lowQualScore                  :                       2222                                   222222   1   8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                    1         2222222       
lowQualScore                  :               2     4 8888   6       4    5 777    8888      111111   0   7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5      5     77    2      3  4444444       
lowQualScore                  :               .     . ....   .       .    . ...    ....      ......   .   ........................................................................................ .      .     ..    .      .  .......       
lowQualScore                  :               5     0 5555   7       8    9 000    5555      777777   5   8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0      0     99    2      0  3333333       
consensus                     :           TTAANCAGTGNCANCNTTGCTACTGACNGTTCCA---AGGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTCA---ATTTNC--T---TC---TG-TAT--GT--A-TGTATTG-A----CTGTAC-TA-TT----CTG-----TCTATGA---------A-TGTTTA-TTATG--TCTGTGCTGTTNTG--A-GACTGTGTCC
Reference ( gi|11 )           :           TTAACCAGTGTCGGAATTGGTACTGACAGTTCTA---AGGC----GGTGAC--C-C-TGTCGTCG-GTATTTTT--T---TC---TG-CAT--GT--A-TGCATTG-A----CTGTAC-TA-TC----CTG-----TCTATGA---------A-TGTTTA-TTATG--TCTGAGCTGTTTTG--A-GACTGTATCC
gi|6                          :           TTAAACAGTGACATCATTGGTACTGACCGTTCCA---AGGC----GGTGAC--C-C-TGCCGTCA-GTGTTTT-------TC---TG-CAT--GT--A-TGCATTG-A----CTGTAC-TA-TT----CTG-----TCTATGA---------A-TGTTTA-TTATG--TCTGAACTGTTGTG--A-ATCTGTATCC
gi|5                          :           aaggCCAGTGTCAGTTTTGCTACTGGCAGCTCTT---AGGA----GGATACT-C-C-TGT-GTC----ATTTAT--T---TTGTATG-TAT--GT--A-TGTATTT-A----TTGTACTTA-CC----ATG-----GTTACCAT--------A-TGTTTA-Tggtaaaggtt
gi|12                         :              aggtttaagctgcTTGCTACTGACCGGTCCA---AGACAGTGAGTGAC--CAT-TGT-GTC----ATTTCC--TCTATA---TA-CAT--GTACA-TGTGTTGTA----CT-TAT-TATTT----TTGAT---TCTATG------------TGATTA-TTATGTTTCTGAgctgtacttgtgatgtagatatgactgtgttc
gi|4                          :                   gcccggtgacttTACTGACAGTTCCA---AGAC----AATGAC--C-CATGTTGCCACG---TCTT--T---CC---TA-CGT--A---A-TGTGTTA-AACGTCTGT---TA-TT----CTG-----TATATGA---------ACTATTT--TTATA--CTTGtattgtggcgggtg
gi|20                         :                             acTGCTGACCTTTCGA---AGGC----GGTGAC--CAC-TGTTATCA-----CTTC--T---AC---TG-TATACGT--A-TG---TG-G-----TGTACTTA-TTGTGGCTC-----TCTGTGA---------tgtggtggctctgttcgttaaatgctacatttcctattggttatctttttgtagtttt
gi|13                         :                      tttgctagcTACTGGCTGTTCCA-----------GGTGACTCC-C-TGTTGTC----ATTTAT--T---T----TG-TAC--GT--A-TT--TTG-C----TTATGC-T---------TA-----GCTAT-----------A-TATTTA-TTATG--TTTATGGTGTT
gi|8                          : ccaggattaagctcttccagtggttgttttcACTGACAATTCCA---AGGC----GATGGTA-C-C-TGTAGTC----ATTTCTCAT---TG---TGTTAT--GT--ATTGCACTG-A----TTATA---A-T------TGT----TCCAT-----------A-TATCTA-TTATA--TTATTGCTGGTTTGGTA-GA-TGTGTCCgcggtg
gi|19                         :       aaggtcaatagtggagtagtttgcaACTGATTGTTCAA---AGTC----GGTGAC--TAG-TGCTGTC-----TTTTC--T---TC---TG-TAT--GC--A-TGttt
gi|3                          :               ccagtggagcttttgcaACTGAAAGTTCTAATTAGGT----GATTAT--C-A-TATTGTCA-----TTCC--T---TC---TG-TAT--GT--ATTGAATTGCA----C-GTGC-TA--------TGAATATTCTAT-----------A-TATTTGTTTATG--TTTA---TGTTTgaaagtgtttattgtattttgattactatat
gi|17                         :                                      acaTCGA---AGAC----GCCGAAA-C-C-TGTCGTC----ACCTAT--T---T----TG-TAT--GT--A-TGTAT---------TGTAC-T---------TG-----TC-ATGATTGGTCAGTA-TGCTTA-TTGTA--TCAGTGCTGTTGGG--ATGACTGTccgtggtggcttattctttgactgttattttgctatttgtcatttttaccagtttt
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTACTACTTGTCTCTCAAGGTTGTAACGGTCACTTGGTATTATATCTTTAGTATGTTGTATTGTATTTATCAAATCATATATTTTATACATTGGCTATGTTCGTGTAACGTGTTATGTGACTGTGTCATGTGAACGCTACCTCTGTTGTTGAACATATGTGTTCGTTTCTATGGTATGT
Unaligned ( gi|2 ): TTTTGCTACTGGCCATCCTAAAGCAATGACATATGTTGTCATTATTTTGTATACGTGTTGTATTTACTATTATTGTTCTATATCGATGTTATGTTTATGCAGTTGTTGTAGCTGTGTCTTGTGAATTCTACATCTCCTTTCGGACATATATTTTCGTATTTTGTATG
Unaligned ( gi|7 ): TTATCACTTCATGTGTATGTATTGTACTTATTATTTCTTATATTAACTGTGTCCATGCTGCTGTGGTGGATGTGTCCATTGAATGCTACGTAGCCTGCTGGTTCTATATATTGTGTGTAATAATTTCTATATTTAGTGCCTATTCAAA
Unaligned ( gi|9 ): CCCATGTTGTCAGTTCTTCTGTAGGTATGTATTGTATTTATAACTTGTTATTCTATATGCTGAATATGTCAATACTAATTTTGGTGACCTCCGTTTCATATGAATAGAATGCTACGTCTTTTGATGGGTAGGTATTTCTTT
Unaligned ( gi|10 ): ATGTATATGTATTATACTTTATTATAATAATTCCTTATGTTAACAGTGTTCATGATGCCTTGGAGAGTGTGCCCTGTGTAGTTATATACTCAGCTACTGTACACTGTAATGTTTAATAATTATGTTCTTTTCTACTCAA
Unaligned ( gi|14 ): GGGTTGTCTCTTTGTCTTGATGTATATATTGTATTTATCATTGTTATTCTATATTATGATTATTTTTATACTGCTATGGTGGTTGTGCTTTAGAATACTGCGTCTCCTGTTGGACCGATTTATTTT
Unaligned ( gi|15 ): TTTTGCTACTACCCGCTCTAAAGGAATGACCCACGTTGTCACCATGAGCGGTTGTGTTGTCTTTATTATGATTATGATGTATTGGTTGTTTATGTTCCGTGATGATGGTTATGTCTTCTG
Unaligned ( gi|16 ): ATGTTTGTATTGTATTTTGAATGATTGTGTTATGATCATGTTTATGGTGCCATGGTGGTTGTGTGCTTTGGATGCTAAGTCATCTGTTGTACAGATATTATACTCTTTCTTTTTTCA
Unaligned ( gi|18 ): TGAATACAAGTGTTGTACTCACTATAAGTGCTCAATATATTGACTGTTTTATCCTGTTGTGGTGGCTGTGTCCTTTGCACTCTGCGTTTTCTACTGGACATTTAATTTTT
Unaligned ( gi|21 ): CTATGCTGCTGTGGTAGATGTGCTCTTAGAATGTTACGTCATACGTACTTTCCTATTTTGAATAATAATTTC
Unaligned ( gi|22 ): TGCTTTGAATATTATATATTTCTCATTTTTGTATG






Alignments
lowQualScore                  :                           1111                                   111111        222                                          4444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                     1111          
lowQualScore                  :                   1     1 7777           1    1  555   7777      777777   0    555  333  8888     33  2 5 77777   888888 2  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3      3 44       0   666 3  777 1  3333 44       
lowQualScore                  :                   .     . ....           .    .  ...   ....      ......   .    ...  ...  ....     ..  . . .....   ...... .  ....................................................... .      . ..       .   ... .  ... .  .... ..       
lowQualScore                  :                   0     0 7777           0    6  888   1111      888888   2    888  666  0000     99  9 7 11111   222222 9  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3      3 66       8   444 6  000 0  5555 66       
consensus                     :               TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTACTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTCA---TTTNCTTC---TGTAT--GT-A-T-----GTA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TATGTTTGTGC---T-GT---TGTG--A-GACTGTGTCC
Reference ( family-203 )      :               TTAANCAGTGNCANCNTTGCTACTGACNGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTCA--ATTTNCTTC---TGTAT--GT-A-T-----GTA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TATGTCTGTGC---T-GT---TNTG--A-GACTGTGTCC
gi|11                         :               TTAACCAGTGTCGGAATTGGTACTGACAGTTCTAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTCGTCGGTATTTTTTTC---TGCAT--GT-A-T-----GCA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---C----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TATGTCTGAGC---T-GT---TTTG--A-GACTGTATCC
gi|12                         :                    CGGTGAC--TTTTGCTACTGACCGGTCCAA---GACAGTGAGTGAC--C-A-TTGTGTCA----TTTCCTC---TATAT--AC-A-T-----GTACATGTGT-TGT-------A----CT---TAT-TATT---T----TTGATTCTATG------------TGATTA-T--TATGTTTCTGA---T-AT---TGTG--
gi|13                         :                 gccCAGTGGTTGTTTT-CTACTGGCTGTTCCA-----------GGTGACTCC-C-TGTTGTCA---TTTATTT----TGTAC--GT-A-T------T-------T-TG--------C----TTA--TGC-T------------TA--GCTAT-----------A-TATTTA-T--TATGTTTATGG---T-GT---TGCG--gcgggtg
gi|17                         :                            ccaggattaagctcttcTCGAA---GAC----GCCGAAA-C-C-TGTCGTCA---CCTATTT----TGTAT--GT-A-T-----GTA------T-----------------TG--TAC-T------------TG--TC-ATGATTGGTCAGTA-TGCTTA-T--TGTATCAGTGC---T-GT---TGGG--ATGACTGTGGCCgtg
gi|19                         :                    CAGTGGAGCTTTTGCAACTGATTGTTCAAA---GTC----GGTGAC--TAG-TGCTGTC----TTTTCTTC---TGTAT--GC-A-TGGAAAGTG------T-TT--------A----TTG--TAT-Tttaaa
gi|2                          :                              cTTGCTACTGGCCATCCTAA---AGC----AATGACA-T-A-TGTTGTCA----TTA-TTT---TGTATACGT-GTT-----GTA------T-TT--------A----CTAT-TAT-TG-T---T----CTA----TATCG---------A-TG-----T--TATGTTTATGCAGTT-GT---TGT---A-G-CTGTGTCttgattactatat
gi|20                         :                               ttGCTGCTGACCTTTCGAA---GGC----GGTGAC--CAC-TGTTATCA--CTT--CTAC---TGTA----T-A-C-----GTA------TGTG--------G-----TG--TACTTA-T---TGTGGCTC--TCTGTGA---------ttgtgaattctacatctcctttcggacatatattttcgtattttgtatg
gi|3                          :                             tttgctaACTGAAAGTTCTAATTAGGT----GATTAT--C-A-TATTGTCA----TTCCTTC---TGTAT--GT-ATT-----GAA------T-TGC-------A----C-G--TGC-TA-TGAAT----AT---TCTAT-----------A-TATTTGTT--TATGTTTATGT---T-
gi|4                          :                               acaCTACTGACAGTTCCAA---GAC----AATGAC--C-CATGTTGCC---ACGTCTTTC---C-TAC--GTAA-T-----GTG------T-TA--------AACGTCTG--T---TA-T---T----CTG--TATATGA---------ACTATTT--T--TATACTTGTGtccgtggtggcttattctttgactgttattttgctatttgtcatttttaccagtttt
gi|5                          :                   aCAGTGTCAGTTTTGCTACTGGCAGCTCTTA---GGA----GGATACT-C-C-TGT-GTCA---TTTATTTTGTATGTAT--GT-A-T-----GTA------T-TT--------A----TTG--TACTTA-C---C----ATG--GTTACCAT--------A-TGTTTA-TGCTGTACTTGTGA---T-GTAGATAT-----GACTGTGTTCtggtggctctgttcgttaaatgctacatttcctattggttatctttttgtagtttt
gi|6                          : aggtttaagctgccTTAAACAGTGACATCATTGGTACTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGCCGTCA--GTGTTTTTC---TGCAT--GT-A-T-----GCA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TATGTCTGAAC---T-GT---TGTG--A-ATCTGTATCC
gi|7                          :                                                                                aaggTCACTTC----ATGT--GT-A-T-----GTA------T-TGT-------A----CT---TAT-TA-T---T---------TCT-T-----------A-TATTAA-C--TGTGTCCATGC---T-GC---TGTG--GTGGATGTGTCCggtaaaggtt
gi|8                          :                            ttaTTGCAACTGACAATTCCAA---GGC----GATGGTA-C-C-TGTAGTCA--TTTCTCAT----TGTGT---T-A-T-----GTA------T-TGC-------A----CTGATTAT-AA-T---T----GT---TCCAT-----------A-TATCTA-T--TATATTATTGC---T-GG---TTTGGTA-GA-TGTGTCCattgaatgctacgtagcctgctggttctatatattgtgtgtaataatttctatatttagtgcctattcaaa
gi|9                          :                                             aaggtcaatagtggagtagtC--C-A-TGTTGTCA--GTT--CTTC---TGTAG--GT-A-T-----GTA------T-TGTATTTATAA----CT---TGT-TA-T---T----CTA--T---------------A-TGCTGA-A--TATGTCAATAC---TAAT---TTTG--ttt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTACTACTTGTCTCTCAAGGTTGTAACGGTCACTTGGTATTATATCTTTAGTATGTTGTATTGTATTTATCAAATCATATATTTTATACATTGGCTATGTTCGTGTAACGTGTTATGTGACTGTGTCATGTGAACGCTACCTCTGTTGTTGAACATATGTGTTCGTTTCTATGGTATGT
Unaligned ( gi|10 ): ATGTATATGTATTATACTTTATTATAATAATTCCTTATGTTAACAGTGTTCATGATGCCTTGGAGAGTGTGCCCTGTGTAGTTATATACTCAGCTACTGTACACTGTAATGTTTAATAATTATGTTCTTTTCTACTCAA
Unaligned ( gi|14 ): GGGTTGTCTCTTTGTCTTGATGTATATATTGTATTTATCATTGTTATTCTATATTATGATTATTTTTATACTGCTATGGTGGTTGTGCTTTAGAATACTGCGTCTCCTGTTGGACCGATTTATTTT
Unaligned ( gi|15 ): TTTTGCTACTACCCGCTCTAAAGGAATGACCCACGTTGTCACCATGAGCGGTTGTGTTGTCTTTATTATGATTATGATGTATTGGTTGTTTATGTTCCGTGATGATGGTTATGTCTTCTG
Unaligned ( gi|16 ): ATGTTTGTATTGTATTTTGAATGATTGTGTTATGATCATGTTTATGGTGCCATGGTGGTTGTGTGCTTTGGATGCTAAGTCATCTGTTGTACAGATATTATACTCTTTCTTTTTTCA
Unaligned ( gi|18 ): TGAATACAAGTGTTGTACTCACTATAAGTGCTCAATATATTGACTGTTTTATCCTGTTGTGGTGGCTGTGTCCTTTGCACTCTGCGTTTTCTACTGGACATTTAATTTTT
Unaligned ( gi|21 ): CTATGCTGCTGTGGTAGATGTGCTCTTAGAATGTTACGTCATACGTACTTTCCTATTTTGAATAATAATTTC
Unaligned ( gi|22 ): TGCTTTGAATATTATATATTTCTCATTTTTGTATG






Alignments
lowQualScore                  :                           11                                         111111                                                    33333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                         1          
lowQualScore                  :                   1     1 00        7777     3    1  555   6666      888888       555 1 777   6666    2  2 5 66666   777777 2  99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3  1   3 44  44     0  999999  55   3   5 55       
lowQualScore                  :                   .     . ..        ....     .    .  ...   ....      ......       ... . ...   ....    .  . . .....   ...... .  ........................................................ .  .   . ..  ..     .  ......  ..   .   . ..       
lowQualScore                  :                   0     0 33        1111     1    9  444   5555      000000       000 1 555   8888    1  7 3 77777   777777 7  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1  7   3 66  66     8  222222  00   6   0 55       
consensus                     :               TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTC---ATT-TNCTTC---TGTATGT-A-T-----GTA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTA-TGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTTTGTG--C---TG--TTG-TGATGACTGTGTCC
Reference ( family-203 )      :               TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTC---ATT-TNCTTC---TGTATGT-A-T-----GTA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTA-TGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTTTGTG--C---TG--TTG-TGA-GACTGTGTCC
gi|11                         :               TTAACCAGTGTCGGAATTGGTA----CTGACAGTTCTAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTCGTCGGTATT-TTTTTC---TGCATGT-A-T-----GCA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---C----CTG--TCTA-TGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTCTGAG--C---TG--TTT-TGA-GACTGTATCC
gi|12                         :                    CGGTGAC--TTTTGCTA----CTGACCGGTCCAA---GACAGTGAGTGAC--C-A-TTGTGTC---ATT-TCC-TC---TATATAC-A-T-----GTACATGTGT-TGT-------A----CT---TAT-TATT---T----TTGATTCTA-TG------------TGATTA-T--TA--TGTTTCTG--A---TA--TTG-TG
gi|13                         :                 gccCAGTGGTTGTTTT-CTA----CTGGCTGTTCCA-----------GGTGACTCC-C-TGTTGTC---ATT-TATTT----TGTACGT-A-T------T-------T-TG--------C----TTA--TGC-T------------TA--GCTA-T-----------A-TATTTA-T--TA--TGTTTATG--G---TG--TTG-CGgcgggtg
gi|15                         :            ccaggattaagctcttcTTTTGCTA----CTACCCGCTCTAA---AGG----AATGAC--C-CACGTTGTC---A----CCATG---AGCG-GT---T-----GTG------T-TG--------T----CT-----T-TA-T---T----ATG--ATTA-TG----------A-TG--TA-T--TGGTTGTTTATGTTC---CG--TGA-TGATGGTTATGTCgtg
gi|17                         :                                                 TCGAA---GAC----GCCGAAA-C-C-TGTCGTC---ACC-TATTT----TGTATGT-A-T-----GTA------T-----------------TG--TAC-T------------TG--TC-A-TGATTGGTCAGTA-TGCTTA-T--TG--TATCAGTG--C---TG--TTG-GGATGACTGTGGCCttctg
gi|19                         :                    CAGTGGAGCTTTTGCAA----CTGATTGTTCAAA---GTC----GGTGAC--T-AGTGCTGTC----TT-TTCTTC---TGTATGC-A-TGGAAAGTG------T-TT--------A----TTG--TAT-Tttaaa
gi|2                          :                            cTTTTGCTA----CTGGCCATCCTAA---AGC----AATGACA-T-A-TGTTGTC---ATT-ATTTTG---TATACGT-GTT-----GTA------T-TT--------A----CTAT-TAT-TG-T---T----CTA----TA-TCG---------A-TG-----T--TA--TGTTTATG--CAGTTG--TTG-T-A-G-CTGTGTCttgattactatat
gi|20                         :                              TTTGCTAGCTGCTGACCTTTCGAA---GGC----GGTGAC--CAC-TGTTATC---ACT-T-CTAC---TGTA--T-A-C-----GTA------TGTG--------G-----TG--TACTTA-T---TGTGGCTC--TCTG-TGA---------ttgtgaattctacatctcctttcggacatatattttcgtattttgtatg
gi|3                          :                                    A----CTGAAAGTTCTAATTAGGT----GATTAT--C-A-TATTGTC---ATT--CCTTC---TGTATGT-ATT-----GAA------T-TGC-------A----C-G--TGC-TA-TGAAT----AT---TCTA-T-----------A-TATTTGTT--TA--TGTTTATG--T---TT--CCG-TG
gi|4                          :                               acaCTA----CTGACAGTTCCAA---GAC----AATGAC--C-CATGTTGCC---ACG-TCTTTC---C-TACGTAA-T-----GTG------T-TA--------AACGTCTG--T---TA-T---T----CTG--TATA-TGA---------ACTATTT--T--TA--TACTTGTG--gtggcttattctttgactgttattttgctatttgtcatttttaccagtttt
gi|5                          :                   aCAGTGTCAGTTTTGCTA----CTGGCAGCTCTTA---GGA----GGATACT-C-C-TG-TGTC---ATT-TATTTTGTATGTATGT-A-T-----GTA------T-TT--------A----TTG--TACTTA-C---C----ATG--GTTA-CCAT--------A-TGTTTA-TGCTG--TACTTGTG--A---TG--TAGATAT-GACTGTGTTCtggtggctctgttcgttaaatgctacatttcctattggttatctttttgtagtttt
gi|6                          : aggtttaagctgccTTAAACAGTGACATCATTGGTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGCCGTC---AGTGTTTTTC---TGCATGT-A-T-----GCA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTA-TGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTCTGAA--C---TG--TTG-TGA-ATCTGTATCC
gi|7                          :                                                                                    aaggT-CACTTC----ATGTGT-A-T-----GTA------T-TGT-------A----CT---TAT-TA-T---T---------TCT--T-----------A-TATTAA-C--TG--TGTCCATG--C---TG--CTG-TGGTGGATGTGTCCggtaaaggtt
gi|8                          :                           ttaTTTGCAA----CTGACAATTCCAA---GGC----GATGGTA-C-C-TGTAGTC---ATT-TCTCAT---TGTGT-T-A-T-----GTA------T-TGC-------A----CTGATTAT-AA-T---T----GT---TCCA-T-----------A-TATCTA-T--TA--TATTATTG--C---TGGTTTG-GTA-GA-TGTGTCCattgaatgctacgtagcctgctggttctatatattgtgtgtaataatttctatatttagtgcctattcaaa
gi|9                          :                                                  aaggtcaatagtggagtagC--C-A-TGTTGTC---AGT-T-CTTC---TGTAGGT-A-T-----GTA------T-TGTATTTATAA----CT---TGT-TA-T---T----CTA--TATGCTGA---------A-TATttt
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTACTACTTGTCTCTCAAGGTTGTAACGGTCACTTGGTATTATATCTTTAGTATGTTGTATTGTATTTATCAAATCATATATTTTATACATTGGCTATGTTCGTGTAACGTGTTATGTGACTGTGTCATGTGAACGCTACCTCTGTTGTTGAACATATGTGTTCGTTTCTATGGTATGT
Unaligned ( gi|10 ): ATGTATATGTATTATACTTTATTATAATAATTCCTTATGTTAACAGTGTTCATGATGCCTTGGAGAGTGTGCCCTGTGTAGTTATATACTCAGCTACTGTACACTGTAATGTTTAATAATTATGTTCTTTTCTACTCAA
Unaligned ( gi|14 ): GGGTTGTCTCTTTGTCTTGATGTATATATTGTATTTATCATTGTTATTCTATATTATGATTATTTTTATACTGCTATGGTGGTTGTGCTTTAGAATACTGCGTCTCCTGTTGGACCGATTTATTTT
Unaligned ( gi|16 ): ATGTTTGTATTGTATTTTGAATGATTGTGTTATGATCATGTTTATGGTGCCATGGTGGTTGTGTGCTTTGGATGCTAAGTCATCTGTTGTACAGATATTATACTCTTTCTTTTTTCA
Unaligned ( gi|18 ): TGAATACAAGTGTTGTACTCACTATAAGTGCTCAATATATTGACTGTTTTATCCTGTTGTGGTGGCTGTGTCCTTTGCACTCTGCGTTTTCTACTGGACATTTAATTTTT
Unaligned ( gi|21 ): CTATGCTGCTGTGGTAGATGTGCTCTTAGAATGTTACGTCATACGTACTTTCCTATTTTGAATAATAATTTC
Unaligned ( gi|22 ): TGCTTTGAATATTATATATTTCTCATTTTTGTATG






Alignments
lowQualScore                  :                           11                                         111111                                                    4444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                                
lowQualScore                  :                   1     1 00        7777     3    1  555   6666      888888       555 1 777   6666    2  2 5 66666   777777 2  6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3  2   3 44  44     1  44  3          3        
lowQualScore                  :                   .     . ..        ....     .    .  ...   ....      ......       ... . ...   ....    .  . . .....   ...... .  ....................................................... .  .   . ..  ..     .  ..  .          .        
lowQualScore                  :                   0     0 33        1111     1    9  444   5555      000000       000 1 555   8888    1  7 3 77777   777777 7  3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1  8   1 22  22     2  22  1          6        
consensus                     :               TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTC---ATT-TNCTTC---TGTATGT-A-T-----GTA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTTTGTG--CT-GTTGTGGTGG-CTGTGTCC
Reference ( family-203 )      :               TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTC---ATT-TNCTTC---TGTATGT-A-T-----GTA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTTTGTG--CT-GTTGTGATGA-CTGTGTCC
gi|11                         :               TTAACCAGTGTCGGAATTGGTA----CTGACAGTTCTAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTCGTCGGTATT-TTTTTC---TGCATGT-A-T-----GCA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---C----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTCTGAG--CT-GTTTTGA-GA-CTGTATCC
gi|12                         :                    CGGTGAC--TTTTGCTA----CTGACCGGTCCAA---GACAGTGAGTGAC--C-A-TTGTGTC---ATT-TCC-TC---TATATAC-A-T-----GTACATGTGT-TGT-------A----CT---TAT-TATT---T----TTGATTCTATG------------TGATTA-T--TA--TGTTTCTG--AT-ATTGTG
gi|13                         :                 gccCAGTGGTTGTTTT-CTA----CTGGCTGTTCCA-----------GGTGACTCC-C-TGTTGTC---ATT-TATTT----TGTACGT-A-T------T-------T-TG--------C----TTA--TGC-T------------TA--GCTAT-----------A-TATTTA-T--TA--TGTTTATG--GT-GTTGCGGTGgcgggtg
gi|15                         :            ccaggattaagctcttcTTTTGCTA----CTACCCGCTCTAA---AGG----AATGAC--C-CACGTTGTC---A----CCATG---AGCG-GT---T-----GTG------T-TG--------T----CT-----T-TA-T---T----ATG--ATTATG----------A-TG--TA-T--TGGTTGTTTATGTTCC-GTGATGATGG-TTATGTC
gi|17                         :                                                 TCGAA---GAC----GCCGAAA-C-C-TGTCGTC---ACC-TATTT----TGTATGT-A-T-----GTA------T-----------------TG--TAC-T------------TG--TC-ATGATTGGTCAGTA-TGCTTA-T--TG--TATCAGTG--CT-GTTGGGATGA-CTGTGGCCttctg
gi|19                         :                    CAGTGGAGCTTTTGCAA----CTGATTGTTCAAA---GTC----GGTGAC--T-AGTGCTGTC----TT-TTCTTC---TGTATGC-A-TGGAAAGTG------T-TT--------A----TTG--TAT-Tttaaa
gi|2                          :                            cTTTTGCTA----CTGGCCATCCTAA---AGC----AATGACA-T-A-TGTTGTC---ATT-ATTTTG---TATACGT-GTT-----GTA------T-TT--------A----CTAT-TAT-TG-T---T----CTA----TATCG---------A-TG-----T--TA--TGTTTATG--CA-GTTGTTGTAG-CTGTGTCttgattactatat
gi|20                         :                              TTTGCTAGCTGCTGACCTTTCGAA---GGC----GGTGAC--CAC-TGTTATC---ACT-T-CTAC---TGTA--T-A-C-----GTA------TGTG--------G-----TG--TACTTA-T---TGTGGCTC--TCTGTGA---------ttgtgaattctacatctcctttcggacatatattttcgtattttgtatg
gi|3                          :                                    A----CTGAAAGTTCTAATTAGGT----GATTAT--C-A-TATTGTC---ATT--CCTTC---TGTATGT-ATT-----GAA------T-TGC-------A----C-G--TGC-TA-TGAAT----AT---TCTAT-----------A-TATTTGTT--TA--TGTTTATG--TT-TCCGTGGTGG-CT
gi|4                          :                               acaCTA----CTGACAGTTCCAA---GAC----AATGAC--C-CATGTTGCC---ACG-TCTTTC---C-TACGTAA-T-----GTG------T-TA--------AACGTCTG--T---TA-T---T----CTG--TATATGA---------ACTATTT--T--TA--TACTTG---------TGTGGTGG-CTCTGTTCtattctttgactgttattttgctatttgtcatttttaccagtttt
gi|5                          :                   aCAGTGTCAGTTTTGCTA----CTGGCAGCTCTTA---GGA----GGATACT-C-C-TG-TGTC---ATT-TATTTTGTATGTATGT-A-T-----GTA------T-TT--------A----TTG--TACTTA-C---C----ATG--GTTACCAT--------A-TGTTTA-TGCTG--TACTTGTG--AT-GTAGATATGA-CTGTGTTCgttaaatgctacatttcctattggttatctttttgtagtttt
gi|6                          : aggtttaagctgccTTAAACAGTGACATCATTGGTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGCCGTC---AGTGTTTTTC---TGCATGT-A-T-----GCA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTCTGAA--CT-GTTGTGA--ATCTGTATCC
gi|7                          :                                                                                    aaggT-CACTTC----ATGTGT-A-T-----GTA------T-TGT-------A----CT---TAT-TA-T---T---------TCT-T-----------A-TATTAA-C--TG--TGTCCATG--CT-GCTGTGGTGG-ATGTGTCCggtaaaggtt
gi|8                          :                           ttaTTTGCAA----CTGACAATTCCAA---GGC----GATGGTA-C-C-TGTAGTC---ATT-TCTCAT---TGTGT-T-A-T-----GTA------T-TGC-------A----CTGATTAT-AA-T---T----GT---TCCAT-----------A-TATCTA-T--TA--TATTATTG--CT-GGTTTGGTAG-ATGTGTCCattgaatgctacgtagcctgctggttctatatattgtgtgtaataatttctatatttagtgcctattcaaa
gi|9                          :                                                  aaggtcaatagtggagtagC--C-A-TGTTGTC---AGT-T-CTTC---TGTAGGT-A-T-----GTA------T-TGTATTTATAA----CT---TGT-TA-T---T----CTA--T---------------A-TGCTGA-A--TA--TGTCAATA--CTAATTTTGGTGA-ttt
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTACTACTTGTCTCTCAAGGTTGTAACGGTCACTTGGTATTATATCTTTAGTATGTTGTATTGTATTTATCAAATCATATATTTTATACATTGGCTATGTTCGTGTAACGTGTTATGTGACTGTGTCATGTGAACGCTACCTCTGTTGTTGAACATATGTGTTCGTTTCTATGGTATGT
Unaligned ( gi|10 ): ATGTATATGTATTATACTTTATTATAATAATTCCTTATGTTAACAGTGTTCATGATGCCTTGGAGAGTGTGCCCTGTGTAGTTATATACTCAGCTACTGTACACTGTAATGTTTAATAATTATGTTCTTTTCTACTCAA
Unaligned ( gi|14 ): GGGTTGTCTCTTTGTCTTGATGTATATATTGTATTTATCATTGTTATTCTATATTATGATTATTTTTATACTGCTATGGTGGTTGTGCTTTAGAATACTGCGTCTCCTGTTGGACCGATTTATTTT
Unaligned ( gi|16 ): ATGTTTGTATTGTATTTTGAATGATTGTGTTATGATCATGTTTATGGTGCCATGGTGGTTGTGTGCTTTGGATGCTAAGTCATCTGTTGTACAGATATTATACTCTTTCTTTTTTCA
Unaligned ( gi|18 ): TGAATACAAGTGTTGTACTCACTATAAGTGCTCAATATATTGACTGTTTTATCCTGTTGTGGTGGCTGTGTCCTTTGCACTCTGCGTTTTCTACTGGACATTTAATTTTT
Unaligned ( gi|21 ): CTATGCTGCTGTGGTAGATGTGCTCTTAGAATGTTACGTCATACGTACTTTCCTATTTTGAATAATAATTTC
Unaligned ( gi|22 ): TGCTTTGAATATTATATATTTCTCATTTTTGTATG






Alignments
lowQualScore                  :                                            11                                         111111                                 11111             44444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                               
lowQualScore                  :                                    1     1 00        7777     3    1  555   6666      888888       555 1 777   6666    2  2  22222   777777 2  55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2       33 2 33     1  33  2                  
lowQualScore                  :                                    .     . ..        ....     .    .  ...   ....      ......       ... . ...   ....    .  .  .....   ...... .  ........................................................ .       .. . ..     .  ..  .                  
lowQualScore                  :                                    0     0 33        1111     1    9  444   5555      000000       000 1 555   8888    1  7  00000   777777 7  33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9       99 9 99     6  99  9                  
consensus                     :                                TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTC---ATT-TNCTTC---TGTATGT-AT-----GTA------T-TG--------A----CTG--T-AC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTAT--T-A--TGTTTGTG--CT-GTTGTGGTGGCTGTGTCC
Reference ( family-203 )      :                                TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTC---ATT-TNCTTC---TGTATGT-AT-----GTA------T-TG--------A----CTG--T-AC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTAT--T-A--TGTTTGTG--CT-GTTGTGGTGGCTGTGTCC
gi|11                         :                                TTAACCAGTGTCGGAATTGGTA----CTGACAGTTCTAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTCGTCGGTATT-TTTTTC---TGCATGT-AT-----GCA------T-TG--------A----CTG--T-AC-TA-T---C----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTAT--T-A--TGTCTGAG--CT-GTTTTGA-GACTGTATCC
gi|12                         :                                     CGGTGAC--TTTTGCTA----CTGACCGGTCCAA---GACAGTGAGTGAC--C-A-TTGTGTC---ATT-TCC-TC---TATATAC-AT-----GTACATGTGT-TGT-------A----CT---T-AT-TATT---T----TTGATTCTATG------------TGATTAT--T-A--TGTTTCTG--AT-ATTGTGGCGGGTG
gi|13                         :                                  gccCAGTGGTTGTTTT-CTA----CTGGCTGTTCCA-----------GGTGACTCC-C-TGTTGTC---ATT-TATTT----TGTACGT-AT------T-------T-TG--------C----TTA--T-GC-T------------TA--GCTAT-----------A-TATTTAT--T-A--TGTTTATG--GT-GTTGCGGTG
gi|15                         :                             ccaggattaagctcttcTTTTGCTA----CTACCCGCTCTAA---AGG----AATGAC--C-CACGTTGTC---A----CCATG---AGCG-GT--T-----GTG------T-TG--------T----CT------T-TA-T---T----ATG--ATTATG----------A-TG--TAT--T-GGTTGTTTATGTTCC-GTGATGATGGTTATGTC
gi|17                         :                                                                  TCGAA---GAC----GCCGAAA-C-C-TGTCGTC---ACC-TATTT----TGTATGT-AT-----GTA------T-----------------TG--T-AC-T------------TG--TC-ATGATTGGTCAGTA-TGCTTAT--T-G--TATCAGTG--CT-GTTGGGATGACTGTGGCCttctg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                               ---------A-TATTGAC--T-G--T-TTTATC--CT-GTTGTGGTGGCTGTGTCCttaaa
gi|19                         : tgaatacaagtgttgtactcactataagtgctcaatCAGTGGAGCTTTTGCAA----CTGATTGTTCAAA---GTC----GGTGAC--T-AGTGCTGTC----TT-TTCTTC---TGTATGC-ATGGAAAGTG------T-TT--------A----TTG--T-AT-Ttttgcactctgcgttttctactggacatttaattttt
gi|2                          :                                             cTTTTGCTA----CTGGCCATCCTAA---AGC----AATGAC--A-TATGTTGTC---ATT-ATTTTG---TATACGT-GTT----GTA------T-TT--------A----CTA--TTAT-TG-T---T----CTA--T--ATCG---------A-TGTT-------A--TGTTTATG--CA-GTTGTTGTAGCTGTGTCttgattactatat
gi|20                         :                                               TTTGCTAGCTGCTGACCTTTCGAA---GGC----GGTGAC--CAC-TGTTATC---ACT-T-CTAC---TGTA--T-AC-----GTA------TGTG--------G-----TG--T-ACTTA-T---TGTGGCTC--TCTGTGA---------ttgtgaattctacatctcctttcggacatatattttcgtattttgtatg
gi|3                          :                                                     A----CTGAAAGTTCTAATTAGGT----GATTAT--C-A-TATTGTC---ATT--CCTTC---TGTATGT-ATT----GAA------T-TGC-------A----C-G--T-GC-TA-TGAAT----AT---TCTAT-----------A-TATTTGT--TTA--TGTTTATG--TT-TCCGTGGTGGCT
gi|4                          :                                                acaCTA----CTGACAGTTCCAA---GAC----AATGAC--C-CATGTTGCC---ACG-TCTTTC---C-TACGTAAT-----GTG------T-TA--------AACGTCTG--T----TA-T---T----CTG--TATATGA---------ACTATTT-T--T-A--TACTTG---------TGTGGTGGCTCTGTTCtattctttgactgttattttgctatttgtcatttttaccagtttt
gi|5                          :                                    aCAGTGTCAGTTTTGCTA----CTGGCAGCTCTTA---GGA----GGATACT-C-C-TG-TGTC---ATT-TATTTTGTATGTATGT-AT-----GTA------T-TT--------A----TTG--T-ACTTA-C---C----ATG--GTTACCAT--------A-TGTTTATGCT-G--TACTTGTG--AT-GTAGATATGACTGTGTTCgttaaatgctacatttcctattggttatctttttgtagtttt
gi|6                          :                  aggtttaagctgccTTAAACAGTGACATCATTGGTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGCCGTC---AGTGTTTTTC---TGCATGT-AT-----GCA------T-TG--------A----CTG--T-AC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTAT--T-A--TGTCTGAA--CT-GTTGTGA-ATCTGTATCC
gi|7                          :                                                                                                     aaggT-CACTTC----ATGTGT-AT-----GTA------T-TGT-------A----CT---T-AT-TA-T---T---------TCT-T-----------A-TATTAAC--T-G--TGTCCATG--CT-GCTGTGGTGGATGTGTCCggtaaaggtt
gi|8                          :                                            ttaTTTGCAA----CTGACAATTCCAA---GGC----GATGGTA-C-C-TGTAGTC---ATT-TCTCAT---TGTGT-T-AT-----GTA------T-TGC-------A----CTGATT-AT-AA-T---T----GT---TCCAT-----------A-TATCTAT--T-A--TATTATTG--CT-GGTTTGGTAGATGTGTCCattgaatgctacgtagcctgctggttctatatattgtgtgtaataatttctatatttagtgcctattcaaa
gi|9                          :                                                                   aaggtcaatagtggagtagC--C-A-TGTTGTC---AGT-T-CTTC---TGTAGGT-AT-----GTA------T-TGTATTTATAA----CT---T-GT-TA-T---T----CTA--T---------------A-TGCTGAA--T-A--TGTCAATA--CTAATTTTGGTGACttt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTACTACTTGTCTCTCAAGGTTGTAACGGTCACTTGGTATTATATCTTTAGTATGTTGTATTGTATTTATCAAATCATATATTTTATACATTGGCTATGTTCGTGTAACGTGTTATGTGACTGTGTCATGTGAACGCTACCTCTGTTGTTGAACATATGTGTTCGTTTCTATGGTATGT
Unaligned ( gi|10 ): ATGTATATGTATTATACTTTATTATAATAATTCCTTATGTTAACAGTGTTCATGATGCCTTGGAGAGTGTGCCCTGTGTAGTTATATACTCAGCTACTGTACACTGTAATGTTTAATAATTATGTTCTTTTCTACTCAA
Unaligned ( gi|14 ): GGGTTGTCTCTTTGTCTTGATGTATATATTGTATTTATCATTGTTATTCTATATTATGATTATTTTTATACTGCTATGGTGGTTGTGCTTTAGAATACTGCGTCTCCTGTTGGACCGATTTATTTT
Unaligned ( gi|16 ): ATGTTTGTATTGTATTTTGAATGATTGTGTTATGATCATGTTTATGGTGCCATGGTGGTTGTGTGCTTTGGATGCTAAGTCATCTGTTGTACAGATATTATACTCTTTCTTTTTTCA
Unaligned ( gi|21 ): CTATGCTGCTGTGGTAGATGTGCTCTTAGAATGTTACGTCATACGTACTTTCCTATTTTGAATAATAATTTC
Unaligned ( gi|22 ): TGCTTTGAATATTATATATTTCTCATTTTTGTATG






Alignments
lowQualScore                  :                                            11                                         111111                                 11111             44444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                               
lowQualScore                  :                                    1     1 00        7777     3    1  555   6666      888888       555 1 777   6666    2  2  22222   777777 2  55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2       33 2 33     1  33  2                  
lowQualScore                  :                                    .     . ..        ....     .    .  ...   ....      ......       ... . ...   ....    .  .  .....   ...... .  ........................................................ .       .. . ..     .  ..  .                  
lowQualScore                  :                                    0     0 33        1111     1    9  444   5555      000000       000 1 555   8888    1  7  00000   777777 7  33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9       99 9 99     6  99  9                  
consensus                     :                                TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTC---ATT-TNCTTC---TGTATGT-AT-----GTA------T-TG--------A----CTG--T-AC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTAT--T-A--TGTTTGTG--CT-GTTGTGGTGGCTGTGTCC
Reference ( family-203 )      :                                TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTC---ATT-TNCTTC---TGTATGT-AT-----GTA------T-TG--------A----CTG--T-AC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTAT--T-A--TGTTTGTG--CT-GTTGTGGTGGCTGTGTCC
gi|11                         :                                TTAACCAGTGTCGGAATTGGTA----CTGACAGTTCTAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTCGTCGGTATT-TTTTTC---TGCATGT-AT-----GCA------T-TG--------A----CTG--T-AC-TA-T---C----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTAT--T-A--TGTCTGAG--CT-GTTTTGA-GACTGTATCC
gi|12                         :                                     CGGTGAC--TTTTGCTA----CTGACCGGTCCAA---GACAGTGAGTGAC--C-A-TTGTGTC---ATT-TCC-TC---TATATAC-AT-----GTACATGTGT-TGT-------A----CT---T-AT-TATT---T----TTGATTCTATG------------TGATTAT--T-A--TGTTTCTG--AT-ATTGTGGCGGGTG
gi|13                         :                                  gccCAGTGGTTGTTTT-CTA----CTGGCTGTTCCA-----------GGTGACTCC-C-TGTTGTC---ATT-TATTT----TGTACGT-AT------T-------T-TG--------C----TTA--T-GC-T------------TA--GCTAT-----------A-TATTTAT--T-A--TGTTTATG--GT-GTTGCGGTG
gi|15                         :                             ccaggattaagctcttcTTTTGCTA----CTACCCGCTCTAA---AGG----AATGAC--C-CACGTTGTC---A----CCATG---AGCG-GT--T-----GTG------T-TG--------T----CT------T-TA-T---T----ATG--ATTATG----------A-TG--TAT--T-GGTTGTTTATGTTCC-GTGATGATGGTTATGTC
gi|17                         :                                                                  TCGAA---GAC----GCCGAAA-C-C-TGTCGTC---ACC-TATTT----TGTATGT-AT-----GTA------T-----------------TG--T-AC-T------------TG--TC-ATGATTGGTCAGTA-TGCTTAT--T-G--TATCAGTG--CT-GTTGGGATGACTGTGGCCttctg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                               ---------A-TATTGAC--T-G--T-TTTATC--CT-GTTGTGGTGGCTGTGTCCttaaa
gi|19                         : tgaatacaagtgttgtactcactataagtgctcaatCAGTGGAGCTTTTGCAA----CTGATTGTTCAAA---GTC----GGTGAC--T-AGTGCTGTC----TT-TTCTTC---TGTATGC-ATGGAAAGTG------T-TT--------A----TTG--T-AT-Ttttgcactctgcgttttctactggacatttaattttt
gi|2                          :                                             cTTTTGCTA----CTGGCCATCCTAA---AGC----AATGAC--A-TATGTTGTC---ATT-ATTTTG---TATACGT-GTT----GTA------T-TT--------A----CTA--TTAT-TG-T---T----CTA--T--ATCG---------A-TGTT-------A--TGTTTATG--CA-GTTGTTGTAGCTGTGTCttgattactatat
gi|20                         :                                               TTTGCTAGCTGCTGACCTTTCGAA---GGC----GGTGAC--CAC-TGTTATC---ACT-T-CTAC---TGTA--T-AC-----GTA------TGTG--------G-----TG--T-ACTTA-T---TGTGGCTC--TCTGTGA---------ttgtgaattctacatctcctttcggacatatattttcgtattttgtatg
gi|3                          :                                                     A----CTGAAAGTTCTAATTAGGT----GATTAT--C-A-TATTGTC---ATT--CCTTC---TGTATGT-ATT----GAA------T-TGC-------A----C-G--T-GC-TA-TGAAT----AT---TCTAT-----------A-TATTTGT--TTA--TGTTTATG--TT-TCCGTGGTGGCT
gi|4                          :                                                acaCTA----CTGACAGTTCCAA---GAC----AATGAC--C-CATGTTGCC---ACG-TCTTTC---C-TACGTAAT-----GTG------T-TA--------AACGTCTG--T----TA-T---T----CTG--TATATGA---------ACTATTT-T--T-A--TACTTG---------TGTGGTGGCTCTGTTCtattctttgactgttattttgctatttgtcatttttaccagtttt
gi|5                          :                                    aCAGTGTCAGTTTTGCTA----CTGGCAGCTCTTA---GGA----GGATACT-C-C-TG-TGTC---ATT-TATTTTGTATGTATGT-AT-----GTA------T-TT--------A----TTG--T-ACTTA-C---C----ATG--GTTACCAT--------A-TGTTTATGCT-G--TACTTGTG--AT-GTAGATATGACTGTGTTCgttaaatgctacatttcctattggttatctttttgtagtttt
gi|6                          :                  aggtttaagctgccTTAAACAGTGACATCATTGGTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGCCGTC---AGTGTTTTTC---TGCATGT-AT-----GCA------T-TG--------A----CTG--T-AC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTAT--T-A--TGTCTGAA--CT-GTTGTGA-ATCTGTATCC
gi|7                          :                                                                                                     aaggT-CACTTC----ATGTGT-AT-----GTA------T-TGT-------A----CT---T-AT-TA-T---T---------TCT-T-----------A-TATTAAC--T-G--TGTCCATG--CT-GCTGTGGTGGATGTGTCCggtaaaggtt
gi|8                          :                                            ttaTTTGCAA----CTGACAATTCCAA---GGC----GATGGTA-C-C-TGTAGTC---ATT-TCTCAT---TGTGT-T-AT-----GTA------T-TGC-------A----CTGATT-AT-AA-T---T----GT---TCCAT-----------A-TATCTAT--T-A--TATTATTG--CT-GGTTTGGTAGATGTGTCCattgaatgctacgtagcctgctggttctatatattgtgtgtaataatttctatatttagtgcctattcaaa
gi|9                          :                                                                   aaggtcaatagtggagtagC--C-A-TGTTGTC---AGT-T-CTTC---TGTAGGT-AT-----GTA------T-TGTATTTATAA----CT---T-GT-TA-T---T----CTA--T---------------A-TGCTGAA--T-A--TGTCAATA--CTAATTTTGGTGACttt


blockSeqs                     :                                    A     A TG        GCTG     C    C  TTA   AGTG      TCCC         .   T GTT   TGTA    T  A  GGAAA   CATGTG G  GTGTACTTATTGTGGCTCTCTGTGA                                C       GC T GT     C  TT  A
blockSeqs                     :                                          G GC        .        T    C  .     .         CCA          .   T TC    C       C  .  T       .      .  TACTTATTATTTTTGATTCTATG                                  .       .  . .      A  .   .
blockSeqs                     :                                          G AG        .        C    T  .     .         ACC          .   C TA    G       T  .  T       .      .  TGTACTTGTCATGATTGGTCAGT                                  .       .  . .      A  .   .
blockSeqs                     :                                          T AT        .        T    G  .     .         TAG          .   T TA    C       T  .  .       .      .  AACGTCTGTTATTCTGTATATGA                                  .       .  . .      G  .   .
blockSeqs                     :                                          A .         .        C    A  .     .         ATA          .   T TT    G       C  .  .       .      .  ATTGTACTTACCATGGTTACCAT                                  .       .  . .      A  .   .
blockSeqs                     :                                                      .        C    T  .     .         CAC          .   C AT    C       T  .  .       .      .  TATTTATAACTTGTTATTCTAT                                   .       .  . .      A  .   .
blockSeqs                     :                                                      .        A    G  .     .         CCA          .   T TC    C       C  .  .       .      .  CACGTGCTATGAATATTCTAT                                    .       .  . .      A  .   .
blockSeqs                     :                                                      .        A    T  .     .         TCC          .   C TA    C       T  .  .       .      .  ACTGTACTATTCTGTCTATGA                                    .       .  . .      G  .   .
blockSeqs                     :                                                      .        A    C  .     .         ACC          .   T CA    C       T  .  .       .      .  CACTGATTATAATTGTTCCAT                                    .       .  . .      G  .   .
blockSeqs                     :                                                      .        C    T  .     .         CA           .   G TC    C       T  .  .       .      .  ACTATTATTGTTCTATATCG                                     .       .  . .      G  .   .
blockSeqs                     :                                                      .        A    C  .     .         CA           .   T C     T       T  .  .       .      .  TCTTTATTATGATTATG                                        .       .  . .      A  .   .
blockSeqs                     :                                                                    C  .     .         CC           .   G T     C       G  .  .       .      .  CTTATGCTTAGCTAT                                          .       .  . .      T  .   .
blockSeqs                     :                                                                                       CA           .   . C     .       .  .  .       .      .  TACTTATTATTTCTT                                          .       .  . .      A  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                          T     .       .  .  .       .      .                                                                                       


blockSeqCons                  :                                                                                       NCN***       ***
originalCons                  :                                TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGAC--C-C-TGTTGTC---ATT-TNCTTC---TGTATGT-AT-----GTA------T-TG--------A----CTG--T-AC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTAT--T-A--TGTTTGTG--CT-GTTGTGGTGGCTGTGTCC
finalCons                     :                                TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAA---GGC----GGTGACNCN---TGTTGTC---ATT-TNCTTC---TGTATGT-AT-----GTA------T-TG--------A----CTG--T-AC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTAT--T-A--TGTTTGTG--CT-GTTGTGGTGGCTGTGTCC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTACTACTTGTCTCTCAAGGTTGTAACGGTCACTTGGTATTATATCTTTAGTATGTTGTATTGTATTTATCAAATCATATATTTTATACATTGGCTATGTTCGTGTAACGTGTTATGTGACTGTGTCATGTGAACGCTACCTCTGTTGTTGAACATATGTGTTCGTTTCTATGGTATGT
Unaligned ( gi|10 ): ATGTATATGTATTATACTTTATTATAATAATTCCTTATGTTAACAGTGTTCATGATGCCTTGGAGAGTGTGCCCTGTGTAGTTATATACTCAGCTACTGTACACTGTAATGTTTAATAATTATGTTCTTTTCTACTCAA
Unaligned ( gi|14 ): GGGTTGTCTCTTTGTCTTGATGTATATATTGTATTTATCATTGTTATTCTATATTATGATTATTTTTATACTGCTATGGTGGTTGTGCTTTAGAATACTGCGTCTCCTGTTGGACCGATTTATTTT
Unaligned ( gi|16 ): ATGTTTGTATTGTATTTTGAATGATTGTGTTATGATCATGTTTATGGTGCCATGGTGGTTGTGTGCTTTGGATGCTAAGTCATCTGTTGTACAGATATTATACTCTTTCTTTTTTCA
Unaligned ( gi|21 ): CTATGCTGCTGTGGTAGATGTGCTCTTAGAATGTTACGTCATACGTACTTTCCTATTTTGAATAATAATTTC
Unaligned ( gi|22 ): TGCTTTGAATATTATATATTTCTCATTTTTGTATG






Alignments
lowQualScore                  :                                            11                                      111111                                                    4444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                               
lowQualScore                  :                                    1     1 00        7777     3    1     6666      000000  0    555 2   77   444    2  2 5 66666   777777 2  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2  2   2 33  33     1  33  2                  
lowQualScore                  :                                    .     . ..        ....     .    .     ....      ......  .    ... .   ..   ...    .  . . .....   ...... .  ....................................................... .  .   . ..  ..     .  ..  .                  
lowQualScore                  :                                    0     0 33        1111     1    9     5555      999999  1    000 9   00   777    1  7 3 77777   777777 7  3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9  0   9 99  99     6  99  9                  
consensus                     :                                TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAAGGC----GGTGACC--CN-TGTTGTC---A-TTTNCTTC---TGTATGT-A-T-----GTA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTTTGTG--CT-GTTGTGGTGGCTGTGTCC
Reference ( family-203 )      :                                TTAANCAGTGNCGGTTTTGCTA----CTGACCGTTCCAAGGC----GGTGACN--CN-TGTTGTC---A-TTTNCTTC---TGTATGT-A-T-----GTA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTTTGTG--CT-GTTGTGGTGGCTGTGTCC
gi|11                         :                                TTAACCAGTGTCGGAATTGGTA----CTGACAGTTCTAAGGC----GGTGACC--C--TGTCGTCGGTA-TTTTTTTC---TGCATGT-A-T-----GCA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---C----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTCTGAG--CT-GTTTTGA-GACTGTATCC
gi|12                         :                                     CGGTGAC--TTTTGCTA----CTGACCGGTCCAAGACAGTGAGTGACC--AT-TG-TGTC---A-TTTCC-TC---TATATAC-A-T-----GTACATGTGT-TGT-------A----CT---TAT-TATT---T----TTGATTCTATG------------TGATTA-T--TA--TGTTTCTG--AT-ATTGTGGCGGGTG
gi|13                         :                                  gccCAGTGGTTGTTTT-CTA----CTGGCTGTTCCA--------GGTGACT--CCCTGTTGTC---A-TTTA-TTT---TGTACGT-A-T------T-------T-TG--------C----TTA--TGC-T------------TA--GCTAT-----------A-TATTTA-T--TA--TGTTTATG--GT-GTTGCGGTG
gi|15                         :                             ccaggattaagctcttcTTTTGCTA----CTACCCGCTCTAAAGG----AATGACC--CA-CGTTGTC---A----CCATG---AGCG-GT---T-----GTG------T-TG--------T----CT-----T-TA-T---T----ATG--ATTATG----------A-TG--TA-T--TGGTTGTTTATGTTCC-GTGATGATGGTTATGTC
gi|17                         :                                                                  TCGAAGAC----GCCGAAA--CC-TGTCGTC---A-CCTATTT----TGTATGT-A-T-----GTA------T-----------------TG--TAC-T------------TG--TC-ATGATTGGTCAGTA-TGCTTA-T--TG--TATCAGTG--CT-GTTGGGATGACTGTGGCCttctg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                            ---------A-TATTGA-C--TG--T-TTTATC--CT-GTTGTGGTGGCTGTGTCCttaaa
gi|19                         : tgaatacaagtgttgtactcactataagtgctcaatCAGTGGAGCTTTTGCAA----CTGATTGTTCAAAGTC----GGTGACT--AG-TGCTGTC-----TTTTCTTC---TGTATGC-A-TGGAAAGTG------T-TT--------A----TTG--TAT-Ttttgcactctgcgttttctactggacatttaattttt
gi|2                          :                                             cTTTTGCTA----CTGGCCATCCTAAAGC----AATGACA--TA-TGTTGTC---A-TTATTTTG---TATACGT-GTT-----GTA------T-TT--------A----CTAT-TAT-TG-T---T----CTA----TATCG---------A-TG-----T--TA--TGTTTATG--CA-GTTGTTGTAGCTGTGTCttgattactatat
gi|20                         :                                               TTTGCTAGCTGCTGACCTTTCGAAGGC----GGTGACC--AC-TGTTATC---A-CTT-CTAC---TGTA--T-A-C-----GTA------TGTG--------G-----TG--TACTTA-T---TGTGGCTC--TCTGTGA---------ttgtgaattctacatctcctttcggacatatattttcgtattttgtatg
gi|3                          :                                                     A----CTGAAAGTTCTAATTA----GGTGATTATCA-TATTGTC---A-TT-CCTTC---TGTATGT-ATT-----GAA------T-TGC-------A----C-G--TGC-TA-TGAAT----AT---TCTAT-----------A-TATTTGTT--TA--TGTTTATG--TT-TCCGTGGTGGCT
gi|4                          :                                                acaCTA----CTGACAGTTCCAAGAC----AATGACC--CA-TGTTGCC---A-CGTCTTTC---C-TACGTAA-T-----GTG------T-TA--------AACGTCTG--T---TA-T---T----CTG--TATATGA---------ACTATTT--T--TA--TACTTG---------TGTGGTGGCTCTGTTCtattctttgactgttattttgctatttgtcatttttaccagtttt
gi|5                          :                                    aCAGTGTCAGTTTTGCTA----CTGGCAGCTCTTAGGA----GGATACT--CC-TG-TGTC---A-TTTATTTTGTATGTATGT-A-T-----GTA------T-TT--------A----TTG--TACTTA-C---C----ATG--GTTACCAT--------A-TGTTTA-TGCTG--TACTTGTG--AT-GTAGATATGACTGTGTTCgttaaatgctacatttcctattggttatctttttgtagtttt
gi|6                          :                  aggtttaagctgccTTAAACAGTGACATCATTGGTA----CTGACCGTTCCAAGGC----GGTGAC---CC-TGCCGTC---AGTGTTTTTC---TGCATGT-A-T-----GCA------T-TG--------A----CTG--TAC-TA-T---T----CTG--TCTATGA---------A-TGTTTA-T--TA--TGTCTGAA--CT-GTTGTGA-ATCTGTATCC
gi|7                          :                                                                                                   aaggTCACTTC----ATGTGT-A-T-----GTA------T-TGT-------A----CT---TAT-TA-T---T---------TCT-T-----------A-TATTAA-C--TG--TGTCCATG--CT-GCTGTGGTGGATGTGTCCggtaaaggtt
gi|8                          :                                            ttaTTTGCAA----CTGACAATTCCAAGGC----GATGGTA--CC-TGTAGTC---A-TTTCTCAT---TGTGT-T-A-T-----GTA------T-TGC-------A----CTGATTAT-AA-T---T----GT---TCCAT-----------A-TATCTA-T--TA--TATTATTG--CT-GGTTTGGTAGATGTGTCCattgaatgctacgtagcctgctggttctatatattgtgtgtaataatttctatatttagtgcctattcaaa
gi|9                          :                                                                aaggtcaatagtggagtagCC--CA-TGTTGTC---A-GTT-CTTC---TGTAGGT-A-T-----GTA------T-TGTATTTATAA----CT---TGT-TA-T---T----CTA--T---------------A-TGCTGA-A--TA--TGTCAATA--CTAATTTTGGTGACttt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTACTACTTGTCTCTCAAGGTTGTAACGGTCACTTGGTATTATATCTTTAGTATGTTGTATTGTATTTATCAAATCATATATTTTATACATTGGCTATGTTCGTGTAACGTGTTATGTGACTGTGTCATGTGAACGCTACCTCTGTTGTTGAACATATGTGTTCGTTTCTATGGTATGT
Unaligned ( gi|10 ): ATGTATATGTATTATACTTTATTATAATAATTCCTTATGTTAACAGTGTTCATGATGCCTTGGAGAGTGTGCCCTGTGTAGTTATATACTCAGCTACTGTACACTGTAATGTTTAATAATTATGTTCTTTTCTACTCAA
Unaligned ( gi|14 ): GGGTTGTCTCTTTGTCTTGATGTATATATTGTATTTATCATTGTTATTCTATATTATGATTATTTTTATACTGCTATGGTGGTTGTGCTTTAGAATACTGCGTCTCCTGTTGGACCGATTTATTTT
Unaligned ( gi|16 ): ATGTTTGTATTGTATTTTGAATGATTGTGTTATGATCATGTTTATGGTGCCATGGTGGTTGTGTGCTTTGGATGCTAAGTCATCTGTTGTACAGATATTATACTCTTTCTTTTTTCA
Unaligned ( gi|21 ): CTATGCTGCTGTGGTAGATGTGCTCTTAGAATGTTACGTCATACGTACTTTCCTATTTTGAATAATAATTTC
Unaligned ( gi|22 ): TGCTTTGAATATTATATATTTCTCATTTTTGTATG