lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 77777777777777777777777 11 22222 11 44444444444 1 111111 2222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5555555555555555 444444444444444444444 222 111 1 11
lowQualScore : 7 77 00000000000000000000000 2 3 77 1 44444 33 2 4 11111111111 4 444 77 888 3 000000 2 4444444444444444444 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444 2 3 2 666 2 2 44 2 2 9999999999999999 5 77 1 111111111111111111111 0 2 0 222 5 111 5 33 88
lowQualScore : . .. ....................... . . .. . ..... .. . . ........... . ... .. ... . ...... . ................... . ......................................................................................... .... . . . ... . . .. . . ................ . .. . ..................... . . . ... . ... . .. ..
lowQualScore : 0 55 66666666666666666666666 5 2 00 7 66666 00 6 0 77777777777 8 444 33 111 7 444444 4 2222222222222222222 6 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8888 1 3 1 666 1 1 11 7 9 0000000000000000 0 00 8 999999999999999999999 2 1 2 555 7 777 0 22 33
consensus : ATATCAATGTAACATCTNATNAAAG-GAT-CCCTT--G-AANCACAANACGCAACCAACGGAAGA-AAATAA-CAGNA--------TCGGTTT---TATT-GA--GTCTGTTCATGAGGG-----GTAAT-G----A------A-NT----ATGCAACACC-------CCTCACGC-----C-CC-CTAG--CA---CCG----G-CTTN--AGC-GGTAT-GA-----TATTCT-T--TCT-----CGAG--CA-ACAC-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGA-TT-C-----NA-G-CATCAGAA-AT-AATAACANC---ACTGAG-TCA-AG-N-TACGNGGCGACNTTTTT-ACGGCCGCCACACAGCGT--ACACA
Reference ( gi|3 ) : ATTTCAAT--AATATC--A-AAAAGTGAT-CCCTT--A-AACCACAACGCACAACTATCAGAAGA-CAATAA-CAATA--------TTGGTTT---TATT-AA--ATCTGTTCATTAGGG-----ATAAT-G----A------A-TT----ATGCAACACC-------ACTCACGT-----T-CC-CTAA--CA---CCG----A-ATTT--AGC-GGTATTGA-A---TATTCT-T--TCT-----CGAA--CA-ACAC-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGA-TT-C-----AATCTTATTAGAA-AT-GATAATATT---ACCGTG-TC--AG-T-TACGAGGCGACTGTTTT-ACGTCTGCCACAAAGCAT--ACACAC
gi|6 : ATATCAATGTAACATCTGATAAAAG-GATACCCAG--G-AAGCACAAAATACATCCAAGAAAAGA-AAACAG-CAGGC--------TCAGTTT---TACT-GA------GTTCCCGAGGG-----GTAAT-G----A------T-AC----ATGCAA--------------CATGC-----C-CC-CTAT--CA---CCA----A-CTAA--AGC-A-----GA-A---TTCTCT-T--TTT-----TTAA--CA-A-AC-T---G-AA-GGATTTCCA-TGA-TT-C-----CACGGAATCACAA-AT-AATAACATC---ACTGAGATA--AA-G-TAAACGGCGGC-ATTTT-ACAGCTGTCA
gi|4 : TCAAT--AATATCTCA-TAAAAT-AC-CCCTTTGA-AGCC-CAACACGCA-----CGCAAGA-AAAAAA-CAG-A--------CTAGTTT---TAGT-GA--GTATGTTCATTAGGG-----AAACT-G----A------A-CT----ATGCAGCGCC-------CCTTGTGC-----T-AC-CTAA--CA---CCG----G-TTTG--CGC-GGT-TTCA-A----AGTC----------------------ATAT-T---A-AA-TGGGC---------TT-C-----A--C--------A-AT-AATAAAAAC---ACTGAG-TCA-AA-T-GACGGAGCGACAG---T-ATGGCCGTCACACAGCACCAACAC
gi|5 : tgAAG-GAT-TCTTT--GCAAGCACAGAACGCAACCAAAAGAAAAACAATAA-C-ATAC-------TCAATTT---TATT-GA--ATCTGTCCATGAGGG-----GAAGT-G----A------A-AT----ATGCAACATC-------ACACATGC-----CGCC-C----------CC----------T--GGT-GGTATT---C---TATTCTAT--TCA-----CGAG--TT-ACAC-T---GTAA-TGTACTTGG-TGA-CT-C-----tgatgttgtgattgtcaatagtata
gi|21 : gatgtacataatgacaattactttataaaagtttgtaaatt--A-AACCAAAAC--ACAACC----GAA---CAATAA-CAGAC--------TTGGTTT---TACT-GA--GTCTGTCCATccaggaatcagcaataatagcgaaactgagtcataa
gi|2 : aaatgaatgtacatgtgaaatatgttttatatatttgataaaaggagttttggaCACAACTAAAAGAAGA-AAATAG-AACTC--------T--GTTT---TATT-GA--CTCTGTTAATAAGGG-----ATAAT-A----G------A-------ATG-----------------------------CC-TTGG--CA---CTG----G-CTTA--AGC----ATGG------CAGTCT-G--TCT-----------CA-ACAC-T---A-AA-TTGGTTCCA-TGA-TT-C-----CAAGGTATTGGAA-ACAAATAATGGC---ATCGAG-TT--AA-A-TATAAGGCAACTTTTTa
gi|13 : ggacactcttggattaacggtacccgtcactatatttttcgtttcttacattatacgataatgtctgataaaaggcctccaagaaCAACTAACGGAACA-CAAAAAACAGGAAAACGGACTCTGTTT---GATT-GA--GTCTGTTCATGACGG-----AAAAT-T----A------T-TTTAACATGCAACACT-------GCTATTGT-----C-TC-CTAA--CT---CTG------GTTG--AG--GCTA-AGATC---TGTTCT-A--TATC----CGTG--CA-ACA--T---G-CATTGGGTTCCG-TGA-TT-C-----AAcggcattacacagttatatttgcact
gi|11 : gcacagaatgACTACTGAAAGAACAA-AA-GAGTAGAC-----TCGGTAA---TATT-GA--GTCTGTTTATGAGGG-----GTTAT-G----G------C-AC----ATACAACACC-------CATCATGT----------------CA---TCG----G-CTTA--ATC-GGC-T----------TCCT-T--TCT-----CAAG--CA-ATAC-T---G-AA--GGGTCCCATTGA-TT-C-----
gi|8 : taaagggtatcctggctacacagaacGAAGG-AAATAG-TAAAC--------TCGGTTTGTTTAAT-GA--GTTTGGCCATGAGGG-----GTAAT-G----A------A-GC----ATGCAACACC-------CTTTACGA-----C-CC-CTAT--AA---TCG----ACA--T--AACAGGT----------TAATCT-A--TTT-----AAAG--CA-GTAT-T---G-AA-TGAGCTCCcaaggagccataattaataaaattct
gi|15 : tgttaattaaatatgataaaaacagatgcaacggaagcaaagatAGA-AAATAA-CA--------------GTTA---CATTTAAGCATGTGTTCATTAGTG-----GTAAT-GAAAAA------A-AC----ATGTTACACT-------CCTCACGG-----C-CC-CTAG--TA---CCG----------------GGT----------TATTCTAT--TCT-----CAAA--CA-ACAC-A---G-AA-TGAGCTCCG-TGA-TT-C-----CACGACATCAGAA-AT-AATAATATT---ACTGAG-TC--Aaaaacataaaggaatctaaataaagacaaggtaaggtcaatg
gi|18 : GA-AAATAA-CAG-A--------CCGTTTT---TAT--GA--GTCTGACCAT-AAAG-----ATAAT-G----ATATACGA-TT----TTGTAATACTATATGGAACACACGTCAAACT-CC-CTAA--CACCGCCG----C-CTTTTAAGC-GATATTG------TATT--------T-----TGAA--TA-ATTT-T---A-AA-TGAGCTACA-TGA-aagta
gi|19 : --------TCGGTTT---TATT-GA--ATTTGTTCA-------------AAT-G--------------------TGCAACACC-------CATTACGT-----C-CT-CTAG--CA---CCGTCCCA-AT------C-GGTATCGG-A---TG---------CA-----CGAG--CG-ATAA-C---G-AA-TGCGCTCCG-TGA-TT-
gi|20 : gac--------TTGGTTC---TATT-TG--GTCAGCTCATGAGCG-----GTAAT-G----A------ACTC----ATTCAA-AC-----------------------CC-TTAA--AA---CCG----A-CTTA--AGC-GTTATTCA-T---TAT--A-T--TAT-----CAAG--CA-ACAT-T---G-AA-AGAACTCAA-TGA-TT-C-----tcgaggagtcacaaataaaa
gi|12 : ac--------TTGCTTT---TATC-AA--ATATGTTCAT--GGGT----GTAAT-A----A------G-------ATGCAACGCC-------A---ACAC-----A-CC-CAAAAGCT---CCG------GTCA--AGC-GATAATG------TATTCT-T-----------AAA--CA-A-------------------CCA-TGA-TT-C-----CAAGTTATCATAA-AC-AATAGCAAG---ACTAAG-CC--AGAG-TACGAG----CCTTCTT-ACGGCCGCCACGCAGCAca
gi|10 : c--------TCGGTTT---TATT-GA--TTCTGTTAATGAAGGCGGGTGTAATAA----A------A-TA----ATG-AACACC--------CCCACGT-----C-CT-ATAA--CA---TCG----G-CTTA--AGC-AG---------------CT-T--TCTGTTGACGAA---A-AAACGTGAAG-AA-TAAATTCTG-TGA-TTCC-----AATcgtaagactt
gi|1 : ttattctgataaatggattccttggaatcacagaatgcgttaaaaatgaaactgtgacGTTT---TATT-GA--ATCTGGTCATGAGGG-----GTAAT-A----A------A-AT----ATGCAGCACC-------TGTCACGC-----G-AA-ATAG--CA---CCG----G-CCTA--AGC----AC--A-AGTCTATTAT-T--T---------AG--CA-ACCC-T---G-AA-TGTATTCGA-TGA-TT-C-----CATaacctttaaatagta
gi|9 : gatacactgtgaatcggatttccgttacttagtgataatttttgccattgacctttcaaatagtctaataaaagggtctcttgaaagtacagaccgcaaacaaaggaagtatctggcggactctT---TATT-GA--GTTTGTTTATTAGAA-----GAAGT-G----A------A-GT----ATGCAACACA-------CCTTGCAT-----A-GC-CTAG--CA---CCG----A---TC--A---------AA-G---CATTCT-TTATTT-----CGAA--TA-ATAC-T---C-AA-TGAGCACCtggacccaacatagtaaaacaagaaacagagtatgttgacgaatttatatgatcgccgaacagcatgtaagact
gi|7 : GGG-----GTAAT-G----A------A-AT----ATGCAACATC-------CCACAC-T-----T-CCGCTTA--CA---CAG----T-ATTA--CGC-AG-A----------ATTCTAT--TTT-----CAAAGGAA-GCAC-T---G-AA-TGAGCTCCA-TGA-CT-CCAAGGAA---CAT---AA-AT-GATAACAGC---ATTTGG-TTAAAG---TACAAGGTGACGTTTTT-AAGGCCGCCACAtttagtccaaggactcgggaataaatataagaacactcagtcaaataagctgtaattttcgatgacagctacatagcactaaatactgttttttgattgtcaataagtata
gi|29 : agcaaaaaatgcaactagcaaaagaaaaaaacggagGG-----ATAAT-T----A------A-GT----ATGCAACACA-------CCTCATG--------CC-CCAA--GAG--CCG----C-TTTT--AGC-GG-----------TATTCTGT--TTT-----CGAG--CATATAA-TTC-G-AA-TGAcgccacgtaagactgctgttgggacagtttcc
gi|22 : ----A------A-AT----ATGCAA-ACC-------CTTCATGC-----C-TT-TTAG--CA---CCG----A-CTTT--AG--------AA-G---TATTCTAT--TTT-----AGAA--TA-ATAC-T---G-AA-TAAGCGCCA-TG
gi|23 : -T--TTT-----TGAG---A-ACAC-A---G-AA-TGAGCTCTA-TGATTT-C-----AA-------AGAACCT-GA-AATACCAAGACCGAG-TCAAAG---TAAGCGGGGAC-GTTTTAATGTC-GTCACAttgccaagagtccaacaata
gi|17 : aATCAGAA-AT-AATAACATA---ACTGAG-TC--AA-CGTATTTGGTGGCT-TTAT-ACGCCTGCCACACAGCGT--cggc
gi|25 : tcaattacagcaccagattttgtttaaataaataatgattgagttccaaatttgcaagga-TACGAGGCGACTTATTT-ACGGAGGCCACACAG--T--ACATAgttcgactgctgttgtgatggtcaataaa
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATGCCACACCCTTTATTTCCAATAGCACTACCCTCAGCTCAGTTCAATTGTTGAAAAGTAACCAAATGAACTCCATGATTCTATAGAATCAGAAATAATCACACCACTGAATCAAAGTAGGAATTGACCTTTTCTGGCCACCATATAGCAAGTTATACTGCTATTGTGATAG
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAAAATAGCAAACTCGGTTTAATTGGGTGTGTTTACGAGGACTAACGACATATGAAACAACCTCACGACCTGGTTGTGACTTCCGTAGTACTCTCTATTTGAGTAATACTAAATGATTCCAACGAATCAGATATCGTAACAACACTGAGTGCAT
Unaligned ( gi|24 ): GAATAGATCACAACCACCAAAGAAAGAATATAGCAGACTCGGTTTTATTATATGTCCAGGATGGGGTACACCCCTGCAACACCCTTCATGCCGCC
Unaligned ( gi|26 ): TAGCACCGGCTTAATTGCTATTCTATGTTCTAAACACTTAAAGTGCTTCATGATTCAAAGGAATCAGAAATATTAACAGTGAGCCAAAAT
Unaligned ( gi|27 ): TATTCGCTGTGACAATCCGATTAAACGATCCCATGTAAGCACAAATTGCAACAGAGAAAAGAAAACAGAAAATTCGGGTTTATTAGCTC
Unaligned ( gi|28 ): ATCATATCTGATAAAAGGATATCTTTGAAGCACGCAGTGTTAATGGCAGGTTCGGTATTATTCAATCTGTTCAAGAGGGGTAATAA
Unaligned ( gi|30 ): GAAACAAAGAACGCAACCAAAACAGAAAATAGCAGCCTTGGATTTATTGAGTTCACGTTGGGGGTAAT
Unaligned ( gi|31 ): AAAAAAAGCAAACTCGTTTTTATTGTGTATGTTCATGAAAGGTAATTGTATATGAAACACCCTAAC
Unaligned ( gi|32 ): AACAAAATAATAACAATTTGTCAAAGTACAGGGCGACTTTTTAAGGCCGCCATA
Unaligned ( gi|33 ): ACACTCGAATGGCCCGTCAAATTGTTCAATATTGAATAACTGTAAAGT
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 11111 2222222222 222222222222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333 11
lowQualScore : 4 55 1 4 2 1 3 0 0 2 0 33 4 55 99999 2 2 2 2 22 2 0 7777777777 222 222 444 1 22 1 44444 444444444444444444444444 22 55 333 1 00 222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 1 2 222 555 1 1 44 3 22 6666666666666666 1 2 333 66 2 11 1 44 77
lowQualScore : . .. . . . . . . . . . .. . .. ..... . . . . .. . . .......... ... ... ... . .. . ..... ........................ .. .. ... . .. ................................................... .... . . ... ... . . .. . .. ................ . . ... .. . .. . .. ..
lowQualScore : 7 66 4 4 6 0 6 4 9 0 0 77 5 33 88888 2 1 0 0 88 0 9 1111111111 999 999 222 9 55 8 33333 555555555555555555555555 44 44 222 5 33 777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888 7 5 333 222 7 7 77 8 88 8888888888888888 2 2 999 44 4 11 4 11 44
consensus : ATNTCAATGTAATA-TCTGATAAAAG-GAT-CCCTTG-AAG-CACAGAACGCAACC-AANA--GA-A-GA-A-A--A-TAGCAGAC--------TCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------AA----T-AT--GCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTAAGC--GGT-AT-------TATTCT---T--T-CT-----CGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGA-TT--C--C--A--G--N--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAGTACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
Reference ( family-160 ) : ATATCAATGTAACA-TCTNATNAAAG-GAT-CCCTTG-AAN-CACAANACGCAACC-AACG--GA-A-GA-A-A--A-TAACAGNA--------TCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------AN----T-AT--GCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTNAGC--GGT-AT--GA---TATTCT---T--T-CT-----CGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGA-TT--C--N--A--G--C--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAGNTACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
gi|1 : -TCTAATAAAAG-GGT-CTCTTG-AAAGTACAGACCGCAAAC-AAAG--GA-A-GT-A-T--C-TGGCGGAC--------TCTGTTT---TA---TTGAA--TCTGGTCATG--A-GGG-----GTAATAA----------------AA----T-AT--GCAGCACCTGTCA---CGCGAAATAGCACCG--GC---CTAAGC------AC--AAGTCTATTAT---T--T----------A--GCA-ACC-C-T---G-AA-TGTATTCGA-TGA-TT--C--C--ATTG--G--A-CCCAACAT-A---GTAA-AACAA-GAA-ACAGAGTATGTTGACGA-ATTTATATGATCGCCGAACAGCAT
gi|10 : gatacactgtgaatcggatttccgttacttagtgataatttttgccattgacctttcaaatag-TCTGATAAATG-GAT-TCCTTGGAAT-CACAGAATGCGTTA-AA-----A-ATGA-A-ACTG-TGAC------------TCGGTTT---TA---TTGAT--TCTGTTAATG--A-AGGCGGGTGTAATAA----------------AA----TAAT--G-AACACCCC-CA---CGTCCTATAACATCG--GC---TTAAGC--AG---------------CT---T--T-CTGTTGACGA--A-A-AAA-CGTGAAG-AA-TAAATTCTG-TGA-TT--C--C--A--gtaagact
gi|11 : ttatAAAG-GGTATCCTGG-CTA-CACAGAACACTACT-GAAA--GA-A-CA-A-A--A-GAGTAGAC--------TCGGTAA---TA---TTGAG--TCTGTTTATG--A-GGG-----GTTATGG----------------CA----C-AT--ACAACACCCATCA---TGT-------CATCG--GC---TTAATC--GGC--T---------TCCT---T--T-CT-----CAA--GCA-ATA-C-T---G-AA--GGGTCCCATTGA-TT--C--C--AAGG--A--G-CCATAATT-A---ATAAataacctttaaatagta
gi|12 : tTTT---TA---TCAAA--TATGTTCATG----GGT-----GTAATAA----------------G-------AT--GCAACGCCAA-CA---CACCCAAAAGCTCCG--G----TCAAGC--GATAAT--G----TATTCT---T------------AA--ACA-A--------------------CCA-TGA-TT--C--C--A--AGTT--A-TCATAAAC-A---ATAGCAAGACTAAG-CCAGAGTACG-AG----CCTTCTTACGGCCGCCACGCAGCaattct
gi|13 : cttgc-CACAGAATGCAACT-AACG--GA-A-CACA-A--A-AAACAGGAAAACGGACTCTGTTT---GA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-CGG-----AAAATTATTTT------------AA----C-AT--GCAACACTGCTAT---TGTCTCCTAACTCTG--G----TTGAG---GCT-AA--GATC-TGTTCT---A--T-ATC----CGT--GCA-ACA---T---G-CATTGGGTTCCG-TGA-TT--C--A--A--acgtaagactt
gi|14 : g-AT--GCCACACCCTTTA---TTTCCAATAGCACTA--CC---CTCAGCTCAGT--T--CA----ATTGT---T------------GA--AAA-GTAAC-C---A-AA-TGAACTCCA-TGA-TT--C--T--ATAG--A--A-TCAGAAAT-A---ATCACACCACTGAA-TCAAAGTAGG-AATTGACCTTTTC-TGGCCACCATATAGC
gi|15 : -A-GA-A-A--A-TAACAG----------------T---TACATTTAAGCATGTGTTCATT--A-GTG-----GTAATGA----------------AAAAAAC-AT--GTTACACTCCTCA---CGGCCCCTAGTACCG--G-------------GT----------TATTCTA--T--T-CT-----CAA--ACA-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCCG-TGA-TT--C--C--ACGA--C--A-TCAGAAAT-A---ATAATATTACTGAG-TCAAAGTAaagttatactgctattgtgatag
gi|16 : A-A-GA-A-A--AATAGCAAAC--------TCGGTTT---AA---TTGGG--TGTGTTTACG--A-GGA-----CTAACGA----------------CA----T-AT--GAAACAACC-TCA---CGACC--TGGTTGTG--AC---TT---C--CGT-A----G---TACTCT---C--TATT-----TGA--GTA-ATA-C-T---A-AA-TGA-----------TT--C--C--A--A--CGAA-TCAGATAT-C---GTAACAACACTGAG-T
gi|17 : A-ATA-A-T---G-AT-TGAGTTCCA--AA-TTTGC--A--A--G--G--AATCAGAAAT-A---ATAACATAACTGAG-TCAACGTATT-TGGTGGC-TTTATACGCCTGCCACACAGCGTgcat
gi|18 : tcaattacagcaccagattttgtttaaata-GA-A-A--A-TAACAG-A--------CCGTTTT---TA---T-GAG--TCTGACCATA--A-AGA------TAATGATATACGATTTTGTAATAC----T-ATATGGAACACACGTCA---AACTCCCTAACACCGCCGCCTTTTAAGC--GAT-AT--TG---TATTTT----------------GA--ATA-ATT-T-T---A-AA-TGAGCTACA-TGA-gttcgactgctgttgtgatggtcaataaa
gi|19 : --------TCGGTTT---TA---TTGAA--TTTGTTCA----------------AATG--------------------------T--GCAACACCCATTA---CGTCCTCTAGCACCG--TC---CCAATC--GGT-ATCGGA---TG------------CA-----CGA--GCG-ATA-A-C---G-AA-TGCGCTCCG-TGATTT--C--G--A--G--G--AGTCACAAAT-A---A
gi|2 : gacTAATG-TCTGATAAAAG-G----CCT-----C-CA-AGAACACAACT-AAAA--GA-A-GA-A-A--A-TA---GAAC-------TCTGTTT---TA---TTGAC--TCTGTTAATA--A-GGG-----ATAATAG----------------A-------AT--GC-------------------CTTGGCACTG--GC---TTAAGC------AT--GG---CAGTCT---G--T-CT-----C------A-ACA-C-T---A-AA-TTGGTTCCA-TGA-TT--C--C--AAGG--T--A-TTGGAAACAA---ATAATGGCATCGAG-TTAA-ATATA-AGGCAACTTTTT--CGG-CATTACACAGaa
gi|20 : ggacactcttggattaacggtacccgtcactatatttttcgtttcttacattatacga--------TTGGTTC---TA---TTTGG--TCAGCTCATG--A-GCG-----GTAATGA----------------AC----TCAT--TCAA--------A---C---CCTTAAAACCG--AC---TTAAGC--GTT-AT--T----CATTATA--T--T-AT-----CAA--GCA-ACA-T-T---G-AA-AGAACTCAA-TGA-TT--C--C--A--ttatatttgcact
gi|21 : acATA-TTTGATAAAAG-GAG-TTTTGG-AAA-ACCAAAACACAACCGAAC-------------A--A-TAACAGAC--------TTGGTTT---TA---CTGAG--TCTGTCCAT
gi|22 : aaatgaatgtacatgtgaaatatgttttatA----------------AA----T-AT--GCAA-ACCCTTCA---TGCCTTTTAGCACCG--AC---TTTAGA--AG-----------TATTCTA--T--T-TT-----AGA--ATA-ATA-C-T---G-AA-TAAGCGCCA-TGa
gi|23 : ---T--T-TT-----TGA--G-A-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCTA-TGA-TT--TCAA--A--G--A--A-CCTGA----A---ATACCAAGACCGAG-TCAAAGTAAG-CGGGGACGTTTTAAT-GTCGTCACACGGCttgccaagagtccaacaata
gi|24 : aAT-CACAA----CCACC-AAAG--AA-A-GA-A-T--A-TAGCAGAC--------TCGGTTT---TA---TTA----TATGTCCAGG--ATGGG-----GTAC--A----------------CC----C-CT--GCAACACCCTTCA---TGCCGCC
gi|25 : gaatagTGAGGTCAAAGTACG-AGGCGACTTATTTACGGAGGCCACACA--GTACATA
gi|26 : ctatgttcaaagacaaaccatgcaatacagtttTAGCACCG--GC---TTAA------T--T--GC---TATTCTATGT--T-CT-------A----A-ACA-C-T---T-AA-AGTGCTTCA-TGA-TT--C--A--AAGG--A--A-TCAGAAAT-A---TTAACAG---TGAG-CCAAAATagactgct
gi|27 : TGTGACAATCCGATTAAAC-GAT-CCCATGTAAG-CACAAATTGCAACA-GAGA--AA-A-GA-A-A--A-CAGAAAAT--------TCGGGTT---TA---TT
gi|28 : tattcgcATA-TCTGATAAAAG-GATATCTTTG-AAG-CAC-----GCAGT-------------GT-T-A--A-TGGCAGGT--------TCGGTAT---TA---TTCAA--TCTGTTCAAG--A-GGG-----GTAATAA----------------agctc
gi|29 : atcGG-----ATAATTA----------------AG----T-AT--GCAACACACCTCA---TGCCCCA-AGAGCCG--CT---TTTAGC--GG-----------TATTCTG--T--T-TT-----CGA--GCATATA-A-TTC-G-AA-TGA
gi|3 : ATTTCAAT--AATA-TC--A-AAAAGTGAT-CCCTTA-AAC-CACAACGCACAACT-ATCA--GA-A-GA-C-A--A-TAACAATA--------TTGGTTT---TA---TTAAA--TCTGTTCATT--A-GGG-----ATAATGA----------------AT----T-AT--GCAACACCACTCA---CGTTCCCTAACACCG--AA---TTTAGC--GGT-ATTGAA---TATTCT---T--T-CT-----CGA--ACA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGA-TT--C--A--A--T--CTTA-TTAGAAAT-G---ATAATATTACCGTG-TC-AGTTACG-AGGCGACTGTTTTACGTCTGCCACAAAGCATACACA
gi|30 : G-AAA-CAAAGAACGCAACC-AA----AACA-GA-A-A--A-TAGCAGCC--------TTGGATT---TA---TTGA------GTTCACGTTG-GGG-----GTAATc
gi|31 : A-A-A--A-AAGCAAAC--------TCGTTTT---TA---TTGTG--TATGTTCATG--A-AAG-----GTAATTG----------------TA----T-AT--GAAACACCC
gi|32 : aAAAT-A---ATAACA--ATTT-G-TCAAAGTACA-GGGCGAC-TTTTTAAGGCCGCCATAtaac
gi|4 : aacaTGTCAAT--AATA-TCTCATAAAAT-ACC-CCTTTG-AAG-CCCAACACGCA------CG--CA-A-GA-A-A--A-AAACAG-A--------CTAGTTT---TA---GTGAG--TATGTTCATT--A-GGG-----AAACTGA----------------AC----T-AT--GCAGCGCCCCTTG---TGCTACCTAACACCG--GT---TTGCGC--GGT------------TTC----------------AAA--GTC-ATA-T-T---A-AA-TGGGCT-----------------------------TCA-CAAT-A---ATAAAAACACTGAG-TCAAATGACG-GAGCGACA---GTATGGCCGTCACACAGC
gi|5 : AAG-GAT-TCTTTGCAAG-CACAGAACGCAACC-AAAA--GA-A-AA-ACA--A-TAACATAC--------TCAATTT---TA---TTGAA--TCTGTCCATG--A-GGG-----GAAGTGA----------------AA----T-AT--GCAACATCACACATGCCGCCCCCTGGT-------------------GGT-AT--TC---TATTCTA--T--T-CA-----CGA--GTT-ACA-C-T---GTAA-TGTACTTGG-TGA-CT--C--CCAG--G--A--A-TCAGCAAT-A---ATAGCGAAACTGAG-TCAaccaacactgatgttgtgattgtcaatagtata
gi|6 : gatgtacataatgacaattactttataaaagtttgtaaattATATCAATGTAACA-TCTGATAAAAG-GATACCCAGG-AAG-CACAAAATACATCC-AAGA--AA-A-GA-A-A--A-CAGCAGGC--------TCAGTTT---TA---CTGA------GTTCCCG--A-GGG-----GTAATGA----------------TA----C-AT--GCAA-------CA---TGCCCCCTATCACCA--AC---TAAAGC--AG------AA---TTCTCT---T--T-TT-----TTA--ACA-A-A-C-T---G-AA-GGATTTCCA-TGA-TT--C--C--ACGG--A--A-TCACAAAT-A---ATAACATCACTGAG-ATAAAGTAAA-CGGCGGCA-TTTTACAGCTGTCAtaa
gi|7 : AG-CAAAAAATGCAACT-AGCA--AA-A-GA-A-A--A-AAACGG----------------------------AG----------------GGG-----GTAATGA----------------AA----T-AT--GCAACATCCCACA---CTTCCGCTTACACAG--TA---TTACGC--AG-------A----ATTCTA--T--T-TT-----CAAAGGAA-GCA-C-T---G-AA-TGAGCTCCA-TGA-CT--C--C--AA-G--G--A-ACATAAAT-G---ATAACAGCATTTGG-TTAAAGTACA-AGGTGACGTTTTTAAGGCCGCCACAC
gi|8 : ACGGAAGC-AAAGATGA-A-GG-A-A--A-TAGTAAAC--------TCGGTTTGTTTA---ATGAG--TTTGGCCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------AG----C-AT--GCAACACCCTTTA---CGACCCCTATAATCG--AC---ATAACA--GGT----------TAATCT---A--T-TT-----AAA--GCA-GTA-T-T---G-AA-TGAGCTCCgccacgtaagactgctgttgggacagtttcc
gi|9 : tgttaattaaatatgataaaaacagatgcaT---TA---TTGAG--TTTGTTTATT--A-GAA-----GAAGTGA----------------AG----T-AT--GCAACACACCTTG---CATAGCCTAGCACCG--AT---CAAAGC----------------ATTCT---TTAT-TT-----CGA--ATA-ATA-C-T---C-AA-TGAGCACCT-TTAGTC--C--A--A--G--G--ACTCGGGAAT-AAATATAAGAACACTCAG-TCAA-ATAAG-CTGTAA-TTTTCGATGACAGCTACATAGCaaaacataaaggaatctaaataaagacaaggtaaggtcaatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): ACACTCGAATGGCCCGTCAAATTGTTCAATATTGAATAACTGTAAAGT
Alignments
lowQualScore : 22 111 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444 333333333
lowQualScore : 1 88 4 3 111 0 9 2 2 777777777 6666 4 22 55555 222 222 333 1 22 1 44444 0 555555555555555555555555 3 33 333 22 7777777 0 88888888888888888888888888888888888888 3333 1 2 222 555 1 1 44 1 222222222 4 1 2 333 66 2 2 1 44 77
lowQualScore : . .. . . ... . . . . ......... .... . .. ..... ... ... ... . .. . ..... . ........................ . .. ... .. ....... . ...................................... .... . . ... ... . . .. . ......... . . . ... .. . . . .. ..
lowQualScore : 0 11 0 3 222 2 2 7 5 111111111 6666 0 77 00000 999 999 888 9 55 8 33333 9 777777777777777777777777 5 11 222 88 3333333 7 00000000000000000000000000000000000000 7777 7 5 333 222 7 7 77 9 666666666 2 2 2 999 44 4 7 4 11 44
consensus : ATGTCAAT-TAATA-TCTGATAAAAG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAACCA--AAA-GAA----GAA-AA-TAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTAAGC---GGT-AT----T--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATTC-C--A--G--NA-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
Reference ( family-160 ) : ATNTCAATGTAATA-TCTGATAAAAG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAACCA--ANA-GAA----GAA-AA-TAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTAAGC---GGT-AT----T--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATTC-C--A--G--NA-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
gi|1 : AATAGTCTAATAAAAG-GGT-CTCTTG-AAAGTA-CAGACCGCAAACA--AAG-GAA----GTA-TC-TGG-----CGGACTCTGTTT---TA---TTGAA--TCTGGTCATG--A-GGG-----GTAATAA----------------A--A----T-ATGCAGCACCTGTCA---CGCGAAATAGCACCG--GC---CTAAGCACAAGT--C----T--A-TTAT---T--T----------A--GCA-ACC-C-T---G-AA-TGTATTCGA-TGATTC-C--ATTG--GA-CCCAACAT-A---GTAA-AACAA-GAA-ACAGAG-TATGTTGACGA-ATTTATATGATCGCCGAACAGCAT
gi|10 : gatacactgtgaatcggatttccgttacttagtgataatttttgccattgacctttca-TCTGATAAATG-GAT-TCCTTGGAA-TCA-CAGAATGCG-TTA--AAA--AT----GAA-AC-T-G-----T-GACTCGGTTT---TA---TTGAT--TCTGTTAATG--A-AGGCGGGTGTAATAA----------------A--A----TAATG-AACACCCC-CA---CGTCCTATAACATCG--GC---TTAAGC---AG---------------CT---T--T-CTGTTGACGA--A-A-AAA-CGTGAAG-AA-TAAATTCTG-TGATTC-C--A--A--TA-gtaagact
gi|11 : ttatAAAG-GGTATCCTGG-CT-ACA-CAGAACACTACTG--AAA-GAA----CAA-AA-GAG-----TAGACTCGGTAA---TA---TTGAG--TCTGTTTATG--A-GGG-----GTTATGG----------------C--A----C-ATACAACACCCATCA---TGT-------CATCG--GC---TTAATC---GGC--T---------TCCT---T--T-CT-----CAA--GCA-ATA-C-T---G-AA--GGGTCCCATTGATTC-C--AAGG--AG-CCATAATT-A---ATAAacctttaaatagta
gi|12 : tCTTGCTTT---TA---TCAAA--TATGTTCATG----GGT-----GTAAT------------------A--A----G-ATGCAACGCCAA-CA---CACCCAAAAGCTCCG--G----TCAAGC---GATAATG---T--A-TTCT---T------------AA--ACA-A--------------------CCA-TGATTC-C--A--AGTTA-TCATAAAC-A---ATAGCAAGACTAAG-CCAGAG-TACG-AG----CCTTCTTACGGCCGCCACGCAGCaattct
gi|13 : -GCA-CAGAATGCAACTA--ACG-GAACACAAAA-AA-CAGGAAAACGGACTCTGTTT---GA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-CGG-----AAAATTATTTT------------A--A----C-ATGCAACACTGCTAT---TGTCTCCTAACTCTG--GT---TGAGGCTAAGAT--C----T--G-TTCT---A--T-ATC----CGT--GCA-ACA---T---G-CATTGGGTTCCG-TGATTC-acgtaagactt
gi|14 : -ATGCCACACCCTTTA---TTTCCAATAGCACTA--CC---CTCAGC--------T----C--AGTTCAA--T--T-GT-----TGA--AAA-GTAAC-C---A-AA-TGAACTCCA-TGATTC-T--ATAG--AA-TCAGAAAT-A---ATCACACCACTGAA-TCAAAG-TAGG-AATTGACCTTTTC-TGGCCACCATATAGCaa
gi|15 : A----GAA-AA-TAA-----CAG--------T---TACATTTAAGCATGTGTTCATT--A-GTG-----GTAATGA----------------A--AAAAAC-ATGTTACACTCCTCA---CGGCCCCTAGTACCG--G-----------------GT----T--A-TTCTA--T--T-CT-----CAA--ACA-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCCG-TGATTC-C--ACGA--CA-TCAGAAAT-A---ATAATATTACTGAG-TCAAAG-TAaagttatactgctattgtgatag
gi|16 : AA----GAA-AAATAG-----CAAACTCGGTTT---AA---TTGGG--TGTGTTTACG--A-GGA-----CTAACGA----------------C--A----T-ATGAAACA-ACCTCA---CG--ACCTGGTTGTG--AC---TT---C---CGT-AG----T--A-CTCT---C--TATT-----TGA--GTA-ATA-C-T---A-AA-----------TGATTC-C--AACG--AA-TCAGATAT-C---GTAACAACACTGAG-T
gi|17 : A-ATA-A-T---G-AT-TGAGTTCCA--AATTTGC--AAGG--AA-TCAGAAAT-A---ATAACATAACTGAG-TCAACG-TATT-TGGTGGC-TTTATACGCCTGCCACACAGCGTgcat
gi|18 : tcaattacagcaccagattttgtttaaata----GAA-AA-TAA-----CAGAC-CGTTTT---TA---T-GAG--TCTGACCATA--A-AGA------TAATGATATACGATTTTGTAATACTA----T-ATGGAACACACGTCA---AACTCCCTAACACCGCCGCCTTTTAAGC---GAT-AT----T--G-TATT---T--T---------GA--ATA-ATT-T-T---A-AA-TGAGCTACA-TGAgttcgactgctgttgtgatggtcaataaa
gi|19 : GACTCGGTTT---TA---TTGAA--TTTGTTC---------------------A----------------A--A----T-GTGCAACACCCATTA---CGTCCTCTAGCACCG--TC---CCAATC---GGT-AT----CGGA--------T--G-CA-----CGA--GCG-ATA-A-C---G-AA-TGCGCTCCG-TGATTT-CG-A--G--GAGTCACAAAT-A---A
gi|2 : TAATG-TCTGATAAAAG-G----CCTC------CA--AGAACACAACTA--AAA-GAA----GAA-AA-TAG-------AACTCTGTTT---TA---TTGAC--TCTGTTAATA--A-GGG-----ATAATAG----------------A--A----T-G---------------------CCTTGGCACTG--GC---TTAAGC----AT-GG----C--A-GTCT---G--T-CT-----------CA-ACA-C-T---A-AA-TTGGTTCCA-TGATTC-C--AAGG--TA-TTGGAAACAA---ATAATGGCATCGAG-TTAAA--TATA-AGGCAACTTTTT--CGG-CATTACACAGaa
gi|20 : ggacactcttggattaacggtacccgtcactatatttttcgtttcttacattatacgaACTTGGTTC---TA---TTTGG--TCAGCTCATG--A-GCG-----GTAATGA----------------A--C----TCATTCAA--------A---C---CCTTAAAACCG--AC---TTAAGC---GTT-AT----TC-A-TTATA--T--T-AT-----CAA--GCA-ACA-T-T---G-AA-AGAACTCAA-TGATTC-C--A--ttatatttgcact
gi|21 : ATA-TTTGATAAAAG-GAG-TTTTGG-AA-AAC-CAAAACACAACC--------------GAACAA-TAA-----CAGACTTGGTTT---TA---CTGAG--TCTGTCCAT
gi|22 : aaatgaatgtacatgtgaaatatgttttatA----------------A--A----T-ATGCAA-ACCCTTCA---TGCCTTTTAGCACCG--AC---TTTAGA---AG--------T--A-TTCTA--T--T-TT-----AGA--ATA-ATA-C-T---G-AA-TAAGCGCCA-TGTTGC-C--A--A--GA-a
gi|23 : ---T--T-TT-----TGA--G-A-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCTA-TGATTT-C--AAAG--AA-CCTGAAAT-A---C---CAAGACCGAG-TCAAAG-TAAG-CGGGGACGTTTTAAT-GTCGTCACACGGCgtccaacaata
gi|24 : aA-TAGATCACAACCACCAAA-GAAA---GAA-TA-TAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TT--A--TATGTCCAGG--ATGGG-----GTA--CA----------------C--C----C-CTGCAACACCCTTCA---TGCCGCC
gi|25 : gaTGAGGTCAAAG-TACG-AGGCGACTTATTTACGGAGGCCACACA--GTACATA
gi|26 : ctatgttcaaagacaaaccatgcaatacagtttTAGCACCG--GC---TTAATT---G----C----T--A-TTCTATGT--T-CT-------A----A-ACA-C-T---T-AA-AGTGCTTCA-TGATTC-A--AAGG--AA-TCAGAAAT-A---TTAACAG---TGAG-CCAAAA-Tagactgct
gi|27 : A-TCCGATTAAAC-GAT-CCCATGTAA-GCA-CAAATTGCAACAG--AGA-AAA----GAA-AA-CAG-----AAAATTCGGGTT---TA---TT
gi|28 : tattcgctgtgacaATA-TCTGATAAAAG-GATATCTTTG-AA-GCA-C-----GCAGT---------------GTT-AA-TGG-----CAGGTTCGGTAT---TA---TTCAA--TCTGTTCAAG--A-GGG-----GTAATAA----------------agctc
gi|29 : atcGG-----ATAATTA----------------A--G----T-ATGCAACACACCTCA---TGCCCCA-AGAGCCG--CT---TTTAGC---GG--------T--A-TTCTG--T--T-TT-----CGA--GCATATA-A-TTC-G-AA-TGA
gi|3 : ATTTCAAT--AATA-TC--A-AAAAGTGAT-CCCTTA-AA-CCA-CAACGCACAACTA--TCA-GAA----GAC-AA-TAA-----CAATATTGGTTT---TA---TTAAA--TCTGTTCATT--A-GGG-----ATAATGA----------------A--T----T-ATGCAACACCACTCA---CGTTCCCTAACACCG--AA---TTTAGC---GGT-ATTGAAT--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--ACA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATTC-A--ATCT--TA-TTAGAAAT-G---ATAATATTACCGTG-TC--AGTTACG-AGGCGACTGTTTTACGTCTGCCACAAAGCATACACA
gi|30 : G-AA-ACA-AAGAACGCAACCA--AAA-CA-----GAA-AA-TAG-----CAGCCTTGGATT---TA---TTGA------GTTCACGTTG-GGG-----GTAATc
gi|31 : AA-AA-AAG-----CAAACTCGTTTT---TA---TTGTG--TATGTTCATG--A-AAG-----GTAATTG----------------T--A----T-ATGAAACACCC
gi|32 : aAAAT-A---ATAACA--ATTT-G-TCAAAG-TACA-GGGCGAC-TTTTTAAGGCCGCCATAtaac
gi|4 : aacaTGTCAAT--AATA-TCTCATAAAAT-ACC-CCTTTG-AA-GCC-CAACACGCACGCA--A---GAA----AAA-AA---------CAGACT-AGTTT---TA---GTGAG--TATGTTCATT--A-GGG-----AAACTGA----------------A--C----T-ATGCAGCGCCCCTTG---TGCTACCTAACACCG--GT---TTGCGC---GGT-TT----C--A---------------------AA--GTC-ATA-T-T---A-AA-TGGGCT-----------------------TCA-CAAT-A---ATAAAAACACTGAG-TCAAAT-GACG-GAGCGACA---GTATGGCCGTCACACAGC
gi|5 : AAG-GAT-TCTTTGCAA-GCA-CAGAACGCAACCA--AAA-GAA----AAACAA-TAA-----CATACTCAATTT---TA---TTGAA--TCTGTCCATG--A-GGG-----GAAGTGA----------------A--A----T-ATGCAACATCACACATGCCGCCCCCTGGT--------------------GGT-AT----TCTA-TTCTA--T--T-CA-----CGA--GTT-ACA-C-T---GTAA-TGTACTTGG-TGACTC-CCAG--G--AA-TCAGCAAT-A---ATAGCGAAACTGAG-TCAaccaacactgatgttgtgattgtcaatagtata
gi|6 : gatgtacataatgacaattactttataaaagtttgtaaattATATCAATGTAACA-TCTGATAAAAG-GATACCCAGG-AA-GCA-CAAAATACATCCA--AGA-AAA----GAA-AA-CAG-----CAGGCTCAGTTT---TA---CTGA------GTTCCCG--A-GGG-----GTAATGA----------------T--A----C-ATGCAA-------CA---TGCCCCCTATCACCA--AC---TAAAGC---AGA-AT----T----CTCT---T--T-TT-----TTA--ACA-A-A-C-T---G-AA-GGATTTCCA-TGATTC-C--ACGG--AA-TCACAAAT-A---ATAACATCACTGAG-ATAAAG-TAAA-CGGCGGCA-TTTTACAGCTGTCAtaa
gi|7 : A-GCA-AAAAATGCAACTA--GCA-AAA----GAA-AA----------AAAC---G-------------GAG----------------GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACATCCCACA---CTTCCGCTTACACAG--TA---TTACGC---AG--A--------A-TTCTA--T--T-TT-----CAAAGGAA-GCA-C-T---G-AA-TGAGCTCCA-TGACTC-CA-A--G--GA-ACATAAAT-G---ATAACAGCATTTGG-TTAAAG-TACA-AGGTGACGTTTTTAAGGCCGCCACAC
gi|8 : TGTTAAT-TAA-A-TATGATAAAAA-CA-------G-AT-GCAACGGAA-GCAA-----AGATGAA----GGA-AA-TAG-----TAAACTCGGTTTGTTTA---ATGAG--TTTGGCCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--G----C-ATGCAACACCCTTTA---CGACCCCTATAATCG--AC---ATAACA---GG---T----T--A-ATCT---A--T-TT-----AAA--GCA-GTA-T-T---G-AA-TGAGCTCCgccacgtaagactgctgttgggacagtttcc
gi|9 : T---TA---TTGAG--TTTGTTTATT--A-GAA-----GAAGTGA----------------A--G----T-ATGCAACACACCTTG---CATAGCCTAGCACCG--AT---CAAAGC----------------A-TTCT---TTAT-TT-----CGA--ATA-ATA-C-T---C-AA-TGAGCACCT-TTAGTC-CA-A--G--GACTCGGGAAT-AAATATAAGAACACTCAG-TCAAA--TAAG-CTGTAA-TTTTCGATGACAGCTACATAGCaaaacataaaggaatctaaataaagacaaggtaaggtcaatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): ACACTCGAATGGCCCGTCAAATTGTTCAATATTGAATAACTGTAAAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111 111 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444 333333333
lowQualScore : 5555555 1111 555 3 111 0 9 2 2 7777777 6666 4 55555 333 333 444 1 22 1 44444 0 555555555555555555555555 3 33 333 22 7777777 0 88888888888888888888888888888888888888 3333 1 0 222 555 1 1 44 1 222222222 4 1 2 333 66 2 2 1 44 77
lowQualScore : ....... .... ... . ... . . . . ....... .... . ..... ... ... ... . .. . ..... . ........................ . .. ... .. ....... . ...................................... .... . . ... ... . . .. . ......... . . . ... .. . . . .. ..
lowQualScore : 6666666 4444 888 3 222 2 2 7 5 4444444 6666 0 33333 000 000 444 3 66 8 33333 9 777777777777777777777777 5 11 222 88 3333333 7 00000000000000000000000000000000000000 7777 7 5 333 222 7 7 77 9 666666666 2 2 2 999 44 4 7 4 11 44
consensus : ATGTCAAT-TA----ATA----TCTGATAAA---AG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----GAA-AATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTAAGC---GGTA-T----T--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATTC-C--A--GG--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
Reference ( family-160 ) : ATGTCAAT-TA----ATA----TCTGATAAA---AG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----GAA-AATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTAAGC---GGTA-T----T--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATTC-C--A--GN--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
gi|1 : A----ATAG---TCTAATAAA---AG-GGT-CTCTTG-AAAGTA-CAGACCGCAAA---CA--AAGGAA----GTA-TCTGG-----CGGACTCTGTTT---TA---TTGAA--TCTGGTCATG--A-GGG-----GTAATAA----------------A--A----T-ATGCAGCACCTGTCA---CGCGAAATAGCACCG--GC---CTAAGCACAAGT--C----T--A-TTAT---T--T----------A--GCA-ACC-C-T---G-AA-TGTATTCGA-TGATTC-C--ATTGG--A-CCCAACAT-A---GTAA-AACAA-GAA-ACAGAG-TATGTTGACGA-ATTTATATGATCGCCGAACAGCAT
gi|10 : gatacactgtgaatcggatttccgttacttagtgataatttttgccattgacctttca----TCTGATAAA---TG-GAT-TCCTTGGAA-TCA-CAGAATGCG-T---TA--AAA-AT----GAA-ACT-G-----T-GACTCGGTTT---TA---TTGAT--TCTGTTAATG--A-AGGCGGGTGTAATAA----------------A--A----TAATG-AACACCCC-CA---CGTCCTATAACATCG--GC---TTAAGC---AG---------------CT---T--T-CTGTTGACGA--A-A-AAA-CGTGAAG-AA-TAAATTCTG-TGATTC-C--A--AT--A-gtaagact
gi|11 : ttatAA---AG-GGTATCCTGG-CT-ACA-CAGAACACTAC---TG--AAAGAA----CAA-AAGAG-----TAGACTCGGTAA---TA---TTGAG--TCTGTTTATG--A-GGG-----GTTATGG----------------C--A----C-ATACAACACCCATCA---TGT-------CATCG--GC---TTAATC---GGC--T---------TCCT---T--T-CT-----CAA--GCA-ATA-C-T---G-AA--GGGTCCCATTGATTC-C--AAGGA--G-CCATAATT-A---ATAAacctttaaatagta
gi|12 : tCTTGCTTT---TA---TCAAA--TATGTTCATG----GGT-----GTAAT------------------A--A----G-ATGCAACGCCAA-CA---CACCCAAAAGCTCCG--G----TCAAGC---GATAATG---T--A-TTCT---T------------AA--ACA-AC--------------------CA-TGATTC-C--A--AGTTA-TCATAAAC-A---ATAGCAAGACTAAG-CCAGAG-TACG-AG----CCTTCTTACGGCCGCCACGCAGCaattct
gi|13 : -GCA-CAGAATGCAAC---TA--ACGGAACACAAAA-AACAGGAAAACGGACTCTGTTT---GA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-CGG-----AAAATTATTTT------------A--A----C-ATGCAACACTGCTAT---TGTCTCCTAACTCTG--GT---TGAGGCTAAGAT--C----T--G-TTCT---A--T-ATC----CGT--GCA-ACA---T---G-CATTGGGTTCCG-TGATTC-acgtaagactt
gi|14 : -ATGCCACACCCTTTA---TTTCCAATAGCACTA--CC---CTCAGC--------T----C--AGTTCAA--T--T-GT-----TGA--AAA-GTAAC-C---A-AA-TGAACTCCA-TGATTC-T--ATAGA--A-TCAGAAAT-A---ATCACACCACTGAA-TCAAAG-TAGG-AATTGACCTTTTC-TGGCCACCATATAGCaa
gi|15 : A----GAA-AATAA-----CAG--------T---TACATTTAAGCATGTGTTCATT--A-GTG-----GTAATGA----------------A--AAAAAC-ATGTTACACTCCTCA---CGGCCCCTAGTACCG--G----------------G-T----T--A-TTCTA--T--T-CT-----CAA--ACA-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCCG-TGATTC-C--ACGAC--A-TCAGAAAT-A---ATAATATTACTGAG-TCAAAG-TAaagttatactgctattgtgatag
gi|16 : AAGAA------A-AATAG-----CAAACTCGGTTT---AA---TTGGG--TGTGTTTACG--A-GGA-----CTAACGA----------------C--A----T-ATGAAACA-ACCTCA---CG--ACCTGGTTGTG--AC---TT---C---CGTA-G----T--A-CTCT---C--TATT-----TGA--GTA-ATA-C-T---A-AA-----------TGATTC-C--AACGA--A-TCAGATAT-C---GTAACAACACTGAG-T
gi|17 : A-ATA-A-T---G-AT-TGAGTTCCA--AATTTGC--AAGGA--A-TCAGAAAT-A---ATAACATAACTGAG-TCAACG-TATT-TGGTGGC-TTTATACGCCTGCCACACAGCGTgcat
gi|18 : tcaattacagcaccagattttgtttaaata----GAA-AATAA-----CAGAC-CGTTTT---TA---T-GAG--TCTGACCATA--A-AGA------TAATGATATACGATTTTGTAATACTA----T-ATGGAACACACGTCA---AACTCCCTAACACCGCCGCCTTTTAAGC---GATA-T----T--G-TATT---T--T---------GA--ATA-ATT-T-T---A-AA-TGAGCTACA-TGAgttcgactgctgttgtgatggtcaataaa
gi|19 : GACTCGGTTT---TA---TTGAA--TTTGTTC---------------------A----------------A--A----T-GTGCAACACCCATTA---CGTCCTCTAGCACCG--TC---CCAATC---GGTA-T----CGGA--------T--G-CA-----CGA--GCG-ATA-A-C---G-AA-TGCGCTCCG-TGATTT-CG-A--GG--AGTCACAAAT-A---A
gi|2 : -TA----ATG----TCTGATAAA---AG-G----CCTC------CA--AGAACACAAC---TA--AAAGAA----GAA-AATAG-------AACTCTGTTT---TA---TTGAC--TCTGTTAATA--A-GGG-----ATAATAG----------------A--A----T-G---------------------CCTTGGCACTG--GC---TTAAGC----ATG-G----C--A-GTCT---G--T-CT-----------CA-ACA-C-T---A-AA-TTGGTTCCA-TGATTC-C--AAGGT--A-TTGGAAACAA---ATAATGGCATCGAG-TTAAA--TATA-AGGCAACTTTTT--CGG-CATTACACAGaa
gi|20 : ggacactcttggattaacggtacccgtcactatatttttcgtttcttacattatacgaACTTGGTTC---TA---TTTGG--TCAGCTCATG--A-GCG-----GTAATGA----------------A--C----TCATTCAA--------A---C---CCTTAAAACCG--AC---TTAAGC---GTTA-T----TC-A-TTATA--T--T-AT-----CAA--GCA-ACA-T-T---G-AA-AGAACTCAA-TGATTC-C--A--ttatatttgcact
gi|21 : ATGTT--T-TAT---ATA----TTTGATAAA---AG-GAG-TTTTGG-AA-AAC-CAAAACACAAC---C-------------GAACAATAA-----CAGACTTGGTTT---TA---CTGAG--TCTGTCCAT
gi|22 : aaatgaatgtacatgtgaaatA----------------A--A----T-ATGCAA-ACCCTTCA---TGCCTTTTAGCACCG--AC---TTTAGA---AG--------T--A-TTCTA--T--T-TT-----AGA--ATA-ATA-C-T---G-AA-TAAGCGCCA-TGTTGC-C--A--AG--A-a
gi|23 : ---T--T-TT-----TGA--G-A-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCTA-TGATTT-CAAA--GA--A-CCTGA----A---ATACCAAGACCGAG-TCAAAG-TAAG-CGGGGACGTTTTAAT-GTCGTCACACGGCgtccaacaata
gi|24 : aA-TAGATCACAAC---CACCAAAGAAA---GAA-TATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TT--A--TATGTCCAGG--ATGGG-----GTA--CA----------------C--C----C-CTGCAACACCCTTCA---TGCCGCC
gi|25 : gaTGAGGTCAAAG-TACG-AGGCGACTTATTTACGGAGGCCACACA--GTACATA
gi|26 : ctatgttcaaagacaaaccatgcaatacagtttTAGCACCG--GC---TTAATT---G----C----T--A-TTCTATGT--T-CT-------A----A-ACA-C-T---T-AA-AGTGCTTCA-TGATTC-A--AAGGA--A-TCAGAAAT-A---TTAACAG---TGAG-CCAAAA-Tagactgct
gi|27 : A----TCCGATTAA---AC-GAT-CCCATGTAA-GCA-CAAATTGCAAC---AG--AGAAAA----GAA-AACAG-----AAAATTCGGGTT---TA---TT
gi|28 : tattcgctgtgaca----ATA----TCTGATAAA---AG-GATATCTTTG-AA-GCA-C-----GCAGT-----------------GTT-AATGG-----CAGGTTCGGTAT---TA---TTCAA--TCTGTTCAAG--A-GGG-----GTAATAA----------------agctc
gi|29 : atcGG-----ATAATTA----------------A--G----T-ATGCAACACACCTCA---TGCCCCA-AGAGCCG--CT---TTTAGC---GG--------T--A-TTCTG--T--T-TT-----CGA--GCATATA-A-TTC-G-AA-TGA
gi|3 : ATTTCAAT--A----ATA----TC--A-AAA---AGTGAT-CCCTTA-AA-CCA-CAACGCACAAC---TA--TCAGAA----GAC-AATAA-----CAATATTGGTTT---TA---TTAAA--TCTGTTCATT--A-GGG-----ATAATGA----------------A--T----T-ATGCAACACCACTCA---CGTTCCCTAACACCG--AA---TTTAGC---GGTA-TTGAAT--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--ACA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATTC-A--ATCTT--A-TTAGAAAT-G---ATAATATTACCGTG-TC--AGTTACG-AGGCGACTGTTTTACGTCTGCCACAAAGCATACACA
gi|30 : G-AA-ACA-AAGAACGCAAC---CA--AAACA-----GAA-AATAG-----CAGCCTTGGATT---TA---TTGA------GTTCACGTTG-GGG-----GTAATc
gi|31 : AA-AAAAG-----CAAACTCGTTTT---TA---TTGTG--TATGTTCATG--A-AAG-----GTAATTG----------------T--A----T-ATGAAACACCC
gi|32 : aAAAT-A---ATAACA--ATTT-G-TCAAAG-TACA-GGGCGAC-TTTTTAAGGCCGCCATAtaac
gi|4 : aacaTGTCAAT--A----ATA----TCTCATAAA---AT-ACC-CCTTTG-AA-GCC-CAACACGCA-----CG--CAAGAA----AAA-AA--------CAGACT-AGTTT---TA---GTGAG--TATGTTCATT--A-GGG-----AAACTGA----------------A--C----T-ATGCAGCGCCCCTTG---TGCTACCTAACACCG--GT---TTGCGC---GGTT-T----C--A---------------------AA--GTC-ATA-T-T---A-AA-TGGGCT-----------------------TCA-CAAT-A---ATAAAAACACTGAG-TCAAAT-GACG-GAGCGACA---GTATGGCCGTCACACAGC
gi|5 : ATGACAAT-TACTTTATAAAAGTTTG-TAAATTAAG-GAT-TCTTTGCAA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----AAACAATAA-----CATACTCAATTT---TA---TTGAA--TCTGTCCATG--A-GGG-----GAAGTGA----------------A--A----T-ATGCAACATCACACATGCCGCCCCCTGGT--------------------GGTA-T----TCTA-TTCTA--T--T-CA-----CGA--GTT-ACA-C-T---GTAA-TGTACTTGG-TGACTC-CCAG--GA--A-TCAGCAAT-A---ATAGCGAAACTGAG-TCAaccaacactgatgttgtgattgtcaatagtata
gi|6 : gatgtacataATATCAATGTA----ACA----TCTGATAAA---AG-GATACCCAGG-AA-GCA-CAAAATACATC---CA--AGAAAA----GAA-AACAG-----CAGGCTCAGTTT---TA---CTGA------GTTCCCG--A-GGG-----GTAATGA----------------T--A----C-ATGCAA-------CA---TGCCCCCTATCACCA--AC---TAAAGC---AGAA-T----T----CTCT---T--T-TT-----TTA--ACA-A-A-C-T---G-AA-GGATTTCCA-TGATTC-C--ACGGA--A-TCACAAAT-A---ATAACATCACTGAG-ATAAAG-TAAA-CGGCGGCA-TTTTACAGCTGTCAtaa
gi|7 : A-GCA-AAAAATGCAACTAGCA--AAAGAA----AAA-AA
gi|7 : -GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACATCCCACA---CTTCCGCTTACACAG--TA---TTACGC---AG-A---------A-TTCTA--T--T-TT-----CAAAGGAA-GCA-C-T---G-AA-TGAGCTCCA-TGACTC-CA-A--GG--A-ACATAAAT-G---ATAACAGCATTTGG-TTAAAG-TACA-AGGTGACGTTTTTAAGGCCGCCACACcggagggggtaatgaaatatgcaacatcccacacttccgcttacacagtattacgcagaattctattttcaaaggaagcactgaatgagctccatgactccaaggaacataaatgataacagcatttggttaaagtacaaggtgacgtttttaaggccgccacacgccacgtaagactgctgttgggacagtttcc
gi|8 : agcaaaaaatgcaactagcaaaagaaaaaaacggagTGTTAAT-TA----A-A----TATGATAAA---AA-CA-------G-AT-GCAACGGAA-GCAA-----A--GATGAA----GGA-AATAG-----TAAACTCGGTTTGTTTA---ATGAG--TTTGGCCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--G----C-ATGCAACACCCTTTA---CGACCCCTATAATCG--AC---ATAACA---GG---T----T--A-ATCT---A--T-TT-----AAA--GCA-GTA-T-T---G-AA-TGAGCTCCgccacgtaagactgctgttgggacagtttcc
gi|9 : T---TA---TTGAG--TTTGTTTATT--A-GAA-----GAAGTGA----------------A--G----T-ATGCAACACACCTTG---CATAGCCTAGCACCG--AT---CAAAGC----------------A-TTCT---TTAT-TT-----CGA--ATA-ATA-C-T---C-AA-TGAGCACCT-TTAGTC-CA-A--GG--ACTCGGGAAT-AAATATAAGAACACTCAG-TCAAA--TAAG-CTGTAA-TTTTCGATGACAGCTACATAGCaaaacataaaggaatctaaataaagacaaggtaaggtcaatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): ACACTCGAATGGCCCGTCAAATTGTTCAATATTGAATAACTGTAAAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111 111 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444 2222222222
lowQualScore : 5555555 1111 555 3 111 0 9 2 2 7777777 6666 4 55555 333 333 444 1 22 1 44444 0 555555555555555555555555 3 33 333 22 7777777 0 88888888888888888888888888888888888888 3333 1 0 222 555 1 1 44 22 8888888888 1 2 333 66 2 2 1 44 77
lowQualScore : ....... .... ... . ... . . . . ....... .... . ..... ... ... ... . .. . ..... . ........................ . .. ... .. ....... . ...................................... .... . . ... ... . . .. .. .......... . . ... .. . . . .. ..
lowQualScore : 6666666 4444 888 3 222 2 2 7 5 4444444 6666 0 33333 000 000 444 3 66 8 33333 9 777777777777777777777777 5 11 222 88 3333333 7 00000000000000000000000000000000000000 7777 7 5 333 222 7 7 77 66 1111111111 2 2 999 44 4 7 4 11 44
consensus : ATGTCAAT-TA----ATA----TCTGATAAA---AG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----GAA-AATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTAAGC---GGTA-T----T--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATT--CC-A--GG--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
Reference ( family-160 ) : ATGTCAAT-TA----ATA----TCTGATAAA---AG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----GAA-AATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTAAGC---GGTA-T----T--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATT--CC-A--GG--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
gi|1 : A----ATAG---TCTAATAAA---AG-GGT-CTCTTG-AAAGTA-CAGACCGCAAA---CA--AAGGAA----GTA-TCTGG-----CGGACTCTGTTT---TA---TTGAA--TCTGGTCATG--A-GGG-----GTAATAA----------------A--A----T-ATGCAGCACCTGTCA---CGCGAAATAGCACCG--GC---CTAAGCACAAGT--C----T--A-TTAT---T--T----------A--GCA-ACC-C-T---G-AA-TGTATTCGA-TGATT--CC-ATTGG--A-CCCAACAT-A---GTAA-AACAA-GAA-ACAGAG-TATGTTGACGA-ATTTATATGATCGCCGAACAGCAT
gi|10 : gatacactgtgaatcggatttccgttacttagtgataatttttgccattgacctttca----TCTGATAAA---TG-GAT-TCCTTGGAA-TCA-CAGAATGCG-T---TA--AAA-AT----GAA-ACT-G-----T-GACTCGGTTT---TA---TTGAT--TCTGTTAATG--A-AGGCGGGTGTAATAA----------------A--A----TAATG-AACACCCC-CA---CGTCCTATAACATCG--GC---TTAAGC---AG---------------CT---T--T-CTGTTGACGA--A-A-AAA-CGTGAAG-AA-TAAATTCTG-TGATT--CC-A--gtaagact
gi|11 : ttatAA---AG-GGTATCCTGG-CT-ACA-CAGAACACTAC---TG--AAAGAA----CAA-AAGAG-----TAGACTCGGTAA---TA---TTGAG--TCTGTTTATG--A-GGG-----GTTATGG----------------C--A----C-ATACAACACCCATCA---TGT-------CATCG--GC---TTAATC---GGC--T---------TCCT---T--T-CT-----CAA--GCA-ATA-C-T---G-AA--GGGTCCCATTGATT--CCAA--GG--AGCCATAATT-A---ATAAataacctttaaatagta
gi|12 : tCTTGCTTT---TA---TCAAA--TATGTTCATG----GGT-----GTAAT------------------A--A----G-ATGCAACGCCAA-CA---CACCCAAAAGCTCCG--G----TCAAGC---GATAATG---T--A-TTCT---T------------AA--ACA-AC--------------------CA-TGATT--CC-A--AGTTA-TCATAAAC-A---ATAGCAAGACTAAG-CCAGAG-TACG-AG----CCTTCTTACGGCCGCCACGCAGCaattct
gi|13 : -GCA-CAGAATGCAAC---TA--ACGGAACACAAAA-AACAGGAAAACGGACTCTGTTT---GA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-CGG-----AAAATTATTTT------------A--A----C-ATGCAACACTGCTAT---TGTCTCCTAACTCTG--GT---TGAGGCTAAGAT--C----T--G-TTCT---A--T-ATC----CGT--GCA-ACA---T---G-CATTGGGTTCCG-TGATT--Cacgtaagactt
gi|14 : -ATGCCACACCCTTTA---TTTCCAATAGCACTA--CC---CTCAGC--------T----C--AGTTCAA--T--T-GT-----TGA--AAA-GTAAC-C---A-AA-TGAACTCCA-TGATT--CT-ATAGA--A-TCAGAAAT-A---ATCACACCACTGAA-TCAAAG-TAGG-AATTGACCTTTTC-TGGCCACCATATAGCaa
gi|15 : A----GAA-AATAA-----CAG--------T---TACATTTAAGCATGTGTTCATT--A-GTG-----GTAATGA----------------A--AAAAAC-ATGTTACACTCCTCA---CGGCCCCTAGTACCG--G----------------G-T----T--A-TTCTA--T--T-CT-----CAA--ACA-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCCG-TGATT--CC-A--CGACA-TCAGAAAT-A---ATAATATTACTGAG-TCAAAG-TAaagttatactgctattgtgatag
gi|16 : AAGAA------A-AATAG-----CAAACTCGGTTT---AA---TTGGG--TGTGTTTACG--A-GGA-----CTAACGA----------------C--A----T-ATGAAACA-ACCTCA---CG--ACCTGGTTGTG--AC---TT---C---CGTA-G----T--A-CTCT---C--TATT-----TGA--GTA-ATA-C-T---A-AA-----------TGATT--CC-AACGA--A-TCAGATAT-C---GTAACAACACTGAG-T
gi|17 : A-ATA-A-T---G-AT-TGAGTTCCA--AATTTGCA-A--GG--AATCAGAAAT-A---ATAACATAACTGAG-TCAACG-TATT-TGGTGGC-TTTATACGCCTGCCACACAGCGTgcat
gi|18 : tcaattacagcaccagattttgtttaaata----GAA-AATAA-----CAGAC-CGTTTT---TA---T-GAG--TCTGACCATA--A-AGA------TAATGATATACGATTTTGTAATACTA----T-ATGGAACACACGTCA---AACTCCCTAACACCGCCGCCTTTTAAGC---GATA-T----T--G-TATT---T--T---------GA--ATA-ATT-T-T---A-AA-TGAGCTACA-TGAgttcgactgctgttgtgatggtcaataaa
gi|19 : GACTCGGTTT---TA---TTGAA--TTTGTTC---------------------A----------------A--A----T-GTGCAACACCCATTA---CGTCCTCTAGCACCG--TC---CCAATC---GGTA-T----CGGA--------T--G-CA-----CGA--GCG-ATA-A-C---G-AA-TGCGCTCCG-TGATT--TCGA--GG--AGTCACAAAT-A---A
gi|2 : -TA----ATG----TCTGATAAA---AG-G----CCTC------CA--AGAACACAAC---TA--AAAGAA----GAA-AATAG-------AACTCTGTTT---TA---TTGAC--TCTGTTAATA--A-GGG-----ATAATAG----------------A--A----T-G---------------------CCTTGGCACTG--GC---TTAAGC----ATG-G----C--A-GTCT---G--T-CT-----------CA-ACA-C-T---A-AA-TTGGTTCCA-TGATT--CC-A--AGGTA-TTGGAAACAA---ATAATGGCATCGAG-TTAAA--TATA-AGGCAACTTTTT--CGG-CATTACACAGaa
gi|20 : ggacactcttggattaacggtacccgtcactatatttttcgtttcttacattatacgaACTTGGTTC---TA---TTTGG--TCAGCTCATG--A-GCG-----GTAATGA----------------A--C----TCATTCAA--------A---C---CCTTAAAACCG--AC---TTAAGC---GTTA-T----TC-A-TTATA--T--T-AT-----CAA--GCA-ACA-T-T---G-AA-AGAACTCAA-TGATT--CC-A--ttatatttgcact
gi|21 : ATGTT--T-TAT---ATA----TTTGATAAA---AG-GAG-TTTTGG-AA-AAC-CAAAACACAAC---C-------------GAACAATAA-----CAGACTTGGTTT---TA---CTGAG--TCTGTCCAT
gi|22 : aaatgaatgtacatgtgaaatA----------------A--A----T-ATGCAA-ACCCTTCA---TGCCTTTTAGCACCG--AC---TTTAGA---AG--------T--A-TTCTA--T--T-TT-----AGA--ATA-ATA-C-T---G-AA-TAAGCGCCA-TGTTG--CC-A--AG--A-a
gi|23 : ---T--T-TT-----TGA--G-A-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCTA-TGATT--TC-AAAGA--A-CCTGAAAT-A---C---CAAGACCGAG-TCAAAG-TAAG-CGGGGACGTTTTAAT-GTCGTCACACGGCgtccaacaata
gi|24 : aA-TAGATCACAAC---CACCAAAGAAA---GAA-TATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TT--A--TATGTCCAGG--ATGGG-----GTA--CA----------------C--C----C-CTGCAACACCCTTCA---TGCCGCC
gi|25 : gaTGAGGTCAAAG-TACG-AGGCGACTTATTTACGGAGGCCACACA--GTACATA
gi|26 : ctatgttcaaagacaaaccatgcaatacagtttTAGCACCG--GC---TTAATT---G----C----T--A-TTCTATGT--T-CT-------A----A-ACA-C-T---T-AA-AGTGCTTCA-TGATT--CA-AAGGA--A-TCAGAAAT-A---TTAACAG---TGAG-CCAAAA-Tagactgct
gi|27 : A----TCCGATTAA---AC-GAT-CCCATGTAA-GCA-CAAATTGCAAC---AG--AGAAAA----GAA-AACAG-----AAAATTCGGGTT---TA---TT
gi|28 : tattcgctgtgaca----ATA----TCTGATAAA---AG-GATATCTTTG-AA-GCA-C-----GCAGT-----------------GTT-AATGG-----CAGGTTCGGTAT---TA---TTCAA--TCTGTTCAAG--A-GGG-----GTAATAA----------------agctc
gi|29 : atcGG-----ATAATTA----------------A--G----T-ATGCAACACACCTCA---TGCCCCA-AGAGCCG--CT---TTTAGC---GG--------T--A-TTCTG--T--T-TT-----CGA--GCATATA-A-TTC-G-AA-TGA
gi|3 : ATTTCAAT--A----ATA----TC--A-AAA---AGTGAT-CCCTTA-AA-CCA-CAACGCACAAC---TA--TCAGAA----GAC-AATAA-----CAATATTGGTTT---TA---TTAAA--TCTGTTCATT--A-GGG-----ATAATGA----------------A--T----T-ATGCAACACCACTCA---CGTTCCCTAACACCG--AA---TTTAGC---GGTA-TTGAAT--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--ACA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATT--CA-ATCTT--A-TTAGAAAT-G---ATAATATTACCGTG-TC--AGTTACG-AGGCGACTGTTTTACGTCTGCCACAAAGCATACACA
gi|30 : G-AA-ACA-AAGAACGCAAC---CA--AAACA-----GAA-AATAG-----CAGCCTTGGATT---TA---TTGA------GTTCACGTTG-GGG-----GTAATc
gi|31 : AA-AAAAG-----CAAACTCGTTTT---TA---TTGTG--TATGTTCATG--A-AAG-----GTAATTG----------------T--A----T-ATGAAACACCC
gi|32 : aAAAT-A---ATAACA--ATTT-G-TCAAAG-TACA-GGGCGAC-TTTTTAAGGCCGCCATAtaac
gi|4 : aacaTGTCAAT--A----ATA----TCTCATAAA---AT-ACC-CCTTTG-AA-GCC-CAACACGCA-----CG--CAAGAA----AAA-AA--------CAGACT-AGTTT---TA---GTGAG--TATGTTCATT--A-GGG-----AAACTGA----------------A--C----T-ATGCAGCGCCCCTTG---TGCTACCTAACACCG--GT---TTGCGC---GGTT-T----C--A---------------------AA--GTC-ATA-T-T---A-AA-TGGGCT-----------------------TCA-CAAT-A---ATAAAAACACTGAG-TCAAAT-GACG-GAGCGACA---GTATGGCCGTCACACAGC
gi|5 : ATGACAAT-TACTTTATAAAAGTTTG-TAAATTAAG-GAT-TCTTTGCAA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----AAACAATAA-----CATACTCAATTT---TA---TTGAA--TCTGTCCATG--A-GGG-----GAAGTGA----------------A--A----T-ATGCAACATCACACATGCCGCCCCCTGGT--------------------GGTA-T----TCTA-TTCTA--T--T-CA-----CGA--GTT-ACA-C-T---GTAA-TGTACTTGG-TGACT--CCCA--GG--AATCAGCAAT-A---ATAGCGAAACTGAG-TCAaccaacactgatgttgtgattgtcaatagtata
gi|6 : gatgtacataATATCAATGTA----ACA----TCTGATAAA---AG-GATACCCAGG-AA-GCA-CAAAATACATC---CA--AGAAAA----GAA-AACAG-----CAGGCTCAGTTT---TA---CTGA------GTTCCCG--A-GGG-----GTAATGA----------------T--A----C-ATGCAA-------CA---TGCCCCCTATCACCA--AC---TAAAGC---AGAA-T----T----CTCT---T--T-TT-----TTA--ACA-A-A-C-T---G-AA-GGATTTCCA-TGATT--CC-ACGGA--A-TCACAAAT-A---ATAACATCACTGAG-ATAAAG-TAAA-CGGCGGCA-TTTTACAGCTGTCAtaa
gi|7 : A-GCA-AAAAATGCAACTAGCA--AAAGAA----AAA-AA
gi|7 : -GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACATCCCACA---CTTCCGCTTACACAG--TA---TTACGC---AG-A---------A-TTCTA--T--T-TT-----CAAAGGAA-GCA-C-T---G-AA-TGAGCTCCA-TGACT--CCAA--GG--A-ACATAAAT-G---ATAACAGCATTTGG-TTAAAG-TACA-AGGTGACGTTTTTAAGGCCGCCACACcggagggggtaatgaaatatgcaacatcccacacttccgcttacacagtattacgcagaattctattttcaaaggaagcactgaatgagctccatgactccaaggaacataaatgataacagcatttggttaaagtacaaggtgacgtttttaaggccgccacacgccacgtaagactgctgttgggacagtttcc
gi|8 : agcaaaaaatgcaactagcaaaagaaaaaaacggagTGTTAAT-TA----A-A----TATGATAAA---AA-CA-------G-AT-GCAACGGAA-GCAA-----A--GATGAA----GGA-AATAG-----TAAACTCGGTTTGTTTA---ATGAG--TTTGGCCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--G----C-ATGCAACACCCTTTA---CGACCCCTATAATCG--AC---ATAACA---GG---T----T--A-ATCT---A--T-TT-----AAA--GCA-GTA-T-T---G-AA-TGAGCTCCgccacgtaagactgctgttgggacagtttcc
gi|9 : T---TA---TTGAG--TTTGTTTATT--A-GAA-----GAAGTGA----------------A--G----T-ATGCAACACACCTTG---CATAGCCTAGCACCG--AT---CAAAGC----------------A-TTCT---TTAT-TT-----CGA--ATA-ATA-C-T---C-AA-TGAGCACCT-TTAGT--CCAA--GG--ACTCGGGAAT-AAATATAAGAACACTCAG-TCAAA--TAAG-CTGTAA-TTTTCGATGACAGCTACATAGCaaaacataaaggaatctaaataaagacaaggtaaggtcaatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): ACACTCGAATGGCCCGTCAAATTGTTCAATATTGAATAACTGTAAAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111 111 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444 2222222222
lowQualScore : 5555555 1111 555 3 111 0 9 2 2 7777777 6666 4 55555 333 333 444 1 22 1 44444 0 555555555555555555555555 3 33 333 22 7777777 0 88888888888888888888888888888888888888 3333 1 0 222 555 1 1 44 22 8888888888 1 2 333 66 2 2 1 44 77
lowQualScore : ....... .... ... . ... . . . . ....... .... . ..... ... ... ... . .. . ..... . ........................ . .. ... .. ....... . ...................................... .... . . ... ... . . .. .. .......... . . ... .. . . . .. ..
lowQualScore : 6666666 4444 888 3 222 2 2 7 5 4444444 6666 0 33333 000 000 444 3 66 8 33333 9 777777777777777777777777 5 11 222 88 3333333 7 00000000000000000000000000000000000000 7777 7 5 333 222 7 7 77 66 1111111111 2 2 999 44 4 7 4 11 44
consensus : ATGTCAAT-TA----ATA----TCTGATAAA---AG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----GAA-AATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTAAGC---GGTA-T----T--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATT--CC-A--GG--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
Reference ( family-160 ) : ATGTCAAT-TA----ATA----TCTGATAAA---AG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----GAA-AATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTAAGC---GGTA-T----T--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATT--CC-A--GG--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
gi|1 : A----ATAG---TCTAATAAA---AG-GGT-CTCTTG-AAAGTA-CAGACCGCAAA---CA--AAGGAA----GTA-TCTGG-----CGGACTCTGTTT---TA---TTGAA--TCTGGTCATG--A-GGG-----GTAATAA----------------A--A----T-ATGCAGCACCTGTCA---CGCGAAATAGCACCG--GC---CTAAGCACAAGT--C----T--A-TTAT---T--T----------A--GCA-ACC-C-T---G-AA-TGTATTCGA-TGATT--CC-ATTGG--A-CCCAACAT-A---GTAA-AACAA-GAA-ACAGAG-TATGTTGACGA-ATTTATATGATCGCCGAACAGCAT
gi|10 : gatacactgtgaatcggatttccgttacttagtgataatttttgccattgacctttca----TCTGATAAA---TG-GAT-TCCTTGGAA-TCA-CAGAATGCG-T---TA--AAA-AT----GAA-ACT-G-----T-GACTCGGTTT---TA---TTGAT--TCTGTTAATG--A-AGGCGGGTGTAATAA----------------A--A----TAATG-AACACCCC-CA---CGTCCTATAACATCG--GC---TTAAGC---AG---------------CT---T--T-CTGTTGACGA--A-A-AAA-CGTGAAG-AA-TAAATTCTG-TGATT--CC-A--gtaagact
gi|11 : ttatAA---AG-GGTATCCTGG-CT-ACA-CAGAACACTAC---TG--AAAGAA----CAA-AAGAG-----TAGACTCGGTAA---TA---TTGAG--TCTGTTTATG--A-GGG-----GTTATGG----------------C--A----C-ATACAACACCCATCA---TGT-------CATCG--GC---TTAATC---GGC--T---------TCCT---T--T-CT-----CAA--GCA-ATA-C-T---G-AA--GGGTCCCATTGATT--CCAA--GG--AGCCATAATT-A---ATAAataacctttaaatagta
gi|12 : tCTTGCTTT---TA---TCAAA--TATGTTCATG----GGT-----GTAAT------------------A--A----G-ATGCAACGCCAA-CA---CACCCAAAAGCTCCG--G----TCAAGC---GATAATG---T--A-TTCT---T------------AA--ACA-AC--------------------CA-TGATT--CC-A--AGTTA-TCATAAAC-A---ATAGCAAGACTAAG-CCAGAG-TACG-AG----CCTTCTTACGGCCGCCACGCAGCaattct
gi|13 : -GCA-CAGAATGCAAC---TA--ACGGAACACAAAA-AACAGGAAAACGGACTCTGTTT---GA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-CGG-----AAAATTATTTT------------A--A----C-ATGCAACACTGCTAT---TGTCTCCTAACTCTG--GT---TGAGGCTAAGAT--C----T--G-TTCT---A--T-ATC----CGT--GCA-ACA---T---G-CATTGGGTTCCG-TGATT--Cacgtaagactt
gi|14 : -ATGCCACACCCTTTA---TTTCCAATAGCACTA--CC---CTCAGC--------T----C--AGTTCAA--T--T-GT-----TGA--AAA-GTAAC-C---A-AA-TGAACTCCA-TGATT--CT-ATAGA--A-TCAGAAAT-A---ATCACACCACTGAA-TCAAAG-TAGG-AATTGACCTTTTC-TGGCCACCATATAGCaa
gi|15 : A----GAA-AATAA-----CAG--------T---TACATTTAAGCATGTGTTCATT--A-GTG-----GTAATGA----------------A--AAAAAC-ATGTTACACTCCTCA---CGGCCCCTAGTACCG--G----------------G-T----T--A-TTCTA--T--T-CT-----CAA--ACA-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCCG-TGATT--CC-A--CGACA-TCAGAAAT-A---ATAATATTACTGAG-TCAAAG-TAaagttatactgctattgtgatag
gi|16 : AAGAA------A-AATAG-----CAAACTCGGTTT---AA---TTGGG--TGTGTTTACG--A-GGA-----CTAACGA----------------C--A----T-ATGAAACA-ACCTCA---CG--ACCTGGTTGTG--AC---TT---C---CGTA-G----T--A-CTCT---C--TATT-----TGA--GTA-ATA-C-T---A-AA-----------TGATT--CC-AACGA--A-TCAGATAT-C---GTAACAACACTGAG-T
gi|17 : A-ATA-A-T---G-AT-TGAGTTCCA--AATTTGCA-A--GG--AATCAGAAAT-A---ATAACATAACTGAG-TCAACG-TATT-TGGTGGC-TTTATACGCCTGCCACACAGCGTgcat
gi|18 : tcaattacagcaccagattttgtttaaata----GAA-AATAA-----CAGAC-CGTTTT---TA---T-GAG--TCTGACCATA--A-AGA------TAATGATATACGATTTTGTAATACTA----T-ATGGAACACACGTCA---AACTCCCTAACACCGCCGCCTTTTAAGC---GATA-T----T--G-TATT---T--T---------GA--ATA-ATT-T-T---A-AA-TGAGCTACA-TGAgttcgactgctgttgtgatggtcaataaa
gi|19 : GACTCGGTTT---TA---TTGAA--TTTGTTC---------------------A----------------A--A----T-GTGCAACACCCATTA---CGTCCTCTAGCACCG--TC---CCAATC---GGTA-T----CGGA--------T--G-CA-----CGA--GCG-ATA-A-C---G-AA-TGCGCTCCG-TGATT--TCGA--GG--AGTCACAAAT-A---A
gi|2 : -TA----ATG----TCTGATAAA---AG-G----CCTC------CA--AGAACACAAC---TA--AAAGAA----GAA-AATAG-------AACTCTGTTT---TA---TTGAC--TCTGTTAATA--A-GGG-----ATAATAG----------------A--A----T-G---------------------CCTTGGCACTG--GC---TTAAGC----ATG-G----C--A-GTCT---G--T-CT-----------CA-ACA-C-T---A-AA-TTGGTTCCA-TGATT--CC-A--AGGTA-TTGGAAACAA---ATAATGGCATCGAG-TTAAA--TATA-AGGCAACTTTTT--CGG-CATTACACAGaa
gi|20 : ggacactcttggattaacggtacccgtcactatatttttcgtttcttacattatacgaACTTGGTTC---TA---TTTGG--TCAGCTCATG--A-GCG-----GTAATGA----------------A--C----TCATTCAA--------A---C---CCTTAAAACCG--AC---TTAAGC---GTTA-T----TC-A-TTATA--T--T-AT-----CAA--GCA-ACA-T-T---G-AA-AGAACTCAA-TGATT--CC-A--ttatatttgcact
gi|21 : ATGTT--T-TAT---ATA----TTTGATAAA---AG-GAG-TTTTGG-AA-AAC-CAAAACACAAC---C-------------GAACAATAA-----CAGACTTGGTTT---TA---CTGAG--TCTGTCCAT
gi|22 : aaatgaatgtacatgtgaaatA----------------A--A----T-ATGCAA-ACCCTTCA---TGCCTTTTAGCACCG--AC---TTTAGA---AG--------T--A-TTCTA--T--T-TT-----AGA--ATA-ATA-C-T---G-AA-TAAGCGCCA-TGTTG--CC-A--AG--A-a
gi|23 : ---T--T-TT-----TGA--G-A-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCTA-TGATT--TC-AAAGA--A-CCTGAAAT-A---C---CAAGACCGAG-TCAAAG-TAAG-CGGGGACGTTTTAAT-GTCGTCACACGGCgtccaacaata
gi|24 : aA-TAGATCACAAC---CACCAAAGAAA---GAA-TATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TT--A--TATGTCCAGG--ATGGG-----GTA--CA----------------C--C----C-CTGCAACACCCTTCA---TGCCGCC
gi|25 : gaTGAGGTCAAAG-TACG-AGGCGACTTATTTACGGAGGCCACACA--GTACATA
gi|26 : ctatgttcaaagacaaaccatgcaatacagtttTAGCACCG--GC---TTAATT---G----C----T--A-TTCTATGT--T-CT-------A----A-ACA-C-T---T-AA-AGTGCTTCA-TGATT--CA-AAGGA--A-TCAGAAAT-A---TTAACAG---TGAG-CCAAAA-Tagactgct
gi|27 : A----TCCGATTAA---AC-GAT-CCCATGTAA-GCA-CAAATTGCAAC---AG--AGAAAA----GAA-AACAG-----AAAATTCGGGTT---TA---TT
gi|28 : tattcgctgtgaca----ATA----TCTGATAAA---AG-GATATCTTTG-AA-GCA-C-----GCAGT-----------------GTT-AATGG-----CAGGTTCGGTAT---TA---TTCAA--TCTGTTCAAG--A-GGG-----GTAATAA----------------agctc
gi|29 : atcGG-----ATAATTA----------------A--G----T-ATGCAACACACCTCA---TGCCCCA-AGAGCCG--CT---TTTAGC---GG--------T--A-TTCTG--T--T-TT-----CGA--GCATATA-A-TTC-G-AA-TGA
gi|3 : ATTTCAAT--A----ATA----TC--A-AAA---AGTGAT-CCCTTA-AA-CCA-CAACGCACAAC---TA--TCAGAA----GAC-AATAA-----CAATATTGGTTT---TA---TTAAA--TCTGTTCATT--A-GGG-----ATAATGA----------------A--T----T-ATGCAACACCACTCA---CGTTCCCTAACACCG--AA---TTTAGC---GGTA-TTGAAT--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--ACA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATT--CA-ATCTT--A-TTAGAAAT-G---ATAATATTACCGTG-TC--AGTTACG-AGGCGACTGTTTTACGTCTGCCACAAAGCATACACA
gi|30 : G-AA-ACA-AAGAACGCAAC---CA--AAACA-----GAA-AATAG-----CAGCCTTGGATT---TA---TTGA------GTTCACGTTG-GGG-----GTAATc
gi|31 : AA-AAAAG-----CAAACTCGTTTT---TA---TTGTG--TATGTTCATG--A-AAG-----GTAATTG----------------T--A----T-ATGAAACACCC
gi|32 : aAAAT-A---ATAACA--ATTT-G-TCAAAG-TACA-GGGCGAC-TTTTTAAGGCCGCCATAtaac
gi|4 : aacaTGTCAAT--A----ATA----TCTCATAAA---AT-ACC-CCTTTG-AA-GCC-CAACACGCA-----CG--CAAGAA----AAA-AA--------CAGACT-AGTTT---TA---GTGAG--TATGTTCATT--A-GGG-----AAACTGA----------------A--C----T-ATGCAGCGCCCCTTG---TGCTACCTAACACCG--GT---TTGCGC---GGTT-T----C--A---------------------AA--GTC-ATA-T-T---A-AA-TGGGCT-----------------------TCA-CAAT-A---ATAAAAACACTGAG-TCAAAT-GACG-GAGCGACA---GTATGGCCGTCACACAGC
gi|5 : ATGACAAT-TACTTTATAAAAGTTTG-TAAATTAAG-GAT-TCTTTGCAA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----AAACAATAA-----CATACTCAATTT---TA---TTGAA--TCTGTCCATG--A-GGG-----GAAGTGA----------------A--A----T-ATGCAACATCACACATGCCGCCCCCTGGT--------------------GGTA-T----TCTA-TTCTA--T--T-CA-----CGA--GTT-ACA-C-T---GTAA-TGTACTTGG-TGACT--CCCA--GG--AATCAGCAAT-A---ATAGCGAAACTGAG-TCAaccaacactgatgttgtgattgtcaatagtata
gi|6 : gatgtacataATATCAATGTA----ACA----TCTGATAAA---AG-GATACCCAGG-AA-GCA-CAAAATACATC---CA--AGAAAA----GAA-AACAG-----CAGGCTCAGTTT---TA---CTGA------GTTCCCG--A-GGG-----GTAATGA----------------T--A----C-ATGCAA-------CA---TGCCCCCTATCACCA--AC---TAAAGC---AGAA-T----T----CTCT---T--T-TT-----TTA--ACA-A-A-C-T---G-AA-GGATTTCCA-TGATT--CC-ACGGA--A-TCACAAAT-A---ATAACATCACTGAG-ATAAAG-TAAA-CGGCGGCA-TTTTACAGCTGTCAtaa
gi|7 : A-GCA-AAAAATGCAACTAGCA--AAAGAA----AAA-AA
gi|7 : -GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACATCCCACA---CTTCCGCTTACACAG--TA---TTACGC---AG-A---------A-TTCTA--T--T-TT-----CAAAGGAA-GCA-C-T---G-AA-TGAGCTCCA-TGACT--CCAA--GG--A-ACATAAAT-G---ATAACAGCATTTGG-TTAAAG-TACA-AGGTGACGTTTTTAAGGCCGCCACACcggagggggtaatgaaatatgcaacatcccacacttccgcttacacagtattacgcagaattctattttcaaaggaagcactgaatgagctccatgactccaaggaacataaatgataacagcatttggttaaagtacaaggtgacgtttttaaggccgccacacgccacgtaagactgctgttgggacagtttcc
gi|8 : agcaaaaaatgcaactagcaaaagaaaaaaacggagTGTTAAT-TA----A-A----TATGATAAA---AA-CA-------G-AT-GCAACGGAA-GCAA-----A--GATGAA----GGA-AATAG-----TAAACTCGGTTTGTTTA---ATGAG--TTTGGCCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--G----C-ATGCAACACCCTTTA---CGACCCCTATAATCG--AC---ATAACA---GG---T----T--A-ATCT---A--T-TT-----AAA--GCA-GTA-T-T---G-AA-TGAGCTCCgccacgtaagactgctgttgggacagtttcc
gi|9 : T---TA---TTGAG--TTTGTTTATT--A-GAA-----GAAGTGA----------------A--G----T-ATGCAACACACCTTG---CATAGCCTAGCACCG--AT---CAAAGC----------------A-TTCT---TTAT-TT-----CGA--ATA-ATA-C-T---C-AA-TGAGCACCT-TTAGT--CCAA--GG--ACTCGGGAAT-AAATATAAGAACACTCAG-TCAAA--TAAG-CTGTAA-TTTTCGATGACAGCTACATAGCaaaacataaaggaatctaaataaagacaaggtaaggtcaatg
blockSeqs : TACTTT AAAG TTA T TAT G . A TAGCA CACA C GAAAA GTT CAT GCA C TT T CGGGT TATACGATTTTGTAATACTA A AT TGC TC CCGCCTT GGTATTGAATATTCTTTCTC AGGA T CG GAA T T AT TG AAGGAG T A AAT AG G T C A CT
blockSeqs : TAT . . . TAT T . . CACC A C . . . T C . . . TTTTAA C CT . CC GC TAAGATCTGTTCTATATCC GC . AC TC . . G . AAGTTA T . . CC . . G A CT
blockSeqs : GTA . . . TAC C . . TA . . . . . G A . . . AAAAAA . TT . TC GC GGTATTCTATTCTATTCAC AC . C . . . A . ATAGAA G . . TT . . T T TT
blockSeqs : TA . . . TT . . . TG . . . . . A C . . . AA . CT . TC GT GTTATTCATTATATTATC GC . C . . . G . ACGACA G . . AC . . T A GT
blockSeqs : A . . . GT . . . TA . . . . . G G . . . CA . CT . GC CC CGTAGTACTCTCTATTT AA . C . . . A . AACGAA G . . TA . . A C TT
blockSeqs : A . . . TC . . . TA . . . . . G G . . . AA . GT . CT AC GCTATTCTATGTTCT AC . A . . . G . GAGGAG G . . GC . . C A TG
blockSeqs : . . . TC . . . AG . . . . . G C . . . CA . AT . TC TC AGAATTCTCTTTTTT GT . T . . . A . AAGGTA C . . AG . . C A GT
blockSeqs : . . . CC . . . TA . . . . . A T . . . AA . TT . CC GC AGCTTTCTGTTGAC AT . A . . . A . AAAGAA G . . TT . . C G TT
blockSeqs : . . . TT . . . CA . . . . . C C . . . AA . TT . CC AC GATAATGTATTCTT GC . C . . . G . AAGGAA G . . AC . . C G T
blockSeqs : . . . . . . . CG . . . . . G C . . . AC . CT . CC AC TCAGTTCAATTGTT GC . T . . . A . ATCTTA G . . AA . . A C T
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . G C . . . AA . CT . TT GC GTTATTCTATTCTC AT . C . . . A . CAGGAA G . . TC . . C A A
blockSeqs : . . . CA . . . . . A A . . . CC . CT . CT CT GGTATCGGATGCAC GC . C . . . A . ACGGAA G . . GC . . A C A
blockSeqs : . . C . . . . . A C . . . AG . CA . CC AA ATGGCAGTCTGTCT AC . C . . . A . AAGGAC C . . AC . .
blockSeqs : . . A . . . . . A C . . . AT . CA . CC GT AGTATTCTATTTTA GT . A . . . A . AGGAA T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . G A . . . TA . TT . TC AC GGTATTCTGTTTTC GT . C . . . G . AAGGA G . . . .
blockSeqs : . . . . . G A . . . AC . CT . AC TA AGAATTCTATTTTC AC . T . . . G . AAGA . . . .
blockSeqs : . . . . . A C . . . AA . C . TA AC GGTTAATCTATTTA GC . C . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . G T . . . TA . A . T AT GGCTTCCTTTCTC AT . C . . . A .
blockSeqs : . . . G T . . . AA . . . . G GATATTGTATTTT A . C . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . AG . . . . G ATTCTTTATTTC C . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AG . . . . . GGTTTCA G . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TA***** **** GGTATTCTATTTTC************************ N*
originalCons : ATGTCAAT-TA----ATA----TCTGATAAA---AG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----GAA-AATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTAAGC---GGTA-T----T--A-TTCT---T--T-CT-----CGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATT--CC-A--GG--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
finalCons : ATGTCAATTA-----ATA----TCTGATAAA---AG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----GAA-AATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---TTAAGCGGTATTCTATTTTC------------------------GA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGATT--CC-A--GG--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACGN-GGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): ACACTCGAATGGCCCGTCAAATTGTTCAATATTGAATAACTGTAAAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111 111 111111111111111111111111 11111111111 22222222
lowQualScore : 5555555 1111 555 3 111 0 9 2 2 7777777 6666 4 55555 333 333 444 1 22 1 44444 0 555555555555555555555555 3 33 333 22 9999999999999 22222222222 3333 1 1 0 0 3333 1 0 222 555 1 1 44 1 22 6 77777777 1 2 333 66 2 2 1 44 77
lowQualScore : ....... .... ... . ... . . . . ....... .... . ..... ... ... ... . .. . ..... . ........................ . .. ... .. ............. ........... .... . . . . .... . . ... ... . . .. . .. . ........ . . ... .. . . . .. ..
lowQualScore : 6666666 4444 888 3 222 2 2 7 5 4444444 6666 0 33333 000 000 444 3 66 8 33333 9 777777777777777777777777 5 11 222 88 0000000000000 00000000000 9999 7 7 3 7 7777 7 5 333 222 7 7 77 8 66 0 99999999 2 2 999 44 4 7 4 11 44
consensus : ATGTCAAT-TA----ATA----TCTGATAAA---AG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----GAA-AATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---T-----TAAGC--GG-------TATTC----TA-T-TTTCGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGA-TT--CC-A--GG--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
Reference ( family-160 ) : ATGTCAAT-TA----ATA----TCTGATAAA---AG-GAT-CCCTTG-AA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----GAA-AATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACACCCCTCA---CGCCCCCTAGCACCG--GC---T-----TAAGC--GG-------TATTC----TA-T-TTTCGA--GCA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGA-TT--CC-A--GG--A-TCAGAAAT-A---ATAACANCACTGAG-TCAAAG-TACG-NGGCGACNTTTTTACGGCCGCCACACAGCGTACACA
gi|1 : A----ATAG---TCTAATAAA---AG-GGT-CTCTTG-AAAGTA-CAGACCGCAAA---CA--AAGGAA----GTA-TCTGG-----CGGACTCTGTTT---TA---TTGAA--TCTGGTCATG--A-GGG-----GTAATAA----------------A--A----T-ATGCAGCACCTGTCA---CGCGAAATAGCACCG--GC---C-----TAAGC--AC-------AAGTC----TA-T-TATTTA--GCA-ACC-C-T---G-AA-TGTATTCGA-TGA-TT--CC-ATTGG--A-CCCAACAT-A---GTAA-AACAA-GAA-ACAGAG-TATGTTGACGA-ATTTATATGATCGCCGAACAGCAT
gi|10 : gatacactgtgaatcggatttccgttacttagtgataatttttgccattgacctttca----TCTGATAAA---TG-GAT-TCCTTGGAA-TCA-CAGAATGCG-T---TA--AAA-AT----GAA-ACT-G-----T-GACTCGGTTT---TA---TTGAT--TCTGTTAATG--A-AGGCGGGTGTAATAA----------------A--A----TAATG-AACACCCC-CA---CGTCCTATAACATCG--GC---T-----TAAGC--AG-------CTTTC----TG-T-TGACGA--A-A-AAA-CGTGAAG-AA-TAAATTCTG-TGA-TT--CC-A--gtaagact
gi|11 : ttatAA---AG-GGTATCCTGG-CT-ACA-CAGAACACTAC---TG--AAAGAA----CAA-AAGAG-----TAGACTCGGTAA---TA---TTGAG--TCTGTTTATG--A-GGG-----GTTATGG----------------C--A----C-ATACAACACCCATCA---TGT-------CATCG--GC---T-----TAATC--GG-------C-TTC----CT-T-TCTCAA--GCA-ATA-C-T---G-AA--GGGTCCCATTGA-TT--CCAA--GG--AGCCATAATT-A---ATAAataacctttaaatagta
gi|12 : tCTTGCTTT---TA---TCAAA--TATGTTCATG----GGT-----GTAAT------------------A--A----G-ATGCAACGCCAA-CA---CACCCAAAAGCTCCG--G----T-----CAAGC--GA-------TAATG----TA-T-TCTTAA--ACA-AC--------------------CA-TGA-TT--CC-A--AGTTA-TCATAAAC-A---ATAGCAAGACTAAG-CCAGAG-TACG-AG----CCTTCTTACGGCCGCCACGCAGCaattct
gi|13 : -GCA-CAGAATGCAAC---TA--ACGGAACACAAAA-AACAGGAAAACGGACTCTGTTT---GA---TTGAG--TCTGTTCATG--A-CGG-----AAAATTATTTT------------A--A----C-ATGCAACACTGCTAT---TGTCTCCTAACTCTG--GT---TGAGGCTAAGA--TC-------TGTTC----TA-T-ATCCGT--GCA-ACA---T---G-CATTGGGTTCCG-TGA-TT--Cacgtaagactt
gi|14 : -ATGCCACACCCTTTA---TTTCCAATAGCACTA--CC---C-----TCAGC--TC-------AGTTC----AA-T-TGTTGA--AAA-GTAAC-C---A-AA-TGAACTCCA-TGA-TT--CT-ATAGA--A-TCAGAAAT-A---ATCACACCACTGAA-TCAAAG-TAGG-AATTGACCTTTTC-TGGCCACCATATAGCaa
gi|15 : A----GAA-AATAA-----CAG--------T---TACATTTAAGCATGTGTTCATT--A-GTG-----GTAATGA----------------A--AAAAAC-ATGTTACACTCCTCA---CGGCCCCTAGTACCG--G-----------------GT-------TATTC----TA-T-TCTCAA--ACA-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCCG-TGA-TT--CC-A--CGACA-TCAGAAAT-A---ATAATATTACTGAG-TCAAAG-TAaagttatactgctattgtgatag
gi|16 : AAGAA------A-AATAG-----CAAACTCGGTTT---AA---TTGGG--TGTGTTTACG--A-GGA-----CTAACGA----------------C--A----T-ATGAAACA-ACCTCA---CG--ACCTGGTTGTG--AC---T-----TCCGT--AG-------TACTC----TC-T-ATTTGA--GTA-ATA-C-T---A-AA-----------TGA-TT--CC-AACGA--A-TCAGATAT-C---GTAACAACACTGAG-T
gi|17 : A-ATA-A-T---G-AT-TGAGTTCCA--AA-TTTGCA-A--GG--AATCAGAAAT-A---ATAACATAACTGAG-TCAACG-TATT-TGGTGGC-TTTATACGCCTGCCACACAGCGTgcat
gi|18 : tcaattacagcaccagattttgtttaaata----GAA-AATAA-----CAGAC-CGTTTT---TA---T-GAG--TCTGACCATA--A-AGA------TAATGATATACGATTTTGTAATACTA----T-ATGGAACACACGTCA---AACTCCCTAACACCGCCGCCTTT-----TAAGC--GA-------TATTG----TA-T-TTT-GA--ATA-ATT-T-T---A-AA-TGAGCTACA-TGA-gttcgactgctgttgtgatggtcaataaa
gi|19 : GACTCGGTTT---TA---TTGAA--TTTGTTC---------------------A----------------A--A----T-GTGCAACACCCATTA---CGTCCTCTAGCACCG--TC---C-----CAATC--GG-------TATCG----GA-T-GCACGA--GCG-ATA-A-C---G-AA-TGCGCTCCG-TGA-TT--TCGA--GG--AGTCACAAAT-A---A
gi|2 : -TA----ATG----TCTGATAAA---AG-G----CCTC------CA--AGAACACAAC---TA--AAAGAA----GAA-AATAG-------AACTCTGTTT---TA---TTGAC--TCTGTTAATA--A-GGG-----ATAATAG----------------A--A----T-G---------------------CCTTGGCACTG--GC---T-----TAAGCATGG-------CAGTC----TG-T-CT-------CA-ACA-C-T---A-AA-TTGGTTCCA-TGA-TT--CC-A--AGGTA-TTGGAAACAA---ATAATGGCATCGAG-TTAAA--TATA-AGGCAACTTTTT--CGG-CATTACACAGaa
gi|20 : ggacactcttggattaacggtacccgtcactatatttttcgtttcttacattatacgaACTTGGTTC---TA---TTTGG--TCAGCTCATG--A-GCG-----GTAATGA----------------A--C----TCATTCAA--------A---C---CCTTAAAACCG--AC---T-----TAAGC--GT-------TATTCATTATA-T-TATCAA--GCA-ACA-T-T---G-AA-AGAACTCAA-TGA-TT--CC-A--ttatatttgcact
gi|21 : ATGTT--T-TAT---ATA----TTTGATAAA---AG-GAG-TTTTGG-AA-AAC-CAAAACACAAC---C-------------GAACAATAA-----CAGACTTGGTTT---TA---CTGAG--TCTGTCCAT
gi|22 : aaatgaatgtacatgtgaaatA----------------A--A----T-ATGCAA-ACCCTTCA---TGCCTTTTAGCACCG--AC---T-----TTAGA--AG-------TATTC----TA-T-TTTAGA--ATA-ATA-C-T---G-AA-TAAGCGCCA-TGT-TG--CC-A--AG--A-a
gi|23 : A-T-TTTTGA--G-A-ACA-C-A---G-AA-TGAGCTCTA-TGA-TT--TC-AAAGA--A-CCTGAAAT-A---C---CAAGACCGAG-TCAAAG-TAAG-CGGGGACGTTTTAAT-GTCGTCACACGGCgtccaacaata
gi|24 : A-TAGATCACAAC---CACCAAAGAAA---GAA-TATAG-----CAGACTCGGTTT---TA---TT--A--TATGTCCAGG--ATGGG-----GTA--CA----------------C--C----C-CTGCAACACCCTTCA---TGCCGCC
gi|25 : gaTGAGGTCAAAG-TACG-AGGCGACTTATTTACGGAGGCCACACA--GTACATA
gi|26 : ctatgttcaaagacaaaccatgcaatacagtttTAGCACCG--GC---T-----TAATT--GC-------TATTC----TA-T-GTTCTA----A-ACA-C-T---T-AA-AGTGCTTCA-TGA-TT--CA-AAGGA--A-TCAGAAAT-A---TTAACAG---TGAG-CCAAAA-Tagactgct
gi|27 : A----TCCGATTAA---AC-GAT-CCCATGTAA-GCA-CAAATTGCAAC---AG--AGAAAA----GAA-AACAG-----AAAATTCGGGTT---TA---TT
gi|28 : tattcgctgtgaca----ATA----TCTGATAAA---AG-GATATCTTTG-AA-GCA-C-----GCAGT-----------------GTT-AATGG-----CAGGTTCGGTAT---TA---TTCAA--TCTGTTCAAG--A-GGG-----GTAATAA----------------agctc
gi|29 : atcGG-----ATAATTA----------------A--G----T-ATGCAACACACCTCA---TGCCCCA-AGAGCCG--CT---T-----TTAGC--GG-------TATTC----TG-T-TTTCGA--GCATATA-A-TTC-G-AA-TGA
gi|3 : ATTTCAAT--A----ATA----TC--A-AAA---AGTGAT-CCCTTA-AA-CCA-CAACGCACAAC---TA--TCAGAA----GAC-AATAA-----CAATATTGGTTT---TA---TTAAA--TCTGTTCATT--A-GGG-----ATAATGA----------------A--T----T-ATGCAACACCACTCA---CGTTCCCTAACACCG--AA---T-----TTAGC--GGTATTGAATATTC----T--T-TCTCGA--ACA-ACA-C-T---G-AA-TGAGCTCCG-TGA-TT--CA-ATCTT--A-TTAGAAAT-G---ATAATATTACCGTG-TC--AGTTACG-AGGCGACTGTTTTACGTCTGCCACAAAGCATACACA
gi|30 : G-AA-ACA-AAGAACGCAAC---CA--AAACA-----GAA-AATAG-----CAGCCTTGGATT---TA---TTGA------GTTCACGTTG-GGG-----GTAATc
gi|31 : AA-AAAAG-----CAAACTCGTTTT---TA---TTGTG--TATGTTCATG--A-AAG-----GTAATTG----------------T--A----T-ATGAAACACCC
gi|32 : aAAAT-A---ATAACA--ATTT-G-TCAAAG-TACA-GGGCGAC-TTTTTAAGGCCGCCATAtaac
gi|4 : aacaTGTCAAT--A----ATA----TCTCATAAA---AT-ACC-CCTTTG-AA-GCC-CAACACGCA-----CG--CAAGAA----AAA-AA--------CAGACT-AGTTT---TA---GTGAG--TATGTTCATT--A-GGG-----AAACTGA----------------A--C----T-ATGCAGCGCCCCTTG---TGCTACCTAACACCG--GT---T-----TGCGC--GG-------T-TTC----AA--------A--GTC-ATA-T-T---A-AA-TGGGCT------------------------TCA-CAAT-A---ATAAAAACACTGAG-TCAAAT-GACG-GAGCGACA---GTATGGCCGTCACACAGC
gi|5 : ATGACAAT-TACTTTATAAAAGTTTG-TAAATTAAG-GAT-TCTTTGCAA-GCA-CAGAACGCAAC---CA--AAAGAA----AAACAATAA-----CATACTCAATTT---TA---TTGAA--TCTGTCCATG--A-GGG-----GAAGTGA----------------A--A----T-ATGCAACATCACACATGCCGCCCCCTGG---TG--G----------TATTC-----------TATTC----TA-T-TCACGA--GTT-ACA-C-T---GTAA-TGTACTTGG-TGACTC--CC-A--GGA-A-TCAGCAAT-A---ATAGCGAAACTGAG-TCAaccaacactgatgttgtgattgtcaatagtata
gi|6 : gatgtacataATATCAATGTA----ACA----TCTGATAAA---AG-GATACCCAGG-AA-GCA-CAAAATACATC---CA--AGAAAA----GAA-AACAG-----CAGGCTCAGTTT---TA---CTGA------GTTCCCG--A-GGG-----GTAATGA----------------T--A----C-ATGCAA-------CA---TGCCCCCTATCACCA--AC---T-----AAAGC--AG-------AATTC----TCTT-TTTTTA--ACA-A-A-C-T---G-AA-GGATTTCCA-TGA-TT--CC-ACGGA--A-TCACAAAT-A---ATAACATCACTGAG-ATAAAG-TAAA-CGGCGGCA-TTTTACAGCTGTCAtaa
gi|7 : A-GCA-AAAAATGCAACTAGCA--AAAGAA----AAA-AA
gi|7 : -GGG-----GTAATGA----------------A--A----T-ATGCAACATCCCACA---CTTCCGCTTACACAG--TA---T-----TACGC--AG-------AATTC----TA-T-TTTCAAAGGAA-GCA-C-T---G-AA-TGAGCTCCA-TGA-CT--CC-AA-GG--A-ACATAAAT-G---ATAACAGCATTTGG-TTAAAG-TACA-AGGTGACGTTTTTAAGGCCGCCACACcggagggggtaatgaaatatgcaacatcccacacttccgcttacacagtattacgcagaattctattttcaaaggaagcactgaatgagctccatgactccaaggaacataaatgataacagcatttggttaaagtacaaggtgacgtttttaaggccgccacacgccacgtaagactgctgttgggacagtttcc
gi|8 : agcaaaaaatgcaactagcaaaagaaaaaaacggagTGTTAAT-TA----A-A----TATGATAAA---AA-CA-------G-AT-GCAACGGAA-GCAA-----A--GATGAA----GGA-AATAG-----TAAACTCGGTTTGTTTA---ATGAG--TTTGGCCATG--A-GGG-----GTAATGA----------------A--G----C-ATGCAACACCCTTTA---CGACCCCTATAATCG--AC---A-----TAACA--GGT------TAATC----TA---TTTAAA--GCA-GTA-T-T---G-AA-TGAGCTCCgccacgtaagactgctgttgggacagtttcc
gi|9 : T---TA---TTGAG--TTTGTTTATT--A-GAA-----GAAGTGA----------------A--G----T-ATGCAACACACCTTG---CATAGCCTAGCACCG--AT---C-----AAAGC------------ATTC----TT-TATTTCGA--ATA-ATA-C-T---C-AA-TGAGCACCT-TTA-GT--CCAA--GG--ACTCGGGAAT-AAATATAAGAACACTCAG-TCAAA--TAAG-CTGTAA-TTTTCGATGACAGCTACATAGCaaaacataaaggaatctaaataaagacaaggtaaggtcaatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): ACACTCGAATGGCCCGTCAAATTGTTCAATATTGAATAACTGTAAAGT