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Reference ( gi|10 )           :         TTGTTTCTTTTA---GATC--TT--TTGCGGTGAAAGCTCAGAGCTT-ATATGAACCACTC-TCG-AGCCCGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GTACCAAGTGTTG------TTTTATGAGAGGC-ATCAGGT-C-GACCGGGGGATC-GA-----A-T-C--GCA--A-CCTCTG-GCGTAAGCTGCCAACA--C--TATCC
gi|9                          :            TTTATTTTA---G--C--TTAATTACCATGAAAGCTCAGAGCCT-TTATGAACCGCTC-TCA-AGTCCGTT---TCCT-AGGTAGAA------CCT-GTAC--------------------TGAGAGGC-ATCAGTT-C-GAGCTTGGGATC-GA-----ACC-C--GCA--A-CCTCTG-GCGTGAGCAACAAACA--C--
gi|4                          :   ttatactaaTTTATTTTA---G--C--TTGGTTGCGAAGAAAGCTCAAAGTTT-ATATGAATCGCTC-TAA-GGTCAGCT---TCCT---GTTAAA------CCA-GTACTGA---TAG------TTTT-T-AGAGAC-ATCGAGT-C-GAGCTGGGGATCTAA-----A-C-C--GTA--A-TCTCTG-ACATGAACGACCAACA--C--ctatcaattacac
gi|15                         : gtttatattaaTTTATTTAA---GCTC--CA--TTGTGAAGTAAGCTCAGAGCTT-AAATGGTGAGCTC-TAG-AGTCC-CTG--TTCT-GGGTAAAA------TCA-GTACTAAGTGTTG------TTTT-TAAAGAGC-ACTGTGT-C-TATCCTGAGAAC-GA-----ACC-C--GCA--A-CCCCTG-GAGTGAttacccact
gi|3                          :          acTTTATTTTA---G--C--TTGATTACGAAGTCAGCAAAGAGCTG-ATATGAATCAGTT-TCG-AGTCCGAT---TCCTAGGGTAGAA------CCA-GTACTGATTACTG------TTTT-TAAGAGGC---C--GT-CTGATT---GGATC------------C--ACA--T-CTTCTT-GCATGAGCAGCCAACcggtc
gi|13                         : gcttaaactaaTTTATTTTA---GCTTGATT--ATGTAGCGA--GCTCAGAGCTC-ATA---ATTATACATCA-GGTCCAGC---TCCT-G------------------TACTGAGTGTTG------TTTC-TGGGAGAT-ATTAGGT-G-AAGAATGTGATC-AA-----A-C-C---CATGA-CCTTTG-GCATGAGCAGCCAACACTC--TATCCttttagtcatctgcgcaa
gi|2                          :            aTTATTTTA---GCTC--GA--TTGCGAAGAAAGCTCTGAGCTT-TTATTAAGCACTC-TTG-AGTCCGCT---TCCC-GAGTAGAA------CCA-GTCCTGCGTGTTG------CTTTTTCATAGGC-ACTGGGT-C-GAGCTGGGGATC-AA-----ACC-C--GCA--C-TGTTTG-GCGTGAGCTGCCAACA--T--TATCCact
gi|7                          :      ttataccaacTTTTA---GTTC--AA--TTGCGGTGAAAGCTCAGAGTTT-ATATGGACCGCTC-TCG-AGTCCGCT---TCCT-GGATAGAA------CCA-GTACTGAGTGTTG------GTTTATAAGAGGC-ATCGTTT-C-GAGCGGTGATTC-GA-----ACC-C--GCA--A-CCTTTG-GCGTGAGCGGCCAACA--C--acg
gi|1                          : gtttatactattgatTTTTATTCGAGC--TTGATTGCGATGAAAGCTAAGAGCTT-ATATAAACCGCTC-TAGGAGTCAGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GTACTGAGTGTTG------TTTTATGAGAGGC-ATTGGGT-C-GAAATGGGGATC--------A-C-A--GCA--A-AATCCA-GCTTAA--T-CCAAC
gi|5                          :    agtttattctaaTTTTA---G--C--TTGATTGCGAAGAAAGCTCAGAGCTT-ATATGAACCGCTC-TTG-AGTCTGAT---ACCT-TGGTAGAA------CTA-GAACT-TGTGTTGTTGTTTTTTTTTCGGAGGA-ATTGAGT-C-AAGCTAGGGATA-GA-----A-C-CA-ACA--A-CCTCAA-GCTTGAACTACCAACA--C--TATCCcacataataataga
gi|20                         :              ctaaTTC---GAGC--TTGGTTGCGAAGAA-GCCCAGAGCTT-ATATAATTTGCTC-TTG-GGTCTGTTGCATTAT-GGGTAGaac
gi|11                         :               tagtgtatactcattta--TTGCGATGAAAGTTAAGAGCTT-CTATGAACCACTA-TCA-AGTCCACT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GTTCTGAGGGTGG------TTTGTTGAGAGGC-ATCAGCT-T-GAGCTAGAGATT-GA-----A-C-CT-GCA--A-TCTTCGAGCATGAGCAGCAAACA--C--TATCC
gi|12                         :                             taa--TTGCGAAGAAAGCTCAAAGCTT-CCGGGAACCACTC-TCG-ACTCCGCT---TCCT-GTGCAAAA------CCA-GTATTAAGTGTTG------TTGTTTTAGAGGC-ATCAGCT-C-GAACTAGGGATA-GA-----ACC-C--ACA--A-CCTCTG-GTGTGAGAGGTCAACA--C--aatacattat
gi|17                         :                     ttttcactcga--TTGCGAAGAAA-CTATAAGTTA-ATATGAACCATTC-TC------CTTT---TTCT-GGGTAGAA------AGA-GTACTGAGTGGTC------TTTT-TTACAGGC-ATCGCGTTC-AGCTTGGGGATTTAA-----A-C-C--GCA--A-CCTTTG-GCATGAGCTGCCAACA--C--CATC
gi|6                          :                                       aTGTAAACTCAGAGCTTCATATGAATTGCTC-TAG-AGTCTGTT---TCCT-AGAGAGAACTGGACCCAGGTGCCAAGTCCTG------TTTT-TGAG--------AGGT-T-GAATCTGGGATC-AA-----A---C--ATATGA-CCTCT--GCATGAGCAGCCAACA--C--TACCCgc
gi|8                          :             tcagtttataaaggtgtatgtcagcttgacAATCTCAGACCTT-TTATGACTTGCTT-TTG-TGTCTATT---TCCT-GGTTGGAC------CGA-GT
gi|22                         :     tgatttatacaatcttatttgagctagattatgtaaagtAGTTTAGAGCTG-TTGTGAATCACTC-CCG---TCCATT---TCTT-GGGTAAAA------ACA-GTACCGAGTGTAG------TTTTcactgtccgttgatcctgataacaaacttgcaacctctggcttgagtgaccatcatcctatccatttcactac
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gi|8                          :                                                                                                                                                                             -T-T--GCA--A-CCTCTG-GCTTGAGTGACCATCATCC--TATCCcttttaactg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTTTAAATGCTTGGAATTGAACCTGCAACTATAATTGACTTAAGCAGCAACACTTTATCCACTGCAATATGGCACTGCTCCATTAAC
Unaligned ( gi|25 ): AAACCATGACCTCTGTTACAAGCAGCCAACACTCTATCCACTG






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lowQualScore                  :                                          3333333      0               4   22      1    6 4      1 555    4        222222   4  4     5     9999999     9      9999999   8    1  3  1    55 333333333  88888   22 9      0        0       22 11     
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Reference ( family-25 )       :                             NNNTTTATTTTAG-TCTTG-TTGCGANGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCGCTCTCG-AGTCCGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACTGAGTGTTG------TTTTTTGAGAGGC-------ATCGGGTC-GAGCTNGGGA--T--C-----GAA-C-C-GCA--A-CCTCTG-GCGTGAGCGGCCAACA--C--TATCC
gi|1                          :                                TTTATTCGAG--CTTGATTGCGATGAAAGCTAAGAGCTT-ATA--TAAACCGCTCTAGGAGTCAGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACTGAGTGTTG------TTTTATGAGAGGC-------ATTGGGTC-GAAATGGGGA--T--C-------A-C-A-GCA--A-
gi|10                         :                   agtttattctaatTTTCTTTTAGATCTT--TTGCGGTGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCACTCTCG-AGCCCGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACCAAGTGTTG------TTTTATGAGAGGC-------ATCAGGTC-GACCGGGGGA--T--C-----GAA-T-C-GCA--A-CCTCTG-GCGTAAGCTGCCAACA--C--TATCCaatccagcttaatccaaccacataataataga
gi|11                         :                                             ttg-TTGCGATGAAAGTTAAGAGCTT-CTA--TGAACCACTATCA-AGTCCACT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-TCTGAGGGTGG------TTTGTTGAGAGGC-------ATCAGCTT-GAGCTAGAGA--T--T-----GAA-C-CTGCA--A-TCTTCGAGCATGAGCAGCAAACA--C--TATCC
gi|12                         :                                             taa-TTGCGAAGAAAGCTCAAAGCTT-CCG--GGAACCACTCTCG-ACTCCGCT---TCCT-GTGCAAAA------CCA-GT-ATTAAGTGTTG------TTGTTTTAGAGGC-------ATCAGCTC-GAACTAGGGA--T--A-----GAACC-C-ACA--A-CCTCTG-GTGTGAGAGGTCAACA--C--aatacattat
gi|13                         :                     ttttcactcgaTTTATTTTAG--CTTGATTATGTAGCGAGCTCAGAGCTC-ATAATTATACA----TCA-GGTCCAGC---TCCT-G------------------T-ACTGAGTGTTG-------TTTCTGGGAGAT-------ATTAGGTG-AAGAATGTGA--T--C-----AAA-C-C--CATGA-CCTTTG-GCATGAGCAGCCAACACTC--TATCC
gi|14                         :                               aTTTACTTTAG-CTTAA-TTTCGACACAAGCTCAGAACAT-TTA--T-AATTTCTCTTG-ATTAAGTT---TC---GGGT-------------------TGA---TTG------C------AGAGGCT------ACCGGGAC-AAACCTGGGA--T--T-----GAA-CTC-ACA--ATCCTCTG-GGGTCAGCAGTCGACA--CTTTATCCact
gi|15                         :                             tgaTTTATTTAAG-CTCCA-TTGTGAAGTAAGCTCAGAGCTT-AAA--TGGTGAGCTCTAG-AGTCC-CTG--TTCT-GGGTAAAA------TCA-GT-ACTAAGTGTTG------TTTTTAAAGA-GC-------ACTGTGTC-TATCCTGAGA--A--C-----GAACC-C-GCA--A-CCCCTG-GAGTGA-CGGTCaggacact
gi|16                         :                                                                                                                          ac-GT-ACTGA-------------TTTTTGAGAGGA-------ATTGGATC-AAGCTTGGGA--T--T-----GAA-CAT-GAA--A-CCTCTG-GCATGGGTGGCCAACA--C--
gi|17                         :      gagcctggctagctcagttgatctattctaatttattttgct-TTGCGAAGAAA-CTATAAGTTA-ATA--TGAACCATTCTC------CTTT---TTCT-GGGTAGAA------AGA-GT-ACTGAGTGGTC------TTTTTT-ACAGGC-------ATCGCGTT-CAGCTTGGGGATT--T-----AAA-C-C-GCA--A-CCTTTG-GCATGAGCTGCCAACA--C--CATCctattaactactgccctgtttagctcagt
gi|18                         :                                                                                                                                aCTGAGTATCG------TTCTTTAAGAGGC-------AAAGGGTC-GAGATGGAGA--T--TAATGAAAA-C-C-ATA--G-CCTCTG-GCTTGAGCGGCCTACA--C--TGTgc
gi|2                          :                     tcgagtcgacatTTATTTTAG--CTCGATTGCGAAGAAAGCTCTGAGCTT-TTA--TTAAGCACTCTTG-AGTCCGCT---TCCC-GAGTAGAA------CCA-GT-CCTGCGTGTTG------CTTTTTCATAGGC-------ACTGGGTC-GAGCTGGGGA--T--C-----AAACC-C-GCA--C-TGTTTG-GCGTGAGCTGCCAACA--T--TATCCttccactacact
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gi|3                          :                                TTTATTTTAG--CTTGATTACGAAGTCAGCAAAGAGCTG-ATA--TGAATCAGTTTCG-AGTCCGAT---TCCTAGGGTAGAA------CCA-GT-ACTGATTACTG-------TTTTTAAGAGGC---------C--GTCTGA--TT-GGA--T------------C-C-ACA--T-CTTCTT-GCATGAGCAGCCAACcttttaactg
gi|4                          :                     gcttaaactaaTTTATTTTAG-CTTGG-TTGCGAAGAAAGCTCAAAGTTT-ATA--TGAATCGCTCTAA-GGTCAGCT---TCCT---GTTAAA------CCA-GT-ACTGA---TAG------TTTTT--AGAGAC-------ATCGAGTC-GAGCTGGGGA--T--CT----AAA-C-C-GTA--A-TCTCTG-ACATGAACGACCAACA--C--ttttagtcatctgcgcaa
gi|5                          :                        gtttatattaaATTTTAG--CTTGATTGCGAAGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCGCTCTTG-AGTCTGAT---ACCT-TGGTAGAA------CTA-GA-ACTT-GTGTTGTTGTTTTTTTTTCGGAGGA-------ATTGAGTC-AAGCTAGGGA--T--A-----GAA-C-CAACA--A-CCTCAA-GCTTGAACTACCAACA--C--TATCCttacccact
gi|6                          :                                                       ctaAAACTCAGAGCTTCATA--TGAATTGCTCTAG-AGTCTGTT---TCCT-AGAGAGAACTGGACCCAGGT-GCCAAGTCCTG-------TTTTTGAGA--------------GGTT-GAATCTGGGA--T--C-----AAA-CAT-ATG--A-CCTCT--GCATGAGCAGCCAACA--C--TACCCaac
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gi|8                          :                                   gtttatactattgatTGTAAAGTAATCTCAGACCTT-TTA--TGACTTGCTTTTG-TGTCTATT---TCCT-GGTTGGAC------CGA-GTCACTGTCCGTTG--------------------------ATC---------CT---GA--TAAC-----AAA-CTT-GCA--A-CCTCTG-GCTTGAGTGACCATCATCC--TATCC
gi|9                          : tgatttatacaatcttatttgagctagattaTTTATTTTAG-CTTAA-TTACCATGAAAGCTCAGAGCCT-TTA--TGAACCGCTCTCA-AGTCCGTT---TCCT-AGGTAGAA------CCT-GT-AC--------------------TGAGAGGC-------ATCAGTTC-GAGCTTGGGA--T--C-----GAACC-C-GCA--A-CCTCTG-GCGTGAGCAACAAACA--C--atttcactac
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lowQualScore                  :                                     7 4444     22 1               4   22      1    6 4      1 555    4        222222   4  4     5     9999999     9      9999999   8    1  3  1    55 333333333  88888   22 9      0        0       22 11     
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Reference ( family-25 )       :                        NNNTTTATTTTAG-CCTNGTTGCG--AAGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCGCTCTCG-AGTCCGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACTGAGTGTTG------TTTTTTGAGAGGC-------ATCGGGTC-GAGCTNGGGA--T--C-----GAA-C-C-GCA--A-CCTCTG-GCGTGAGCGGCCAACA--C--TATCC
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gi|10                         :              agtttattctaatTTTCTTTTAGATCTT-TTGCG--GTGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCACTCTCG-AGCCCGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACCAAGTGTTG------TTTTATGAGAGGC-------ATCAGGTC-GACCGGGGGA--T--C-----GAA-T-C-GCA--A-CCTCTG-GCGTAAGCTGCCAACA--C--TATCCaatccagcttaatccaaccacataataataga
gi|11                         :                                     ttgTAATTGCG--ATGAAAGTTAAGAGCTT-CTA--TGAACCACTATCA-AGTCCACT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-TCTGAGGGTGG------TTTGTTGAGAGGC-------ATCAGCTT-GAGCTAGAGA--T--T-----GAA-C-CTGCA--A-TCTTCGAGCATGAGCAGCAAACA--C--TATCC
gi|12                         :                               TTTTCA-CTCGATTGCG--AAGAAAGCTCAAAGCTT-CCG--GGAACCACTCTCG-ACTCCGCT---TCCT-GTGCAAAA------CCA-GT-ATTAAGTGTTG------TTGTTTTAGAGGC-------ATCAGCTC-GAACTAGGGA--T--A-----GAACC-C-ACA--A-CCTCTG-GTGTGAGAGGTCAACA--C--aatacattat
gi|13                         :                           TTTATTTTAG-CTTGATTATG--TAGCGAGCTCAGAGCTC-ATAATTATACA----TCA-GGTCCAGC---TCCT-G------------------T-ACTGAGTGTTG-------TTTCTGGGAGAT-------ATTAGGTG-AAGAATGTGA--T--C-----AAA-C-C--CATGA-CCTTTG-GCATGAGCAGCCAACACTC--TATCC
gi|14                         :                          aTTTACTTTAG-CTTAATTTCG--ACACAAGCTCAGAACAT-TTA--T-AATTTCTCTTG-ATTAAGTT---TC---GGGT-------------------TGA---TTG------C------AGAGGCT------ACCGGGAC-AAACCTGGGA--T--T-----GAA-CTC-ACA--ATCCTCTG-GGGTCAGCAGTCGACA--CTTTATCCact
gi|15                         :                        tgaTTTATTTAAG-CTCCATTGTG--AAGTAAGCTCAGAGCTT-AAA--TGGTGAGCTCTAG-AGTCC-CTG--TTCT-GGGTAAAA------TCA-GT-ACTAAGTGTTG------TTTTTAAAGA-GC-------ACTGTGTC-TATCCTGAGA--A--C-----GAACC-C-GCA--A-CCCCTG-GAGTGA-CGGTCaggacact
gi|16                         :                                                                                                                      ac-GT-ACTGA-------------TTTTTGAGAGGA-------ATTGGATC-AAGCTTGGGA--T--T-----GAA-CAT-GAA--A-CCTCTG-GCATGGGTGGCCAACA--C--
gi|17                         : gagcctggctagctcagttgatctattctaatttattttgctTTGCG--AAGAAA-CTATAAGTTA-ATA--TGAACCATTCTC------CTTT---TTCT-GGGTAGAA------AGA-GT-ACTGAGTGGTC------TTTTTT-ACAGGC-------ATCGCGTT-CAGCTTGGGGATT--T-----AAA-C-C-GCA--A-CCTTTG-GCATGAGCTGCCAACA--C--CATCctattaactactgccctgtttagctcagt
gi|18                         :                                                                                                                            aCTGAGTATCG------TTCTTTAAGAGGC-------AAAGGGTC-GAGATGGAGA--T--TAATGAAAA-C-C-ATA--G-CCTCTG-GCTTGAGCGGCCTACA--C--TGTgc
gi|2                          :                tcgagtcgacatTTATTTTAG-CTCGATTGCG--AAGAAAGCTCTGAGCTT-TTA--TTAAGCACTCTTG-AGTCCGCT---TCCC-GAGTAGAA------CCA-GT-CCTGCGTGTTG------CTTTTTCATAGGC-------ACTGGGTC-GAGCTGGGGA--T--C-----AAACC-C-GCA--C-TGTTTG-GCGTGAGCTGCCAACA--T--TATCCttccactacact
gi|20                         :                 ttataccaacTTTATTCGAG-CTTGGTTGCG--AAGAA-GCCCAGAGCTT-ATA--TAATTTGCTCTTG-GGTCTGTTGCATTAT-GGGTAGacg
gi|21                         :                                                                                                                                    tagtgtatactcaTTGAGAGGCCATAATTATGGGGC---ATCT-GGGA--T--C-----AAT-C-CTGCG--A-CCTCTG-TTGCGAGCCACCAAAA--C--
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gi|4                          :                gcttaaactaaTTTATTTTAG-CTTGGTTGCG--AAGAAAGCTCAAAGTTT-ATA--TGAATCGCTCTAA-GGTCAGCT---TCCT---GTTAAA------CCA-GT-ACTGA---TAG------TTTTT--AGAGAC-------ATCGAGTC-GAGCTGGGGA--T--CT----AAA-C-C-GTA--A-TCTCTG-ACATGAACGACCAACA--C--ttttagtcatctgcgcaa
gi|5                          :                   gtttatattaaATTTTAG-CTTGATTGCG--AAGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCGCTCTTG-AGTCTGAT---ACCT-TGGTAGAA------CTA-GA-ACTT-GTGTTGTTGTTTTTTTTTCGGAGGA-------ATTGAGTC-AAGCTAGGGA--T--A-----GAA-C-CAACA--A-CCTCAA-GCTTGAACTACCAACA--C--TATCCttacccact
gi|6                          :                          ctaTATGTCAG-CTTGACTGTA--AA-----CTCAGAGCTTCATA--TGAATTGCTCTAG-AGTCTGTT---TCCT-AGAGAGAACTGGACCCAGGT-GCCAAGTCCTG-------TTTTTGAGA--------------GGTT-GAATCTGGGA--T--C-----AAA-CAT-ATG--A-CCTCT--GCATGAGCAGCCAACA--C--TACCCaac
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gi|8                          :             gtttatactattgatTTATTTGAG-CTAGATTATGTAAAGTAATCTCAGACCTT-TTA--TGACTTGCTTTTG-TGTCTATT---TCCT-GGTTGGAC------CGA-GTCACTGTCCGTTG--------------------------ATC---------CT---GA--TAAC-----AAA-CTT-GCA--A-CCTCTG-GCTTGAGTGACCATCATCC--TATCC
gi|9                          :             tgatttatacaatcTTTATTTTAG-CTTAATTACC--ATGAAAGCTCAGAGCCT-TTA--TGAACCGCTCTCA-AGTCCGTT---TCCT-AGGTAGAA------CCT-GT-AC--------------------TGAGAGGC-------ATCAGTTC-GAGCTTGGGA--T--C-----GAACC-C-GCA--A-CCTCTG-GCGTGAGCAACAAACA--C--atttcactac
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Unaligned ( gi|22 ): AGTTTAGAGCTGTTGTGAATCACTCCCGTCCATTTCTTGGGTAAAAACAGTACCGAGTGTAGTTTT
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Reference ( family-25 )       :                        NNNTTTATTTTAG--CTTGATTGCG--AAGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCGCTCTCG-AGTCCGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACTGAGTGTTG------TTTTTTGAGAGGC-------ATCGGGTC-GAGCTNGGGA--T--C-----GAA-C-C-GCA--A-CCTCTG-GCGTGAGCGGCCAACA--C--TATCC
gi|1                          :                           TTTATTCGAG--CTTGATTGCG--ATGAAAGCTAAGAGCTT-ATA--TAAACCGCTCTAGGAGTCAGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACTGAGTGTTG------TTTTATGAGAGGC-------ATTGGGTC-GAAATGGGGA--T--C-------A-C-A-GCA--A-
gi|10                         :              agtttattctaatTTTCTTTTAGATCTT--TTGCG--GTGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCACTCTCG-AGCCCGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACCAAGTGTTG------TTTTATGAGAGGC-------ATCAGGTC-GACCGGGGGA--T--C-----GAA-T-C-GCA--A-CCTCTG-GCGTAAGCTGCCAACA--C--TATCCaatccagcttaatccaaccacataataataga
gi|11                         :                                      ttgTAATTGCG--ATGAAAGTTAAGAGCTT-CTA--TGAACCACTATCA-AGTCCACT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-TCTGAGGGTGG------TTTGTTGAGAGGC-------ATCAGCTT-GAGCTAGAGA--T--T-----GAA-C-CTGCA--A-TCTTCGAGCATGAGCAGCAAACA--C--TATCC
gi|12                         :                               TTTTCA--CTCGATTGCG--AAGAAAGCTCAAAGCTT-CCG--GGAACCACTCTCG-ACTCCGCT---TCCT-GTGCAAAA------CCA-GT-ATTAAGTGTTG------TTGTTTTAGAGGC-------ATCAGCTC-GAACTAGGGA--T--A-----GAACC-C-ACA--A-CCTCTG-GTGTGAGAGGTCAACA--C--aatacattat
gi|13                         :                           TTTATTTTAG--CTTGATTATG--TAGCGAGCTCAGAGCTC-ATAATTATACA----TCA-GGTCCAGC---TCCT-G------------------T-ACTGAGTGTTG-------TTTCTGGGAGAT-------ATTAGGTG-AAGAATGTGA--T--C-----AAA-C-C--CATGA-CCTTTG-GCATGAGCAGCCAACACTC--TATCC
gi|14                         :                          aTTTACTTTAG--CTTAATTTCG--ACACAAGCTCAGAACAT-TTA--T-AATTTCTCTTG-ATTAAGTT---TC---GGGT-------------------TGA---TTG------C------AGAGGCT------ACCGGGAC-AAACCTGGGA--T--T-----GAA-CTC-ACA--ATCCTCTG-GGGTCAGCAGTCGACA--CTTTATCCact
gi|15                         :                        tgaTTTATTTAAG--CTCCATTGTG--AAGTAAGCTCAGAGCTT-AAA--TGGTGAGCTCTAG-AGTCC-CTG--TTCT-GGGTAAAA------TCA-GT-ACTAAGTGTTG------TTTTTAAAGA-GC-------ACTGTGTC-TATCCTGAGA--A--C-----GAACC-C-GCA--A-CCCCTG-GAGTGA-CGGTCaggacact
gi|16                         :                                                                                                                       ac-GT-ACTGA-------------TTTTTGAGAGGA-------ATTGGATC-AAGCTTGGGA--T--T-----GAA-CAT-GAA--A-CCTCTG-GCATGGGTGGCCAACA--C--
gi|17                         : gagcctggctagctcagttgatctattctaatttattttgctATTGCG--AAGAAA-CTATAAGTTA-ATA--TGAACCATTCTC------CTTT---TTCT-GGGTAGAA------AGA-GT-ACTGAGTGGTC------TTTTTT-ACAGGC-------ATCGCGTT-CAGCTTGGGGATT--T-----AAA-C-C-GCA--A-CCTTTG-GCATGAGCTGCCAACA--C--CATCctattaactactgccctgtttagctcagt
gi|18                         :                                                                                                                              CTGAGTATCG------TTCTTTAAGAGGC-------AAAGGGTC-GAGATGGAGA--T--TAATGAAAA-C-C-ATA--G-CCTCTG-GCTTGAGCGGCCTACA--C--TGTgc
gi|2                          :                tcgagtcgacatTTATTTTAG--CTCGATTGCG--AAGAAAGCTCTGAGCTT-TTA--TTAAGCACTCTTG-AGTCCGCT---TCCC-GAGTAGAA------CCA-GT-CCTGCGTGTTG------CTTTTTCATAGGC-------ACTGGGTC-GAGCTGGGGA--T--C-----AAACC-C-GCA--C-TGTTTG-GCGTGAGCTGCCAACA--T--TATCCttccactacact
gi|20                         :                 ttataccaacTTTATTCGAG--CTTGGTTGCG--AAGAA-GCCCAGAGCTT-ATA--TAATTTGCTCTTG-GGTCTGTTGCATTAT-GGGTAGacg
gi|21                         :                                                                                                                                     tagtgtatactcaTTGAGAGGCCATAATTATGGGGC---ATCT-GGGA--T--C-----AAT-C-CTGCG--A-CCTCTG-TTGCGAGCCACCAAAA--C--
gi|23                         :                                                                                                                                                                                 GGGA--C--C-----GGA-T-C--CAGGA-CCTCCG-GTGTACGCGGCCAACACTC--TATCCctattttagtcgact
gi|24                         :                                                                                                                                                                                   GA--T--C-----AAA-C-CCGTG--A-CCTTTT-GAGTAAGCGGTCAACA--C--accaaactacc
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gi|4                          :                gcttaaactaaTTTATTTTAG--CTTGGTTGCG--AAGAAAGCTCAAAGTTT-ATA--TGAATCGCTCTAA-GGTCAGCT---TCCT---GTTAAA------CCA-GT-ACTGA---TAG------TTTTT--AGAGAC-------ATCGAGTC-GAGCTGGGGA--T--CT----AAA-C-C-GTA--A-TCTCTG-ACATGAACGACCAACA--C--ttttagtcatctgcgcaa
gi|5                          :                   gtttatattaaATTTTAG--CTTGATTGCG--AAGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCGCTCTTG-AGTCTGAT---ACCT-TGGTAGAA------CTA-GA-ACTT-GTGTTGTTGTTTTTTTTTCGGAGGA-------ATTGAGTC-AAGCTAGGGA--T--A-----GAA-C-CAACA--A-CCTCAA-GCTTGAACTACCAACA--C--TATCCttacccact
gi|6                          :                          ctaTATGTCAG--CTTGACTGTA--AA-----CTCAGAGCTTCATA--TGAATTGCTCTAG-AGTCTGTT---TCCT-AGAGAGAACTGGACCCAGGT-GCCAAGTCCTG-------TTTTTGAGA--------------GGTT-GAATCTGGGA--T--C-----AAA-CAT-ATG--A-CCTCT--GCATGAGCAGCCAACA--C--TACCCaac
gi|7                          :               tcagtttataaaggtgTTTTAG--TTCAATTGCG--GTGAAAGCTCAGAGTTT-ATA--TGGACCGCTCTCG-AGTCCGCT---TCCT-GGATAGAA------CCA-GT-ACTGAGTGTTG------GTTTATAAGAGGC-------ATCGTTTC-GAGC-GGTGAT-T--C-----GAACC-C-GCA--A-CCTTTG-GCGTGAGCGGCCAACA--C--
gi|8                          :             gtttatactattgatTTATTTGAG--CTAGATTATGTAAAGTAATCTCAGACCTT-TTA--TGACTTGCTTTTG-TGTCTATT---TCCT-GGTTGGAC------CGA-GTCACTGTCCGTTG--------------------------ATC---------CT---GA--TAAC-----AAA-CTT-GCA--A-CCTCTG-GCTTGAGTGACCATCATCC--TATCC
gi|9                          :             tgatttatacaatcTTTATTTTAG--CTTAATTACC--ATGAAAGCTCAGAGCCT-TTA--TGAACCGCTCTCA-AGTCCGTT---TCCT-AGGTAGAA------CCT-GT-AC--------------------TGAGAGGC-------ATCAGTTC-GAGCTTGGGA--T--C-----GAACC-C-GCA--A-CCTCTG-GCGTGAGCAACAAACA--C--atttcactac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTTTAAATGCTTGGAATTGAACCTGCAACTATAATTGACTTAAGCAGCAACACTTTATCCACTGCAATATGGCACTGCTCCATTAAC
Unaligned ( gi|22 ): AGTTTAGAGCTGTTGTGAATCACTCCCGTCCATTTCTTGGGTAAAAACAGTACCGAGTGTAGTTTT
Unaligned ( gi|25 ): AAACCATGACCTCTGTTACAAGCAGCCAACACTCTATCCACTG






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gi|10                         :              agtttattctaatTTTCTTTTAGATCTT--TTGCG--GTGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCACTCTCG-AGCCCGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACCAAGTGTTG------TTTTATGAGAGGC-------ATCAGGTC-GACCGGGGGA--T--C-----GAA-T-C-GCA--A-CCTCTG-GCGTAAGCTGCCAACA--C--TATCCaatccagcttaatccaaccacataataataga
gi|11                         :                                      ttgTAATTGCG--ATGAAAGTTAAGAGCTT-CTA--TGAACCACTATCA-AGTCCACT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-TCTGAGGGTGG------TTTGTTGAGAGGC-------ATCAGCTT-GAGCTAGAGA--T--T-----GAA-C-CTGCA--A-TCTTCGAGCATGAGCAGCAAACA--C--TATCC
gi|12                         :                               TTTTCA--CTCGATTGCG--AAGAAAGCTCAAAGCTT-CCG--GGAACCACTCTCG-ACTCCGCT---TCCT-GTGCAAAA------CCA-GT-ATTAAGTGTTG------TTGTTTTAGAGGC-------ATCAGCTC-GAACTAGGGA--T--A-----GAACC-C-ACA--A-CCTCTG-GTGTGAGAGGTCAACA--C--aatacattat
gi|13                         :                           TTTATTTTAG--CTTGATTATG--TAGCGAGCTCAGAGCTC-ATAATTATACA----TCA-GGTCCAGC---TCCT-G------------------T-ACTGAGTGTTG-------TTTCTGGGAGAT-------ATTAGGTG-AAGAATGTGA--T--C-----AAA-C-C--CATGA-CCTTTG-GCATGAGCAGCCAACACTC--TATCC
gi|14                         :                          aTTTACTTTAG--CTTAATTTCG--ACACAAGCTCAGAACAT-TTA--T-AATTTCTCTTG-ATTAAGTT---TC---GGGT-------------------TGA---TTG------C------AGAGGCT------ACCGGGAC-AAACCTGGGA--T--T-----GAA-CTC-ACA--ATCCTCTG-GGGTCAGCAGTCGACA--CTTTATCCact
gi|15                         :                        tgaTTTATTTAAG--CTCCATTGTG--AAGTAAGCTCAGAGCTT-AAA--TGGTGAGCTCTAG-AGTCC-CTG--TTCT-GGGTAAAA------TCA-GT-ACTAAGTGTTG------TTTTTAAAGA-GC-------ACTGTGTC-TATCCTGAGA--A--C-----GAACC-C-GCA--A-CCCCTG-GAGTGA-CGGTCaggacact
gi|16                         :                                                                                                                       ac-GT-ACTGA-------------TTTTTGAGAGGA-------ATTGGATC-AAGCTTGGGA--T--T-----GAA-CAT-GAA--A-CCTCTG-GCATGGGTGGCCAACA--C--
gi|17                         : gagcctggctagctcagttgatctattctaatttattttgctATTGCG--AAGAAA-CTATAAGTTA-ATA--TGAACCATTCTC------CTTT---TTCT-GGGTAGAA------AGA-GT-ACTGAGTGGTC------TTTTTT-ACAGGC-------ATCGCGTT-CAGCTTGGGGATT--T-----AAA-C-C-GCA--A-CCTTTG-GCATGAGCTGCCAACA--C--CATCctattaactactgccctgtttagctcagt
gi|18                         :                                                                                                                              CTGAGTATCG------TTCTTTAAGAGGC-------AAAGGGTC-GAGATGGAGA--T--TAATGAAAA-C-C-ATA--G-CCTCTG-GCTTGAGCGGCCTACA--C--TGTgc
gi|2                          :                tcgagtcgacatTTATTTTAG--CTCGATTGCG--AAGAAAGCTCTGAGCTT-TTA--TTAAGCACTCTTG-AGTCCGCT---TCCC-GAGTAGAA------CCA-GT-CCTGCGTGTTG------CTTTTTCATAGGC-------ACTGGGTC-GAGCTGGGGA--T--C-----AAACC-C-GCA--C-TGTTTG-GCGTGAGCTGCCAACA--T--TATCCttccactacact
gi|20                         :                 ttataccaacTTTATTCGAG--CTTGGTTGCG--AAGAA-GCCCAGAGCTT-ATA--TAATTTGCTCTTG-GGTCTGTTGCATTAT-GGGTAGacg
gi|21                         :                                                                                                                                     tagtgtatactcaTTGAGAGGCCATAATTATGGGGC---ATCT-GGGA--T--C-----AAT-C-CTGCG--A-CCTCTG-TTGCGAGCCACCAAAA--C--
gi|23                         :                                                                                                                                                                                 GGGA--C--C-----GGA-T-C--CAGGA-CCTCCG-GTGTACGCGGCCAACACTC--TATCCctattttagtcgact
gi|24                         :                                                                                                                                                                                   GA--T--C-----AAA-C-CCGTG--A-CCTTTT-GAGTAAGCGGTCAACA--C--accaaactacc
gi|3                          :                           TTTATTTTAG--CTTGATTACG--AAGTCAGCAAAGAGCTG-ATA--TGAATCAGTTTCG-AGTCCGAT---TCCTAGGGTAGAA------CCA-GT-ACTGATTACTG-------TTTTTAAGAGGC---------C--GTCTGA--TT-GGA--T------------C-C-ACA--T-CTTCTT-GCATGAGCAGCCAACcttttaactg
gi|4                          :                gcttaaactaaTTTATTTTAG--CTTGGTTGCG--AAGAAAGCTCAAAGTTT-ATA--TGAATCGCTCTAA-GGTCAGCT---TCCT---GTTAAA------CCA-GT-ACTGA---TAG------TTTTT--AGAGAC-------ATCGAGTC-GAGCTGGGGA--T--CT----AAA-C-C-GTA--A-TCTCTG-ACATGAACGACCAACA--C--ttttagtcatctgcgcaa
gi|5                          :                   gtttatattaaATTTTAG--CTTGATTGCG--AAGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCGCTCTTG-AGTCTGAT---ACCT-TGGTAGAA------CTA-GA-ACTT-GTGTTGTTGTTTTTTTTTCGGAGGA-------ATTGAGTC-AAGCTAGGGA--T--A-----GAA-C-CAACA--A-CCTCAA-GCTTGAACTACCAACA--C--TATCCttacccact
gi|6                          :                          ctaTATGTCAG--CTTGACTGTA--AA-----CTCAGAGCTTCATA--TGAATTGCTCTAG-AGTCTGTT---TCCT-AGAGAGAACTGGACCCAGGT-GCCAAGTCCTG-------TTTTTGAGA--------------GGTT-GAATCTGGGA--T--C-----AAA-CAT-ATG--A-CCTCT--GCATGAGCAGCCAACA--C--TACCCaac
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gi|8                          :             gtttatactattgatTTATTTGAG--CTAGATTATGTAAAGTAATCTCAGACCTT-TTA--TGACTTGCTTTTG-TGTCTATT---TCCT-GGTTGGAC------CGA-GTCACTGTCCGTTG--------------------------ATC---------CT---GA--TAAC-----AAA-CTT-GCA--A-CCTCTG-GCTTGAGTGACCATCATCC--TATCC
gi|9                          :             tgatttatacaatcTTTATTTTAG--CTTAATTACC--ATGAAAGCTCAGAGCCT-TTA--TGAACCGCTCTCA-AGTCCGTT---TCCT-AGGTAGAA------CCT-GT-AC--------------------TGAGAGGC-------ATCAGTTC-GAGCTTGGGA--T--C-----GAACC-C-GCA--A-CCTCTG-GCGTGAGCAACAAACA--C--atttcactac


blockSeqs                     :                                     AT          TA                 C   AT             .        GCA    A        CTGGAC   G  C     G     TTGTTTT     G      CATAATT        T  C  G    AT TAATGAA    CCT     TG T      A        A       CT TT
blockSeqs                     :                                     .           .                  .   .              .        G      .        .        .  .     G     T           G      T              .  G  A    T  AACA       CCC     GG .      .        G       CT . 
blockSeqs                     :                                     .           .                  .   .              .        .      .        .        .  .     G     T           T      .              .  A  A    .  CTA        CTC     .  .      .        A       TC . 
blockSeqs                     :                                     .           .                  .   .              .        .      .        .        .  .     G     T           G      .              .  G  T    .  CG         CCC     .  .      .        A       .  . 
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blockSeqs                     :                                     .           .                  .   .              .        .      .        .        .  .     G     T           G      .              .  T  T    .  AG         CCC     .  .      .        G       .  . 
blockSeqs                     :                                     .           .                  .   .              .        .      .        .        .  .     G     T           A      .              .  G  T    .  CA         CCT     .  .      .        T       .  . 
blockSeqs                     :                                     .           .                  .   .              .        .      .        .        .  .     G     T           C      .              .  G  T    .  TG         CCC     .  .      .        G       .  . 
blockSeqs                     :                                     .           .                  .   .              .        .      .        .        .  .     T     C           G      .              .  G  G    .  CG         CCA     .  .      .        T       .  . 
blockSeqs                     :                                     .           .                  .   .              .        .      .        .        .  .     G     T           A      .              .  G  G    .  TG         CAT     .  .      .        C       .  . 
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blockSeqs                     :                                     .           .                  .   .              .        .      .        .        .  .     C     .           A      .              .  G  A    .  CA         CCC     .  .      .        A       .  . 
blockSeqs                     :                                     .           .                  .   .              .        .      .        .        .  .     .     .           G      .              .  A  T    .  CG         TC      .  .      .        G       .  . 
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blockSeqs                     :                                                 .                  .   .              .        .      .                 .  .     .     .           .      .              .  G  T    .  AG         CC      .  .      .        A       .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .     .           .      .              .  .  .    .  CA         CC      .  .      .        G       .  . 
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTTTAAATGCTTGGAATTGAACCTGCAACTATAATTGACTTAAGCAGCAACACTTTATCCACTGCAATATGGCACTGCTCCATTAAC
Unaligned ( gi|22 ): AGTTTAGAGCTGTTGTGAATCACTCCCGTCCATTTCTTGGGTAAAAACAGTACCGAGTGTAGTTTT
Unaligned ( gi|25 ): AAACCATGACCTCTGTTACAAGCAGCCAACACTCTATCCACTG






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Reference ( family-25 )       :                        NNNTTTATTTTAG--CTTGATTGCG--AAGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCGCTCTCG-AGTCCGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACTGAGTGTTG------TTTTTTGAGAGGC-------ATCGGGTCGAGC-TNGGGA-T--C----GAACCCGCAA-CCTCTG-GCGTGAGCGGCCAACA--C--TATCC
gi|1                          :                           TTTATTCGAG--CTTGATTGCG--ATGAAAGCTAAGAGCTT-ATA--TAAACCGCTCTAGGAGTCAGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACTGAGTGTTG------TTTTATGAGAGGC-------ATTGGGTCGAAA-TGGGGA-T--C----
gi|10                         :              agtttattctaatTTTCTTTTAGATCTT--TTGCG--GTGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCACTCTCG-AGCCCGCT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-ACCAAGTGTTG------TTTTATGAGAGGC-------ATCAGGTCGACC-GGGGGA-T--C----GAA-TCGCAA-CCTCTG-GCGTAAGCTGCCAACA--C--TATCCacagcaaaatccagcttaatccaaccacataataataga
gi|11                         :                                      ttgTAATTGCG--ATGAAAGTTAAGAGCTT-CTA--TGAACCACTATCA-AGTCCACT---TCCT-GGGTAGAA------CCA-GT-TCTGAGGGTGG------TTTGTTGAGAGGC-------ATCAGCTTGAGC-TAGAGA-T--T----GAACCTGCAA-TCTTCGAGCATGAGCAGCAAACA--C--TATCC
gi|12                         :                               TTTTCA--CTCGATTGCG--AAGAAAGCTCAAAGCTT-CCG--GGAACCACTCTCG-ACTCCGCT---TCCT-GTGCAAAA------CCA-GT-ATTAAGTGTTG------TTGTTTTAGAGGC-------ATCAGCTCGAAC-TAGGGA-T--A----GAACCCACAA-CCTCTG-GTGTGAGAGGTCAACA--C--aatacattat
gi|13                         :                           TTTATTTTAG--CTTGATTATG--TAGCGAGCTCAGAGCTC-ATAATTATACA----TCA-GGTCCAGC---TCCT-G------------------T-ACTGAGTGTTG------TTTCT-GGGAGAT-------ATTAGGTGAAGA-ATGTGA-T--C----AAACCCATGA-CCTTTG-GCATGAGCAGCCAACACTC--TATCC
gi|14                         :                          aTTTACTTTAG--CTTAATTTCG--ACACAAGCTCAGAACAT-TTA--T-AATTTCTCTTG-ATTAAGTT---TC---GGGT-------------------TGA---TTG------C------AGAGGCT------ACCGGGACAAAC-CTGGGA-T--T----GAACTCACAATCCTCTG-GGGTCAGCAGTCGACA--CTTTATCCact
gi|15                         :                        tgaTTTATTTAAG--CTCCATTGTG--AAGTAAGCTCAGAGCTT-AAA--TGGTGAGCTCTAG-AGTCC-CTG--TTCT-GGGTAAAA------TCA-GT-ACTAAGTGTTG------TTTTTAAAGA-GC-------ACTGTGTCTATC-CTGAGA-A--C----GAACCCGCAA-CCCCTG-GAGTGA-CGGTCaggacact
gi|16                         :                                                                                                                       ac-GT-ACTGA-------------TTTTTGAGAGGA-------ATTGGATCAAGC-TTGGGA-T--T----GAACATGAAA-CCTCTG-GCATGGGTGGCCAACA--C--
gi|17                         : gagcctggctagctcagttgatctattctaatttattttgctATTGCG--AAGAAA-CTATAAGTTA-ATA--TGAACCATTCTC------CTTT---TTCT-GGGTAGAA------AGA-GT-ACTGAGTGGTC------TTTTTT-ACAGGC-------ATCGCGTTCAGCTTGGGGA-T--T----TAAACCGCAA-CCTTTG-GCATGAGCTGCCAACA--C--CATCctattaactactgccctgtttagctcagt
gi|18                         :                                                                                                                              CTGAGTATCG------TTCTTTAAGAGGC-------AAAGGGTCGAGA-TGGAGA-T--TAATGAAAACCATAG-CCTCTG-GCTTGAGCGGCCTACA--C--TGTgc
gi|2                          :                tcgagtcgacatTTATTTTAG--CTCGATTGCG--AAGAAAGCTCTGAGCTT-TTA--TTAAGCACTCTTG-AGTCCGCT---TCCC-GAGTAGAA------CCA-GT-CCTGCGTGTTG------CTTTTTCATAGGC-------ACTGGGTCGAGC-TGGGGA-T--C----AAACCCGCAC-TGTTTG-GCGTGAGCTGCCAACA--T--TATCCttccactacact
gi|20                         :                 ttataccaacTTTATTCGAG--CTTGGTTGCG--AAGAA-GCCCAGAGCTT-ATA--TAATTTGCTCTTG-GGTCTGTTGCATTAT-GGGTAGacg
gi|21                         :                                                                                                                                     tagtgtatactcaTTGAGAGGCCATAATTATGGGGC--ATC-T-GGGA-T--C----AATCCTGCGA-CCTCTG-TTGCGAGCCACCAAAA--C--
gi|23                         :                                                                                                                                                                                 GGGA-C--C----GGATCCAGGA-CCTCCG-GTGTACGCGGCCAACACTC--TATCCctattttagtcgact
gi|24                         :                                                                                                                                                                                   GA-T--C----AAACCCGTGA-CCTTTT-GAGTAAGCGGTCAACA--C--accaaactacc
gi|3                          :                           TTTATTTTAG--CTTGATTACG--AAGTCAGCAAAGAGCTG-ATA--TGAATCAGTTTCG-AGTCCGAT---TCCTAGGGTAGAA------CCA-GT-ACTGATTACTG-------TTTTTAAGAGGC---------C--GT----C-T---GA-T--T----GGATCCACAT-CTTCTT-GCATGAGCAGCCAACcttttaactg
gi|4                          :                gcttaaactaaTTTATTTTAG--CTTGGTTGCG--AAGAAAGCTCAAAGTTT-ATA--TGAATCGCTCTAA-GGTCAGCT---TCCT---GTTAAA------CCA-GT-ACTGA---TAG------TTTTT--AGAGAC-------ATCGAGTCGAGC-TGGGGA-T--C----TAAACCGTAA-TCTCTG-ACATGAACGACCAACA--C--ttttagtcatctgcgcaa
gi|5                          :                   gtttatattaaATTTTAG--CTTGATTGCG--AAGAAAGCTCAGAGCTT-ATA--TGAACCGCTCTTG-AGTCTGAT---ACCT-TGGTAGAA------CTA-GA-ACTT-GTGTTGTTGTTTTTTTTTCGGAGGA-------ATTGAGTCAAGC-TAGGGA-T--A----GAACCAACAA-CCTCAA-GCTTGAACTACCAACA--C--TATCCttacccact
gi|6                          :                          ctaTATGTCAG--CTTGACTGTA--AA-----CTCAGAGCTTCATA--TGAATTGCTCTAG-AGTCTGTT---TCCT-AGAGAGAACTGGACCCAGGT-GCCAAGTCCTG-------TTTTTGAGA--------------GGTTGAAT-CTGGGA-T--C----AAACATATGA-CCTCT--GCATGAGCAGCCAACA--C--TACCCaac
gi|7                          :               tcagtttataaaggtgTTTTAG--TTCAATTGCG--GTGAAAGCTCAGAGTTT-ATA--TGGACCGCTCTCG-AGTCCGCT---TCCT-GGATAGAA------CCA-GT-ACTGAGTGTTG------GTTTATAAGAGGC-------ATCGTTTCGAGC--GGTGATT--C----GAACCCGCAA-CCTTTG-GCGTGAGCGGCCAACA--C--
gi|8                          :             gtttatactattgatTTATTTGAG--CTAGATTATGTAAAGTAATCTCAGACCTT-TTA--TGACTTGCTTTTG-TGTCTATT---TCCT-GGTTGGAC------CGA-GTCACTGTCCGTTG--------------------------ATC--------C-T---GA-TAAC----AAACTTGCAA-CCTCTG-GCTTGAGTGACCATCATCC--TATCC
gi|9                          :             tgatttatacaatcTTTATTTTAG--CTTAATTACC--ATGAAAGCTCAGAGCCT-TTA--TGAACCGCTCTCA-AGTCCGTT---TCCT-AGGTAGAA------CCT-GT-AC--------------------TGAGAGGC-------ATCAGTTCGAGC-TTGGGA-T--C----GAACCCGCAA-CCTCTG-GCGTGAGCAACAAACA--C--atttcactac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTTTAAATGCTTGGAATTGAACCTGCAACTATAATTGACTTAAGCAGCAACACTTTATCCACTGCAATATGGCACTGCTCCATTAAC
Unaligned ( gi|22 ): AGTTTAGAGCTGTTGTGAATCACTCCCGTCCATTTCTTGGGTAAAAACAGTACCGAGTGTAGTTTT
Unaligned ( gi|25 ): AAACCATGACCTCTGTTACAAGCAGCCAACACTCTATCCACTG