lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222 22222222 111 22222222222222222222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111 11111 444444444444444444444444444444444444444 11 11111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 2222222222222222222222222 3333333333333333333 11111111 2222 2
lowQualScore : 2 888888888 3 6 2 2 2 666666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666 6666666 1 1111 33 333333333 11 1 1 1 33 1 11 11 1 44 222 66666666 222 33333 1 11 222 11 22 2 444444 99999999999999999999999999999 22 22 3 22 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333 4444 33333333333 4444 33333 2 77777 4444 2 000000000000000000000000000000000000000 2 5 33 888 8888 2 2 2 44 444 55 33333333 2 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 0000000000000000000000000 3 88888 1111111111111111111 11111111 4 4444 0 4
lowQualScore : . ......... . . . . . ...... ................................................................................................................................................................ ..... ....... . .... .. ......... .. . . . .. . .. .. . .. ... ........ ... ..... . .. ... .. .. . ...... ............................. .. .. . .. ........................................................................................................................................................................................................... ... .... ........... .... ..... . ..... .... . ....................................... . . .. ... .... . . . .. ... .. ........ . . .......................................................................... .. ......................... . ..... ................... ........ . .... . .
lowQualScore : 5 888888888 2 7 5 5 5 000000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55555 9999999 5 3333 77 999999999 88 3 2 2 11 9 77 77 2 55 333 22222222 222 44444 4 99 444 99 88 7 111111 11111111111111111111111111111 22 22 3 33 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555 0000 55555555555 8888 99999 1 44444 2222 4 666666666666666666666666666666666666666 4 3 77 111 8888 5 5 5 11 777 77 44444444 7 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 0000000000000000000000000 8 33333 7777777777777777777 88888888 4 5555 1 4
consensus : ATTAAAGGGACA-CA------C-GGCAATTTT-G-ATA-AAT-T----TTCAC----T--AAACTC-CA-----C-T--NTC-----A--AANTAT-ACA--TATC-------TACAT-GATGCA-A-ATAT-------GAAAT---A----A---G---A--A-TA-T-C--C---CA--G--TA-----TGCGT-N---CANA--CC----CTT--TA-TT----TCGT-TT---CTAT-CTT-----N-G-A--AA-GG-GG-CAT-AACTCTTGT--A--AAT-G-GTTGAA---A---G--G-CATC-N-TAT-----TTT-GC--AT---AT--T-CGTGGT------CA---T-----AT--AT----G--A-C-A-NAA--A--GT-G--TAACAN-A-------TA-T-TT-N---AT---C--N-AT------CA----------G-TTTTT---A---T-----NGGTAT-G-----ATAGANA---A--A---A----T--T-CAA--A--A--GAA--AT-----A-------TCAA--TTTG-TA---TT-TT--TA--AA-A-NA-TN-TT---CT---A------A----T---A----TT---TT-C-A-AAAC--T-AG--CGTGA-CG-T--CACTA---GT-TTAGT---NA-A-A-A-----N--TGTT--AATT-A-----T-TTC-T--TA-A-A----TA-T-G-AAGTTT---CAG-ATA-------GT-AATACTTTG---GA-T--TA-----A-----------ATA------------------T----ATATA----TT-C---ATAN-GTG--T-A----A-ANAT-T--T-----ATTTGATGCG-----TGAACATNAGTAAAAC--TCG-----ATTTCAA-----CANT-GCCG-T-GTGTCCCTTTAA
Reference ( gi|3 ) : ATTAAAGGGACA-CA------C-GACAATCTT-G-ATA-AAT-G----TTCAC----C--AGGCTC-CA-----C-T--GTC-----A--AACTGTGACA--TGTT-------TACAT-GATGCA-A-ATAT-------TACAC---A----A---G---A--A-TA-T-C--C---CA--G--TA-----TACAC-T---CATA--CT----CTT--TG-TT----TTGT-TT---ATAT-CTT-----T-T-A--AA-GG-GG-CAC-AACTCTTGT--A--AAT-G-ATTGAA---A---A--C-CATC-T-TAT-----TTT-GC--AT---AT--T-CGTGGT------CA---T-----AA--AT----A--A-C-A-TAA--A--GT-G--TAACAC-A-------CA-T-TT-A---ATA-AC--A-AT------CA----------G-TTTTT---A---C-----AGATAT-G-----TTAGACA---A--A---A----T--T-TAA--A--A--GAA--TT-----A-------TCAT--TTTG-TA---TT-CT--TA--AATA-AA-TA-TC---CT---A------A----T---A----TT---CT-C-A-GAAC--T-AG--CGAGA-CA-T--CACTA---AT-TTAGT---TA-A-A-A-----C--TATT--AAGT-A-----T-TTC-T--TA-G-A----TA-T-G-ATGTTT---CAA-ATA-------AT-AGTACTTTG---GA-T--TA-----A-----------ATA------------------T----ATATA----TC-C---ATAT-GTG--C-A----A-ATAT-T--T-----ATTTAATGCG-----TAAACATGAGTTAAAC--TTG-----ATTTCAA-----CAAT-GCCG-A-GTGTCACTTTAA
gi|12 : ATTAAAAGGACA-CT------CAGGCAATGTT-T-ACT-ATT-T----TTCAC----T--TAATTA-TA-----T-T--TCT-----G--AAC-ATTATA--TATC-------TACAT-GATGCA-A-TTAT-------GAAA----A----T---A---A--A-TA-C-C--C---CA--T--TA-----TGTGT-G---CAGA--CC----CTG--AA-TT----TTGC-TT---ATAT-TTTAAATTT-T-AGAAA-GG-GG-TAT-AACTCTTGTAAA--AAT-G-GATGAA---AGG-A--G-TATT-G-TA------CTT-GG--GT---G---T-CGT----------A---T-----AATTAT----A--A-T-A-AAT--A--GT-G--TAACAA-A-------TA-T-T-----------C--C-TT------CT----------G-GTTTT---A---T-----CGGTATAA-----TGAAAC----A--A---A----T--A-CAA--A--G--GGA--AT-----A-------TCTG--TTTG-TA---TT-TT--TT--AAGA-AG-T--TT---AT---A------A----A---A----TA---TT-T-A-AAAC--T-AG--CCTGA-CT-T--CACTA---AT-TT
gi|7 : ACTAAAAGGTCTTCA------C-GACAATTTT-G-------T-T----TTCACATAAC--AGTATT-T------C-T---TA-----A--AATTAT---A--TATC-------TACAC-AAAGCA-A-ATAT-------GAAATTGGA----ATTGG---AATA-TA-T-C--C---CA--G--TA-----TGTTT-G---CAGA--CT----CTC--TA-CT----TCAT-TT---ATAT-GTT-----A-A-A--AA-GG-GG-CAC-AACCCTTTT--T--TATGG-ATTAAC---A---A----CATA---AAT-----TTTCAC--AT---AT--T-TAAGGC------CA---T-----AA--AT----G--A-C-A--AA--A--GT-G--TAATAT-A-------CA-T-GT-----ATA--------------------------------TT---A---T-----AT-TAT-G---------------A--A---A----T---------------AAA--TT-----C-------CTA---TTTG-TA---TT-TT--TT--AA-A-AA-TG-TTTA-CT---C------A----C---A----TT---A--A-A-AAAT--T-AAATTGAGACCA-T--CATT-----T-TTAG-----A-A-A-A-----A--TGCT--AATA-A-----T-TTC-T--TATGTA----TA-T-C-AC-CTT---CAAGATA-------GT-AATACTCCA---GA-T--T------------------AT-------------------------TATT----TT-C---ATAT-Ggacaaatgttaat
gi|8 : aTTAAAGGGACA-CA------G-AGCAATTTT-G-ACA-AAA-A----T-CGC----CGAAAACT---A-----T-T--TTT-----G--GAATTT-ACA--TC-----------CAT-GGTGCA-A-ATAT-------GAAGT---A----A---G--------TA-T------------G--TG-----TGC---------TG--GT----CTT--TAATT----TCCT-TT---AGAT-TTG-----G-G-A--AA-AG-GG-CAT-ATTTCCTGT--A--AAT-T-GTTAAA---AGGCA--T-TATC-A-TAT-----TCA-GC--AA---AT--T-CGTGGG------CT---T-----AT--GT----G--A-C-A-AAA--A--GT-G--TAACAA-G-------GC-T-TT-C---ATT-TT--C-AT------CA----------G-TTTTTTTTA---T-----AAATAT-G-----ATAAAAA---A--A---A----T--C---A--T--A--GAA--AT-----C-------TCAA--ATTG-CA---TT-TT--TGTCAAT-----TT-TCG--CTCAAA------A----T---AGTTTTT---TT-T-A--AAC--T-GG--TGTGG-CT-T--CACTA---AT-TTTGT---AA-A-A-A-----A--TG-T--AAATAA-----T-TTA-T--TA-A-A----CA-T-G-ATGCTC---AAA-ATA-------GT-AATAC-TTG---GA-T--gttatatgttcaccggtggaagt
gi|5 : TTAAAGGGACA-C-------C-GGTCATTTT-A-GTA-CAT-G----TTCAC----CTTA---TT-TA-----T-T--TTC-----------TGTAAAA--C--T-------TATAT--ATG---A-AC-T-------TA---------------G---A--A-TA-T-C--C---CA--G--TA-----TGTGT-G---CAGA--TC----CTT--TA-TT----T-GT-TT---CTAT-TTC-----G-C-A--AA-GA-GG-CAT-AACCCTTGC--A--AAT-T-GTTGAA---A---G--T-TATC-C-TGT-----TTC-GC--AT----T------TGG-------CA-------------------A--A-T-A-T--------T-G--TAACA------------------A---ATA-AG--T-ATTTCCGCCA----------G-TTTTA---T---C-----AG-TAT-G-----ATAAATG---T--A---T----T--T-CCA--A--C--GAA--AT-----A-------TTAA--ATTG-CA---TT--T--TA------------------CT---C------A----T---A----TT---TT-C-C-CAAC--A-AG--CGTGA-AACT--CTCTA---GT-TTTATGAATA-A-G-A-----A--TGCC--AGTT-A-----T-CTT-TACTA-A-A----TA-T-A-AAGTTC---CAG-ATA-------GT-AATA-TTTGACAAA-T--TA-----ACATCTCCATGTGTG------------------T----ATACG----TT-C---ACAT-GTG--T-A----A-ATGT-TGGT------TTTCATTCGGTAATTGAACGTTAGTAAAAC--TCA-----GTTTAAA-----CATT-GCattaagttaatcttatggt
gi|13 : TTAAAGGGACA-AA------T-GGCAATTTC-G-ATA-A-T-G----TTT------C--AGTTTA-CATATTTC-T--G-------A--AATTTT--TG--TATC-------TATAT-AATGCA-A-ATAT-------AAAGT---G----A-------A--A-TA-C-C--T---CC--T--CA-----TGAAT-G---CAGA--CT----CTT--TA-TT----TTTTATT---TTAT-ATT-----C-G-A--AA-GG-GA-CAT-AAGTCTGGT--A--ACT-G-GTTGAA---C---G--G-TATCAC-TAT-----TCC-AC--AT---AT--
gi|26 : aatacTTAAAAAGGCA--A------C-GTCAATTTTTG-ATAGAAT------TTCAC----T--TAACTTATA-----T-TTTATC-----C--GA-TAT-ACA--TAGT-------TACAT-GATG---A-ATTT-------GACAT---ATTGGA---G---A--A------C--C---CT--G--TA-----AGTGT-G---CAAA--CC----CTT--AA-TT----TTGT-TG---TTGT-TTT-----G-G-A--AA-GG-GG-CAT-AACTCTTGT--A--AAT-T-GTTGAA---A---G--G-CATgggattatctattgtaacaatgggcaaaatgtttttttaattttatcactttatcggttttataacaaaaacaaaaaaatccaagcaaatatatttttattcaatactgtttctattcatatatttagaataagccacaagtgttagacaaatgtta
gi|22 : atTTAAAGGGACA-C---------GACAATATT-GGATA-AAT-T----TTCAC----T--TGGTAC-TA-----T-T---TCTGA--A--AAC-----CA--TGT-----------AT-GAT-------TGT-------GA-------------------A--A-TA-T-G--C---CA--G--TGGGTGTTA-AC-TATGCAGA--TC----CTT--TA-TT----TCAT-TT---TTAT-TTT------------AA-GG-GG-CAA-AATTCTGGT--A--AAA-A-ATTG
gi|48 : cTTAAAGGGACA-CA------C-AACAATTTT-C-ATA-AAT-T----TTCA-----T--AAACTC-TA-----C-T--TCC-----G--AAtttaaacaatggtatcctatacaatatagcgcatttaagtacatttatgacaaa
gi|43 : TTAAAGGGACA-CA------C-GTCACTGTT-G---A-AAT-GGAATTTTAC----T--AAAGTG-CA-----CGC--ATC-----A--AA---TAA-A--TCTT-------TACAC-GTTGaattatatacctgtgtgatacagtctatgaaactgtaataccatgtatgc
gi|65 : agatagtaattctttaatgttaatacattaagatgataatgcacaTTAAAGGGACA-CA------C-AAAAATCTT-C-ATA-AAT-T----TTCA
gi|2 : TAAAGGGACA-CT------C-AGCACTTTT-G-ATT-AAC-G-------AC----T--A-------A-----T-T--CTG-----A--AAAT----CA--TATT--------AT-T-TATGCA-AGATA-----------AG---A----A---ATTCA--A-TA-T-T--C---CA--G--TA-----TGT---T---TATAAACA----CTT--TG-TT----TCTT-TT----CAT-CTT-----TATGA--AA-AG-GG-CAT-AACTCTGGC--A--AAT-G-ACTGAA---A---G--G-TTTC-C-TAT-----TTT-AC--AT---AT--A-AGTAGT------AG---T-----TT--AT----G--A-C-A--AA--A--ATAG--CAAAACTA-------TA-TCCT-A---TTA-ACT-T-AT------TA----------C-TTCTA---A---T-----CAACAT-A-----ACAGAAA---AT-A---A----T--C-CAACTATCA--GAACGTTAGGAAA-------TCAGAACTTG-TA---T---T--TA--GA-G-CA-TT-TG---TT---T------A----C---A----TT---TT-C-A-AAAC--T-AG--CGCGG-TG-C--AATTA---GTATTA-T---GA-A-A-A-----T--TGTT-----T-A-----TAATC-A--TA-T-A----TA-TAG-ATATTTTTGCAG-GCA-------AT-ACTACTGGA---GA-T--AA-----ATATT-------ATA------------------T----ATACA----TT-T---ATAG-ATG--T-A----A-ATAT-T--A-----ATTCCATGCA-----GGACCAC--GTGAAAA--TCG-----AATTGAA-----ACATAGCCA-T-GTGTC-CTTTAA
gi|16 : tacatgttacataacgtccatttcaAAAAGAACA-CA------A-GGCAATTTT-G-ATA-AAA-T----TTCAC-----------TC-AA-----C-TA-GTT-----ATCAAC-ATAAC-----TT-------CA-AT--ATG-A-A-AT-T-------CA-------------------A--A-TA-C-C--C---AA--C--GG-----TACAC-G---CATA--TC----CTT--AA-TT----TCAT-AT---CTAC-CTT-----T-T-A--AA-GG-GG-CAT-AACTCTATC--A--TAC-T-GTTGAA---A---T--T-CATC----AT-----TTT-TCTAAC---AT--T-TGTGTT------GA---T-----CA--AA----G--A-CAA-AAA--A--GT-G--TAAAAT-G-------TATT-TT-G---ATA-AC----AT------CA----------G-TT---------------------T-G-----TTAGAAA---T--T---A----T--T-TTG--A--T--GAA--AT-----A-------TCAG--TTTT-TA---CT-TT--TA--A--A-GA-TA-CT---TT---ACTC---A----T---A----TT---TT-C-A-GAAC--A-AG--TGTGA-C
gi|11 : ttgtatttaAAAGGGACT-CA------T-GGCAGTTTT-A-ATA-AAT-T----TTCTC----T--TAATTC-T------T-T--TTC-----T--GATAATTATA--TATC-------TGCAT-GATAAA-A-ATAT----------GC---A----G---G--------TA-T------------G--TG-----TAC---T---GATG---------TT--TA-AT----TTTT-TT---CTAT-TTCA----G-T-A--AG-GGAGG-TAC-AATTTTT-------ACT-G-GTTGAA---C---G--G-TATT-G-TAT-----ATT-AC--AT---AT--T-CCTTGT-----------T-----AA--GT-------------TTA--A--GT-G--TAATAT-C-------TA-T-TT-C---ATT-TT--C-AT------CA----------C-TTGTT---A---T-----CAATAT-G---------ACATAGA--A---G----T--T-TCT--A--A--GAC--CT-----A-------TTTA--TTTG-TAC--TT-TT--TA--AA---AA-TG-TTTTACC---A------A----T---A----TT---TC-C-A-CAA------G--TGA---------CACCA---AT-ATA-----TA-ATA-A-----G--T-TTGGAATC-A-----T-TTCCT--TG-A-A----TA-T-G-AAATTC---CAG-AGA-------GT-AATACATGG---AG-A--TA-----A-----------ATA------------------T----c
gi|33 : AAAGGGACA-CAATGTCAT-GACAATTTT-G-ATA-AAT-T----CTCTC----T--CGACTC-CG-------T--ATCTG---A--AAAT-TAAAA----TC-------TACAC--ATACAGA-ATAT-------GAAAC---T----G---A---A--A-TA-C-A--C---CATTG--TG-----TGTAT-T---AAT----------TT--TG---------GT-TC---A-AT-C-T-----T-G-A--AA-AG-GG-CAT-AATTCg
gi|15 : cAAAGGGACA-CA------T-GCCAATTTT-G-ATA-AAT-T----TTTAaggtactgttttt
gi|57 : taGGGTCC-TA------C-GGTAATTTT-G-ATA-AATTG----TTTACT---C--ATATTT-C--------T--G-------A--AA--GT-ATA--TATC-------TACAT-GATGCA-A-ATAT-------tataacaatatttcttagaaatttatatgtaattttatatacagttataaaatgatcaaattaaaacaaatatatgtccagacaattttctgcctttcctaacttttaaaggggcataacttttgtgcatgtgtttaaaaaggcatctaatttagcacatttgtaaccaactatgacaaaaaatctgaaatgtttttcaatttcctcagctttaattgataaaaaatcccaaagaaatatcaatctgtgttgttgtttttttaaactagttt
gi|14 : GCTC-CA-----C-TCTGTTTAGAAA--AATTAT-ACAGCTGT-----------GT-GTTACA-A-ATAT-------GAAAT---T----A---G---A--AGTG-----------A--G--TA-----T-----T---CAGA--CG----CTT--AA-TT----TCCG-TT---CTGT-TTT-----G-T-A--AA-GG-GA-CAT-AATTCTTGT--A--AAT-G-GTAGAA---G---G--G-CATC-A-TAT-----GTC-GC--AT---AT--T-CGTTGT------AA---T-----AT--GT----T--A-C-A-AAA--C--TT-A--TAACAA-A-------TA-T-TT----------C--C-AT------CA----------G-TTTTT---A---A-----CGGTAA-G-----TTAGGTA---G--T---A----T--T---------A--GAC--AT-----G-------TCAA--TTTG-TA---TT-CTACAA--AATATTA-TG-TT---TT---A------C----C---A----TTGCGTT-C-A-AAAC--T-AT--CAAGA-GT-T--CACTA---GT-TCA-----CA-A-A-A-----T--GGTT--AA-T-AG----C-TTC-T--TA-A-A----TG-T-G-AAGT
gi|17 : cC-----A--ATTTGTTACA--TGTTGTCTACATACAT-GATGCT-A-ATAT------------------------G---A--A-CT-T-CAAT---CA--A--TA-----TGCAG------ATC--TT----TTT--TG-TTGTTTTTTT-TT---CTAT-TTT-----G-A-A--AA-CG-GA-CAT-CACTCTGCT--G--AAT-G-GTTGGA---AGGTA--T-CGTT-T-TAT-----CTT-AT--AT---AT-----GCCAT------CA---T-----TT--AT----A--T-C-A-AAA--A--GT-G--TAACTT-T-------TA-T-TT------T---C--A-A-------CA----------G-TTTTT---A---T-----GGACAT-G-----ATAGACA---A--ACT-A----TAAT-TAA--A--ACTGA----T-----AAGACAACTGAT--TTTG-AA---TT--T--TA--CGT--------TC---TT---T------ATTTGT---A----TT---TT-C-A-AAAC--T-AG--
gi|21 : -----A--AACT-T-ACA--TATC-------TACATTGATGCA-A-ATAT----------GC---A----ATC-A---A--A-TG-C-C--C---CC--G--TA-----GATTT-G---CAGA--CA----ATT--TA-TT----TCGT-TT---CTTT-ATT-----G-G-A--AA-GT-GC-CAC-AA--CTTG---A--AAT-G-GTTAAA---A---AG-CGCATT-TATATACTTATTT-GC--AC---AT--T-CGTCTT------C--------------AT----A--A-C-C-GGA--A--GT-G--TAACAG-A-------TG-T-TT-A---ATT-TT--C-TT------CA----------G-TGTTT---A---T-----AGCTAT-G-----GCAAACA---
gi|18 : tttttgTGATG--TATC-------TCTAT-GATGCC-A-ATAT-------GACAT---A----T---A---A--A-T-----------CA--ACATA-----TATAC-TAA-CATA--CT----CTT---A-TT----TTCA-TT---ACAA-TTA-----T-G-G--AA-GG-GG-CAC-AACTGTCGA--A--AAT-G-TTTG---------------ATT-T-T-T-----TTT-GT--AT---AT--T-CTTCGT------CA---C-----AT--ATGTTAA--A-C-AGTAC--ATTGT-A--TAACAA-A-------AG-T-TT------TA-AC--ACATC-----CA----------C-TTTTT---A---------AGATAT-G-----------A---A--A---G----------AA--A--A--GAA---A-----A-------TC----------------------A--AGCA-TA-GA-TC--------A------G----T---A----TT---TT-C-A-G-----T--------GA-CG-T--CACTA---GC-TT--T---TATA-A-A-----A--TGTT--AA-T-A-----T-Tc
gi|39 : GATA--TGT---------ACAT-GATGCC-A-GTAT-------GAAAT---T----A---G---A--A-TA----------CA-----CA-----TAC-T-T---TGTG--CTGACCCAT--TG-TT----TCTT-TT---CTAT-TTA-----A-G-A--AA-GG-GG-CAC-AACTCTTGT--A--AAG-G-ACTGAA---A---A--G-CATC-C-TAT-----TTT-GC--AT---AT--T-GGTGGT------CA---T-----
gi|30 : ccttcCA--TATC-------GATAT-GAAGCA-A-GTATATGCTATTAAAT---A----GCC-G---A--G-TA-T-C--C---CG--G--TA-----TGTGT-G---CAGT--CC----CTTAATG-T-------GT-TT---ATAT-TTT-----T-G-A--AG-GG-GG-TAT-AACTCTTTT--A--AAC-G-AATAAA---A---A--G-CATA-T-AGT-----TTT-----AT---AT--T-CGTTGT------CA---C-----CG--AT---------C-A--AA--C--GT-G--TAATA--A-------AA-T-TT-
gi|58 : ACAG-GATGCA-A-ATAT-------GATAT---T----G---A---A--A-TACT-C--C---CA--G--TA-----TGTAT-G---CAGA--CC----CGT--CA-TT----CTGT-TT---
gi|34 : CAT-GAAGCT-G-ATAT-------GA------A----ATT-G---A--A-TACT-C--CAGACA--G--TA-----TATAA-T---TATG--TA----GAT--TG-TTAAATTCAT-TT---AT-C-CTT-----T-G-G--AA-GG-AA-AAT-AACTCTTGT--A--AAT-G-AATGAA---A---G--G-CATT-C-TA------TTT-AA--AC---AT--C-TATAGT------CA---T-----ctggtttgaa
gi|15 : tattAT-GAT-CA-A-AT-T-------AAAAC---A----A---A---T--A-TA-TGT--C---CA--G----------ACA---------A--TT----TTC--TG-CC----TT---TC---CTAA-CTT-----T-T-A--AA-GG-GG-CAT-AACTTTTGT--G--CAT-GTGTTTAA---A---AAGG-CATC-T-AAT-----TTA-GC--AC---AT--T-TGTAAC------CA---A-----CT--AT----G--A-C-A-AAA--A--AT-C--TGAAAT-G-------TT-T-TTCA---ATT-TC----CT------CA----------G-CTTTA---A---T-----TGATA----------A---A---A--A---A----T--C-CCA--A--A--GAA--AT-----A-------TCAA--TCTG-TG---TT-GT--Tttgcgagcatgacaaaaaaag
gi|29 : taaaagggacacatgccaattttgataaatttttatataacaatatttcttagaaatttatatgtaattttatatacagttataaa-A-ATAT-------GAAAT---T----A---A---A--A-TA-C-C--C---CA--G--TA-----TGCAG--------A--CC----CTT--AA-TT----TAAT-CTCAAATATAC--------------AA-GA-GG-CAT-ACCTCTGGT--A--AAT-G-ACTGAgtttttttaaactagttt
gi|19 : acattgtacagtggtgtccgttaaaagcatacatagccattctgattaattacaactcagcactatttataaactaactg--C---CA--G--TA-----TGTGTGTA--CAAA--CC----CTT--AA-TT----CTGC-TT---CT-T-ATT-----TAG-A--AA-GG-GG-CAT-AACTCTAGT--A--AAC---ACTCAA---A---T--A-CATC-C-TTT-----TTT-GC--AA---AT--T-GGCGGC------CA---T-----TT--AT----G--GTC-A--AG--A--GG-GCTTAGTAT-A-------T--T-GT-A---AT--TT--G-AC------CA----------G-TTTTT---AT--C-----AG---T-A-----ATAAAGA---A--ACT-G----T--T-TTA--A--A--AAA---T-----A-------TCAT-------TA-------T--TA--ATTG-TA-TA-TTCA-CT---T------A----T---A----TT---TC-CAA-AAAC--TAAG--CACGA-CT-T--CACcag
gi|46 : A--CC----CTT--AA-TT----CCAT-TC----TAA-CTT-----T-G-A--AAAGG-GG-TTT-AATCCTGGT--A--AAT-G-GTTGAA---A---C--A-CATC-C-TCT-----TTT-GA--AT---AT--T-TGTGGT------CA---
gi|10 : ccccagtatgaagagagag--TA-TT----TAGT-TT---CTAC-ATT-----A-C-A--AA-GG-GA-CAC-GACTCTGGT--ATTAA--G-CTTGAA---A---A--G-CATC-C-T-------TTT-GC--TG---AT--T-TGAGGT------TAATTT-----AA--AA----A--A-A-A-AAC--A--AT----CAAAAT-A-------AA-T-TT------TA-ATCTG-AT------CT----------GATTTTT---ATCTC-----GAGTAT-G-----ACAGAAA---A--A---AACCAT--C-CAA--A--A--AAA--AT-----A-------TCAT--TT-A-TA---TT-TT--TA--AACA-----------------------------T---A----TT---TT-C-ACAAACATC-AG--CTTGG-CT-TTGCAC-A---TT-TTAGA---GA-A-A-A-----C----------GT-AA----T-TTC-T--AA-A-A----TA-C-G-AAATAT---CAG-ACT-------GT-AATATGTGGA--GA-T--TA-----A--------------------------------C----AC-TG----TCAC---ATA--GTG--T-A----A-AAAA-T--T-----ATTTGATTAG-----AAAGCAGGAGT-AAAA--TCA-----ATTTCAACTTTGCAAT-GCC-------TC-CTTTAAggctt
gi|9 : tattcagaccataaa-TT----TTGT-TT---ATTT-CTT---------A--AA-GG-GG-TAT-AACTCTTGT--A--AAT-T-GTTAAA---A---A--G-CATC-A-TAT-----TTC-GG--AC---AT--T-AAGGGG------CA---TATAAAAA--AT----T--A-T-G-TAA--A--TT-C--TAATAA-T-------TA-T-TT-T---ATATAT--T-AT------CATTATTTTATTT-TTTTT---A---T-----TGGTTT-G-----ATAGAAA---G--A---A----T--T-AAA--A--G--GAA--AT-----A-------TCAT--CCAA-TA---TC-CT--TT--AAGA-ACTTT-TT---CT---C------A----T---G----TT---TT-C-A--AAC--TGAT--CATGA-TG-C--CACTA---GT-T---T---TA-G-A-A-----CAATATT--GA-T-A-----T-act
gi|4 : atttcactcgattttatttctaaacaagttacaaatctacaagaggcaagataaaatagttatatgtgtaaccctaaaT----TTGT-TT---CTA--CTT-----T-G-G--GA-GG-GGATGT-AACTCTGGG--A--TAT-G-TTTGAA---A---G--T-CATC----AT-----TTT-CC--------T--T-TGAG--------------------------------A-C-A-AAA--A--GT-G--CAATAT-ATACTTTTCA-T-TT-A---AT---------T------------------G-TGTTT---AA--T-----AGGTAT-G-----ATAGAAA---A--ACAAA----T--C-CAG--A--A----A--CT-----A-------TCAA--TTTG-TA---TT-TT--TA--A--A-GA-TT-TT---TT---A------C----TTGGA----TT---TC-C-A-AAAT--T-AG--AATGT-CA-C--CACTA---GT-TT--T---AA-A-A-A-----T--TGTT--AATG-A-----T-TTC-T--GA-A-A----TA-T-G-AAGTTT---GAG-ATA-------GT-AACA-TTTG---GAGG--TC-----A-----------ATATCTTCATGTGGCTACGGGT----ATACA----TT-A---GTAG-GTG--T-G----A-TGAT-T--G-----ATTTGATGTG-----TGCACATAGGTAAAAT--CAA-----ATTTaaagttatttgacagtaaacatctccatatgtgatacttgacagtaaacatctc
gi|24 : gtattttgaagaggcacggcaatttagataattttcatttaacacaattttgtgaaacttatatagctacatgatatactgttctgacccttacgTAT-TTT-----G-G-G--AA-GG-GA-CAC-AACTCTTAT--A--AAT-G-GCTGAC---G---G-----------TAT-----CAT-GC--AT---ATAAT-TGTTGT------CA--------------------------A-TAA--A--GT-G--TAACAA-A-------TA-T-TT-C---ATT-TT--T-AT------TA----------G-TTT---------------AAA------------AGACA---C--A---A----T--T-GAA--A--A--GAA--AT-----A-------TCAA--TTTG-TG---TTGTT--TA--AAGA-AT-TGCTT---CT---C------A----T---A----TT---TT-A-A-AAAC--T-AG--atacattacttcct
gi|6 : c-----T-T-C--AA-GG-GA-CAC-AACTCTAGC--A--AAT-G-GTTCAA---A---G--G-CATA-A-CAT-----TTT-GC--TT---AT--T-CGCAGT------CA---T-----AT--AT----G--A-T-A--AA--A--GTTG--TAACAC-A-------TA-T-TT-T---TT---T--T-GT------AA----------G-TTTTT---A---T-----TAGTAT-GATAAATTATACA---A--A---A----T--T-TAA--A--A--TTA---T-----A-------TCAA--TTTG-TATATTT-TT--TT--TGTT-TT-TT-TT---TT---ACAC---A----T---A----TT---TT-C-A-AAAC--T-AC--CATGA-CT-T--CACCAGATAT-TTTAT---GA-A-A-A-----A--TGTT--AATG-A-----A-TTC-T--TA-A-A----TA-T-G-AATTTC---CAG-ATA-------GC-AATAC-TTG---GA-TACTG-----ATATTTTC----ATA------------------T----GGATAAACTTT-C---ATAC-ATG----A----A-AGA--T--T-----GTTTGACGCA-----TGATCATAAATAAAAC--T-------ATTTTAA-----AATT-GCCACA-G-GTC-CTTTGAtttta
gi|1 : tgttgcatatttgaaattagaatatatatacaggcccttatgttcaa-A--AC-GG-GG-CGT-AACTCTTGT--A--TAT-G-GTTTAA---A---A--G-CATA-T--AT-----TTT-GC--TT---AT--TTCGGGGT------CA---C-----AT--AT----G--A-T-A-AAG--A--AT-G--TAACAA-A-------TA-T-TT-C---CTT-TT--T-AT------AA----------G-TTTTTTTTAT--C-----GGGCAT-G-----ATAGATA---T--A---T----T--T-TAA--A-----GAA--AT-----A-------CCAA--TATGATA---TT-----TA--AA---GA-T--TT---TT---ACTCAGCA----C---A----TT---TT-C-A-AAA------------GA-TA-G--TA-TG---AT-TTAGA---TA-A-A-A-----G---GTT--AACA-A-----T-TTC-T--TA-G-ACTTATA-T-G-AAGTTC---CAG-ATATTTGGAGATTAATACTTTT---GA-TA-TA-----G-----------ATA------------------A----GCGTA-------C---ACAG-G-------------ACAT-T--G-----ATTTGATATG-----TATACAATAGC--AACGTTCG-----ATTTCAA-----CATC-GCAG-T-ATGTTCCTTTAaaggtagtatataaatatccatttaatactt
gi|66 : taattaaaaacacgtgtaattaaacatatttggtatgaaattaggtgtacagtatccatttcttaagatccacacggcaactttaatgaattgtcttttatttattgtttaattactctgaaaactgtatgactacatggtggatatgatatgaaccggtcttgattacctttcctatgtcgg-A--AA-GG-GG-CAT-AACTCTTGT--G--AAT-G-GTTGAA---A---ggctaacaaacaaacatttaacaat
gi|41 : --AA-GG-CG-CAT-AACTCTGGT--A--GTC-A-GTTGAA---A---G--G-CATC-T-TAT-----TTC-GC--AG---GT--T-TGTGTA------AA---T-----AG--GT----A--A-C-A-GAA--A--ggc
gi|40 : atgaaattaaattagtccagtgcatgtatcaatatatcgtattattggttggg-GG-GG-CAT-AACTCCGGT--A--AAT-G-GCTGAA---A---G--A-CGTC-C-TAT-----TGT-GC--ACCACAT--T-CACGGT------CA---T-----CT--AA----G--A-C-A-CAA--C--TC-G--CAATAT-A-------TA-T-AT-ATAGATT-AC--A--T------AA----------G-TT------------------ATAT-A-----TT-GTCG---ATTA---A----T--GGTAA--A--A--GAA--taaat
gi|45 : -GA-CAT-AACGCTTGT--G--GAT-A-GTTGAATTTA---A--T-CAT-----AT-----TTC-GC--AT---AT--T-GGTTGTACGATACA---T-----TA--AT----ATTA-C-A-TAA--T--GT-G--TAACAT-A-------TA-T-TT-g
gi|52 : tgttgggtgaaacgt-GG-CACTCACCCTTGT--A--AAT-G-GTTAAA---A---G--G-CATT-A-TAT-----TTT-TC--CT---AT--C-CACAGT------TA---C-----AT--AT----G--A-C-A-AGA--A--AT-G--TAACttatcag
gi|49 : aaagctCTAGT--A--AAT-A-GTTGGA---A---G--A-CGTC-A-TGT-----TTT-GC--TG---GT--T-CGTTCT------CA---T-----AT--AT----G--A-C-G-GAACGA--GT-A--AAACAA-A-------TA-T-TT-A---A-----------------CA----------G-TTTTT---A---CCGGTGAGATA
gi|27 : TG-TA---TT-TT--TG--AA-A-AA-TA-TT--------------------T---G----TTA--CA-C-A-TAA------G--CGTGC-CA-C--CACTA---AT-TT--T---TA-T-A-A-----A--GAAT--AAGT-AAATGAT-TTC-T--TA-A-AGT--TA-T-GCAT-TTT---CAG-ATA-------GA-AATACTTTG---AG-A--TG-----A-----------ATA------------------T----CTACA----T
gi|23 : tttgtatcggaataatagagaaaaaaaatcccccaaaatatctata------A----C---A----TT---TT---A-AAAC--T-AG--CGTGG-TG-T--CATTA---GT-TTA-----TA-A-A-AAAAAAC--TGC---AACT-A-----T-TTCCT--TA-C-A----TA-T-G-ACGCCA---CAG-ACA-------GT-AATATGTTG---G--T--TGT----A-----------ATA------------------T--------A----TT-C---ATATAGTT--CTA----C-GTAT-TA-T-----ACGTATTGTG-----TAAATATTGGTCTAACA-TTGGAACAATTTTAA-----C-AT-GTCA-ATGTGTCgt
gi|47 : ------A----T---A----TT---T----A-AAAC--T-AG--CACAA-CA-T--CACAA---AT-TTAAT---AA-A-ATA-----A--TGTT--AATA-A-----T-TTC-T--TA-A-A----CA-T-G-TAGCTT---TAG-ATA-------GT-TATACCTGGT--GA-T--CA-----A-----------catctaaa
gi|36 : ttaattgt----TT---CTTC-A-AAGC--C-GG--GGTGG-CA-C--CACTA---AT-TTAAT---GA-A-A-A-----C--TGTC--AATT-A-----T-TTT-T--TA-A-A----TA-T-G-AAAATT---AGG-AGA-------GT-AGCCC----------T--TA-----A-----------AGA------------------CTG--ATATC----TC-CATAATAT-TTA--C-A----ATATATAT--TAACTGATTTAATACA-----TAAACcgtct
gi|38 : -A-----T-TTC-T--TA-G-A----TA-T-A-AATCTT---AAG-ATA-------GT-AGCACTTAGA--GA-A--TAATATCA-----------GTA------------------TAATGATATA----TT-C---ACAG-GTGGCC-ATGCTA-CTGT-T--T-----ATTCGATGTG-----TGAATGT-AGTAAGAA--TTG-----ATTTCAT-----CATT-ATCA-T-GTGTCGCCTTAtttctgagtgaa
gi|43 : A-G-A----TAGT-A-ATTCTT---TAA--TG-------TT-AATACATTAA--GA-T--GAT----A-----------ATG------------------C----ACACA-------------AC-GTG--T-A----A-AGAT-T--T-----ATTTGATGCG-----TGCACTTTAGTAAAAT--TCC-----ATTTCAA-----CAGT-GACG-T-GTGTCCCTTTAA
gi|44 : ----ATATC----TT-C---ATAG-GTG--T-A----A-TGAC-T--TG----ATTTGATGCT-----TAAACATCA-----------------ATTTCAA-----CATG-GCAG-T-GTGTCCCTTTAA
gi|63 : c-GTG--A-A----A-AGAT-T--T-----ATTTAATGCA-----TGAACATGAG-TAAAC--TTT-----ACTCCAA-----tacagacgaaaaacaaattgatttaaaattgtcagatattaatg
19 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATTCATAGAACGTATATAACGACATGGTGCAATTATGAAATTTAAGTACCGAAGCTTCCGATTCTATTTGGGGAAGGGGCATAACTCTGCTTATACTTCAAAGGCATCACATGTCGCAAATATGTTTTGATATAAAACAAAATCAGCTAAAACAATTTCTCCAGTTTTTATAAATATTATAGAACCAAATCAAAGAAATCTCAATGTGAATTTCTTTAA
Unaligned ( gi|25 ): GACAAAAATGTAATAATGGCTTATTATTATCAGTTTTTATGAGCATGATTGAAAAAGGTGCAAAGAAATATTAATTACTGTAAGTATTTTTTCAAGACTCTCACATTGTATTATCAGAACTAGTATGTTGCCACTGGTTTTATAAAACCTGTTAATAATTTCTTAAATATAAAG
Unaligned ( gi|28 ): TTTATATCAATAAACTTTTTAATGATTTCTCAAATAGGAAGTTCTAGATAATGATAATTGGAGATTAATATCTAAGTATGGTTATACATTCAAAGGTTCACAGATTGATTTGATTTGTGACCATGACTAAAATCTCTGTAAAATTCCTCACACTAAGTCTTCTTTC
Unaligned ( gi|31 ): AAACTTAGGGACATAAGGCAATTGTGTTAAAGGATCACTTAACGCTACATTTGCCTTGTATATCTGAAATTTACATATCTGCTTGATGCAAACACGAAAATGAGACACCACCGTAATGCATACTTGCTCTAAATATGGTTTTTACTTTGAAAAGAGGACATA
Unaligned ( gi|32 ): ATATATGAAATTAAAACATTCTGGTATGTATGCAGATCCTTAATTTATTTTATATTTAATTTTATTTTATTTTATATTATATTTGAAATAGGCATACTCTTGTAGATCTATAGTTTGTTGAAAGATAGCCTATATCGCGTCATCTATGGCAGAACATGTA
Unaligned ( gi|35 ): TTTCAAAAACTAACGTGACACCACTAATTTCATACAAAAAAATCGGTTGTTACTTTCTAAACTGTGAAGTTTCCGACAGTTATACTTCAGATTGATATCGTCATACAGATGGGGGCCTACACTTTTATTGGTAAAAAGTTTGTTTTGATGTGT
Unaligned ( gi|37 ): GATGGAAGAAGCTAAAAAAAACACGTCAATTTATATTTTCAACTTGTATATATTTCAATCAAAGTTAGCATGTAACCACTTTTGCATGAAAATCTATCAATCGTTTCTTGAATATGAAGTTTTTGATACTTGAGCTTTGAAATTAATATC
Unaligned ( gi|42 ): TAGATGTTAAAGGGACAGTCTGCAACATTGATCAATTTTCGCTTGCAATTTTTGTTTAAGATATATACACATTACCTATGGCATTAGAAAAACCGCAGTATGTGTGCAGACTCTATTTC
Unaligned ( gi|50 ): ATTTTATTTTCATCAGTAAGAAAAAATTCTTAGGAAATACCAACTTGTATTGTTAAAGAATTTTAGTCATATTTTCAAAATCAGCATGATGCCACT
Unaligned ( gi|51 ): TATTTTCAGAAGTACCGTGACATCGCTGATTTTATGAGAACATTTAATAAATTCTGAAATATGTAATTTCAGATAGATATTT
Unaligned ( gi|53 ): ACCGTAACTTCGTTTATTATTTTGAAAAAGTGGAATAATTCTGGTCAATGGTCAAAAAGCATCAAATTTCGCAC
Unaligned ( gi|54 ): TATATATCTACAGTATGCAACTGTGCGATTATACCGTAGTATTTATGCAGATCCTTCATTTCGCGTATATTT
Unaligned ( gi|55 ): ATGAATTTAAAATACTTCGAAATGTATGCAGGCTGTTTAATTTTGTTTCTGTGTTTGGAAGGGGGCACAACT
Unaligned ( gi|56 ): AAAACTAGTTGAACACTTCTGAAGTATGACATTTCAGACATTACTATTTGGAGGGCAATATCTTCAAATGG
Unaligned ( gi|59 ): CTTAAAGGGAAACAGTCATGGCAATTTGGATAAGATTTTCACTCAACACTATTTTTAAAAAATTATATAAT
Unaligned ( gi|60 ): TAAAATGGTGATAATTTCTTTAGTATGAAATTTCATAAAGTAAATTTTGAAGACCAAGATTCCCATTATG
Unaligned ( gi|61 ): TAAGATATGCAGACCCTTAATTTTGTTTCTGTATTGAAAAATGGCATCGTTGTGGCAAATGATTGA
Unaligned ( gi|62 ): ATTTCGTTACTATTTCGGAAAGTTGCAAACTCTTGCCAAATAGTTGAAAGGCTTC
Unaligned ( gi|64 ): AACCAAAGAACACGGTCATCTATAACTATAGTATTTA
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444444444444444444444444 111111111111111111 1111111111111111111111 11111111 111111111111 4444444444444444444444444444444444 111111111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555 11111111111 33333333333333 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111
lowQualScore : 22 888888888888 1 1 1 88888888 1 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 2 1 22 44 44444 1 5555555555555555555555555555 1 1 22 1 999999999999999999 2 0 7777777777777777777777 1 00 1 88888888888 1 8888 00000000 1 1 1 11 1 0 1 11 333 333333333 11 111 2222 11 222 222 5555 222 55555 1 222 0 1 4444 44 444444 111111111111 1 22222 44 444444 11 777777 1 666 3333 1111111111111111111111111111111111 222 1 88888 33333 1 1 444444444444444444444444444 1 6666666 1 222 66666666666666666 22 1 3333 1 33 1 0000000000000000000000000000000000000 222 222 222 222 1 1 3333 2 1 1 00000000000 55555 3 00000000000000 1 1 77777 333333 77 1 1 44 22 3333 44 1 22 333 44444 0 33 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888 2 8888888 555 666666666 777 2 77777 7 44 6666666666 3 4 4 2
lowQualScore : .. ............ . . . ........ . .. ......................................................... . . . .. .. ..... . ............................ . . .. . .................. . . ...................... . .. . ........... . .... ........ . . . .. . . . .. ... ......... .. ... .... .. ... ... .... ... ..... . ... . . .... .. ...... ............ . ..... .. ...... .. ...... . ... .... .................................. ... . ..... ..... . . ........................... . ....... . ... ................. .. . .... . .. . ..................................... ... ... ... ... . . .... . . . ........... ..... . .............. . . ..... ...... .. . . .. .. .... .. . .. ... ..... . .. ............................................................... .... . ....... ... ......... ... . ..... . .. .......... . . . .
lowQualScore : 55 666666666666 8 8 8 00000000 7 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 4 2 22 11 22222 2 6666666666666666666666666666 1 1 77 1 333333333333333333 2 3 8888888888888888888888 1 77 1 99999999999 1 3333 66666666 1 1 1 44 1 7 1 55 444 222222222 55 999 3333 55 000 000 4444 111 66666 2 111 2 2 0000 22 777777 333333333333 3 77777 33 555555 99 666666 5 777 1111 7777777777777777777777777777777777 777 5 88888 88888 5 6 555555555555555555555555555 6 8888888 6 888 99999999999999999 22 6 4444 6 88 6 3333333333333333333333333333333333333 777 666 555 555 4 4 6666 9 4 0 88888888888 88888 5 33333333333333 6 6 55555 444444 22 7 7 11 44 7777 11 9 66 222 55555 6 00 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 9 7777777 222 555555555 111 9 11111 0 22 1111111111 3 5 4 9
consensus : ATTAAAGGGA--CA--CA------C-GGCAAT-TTT-GATAA-ATT--------TTC-AC--T--N---A-ACTC--TA----T------------TTT---CT------A-AA-NTA--T-ACATATCTACAT-GATGCA-A--ATATG-----AAA-T---N----A---GAAT--A-C--CC---CA-G-T--A-TGT---G----TG-------CAGACCCTT---------------------NAT-TTCGT-TT------C----T-AT-T--TTG-------GAAA-G-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----GG--CA---T---C---NTA---T-----TTC-G---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--T------A-TG----ACA-AAA--A--GTG--TAACAN-----A-TA---T----TTN-A---T---C-T--AT-CA----------G---TTTTT---A-T-C---GGTATGATAG-----AAAA-A--A----T--TCAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----T---T----T--G-TA----T-T--TT-TA--A-A-A---NAT--TTT---C---T---A------AT---A---TT---T---TC-A-AAA-C--T-A-GCGTG--A---CGT--CACTAG----T-TT--A-GT----N---A-AA-AN-T--GT---T--AATNATTT-C-T--TA--A----A--TATGAAGTT-T--CAGATA---G-----TAATACTT-TG---GA-T--TA-----A-----------ATA------------------T----AT-------ATA----TT-CATAN---G--TG--TA----AA--NATT-T-A-TTTGATGCG-----TGAACATNAG--TAAAA-CT----CG-ATTTCA-ACATTGCC-GTGTGTCCCTTTAA
Reference ( family-29 ) : ATTAAAGGGA--CA--CA------C-GGCAAT-TTT-GATAA-ATT--------TTC-AC--T--A---A-ACTC--CA----C------------TNT---C-------A-AA-NTA--T-ACATATCTACAT-GATGCA-A--ATATG-----AAA-T---A----A---GAAT--A-T--CC---CA-G-T--A-TGC---G----TN-------CANACCCTT---------------------TAT-TTCGT-TT------C----T-AT-C--TTN-------GAAA-G-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----GG--CA---T---C---NTA---T-----TTT-G---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--T------A-TG----ACA-NAA--A--GTG--TAACAN-----A-TA---T----TTN-A---T---C-N--AT-CA----------G---TTTTT---A-T-N---GGTATGATAG-----ANAA-A--A----T--TCAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----T---T----T--G-TA----T-T--TT-TA--A-A-A---NAT--NTT---C---T---A------AT---A---TT---T---TC-A-AAA-C--T-A-GCGTG--A---CGT--CACTAG----T-TT--A-GT----N---A-AA-AN-T--GT---T--AATTATTT-C-T--TA--A----A--TATGAAGTT-T--CAGATA---G-----TAATACTT-TG---GA-T--TA-----A-----------ATA------------------T----AT-------ATA----TT-CATAN---G--TG--TA----AA--NATT-T-A-TTTGATGCG-----TGAACATNAG--TAAAA-CT----CG-ATTTCA-ACANTGCC-GTGTGTCCCTTTAA
gi|1 : --CA--CA------C-GGCAAC-TTT-AATGA-ATTGTCTTTTATTT-AT--T--GTTTA-ATT----A----C------------TCT---G-------A-AA-AC---T-GTATGACTACAT-GGTG---G--ATATG-----ATA-T------------GAA---------C---CG-G-T------------------------------CTT---------------------GAT-TACCT-TT------CC---T-AT-G--TCG-------GAAC-G-G-G--GCG-TAACTCTTGT-A--TA---T-----G---GTT--TAA---A----AG--CA---T-------ATA---T-----TTT-G---CTTATT--TCGGGGT------CAC--A--T------A-TG----ATA-AAG--A--ATG--TAACAA-----A-TA---T----TTC-CTT-T---T-T--AT-AA----------GTTTTTTTT---A-TCG---GGCATGATAG-----AT-A-T--A----T--TTTA--A---A------GA-A-------A-T---ACCA--A-----T---A----T--GATA----T-T--T------A-A-A---GAT--TTT-------T---ACTCAGCAC---A---TT---T---TC-A-AAAGA--T-A-GTATG--A------------------T-TT--A-GA----T---A-AA-AG----GT---T--AACAATTT-C-T--TA--GACTTA--TATGAAGTT-C--CAGATATTTGGAGATTAATACTT-TT---GA-TA-TA-----G-----------ATA------------------A----GC-------GTA-------CACAG---G-------------A--CATT-G-A-TTTGATATG-----TATACAATAG--CAACG-TT----CG-ATTTCA-ACATCGCA-GTATGTTCCTTTA
gi|10 : taattaaaaacacgtgtaattaaacatatttggtatgaaattaggtgtacagtatccatttcttaagatc----TT-------CAGACCATAAA-------------------TAT-TTAGT-TT------C----T-AC-A--TTA-------CAAA-G-G-G--ACA-CGACTCTGGT-ATTAA---------G---CTT--GAA---A----AG--CA---T---C---CT----------TTT-G---CTGA-T--TTGAGGT------TA---A--T------T-TA----AAA-AAA--A--------AACAATCAAAA-TAAATT----TTA-A---T---C-TG-AT-CT----------GA--TTTTT---A-T-CTCGAGTATGACAG-----AAAA-A--AACCAT--CCAA--A---A------AA-A-------A-T---ATCA--------T---T----T--A-TA----T-T--TT-TA--A-A----------------C--------------AT---A---TT---T---TC-ACAAA-CATC-A-GCTTG--G---CTTTGCAC-AT----T-TT--A-GA----G---A-AA-AC----GT-------A--ATTT-C-T--AA--A----A--TACGAAATA-T--CAGACT---G-----TAATATGT-GGA--GA-T--TA-----A--------------------------------C----AC--------TG----TCACATA----G--TG--TA----AA--AAAT-T-A-TTTGATTAG-----AAAGCAGGAG--TAAAA--T----CA-ATTTCA-ACTTTGCA-ATGCCT-CCTTTAAggctaacaaacaaacatttaacaat
gi|11 : taAAAGGGA--CT--CA------T-GGCAGT-TTT-AATAA-ATT--------TTC-TC--T--T---A-ATTC--T-----T------------TTT---CTG-----ATAA-TTA--T-A--TATCTGCAT-GATAAA-A--ATATG--------------------------------------CA-GGT--A-TGT---G----TA-------CTGATGTTT---------------------AAT-TTT-T-TT------C----T-AT-T--TCA-------GTAA-G-G-GAGGTA-CAATTTTT------AC---T-----G---GTT--GAA---C----GG--TA---T---T---GTA---T-----ATT-A---CATA-T--TCCTTGT------TAA--G--T------T-T-----------A--A--GTG--TAATAT-----C-TA---T----TTC-A---T---T-TTCAT-CA----------C---TTGTT---A-T-C---AATATGACAT-----AGAA-G--T----T--TCTA--A----------GA-C-------C-T---ATTT--A-----T---T----T--G-TA----C-T--TT-TT--A-A-A---AAT--GTTTTAC---C---A------AT---A---TT---T---CC-A-CAA----------GTG--A---CAC--CAATA--------T--A--T----A---A-TA-AG-T---T---TGGAATCATTT-CCT--TG--A----A--TATGAAATT-C--CAGAGA---G-----TAATACAT-GG---AG-A--TA-----A-----------ATA------------------T----act
gi|12 : ATTAAAAGGA--CA--CT------CAGGCAAT-GTT-TACTA-TTT--------TTC-AC--T--T---A-ATTA--TA----T------------TTC---T-------G-AA-CAT--T-ATATATCTACAT-GATGCA-A--TTATG-----AAAAT---A----A-----AT--A-C--CC---CA-T-T--A-TGT---G----TG-------CAGACCCTG---------------------AAT-TTTGC-TT------A----T-AT-T--TTAAATTTTAGAAA-G-G-G--GTA-TAACTCTTGT-A--AAAA-T-----G---GAT--GAA---A----GGAGTA---T---T---GTA---C-----TTG-G----GTG-T---CGT----------AT--AATT------A-TA----ATA-AAT--A--GTG--TAACAA-----A-TA---T----TCC-T---T---C-T-----------------G---GTTTT---A-T-C---GGTATAATGA-----AACA-A--A----T--ACAA--A---G------GG-A-------A-T---ATCT--G-----T---T----T--G-TA----T-T--TT-TT--A-A-G---AAG--TTT---A---T---A------AA---A---TA---T---TT-A-AAA-C--T-A-GCCTG--A---CTT--CACTAA----T-T------T----G---A-CA-AA-T--GT---T--AATg
gi|13 : TTAAAGGGA--CA--AA------T-GGCAAT-TTC-GATAA-TGT--------TTC-AG--T---------TTA--CA----TA-----------TTT---CTG-----A-AA-TTT--T--TGTATCTATAT-AATGCA-A--ATATA-----AAG-T---G----A----AAT--A-C--CT---CC-T-C--A-TGA---A----TG-------CAGACTCTT---------------------TAT-TTTTTATT------T----T-AT-A--TTC-------GAAA-G-G-G--ACA-TAAGTCTGGT-A--AC---T-----G---GTT--GAA---C----GG--TA---T---CA--CTA---T-----TCC-A---CATA-T----GGGAT------TAT--C--T------ATTG----TAA-CAA--T--GGG--CAAAAT-----GTTT---T----TTT-AAT-T---T-T--AT-CA---------------CTTT---A-T-C---GGTTTTATAA-----CAAA-A--A--------CAA--A---A-------A-A-------A-TCCAAGCA--A---------A----T--A-TA----T-T--TT-TATTC-A-A---TACTGTTT---C---T---ATTC---AT---A---TA---T---TT-A-GAA-T--A-A-GC--------------CACAAG----TGTT--A-G---------A-CA-AA-T--GT---T--A
gi|14 : aatacCTC--CA----C------------TCT---GTTTAGAAA-AA-TTA--T-ACAG--CTGTGT-GTTACA-A--ATATG-----AAA-T---T----A---GAA----------------G-T--G-AGT---A----TT-------CAGACGCTT---------------------AAT-TTCCG-TT------C----T-GT-T--TTG-------TAAA-G-G-G--ACA-TAATTCTTGT-A--AA---T-----G---GTA--GAA---G----GG--CA---T---C---ATA---T-----GTC-G---CATA-T--TCGTTGT------AAT--A--T------G-TT----ACA-AAA--C--TTA--TAACAA-----A-TA---T----T-------T---C-C--AT-CA----------G---TTTTT---A-A-C---GGTAAGTTAG-----GTAG-T--A----T--T---------A------GA-C-------A-T---GTCA--A-----T---T----T--G-TA----T-T--CTACA--A-A-ATATTAT--GTT---T---T---A------CC---A---TTGCGT---TC-A-AAA-C--T-A-TCAAG--A---GTT--CACTAG----T-TC--A-------C---A-AA-AT-G--GT---T--AATAGCTT-C-T--TA--A----A--TGTGAAGT
gi|15 : cgAAAGGGA--CA--CA------T-GCCAAT-TTT-GATAA-ATT--------TTT-A---T--AT--A-ACAA--TA-----------------TTT---CTTAG---A-AATTTA--T-ATGTAATTTTAT--ATACA-G--TTATA-----AAA-T---G----ATC-AAATTAA-A--AC---AA-A-T--A-TAT---G----TC-------CAGACAATT---------------------TTC-TGCCT-TTC-----C----T-AA-C--TTT-------TAAA-G-G-G--GCA-TAACTTTTGT-G--CA---T-----GT--GTTTAAAA---A----GG--CA---T---C---TAA---T-----TTA-G---CACA-T--TTGTAAC------CAA--C--T------A-TG----ACA-AAA--A--ATC--TGAAAT-----G-TT---T----TTC-AATTT---C-C---T-CA----------G---CTTTA---A-T---------TGAT-------AAAA-A--A----T--CCCA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----T---C----T--G-TG----T-T--GT-T
gi|16 : taAAAAGAA--CA--CA------A-GGCAAT-TTT-GATAA-AAT--------TTC-AC--T--C---A-ACT---------------------------------------A-GT--------TATCAACAT-AACTTC-A--ATATG-----AAA-T---T----C---AAAT--A-C--CCAA-CG-G-T--A-CAC---G-------------CATATCCTT---------------------AAT-TTCAT-AT------C----T-AC-C--TTT-------TAAA-G-G-G--GCA-TAACTCTATC-A--TA---C-----T---GTT--GAA---A----TT--CA---T---C---ATT---T-----TTC-T---AACA-T--TTGTGTT------GAT--C--A------A-AG----ACA-AAA--AA-GTG--TAAAAT-----G-TA---T----TTTGA---T---A-AC-AT-CA----------G---TTT--------------GT----TAG-----AAAT-T--A----T--TTTG--A---T------GA-A-------A-T---ATCA--G-----T---T----T--T-TA----C-T--TT-TA--A-AGA---TAC--TTTA--C---T---C------AT---A---TT---T---TC-A-GAA-C--A-A-GTGTG--A---Cgtttttttaaactagttt
gi|17 : ttgtatttaTACAT-GATGCT-A--ATATG-----AAC-T---T----C----AAT------------CA-A-T--A-TGC------------------AGATCTTT---------------------TTT-GTTGT-TTTTTTTTC----T-AT-T--TTG-------AAAA-C-G-G--ACA-TCACTCTGCT-G--AA---T-----G---GTT--GGA---A----GG--TA---T---CGTTTTA---T-----CTT-A---TATA-T----GCCAT------CAT--T--T------A-TA----TCA-AAA--A--GTG--TAACTT-----T-TA---T----TT------T---C-A--A--CA----------G---TTTTT---A-T-G---GACATGATAG-----ACAA-ACTA----TAATTAA--A---ACT----GATA-------A-G---A-CA--ACTGATT---T----T--G-AA----T-T--TT---------A---CGT--TCT---T---T---ATTT---GT---A---TT---T---TC-A-AAA-C--T-A-Gc
gi|18 : caatttgttacatgttgtctacaTATCTCTAT-GATGCC-A--ATATG-----ACA-T---A----T---AAATC-A-A--CA---TA---T--A-TAC---T----AA-------CATACTCTT---------------------ATT-TTCAT-TA------C----A-AT----TAT-------GGAA-G-G-G--GCA-CAACTGTCGA-A--AA---T-----G---TTT--G---------------A---T---T---TT----T-----TTT-G---TATA-T--TCTTCGT------CAC--A--T------A-TGTTAAACAGTAC--ATTGTA--TAACAA-----A-AG---T----TTT-A---A---CAC--ATCCA----------C---TTTTT---A---A---GATATGAAAG-----------------------AA--A---A------GA-A-------A-----ATCA--A-----------------G-CA----T---------------A---GAT--C-------------A------GT---A---TT---T---TC-A--------------GTG--A---CGT--CACTAG----C-TT-----T----T---ATAA-AA-T--GT---T--AA-TATT
gi|19 : tgatgC---CA-G-T--A-TGT---G----TGTA-----CAAACCCTT---------------------AAT-TCTGC-TT------C----TTAT----TTA-------GAAA-G-G-G--GCA-TAACTCTAGT-A--AA---C---------ACT--CAA---A----TA--CA---T---C---CTT---T-----TTT-G---CAAA-T--TGGCGGC------CAT--T--T------A-TG----GTC-AAG--A--GGGCTTAGTAT-----A-T----T----GTA-AT--T---T-G--AC-CA----------G---TTTTT---A-T-C---AGTA--ATAA-----AGAA-ACTG----T--TTTA--A---A-------A-A-------A-T---ATCATTA-----TTAAT----T--G-TA----T-A--TT-CA---------------------C---T---T------AT---A---TT---T---CCAA-AAA-C--TAA-GCACG--A---CTT--CAC
gi|2 : TAAAGGGA--CA--CT------C-AGCACT-TTT-GATTA-A------------CGAC--T--A---A-------------T------------TCT---G-------A-AA-AT------CATAT-TAT-T-TATGCA-AG-ATAAG-----AAA-T---T----C----AAT--A-T--TC---CA-G-T--A-TGT---T----TA-------TAAACACTT---------------------TGT-TTCTT-TT------C------AT-C--TTTAT-----GAAA-A-G-G--GCA-TAACTCTGGC-A--AA---T-----G---ACT--GAA---A----GG--TT---T---C---CTA---T-----TTT-A---CATA-T--AAGTAGT------AGT--T--T------A-TG----ACA-AAA--A--TAG--CAAAACT----A-TA---TCCTATTA-A---C---T-T--AT-TA----------C---TTCTA---A-T-C---AACATAACAG-----AAAATA--A----T--CCAACTATC-A------GA-ACGTTAGGA-A---ATCAGAA-----C---T----T--G-TA----T-T--T---A--G-A-G---CAT--TTG---T---T---T------AC---A---TT---T---TC-A-AAA-C--T-A-GCGCG--G---TGC--AATTAG----TATT--A--T----G---A-AA-AT-T--GTTTAT--AATCATAT-A-TA-TA--G----A--TAT----TT-TTGCAGGCA---A-----TACTACTG-GA---GA-T--AA-----ATATT-------ATA------------------T----AT-------ACA----TT-TATAG---A--TG--TA----AA--TATT-A-A-TTCCATGCA-----GGACCAC--G--TGAAA-AT----CGAATTGAA-ACATAGCC-ATGTGT-CCTTTAA
gi|20 : tacatgttacataacgtccatttca--T-ATATAACGACAT-GGTGCA-A--TTATG-----AAA-T---T-----------T--A----------A-G-T--A-C-C---G--------------AAGC---------------------------T-TCCGA-TT------C----T-AT-T--TGG-------GGAA-G-G-G--GCA-TAACTC-TGC-T--TA---T-----A---CTT--CAA---A----GG--CA---T---C---ACA---T-----GTC-G---CAAA-T--ATGTTTT------GAT--A--T------A-AA----ACA-AAATCA--GC---TAAAAC-----A--A---T----TTC-----T---C-------CA----------G---TTTTT---A-T-A---AATATTATAG-----AACC-A--A----A--TC-A--A---A------GA-A-------A-T---CTCA--A-----T---G----T--G-AA----T-TTCTT-TA--A-
gi|21 : tattcatagaacg------------TTT---G-------A-AA-CT---T-ACATATCTACATTGATGCA-A--ATATG-----CAA-T---C----A----AAT--G-C--CC---CC-G-T--A-GAT---T----TG-------CAGACAATT---------------------TAT-TTCGT-TT------C----T-TT-A--TTG-------GAAA-G-T-G--CCA-CAA--CTTG--A--AA---T-----G---GTT--AAA---A----AG--CGCATT---T---ATA---TACTTATTT-G---CACA-T--TCGTCTT------CAT--A-----------------ACC-GGA--A--GTG--TAACAG-----A-TG---T----TTA-ATTTT---C-T---T-CA----------G---TGTTT---A-T-A---GCTATGGCAA-----ACA
gi|22 : ttTTAAAGGGA--CA--C---------GACAATATTG-GATAA-ATT--------TTC-AC--T--T---G-GTAC--TA-----------------TTT---CTG-----A-AA-AC------CATGT----AT-GAT--------TGTG-----AAA-T---A----------------T--GC---CA-G-T--G-GGT---G----TTAACTATGCAGATCCTT---------------------TAT-TTCAT-TT------T----T-AT-T--TT----------AA-G-G-G--GCA-AAATTCTGGT-A--AAAAAT-----T---GTT--TAA---ACAATGG--TA---T---C---CTA---TACAA-TATAG---CGCA-T--TTA-AGTA-----CAT--T--T------A-TG----ACA-AAc
gi|23 : c------AC---A---TT---T---T--A-AAA-C--T-A-GCGTG--G---TGT--CATTAG----T-TT--A--TAAAAA---A-AA-AC-T--G----C--AACTATTTCC-T--TA--C----A--TATGACGCC-A--CAGACA---G-----TAATATGT-TG---G--T--T------------------GTA-----------------------AT-------ATA----TT-CATAT---AGTTC--TA----CG--TATTAT-A-CGTATTGTG-----TAAATATTGGTCTAACA-TTGGAACA-ATTTTA-ACA-TGTCAATGTGTCCATCTAA
gi|24 : ------C----T-AT-T--TTG-------GGAA-G-G-G--ACA-CAACTCTTAT-A--AA---T-----G---GCT--GAC--------GG--TA---T---C---AT--------------G---CATA-TAATTGTTGT------CA-----------------------A-TAA--A--GTG--TAACAA-----A-TA---T----TTC-A---T----------------------------TTTT---A-T-T---AGTTTAAAAG-----ACAC-A--A----T--TGAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----T---T----T--G-TG----T-TG-TT-TA--A-A-G---AATTGCTT---C---T---C------AT---A---TT---T---TA-A-AAA-C--T-A-Ga
gi|25 : G----ACA-AAA--A---TG--TAATA------A-TG---G----CTT-A---T---T-ATTAT-CA----------G---TTTTT---A-T-G---AGCATGATTG-----AAAA-A--G----G--TGCA--A---A------GA-A-------A-T---ATTA--A-----T---TACTGTAAG-TA----T-T--TT-TT--C-A-A---GAC--TCT---CACAT---T------GT---A---TT---A---TC-A-GAA-C--T-A-GTATG--T---TGC--CACTGG----T-TT--T-AT----A---A-AA-CC-T--GT---T--AATAATTT-C-T--TA--A----A--TATAAAGtttta
gi|26 : TTAAAAAGG--CA---A------C-GTCAAT-TTTTGATAG-AAT--------TTC-AC--T--T---A-ACTTA-TA----T------------TTTATCC-------G-A---TA--T-ACATAGTTACAT-GATG---A--ATTTG-----ACA-T---ATTGGA---GAA--------CC---CT-G-T--A-AGT---G----TG-------CAAACCCTT---------------------AAT-TTTGT-TG------T----T-GT-T--TTG-------GAAA-G-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----T---GTT--GAA---A----GG--CA---T---
gi|27 : at---TTTGT---A-T-C---GGAATAATAG-----AGAA-A--A---------AA--A---ATCCCCCAA-A-------A-T---ATCT--A-----T---A----T--G-TA----T-T--TT-TG--A-A-A---AAT--ATT-------------------T---G---TT------------ACA-CA-T-AAGCGTG--C---CAC--CACTAA----T-TTTTA--T----A---A-AG-AA-TAAGT---A--AATGATTT-C-T--TA--A----AGTTATGCATTT-T--CAGATA---G-----AAATACTT-TG---AG-A--TG-----A-----------ATA------------------T----CT-------ACA----T
gi|28 : ---A-AA-CT-T--TT---T--AATGATTT-C-T--CA--A----A--TAGGAAGTT-C--TAGATA---A-----TGATAATT-GGA--GA-T--TA-----ATATCTAAGT--ATGGT----------------T----AT-------ACA----TT-CAAAG---G--TT--CA----CA--GATT-G-A-TTTGATTTG-----TGACCATGAC--TAAAATCT----Cgt
gi|29 : tttatatcaatTTAAAAGCA--TA--CA------T-AGCCAT-TCT-GATTA-ATT------------AC---------A-ACTCAGCA----C------------TAT----------------TTA--T-AAA---CTAACT-GA--------ATATG-----AAA-T---T----A---AAAT--A-C--CC---CA-G-T--A-TG------------------CAGACCCTT---------------------AAT-TTAAT-CT------CAAA-T-ATAC--------------AA-G-A-G--GCA-TACCTCTGGT-A--AA---T-----G---ACT--GAC---A----Gtgtaaaattcctcacactaagtcttctttc
gi|3 : acattgtacagtggtgtccgATTAAAGGGA--CA--CA------C-GACAAT-CTT-GATAA-ATG--------TTC-AC--C--A---G-GCTC--CA----C------------TGT---C-------A-AA-CTG--TGACATGTTTACAT-GATGCA-A--ATATT-----ACA-C---A----A---GAAT--A-T--CC---CA-G-T--A-TAC---A----CT-------CATACTCTT---------------------TGT-TTTGT-TT------A----T-AT-C--TTT-------TAAA-G-G-G--GCA-CAACTCTTGT-A--AA---T-----G---ATT--GAA---A----AC--CA---T---C---TTA---T-----TTT-G---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--A------A-TA----ACA-TAA--A--GTG--TAACAC-----A-CA---T----TTA-A---TAA-C-A--AT-CA----------G---TTTTT---A-C-A---GATATGTTAG-----ACAA-A--A----T--TTAA--A---A------GA-A-------T-T---ATCA--T-----T---T----T--G-TA----T-T--CT-TA--A-ATA---AAT--ATC---C---T---A------AT---A---TT---C---TC-A-GAA-C--T-A-GCGAG--A---CAT--CACTAA----T-TT--A-GT----T---A-AA-AC-T--AT---T--AAGTATTT-C-T--TA--G----A--TATGATGTT-T--CAAATA---A-----TAGTACTT-TG---GA-T--TA-----A-----------ATA------------------T----AT-------ATA----TC-CATAT---G--TG--CA----AA--TATT-T-A-TTTAATGCG-----TAAACATGAG--TTAAA-CT----TG-ATTTCA-ACAATGCC-GAGTGTCACTTTAA
gi|30 : CATATCGATAT-GAAGCA-AGTATATGCTATTAAA-T---A----GCC-GAGT--A-T--CC---CG-G-T--A-TGT---G----TG-------CAGTCCCTT---------------------AAT-GT-GT-TT------A----T-AT-T--TTT-------GAAG-G-G-G--GTA-TAACTCTTTT-A--AA---C-----G---AAT--AAA---A----AG--CA---T-------ATA---G-----TTT-----TATA-T--TCGTTGT------CAC--------------CG----ATC-AAA--C--GTG--TAATAA-----A--A---T----TT
gi|31 : AGGGA--CA--TA------A-GGCAAT-TGT-GTTAA-AGG--------ATC-AC--T--T---A-ACGC--TA----CATTTGCCTTGTATAT---CTG-----A-AA-TT---T-ACATATCTGCTT-GATGCA-A--ACACGA----AAA-T---G----A---G-AC--A-C--CA---CC-G-TA-A-TGC---A----TA-------CTTGCTCTA---------------------AAT-ATGGT-TT------T----T-AC-T--TTG-------AAAA-GAG-G--ACA-TA
gi|32 : aaactt--ATATG-----AAA-T---T----A---AAAC--A-T--TC---TG-G-T--A-TGT---A----TG-------CAGATCCTTAATTTATTTTATATTTAATTTTAT-TTTAT-TT------TATATT-AT-A--TTT-------GAAA-T-A-G--GCA-TA-CTCTTGT-A--GA---TCTATAGTTTGTT--GAA---A----GA--TA---G---C---CTA---T-----ATC-G---C------------GT------CAT--C--T------A-TG----GCA-GAA--C--ATG--TA
gi|33 : atAAAGGGA--CA--CAATGTCAT-GACAAT-TTT-GATAA-ATT--------CTC-TC--T--C---G-ACTC--CG-----------------TAT---CTG-----A-AA-AT---T-AAA-ATCTACAC--ATACAGA--ATATG-----AAA-C---T----G---AAAT--A-C--AC---CA-T-T--G-TGT---G----TA--------------TT---------------------AAT-TTTGG-TT------C----A-AT-C--TT--------GAAA-A-G-G--GCA-TAATTC
gi|34 : cCAT-GAAGCT-G--ATATG-----AAA-T---T--------GAAT--ACT--CCAGACA-G-T--A-TAT---AATTATG-------TAGATTGTT---------------------AAA-TTCAT-TT------A----T--C-C--TTT-------GGAA-G-G-A--AAA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---AAT--GAA---A----GG--CA---T---T---CTA---------TTT-A---AACA-T--CTATAGT------CAT--T--TGCGAGCA-TG----ACA-AAA--A--aggtactgttttt
gi|35 : tattT---T---TC-A-AAAAC--T-A-ACGTG--A---CAC--CACTAA----T-TT--C-AT----ACAAA-AA-AA-TCGGT---T--G-TTACTT-T-C--TA--A----AC-TGTGAAGTT-T--CCGACA---G-----TTATACTT-CA---GA-T--T------G-----------ATA------------------T----aag
gi|36 : ---TC---T---TC-A-AAG-C--C-G-GGGTG--G---CAC--CACTAA----T-TT--A-AT----G---A-AA-AC-T--GT---C--AATTATTT-T-T--TA--A----A--TATGAAAAT-T--AGGAGA---G-----TAGCCCTTAAA---GA-C--T------G-----------ATA------------------TCTCCATA------ATA----TT-TACAA------TA--TA----TATTAACT-G-A-TTTAATACA-----TAAACcgtcatacagatgggggcctacacttttattggtaaaaagtttgttttgatgtgt
gi|37 : tGATGG-----AAGA-A--G----C--TAAA--A---A------AA-AC------A-C---GTCA--A-----T---T----T--A-TA----T-T--TT-CA--A------------CTT---G---T---AT-----AT---A---TT---TCAATC-A-AAG-T--T-A-GCATGTAA---C----CACT------T-TT--GCAT----G---A-AA-ATCT--AT---C--AATCGTTT-C-T--TG--A----A--TATGAAGTT-T--TTGATA---C-----TTGAGCTT-TG---AA-A--TT-----A-----------ATA------------------T----tttctgagtgaa
gi|38 : ATTT-C-T--TA--G----A--TATAAATCT-T--AAGATA---G-----TAGCACTT-AGA--GA-A--TAATATCA-----------GTA------------------TAATGAT-------ATA----TT-CACAG---G--TGGCCATGCTAC--TGTT-T-A-TTCGATGTG-----TGAATGT-AG--TAAGA-AT----TG-ATTTCA-TCATTATC-ATGTGTCGCCTTAc
gi|39 : ATATGTACAT-GATGCC-A--GTATG-----AAA-T---T----A---GAAT--A----CA---CA---T--ACTTT---G----TG-------CTGACCCAT---------------------TGT-TTCTT-TT------C----T-AT-T--TAA-------GAAA-G-G-G--GCA-CAACTCTTGT-A--AA---G-----G---ACT--GAA---A----AG--CA---T---C---CTA---T-----TTT-G---CATA-T--TGGTGGT------CAT--
gi|4 : ccttcgTTGAAGAGG--CA--C---------GGCAAT-TTA-GATAA--TT--------TTC-AT--T--T---A-ACAC--AA----T------------TTT---GTG-----A-AA-CT---T-ATATAGCTACA---------------TG-----A-------------------------------------T--A-TACT--G----TT-------CTGACCCTT---------------------ACG-TTTGT-TT------C----T-AC-T--TTG-------GGAG-G-G-G--ATG-TAACTCTGGG-A--TA---T-----G---TTT--GAA---A----GT--CA---T---C-----A---T-----TTT-C---C----T--TTG-------------------------A--G----ACA-AAA--A--GTG--CAATAT-----A-TACT-T----TTC-A---T---T-T--AA-TT----------G---TGTTT---AAT-A---GGTATGATAG-----AAAA-A-----------CAA--ATCCA------GA-A-------ACT---ATCA--A-----T---T----T--G-TA----T-T--TT-T---A-A-A---GAT--TTT---T---T---A------CTTGGA---TT---T---CC-A-AAA-T--T-A-GAATG--T---CAC--CACTAG----T-TT-----T----A---A-AA-AT-T--GT---T--AATGATTT-C-T--GA--A----A--TATGAAGTT-T--GAGATA---G-----TAACA-TT-TG---GAGG--TC-----A-----------ATATCTTCATGTGGCTACGGGT----AT-------ACA----TT-AGTAG---G--TG--TG----AT--GATT-G-A-TTTGATGTG-----TGCACATAGG--TAAAA--T----CA-AATTTATACATTAC
gi|40 : gtatt-G-G-G--GCA-TAACTCCGGT-A--AA---T-----G---GCT--GAA---A----GA--CG---T---C---CTA---T-----TGT-GCACCACA-T--TCACGGT------CAT--C--T------A-AG----ACA-CAA--C--TCG--CAATAT-----A-TA---T----ttcct
gi|41 : ATG-----AAA-T---T----A---AATT--A-G--TC---CA-G-TGCA-TGT---A----T--------CAA---------------------------TAT-ATCGT-AT-----------T-AT-TGGTTG-------GGAA-G-G-C--GCA-TAACTCTGGT-A--GT---C-----A---GTT--GAA---A----GG--CA---T---C---TTA---T-----TTC-G---CAGG-T--TTGTGTA------AAT--A--G------G-TA----ACA-GAA--A--atatagattacataagttatatattgtcgattaatggtaaaagaag
gi|42 : TTAAAGGGA--CA--GT------C-TGCAAC-ATT-GATCA-ATT--------TTC-GC--TTGC---A-ATTT--TT----G------------TTT---A-------A-GATATA--T-ACACAT-TAC-------C------TATG-----GCA-T---T----A---GAAA--A-A--CCG--CA-G-T--A-TGT---G----TG-------CAGACTC-----------------------TAT-TTCtaaat
gi|43 : tagatgAGATA---G-----TAATTCTT-TA----A-TG-TT-----A-----------ATA------------------C----ATTAAGATGATAA---TG-CACACAACG--TG--TA----AA--GATT-T-A-TTTGATGCG-----TGCACTTTAG--TAAAA-TT----CC-ATTTCA-ACAGTGAC-GTGTGTCCCTTTAA
gi|44 : ----AT-------ATC----TT-CATAG---G--TG--TA----AT--GACT-TGA-TTTGATGCT-----TAAACATCA------------------ATTTCA-ACATGGCA-GTGTGTCCCTTTAA
gi|45 : c-------GAAA-C-GTG--ACA-TAACGCTTGT-G--GA---T-----A---GTT--GAATTTA---------A---T---C---ATA---T-----TTC-G---CATA-T--TGGTTGTACGATACATTAA--T------A-TT----ACA-TAA--T--GTG--TAACAT-----A-TA---T----TTT-----------T--AT-CA----------G---tacagacgaaaaacaaattgatttaaaattgtcagatattaatg
gi|46 : tgttgggt--CC---CA-G-T--A-TGAAGAG-----A-------GAGACCCTT---------------------AAT-TCCAT-T-------C----T-AA-C--TTT-------GAAAAG-G-G--GTT-TAATCCTGGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----CA--CA---T---C---CTC---T-----TTT-G---AATA-T--TTGTGGT------CA
gi|47 : c------AT---A---TT---T------A-AAA-C--T-A-GCACA--A---CAT--CACAAA----T-TT--A-AT----A---A-AATAA-T--GT---T--AATAATTT-C-T--TA--A----A--CATGTAGCT-T--TAGATA---G-----TTATACCT-GGT--GA-T--CA-----A-----------ggctt
gi|48 : ttaattgtTTAAAGGGA--CA--CA------C-AACAAT-TTT-CATAA-ATT--------TTC-A---T--A---A-ACTC--TA----C------------TTC---CG------A-AA-AT---T-ATATACCTGTGT-GATACA-GT-CTATG-----AAA-C---T----G---TAAT--A-----C---CATG-T--A-TGC---cgtct
gi|49 : CTAGT-A--AA---T-----A---GTT--GGA---A----GA--CG---T---C---ATG---T-----TTT-G---CTGG-T--TCGTTCT------CAT--A--T------A-TG----ACG-GAACGA--GTA--AAACAA-----A-TA---T----TTA-A---------------CA----------G---TTTTT---A-C-C---GGTGAGATA
gi|5 : TTAAAGGGA--CA--C-------C-GGTCAT-TTT-AGTAC-ATG--------TTC-ACCTT--A-------TT--TA----T------------TTT---CTGT----A-AA--------ACTTAT-----------------ATATG-----AAC-T---T----A---GAAT--A-T--CC---CA-G-T--A-TGT---G----TG-------CAGATCCTT---------------------TAT-TT-GT-TT------C----T-AT-T--TCG-------CAAA-G-A-G--GCA-TAACCCTTGC-A--AA---T-----T---GTT--GAA---A----GT--TA---T---C---CTG---T-----TTC-G---CAT--T-----TGG-------CAA--A--T------A-T------------------TG--TAACAA-----A-TAAG-T----ATT-----T---C-C--GC-CA----------G----TTTT---A-T-C---AGTATGATAA-----ATGT-A--T----T--TCCA--A---C------GA-A-------A-T---ATTA--A-----A---T----T--G-CA------T--TT-TA---------------------C---T---C------AT---A---TT---T---TC-C-CAA-C--A-A-GCGTGAAA---C-T--CTCTAG----T-TT--T-ATGAA-T---A-AG-AA-T--GC---C--AGTTATCT-T-TACTA--A----A--TATAAAGTT-C--CAGATA---G-----TAATA-TT-TGACAAA-T--TA-----ACATCTCCATGTGTG------------------T----AT-------ACG----TT-CACAT---G--TG--TA----AA--TGTT-G-GTTTTCATTCGGTAATTGAACGTTAG--TAAAA-CT----CA-GTTTAA-ACATTGC
gi|50 : ---TTTTC---A-T-C---AGTA----AG-----AAAA-A--A----T--TCTT--A---G------GA-A-------A-T---ACCA--A-----C---T----T--G-TA----T-T--GT-TA--A-A-G---AAT--TTTA--G---T---C------AT---A---TT---T---TC-A-AAA-T--C-A-GCATG--A---TGC--CACT
gi|51 : attttaT---A---TT---T---TC-A-GAA-G--T-A-CCGTG--A---CAT--CGCTGA----T-TT--T-AT----G---A-GA-AC-A--TT---T--AATAAATT-C-T--GA--A----A--TATGTAATT-T--CAGATA---G-------ATATTT-
gi|52 : -G--GCACTCACCCTTGT-A--AA---T-----G---GTT--AAA---A----GG--CA---T---T---ATA---T-----TTT-T---CCTA-T--CCACAGT------TAC--A--T------A-TG----ACA-AGA--A--ATG--TAAC
gi|54 : aaagct--T-ATATATCTACAG-TATGCA-A--CTGTG-----CGA-T-------------TAT--A-C--CG---TA-G-T--A-TTT---A----TG-------CAGATCCTT---------------------CAT-TTCGC-GT------A----T-AT-T--T
gi|56 : ---A-AA-AC-TA-GT---T--GAACACTT-C-T--GA--A----G--TATGACATT-T--CAGACA---T-----TACTA-TT-TG---GA-
gi|57 : GGGT--CC--TA------C-GGTAAT-TTT-GATAA-ATTG-------TTT-AC--T--C---ATATT----------------------TCT---G-------A-AA-GTA--T-A--TATCTACAT-GATGCA-A--ATATgggcaatatcttcaaatgg
gi|58 : ACAG-GATGCA-A--ATATG-----ATA-T---T----G---AAAT--ACT--CC---CA-G-T--A-TGT---A----TG-------CAGACCCGT---------------------CAT-TCTGT-TT------C----T-
gi|59 : TTAAAGGGAAACAGTCA------T-GGCAAT-TTG-GATAAGATT--------TTC-AC--T--C---A-ACAC--TA----T------------TTT---T-------A-AA-AAA--T--TATATggtttgaa
gi|6 : cT-GTTGCA-T--ATTTG-----AAA-T---T----A---GAAT--A-T---------------A-TA---------TA-------CAGGCCCTT----------------------ATGTTCAA-TT------C------------------------AA-G-G-G--ACA-CAACTCTAGC-A--AA---T-----G---GTT--CAA---A----GG--CA---T---A---ACA---T-----TTT-G---CTTA-T--TCGCAGT------CAT--A--T------A-TG----ATA-AAA--G--TTG--TAACAC-----A-TA---T----TTT-T---T---T-T--GT-AA----------G---TTTTT---A-T-T---AGTATGATAAATTATACAA-A--A----T--TTAA--A---A------T--T-------A-T---ATCA--A-----T---T----T--G-TATATTT-T--TT-TT--G-T-T---TTT--TTT---T---T---ACAC---AT---A---TT---T---TC-A-AAA-C--T-A-CCATG--A---CTT--CACCAGATATT-TT--A--T----G---A-AA-AA-T--GT---T--AATGAATT-C-T--TA--A----A--TATGAATTT-C--CAGATA---G-----CAATAC-T-TG---GA-TACTG-----ATATTTTC----ATA------------------T----GG-------ATAAACTTT-CATAC---A--TG---A----AA--GA-T-T-G-TTTGACGCA-----TGATCATAAA--TAAAA-CT-------ATTTTA-AAATTGCC-ACAGGTCCTTTGAAaat
gi|62 : AT-TTCGT-TA------C----T-AT-T--TCG-------GAAA-G-T-T--GCA--AACTCTTGCCA--AA---T-----A---GTT--GAA---A----GG--CT---T---C---aggtagtatataaatatccatttaatactt
gi|63 : ---G--TG--AA----AA--GATT-T-A-TTTAATGCA-----TGAACATGAG--T-AAA-CT----TT-ACTCCA-A
gi|65 : TTAAAGGGA--CA--CA------C-AAAAAT-CTT-CATAA-ATT--------TTC-A
gi|66 : AAA-G-G-G--GCA-TAACTCTTGT-G--AA---T-----G---GTT--GAA---A----GG--C
gi|7 : ACTAAAAGGT--CTT-CA------C-GACAAT-TTT-G------TT--------TTC-ACA-T--A---A-------CAGTATT------------TCT---T-------A-AA-AT---T-ATATATCTACAC-AAAGCA-A--ATATG-----AAA-TTGGA----ATTGGAAT--A-TATCC---CA-G-T--A-TGT---T----TG-------CAGACTCTC---------------------TAC-TTCAT-TT------A----T-AT-G--TTA-------AAAA-G-G-G--GCA-CAACCCTTTT-T--TA---T-----G---GAT--TAA------------CA---A---C---ATAAATT-----TTC-A---CATA-T--TTAAGGC------CAT--A--A------A-TG----ACA--AA--A--GTG--TAATAT-----A-CA---T----GTA-----------T--AT-TA------------------T---A-T-------TATGA--------AATA-A--A----T--TC----------------------------------CT--A-----T---T----T--G-TA----T-T--TT-TT--A-A-A---AAT--GTTTA-C---T---C------AC---A----T---T---AA-A-AAA-T--T-A-AATTG--AGACCAT--CATT------T-TT--A-G---------A-AA-AA-T--GC---T--AATAATTT-C-T--TATGT----A--TATCACCTT-C--AAGATA---G-----TAATACTC-CA---GA-T--T------------------AT-------------------------T-------ATT----TT-CATAT---G--
gi|8 : aTTAAAGGGA--CA--CA------G-AGCAAT-TTT-GACAA-AAA--------T-C-GC--CGAA---A-ACT----A----T------------TTT---T-------G-GA-ATT--T-ACAT--C--CAT-GGTGCA-A--ATATG-----AAG-T---A----A---G--------------------T--A-TGT---G----TG-------CTGGTCTTT---------------------AAT-TTCCT-TT------A----G-AT-T--TGG-------GAAA-A-G-G--GCA-TATTTCCTGT-A--AA---T-----T---GTT--AAA---A----GG--CA---TTATC---ATA---T-----TCA-G---CAAA-T--TCGTGGG------CTT--A--T------G-TG----ACA-AAA--A--GTG--TAACAA-----G-GC---T----TTC-A---T---T-TTCAT-CA----------G---TTTTTTTTA-T-A---AATATGATAA-----AAAA-A--A----T--C--A--T---A------GA-A-------A-T---CTCA--A-----A---T----T--G-CA----T-T--TT-TG--T-C-A----AT--TTT---CGC-TCAAA------AT---AGTTTT---T---TT-T-AAA-C--T-G-GTGTG--G---CTT--CACTAA----T-TT--T-GT----A---A-AA-AA-T--GT---A--AATAATTT-A-T--TA--A----A--CATGATGCT-C--AAAATA---G-----TAATAC-T-TG---GA-T--gttatatgttcaccggtggaagt
gi|9 : T--------TTC-AC--T--C---G-ATTT--TA----T------------TTC---T-------A-AA-CAAGTT-ACAAATCTACAA-GAGGCA-A--G-ATA-----AAA-T---A----G---T--T--A-T---------------A-TGT---G----TA----------ACCCTA---------------------AAT-TTTGT-TT------A----T-TT-C--TT---------AAA-G-G-G--GTA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----T---GTT--AAA---A----AG--CA---T---C---ATA---T-----TTC-G---GACA-T--TAAGGGG------CAT--A--TAAAAA-A-TT----ATG-TAA--A--TTC--TAATAA-----T-TA---T----TTT-A---TATAT-T--AT-CATTATTTTATTT---TTTTT---A-T-T---GGTTTGATAG-----AAAG-A--A----T--TAAA--A---G------GA-A-------A-T---ATCA--T-----C---C----A--A-TA----TCC--TT-TA--AGA-A---CTT--TTT---C---T---C------AT---G---TT---T---TC---AAA-C--TGA-TCATG--A---TGC--CACTAG----T-T------T----T---A-GA-AC------------AA-TATT-----------G----A--TATAAAGTTAT--TTGACA---G-----TAAattaagttaatcttatggt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|53 ): ACCGTAACTTCGTTTATTATTTTGAAAAAGTGGAATAATTCTGGTCAATGGTCAAAAAGCATCAAATTTCGCAC
Unaligned ( gi|55 ): ATGAATTTAAAATACTTCGAAATGTATGCAGGCTGTTTAATTTTGTTTCTGTGTTTGGAAGGGGGCACAACT
Unaligned ( gi|60 ): TAAAATGGTGATAATTTCTTTAGTATGAAATTTCATAAAGTAAATTTTGAAGACCAAGATTCCCATTATG
Unaligned ( gi|61 ): TAAGATATGCAGACCCTTAATTTTGTTTCTGTATTGAAAAATGGCATCGTTGTGGCAAATGATTGA
Unaligned ( gi|64 ): AACCAAAGAACACGGTCATCTATAACTATAGTATTTA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111111 444444444444444444444444444444444444444 11111111111 2222222222222 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111
lowQualScore : 22 888888888888 1 1 1 1 1 1 333 88888 22 1 88888888888888888888888888888888888888888888 222 2 22 44 1 44444 5555555555555555555555555555555555555 22 1 11 3333 5555555 11 1 2 2222 22 222222 66666666666 7777777777 11 1 11 99999999999 1 1 11 1 1 1 11 333 22222 222 11 111 2222 11 11 5555555 22 3333 2222 2 4 222 0 1 3333 55 444444 999999999999 222 1 666666 33 55555555 11 888888 888 5555 6666666666666666666666666666666666 1 222 222 1 7777 22 3333 1 1 444444444444444444444444444 1 6666666 1 222 44444444444444 22 1 22 5555 33 555555555555555555555555555555555555555 222 222 222 333 1 1 1 333333 1 00000000000 55555 3 6666666666666 1 1 00000000 22 4 3 22 22 3333 22 1 1 333 333 44444 0 22 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8888 2 8888888 66666 33 444 777 2 77777 7 44 6666666666 3 1 2
lowQualScore : .. ............ . . . . . . ... ..... .. . ............................................ ... . .. .. . ..... ..................................... .. . .. .... ....... .. . . .... .. ...... ........... .......... .. . .. ........... . . .. . . . .. ... ..... ... .. ... .... .. .. ....... .. .... .... . . ... . . .... .. ...... ............ ... . ...... .. ........ .. ...... ... .... .................................. . ... ... . .... .. .... . . ........................... . ....... . ... .............. .. . .. .... .. ....................................... ... ... ... ... . . . ...... . ........... ..... . ............. . . ........ .. . . .. .. .... .. . . ... ... ..... . .. ................................................................... .... . ....... ..... .. ... ... . ..... . .. .......... . . .
lowQualScore : 55 666666666666 8 8 8 7 7 7 444 55555 33 7 22222222222222222222222222222222222222222222 000 5 22 11 1 11111 5555555555555555555555555555555555555 66 1 55 1111 8888888 44 1 4 2222 44 888888 11111111111 7777777777 44 0 44 77777777777 0 0 33 0 4 0 44 222 66666 888 44 888 2222 44 55 6666666 11 9999 5555 4 2 111 2 2 0000 77 777777 666666666666 333 2 777777 55 66666666 99 111111 111 7777 4444444444444444444444444444444444 5 666 666 5 9999 00 3333 5 5 444444444444444444444444444 6 8888888 6 888 88888888888888 22 6 22 0000 88 333333333333333333333333333333333333333 777 666 555 999 4 4 4 666666 0 88888888888 88888 5 6666666666666 5 5 22222222 11 2 3 33 33 5555 33 7 8 222 000 33333 9 44 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333 9 7777777 33333 99 999 111 9 11111 0 22 1111111111 3 1 9
consensus : ATTAAAGGGA--CA--CA------C-GGCAAT-TTT-GATAA-ATT-TTC-AC-T--CAACTC-TA--T-TT----------TC-T--A-A--AAT---T----AC-A--------TAT--CTACA-TGATGCA-A--AT-ATG-----AAATT----A--G-AAT--------AC-CC--CAG------T--A-TG--T---GT-------G--CAGACC-CTTAA----T--TT-----CGT-----------TT------C---TA--T-T--TTG----------GAAAG-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------C-NTA---T----T-TCG---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--T------A---TGAC-AA------AA--A-------GTG--TAACAN-----ATA---T----TTNA---T---C--T--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-TC---GGT--ATGATAGA----A-AA-A--A----T--TCAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T--A--A-A-ANAT--T---TT-C---T---A------AT---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGCGTG--A---CGT--CACTAG----T-TT--A-GT---N---A-AA-AN----T--GTT--AATNATTTC-T--TA--A----A--TAT-GAAGTT-T---CAGATA---G-----TAATACTT-TG---GA-T-------TAA-----------ATA------------------T----A----T-------ATA----TT-CATAN---G--TG----TA--AA--NATT-T-A-TTTGATGCG-----TGAACATNAGT--AAAA-CT----CG-ATTTCA-ACATTGCCGTGTGTCCCTTTAA
Reference ( family-29 ) : ATTAAAGGGA--CA--CA------C-GGCAAT-TTT-GATAA-ATT-TTC-AC-T--NAACTC-TA--T-TT----------TC-T--A-A--ANTA--T----AC-A--------TAT--CTACA-TGATGCA-A--AT-ATG-----AAATN----A--G-AAT--------AC-CC--CAG------T--A-TG--T---GT-------G--CAGACC-CTTNA----T--TT-----CGT-----------TT------C---TA--T-T--TTG----------GAAAG-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------C-NTA---T----T-TCG---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--T------A---TGAC-AA------AA--A-------GTG--TAACAN-----ATA---T----TTNA---T---C--T--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-TC---GGT--ATGATAGA----A-AA-A--A----T--TCAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T--A--A-A-ANAT--T---TT-C---T---A------AT---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGCGTG--A---CGT--CACTAG----T-TT--A-GT---N---A-AA-AN----T--GTT--AATNATTTC-T--TA--A----A--TAT-GAAGTT-T---CAGATA---G-----TAATACTT-TG---GA-T-------TAA-----------ATA------------------T----A----T-------ATA----TT-CATAN---G--TG----TA--AA--NATT-T-A-TTTGATGCG-----TGAACATNAGT--AAAA-CT----CG-ATTTCA-ACATTGCCGTGTGTCCCTTTAA
gi|1 : --CA--CA------C-GGCAAC-TTT-AATGA-ATT-GTC-TT-T--TA--TT-TA--T-TG----------TT-T--A-ATTACTC--TGAAAACTG--------TATGACTACA-TGGTG---G--AT-ATG-----ATAT--------G-AA-------------C--CGG------T-------------------------------CTTGA----T--TA-----CCT-----------TT------CC--TA--T-G--TCG----------GAACG-G-G--GCG-TAACTCTTGT-A--TA---T-----G---GTT--TAA---A----A--G--CAT---------ATA---T----T-TTG---CTTATT--TCGGGGT------CAC--A--T------A---TGAT-AA------AG--A-------ATG--TAACAA-----ATA---T----TTCCTT-T---T--T--AT-AA----------GTTTTT-T---TT---A-TCG--GGC--ATGATAG-----A-TA-T--A----T--TTTA--A---A------GA-A-------A-T---ACCA--A-----TA----T--GAT--AT----T--T--------A-A-AGAT--T---TT-----T---ACTCAGCAC---A---TT---T---TC-A-AA-AGA--T-AGTATG--A------------------T-TT--A-GA---T---A-AA-AG-------GTT--AACAATTTC-T--TA--GACTTA--TAT-GAAGTT-C---CAGATATTTGGAGATTAATACTT-TT---GA-TA------TAG-----------ATA------------------A----G----C-------GTA-------CACAG---G-------------A--CATT-G-A-TTTGATATG-----TATACAATAGC--AACG-TT----CG-ATTTCA-ACATCGCAGTATGTTCCTTTA
gi|10 : taattaaaaacacgtgtaattaaacatatttggtatgaaattaggtgtacagtatccatttcttaagatc--CAGACC-ATAAA----TATTT-----AGT-----------TT------C---TA--C-A--TTA----------CAAAG-G-G--ACA-CGACTCTGGT-ATTAA---------G---CTT--GAA---A----A--G--CAT-------C-CT---------T-TTG---CTGA-T--TTGAGGT------TA---A--T------T---TAAA-AA------AA--A-------------AACAATCAAAATAAATT----TTAA---T---C--TG-AT-CT----------GA--TT-T---TT---A-TCTCGAGT--ATGACAGA----A-AA-A--AACCAT--CCAA--A---A------AA-A-------A-T---ATCA--------TT----T--A-T--AT----T--TT-T--A--A-A--------------C--------------AT---A---TT---T---TC-ACAA-A-CATC-AGCTTG--G---CTTTGCAC-AT----T-TT--A-GA---G---A-AA-AC-------------GTAATTTC-T--AA--A----A--TAC-GAAATA-T---CAGACT---G-----TAATATGT-GGA--GA-T-------TAA--------------------------------C----A----C--------TG----TCACATA----G--TG----TA--AA--AAAT-T-A-TTTGATTAG-----AAAGCAGGAGT--AAAA--T----CA-ATTTCA-ACTTTGCAATGCCT-CCTTTAAggctaacaaacaaacatttaacaat
gi|11 : tattAAAGGGA--CT--CA------T-GGCAGT-TTT-AATAA-ATT-TTC-TC-T--TAATTC-T---T-TT----------TC-T--G-AT-AAT---T----AT-A--------TAT--CTGCA-TGATAAA-A--AT-ATG---------C----A--G---------------------G------T--A-TG--T---GT-------A--CTGATG-TTTAA----T--TT-----T-T-----------TT------C---TA--T-T--TCA----------GTAAG-G-GAGGTA-CAATTTTT------AC---T-----G---GTT--GAA---C----G--G--TAT-------T-GTA---T----A-TTA---CATA-T--TCCTTGT------TAA--G--T------T---T-------------A--A-------GTG--TAATAT-----CTA---T----TTCA---T---T--TTCAT-CA----------C---TT-G---TT---A-TC---AAT--ATGACATA----G-AA-G--T----T--TCTA--A----------GA-C-------C-T---ATTT--A-----TT----T--G-T--AC----T--TT-TTAA--A-A-ATGT--T---TTAC---C---A------AT---A---TT---T---CC-A-CA-A---------GTG--A---CAC--CAATA--------T--A--T---A---A-TA-AG----T---TTGGAATCATTTCCT--TG--A----A--TAT-GAAATT-C---CAGAGA---G-----TAATACAT-GG---AG-A-------TAA-----------ATA------------------T----act
gi|12 : ATTAAAAGGA--CA--CT------CAGGCAAT-GTT-TACTA-TTT-TTC-AC-T--TAATTA-TA--T-TT-----------C-T--G-A--ACAT--T----AT-A--------TAT--CTACA-TGATGCA-A--TT-ATG-----AAAAT----A----AAT--------AC-CC--CAT------T--A-TG--T---GT-------G--CAGACC-CTGAA----T--TT-----TGC-----------TT------A---TA--T-T--TTAAATTTTA---GAAAG-G-G--GTA-TAACTCTTGT-A--AAAA-T-----G---GAT--GAA---A----G--GAGTAT-------T-GTA---C----T-TGG----GTG-T---CGT----------AT--AATT------A---TAAT-AA------AT--A-------GTG--TAACAA-----ATA---T----TCCT---T---C--T-----------------G---GT-T---TT---A-TC---GGT--ATAATGAA----A-CA-A--A----T--ACAA--A---G------GG-A-------A-T---ATCT--G-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T--T--A-A-GAAG--T---TT-A---T---A------AA---A---TA---T---TT-A-AA-A-C--T-AGCCTG--A---CTT--CACTAA----T-T------T---G---A-CA-AA----T--GTT--AATg
gi|13 : TTAAAGGGA--CA--AA------T-GGCAAT-TTC-GATAA-TGT-TTC-AG-T--TTAC----A--TATT----------TC-T--G-A--AATT--T----TT-G--------TAT--CTATA-TAATGCA-A--AT-ATA-----AAGTG----A----AAT--------AC-CT--CCT------C--A-TG--A---AT-------G--CAGACT-CTTTA----T--TT-----TTTA----------TT------T---TA--T-A--TTC----------GAAAG-G-G--ACA-TAAGTCTGGT-A--AC---T-----G---GTT--GAA---C----G--G--TAT-------CACTA---T----T-CCA---CATA-T----GGGAT------TAT--C--T------ATTGTAAC-AATGGGC-AA--A-------ATG--T-----------TT---T----TTTAAT-T---T--T--AT-CA---------------C-T---TT---A-TC---GGT--TTTATAAC----A-AA-A--A--------CAA--A---A-------A-A-------A-TCCAAGCA--A------A----T--A-T--AT----T--TT-T--ATTC-A-ATACTGT---TT-C---T---ATTC---AT---A---TA---T---TT-A-GA-A-T--A-AGC--------------CACAAG----TGTT--A-G--------A-CA-AA----T--GTT--A
gi|14 : aatacC-GC-T--CCACTC-TG--T-TT----------AG-A--A-A--AAT---T----AT-A--------CAG--CTGTG-TGTTACA-A--AT-ATG-----AAATT----A--G-AA------------------G------T--G-AG--T---AT-------T--CAGACG-CTTAA----T--TT-----CCG-----------TT------C---TG--T-T--TTG----------TAAAG-G-G--ACA-TAATTCTTGT-A--AA---T-----G---GTA--GAA---G----G--G--CAT-------C-ATA---T----G-TCG---CATA-T--TCGTTGT------AAT--A--T------G---TTAC-AA------AA--C-------TTA--TAACAA-----ATA---T----T------T---C--C--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-AC---GGT--AAGTTAGG----T-AG-T--A----T--T---------A------GA-C-------A-T---GTCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--CTAC--A--A-A-ATAT--TATGTT-T---T---A------CC---A---TTGCGT---TC-A-AA-A-C--T-ATCAAG--A---GTT--CACTAG----T-TC--A------C---A-AA-AT----G--GTT--AATAGCTTC-T--TA--A----A--TGT-GAAGT
gi|15 : AAAGGGA--CA--CA------T-GCCAAT-TTT-GATAA-ATT-TTT-AT-A--TAACAA-TA--T-TT----------CT-T--AGA--AATT--T----AT-ATGTAATTTTAT--ATACAGTTATA-A-A--ATGATC-----AAATT----A--A-AAC--------A-------AA------T--A-TA--T---GT-------C--CAGAC-----AA----T--TTTCTGCCTT-----------TC------C---TAACT-T--TT------------AAAG-G-G--GCA-TAACTTTTGT-G--CA---T-----GT--GTTTAAAA---A----G--G--CAT-------C-TAA---T----T-TAG---CACA-T--TTGTAAC------CAA--C--T------A---TGAC-AA------AA--A-------ATC--TGAAAT-----GTT---T----TTCAATTT---C--C---T-CA----------G---CT-T---TA---A-T----------TGAT--A----A-AA-A--A----T--CCCA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TC----T--G-T--GT----T--GT-T--
gi|16 : taAAAAGAA--CA--CA------A-GGCAAT-TTT-GATAA-AAT-TTC-AC-T--CAACT-------------------------------AGT--------------------TAT--CAACA-TAACTTC-A--AT-ATG-----AAATT----C--A-AAT--------AC-CCAACGG------T--A-----C---AC-------G--CATATC-CTTAA----T--TT-----CAT-----------AT------C---TA--C-C--TTT----------TAAAG-G-G--GCA-TAACTCTATC-A--TA---C-----T---GTT--GAA---A----T--T--CAT-------C-ATT---T----T-TCT---AACA-T--TTGTGTT------GAT--C--A------A---AGACAAA------AA--A-------GTG--TAAAAT-----GTAT--T----TTGA---TAA-C-----AT-CA----------G---TT-T----------------GT------TAGA----A-AT-T--A----T--TTTG--A---T------GA-A-------A-T---ATCA--G-----TT----T--T-T--AC----T--TT-T--A--A-AGATAC--T---TTAC---T---C------AT---A---TT---T---TC-A-GA-A-C--A-AGTGTG--A---Cgtttttttaaactagttt
gi|17 : ttgtatttaTACA-TGATGCT-A--AT-ATG-----AACTT----C----AAT---------------CAA------T--A-TG------------------CAGATC-TTTTT----T--GT-----TGT-----------TTTTTTTTC---TA--T-T--TTG----------AAAAC-G-G--ACA-TCACTCTGCT-G--AA---T-----G---GTT--GGA---A----G--G--TAT-------C-GTT---T----TATCT---TATA-T--ATGCCAT------CAT--T--T------A---TATC-AA------AA--A-------GTG--TAACTT-----TTA---T----TT-----T---C-----AA-CA----------G---TT-T---TT---A-TG---GAC--ATGATAGA----C-AA-ACTA----TAATTAA--A---ACT----GATA-------A-G---A-CA--ACTGATTT----T--G-A--AT----T--TT-----------ACGT--T---CT-T---T---ATTT---GT---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGc
gi|18 : caatttgttacatgttgtctaca--------TAT--CTCTA-TGATGCC-A--AT-ATG-----ACATA----T--A-AAT---------------CAA------C--A-TA--T---ATACTA---A--CATACT-CTTAT----T--TT-----CAT-----------TA------C---AA--T-T--ATG----------G-AAG-G-G--GCA-CAACTGTCGA-A--AA---T-----G---TTT--G-----------------AT-------T-TT----T----T-TTG---TATA-T--TCTTCGT------CAC--A--T------A---TGTT-AA------AC--AGTACATTGTA--TAACAA-----AAG---T----TTTA---A---CA-C--ATCCA----------C---TT-T---TT---A--A---GAT--ATGAAAG-----------------------AA--A---A------GA-A-------A-----ATCA--A--------------G-C--AT--------------------AGAT-------------C---A------GT---A---TT---T---TC-A--------------GTG--A---CGT--CACTAG----C-TT-----T---T---ATAA-AA----T--GTT--AAT-ATT
gi|19 : tgatgC--CAG------T--A-TG--T---GT-------GTACAAACC-CTTAA----T--TC-----TGC-----------TT------C---TT--A-T--TTA----------GAAAG-G-G--GCA-TAACTCTAGT-A--AA---C---------ACT--CAA---A----T--A--CAT-------C-CTT---T----T-TTG---CAAA-T--TGGCGGC------CAT--T--T------A---TGGT-CA------AG--A-------GGGCTTAGTAT-----AT----T----GTAA---T---T--TG-AC-CA----------G---TT-T---TT---A-TC---AGT--A--ATAAA----G-AA-ACTG----T--TTTA--A---A-------A-A-------A-T---ATCA---------T----T--A-TTAAT----T--GT-----------ATAT--T---CA-C---T---T------AT---A---TT---T---CCAA-AA-A-C--TAAGCACG--A---CTT--CAC
gi|2 : TAAAGGGA--CA--CT------C-AGCACT-TTT-GATTA-A-----CGAC-T--AA------------T----------TC-T--G-A--AA-A--T-----C-A--------TAT---TAT--TTATGCA-AG-AT-AAG-----AAATT----C----AAT--------AT-TC--CAG------T--A-TG--T---TT-------A--TAAACA-CTTTG----T--TT-----CTT-----------TT------CA--TC--T-T--TAT----------GAAAA-G-G--GCA-TAACTCTGGC-A--AA---T-----G---ACT--GAA---A----G--G--TTT-------C-CTA---T----T-TTA---CATA-T--AAGTAGT------AGT--T--T------A---TGAC-AA------AA--A-------TAG--CAAAACT----ATA---TCCTATTAA---C---T--T--AT-TA----------C---TT-C---TA---A-TC---AAC--ATAACAGA----A-AATA--A----T--CCAACTATC-A------GA-ACGTTAGGA-A---ATCAGAA-----CT----T--G-T--AT----T--T-----A--G-A-GCAT--T---TG-T---T---T------AC---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGCGCG--G---TGC--AATTAG----TATT--A--T---G---A-AA-AT----T--GTT--TATAA--TC-A--TA--T----A--TATAGATATT-TTTGCAGGCA---A-----TACTACTG-GA---GA-T-------AAATATT-------ATA------------------T----A----T-------ACA----TT-TATAG---A--TG----TA--AA--TATT-A-A-TTCCATGCA-----GGACCAC--GT--GAAA-AT----CGAATTGAA-ACATAGCCATGTGT-CCTTTAA
gi|20 : tacatgttacataacgtccatttcaT----------TCAT--A-G--AACG--T----AT-A--------TAA--CGACA-TGGTGCA-A--TT-ATG-----AAATT----T--A-AGT--------AC-C----------------------------------G--AAG----CTTC---------------CGA-----------TT------C---TA--T-T--TGG----------GGAAG-G-G--GCA-TAACTC-TGC-T--TA---T-----A---CTT--CAA---A----G--G--CAT-------C-ACA---T----G-TCG---CAAA-T--ATGTTTT------GAT--A--T------A---AAAC-AA------AATCA-------GC---TAAAAC-----A-A---T----TTC----T---C--------CA----------G---TT-T---TT---A-TA---AAT--ATTATAGA----A-CC-A--A----A--TC-A--A---A------GA-A-------A-T---CTCA--A-----TG----T--G-A--AT----TTCTT-T--A--A-
gi|21 : ta--T-TT----------TT-G--A-A--ACT---T----AC-A--------TAT--CTACATTGATGCA-A--AT-ATG-----CAATC----A----AAT--------GC-CC--CCG------T--A-GA--T---TT-------G--CAGACA-ATTTA----T--TT-----CGT-----------TT------C---TT--T-A--TTG----------GAAAG-T-G--CCA-CAA--CTTG--A--AA---T-----G---GTT--AAA---A----AGCG--CATTTATATAC-TTA---T----T-T-G---CACA-T--TCGTCTT------CAT--A---------------AC-CG------GA--A-------GTG--TAACAG-----ATG---T----TTAATTTT---C--T---T-CA----------G---TG-T---TT---A-TA---GCT--ATG
gi|22 : TTAAAGGGA--CA--C---------GACAATATTG-GATAA-ATT-TTC-AC-T--TGGTAC-TA--T-TT----------CT-G--A-A--AAC---------C-A--------TGT------A-TGAT--------T-GTG-----AAATA----T--G----------------C--CAG------T--G-GG--T---GTTAACTATG--CAGATC-CTTTA----T--TT-----CAT-----------TT------T---TA--T-T--TT-------------AAG-G-G--GCA-AAATTCTGGT-A--AAAAAT-----T---GTT--TAA---ACAATG--G--TAT-------C-CTA---TACAATATAG---CGCA-T--TTA-AGTA-----CAT--T--T------A---TGAC-AA------Agcaaacac
gi|23 : c------AC---A---TT---T---T--A-AA-A-C--T-AGCGTG--G---TGT--CATTAG----T-TT--A--T---A---A-AA-AAAAACT--GC---AACTATTTCCT--TA--C----A--TAT-GACGCC-A---CAGACA---G-----TAATATGT-TG---G--T-------TG-------------TA-----------------------A----T-------ATA----TT-CATAT---AGTTC----TA--CG--TATTAT-A-CGTATTGTG-----TAAATATTGGTCTAACA-TTGGAACA-ATTTTA-ACATGTCAATGTGTCCATCTAA
gi|24 : ------C---TA--T-T--TTG----------GGAAG-G-G--ACA-CAACTCTTAT-A--AA---T-----G---GCT--GAC--------G--G--TAT-------C-AT-------------G---CATA-TAATTGTTGT------CA-------------A---T------------AA--A-------GTG--TAACAA-----ATA---T----TTCA---T-----------------------------T-T---TT---A-TT---AGT--TTAAAAGA----C-AC-A--A----T--TGAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TT----T--G-T--GT----TG-TT-T--A--A-A-GAAT--TGC-TT-C---T---C------AT---A---TT---T---TA-A-AA-A-C--T-AGa
gi|25 : GAC-AA------AA--A--------TG--TAATA------ATG---G----CTTA---T---TATT--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-TG---AGC--ATGATTGA----A-AA-A--G----G--TGCA--A---A------GA-A-------A-T---ATTA--A-----TTACTGTAAG-T--AT----T--TT-T--T--C-A-AGAC--T---CT-CACAT---T------GT---A---TT---A---TC-A-GA-A-C--T-AGTATG--T---TGC--CACTGG----T-TT--T-AT---A---A-AA-CC----T--GTT--AATAATTTC-T--TA--A----A--TAT-AAAGtttta
gi|26 : TTAAAAAGG--CA---A------C-GTCAAT-TTTTGATAG-AAT-TTC-AC-T--TAACTTATA--T-TT----------TA-T--C-C--GATA--T----AC-A--------TAG--TTACA-TGATG---A--AT-TTG-----ACATATTGGA--G-AA------------CC--CTG------T--A-AG--T---GT-------G--CAAACC-CTTAA----T--TT-----TGT-----------TG------T---TG--T-T--TTG----------GAAAG-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----T---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------
gi|27 : at---TT-T---GT---A-TC---GGA--ATAATAGA----G-AA-A--A---------AA--A---ATCCCCCAA-A-------A-T---ATCT--A-----TA----T--G-T--AT----T--TT-T--G--A-A-A--------------------A------AT---A---TT---TG--TT-A-CACA-T--A-AGCGTG--C---CAC--CACTAA----T-TTTTA--T---A---A-AG-AA----TAAGTA--AATGATTTC-T--TA--A----AGTTAT-GCATTT-T---CAGATA---G-----AAATACTT-TG---AG-A-------TGA-----------ATA------------------T----C----T-------ACA----T
gi|28 : ---A-AA-CT----T--TTT--AATGATTTC-T--CA--A----A--TAG-GAAGTT-C---TAGATA---A-----TGATAATT-GGA--GA-TTAATATCTAA-----------GTATGGT--------------T----A----T-------ACA----TT-CAAAG---G--TT----CA--CA--GATT-G-A-TTTGATTTG-----TGACCATGACT--AAAATCT----Cgt
gi|29 : tttatatcaatTTAAAAGCA--TA--CA------T-AGCCAT-TCT-GATTA-ATT-ACA-AC-T--CAGCAC-TA--T-TT-----------A-T--A-A--ACTA--------------------------AC-----TG---A--AT-ATG-----AAATT----A--A-AAT--------AC-CC--CAG------T--A----------T-------G--CAGACC-CTTAA----T--TT-----AAT-----------CT------CAAATA--T-----------------ACAAG-A-G--GCA-TACCTCTGGT-A--AA---T-----G---ACT--GAC---A----G--tgtaaaattcctcacactaagtcttctttc
gi|3 : acattgtacagtggtgtccgATTAAAGGGA--CA--CA------C-GACAAT-CTT-GATAA-ATG-TTC-AC-C--AGGCTC-CA--C-TG----------TC----A-A--ACTG--TG---AC-A--------TGT--TTACA-TGATGCA-A--AT-ATT-----ACACA----A--G-AAT--------AT-CC--CAG------T--A-TA--C---AC-------T--CATACT-CTTTG----T--TT-----TGT-----------TT------A---TA--T-C--TTT----------TAAAG-G-G--GCA-CAACTCTTGT-A--AA---T-----G---ATT--GAA---A----A--C--CAT-------C-TTA---T----T-TTG---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--A------A---TAAC-AT------AA--A-------GTG--TAACAC-----ACA---T----TTAA---TAA-C--A--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-CA---GAT--ATGTTAGA----C-AA-A--A----T--TTAA--A---A------GA-A-------T-T---ATCA--T-----TT----T--G-T--AT----T--CT-T--A--A-ATAAAT--A---TC-C---T---A------AT---A---TT---C---TC-A-GA-A-C--T-AGCGAG--A---CAT--CACTAA----T-TT--A-GT---T---A-AA-AC----T--ATT--AAGTATTTC-T--TA--G----A--TAT-GATGTT-T---CAAATA---A-----TAGTACTT-TG---GA-T-------TAA-----------ATA------------------T----A----T-------ATA----TC-CATAT---G--TG----CA--AA--TATT-T-A-TTTAATGCG-----TAAACATGAGT--TAAA-CT----TG-ATTTCA-ACAATGCCGAGTGTCACTTTAA
gi|30 : C-A--------TAT--CGATA-TGAAGCA-AGTAT-ATGCTATTAAATA----GCCG-AGT--------AT-CC--CGG------T--A-TG--T---GT-------G--CAGTCC-CTTAA----T--GT------GT-----------TT------A---TA--T-T--TTT----------GAAGG-G-G--GTA-TAACTCTTTT-A--AA---C-----G---AAT--AAA---A----A--G--CAT---------ATAG--T----T-T-----TATA-T--TCGTTGT------CAC----------------CGAT-CA------AA--C-------GTG--TAATAA-----A-A---T----TT
gi|31 : AGGGA--CA--TA------A-GGCAAT-TGT-GTTAA-AGG-ATC-AC-T--TAACGC-TACAT-TTGCCTTGTATATC-T--G-A--AATT--T----AC-A--------TAT--CTGCT-TGATGCA-A--AC-ACGA----AAATG----A--G--AC--------AC-CA--CCG------TA-A-TG--C---AT-------A--CTTGCT-CTAAA----T--AT-----GGT-----------TT------T---TA--C-T--TTG----------AAAAGAG-G--ACA-TA
gi|32 : aaactt--AT-ATG-----AAATT----A--A-AAC--------AT-TC--TGG------T--A-TG--T---AT-------G--CAGATC-CTTAATTTAT--TT-----TATATTTAATTTTATT------T---TA--T-T--TTATATTATATTTGAAAT-A-G--GCA-TA-CTCTTGT-A--GA---TCTATAGTTTGTT--GAA---A----G--A--TAG-------C-CTA---T----A-TCG---C------------GT------CAT--C--T------A---TGGC-AG------AA--C-------ATG--TA
gi|33 : atAAAGGGA--CA--CAATGTCAT-GACAAT-TTT-GATAA-ATT-CTC-TC-T--CGACTC-CG--T-AT----------CT-G--A-A--AAT---T----AA-A---------AT--CTACA-C-ATACAGA--AT-ATG-----AAACT----G--A-AAT--------AC-AC--CAT------T--G-TG--T---GT-------A----------TTAA----T--TT-----TGG-----------TT------C---AA--T-C--TT-----------GAAAA-G-G--GCA-TAATTC
gi|34 : cCA-TGAAGCT-G--AT-ATG-----AAATT-------G-AAT--------AC-TC--CAGACAGTAT--A-TAATT---AT-------G--TAGATT-GTTAA----A--TT-----CAT-----------TT------A---TC--C-T--TTG----------GAA-G-G-A--AAA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---AAT--GAA---A----G--G--CAT-------T-CTA---T----T-T-A---AACA-T--CTATAGT------CAT--T--TGCGAGCA---TGAC-AA------AA--A-------aggtactgttttt
gi|35 : tattT---T---TC-A-AA-AAC--T-AACGTG--A---CAC--CACTAA----T-TT--C-AT---ACAAA-AA-AA----TCGGTT--GTTACTTTC-T--AA--A----C--TGT-GAAGTT-T---CCGACA---G-----TTATACTT-CA---GA-T-------T-G-----------ATA------------------T----aag
gi|36 : ---TC---T---TC-A-AA-G-C--C-GGGGTG--G---CAC--CACTAA----T-TT--A-AT---G---A-AA-AC----T--GTC--AATTATTTT-T--TA--A----A--TAT-GAAAAT-T---AGGAGA---G-----TAGCCCTTAAA---GA-C-------T-G-----------ATA------------------TCTCCA----TA------ATA----TT-TACAA------TA----TA--TATTAACT-G-A-TTTAATACA-----TAAACcgtcatacagatgggggcctacacttttattggtaaaaagtttgttttgatgtgt
gi|37 : tGATGGA----A-GA-A--G----C--TAAA--A---A------AA-AC------A-C---GTCA--A-----TT----T--A-T--AT----T--TT-C--A--A---------C---TT-G---T---AT-----AT---A---TT---TCAATC-A-AA-G-T--T-AGCATGTAA---C----CACT------T-TT--GCAT---G---A-AA-ATC---T--ATC--AATCGTTTC-T--TG--A----A--TAT-GAAGTT-T---TTGATA---C-----TTGAGCTT-TG---AA-A-------TTA-----------ATA------------------T----tttctgagtgaa
gi|38 : ATTTC-T--TA--G----A--TAT-AAATCT-T---AAGATA---G-----TAGCACTT-AGA--GA-A-------TAATATCA------GTA------------------T----AATGAT-------ATA----TT-CACAG---G--TGGCCATGCTAC--TGTT-T-A-TTCGATGTG-----TGAATGT-AGT--AAGA-AT----TG-ATTTCA-TCATTATCATGTGTCGCCTTAc
gi|39 : -A--------TAT--GTACA-TGATGCC-A--GT-ATG-----AAATT----A--G-AAT--------AC-AC----A------T--ACTT--T---GT-------G--CTGACC-CATTG----T--TT-----CTT-----------TT------C---TA--T-T--TAA----------GAAAG-G-G--GCA-CAACTCTTGT-A--AA---G-----G---ACT--GAA---A----A--G--CAT-------C-CTA---T----T-TTG---CATA-T--TGGTGGT------CAT--
gi|4 : ccttcgTTGAAGAGG--CA--C---------GGCAAT-TTA-GATAA--TT-TTC-AT-T--TAACAC-AA--T-TT----------TG-T--G-A--AACT--T----AT-A--------TAG--CTACA-TGAT---------------------------------AT--------AC-----------------------T---GT-------T--CTGACC-CTTAC----G--TT-----TGT-----------TT------C---TA--C-T--TTG----------GGAGG-G-G--ATG-TAACTCTGGG-A--TA---T-----G---TTT--GAA---A----G--T--CAT-------C-AT----T----T-TC----C----T--TTG-------------------------A----GAC-AA------AA--A-------GTG--CAATAT-----ATACT-T----TTCA---T---T--T--AA-TT----------G---TG-T---TT---AATA---GGT--ATGATAGA----A-AA-A-----------CAA--ATCCA------GA-A-------ACT---ATCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T-----A-A-AGAT--T---TT-T---T---A------CTTGGA---TT---T---CC-A-AA-A-T--T-AGAATG--T---CAC--CACTAG----T-TT-----T---A---A-AA-AT----T--GTT--AATGATTTC-T--GA--A----A--TAT-GAAGTT-T---GAGATA---G-----TAACA-TT-TG---GAGG-------TCA-----------ATATCTTCATGTGGCTACGGGT----A----T-------ACA----TT-AGTAG---G--TG----TG--AT--GATT-G-A-TTTGATGTG-----TGCACATAGGT--AAAA--T----CA-AATTTATACATTAC
gi|40 : gtattG-G-G--GCA-TAACTCCGGT-A--AA---T-----G---GCT--GAA---A----G--A--CGT-------C-CTA---T----T-GTGCACCACA-T--TCACGGT------CAT--C--T------A---AGAC-AC------AA--C-------TCG--CAATAT-----ATA---TATA-TAGA---T---TA-C--AT-AA----------G---TTATATATT---G-TC---GATTAATGGTAAA----A-GA-A--ttcct
gi|41 : -ATG-----AAATT----A--A-ATT--------AG-TC--CAG------TGCA-TG--T---AT----------CAA-------TA----T--AT-----CGT-----------AT----------TA--T-TGGTTG----------GGAAG-G-C--GCA-TAACTCTGGT-A--GT---C-----A---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------C-TTA---T----T-TCG---CAGG-T--TTGTGTA------AAT--A--G------G---TAAC-AG------AA--A-------g
gi|42 : TTAAAGGGA--CA--GT------C-TGCAAC-ATT-GATCA-ATT-TTC-GC-TTGCAATTT-----T-TG----------TT-T--A-A--GATA--T----AT-A--------------CACA-T--TAC-----CT-ATG-----GCATT----A--GAAAA--------AC-CG--CAG------T--A-TG--T---GT-------G--CAGACT-CT--A----T--TT-----Ctaaat
gi|43 : tagatgAGATA---G-----TAATTCTT-TA----A-TG------TTA-----------ATA------------------C----A----TTAAGATGATAA---TG-CACACAACG--TG----TA--AA--GATT-T-A-TTTGATGCG-----TGCACTTTAGT--AAAA-TT----CC-ATTTCA-ACAGTGACGTGTGTCCCTTTAA
gi|44 : ----A----T-------ATC----TT-CATAG---G--TG----TA--AT--GACT-TGA-TTTGATGCT-----TAAACATCA------------------ATTTCA-ACATGGCAGTGTGTCCCTTTAA
gi|45 : cTG----------AAACG-T-G--ACA-TAACGCTTGT-G--GA---T-----A---GTT--GAATTTA-----------AT-------C-ATA---T----T-TCG---CATA-T--TGGTTGTACGATACATTAA--T------A---TTAC-AT------AA--T-------GTG--TAACAT-----ATA---T----TTT-----------T--AT-CA----------G---tacagacgaaaaacaaattgatttaaaattgtcagatattaatg
gi|46 : tgttgggC-CC--CAG------T--A-TG--AAGAGA-------G---AGACC-CTTAA----T--TC-----CAT-----------TC------T---AA--C-T--TTG----------AAAAG-G-G--GTT-TAATCCTGGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----C--A--CAT-------C-CTC---T----T-TTG---AATA-T--TTGTGGT------CA
gi|47 : ------AT---A---TT---T------A-AA-A-C--T-AGCACA--A---CAT--CACAAA----T-TT--A-AT---A---A-AATAA----T--GTT--AATAATTTC-T--TA--A----A--CAT-GTAGCT-T---TAGATA---G-----TTATACCT-GGT--GA-T-------CAA-----------ggctt
gi|48 : ttaattgtTTAAAGGGA--CA--CA------C-AACAAT-TTT-CATAA-ATT-TTC-A--T--AAACTC-TA--C-TT----------CC-G--A-A--AAT---T----AT-A--------TAC--CTGTG-TGATACA-GT-CT-ATG-----AAACT----G--T-AAT--------AC-C---------------A-TG--T---AT-------G--Ccgtct
gi|49 : CTAGT-A--AA---T-----A---GTT--GGA---A----G--A--CGT-------C-ATG---T----T-TTG---CTGG-T--TCGTTCT------CAT--A--T------A---TGAC-GG------AACGA-------GTA--AAACAA-----ATA---T----TTAA----------------CA----------G---TT-T---TT---A-CC---GGT--GAGATA
gi|5 : TTAAAGGGA--CA--C-------C-GGTCAT-TTT-AGTAC-ATG-TTC-ACCT--TA--TT-TA--T-TT----------TC-TGTA-A--A----------AC-T--------TAT-------------------AT-ATG-----AACTT----A--G-AAT--------AT-CC--CAG------T--A-TG--T---GT-------G--CAGATC-CTTTA----T--TT------GT-----------TT------C---TA--T-T--TCG----------CAAAG-A-G--GCA-TAACCCTTGC-A--AA---T-----T---GTT--GAA---A----G--T--TAT-------C-CTG---T----T-TCG---CAT--T----------------------------------TGGC-AA------AT--A-------TTG--TAACAA-----ATAAG-T----ATT----T---C--C--GC-CA----------G----T-T---TT---A-TC---AGT--ATGATAAA----T-GT-A--T----T--TCCA--A---C------GA-A-------A-T---ATTA--A-----AT----T--G-C--A-----T--TT-T--A-------------------C---T---C------AT---A---TT---T---TC-C-CA-A-C--A-AGCGTGAAA---C-T--CTCTAG----T-TT--T-ATGAAT---A-AG-AA----T--GCC--AGTTATCTT-TACTA--A----A--TAT-AAAGTT-C---CAGATA---G-----TAATA-TT-TGACAAA-T-------TAACATCTCCATGTGTG------------------T----A----T-------ACG----TT-CACAT---G--TG----TA--AA--TGTT-G-GTTTTCATTCGGTAATTGAACGTTAGT--AAAA-CT----CA-GTTTAA-ACATTGC
gi|50 : ---TT-T---TC---A-TC---AGT--A----AGA----A-AA-A--A----T--TCTT--A---G------GA-A-------A-T---ACCA--A-----CT----T--G-T--AT----T--GT-T--A--A-A-GAAT--T---TTAG---T---C------AT---A---TT---T---TC-A-AA-A-T--C-AGCATG--A---TGC--CACT
gi|51 : attttaT---A---TT---T---TC-A-GA-A-G--T-ACCGTG--A---CAT--CGCTGA----T-TT--T-AT---G---A-GA-AC----A--TTT--AATAAATTC-T--GA--A----A--TAT-GTAATT-T---CAGATA---G-------ATATTT-
gi|52 : -G--GCACTCACCCTTGT-A--AA---T-----G---GTT--AAA---A----G--G--CAT-------T-ATA---T----T-TTT---CCTA-T--CCACAGT------TAC--A--T------A---TGAC-AA------GA--A-------ATG--TAAC
gi|53 : aaagctC-CGTAA----C--TT-----CGT-----------TTA-----T---TA--T-T--TTG----------AAAAA-GTG--GAA-TAATTCTGGT-C--AA---T-----G---GTC--AAA---A----A--G--CAT-------C-AAA---T----T-TCG---CA
gi|54 : a--T----AT-A--------TAT--CTACA-GTATGCA-A--CT-GTG-----CGATT----------AT--------AC-CG--TAG------T--A-TT--T---AT-------G--CAGATC-CTTCA----T--TT-----CGC-----------GT------A---TA--T-T--Tc
gi|55 : -ATG-----AATTT----A--A-AAT--------AC-TT--CGA------A--A-TG--T---AT-------G--CAGGCTGTTTAA----T--TT-----TGT-----------TT------C---TG--TGT--TTG----------GAAGG-G-G--GCA-CAACT
gi|56 : ---A-AA-AC----TA-GTT--GAACACTTC-T--GA--A----G--TAT-GACATT-T---CAGACA---T-----TACTA-TT-TG---GA-
gi|57 : GGGT--CC--TA------C-GGTAAT-TTT-GATAA-ATTGTTT-AC-T--CA-----TA--T-TT----------CT-G--A-A--AGTA--T----A-----------TAT--CTACA-TGATGCA-A--AT-ATgggcaatatcttcaaatgg
gi|58 : ACA-GGATGCA-A--AT-ATG-----ATATT----G--A-AAT--------ACTCC--CAG------T--A-TG--T---AT-------G--CAGACC-CGTCA----T--TC-----TGT-----------TT------C---TG--G-T--TTG----------AA
gi|59 : TTAAAGGGAAACAGTCA------T-GGCAAT-TTG-GATAAGATT-TTC-AC-T--CAACAC-TA--T-TT----------T--T--A-A--AAAA--T-----T-A--------TAT--
gi|6 : c-TGTTGCA-T--AT-TTG-----AAATT----A--G-AAT--------A--------------------TA--T---AT-------A--CAGGCC-CTT-A----TG-TT-----CAA-----------TT------C---------------------------AAG-G-G--ACA-CAACTCTAGC-A--AA---T-----G---GTT--CAA---A----G--G--CAT-------A-ACA---T----T-TTG---CTTA-T--TCGCAGT------CAT--A--T------A---TGAT-AA------AA--G-------TTG--TAACAC-----ATA---T----TTTT---T---T--T--GT-AA----------G---TT-T---TT---A-TT---AGT--ATGATAAATTATACAA-A--A----T--TTAA--A---A------TT-A---------T---ATCA--A-----TT----T--G-T--ATATTTT--TT-T--T--G-T-TTTT--T---TT-T---T---ACAC---AT---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-ACCATG--A---CTT--CACCAGATATT-TT--A--T---G---A-AA-AA----T--GTT--AATGAATTC-T--TA--A----A--TAT-GAATTT-C---CAGATA---G-----CAATAC-T-TG---GA-TAC-----TGATATTTTC----ATA------------------T----G----G-------ATAAACTTT-CATAC---A--TG-----A--AA--GA-T-T-G-TTTGACGCA-----TGATCATAAAT--AAAA-CT-------ATTTTA-AAATTGCCACAGGTCCTTTGAAaat
gi|60 : -AA-AA----T--GGT--GATAATTTC-T--TT--A----G--TAT-GAAATT-T---CATAAA---G-----TAA-ATTT-TG---AA-aggtagtatataaatatccatttaatactt
gi|61 : t--T---AT-------G--CAGACC-CTTAA----T--TT-----TGT-----------TT------C---TG--T-A--TTG----------AAAAA-T-G--GCA-TCGTTGTGGC-A--AA---T-----G---ATT--GAgaccaagattcccattatg
gi|62 : taagaA----T--TT-----CGT-----------TA------C---TA--T-T--TCG----------GAAAG-T-T--GCA--AACTCTTGCCA--AA---T-----A---GTT--GAA---A----G--G--CTT-------C-
gi|63 : ---G--TG----AA--AA--GATT-T-A-TTTAATGCA-----TGAACATGAGT---AAA-CT----TT-ACTCCA-A
gi|65 : TTAAAGGGA--CA--CA------C-AAAAAT-CTT-CATAA-ATT-TTC-A
gi|66 : AAAG-G-G--GCA-TAACTCTTGT-G--AA---T-----G---GTT--GAA---A----G--G--C
gi|7 : ACTAAAAGGT--CTT-CA------C-GACAAT-TTT-G------TT-TTC-AC-A--TAACAG-TA--T-TT----------CT-T--A-A--AAT---T----AT-A--------TAT--CTACA-CAAAGCA-A--AT-ATG-----AAATT----G--G-AATTGGAATATAT-CC--CAG------T--A-TG--T---TT-------G--CAGACT-CTCTA----C--TT-----CAT-----------TT------A---TA--T-G--TTA----------AAAAG-G-G--GCA-CAACCCTTTT-T--TA---T-----G---GAT--TAA--------------CAA-------C-ATAAATT----T-TCA---CATA-T--TTAAGGC------CAT--A--A------A---TGAC--A------AA--A-------GTG--TAATAT-----ACA---T----GTA-----------T--AT-TA----------------------T---A-T------T--ATGA---A----A-TA-A--A----T--TC----------------------------------CT--A-----TT----T--G-T--AT----T--TT-TTAA--A-A-ATGT--T---TA-C---T---C------AC---A----T---T---AA-A-AA-A-T--T-AAATTG--AGACCAT--CATT------T-TT--A-G--------A-AA-AA----T--GCT--AATAATTTC-T--TATGT----A--TAT-CACCTT-C---AAGATA---G-----TAATACTC-CA---GA-T-------T-------------AT-----------------------------T-------ATT----TT-CATAT---G--
gi|8 : aTTAAAGGGA--CA--CA------G-AGCAAT-TTT-GACAA-AAA-T-C-GC-C--GAAAAC-TA--T-TT----------TT-G--G-A--ATT---T----AC-A--------T----C--CA-TGGTGCA-A--AT-ATG-----AAGTA----A--G----------------------------T--A-TG--T---GT-------G--CTGGTC-TTTAA----T--TT-----CCT-----------TT------A---GA--T-T--TGG----------GAAAA-G-G--GCA-TATTTCCTGT-A--AA---T-----T---GTT--AAA---A----G--G--CATTAT----C-ATA---T----T-CAG---CAAA-T--TCGTGGG------CTT--A--T------G---TGAC-AA------AA--A-------GTG--TAACAA-----GGC---T----TTCA---T---T--TTCAT-CA----------G---TT-T---TTTTTA-TA---AAT--ATGATAAA----A-AA-A--A----T--C--A--T---A------GA-A-------A-T---CTCA--A-----AT----T--G-C--AT----T--TT-T--G--T-C-A-AT--T---TT-CGC-TCAAA------AT---AGTTTT---T---TT-T-AA-A-C--T-GGTGTG--G---CTT--CACTAA----T-TT--T-GT---A---A-AA-AA----T--GTA--AATAATTTA-T--TA--A----A--CAT-GATGCT-C---AAAATA---G-----TAATAC-T-TG---GA-T-------gttatatgttcaccggtggaagt
gi|9 : T-TTC-AC-T--CGATTT-TA--T-TT-----------C-T--A-A--ACAAGTT----AC-A--------AAT--CTACA-AGAGGCA-A--G--ATA-----AAAT----------AGT------------------------T--A-TA--T---GT-------G--TA-ACC-CTAAA----T--TT-----TGT-----------TT-----------A--T-T--TCT----------TAAAG-G-G--GTA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----T---GTT--AAA---A----A--G--CAT-------C-ATA---T----T-TCG---GACA-T--TAAGGGG------CAT--A--T------A----AAA-AATTATGTAA--A-------TTC--TAATAA-----TTA---T----TTTA---TATAT--T--AT-CATTATTTTATTT---TT-T---TT---A-TT---GGT--TTGATAGA----A-AG-A--A----T--TAAA--A---G------GA-A-------A-T---ATCA--T-----CC----A--A-T--ATC---C--TT-T--A--AGA-ACTT--T---TT-C---T---C------AT---G---TT---T---TC---AA-A-C--TGATCATG--A---TGC--CACTAG----T-T------T---T---A-GA-AC------------AAT-ATT----------G----A--TAT-AAAGTTAT---TTGACA---G-----TAAattaagttaatcttatggt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|64 ): AACCAAAGAACACGGTCATCTATAACTATAGTATTTA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222 11111111111111 111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111111 444444444444444444444444444444444444444 11111111111 33333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111
lowQualScore : 22 888888888888 1 1 1 1 1 1 555 666 22 1 44444444444444444444444444 1 00000000000000 55555555 2 22 44 1 1 1 999999999999999999999999999999999999999 1 1 11 2222 5555555 11 1 3333333 22 1 3333333 1 55555 11 1 11 11111111111111111111111111111111111 1 1 1 11 1 1 1 11 333 22222 222 11 111 2222 11 11 5555555 22 3333 2222 2 4 222 0 1 3333 55 444444 8888888888888888 1 666666 33 55555555 11 888888 888 5555 7777777777777777777777777777777777 1 222 222 1 7777 22 3333 1 1 444444444444444444444444444 1 6666666 1 222 44444444444444 22 1 22 5555 33 555555555555555555555555555555555555555 222 222 222 333 1 1 1 333333 1 00000000000 55555 3 00000000000000 1 1 66666 22 4 1 1 22 22 3333 22 1 1 333 333 44444 0 22 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8888 2 8888888 66666 33 444 777 2 77777 7 44 6666666666 3 1 2
lowQualScore : .. ............ . . . . . . ... ... .. . .......................... . .............. ........ . .. .. . . . ....................................... . . .. .... ....... .. . ....... .. . ....... . ..... .. . .. ................................... . . . .. . . . .. ... ..... ... .. ... .... .. .. ....... .. .... .... . . ... . . .... .. ...... ................ . ...... .. ........ .. ...... ... .... .................................. . ... ... . .... .. .... . . ........................... . ....... . ... .............. .. . .. .... .. ....................................... ... ... ... ... . . . ...... . ........... ..... . .............. . . ..... .. . . . .. .. .... .. . . ... ... ..... . .. .............................................................. .... . ....... ..... .. ... ... . ..... . .. .......... . . .
lowQualScore : 55 666666666666 8 8 8 7 7 7 555 000 33 7 44444444444444444444444444 6 11111111111111 00000000 5 22 11 1 2 2 111111111111111111111111111111111111111 1 1 55 7777 8888888 44 1 5555555 44 0 6666666 1 00000 44 0 44 99999999999999999999999999999999999 0 0 0 33 0 4 0 44 222 66666 888 44 888 2222 44 55 6666666 11 9999 5555 4 2 111 2 2 0000 77 777777 4444444444444444 2 777777 55 66666666 99 111111 111 7777 4444444444444444444444444444444444 5 666 666 5 9999 00 3333 5 5 444444444444444444444444444 6 8888888 6 888 88888888888888 22 6 22 0000 88 333333333333333333333333333333333333333 777 666 555 999 4 4 4 666666 0 88888888888 88888 5 33333333333333 5 5 99999 11 2 7 7 33 33 5555 33 7 8 222 000 33333 9 44 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 9 7777777 33333 99 999 111 9 11111 0 22 1111111111 3 1 9
consensus : ATTAAAGGGA--CA--CA------C-GGCAAT-TTT-GATAA-ATT-TTC-AC-T--CAACTC-TA--T-T---------T----------TC-T--AA-A---A--T-T---ATA--------TATCTACA-TGATGCA-A--AT-ATGA-A-AT-TA-------G-AAT--------AC-CC--CAG------T-A-TG--T---GT-------G--CAGACC-CTT------AAT--T-T-----CGT-TT-C---TA--T-T--T--------------------------TG-------GAA-AG-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------C-NTA---T----T-TCG---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--T------A---TGAC-AA------AA--A-------GTG--TAACAN-----ATA---T----TTNA---T---C--T--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-TC---GGT--ATGATAGA----A-AA-A--A----T--TCAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T--A--A-A-ANAT--T---TT-C---T---A------AT---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGCGTG--A---CGT--CACTAG----T-TT--A-GT----N---A-AA-AN-T--GTT--AATNATTT-C-T--TA--A----A--TAT-GAAGTT-T---CAGATA---G-----TAATACTT-TG---GA-T--TAA-----------ATA------------------T----A----T-------ATA----TT-CATAN---G--TG----TA--AA--NATT-T-A-TTTGATGCG-----TGAACATNAG--TAAAA-CT----CG-ATTTCA-ACATTGCCGTGTGTCCCTTTAA
Reference ( family-29 ) : ATTAAAGGGA--CA--CA------C-GGCAAT-TTT-GATAA-ATT-TTC-AC-T--CAACTC-TA--T-T---------T----------TC-T--AA-A---A--T-T---ACA--------TATCTACA-TGATGCA-A--AT-ATGA-A-AT-TA-------G-AAT--------AC-CC--CAG------T-A-TG--T---GT-------G--CAGACC-CTT------AAT--T-T-----CGT-TT-C---TA--T-T--T--------------------------TG-------GAA-AG-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------C-NTA---T----T-TCG---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--T------A---TGAC-AA------AA--A-------GTG--TAACAN-----ATA---T----TTNA---T---C--T--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-TC---GGT--ATGATAGA----A-AA-A--A----T--TCAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T--A--A-A-ANAT--T---TT-C---T---A------AT---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGCGTG--A---CGT--CACTAG----T-TT--A-GT----N---A-AA-AN-T--GTT--AATNATTT-C-T--TA--A----A--TAT-GAAGTT-T---CAGATA---G-----TAATACTT-TG---GA-T--TAA-----------ATA------------------T----A----T-------ATA----TT-CATAN---G--TG----TA--AA--NATT-T-A-TTTGATGCG-----TGAACATNAG--TAAAA-CT----CG-ATTTCA-ACATTGCCGTGTGTCCCTTTAA
gi|1 : --CA--CA------C-GGCAAC-TTT-AATGA-ATT-GTC-TT-T--TA--TT-TA--T-TGTTTAATTAC----------TC-TG-AA-A---A--C-T---GTA--------TGACTACA-TGGTG---G--AT-ATGA-T-AT----------G-AA-------------C--CGG------T------------------------------CTT------GAT--T-A-----CCT-TT-CC--TA--T-G--T--------------------------CG-------GAA-CG-G-G--GCG-TAACTCTTGT-A--TA---T-----G---GTT--TAA---A----A--G--CAT---------ATA---T----T-TTG---CTTATT--TCGGGGT------CAC--A--T------A---TGAT-AA------AG--A-------ATG--TAACAA-----ATA---T----TTCCTT-T---T--T--AT-AA----------GTTTTT-T---TT---A-TCG--GGC--ATGATAG-----A-TA-T--A----T--TTTA--A---A------GA-A-------A-T---ACCA--A-----TA----T--GAT--AT----T--T--------A-A-AGAT--T---TT-----T---ACTCAGCAC---A---TT---T---TC-A-AA-AGA--T-AGTATG--A------------------T-TT--A-GA----T---A-AA-AG----GTT--AACAATTT-C-T--TA--GACTTA--TAT-GAAGTT-C---CAGATATTTGGAGATTAATACTT-TT---GA-TA-TAG-----------ATA------------------A----G----C-------GTA-------CACAG---G-------------A--CATT-G-A-TTTGATATG-----TATACAATAG--CAACG-TT----CG-ATTTCA-ACATCGCAGTATGTTCCTTTA
gi|10 : taattaaaaacacgtgtaattaaacatatttggtatgaaattaggtgtacagtatccatttcttaagatc--CAGACC-ATA------AATATT-T-----AGT-TT-C---TA--C-A--T--------------------------TA-------CAA-AG-G-G--ACA-CGACTCTGGT-ATTAA---------G---CTT--GAA---A----A--G--CAT-------C-CT---------T-TTG---CTGA-T--TTGAGGT------TA---A--T------T---TAAA-AA------AA--A-------------AACAATCAAAATAAATT----TTAA---T---C--TG-AT-CT----------GA--TT-T---TT---A-TCTCGAGT--ATGACAGA----A-AA-A--AACCAT--CCAA--A---A------AA-A-------A-T---ATCA--------TT----T--A-T--AT----T--TT-T--A--A-A--------------C--------------AT---A---TT---T---TC-ACAA-A-CATC-AGCTTG--G---CTTTGCAC-AT----T-TT--A-GA----G---A-AA-AC----------GTAATTT-C-T--AA--A----A--TAC-GAAATA-T---CAGACT---G-----TAATATGT-GGA--GA-T--TAA--------------------------------C----A----C--------TG----TCACATA----G--TG----TA--AA--AAAT-T-A-TTTGATTAG-----AAAGCAGGAG--TAAAA--T----CA-ATTTCA-ACTTTGCAATGCCT-CCTTTAAggctaacaaacaaacatttaacaat
gi|11 : tattAAAGGGA--CT--CA------T-GGCAGT-TTT-AATAA-ATT-TTC-TC-T--TAATTC-T---T-T---------T----------TC-T--GATA---A--T-T---ATA--------TATCTGCA-TGATAAA-A--AT-ATG-------CA-------G---------------------G------T-A-TG--T---GT-------A--CTGATG-TTT------AAT--T-T-----T-T-TT-C---TA--T-T--T--------------------------CA-------GTA-AG-G-GAGGTA-CAATTTTT------AC---T-----G---GTT--GAA---C----G--G--TAT-------T-GTA---T----A-TTA---CATA-T--TCCTTGT------TAA--G--T------T---T-------------A--A-------GTG--TAATAT-----CTA---T----TTCA---T---T--TTCAT-CA----------C---TT-G---TT---A-TC---AAT--ATGACATA----G-AA-G--T----T--TCTA--A----------GA-C-------C-T---ATTT--A-----TT----T--G-T--AC----T--TT-TTAA--A-A-ATGT--T---TTAC---C---A------AT---A---TT---T---CC-A-CA-A---------GTG--A---CAC--CAATA--------T--A--T----A---A-TA-AG-T---TTGGAATCATTT-CCT--TG--A----A--TAT-GAAATT-C---CAGAGA---G-----TAATACAT-GG---AG-A--TAA-----------ATA------------------T----act
gi|12 : ATTAAAAGGA--CA--CT------CAGGCAAT-GTT-TACTA-TTT-TTC-AC-T--TAATTA-TA--T-T---------T-----------C-T--GA-AC--A--T-T---ATA--------TATCTACA-TGATGCA-A--TT-ATGA-A-AA-TA---------AAT--------AC-CC--CAT------T-A-TG--T---GT-------G--CAGACC-CTG------AAT--T-T-----TGC-TT-A---TA--T-T--T--------------------------TAAATTTTAGAA-AG-G-G--GTA-TAACTCTTGT-A--AAAA-T-----G---GAT--GAA---A----G--GAGTAT-------T-GTA---C----T-TGG----GTG-T---CGT----------AT--AATT------A---TAAT-AA------AT--A-------GTG--TAACAA-----ATA---T----TCCT---T---C--T-----------------G---GT-T---TT---A-TC---GGT--ATAATGAA----A-CA-A--A----T--ACAA--A---G------GG-A-------A-T---ATCT--G-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T--T--A-A-GAAG--T---TT-A---T---A------AA---A---TA---T---TT-A-AA-A-C--T-AGCCTG--A---CTT--CACTAA----T-T------T----G---A-CA-AA-T--GTT--AATg
gi|13 : TTAAAGGGA--CA--AA------T-GGCAAT-TTC-GATAA-TGT-TTC-AG-T--TTAC----A--TAT---------T----------TC-T--GA-A---AT-T-T---TTG--------TATCTATA-TAATGCA-A--AT-AT-A-A-AG-TG-------A-AAT--------AC-CT--CCT------C-A-TG--A---AT-------G--CAGACT-CTT------TAT--T-T-----TTTATT-T---TA--T-A--T--------------------------TC-------GAA-AG-G-G--ACA-TAAGTCTGGT-A--AC---T-----G---GTT--GAA---C----G--G--TAT-------CACTA---T----T-CCA---CATA-T----GGGAT------TAT--C--T------ATTGTAAC-AATGGGC-AA--A-------ATG--T-----------TT---T----TTTAAT-T---T--T--AT-CA---------------C-T---TT---A-TC---GGT--TTTATAAC----A-AA-A--A--------CAA--A---A-------A-A-------A-TCCAAGCA--A------A----T--A-T--AT----T--TT-T--ATTC-A-ATACTGT---TT-C---T---ATTC---AT---A---TA---T---TT-A-GA-A-T--A-AGC--------------CACAAG----TGTT--A-G---------A-CA-AA-T--GTT--A
gi|14 : aatacC-GC-T--CCACTC-TG--T-T---------T----------AG-A--AA-A---A--T-T---ATA--------CAGCTGTG-TGTTACA-A--AT-ATGA-A-AT-TA-------G-AA------------------G------T-G-AG--T---AT-------T--CAGACG-CTT------AAT--T-T-----CCG-TT-C---TG--T-T--T--------------------------TG-------TAA-AG-G-G--ACA-TAATTCTTGT-A--AA---T-----G---GTA--GAA---G----G--G--CAT-------C-ATA---T----G-TCG---CATA-T--TCGTTGT------AAT--A--T------G---TTAC-AA------AA--C-------TTA--TAACAA-----ATA---T----T------T---C--C--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-AC---GGT--AAGTTAGG----T-AG-T--A----T--T---------A------GA-C-------A-T---GTCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--CTAC--A--A-A-ATAT--TATGTT-T---T---A------CC---A---TTGCGT---TC-A-AA-A-C--T-ATCAAG--A---GTT--CACTAG----T-TC--A-------C---A-AA-AT-G--GTT--AATAGCTT-C-T--TA--A----A--TGT-GAAGT
gi|15 : AAAGGGA--CA--CA------T-GCCAAT-TTT-GATAA-ATT-TTT-AT-A--TAACAA-TA--T-T---------T----------CT-T--AG-A---AATT-T---ATATGTAATTTTATATACAGTTATA-A-A--ATGATCA-A-AT-TA-------A-AAC--------A-------AA------T-A-TA--T---GT-------C--CAGAC-----------AAT--T-TTCTGCCTT-TC-C---TAACT-T--T--------------------------T---------AA-AG-G-G--GCA-TAACTTTTGT-G--CA---T-----GT--GTTTAAAA---A----G--G--CAT-------C-TAA---T----T-TAG---CACA-T--TTGTAAC------CAA--C--T------A---TGAC-AA------AA--A-------ATC--TGAAAT-----GTT---T----TTCAATTT---C--C---T-CA----------G---CT-T---TA---A-T----------TGAT--A----A-AA-A--A----T--CCCA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TC----T--G-T--GT----T--GT-T--
gi|16 : taAAAAGAA--CA--CA------A-GGCAAT-TTT-GATAA-AAT-TTC-AC-T--CAACT--------------------------------------A---G--T----------------TATCAACA-TAACTTC-A--AT-ATGA-A-AT-TC-------A-AAT--------AC-CCAACGG------T-A-----C---AC-------G--CATATC-CTT------AAT--T-T-----CAT-AT-C---TA--C-C--T--------------------------TT-------TAA-AG-G-G--GCA-TAACTCTATC-A--TA---C-----T---GTT--GAA---A----T--T--CAT-------C-ATT---T----T-TCT---AACA-T--TTGTGTT------GAT--C--A------A---AGACAAA------AA--A-------GTG--TAAAAT-----GTAT--T----TTGA---TAA-C-----AT-CA----------G---TT-T----------------GT------TAGA----A-AT-T--A----T--TTTG--A---T------GA-A-------A-T---ATCA--G-----TT----T--T-T--AC----T--TT-T--A--A-AGATAC--T---TTAC---T---C------AT---A---TT---T---TC-A-GA-A-C--A-AGTGTG--A---Cgtttttttaaactagttt
gi|17 : ttgtatttaTACA-TGATGCT-A--AT-ATGA-A-CT-TC---------AAT---------------CAA------T-A-TG------------------CAGATC-TTTTTTGTTGTT--T-T-----TTT-TT-C---TA--T-T--T--------------------------TG-------AAA-AC-G-G--ACA-TCACTCTGCT-G--AA---T-----G---GTT--GGA---A----G--G--TAT-------C-GTT---T----TATCT---TATA-T--ATGCCAT------CAT--T--T------A---TATC-AA------AA--A-------GTG--TAACTT-----TTA---T----TT-----T---C-----AA-CA----------G---TT-T---TT---A-TG---GAC--ATGATAGA----C-AA-ACTA----TAATTAA--A---ACT----GATA-------A-G---A-CA--ACTGATTT----T--G-A--AT----T--TT-----------ACGT--T---CT-T---T---ATTT---GT---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGc
gi|18 : caatttgttacatgttgtctaca--------TATCTCTA-TGATGCC-A--AT-ATGA-C-ATATA---------AAT---------------CAA------C-A-TA--T---ATACTA---A--CATACT-CTT------ATT--T-T-----CAT-TA-C---AA--T-T--A--------------------------TG-------G-A-AG-G-G--GCA-CAACTGTCGA-A--AA---T-----G---TTT--G-----------------AT-------T-TT----T----T-TTG---TATA-T--TCTTCGT------CAC--A--T------A---TGTT-AA------AC--AGTACATTGTA--TAACAA-----AAG---T----TTTA---A---CA-C--ATCCA----------C---TT-T---TT---A--A---GAT--ATGAAAG-----------------------AA--A---A------GA-A-------A-----ATCA--A--------------G-C--AT--------------------AGAT-------------C---A------GT---A---TT---T---TC-A--------------GTG--A---CGT--CACTAG----C-TT-----T----T---ATAA-AA-T--GTT--AAT-ATT
gi|19 : tgatgC--CAG------T-A-TG--T---GT-------GTACAAACC-CTT------AAT--T-C-----TGC-TT-C---TT--A-T--T--------------------------TA-------GAA-AG-G-G--GCA-TAACTCTAGT-A--AA---C---------ACT--CAA---A----T--A--CAT-------C-CTT---T----T-TTG---CAAA-T--TGGCGGC------CAT--T--T------A---TGGT-CA------AG--A-------GGGCTTAGTAT-----AT----T----GTAA---T---T--TG-AC-CA----------G---TT-T---TT---A-TC---AGT--A--ATAAA----G-AA-ACTG----T--TTTA--A---A-------A-A-------A-T---ATCA---------T----T--A-TTAAT----T--GT-----------ATAT--T---CA-C---T---T------AT---A---TT---T---CCAA-AA-A-C--TAAGCACG--A---CTT--CAC
gi|2 : TAAAGGGA--CA--CT------C-AGCACT-TTT-GATTA-A-----CGAC-T---AATTC-TG-------------------------------AA-A---A--T------CA--------TAT-TAT--TTATGCA-AG-AT-AAGA-A-AT-TC---------AAT--------AT-TC--CAG------T-A-TG--T---TT-------A--TAAACA-CTT------TGT--T-T-----CTT-TT-CA--TC--T-T--T--------------------------AT-------GAA-AA-G-G--GCA-TAACTCTGGC-A--AA---T-----G---ACT--GAA---A----G--G--TTT-------C-CTA---T----T-TTA---CATA-T--AAGTAGT------AGT--T--T------A---TGAC-AA------AA--A-------TAG--CAAAACT----ATA---TCCTATTAA---C---T--T--AT-TA----------C---TT-C---TA---A-TC---AAC--ATAACAGA----A-AATA--A----T--CCAACTATC-A------GA-ACGTTAGGA-A---ATCAGAA-----CT----T--G-T--AT----T--T-----A--G-A-GCAT--T---TG-T---T---T------AC---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGCGCG--G---TGC--AATTAG----TATT--A--T----G---A-AA-AT-T--GTT--TATAA--T-C-A--TA--T----A--TATAGATATT-TTTGCAGGCA---A-----TACTACTG-GA---GA-T--AAATATT-------ATA------------------T----A----T-------ACA----TT-TATAG---A--TG----TA--AA--TATT-A-A-TTCCATGCA-----GGACCAC--G--TGAAA-AT----CGAATTGAA-ACATAGCCATGTGT-CCTTTAA
gi|20 : tacatgttacataacgtccatttca---------T----------TCAT--AG-A---A--CGT---ATA--------TAACGACA-TGGTGCA-A--TT-ATGA-A-AT-TT-------A-AGT--------AC-C---------------------------------G--AAG----CTT-------------C-----CGA-TT-C---TA--T-T--T--------------------------GG-------GGA-AG-G-G--GCA-TAACTC-TGC-T--TA---T-----A---CTT--CAA---A----G--G--CAT-------C-ACA---T----G-TCG---CAAA-T--ATGTTTT------GAT--A--T------A---AAAC-AA------AATCA-------GC---TAAAAC-----A-A---T----TTC----T---C--------CA----------G---TT-T---TT---A-TA---AAT--ATTATAGA----A-CC-A--A----A--TC-A--A---A------GA-A-------A-T---CTCA--A-----TG----T--G-A--AT----TTCTT-T--A--A-
gi|21 : ta--T-T---------T----------TT-G--AA-A---C--T-T---ACA--------TATCTACATTGATGCA-A--AT-ATGC-A-AT-CA---------AAT--------GC-CC--CCG------T-A-GA--T---TT-------G--CAGACA-ATT------TAT--T-T-----CGT-TT-C---TT--T-A--T--------------------------TG-------GAA-AG-T-G--CCA-CAA--CTTG--A--AA---T-----G---GTT--AAA---A----AGCG--CATTTATATAC-TTA---T----T-T-G---CACA-T--TCGTCTT------CAT--A---------------AC-CG------GA--A-------GTG--TAACAG-----ATG---T----TTAATTTT---C--T---T-CA----------G---TG-T---TT---A-TA---GCT--ATG
gi|22 : TTAAAGGGA--CA--C---------GACAATATTG-GATAA-ATT-TTC-AC-T--TGGTAC-TA--T-T---------T----------CT-G--AA-A---A--C------CA--------TGT----A-TGAT--------T-GTGA-A-AT-------------AT--------GC-C----AG------T-G-GG--T---GTTAACTATG--CAGATC-CTT------TAT--T-T-----CAT-TT-T---TA--T-T--T--------------------------T----------A-AG-G-G--GCA-AAATTCTGGT-A--AAAAAT-----T---GTT--TAA---ACAATG--G--TAT-------C-CTA---TACAATATAG---CGCA-T--TTA-AGTA-----CAT--T--T------A---TGAC-AA------Agcaaacac
gi|23 : c------AC---A---TT---T---T--A-AA-A-C--T-AGCGTG--G---TGT--CATTAG----T-TT--A--TAAAAA---A-AA-AC-T--G-C--AACTATTTCC-T--TA--C----A--TAT-GACGCC-A---CAGACA---G-----TAATATGT-TG---G--T--T-------------GTA-----------------------A----T-------ATA----TT-CATAT---AGTTC----TA--CG--TATTAT-A-CGTATTGTG-----TAAATATTGGTCTAACA-TTGGAACA-ATTTTA-ACATGTCAATGTGTCCATCTAA
gi|24 : -C---TA--T-T--T--------------------------TG-------GGA-AG-G-G--ACA-CAACTCTTAT-A--AA---T-----G---GCT--G-A---C----G--G--TAT-------C-AT-------------G---CATA-TAATTGTTGT------CA---A--T-----------------------AA--A-------GTG--TAACAA-----ATA---T----TTCA--------------------------------TT-T---TT---A-TT---AGT--TTAAAAGA----C-AC-A--A----T--TGAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TT----T--G-T--GT----TG-TT-T--A--A-A-GAAT--TGC-TT-C---T---C------AT---A---TT---T---TA-A-AA-A-C--T-AGa
gi|25 : GAC-AA------AA--A--------TG--TAATA------ATG---G----CTTA---T---TATT--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-TG---AGC--ATGATTGA----A-AA-A--G----G--TGCA--A---A------GA-A-------A-T---ATTA--A-----TTACTGTAAG-T--AT----T--TT-T--T--C-A-AGAC--T---CT-CACAT---T------GT---A---TT---A---TC-A-GA-A-C--T-AGTATG--T---TGC--CACTGG----T-TT--T-AT----A---A-AA-CC-T--GTT--AATAATTT-C-T--TA--A----A--TAT-AAAGtttta
gi|26 : TTAAAAAGG--CA---A------C-GTCAAT-TTTTGATAG-AAT-TTC-AC-T--TAACTTATA--T-T---------T----------TA-T--CC-G---A--TAT---ACA--------TAGTTACA-TGATG---A--AT-TTGACATAT-TG-------G-AGA--------AC-CC--T-G------T-A-AG--T---GT-------G--CAAACC-CTT------AAT--T-T-----TGT-TG-T---TG--T-T--T--------------------------TG-------GAA-AG-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----T---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------
gi|27 : at---TT-T---GT---A-TC---GGA--ATAATAGA----G-AA-A--A---------AA--A---ATCCCCCAA-A-------A-T---ATCT--A-----TA----T--G-T--AT----T--TT-T--G--A-A-A--------------------A------AT---A---TT---TG--TT-A-CACA-T--A-AGCGTG--C---CAC--CACTAA----T-TTTTA--T----A---A-AG-AA-TAAGTA--AATGATTT-C-T--TA--A----AGTTAT-GCATTT-T---CAGATA---G-----AAATACTT-TG---AG-A--TGA-----------ATA------------------T----C----T-------ACA----T
gi|28 : ---A-AA-CT-T--TTT--AATGATTT-C-T--CA--A----A--TAG-GAAGTT-C---TAGATA---A-----TGATAATT-GGA--GA-T--TAATATCTAAGT--ATGGT----------------T----A----T-------ACA----TT-CAAAG---G--TT----CA--CA--GATT-G-A-TTTGATTTG-----TGACCATGAC--TAAAATCT----Cgt
gi|29 : tttatatcaatTTAAAAGCA--TA--CA------T-AGCCAT-TCT-GATTA-ATT-ACA-AC-T--CAGCAC-TA--T-T---------T-----------A-T--AA-A--------------------------CTAAC-TGA--------AT-ATGA-A-AT-TA-------A-AAT--------AC-CC--CAG------T-A----------T-------G--CAGACC-CTT------AAT--T-T-----AAT-CT-CAAATA--T----------------------------------------ACA-AG-A-G--GCA-TACCTCTGGT-A--AA---T-----G---ACT--GAC---A----G--tgtaaaattcctcacactaagtcttctttc
gi|3 : acattgtacagtggtgtccgATTAAAGGGA--CA--CA------C-GACAAT-CTT-GATAA-ATG-TTC-AC-C--AGGCTC-CA--C-T---------G----------TC-----A-A---A--C-TGTGACA--------TGTTTACA-TGATGCA-A--AT-ATTA-C-AC-AA-------G-AAT--------AT-CC--CAG------T-A-TA--C---AC-------T--CATACT-CTT------TGT--T-T-----TGT-TT-A---TA--T-C--T--------------------------TT-------TAA-AG-G-G--GCA-CAACTCTTGT-A--AA---T-----G---ATT--GAA---A----A--C--CAT-------C-TTA---T----T-TTG---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--A------A---TAAC-AT------AA--A-------GTG--TAACAC-----ACA---T----TTAA---TAA-C--A--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-CA---GAT--ATGTTAGA----C-AA-A--A----T--TTAA--A---A------GA-A-------T-T---ATCA--T-----TT----T--G-T--AT----T--CT-T--A--A-ATAAAT--A---TC-C---T---A------AT---A---TT---C---TC-A-GA-A-C--T-AGCGAG--A---CAT--CACTAA----T-TT--A-GT----T---A-AA-AC-T--ATT--AAGTATTT-C-T--TA--G----A--TAT-GATGTT-T---CAAATA---A-----TAGTACTT-TG---GA-T--TAA-----------ATA------------------T----A----T-------ATA----TC-CATAT---G--TG----CA--AA--TATT-T-A-TTTAATGCG-----TAAACATGAG--TTAAA-CT----TG-ATTTCA-ACAATGCCGAGTGTCACTTTAA
gi|30 : CA--------TATCGATA-TGAAGCA-AGTAT-ATGC-T-AT-TAAATAGCCG-AGT--------AT-CC--CGG------T-A-TG--T---GT-------G--CAGTCC-CTT------AAT--G-T------GT-TT-A---TA--T-T--T--------------------------TT-------GAA-GG-G-G--GTA-TAACTCTTTT-A--AA---C-----G---AAT--AAA---A----A--G--CAT---------ATAG--T----T-T-----TATA-T--TCGTTGT------CAC----------------CGAT-CA------AA--C-------GTG--TAATAA-----A-A---T----TT
gi|31 : AGGGA--CA--TA------A-GGCAAT-TGT-GTTAA-AGG-ATC-AC-T--TAACGC-TACAT-T---------TGCCTTGTATATC-T--GA-A---A--T-TT--ACA--------TATCTGCT-TGATGCA-A--AC-ACGA-A-AA-TG-------A-GAC--------AC-CA--CCG------TAA-TG--C---AT-------A--CTTGCT-CTA------AAT--A-T-----GGT-TT-T---TA--C-T--T--------------------------TG-------AAA-AGAG-G--ACA-TA
gi|32 : aaactt--AT-ATGA-A-AT-TA-------A-AAC--------AT-TC--TGG------T-A-TG--T---AT-------G--CAGATC-CTT------AAT--T-T-----ATT-TT-A---TA--T-T--TAATTTTATTTTATTTTATATTATATTTG-------AAATAG-G-----CA-T-ACTCTTGT-A--GA---TCTATAGTTTGTT--GAA---A----G--A--TAG-------C-CTA---T----A-TCG---C------------GT------CAT--C--T------A---TGGC-AG------AA--C-------ATG--TA
gi|33 : atAAAGGGA--CA--CAATGTCAT-GACAAT-TTT-GATAA-ATT-CTC-TC-T--CGACTC-CG--T-A---------T----------CT-G--AA-A---A--T-T---AAA---------ATCTACA-C-ATACAGA--AT-ATGA-A-AC-TG-------A-AAT--------AC-AC--CAT------T-G-TG--T---GT-------A----------TT------AAT--T-T-----TGG-TT-C---AA--T-C--T--------------------------T--------GAA-AA-G-G--GCA-TAATTC
gi|34 : cCA-TGAAGCT-G--AT-ATGA-A-AT-T--------G-AAT--------AC-TC--CAGACAGTAT-A-TAATT---AT-------G--TAGATT-GTT------AAA--T-T-----CAT-TT-A---TC--C-T--T--------------------------TG-------GAA--G-G-A--AAA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---AAT--GAA---A----G--G--CAT-------T-CTA---T----T-T-A---AACA-T--CTATAGT------CAT--T--TGCGAGCA---TGAC-AA------AA--A-------aggtactgttttt
gi|35 : tattT---T---TC-A-AA-AAC--T-AACGTG--A---CAC--CACTAA----T-TT--C-AT----ACAAA-AA-AA-TCGGTT--GTTACTTT-C-T--AA--A----C--TGT-GAAGTT-T---CCGACA---G-----TTATACTT-CA---GA-T--T-G-----------ATA------------------T----aag
gi|36 : ---TC---T---TC-A-AA-G-C--C-GGGGTG--G---CAC--CACTAA----T-TT--A-AT----G---A-AA-AC-T--GTC--AATTATTT-T-T--TA--A----A--TAT-GAAAAT-T---AGGAGA---G-----TAGCCCTTAAA---GA-C--T-G-----------ATA------------------TCTCCA----TA------ATA----TT-TACAA------TA----TA--TATTAACT-G-A-TTTAATACA-----TAAACcgtcatacagatgggggcctacacttttattggtaaaaagtttgttttgatgtgt
gi|37 : tGATGGA----A-GA-A--G----C--TAAA--A---A------AA-AC------A-C---GTCA--A-----TT----T--A-T--AT----T--TT-C--A--A---------C---TT-G---T---AT-----AT---A---TT---TCAATC-A-AA-G-T--T-AGCATGTAA---C----CACT------T-TT--GCAT----G---A-AA-ATCT--ATC--AATCGTTT-C-T--TG--A----A--TAT-GAAGTT-T---TTGATA---C-----TTGAGCTT-TG---AA-A--TTA-----------ATA------------------T----tttctgagtgaa
gi|38 : ATTT-C-T--TA--G----A--TAT-AAATCT-T---AAGATA---G-----TAGCACTT-AGA--GA-A--TAATATCA------GTA------------------T----AATGAT-------ATA----TT-CACAG---G--TGGCCATGCTAC--TGTT-T-A-TTCGATGTG-----TGAATGT-AG--TAAGA-AT----TG-ATTTCA-TCATTATCATGTGTCGCCTTAc
gi|39 : A--------TATGTACA-TGATGCC-A--GT-ATGA-A-AT-TA-------G-AAT--------AC-AC----A------T-ACTT--T---GT-------G--CTGACC-CAT------TGT--T-T-----CTT-TT-C---TA--T-T--T--------------------------AA-------GAA-AG-G-G--GCA-CAACTCTTGT-A--AA---G-----G---ACT--GAA---A----A--G--CAT-------C-CTA---T----T-TTG---CATA-T--TGGTGGT------CAT--
gi|4 : ccttcgTTGAAGAGG--CA--C---------GGCAAT-TTA-GATAA--TT-TTC-AT-T--TAACAC-AA--T-T---------T----------TG-T--GA-A---AC-T-T---ATA--------TAGCTACA-TGAT--------------------------------AT--------AC----------------------T---GT-------T--CTGACC-CTT------ACG--T-T-----TGT-TT-C---TA--C-T--T--------------------------TG-------GGA-GG-G-G--ATG-TAACTCTGGG-A--TA---T-----G---TTT--GAA---A----G--T--CAT-------C-AT----T----T-TC----C----T--TTG-------------------------A----GAC-AA------AA--A-------GTG--CAATAT-----ATACT-T----TTCA---T---T--T--AA-TT----------G---TG-T---TT---AATA---GGT--ATGATAGA----A-AA-A-----------CAA--ATCCA------GA-A-------ACT---ATCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T-----A-A-AGAT--T---TT-T---T---A------CTTGGA---TT---T---CC-A-AA-A-T--T-AGAATG--T---CAC--CACTAG----T-TT-----T----A---A-AA-AT-T--GTT--AATGATTT-C-T--GA--A----A--TAT-GAAGTT-T---GAGATA---G-----TAACA-TT-TG---GAGG--TCA-----------ATATCTTCATGTGGCTACGGGT----A----T-------ACA----TT-AGTAG---G--TG----TG--AT--GATT-G-A-TTTGATGTG-----TGCACATAGG--TAAAA--T----CA-AATTTATACATTAC
gi|40 : gtattG-G-G--GCA-TAACTCCGGT-A--AA---T-----G---GCT--GAA---A----G--A--CGT-------C-CTA---T----T-GTGCACCACA-T--TCACGGT------CAT--C--T------A---AGAC-AC------AA--C-------TCG--CAATAT-----ATA---TATA-TAGA---T---TA-C--AT-AA----------G---TTATATATT---G-TC---GATTAATGGTAAA----A-GA-A--ttcct
gi|41 : -ATGA-A-AT-TA-------A-ATT--------AG-TC--CAG------T-G-CA--T---GT-------A----------TC------AATA-TAT-----CGT-AT-----TA--T-TGGT--------------------------TG-------GGA-AG-G-C--GCA-TAACTCTGGT-A--GT---C-----A---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------C-TTA---T----T-TCG---CAGG-T--TTGTGTA------AAT--A--G------G---TAAC-AG------AA--A-------g
gi|42 : TTAAAGGGA--CA--GT------C-TGCAAC-ATT-GATCA-ATT-TTC-GC-TTGCAATTT-----T-T---------G----------TT-T--AA-G---A--T-------A--------TATACACA-T--TAC-----CT-ATGG-C-AT-TA-------GAAAA--------AC-CG--CAG------T-A-TG--T---GT-------G--CAGACT-CT--------AT--T-T-----Ctaaat
gi|43 : tagatgAGATA---G-----TAATTCTT-TA----A-TG-TTA-----------ATA------------------C----A----TTAAGATGATAA---TG-CACACAACG--TG----TA--AA--GATT-T-A-TTTGATGCG-----TGCACTTTAG--TAAAA-TT----CC-ATTTCA-ACAGTGACGTGTGTCCCTTTAA
gi|44 : ----A----T-------ATC----TT-CATAG---G--TG----TA--AT--GACT-TGA-TTTGATGCT-----TAAACATCA------------------ATTTCA-ACATGGCAGTGTGTCCCTTTAA
gi|45 : c--------------------------TG-------AAA-CG-T-G--ACA-TAACGCTTGT-G--GA---T-----A---GTT--GAATTTA-----------AT-------C-ATA---T----T-TCG---CATA-T--TGGTTGTACGATACATTAA--T------A---TTAC-AT------AA--T-------GTG--TAACAT-----ATA---T----TTT-----------T--AT-CA----------G---tacagacgaaaaacaaattgatttaaaattgtcagatattaatg
gi|46 : tgttgggC-CC--CAG------T-A-TG--AAGAGA-------G---AGACC-CTT------AAT--T-C-----CAT-TC-T---AA--C-T--T--------------------------TG-------AAA-AG-G-G--GTT-TAATCCTGGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----C--A--CAT-------C-CTC---T----T-TTG---AATA-T--TTGTGGT------CA
gi|47 : ------AT---A---TT---T------A-AA-A-C--T-AGCACA--A---CAT--CACAAA----T-TT--A-AT----A---A-AATAA-T--GTT--AATAATTT-C-T--TA--A----A--CAT-GTAGCT-T---TAGATA---G-----TTATACCT-GGT--GA-T--CAA-----------ggctt
gi|48 : ttaattgtTTAAAGGGA--CA--CA------C-AACAAT-TTT-CATAA-ATT-TTC-A--T--AAACTC-TA--C-T---------T----------CC-G--AA-A---A--T-T---ATA--------TACCTGTG-TGATACA-GT-CT-ATGA-A-AC-TG-------T-AAT--------AC-C--------------A-TG--T---AT-------G--Ccgtct
gi|49 : CTAGT-A--AA---T-----A---GTT--GGA---A----G--A--CGT-------C-ATG---T----T-TTG---CTGG-T--TCGTTCT------CAT--A--T------A---TGAC-GG------AACGA-------GTA--AAACAA-----ATA---T----TTAA----------------CA----------G---TT-T---TT---A-CC---GGT--GAGATA
gi|5 : TTAAAGGGA--CA--C-------C-GGTCAT-TTT-AGTAC-ATG-TTC-ACCT--TA--TT-TA--T-T---------T----------TC-TGTAA-A---A--C-T--------------TAT-----------------AT-ATGA-A-CT-TA-------G-AAT--------AT-CC--CAG------T-A-TG--T---GT-------G--CAGATC-CTT------TAT--T-T------GT-TT-C---TA--T-T--T--------------------------CG-------CAA-AG-A-G--GCA-TAACCCTTGC-A--AA---T-----T---GTT--GAA---A----G--T--TAT-------C-CTG---T----T-TCG---CAT--T----------------------------------TGGC-AA------AT--A-------TTG--TAACAA-----ATAAG-T----ATT----T---C--C--GC-CA----------G----T-T---TT---A-TC---AGT--ATGATAAA----T-GT-A--T----T--TCCA--A---C------GA-A-------A-T---ATTA--A-----AT----T--G-C--A-----T--TT-T--A-------------------C---T---C------AT---A---TT---T---TC-C-CA-A-C--A-AGCGTGAAA---C-T--CTCTAG----T-TT--T-ATGAA-T---A-AG-AA-T--GCC--AGTTATCT-T-TACTA--A----A--TAT-AAAGTT-C---CAGATA---G-----TAATA-TT-TGACAAA-T--TAACATCTCCATGTGTG------------------T----A----T-------ACG----TT-CACAT---G--TG----TA--AA--TGTT-G-GTTTTCATTCGGTAATTGAACGTTAG--TAAAA-CT----CA-GTTTAA-ACATTGC
gi|50 : ---TT-T---TC---A-TC---AGT--A----AGA----A-AA-A--A----T--TCTT--A---G------GA-A-------A-T---ACCA--A-----CT----T--G-T--AT----T--GT-T--A--A-A-GAAT--T---TTAG---T---C------AT---A---TT---T---TC-A-AA-A-T--C-AGCATG--A---TGC--CACT
gi|51 : attttaT---A---TT---T---TC-A-GA-A-G--T-ACCGTG--A---CAT--CGCTGA----T-TT--T-AT----G---A-GA-AC-A--TTT--AATAAATT-C-T--GA--A----A--TAT-GTAATT-T---CAGATA---G-------ATATTT-
gi|52 : -G--GCACTCACCCTTGT-A--AA---T-----G---GTT--AAA---A----G--G--CAT-------T-ATA---T----T-TTT---CCTA-T--CCACAGT------TAC--A--T------A---TGAC-AA------GA--A-------ATG--TAAC
gi|53 : aaagctC-CGT------AAC--T-T-----CGT-TTAT---TA--T-T--T--------------------------TG-------AAA-AA-GTG--GAA-TAATTCTGGT-C--AA---T-----G---GTC--AAA---A----A--G--CAT-------C-AAA---T----T-TCG---CA
gi|54 : a-T---ATA--------TATCTACA-GTATGCA-A--CT-GTGC-G-AT-T-----------AT--------AC-CG--TAG------T-A-TT--T---AT-------G--CAGATC-CTT------CAT--T-T-----CGC-GT-A---TA--T-T--T--------------------------c
gi|55 : -ATGA-A-TT-TA-------A-AAT--------AC-TT--CGA------A-A-TG--T---AT-------G--CAGGCTGTTT------AAT--T-T-----TGT-TT-C---TG--TGT--T--------------------------TG-------GAA-GG-G-G--GCA-CAACT
gi|56 : ---A-AA-AC-TA-GTT--GAACACTT-C-T--GA--A----G--TAT-GACATT-T---CAGACA---T-----TACTA-TT-TG---GA-
gi|57 : GGGT--CC--TA------C-GGTAAT-TTT-GATAA-ATTGTTT-AC-T--CA-----TA--T-T---------T-----------C-T--GA-A---A--G-T---ATA--------TATCTACA-TGATGCA-A--AT-ATgggcaatatcttcaaatgg
gi|58 : ACA-GGATGCA-A--AT-ATGA-T-AT-TG-------A-AAT--------ACTCC--CAG------T-A-TG--T---AT-------G--CAGACC-CGT------CAT--T-C-----TGT-TT-C---TG--G-T--T--------------------------TG-------AA
gi|59 : TTAAAGGGAAACAGTCA------T-GGCAAT-TTG-GATAAGATT-TTC-AC-T--CAACAC-TA--T-T---------T----------T--TAAAA-A---A--T-T---ATA--------TA
gi|6 : c-TGTTGCA-T--AT-TTGA-A-AT-TA-------G-AAT--------A-------------------TA--T---AT-------A--CAGGCC-CTT------ATG--T-T-----CAA-TT-C--------------------------------------------------A-AG-G-G--ACA-CAACTCTAGC-A--AA---T-----G---GTT--CAA---A----G--G--CAT-------A-ACA---T----T-TTG---CTTA-T--TCGCAGT------CAT--A--T------A---TGAT-AA------AA--G-------TTG--TAACAC-----ATA---T----TTTT---T---T--T--GT-AA----------G---TT-T---TT---A-TT---AGT--ATGATAAATTATACAA-A--A----T--TTAA--A---A------TT-A---------T---ATCA--A-----TT----T--G-T--ATATTTT--TT-T--T--G-T-TTTT--T---TT-T---T---ACAC---AT---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-ACCATG--A---CTT--CACCAGATATT-TT--A--T----G---A-AA-AA-T--GTT--AATGAATT-C-T--TA--A----A--TAT-GAATTT-C---CAGATA---G-----CAATAC-T-TG---GA-TACTGATATTTTC----ATA------------------T----G----G-------ATAAACTTT-CATAC---A--TG-----A--AA--GA-T-T-G-TTTGACGCA-----TGATCATAAA--TAAAA-CT-------ATTTTA-AAATTGCCACAGGTCCTTTGAAat
gi|60 : -AA-AA-T--GGT--GATAATTT-C-T--TT--A----G--TAT-GAAATT-T---CATAAA---G-----TAA-ATTT-TG---AA-aggtagtatataaatatccatttaatactt
gi|61 : t--T---AT-------G--CAGACC-CTT------AAT--T-T-----TGT-TT-C---TG--T-A--T--------------------------TG-------AAA-AA-T-G--GCA-TCGTTGTGGC-A--AA---T-----G---ATT--GAgaccaagattcccattatg
gi|62 : taagaAT--T-T-----CGT-TA-C---TA--T-T--T--------------------------CG-------GAA-AG-T-T--GCA--AACTCTTGCCA--AA---T-----A---GTT--GAA---A----G--G--CTT-------C-
gi|63 : ---G--TG----AA--AA--GATT-T-A-TTTAATGCA-----TGAACATGAG--T-AAA-CT----TT-ACTCCA-A
gi|65 : TTAAAGGGA--CA--CA------C-AAAAAT-CTT-CATAA-ATT-TTC-A
gi|66 : AA-AG-G-G--GCA-TAACTCTTGT-G--AA---T-----G---GTT--GAA---A----G--G--C
gi|7 : ACTAAAAGGT--CTT-CA------C-GACAAT-TTT-G------TT-TTC-AC-A--TAACAG-TA--T-T---------T----------CT-T--AA-A---A--T-T---ATA--------TATCTACA-CAAAGCA-A--AT-ATGA-A-AT-TG-------G-AATTGGAATATAT-CC--CAG------T-A-TG--T---TT-------G--CAGACT-CTC------TAC--T-T-----CAT-TT-A---TA--T-G--T--------------------------TA-------AAA-AG-G-G--GCA-CAACCCTTTT-T--TA---T-----G---GAT--TAA--------------CAA-------C-ATAAATT----T-TCA---CATA-T--TTAAGGC------CAT--A--A------A---TGAC--A------AA--A-------GTG--TAATAT-----ACA---T----GTA-----------T--AT-TA----------------------T---A-T------T--ATGA---A----A-TA-A--A----T--TC----------------------------------CT--A-----TT----T--G-T--AT----T--TT-TTAA--A-A-ATGT--T---TA-C---T---C------AC---A----T---T---AA-A-AA-A-T--T-AAATTG--AGACCAT--CATT------T-TT--A-G---------A-AA-AA-T--GCT--AATAATTT-C-T--TATGT----A--TAT-CACCTT-C---AAGATA---G-----TAATACTC-CA---GA-T--T-------------AT-----------------------------T-------ATT----TT-CATAT---G--
gi|8 : aTTAAAGGGA--CA--CA------G-AGCAAT-TTT-GACAA-AAA-T-C-GC-C--GAAAAC-TA--T-T---------T----------TT-G--GA-A---T--T-T---ACA--------T--C--CA-TGGTGCA-A--AT-ATGA-A-GT-----------------------A-------AG------T-A-TG--T---GT-------G--CTGGTC-TTT------AAT--T-T-----CCT-TT-A---GA--T-T--T--------------------------GG-------GAA-AA-G-G--GCA-TATTTCCTGT-A--AA---T-----T---GTT--AAA---A----G--G--CATTAT----C-ATA---T----T-CAG---CAAA-T--TCGTGGG------CTT--A--T------G---TGAC-AA------AA--A-------GTG--TAACAA-----GGC---T----TTCA---T---T--TTCAT-CA----------G---TT-T---TTTTTA-TA---AAT--ATGATAAA----A-AA-A--A----T--C--A--T---A------GA-A-------A-T---CTCA--A-----AT----T--G-C--AT----T--TT-T--G--T-C-A-AT--T---TT-CGC-TCAAA------AT---AGTTTT---T---TT-T-AA-A-C--T-GGTGTG--G---CTT--CACTAA----T-TT--T-GT----A---A-AA-AA-T--GTA--AATAATTT-A-T--TA--A----A--CAT-GATGCT-C---AAAATA---G-----TAATAC-T-TG---GA-T--gttatatgttcaccggtggaagt
gi|9 : T-TTC-AC-T--CGATTT-TA--T-T---------T-----------C-T--AA-ACAAG--T-T---ACA--------AATCTACA-AGAGGCA-A--G--ATAA-A-AT------------AGT------------------------T-A-TA--T---GT-------G--TA-ACC-CTA------AAT--T-T-----TGT-TT------A--T-T--T--------------------------CT-------TAA-AG-G-G--GTA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----T---GTT--AAA---A----A--G--CAT-------C-ATA---T----T-TCG---GACA-T--TAAGGGG------CAT--A--T------A----AAA-AATTATGTAA--A-------TTC--TAATAA-----TTA---T----TTTA---TATAT--T--AT-CATTATTTTATTT---TT-T---TT---A-TT---GGT--TTGATAGA----A-AG-A--A----T--TAAA--A---G------GA-A-------A-T---ATCA--T-----CC----A--A-T--ATC---C--TT-T--A--AGA-ACTT--T---TT-C---T---C------AT---G---TT---T---TC---AA-A-C--TGATCATG--A---TGC--CACTAG----T-T------T----T---A-GA-AC---------AAT-ATT-----------G----A--TAT-AAAGTTAT---TTGACA---G-----TAAattaagttaatcttatggt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|64 ): AACCAAAGAACACGGTCATCTATAACTATAGTATTTA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111111 444444444444444444444444444444444444444 11111111111 33333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111
lowQualScore : 22 888888888888 1 1 1 1 1 1 555 666 22 1 44444444444444444444444444 1 444 4444 1 555555555555 1 1 1 22 44 1 1 1 999999999999999999999999999999999999999 1 1 11 2222 5555555 11 1 3333333 22 1 3333333 1 55555 11 1 11 11111111111111111111111111111111111 1 1 1 11 1 1 1 11 333 22222 222 11 111 2222 11 11 5555555 22 3333 2222 2 4 222 0 1 3333 55 444444 8888888888888888 1 666666 33 55555555 11 888888 888 5555 7777777777777777777777777777777777 1 222 222 1 7777 22 3333 1 1 444444444444444444444444444 1 6666666 1 222 44444444444444 22 1 22 5555 33 555555555555555555555555555555555555555 222 222 222 333 1 1 1 333333 1 00000000000 55555 3 00000000000000 1 1 66666 22 4 1 1 22 22 3333 22 1 1 333 333 44444 0 22 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8888 2 8888888 66666 33 444 777 2 77777 7 44 6666666666 3 1 2
lowQualScore : .. ............ . . . . . . ... ... .. . .......................... . ... .... . ............ . . . .. .. . . . ....................................... . . .. .... ....... .. . ....... .. . ....... . ..... .. . .. ................................... . . . .. . . . .. ... ..... ... .. ... .... .. .. ....... .. .... .... . . ... . . .... .. ...... ................ . ...... .. ........ .. ...... ... .... .................................. . ... ... . .... .. .... . . ........................... . ....... . ... .............. .. . .. .... .. ....................................... ... ... ... ... . . . ...... . ........... ..... . .............. . . ..... .. . . . .. .. .... .. . . ... ... ..... . .. .............................................................. .... . ....... ..... .. ... ... . ..... . .. .......... . . .
lowQualScore : 55 666666666666 8 8 8 7 7 7 555 000 33 7 88888888888888888888888888 6 444 2222 4 000000000000 3 2 2 22 11 1 2 2 111111111111111111111111111111111111111 1 1 55 7777 8888888 44 1 5555555 44 0 6666666 1 00000 44 0 44 99999999999999999999999999999999999 0 0 0 33 0 4 0 44 222 66666 888 44 888 2222 44 55 6666666 11 9999 5555 4 2 111 2 2 0000 77 777777 4444444444444444 2 777777 55 66666666 99 111111 111 7777 4444444444444444444444444444444444 5 666 666 5 9999 00 3333 5 5 444444444444444444444444444 6 8888888 6 888 88888888888888 22 6 22 0000 88 333333333333333333333333333333333333333 777 666 555 999 4 4 4 666666 0 88888888888 88888 5 33333333333333 5 5 99999 11 2 7 7 33 33 5555 33 7 8 222 000 33333 9 44 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 9 7777777 33333 99 999 111 9 11111 0 22 1111111111 3 1 9
consensus : ATTAAAGGGA--CA--CA------C-GGCAAT-TTT-GATAA-ATT-TTC-AC-T--CAACTC-TA--T-T---------T----------TC-T--AA-A---A--T-T-AT---A--------T-ATCTACA-T-GATGCA-A--AT-ATGA-A-AT-TA-------G-AAT--------AC-CC--CAG------T-A-TG--T---GT-------G--CAGACC-CTT------AAT--T-T-----CGT-TT-C---TA--T-T--T--------------------------TG-------GAA-AG-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------C-NTA---T----T-TCG---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--T------A---TGAC-AA------AA--A-------GTG--TAACAN-----ATA---T----TTNA---T---C--T--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-TC---GGT--ATGATAGA----A-AA-A--A----T--TCAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T--A--A-A-ANAT--T---TT-C---T---A------AT---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGCGTG--A---CGT--CACTAG----T-TT--A-GT----N---A-AA-AN-T--GTT--AATNATTT-C-T--TA--A----A--TAT-GAAGTT-T---CAGATA---G-----TAATACTT-TG---GA-T--TAA-----------ATA------------------T----A----T-------ATA----TT-CATAN---G--TG----TA--AA--NATT-T-A-TTTGATGCG-----TGAACATNAG--TAAAA-CT----CG-ATTTCA-ACATTGCCGTGTGTCCCTTTAA
Reference ( family-29 ) : ATTAAAGGGA--CA--CA------C-GGCAAT-TTT-GATAA-ATT-TTC-AC-T--CAACTC-TA--T-T---------T----------TC-T--AA-A---A--T-T-AT---A--------T-ATCTACA-T-GATGCA-A--AT-ATGA-A-AT-TA-------G-AAT--------AC-CC--CAG------T-A-TG--T---GT-------G--CAGACC-CTT------AAT--T-T-----CGT-TT-C---TA--T-T--T--------------------------TG-------GAA-AG-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------C-NTA---T----T-TCG---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--T------A---TGAC-AA------AA--A-------GTG--TAACAN-----ATA---T----TTNA---T---C--T--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-TC---GGT--ATGATAGA----A-AA-A--A----T--TCAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T--A--A-A-ANAT--T---TT-C---T---A------AT---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGCGTG--A---CGT--CACTAG----T-TT--A-GT----N---A-AA-AN-T--GTT--AATNATTT-C-T--TA--A----A--TAT-GAAGTT-T---CAGATA---G-----TAATACTT-TG---GA-T--TAA-----------ATA------------------T----A----T-------ATA----TT-CATAN---G--TG----TA--AA--NATT-T-A-TTTGATGCG-----TGAACATNAG--TAAAA-CT----CG-ATTTCA-ACATTGCCGTGTGTCCCTTTAA
gi|1 : --CA--CA------C-GGCAAC-TTT-AATGA-ATT-GTC-TT-T--TA--TT-TA--T-TGTTTAATTAC----------TC-TG-AA-A---A--C-T-GT---A--------T-GACTACA-T-GGTG---G--AT-ATGA-T-AT----------G-AA-------------C--CGG------T------------------------------CTT------GAT--T-A-----CCT-TT-CC--TA--T-G--T--------------------------CG-------GAA-CG-G-G--GCG-TAACTCTTGT-A--TA---T-----G---GTT--TAA---A----A--G--CAT---------ATA---T----T-TTG---CTTATT--TCGGGGT------CAC--A--T------A---TGAT-AA------AG--A-------ATG--TAACAA-----ATA---T----TTCCTT-T---T--T--AT-AA----------GTTTTT-T---TT---A-TCG--GGC--ATGATAG-----A-TA-T--A----T--TTTA--A---A------GA-A-------A-T---ACCA--A-----TA----T--GAT--AT----T--T--------A-A-AGAT--T---TT-----T---ACTCAGCAC---A---TT---T---TC-A-AA-AGA--T-AGTATG--A------------------T-TT--A-GA----T---A-AA-AG----GTT--AACAATTT-C-T--TA--GACTTA--TAT-GAAGTT-C---CAGATATTTGGAGATTAATACTT-TT---GA-TA-TAG-----------ATA------------------A----G----C-------GTA-------CACAG---G-------------A--CATT-G-A-TTTGATATG-----TATACAATAG--CAACG-TT----CG-ATTTCA-ACATCGCAGTATGTTCCTTTA
gi|10 : taattaaaaacacgtgtaattaaacatatttggtatgaaattaggtgtacagtatccatttcttaagatc--CAGACC-ATA------AATATT-T-----AGT-TT-C---TA--C-A--T--------------------------TA-------CAA-AG-G-G--ACA-CGACTCTGGT-ATTAA---------G---CTT--GAA---A----A--G--CAT-------C-CT---------T-TTG---CTGA-T--TTGAGGT------TA---A--T------T---TAAA-AA------AA--A-------------AACAATCAAAATAAATT----TTAA---T---C--TG-AT-CT----------GA--TT-T---TT---A-TCTCGAGT--ATGACAGA----A-AA-A--AACCAT--CCAA--A---A------AA-A-------A-T---ATCA--------TT----T--A-T--AT----T--TT-T--A--A-A--------------C--------------AT---A---TT---T---TC-ACAA-A-CATC-AGCTTG--G---CTTTGCAC-AT----T-TT--A-GA----G---A-AA-AC----------GTAATTT-C-T--AA--A----A--TAC-GAAATA-T---CAGACT---G-----TAATATGT-GGA--GA-T--TAA--------------------------------C----A----C--------TG----TCACATA----G--TG----TA--AA--AAAT-T-A-TTTGATTAG-----AAAGCAGGAG--TAAAA--T----CA-ATTTCA-ACTTTGCAATGCCT-CCTTTAAggctaacaaacaaacatttaacaat
gi|11 : tattAAAGGGA--CT--CA------T-GGCAGT-TTT-AATAA-ATT-TTC-TC-T--TAATTC-T---T-T---------T----------TC-T--GATA---A--T-T-AT---A--------T-ATCTGCA-T-GATAAA-A--AT-ATG-------CA-------G---------------------G------T-A-TG--T---GT-------A--CTGATG-TTT------AAT--T-T-----T-T-TT-C---TA--T-T--T--------------------------CA-------GTA-AG-G-GAGGTA-CAATTTTT------AC---T-----G---GTT--GAA---C----G--G--TAT-------T-GTA---T----A-TTA---CATA-T--TCCTTGT------TAA--G--T------T---T-------------A--A-------GTG--TAATAT-----CTA---T----TTCA---T---T--TTCAT-CA----------C---TT-G---TT---A-TC---AAT--ATGACATA----G-AA-G--T----T--TCTA--A----------GA-C-------C-T---ATTT--A-----TT----T--G-T--AC----T--TT-TTAA--A-A-ATGT--T---TTAC---C---A------AT---A---TT---T---CC-A-CA-A---------GTG--A---CAC--CAATA--------T--A--T----A---A-TA-AG-T---TTGGAATCATTT-CCT--TG--A----A--TAT-GAAATT-C---CAGAGA---G-----TAATACAT-GG---AG-A--TAA-----------ATA------------------T----act
gi|12 : ATTAAAAGGA--CA--CT------CAGGCAAT-GTT-TACTA-TTT-TTC-AC-T--TAATTA-TA--T-T---------T-----------C-T--GA-AC--A--T-T-AT---A--------T-ATCTACA-T-GATGCA-A--TT-ATGA-A-AA-TA---------AAT--------AC-CC--CAT------T-A-TG--T---GT-------G--CAGACC-CTG------AAT--T-T-----TGC-TT-A---TA--T-T--T--------------------------TAAATTTTAGAA-AG-G-G--GTA-TAACTCTTGT-A--AAAA-T-----G---GAT--GAA---A----G--GAGTAT-------T-GTA---C----T-TGG----GTG-T---CGT----------AT--AATT------A---TAAT-AA------AT--A-------GTG--TAACAA-----ATA---T----TCCT---T---C--T-----------------G---GT-T---TT---A-TC---GGT--ATAATGAA----A-CA-A--A----T--ACAA--A---G------GG-A-------A-T---ATCT--G-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T--T--A-A-GAAG--T---TT-A---T---A------AA---A---TA---T---TT-A-AA-A-C--T-AGCCTG--A---CTT--CACTAA----T-T------T----G---A-CA-AA-T--GTT--AATg
gi|13 : TTAAAGGGA--CA--AA------T-GGCAAT-TTC-GATAA-TGT-TTC-AG-T--TTAC----A--TAT---------T----------TC-T--GA-A---A--T-T-TTT--G--------T-ATCTATA-T-AATGCA-A--AT-AT-A-A-AG-TG-------A-AAT--------AC-CT--CCT------C-A-TG--A---AT-------G--CAGACT-CTT------TAT--T-T-----TTTATT-T---TA--T-A--T--------------------------TC-------GAA-AG-G-G--ACA-TAAGTCTGGT-A--AC---T-----G---GTT--GAA---C----G--G--TAT-------CACTA---T----T-CCA---CATA-T----GGGAT------TAT--C--T------ATTGTAAC-AATGGGC-AA--A-------ATG--T-----------TT---T----TTTAAT-T---T--T--AT-CA---------------C-T---TT---A-TC---GGT--TTTATAAC----A-AA-A--A--------CAA--A---A-------A-A-------A-TCCAAGCA--A------A----T--A-T--AT----T--TT-T--ATTC-A-ATACTGT---TT-C---T---ATTC---AT---A---TA---T---TT-A-GA-A-T--A-AGC--------------CACAAG----TGTT--A-G---------A-CA-AA-T--GTT--A
gi|14 : aatacC-GC-T--CCACTC-TG--T-T---------T----------AG-A--AA-A---A--T-T-AT---A--------C-AGCTGTG-T-GTTACA-A--AT-ATGA-A-AT-TA-------G-AA------------------G------T-G-AG--T---AT-------T--CAGACG-CTT------AAT--T-T-----CCG-TT-C---TG--T-T--T--------------------------TG-------TAA-AG-G-G--ACA-TAATTCTTGT-A--AA---T-----G---GTA--GAA---G----G--G--CAT-------C-ATA---T----G-TCG---CATA-T--TCGTTGT------AAT--A--T------G---TTAC-AA------AA--C-------TTA--TAACAA-----ATA---T----T------T---C--C--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-AC---GGT--AAGTTAGG----T-AG-T--A----T--T---------A------GA-C-------A-T---GTCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--CTAC--A--A-A-ATAT--TATGTT-T---T---A------CC---A---TTGCGT---TC-A-AA-A-C--T-ATCAAG--A---GTT--CACTAG----T-TC--A-------C---A-AA-AT-G--GTT--AATAGCTT-C-T--TA--A----A--TGT-GAAGT
gi|15 : AAAGGGA--CA--CA------T-GCCAAT-TTT-GATAA-ATT-TTT-AT-A--TAACAA-TA--T-T---------T----------CT-T--AG-A---AATT-T-AT---ATGTAATTTT-ATATACAGT-TATA-A-A--ATGATCA-A-AT-TA-------A-AAC--------A-------AA------T-A-TA--T---GT-------C--CAGAC-----------AAT--T-TTCTGCCTT-TC-C---TAACT-T--T--------------------------T---------AA-AG-G-G--GCA-TAACTTTTGT-G--CA---T-----GT--GTTTAAAA---A----G--G--CAT-------C-TAA---T----T-TAG---CACA-T--TTGTAAC------CAA--C--T------A---TGAC-AA------AA--A-------ATC--TGAAAT-----GTT---T----TTCAATTT---C--C---T-CA----------G---CT-T---TA---A-T----------TGAT--A----A-AA-A--A----T--CCCA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TC----T--G-T--GT----T--GT-T--
gi|16 : taAAAAGAA--CA--CA------A-GGCAAT-TTT-GATAA-AAT-TTC-AC-T--CAACT--------------------------------------A---G--T-T-AT----------------CAACA-T-AACTTC-A--AT-ATGA-A-AT-TC-------A-AAT--------AC-CCAACGG------T-A-----C---AC-------G--CATATC-CTT------AAT--T-T-----CAT-AT-C---TA--C-C--T--------------------------TT-------TAA-AG-G-G--GCA-TAACTCTATC-A--TA---C-----T---GTT--GAA---A----T--T--CAT-------C-ATT---T----T-TCT---AACA-T--TTGTGTT------GAT--C--A------A---AGACAAA------AA--A-------GTG--TAAAAT-----GTAT--T----TTGA---TAA-C-----AT-CA----------G---TT-T----------------GT------TAGA----A-AT-T--A----T--TTTG--A---T------GA-A-------A-T---ATCA--G-----TT----T--T-T--AC----T--TT-T--A--A-AGATAC--T---TTAC---T---C------AT---A---TT---T---TC-A-GA-A-C--A-AGTGTG--A---Cgtttttttaaactagttt
gi|17 : ttgtattta--T-T-GT---C--------T-ACATACA-T-GATGCT-A--AT-ATGA-A-CT-TC---------AAT---------------CAA------T-A-TG------------------CAGATC-TTTTTTGTTGTT--T-T-----TTT-TT-C---TA--T-T--T--------------------------TG-------AAA-AC-G-G--ACA-TCACTCTGCT-G--AA---T-----G---GTT--GGA---A----G--G--TAT-------C-GTT---T----TATCT---TATA-T--ATGCCAT------CAT--T--T------A---TATC-AA------AA--A-------GTG--TAACTT-----TTA---T----TT-----T---C-----AA-CA----------G---TT-T---TT---A-TG---GAC--ATGATAGA----C-AA-ACTA----TAATTAA--A---ACT----GATA-------A-G---A-CA--ACTGATTT----T--G-A--AT----T--TT-----------ACGT--T---CT-T---T---ATTT---GT---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGc
gi|18 : caatttgttacatg-AT---G--------T-ATCTCTA-T-GATGCC-A--AT-ATGA-C-ATATA---------AAT---------------CAA------C-A-TA--T---ATACTA---A--CATACT-CTT------ATT--T-T-----CAT-TA-C---AA--T-T--A--------------------------TG-------G-A-AG-G-G--GCA-CAACTGTCGA-A--AA---T-----G---TTT--G-----------------AT-------T-TT----T----T-TTG---TATA-T--TCTTCGT------CAC--A--T------A---TGTT-AA------AC--AGTACATTGTA--TAACAA-----AAG---T----TTTA---A---CA-C--ATCCA----------C---TT-T---TT---A--A---GAT--ATGAAAG-----------------------AA--A---A------GA-A-------A-----ATCA--A--------------G-C--AT--------------------AGAT-------------C---A------GT---A---TT---T---TC-A--------------GTG--A---CGT--CACTAG----C-TT-----T----T---ATAA-AA-T--GTT--AAT-ATT
gi|19 : tgC--CAG------T-A-TG--T---GT-------GTACAAACC-CTT------AAT--T-C-----TGC-TT-C---TT--A-T--T--------------------------TA-------GAA-AG-G-G--GCA-TAACTCTAGT-A--AA---C---------ACT--CAA---A----T--A--CAT-------C-CTT---T----T-TTG---CAAA-T--TGGCGGC------CAT--T--T------A---TGGT-CA------AG--A-------GGGCTTAGTAT-----AT----T----GTAA---T---T--TG-AC-CA----------G---TT-T---TT---A-TC---AGT--A--ATAAA----G-AA-ACTG----T--TTTA--A---A-------A-A-------A-T---ATCA---------T----T--A-TTAAT----T--GT-----------ATAT--T---CA-C---T---T------AT---A---TT---T---CCAA-AA-A-C--TAAGCACG--A---CTT--CAC
gi|2 : TAAAGGGA--CA--CT------C-AGCACT-TTT-GATTA-A-----CGAC-T---AATTC-TG-------------------------------AA-A---A--T-C-AT---A--------TTATTTA-------TGCA-AG-AT-AAGA-A-AT-TC---------AAT--------AT-TC--CAG------T-A-TG--T---TT-------A--TAAACA-CTT------TGT--T-T-----CTT-TT-CA--TC--T-T--T--------------------------AT-------GAA-AA-G-G--GCA-TAACTCTGGC-A--AA---T-----G---ACT--GAA---A----G--G--TTT-------C-CTA---T----T-TTA---CATA-T--AAGTAGT------AGT--T--T------A---TGAC-AA------AA--A-------TAG--CAAAACT----ATA---TCCTATTAA---C---T--T--AT-TA----------C---TT-C---TA---A-TC---AAC--ATAACAGA----A-AATA--A----T--CCAACTATC-A------GA-ACGTTAGGA-A---ATCAGAA-----CT----T--G-T--AT----T--T-----A--G-A-GCAT--T---TG-T---T---T------AC---A---TT---T---TC-A-AA-A-C--T-AGCGCG--G---TGC--AATTAG----TATT--A--T----G---A-AA-AT-T--GTT--TATAA--T-C-A--TA--T----A--TATAGATATT-TTTGCAGGCA---A-----TACTACTG-GA---GA-T--AAATATT-------ATA------------------T----A----T-------ACA----TT-TATAG---A--TG----TA--AA--TATT-A-A-TTCCATGCA-----GGACCAC--G--TGAAA-AT----CGAATTGAA-ACATAGCCATGTGT-CCTTTAA
gi|20 : tacatgttacataacgtccatttca---------T----------TCAT--AG-A---A--CGT-AT---A--------T-AACGACA-T-GGTGCA-A--TT-ATGA-A-AT-TT-------A-AGT--------AC-C---------------------------------G--AAG----CTT-------------C-----CGA-TT-C---TA--T-T--T--------------------------GG-------GGA-AG-G-G--GCA-TAACTC-TGC-T--TA---T-----A---CTT--CAA---A----G--G--CAT-------C-ACA---T----G-TCG---CAAA-T--ATGTTTT------GAT--A--T------A---AAAC-AA------AATCA-------GC---TAAAAC-----A-A---T----TTC----T---C--------CA----------G---TT-T---TT---A-TA---AAT--ATTATAGA----A-CC-A--A----A--TC-A--A---A------GA-A-------A-T---CTCA--A-----TG----T--G-A--AT----TTCTT-T--A--A-
gi|21 : ta--T-T---------T----------TT-G--AA-A---C--T-T-AC---A--------T-ATCTACA-TTGATGCA-A--AT-ATGC-A-AT-CA---------AAT--------GC-CC--CCG------T-A-GA--T---TT-------G--CAGACA-ATT------TAT--T-T-----CGT-TT-C---TT--T-A--T--------------------------TG-------GAA-AG-T-G--CCA-CAA--CTTG--A--AA---T-----G---GTT--AAA---A----AGCG--CATTTATATAC-TTA---T----T-T-G---CACA-T--TCGTCTT------CAT--A---------------AC-CG------GA--A-------GTG--TAACAG-----ATG---T----TTAATTTT---C--T---T-CA----------G---TG-T---TT---A-TA---GCT--ATG
gi|22 : TTAAAGGGA--CA--C---------GACAATATTG-GATAA-ATT-TTC-AC-T--TGGTAC-TA--T-T---------T----------CT-G--AA-A---A--C-C-AT---G--------T-AT--------GAT--------T-GTGA-A-AT-------------AT--------GC-C----AG------T-G-GG--T---GTTAACTATG--CAGATC-CTT------TAT--T-T-----CAT-TT-T---TA--T-T--T--------------------------T----------A-AG-G-G--GCA-AAATTCTGGT-A--AAAAAT-----T---GTT--TAA---ACAATG--G--TAT-------C-CTA---TACAATATAG---CGCA-T--TTA-AGTA-----CAT--T--T------A---TGAC-AA------Agcaaacac
gi|23 : c------AC---A---TT---T---T--A-AA-A-C--T-AGCGTG--G---TGT--CATTAG----T-TT--A--TAAAAA---A-AA-AC-T--G-C--AACTATTTCC-T--TA--C----A--TAT-GACGCC-A---CAGACA---G-----TAATATGT-TG---G--T--T-------------GTA-----------------------A----T-------ATA----TT-CATAT---AGTTC----TA--CG--TATTAT-A-CGTATTGTG-----TAAATATTGGTCTAACA-TTGGAACA-ATTTTA-ACATGTCAATGTGTCCATCTAA
gi|24 : -C---TA--T-T--T--------------------------TG-------GGA-AG-G-G--ACA-CAACTCTTAT-A--AA---T-----G---GCT--G-A---C----G--G--TAT-------C-AT-------------G---CATA-TAATTGTTGT------CA---A--T-----------------------AA--A-------GTG--TAACAA-----ATA---T----TTCA--------------------------------TT-T---TT---A-TT---AGT--TTAAAAGA----C-AC-A--A----T--TGAA--A---A------GA-A-------A-T---ATCA--A-----TT----T--G-T--GT----TG-TT-T--A--A-A-GAAT--TGC-TT-C---T---C------AT---A---TT---T---TA-A-AA-A-C--T-AGa
gi|25 : GAC-AA------AA--A--------TG--TAATA------ATG---G----CTTA---T---TATT--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-TG---AGC--ATGATTGA----A-AA-A--G----G--TGCA--A---A------GA-A-------A-T---ATTA--A-----TTACTGTAAG-T--AT----T--TT-T--T--C-A-AGAC--T---CT-CACAT---T------GT---A---TT---A---TC-A-GA-A-C--T-AGTATG--T---TGC--CACTGG----T-TT--T-AT----A---A-AA-CC-T--GTT--AATAATTT-C-T--TA--A----A--TAT-AAAGtttta
gi|26 : TTAAAAAGG--CA---A------C-GTCAAT-TTTTGATAG-AAT-TTC-AC-T--TAACTTATA--T-T---------T----------TA-T--CC-G---A--TAT-AC---A--------T-AGTTACA-T-GATG---A--AT-TTGACATAT-TG-------G-AGA--------AC-CC--T-G------T-A-AG--T---GT-------G--CAAACC-CTT------AAT--T-T-----TGT-TG-T---TG--T-T--T--------------------------TG-------GAA-AG-G-G--GCA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----T---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------
gi|27 : at---TT-T---GT---A-TC---GGA--ATAATAGA----G-AA-A--A---------AA--A---ATCCCCCAA-A-------A-T---ATCT--A-----TA----T--G-T--AT----T--TT-T--G--A-A-A--------------------A------AT---A---TT---TG--TT-A-CACA-T--A-AGCGTG--C---CAC--CACTAA----T-TTTTA--T----A---A-AG-AA-TAAGTA--AATGATTT-C-T--TA--A----AGTTAT-GCATTT-T---CAGATA---G-----AAATACTT-TG---AG-A--TGA-----------ATA------------------T----C----T-------ACA----T
gi|28 : ---A-AA-CT-T--TTT--AATGATTT-C-T--CA--A----A--TAG-GAAGTT-C---TAGATA---A-----TGATAATT-GGA--GA-T--TAATATCTAAGT--ATGGT----------------T----A----T-------ACA----TT-CAAAG---G--TT----CA--CA--GATT-G-A-TTTGATTTG-----TGACCATGAC--TAAAATCT----Cgt
gi|29 : tttatatcaatTTAAAAGCA--TA--CA------T-AGCCAT-TCT-GATTA-ATT-ACA-AC-T--CAGCAC-TA--T-T---------T-----------A-T--AA-A----------------------------CTAAC-T-GA--------AT-ATGA-A-AT-TA-------A-AAT--------AC-CC--CAG------T-A----------T-------G--CAGACC-CTT------AAT--T-T-----AAT-CT-CAAATA--T----------------------------------------ACA-AG-A-G--GCA-TACCTCTGGT-A--AA---T-----G---ACT--GAC---A----G--tgtaaaattcctcacactaagtcttctttc
gi|3 : acattgtacagtggtgtccgATTAAAGGGA--CA--CA------C-GACAAT-CTT-GATAA-ATG-TTC-AC-C--AGGCTC-CA--C-T---------G----------TC-----A-A---A--C-T-GTGACA--------T-GTTTACA-T-GATGCA-A--AT-ATTA-C-AC-AA-------G-AAT--------AT-CC--CAG------T-A-TA--C---AC-------T--CATACT-CTT------TGT--T-T-----TGT-TT-A---TA--T-C--T--------------------------TT-------TAA-AG-G-G--GCA-CAACTCTTGT-A--AA---T-----G---ATT--GAA---A----A--C--CAT-------C-TTA---T----T-TTG---CATA-T--TCGTGGT------CAT--A--A------A---TAAC-AT------AA--A-------GTG--TAACAC-----ACA---T----TTAA---TAA-C--A--AT-CA----------G---TT-T---TT---A-CA---GAT--ATGTTAGA----C-AA-A--A----T--TTAA--A---A------GA-A-------T-T---ATCA--T-----TT----T--G-T--AT----T--CT-T--A--A-ATAAAT--A---TC-C---T---A------AT---A---TT---C---TC-A-GA-A-C--T-AGCGAG--A---CAT--CACTAA----T-TT--A-GT----T---A-AA-AC-T--ATT--AAGTATTT-C-T--TA--G----A--TAT-GATGTT-T---CAAATA---A-----TAGTACTT-TG---GA-T--TAA-----------ATA------------------T----A----T-------ATA----TC-CATAT---G--TG----CA--AA--TATT-T-A-TTTAATGCG-----TAAACATGAG--TTAAA-CT----TG-ATTTCA-ACAATGCCGAGTGTCACTTTAA
gi|30 : ---A--------T-ATCGATA-T-GAAGCA-AGTAT-ATGC-T-AT-TAAATAGCCG-AGT--------AT-CC--CGG------T-A-TG--T---GT-------G--CAGTCC-CTT------AAT--G-T------GT-TT-A---TA--T-T--T--------------------------TT-------GAA-GG-G-G--GTA-TAACTCTTTT-A--AA---C-----G---AAT--AAA---A----A--G--CAT---------ATAG--T----T-T-----TATA-T--TCGTTGT------CAC----------------CGAT-CA------AA--C-------GTG--TAATAA-----A-A---T----TT
gi|31 : cAGGGA--CA--TA------A-GGCAAT-TGT-GTTAA-AGG-ATC-AC-T--TAACGC-TACAT-T---------TGCCTTGTATATC-T--GA-A---A--T-TTAC---A--------T-ATCTGCT-T-GATGCA-A--AC-ACGA-A-AA-TG-------A-GAC--------AC-CA--CCG------TAA-TG--C---AT-------A--CTTGCT-CTA------AAT--A-T-----GGT-TT-T---TA--C-T--T--------------------------TG-------AAA-AGAG-G--ACA-TA
gi|32 : aaactt--AT-ATGA-A-AT-TA-------A-AAC--------AT-TC--TGG------T-A-TG--T---AT-------G--CAGATC-CTT------AAT--T-T-----ATT-TT-A---TA--T-T--TAATTTTATTTTATTTTATATTATATTTG-------AAATAG-G-----CA-T-ACTCTTGT-A--GA---TCTATAGTTTGTT--GAA---A----G--A--TAG-------C-CTA---T----A-TCG---C------------GT------CAT--C--T------A---TGGC-AG------AA--C-------ATG--TA
gi|33 : atAAAGGGA--CA--CAATGTCAT-GACAAT-TTT-GATAA-ATT-CTC-TC-T--CGACTC-CG--T-A---------T----------CT-G--AA-A---A--T-T-A----A--------A-ATCTACA-C--ATACAGA--AT-ATGA-A-AC-TG-------A-AAT--------AC-AC--CAT------T-G-TG--T---GT-------A----------TT------AAT--T-T-----TGG-TT-C---AA--T-C--T--------------------------T--------GAA-AA-G-G--GCA-TAATTC
gi|34 : cCA-T-GAAGCT-G--AT-ATGA-A-AT-T--------G-AAT--------AC-TC--CAGACAGTAT-A-TAATT---AT-------G--TAGATT-GTT------AAA--T-T-----CAT-TT-A---TC--C-T--T--------------------------TG-------GAA--G-G-A--AAA-TAACTCTTGT-A--AA---T-----G---AAT--GAA---A----G--G--CAT-------T-CTA---T----T-T-A---AACA-T--CTATAGT------CAT--T--TGCGAGCA---TGAC-AA------AA--A-------aggtactgttttt
gi|35 : tattT---T---TC-A-AA-AAC--T-AACGTG--A---CAC--CACTAA----T-TT--C-AT----ACAAA-AA-AA-TCGGTT--GTTACTTT-C-T--AA--A----C--TGT-GAAGTT-T---CCGACA---G-----TTATACTT-CA---GA-T--T-G-----------ATA------------------T----aag
gi|36 : ---TC---T---TC-A-AA-G-C--C-GGGGTG--G---CAC--CACTAA----T-TT--A-AT----G---A-AA-AC-T--GTC--AATTATTT-T-T--TA--A----A--TAT-GAAAAT-T---AGGAGA---G-----TAGCCCTTAAA---GA-C--T-G-----------ATA------------------TCTCCA----TA------ATA----TT-TACAA------TA----TA--TATTAACT-G-A-TTTAATACA-----TAAACcgtcatacagatgggggcctacacttttattggtaaaaagtttgttttgatgtgt
gi|37 : tGATGGA----A-GA-A--G----C--TAAA--A---A------AA-AC------A-C---GTCA--A-----TT----T--A-T--AT----T--TT-C--A--A---------C---TT-G---T---AT-----AT---A---TT---TCAATC-A-AA-G-T--T-AGCATGTAA---C----CACT------T-TT--GCAT----G---A-AA-ATCT--ATC--AATCGTTT-C-T--TG--A----A--TAT-GAAGTT-T---TTGATA---C-----TTGAGCTT-TG---AA-A--TTA-----------ATA------------------T----tttctgagtgaa
gi|38 : ATTT-C-T--TA--G----A--TAT-AAATCT-T---AAGATA---G-----TAGCACTT-AGA--GA-A--TAATATCA------GTA------------------T----AATGAT-------ATA----TT-CACAG---G--TGGCCATGCTAC--TGTT-T-A-TTCGATGTG-----TGAATGT-AG--TAAGA-AT----TG-ATTTCA-TCATTATCATGTGTCGCCTTAc
gi|39 : ---A--------T-ATGTACA-T-GATGCC-A--GT-ATGA-A-AT-TA-------G-AAT--------AC-AC----A------T-ACTT--T---GT-------G--CTGACC-CAT------TGT--T-T-----CTT-TT-C---TA--T-T--T--------------------------AA-------GAA-AG-G-G--GCA-CAACTCTTGT-A--AA---G-----G---ACT--GAA---A----A--G--CAT-------C-CTA---T----T-TTG---CATA-T--TGGTGGT------CAT--
gi|4 : ccttcgTTGAAGAGG--CA--C---------GGCAAT-TTA-GATAA--TT-TTC-AT-T--TAACAC-AA--T-T---------T----------TG-T--GA-A---AC-T-T-AT---A--------T-AGCTACA-T-GAT--------------------------------AT--------AC----------------------T---GT-------T--CTGACC-CTT------ACG--T-T-----TGT-TT-C---TA--C-T--T--------------------------TG-------GGA-GG-G-G--ATG-TAACTCTGGG-A--TA---T-----G---TTT--GAA---A----G--T--CAT-------C-AT----T----T-TC----C----T--TTG-------------------------A----GAC-AA------AA--A-------GTG--CAATAT-----ATACT-T----TTCA---T---T--T--AA-TT----------G---TG-T---TT---AATA---GGT--ATGATAGA----A-AA-A-----------CAA--ATCCA------GA-A-------ACT---ATCA--A-----TT----T--G-T--AT----T--TT-T-----A-A-AGAT--T---TT-T---T---A------CTTGGA---TT---T---CC-A-AA-A-T--T-AGAATG--T---CAC--CACTAG----T-TT-----T----A---A-AA-AT-T--GTT--AATGATTT-C-T--GA--A----A--TAT-GAAGTT-T---GAGATA---G-----TAACA-TT-TG---GAGG--TCA-----------ATATCTTCATGTGGCTACGGGT----A----T-------ACA----TT-AGTAG---G--TG----TG--AT--GATT-G-A-TTTGATGTG-----TGCACATAGG--TAAAA--T----CA-AATTTATACATTAC
gi|40 : gtattG-G-G--GCA-TAACTCCGGT-A--AA---T-----G---GCT--GAA---A----G--A--CGT-------C-CTA---T----T-GTGCACCACA-T--TCACGGT------CAT--C--T------A---AGAC-AC------AA--C-------TCG--CAATAT-----ATA---TATA-TAGA---T---TA-C--AT-AA----------G---TTATATATT---G-TC---GATTAATGGTAAA----A-GA-A--ttcct
gi|41 : -ATGA-A-AT-TA-------A-ATT--------AG-TC--CAG------T-G-CA--T---GT-------A----------TC------AATA-TAT-----CGT-AT-----TA--T-TGGT--------------------------TG-------GGA-AG-G-C--GCA-TAACTCTGGT-A--GT---C-----A---GTT--GAA---A----G--G--CAT-------C-TTA---T----T-TCG---CAGG-T--TTGTGTA------AAT--A--G------G---TAAC-AG------AA--A-------g
gi|42 : TTAAAGGGA--CA--GT------C-TGCAAC-ATT-GATCA-ATT-TTC-GC-TTGCAATTT-----T-T---------G----------TT-T--AA-G---A----T-AT---A--------T-A--CACA-T---TAC-----CT-ATGG-C-AT-TA-------GAAAA--------AC-CG--CAG------T-A-TG--T---GT-------G--CAGACT-CT--------AT--T-T-----Ctaaat
gi|43 : tagatgAGATA---G-----TAATTCTT-TA----A-TG-TTA-----------ATA------------------C----A----TTAAGATGATAA---TG-CACACAACG--TG----TA--AA--GATT-T-A-TTTGATGCG-----TGCACTTTAG--TAAAA-TT----CC-ATTTCA-ACAGTGACGTGTGTCCCTTTAA
gi|44 : ----A----T-------ATC----TT-CATAG---G--TG----TA--AT--GACT-TGA-TTTGATGCT-----TAAACATCA------------------ATTTCA-ACATGGCAGTGTGTCCCTTTAA
gi|45 : c--------------------------TG-------AAA-CG-T-G--ACA-TAACGCTTGT-G--GA---T-----A---GTT--GAATTTA-----------AT-------C-ATA---T----T-TCG---CATA-T--TGGTTGTACGATACATTAA--T------A---TTAC-AT------AA--T-------GTG--TAACAT-----ATA---T----TTT-----------T--AT-CA----------G---tacagacgaaaaacaaattgatttaaaattgtcagatattaatg
gi|46 : tgttgggC-CC--CAG------T-A-TG--AAGAGA-------G---AGACC-CTT------AAT--T-C-----CAT-TC-T---AA--C-T--T--------------------------TG-------AAA-AG-G-G--GTT-TAATCCTGGT-A--AA---T-----G---GTT--GAA---A----C--A--CAT-------C-CTC---T----T-TTG---AATA-T--TTGTGGT------CA
gi|47 : ------AT---A---TT---T------A-AA-A-C--T-AGCACA--A---CAT--CACAAA----T-TT--A-AT----A---A-AATAA-T--GTT--AATAATTT-C-T--TA--A----A--CAT-GTAGCT-T---TAGATA---G-----TTATACCT-GGT--GA-T--CAA-----------ggctt
gi|48 : ttaattgtTTAAAGGGA--CA--CA------C-AACAAT-TTT-CATAA-ATT-TTC-A--T--AAACTC-TA--C-T---------T----------CC-G--AA-A---A--T-T-AT---A--------T-ACCTGTG-T-GATACA-GT-CT-ATGA-A-AC-TG-------T-AAT--------AC-C--------------A-TG--T---AT-------G--C