-TGATTGATTGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGAT--C---C-------AAG--GTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAAC----TGATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGGC-GGGG-ATT-CGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCGACTGAGCTAACCGGGCCCG-GCTTNNCTA----TGT----TG-AAAT-AANGGTTC-AGT-------TGAACTCNATTTAAG--NATAACAGAGCAAGTACANTGAANTNAATAAGTTTATGCNACGTTAAGACACNTGTAAAGGATNATTGACTGCCTTTATNGNTACCTCACTAGTCATTTNANGTTCAA
Reference ( family-300 ) : NCATTNTGATTATTTTGTATCATNTCANGTTCAACGACAAANACATTAAGNNACTGNCTNTCACTGTGAANTATGTGTATATAN--TTN-TTTGATTGA---AT-TGATTGATTGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGAT--C---T-------AAG--GTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAAC----TGATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGGC-GGGG-ATT-CGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCGACTGAGCTAACCGGGCCCG-GCTTNNCTA----TGT----TG-AAAT-AANGGTTC-AGT-------TGAACTCNATTTAAG--NATAACAGAGCAAGTACANTGAANTNAATAAGTTTATGCNACGTTAAGACACNTGTAAAGGATNATTGACTGCCTTTATNGNTACCTCACTAGTCATTTNANGTTCAA
gi|1 : CATTTTGATTATTTTATATCATTTCATGTTCAACGACAAAAACAT---GTTACTATCTCTCACAA--AAGAATGTATACATAACATTGATTTGATTGA---AT-TGATTGATTGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCACTTTTTCCTGGGAT---------------------TAACCAGTACTAGAGCACACCCCATCTCCGCAA--GTAAC----TGATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGGC-GGGGAATT-CGAACTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GTAACCGACTGAGCTAATCGGGCCCG-GCTACATTA----TAT----TG-AAAT-AATGGTAC-AGT-------T---TCCCATTTAAG--AATATCAGAACAAGT-TAGTGAAGTCAA----TTTATGCTACGTTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGATTGCCTTTATGGTTATTTCA-TA-TCATTTCATGTTTAA
gi|10 : tGATTGACTGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACTACTGTTTCCTGAGAT---------------------TAACCAGTACTCGAGCACACTCCATCTCTACAA--TTAAC----TGATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GGGACAAA------TGATGATAAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGG-ATT-CGAATTCAC-GACCCCTGGATTGATAGTCAGACcgactcaaa
gi|11 : cttcactttaaatatgtaacaaaATTGACTGAATATTTAG--CGTCATTT-TTATGTCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAATCAATGTTTCCTGGGA---------------A------TAACCAGTACTCCAGCACAGCCCATCTCCGCAA--GTTAC----TGATTACTTTTTCAT-TTGAATCAGTGGTGA---TAGAC-AA------GGGTGTTGAATCAC-A-ATcttgtcataccaattgttgaagtatctctattgataaaacacaatatatacaatcccttctctggcagaca
gi|12 : tgtggatcatttgaatgtcgtacacacgaattaatgttgaactgctctgcatataccgacatgcatttctggaacactgaacatattgtcaatggttttaaaagtgtcttgttttcatagattgtcctgtgttagtccTTCCTGGGCTGGC---T------------GTTAACCAGTACTTGA-CACAACTTATCTCTGCAA--GTCAC----TGGCCACTT--CCAC-AAAAATT--TGGAGACACAAGACATA------TGGCCATTGAACAA-AGATG--GTAACTAT--ATTATCA-CAGAGAT-------------AGG-ATTCCAAACTCAC-GACCATTGGATTGACAGTCTGTTGT-ATTACCAACTGGGCCAGTCAGACCtttgatgtgttgatgacacccattcatt
gi|13 : tataattgcataaagtagtagatcacatttgcttgtttgtttgcttgtatgtttgtttggtgttttaatccttttttcaacaacatttcaattatttaATTTAG--CGTCATTT-TTATGCCATTGAGAGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGAT---------------------TAACCAGTACTTGAGCACACCCCGTCTCCGCAA--GTAAC----TGATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---AAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-CGGAGACTGTTGTCGGGCGGGGG-ATT-CGAACTCAC-GA-CCTTGGATTGATTGTCAGACGC-GTAACCGACTGAGCTtag
gi|14 : -TGATTGATTGAATATTTTG--CGTCATTT-TTATGCCATCGAGAGCCAACAGACGATCA----GTTAACGTAACCACTATCTCCTGGGAT--C---CTTA----AAG--GTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCGTCTCTACAA--GTAAC----TAATAACTTTCCCAC-TTGAATCAATGGTGA---AAGACGAA------TGATTATGAG--AC-A-ATGTCGTA--AGCAAATAAGCA-CG
gi|15 : tgtcttaagcagccatatttgttatttccaaattcttcgctttcaaagcaTGATTGAATATT-AG--CATCATAT-TTATGCCATCTAGGGCTAACAAACGATCA----GTTATCCTAACCACTGTTTCCTTGGATA-C---TGG-----AAG--GTTAACCAGAACTCAA----------TCTCTGCAA--GTAAC----TGATAACTTTCCCAC-TTAAGTCAGCGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACA--A-ATGTTGTAT-TATCAACCATCA-CTGAGATTGTGGCTGGGC-GGGG-ATT--GAACT-ACAGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-
gi|16 : tccaaACAGACGATCAATCAGTTAACCTAACCACACTTTTCTGCCAT--C---CTGG----GAG--GTTAAACAGTAC-CGAACGCGCCC-ATCTCCACAA--ATAAC----TGAT---TTTGCCAC-TGGAATCAGTGGTGA---GAGAAAAA------TGACAATGAGAGGC-A-ATGCCAAA--TATCAATTATCA-AAGAGACAGTGGCCAGGC-AAGG-ATT-CAAATTTAC-AACTCCTG----GATAGTTAGATTCTTCTAT---CTGAGCTAACAACGCCCA-GC
gi|17 : TTAACCTATTCATTCTTTCCTAAGAT--C---CTGG----AAG--GTTGACAAGTACTCGAGCAAACCC-ATCTTCACAA--ATAAC----TGATAACTTTCCCAC-TTCAATCGGAGGTCA---GATACGAA------TAATAATGGGAAAC-A-TTGTCGTA--TTTCAATCATCA-TGGAGATTGTGGCTGGGC-TAGG-ATT-CAAACTCGC-AACTCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCAACTGAGCTAGTCGGACCCG-GCTcaaat
gi|18 : a-TTTGATTGA----------TGATTGAATATATAGAATATCATTT-TCGTGCCATCGAGACCAAACGGACGATCA----GCTAGCCTAACCACTCTTTAC-GGGAT--C---CTGG----AAG--CTTAACCTGTACTCCAGTACACCC-ATTTCTAAAA--GTAGT----TGATAACTTTCCCAC-ATCAATCAGCGGTAA---GAGACGAATGATATTGATAATGAGACAC-A-TTGTTTCA--TATC
gi|19 : atatttattttttttttgctagacA---AT-TGATCGATTAAAAATTAAG--CGTCATTT-TCATGCCATCGAGGGCTAACAGACCACCA----GTTAACCTAACCACCATTTCCTGGGATC-C---T-------AAAACGTTAACCAGAACTGAAGCACAC
gi|2 : tttctgatgaatagaagcgatgttATTAATTGCATACTTAG--CATCATTT-TTATGCCACCGTGAGCTTACAGACGATCA----AT-----TAACTACTGTTTCCTGGGAT--C---CTGG----AAG--GTTAACCAGTACTCAAGCACA-CCCATCTCTGCAA--GTAACTCCGTGATAACTTTTCCGC-TTAATTCAGCGATGA---GA---GAA------TG--AATGA-ACGT-A-ATGTCCTA--TATAAATCTTCA-CAGAGACTGCTGCCGGGC-AGGG-TTTCCAAACTAAC-GACCCCTAGATTGACAGTCAGGCAC-ACAAATGACTG-GC--------CTCG-G----TCAA----TGA----T--AAGG-AATGGCTC-A----------GAG---AATTTAAG--AAT----GAGCAAGT-CAAT
gi|20 : atctgtatttctgctgtaaaatctgcttttattatagagaagattgttggatttaatgaaagttcattgtttatttctggtgagaaG-GTT-CAAACTCAC-AACCACTGAATGGA----CAGATGG-GTTACTGACCGAGCTATCTGGGttcattattcacaagtgaaattaaatt
gi|21 : aGT-GGGG-ATC-AAAAC-CGC-AACCTCTGGATTGATAATC
gi|3 : TTGATTGA----T-TGATTGATTGAATATTTAG--CCTCATTT-TTATGCCATCGAGGGCTAACAGACGATCA----GTTAACCTTACCACTGTTTCCTGGGAT---------------------TAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCACAA--GTAAC----TGATAACTTTCCCAC-TTGAATCATTGGTGA---GAGACGAA------TGATAATGAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAATCATCA-TGGAGACTGTTGCTGGGCAGGGG-ATT-CGAACTCAC-GACCCCTGGATTGAATGTCAGACGT-GTAACTGACTGAGCTCATCGAGCCCA-GCTT-TCTT----TAT----TG--AAT-AATAATTtaacaaactgacct
gi|4 : atatacacatcattacagtccttttgtttggaatattgggcatattaagtcttaattatgaaatgtatttaaaataaatagttcattcaactgctgttttctgttaAA--TTA-TTT--TTGACAGAT-TGATTGACAGAATATTTAA--CATAATTT-TCATGCCATCGAGGGCTAACAGACGTTCA----GTTAACCTAACCAGTGTTTCCAATGAT--C---CTGA----AAG--GTTAACCAGTACTCGAGCACACCCAATCTCCACAA--GTAAC----TGATAACTCTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---AAGACGAT------TGATTTTGAGACAC-A-ATGTC--A--TATCGATCATCA-CGGAGACTGTTGGCGt
gi|5 : atttaatatatacaacctgtttactattgttcaacatgaaaccattaattcattataaaaccaacagtaaatattgcacttcttattaacttagattataattaaagaacagttattcaacaggatcattgaaattaCATTGTGATT-TTTTGT----TGTCAGGT-----GATAAATACATTAAGAAACTGACTGTCACTGTGAATTATGTGTATAT-T--TTG-TCTG-TTG-----T-T--TTGTTTGAATATTTAG--AGTCTTTT-TTATGCCATCAAAGGCTAACAGGGGATCA----ATT------------------TGAGAT--C---C-------TAGTAGTTAACCAGTACTCGAGCACACTA-ATCTCTGCAA--GTTAC----TTATAACTTTTCCAC-TTGAATCAGAGGTTA---GAGAAGAA------TGATAATGAGAC-T-A-ATGTCATA--TATCAATTATCA-CAGAGGCCGGGACTAGGG-GGAG-ATT-CAAACTCAC-GAACCCTGAATTGAT-GTCAGACGT-GCTACTGACTGAGCTAACTGTGTCCGTGCTTGTTTA----TGTAACATGTAAAT-AACGacagaaagaatttcaacatatcagaacaagtttacaac
gi|6 : ATTTAC--CATCATTT-T-ATGCCATCGAGGGCTAACA-----TT-----GTTAACCTAACCACTATTTCTTGGGGTA-C---T-------GAA-----AACTAGTAC--AAGTACACCCCCTCTCCACAA--GTAAC----TGATAACTTTCCCAC-TTGAATCAGTGGTGA---GAGATGAA------TGATAATGAGACACAA-ATGTCGTA--TATCAATCATCG-CGGAGACCGTTACCGGGC-AGGG-ATT-CAA---CAC-G---------TTA-----CA---------ACTGA----GCTGATC-GGCCCG-G-TTCCCTG----TGT----TA-AA---AAGGGT----GT-------TGAACTCCATTTAAG--CA-AACA-AACAAATATACTGAATTAAATAAGTTTA-GCAATG--AAAATACATGTAAA--ATCA--AACTG---TTATTGGTACCTTACTAGTCATTTAAAGTTCAA
gi|7 : TGTGAAATAT-TGT-TACAT--CTGCTTTAACT-A---ATATGATTGATTGA---TTGA---------TT-TTATGCCTTTGAGGGCTAATAGACGATC------------TAACCATTGTTTCCTGGGAT--CCTTT-------AAG--GTTAACCAGTACTCTAGTACAAGCCATCTCTGCAA--GTTAC----TGATAACTTCCTCAC-TTGAATCAGCGG--------------------------TAAGACAC-A-ATGTCGTA--TATCAGTCATCC-CGAAGACTGTTGCTGGGT-GGGG-ATT-CAAACTCGC-AACCCCTGGATTGATAGTCAGACGC-GCTACCTACAGAGGTTATCAGGCCTG-GCTTAACTAGTATTGT----TG-attaaaa
gi|8 : tgtatttgtcagatatagtTTGAATCTTCAG--AATTATTTCTTATGCCATCAAGTGCTAACAGACAACAA----ATTCACTTAACCGCTCCTTCTTGGCAT--C---C-------TTG--ACTAACCGCTACTTGAGCACAACC-ATCTCTGCAA--GTAAC----TGATAAATTTCTAAC-TTGAATCTGTGGTGA---CCGACTAA------TGACATTGAGACAC-A-ATGTGTTA--TATCAATCATCATTGGAGACTG--GCCAGTC--CGG-ATT-CAAACTTAT-GACCGCTGGATTAATATTAAGACAC-ACTACAGCCTAGGCTAACAGGGCCCA-GCTTGA---------------A-AAATAAAAGATTCAAGTTCACATGTGAACTCAA-TTAAGTTTTTAATACAGCAAACACtctgttggaaaataaaatatatatcactcggcagaca
gi|9 : gaacagaaacaaagtTAT--TTG-TTTCGTTTA---TT-TG-TTA--TGA-TATTTAG--CATCACTT-TCATGCCATCAAGGGCTAACAGATGATCA----GGTAACTTAACCACTCTTTCTTGCGAT--C---CTACCTGGAAT--GTTAAACAGTTCTTGAGCA-----CATCTCTGCAACTGTAAC----TGATAACTTTCCCTTGTTGAATCAGCGGGAG---GAGATTAA------TGACAATGAGACAC-A-CGGTTGTA--T-TTAGTAATC-------GCTGTGGCTAGGT-GGCA-ATT-CATAGTCATAGAACCCTTGATTGATATTCTGGTGT-GCTACTGACTGAGCTAACCAGGCCCC-GCTGATCCA----TGT----