lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 111111 77777777777777777777777777777777777777 1111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 888888888888888 1 2 44444 55555555555555555555 1 11 3333 2222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 1 2 4444444 66666666 22 1 22 1
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2 66666666666 2 222222 2 66666666666666666666666666666666666666 1 8888888888888888888888888888888888 1 1 22 222 1 2 1 4 1 333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 3 8 5 0 33 6 666666666666666 1 8 5 5 0 22222 6 8 9 77777777777777777777 3 0 11 8 8 2222 0 8 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 1 0 7777777 4 55555555 66 6 2 33 5
lowQualScore : ........................................................................... . . ........... . ...... . ...................................... . .................................. . . .. ... . . . . . ... .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . . . . . .. . ............... . . . . . ..... . . . .................... . . .. . . .... . . .... .......................................................... . . . ....... . ........ .. . . .. .
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 9 88888888888 7 222222 7 66666666666666666666666666666666666666 7 7777777777777777777777777777777777 7 7 33 999 7 8 8 8 7 333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 2 2 3 8 66 0 777777777777777 8 4 0 8 0 66666 0 2 6 00000000000000000000 2 0 00 0 0 0000 8 0 2222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 5 0 0000000 0 55555555 00 0 5 00 0
consensus : NATTCAATCGGTNATGATTTGTCNAA--AGATATT--AGT-TATAT---ANCTAG-------NGC--N---TA-------AGTTTGGTGAA-GAT----C-----NA-ATGA-----AAAC-TGC----G----T--GC--T--NGAGTGCAC-A----CAA-GTCAA-AT--------------AG--T----GC---A-AT-TT-TTGA-CGAT--TCA---A-GGGCCATAACT-CTGACA---TTTA------T--G-----AT-----T-T-----G---A-C-G----GTT-CA---AA--AAC----NTG-TCC-A--AGA--TATT---NT---GG-T-ATA--TAN--CT--A-C--TNA-----CTGTGTAA---GTTTGGTGA--AN-ATC--AA--AT-A-N--AAN-C---TGCGNGTGCTAG--AGTG------CACACAA-GNTC-AA----A-----T-NACG-------CA-AT-------T-TTTGA-CGAT--TCA---A-G-GGCCA-TAA---------------TCCA---TCA-CA---A-A-TTATCCGATTTGGCCAGT----TA----AA-----TC--CCAAGAT-----TTG---T-----TATATA------CTACTG--------TGTAAGTTTGGCGAA-GATC-----AAATGAAAACTGCGNGT-----------------ACTAGA-------TAGTG---T------------------C----------TTT-TNACGATTCAAGGGCNATTACTC--CGATATTGA--ATCA--G--TCTGATTTGGCCAGTTAAAGAAATTGTCNAGAGATATTATAATTATATANCTA-----TATGTN----TGNTGAAGA--TC-A-AATGAAAACTGCG-GATGNTAGAGTG--CACACNA-GTCA--AAATAANNCAA-NTTNTTGACAATTCCAAGGGCCATAACTCCGACAATTNATCATCACGATTTNGCCGGTTCAGGANATCGNCCAGGANGTTATNGTGACANATTAACTGTGTA
Reference ( gi|1 ) : TATTTAAT--GTTATGACTTGTCAAA--AGATATTGTGGT-TACAT---ACATAG-------AAC--C---TA-------ACTTTGATGAA-GAT----C-----TA-ATGA-----GAAC-TGC---CG----TA-GT--T--TGAATGCAC-A----CACGGTCAA-AT--------------AG--T----GC---A-AT-GT-TTGA-TGAT--TCA---A-GGGTCATAACT-CTGACA---TTTA------T--G-----AT-----T-T----TG---A-T-G----GTT-CA---AA--AAC----ATG-TCCGA--AGA--TATT---CT---GG-T-ATA--TAC--CT--A-C--TCA-----TTGTGTAC---ATTTGGTGA--AC-ATC--CA--TT-A-T--AAT-C---TGCAGGTACTAG--ATTG------TATCCAA-GTTG-AA----A-----T-TAGG-------CA-AT-------C-TTTGA-TGAT--TCA---A-G-GGCCA-TAA---------------TCCA---TCA-CA---A-A-TTATCCAATTTGACCACT----GA----AA-----TC--CCAAGAT----GTTG---T-----TACACA------CTACTG-G------TGTCAGTCGAGTGGG-GATC-----CAATGAAAACTGTGTGT-----------------ACTAGA-------TAGTG---T------------------C----------TTT-TTACAATTTAAGGGCAATTACTC--TGATATTGA--ATCAACG--CATGATTTAGACAGTTCAATAACTTGTCCTGATATATTCTGGTTACATAACCA-----CATGCA----TGGTGACGA--TC-A-AATACACACTGTG-GATACTCGAGTG--CAGAAGAGGTCA--AAATAATGCAA-ATCA--GACAATTCC--GGGCTATAACT--GAC-ATTAATTATC-TAATACCGCAAGTTCAAGAAATTAT------TGTTACTGTTACAGAACAACTGTCTATA
gi|13 : ATTTAA---ATT-TGGTTAGTCAA----GATATTATACTATAGAT---ATATAACTACAGTAAC--TGCGTA-------AGTTTGGTGAA-TAT----C-----AA-AAGA-----AAGC-TAC----------A-G---------ATAAAC-A----CAACGTCAA-AT--------------AA--T----G
gi|4 : ggcTTCAATCGGTAATGATTTG----A--ATATATT----T-TCCATGGAAC-TAA-------GGC--G---TA-------AGATTGGTGAA-GATGAAGG-----TACATGATTGGTGAACATGA---CG--------------TGAGTACTC-A----CA-----AG-AG--------------AG--T----GA---A-AT-ATATTGC-TAAT--GCA---A-GGGTCATAACT-CTG-TA---TTTA------T--T-----AT-----A-TGACGTA---ACC-G----ATT-CA---AT--AAC----ATT-TCCG---AGA--CAGT---GT---GT-TAATA--TAC--TT--T-C--TAAGGAAGTTAAATAA---A---GATGA--A--ATG--AA--AT-G-A--AAC-G---TGTGTTTGCTAG--AATA------CACACAT-GGTC-AA----A-----T-AGAG-------CA-AC-------A-TTTGACTAA----CA---A-GTTGCCA-TAA-----------------CA---TT-------A-A-TGATCCCATTTG
gi|14 : atACTTGTCCAA---GCTAT---GGT-TATAT---AACTAG---------C--C---TACTATGTAAGTTTGGTGGG-CAT----C-----AA-ATGA-----AAGC-TG--------------------TGAGTA----A----CA---TCAT-AT--------------AA--T----GC---A-AT-CT-TTAT-TGAT--TCA---A-GGG
gi|3 : aaaaTGTCCAA--GGAT-TTACAAT-TGTAT---AGCTAG-------TGA--G---TA-------AGTTTTGTGAA-GAT----C-----AA-AGGC-----AAAC-TGT---AT----TT-GC--T--AGAGTGTAC-A----CA---TCAA-AT--------------AA--C----TC---A-AT-TT-TTGA-CAAT--TCG---A-GGA-CA-----------A---TTTA------T--C-----ATCACAAT-T----TG---C-T-G----GTT-CA---AG--Ac
gi|6 : catttcaagaacttgtccgagatattagggtgtataagtttagtgataaagtgcacatctaacaatacattttttgacaattcaaaggccatgaattagcattaactgatttaatcagttcaagatctggtctgctttgtaatttggcgaaagatcaagtgaaaactacgagtgccgagtgcatcatataatgcaattattgatgatacaaggacaataattatgatttggccagttaaaaaaTCAAACTAGTTATTTTGGT-CATAC---CCATTC-------TGT--T---TA-------AATTTGATAAA-GAT----C-----CA-AGAA-----AAGC-TAC---TC----TT-GT--TATTGA--GCAA-A----CAC--TCAA-TT--------------AT--T----GC---A-AT--T-TTGA-CTATGCTCA---A-GGGCCGTA-------ACA---ATTG------T--G-----AT-----T-C-----------T-G----GTC-CA---AA--tatcaaagttatgtaacaggtg
gi|18 : aatttttgactgaatcaagggccataactaaagggattctggtcctatcttgctggttctcaaacATCTTGAAGT-AATAT---AACTA--------AACTGC---CA-------ACTTTGATGAA-GAT----C-----CA-ATGA-----A---------------------------GAGTGCAC-A----CA--GTCAA-AT----------------------------------T-CT-A-TGAT--TCA---A-GAGTCGTTACT-CTGACctcgctaattattgaacttgacaaagatattattgccgtacata
gi|2 : ---TA-------AGTGTGTTTAA-AAT----C-----AA-CTAA-----AAAC-TGC----G----TGTGC--C--AGAAT--AC-A----CAATATCAA-AT--------------A---C----AC---A-ATTAT-TTGA-TGAA--CCA---A-AGGCCATACTT-CTGACAATATTTA------TTCG-----AT-----T-T-----G---A-CCA----GTTATA---AT--AACTCTAATA-T---A--AAA---ATT---AT---AG-TTCTA--TAA--TT--A-C--TT---------TGTAA---GTTTGGCAA--AT-ATC--AAAATT-AATGGAAA-C---TGTGGGTGCTAA--AGAG------CACACAA-CACT-AA----A-----T-AACA-------CA-AC-------T-CCTGA-CAGT--TCA---G-G-AGCTA-TAA---------------CTCT---TTA-AT---A-C-TAAGCCTATTTCACCAGTTCAGGA----AA-----TCATCAAAGAT-----TTC---T-----TA---A------TTA-TGTGCCTTTTTGTAAATATGTTGGA-GATC-----AAATGAAAACTGCGAGT-----------------AATAGAGTGAACATACTA---T------------------CAAAAAAAAAATAT-TAACAATCCAAGGGCCATAACTC--CGATATTGATTATC--------TGATTTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGG-ATATTATGGTGATATA
gi|3 : aagagctaaaaaaactgcatgtgctagtgtgtacacagcatcgataaacgcatttttgtgattcaagggcaataactcgaacattaaacatttcaagaacttgtccaagatattttgtg---TA-------A-TTTGGCGAAAGAT----C-----AA-GTGA-----AAAC-TAC----G-----A-GTG-C--CGAGTGCA------------TCAT-AT--------------AA--T----GC---A-AT-TA-TTGA-TGAT--ACA---A-GGACAATAA-------------TTA------T--G-----AT-----T-T----GG---C-C-A----GTT--A---AA--AA-----ATG-TCCAA--GGA--TTTA---CA---AT-T-GTA--TAG--CT--A-G--TGA---------GTAA---GTTTTGTGA--AG-ATC--AA--AG-G-C--AAA-C---TGTATTTGCTAG--AGTG------TACACA----TC-AA----A-----T-AACT-------CA-AT-------T-TTTGA-CAAT--TCG---A-G-GACAATTTA---------------T-CA---TCA-CA---A-T-TTttaactgtgtaaatgtt
gi|8 : catttcaagaacttgtccgagatattagggtgtataagtttagtgataaagtgcacatctaacaatacattttttgacaattcaaaggccatgaattagcattaactgatttaatcagttcaagatctggtctgctttg---TA-------AGTTTGTTGAA-GAT----C-----AA-ATGA-----AAAC-TGC---AG----AT-GA--T--AGAGTGCAC-A----T---GTCAA-AT--------------AA--T----AC---A-AC--T-TTGA-GGAT--TTA---A-AGGTCATAAAT-ATGGCC---TTgctggttcaagatatcaaagttatgtaacaggtg
gi|5 : taggagacaacgaatgtcaaagaagacaatttttgataatgaacttagggccataccccagacatttaaaattggttaaccaagttgctacatgttactgcg---TA-------AGTTTGGTAAT-TAT----C-----TA-ATGA-----ATAT-TGT---CAATACTA-GT--G--TGAAT-----A----CAATGTCAA-ATTGCATACTTTTAGAAG--T----TCTTTA-AT-TT-TTGA-CAAT--TCA---A-GGGgtccaagt
gi|9 : ttcaatgataaatacacgtgttatagtgaacacagtgtgaaatagagtaatgtgtaataatacaagggctttagctcggacatgtattatctaattggttcagttgattaatttggccgatatggtatgattgtatggttactgtg---TA-------AGTTTGGTGAA-GAT----CAAAATTA-ATGA-----AAAC-TGC---------TA-GTGGT--AGAGTGCAT-AATTATAATGTCAACAC--------------AT--TTTTTGC------T--T-TTGC-TGAT--TCA---AGGGGCCATGACT-CTAACA---TTgataat
gi|12 : tcatgcaagaaccatacctcagacattagaagttgataagatgatactatagatacaagtatatattaactactgtgtat---TA-------AGTTTGGTGAA-GAT----A------A-ATGA-----AAAT-TACATACA----TGTGC--C--AGAGTGCAC-A----CAATG-CAA-AC------------------------T---A-AT-TT-TTCA-TGAT--TGA---A-GGACAGCAACT-CTGATA---CTactatttg
gi|2 : taaaatatacagctactgtgAA-GAG----C-----TA-A-AA-----AAAC-TGCA--TG----T--GC--T--AGTGTGTAC-A----CAGCATCGA-TA--------------AA--C----GC---A--T-TT-TTG--TGAT--TCA---A-GGGCAATAACT-CGAACA---TTAA------A--C-----AT---------------------------TT-CA---AG--AAC----TTG-TCC-A--AGA--TATT----------------------------------------TTGTGTAA---GTGTGTTTA--AA-ATC--AA--CT-A-A--AAA-C---TGCGTGTGCCAG--A--A------TACACAA-TATC-AA----A-------TACA-------CA-AT-------TATTTGA-TGAA--CCA---A-A-GGCCA-TAC---------------TTC----TGA-CA---ATATTTATTCGATTTGACCAGT----TATAATAA-----CT--CTAATATAAAAATTA---TAGTTCTATA-A------TTACT--T------TGTAAGTTTGGCAAA-TATCAAAATTAATGGAAACTGTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACTAAA-------TAACA---CAA----------------C----------TCC-TGACAGTTCAGGAGCTATAACTCTTTAATACTAA--------G--CCT-ATTTCACCAGTTCAGGAAATCATCA-AAGATTTCTTAATTATGTGCCTT-----TTTGTAAATATGTTGGAGA--TC-A-AATGAAAACTGCG-AGTAATAGAGTGAACATACTA--TCA--AAAAAA---AA-AT-ATTAACAA-TCCAAGGGCCATAACTCCGAT-ATTGATTATC-TGATTTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGGATATTATGGTGATATATTAACTGTGTAattccaa
gi|7 : AA-GAT----T-----CA-GTGA-----AAAA-CGC----G----TGTGC--T--ATAGTACAC-T----CAAAATCAA-AT--------------AA--C----TT---A-AT-CT-TCTA-TTAT--TTG---G-GGATCATAACT-CCAACA---TTTACTTTC-C--A-----AT-----T-T----GGCAAA-T-G---------A---AA--AAC----TCT-TCCGA--ATA--TTTT---CT----C-T-ATA--TAA--GTTAA-C--TAA------TGTGTAA---GTTTGGTGATGAC-GAT--CA--AA-A-T--AAT-A---CGTGAG-AC-AG--AGTG------CATACAA-GGTC-AA----T-----T-TGTG-------CA-TT-------T-TCTTA-TGaatgtt
gi|5 : A-ATGA-----TAAA-TACA--CG----T--GT--T--ATAGTGAAC-A----CAGTGTGAA-AT--------------AG--A----GT---A-AT-GT-GTAA-TAAT--ACA---A-GGGCTTTAGCT-CGGACA---TGTA------T--T-----AT-----C-T----AA---T-T-G----GTT-CAGTTGATTAAT----TTG-GCC-----GA--TA------T---GG-T-ATGATTGT--AT--G-G--TTA-----CTGTGTAA---GTTTGGTAA--TT-ATC--TA-----A-TG-AATAT---TGTCAATACTAG--TGTG------AATACAATGTCA-AATTGCATACTTT-TAGAAGTTCTTTA-AT-------T-TTTGA-CAAT--TCA---A-G-GG-GA-TAA---------------T
gi|10 : ttcT--T--TAAGTACATTA----CAATGTCAA-AT--------------GG--T----GC---A-AT-GC-CTGC-CGCT--TCA---A-GGGTCCTAATT-CAGA-------TA------A--G-----CC-------------------C-A----GTT-TA---AG--AAC----TTG-GCCG---AGA--CCTT---AT---GG-T-A-------------A-T--TC------TTGTGTACG--A--GGGTGT--AC-AAC---------A-T--AAT-C---TATAAGTA
gi|3 : taAGTGCAC-A---------TCTA-AC--------------AA--T----AC---A-TT-TT-TTGA-CAAT--TCA---A-AGGCCATGAAT--TAGCA---TTAAC-----T--G-----AT-----T-T----------------------------A--ATC----A-G-TTC-A--AGA--T------CT---GG-T-----------CT--G-C--TT---------TGTA----ATTTGGCGA--AAGATC--AA--GT-G-A--AAA-C---TACGAGTGCC-G--AGTG------CATC---------AT----A-----T-AATG-------CA-AT-------T-ATTGA-TGAT--ACA---A-G-GAC----AA---------------T---------------A-A-TTAT--GATTTGGCCAGT----TA----AAAAATGTC--CAAGGAT-----TTACAAT-----TGTATAG-----CTAGTG-A-------GTAAGTTTTGTGAA-GATC-----AAAGGCAAACTGTATTT-----------------GCTAG---------AGTG---TACACATCAAATAACTCAAT----------TTT-TGACAATTCGAGGACAATT
gi|23 : catttcaagaacttgtccgagatattagggtgtataagtttagtgataaAGTGCAT-G----CACAGTCAA-AT--------------ATATT----GC---ATAT-TT-TT-A-TGTT--TCA---A-GGGTCATAACT-CTAA-A---TTCA------TTCG-----AT-----T-tatcatcacaatttgctggttcaagatatcaaagttatgtaacaggtg
gi|24 : TACAC-A----TAAGGTCAA-AA--------------AG--T----GC---A-GT-TT-TTGA-CAAC--TGA---A-GGGCTATTACT-CTAACA---TTGA------T--------AT-----T-C----CG---A-
gi|17 : GCAC-A----AACGGCCAA-AT--------------AA--A----GC---A-AT-TT-CTGA-TTAT--TCA---A-GGGCC----TT-C---CA---TCTA---------A-----AT-----TATCGG-TG---A-T-GGCCAGTT-TA---AG--AAT----TTA-TC--A--AGA--TACT---AT---GG-T-
gi|8 : GTCAA-AG--------------AA--G----AC---A-AT-TT-TTGA-TAAT--GAACTTA-GGGCCATACCC-CAGACA---TTTA------A--A-----AT-------------------T-G----GTT-------A--ACC----AAG-T-------------------T---GC-T-ACA--TG------------TTA-----CTGCGTAA---GTTTGTTGA--AG-ATC--AA--AT-G-A--AAA-C---TGCAGATGATAG--AGTG------CA--CAT-GTC--AA----A-----T-AATA-------CA-A--------C-TTTGA-GGAT--TTA---A-A-GGTCA-TAA---------------ta
gi|25 : taggagacaacgaatAA-AA--------------AG--T----AC---A-AT-TT-TTAA-TATT--TTA---A-GGGTCATAACT-CTGACG---TTTatatggccttgtccaagt
gi|16 : A-AT--------------AG--T----GC------C-TT-TTTA-TGTT--TCA---A-GGACAATAACT-CCAA-A---TTTAATTATCC--G-----AT-----T-T----GG---A-C-A----GTT-AA---AG--AAA----TTG-TC-----AGACCTATT---AT---AATT-AGA--TAA--CT--A-C--Ttg
gi|6 : ---A-AT-TT-TTGACTGAA--TCA---A-GGGCCATAACTAAAGGGA---TTC-------T--GGTCCTAT-----C-T----TG---C-T-G----GTT-CT---CA--AAC--------TCAAACTAGT--TATT---TT---GG-T--CA--TAC--CC--A-T--TC-------TGTTTAA---ATTTGATAA--AG-ATC--CA--AG-A-A--AAG-C---TAC---T-CTTGTTATTGAGCAAACACTCAA--TT--------A-----T-T--G-------CA-AT---------TTTGA-CTATGCTCA---A-G-GGCCG-TAACAATTGTGATTCTGGTCCAAACTCG-CT---A-A-TTATTGAACTTGACgt
gi|9 : AT--GCA---A-GAACCATACCT-CAGACA---TT-A---------G-----AA-----G-T----TG---A-T-------------------AAG----ATGATACTAT-AGA--TA-----CA---AG-T-ATA--TAT--TA--A-C--T-A-----CTGTGTATTAAGTTTGGTGA--AG-ATCAAAA--TTAA-TGAAAA-C---TGCTAGTGGTAG--AGTG------CAT---A-ATTA-TA----A-----TGTCAA-------CACATTTTTTGCT-TTTGC-TGAT--TCA---AGG-GGCCA-TGA---------------CTC----TAA-C------A-TTA--CTATTTGaaagatattattgccgtacata
gi|14 : tcA---AA--AAC----TTG-TCC-A--AGC--TAT---------GG-TTATA--TAA--CT--AGC--CTA-----CTATGTAA---GTTTGGTGG--GC-ATC--AA--AT-G-A--AAG-C---TGTGAGTA--AC--ATCA------TAT-----------A----A-----T----G-------CA-AT-------C-TTTAT-TGAT--TCA---A-G-GGC
gi|13 : A--AGA--TATTATACTATAGA-T-ATA--TAA--CT--A-CAGTAA-----CTGCGTAA---GTTTGGTGA--AT-ATC--
gi|12 : ggcatttaaatttggttagtc-ATA--TACAGCT--A-C--T---------GTGTAA---GTTTGGTGA--AG-ATA--AA--TG-A-A--AAT-TACATACATGTGCCAG--AGTG------CACACAA---TGCAA----A-----C-T-----------A-AT-------T-TTTCA-TGAT--TGA---A-G-GACaaaagaaagctacagataaacacaacgtcaaataatg
gi|7 : taaaGTGCTAT--AGTA------CACTCAA-AATC-AA----A-----T-AACT-------TA-AT-------C-TTCTA-TTAT--TTG---G-G-GATCA-TAAC--------------TCCA---ACA-TT---T-A-CTTTCCAATTTGGCAAAT----GA----AA-----agcaactctgatactattccaa
gi|17 : aagattcagtgaaaaacgcgt-AA----A-----T-AAAG-------CA-AT-------T-TCTGA-TTAT--TCA---A-G-GGCC--T-----------------TCCA---TC--TA---A-A-TTATCaactcttccgaatattttctctatataagttaactaatgtgtaagtttggtgatgacgatcaaaataatacgtgagacagagtgcatacaaggtcaatttgtgcattttcttatg
gi|8 : gcacaaacggccAGA-------CA-AT-------T-TTTGA-TAAT--GAACTTA-G-GGCCA-TAC---------------CCCA---G-A-CA---T---TTA---AAATTGG----T----TA----A----------CCAAG-------TTG---C-----TACATG------TTACTG--------CGTAAGTTTGTTGAA-GATC-----AAATGAAAACTGggtgatggccagtttaagaatttatcaagatactatggtta
gi|15 : taggagacaacgaatgtcaaagaAGG-------CA-AT-------T-TTTGA-TAAT--GCA---A-G-GGCCA-TAcagatgatagagtgcacatgtcaaataatacaactttgaggatttaaaggtcataaatatggccttgtccaagt
gi|3 : agaggggacaaagcaataga-------CA-TT-------T-TTTGA-CAAT--TCA---A-A-GGCCA-TGA------------------A---TTAGCA-------TTAACTGATTTAATCAGT---------------------TCAAGAT----CTGG---T-----------------CTGCTT--------TGTAATTTG-GCGAAAGATC-----AAGTGAAAACTACGAGT-----------------GCCG----------AGTG----------------------C----------ATC-ATATAAT------GCAATTATTGA-TGATACAAG--GACAATAATTATGATTTGGCCAGTTAAAAAA--TGTCCAAGGAT-TTACAATTGTATAGCTAGTGAGTAAGTT----TTGTGAAGA--TC-A-AAGGCAAACTGTA-TTTGCTAGAGTG--TACA------CATCAAATAACTCAATTTTT--GACAATT-C--GAG----------GACAATTTATCATCACAAT-TTGCTGGTTCAAGATATCAA------AGTTA-TGTAACAGcctagtctttaatcgagtactgcagttaaagttgccatctaaactgcatatttatt
gi|16 : catttcaagaacttgtccgagatattagggtgtataagtttagtgataaagtgcacatctaacaata-TTTTA-TGTT--TCA---A-G-GACAA-TAA---------------CTC-----CA-AATTTA-A-TTATCCGATTTGGACAGT----TA----AA-----gtg
gi|14 : aatagtgcct--CCAAGCT----ATGG---T-----TATATAACTAGCCTACTA--------TGTAAGTTTGGTGGG-CATC-----AAATGAAAGCTGTGAGTAAC--------------ATCATA-------TAATGCAAT------------------C----------TTTATT--GATTCAAGGGCgaaattgtcagacctattataattagataactactgt
gi|18 : aaaaacttgtTGAA-GATC-----CAATGAAGA----GTGC-----------------AC---A-------CAGTC---A------------------A----------ATT-CTATGATTCAAGAGTCGTTACTC--TGA
gi|16 : atcttgaagtaatataactaaactgccaactttgaA-------TAGTG---C------------------C----------TTT-TTATGTTTCAAGGACAATAACTC--CAA-ATTTA--ATTATC-----CGATTTGGACAGTTAAAGAAATTGTCA-GACCTATTATAATTAGATAACTA-----Cc
gi|24 : a----------TTT-TGACAACTGAAGGGCTATTACTC--TAACATTGA--tgt
gi|11 : tacacataaggtcaaaaagtgcagtTACTC--AGAAATT-A--ATT---G--TCTGATTTAGGCAGTGAAAGAAATTGTC-TGAGATATTCTGGTTAAAT--CCAT----TATGTC----TGGTGAAGGCTTT-ATAATG-----TATG-GATTCTTCTGTG--CACATGCAAT-A--AAATAAAGCAtattccga
gi|8 : ----TGTTGAAGA--TC-A-AATGAAAACTGCA-GATGATAGAGTG--C---ACATGTC---AAATAATACAA-
gi|7 : taggagacaacgaatgtcaaagaagacaatttttgataatgaacttagggccataccccagacatttaaaattggttaaccaagttgctacatgttactgcgtaagtt----TGATGACGA--TCAA-AATA-ATAC-GTGAGACA---GAGTG--CATACAAGGTCA--Actttgaggatttaaaggtcataaatatggccttgtccaagt
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GACCATACCTCAGACATCTAAATTTGGTCAGTTGAGATGGTATAGATATATAATTACTGTTTAAGTATTGTGAAGGTCAAACAAAACTGCAGGTGT
Unaligned ( gi|20 ): ACGGACCAAAACTCAGAATTAATTGTTTAATTTAGCCAGTCCAATACTTGTCGAAGATTTTACAGTTATATAACTACTGTTTGGTCAATGT
Unaligned ( gi|21 ): ATGCAAGGGTCATACCTTGGACATTGTTGATCAGCCAAGATATTATATGTAATTACTGTACAAGTTTGATGAAGAAAAAATAAAAAC
Unaligned ( gi|22 ): TTTTGAGAAAATCAAATGAAATCTGCATGTGCTACAGTACATTAAACGACTCCATTTTTGCAAATTCAAG
Unaligned ( gi|26 ): GGCAGAGGAGACGTAAACCCAGCAATTTTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 111 22222222222 333333 1111111111111 11111 444444444444444 11111 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 111111 22222222222 222222222222222222222 111111111 333333333333 111 000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1 22222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 444444444444444444444444 222 33333333 11111 11 11 11 333333 11 33333 2222222222222222 11 222 1 55555555 1
lowQualScore : 77 1 999 444 6 22222222222 1 222222 666 1 6666666666666 11111 44 4 666666666666666 6666 3 55555 2 1 55555555 2 2 44 33 333 2 888888888 2 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 555 555 00000 77777 333 5 222222 1 11111111111 444444444444444444444 3 111111111 44 3 3 999999999999 555 1 77 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 6 0 3 55555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 11 1 777777777777777777777777 1 2 1 6 9 111 3 0 22 55 11111111 55555 1 11 8 33 0 2 22 3 33 0 777777 55 11 00000 7 9999999999999999 44 1 0 555 4 3 0 1 77777777 1 4 3 1 2
lowQualScore : .. . ... ... . ........... . ...... ... . ............. ..... .. . ............... .... . ..... . . ........ . . .. .. ... . ......... . . .................................................................................................... ... ... ... ..... ..... ... . ...... . ........... ..................... . ......... .. . . ............ ... . .. . ................................................... .. . . . ..... ................................................................ . . .. . ........................ . . . . . ... . . .. .. ........ ..... . .. . .. . . .. . .. . ...... .. .. ..... . ................ .. . . ... . . . . ........ . . . . .
lowQualScore : 55 0 555 888 7 00000000000 0 222222 888 0 1111111111111 11111 66 4 111111111111111 5555 1 55555 7 4 77777777 5 5 55 11 999 2 999999999 1 9 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 444 444 33333 77777 555 1 111111 0 99999999999 333333333333333333333 1 222222222 66 3 3 444444444444 777 7 99 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 5 0 0 00000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 4 00 0 000000000000000000000000 7 2 4 1 2 999 6 2 66 33 22222222 22222 0 00 0 66 6 2 44 5 88 2 222222 88 88 33333 3 7777777777777777 77 0 7 000 0 7 7 0 33333333 0 0 7 0 5
consensus : NATTCAATCGGTNATGACTTGTC-AAAGATACTA--GT-TAT-------AT--AACTA--NN--GCNT-AAGTTTGGTGAAGATC-----CA-----ATGA-----AAAC-TG-C------GT-G--CTAGAGTGCA----C-ACA-A-G-TCAA-ATA----G--TGCA-ATTT-TTGAT-GAT--TCA---A-GGGCCATAACT---------CTGACATTTAT-----GATTT-GAC-G------GTTCAA---A--------------AACTTGTCC-G-AGATAT--T-NT------G--G-TATATA-CT--A-C--TTACTGTGTA---AGTT---T---GGTGA--A-GATCA-----AATGAAANCTGCGNGTGCTAGAGTGCA----CACAA-GTCAAATAACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAATTCATNA-CAA-ATT---ATC--CGATTTGACCAGTT---A----AA-CCCAAG-AT-----TT---GTT-AT-------ATA-C---TACT-NTGTAAGTTTGGCGAA-GATCNAA-----TGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAAC--TTTTGACGAT--TCAAGGGCAATAACTCC--GATATT-AATT-A--GTCTGATTTGGCCAGTTAAAGAAATTGTCNAGAGATATTATAGTTANATANCTA-----TATGTN----TGGTGAAGA--TCA-AATGNAAACTGCGGGTGCTNGAGTG--CACAC-NA-GTCAAAATAANGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACAATTNATTATC-TAATTC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
Reference ( family-211 ) : NATTCAATCGGTNATGATTTGTCNAAAGATATTA--GT-TAT-------AT--ANCTA--GN--GCNT-AAGTTTGGTGAAGATC-----NA-----ATGA-----AAAC-TG-C------GT-G--CTNGAGTGCA----C-ACA-A-G-TCAA-ATA----G--TGCA-ATTT-TTGAC-GAT--TCA---A-GGGCCATAACT---------CTGACATTTAT-----GATTT-GAC-G------GTTCAA---A--------------AACNTGTCC-A-AGATAT--T-NT------G--G-TATATANCT--A-C--TNACTGTGTA---AGTT---T---GGTGA--A-NATCA-----AATANAANCTGCGNGTGCTAGAGTGCA----CACAAGNTCAAATNACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAATCCATCA-CAA-ATT---ATC--CGATTTGGCCAGTT---A----AATCCCAAG-AT-----TT---GTT-AT-------ATA-C---TACT-GTGTAAGTTTGGCGAA-GATCAAA-----TGAAAACT--------------GCGNGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGT--C--TTTTNACGAT--TCAAGGGCNATTACTCC--GATATTGAATC-A--GTCTGATTTGGCCAGTTAAAGAAATTGTCNAGAGATATTATAATTATATANCTA-----TATGTN----TGNTGAAGA--TCA-AATGAAAACTGCGGATGNTAGAGTG--CACAC-NA-GTCAAAATAANNCAANTTNTTGACAATTCCAAGGGCCATAACTCCGACAATTNATCATCACGATTTNGCCGGTTCAGGANATCGNCCAGGANGTTATNGTGACANATTAACTGTGTA
gi|1 : ATTTAAT--GTTATGACTTGTCAAAAGATATTGTGGT-TAC-------AT--ACATA--GA--ACCT-AACTTTGATGAAGATC-----TA-----ATGA-----GAAC-TG-CC-----GTAG--TTTGAATGCA----C-ACACG-G-TCAA-ATA----G--TGCA-ATGT-TTGAT-GAT--TCA---A-GGGTCATAACT---------CTGACATTTAT-----GATTTTGAT-G------GTTCAA---A--------------AACATGTCCGA-AGATAT--T-CT------G--G-TATATACCT--A-C--TCATTGTGTA---CATT---T---GGTGA--A-CATCC-----ATTATAATCTGCAGGTACTAGATTGTA----TCCAAGTTGAAATTAGG-----------------CAATC-TTTG-----AT-GAT--TCAA-G-GGCCATAATCCATCA-CAA-ATT---ATC--CAATTTGACCACTG---A----AATCCCAAG-ATG----TT---GTT-AC-------ACA-C---TACTGGTGTCAGTCGAGTGGG-GATCCAA-----TGAAAACT--------------GTGTGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGT--C--TTTTTACAAT--TTAAGGGCAATTACTCT--GATATTGAATC-AACGCATGATTTAGACAGTTCAATAACTTGTCCTGATATATTCTGGTTACATAACCA-----CATGCA----TGGTGACGA--TCA-AATACACACTGTGGATACTCGAGTG--CAGAA-GAGGTCAAAATAATGCAAATCA--GACAATTCC--GGGCTATAACT--GAC-ATTAATTATC-TAATACCGCAAGTTCAAGAAATTAT------TGTTACTGTTACAGAACAACTGTCTA
gi|10 : tTTAAGTACA----TTACA-ATG-TCAA-ATG----G--TGCA-ATGC-CTGCC-GCT--TCA---A-GGGTCCTAATT---------CAGA----TAA-----GCC-----C-A------GTTTAA---G--------------AACTTGGCC-G-AGACCT--T-AT------G--G-TAta
gi|11 : tatTACTCA--GAAATT-AATT----GTCTGATTTAGGCAGTGAAAGAAATTGTCT-GAGATATTCTGGTTAAAT--CCAT----TATGTC----TGGTGAAGGCTTTATAATG-----TATGGATTCTTCTGTG--CACATGCA-AT-AAAATAAAGCAattcttgtgtacgagggtgtacaacataatctataagta
gi|12 : -TAT-------AC--AGCTA--CT--GTGT-AAGTTTGGTGAAGAT------AA-----ATGA-----AAAT-TA-CATACATGT-G--CCAGAGTGCA----C-ACA-A-T-GCAA-AC----------TA-ATTT-TTCAT-GAT--TGA---A-GGACAGCAACT---------CTGATACT
gi|13 : taaaaC-A-AGATAT--T-ATACTATAG--A-TATATAACT--A-CAGTAACTGCGTA---AGTT---T---GGTGA--A-TATCA-----AAAGAAAGCTAC-------AGA-TAAA----CACAACGTCAAATAATG-----------------attccaa
gi|14 : ggcatttaaatttggttagtAA---A--------------AACTTGTCC-A-AGCTAT--G-GT-----------TATATAACT--AGC--CTACTATGTA---AGTT---T---GGTGG--G-CATCA-----AATGAAAGCTGTGAGTA---------------ACA---TCATATAATG-----------------CAATC-TTTA-----TT-GAT--TCAA-G-GGC
gi|15 : GAGGGGA----C-A-A-A-G-C--A-ATA----GAAGGCA-ATTT-TTGAT-AAT--GCA---A-GGGCCATACCT---------
gi|16 : a--------A-TAGTGC--C--TTTTTATGTT--TCAAGGACAATAACTCC--AA-ATTTAATT-A---TCCGATTTGGACAGTTAAAGAAATTGTC-AGACCTATTATAATTAGATAACTA-----agtctttaatcgagtactgcagttaaagttgccatctaaactgcatatttatt
gi|17 : aGCA----CAAACGGCCAAATAAAG-----------------CAATT-TCTG-----AT-TAT--TCAA-G-GGCC-T--TCCATC--TAA-ATT---ATCGGTGA--TGGCCAGTT-------------TAAGAAT-----TT---ATCAAG-------ATA-C---TActgt
gi|18 : A--GT-AAT-------AT--AACTA--AACTGCC--AACTTTGATGAAGATC-----CA-----ATGA-----A-----------------------GAGTGCA----C-AC--A-G-TCAA-AT--------------TCT----AT-GAT--TCA---A-GAGTCGTTACT---------CTGACtggtta
gi|19 : atcttgaATTTGGTCAGTT---GAGATGGT--ATAGATAT-ATAATTAC-TGTTTA------A-GTA----TTGTGAAGG--TCA-AAC-AAAACTGCAGGTG
gi|2 : gaccatacctcagacatctaaAAGAGC-----TA-----A-AA-----AAAC-TG-CAT----GT-G--CTAGTGTGTA----C-ACA-GCA-TCGA-TAA----A--CGCA--TTT-TTG-T-GAT--TCA---A-GGGCAATAACT---------CGAACATTAA-------------AC-A------TTTCAA---G--------------AACTTGTCC-A-AGATAT--T-TT------G--------------------------TGTA---AGTG---T---GTTTA--A-AATCA-----ACTAAAAACTGCGTGTGCCAGAAT--A----CACAATATCAAAT-ACA-----------------CAATTATTTG-----AT-GAA--CCAA-A-GGCCATACTTC-TGA-CAATATTT--ATT--CGATTTGACCAGTT---ATAATAACTCTAAT-ATAAAAATTATAGTT-CT-------ATAAT---TACT-TTGTAAGTTTGGCAAA-TATCAAAATTAATGGAAACT--------------GTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACT-AA--------A-TAACACAAC--TCCTGACAGT--TCAGGAGCTATAACTCTTTAATACTAA-------GCCT-ATTTCACCAGTTCAGGAAATCATCAA-AGATTTCTTAATTATGTGCCTT-----TTTGTAAATATGTTGGAGA--TCA-AATGAAAACTGCGAGTAATAGAGTGAACATAC-TA--TCAAAAAAAA--AA--TATTAACAAT-CCAAGGGCCATAACTCCGATA-TTGATTATC-TGATTTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGGATATTATGGTGATATATTAACTGTGTAt
gi|20 : ACTCA--GA-ATT-AATT----GTTTAATTTAGCCAGTCCAATAC-TTGTCGA-AGATTTTACAGTTATATAACTA-----C-TGTT----TGGTCAAaatgtt
gi|21 : acggaccaaaAT--GCA---A-GGGTCATACCT---------TGGACATT--------G--TT-GA-----------TCAG-------------------------CC-A-AGATAT--T-AT------------ATGTAA---------TTACTGTACA---AGTT---T---GATGA--A-GAAAA-----AATAAAAACtgt
gi|22 : TT---T---GA-GA--A-AATCA-----AATGAAATCTGCATGTGCTACAGTACA-----------TTAAACGACT-----------------CCATT-TTTG-----CA-AAT--TCAA-G-
gi|23 : tAGTGCA----T-GCACA-G-TCAA-ATA----TATTGCATATTT-TT-AT-GTT--TCA---A-GGGTCATAACT---------CTAA-ATTCATTC---GATT
gi|24 : TACA----C-ATA-A-GGTCAA-AAA----G--TGCA-GTTT-TTGAC-AAC--TGA---A-GGGCTATTACT---------CTAACATTGAT------ATT
gi|25 : AA-AAA----G--TACA-ATTT-TTAAT-ATT--TTA---A-GGGTCATAACT---------CTGACGTTTccga
gi|3 : TTCAA---G--------------AACTTGTCC-G-AGATAT--T-AG------G--G-T--------------------GTATA---AGTT---T---AGTGA--------------------------------TAAAGTGCA----CA-----TCTAACAATA-----------------CATTT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-A-GGCCATGA---ATTAGCA---TT---AAC--TGATTTAATCAGTT-------------CAAG-AT-----CT---GGT--------------C---TGCT-TTGTAA-TTTGGCGAAAGATCAAG-----TGAAAACT--------------ACGAGT-----------------GCCGAGTGCATCATA-TAATGCAAT--TATTGATGAT--ACAAGGACAAT---------------AATT-A-----TGATTTGGCCAGTTAAAAAA--TGTCCAAGGAT-TTACAATTGTATAGCTAGTGAGTAAGTT----TTGTGAAGA--TCA-AAGGCAAACTGTATTTGCTAGAGTG--TACAC-A---TC-AAATAACTCAA-TTTTTGACAATTC---GAG----------GACAATTTATCATCACAATTT-GCTGGTTCAAGATATC------AAAGTTAT-GTAACAGGTtg
gi|4 : catTTCAATCGGTAATGATTTG----AATATATT----T-TCC-------ATGGAACTA--AG--GCGT-AAGATTGGTGAAGATG-----AAGGTACATGATTGGTGAACATGAC------GT-G------AGTACT----C-ACA-A-G------AGA----G--TGAA-ATATATTGCT-AAT--GCA---A-GGGTCATAACT---------CTG-TATTTAT-----TATAT-GAC-GTAACCGATTCAA---T--------------AACATTTCC-G-AGACAG--T-GT------G--T-TA-ATA--T--A-C--TTTCTAAGGA---AGTTAAATAAAGATGA--A--ATGA-----AATGAAACGTGTGTTTGCTAGAATACA----CACATGGTCAAATAGAG-----------------CAACA-TTTG-----AC-TA---ACAA-GTTGCCATAA--CATT----A-ATG---ATC--CCATTTGg
gi|5 : atTT-----CA-----ATGA-----TAAA-TA-CAC----GT-G--TTATAGTGAA----C-ACA-GTG-TGAA-ATA----G--AGTA-ATGT-GTAAT-AAT--ACA---A-GGGCTTTAGCT---------CGGACATGTAT-----TATCT-AATTG------GTTCAGTTGATT------------AATTTGGCC----GATATGGT-AT------G--A-T-TGTA--T--G-G--TTACTGTGTA---AGTT---T---GGTAA--T-TATCT-----AATGAATATTGTCAATACTAGTGTGAA----TACAATGTCAAATTGCATACTTTTAGAAGTTCTTTAATT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-G-GG-GATAAT
gi|6 : A-ATTT-TTGACTGAA--TCA---A-GGGCCATAACTAAAGGGATTCTGGT-CCTAT-------CTT-GCT-G------GTTCTC---A--------------AACTCAAAC-T-AGTTAT--T-TT------G--G-T-CATACCC--A-T--T--CTGTTTA---AATT---T---GATAA--A-GATCC-----AAGAAAAGCTACTCTTGTTATTGAGCA----AACA--CTCAATTATTG-----------------CAATT-TT-G-----AC-TATGCTCAA-G-GGCCGTAA
gi|6 : AATT-TTTG-----ACTGAA--TCAA-G-GGCCATAACTAA--A-GGG-ATTCTGGTC--CTATCTTGCTGGTTCTCA----AA-CTCAA--AC-----TA---GTT-ATTTTGGTCATA-CCCATTCT-GTTTAAATTTGATAAA-GATCCAA-----GAAAAGCTACTCTTGTTATTGAGCAAAC-----------------ACT-CA--------ATTATTG---CAATTTTGACTATGCTCAAGGGCCGTAA---C--AATTGTGATTCTG--GTCCAAACTCGCTAATTATTGAACTTGACAA-AGATATTATcaattgtgattctggtccaaactcgctaattattgaacttgacaaagatattattgccgtacata
gi|6 : ACTA--GT-TATTTTGGTCAT--ACCCA--TTCTGTTT-AAATTTGATAAAGATC-----CA-----AGAA-----AAGC-TA-CTCTT--GT-T--ATTGAGCAAA----C-AC------TCAA-TTA----T--TGCA-ATTT-T-GAC-TATGCTCA---A-GGGCCGTA---------------ACAATTGT-----GATTC---T-G------GTCCAA---ACTCGCTAATTATTGAACTTGACA-A-AGATAT--TATT------GCCG-TACATAtgccgtacata
gi|7 : aatttttgactgaatcaagggccataactaaagggattctggtcctatcttgctggttctcaaactcaaAAGATT-----CA-----GTGA-----AAAA-CG-C------GT-GTGCTATAGTACA----C-TCA-A-AATCAA-ATA----A--CTTA-ATCT-TCTAT-TAT--TTG---G-GGATCATAACT---------CCAACATTTACTTTCCAATTT-GGC-A------AATGAA---A--------------AACTCTTCC-G-A-ATAT--T-TT------C--TCTATATAAGTTAA-C--TAA-TGTGTA---AGTT---T---GGTGATGACGATCA-----AA-ATAA--TACGTGAGACAGAGTGCA----TACAAGGTCAATTTGTG-----------------CATTT-TCT
gi|8 : -G-TCAA-AGA----A--GACA-ATTT-TTGAT-AAT--GAACTTA-GGGCCATACCC---------CAGACATTTAA-----AATT------G------GTT---------------------AAC-----C-A-AG--------TT------G--C-TACATG----------TTACTGCGTA---AGTT---T---GTTGA--A-GATCA-----AATGAAAACTGCAGATGATAGAGTGCA----CAT---GTCAAATAATA-----------------CAA-C-TTTG-----AG-GAT--TTAA-A-GGTCATAAtatg
gi|9 : taggagacaacgaatAT--GCA---A-GAACCATACCT---------CAGACATT-AG-----AAGTT-GAT------------AA---G--------------ATGATA-CT-ATAGATAC--A-A----------G-TATATATTA--A-C--T-ACTGTGTATTAAGTT---T---GGTGA--A-GATCAAAATTAATGAAAACTGCTAGTGGTAGAGTGCATAATTATAATGTCA----ACA-----------------CATTT-TTTGCTTTTGCTGAT--TCAAGG-GGCCATGACTC-TAA-C---ATT---A----CTATTTGatatggccttgtccaagt
gi|9 : tcCTATAGATACAA--GTATAT-------ATT-AACTACTGT--GTATTAAGTTTGGTGAAGATCAAAATTA-----ATGA-----AAAC-TG-CTA----GT-G--GTAGAGTGCATAATT-ATA-ATG-TCAACACATTTTT--TGC----TT-TTGCT-GAT--TCA---AGGGGCCATGACT---------CTAACA-TTAC-----TATTT-G
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GGCAGAGGAGACGTAAACCCAGCAATTTTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222 1 22222 11 1111 111 2222222222222 44444444444444444444 111 11111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 222222222222222222222222 11111111 444444444444 111 000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1 22222 999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333333333333333333333 1 222 2222222 11111 11 1 11 333333 11 11111 11 2222222222 2 1 2222 55555555 22
lowQualScore : 77 1 111 3 11111 8 99 3333 11 444 1111111111111 22222222222222222222 5 333 7777 3 44444 2 7777777777 2 2 0 2 444 2 888888888 2 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 555 55555 888888888888 3 2 999999 44 1 33 77777777 3 3 999999999999999999999999 3 22222222 555 3 3 111111111111 888 3 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 11 6 0 1 55555 444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 44 666 4 77 6 0 1 888888888888888888888888888 2 3 1 1 2 666 3 0 66 1 33 6666666 88888 33 0 1 9 2 44 4 1 33 0 777777 55 33 66666 7 6 88 2222222222 3 1 3 3333 3 22222222 77 1 1
lowQualScore : .. . ... . ..... . .. .... .. ... ............. .................... . ... .... . ..... . .......... . . . . ... . ......... . . ..................................................................................... . ... ..... ............ . . ...... .. . .. ........ . . ........................ . ........ ... . . ............ ... . . ................................................... . .. . . . ..... ................................................... . .. ... . .. . . . ........................... . . . . . ... . . .. . .. ....... ..... .. . . . . .. . . .. . ...... .. .. ..... . . .. .......... . . . .... . ........ .. . .
lowQualScore : 55 0 000 3 11111 0 00 0000 88 000 6666666666666 11111111111111111111 0 444 1111 3 33333 9 6666666666 7 7 5 7 111 4 999999999 2 9 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 000 44444 777777777777 0 9 999999 66 0 33 55555555 3 3 888888888888888888888888 3 22222222 222 6 6 111111111111 333 5 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 00 5 0 0 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33 999 0 99 4 1 1 666666666666666666666666666 0 7 1 9 5 222 6 2 99 0 55 3333333 00000 88 0 0 2 0 55 2 0 88 2 222222 88 22 00000 3 7 33 0000000000 7 0 3 3333 7 00000000 33 0 0
consensus : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAA-GATATTA--GT-TATAT--AACTANN--GCGTA---AGTTTGGTGAAGATC-----CA-----ATGA-----AAAC-TG-C------GT-G--CTAGAGTGCA----C-ACA-A-G-TCAA-ANA----G--TGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---A-GGGCCATAACT---------CNGACATTTA-----C--GATTT-GA------C-GGTTCAA---G--A----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTATATA--C-TA-N--TTACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TGA----AAAC-TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAATTCATNA-CAA-ATT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------ATA-C---TACTN-TGTAAGTTTGGCGAA-GATCNAA-----TGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGCAATAACTCC--GATNTT-AAT--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGATATTATGGT--TANATAACTA-----TATGTN----TGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GAC-ATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
Reference ( family-211 ) : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAA-GATACTA--GT-TATAT--AACTANN--GCNTA---AGTTTGGTGAAGATC-----CA-----ATGA-----AAAC-TG-C------GT-G--CTAGAGTGCA----C-ACA-A-G-TCAA-ATA----G--TGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---A-GGGCCATAACT---------CTGACATTTA-----T--GATTT-GA------C-GGTTCAA---A--A----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTATATA--C-TA-C--TTACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TGA----AANC-TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAATTCATNA-CAA-ATT---ATCCGATTTGACCAGTT---A----AA-CCC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------ATA-C---TACTN-TGTAAGTTTGGCGAA-GATCNAA-----TGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGCAATAACTCC--GATATT-AAT--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAAATTGTCNAGAGATATTATAGT--TANATANCTA-----TATGTN----TGGTGAAGA--TCA-AATGNAAACTGCGGGTGCTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAANGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACAATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
gi|1 : ATTTAAT--GTTATGACTTGTCAAAAGATATTGTGGT-TACAT--ACATAGA--ACCTA---ACTTTGATGAAGATC-----TA-----ATGA-----GAAC-TG-CC-----GTAG--TTTGAATGCA----C-ACACG-G-TCAA-ATA----G--TGCA-ATGT-TTGA-TGATTCA---A-GGGTCATAACT---------CTGACATTTA-----T--GATTTTGA------T-GGTTCAA---A--A----ACATGTCCGAAGATATTCT------GGTATATA--CCTA-C--TCATTGTGTA---CATTTGGTGA--A-CATCCAT-----TAT----AATC-TGCAGGTACTA--GATTGTATCCA-A-GTTGA-AAT---TAGG-----------------CAATC-TTTG-----AT-GAT--TCAA-G-GGCCATAATCCATCA-CAA-ATT---ATCCAATTTGACCACTG---A----AATCCC-------AAGATGT-T-GTTAC-------ACA-C---TACTGGTGTCAGTCGAGTGGG-GATCCAA-----TGAAAACT--------------GTGTGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGT--CTTTTTACAAT--TTAAGGGCAATTACTCT--GATATTGAAT--C-AACGC-A--TGATTTAGACAGTTCAATAACTTGTCCTGATATATTCTGGT--TACATAACCA-----CATGCA----TGGTGACGA--TCA-AATACACACTGTGGATACTCGAGTG--CAGAA-GAGGTCAAAATAATGCAAATCA--GACAATTCC--GGGCTATAACT--GAC-ATTAATTATC-TAATACC-GCAAGTTCAAGAAATTAT------TGTTACTGTTACAGAACAACTGTCTA
gi|10 : tAGTACA----TTACA-ATG-TCAA-ATG----G--TGCA-ATGC-CTGC-CGCTTCA---A-GGGTCCTAATT---------CAGA----TA-----A--GCC-----------C-AGTTTAA---G--A----ACTTGGCCGA-GACCTTAT------GGTA-ATT--C-T---------TGTGTA---ta
gi|11 : tatttaACTCA--GAAATT-AAT--T----GT-C--TGATTTAGGCAGTGAAAGAAATTGTCT-GAGATATTCTGGT--TAAAT--CCAT----TATGTC----TGGTGAAGGCTTTATAATGTA-----TGGATTCTTCTGTG--CACATGCAA-T-AAAATAAAGCAcgagggtgtacaacataatctataagta
gi|12 : t-TATAC--AGCTACT--GTGTA---AGTTTGGTGAAGAT------AA-----ATGA-----AAAT-TA-CATACATGT-G--CCAGAGTGCA----C-ACA-A-T-GCAA-AC----------TA-ATTT-TTCA-TGATTGA---A-GGACAGCAACT---------CTGATACT
gi|13 : taaaaCAA-GATATTATACTATAGATATATAA-C-TA-CAGTAACTGCGTA---AGTTTGGTGA--A-TATCAAA-----AGA----AAGC-TAC-------A--GA-TAAACACA-ACGTC-A-AAT---AATG-----------------attccaa
gi|14 : ggcatttaaatttggttagtAA---A--A----ACTTGTCCAA-GCTATGGT------TATATA-A--C-TAGC--CTACTATGTA---AGTTTGGTGG--G-CATCAAA-----TGA----AAGC-TGTGAGTA-------------ACA----TC-A-TAT---AATG-----------------CAATC-TTTA-----TT-GAT--TCAA-G-GGC
gi|15 : AGAGGGGA----C-A-A-A-G-C--A-ATA----GAAGGCA-ATTT-TTGA-TAATGCA---A-GGGCCATACCT---------
gi|15 : AGC-----------------AAT-AG--------A--AG-GCAATTTTTGATAAT--GCAAGGGCCATACCT-A--GTCTTT-AAT--CGA--GTAC--TG-------CAGTTAAAGagtctttaatcgagtactgcagttaaagttgccatctaaactgcatatttatt
gi|16 : agaggggacaa--------A-TAGTGC--CTTTTTATGTT--TCAAGGACAATAACTCC--AAATTT-AAT--T-A---T-C--CGATTTGGACAGTTAAAGAAATTGTC-AGACCTATTATAAT--TAGATAACTA-----ttgccatctaaactgcatatttatt
gi|17 : aCC-AA--------A-TAAAGCAATTTCTGATTAT--TCAAGGGC-----CTTC--CATCTA-AAT--T-A---T-CGGTGA--TGGCCAGTTTAAGAATTTATCA--AGATACTATGGT--TActgt
gi|18 : gcacaaacggA--GT-AATAT--AACTAAACTGCC-A---ACTTTGATGAAGATC-----CA-----ATGA----------------------------AGAGTGCA----C-AC--A-G-TCAA-AT--------------TCT----A-TGATTCA---A-GAGTCGTTACT---------CTGAC
gi|19 : atcttgaGACCATACCT---------CAGACATCTA--------AATTT-GGT-----C-AGTT----------------------GA-GATGGTAT------AG-ATATA----TA-A--TTACTGTTTA---AGTATTGTGA--A-GGTCAAA-----C-A----AAAC-TGCAGGTG
gi|2 : AAGAGC-----TA-----A-AA-----AAAC-TG-CAT----GT-G--CTAGTGTGTA----C-ACA-GCA-TCGA-TAA----A--CGCA--TTT-TTG--TGATTCA---A-GGGCAATAACT---------CGAACATTAA---------------A------C-ATTTCAA---G--A----ACTTGTCCAA-GATATTTT------G-----------------------TGTA---AGTGTGTTTA--A-AATCAAC-----TAA----AAAC-TGCGTGTGCCA--GAAT--ACACA-ATATC-A-AAT---A-CA-----------------CAATTATTTG-----AT-GAA--CCAA-A-GGCCATACTTC-TGA-CAATATTT--ATTCGATTTGACCAGTT---ATAATAA-CTCTAATATAAAAAT-TATAGTTCT-------ATAAT---TACTT-TGTAAGTTTGGCAAA-TATCAAAATTAATGGAAACT--------------GTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACT-AA--------A-TAACACAACTCCTGACAGT--TCAGGAGCTATAACTCTTTAATACT-AA--------GC-C--T-ATTTCACCAGTTCAGGAAATCATCAA-AGATTTCTTAAT--TATGTGCCTT-----TTTGTAAATATGTTGGAGA--TCA-AATGAAAACTGCGAGTAATAGAGTGAACATAC-TA--TCAAAAAAA---AA-ATATTAACAA-TCCAAGGGCCATAACTCCGAT-ATTGATTATC-TGAT-TTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGGATATTATGGTGATATATTAACTGTGTAt
gi|20 : CAA-AACTCA--GA-ATT-AAT--T----GT-T--TAATTTAGCCAGTCCAATAC-TTGTCGA-AGATTTTACAGT--TATATAACTA-----C-TGTT----TGGTCAAaatgtt
gi|21 : acggacATGCA---A-GGGTCATACCT---------TGGACATT----------G--TT-GA-----------TCAG-----------------CCAA-GATATT-----------ATATG----TA-A--TTACTGTACA---AGTTTGATGA--A-GAAAAAA-----TAA----AAAC-tgt
gi|22 : TTTGA-GA--A-AATCAAA-----TGA----AATC-TGCATGTGCTA--CAGTACA--------TT-A-AAC---GACT-----------------CCATT-TTTG-----CA-AAT--TCAA-G-
gi|23 : tAGTGCA----T-GCACA-G-TCAA-ATA----TATTGCATATTT-TT-A-TGTTTCA---A-GGGTCATAACT---------CTAA-ATTCA-----TTCGATT
gi|24 : TACA----C-ATA-A-GGTCAA-AAA----G--TGCA-GTTT-TTGA-CAACTGA---A-GGGCTATTACT---------CTAACATTGA-----T---ATT
gi|25 : AA-AAA----G--TACA-ATTT-TTAA-TATTTTA---A-GGGTCATAACT---------CTGACGTTTccga
gi|3 : TTCAA---G--A----ACTTGTCCGA-GATATTAG------GGT--------------------GTATA---AGTTTAGTGA-------------------------------------TA--AAGTGCACA------TC-T-AAC---AATA-----------------CATTT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-A-GGCCATGA---ATTAGCA---TT---AACTGATTTAATCAGTT-------------C-------AAGAT-C-T-GGT-------------C---TGCTT-TGTAA-TTTGGCGAAAGATCAAG-----TGAAAACT--------------ACGAGT-----------------GCCGAGTGCATCATA-TAATGCAATTATTGATGAT--ACAAGGACAATAA---------------T--T-A--------TGATTTGGCCAGTTAAAAAA--TGTCCAAGGAT-TTACAAT--TGTATAGCTAGTGAGTAAGTT----TTGTGAAGA--TCA-AAGGCAAACTGTATTTGCTAGAGTG--TACAC-A---TC-AAATAACTCAA-TTTTTGACAATT-C--GAG----------GACAATTTATCATCACAAT-TT-GCTGGTTCAAGATATC------AAAGTTAT-GTAACAGGTtg
gi|4 : catTTCAATCGGTAATGATTTG---AA-TATATT----T-TCCATGGAACTAAG--GCGTA---AGATTGGTGAAGATG-----AAGGTACATGATTGGTGAACATGAC------GT-G------AGTACT----C-ACA-A-G------AGA----G--TGAA-ATATATTGC-TAATGCA---A-GGGTCATAACT---------CTG-TATTTA-----T--TATAT-GACGTAACC-GATTCAA---T--A----ACATTTCCGA-GACAGTGT------GTTA-ATA----TA-C--TTTCTAAGGA---AGTTAAATAA--A-GATGAAA-----TGAAATGAAACGTGTGTTTGCTA--GAATACACACATG-GTC-A-AAT---AGAG-----------------CAACA-TTTG-----AC-TA---ACAA-GTTGCCATAA--CATT----A-ATG---ATCCCATTTGg
gi|5 : atTT-----CA-----ATGA-----TAAA-TA-CAC----GT-G--TTATAGTGAA----C-ACA-GTG-TGAA-ATA----G--AGTA-ATGT-GTAA-TAATACA---A-GGGCTTTAGCT---------CGGACATGTA-----T--TATCT-AA------TTGGTTCAGTTGATTA----ATTTGGCCGA-TATGGTAT------GAT-TGTA----TG-G--TTACTGTGTA---AGTTTGGTAA--T-TATCTAA-----TGA----ATAT-TGTCAATACTA--GTGTGAATACA-ATGTC-A-AAT---TGCATACTTTTAGAAGTTCTTTAATT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-G-GG-GATAAT
gi|6 : A-ATTT-TTGACTGAATCA---A-GGGCCATAACTAAAGGGATTCTGGT-CCTA-----T----CTT-GC------T-GGTTCTC---A--A----ACTCAAACTA-GTTATTTT------GGT-CATA--C-CC-A--TT-CTGTTTA---AATTTGATAA--A-GATCCAA-----GAA----AAGC-TACTCTTGTTATTGAGCAAACAC-----TC-A-ATT---ATTG-----------------CAATT-TT-G-----AC-TATGCTCAA-G-GGCCGTAA
gi|6 : AATT-TTTG-----ACTGAA--TCAA-G-GGCCATAACTAA--A-GGG-ATTCTGGTCCTATCTTGCTGGTTCTCA----AA-CTC-------AA-AC-T-A-GTTATTTTGGTCATA-CCCATTCTG-TTTAAATTTGATAAA-GATCCAA-----GAAAAGCTACTCTTGTTATTGAGCAAAC-----------------ACT-CA--------ATTATTGCAA-TTTTGACTATGCTCAAGGGCCGTAA---C--AATTGT-GATTCT-G--GT-C--CAAACTCGCTAATTATTGAACTTGACAA-AGATATTATTGCCGTACATAcaattgtgattctggtccaaactcgctaattattgaacttgacaaagatattattgccgtacata
gi|7 : AAGATT-----CA-----GTGA-----AAAA-CG-C------GT-GTGCTATAGTACA----C-TCA-A-AATCAA-ATA----A--CTTA-ATCT-TCTA-TTATTTG---G-GGATCATAACT---------CCAACATTTACTTTCC--AATTT-GG------C-AAATGAA---A--A----ACTCTTCCGA--ATATTTTC-----TCTATATAAGT-TA-A--CTAATGTGTA---AGTTTGGTGATGACGATCAAA-----ATA----A----TACGTGAGACA--GAGTGCATACA-AGGTC-A-ATT---TGTG-----------------CATTT-TCT
gi|8 : -G-TCAA-AGA----A--GACA-ATTT-TTGA-TAATGAACTTA-GGGCCATACCC---------CAGACATTTA-----A--AATT------------GGTT---------A----AC-----CAA-G-----TT------GCTACATG----------TTACTGCGTA---AGTTTGTTGA--A-GATCAAA-----TGA----AAAC-TGCAGATGATA--GAGTGCACAT----GTC-A-AAT---AATA-----------------CAA-C-TTTG-----AG-GAT--TTAA-A-GGTCATAAtatg
gi|9 : taggagacaacgaatATGCA---A-GAACCATACCT---------CAGACATT-A-----G--AAGTT-GA------T------AA---G--ATGATACT-AT---A-GATACAA--------GTATATA--T-TA-A--CTACTGTGTATTAAGTTTGGTGA--A-GATCAAAATTAATGA----AAAC-TGCTAGTGGTA--GAGTGCAT----A-ATT-ATAATGTCAACA-----------------CATTT-TTTGCTTTTGCTGAT--TCAAGG-GGCCATGACTC-TAA-C---ATT---A--CTATTTGatatggccttgtccaagt
gi|9 : tcA-GATACAA--GTATATATT-AACTACT--GTGTATTAAGTTTGGTGAAGATCAAAATTA-----ATGA-----AAAC-TG-CTA----GT-G--GTAGAGTGCATAATT-ATA-ATG-TCAACACATTTTT--TGC----TT-TTGC-TGATTCA---AGGGGCCATGACT---------CTAACA-TTA-----C--TATTT-G
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GGCAGAGGAGACGTAAACCCAGCAATTTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 2222222 333 11 1111 11111 555555555555555555555555555 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 222222222222222222222222 11111111 444444444444 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 1 22222 999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333333333333333333333 222 1111111 22222 11 1 11 333333 11 11111 11 2222222222 1 2222 55555555 22
lowQualScore : 77 1 5555555 000 33 0 5555 8 2 77 44444 000000000000000000000000000 3 444444 3 2 7777 2 2 1 2 0 444 2 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 555 55555 77777 9999999 1 999999 44 1 33 77777777 3 3 999999999999999999999999 0 3 22222222 555 3 3 111111111111 888 3 1 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 11 6 0 1 55555 444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 44 666 4 77 6 0 1 8888888888888888888888888 0 3 1 1 5 666 4444444 5 888 66 1 33333 0 8 33 0 8 3 11 1 1 33 0 777777 55 55 66666 7 88 2222222222 1 3 3333 3 22222222 77 1 1
lowQualScore : .. . ....... ... .. . .... . . .. ..... ........................... . ...... . . .... . . . . . ... . . .............................................................................................. ... ..... ..... ....... . ...... .. . .. ........ . . ........................ . . ........ ... . . ............ ... . . . ................................................... . .. . . . ..... ................................................... . .. ... . .. . . . ......................... . . . . . ... ....... . ... .. . ..... . . .. . . . .. . . .. . ...... .. .. ..... . .. .......... . . .... . ........ .. . .
lowQualScore : 55 0 5555555 777 88 8 8888 8 5 00 33333 111111111111111111111111111 6 999999 1 1 6666 9 9 2 9 1 444 4 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 000 44444 11111 7777777 4 999999 66 0 33 55555555 3 3 888888888888888888888888 4 3 22222222 222 6 6 111111111111 333 5 0 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 00 5 0 0 00000 777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33 999 0 99 4 1 1 2222222222222222222222222 8 7 1 9 9 222 8888888 0 888 99 0 33333 8 8 88 0 8 0 55 2 0 88 2 222222 88 22 00000 3 33 0000000000 0 3 3333 7 00000000 33 0 0
consensus : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTG--GTTACAT--AACTAAA--GCGTAANTTTGGTGAAGATCCA-----ATGA-----AAAC-TG-CA-----GT-G--CTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACT-CNGACATT----TA--C-----GAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GG-TATATA--C-TAN--T-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCA-----AATG-----AAAACTGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAATTCATNA-CAA-ATT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------ATA-C---TACTN-TGTAAGTTTGGCGAA-GATCNAA-----TGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGCAATAACTCCGA-NTT-AAT--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---T--TANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
Reference ( family-211 ) : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAA-GATATTA--GTTATAT--AACTANN--GCGTAAGTTTGGTGAAGATCCA-----ATGA-----AAAC-TG-C------GT-G--CTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--TGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACT-CNGACATT----TA--C-----GAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GG-TATATA--C-TAN--T-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCA-----AATG-----AAAACTGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAATTCATNA-CAA-ATT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------ATA-C---TACTN-TGTAAGTTTGGCGAA-GATCNAA-----TGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGCAATAACTCCGATNTT-AAT--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTATG-G---T--TANATAACTA-----TATGTNTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
gi|1 : ATTTAAT--GTTATGACTTGTCAAAAGATATTGTGGTTACAT--ACATAGA--ACCTAACTTTGATGAAGATCTA-----ATGA-----GAAC-TG-CC-----GTAG--TTTGAATGCAC-ACACG-G-TCAA-ATAG--TGCA-ATGT-TTGA-TGATTCA---AGGGTCATAACT-CTGACATT----TA--T-----GAT-TTTGA-T-G------GTTCAA--AA----ACATGTCCGAAGATATTCT------GG-TATATA--CCTAC--T-CATTGTGTA---CATTTGGTGA--A-CATCC-----ATTA-----TAATCTGCAGGTACTA--GATTGTATCCA-A-GTTGA-AAT---TAGG-----------------CAATC-TTTG-----AT-GAT--TCAA-G-GGCCATAATCCATCA-CAA-ATT---ATCCAATTTGACCACTG---A----AATCCC-------AAGATGT-T-GTTAC-------ACA-C---TACTGGTGTCAGTCGAGTGGG-GATCCAA-----TGAAAACT--------------GTGTGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGT--CTTTTTACAAT--TTAAGGGCAATTACTCTGATATTGAAT--C-AACGC-A--TGATTTAGACAGTTCAATAACTTGTCCTGATAT------ATTCTG-G---T--TACATAACCA-----CATGCATGGTGACGA--TCA-AATACACACTGTGGATACTCGAGTG--CAGAA-GAGGTCAAAATAATGCAAATCA--GACAATTCC--GGGCTATAACT--GACATTAATTATC-TAATACC-GCAAGTTCAAGAAATTAT------TGTTACTGTTACAGAACAACTGTCTA
gi|10 : tAGTACATTACA-ATG-TCAA-ATGG--TGCA-ATGC-CTGC-CGCTTCA---AGGGTCCTAATT-CAGA--------TA--A-----GCC-------C-A------GTTTAA--GA----ACTTGGCCGA-GACCTTAT------GG-TA-ATT--C-T---------TGTGTA---ta
gi|11 : tatttaACTCAGAAATT-AAT--T----GT-C--TGATTTAGGCAGTGAAAGAAATTGTCT-GAGAT------ATTCTG-G---T--TAAAT--CCAT----TATGTCTGGTGAAGGCTTTATAATG-----TATGGATTCTTCTGTG--CACATGCAA-T-AAAATAAAGCAcgagggtgtacaacataatctataagta
gi|12 : tTATAC--AGCTACT--GTGTAAGTTTGGTGAAGAT-AA-----ATGA-----AAAT-TA-CATACATGT-G--CCAGAGTGCAC-ACA-A-T-GCAA-AC------TA-ATTT-TTCA-TGATTGA---AGGACAGCAACT-CTGATACT----
gi|13 : taaaaCAA-GATATTATACTATAGA-TATATAA-C-TACAGT-AACTGCGTA---AGTTTGGTGA--A-TATCA-----AAAG-----AAAGCTAC-------A--GA-TAAACACA-ACGTC-A-AAT---AATG-----------------attccaa
gi|14 : ggcatttaaatttggttagtAA--AA----ACTTGTCCAA-GCTATGGT------TA-TATA-A--C-TAG--CCTACTATGTA---AGTTTGGTGG--G-CATCA-----AATG-----AAAGCTGTGAGTA-------------ACA----TC-A-TAT---AATG-----------------CAATC-TTTA-----TT-GAT--TCAA-G-GGC
gi|15 : AGAGGGGAC-A-A-A-G--CAATAGAA--GGCA-ATTT-TTGA-TAATGCA---AGGGCCATACCT-
gi|15 : AGC-----------------AAT-AG--------A--AG-GCAATTTTTGATAAT--GCAAGGGCCATACCTA-GTCTTT-AAT--CGA--GTAC--TG-------CAGTTAAAGagtctttaatcgagtactgcagttaaagttgccatctaaactgcatatttatt
gi|16 : agaggggacaa--------A-TAGTGC--CTTTTTATGTT--TCAAGGACAATAACTCCAAATTT-AAT--T-A---T-C--CGATTTGGACAGTTAAAGAAATTGTC-AGACCT------ATTATA-A---T--TAGATAACTA-----ttgccatctaaactgcatatttatt
gi|17 : aCC-AA--------A-TAAAGCAATTTCTGATTAT--TCAAGGGC-----CTTCCATCTA-AAT--T-A---T-CGGTGAT--GGCCAGTTTAAGAATTTATCA--AGAT------ACTATG-G---T--TActgt
gi|18 : gcacaaacggA--GTAATAT--AACTAAACTGC-CAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA----------------------------AGAGTGCAC-AC--A-G-TCA-----------A-ATTC-T--A-TGATTCA---AGAGTCGTTACT-CTGAC
gi|19 : atcttgaGACCATACCT-CAGACATC----TA--------AAT-TT-GGTC-A------GTT-------------------GA-GATGGTAT------AG--ATATA----TAA--T-TACTGTTTA---AGTATTGTGA--A-GGTCA-----AAC------AAAACTGCAGGTG
gi|2 : AAGAGCTA-----A-AA-----AAAC-TG-CAT----GT-G--CTAGTGTGTAC-ACA-GCA-TCGA-TAAA--CGCA--TTT-TTG--TGATTCA---AGGGCAATAACT-CGAACATT----AA----------------A-C-A------TTTCAA--GA----ACTTGTCCAA-GATATTTT------G------------------------TGTA---AGTGTGTTTA--A-AATCA-----ACTA-----AAAACTGCGTGTGCCA--GAAT--ACACA-ATATC-A-AAT---A-CA-----------------CAATTATTTG-----AT-GAA--CCAA-A-GGCCATACTTC-TGA-CAATATTT--ATTCGATTTGACCAGTT---ATAATAA-CTCTAATATAAAAAT-TATAGTTCT-------ATAAT---TACTT-TGTAAGTTTGGCAAA-TATCAAAATTAATGGAAACT--------------GTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACT-AA--------A-TAACACAACTCCTGACAGT--TCAGGAGCTATAACTC----TTT-AATACT-AA-GC-C--T-ATTTCACCAGTTCAGGAAATCATCAA-AGATTTCTTAATTATGTGCCTT--TTTGTAA--A-----TATGT----TGGAGA--TCA-AATGAAAACTGCGAGTAATAGAGTGAACATAC-TA--TCAAAAAAA---AA-ATATTAACAA-TCCAAGGGCCATAACTCCGATATTGATTATC-TGAT-TTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGGATATTATGGTGATATATTAACTGTGTAt
gi|20 : CAA-AACTCAGA-ATT-AAT--T----GT-T--TAATTTAGCCAGTCCAATA-CTTGTCGA-AGAT------TTTACA-G---T--TATATAACTA-----C-TGTTTGGTCAAaatgtt
gi|21 : acggacATGCA---AGGGTCATACCT-TGGACATT--------------G---TT-GA------------TCAG--------------CCAA-GATATT------------ATATG----TAA--T-TACTGTACA---AGTTTGATGA--A-GAAAA-----AATA-----AAAACtgt
gi|22 : TTTGA-GA--A-AATCA-----AATG-----AAATCTGCATGTGCTA--CAGTACA--------TT-A-AAC---GACT-----------------CCATT-TTTG-----CA-AAT--TCAA-G-
gi|23 : tAGTGCAT-GCACA-G-TCAA-ATATATTGCATATTT-TT-A-TGTTTCA---AGGGTCATAACT-CTAA-ATT----CATTC-----GAT-T
gi|24 : TACAC-ATA-A-GGTCAA-AAAG--TGCA-GTTT-TTGA-CAACTGA---AGGGCTATTACT-CTAACATT----
gi|25 : AA-AAAG--TACA-ATTT-TTAA-TATTTTA---AGGGTCATAACT-CTGACGTT----Tgatattccga
gi|3 : TTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTAG------GG-T--------------------GTATA---AGTTTAGTGA-------------------------------------TA--AAGTGCACA------TC-T-AAC---AATA-----------------CATTT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-A-GGCCATGA---ATTAGCA---TT---AACTGATTTAATCAGTT-------------C-------AAGAT-C-T-GGT-------------C---TGCTT-TGTAA-TTTGGCGAAAGATCAAG-----TGAAAACT--------------ACGAGT-----------------GCCGAGTGCATCATA-TAATGCAATTATTGATGAT--ACAAGGACAATAA-------------T--T-A--------TGATTTGGCCAGTTAAAAAA--TGTCCAAGGAT-------TTACA-A---T--TGTATAGCTAGTGAGTAAGTTTTGTGAAGA--TCA-AAGGCAAACTGTATTTGCTAGAGTG--TACAC-A---TC-AAATAACTCAA-TTTTTGACAATTCG--AGGACA----------ATTTATCATCACAAT-TT-GCTGGTTCAAGATATC------AAAGTTAT-GTAACAGGTtg
gi|4 : catTTCAATCGGTAATGATTTG---AA-TATATT----TTCCATGGAACTAAG--GCGTAAGATTGGTGAAGATGAAGGTACATGATTGGTGAACATGAC------GT-G------AGTACTC-ACA-A-G------AGAG--TGAA-ATATATTGC-TAATGCA---AGGGTCATAACT-CTG-TATT----TA--T-----TAT-AT-GA-C-GTAACCGATTCAA--TA----ACATTTCCGA-GACAGTGT------GT-TA-ATA----TAC--T-TTCTAAGGA---AGTTAAATAA--A-GATGA-----AATGAAATGAAACGTGTGTTTGCTA--GAATACACACATG-GTC-A-AAT---AGAG-----------------CAACA-TTTG-----AC-TA---ACAA-GTTGCCATAA--CATT----A-ATG---ATCCCATTTGg
gi|5 : atTTCA-----ATGA-----TAAA-TA-CAC----GT-G--TTATAGTGAAC-ACA-GTG-TGAA-ATAG--AGTA-ATGT-GTAA-TAATACA---AGGGCTTTAGCT-CGGACATG----TA--T-----TAT-CT-AA-TTG------GTTCAGTTGATTA-ATTTGGCCGA-TATGGTAT------GA-T-TGTA----TGG--T-TACTGTGTA---AGTTTGGTAA--T-TATCT-----AATG-----AATATTGTCAATACTA--GTGTGAATACA-ATGTC-A-AAT---TGCATACTTTTAGAAGTTCTTTAATT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-G-GG-GATAAT
gi|6 : A-ATTT-TTGACTGAATCA---AGGGCCATAACTAAAGGGATTCTGGTC--C-----TATCTT-GC-T-G------GTTCTC--AA----ACTCAAACTA-GTTATTTT------GG-T-CATA--C-CCA--T-T-CTGTTTA---AATTTGATAA--A-GATCC-----AAGA-----AAAGCTACTCTTGTTATTGAGCAAACAC-----TC-A-ATT---ATTG-----------------CAA-T-TTTG-----AC-TATGCTCAA-G-GGCCGTAA
gi|6 : AATT-TTTG-----ACTGAA--TCAA-G-GGCCATAACTAA--A-GGG-ATTCTGGTCCTATCTTGCTGGTTCTCA----AA-CTC-------AA-AC-T-A-GTTATTTTGGTCATA-CCCATTCTG-TTTAAATTTGATAAA-GATCCAA-----GAAAAGCTACTCTTGTTATTGAGCAAAC-----------------ACT-CA--------ATTATTGCAA-TTTTGACTATGCTCAAGGGCCGTAA---CAATTGT-GATTCT-G--GT-C--CAAACTCGCTAATTATTGAACTTGACAA-AGAT------ATTATT-G---CCGTACATAcaattgtgattctggtccaaactcgctaattattgaacttgacaaagatattattgccgtacata
gi|7 : AAGATTCA-----GTGA-----AAAA-CG-C------GT-GTGCTATAGTACAC-TCA-A-AATCAA-ATAA--CTTA-ATCT-TCTA-TTATTTG---GGGATCATAACT-CCAACATT----TA--CTTTCCAAT-TT-GG-C-A------AATGAA--AA----ACTCTTCCGA--ATATTTT------CTCTATATAAGT-TAA--C-TAATGTGTA---AGTTTGGTGATGACGATCA-----AA-------ATAA-TACGTGAGACA--GAGTGCATACA-AGGTC-A-ATT---TGTG-----------------CATTT-TCT
gi|8 : -G-TCAA-AGAA--GACA-ATTT-TTGA-TAATGAACTTAGGGCCATACCC-CAGACATT----TA--A-----AAT-T-------G------GTT------A----AC-----CAA-G-----TT------GC-TACAT-------G--T-TACTGCGTA---AGTTTGTTGA--A-GATCA-----AATG-----AAAACTGCAGATGATA--GAGTGCACAT----GTC-A-AAT---AATA-----------------CAA-C-TTTG-----AG-GAT--TTAA-A-GGTCATAAtatg
gi|9 : taggagacaacgaatATGCA---AGAACCATACCT-CAGACATT-----A--G-----AAG-TT-GA-T------------AA--GATGATACT-AT---A-GATACAA--------G-TATATA--T-TAA--C-TACTGTGTATTAAGTTTGGTGA--A-GATCAAAATTAATG-----AAAACTGCTAGTGGTA--GAGTGCAT----A-ATT-ATAATGTCAACA-----------------CATTT-TTTGCTTTTGCTGAT--TCAAGG-GGCCATGACTC-TAA-C---ATT---A--CTATTTGatatggccttgtccaagt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GGCAGAGGAGACGTAAACCCAGCAATTTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 2222 444 11 11111 11111 444444444444444 11111 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 22222 333333333333333333333333 11111111 33333333333333 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 1 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 555555555555555555555555555 222 1111111 11111 22222 11 1 11 333333 11 11111 11 2222222222 1 2222 55555555 22
lowQualScore : 77 1 4444 1 333 88 88888 1 0 66666 222222222222222 888 0 4 44444 3 2 000 3 3 0 3 0 444 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 444 33333 444444444444 0 5555 99 4 44 0 11 0 44444 3 3 444444444444444444444444 3 00000000 44 3 3 99999999999999 111 3 1 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 11 6 0 666666 444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 44 666 4 77 2222 2 222222222222222222222222222 2 3 1 1 5 666 4444444 1 00000 1 33333 0 9 33 0 8 3 11 1 1 33 0 777777 55 55 66666 7 88 2222222222 1 3 3333 3 22222222 77 1 1
lowQualScore : .. . .... . ... .. ..... . . ..... ............... ... . . ..... . . ... . . . . . ... .. ............................................................................................ . ... ..... ............ . .... .. . .. . .. . ..... . . ........................ . ........ .. . . .............. ... . . . ................................................... . .. . . ...... ................................................... . .. ... . .. .... . ........................... . . . . . ... ....... . ..... . ..... . . .. . . . .. . . .. . ...... .. .. ..... . .. .......... . . .... . ........ .. . .
lowQualScore : 55 0 0000 0 333 33 77777 0 7 77777 555555555555555 777 7 0 66666 3 2 999 1 1 2 1 7 777 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 777 88888 555555555555 7 7777 44 7 22 2 55 7 88888 1 1 111111111111111111111111 1 99999999 66 3 3 77777777777777 777 5 0 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 00 5 0 000000 777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33 999 0 99 1111 0 444444444444444444444444444 0 7 1 9 9 222 8888888 4 33333 0 33333 8 0 88 0 8 0 55 2 0 88 2 222222 88 22 00000 3 33 0000000000 0 3 3333 7 00000000 33 0 0
consensus : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTG-GGTTACAT--AACTAAA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCNCGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA--C-----GAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GG-TATATA--C-TAG--T-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNA-CAA-A-TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-AC---TACTN-TGTAAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGAT-TT-AAT--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
Reference ( family-211 ) : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTG--GTTACAT--AACTAAA--GCGTAANTTTGGTGAAGATCCA-----ATGA-----AAAC-TGCA-GT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA--C-----GAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GG-TATATA--C-TAN--T-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAATTCATNA-CAA-A-TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-AC---TACTN-TGTAAGTTTGGCGAA-GATC-----NAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGAN-TT-AAT--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
gi|1 : ATTTAAT--GTTATGACTTGTCAAAAGATATTGTGGTTACAT--ACATAGA--ACCTAACTTTGATGAAGATCTA-----ATGA-----GAAC-TGCC-GTAGTTTGAATGCAC-ACACG-G-TCAA-ATAG--TGCA-ATGT-TTGA-TGATTCA---AGGGTCATAACTCT-GACATT----TA--T-----GAT-TTTGA-T-G------GTTCAA--AA----ACATGTCCGAAGATATTCT------GG-TATATA--CCTAC--T-CATTGTGTA---CATTTGGTGA--A-CATCCAT-----TA-----TAATC----TGCAGGTACTA--GATTGTATCCA-A-GTTGA-AAT---TAGG-----------------CAATC-TTTG-----AT-GAT--TCAA-G-GGCCATAATCCATCA-CAA-A-TT---ATCCAATTTGACCACTG---A----AATCCC-------AAGATGT-T-GTTAC-------AC-AC---TACTGGTGTCAGTCGAGTGGG-GATC-----CAATGAAAACT--------------GTGTGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGT--CTTTTTACAAT--TTAAGGGC---AATTACT--CTGATATTGAAT--C-AACGC-A--TGATTTAGACAGTTCAATAACTTGTCCTGATAT------ATTCTG-G---TTACATAACCA-----CATGCATGGTGACGA--TCA-AATACACACTGTGGATACTCGAGTG--CAGAA-GAGGTCAAAATAATGCAAATCA--GACAATTCC--GGGCTATAACT--GACATTAATTATC-TAATACC-GCAAGTTCAAGAAATTAT------TGTTACTGTTACAGAACAACTGTCTA
gi|10 : tAGTACATTACA-ATG-TCAA-ATGG--TGCA-ATGC-CTGC-CGCTTCA---AGGGTCCTAATTCA-GA--------TA--A-----GCC-------C-A------GTTTAA--GA----ACTTGGCCGA-GACCTTAT------GG-TA-ATT--C-T---------TGTGTA---ta
gi|11 : tatttaACT--CAGAAATT-AAT--T----GT-C--TGATTTAGGCAGTGAAAGAAATTGTCT-GAGAT------ATTCTG-G---TTAAAT--CCAT----TATGTCTGGTGAAGGCTTTATAATG-----TATGGATTCTTCTGTG--CACATGCAA-T-AAAATAAAGCAcgagggtgtacaacataatctataagta
gi|12 : tATATA--C--AG--C-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GAT-AAA-----TG-----AAAATTACATACATGTGCCA--GAGTGCACACA-A-TGC-A-AAC------------------------TAATT-TTTC-----AT-GAT--TGAA-G-GACAGCAACTC
gi|13 : taaaCAA-GATATTATACTATAGA-TATATAA-C-TACAGT-AACTGCGTA---AGTTTGGTGA--A-TATCAAA-----AG-----AAAGC----TAC-------A--GA-TAAACACA-ACGTC-A-AAT---AATG-----------------tgatactattccaa
gi|14 : ggcatttaaatttggttagtAA--AA----ACTTGTCCAA-GCTATGGT------TA-TATA-A--C-TAG--CCTACTATGTA---AGTTTGGTGG--G-CATCAAA-----TG-----AAAGC----TGTGAGTA-------------ACA----TC-A-TAT---AATG-----------------CAATC-TTTA-----TT-GAT--TCAA-G-GGC
gi|15 : AGAGGGGAC-A-A-A-G--CAATAGAA--GGCA-ATTT-TTGA-TAATGCA---AGGGCCATACCT
gi|15 : AGC-----------------AAT-AG--------A--AG-GCAATTTTTGATAAT--GCAAGGGC---CATACCTAGTC--T-TT-AAT--CGA--GTAC--TG-------CAGTTAAAGagtctttaatcgagtactgcagttaaagttgccatctaaactgcatatttatt
gi|16 : agaggggacaa--------A-TAGTGC--CTTTTTATGTT--TCAAGGAC---AATAACT--CCAAA-TTTAAT--T-A---T-C--CGATTTGGACAGTTAAAGAAATTGTC-AGACCT------ATTATA-A---TTAGATAACTA-----ttgccatctaaactgcatatttatt
gi|17 : aCC-AA--------A-TAAAGCAATTTCTGATTAT--TCAAGGGC--------CT--TCCAT-CTAAAT--T-A---T-CGGTGA--TGGCCAGTTTAAGAATTTATCA--AGAT------ACTATG-G---TTActgt
gi|18 : gcacaaacggATCTTGAAGTAATAT--AACTAAACTGC-CAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA---------------------AGAGTGCAC-AC--A-G-TCA-----------A-ATTC-T--A-TGATTCA---AGAGTCGTTACTCT-GAC
gi|19 : GACCATACCTCA-GACATC----TA--------AAT-TT-GGTC-A------GTT-------------------GA-GATGGTAT------AG--ATATA----TAA--T-TACTGTTTA---AGTATTGTGA--A-GGTCAAA-----C------AAAAC----TGCAGGTG
gi|2 : AAGAGCTA-----A-AA-----AAAC-TGCATGT-GCTAGTGTGTAC-ACA-GCA-TCGA-TAAA--CGCA--TTT-TTG--TGATTCA---AGGGCAATAACTCG-AACATT----AA----------------A-C-A------TTTCAA--GA----ACTTGTCCAA-GATATTTT------G------------------------TGTA---AGTGTGTTTA--A-AATCAAC-----TA-----AAAAC----TGCGTGTGCCA--GAAT--ACACA-ATATC-A-AAT----ACA-----------------CAATTATTTG-----AT-GAA--CCAA-A-GGCCATACTTC-TGA-CAATATTT---ATTCGATTTGACCAGTT---ATAATAA-CTCTAATATAAAAAT-TATAGTTCT-------ATAAT---TACTT-TGTAAGTTTGGCAAA-TATCAAAATTAATGGAAACT--------------GTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACT-AA--------A-TAACACAACTCCTGACAGT--TCAGGAGC---TATAACT--C---T-TT-AATACTAA--GC-C--T-ATTTCACCAGTTCAGGAAATCATCAA-AGATTTCTTAATTATGTGCCTTTTTGTAA--A-----TATGT----TGGAGA--TCA-AATGAAAACTGCGAGTAATAGAGTGAACATAC-TA--TCAAAAAAA---AA-ATATTAACAA-TCCAAGGGCCATAACTCCGATATTGATTATC-TGAT-TTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGGATATTATGGTGATATATTAACTGTGTAt
gi|20 : C---AA-AACT--CAGAA-TT-AAT--T----GT-T--TAATTTAGCCAGTCCAATA-CTTGTCGA-AGAT------TTTACA-G---TTATATAACTA-----C-TGTTTGGTCAAaatgtt
gi|21 : acggacATGCA---AGGGTCATACCTTG-GACATT--------------G---TT-GA------------TCAG--------------CCAA-GATATT------------ATATG----TAA--T-TACTGTACA---AGTTTGATGA--A-GAAAAAA-----TA-----AAAAC----tgt
gi|22 : TTTGA-GA--A-AATCAAA-----TG-----AAATC----TGCATGTGCTA--CAGTACA--------TT-A-AAC---GACT-----------------CCATT-TTTG-----CA-AAT--TCAA-G-
gi|23 : tAGTGCAT-GCACA-G-TCAA-ATATATTGCATATTT-TT-A-TGTTTCA---AGGGTCATAACTCT-AA-ATT----CATTC-----GAT-T
gi|24 : TACAC-ATA-A-GGTCAA-AAAG--TGCA-GTTT-TTGA-CAACTGA---AGGGCTATTACTCT-AACATT----
gi|25 : AA-AAAG--TACA-ATTT-TTAA-TATTTTA---AGGGTCATAACTCT-GACGTT----Tgatattccga
gi|3 : TTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTAG------GG-T--------------------GTATA---AGTTTAGTGA-----------------------------------------TA--AAGTGCACA------TC-T-AAC---AATA-----------------CATTT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-A-GGCCATGA---ATTAGCA----TT---AACTGATTTAATCAGTT-------------C-------AAGAT-C-T-GGT-------------C---TGCTT-TGTAA-TTTGGCGAAAGATC-----AAGTGAAAACT--------------ACGAGT-----------------GCCGAGTGCATCATA-TAATGCAATTATTGATGAT--ACAAGGAC---AATAA---------------T--T-A--------TGATTTGGCCAGTTAAAAAA--TGTCCAAGGAT-------TTACA-A---TTGTATAGCTAGTGAGTAAGTTTTGTGAAGA--TCA-AAGGCAAACTGTATTTGCTAGAGTG--TACAC-A---TC-AAATAACTCAA-TTTTTGACAATTCG--AGGACA----------ATTTATCATCACAAT-TT-GCTGGTTCAAGATATC------AAAGTTAT-GTAACAGGTtg
gi|4 : catTTCAATCGGTAATGATTTG----AATATATT----TTCCATGGAACTAAG--GCGTAAGATTGGTGAAGATGAAGGTACATGATTGGTGAACATGAC-GT-G----AGTACTC-ACA-A-G------AGAG--TGAA-ATATATTGC-TAATGCA---AGGGTCATAACTCT-G-TATT----TA--T-----TAT-AT-GA-C-GTAACCGATTCAA--TA----ACATTTCCGA-GACAGTGT------GT-TA-ATA----TAC--T-TTCTAAGGA---AGTTAAATAA--A-GATGAAA-----TGAAATGAAACG----TGTGTTTGCTA--GAATACACACATG-GTC-A-AAT---AGAG-----------------CAACA-TTTG-----AC-TA---ACAA-GTTGCCATAA--CATT----A-A-TG---ATCCCATTTGg
gi|5 : atTTCA-----ATGA-----TAAA-TACACGT-GTTATAGTGAAC-ACA-GTG-TGAA-ATAG--AGTA-ATGT-GTAA-TAATACA---AGGGCTTTAGCTCG-GACATG----TA--T-----TAT-CT-AA-TTG------GTTCAGTTGATTA-ATTTGGCCGA-TATGGTAT------GA-T-TGTA----TGG--T-TACTGTGTA---AGTTTGGTAA--T-TATCTAA-----TG-----AATAT----TGTCAATACTA--GTGTGAATACA-ATGTC-A-AAT---TGCATACTTTTAGAAGTTCTTTAATT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-G-GG-GATAAT
gi|6 : A-ATTT-TTGACTGAATCA---AGGGCCATAACTAAAGGGATTCTGGTC--C-----TATCTT-GC-T-G------GTTCTC--AA----ACTCAAACTA-GTTATTTT------GG-T-CATA--C-CCA--T-T-CTGTTTA---AATTTGATAA--A-GATCCAA-----GA-----AAAGC----TACTCTTGTTATTGAGCAAACAC-----TC-A-ATT---ATTG-----------------CAATT-TT-G-----AC-TATGCTCAA-G-GGCCGTAA
gi|6 : AATT-TTTG-----ACTGAA--TCAA-G-GGCCATAACTAA--A-GGG-A-TTCTGGTCCTATCTTGCTGGTTCTCA----AA-CTC-------AA-AC-T-A-GTTATTTTGGTCAT-ACCCATTCTG-TTTAAATTTGATAAA-GATC-----CAAGAAAAGCTACTCTTGTTATTGAGCAAAC-----------------ACT-CA--------ATTATTGCAA-TTTTGACTATGCTCAAGGGCCGTAACAATT--GTGAT-T----C--T-G--GT-C--CAAACTCGCTAATTATTGAACTTGACAA-AGAT------ATTAcaattgtgattctggtccaaactcgctaattattgaacttgacaaagatattattgccgtacata
gi|7 : AAGATTCA-----GTGA-----AAAA-CGCGTGT-GCTATAGTACAC-TCA-A-AATCAA-ATAA--CTTA-ATCT-TCTA-TTATTTG---GGGATCATAACTCC-AACATT----TA--CTTTCCAAT-TT-GG-C-A------AATGAA--AA----ACTCTTCCGA--ATATTTT------CTCTATATAAGT-TAA--C-TAATGTGTA---AGTTTGGTGATGACGATCAAA------------ATAA-----TACGTGAGACA--GAGTGCATACA-AGGTC-A-ATT---TGTG-----------------CATTT-TCTttgccgtacata
gi|8 : -G-TCAA-AGAA--GACA-ATTT-TTGA-TAATGAACTTAGGGCCATACCCCA-GACATT----TA--A-----AAT-T-------G------GTT------A----AC-----CAA-G-----TT------GC-TACAT-------G--T-TACTGCGTA---AGTTTGTTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCAGATGATA--GAGTGCACAT----GTC-A-AAT---AATA-----------------CAA-C-TTTG-----AG-GAT--TTAA-A-GGTCATAAtatg
gi|9 : taggagacaacgaatATGCA---AGAACCATACCTCA-GACATT-----A--G-----AAG-TT-GA-T------------AA--GATGATACT-AT---A-GATACAA--------G-TATATA--T-TAA--C-TACTGTGTATTAAGTTTGGTGA--A-GATCAAAATTAATG-----AAAAC----TGCTAGTGGTA--GAGTGCAT----A-ATT-ATAATGTCAACA-----------------CATTT-TTTGCTTTTGCTGAT--TCAAGG-GGCCATGACTC-TAA-C---A-TT---A--CTATTTGatatggccttgtccaagt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GGCAGAGGAGACGTAAACCCAGCAATTTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 2222 333 11 22222222 11111 33333333333333 11111 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 22222 333333333333333333333333 11111111 333333333 111 88888888888888888888888888888888888888888888888 1 11 11 1 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 44444444444444444444444444444 222 1111111 11111 22222 11 1 11 333333 11 11111 11 2222222222 1 2222 55555555 22
lowQualScore : 77 1 4444 1 777 88 00000000 66666 00000000000000 888 0 4 44444 3 2 000 3 3 0 3 0 444 2 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 33333 444444444444 0 5555 99 4 44 0 11 0 44444 3 3 444444444444444444444444 3 00000000 44 3 3 3 222222222 888 3 1 2 77777777777777777777777777777777777777777777777 0 11 33 6 0 555555 444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 44 666 4 77 2222 2 77777777777777777777777777777 0 3 1 1 5 666 4444444 1 00000 1 33333 0 0 33 0 8 3 11 1 1 33 0 777777 55 55 66666 7 88 2222222222 1 3 3333 3 22222222 77 1 1
lowQualScore : .. . .... . ... .. ........ ..... .............. ... . . ..... . . ... . . . . . ... . . ............................................................................................ ... ..... ............ . .... .. . .. . .. . ..... . . ........................ . ........ .. . . . ......... ... . . . ............................................... . .. .. . . ...... ................................................... . .. ... . .. .... . ............................. . . . . . ... ....... . ..... . ..... . . .. . . . .. . . .. . ...... .. .. ..... . .. .......... . . .... . ........ .. . .
lowQualScore : 55 0 0000 0 555 33 33333333 77777 33333333333333 777 7 0 66666 3 2 999 1 1 2 1 7 777 5 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 88888 555555555555 7 7777 44 7 22 2 55 7 88888 1 1 111111111111111111111111 1 99999999 66 3 3 4 555555555 333 5 0 0 22222222222222222222222222222222222222222222222 0 00 88 5 0 222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33 999 0 99 1111 0 22222222222222222222222222222 8 7 1 9 9 222 8888888 4 33333 0 33333 8 8 88 0 8 0 55 2 0 88 2 222222 88 22 00000 3 33 0000000000 0 3 3333 7 00000000 33 0 0
consensus : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTGTGGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCACGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACT-CNGACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNACAA-ATT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------ATA-CT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGA-T-TT-AA-T--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
Reference ( family-211 ) : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTG-GGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCNCGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACT-CNGACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNACAA-ATT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------ATA-CT-ACTN-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGA-T-TT-AA-T--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
gi|1 : ATTTAAT--GTTATGACTTGTCAAAAGATATTGTGGTTACAT--ACATAGAA--CC-TAACTTTGATGAAGATCTA-----ATGA-----GAAC-TGC-CGTAGTTTGAATGCAC-ACACG-G-TCAA-ATAG--TGCA-ATGT-TTGA-TGATTCA---AGGGTCATAACT-CTGACATT----TA-----TGAT-TTTGA-T-G------GTTCAA--AA----ACATGTCCGAAGATATTCT------GGTA-TATA--CCTA--CT-CATTGTGTA---CATTTGGTGA--A-CATCCAT-----TA-----TAATC----TGCAGGTACTA--GATTGTATCCA-A-GTTGA-AAT---TAGG-----------------CAATC-TTTG-----AT-GAT--TCAA-G-GGCCATAATCCATCACAA-ATT---ATCCAATTTGACCACTG---A----AATCCC-------AAGATGT-T-GTTAC-------ACA-CT-ACTGGTGT--CAGTCGAGTGGG-GATC-----CAATGAAAACT--------------GTGTGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGT--CTTTTTACAAT--TTAAGGGC---AATTACT--CTGA-TATTGAA-T--C-AACGC-A--TGATTTAGACAGTTCAATAACTTGTCCTGATAT------ATTCTG-G---TTACATAACCA-----CATGCATGGTGACGA--TCA-AATACACACTGTGGATACTCGAGTG--CAGAA-GAGGTCAAAATAATGCAAATCA--GACAATTCC--GGGCTATAACT--GACATTAATTATC-TAATACC-GCAAGTTCAAGAAATTAT------TGTTACTGTTACAGAACAACTGTCTA
gi|10 : tAGTACATTACA-ATG-TCAA-ATGG--TGCA-ATGC-CTGC-CGCTTCA---AGGGTCCTAATT-CAGA--------TA-----AGCC-------C-A------GTTTAA--GA----ACTTGGCCGA-GACCTTAT------GGTA--ATT--C-T---------TGTGTA---ta
gi|11 : tattta-TT-AA-T--T----GT-C--TGATTTAGGCAGTGAAAGAAATTGTCT-GAGAT------ATTCTG-G---TTAAAT--CCAT----TATGTCTGGTGAAGGCTTTATAATG-----TATGGATTCTTCTGTG--CACATGCAA-T-AAAATAAAGCAcgagggtgtacaacataatctataagta
gi|12 : tactcagaaaA-TATA--C--A--GC-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GAT-AAA-----TG-----AAAATTACATACATGTGCCA--GAGTGCACACA-A-TGC-A-AAC------------------------TAATT-TTTC-----AT-GAT--TGAA-G-GACAGCAACTC
gi|13 : taaaCAA-GATATTATACTATAGATA-TATAA-C-TACAGT-AACTGCGTA---AGTTTGGTGA--A-TATCAAA-----AG-----AAAGC----TAC-------A--GA-TAAACACA-ACGTC-A-AAT---AATG-----------------tgatactattccaa
gi|14 : ggcatttaaatttggttagtAA--AA----ACTTGTCCAA-GCTATGGT------TATA-TA-A--C-TA--GCCTACTATGTA---AGTTTGGTGG--G-CATCAAA-----TG-----AAAGC----TGTGAGTA-------------ACA----TC-A-TAT---AATG-----------------CAATC-TTTA-----TT-GAT--TCAA-G-GGC
gi|15 : AGAGGGGAC-A-A-A-G--CAATAGAA--GGCA-ATTT-TTGA-TAATGCA---AGGGCCATACCT-
gi|15 : AGC-----------------AAT-AG--------A--AG-GCAATTTTTGATAAT--GCAAGGGC---CATACCTAGTC---T-TT-AA-T--CGA--GTAC--TG-------CAGTTAAAGagtctttaatcgagtactgcagttaaagttgccatctaaactgcatatttatt
gi|16 : agaggggacaa--------A-TAGTGC--CTTTTTATGTT--TCAAGGAC---AATAACT--CCAAAT-TT-AA-T--T-A---T-C--CGATTTGGACAGTTAAAGAAATTGTC-AGACCT------ATTATA-A---TTAGATAACTA-----ttgccatctaaactgcatatttatt
gi|17 : aCC-AA--------A-TAAAGCAATTTCTGATTAT--TCAAGGGC--------CT--TCCA-T-CT-AAAT--T-A---T-CGGTGAT--GGCCAGTTTAAGAATTTATCA--AGAT------ACTATG-G---TTActgt
gi|18 : gcacaaacggGTAATAT--AACTA-AACTGC-CAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA---------------------AGAGTGCAC-AC--A-G-TCA-----------A-ATTC-T--A-TGATTCA---AGAGTCGTTACT-CTGAC
gi|19 : atcttgaaGACCATACCT-CAGACATC----TA------AAT-TT-GGTC-A------GTT-------------------GA-GATGGTAT------AG-A-TATA----TA--AT-TACTGTTTA---AGTATTGTGA--A-GGTCAAA-----C------AAAAC----TGCAGGTG
gi|2 : AAGAGCTA-----A-AA-----AAAC-TGCATGT-GCTAGTGTGTAC-ACA-GCA-TCGA-TAAA--CGCA--TTT-TTG--TGATTCA---AGGGCAATAACT-CGAACATT----AA--------------A-C-A------TTTCAA--GA----ACTTGTCCAA-GATATTTT------G------------------------TGTA---AGTGTGTTTA--A-AATCAAC-----TA-----AAAAC----TGCGTGTGCCA--GAAT--ACACA-ATATC-A-AAT---A-CA-----------------CAATTATTTG-----AT-GAA--CCAA-A-GGCCATACTTC-TGACAATATTT--ATTCGATTTGACCAGTT---ATAATAA-CTCTAATATAAAAAT-TATAGTTCT-------ATAATT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCAAA-TATCAAAATTAATGGAAACT--------------GTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACT-AA--------A-TAACACAACTCCTGACAGT--TCAGGAGC---TATAACT--C----T-TT-AA-TACT-AA-GC-C--T-ATTTCACCAGTTCAGGAAATCATCAA-AGATTTCTTAATTATGTGCCTTTTTGTAA--A-----TATGTT----GGAGA--TCA-AATGAAAACTGCGAGTAATAGAGTGAACATAC-TA--TCAAAAAAA---AA-ATATTAACAA-TCCAAGGGCCATAACTCCGATATTGATTATC-TGAT-TTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGGATATTATGGTGATATATTAACTGTGTAt
gi|20 : C---AA-AACT--CAGA-A-TT-AA-T--T----GT-T--TAATTTAGCCAGTCCAATA-CTTGTCGA-AGAT------TTTACA-G---TTATATAACTA-----C-TGTTTGGTCAAaatgtt
gi|21 : acggacATGCA---AGGGTCATACCT-TGGACATT------------G---TT-GA------------TCAG--------------CCAA-GATATT-----------A-TATG----TA--AT-TACTGTACA---AGTTTGATGA--A-GAAAAAA-----TA-----AAAAC----tgt
gi|22 : TTTGA-GA--A-AATCAAA-----TG-----AAATC----TGCATGTGCTA--CAGTACA--------TT-A-AAC---GACT-----------------CCATT-TTTG-----CA-AAT--TCAA-G-
gi|23 : tAGTGCAT-GCACA-G-TCAA-ATATATTGCATATTT-TT-A-TGTTTCA---AGGGTCATAACT-CTAA-ATT----CATT---CGAT-T
gi|24 : TACAC-ATA-A-GGTCAA-AAAG--TGCA-GTTT-TTGA-CAACTGA---AGGGCTATTACT-CTAACATT----
gi|25 : AA-AAAG--TACA-ATTT-TTAA-TATTTTA---AGGGTCATAACT-CTGACGTT----Tgatattccga
gi|3 : TTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTAG------GGT---------------------GTATA---AGTTTAGTGA-----------------------------------------TA--AAGTGCACA------TC-T-AAC---AATA-----------------CATTT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-A-GGCCATGAAT--TAGCA---TT---AACTGATTTAATCAGTT-------------C-------AAGAT-C-T-GGT-------------CT-GCTT-TGT--AA-TTTGGCGAAAGATC-----AAGTGAAAACT--------------ACGAGT-----------------GCCGAGTGCATCATA-TAATGCAATTATTGATGAT--ACAAGGAC---AATAA-----------------T--T-A--------TGATTTGGCCAGTTAAAAAA--TGTCCAAGGAT-------TTACA-A---TTGTATAGCTAGTGAGTAAGTTTTGTGAAGA--TCA-AAGGCAAACTGTATTTGCTAGAGTG--TACAC-A---TC-AAATAACTCAA-TTTTTGACAATTCG--AGGACA----------ATTTATCATCACAAT-TT-GCTGGTTCAAGATATC------AAAGTTAT-GTAACAGGTtg
gi|4 : catTTCAATCGGTAATGATTTG----AATATATT----TTCCATGGAACTA-AG--GCGTAAGATTGGTGAAGATGAAGGTACATGATTGGTGAACATG-ACGT-G----AGTACTC-ACA-A-G------AGAG--TGAA-ATATATTGC-TAATGCA---AGGGTCATAACT-CTG-TATT----TA-----TTAT-AT-GA-C-GTAACCGATTCAA--TA----ACATTTCCGA-GACAGTGT------GTTAATATA--C-T----T-T-CTAAGGA---AGTTAAATAA--A-GATGAAA-----TGAAATGAAACG----TGTGTTTGCTA--GAATACACACATG-GTC-A-AAT---AGAG-----------------CAACA-TTTG-----AC-TA---ACAA-GTTGCCATAA--CATT---A-ATG---ATCCCATTTGg
gi|5 : atTTCA-----ATGA-----TAAA-TACACGT-GTTATAGTGAAC-ACA-GTG-TGAA-ATAG--AGTA-ATGT-GTAA-TAATACA---AGGGCTTTAGCT-CGGACATG----TA-----TTAT-CT-AA-TTG------GTTCAGTTGATTA-ATTTGGCCGA-TATGGTAT------GAT--TGTA----TG--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTAA--T-TATCTAA-----TG-----AATAT----TGTCAATACTA--GTGTGAATACA-ATGTC-A-AAT---TGCATACTTTTAGAAGTTCTTTAATT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-G-GG
gi|6 : A-ATTT-TTGACTGAATCA---AGGGCCATAACTAAAGGGATTCTGGTC-----CTATCTT-GC-T-G------GTTCTC--AA----ACTCAAACTA-GTTATTTT------GGT--CATA--C-CC--AT-T-CTGTTTA---AATTTGATAA--A-GATCCAA-----GA-----AAAGC----TACTCTTGTTATTGAGCAAACAC-----TC-A-ATT---ATTG-----------------CAA-T-TTTG-----AC-TATGCTCAA-G-GGCCGTAACgataat
gi|6 : AATT-TTTG-----ACTGAA--TCAA-G-GGCCATAACTAA--AGGG-ATTCTGGTCCTATCTTGCTGGTTCTCA----AA-CTC-------AA-AC-T-A-GTTATTTTGGTCATA-CCCATTC-TGTTTAAATTTGATAAA-GATC-----CAAGAAAAGCTACTCTTGTTATTGAGCAAAC-----------------ACT-CA--------ATTATTGCAA-TTTTGACTATGCTCAAGGGCCGTAACAATT--GTGA-T-T-----C--T-G--GT-C--CAAACTCGCTAATTATTGAACTTGACAA-AGAT------ATTAaattgtgattctggtccaaactcgctaattattgaacttgacaaagatattattgccgtacata
gi|7 : AAGATTCA-----GTGA-----AAAA-CGCGTGT-GCTATAGTACAC-TCA-A-AATCAA-ATAA--CTTA-ATCT-TCTA-TTATTTG---GGGATCATAACT-CCAACATT----TACTTTCCAAT-TT-GG-C-A------AATGAA--AA----ACTCTTCCGA--ATATTTTC-----TCTA-TATAAGT-TA--AC-TAATGTGTA---AGTTTGGTGATGACGATCAAA------------ATAA-----TACGTGAGACA--GAGTGCATACA-AGGTC-A-ATT---TGTG-----------------CATTT-TCTttgccgtacata
gi|8 : -G-TCAA-AGAA--GACA-ATTT-TTGA-TAATGAACTTAGGGCCATACCC-CAGACATT----TA-----AAAT-T-------G------GTT------A----AC-----CAA-G-----TT------GCTA-CAT---------GT-TACTGCGTA---AGTTTGTTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCAGATGATA--GAGTGCACAT----GTC-A-AAT---AATA-----------------CAA-C-TTTG-----AG-GAT--TTAA-A-GGTCATAAtatg
gi|9 : taggagacaacgaatATGCA---AGAACCATACCT-CAGACATT-----A-----GAAG-TT-GA-T------------AA--GATGATACT-AT---A-GATACAA--------GTA-TATA--T-TA--AC-TACTGTGTATTAAGTTTGGTGA--A-GATCAAAATTAATG-----AAAAC----TGCTAGTGGTA--GAGTGCAT----A-ATT-ATAATGTCAACA-----------------CATTT-TTTGCTTTTGCTGAT--TCAAGG-GGCCATGACTC-TAAC---ATT---A--CTATTTGatatggccttgtccaagt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GGCAGAGGAGACGTAAACCCAGCAATTTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 2222 111 11 22222222 11111 22222222222222 11111 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 22222 333333333333333333333333 11111111 33333333333 111 9999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 11 1 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 44444444444444444444444444444 222 1111111 11111 22222 11 1 11 333333 11 11111 11 2222222222 1 2222 55555555 22
lowQualScore : 77 1 4444 1 888 88 00000000 66666 66666666666666 888 0 4 44444 3 2 000 3 3 0 3 0 444 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 33333 444444444444 0 5555 99 4 44 0 11 0 44444 3 3 444444444444444444444444 3 00000000 44 3 3 1 22222222222 111 3 1 2 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 33 6 0 555555 444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 44 666 4 77 2222 2 77777777777777777777777777777 0 3 1 1 5 666 4444444 1 00000 1 33333 0 9 33 0 8 3 11 1 1 33 0 777777 55 55 66666 7 88 2222222222 1 3 3333 3 22222222 77 1 1
lowQualScore : .. . .... . ... .. ........ ..... .............. ... . . ..... . . ... . . . . . ... .. ............................................................................................ ... ..... ............ . .... .. . .. . .. . ..... . . ........................ . ........ .. . . . ........... ... . . . .............................................. . .. .. . . ...... ................................................... . .. ... . .. .... . ............................. . . . . . ... ....... . ..... . ..... . . .. . . . .. . . .. . ...... .. .. ..... . .. .......... . . .... . ........ .. . .
lowQualScore : 55 0 0000 0 000 33 33333333 77777 22222222222222 777 7 0 66666 3 2 999 1 1 2 1 7 777 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 88888 555555555555 7 7777 44 7 22 2 55 7 88888 1 1 111111111111111111111111 1 99999999 66 3 3 4 33333333333 777 5 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222 0 88 88 5 0 222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33 999 0 99 1111 0 22222222222222222222222222222 8 7 1 9 9 222 8888888 4 33333 0 33333 8 0 88 0 8 0 55 2 0 88 2 222222 88 22 00000 3 33 0000000000 0 3 3333 7 00000000 33 0 0
consensus : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTG-GGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCACGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNACAA-A-TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGA-T-TT-AA-T--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
Reference ( family-211 ) : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTGTGGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCACGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNACAA-A-TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGA-T-TT-AA-T--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
gi|1 : ATTTAAT--GTTATGACTTGTCAAAAGATATTGTGGTTACAT--ACATAGAA--CC-TAACTTTGATGAAGATCTA-----ATGA-----GAAC-TGC-CGTAGTTTGAATGCAC-ACACG-G-TCAA-ATAG--TGCA-ATGT-TTGA-TGATTCA---AGGGTCATAACTCT-GACATT----TA-----TGAT-TTTGA-T-G------GTTCAA--AA----ACATGTCCGAAGATATTCT------GGTA-TATA--CCTA--CT-CATTGTGTA---CATTTGGTGA--A-CATCCAT-----TA-----TAATC----TGCAGGTACTA--GATTGTATCCA-A-GTTGA-AAT---TAGG-----------------CAATC-TTTG-----AT-GAT--TCAA-G-GGCCATAATCCATCACAA-A-TT---ATCCAATTTGACCACTG---A----AATCCC-------AAGATGT-T-GTTAC-------AC-ACT-ACTGGTGT--CAGTCGAGTGGG-GATC-----CAATGAAAACT--------------GTGTGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGT--CTTTTTACAAT--TTAAGGGC---AATTACT--CTGA-TATTGAA-T--C-AACGC-A--TGATTTAGACAGTTCAATAACTTGTCCTGATAT------ATTCTG-G---TTACATAACCA-----CATGCATGGTGACGA--TCA-AATACACACTGTGGATACTCGAGTG--CAGAA-GAGGTCAAAATAATGCAAATCA--GACAATTCC--GGGCTATAACT--GACATTAATTATC-TAATACC-GCAAGTTCAAGAAATTAT------TGTTACTGTTACAGAACAACTGTCTA
gi|10 : tAGTACATTACA-ATG-TCAA-ATGG--TGCA-ATGC-CTGC-CGCTTCA---AGGGTCCTAATTCA-GA--------TA-----AGCC-------C-A------GTTTAA--GA----ACTTGGCCGA-GACCTTAT------GGTA--ATT--C-T---------TGTGTA---ta
gi|11 : tattta-TT-AA-T--T----GT-C--TGATTTAGGCAGTGAAAGAAATTGTCT-GAGAT------ATTCTG-G---TTAAAT--CCAT----TATGTCTGGTGAAGGCTTTATAATG-----TATGGATTCTTCTGTG--CACATGCAA-T-AAAATAAAGCAcgagggtgtacaacataatctataagta
gi|12 : tactcagaaaA-TATA--C--A--GC-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GAT-AAA-----TG-----AAAATTACATACATGTGCCA--GAGTGCACACA-A-TGC-A-AAC------------------------TAATT-TTTC-----AT-GAT--TGAA-G-GACAGCAACTC
gi|13 : taaaCAA-GATATTATACTATAGATA-TATAA-C-TACAGT-AACTGCGTA---AGTTTGGTGA--A-TATCAAA-----AG-----AAAGC----TAC-------A--GA-TAAACACA-ACGTC-A-AAT---AATG-----------------tgatactattccaa
gi|14 : ggcatttaaatttggttagtAA--AA----ACTTGTCCAA-GCTATGGT------TATA-TA-A--C-TA--GCCTACTATGTA---AGTTTGGTGG--G-CATCAAA-----TG-----AAAGC----TGTGAGTA-------------ACA----TC-A-TAT---AATG-----------------CAATC-TTTA-----TT-GAT--TCAA-G-GGC
gi|15 : AGAGGGGAC-A-A-A-G--CAATAGAA--GGCA-ATTT-TTGA-TAATGCA---AGGGCCATACCT
gi|15 : AGC-----------------AAT-AG--------A--AG-GCAATTTTTGATAAT--GCAAGGGC---CATACCTAGTC---T-TT-AA-T--CGA--GTAC--TG-------CAGTTAAAGagtctttaatcgagtactgcagttaaagttgccatctaaactgcatatttatt
gi|16 : agaggggacaa--------A-TAGTGC--CTTTTTATGTT--TCAAGGAC---AATAACT--CCAAAT-TT-AA-T--T-A---T-C--CGATTTGGACAGTTAAAGAAATTGTC-AGACCT------ATTATA-A---TTAGATAACTA-----ttgccatctaaactgcatatttatt
gi|17 : aCC-AA--------A-TAAAGCAATTTCTGATTAT--TCAAGGGC--------CT--TCCA-T-CT-AAAT--T-A---T-CGGTGAT--GGCCAGTTTAAGAATTTATCA--AGAT------ACTATG-G---TTActgt
gi|18 : gcacaaacggATCTTGAAGTAATAT--AACTA-AACTGC-CAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA---------------------AGAGTGCAC-AC--A-G-TCA-----------A-ATTC-T--A-TGATTCA---AGAGTCGTTACTCT-GAC
gi|19 : GACCATACCTCA-GACATC----TA------AAT-TT-GGTC-A------GTT-------------------GA-GATGGTAT------AG-A-TATA----TA--AT-TACTGTTTA---AGTATTGTGA--A-GGTCAAA-----C------AAAAC----TGCAGGTG
gi|2 : AAGAGCTA-----A-AA-----AAAC-TGCATGT-GCTAGTGTGTAC-ACA-GCA-TCGA-TAAA--CGCA--TTT-TTG--TGATTCA---AGGGCAATAACTCG-AACATT----AA--------------A-C-A------TTTCAA--GA----ACTTGTCCAA-GATATTTT------G------------------------TGTA---AGTGTGTTTA--A-AATCAAC-----TA-----AAAAC----TGCGTGTGCCA--GAAT--ACACA-ATATC-A-AAT----ACA-----------------CAATTATTTG-----AT-GAA--CCAA-A-GGCCAT-ACTTCTGACAATATTT---ATTCGATTTGACCAGTT---ATAATAA-CTCTAATATAAAAAT-TATAGTTCT-------ATAATT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCAAA-TATCAAAATTAATGGAAACT--------------GTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACT-AA--------A-TAACACAACTCCTGACAGT--TCAGGAGC---TATAACT--C----T-TT-AA-TACTAA--GC-C--T-ATTTCACCAGTTCAGGAAATCATCAA-AGATTTCTTAATTATGTGCCTTTTTGTAA--A-----TATGT----TGGAGA--TCA-AATGAAAACTGCGAGTAATAGAGTGAACATAC-TA--TCAAAAAAA---AA-ATATTAACAA-TCCAAGGGCCATAACTCCGATATTGATTATC-TGAT-TTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGGATATTATGGTGATATATTAACTGTGTAt
gi|20 : C---AA-AACT--CAGA-A-TT-AA-T--T----GT-T--TAATTTAGCCAGTCCAATA-CTTGTCGA-AGAT------TTTACA-G---TTATATAACTA-----C-TGTTTGGTCAAaatgtt
gi|21 : acggacATGCA---AGGGTCATACCTTG-GACATT------------G---TT-GA------------TCAG--------------CCAA-GATATT-----------A-TATG----TA--AT-TACTGTACA---AGTTTGATGA--A-GAAAAAA-----TA-----AAAAC----tgt
gi|22 : TTTGA-GA--A-AATCAAA-----TG-----AAATC----TGCATGTGCTA--CAGTACA--------TT-A-AAC---GACT-----------------CCATT-TTTG-----CA-AAT--TCAA-G-
gi|23 : tAGTGCAT-GCACA-G-TCAA-ATATATTGCATATTT-TT-A-TGTTTCA---AGGGTCATAACTCT-AA-ATT----CATT---CGAT-T
gi|24 : TACAC-ATA-A-GGTCAA-AAAG--TGCA-GTTT-TTGA-CAACTGA---AGGGCTATTACTCT-AACATT----
gi|25 : AA-AAAG--TACA-ATTT-TTAA-TATTTTA---AGGGTCATAACTCT-GACGTT----Tgatattccga
gi|3 : TTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTAG------GGT---------------------GTATA---AGTTTAGTGA-----------------------------------------TA--AAGTGCACA------TC-T-AAC---AATA-----------------CATTT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-A-GGCCATGAAT--TAGCA----TT---AACTGATTTAATCAGTT-------------C-------AAGAT-C-T-GGT-------------CT-GCTT-TGT--AA-TTTGGCGAAAGATC-----AAGTGAAAACT--------------ACGAGT-----------------GCCGAGTGCATCATA-TAATGCAATTATTGATGAT--ACAAGGAC---AATAA-----------------T--T-A--------TGATTTGGCCAGTTAAAAAA--TGTCCAAGGAT-------TTACA-A---TTGTATAGCTAGTGAGTAAGTTTTGTGAAGA--TCA-AAGGCAAACTGTATTTGCTAGAGTG--TACAC-A---TC-AAATAACTCAA-TTTTTGACAATTCG--AGGACA----------ATTTATCATCACAAT-TT-GCTGGTTCAAGATATC------AAAGTTAT-GTAACAGGTtg
gi|4 : catTTCAATCGGTAATGATTTG----AATATATT----TTCCATGGAACTA-AG--GCGTAAGATTGGTGAAGATGAAGGTACATGATTGGTGAACATG-ACGT-G----AGTACTC-ACA-A-G------AGAG--TGAA-ATATATTGC-TAATGCA---AGGGTCATAACTCT-G-TATT----TA-----TTAT-AT-GA-C-GTAACCGATTCAA--TA----ACATTTCCGA-GACAGTGT------GTTAATATA--C-T----T-T-CTAAGGA---AGTTAAATAA--A-GATGAAA-----TGAAATGAAACG----TGTGTTTGCTA--GAATACACACATG-GTC-A-AAT---AGAG-----------------CAACA-TTTG-----AC-TA---ACAA-GTTGCCATAA--CATT---A-A-TG---ATCCCATTTGg
gi|5 : atTTCA-----ATGA-----TAAA-TACACGT-GTTATAGTGAAC-ACA-GTG-TGAA-ATAG--AGTA-ATGT-GTAA-TAATACA---AGGGCTTTAGCTCG-GACATG----TA-----TTAT-CT-AA-TTG------GTTCAGTTGATTA-ATTTGGCCGA-TATGGTAT------GAT--TGTA----TG--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTAA--T-TATCTAA-----TG-----AATAT----TGTCAATACTA--GTGTGAATACA-ATGTC-A-AAT---TGCATACTTTTAGAAGTTCTTTAATT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-G-GG
gi|6 : A-ATTT-TTGACTGAATCA---AGGGCCATAACTAAAGGGATTCTGGTC-----CTATCTT-GC-T-G------GTTCTC--AA----ACTCAAACTA-GTTATTTT------GGT--CATA--C-CC--AT-T-CTGTTTA---AATTTGATAA--A-GATCCAA-----GA-----AAAGC----TACTCTTGTTATTGAGCAAACAC-----TC-A-ATT---ATTG-----------------CAATT-TT-G-----AC-TATGCTCAA-G-GGCCGTAACgataat
gi|6 : AATT-TTTG-----ACTGAA--TCAA-G-GGCCATAACTAA--AGGG-A-TTCTGGTCCTATCTTGCTGGTTCTCA----AA-CTC-------AA-AC-T-A-GTTATTTTGGTCAT-ACCCATTC-TGTTTAAATTTGATAAA-GATC-----CAAGAAAAGCTACTCTTGTTATTGAGCAAAC-----------------ACT-CA--------ATTATTGCAA-TTTTGACTATGCTCAAGGGCCGTAACAATT--GTGA-T-T-----C--T-G--GT-C--CAAACTCGCTAATTATTGAACTTGACAA-AGAT------ATTAaattgtgattctggtccaaactcgctaattattgaacttgacaaagatattattgccgtacata
gi|7 : AAGATTCA-----GTGA-----AAAA-CGCGTGT-GCTATAGTACAC-TCA-A-AATCAA-ATAA--CTTA-ATCT-TCTA-TTATTTG---GGGATCATAACTCC-AACATT----TACTTTCCAAT-TT-GG-C-A------AATGAA--AA----ACTCTTCCGA--ATATTTTC-----TCTA-TATAAGT-TA--AC-TAATGTGTA---AGTTTGGTGATGACGATCAAA------------ATAA-----TACGTGAGACA--GAGTGCATACA-AGGTC-A-ATT---TGTG-----------------CATTT-TCTttgccgtacata
gi|8 : -G-TCAA-AGAA--GACA-ATTT-TTGA-TAATGAACTTAGGGCCATACCCCA-GACATT----TA-----AAAT-T-------G------GTT------A----AC-----CAA-G-----TT------GCTA-CAT---------GT-TACTGCGTA---AGTTTGTTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCAGATGATA--GAGTGCACAT----GTC-A-AAT---AATA-----------------CAA-C-TTTG-----AG-GAT--TTAA-A-GGTCATAAtatg
gi|9 : taggagacaacgaatATGCA---AGAACCATACCTCA-GACATT-----A-----GAAG-TT-GA-T------------AA--GATGATACT-AT---A-GATACAA--------GTA-TATA--T-TA--AC-TACTGTGTATTAAGTTTGGTGA--A-GATCAAAATTAATG-----AAAAC----TGCTAGTGGTA--GAGTGCAT----A-ATT-ATAATGTCAACA-----------------CATTT-TTTGCTTTTGCTGAT--TCAAGG-GGCCATGACTC-TAAC---A-TT---A--CTATTTGatatggccttgtccaagt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GGCAGAGGAGACGTAAACCCAGCAATTTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 2222 333 11 22222222 11111 22222222222222 11111 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 22222 333333333333333333333333 11111111 33333333333 111 9999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 11 1 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 44444444444444444444444444444 222 1111111 11111 22222 11 1 11 333333 11 11111 11 2222222222 1 2222 55555555 22
lowQualScore : 77 1 4444 1 777 88 00000000 66666 66666666666666 888 0 4 44444 3 2 000 3 3 0 3 0 444 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 33333 444444444444 0 5555 99 4 44 0 11 0 44444 3 3 444444444444444444444444 3 00000000 44 3 3 1 22222222222 111 3 1 2 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 33 6 0 555555 444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 44 666 4 77 2222 2 77777777777777777777777777777 0 3 1 1 5 666 4444444 1 00000 1 33333 0 9 33 0 8 3 11 1 1 33 0 777777 55 55 66666 7 88 2222222222 1 3 3333 3 22222222 77 1 1
lowQualScore : .. . .... . ... .. ........ ..... .............. ... . . ..... . . ... . . . . . ... .. ............................................................................................ ... ..... ............ . .... .. . .. . .. . ..... . . ........................ . ........ .. . . . ........... ... . . . .............................................. . .. .. . . ...... ................................................... . .. ... . .. .... . ............................. . . . . . ... ....... . ..... . ..... . . .. . . . .. . . .. . ...... .. .. ..... . .. .......... . . .... . ........ .. . .
lowQualScore : 55 0 0000 0 555 33 33333333 77777 22222222222222 777 7 0 66666 3 2 999 1 1 2 1 7 777 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 88888 555555555555 7 7777 44 7 22 2 55 7 88888 1 1 111111111111111111111111 1 99999999 66 3 3 4 33333333333 777 5 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222 0 88 88 5 0 222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33 999 0 99 1111 0 22222222222222222222222222222 8 7 1 9 9 222 8888888 4 33333 0 33333 8 0 88 0 8 0 55 2 0 88 2 222222 88 22 00000 3 33 0000000000 0 3 3333 7 00000000 33 0 0
consensus : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTGTGGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCACGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNACAA-A-TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGA-T-TT-AA-T--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
Reference ( family-211 ) : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTG-GGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCACGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNACAA-A-TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGA-T-TT-AA-T--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
gi|1 : ATTTAAT--GTTATGACTTGTCAAAAGATATTGTGGTTACAT--ACATAGAA--CC-TAACTTTGATGAAGATCTA-----ATGA-----GAAC-TGC-CGTAGTTTGAATGCAC-ACACG-G-TCAA-ATAG--TGCA-ATGT-TTGA-TGATTCA---AGGGTCATAACTCT-GACATT----TA-----TGAT-TTTGA-T-G------GTTCAA--AA----ACATGTCCGAAGATATTCT------GGTA-TATA--CCTA--CT-CATTGTGTA---CATTTGGTGA--A-CATCCAT-----TA-----TAATC----TGCAGGTACTA--GATTGTATCCA-A-GTTGA-AAT---TAGG-----------------CAATC-TTTG-----AT-GAT--TCAA-G-GGCCATAATCCATCACAA-A-TT---ATCCAATTTGACCACTG---A----AATCCC-------AAGATGT-T-GTTAC-------AC-ACT-ACTGGTGT--CAGTCGAGTGGG-GATC-----CAATGAAAACT--------------GTGTGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGT--CTTTTTACAAT--TTAAGGGC---AATTACT--CTGA-TATTGAA-T--C-AACGC-A--TGATTTAGACAGTTCAATAACTTGTCCTGATAT------ATTCTG-G---TTACATAACCA-----CATGCATGGTGACGA--TCA-AATACACACTGTGGATACTCGAGTG--CAGAA-GAGGTCAAAATAATGCAAATCA--GACAATTCC--GGGCTATAACT--GACATTAATTATC-TAATACC-GCAAGTTCAAGAAATTAT------TGTTACTGTTACAGAACAACTGTCTA
gi|10 : tAGTACATTACA-ATG-TCAA-ATGG--TGCA-ATGC-CTGC-CGCTTCA---AGGGTCCTAATTCA-GA--------TA-----AGCC-------C-A------GTTTAA--GA----ACTTGGCCGA-GACCTTAT------GGTA--ATT--C-T---------TGTGTA---ta
gi|11 : tattta-TT-AA-T--T----GT-C--TGATTTAGGCAGTGAAAGAAATTGTCT-GAGAT------ATTCTG-G---TTAAAT--CCAT----TATGTCTGGTGAAGGCTTTATAATG-----TATGGATTCTTCTGTG--CACATGCAA-T-AAAATAAAGCAcgagggtgtacaacataatctataagta
gi|12 : tactcagaaaA-TATA--C--A--GC-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GAT-AAA-----TG-----AAAATTACATACATGTGCCA--GAGTGCACACA-A-TGC-A-AAC------------------------TAATT-TTTC-----AT-GAT--TGAA-G-GACAGCAACTC
gi|13 : taaaCAA-GATATTATACTATAGATA-TATAA-C-TACAGT-AACTGCGTA---AGTTTGGTGA--A-TATCAAA-----AG-----AAAGC----TAC-------A--GA-TAAACACA-ACGTC-A-AAT---AATG-----------------tgatactattccaa
gi|14 : ggcatttaaatttggttagtAA--AA----ACTTGTCCAA-GCTATGGT------TATA-TA-A--C-TA--GCCTACTATGTA---AGTTTGGTGG--G-CATCAAA-----TG-----AAAGC----TGTGAGTA-------------ACA----TC-A-TAT---AATG-----------------CAATC-TTTA-----TT-GAT--TCAA-G-GGC
gi|15 : AGAGGGGAC-A-A-A-G--CAATAGAA--GGCA-ATTT-TTGA-TAATGCA---AGGGCCATACCT
gi|15 : AGC-----------------AAT-AG--------A--AG-GCAATTTTTGATAAT--GCAAGGGC---CATACCTAGTC---T-TT-AA-T--CGA--GTAC--TG-------CAGTTAAAGagtctttaatcgagtactgcagttaaagttgccatctaaactgcatatttatt
gi|16 : agaggggacaa--------A-TAGTGC--CTTTTTATGTT--TCAAGGAC---AATAACT--CCAAAT-TT-AA-T--T-A---T-C--CGATTTGGACAGTTAAAGAAATTGTC-AGACCT------ATTATA-A---TTAGATAACTA-----ttgccatctaaactgcatatttatt
gi|17 : aCC-AA--------A-TAAAGCAATTTCTGATTAT--TCAAGGGC--------CT--TCCA-T-CT-AAAT--T-A---T-CGGTGAT--GGCCAGTTTAAGAATTTATCA--AGAT------ACTATG-G---TTActgt
gi|18 : gcacaaacggGTAATAT--AACTA-AACTGC-CAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA---------------------AGAGTGCAC-AC--A-G-TCA-----------A-ATTC-T--A-TGATTCA---AGAGTCGTTACTCT-GAC
gi|19 : atcttgaaGACCATACCTCA-GACATC----TA------AAT-TT-GGTC-A------GTT-------------------GA-GATGGTAT------AG-A-TATA----TA--AT-TACTGTTTA---AGTATTGTGA--A-GGTCAAA-----C------AAAAC----TGCAGGTG
gi|2 : AAGAGCTA-----A-AA-----AAAC-TGCATGT-GCTAGTGTGTAC-ACA-GCA-TCGA-TAAA--CGCA--TTT-TTG--TGATTCA---AGGGCAATAACTCG-AACATT----AA--------------A-C-A------TTTCAA--GA----ACTTGTCCAA-GATATTTT------G------------------------TGTA---AGTGTGTTTA--A-AATCAAC-----TA-----AAAAC----TGCGTGTGCCA--GAAT--ACACA-ATATC-A-AAT----ACA-----------------CAATTATTTG-----AT-GAA--CCAA-A-GGCCAT-ACTTCTGACAATATTT---ATTCGATTTGACCAGTT---ATAATAA-CTCTAATATAAAAAT-TATAGTTCT-------ATAATT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCAAA-TATCAAAATTAATGGAAACT--------------GTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACT-AA--------A-TAACACAACTCCTGACAGT--TCAGGAGC---TATAACT--C----T-TT-AA-TACTAA--GC-C--T-ATTTCACCAGTTCAGGAAATCATCAA-AGATTTCTTAATTATGTGCCTTTTTGTAA--A-----TATGT----TGGAGA--TCA-AATGAAAACTGCGAGTAATAGAGTGAACATAC-TA--TCAAAAAAA---AA-ATATTAACAA-TCCAAGGGCCATAACTCCGATATTGATTATC-TGAT-TTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGGATATTATGGTGATATATTAACTGTGTAt
gi|20 : C---AA-AACT--CAGA-A-TT-AA-T--T----GT-T--TAATTTAGCCAGTCCAATA-CTTGTCGA-AGAT------TTTACA-G---TTATATAACTA-----C-TGTTTGGTCAAaatgtt
gi|21 : acggacATGCA---AGGGTCATACCTTG-GACATT------------G---TT-GA------------TCAG--------------CCAA-GATATT-----------A-TATG----TA--AT-TACTGTACA---AGTTTGATGA--A-GAAAAAA-----TA-----AAAAC----tgt
gi|22 : TTTGA-GA--A-AATCAAA-----TG-----AAATC----TGCATGTGCTA--CAGTACA--------TT-A-AAC---GACT-----------------CCATT-TTTG-----CA-AAT--TCAA-G-
gi|23 : tAGTGCAT-GCACA-G-TCAA-ATATATTGCATATTT-TT-A-TGTTTCA---AGGGTCATAACTCT-AA-ATT----CATT---CGAT-T
gi|24 : TACAC-ATA-A-GGTCAA-AAAG--TGCA-GTTT-TTGA-CAACTGA---AGGGCTATTACTCT-AACATT----
gi|25 : AA-AAAG--TACA-ATTT-TTAA-TATTTTA---AGGGTCATAACTCT-GACGTT----Tgatattccga
gi|3 : TTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTAG------GGT---------------------GTATA---AGTTTAGTGA-----------------------------------------TA--AAGTGCACA------TC-T-AAC---AATA-----------------CATTT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-A-GGCCATGAAT--TAGCA----TT---AACTGATTTAATCAGTT-------------C-------AAGAT-C-T-GGT-------------CT-GCTT-TGT--AA-TTTGGCGAAAGATC-----AAGTGAAAACT--------------ACGAGT-----------------GCCGAGTGCATCATA-TAATGCAATTATTGATGAT--ACAAGGAC---AATAA-----------------T--T-A--------TGATTTGGCCAGTTAAAAAA--TGTCCAAGGAT-------TTACA-A---TTGTATAGCTAGTGAGTAAGTTTTGTGAAGA--TCA-AAGGCAAACTGTATTTGCTAGAGTG--TACAC-A---TC-AAATAACTCAA-TTTTTGACAATTCG--AGGACA----------ATTTATCATCACAAT-TT-GCTGGTTCAAGATATC------AAAGTTAT-GTAACAGGTtg
gi|4 : catTTCAATCGGTAATGATTTG----AATATATT----TTCCATGGAACTA-AG--GCGTAAGATTGGTGAAGATGAAGGTACATGATTGGTGAACATG-ACGT-G----AGTACTC-ACA-A-G------AGAG--TGAA-ATATATTGC-TAATGCA---AGGGTCATAACTCT-G-TATT----TA-----TTAT-AT-GA-C-GTAACCGATTCAA--TA----ACATTTCCGA-GACAGTGT------GTTAATATA--C-T----T-T-CTAAGGA---AGTTAAATAA--A-GATGAAA-----TGAAATGAAACG----TGTGTTTGCTA--GAATACACACATG-GTC-A-AAT---AGAG-----------------CAACA-TTTG-----AC-TA---ACAA-GTTGCCATAA--CATT---A-A-TG---ATCCCATTTGg
gi|5 : atTTCA-----ATGA-----TAAA-TACACGT-GTTATAGTGAAC-ACA-GTG-TGAA-ATAG--AGTA-ATGT-GTAA-TAATACA---AGGGCTTTAGCTCG-GACATG----TA-----TTAT-CT-AA-TTG------GTTCAGTTGATTA-ATTTGGCCGA-TATGGTAT------GAT--TGTA----TG--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTAA--T-TATCTAA-----TG-----AATAT----TGTCAATACTA--GTGTGAATACA-ATGTC-A-AAT---TGCATACTTTTAGAAGTTCTTTAATT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-G-GG
gi|6 : A-ATTT-TTGACTGAATCA---AGGGCCATAACTAAAGGGATTCTGGTC-----CTATCTT-GC-T-G------GTTCTC--AA----ACTCAAACTA-GTTATTTT------GGT--CATA--C-CC--AT-T-CTGTTTA---AATTTGATAA--A-GATCCAA-----GA-----AAAGC----TACTCTTGTTATTGAGCAAACAC-----TC-A-ATT---ATTG-----------------CAATT-TT-G-----AC-TATGCTCAA-G-GGCCGTAACgataat
gi|6 : AATT-TTTG-----ACTGAA--TCAA-G-GGCCATAACTAA--AGGG-A-TTCTGGTCCTATCTTGCTGGTTCTCA----AA-CTC-------AA-AC-T-A-GTTATTTTGGTCAT-ACCCATTC-TGTTTAAATTTGATAAA-GATC-----CAAGAAAAGCTACTCTTGTTATTGAGCAAAC-----------------ACT-CA--------ATTATTGCAA-TTTTGACTATGCTCAAGGGCCGTAACAATT--GTGA-T-T-----C--T-G--GT-C--CAAACTCGCTAATTATTGAACTTGACAA-AGAT------ATTAaattgtgattctggtccaaactcgctaattattgaacttgacaaagatattattgccgtacata
gi|7 : AAGATTCA-----GTGA-----AAAA-CGCGTGT-GCTATAGTACAC-TCA-A-AATCAA-ATAA--CTTA-ATCT-TCTA-TTATTTG---GGGATCATAACTCC-AACATT----TACTTTCCAAT-TT-GG-C-A------AATGAA--AA----ACTCTTCCGA--ATATTTTC-----TCTA-TATAAGT-TA--AC-TAATGTGTA---AGTTTGGTGATGACGATCAAA------------ATAA-----TACGTGAGACA--GAGTGCATACA-AGGTC-A-ATT---TGTG-----------------CATTT-TCTttgccgtacata
gi|8 : -G-TCAA-AGAA--GACA-ATTT-TTGA-TAATGAACTTAGGGCCATACCCCA-GACATT----TA-----AAAT-T-------G------GTT------A----AC-----CAA-G-----TT------GCTA-CAT---------GT-TACTGCGTA---AGTTTGTTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCAGATGATA--GAGTGCACAT----GTC-A-AAT---AATA-----------------CAA-C-TTTG-----AG-GAT--TTAA-A-GGTCATAAtatg
gi|9 : taggagacaacgaatATGCA---AGAACCATACCTCA-GACATT-----A-----GAAG-TT-GA-T------------AA--GATGATACT-AT---A-GATACAA--------GTA-TATA--T-TA--AC-TACTGTGTATTAAGTTTGGTGA--A-GATCAAAATTAATG-----AAAAC----TGCTAGTGGTA--GAGTGCAT----A-ATT-ATAATGTCAACA-----------------CATTT-TTTGCTTTTGCTGAT--TCAAGG-GGCCATGACTC-TAAC---A-TT---A--CTATTTGatatggccttgtccaagt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GGCAGAGGAGACGTAAACCCAGCAATTTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 2222 111 11 22222222 11111 22222222222222 11111 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 22222 333333333333333333333333 11111111 33333333333 111 9999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 11 1 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 44444444444444444444444444444 222 1111111 11111 22222 11 1 11 333333 11 11111 11 2222222222 1 2222 55555555 22
lowQualScore : 77 1 4444 1 888 88 00000000 66666 66666666666666 888 0 4 44444 3 2 000 3 3 0 3 0 444 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 33333 444444444444 0 5555 99 4 44 0 11 0 44444 3 3 444444444444444444444444 3 00000000 44 3 3 1 22222222222 111 3 1 2 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 33 6 0 555555 444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 44 666 4 77 2222 2 77777777777777777777777777777 0 3 1 1 5 666 4444444 1 00000 1 33333 0 9 33 0 8 3 11 1 1 33 0 777777 55 55 66666 7 88 2222222222 1 3 3333 3 22222222 77 1 1
lowQualScore : .. . .... . ... .. ........ ..... .............. ... . . ..... . . ... . . . . . ... .. ............................................................................................ ... ..... ............ . .... .. . .. . .. . ..... . . ........................ . ........ .. . . . ........... ... . . . .............................................. . .. .. . . ...... ................................................... . .. ... . .. .... . ............................. . . . . . ... ....... . ..... . ..... . . .. . . . .. . . .. . ...... .. .. ..... . .. .......... . . .... . ........ .. . .
lowQualScore : 55 0 0000 0 000 33 33333333 77777 22222222222222 777 7 0 66666 3 2 999 1 1 2 1 7 777 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 88888 555555555555 7 7777 44 7 22 2 55 7 88888 1 1 111111111111111111111111 1 99999999 66 3 3 4 33333333333 777 5 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222 0 88 88 5 0 222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33 999 0 99 1111 0 22222222222222222222222222222 8 7 1 9 9 222 8888888 4 33333 0 33333 8 0 88 0 8 0 55 2 0 88 2 222222 88 22 00000 3 33 0000000000 0 3 3333 7 00000000 33 0 0
consensus : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTG-GGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCACGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNACAA-A-TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGA-T-TT-AA-T--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
Reference ( family-211 ) : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTGTGGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCACGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNACAA-A-TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGA-T-TT-AA-T--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
gi|1 : ATTTAAT--GTTATGACTTGTCAAAAGATATTGTGGTTACAT--ACATAGAA--CC-TAACTTTGATGAAGATCTA-----ATGA-----GAAC-TGC-CGTAGTTTGAATGCAC-ACACG-G-TCAA-ATAG--TGCA-ATGT-TTGA-TGATTCA---AGGGTCATAACTCT-GACATT----TA-----TGAT-TTTGA-T-G------GTTCAA--AA----ACATGTCCGAAGATATTCT------GGTA-TATA--CCTA--CT-CATTGTGTA---CATTTGGTGA--A-CATCCAT-----TA-----TAATC----TGCAGGTACTA--GATTGTATCCA-A-GTTGA-AAT---TAGG-----------------CAATC-TTTG-----AT-GAT--TCAA-G-GGCCATAATCCATCACAA-A-TT---ATCCAATTTGACCACTG---A----AATCCC-------AAGATGT-T-GTTAC-------AC-ACT-ACTGGTGT--CAGTCGAGTGGG-GATC-----CAATGAAAACT--------------GTGTGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGT--CTTTTTACAAT--TTAAGGGC---AATTACT--CTGA-TATTGAA-T--C-AACGC-A--TGATTTAGACAGTTCAATAACTTGTCCTGATAT------ATTCTG-G---TTACATAACCA-----CATGCATGGTGACGA--TCA-AATACACACTGTGGATACTCGAGTG--CAGAA-GAGGTCAAAATAATGCAAATCA--GACAATTCC--GGGCTATAACT--GACATTAATTATC-TAATACC-GCAAGTTCAAGAAATTAT------TGTTACTGTTACAGAACAACTGTCTA
gi|10 : tAGTACATTACA-ATG-TCAA-ATGG--TGCA-ATGC-CTGC-CGCTTCA---AGGGTCCTAATTCA-GA--------TA-----AGCC-------C-A------GTTTAA--GA----ACTTGGCCGA-GACCTTAT------GGTA--ATT--C-T---------TGTGTA---ta
gi|11 : tattta-TT-AA-T--T----GT-C--TGATTTAGGCAGTGAAAGAAATTGTCT-GAGAT------ATTCTG-G---TTAAAT--CCAT----TATGTCTGGTGAAGGCTTTATAATG-----TATGGATTCTTCTGTG--CACATGCAA-T-AAAATAAAGCAcgagggtgtacaacataatctataagta
gi|12 : tactcagaaaA-TATA--C--A--GC-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GAT-AAA-----TG-----AAAATTACATACATGTGCCA--GAGTGCACACA-A-TGC-A-AAC------------------------TAATT-TTTC-----AT-GAT--TGAA-G-GACAGCAACTC
gi|13 : taaaCAA-GATATTATACTATAGATA-TATAA-C-TACAGT-AACTGCGTA---AGTTTGGTGA--A-TATCAAA-----AG-----AAAGC----TAC-------A--GA-TAAACACA-ACGTC-A-AAT---AATG-----------------tgatactattccaa
gi|14 : ggcatttaaatttggttagtAA--AA----ACTTGTCCAA-GCTATGGT------TATA-TA-A--C-TA--GCCTACTATGTA---AGTTTGGTGG--G-CATCAAA-----TG-----AAAGC----TGTGAGTA-------------ACA----TC-A-TAT---AATG-----------------CAATC-TTTA-----TT-GAT--TCAA-G-GGC
gi|15 : AGAGGGGAC-A-A-A-G--CAATAGAA--GGCA-ATTT-TTGA-TAATGCA---AGGGCCATACCT
gi|15 : AGC-----------------AAT-AG--------A--AG-GCAATTTTTGATAAT--GCAAGGGC---CATACCTAGTC---T-TT-AA-T--CGA--GTAC--TG-------CAGTTAAAGagtctttaatcgagtactgcagttaaagttgccatctaaactgcatatttatt
gi|16 : agaggggacaa--------A-TAGTGC--CTTTTTATGTT--TCAAGGAC---AATAACT--CCAAAT-TT-AA-T--T-A---T-C--CGATTTGGACAGTTAAAGAAATTGTC-AGACCT------ATTATA-A---TTAGATAACTA-----ttgccatctaaactgcatatttatt
gi|17 : aCC-AA--------A-TAAAGCAATTTCTGATTAT--TCAAGGGC--------CT--TCCA-T-CT-AAAT--T-A---T-CGGTGAT--GGCCAGTTTAAGAATTTATCA--AGAT------ACTATG-G---TTActgt
gi|18 : gcacaaacggATCTTGAAGTAATAT--AACTA-AACTGC-CAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA---------------------AGAGTGCAC-AC--A-G-TCA-----------A-ATTC-T--A-TGATTCA---AGAGTCGTTACTCT-GAC
gi|19 : GACCATACCTCA-GACATC----TA------AAT-TT-GGTC-A------GTT-------------------GA-GATGGTAT------AG-A-TATA----TA--AT-TACTGTTTA---AGTATTGTGA--A-GGTCAAA-----C------AAAAC----TGCAGGTG
gi|2 : AAGAGCTA-----A-AA-----AAAC-TGCATGT-GCTAGTGTGTAC-ACA-GCA-TCGA-TAAA--CGCA--TTT-TTG--TGATTCA---AGGGCAATAACTCG-AACATT----AA--------------A-C-A------TTTCAA--GA----ACTTGTCCAA-GATATTTT------G------------------------TGTA---AGTGTGTTTA--A-AATCAAC-----TA-----AAAAC----TGCGTGTGCCA--GAAT--ACACA-ATATC-A-AAT----ACA-----------------CAATTATTTG-----AT-GAA--CCAA-A-GGCCAT-ACTTCTGACAATATTT---ATTCGATTTGACCAGTT---ATAATAA-CTCTAATATAAAAAT-TATAGTTCT-------ATAATT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCAAA-TATCAAAATTAATGGAAACT--------------GTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACT-AA--------A-TAACACAACTCCTGACAGT--TCAGGAGC---TATAACT--C----T-TT-AA-TACTAA--GC-C--T-ATTTCACCAGTTCAGGAAATCATCAA-AGATTTCTTAATTATGTGCCTTTTTGTAA--A-----TATGT----TGGAGA--TCA-AATGAAAACTGCGAGTAATAGAGTGAACATAC-TA--TCAAAAAAA---AA-ATATTAACAA-TCCAAGGGCCATAACTCCGATATTGATTATC-TGAT-TTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGGATATTATGGTGATATATTAACTGTGTAt
gi|20 : C---AA-AACT--CAGA-A-TT-AA-T--T----GT-T--TAATTTAGCCAGTCCAATA-CTTGTCGA-AGAT------TTTACA-G---TTATATAACTA-----C-TGTTTGGTCAAaatgtt
gi|21 : acggacATGCA---AGGGTCATACCTTG-GACATT------------G---TT-GA------------TCAG--------------CCAA-GATATT-----------A-TATG----TA--AT-TACTGTACA---AGTTTGATGA--A-GAAAAAA-----TA-----AAAAC----tgt
gi|22 : TTTGA-GA--A-AATCAAA-----TG-----AAATC----TGCATGTGCTA--CAGTACA--------TT-A-AAC---GACT-----------------CCATT-TTTG-----CA-AAT--TCAA-G-
gi|23 : tAGTGCAT-GCACA-G-TCAA-ATATATTGCATATTT-TT-A-TGTTTCA---AGGGTCATAACTCT-AA-ATT----CATT---CGAT-T
gi|24 : TACAC-ATA-A-GGTCAA-AAAG--TGCA-GTTT-TTGA-CAACTGA---AGGGCTATTACTCT-AACATT----
gi|25 : AA-AAAG--TACA-ATTT-TTAA-TATTTTA---AGGGTCATAACTCT-GACGTT----Tgatattccga
gi|3 : TTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTAG------GGT---------------------GTATA---AGTTTAGTGA-----------------------------------------TA--AAGTGCACA------TC-T-AAC---AATA-----------------CATTT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-A-GGCCATGAAT--TAGCA----TT---AACTGATTTAATCAGTT-------------C-------AAGAT-C-T-GGT-------------CT-GCTT-TGT--AA-TTTGGCGAAAGATC-----AAGTGAAAACT--------------ACGAGT-----------------GCCGAGTGCATCATA-TAATGCAATTATTGATGAT--ACAAGGAC---AATAA-----------------T--T-A--------TGATTTGGCCAGTTAAAAAA--TGTCCAAGGAT-------TTACA-A---TTGTATAGCTAGTGAGTAAGTTTTGTGAAGA--TCA-AAGGCAAACTGTATTTGCTAGAGTG--TACAC-A---TC-AAATAACTCAA-TTTTTGACAATTCG--AGGACA----------ATTTATCATCACAAT-TT-GCTGGTTCAAGATATC------AAAGTTAT-GTAACAGGTtg
gi|4 : catTTCAATCGGTAATGATTTG----AATATATT----TTCCATGGAACTA-AG--GCGTAAGATTGGTGAAGATGAAGGTACATGATTGGTGAACATG-ACGT-G----AGTACTC-ACA-A-G------AGAG--TGAA-ATATATTGC-TAATGCA---AGGGTCATAACTCT-G-TATT----TA-----TTAT-AT-GA-C-GTAACCGATTCAA--TA----ACATTTCCGA-GACAGTGT------GTTAATATA--C-T----T-T-CTAAGGA---AGTTAAATAA--A-GATGAAA-----TGAAATGAAACG----TGTGTTTGCTA--GAATACACACATG-GTC-A-AAT---AGAG-----------------CAACA-TTTG-----AC-TA---ACAA-GTTGCCATAA--CATT---A-A-TG---ATCCCATTTGg
gi|5 : atTTCA-----ATGA-----TAAA-TACACGT-GTTATAGTGAAC-ACA-GTG-TGAA-ATAG--AGTA-ATGT-GTAA-TAATACA---AGGGCTTTAGCTCG-GACATG----TA-----TTAT-CT-AA-TTG------GTTCAGTTGATTA-ATTTGGCCGA-TATGGTAT------GAT--TGTA----TG--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTAA--T-TATCTAA-----TG-----AATAT----TGTCAATACTA--GTGTGAATACA-ATGTC-A-AAT---TGCATACTTTTAGAAGTTCTTTAATT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-G-GG
gi|6 : A-ATTT-TTGACTGAATCA---AGGGCCATAACTAAAGGGATTCTGGTC-----CTATCTT-GC-T-G------GTTCTC--AA----ACTCAAACTA-GTTATTTT------GGT--CATA--C-CC--AT-T-CTGTTTA---AATTTGATAA--A-GATCCAA-----GA-----AAAGC----TACTCTTGTTATTGAGCAAACAC-----TC-A-ATT---ATTG-----------------CAATT-TT-G-----AC-TATGCTCAA-G-GGCCGTAACgataat
gi|6 : AATT-TTTG-----ACTGAA--TCAA-G-GGCCATAACTAA--AGGG-A-TTCTGGTCCTATCTTGCTGGTTCTCA----AA-CTC-------AA-AC-T-A-GTTATTTTGGTCAT-ACCCATTC-TGTTTAAATTTGATAAA-GATC-----CAAGAAAAGCTACTCTTGTTATTGAGCAAAC-----------------ACT-CA--------ATTATTGCAA-TTTTGACTATGCTCAAGGGCCGTAACAATT--GTGA-T-T-----C--T-G--GT-C--CAAACTCGCTAATTATTGAACTTGACAA-AGAT------ATTAaattgtgattctggtccaaactcgctaattattgaacttgacaaagatattattgccgtacata
gi|7 : AAGATTCA-----GTGA-----AAAA-CGCGTGT-GCTATAGTACAC-TCA-A-AATCAA-ATAA--CTTA-ATCT-TCTA-TTATTTG---GGGATCATAACTCC-AACATT----TACTTTCCAAT-TT-GG-C-A------AATGAA--AA----ACTCTTCCGA--ATATTTTC-----TCTA-TATAAGT-TA--AC-TAATGTGTA---AGTTTGGTGATGACGATCAAA------------ATAA-----TACGTGAGACA--GAGTGCATACA-AGGTC-A-ATT---TGTG-----------------CATTT-TCTttgccgtacata
gi|8 : -G-TCAA-AGAA--GACA-ATTT-TTGA-TAATGAACTTAGGGCCATACCCCA-GACATT----TA-----AAAT-T-------G------GTT------A----AC-----CAA-G-----TT------GCTA-CAT---------GT-TACTGCGTA---AGTTTGTTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCAGATGATA--GAGTGCACAT----GTC-A-AAT---AATA-----------------CAA-C-TTTG-----AG-GAT--TTAA-A-GGTCATAAtatg
gi|9 : taggagacaacgaatATGCA---AGAACCATACCTCA-GACATT-----A-----GAAG-TT-GA-T------------AA--GATGATACT-AT---A-GATACAA--------GTA-TATA--T-TA--AC-TACTGTGTATTAAGTTTGGTGA--A-GATCAAAATTAATG-----AAAAC----TGCTAGTGGTA--GAGTGCAT----A-ATT-ATAATGTCAACA-----------------CATTT-TTTGCTTTTGCTGAT--TCAAGG-GGCCATGACTC-TAAC---A-TT---A--CTATTTGatatggccttgtccaagt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GGCAGAGGAGACGTAAACCCAGCAATTTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 2222 333 11 22222222 11111 22222222222222 11111 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 22222 333333333333333333333333 11111111 33333333333 111 9999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 11 1 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 44444444444444444444444444444 222 1111111 11111 22222 11 1 11 333333 11 11111 11 2222222222 1 2222 55555555 22
lowQualScore : 77 1 4444 1 777 88 00000000 66666 66666666666666 888 0 4 44444 3 2 000 3 3 0 3 0 444 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 33333 444444444444 0 5555 99 4 44 0 11 0 44444 3 3 444444444444444444444444 3 00000000 44 3 3 1 22222222222 111 3 1 2 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 33 6 0 555555 444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 44 666 4 77 2222 2 77777777777777777777777777777 0 3 1 1 5 666 4444444 1 00000 1 33333 0 9 33 0 8 3 11 1 1 33 0 777777 55 55 66666 7 88 2222222222 1 3 3333 3 22222222 77 1 1
lowQualScore : .. . .... . ... .. ........ ..... .............. ... . . ..... . . ... . . . . . ... .. ............................................................................................ ... ..... ............ . .... .. . .. . .. . ..... . . ........................ . ........ .. . . . ........... ... . . . .............................................. . .. .. . . ...... ................................................... . .. ... . .. .... . ............................. . . . . . ... ....... . ..... . ..... . . .. . . . .. . . .. . ...... .. .. ..... . .. .......... . . .... . ........ .. . .
lowQualScore : 55 0 0000 0 555 33 33333333 77777 22222222222222 777 7 0 66666 3 2 999 1 1 2 1 7 777 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 88888 555555555555 7 7777 44 7 22 2 55 7 88888 1 1 111111111111111111111111 1 99999999 66 3 3 4 33333333333 777 5 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222 0 88 88 5 0 222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33 999 0 99 1111 0 22222222222222222222222222222 8 7 1 9 9 222 8888888 4 33333 0 33333 8 0 88 0 8 0 55 2 0 88 2 222222 88 22 00000 3 33 0000000000 0 3 3333 7 00000000 33 0 0
consensus : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTGTGGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCACGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNACAA-A-TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGA-T-TT-AA-T--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
Reference ( family-211 ) : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTG-GGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCACGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNACAA-A-TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGA-T-TT-AA-T--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
gi|1 : ATTTAAT--GTTATGACTTGTCAAAAGATATTGTGGTTACAT--ACATAGAA--CC-TAACTTTGATGAAGATCTA-----ATGA-----GAAC-TGC-CGTAGTTTGAATGCAC-ACACG-G-TCAA-ATAG--TGCA-ATGT-TTGA-TGATTCA---AGGGTCATAACTCT-GACATT----TA-----TGAT-TTTGA-T-G------GTTCAA--AA----ACATGTCCGAAGATATTCT------GGTA-TATA--CCTA--CT-CATTGTGTA---CATTTGGTGA--A-CATCCAT-----TA-----TAATC----TGCAGGTACTA--GATTGTATCCA-A-GTTGA-AAT---TAGG-----------------CAATC-TTTG-----AT-GAT--TCAA-G-GGCCATAATCCATCACAA-A-TT---ATCCAATTTGACCACTG---A----AATCCC-------AAGATGT-T-GTTAC-------AC-ACT-ACTGGTGT--CAGTCGAGTGGG-GATC-----CAATGAAAACT--------------GTGTGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGT--CTTTTTACAAT--TTAAGGGC---AATTACT--CTGA-TATTGAA-T--C-AACGC-A--TGATTTAGACAGTTCAATAACTTGTCCTGATAT------ATTCTG-G---TTACATAACCA-----CATGCATGGTGACGA--TCA-AATACACACTGTGGATACTCGAGTG--CAGAA-GAGGTCAAAATAATGCAAATCA--GACAATTCC--GGGCTATAACT--GACATTAATTATC-TAATACC-GCAAGTTCAAGAAATTAT------TGTTACTGTTACAGAACAACTGTCTA
gi|10 : tAGTACATTACA-ATG-TCAA-ATGG--TGCA-ATGC-CTGC-CGCTTCA---AGGGTCCTAATTCA-GA--------TA-----AGCC-------C-A------GTTTAA--GA----ACTTGGCCGA-GACCTTAT------GGTA--ATT--C-T---------TGTGTA---ta
gi|11 : tattta-TT-AA-T--T----GT-C--TGATTTAGGCAGTGAAAGAAATTGTCT-GAGAT------ATTCTG-G---TTAAAT--CCAT----TATGTCTGGTGAAGGCTTTATAATG-----TATGGATTCTTCTGTG--CACATGCAA-T-AAAATAAAGCAcgagggtgtacaacataatctataagta
gi|12 : tactcagaaaA-TATA--C--A--GC-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GAT-AAA-----TG-----AAAATTACATACATGTGCCA--GAGTGCACACA-A-TGC-A-AAC------------------------TAATT-TTTC-----AT-GAT--TGAA-G-GACAGCAACTC
gi|13 : taaaCAA-GATATTATACTATAGATA-TATAA-C-TACAGT-AACTGCGTA---AGTTTGGTGA--A-TATCAAA-----AG-----AAAGC----TAC-------A--GA-TAAACACA-ACGTC-A-AAT---AATG-----------------tgatactattccaa
gi|14 : ggcatttaaatttggttagtAA--AA----ACTTGTCCAA-GCTATGGT------TATA-TA-A--C-TA--GCCTACTATGTA---AGTTTGGTGG--G-CATCAAA-----TG-----AAAGC----TGTGAGTA-------------ACA----TC-A-TAT---AATG-----------------CAATC-TTTA-----TT-GAT--TCAA-G-GGC
gi|15 : AGAGGGGAC-A-A-A-G--CAATAGAA--GGCA-ATTT-TTGA-TAATGCA---AGGGCCATACCT
gi|15 : AGC-----------------AAT-AG--------A--AG-GCAATTTTTGATAAT--GCAAGGGC---CATACCTAGTC---T-TT-AA-T--CGA--GTAC--TG-------CAGTTAAAGagtctttaatcgagtactgcagttaaagttgccatctaaactgcatatttatt
gi|16 : agaggggacaa--------A-TAGTGC--CTTTTTATGTT--TCAAGGAC---AATAACT--CCAAAT-TT-AA-T--T-A---T-C--CGATTTGGACAGTTAAAGAAATTGTC-AGACCT------ATTATA-A---TTAGATAACTA-----ttgccatctaaactgcatatttatt
gi|17 : aCC-AA--------A-TAAAGCAATTTCTGATTAT--TCAAGGGC--------CT--TCCA-T-CT-AAAT--T-A---T-CGGTGAT--GGCCAGTTTAAGAATTTATCA--AGAT------ACTATG-G---TTActgt
gi|18 : gcacaaacggGTAATAT--AACTA-AACTGC-CAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA---------------------AGAGTGCAC-AC--A-G-TCA-----------A-ATTC-T--A-TGATTCA---AGAGTCGTTACTCT-GAC
gi|19 : atcttgaaGACCATACCTCA-GACATC----TA------AAT-TT-GGTC-A------GTT-------------------GA-GATGGTAT------AG-A-TATA----TA--AT-TACTGTTTA---AGTATTGTGA--A-GGTCAAA-----C------AAAAC----TGCAGGTG
gi|2 : AAGAGCTA-----A-AA-----AAAC-TGCATGT-GCTAGTGTGTAC-ACA-GCA-TCGA-TAAA--CGCA--TTT-TTG--TGATTCA---AGGGCAATAACTCG-AACATT----AA--------------A-C-A------TTTCAA--GA----ACTTGTCCAA-GATATTTT------G------------------------TGTA---AGTGTGTTTA--A-AATCAAC-----TA-----AAAAC----TGCGTGTGCCA--GAAT--ACACA-ATATC-A-AAT----ACA-----------------CAATTATTTG-----AT-GAA--CCAA-A-GGCCAT-ACTTCTGACAATATTT---ATTCGATTTGACCAGTT---ATAATAA-CTCTAATATAAAAAT-TATAGTTCT-------ATAATT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCAAA-TATCAAAATTAATGGAAACT--------------GTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACT-AA--------A-TAACACAACTCCTGACAGT--TCAGGAGC---TATAACT--C----T-TT-AA-TACTAA--GC-C--T-ATTTCACCAGTTCAGGAAATCATCAA-AGATTTCTTAATTATGTGCCTTTTTGTAA--A-----TATGT----TGGAGA--TCA-AATGAAAACTGCGAGTAATAGAGTGAACATAC-TA--TCAAAAAAA---AA-ATATTAACAA-TCCAAGGGCCATAACTCCGATATTGATTATC-TGAT-TTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGGATATTATGGTGATATATTAACTGTGTAt
gi|20 : C---AA-AACT--CAGA-A-TT-AA-T--T----GT-T--TAATTTAGCCAGTCCAATA-CTTGTCGA-AGAT------TTTACA-G---TTATATAACTA-----C-TGTTTGGTCAAaatgtt
gi|21 : acggacATGCA---AGGGTCATACCTTG-GACATT------------G---TT-GA------------TCAG--------------CCAA-GATATT-----------A-TATG----TA--AT-TACTGTACA---AGTTTGATGA--A-GAAAAAA-----TA-----AAAAC----tgt
gi|22 : TTTGA-GA--A-AATCAAA-----TG-----AAATC----TGCATGTGCTA--CAGTACA--------TT-A-AAC---GACT-----------------CCATT-TTTG-----CA-AAT--TCAA-G-
gi|23 : tAGTGCAT-GCACA-G-TCAA-ATATATTGCATATTT-TT-A-TGTTTCA---AGGGTCATAACTCT-AA-ATT----CATT---CGAT-T
gi|24 : TACAC-ATA-A-GGTCAA-AAAG--TGCA-GTTT-TTGA-CAACTGA---AGGGCTATTACTCT-AACATT----
gi|25 : AA-AAAG--TACA-ATTT-TTAA-TATTTTA---AGGGTCATAACTCT-GACGTT----Tgatattccga
gi|3 : TTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTAG------GGT---------------------GTATA---AGTTTAGTGA-----------------------------------------TA--AAGTGCACA------TC-T-AAC---AATA-----------------CATTT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-A-GGCCATGAAT--TAGCA----TT---AACTGATTTAATCAGTT-------------C-------AAGAT-C-T-GGT-------------CT-GCTT-TGT--AA-TTTGGCGAAAGATC-----AAGTGAAAACT--------------ACGAGT-----------------GCCGAGTGCATCATA-TAATGCAATTATTGATGAT--ACAAGGAC---AATAA-----------------T--T-A--------TGATTTGGCCAGTTAAAAAA--TGTCCAAGGAT-------TTACA-A---TTGTATAGCTAGTGAGTAAGTTTTGTGAAGA--TCA-AAGGCAAACTGTATTTGCTAGAGTG--TACAC-A---TC-AAATAACTCAA-TTTTTGACAATTCG--AGGACA----------ATTTATCATCACAAT-TT-GCTGGTTCAAGATATC------AAAGTTAT-GTAACAGGTtg
gi|4 : catTTCAATCGGTAATGATTTG----AATATATT----TTCCATGGAACTA-AG--GCGTAAGATTGGTGAAGATGAAGGTACATGATTGGTGAACATG-ACGT-G----AGTACTC-ACA-A-G------AGAG--TGAA-ATATATTGC-TAATGCA---AGGGTCATAACTCT-G-TATT----TA-----TTAT-AT-GA-C-GTAACCGATTCAA--TA----ACATTTCCGA-GACAGTGT------GTTAATATA--C-T----T-T-CTAAGGA---AGTTAAATAA--A-GATGAAA-----TGAAATGAAACG----TGTGTTTGCTA--GAATACACACATG-GTC-A-AAT---AGAG-----------------CAACA-TTTG-----AC-TA---ACAA-GTTGCCATAA--CATT---A-A-TG---ATCCCATTTGg
gi|5 : atTTCA-----ATGA-----TAAA-TACACGT-GTTATAGTGAAC-ACA-GTG-TGAA-ATAG--AGTA-ATGT-GTAA-TAATACA---AGGGCTTTAGCTCG-GACATG----TA-----TTAT-CT-AA-TTG------GTTCAGTTGATTA-ATTTGGCCGA-TATGGTAT------GAT--TGTA----TG--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTAA--T-TATCTAA-----TG-----AATAT----TGTCAATACTA--GTGTGAATACA-ATGTC-A-AAT---TGCATACTTTTAGAAGTTCTTTAATT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-G-GG
gi|6 : A-ATTT-TTGACTGAATCA---AGGGCCATAACTAAAGGGATTCTGGTC-----CTATCTT-GC-T-G------GTTCTC--AA----ACTCAAACTA-GTTATTTT------GGT--CATA--C-CC--AT-T-CTGTTTA---AATTTGATAA--A-GATCCAA-----GA-----AAAGC----TACTCTTGTTATTGAGCAAACAC-----TC-A-ATT---ATTG-----------------CAATT-TT-G-----AC-TATGCTCAA-G-GGCCGTAACgataat
gi|6 : AATT-TTTG-----ACTGAA--TCAA-G-GGCCATAACTAA--AGGG-A-TTCTGGTCCTATCTTGCTGGTTCTCA----AA-CTC-------AA-AC-T-A-GTTATTTTGGTCAT-ACCCATTC-TGTTTAAATTTGATAAA-GATC-----CAAGAAAAGCTACTCTTGTTATTGAGCAAAC-----------------ACT-CA--------ATTATTGCAA-TTTTGACTATGCTCAAGGGCCGTAACAATT--GTGA-T-T-----C--T-G--GT-C--CAAACTCGCTAATTATTGAACTTGACAA-AGAT------ATTAaattgtgattctggtccaaactcgctaattattgaacttgacaaagatattattgccgtacata
gi|7 : AAGATTCA-----GTGA-----AAAA-CGCGTGT-GCTATAGTACAC-TCA-A-AATCAA-ATAA--CTTA-ATCT-TCTA-TTATTTG---GGGATCATAACTCC-AACATT----TACTTTCCAAT-TT-GG-C-A------AATGAA--AA----ACTCTTCCGA--ATATTTTC-----TCTA-TATAAGT-TA--AC-TAATGTGTA---AGTTTGGTGATGACGATCAAA------------ATAA-----TACGTGAGACA--GAGTGCATACA-AGGTC-A-ATT---TGTG-----------------CATTT-TCTttgccgtacata
gi|8 : -G-TCAA-AGAA--GACA-ATTT-TTGA-TAATGAACTTAGGGCCATACCCCA-GACATT----TA-----AAAT-T-------G------GTT------A----AC-----CAA-G-----TT------GCTA-CAT---------GT-TACTGCGTA---AGTTTGTTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCAGATGATA--GAGTGCACAT----GTC-A-AAT---AATA-----------------CAA-C-TTTG-----AG-GAT--TTAA-A-GGTCATAAtatg
gi|9 : taggagacaacgaatATGCA---AGAACCATACCTCA-GACATT-----A-----GAAG-TT-GA-T------------AA--GATGATACT-AT---A-GATACAA--------GTA-TATA--T-TA--AC-TACTGTGTATTAAGTTTGGTGA--A-GATCAAAATTAATG-----AAAAC----TGCTAGTGGTA--GAGTGCAT----A-ATT-ATAATGTCAACA-----------------CATTT-TTTGCTTTTGCTGAT--TCAAGG-GGCCATGACTC-TAAC---A-TT---A--CTATTTGatatggccttgtccaagt
blockSeqs : CG A . T . GG AACTGC GGTAC TTGGTGAACATGA GC T ATG T T ATT T A C CTT AA TACTTTCCAATTTGGCAAATGAAAAACTCTTCCGAATATTTTCTCTATATAAGTTAACTA TTA TGACG TGAAATG TACA AT C TT GC AACG . T TGCATACTTTTAGAAGTTCTT A CTTTTGCT GC G T C TCTGACAATAT CTG T G A ATAATAACTCTAATATAAAAATTATAGTTCTATA C T TT G A AAAATT GTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACTAA T GT AAT A GC CGTA T AGTCTTTAATCGAGTAC A G A A CAA TTCTTAA T TGCCT A GTGAG C CT T A A GA T T AA TGCAA CA AG ATAT T AA TAACTCCGAT G A TTA C TGTCCAGG TG G G
blockSeqs : . AGGCG . AAACTGCA GT . GCA . G T . . . . A TATTATATGACGTAACCGATTCAATAACATTTCCGAGACAGTGTGTTAATATACTTT . AG ATTAATG . GA C . AA AATA . . GTCAACA . ACT . . . C AAAGGGA . A G A CTCAAACTCAAACTAGTTATTTTGGTCAT . T . A . A ACTCTTGTTATTGAGCAAACACTCA . AA AAT G . C T TCCATCTAAATTATCGG G A A A TG A T G G T T . . C A AG A A . CTA A CT TTTT . . . T . TT T CA T A
blockSeqs : . TAAATACA GC . CAG . A G . . . . T TATTATCTAATTGGTTCAGTTGATTAATTTGGCCGATATGGTATGATTGTATGGTTA . AT TG . AG C . AC ATGG . . AATG . AT . . . A CATTAA . T C G CAAGATCTGGT . C . . . C ACGAGTGCCGAGTGCATCAT . AC AAC T . A T CCAAATTTAATTATC G C A T AG A T A T . T . . . . TT G A . CA C .
blockSeqs : . AAAACGCG G . AGG . T C . . . . A CTGGTCCTATCTTGCTGGTTCTCAAACTCAAACTAGTTATTTTGGTCATACCCATT . GC AG . GT C . GC AATG . . AATG . TT . . . C CTAACA . T T . AT AAT A . T T CTTTAATACTAAGCC C C T A AA A T G T . .
blockSeqs : . . . . GTG . A T . . . . G AGAAGTTGATAAGATGATACTATAGATACAAGTATATATTAACTA . AG TG . AT C . AC AAGG . . GACT . AT . . . C TAGCA . . T . TT AA G . A C CAGAATTAATTGTT A C C C GA T C G T .
blockSeqs : . AAA . A T . . . . G TAAGCCCAGTTTAAGAACTTGGCCGAGACCTTATGGTAATTCT . AA TA . GT T . GA AAT . . AATA . CA . . . C . G C T . A . GTGATTCTGGTC G C C C AA A C A
blockSeqs : . AG . G T . . . . T TAAATTTGGTCAGTTGAGATGGTATAGATATATAATTA . AG TA . CA A . AA AA . . AGAG . AC . . . . . . TTA C C A . A .
blockSeqs : . AG . T A . . . . T AAACATTTCAAGAACTTGTCCAAGATATTTTG . AA TG . TC A . GC A . . ATTG . AC . . . . . A
blockSeqs : . AG . T C . . . . T TAAAATTGGTTAACCAAGTTGCTACATGTTA . AG TG . GT G . GC G . . TGTG . AC . . .
blockSeqs : . G G . . . . T GTTGATCAGCCAAGATATTATATGTAATTA . TT GA . AG . . GC . . . AATA . AC . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . AG TG . TA . . . . . . ACA . AG . . .
blockSeqs : . . . . C . AG C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . AG . . .
blockSeqs : . A . . . .
blockSeqCons : AAAACGCG****** GC* AAG** CTAACA***** AAT CATTTAATTATC***************** AA*
originalCons : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTGTGGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA-----GAAC-TGCACGT-GCTAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-GTC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCATNACAA-A-TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACT--CCGA-T-TT-AA-T--T-A--GT-C--TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCNAGAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
finalCons : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTGTGGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGAAAAACGCG------CGTGC-TAGAGTGCAC-ACA-A-G-TCAA-ANAG--CGCA-ATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACAAG--TC-A-AAT---AACG-----------------CAATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTCTAACA-----TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAATTTTTGACGAT--TCAAGGGC---AATAACTCATTTAATTATC-----------------TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTCAA-AGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GGCAGAGGAGACGTAAACCCAGCAATTTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 2222 111 11 22222222 11111 33333333333333 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111 222222 33333333333333333333333333 111111111 111 9999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 11 1 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555555555555555555555555555555555555 111 1111111 11111 22222 11 1 11 333333 11 11111 11 2222222222 1 2222 55555555 22
lowQualScore : 77 1 4444 1 888 88 00000000 66666 33333333333333 888 0 5 77777 1 4 2 6 1 3 3 2 555 0 44 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 33333 444444444444 0 5555 99 4 44 0 0 333333 2 2 22222222222222222222222222 2 2 77777777 33 2 2 88 666666666 111 1 2 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 33 6 0 555555 444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 44 777 4 77 6 0 11111111111111111111111111111111111111 2 3 1 1 6 222 4444444 1 00000 1 33333 0 9 33 0 8 3 11 1 1 33 0 777777 55 55 66666 7 88 2222222222 1 3 3333 3 22222222 77 1 1
lowQualScore : .. . .... . ... .. ........ ..... .............. ... . . ..... . . . . . . . . ... . .. ............................................................................................ ... ..... ............ . .... .. . .. . . ...... . . .......................... . . ........ .. . . .. ......... ... . . .............................................. . .. .. . . ...... ................................................... . .. ... . .. . . ...................................... . . . . . ... ....... . ..... . ..... . . .. . . . .. . . .. . ...... .. .. ..... . .. .......... . . .... . ........ .. . .
lowQualScore : 55 0 0000 0 000 33 33333333 77777 00000000000000 777 7 0 11111 9 0 4 4 3 6 6 2 444 6 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 777 88888 555555555555 7 7777 44 7 22 3 3 111111 7 7 99999999999999999999999999 7 7 88888888 99 9 9 11 000000000 000 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222 0 88 88 5 0 222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33 333 0 99 4 1 66666666666666666666666666666666666666 0 7 1 9 9 666 8888888 4 33333 0 33333 8 0 88 0 8 0 55 2 0 88 2 222222 88 22 00000 3 33 0000000000 0 3 3333 7 00000000 33 0 0
consensus : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTG-GGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGAN----AAAC-GCG-CGT-GCTAGAGTGCAC-AC-A-A-GTCAA-ANAGCGCAATTT-TTGA-TGATNCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-G-TC-A-AAT---A-AC-G-----------------CA-ATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTC-TAAC---A----TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAACTTTTGACGAT--TCAAGGGCAATAAC---T--C----AT--T-T-AAT----T---A--TC---TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTC-A-AAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
Reference ( family-211 ) : NATTCAATCGGTNATGACTTGTCAAAANATATTGTGGTTACAT--AACTA-AA--GC-TAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGAA----AAAC-GCG-CGT-GCTAGAGTGCAC-AC-A-A-GTCAA-ANAGCGCAATTT-TTGA-TGATTCA---AGGGCCATAACTCN-GACATT----TA-----CGAT-TT-GA-C-G------GTTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTNT------GGTA-TATA--C-TA--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCGNGTGCTA--GAGTGCACACA-A-G-TC-A-AAT---A-AC-G-----------------CA-ATT-TTTG-----AC-GAT--TCAA-G-GGCCATAACTC-TAAC---A----TT---ATCCNATTTGACCGGTT---A----AA-CTC-------AAGAT-T-T-GTTAT-------AT-ACT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCGAA-GATC-----CAATGAAAACT--------------GCGAGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGCAATTTTTGACGAT--TCAAGGGCAATAAC---T--C----AT--T-T-AAT----T---A--TC---TGATTTGGCCAGTTAAAGAANTTGTC-A-AAGAT------ATTACG-G---TTANATAACTA-----TATGTTTGGTGAAGA--TCA-AATGCAAACTGTGGATACTNGAGTG--CACAC-NAG-TCAAAATAACGCAA-TTATTGACAATTCC--GGGCCATAACT--GACATTNATTATC-TAAT-TC-GCCGGTTCAAGAAATCGT----GATGTTAC-GTNACAGATCAACTGTNTA
gi|1 : ATTTAAT--GTTATGACTTGTCAAAAGATATTGTGGTTACAT--ACATAGAA--CC-TAACTTTGATGAAGATCTA-----ATGAG----AACT-GC--CGTAGTTTGAATGCAC-AC-ACG-GTCAA-ATAGTGCAATGT-TTGA-TGATTCA---AGGGTCATAACTCT-GACATT----TA-----TGAT-TTTGA-T-G------GTTCAA--AA----ACATGTCCGAAGATATTCT------GGTA-TATA--CCTA--CT-CATTGTGTA---CATTTGGTGA--A-CATCCAT-----TA-----TAATC----TGCAGGTACTA--GATTGTATCCA-A-G-TTGA-AAT---T-AG-G-----------------CA-ATC-TTTG-----AT-GAT--TCAA-G-GGCCATAATCCATCAC---AAA--TT---ATCCAATTTGACCACTG---A----AATCCC-------AAGATGT-T-GTTAC-------AC-ACT-ACTGGTGT--CAGTCGAGTGGG-GATC-----CAATGAAAACT--------------GTGTGT-----------------ACT-AG--------A-TAGTGT--CTTTTTACAAT--TTAAGGGCAATTAC---T--CTGATAT--T-G-AAT----C---A--ACGCATGATTTAGACAGTTCAATAACTTGTC-CTGATAT------ATTCTG-G---TTACATAACCA-----CATGCATGGTGACGA--TCA-AATACACACTGTGGATACTCGAGTG--CAGAA-GAGGTCAAAATAATGCAAATCA--GACAATTCC--GGGCTATAACT--GACATTAATTATC-TAATACC-GCAAGTTCAAGAAATTAT------TGTTACTGTTACAGAACAACTGTCTA
gi|10 : tAGTACATTAC-A-ATGTCAA-ATGGTGCAATGC-CTGC-CGCTTCA---AGGGTCCTAATTCA-GA--------TA-----AGCC-------C-A------GTTTAA--GA----ACTTGGCCGA-GACCTTAT------GGTA--ATT--C-T---------TGTGTA---ta
gi|11 : tattta--T-T-AAT----T---G--TC---TGATTTAGGCAGTGAAAGAAATTGTC-T-GAGAT------ATTCTG-G---TTAAAT--CCAT----TATGTCTGGTGAAGGCTTTATAATG-----TATGGATTCTTCTGTG--CACATGCAA-T-AAAATAAAGCAcgagggtgtacaacataatctataagta
gi|12 : tactcagaaaA-TATA--C--A--GC-TACTGTGTA---AGTTTGGTGA--A-GAT-AAA-----TG-----AAAATTACATACATGTGCCA--GAGTGCACACA-A-T-GC-A-AAC--------------------------TA-ATT-TTTC-----AT-GAT--TGAA-G-GACAGCAACTC-TGAT---A----CT---ATTCCA
gi|13 : taaaCAA-GATATTATACTATAGATA-TATAA-C-TACAGT-AACTGCGTA---AGTTTGGTGA--A-TATCAAA-----AG-----AAAGC----TAC-------A--GA-TAAACACA-ACG-TC-A-AAT---A-AT-G-----------------a
gi|14 : ggcatttaaatttggttagtAA--AA----ACTTGTCCAA-GCTATGGT------TATA-TA-A--C-TA--GCCTACTATGTA---AGTTTGGTGG--G-CATCAAA-----TG-----AAAGC----TGTGAGTA-------------ACA-----TC-A-TAT---A-AT-G-----------------CA-ATC-TTTA-----TT-GAT--TCAA-G-GGC
gi|15 : AGAGGGGAC-A--A-A-G-CAATAGAAGGCAATTT-TTGA-TAATGCA---AGGGCCATACCT
gi|15 : AGC-----------------AAT-AG--------A--AG-GCAATTTTTGATAAT--GCAAGGGCCATACCTAGT--C-----T--T-T-AATCGAGT---A---C---TG-------CAGTTAAAG---TTGCC-A-agtctttaatcgagtactgcagttaaagttgccatctaaactgcatatttatt
gi|16 : agaggggacaa--------A-TAGTGC--CTTTTTATGTT--TCAAGGACAATAAC---T--CCAA-AT--T-T-AAT----T---A--TC---CGATTTGGACAGTTAAAGAAATTGTC-A-GACCT------ATTATA-A---TTAGATAACTA-----tctaaactgcatatttatt
gi|17 : aCC-AA--------A-TAAAGCAATTTCTGATTAT--TCAAGGGC-----C---TTCC----AT--C-TAAAT----T---A--TCGG-TGA--TGGCCAGTTTAAGAATTTATC---AAGAT------ACTATG-G---TTActgt
gi|18 : gcacaaacggATCTTGAAGTAATAT--AACTA-AACTGC-CAACTTTGATGAAGATCCA-----ATGA---------------------AGAGTGCAC-AC---A-GTCA---------AATTC-T--A-TGATTCA---AGAGTCGTTACTCT-GAC
gi|19 : GACCATACCTCA-GACATC----TA------AAT-TT-GGTC-A------GTT-------------------GA-GATGGTAT------AG-A-TATA----TA--AT-TACTGTTTA---AGTATTGTGA--A-GGTCAAA-----C------AAAAC----TGCAGGTG
gi|2 : AAGAGCTA-----A--AA----AAACTGCA-TGT-GCTAGTGTGTAC-AC-A-GCATCGA-TAAACGCA-TTT-TTG--TGATTCA---AGGGCAATAACTCG-AACATT----AA--------------A-C-A------TTTCAA--GA----ACTTGTCCAA-GATATTTT------G------------------------TGTA---AGTGTGTTTA--A-AATCAAC-----TA-----AAAAC----TGCGTGTGCCA--GAAT--ACACA-ATA-TC-A-AAT-----AC-A-----------------CA-ATTATTTG-----AT-GAA--CCAA-A-GGCCATACTTC-TGAC---AATATTT---ATTCGATTTGACCAGTT---ATAATAA-CTCTAATATAAAAAT-TATAGTTCT-------ATAATT-ACTT-TGT--AAGTTTGGCAAA-TATCAAAATTAATGGAAACT--------------GTGGGTGCTAAAGAGCACACAACACT-AA--------A-TAACACAACTCCTGACAGT--TCAGGAGCTATAAC---T--C-----T--T-T-AATAC--T---AAGCC---T-ATTTCACCAGTTCAGGAAATCATC-A-AAGATTTCTTAATTATGTGCCTTTTTGTAA--A-----TATGT----TGGAGA--TCA-AATGAAAACTGCGAGTAATAGAGTGAACATAC-TA--TCAAAAAAA---AA-ATATTAACAA-TCCAAGGGCCATAACTCCGATATTGATTATC-TGAT-TTAGCCGGTTCAGAAAATTGTCCAGGATATTATGGTGATATATTAACTGTGTAt
gi|20 : CAA-AAC---T--C----AGAAT-T-AAT----T---G--TT---TAATTTAGCCAGTCCAATA-CTTGTC-G-AAGAT------TTTACA-G---TTATATAACTA-----C-TGTTTGGTCAAaatgtt
gi|21 : acggacATGCA---AGGGTCATACCTTG-GACATT------------G---TT-GA------------TCAG--------------CCAA-GATATT-----------A-TATG----TA--AT-TACTGTACA---AGTTTGATGA--A-GAAAAAA-----TA-----AAAAC----tgt
gi|22 : TTTGA-GA--A-AATCAAA-----TG-----AAATC----TGCATGTGCTA--CAGTACA---------TT-A-AAC---G-AC-T-----------------CC-ATT-TTTG-----CA-AAT--TCAA-G-
gi|23 : tAGTGCATGCACA-G-TC-A-AAT---ATATTG-----------------CATATT-TTT------AT-GTT--TCAA-G-GGTCATAACTC-TAA----A----TTC--ATTCGATT
gi|24 : TACACATA-A-GGTC-A-AAA---A-GT-G-----------------CA-GTT-TTTG-----AC-AAC--TGAA-G-GGCTATTACTC-TAAC---A----TT---
gi|25 : AA-AAAGTACAATTT-TTAA-TATTTTA---AGGGTCATAACTCT-GACGTT----Tgatattccga
gi|3 : TTCAA--GA----ACTTGTCCGA-GATATTAG------GGT---------------------GTATA---AGTTTAGTGA-----------------------------------------TA--AAGTGCACA-------TC-T-AAC---A-AT-A-----------------CA-TTT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-A-GGCCATGAAT--TAGC---A----TT---AACTGATTTAATCAGTT-------------C-------AAGAT-C-T-GGT-------------CT-GCTT-TGT--AA-TTTGGCGAAAGATC-----AAGTGAAAACT--------------ACGAGT-----------------GCCGAGTGCATCATA-TAATGCAATTATTGATGAT--ACAAGGACAATAA----------------------T----T---A--T-----GATTTGGCCAGTTAAAAAA--TGTCCA-AGGAT-------TTACA-A---TTGTATAGCTAGTGAGTAAGTTTTGTGAAGA--TCA-AAGGCAAACTGTATTTGCTAGAGTG--TACAC-A---TC-AAATAACTCAA-TTTTTGACAATTCG--AGGACA----------ATTTATCATCACAAT-TT-GCTGGTTCAAGATATC------AAAGTTAT-GTAACAGGTtg
gi|4 : catTTCAATCGGTAATGATTTG----AATATATT----TTCCATGGAACTA-AG--GCGTAAGATTGGTGAAGATGAAGGTACATGATTGGTGAAC-ATGACGT-G----AGTACTC-AC-A-A-G-----AGAGTGAAATATATTGC-TAATGCA---AGGGTCATAACTCT-G-TATT----TA-----TTAT-AT-GA-C-GTAACCGATTCAA--TA----ACATTTCCGA-GACAGTGT------GTTAATATA--C-T----T-T-CTAAGGA---AGTTAAATAA--A-GATGAAA-----TGAAATGAAACG----TGTGTTTGCTA--GAATACACACATG-G-TC-A-AAT---A-GA-G-----------------CA-ACA-TTTG-----AC-TA---ACAA-GTTGCCATAACAT-TA-----A----TG---ATCCCATTTGg
gi|5 : atTTCA-----ATGAT----AAAT-ACA-CGT-GTTATAGTGAAC-AC-A-GTGTGAA-ATAGAGTAATGT-GTAA-TAATACA---AGGGCTTTAGCTCG-GACATG----TA-----TTAT-CT-AA-TTG------GTTCAGTTGATTA-ATTTGGCCGA-TATGGTAT------GAT--TGTA----TG--GT-TACTGTGTA---AGTTTGGTAA--T-TATCTAA-----TG-----AATAT----TGTCAATACTA--GTGTGAATACA-ATG-TC-A-AAT---T-GC-ATACTTTTAGAAGTTCTTTA-ATT-TTTG-----AC-AAT--TCAA-G-GG
gi|6 : AATTT-TTGACTGAATCA---AGGGCCATAACTAAAGGGATTCTGGTC-----CTATCTT-GC-T-G------GTTCTC--AA----ACTCAAACTA-GTTATTTT------GGT--CATA--C-CC--AT-T-CTGTTTA---AATTTGATAA--A-GATCCAA-----GA-----AAAGC----TACTCTTGTTATTGAGCAAACAC------TC-A-ATT---A-TT-G-----------------CA-ATT-TT-G-----AC-TATGCTCAA-G-GGCCGTAACgataat
gi|6 : A-ATT-TTTG-----ACTGAA--TCAA-G-GGCCATAACT---AAAGGGA----TTCTGGTCCTATCTTGCTGGTTCTCA----AA-CTC-------AA-AC-T-A-GTTATTTTGGTCAT-ACCCATTC-TGTTTAAATTTGATAAA-GATC-----CAAGAAAAGCTACTCTTGTTATTGAGCAAAC-----------------ACT-CA--------ATTATTGCAA-TTTTGACTATGCTCAAGGGCCGTAAC------A----AT--TGT-GAT----TCTGG--TC---CAAACTCGCTAATTATTGAACTTGAC-A-AAGAT------ATTAaattgtgattctggtccaaactcgctaattattgaacttgacaaagatattattgccgtacata
gi|7 : AAGATTCA-----GTGAA----AAAC-GCG-TGT-GCTATAGTACAC-TCAA-A-ATCAA-ATAACTTAATCT-TCTA-TTATTTG---GGGATCATAACTCC-AACATT----TACTTTCCAAT-TT-GG-C-A------AATGAA--AA----ACTCTTCCGA--ATATTTTC-----TCTA-TATAAGT-TA--AC-TAATGTGTA---AGTTTGGTGATGACGATCAAA------------ATAA-----TACGTGAGACA--GAGTGCATACA-AGG-TC-A-ATT---T-GT-G-----------------CA-TTT-TCTttgccgtacata
gi|8 : -GTCAA-AGAAGACAATTT-TTGA-TAATGAACTTAGGGCCATACCCCA-GACATT----TA-----AAAT-T-------G------GTT------A----AC-----CAA-G-----TT------GCTA-CAT---------GT-TACTGCGTA---AGTTTGTTGA--A-GATCAAA-----TG-----AAAAC----TGCAGATGATA--GAGTGCACAT----G-TC-A-AAT---A-AT-A-----------------CA-A-C-TTTG-----AG-GAT--TTAA-A-GGTCATAAATA-TGGC---C----TT---GTCCAAtatg
gi|9 : taggagacaacgaatATGCA---AGAACCATACCTCA-GACATT-----A-----GAAG-TT-GA-T------------AA--GATGATACT-AT---A-GATACAA--------GTA-TATA--T-TA--AC-TACTGTGTATTAAGTTTGGTGA--A-GATCAAAATTAATG-----AAAAC----TGCTAGTGGTA--GAGTGCAT----A-A-TT-ATAATGTCA-AC-A-----------------CA-TTT-TTTGCTTTTGCTGAT--TCAAGG-GGCCATGACTC-TAAC---A----TT---A--CTATTTGgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): GGCAGAGGAGACGTAAACCCAGCAATTTTTG