lowQualScore : 1 3333333333333333 22222222222 1 1 22222222 111111
lowQualScore : 2 2 7 22 22 999 0 7777777777777777 5 4 8 00000000000 2 3 333 4444 2 1 4444 444 6666666 5 44444444 2 2 2 000000 33 2
lowQualScore : . . . .. .. ... . ................ . . . ........... . . ... .... . . .... ... ....... . ........ . . . ...... .. .
lowQualScore : 4 2 9 44 44 333 9 8888888888888888 0 9 7 55555555555 8 4 999 2222 0 7 2222 111 2222222 2 22222222 4 4 4 000000 11 2
consensus : ACAGTCAAACCTGT-G-TAAGCGGTCA--CC--TN--TATTAAGCAGCCACCTGTCTTN--A----GCAGCCACATTTGCTATTTCCC--A--TTTCTATGCTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTG-TATTA----AGCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCCAC-TT--T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GT--TTGACTGT
Reference ( gi|3 ) : ACAGTCAAACCTGT-G-TATGTGGTCA--CC--TG--TATTAAGCAGCCAACCGGCTTT--A----GCAACCATATTTTCTATTTACC--A--TTACTATTCTTTCAGAGTA---AATTAA----CCTG-TTTTA----AGCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCTAC-GT--T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-A----GT--TTGACTAT
gi|1 : ACAGTCAAACCTGT-G-TTAGTGGCCA--CC--TA--TATTAAGCAGCCACCTGTCATA--A----GCAACCATATTTTCT-TTTTCCAAA--TTTCCAGGCTTTCAGAGTG---AATTAA----CCTA-CATTC----AGCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCCACTTT--T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGTTGCTTAAGACA-T----GT--TTGACTG
gi|2 : ACGGTCAAACCTGT-G-TAAGCGGTCT--CCATTAGATATTAAACAGCCACTTTTCTTT--A----GCAGCCATATTTG-TGTTACCC--A--TTTCTATCATTTCAGAATA---GATTAA----CCTG-TATCA----AGCAATGACCTGTCTT-------AAAA-------GT--C-A-CT-TCT--GCT-TGTCTGGCTGCTTAAGACA-GCCTCAC--TTGACTGa
gi|6 : ACAGTCAAACCTGT-C-TAAGCGGTCA--CC--TC--TATTGAGCAG---ATTGTCTT---A----GCAGCCACAATTGTTATTTCCA--A--TCTTTATGCTTTCTGAGTA---AAGTAA----CCTG-TATTA----AGCAATAAC----CTT-------AAAACGTCAC--TAAT-A-CC-CATTCCCA-TGACTGGTTCATTAAGACA-G----GT--TTGACCAac
gi|4 : ACAGTTAAGCCTGT-G-TTAGTGGTCA--GC--TC--TGGTAAGCAACCATTTGTCTAA--A----ACAGACACATTTTCTATTTACG--A--TTTTTATAATTTTAATTTT---TATCAT----CATG-TATTA----AGCAGTCATCTGTCTT-------ATATAGTCGT-TT--T-G-CT--CTTCCAT-TAGTTGGCTGCTTAAGACA-G----GT--TTGACTGa
gi|16 : ACAGTCAAACTAAG-G-TAAGTTATCA--AC--TC--TGCTGA-----CACTTGTCTTT--AATAAGCAGCCATATTTGCTATTTCCC--A--TTTCTGTGCTTTCTAAGCA---AATTAA----CCTG-TACTA----AGCAGCAACCTTTCTT-------AAAa
gi|9 : gtATAGTCAATCTTTG-G-TAAGTG-TCA--CC--TT--TATTGAGCAAC-AACTTGTTTT--AA---GCAGCCACATTTGAAATTT--------------------CAGAGAA---AACTAA----TCTG-TATAA----AGCAGC---TTGT----------GAAAGGCCAC-CT--TTG-TT-CTTTCTCT-TGGCTAACTGCTTAAGAAA-G----GC--TAGACccc
gi|24 : atACAGTCAAACCTGT-ACTA-ACGGTCA--CC--TG--TTATAAGCAGCCACCTGCCTTA--A----GCGGCCAagt
gi|8 : CAGTCAAACCTGT-G-TAAGTGGCCA--CC--CC--TATTAAGCAGC-----------------------CACATTTGCTATTC-CC--AG-TTTGTATGCTTCAAGAGCA---AGTCAA----CCTG-TATTA----AGCA-CAACCTATCTT-------AAAAGGCCAC-TT--TTG-CT-CCGTCCCT-TGACTGACTGCTTAAGACA-G----GT--TTGA
gi|13 : CAGTCAAACCTTT-A-TAAGTGGTCA--CC--T-------------CCA------TTT--G----ACAGCCACATTTGTTATTT-TC--A--TTCATATCCTTTCAGATCA---AATTAG----CCTG-TATTG----AGCAA------------------AAAATGCCAT-TT--TTG-CT-CCTTCCGT-AACCTGGCAGCTTGAGACA-G----GT--TTGACgtg
gi|15 : gCAGTAAAACCTGT-A-TA-GTGGTCA--CC--TC--TATTAAGCAGCCTATTGTCTTA--A----GCAGCCAAATTCGTTATTTCCA--A--TTTCTA
gi|14 : CAGTCAAACCTGT-G-T---TAG--A--GA--TGC-TATTAAG-------------TC--A----TCAGCCACATTCTCTATTTACC--A--TTTTTAT---------------AATT-------TTGGTTTTA----ATCAAG---CTGTATT-------GAGGGTTCAT-AT--TTG-CT-ATTTCCCCATGAGTGCCTGCTTAAGCCA-G----GT--TTGACTaaaggccattttgctccttccctttactgactgcttaagacagggtttgactgta
gi|10 : gGTAAAACCTGT-G-TAAGTGGACA--CC--TG--TATAGAGCAGCCAATTGTCTTA--A----GCAG-------TTC------CC--A--TTTCTATGCTCTTAGAGCA---AAAGTA----CATG-CTTTA----AGCAACAACTTGCCTT-------AAAAGGCCAC-CT--T--------TTTCCT-TGACTGGGTGCTTAAGACA-G----GT--TTGACT
gi|17 : GTGAAACCTGT-G-TAAGCAGTCC--CC--TC--TTTTGAGCAGCCACTTG--TCT--AAT--GCAGCCACATTT-----------------ACTATGCTTTTAGAGCA---AATTAA----CCTC-TATTA----AGGAACAACCTGTCCA-------AAAAGg
gi|23 : CAATCCTGT-G-TTAGTGGCCA--CT--TA--TATAAAGCATTCA------TTT-------GTAATCATTTTTT
gi|5 : aacAAACTTGT-G-TAAGTGGCCA--CC--TC--TATTAAGCAGCCACTTG--TTA--A----GCAGCCACATTTGCTATTTCCT--A--TTTCTATACTTTCAGAGCATTTAGTTAA----CCTG-TATAA----GGTAACAACCTGTCTT-------AAAAGGTTAA-AT--TTG-CT-CCTTCACT-GGACTGGCTGCAAAAGACA-G----GT--TTGACTGacaaat
gi|7 : taAAACCTGT-A-TAAGCGGTCG--CC--TC--TATTGAGCAGCCACTTGTCTTA--A----GCAGCCACATTTGCTATTTCCA--A--TTTCTATGCTTTCCGAGCA---AATTGA----CCTG-TATTA----AACCCCAACCTAT-TT-------CAAAGGCTAC-TT--TTA-CT-TCTCCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GT--TTTACTG
gi|19 : CCTGTAG-TAGGCAGCCA--CC--TG--TCTTAAGCGGCCAA
gi|19 : aaaattgatgac-TATGCAGTCAAACC--TG--TCTTAAGCAGCCAGCCtttggccctttcccttggctggctgcttaagacaggtttgactgcata
gi|22 : aaaattgatgaccctgtagtaggcagccacctgtcttaagcggccaatttggccctttcccttGTGGTCA--TT--TC--TATTAATCAGCTACTTGTCTTA--A----GCAGCCATATTTGTTATTT-CCAAA--TT-CTTCGCTTTCAAAG
gi|4 : acaatcaaaaA--CC--TG--TCTTAAGCAGCCAACc
gi|11 : acagttaagcctgtgttagtggtcagctctggtaagcaaccatttgtctaaaacagacacattttctatttacgatttttataattttaatttttatcatcatgtattaagcagtcatctgtcttatatagtcgttttgctcttccattaA--CC--TG--TAT-AAGCAGTCACCTCTCTCA--A----GCAGTCACATATTCTATTGATC--AATTTA-TAATCTT--AGATTT---AATCAA----CTTA-TGTTATTATAGCACCCACCTGCCAT-------AAGGGG-TA--AT--T-T-CTACTTTCTCT-TGAGTGGCTGCTGA--ACA-G----GT--TTGACttgactgta
gi|19 : caa--CC--TG--TAGTAGGCAGCCACCTGTCTTA--A----GCGGCCA-ATTTagt
gi|12 : aaaattgatgac--CC--TG--C-TTAAGCAGTCAACT--CTTTTAA----GCAGTCACATTTGCTTTTTACA--A--TCGCGGTGCTTTAACAAAA---AATTAA----CCTG-TATTG----AGTAGCAAAATGTCTTTAAATTAGAAAGGCCACTTT--T-G-CT-CCTTACCC-TGCCTGGTTGATTggccctttcccttggctggctgcttaagacaggtttgactgcata
gi|20 : gtgtacagtcgagT--A----ACAGCTGCATTTGCTATTTCCA--A--TTTCTGTT--TTCAGAGCA---AATTAA----CCTG-TATTA----AGCAAACACCTGTCTT-------AA
gi|21 : tacaGCA---AATAAG----CACG-ATTCA----TGCAACAACCTGTTTT-------AAAAGACAAC-TTC-T-G-TT-CCTTCCCA-TGACTGGCTG-TTAAGACA-G----GT--TTGACtacaatt
gi|19 : A---AATTGATGACCCTG-TAGTA----GGCAGCCACCTGTCTT-------AAGCGGCCAA-TT--T-GGCC-CTTTCCCT-TGGCTGGCTGCTTAAGACA-G----GT--TTGACT
gi|24 : aA----CCTG-TTATA----AGCAGCCACCTGCCTT-------AAGCGGCCAgcata
gi|25 : acagtcaaacctgtactaacggtcA----CCTG-TATTA----AGCAA-AACATATCAT-------GAAATACAAC-TTC-T-G-CT-CCACCCCT-TAAC
gi|15 : T-------AAAAGGCCAT-TT--T-G-CT-CCTTCCCT-TTACTGACTGCTTAAGACAGG----GT--TTGACTG
gi|7 : cagtaaaacctgtatagtggtcacctctattaagcagcctattgtcttaagcagccaaattcgttatttccaatttcTGGCTGCTTAAGACA-A----GT--a
gi|9 : aaacctgtataagcggtcgcctctattgagcagccTGGCTGCTTAAAACA-A----GT--Tcatttgctatttccaatttctatgctttccgagcaaattgacctgtattaaaccccaacctatttcaaaggctacttttacttctccccttgactggctgcttaagacaggttttactgt
gi|15 : atatagtcaatctttggtaagtgtcacctttattgagcaacTGGCTGCTTAAGACA-A----catttgaaatttcagagaaaactaatctgtataaagcagcttgtgaaaggccacctttgttctttctcttggctaactgcttaagaaaggctagacagt
gi|22 : cagtaaaacctgtatagtggtcacctctattaagcagcctaTGGCTGCTTAAGACA-A----GTAGCTGATTAaattcgttatttccaatttctaaaaggccattttgctccttccctttactgactgcttaagacagggtttgactgta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGTTTTAAACTACAATCACCTCTGTAAGTGATCACCTCTACATGTATAAGCAACGACACATTTTCTAAATACAGCTTTTATTATCTTAATTTCAATCAACATGCAT
Alignments
lowQualScore : 11 1
lowQualScore : 1 22 22 333 44444 44 3 4444 00 1 2 1 333 4444 4444 1 0 6666666 2 1 2 6 2 2 2 0 2 2 5555
lowQualScore : . .. .. ... ..... .. . .... .. . . . ... .... .... . . ....... . . . . . . . . . . ....
lowQualScore : 7 55 55 555 55555 55 7 0000 33 1 1 9 555 0000 0000 9 9 2222222 2 1 2 7 2 2 2 5 2 5 3333
consensus : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCA--CC--TC--TAT-----TAAGCAGCCACTTGTCTTAA----GCAGCCACATTTGCTATTTCC-NATTTCTATGCTTTCAG-AGC-A---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
Reference ( family-1088 ) : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCA--CC--TN--TAT-----TAAGCAGCCACCTGTCTTNA----GCAGCCACATTTGCTATTTCC-CATTTCTATGCTTTCAG-AGC-A---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
gi|1 : ACAGTCAAACCTGTGTTAGTGGCCA--CC--TA--TAT-----TAAGCAGCCACCTGTCATAA----GCAACCATATTTTCTTTTTCCAAATTTCCAGGCTTTCAG-AGT-G---AATTAA----CCTACATTC----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGTTGCTTAAGACA-T----GTTTGACTGT
gi|10 : GTAAAACCTGTGTAAGTGGACA--CC--TG--TAT-----AGAGCAGCCAATTGTCTTAA----GCAG-------------TTCC-CATTTCTATGCTCTTAG-AGC-A---AAAGTA----CATGCTTTA----A-GCAACAACTTGCCTT-------AAAAGGCC-AC-C-T-T--------TTTCCT-TGACTGGGTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGa
gi|11 : A--CC--TG--TAT------AAGCAGTCACCTCTCTCAA----GCAGTCACATATTCTATTGAT-CAATT-TATAATCTTAG-ATT-T---AATCAA----CTTATGTTATTATA-GCACCCACCTGCCAT-------AAGGGGTA-AT-T-T-----CTACTTTCTCT-TGAGTGGCTGCTGAA--CA-G----GTTTGACAGT
gi|12 : caaGTGTA--CAGTCGAGCC--TG--C-T-----TAAGCAGTCAACTCTTTTAA----GCAGTCACATTTGCTTTTTAC-AATCGCGGTGCTTTAAC-AAA-A---AATTAA----CCTGTATTG----A-GTAGCAAAATGTCTTTAAATTAGAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCTTACCC-TGCCTGGTTGATT
gi|13 : CAGTCAAACCTTTATAAGTGGTCA--CC--TC--CAT-----T----------------TGA-----CAGCCACATTTGTTATTTTC--ATTCATATCCTTTCAG-ATC-A---AATTAG----CCTGTATTG----A-GCAA------------------AAAATGCC-AT-T-T-TTG-CT-CCTTCCGT-AACCTGGCAGCTTGAGACA-G----GTTTGAC
gi|14 : gCAGTCAAACCTGTGTTAGAGATG--------C--TAT-----TAAG-------------TCA----TCAGCCACATTCTCTATTTAC-CATTTTTATAATTTTGG-TTT-T---AATCAA----GCTGTATTG----A-G---------GGTTC-------ATA---------T-T-T-G-CT-ATTTCCCCATGAGTGCCTGCTTAAGCCA-G----GTTTGACT
gi|15 : gCAGTAAAACCTGTATA-GTGGTCA--CC--TC--TAT-----TAAGCAGCCTATTGTCTTAA----GCAGCCAAATTCGTTATTTCC-AATTTCTA
gi|15 : A--CC--TG--TAT-------AGTGGTCACCTCTATTAA----GCAGC--------CTATT-------------GTCTTAAGCAGCCA---AATT------CGT-TATT-------TC--CAA--TTTCT--------AAAAGGCC-AT-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TTACTGACTGCTTAAGACAGG----GTTTGACTGTaaaggccattttgctccttccctttactgactgcttaagacagggtttgactgta
gi|16 : cagtaaaACAGTCAAACTAAGGTAAGTTATCA--AC--TC--TGC-----TGA-----CACTTGTCTTTAATAAGCAGCCATATTTGCTATTTCC-CATTTCTGTGCTTTCTA-AGC-A---AATTAA----CCTGTACTA----A-GCAGCAACCTTTCTT-------AAAa
gi|17 : gtGTGAAACCTGTGTAAGCAGTCC--CC--TC--TTT-----TGAGCAGCCACTTGTCTAAT----GCAGCCACATTTACTAT--------------GCTTTTAG-AGC-A---AATTAA----CCTCTATTA----A-GGAACAACCTGTCCA-------AAAAGccc
gi|18 : ACAATCA--CCTCTGTAAGTGATCA--CC--TC--TACATGTATAAGCAACGAC
gi|19 : ttgttttaaact-A---AATTGATGACCCTGTAGTA----G-GCAGCCACCTGTCTT-------AAGCGGCC-AA-T-T-T-GGCC-CTTTCCCT-TGGCTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGacattttctaaatacagcttttattatcttaatttcaatcaacatgcat
gi|2 : aACGGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCT--CCATTAGATAT-----TAAACAGCCACTTTTCTTTA----GCAGCCATATTTG-TGTTACC-CATTTCTATCATTTCAG-AAT-A---GATTAA----CCTGTATCA----A-GCAATGACCTGTCTT-------AAAA-GTC-AC-T-TCT-G----------CT-TGTCTGGCTGCTTAAGACA-GCCTCACTTGACTGTcata
gi|20 : A----ACAGCTGCATTTGCTATTTCC-AATTTCT--GTTTTCAG-AGC-A---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAAACACCTGTCTT-------AAac
gi|21 : tacatGC-A---AATAAG----CACG-ATTC----ATGCAACAACCTGTTTT-------AAAAGACA-AC-T-TCT-G-TT-CCTTCCCA-TGACTGGCTG-TTAAGACA-G----GTTTGACtacaatt
gi|22 : AAGTGGTCA--TT--TC--TAT-----TAATCAGCTACTTGTCTTAA----GCAGCCATATTTGTTATTTCC-AAATTCTTCGCTTTCAA-AGC-
gi|23 : acaatcaaCAATCCTGTGTTAGTGGCCA--CT--TA--TAT-----AAAGCATTCATTTGT
gi|24 : aacACAGTCAAACCTGTACTAACGGTCA--CC--TG--TTA-----TAAGCAGCCACCTGCCTTAA----GCGGCCAaatcattttttacaaat
gi|25 : A----CCTGTATTA----A-GCAA-AACATATCAT-------GAAATACA-AC-T-TCT-G-CT-CCACCCCT-TAAC
gi|3 : ACAGTCAAACCTGTGTATGTGGTCA--CC--TG--TAT-----TAAGCAGCCAACCGGCTTTA----GCAACCATATTTTCTATTTAC-CATTACTATTCTTTCAG-AGT-A---AATTAA----CCTGTTTTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCT-AC-G-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-A----GTTTGACTAT
gi|4 : ACAGTTAAGCCTGTGTTAGTGGTCA--GC--TC--TGG-----TAAGCAACCATTTGTCTAAA----ACAGACACATTTTCTATTTAC-GATTTTTATAATTTTAA-TTT-T---TATCAT----CATGTATTA----A-GCAGTCATCTGTCTT-------ATATAGTC-GT-T-T-T-G-CT-C-TTCCAT-TAGTTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
gi|5 : AAACTTGTGTAAGTGGCCA--CC--TC--TAT-----TAAGCAGCCACTTGT--TAA----GCAGCCACATTTGCTATTTCC-TATTTCTATACTTTCAG-AGC-ATTTAGTTAA----CCTGTATAA----G-GTAACAACCTGTCTT-------AAAAGGTTAAA-T-T-T-G-CT-CCTTCACT-GGACTGGCTGCAAAAGACA-G----GTTTGACTGTa
gi|6 : taACAGTCAAACCTGTCTAAGCGGTCA--CC--TC--TAT-----TGAGCAG--AT-TGTCTT-A----GCAGCCACAATTGTTATTTCC-AATCTTTATGCTTTCTG-AGT-A---AAGTAA----CCTGTATTA----A-GCAATAAC----CTT-------AAAACGTC-AC-TAA-T-A-CC-CATTCCCA-TGACTGGTTCATTAAGACA-G----GTTTGAC
gi|7 : AAACCTGTATAAGCGGTCG--CC--TC--TAT-----TGAGCAGCCACTTGTCTTAA----GCAGCCACATTTGCTATTTCC-AATTTCTATGCTTTCCG-AGC-A---AATTGA----CCTGTATTA----A-ACCCCAACCTAT-TT-------CAAAGGCT-ACTT-T-T-A-CT-TCTCCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTTACTGTcata
gi|8 : CAGTCAAACCTGTGTAAGTGGCCA--CC--CC--TAT-----TAAGCA---------------------GCCACATTTGCTATTCCC-AGTTTGTATGCTTCAAG-AGC-A---AGTCAA----CCTGTATTA----A-GC-ACAACCTATCTT-------AAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCGTCCCT-TGACTGACTGCTTAAGACA-G----GTTTGAGTG
gi|9 : ATAGTCAATCTTTGGTAAGTG-TCA--CC--TT--TAT-----TGAGCAACAACTTGTTTTAA----GCAGCCACATTTGAAATTTC-----------------AG-AGA-A---AACTAA----TCTGTATAA----A-GCAGC---TTGT----------GAAAGGCC-ACCT-T-T-G-TT-CTTTCTCT-TGGCTAACTGCTTAAGAAA-G----GCTAGACAGT
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 1 1 33333 44444 22 33 4444 1 22 66 333 4444 4444 2 1 6666666 2 1 2 6 2 2 2 2 2 5555
lowQualScore : . . ..... ..... .. .. .... . .. .. ... .... .... . . ....... . . . . . . . . . ....
lowQualScore : 7 9 55555 88888 66 77 2222 9 44 44 777 2222 2222 0 4 2222222 2 1 2 7 2 2 2 2 5 3333
consensus : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTCTATGCTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
Reference ( family-1088 ) : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-NATTTCTATGCTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
gi|1 : ACAGTCAAACCTGTGTTAGTGGCCACC-T-A---TAT-----TAAGCAGC--CAC-CTGTCAT----AA-GCAACCATATTTTCTTTTT-CCAAATTTCCAGGCTTTCAGAGTG---AATTAA----CCTACATTC----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGTTGCTTAAGACA-T----GTTTGACTGT
gi|10 : GTAAAACCTGTGTAAGTGGACACC-T-G---TAT-----AGAGCAGC--CAA-TTGTCTT----AA-GCAG-------------TT-CC-CATTTCTATGCTCTTAGAGCA---AAAGTA----CATGCTTTA----A-GCAACAACTTGCCTT-------AAAAGGCC-AC-C-T-T--------TTTCCT-TGACTGGGTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGa
gi|11 : ACC-T-G---TAT------AAGCAGT--CAC-CTCTCTC----AA-GCAGTCACATATTCTATTGATC-AATTT--ATAATCTTAGATTT---AATCAA----CTTATGTTATTATA-GCACCCACCTGCCAT-------AAGGGGTA-AT-T-T-----CTACTTTCTCT-TGAGTGGCTGCTGAA--CA-G----GTTTGACAGT
gi|12 : caaACAGTCGAGCCTGCTTAAGCAGTCAAC-T-C---T
gi|12 : gtgtT-----TAAGCAGT--CAA-CTCTTTT----AA-GCAGTCACATTTGCTTTTT-AC-AATCGCGGTGCTTTAACAAAA---AATTAA----CCTGTATTG----A-GTAGCAAAATGTCTTTAAATTAGAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCTTACCC-TGCCTGGTTGATTtttaagcagtcacatttgctttttacaatcgcggtgctttaacaaaaaattaacctgtattgagtagcaaaatgtctttaaattagaaaggccacttttgctccttaccctgcctggttgatt
gi|13 : gtgtacagtcgagcctgcCAGTCAAACCTTTATAAGTGGTCACC-T-C---------------------CAT-TTG-----------ACAGCCACATTTGTTATTT-TC--ATTCATATCCTTTCAGATCA---AATTAG----CCTGTATTG----A-GCAA------------------AAAATGCC-AT-T-T-TTG-CT-CCTTCCGT-AACCTGGCAGCTTGAGACA-G----GTTTGAC
gi|14 : gCAGTCAAACCTGTGTTAGAGATG------C---TAT-----TAAG-------------TC-------A-TCAGCCACATTCTCTATTT-AC-CATTTTTATAATTTTGGTTTT---AATCAA----GCTGTATTG----A-G---------GGTTC-------ATA---------T-T-T-G-CT-ATTTCCCCATGAGTGCCTGCTTAAGCCA-G----GTTTGACT
gi|15 : gCAGTAAAACCTGTATA-GTGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CTA-TTGTCTT----AA-GCAGCCAAATTCGTTATTT-CC-AATTTCTA
gi|15 : T-------AAAAGGCC-AT-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TTACTGACTGCTTAAGACAGG----GTTTGACTGTaaaggccattttgctccttccctttactgactgcttaagacagggtttgactgta
gi|16 : cagtaaaacctgtatagtggtcacctctattaagcagcctattgtcttaagcagccaaattcgttatttccaatttcACAGTCAAACTAAGGTAAGTTATCAAC-T-C---TGC-----TGA-------CAC-TTGTCTTTAATAA-GCAGCCATATTTGCTATTT-CC-CATTTCTGTGCTTTCTAAGCA---AATTAA----CCTGTACTA----A-GCAGCAACCTTTCTT-------AAAa
gi|17 : gtGTGAAACCTGTGTAAGCAGTCCCC-T-C---TTT-----TGAGCAGC--CAC-TTGTCTA----AT-GCAGCCACATTTACTAT---------------GCTTTTAGAGCA---AATTAA----CCTCTATTA----A-GGAACAACCTGTCCA-------AAAAGccc
gi|18 : ACAATCA--CCTCTGTAAGTGATCACC-T-C---TACATGTATAAGCAACGACACATTTTCTA----AATACAGCT---TTTATTATCT--T-AATTTCAAT
gi|19 : ttgttttaaactA---AATTGATGACCCTGTAGTA----G-GCAGCCACCTGTCTT-------AAGCGGCC-AA-T-T-T-GGCC-CTTTCCCT-TGGCTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGcaacatgcat
gi|2 : aACGGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCTCCAT-TAGATAT-----TAAACAGC--CAC-TTTTCTT----TA-GCAGCCATATTTG-TGTTA-CC-CATTTCTATCATTTCAGAATA---GATTAA----CCTGTATCA----A-GCAATGACCTGTCTT-------AAAA-GTC-AC-T-TCT-G----------CT-TGTCTGGCTGCTTAAGACA-GCCTCACTTGACTGTcata
gi|20 : A-ACAGCTGCATTTGCTATTT-CC-AATTTCT--GTTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAAACACCTGTCTT-------AAac
gi|21 : tacatGCA---AATAAG----CACG-ATTC----ATGCAACAACCTGTTTT-------AAAAGACA-AC-T-TCT-G-TT-CCTTCCCA-TGACTGGCTG-TTAAGACA-G----GTTTGACtacaatt
gi|22 : AAGTGGTCATT-T-C---TAT-----TAATCAGC--TAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCATATTTGTTATTT-CC-AAATTCTTCGCTTTCAAAGC
gi|23 : acaatcaaCAATCCTGTGTTAGTGGCCACT-T-A---TAT-----AAAGCATT--CAT-TTGT
gi|24 : aacACAGTCAAACCTGTACTAACGGTCACC-TGT---TA------TAAGCAGC--CAC-CTGCCTT----AA-GCGGCCAaatcattttttacaaat
gi|25 : A----CCTGTATTA----A-GCAA-AACATATCAT-------GAAATACA-AC-T-TCT-G-CT-CCACCCCT-TAAC
gi|3 : ACAGTCAAACCTGTGTATGTGGTCACC-T-G---TAT-----TAAGCAGC--CAA-CCGGCTT----TA-GCAACCATATTTTCTATTT-AC-CATTACTATTCTTTCAGAGTA---AATTAA----CCTGTTTTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCT-AC-G-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-A----GTTTGACTAT
gi|4 : ACAGTTAAGCCTGTGTTAGTGGTCAGC-T-C---TGG-----TAAGCAAC--CAT-TTGTCTA----AA-ACAGACACATTTTCTATTT-AC-GATTTTTATAATTTTAATTTT---TATCAT----CATGTATTA----A-GCAGTCATCTGTCTT-------ATATAGTC-GT-T-T-T-G-CT--CTTCCAT-TAGTTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
gi|5 : AAACTTGTGTAAGTGGCCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGT--T----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-TATTTCTATACTTTCAGAGCATTTAGTTAA----CCTGTATAA----G-GTAACAACCTGTCTT-------AAAAGGTTAAA-T-T-T-G-CT-CCTTCACT-GGACTGGCTGCAAAAGACA-G----GTTTGACTGTa
gi|6 : taACAGTCAAACCTGTCTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TGAGCAG----A--TTGTCTT----A--GCAGCCACAATTGTTATTT-CC-AATCTTTATGCTTTCTGAGTA---AAGTAA----CCTGTATTA----A-GCAATAAC----CTT-------AAAACGTC-AC-TAA-T-A-CC-CATTCCCA-TGACTGGTTCATTAAGACA-G----GTTTGAC
gi|7 : AAACCTGTATAAGCGGTCGCC-T-C---TAT-----TGAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTCTATGCTTTCCGAGCA---AATTGA----CCTGTATTA----A-ACCCCAACCTAT-TT-------CAAAGGCT-ACTT-T-T-A-CT-TCTCCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTTACTGTcata
gi|8 : CAGTCAAACCTGTGTAAGTGGCCACC-C-C---TAT-----TAA-------------------------GCAGCCACATTTGCTATTC-CC-AGTTTGTATGCTTCAAGAGCA---AGTCAA----CCTGTATTA----A-GC-ACAACCTATCTT-------AAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCGTCCCT-TGACTGACTGCTTAAGACA-G----GTTTGAGTG
gi|9 : ATAGTCAATCTTTGGTAAGTG-TCACC-T-T---TAT-----TGAGCAAC--AAC-TTGTTTT----AA-GCAGCCACATTTGAAATTT-C-----------------AGAGAA---AACTAA----TCTGTATAA----A-GCAGC---TTGT----------GAAAGGCC-ACCT-T-T-G-TT-CTTTCTCT-TGGCTAACTGCTTAAGAAA-G----GCTAGACAGT
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 1 1 33333 44444 22 33 4444 1 0 33 22 2 0 333 4444 4444 2 1 6666666 2 1 2 6 2 2 2 0 2 2 5555
lowQualScore : . . ..... ..... .. .. .... . . .. .. . . ... .... .... . . ....... . . . . . . . . . . ....
lowQualScore : 7 9 55555 88888 66 77 2222 9 2 66 22 0 5 777 2222 2222 0 4 2222222 2 1 2 7 2 2 2 5 2 5 3333
consensus : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTC-TATGCTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
Reference ( family-1088 ) : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTC-TATGCTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
gi|1 : ACAGTCAAACCTGTGTTAGTGGCCACC-T-A---TAT-----TAAGCAGC--CAC-CTGTCAT----AA-GCAACCATATTTTCTTTTT-CCAAATTTC-CAGGCTTTCAGAGTG---AATTAA----CCTACATTC----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGTTGCTTAAGACA-T----GTTTGACTGT
gi|10 : GTAAAACCTGTGTAAGTGGACACC-T-G---TAT-----AGAGCAGC--CAA-TTGTCTT----AA-GCAG-------------TT-CC-CATTTC-TATGCTCTTAGAGCA---AAAGTA----CATGCTTTA----A-GCAACAACTTGCCTT-------AAAAGGCC-AC-C-T-T--------TTTCCT-TGACTGGGTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGa
gi|11 : ACC-T-G---TAT------AAGCAGT--CAC-CTCTCTC----AA-GCAGTCACATATTCTATTGATC-AATTT---ATAATCTTAGATTT---AATCAA----CTTATGTTATTATA-GCACCCACCTGCCAT-------AAGGGGTA-AT-T-T-----CTACTTTCTCT-TGAGTGGCTGCTGAA--CA-G----GTTTGACAGT
gi|12 : caaACAGTCGAGCCTGCTTAAGCAGTCAAC-T-C---T
gi|12 : gtgtT-----TAAGCAGT--CAA-CTCTTTT----AA-GCAGTCACATTTGCTTTTT-AC-AATCGC-GGTGCTTTAACAAAA---AATTAA----CCTGTATTG----A-GTAGCAAAATGTCTTTAAATTAGAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCTTACCC-TGCCTGGTTGATTtttaagcagtcacatttgctttttacaatcgcggtgctttaacaaaaaattaacctgtattgagtagcaaaatgtctttaaattagaaaggccacttttgctccttaccctgcctggttgatt
gi|13 : gtgtacagtcgagcctgcCAGTCAAACCTTTATAAGTGGTCACC-T-C---------------------CAT-TTG-----------ACAGCCACATTTGTTATTT-TC-A--TTCATATCCTTTCAGATCA---AATTAG----CCTGTATTG----A-GCAA------------------AAAATGCC-AT-T-T-TTG-CT-CCTTCCGT-AACCTGGCAGCTTGAGACA-G----GTTTGAC
gi|14 : gCAGTCAAACCTGTGTTAGAGATG------C---TAT-----TAAG-------------TC-------A-TCAGCCACATTCTCTATTT-AC-CATTTT-TATAATTTTGGTTTT---AATCAA----GCTGTATTG----A-G---------GGTTC-------ATA---------T-T-T-G-CT-ATTTCCCCATGAGTGCCTGCTTAAGCCA-G----GTTTGACT
gi|15 : gCAGTAAAACCTGTATA-GTGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CTA-TTGTCTT----AA-GCAGCCAAATTCGTTATTT-CC-AATTTC-TA
gi|15 : T-------AAAAGGCC-AT-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TTACTGACTGCTTAAGACAGG----GTTTGACTGTaaaggccattttgctccttccctttactgactgcttaagacagggtttgactgta
gi|16 : cagtaaaacctgtatagtggtcacctctattaagcagcctattgtcttaagcagccaaattcgttatttccaatttcACAGTCAAACTAAGGTAAGTTATCAAC-T-C---TGC-----TGA-------CAC-TTGTCTTTAATAA-GCAGCCATATTTGCTATTT-CC-CATTTC-TGTGCTTTCTAAGCA---AATTAA----CCTGTACTA----A-GCAGCAACCTTTCTT-------AAAa
gi|17 : gtGTGAAACCTGTGTAAGCAGTCCCC-T-C---TTT-----TGAGCAGC--CAC-TTGTCTA----AT-GCAGCCACATTTACTAT----------------GCTTTTAGAGCA---AATTAA----CCTCTATTA----A-GGAACAACCTGTCCA-------AAAAGccc
gi|18 : ACAATCA--CCTCTGTAAGTGATCACC-T-C---TACATGTATAAGCAACGACACATTTTCTA----AATACAGCT---TTTATTATCT--T-AATTTC-AAT
gi|19 : ttgttttaaactA---AATTGATGACCCTGTAGTA----G-GCAGCCACCTGTCTT-------AAGCGGCC-AA-T-T-T-GGCC-CTTTCCCT-TGGCTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGcaacatgcat
gi|2 : aACGGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCTCCAT-TAGATAT-----TAAACAGC--CAC-TTTTCTT----TA-GCAGCCATATTTG-TGTTA-CC-CATTTC-TATCATTTCAGAATA---GATTAA----CCTGTATCA----A-GCAATGACCTGTCTT-------AAAA-GTC-AC-T-TCT-G----------CT-TGTCTGGCTGCTTAAGACA-GCCTCACTTGACTGTcata
gi|20 : A-ACAGCTGCATTTGCTATTT-CC-AATTTC-T--GTTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAAACACCTGTCTT-------AAac
gi|21 : tacatGCA---AATAAG----CACG-ATTC----ATGCAACAACCTGTTTT-------AAAAGACA-AC-T-TCT-G-TT-CCTTCCCA-TGACTGGCTG-TTAAGACA-G----GTTTGACtacaatt
gi|22 : AAGTGGTCATT-T-C---TAT-----TAATCAGC--TAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCATATTTGTTATTT-CC-AAATTC-TTCGCTTTCAAAGC
gi|23 : acaatcaaCAATCCTGTGTTAGTGGCCACT-T-A---TAT-----AAAGCATT--CAT-TTGT
gi|24 : aacACAGTCAAACCTGTACTAACGGTCACC-TGT---TA------TAAGCAGC--CAC-CTGCCTT----AA-GCGGCCAaatcattttttacaaat
gi|25 : A----CCTGTATTA----A-GCAA-AACATATCAT-------GAAATACA-AC-T-TCT-G-CT-CCACCCCT-TAAC
gi|3 : ACAGTCAAACCTGTGTATGTGGTCACC-T-G---TAT-----TAAGCAGC--CAA-CCGGCTT----TA-GCAACCATATTTTCTATTT-AC-CATTAC-TATTCTTTCAGAGTA---AATTAA----CCTGTTTTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCT-AC-G-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-A----GTTTGACTAT
gi|4 : ACAGTTAAGCCTGTGTTAGTGGTCAGC-T-C---TGG-----TAAGCAAC--CAT-TTGTCTA----AA-ACAGACACATTTTCTATTT-AC-GATTTT-TATAATTTTAATTTT---TATCAT----CATGTATTA----A-GCAGTCATCTGTCTT-------ATATAGTC-GT-T-T-T-G-CT-C-TTCCAT-TAGTTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
gi|5 : AAACTTGTGTAAGTGGCCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGT--T----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-TATTTC-TATACTTTCAGAGCATTTAGTTAA----CCTGTATAA----G-GTAACAACCTGTCTT-------AAAAGGTTAAA-T-T-T-G-CT-CCTTCACT-GGACTGGCTGCAAAAGACA-G----GTTTGACTGTa
gi|6 : taACAGTCAAACCTGTCTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TGAGCAG----A--TTGTCTT----A--GCAGCCACAATTGTTATTT-CC-AATCTT-TATGCTTTCTGAGTA---AAGTAA----CCTGTATTA----A-GCAATAAC----CTT-------AAAACGTC-AC-TAA-T-A-CC-CATTCCCA-TGACTGGTTCATTAAGACA-G----GTTTGAC
gi|7 : AAACCTGTATAAGCGGTCGCC-T-C---TAT-----TGAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTC-TATGCTTTCCGAGCA---AATTGA----CCTGTATTA----A-ACCCCAACCTAT-TT-------CAAAGGCT-ACTT-T-T-A-CT-TCTCCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTTACTGTcata
gi|8 : CAGTCAAACCTGTGTAAGTGGCCACC-C-C---TAT-----TAA-------------------------GCAGCCACATTTGCTATTC-CC-AGTTTG-TATGCTTCAAGAGCA---AGTCAA----CCTGTATTA----A-GC-ACAACCTATCTT-------AAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCGTCCCT-TGACTGACTGCTTAAGACA-G----GTTTGAGTG
gi|9 : ATAGTCAATCTTTGGTAAGTG-TCACC-T-T---TAT-----TGAGCAAC--AAC-TTGTTTT----AA-GCAGCCACATTTG----------AA------AT---TTCAGAGAA---AACTAA----TCTGTATAA----A-GCAGC---TTGT----------GAAAGGCC-ACCT-T-T-G-TT-CTTTCTCT-TGGCTAACTGCTTAAGAAA-G----GCTAGACAGT
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 1 1 33333 44444 22 33 4444 1 0 33 22 2 0 333 4444 4444 2 1 6666666 2 1 2 6 2 2 2 0 2 2 5555
lowQualScore : . . ..... ..... .. .. .... . . .. .. . . ... .... .... . . ....... . . . . . . . . . . ....
lowQualScore : 7 9 55555 88888 66 77 2222 9 2 66 22 0 5 777 2222 2222 0 4 2222222 2 1 2 7 2 2 2 5 2 5 3333
consensus : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTC-TATGCTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
Reference ( family-1088 ) : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTC-TATGCTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
gi|1 : ACAGTCAAACCTGTGTTAGTGGCCACC-T-A---TAT-----TAAGCAGC--CAC-CTGTCAT----AA-GCAACCATATTTTCTTTTT-CCAAATTTC-CAGGCTTTCAGAGTG---AATTAA----CCTACATTC----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGTTGCTTAAGACA-T----GTTTGACTGT
gi|10 : GTAAAACCTGTGTAAGTGGACACC-T-G---TAT-----AGAGCAGC--CAA-TTGTCTT----AA-GCAG-------------TT-CC-CATTTC-TATGCTCTTAGAGCA---AAAGTA----CATGCTTTA----A-GCAACAACTTGCCTT-------AAAAGGCC-AC-C-T-T--------TTTCCT-TGACTGGGTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGa
gi|11 : ACC-T-G---TAT------AAGCAGT--CAC-CTCTCTC----AA-GCAGTCACATATTCTATTGATC-AATTT---ATAATCTTAGATTT---AATCAA----CTTATGTTATTATA-GCACCCACCTGCCAT-------AAGGGGTA-AT-T-T-----CTACTTTCTCT-TGAGTGGCTGCTGAA--CA-G----GTTTGACAGT
gi|12 : caaACAGTCGAGCCTGCTTAAGCAGTCAAC-T-C---T
gi|12 : gtgtT-----TAAGCAGT--CAA-CTCTTTT----AA-GCAGTCACATTTGCTTTTT-AC-AATCGC-GGTGCTTTAACAAAA---AATTAA----CCTGTATTG----A-GTAGCAAAATGTCTTTAAATTAGAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCTTACCC-TGCCTGGTTGATTtttaagcagtcacatttgctttttacaatcgcggtgctttaacaaaaaattaacctgtattgagtagcaaaatgtctttaaattagaaaggccacttttgctccttaccctgcctggttgatt
gi|13 : gtgtacagtcgagcctgcCAGTCAAACCTTTATAAGTGGTCACC-T-C---------------------CAT-TTG-----------ACAGCCACATTTGTTATTT-TC-A--TTCATATCCTTTCAGATCA---AATTAG----CCTGTATTG----A-GCAA------------------AAAATGCC-AT-T-T-TTG-CT-CCTTCCGT-AACCTGGCAGCTTGAGACA-G----GTTTGAC
gi|14 : gCAGTCAAACCTGTGTTAGAGATG------C---TAT-----TAAG-------------TC-------A-TCAGCCACATTCTCTATTT-AC-CATTTT-TATAATTTTGGTTTT---AATCAA----GCTGTATTG----A-G---------GGTTC-------ATA---------T-T-T-G-CT-ATTTCCCCATGAGTGCCTGCTTAAGCCA-G----GTTTGACT
gi|15 : gCAGTAAAACCTGTATA-GTGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CTA-TTGTCTT----AA-GCAGCCAAATTCGTTATTT-CC-AATTTC-TA
gi|15 : T-------AAAAGGCC-AT-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TTACTGACTGCTTAAGACAGG----GTTTGACTGTaaaggccattttgctccttccctttactgactgcttaagacagggtttgactgta
gi|16 : cagtaaaacctgtatagtggtcacctctattaagcagcctattgtcttaagcagccaaattcgttatttccaatttcACAGTCAAACTAAGGTAAGTTATCAAC-T-C---TGC-----TGA-------CAC-TTGTCTTTAATAA-GCAGCCATATTTGCTATTT-CC-CATTTC-TGTGCTTTCTAAGCA---AATTAA----CCTGTACTA----A-GCAGCAACCTTTCTT-------AAAa
gi|17 : gtGTGAAACCTGTGTAAGCAGTCCCC-T-C---TTT-----TGAGCAGC--CAC-TTGTCTA----AT-GCAGCCACATTTACTAT----------------GCTTTTAGAGCA---AATTAA----CCTCTATTA----A-GGAACAACCTGTCCA-------AAAAGccc
gi|18 : ACAATCA--CCTCTGTAAGTGATCACC-T-C---TACATGTATAAGCAACGACACATTTTCTA----AATACAGCT---TTTATTATCT--T-AATTTC-AAT
gi|19 : ttgttttaaactA---AATTGATGACCCTGTAGTA----G-GCAGCCACCTGTCTT-------AAGCGGCC-AA-T-T-T-GGCC-CTTTCCCT-TGGCTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGcaacatgcat
gi|2 : aACGGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCTCCAT-TAGATAT-----TAAACAGC--CAC-TTTTCTT----TA-GCAGCCATATTTG-TGTTA-CC-CATTTC-TATCATTTCAGAATA---GATTAA----CCTGTATCA----A-GCAATGACCTGTCTT-------AAAA-GTC-AC-T-TCT-G----------CT-TGTCTGGCTGCTTAAGACA-GCCTCACTTGACTGTcata
gi|20 : A-ACAGCTGCATTTGCTATTT-CC-AATTTC-T--GTTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAAACACCTGTCTT-------AAac
gi|21 : tacatGCA---AATAAG----CACG-ATTC----ATGCAACAACCTGTTTT-------AAAAGACA-AC-T-TCT-G-TT-CCTTCCCA-TGACTGGCTG-TTAAGACA-G----GTTTGACtacaatt
gi|22 : AAGTGGTCATT-T-C---TAT-----TAATCAGC--TAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCATATTTGTTATTT-CC-AAATTC-TTCGCTTTCAAAGC
gi|23 : acaatcaaCAATCCTGTGTTAGTGGCCACT-T-A---TAT-----AAAGCATT--CAT-TTGT
gi|24 : aacACAGTCAAACCTGTACTAACGGTCACC-TGT---TA------TAAGCAGC--CAC-CTGCCTT----AA-GCGGCCAaatcattttttacaaat
gi|25 : A----CCTGTATTA----A-GCAA-AACATATCAT-------GAAATACA-AC-T-TCT-G-CT-CCACCCCT-TAAC
gi|3 : ACAGTCAAACCTGTGTATGTGGTCACC-T-G---TAT-----TAAGCAGC--CAA-CCGGCTT----TA-GCAACCATATTTTCTATTT-AC-CATTAC-TATTCTTTCAGAGTA---AATTAA----CCTGTTTTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCT-AC-G-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-A----GTTTGACTAT
gi|4 : ACAGTTAAGCCTGTGTTAGTGGTCAGC-T-C---TGG-----TAAGCAAC--CAT-TTGTCTA----AA-ACAGACACATTTTCTATTT-AC-GATTTT-TATAATTTTAATTTT---TATCAT----CATGTATTA----A-GCAGTCATCTGTCTT-------ATATAGTC-GT-T-T-T-G-CT-C-TTCCAT-TAGTTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
gi|5 : AAACTTGTGTAAGTGGCCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGT--T----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-TATTTC-TATACTTTCAGAGCATTTAGTTAA----CCTGTATAA----G-GTAACAACCTGTCTT-------AAAAGGTTAAA-T-T-T-G-CT-CCTTCACT-GGACTGGCTGCAAAAGACA-G----GTTTGACTGTa
gi|6 : taACAGTCAAACCTGTCTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TGAGCAG----A--TTGTCTT----A--GCAGCCACAATTGTTATTT-CC-AATCTT-TATGCTTTCTGAGTA---AAGTAA----CCTGTATTA----A-GCAATAAC----CTT-------AAAACGTC-AC-TAA-T-A-CC-CATTCCCA-TGACTGGTTCATTAAGACA-G----GTTTGAC
gi|7 : AAACCTGTATAAGCGGTCGCC-T-C---TAT-----TGAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTC-TATGCTTTCCGAGCA---AATTGA----CCTGTATTA----A-ACCCCAACCTAT-TT-------CAAAGGCT-ACTT-T-T-A-CT-TCTCCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTTACTGTcata
gi|8 : CAGTCAAACCTGTGTAAGTGGCCACC-C-C---TAT-----TAA-------------------------GCAGCCACATTTGCTATTC-CC-AGTTTG-TATGCTTCAAGAGCA---AGTCAA----CCTGTATTA----A-GC-ACAACCTATCTT-------AAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCGTCCCT-TGACTGACTGCTTAAGACA-G----GTTTGAGTG
gi|9 : ATAGTCAATCTTTGGTAAGTG-TCACC-T-T---TAT-----TGAGCAAC--AAC-TTGTTTT----AA-GCAGCCACATTTG----------AA------AT---TTCAGAGAA---AACTAA----TCTGTATAA----A-GCAGC---TTGT----------GAAAGGCC-ACCT-T-T-G-TT-CTTTCTCT-TGGCTAACTGCTTAAGAAA-G----GCTAGACAGT
blockSeqs : T A TAGA ATGTA GA CA TAAT T AT C A TTT TGAC TTAT T A TAAATTA A T A C T G A A G CCTC
blockSeqs : C . GT . . A . . C A . . . . . C . . T . C . . . . . .
blockSeqs : T . G . . C . . A A . . . . . A . . T . C . . . . . .
blockSeqs : A . G . . A . . T A . . . . . A . . C . . . . . . . .
blockSeqs : T . C . . T . . A C . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . C . . A . . C A . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . C . . C . . C C . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . C . . C . . C A . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . C . . C . . C C . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . C . . C . . C A . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . C . . T . . A A . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . C . . C . . A C . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . A . . A . . C G . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . G . . T . . C T . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . C . . C . . C A . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . C . . C . . C A . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : C . C . . C . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . C . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : T . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . .
blockSeqCons : A*
originalCons : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTC-TATGCTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
finalCons : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CCA-ATTTC-TATGCTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 1 1 33333 44444 22 33 4444 1 0 33 22 2 0 333 4444 4444 2 1 6666666 2 1 2 6 2 2 2 0 2 2 5555
lowQualScore : . . ..... ..... .. .. .... . . .. .. . . ... .... .... . . ....... . . . . . . . . . . ....
lowQualScore : 7 9 55555 88888 66 77 2222 9 2 66 22 0 5 777 2222 2222 0 4 2222222 2 1 2 7 2 2 2 5 2 5 3333
consensus : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTC-TATGCTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
Reference ( family-1088 ) : ACAGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTC-TATGCTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-AC-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
gi|1 : ACAGTCAAACCTGTGTTAGTGGCCACC-T-A---TAT-----TAAGCAGC--CAC-CTGTCAT----AA-GCAACCATATTTTCTTTTT-CCAAATTTC-CAGGCTTTCAGAGTG---AATTAA----CCTACATTC----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGTTGCTTAAGACA-T----GTTTGACTGT
gi|10 : GTAAAACCTGTGTAAGTGGACACC-T-G---TAT-----AGAGCAGC--CAA-TTGTCTT----AA-GCAG-------------TT-CC-CATTTC-TATGCTCTTAGAGCA---AAAGTA----CATGCTTTA----A-GCAACAACTTGCCTT-------AAAAGGCC-AC-C-T-T--------TTTCCT-TGACTGGGTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGa
gi|11 : ACC-T-G---TAT------AAGCAGT--CAC-CTCTCTC----AA-GCAGTCACATATTCTATTGATC-AATTT---ATAATCTTAGATTT---AATCAA----CTTATGTTATTATA-GCACCCACCTGCCAT-------AAGGGGTA-AT-T-T-----CTACTTTCTCT-TGAGTGGCTGCTGAA--CA-G----GTTTGACAGT
gi|12 : caaACAGTCGAGCCTGCTTAAGCAGTCAAC-T-C---T
gi|12 : gtgtT-----TAAGCAGT--CAA-CTCTTTT----AA-GCAGTCACATTTGCTTTTT-AC-AATCGC-GGTGCTTTAACAAAA---AATTAA----CCTGTATTG----A-GTAGCAAAATGTCTTTAAATTAGAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCTTACCC-TGCCTGGTTGATTtttaagcagtcacatttgctttttacaatcgcggtgctttaacaaaaaattaacctgtattgagtagcaaaatgtctttaaattagaaaggccacttttgctccttaccctgcctggttgatt
gi|13 : gtgtacagtcgagcctgcCAGTCAAACCTTTATAAGTGGTCACC-T-C---------------------CAT-TTG-----------ACAGCCACATTTGTTATTT-TC-A--TTCATATCCTTTCAGATCA---AATTAG----CCTGTATTG----A-GCAA------------------AAAATGCC-AT-T-T-TTG-CT-CCTTCCGT-AACCTGGCAGCTTGAGACA-G----GTTTGAC
gi|14 : gCAGTCAAACCTGTGTTAGAGATG------C---TAT-----TAAG-------------TC-------A-TCAGCCACATTCTCTATTT-AC-CATTTT-TATAATTTTGGTTTT---AATCAA----GCTGTATTG----A-G---------GGTTC-------ATA---------T-T-T-G-CT-ATTTCCCCATGAGTGCCTGCTTAAGCCA-G----GTTTGACT
gi|15 : gCAGTAAAACCTGTATA-GTGGTCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CTA-TTGTCTT----AA-GCAGCCAAATTCGTTATTT-CC-AATTTC-TA
gi|15 : T-------AAAAGGCC-AT-T-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TTACTGACTGCTTAAGACAGG----GTTTGACTGTaaaggccattttgctccttccctttactgactgcttaagacagggtttgactgta
gi|16 : cagtaaaacctgtatagtggtcacctctattaagcagcctattgtcttaagcagccaaattcgttatttccaatttcACAGTCAAACTAAGGTAAGTTATCAAC-T-C---TGC-----TGA-------CAC-TTGTCTTTAATAA-GCAGCCATATTTGCTATTT-CC-CATTTC-TGTGCTTTCTAAGCA---AATTAA----CCTGTACTA----A-GCAGCAACCTTTCTT-------AAAa
gi|17 : gtGTGAAACCTGTGTAAGCAGTCCCC-T-C---TTT-----TGAGCAGC--CAC-TTGTCTA----AT-GCAGCCACATTTACTAT----------------GCTTTTAGAGCA---AATTAA----CCTCTATTA----A-GGAACAACCTGTCCA-------AAAAGccc
gi|18 : ACAATCA--CCTCTGTAAGTGATCACC-T-C---TACATGTATAAGCAACGACACATTTTCTA----AATACAGCT---TTTATTATCT--T-AATTTC-AAT
gi|19 : ttgttttaaactA---AATTGATGACCCTGTAGTA----G-GCAGCCACCTGTCTT-------AAGCGGCC-AA-T-T-T-GGCC-CTTTCCCT-TGGCTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGcaacatgcat
gi|2 : aACGGTCAAACCTGTGTAAGCGGTCTCCAT-TAGATAT-----TAAACAGC--CAC-TTTTCTT----TA-GCAGCCATATTTG-TGTTA-CC-CATTTC-TATCATTTCAGAATA---GATTAA----CCTGTATCA----A-GCAATGACCTGTCTT-------AAAA-GTC-AC-T-TCT-G----------CT-TGTCTGGCTGCTTAAGACA-GCCTCACTTGACTGTcata
gi|20 : A-ACAGCTGCATTTGCTATTT-CC-AATTTC-T--GTTTTCAGAGCA---AATTAA----CCTGTATTA----A-GCAAACACCTGTCTT-------AAac
gi|21 : tacatGCA---AATAAG----CACG-ATTC----ATGCAACAACCTGTTTT-------AAAAGACA-AC-T-TCT-G-TT-CCTTCCCA-TGACTGGCTG-TTAAGACA-G----GTTTGACtacaatt
gi|22 : AAGTGGTCATT-T-C---TAT-----TAATCAGC--TAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCATATTTGTTATTT-CC-AAATTC-TTCGCTTTCAAAGC
gi|23 : acaatcaaCAATCCTGTGTTAGTGGCCACT-T-A---TAT-----AAAGCATT--CAT-TTGT
gi|24 : aacACAGTCAAACCTGTACTAACGGTCACC-TGT---TA------TAAGCAGC--CAC-CTGCCTT----AA-GCGGCCAaatcattttttacaaat
gi|25 : A----CCTGTATTA----A-GCAA-AACATATCAT-------GAAATACA-AC-T-TCT-G-CT-CCACCCCT-TAAC
gi|3 : ACAGTCAAACCTGTGTATGTGGTCACC-T-G---TAT-----TAAGCAGC--CAA-CCGGCTT----TA-GCAACCATATTTTCTATTT-AC-CATTAC-TATTCTTTCAGAGTA---AATTAA----CCTGTTTTA----A-GCAACAACCTGTCTT-------AAAAGGCT-AC-G-T-T-G-CT-CCTTCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-A----GTTTGACTAT
gi|4 : ACAGTTAAGCCTGTGTTAGTGGTCAGC-T-C---TGG-----TAAGCAAC--CAT-TTGTCTA----AA-ACAGACACATTTTCTATTT-AC-GATTTT-TATAATTTTAATTTT---TATCAT----CATGTATTA----A-GCAGTCATCTGTCTT-------ATATAGTC-GT-T-T-T-G-CT-C-TTCCAT-TAGTTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTGACTGT
gi|5 : AAACTTGTGTAAGTGGCCACC-T-C---TAT-----TAAGCAGC--CAC-TTGT--T----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-TATTTC-TATACTTTCAGAGCATTTAGTTAA----CCTGTATAA----G-GTAACAACCTGTCTT-------AAAAGGTTAAA-T-T-T-G-CT-CCTTCACT-GGACTGGCTGCAAAAGACA-G----GTTTGACTGTa
gi|6 : taACAGTCAAACCTGTCTAAGCGGTCACC-T-C---TAT-----TGAGCAG----A--TTGTCTT----A--GCAGCCACAATTGTTATTT-CC-AATCTT-TATGCTTTCTGAGTA---AAGTAA----CCTGTATTA----A-GCAATAAC----CTT-------AAAACGTC-AC-TAA-T-A-CC-CATTCCCA-TGACTGGTTCATTAAGACA-G----GTTTGAC
gi|7 : AAACCTGTATAAGCGGTCGCC-T-C---TAT-----TGAGCAGC--CAC-TTGTCTT----AA-GCAGCCACATTTGCTATTT-CC-AATTTC-TATGCTTTCCGAGCA---AATTGA----CCTGTATTA----A-ACCCCAACCTAT-TT-------CAAAGGCT-ACTT-T-T-A-CT-TCTCCCCT-TGACTGGCTGCTTAAGACA-G----GTTTTACTGTcata
gi|8 : CAGTCAAACCTGTGTAAGTGGCCACC-C-C---TAT-----TAA-------------------------GCAGCCACATTTGCTATTC-CC-AGTTTG-TATGCTTCAAGAGCA---AGTCAA----CCTGTATTA----A-GC-ACAACCTATCTT-------AAAAGGCC-ACTT-T-T-G-CT-CCGTCCCT-TGACTGACTGCTTAAGACA-G----GTTTGAGTG
gi|9 : ATAGTCAATCTTTGGTAAGTG-TCACC-T-T---TAT-----TGAGCAAC--AAC-TTGTTTT----AA-GCAGCCACATTTG----------AA------AT---TTCAGAGAA---AACTAA----TCTGTATAA----A-GCAGC---TTGT----------GAAAGGCC-ACCT-T-T-G-TT-CTTTCTCT-TGGCTAACTGCTTAAGAAA-G----GCTAGACAGT