lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555555 1111111111 333333 1111 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222 22222 1111 33333 1111
lowQualScore : 6 99999999999999999999 3 9 1 2222222222 000000 2 5 5 5555 66 1 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 1 2222222 4 44444 2222 22222 5 1 3 1 7777 1
lowQualScore : . .................... . . . .......... ...... . . . .... .. . . ................................................................................................................................................................................ .. . ....... . ..... .... ..... . . . . .... .
lowQualScore : 0 88888888888888888888 5 0 1 6666666666 333333 3 7 0 5555 99 2 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 5 6666666 0 11111 1111 33333 2 0 5 0 0000 4
consensus : AAACTAGAAATGTGT---TNATA-GGNAACGGATGCCCCTGCTATATGTT---GG--TA-AATTT---T--ACCGA-AAATTAA-GT--AGAAA--AGAGGGCC----ATAACT-CCTG-----TAA--AATTTGAC----GGACGCTGAC-A-ATA-TCGAAT-T--TGACC-TGA-TTA--TTTTATAATTATACAGCTAC-GG--AC-A-AAG--TAATA-----------------TTA--A------AT---NG---A--TA---GA-C----C-CT--TTCAGAA-GTT---ATTGATCGGANANC-GATT----TGATNT-CGGACANACGGACGGACGG----ACGAACGGACAG
Reference ( gi|1 ) : AAACTAGAAGTGTGT---TCCTA-GAAAACGGATTCCCCTACTGTATATT---AG--CA-AATTT---G--ACCAA-AAATTAA-GT--AAAAA--AGAGGGCC----GTATCT-CTTG-----TAA--AATTTGAC----AGACGCTGGC-A-ATA-TCGAAT-T--TGACC-TGATTTT--TTTTATAATTTTACAGCTAC-CG--AC-A-AAG-GTAAT------------------TTA--A------AT---TG---A--TA---GA-C----A-CT--TTCAAAA-GAT---ATTGGTCAGACAAC-AATT----TGACAT-CGGACAGATGGATGAACGG----ACGAACGAACAGG
gi|3 : AAACTAGAAATGTGT---CAATG-AGACACAGATGCCCCTGCTTCATGTT---CG--TA-GATTT---C--ACC-A-AAATTAA-GT--TGAAA--AGA-GGCC----ATAACT-CCTA-----TAA--AATTT-AT----GGTCATTGAC-A-ATT-T--AATAT--TGACCATGACCTGAACCTTATAATTATGAAGCCACACA--AC-A-AA---TAATAACTTTGTATTTATTGGATTA--A------AT---AC---A--TG---GA-C------CA--TTCAGAA-GTT---ATTCATTAGAAATC-GATT----T
gi|11 : AAAGTAGAAATGCGTCTTTTATA-GGAAATGGATGCTCCCACTATATTTT---AG--TA-AATTT---T--ACCAAAAAATGAA-GT--CGAAT--AG-GGACC----
gi|10 : ACTAGAAATATGT---T-------GAACG----CCCCTGCTATTGATT---GGAACACAATTT---TTTACCGA-AAATTAA-GTC-AAGAA--AAGGGGCC----ACAACT-Ca
gi|7 : CCAGAAATGTGT---TTATATGACAA-GGATGCCCTTGTTTTATGTT---GG--TA-AATTC---T--ACCAA-AAATTAACGT--ACAAA--AG-GAACCACAAGTAAATAGTTACACACTAA--AACTTGTCAATAAGAAGC---C-A-ATATTCCCAT-TCATGACC-TTATTTTA-TGTTATGAcagt
gi|2 : AAATGTGT---CATTT-GACA-CATATGCCTCTGCTATAGATTGAAAA--CC-AATTTTTTA--AACGA-AAATTAA-GT--CGAAA--A-AGGGCC----ATAACT-CCTG-----TAA--ATTCTGGC---------CTAAC-CTATA-TCA-------TAA-----AATCA--TTTTA------TACAGGTAC-----AC-A-A---GAAATA-----------------TTA--ATAAAACAT--------A--TA---GA-C----C-CC--TTCACAA-GTT---ACTGATCAGACATC-AATT----TTTTCTCCGAACAAACGGACGGACaa
gi|4 : ctcaCCTCTGCTATATGTT---GG--TA-AATTT---T--ACCAA-AAATTAA-TT--AGAAT--AG-GGGCC----ATA----CCTG-----CAGTTAATTTGAC----CAA--CTGCA-A-ATA-TCGAAC-T--TTGTC-TG---TA--TTTTATAATTATACAGCTGC-AT--GC-A-AAATATAAA------------------ATA--A------ATACCTGTACA--TA---AA-C----C-CT--TTCAGAA--ATAAAATTGATCGGA-AACTGATT----TGACTT-TGGACAGATGGACGGACGGTAACACTAACGaagggcaacacttaatgtc
gi|5 : aagagTATT---AG--TA-AACTT---A--ACCAA-AAGTTGA-GTCGAGAGA--AGAAA-------ATAACT-AT---------A--AATTTGAG----AAACGTTGACAA-ATA-TCGAAT-T--TGACC-TGA---A--TGTTATAATTATATAGCTAC-GG--AC-C-A----CAAC------------------TTA--T------AT---AG---A--TA---TATT----ACCT--TTTAAAATGTT---ATTGATC
gi|6 : tatATTTA-GT--AAAAATCAGAGACCCTTTCATAATT-CCTG-----TAA--GTTTAAAC----AG-CACTGAC-ATATA-TGGAAA-T--TGTCC-T---TTA--TTTTATA----CACATC-------------AAG-------------------------TA--A------ATA--TC---A--TA---GA-C----A-CT--TTCAGAA-GTT---ATTCATCAGTTTCC-AATT----TGA----CGGACACGCGCACAGACAG----GCGAAgtaatcctttattatacggatgg
gi|14 : ac-A-ATA-TTGAAC-A--TGGCC-TG---TA--TTTTATAATGATACAGTTAC-AC--AC-A-AAG-acacttcatgccg
gi|8 : caTTATAATTATATAGCTA--CGAAAC-ATATG-TTAATTA----------------TTATTA------AT---AA---A--TAACTAA-C----C-CT--TTCAAAA-A-------TGG--AAAC--C-AATT----TGATA----GATGCACGCATGAAAGC----ACGAATGt
gi|9 : cctgcaatcaaatgacctacatgcaaagtgtaACAGCTAC-GG--GCTA-GAA-CTAATATTTG-------------TTA--A------AT---TG---ACATA---GA-CTAATA-TTAATTCAGAA-GTT---TTTCATCGGAACGC-AAGTCTGATGATATGTGGACATATGGACGGGCGC----AAAAACGAACAG
gi|12 : A---AA-C----C-CT--TTCAAAA-GTT---AACGACCGGAAAACCAATT----TGACCT-TGGACAGATGAACGAAAGG----ACAGACGGACAacggacg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AACTTGAAATGGTCAATAGGATACAGATGTCCCCACTATATCTTAGTAAATTTTA
Unaligned ( gi|15 ): GAATATCCCTACTATTGATTGGAAACCAATATTTTATCGAAAATTCAG
Unaligned ( gi|16 ): AACTGGAAATGTTTCCATAGGATACAGATGCCCCTGCTATATGCTA
Alignments
lowQualScore : 11111 11 111 11 11 1 22222 2222222 222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 1111 22222 1111
lowQualScore : 22222 1 22 1 0 4 8888888 333 11 4 22 66 2 1 9999 11 0 8888 1 33333 0000000 5 66 666 3 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 777 2222222 66 4 66 1 1 1 77 0000 00000 1 4444 0
lowQualScore : ..... . .. . . . ....... ... .. . .. .. . . .... .. . .... . ..... ....... . .. ... . . .............................................................. .. ... ....... .. . .. . . . .. .... ..... . .... .
lowQualScore : 55555 4 22 1 8 0 2222222 999 22 4 22 11 8 9 4444 88 2 8888 0 77777 1111111 7 44 000 2 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 888 9999999 11 4 11 1 0 0 00 6666 77777 0 2222 7
consensus : AAACTAGAAATGTGT---CNATAGGACACGGATGCCCCTGCTATATG-TTGGTA---A---ATTTT---ACC-GAAAATTAA-GT--AGAAA--AGAGGGCC----ATAACTCCTGTAA--AATTTGACGGACGCTGAC-----A-A-TATCGAACTTGACCTGA-TTATTTTATAATTATACAGCTACG-GAC--A-AA-G-TA-A-T-----------------ATT----A--A----AT---NG---A--TA---GAC--C----CT--TTCAGAA-GT--TATTGATCGGAAANC-AATT----TGACNT-CGGACANACGGACGGACGG----ACGAACGAACAG
Reference ( family-153 ) : AAACTAGAAATGTGT---TNATAGGNAACGGATGCCCCTGCTATATG-TTGGTA---A---ATTTT---ACC-GAAAATTAA-GT--AGAAA--AGAGGGCC----ATAACTCCTGTAA--AATTTGACGGACGCTGAC-----A-A-TATCGAATTTGACCTGA-TTATTTTATAATTATACAGCTACG-GAC--A-AA-G-TA-A-T-----------------ATT----A--A----AT---NG---A--TA---GAC--C----CT--TTCAGAA-GT--TATTGATCGGANANC-GATT----TGATNT-CGGACANACGGACGGACGG----ACGAACGGACAG
gi|1 : AAACTAGAAGTGTGT---TCCTAGAAAACGGATTCCCCTACTGTATA-TTAGCA---A---ATTTG---ACC-AAAAATTAA-GT--AAAAA--AGAGGGCC----GTATCTCTTGTAA--AATTTGACAGACGCTGGC-----A-A-TATCGAATTTGACCTGATTTTTTTTATAATTTTACAGCTACC-GAC--A-AAGG-TA-A-T------------------TT----A--A----AT---TG---A--TA---GAC--A----CT--TTCAAAA-GA--TATTGGTCAGACAAC-AATT----TGACAT-CGGACAGATGGATGAACGG----ACGAACGAACAG
gi|10 : ACTAGAAATATGT---TGA----------ACGCCCCTGCTAT-TGATTGGAACACA---ATTTTTT-ACC-GAAAATTAA-GTCAAGAAA--AG-GGGCC----ACAACTCCAGTg
gi|11 : AAAGTAGAAATGCGTCTTTTATAGGAAATGGATGCTCCCACTATATT-TTAGTA---A---ATTTT---ACCAAAAAATGAA-GT--CGAAT--AG-GGACC----A
gi|12 : A---AAC--C----CT--TTCAAAA-GT--TAACGACCGGAAAACCAATT----TGACCT-TGGACAGATGAACGAAAGG----ACAGACGGACA
gi|13 : AACTTGAAATG-GT---CAATAGGATACAGATGTCCCCACTATATC-TTAGTA---A---ATTTT---Aactgacaggtgtat
gi|14 : -----A-A-TATTGAACATGGCCTG---TATTTTATAATGATACAGTTACA-CAC--A-AA-G-T
gi|16 : caAACTGGAAATGTTT---CCATAGGATACAGATGCCCCTGCTATATG-CT
gi|2 : AAATGTGT----CATTTGACACATATGCCTCTGCTATAGA-TTGAAA---ACCAATTTTTTAAAC-GAAAATTAA-GT--CGAAA--A-AGGGCC----ATAACTCCTGTAA--ATTCTGGC-----CTAAC-----CTA-TATCA----TAA---AA-TCATTTTATA------CAGGTAC---AC--A-A--G-AA-A-T-----------------ATT----A--ATAAAAC---AT---A--TA---GAC--C----CC--TTCACAA-GT--TACTGATCAGACATC-AATT----TTTTCTCCGAACAAACGGACGGACa
gi|3 : ctcaAAACTAGAAATGTGT---CAATGAGACACAGATGCCCCTGCTTCATG-TTCGTA---G---ATTTC---ACC--AAAATTAA-GT--TGAAA--AGA-GGCC----ATAACTCCTATAA--AATTT-ATGGTCATTGACAATTTA-A-TATTGACCATGACCTGA---ACCTTATAATTATGAAGCCACACAAC--A-AA---TA-A-TAACTTTGTATTTATTGGATT----A--A----AT---AC---A--TG---GAC--C----A---TTCAGAA-GT--TATTCATTAGAAATC-GATT----Taagggcaacacttaatgtc
gi|4 : GCCTCTGCTATATG-TTGGTA---A---ATTTT---ACC-AAAAATTAA-TT--AGAAT--AG-GGGCC----ATA---CCTGCAGTTAATTTGACCAA--CTGCA-----A-A-TATCGAACTTTGTCTG---TATTTTATAATTATACAGCTGCA-TGC--A-AA-A-TATA-A-----------------AAT----A--A----ATACCTGTACA--TA---AAC--C----CT--TTCAGAA-ATAAAATTGATCGGAAACT-GATT----TGACTT-TGGACAGATGGACGGACGGTAACACTAACG
gi|5 : aagaTAT-TA-TTAGTA---A---ACTTA---ACC-AAAAGTTGA-GTCGAGAGA--AGAAA-------ATAACT---ATAA--A-TTTGAGAAACGTTGAC-----A-AATATCGAATTTGACCTGA---ATGTTATAATTATATAGCTACG-GAC--C-A----CA-A-C------------------TT----A--T----AT---AG---A--TA---TATTAC----CT--TTTAAAATGT--TATTGATCG
gi|6 : ATTTA-GT--AAAAATCAGAGACCCTTTCATAATTCCTGTAA--GTTTAAACAG-CACTGAC-----ATA-TATGGAAATTGTCCT---TTATTTTATA----CACATC------------AA-G-TA-A-------------------AT-------------AT---C----A--TA---GAC--A----CT--TTCAGAA-GT--TATTCATCAGTTTCC-AATT----TGA----CGGACACGCGCACAGACAG----GCGAAtaatcctttattatacggatgg
gi|7 : acCCAGAAATGTGT---TTATATGACAAGGATGCCCTTGTTTTATG-TTGGTA---A---ATTCT---ACC-AAAAATTAACGT--ACAAA--AG-GAACC----ACAA-----GTAA--Aacacttcatgccg
gi|8 : TTATAATTATATAGCTACGAAAC--ATAT-GTTA-ATT-----------------ATT----ATTA----AT---AA---A--TAACTAAC--C----CT--TTCAAAA-AT----------GGAAACC-AATT----TGATA----GATGCACGCATGAAAGC----ACGAATGtagttacacactaaaacttgtcaataagaagccaatattcccattcatgaccttattttatgttatgaaa
gi|9 : cctgcaatcaaatgacctacatgcaaagtgtaACAGCTACG-GGCTAG-AA-C-TA-A-T-----------------ATTTGTTA--A----AT---TG---ACATA---GAC--TAATATTAATTCAGAA-GT--TTTTCATCGGAACGC-AAGTCTGATGATATGTGGACATATGGACGGGCGC----AAAAACGAACAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAATATCCCTACTATTGATTGGAAACCAATATTTTATCGAAAATTCAG
Alignments
lowQualScore : 1111 11 11 1 22222 2222222 222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 1111 11111 1111
lowQualScore : 4444 1 3 1 0 4 8888888 66 777 11 4 22 66 2 1 9999 11 0 8888 1 33333 0000000 5 33 666 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 777 2222222 66 4 66 1 1 5 5 0000 44444 1 4444
lowQualScore : .... . . . . . ....... .. ... .. . .. .. . . .... .. . .... . ..... ....... . .. ... . .......................................................... .. ... ....... .. . .. . . . . .... ..... . ....
lowQualScore : 6666 4 4 1 8 0 2222222 11 888 22 4 22 11 8 9 4444 88 2 8888 0 77777 1111111 7 66 000 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 888 9999999 11 4 11 1 0 0 0 6666 44444 0 2222
consensus : AAACTAGAAATGTGTCN---ATAGGACACGGATGCCCCTGCTATATG-TTGGTA---A---A--TTTT---ACC-GAAAATTAA-GT--AGAAA--AGAGGGCC----ATAACTCCTGTAA--AATTTGACGGACGCTGAC-----A-A-TATCGAACTTGACCTGA-TTATTTTATAATTATACAGCTACG-GAC--A-AA-G-TA-A-T-----------------ATT----A--AAT---NG---A--TA---GAC--C----CT--TTCAGAA-GT--TATTGATCGGAAANC-AA-TT----TGACNT-CGGACANACGGACGGACGG----ACGAACGAACAG
Reference ( family-153 ) : AAACTAGAAATGTGTCN---ATAGGACACGGATGCCCCTGCTATATG-TTGGTA---A---A--TTTT---ACC-GAAAATTAA-GT--AGAAA--AGAGGGCC----ATAACTCCTGTAA--AATTTGACGGACGCTGAC-----A-A-TATCGAACTTGACCTGA-TTATTTTATAATTATACAGCTACG-GAC--A-AA-G-TA-A-T-----------------ATT----A--AAT---NG---A--TA---GAC--C----CT--TTCAGAA-GT--TATTGATCGGAAANC-AA-TT----TGACNT-CGGACANACGGACGGACGG----ACGAACGAACAG
gi|1 : AAACTAGAAGTGTGTTC---CTAGAAAACGGATTCCCCTACTGTATA-TTAGCA---A---A--TTTG---ACC-AAAAATTAA-GT--AAAAA--AGAGGGCC----GTATCTCTTGTAA--AATTTGACAGACGCTGGC-----A-A-TATCGAATTTGACCTGATTTTTTTTATAATTTTACAGCTACC-GAC--A-AAGG-TA-A-T------------------TT----A--AAT---TG---A--TA---GAC--A----CT--TTCAAAA-GA--TATTGGTCAGACAAC-AA-TT----TGACAT-CGGACAGATGGATGAACGG----ACGAACGAACAG
gi|10 : ACTAGAAATATGTTG---A----------ACGCCCCTGCTAT-TGATTGGAACACA---ATTTTTT---ACC-GAAAATTAA-GTCAAGAAA--AG-GGGCC----ACAACTCCAGTg
gi|11 : AAAGTAGAAATGCGTCTTTTATAGGAAATGGATGCTCCCACTATATT-TTAGTA---A---A--TTTT---ACCAAAAAATGAA-GT--CGAAT--AG-GGACC----A
gi|12 : A---AAC--C----CT--TTCAAAA-GT--TAACGACCGGAAAACCAA-TT----TGACCT-TGGACAGATGAACGAAAGG----ACAGACGGACA
gi|13 : AACTTGAAATG-GTCA---ATAGGATACAGATGTCCCCACTATATC-TTAGTA---A---A--TTTT---Aactgacaggtgtat
gi|14 : -----A-A-TATTGAACATGGCCTG---TATTTTATAATGATACAGTTACA-CAC--A-AA-G-T
gi|16 : caAACTGGAAATGTTTCC---ATAGGATACAGATGCCCCTGCTATATG-CT
gi|2 : AAATGTGTC----ATTTGACACATATGCCTCTGCTATAGA-TTGAAA---ACCAA--TTTTTTAAAC-GAAAATTAA-GT--CGAAA--A-AGGGCC----ATAACTCCTGTAA--ATTCTGGC-----CTAAC-----CTA-TATCA----TAA---AA-TCATT------TTATACAGGTAC---AC----AA-G-AA-A-T-----------------ATTAATAA--AAC---AT---A--TA---GAC--C----CC--TTCACAA-GT--TACTGATCAGACATC-AATTT----TTTCTC-CGAACAAACGGACGGACa
gi|3 : ctcaAAACTAGAAATGTGTCA---ATGAGACACAGATGCCCCTGCTTCATG-TTCGTA---G---A--TTTC---ACC--AAAATTAA-GT--TGAAA--AGA-GGCC----ATAACTCCTATAA--AATTT-ATGGTCATTGACAATTTA-A-TATTGACCATGACCTGA---ACCTTATAATTATGAAGCCACACAAC--A-AA---TA-A-TAACTTTGTATTTATTGGATT----A--AAT---AC---A--TG---GAC--C----A---TTCAGAA-GT--TATTCATTAGAAATC-GA-TT----Taagggcaacacttaatgtc
gi|4 : GCCTCTGCTATATG-TTGGTA---A---A--TTTT---ACC-AAAAATTAA-TT--AGAAT--AG-GGGCC----ATA---CCTGCAGTTAATTTGACCAA--CTGCA-----A-A-TATCGAACTTTGTCTG---TATTTTATAATTATACAGCTGCA-TGC--A-AA-A-TATA-A-----------------AAT----A--AATACCTGTACA--TA---AAC--C----CT--TTCAGAA-ATAAAATTGATCGGAAACT-GA-TT----TGACTT-TGGACAGATGGACGGACGGTAACACTAACG
gi|5 : aagaTAT-TA-TTAGTA---A---A--CTTA---ACC-AAAAGTTGA-GTCGAGAGA--AGAAA-------ATAACT---ATAA--A-TTTGAGAAACGTTGAC-----A-AATATCGAATTTGACCTGA---ATGTTATAATTATATAGCTACG-GAC--C-A----CA-A-C------------------TT----A--TAT---AG---A--TA---TATTAC----CT--TTTAAAATGT--TATTGATCGTAA
gi|6 : ATTTA-GT--AAAAATCAGAGACCCTTTCATAATTCCTGTAA--GTTTAAACAG-CACTGAC-----ATA-TATGGAAATTGTCCT---TTATTTTATA----CACATC------------AA-G-TA-A-------------------AT---------AT---C----A--TA---GAC--A----CT--TTCAGAA-GT--TATTCATCAGTTTCC-AA-TT----TGA----CGGACACGCGCACAGACAG----GCGAAtcctttattatacggatgg
gi|7 : acCCAGAAATGTGTTT---ATATGACAAGGATGCCCTTGTTTTATG-TTGGTA---A---A--TTCT---ACC-AAAAATTAACGT--ACAAA--AG-GAACC----ACAA-----GTAA--Aacacttcatgccg
gi|8 : TTATAATTATATAGCTACGAAAC--ATAT-GTTA-ATT-----------------ATT----ATTAAT---AA---A--TAACTAAC--C----CT--TTCAAAA-AT----------GGAAACC-AA-TT----TGATA----GATGCACGCATGAAAGC----ACGAATGtagttacacactaaaacttgtcaataagaagccaatattcccattcatgaccttattttatgttatgaaa
gi|9 : cctgcaatcaaatgacctacatgcaaagtgtaACAGCTACG-GGCTAG-AA-C-TA-A-T-----------------ATTTGTTA--AAT---TG---ACATA---GAC--TAATATTAATTCAGAA-GT--TTTTCATCGGAACGC-AA-GTCTGATGATATGTGGACATATGGACGGGCGC----AAAAACGAACAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAATATCCCTACTATTGATTGGAAACCAATATTTTATCGAAAATTCAG
Alignments
lowQualScore : 1111 11 11 1 22222 2222222 222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 1111 11111 1111
lowQualScore : 4444 1 3 1 0 4 8888888 66 777 11 4 22 66 2 1 9999 11 0 8888 1 33333 0000000 5 33 666 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 777 2222222 66 4 66 1 1 5 5 0000 44444 1 4444
lowQualScore : .... . . . . . ....... .. ... .. . .. .. . . .... .. . .... . ..... ....... . .. ... . .......................................................... .. ... ....... .. . .. . . . . .... ..... . ....
lowQualScore : 6666 4 4 1 8 0 2222222 11 888 22 4 22 11 8 9 4444 88 2 8888 0 77777 1111111 7 66 000 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 888 9999999 11 4 11 1 0 0 0 6666 44444 0 2222
consensus : AAACTAGAAATGTGTCN---ATAGGACACGGATGCCCCTGCTATATG-TTGGTA---A---A--TTTT---ACC-GAAAATTAA-GT--AGAAA--AGAGGGCC----ATAACTCCTGTAA--AATTTGACGGACGCTGAC-----A-A-TATCGAACTTGACCTGA-TTATTTTATAATTATACAGCTACG-GAC--A-AA-G-TA-A-T-----------------ATT----A--AAT---NG---A--TA---GAC--C----CT--TTCAGAA-GT--TATTGATCGGAAANC-AA-TT----TGACNT-CGGACANACGGACGGACGG----ACGAACGAACAG
Reference ( family-153 ) : AAACTAGAAATGTGTCN---ATAGGACACGGATGCCCCTGCTATATG-TTGGTA---A---A--TTTT---ACC-GAAAATTAA-GT--AGAAA--AGAGGGCC----ATAACTCCTGTAA--AATTTGACGGACGCTGAC-----A-A-TATCGAACTTGACCTGA-TTATTTTATAATTATACAGCTACG-GAC--A-AA-G-TA-A-T-----------------ATT----A--AAT---NG---A--TA---GAC--C----CT--TTCAGAA-GT--TATTGATCGGAAANC-AA-TT----TGACNT-CGGACANACGGACGGACGG----ACGAACGAACAG
gi|1 : AAACTAGAAGTGTGTTC---CTAGAAAACGGATTCCCCTACTGTATA-TTAGCA---A---A--TTTG---ACC-AAAAATTAA-GT--AAAAA--AGAGGGCC----GTATCTCTTGTAA--AATTTGACAGACGCTGGC-----A-A-TATCGAATTTGACCTGATTTTTTTTATAATTTTACAGCTACC-GAC--A-AAGG-TA-A-T------------------TT----A--AAT---TG---A--TA---GAC--A----CT--TTCAAAA-GA--TATTGGTCAGACAAC-AA-TT----TGACAT-CGGACAGATGGATGAACGG----ACGAACGAACAG
gi|10 : ACTAGAAATATGTTG---A----------ACGCCCCTGCTAT-TGATTGGAACACA---ATTTTTT---ACC-GAAAATTAA-GTCAAGAAA--AG-GGGCC----ACAACTCCAGTg
gi|11 : AAAGTAGAAATGCGTCTTTTATAGGAAATGGATGCTCCCACTATATT-TTAGTA---A---A--TTTT---ACCAAAAAATGAA-GT--CGAAT--AG-GGACC----A
gi|12 : A---AAC--C----CT--TTCAAAA-GT--TAACGACCGGAAAACCAA-TT----TGACCT-TGGACAGATGAACGAAAGG----ACAGACGGACA
gi|13 : AACTTGAAATG-GTCA---ATAGGATACAGATGTCCCCACTATATC-TTAGTA---A---A--TTTT---Aactgacaggtgtat
gi|14 : -----A-A-TATTGAACATGGCCTG---TATTTTATAATGATACAGTTACA-CAC--A-AA-G-T
gi|16 : caAACTGGAAATGTTTCC---ATAGGATACAGATGCCCCTGCTATATG-CT
gi|2 : AAATGTGTC----ATTTGACACATATGCCTCTGCTATAGA-TTGAAA---ACCAA--TTTTTTAAAC-GAAAATTAA-GT--CGAAA--A-AGGGCC----ATAACTCCTGTAA--ATTCTGGC-----CTAAC-----CTA-TATCA----TAA---AA-TCATT------TTATACAGGTAC---AC----AA-G-AA-A-T-----------------ATTAATAA--AAC---AT---A--TA---GAC--C----CC--TTCACAA-GT--TACTGATCAGACATC-AATTT----TTTCTC-CGAACAAACGGACGGACa
gi|3 : ctcaAAACTAGAAATGTGTCA---ATGAGACACAGATGCCCCTGCTTCATG-TTCGTA---G---A--TTTC---ACC--AAAATTAA-GT--TGAAA--AGA-GGCC----ATAACTCCTATAA--AATTT-ATGGTCATTGACAATTTA-A-TATTGACCATGACCTGA---ACCTTATAATTATGAAGCCACACAAC--A-AA---TA-A-TAACTTTGTATTTATTGGATT----A--AAT---AC---A--TG---GAC--C----A---TTCAGAA-GT--TATTCATTAGAAATC-GA-TT----Taagggcaacacttaatgtc
gi|4 : GCCTCTGCTATATG-TTGGTA---A---A--TTTT---ACC-AAAAATTAA-TT--AGAAT--AG-GGGCC----ATA---CCTGCAGTTAATTTGACCAA--CTGCA-----A-A-TATCGAACTTTGTCTG---TATTTTATAATTATACAGCTGCA-TGC--A-AA-A-TATA-A-----------------AAT----A--AATACCTGTACA--TA---AAC--C----CT--TTCAGAA-ATAAAATTGATCGGAAACT-GA-TT----TGACTT-TGGACAGATGGACGGACGGTAACACTAACG
gi|5 : aagaTAT-TA-TTAGTA---A---A--CTTA---ACC-AAAAGTTGA-GTCGAGAGA--AGAAA-------ATAACT---ATAA--A-TTTGAGAAACGTTGAC-----A-AATATCGAATTTGACCTGA---ATGTTATAATTATATAGCTACG-GAC--C-A----CA-A-C------------------TT----A--TAT---AG---A--TA---TATTAC----CT--TTTAAAATGT--TATTGATCGTAA
gi|6 : ATTTA-GT--AAAAATCAGAGACCCTTTCATAATTCCTGTAA--GTTTAAACAG-CACTGAC-----ATA-TATGGAAATTGTCCT---TTATTTTATA----CACATC------------AA-G-TA-A-------------------AT---------AT---C----A--TA---GAC--A----CT--TTCAGAA-GT--TATTCATCAGTTTCC-AA-TT----TGA----CGGACACGCGCACAGACAG----GCGAAtcctttattatacggatgg
gi|7 : acCCAGAAATGTGTTT---ATATGACAAGGATGCCCTTGTTTTATG-TTGGTA---A---A--TTCT---ACC-AAAAATTAACGT--ACAAA--AG-GAACC----ACAA-----GTAA--Aacacttcatgccg
gi|8 : TTATAATTATATAGCTACGAAAC--ATAT-GTTA-ATT-----------------ATT----ATTAAT---AA---A--TAACTAAC--C----CT--TTCAAAA-AT----------GGAAACC-AA-TT----TGATA----GATGCACGCATGAAAGC----ACGAATGtagttacacactaaaacttgtcaataagaagccaatattcccattcatgaccttattttatgttatgaaa
gi|9 : cctgcaatcaaatgacctacatgcaaagtgtaACAGCTACG-GGCTAG-AA-C-TA-A-T-----------------ATTTGTTA--AAT---TG---ACATA---GAC--TAATATTAATTCAGAA-GT--TTTTCATCGGAACGC-AA-GTCTGATGATATGTGGACATATGGACGGGCGC----AAAAACGAACAG
blockSeqs : TTTT G A G A CACA TT TTA AA C CA TC A G TTTC AC TTAA G GGTCA AATTTA A CA AT ACAACAAATAATAACTTTGTATTTATTGGATTAAATAC CA ACT TAATA AA T AA G A C T CTGA TATGT G TAAC
blockSeqs : G G T A . ACCA . . G . CG . A A . AC AT G AAACG CT . CA A ATGCAAAATATAAAATAAATACCTGTAC . . TAC . . . G T . . . CCTT A .
blockSeqs : A G T A . A . . G . . . A G . AC AA G AGCA AT . CT A GAAACATATGTTAATTATTATTAATAA . . C . . . C T . . . CTCC G .
blockSeqs : C T C A . A . . A . . . A G . AC GT A CAA A . TT T GGGCTAGAACTAATATTTGTTAAATTG . . C . . . G C . . . CTTT C .
blockSeqs : A A C A . G . . A . . . . G . AT A . . A . AT . ACAAGAAATATTAATAAAACAT . . C . . . G C . . . TA C .
blockSeqs : T T C G . A . . A . . . . C . A A . . . GGACCACAACTTATATAG . . C . . . C C . . . C T
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . A . . AAGTAAATATC . . A . . . C G . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : A**
originalCons : AAACTAGAAATGTGTCN---ATAGGACACGGATGCCCCTGCTATATG-TTGGTA---A---A--TTTT---ACC-GAAAATTAA-GT--AGAAA--AGAGGGCC----ATAACTCCTGTAA--AATTTGACGGACGCTGAC-----A-A-TATCGAACTTGACCTGA-TTATTTTATAATTATACAGCTACG-GAC--A-AA-G-TA-A-T-----------------ATT----A--AAT---NG---A--TA---GAC--C----CT--TTCAGAA-GT--TATTGATCGGAAANC-AA-TT----TGACNT-CGGACANACGGACGGACGG----ACGAACGAACAG
finalCons : AAACTAGAAATGTGTCN---ATAGGACACGGATGCCCCTGCTATATG-TTGGTA---A---A--TTTT---ACC-GAAAATTAA-GT--AGAAA--AGAGGGCC----ATAACTCCTGTAA--AATTTGACGGACGCTGAC-----A-A-TATCGAACTTGACCTGA--TATTTTATAATTATACAGCTACG-GAC--A-AA-G-TA-A-T-----------------ATT----A--AAT---NG---A--TA---GAC--C----CT--TTCAGAA-GT--TATTGATCGGAAANC-AA-TT----TGACNT-CGGACANACGGACGGACGG----ACGAACGAACAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAATATCCCTACTATTGATTGGAAACCAATATTTTATCGAAAATTCAG
Alignments
lowQualScore : 1111 111 11 11 1 22222 2222222 3333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 1111 11111 1111
lowQualScore : 4444 1 3 1 0 4 8888888 333 11 4 22 66 2 1 9999 11 0 8888 1 33333 0000000 5 5 77 1111 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 777 2222222 66 4 66 1 1 5 5 0000 44444 1 4444
lowQualScore : .... . . . . . ....... ... .. . .. .. . . .... .. . .... . ..... ....... . . .. .... . .......................................................... .. ... ....... .. . .. . . . . .... ..... . ....
lowQualScore : 6666 4 4 1 8 0 2222222 999 22 4 22 11 8 9 4444 88 2 8888 0 77777 1111111 7 7 11 7777 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 888 9999999 11 4 11 1 0 0 0 6666 44444 0 2222
consensus : AAACTAGAAATGTGTCN---ATAGGACACGGATGCCCCTGCTATATG-TTGGTA---A---ATTTT---ACC-GAAAATTAA-GT--AGAAA--AGAGGGCC----ATAACTCCTGTAA--AATTTGACGGACGCTGAC-----A-A-TATCG-AACTTGACCTGA--TATTTTATAATTATACAGCTACG-GAC--A-AA-G-TA-A-T-----------------ATT----A--AAT---NG---A--TA---GAC--C----CT--TTCAGAA-GT--TATTGATCGGAAANC-AA-TT----TGACNT-CGGACANACGGACGGACGG----ACGAACGAACAG
Reference ( family-153 ) : AAACTAGAAATGTGTCN---ATAGGACACGGATGCCCCTGCTATATG-TTGGTA---A---ATTTT---ACC-GAAAATTAA-GT--AGAAA--AGAGGGCC----ATAACTCCTGTAA--AATTTGACGGACGCTGAC-----A-A-TATCG-AACTTGACCTGA--TATTTTATAATTATACAGCTACG-GAC--A-AA-G-TA-A-T-----------------ATT----A--AAT---NG---A--TA---GAC--C----CT--TTCAGAA-GT--TATTGATCGGAAANC-AA-TT----TGACNT-CGGACANACGGACGGACGG----ACGAACGAACAG
gi|1 : AAACTAGAAGTGTGTTC---CTAGAAAACGGATTCCCCTACTGTATA-TTAGCA---A---ATTTG---ACC-AAAAATTAA-GT--AAAAA--AGAGGGCC----GTATCTCTTGTAA--AATTTGACAGACGCTGGC-----A-A-TATCG-AATTTGACCTGATTTTTTTTATAATTTTACAGCTACC-GAC--A-AAGG-TA-A-T------------------TT----A--AAT---TG---A--TA---GAC--A----CT--TTCAAAA-GA--TATTGGTCAGACAAC-AA-TT----TGACAT-CGGACAGATGGATGAACGG----ACGAACGAACAG
gi|10 : ACTAGAAATATGTTG---A----------ACGCCCCTGCTAT-TGATTGGAACACA---ATTTTTT-ACC-GAAAATTAA-GTCAAGAAA--AG-GGGCC----ACAACTCCAGTg
gi|11 : AAAGTAGAAATGCGTCTTTTATAGGAAATGGATGCTCCCACTATATT-TTAGTA---A---ATTTT---ACCAAAAAATGAA-GT--CGAAT--AG-GGACC----A
gi|12 : A---AAC--C----CT--TTCAAAA-GT--TAACGACCGGAAAACCAA-TT----TGACCT-TGGACAGATGAACGAAAGG----ACAGACGGACA
gi|13 : AACTTGAAATG-GTCA---ATAGGATACAGATGTCCCCACTATATC-TTAGTA---A---ATTTT---Aactgacaggtgtat
gi|14 : -----A-A-TATTG-AACATGGCCTG---TATTTTATAATGATACAGTTACA-CAC--A-AA-G-T
gi|16 : caAACTGGAAATGTTTCC---ATAGGATACAGATGCCCCTGCTATATG-CT
gi|2 : AAATGTGTC----ATTTGACACATATGCCTCTGCTATAGA-TTGAAA---ACCAATTTTTTAAAC-GAAAATTAA-GT--CGAAA--A-AGGGCC----ATAACTCCTGTAA--ATTCTGGC-----CTAAC-----CTA-TATCATAA---AATC------ATT------TTATACAGGTAC---AC----AA-G-AA-A-T-----------------ATTAATAA--AAC---AT---A--TA---GAC--C----CC--TTCACAA-GT--TACTGATCAGACATC-AATTT----TTTCTC-CGAACAAACGGACGGACa
gi|3 : ctcaAAACTAGAAATGTGTCA---ATGAGACACAGATGCCCCTGCTTCATG-TTCGTA---G---ATTTC---ACC--AAAATTAA-GT--TGAAA--AGA-GGCC----ATAACTCCTATAA--AATTT-ATGGTCATTGACAATTTA-A-TATTG-ACCATGACCTGA---ACCTTATAATTATGAAGCCACACAAC--A-AA---TA-A-TAACTTTGTATTTATTGGATT----A--AAT---AC---A--TG---GAC--C----A---TTCAGAA-GT--TATTCATTAGAAATC-GA-TT----Taagggcaacacttaatgtc
gi|4 : GCCTCTGCTATATG-TTGGTA---A---ATTTT---ACC-AAAAATTAA-TT--AGAAT--AG-GGGCC----ATA---CCTGCAGTTAATTTGACCAA--CTGCA-----A-A-TATCG-AACTTTGTCTG---TATTTTATAATTATACAGCTGCA-TGC--A-AA-A-TATA-A-----------------AAT----A--AATACCTGTACA--TA---AAC--C----CT--TTCAGAA-ATAAAATTGATCGGAAACT-GA-TT----TGACTT-TGGACAGATGGACGGACGGTAACACTAACG
gi|5 : aagaTAT-TA-TTAGTA---A---ACTTA---ACC-AAAAGTTGA-GTCGAGAGA--AGAAA-------ATAACT---ATAA--A-TTTGAGAAACGTTGAC-----A-AATATCG-AATTTGACCTGA---ATGTTATAATTATATAGCTACG-GAC--C-A----CA-A-C------------------TT----A--TAT---AG---A--TA---TATTAC----CT--TTTAAAATGT--TATTGATCGTAA
gi|6 : ATTTA-GT--AAAAATCAGAGACCCTTTCATAATTCCTGTAA--GTTTAAACAG-CACTGAC-----ATA-TATGG-AAATTGTCCTT---TATTTTATA----CACATC------------AA-G-TA-A-------------------AT---------AT---C----A--TA---GAC--A----CT--TTCAGAA-GT--TATTCATCAGTTTCC-AA-TT----TGA----CGGACACGCGCACAGACAG----GCGAAtcctttattatacggatgg
gi|7 : acCCAGAAATGTGTTT---ATATGACAAGGATGCCCTTGTTTTATG-TTGGTA---A---ATTCT---ACC-AAAAATTAACGT--ACAAA--AG-GAACC----ACAA-----GTAA--Aacacttcatgccg
gi|8 : TTATAATTATATAGCTACGAAAC--ATAT-GTTA-ATT-----------------ATT----ATTAAT---AA---A--TAACTAAC--C----CT--TTCAAAA-AT----------GGAAACC-AA-TT----TGATA----GATGCACGCATGAAAGC----ACGAATGtagttacacactaaaacttgtcaataagaagccaatattcccattcatgaccttattttatgttatgaaa
gi|9 : cctgcaatcaaatgacctacatgcaaagtgtaACAGCTACG-GGCTAG-AA-C-TA-A-T-----------------ATTTGTTA--AAT---TG---ACATA---GAC--TAATATTAATTCAGAA-GT--TTTTCATCGGAACGC-AA-GTCTGATGATATGTGGACATATGGACGGGCGC----AAAAACGAACAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAATATCCCTACTATTGATTGGAAACCAATATTTTATCGAAAATTCAG