lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 1 66666666 111 1 111 11 111 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111 22222222222222222222222222222222222 111 1111111111111 11 11 222 2222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 6 6 1 0 5 44444444 555 0 8 000 3 00 444 00 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777777777 33 33 1 77777777777777777777777777777777777 44 3 111 2222222222222 444 44 11 88 4 4 888 2 888 666 3 7777 1 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6
lowQualScore : . . . . . ........ ... . . ... . .. ... .. ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. .......... .. .. . ................................... .. . ... ............. ... .. .. .. . . ... . ... ... . .... . . ............................................................................................. .
lowQualScore : 0 0 5 5 0 55555555 777 0 2 777 2 22 666 66 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9999999999 22 44 9 66666666666666666666666666666666666 22 1 444 8888888888888 777 66 99 22 0 0 999 6 888 222 0 8888 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0
consensus : ACGGAGGCGCTGGNTACNTGTCCTTGTGACCCCGNCTTGTTGTACCC-TTAATTACTNTTCTCTTGCTGCTCTGGCTTCT-GCAAA--GT-CATCGAGTACA--TCTGCGTATAGCATCG-C-T-GTT--T--T-TTTT---A------------TAT-NTA-TTTA---T--C--------TGA------GTAT-T--------T----CT---G-TG-------T--TTTACA----N--TATAC-ACAT-GTGCA----G-TGTTGCCGTAT-T-----TGTAAGA-G--N---N----TAG--TCTGGCGG---GGATAC-----TT-TT--AT---TTACACT-GTCT-CGTTTTGTGATGTGACGACGGG-GA--------AGA----G-------C-G----------AG-GT---TG---GN-TG-CACC-GTT--CA-N----C---A-G-GTTT-AAG-----T--CC-C---GTGGC--G-T-A--TTTT--G--CTACTG-------ACCGTTNCA-AGGC-GGTGA--CC-CCTGTTG--TC-AC--TTC------TTG--TCTG--T--GTATGTATTGTA-C-TTA-TTNTGATNAT---TCCTTN-TATTAATTGTGTACCTGTGACCT-NNGGT-TGCCACGGCT-AC-CATGTCACAGCAACATATGCAGTTGATAAGGAATCTAGCAC---TTAAACAATCTGCAGATAAAAAAAAACGTACAGATAAC
Reference ( gi|1 ) : ACAGAGACGCTGGATACCTGGCCTTGT--CCAAGTCTTGTTGAACCC-TTAGTTATTTTTCTCTTGTTGCTCCAGCTTCA-GCAAA--GT-CGTCAATTATA--TTTGTGTATTGCATCA-C-T-GTT--T--C-TTTT---A------------TAT-CTA-TTTA---T--C--------TGA------GTGT-T--------T----CT---G-TG-------T--TTTATA----A--TATAC-ACAT-GTGCA----A-TGTGGCCGTAT-T-----TGTAAGA-G--T---T----TAG--CCTGGCGG---CAATAC-----TT-TT--AT---TTTCACT-GTCT-CGTCTTGTTATATGACGATGGG-GA--------AAA----G-------C-G----------AG-AT---TG---GT-TG-AACC-GTT--CA-G----C---A-G-GTTT-AAG-----T--C------GTGGC--G-T-A--TTTT--G--CTGCTG-------AACATTCCC-AGGC-ATTGA--CC-CATGTTG--TC-AT--TTC------TTG--TCTG--T--GTACATATTGTT-C-TTA-TTTTAATAAT---TCCTAT-TATTAATTATATACATGTAACTT-TGGGTATGTCACAACTCACATATGGTACAATTACTTATA----TGAT--GAAATCCAA-ACCTGTTGAAC-----GCGGAGGGAGAGAA---TACAGACAACT
gi|4 : ACGGAAGCGCTGGGTACGTGTTCTTGT--CTCCGATTTGCTGTACCC-TTAATTATATTCAT-TTGATGCTCTGACTTCT-GCTAG--GT-TATTGAGTACA--TGTGCGTATAGCAACACC-T-GTTACT--T-TTTT---ATGTACACATGTCTAT-CTA-TCTA---C--C--------TTAGCAGTTGTGT-T--------TGCA-CC---G-TGCATATA-T--TTTAT-----A--TATAT-ATAT-----A----G-TTT----ATAT-T-----T----GA-G--T---A----TAA---TTGGCAG---GGATAT-----TT-TT--AT---TCACAC
gi|17 : gACGGAGGCGCTGATTACTTGTCTTTATGACC---TCTAGT----CCCATTAATTACCGTTCTCTTGCTGCTCTGACTTCT-GTAAA-----C-----TTATA-----GTGTA-CACAT-A---T-GTC--TAGT-TTTC---A------------CATAATA-TTTA---T--C-------------------AT-T--------T----CT---GTTG-------T--TTTACC----C--TAAAC-ACAT-TTGTA----gttttatggtagaacgacataggactattgacgttgggtaacc
gi|20 : gTGTTGTACCC-GTAATGACTACTCTTTTCCTATCCTTGCTTCG-GTAAAAAGTACGT-----ACA--TCTGCGTATGGCATAA-T-T-TTTG-T--C-TTTTTAAA------------TGT-ATA-TTTA---C--C--------TCA------GTAT-A--------T----CT---G-TG-------T--TATACA----A--CATAC-ACA--GTG
gi|5 : AACTC-TTATTTACTATTATCTT-TTACTCTA-CTTTGTGCAAA--GT-CATCGCGTACA--ATTGCGTATAGCATCG-CTT-GTT--T--CGTTCT---A------------TAT-AGA-TTTACT-T--T--------TG-------GCAA-T--------T----TT---A-TG-------T--CTTATA----T--TATAC-ATAT-ATG-A----A-TGCTGCCA----------CGGAGGG-G--C---T----T--------------------C-----TT-TT--CT---TTAAAAT--TGT-CGTTTGGTGACATGTCGACGGG-GATAGAGAGGGAA----G-------C-ATGGGGAGGCTAG-AT---TG---GG-TG-CACCTGTG--CA-A----C---A-A-GTTT-ATGC----T--CCCTA--GTG----G-T-AG-TTTT--G--CTACTG-------
gi|8 : TCTTCTCTTGCTGCTCTAGTTTCT-TCAAA--TT-TATCGAATACATCTTCGTGTA--GTAT-A-C-T-TTT--G--A-TTTT---A------------TAC-ATA-TTAG---C--C--------TGA------GTATAT--------T-----------TA-------T--TTAACA----A--TATGT-ATAT-GTGCATG--C-TGTGGTTG----T-----TGTAAAATA--TATAT----TAT--TCTTG-GG-----ATAC-----AT-TT--GT---TTAC-CC-ATCT-TTTCTTATGATGTGACGGCTAG-GA--------AGA----C-------A-A----------AT-GT---TG---AA-TG-CATC-GTTTACA-GTAACC---A-G-GTTT-GGA-----T--TATCCA-ATGGT--G-T-A--TTAT--G--
gi|9 : cCAAA--TC-CATCGAGAACA--TCTGCGTATAATATTG-C-TTGCT--T--T-ATTT---T------------TAT-CTAATTTC---TTCC--------TGA------GCAT-CACACCAGAT----AC---A-TG-------A-----ATA----G--TATAT-AAATAGTGCATACCA-TGT---CGTCT-T-----AAAAAGA-G--A---AGGAATAG--TCTGGCGG---GAAAAG-----TCCTT--AT---TAACACT-GTCT-CGTCCTGTGGTGTGATGGCAGGTGA--------AGG----G-------C-G----------AT-GT---TG---GT-TGCAGCC-GTT---A-A----C---ATT-ATTT-AAC-----TTCC------CTTGCA-G-T-A--TTTT--
gi|3 : AT-CTA-TATACGAT--T--------TCA------GT-C-T--------T----CTA--G-TG-------T--GTCACA-------T-TAC-ACGT-GTGC-------TTCTGTCGTATGTGCACATGTACGA-G--A---A----TAT--CCTGGCGGAGACAA-AT-----TT-AT--ATAAATGATAAT-GTCT-TGCGTTATGATTTGTCGACGGG-GA--------TGG----GGGGTGGGC-G----------AG-GT---TG---GGGTG-CCCT-GGT--CA-T----C---C-TTGTTT-AA------T--CTCTACAGTGGC--G-T-C--ATTT--G--CTACTG-------ACCGTTCCA-ATGC-GT-GA--CC-T-CGTTG--TC-AG--TTC------TTA--GCTA--T--GTTTGTATTGTA-G-TTA-CCATGATTAC---TCCTTA-TATTAATCGTG-ACCTGTGACCTGTGAG--TGTCAC
gi|12 : -CTC-TTTA---T--C--------TG-------GTTT-TCAAACG--T----CT---G-TGCTGCGGGT--TTGATA----T--TGCACTACGA-ATGCA----AATGTTGCCACGT-T-----TCTCAAA-GCAT---T----T----TCTGTCGG---GTCTAC-----TT-TT--AT---TTACGCT-ATCT-TGTTCTGTGATGTTACGACGAG-GA--------AAGTAGTG-------C-G----------AG-AT---TG---GA-TA-CACT-GTG--AA-T----C---G-G-ATTT-CCG-----TTAC------TTAGT--GAT-AATTTTT--G--CCATTG-------ACCTTTCtgctaatgtttgttatatagttgtctta
gi|6 : TA-TTTA---C--T--------TGA------ACAT-T--------T----CT---A-TA-------T--TTTACATACTACTTATAT-AGAT--TGCA------TTTTGTCGCAT-T-----TATAAGA-A--A---G----TAGTCCCT--CGG---GAATAC-----CT-TT--AT---CTACA----TCAACGTGGTGTGATA--ATGTTGGA-GT--------ATA-------------------------AG-AC---TG---GG-TG-TAC--GAT--CA-A----CC--A-G-GTTT---G-----T--T------TTGAC--A--------TT--G----GCGG----------ATTT----AGC-AATGA--TC-CCTATTG--TC-AC--GTCACAAGTTTG--TATT--TAAGTATGTATTGTA-C-TTA-TCCTGATAAT---TCTGCC-CATTAGTTATAT-CCTTTAACTT-
gi|10 : taA-TTTA---T--CATCAACTATGA------ATGT-T--------T----GT---G-TG-------TCTTTTACA----C--CAAAC-ACAC-GTGCA----T-TCTG-CCGCAT-T-----TGTAA---------------CAG--ACCGGTGA---CAATGC-----TT-TT--AT---GCACATT-GTCT-CGTTTTATGATGTG-CGA--GG-CA--------AGA----G-------C-A----------AG-GT---TG---AA-AG-CACCGGTT--TA-T----C---A-G-GTTT-AAGCTCCCT--C------ATGGTGGG-TGA--CTTT--T--TTGCTA-------ACTGCTTCA-AGGT-TTTGA--CC-CCTGCTG--TC-AC--TTC------T----TCTG--T--
gi|7 : TGT-T--------TAATGCT---G-AG-------T--TTTGCA-------CGTAC-ACGT-GTGCA----G-GG-AGTCGTAT-C-----TGTTAGA-G--G---A----TAG--CATG-TAG---T--TAC-----TT-T---AT---TTACGTA-GTCT-CGTTACATGAAGTGACGACGGT-AA--------AGA----G-------G-G----------AG-GT---CGAGTGC-TC-AA---GTA--TA-A----A---A-G-GATA-AAG-----C--CCCAGA-GTGGC--G---G--TTTG--G--ATGCT--------AACATTTCCAAAGC-AGTGA--CC-TCTGTTT--TC-AC--ATC------TTG--TTAA--A--GTATGCATTGTA-T-TTA-TTa
gi|2 : tattcataatcaatggcttggtcaGT-C--------T----CTAGAG-TG-------T--TATAT----------TTC-ACAC-GTGC-------TTCTGTCGTAT-A-----TGTATAT-G--TATATGAA-TAA--TCTGGCGA---AGATAA-----AT-TA--AT---TTATAAT-GTCT-AGCGTTATGATTTTCCGATGGG-AG--------GGA----G-------G-GGGTGGGGGAGAG-GT---TG---GG-TG-CATC-GGTA-TA-C----C---T-T-GTTC-AACC----T--CTACA--GTGGC--G-T-C--TTTA--G--CTTCTG-------ACCGTTTCA-AGGC-G-TGA--CCTCA--TTG--TT-AG--TTC------TTA--GCTG--T--GTAAGTATAATG-C-TAG-CTTCCATAATTACTCCTTA-TATTAACTGTG-ACCTGTGACCT-GTGAT-TGCCACGGCT-AC-CATGTCACAGCAACATATGCAGTTGATAAGGAATCTAGCAC---TTAAACAATCTGCAGATAAAAAAAAACGTACAGATAACagtt
gi|11 : G-------T--TATACA----C--CACAC-ATAT-GTGCATG--A-TGT---CGTAT-T-----TGTAATG-G--A---A----CAG--TCTGGCAG---GGATGCGTGTATT-TTCAAT---TTACACT-GTCT-CGTCTTGTGATGTGATGACGGA-------------------------------------------------------TG-AAC-----------------------GTCT-AGG-----T--CCTCT--GTGGA--G-T-C--TTTT--G--CTACCG-------GCTGTTCCC-AGGCGGTTG---TC-GTTATTG--TC-AC--TTC------TTG--TTTA--T--GGATTTATTGTA-C--------TAA-AAT-----CTGTATATTAATTGTA
gi|16 : --TATAC-TCCT-GTGCA----G--GTGACCGTAT-T-----TGTAAAA-A--C---T-----AT--TCTGACG-------TTT-----TT-TT--AT---TTATACT-GTCT-CGTCTTGTGATATAACGATGGA-GG--------AAA----G-------G-G----------TA-A-----G---GT-CG-AG-C-GTT--TATA----C--------TTT-CCA-----T--A------GAGGC---------TCTT--G--CTACTGCGACAGTAACAATACC-A------TAA--CC-GCTGTTG--TC-
gi|14 : --AT---TTACACTTGTTC-TGTTCTGTGATGTGACAATGGG-GG--------GAAT---A-------CAG----------AGGATGAGTG---GG-TG-A----GTT--CA-A----CTGTA-A-GTTT-AAG-----C--CCCCTA-GTTGT--G---G--TTTTAGG--CTTCTG-------ATCATTTCA-AAGC-AT-----CC-C-TGTTG--TTGATAATTT------TTG-----A--T--ACATATATTGTA-C-TTA-TTATGATTAT---CCCT
gi|15 : TCT-CGTTTTATCACATGGTGACGAG-TG--------AAA----G-------C-G----------AG--T---------T-TG-ACCC-ATT--TA-C----C---A-A-GCTT-AAAC----T--CCATA--GTTGT--G-T-A--TTTT--G--CCAATA-------ACCGTTACT-AGTT-TGTGA--CT-CCTA-TGACTC-AA--TTC------TTA--TATATTT--GTATATATTTCA-C-TTA-TTGCAATTAT---TCCTTA-TATTAGTTgctttat
gi|22 : tttacaTCGTTTTATGATGACTGG-GA--------AGA----G-------C-G----------GG-GT---TT---AT-TA-CACCCGTT--TA-C----C---A-G-GTTTGAAC-----T--CCACA--GTGGC--G---A--TTGT--A----GC-G----------ATT-----GGC-GGTGATTCC-CA--TTG--TC-AC--TAC------T----TCTG--T--AT
gi|13 : ---TG---GC-TG-TACC-GCT--TA-AT---C---A-G-GTTT-AAG-----TTCC------CTGG---G-T-G--TTTT--G--CTACTG-------GTCGTTACA-AAGT-GGCGA--CA-TCTAGTG--TC-AC--TTC------TTC--TGTA--T--GTCTGTATTGTA-CTTTA-TTGT-ATAAT---TATTGT-TATTGATTGTGT
gi|21 : caactaggatagggtgtggtggggtaggggtgcgaaggcagcC-GTT--GG-G----C---A-C-GTTT-GAG-----C--CCCAGA-GTGGC--G-T-A--TTTC--G--CTACTA-------AGAGTACTA-AGGC-AGTGAT-CC-CA-GGTG--TC-AA--GTC------TTGTATGTG--T--GTGTGTATTGTA-T-TCATTTTTACTGAT---TCttgtgggatcgaattagg
gi|25 : ------GTGGC--G---A--TTTT--TATCTGCTG-------ACCTTTTCA-CGGC-AGTCA--TC-TTTGTTG--TC-AT--T-------------TCTG--T--ATAGGTCTTGGTAC-TTA-TT
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CATAAATAACGGGAAAAGAAGACAGGAGTGCCCGTTAAAATCGGATATAAGCTCCTGAGTTTTACTTATGCCATTTAGAAAGTAACGAATCCTGTTATCACATCTTCTGTATGTATTGATTATGATTGTTAAATTTATA
Unaligned ( gi|19 ): TAAGCTCCTAAGTGTCGTTCTATGATACCGACCGTTCCAATGCGTTGACCCTTAATACCGCCTATTCGGTATGTATGTATTGTACACTTATTATCATTATCAGGCCTCGCCTATACATATTATGCCCTCAAAGTGAT
Unaligned ( gi|23 ): TGCGTCTTATGGTATGGCTACGGGGATGGGCGAGGGTTGGTTTATCTCGCTTACATGGTTCAAGCCCTCAAGTGACGTCGTTTGCTTCTGACCGGCCCTATGCATG
Unaligned ( gi|24 ): ATGTTTAAACTCCTCGGCAGTTGATTTGCTAGCTACTGACCTTTCCAAGGCAGTGACCCCTGTTATCACTTCTACTGTATACGAATGTGGTCTACTTATTGT
Unaligned ( gi|26 ): TATTGGCCCTTCCAGGGCGATGCCTCCTGTTGTCGCTTCTTCTGTATAAATGTTATATAATTATTCT
Alignments
lowQualScore : 333333333 222222222222222 333333333333 33333333333333333333333333333333 111111111111111111 1111111 2222222 22222222222222222222 222222222222222222222222222222 111111111111111111111 3333333333333333 1111111111 11111111 22 1 22222 2222 11 1 333 22222 222
lowQualScore : 1 1 333333333 1 1 2 2 888 4 3 1 1 1 888888888888888 777777777777 55 3 00000000000000000000000000000000 1 3 3 000000000000000000 8888888 444 2 2 5555555 0 3 77777 0 11111111111111111111 4 77777 3 33 66666 555 33 666666 0 55 2 888888888888888888888888888888 2 55555 888 444 222 4 999999999999999999999 4444444444444444 4444444444 22 44 22 22 0 3 77 33 333 666666 33333333 66 33 2 2 33 2 66 2 5 3 2 7777 11 22 0 3 0 3 88888 4 4 3333 88 5 555 77777 3 000
lowQualScore : . . ......... . . . . ... . . . . . ............... ............ .. . ................................ . . . .................. ....... ... . . ....... . . ..... . .................... . ..... . .. ..... ... .. ...... . .. . .............................. . ..... ... ... ... . ..................... ................ .......... .. .. .. .. . . .. .. ... ...... ........ .. .. . . .. . .. . . . . .... .. .. . . . . ..... . . .... .. . ... ..... . ...
lowQualScore : 0 0 777777777 0 0 5 2 666 0 0 6 7 7 999999999999999 111111111111 44 6 33333333333333333333333333333333 8 3 3 777777777777777777 7777777 777 7 7 4444444 5 1 77777 2 88888888888888888888 0 77777 1 99 77777 555 22 888888 1 33 2 666666666666666666666666666666 2 33333 111 666 555 2 555555555555555555555 1111111111111111 5555555555 55 33 66 66 4 2 88 11 999 888888 88888888 55 77 7 7 77 7 33 1 7 6 3 0000 22 00 7 3 7 7 00000 0 0 5555 55 0 000 00000 0 555
consensus : ACGGAGGCGCTGGNTACNTGTCCTTGT--CCNCG-CTTGTTGTACCCTTAATTACTNTTCTCTTGCTGCTCTAGCTTCTGCAAA--GTCATCGAGTACATCTGCGTATAGCATCG-C-T-GTT--TT-TTTTA------------TAT-ATA-TTTA---T--C--------TGAGTAT-T--------TCT-G-TG-------T--TT------TACA------NTATA---C-ACAT-GTGCA--TGC--TGTCGTAT-T-----TGTA-----AG----A-GAA----TAGTCTGGCGGGGATAC-----TT-TT--AT-----TTACACT-GTCT--CGTT------TTGTGATGTGACGACG--GG-GA------AG-------AG-------C-----GA-GG-----TTGG-N-TGCA-C-C-G-TT--N------AN--C---A-G-GTTTAA---G-TC--CC-----GTGGC-G-T--A--TTT--T--G--CTACT--GACCGTTCCAAGGCGGTGACCCCTGTTG--TC---ACTTC------T--TG--TCTGT--GTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATTNTGA-TTATTCCT--TNTATTAATTGTGTACCTGTGACCTGTGAT-TGTCACGGCT-AC-CATGTCACAGCNACNTATGCAGTTGATAAGGAATCCAGCACCTGTTGAACAATCTGCGGANGGAGAGAAACGTACAGACAAC
Reference ( family-100 ) : ACGGAGGCGCTGGNTACNTGTCCTTGTGACCCCGNCTTGTTGTACCCTTAATTACTNTTCTCTTGCTGCTCTGGCTTCTGCAAA--GTCATCGAGTACATCTGCGTATAGCATCG-C-T-GTT--TT-TTTTA------------TAT-NTA-TTTA---T--C--------TGAGTAT-T--------TCT-G-TG-------T--TT------TACA------NTATA---C-ACAT-GTGCAG-TGT--TGCCGTAT-T-----TGTA-----AG----A-GNN----TAGTCTGGCGGGGATAC-----TT-TT--AT-----TTACACT-GTCT--CGTT------TTGTGATGTGACGACG--GG-GA------AG-------AG-------C-----GA-GG-----TTGG-N-TGCA-C-C-G-TT--C------AN--C---A-G-GTTTAA---G-TC--CC-----GTGGC-G-T--A--TTT--T--G--CTACT--GACCGTTNCAAGGCGGTGACCCCTGTTG--TC---ACTTC------T--TG--TCTGT--GTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATTNTGA-TNATTCCT--TNTATTAATTGTGTACCTGTGACCTNNGGT-TGCCACGGCT-AC-CATGTCACAGCAACATATGCAGTTGATAAGGAATCTAGCAC---TTAAACAATCTGCAGATAAAAAAAAACGTACAGATAAC
gi|1 : ACAGAGACGCTGGATACCTGGCCTTGT--CCAAGTCTTGTTGAACCCTTAGTTATTTTTCTCTTGTTGCTCCAGCTTCAGCAAA--GTCGTCAATTATATTTGTGTATTGCATCA-C-T-GTT--TC-TTTTA------------TAT-CTA-TTTA---T--C--------TGAGTGT-T--------TCT-G-TG-------T--TT------TATA------ATATA---C-ACAT-GTGCAA-TGT--GGCCGTAT-T-----TGTA-----AG----A-GTT----TAGCCTGGCGGCAATAC-----TT-TT--AT-----TTTCACT-GTCT--CGTC------TTGTTATATGACGATG--GG-GA------AA-------AG-------C-----GA-GA-----TTGG-T-TGAA-C-C-G-TT--C------AG--C---A-G-GTTTAA---G-T----C-----GTGGC-G-T--A--TTT--T--G--CTGCT--GAACATTCCCAGGCATTGACCCATGTTG--TC---ATTTC------T--TG--TCTGT--GTACATAT--T-G-T--T-C--TTATTTTAA-TAATTCCT--ATTATTAATTATATACATGTAACTTTGGGTATGTCACAACTCACATATGGTACAATTACTTATA----TGAT--GAAATCCAA-ACCTGTTGAAC-----GCGGAGGGAGAGAA---TACAGACAAC
gi|10 : A-TTTA---T--CATCAACTATGAATGT-T--------TGT-G-TG-------TCTTT------TACA------CCAAA---C-ACAC-GTGCAT-T-C--TGCCGCAT-T-----TGTA-----AC----A-GA---------CCGGTGACAATGC-----TT-TT--AT-----GCACATT-GTCT--CGTT------TTATGATGTG-CGA----GG-CA------AG-------AG-------C-----AA-GG-----TTGA-A-AGCA-C-C-GGTT--T------AT--C---A-G-GTTTAA---GCTC--CCTCATGGTGG--G-TG-A--CTT--T--T--TTGCT--AACTGCTTCAAGGTTTTGACCCCTGCTG--TC---ACTTC------T------TCTGT--t
gi|11 : G-------T--TA------TACA------CCACA---C-ATAT-GTGCA--TGA--TGTCGTAT-T-----TGTA-----AT----G-GAA----CAGTCTGGCAGGGATGCGTGTATT-TTCAAT-----TTACACT-GTCT--CGTC------TTGTGATGTGATGAC--------------------------------------------------GG-A-TGAA-C----------------------------GTCTAG---G-TCCTCT-----GTGGA-G-T--C--TTT--T--G--CTACC--GGCTGTTCCCAGGCGGTTGTCGTTATTG--TC---ACTTC------T--TG--TTTAT--GGATTTAT--T-G-T--A-C--TAA---------AATCTG--TATATTAATTGTa
gi|12 : -TTTA---T--C--------TG-GTTT-TCAAACG--TCT-G-TGCTGCGGGT--TT------GATA------TTGCA---CTACGA-ATGCAAATGT--TGCCACGT-T-----TCTC-----AA----A-GCA----TTTTCTGTCGGGTCTAC-----TT-TT--AT-----TTACGCT-ATCT--TGTT------CTGTGATGTTACGACG--AG-GAAAGT--AG-------TG-------C-----GA-GA-----TTGG-A-TACA-C-T-G-TG--A------AT--C---G-G-ATTTCC---G-TT--AC-----TTAGT-GAT--AATTTT--T--G--CCATT--GACCTTTa
gi|13 : ctcG-----CTGG-C-TGTA-C-C-GCTT--A------AT--C---A-G-GTTTAA---G-TT--CC-----CTGG--G-T--G--TTT--T--G--CTACT--GGTCGTTACAAAGTGGCGACATCTAGTG--TC---ACTTC------T--TC--TGTAT--GTCTGTAT--T-G-T--A-CT-TTATTGT-A-TAATTATT--GTTATTGATTGTGT--TTGTGc
gi|14 : caactaggatagggtgtggtggggtaggggtgcgaaggca--AT-----TTACACTTGTTC--TGTT------CTGTGATGTGACAATG--GG-GGGAATACAG-------AGGA-----T-----GA-G-------TGG-G-TG-A-----G-TT--C------AA--CTGTA-A-GTTTAA---G-CC--CC-----CTAGTTG-T--GG-TTT--TAGG--CTTCT--GATCATTTCAAAGC----ATCCCTGTTG--TTGATAATTT------T--TG-----AT--ACATATAT--T-G-T--A-C--TTATTATGA-TTATCCCTGCTTTATggatcgaattagg
gi|15 : T-----TTACA----TCT--CGTT------TTATCACATGGTGACG--AG-TG------AA-------AG-------C-----GA-GT-----TTGA-C------C-C-A-TT--T------AC--C---A-A-GCTTAA---A-CT--CCATA--GTTGT-G-T--A--TTT--T--G--CCAAT--AACCGTTACTAGTTTGTGACTCCTAT-GACTC---AATTC------T--TA--TATATTTGTATATAT--T-T-C--A-C--TTATTGCAA-TTATTCCT--TATATTAGTT
gi|16 : TATA---C-TCCT-GTGCAG--GT--GACCGTAT-T-----TGTA-----AA----A--AC----TATTCTGACG----TTT-----TT-TT--AT-----TTATACT-GTCT--CGTC------TTGTGATATAACGATGGAGG-AA------AG-------GG-------T-----AA-GG-----TCG-------A-G-C-G-TT--T------A--------------TAC---T-TT--CC-----ATAGA-G-G--C--TCT--T--G--CTACTGCGACAGTAACAATACCATAACCGCTGTTG--TC---
gi|17 : ACGGAGGCGCTGATTACTTGTCTTTATGACCTC------TAGTCCCATTAATTACCGTTCTCTTGCTGCTCTGACTTCTGTAAA--CTTATAGTGTACACATATGTCTAG----------------T-TTTCA------------CATAATA-TTTA---T--C-------------AT-T--------TCT-GTTG-------T--TT------TACC------CTAAA---C-ACAT-TTGTA
gi|18 : g--GG-GA------AA-------AG-------------AA-GA-----CAGG-AGTGC--C-C-G-TT--A------AAATC---G-G-ATATAA---GCTC--CT-----GAG-----------TTT--T--A--CTTAT--GCCATTTAGAAAGTAACGAATCCTGTTA--TC---ACATC------T--T----CTGT----ATGTAT--T-G-----------ATTATGA-TTGTT
gi|19 : cataaataacTAA---G-CT--CCTAA--GTGTC-G-T--T--CTA--T--G--ATACC--GACCGTTCCAATGCGTTGACCCTTAATA--CC---GCCTA------T--TC--GGTAT--GTATGTAT--T-G-TACA-C--TTATTATCA-TTATaaatttata
gi|2 : TATATTTC-ACAC-GTGC---TTC--TGTCGTAT-A-----TGTATATGTAT----ATGAA----TAATCTGGCGAAGATAA-----AT-TA--AT-----TTATAAT-GTCTAGCGTTATGATTTTCCGATGGGAGGGAG--GG-GGTG----GG-------GG-------A-----GA-GG-----TTGG-G-TGCA-T-C-G-GTA-T------AC--C---T-T-GTTCAA---CCTCTACA-----GTGGC-G-T--C--TTT--A--G--CTTCT--GACCGTTTCAAGGCG-TGACCTC-ATTG--TT---AGTTC------T--TA--GCTGT--GTAAGTATAAT-GCT--AGC--TT-CCATAA-TTACTCCT--TATATTAACTGTG-ACCTGTGACCTGTGAT-TGCCACGGCT-AC-CATGTCACAGCAACATATGCAGTTGATAAGGAATCTAGCAC---TTAAACAATCTGCAGATAAAAAAAAACGTACAGATAACcaggcctcgcctatacatattatgccctcaaagtgat
gi|20 : gtctctagagtgtTGTTGTACCCGTAATGACTACTCTTTTCCTATCCTTGCTTCGGTAAAAAGT-AC---GTACATCTGCGTATGGCATAA-T-T-TTTGTCT-TTTTAAA----------TGT-ATA-TTTA---C--C--------TCAGTAT-A--------TCT-G-TG-------T--TA------TACA------ACATA---C-ACA--GTG
gi|21 : -C-G-TT--G------GG--C---A-C-GTTTGA---G-CC--CCAGA--GTGGC-G-T--A--TTT--C--G--CTACT--AAGAGTACTAAGGCAGTGATCCCAGGTG--TC---AAGTC------T--TGTATGTGT--GTGTGTAT--T-G-T--A-T--TCATTTTTACTGATTC
gi|22 : T--CGTT------TTATGATG-----ACT--GG-GA------AG-------AG-------C-----GG-GG-----TTTA-T-TACACC-C-G-TT--T------AC--C---A-G-GTTTGA---A-CT--CCACA--GTGGC-G----A----T--T--G---TAGC--GA---TT----GGCGGTGATTCCCATTG--TC---ACTAC------T------TCTGT--AT
gi|23 : --CGTC------TTATGGTATGGCTACG--GG-GA------TG-------GG-------C-----GAGGG-----TTGGTT-TATC-T-C-G-CT--T------A---C---ATG-GTTCAA---G-CC--CTCAA--GTGAC-G-T--C--GTT--T--G--CTTCT--GACCG
gi|24 : tg-GTTTAA---A-CT--CC-----TCGGCAG-TTGA--TTTGCTA-G--CTACT--GACCTTTCCAAGGCAGTGACCCCTGTTA--TC---ACTTC------TACTG--TATAC--GAATGTGG--T-C-T--A-C--TTATTGTgccctatgcatg
gi|25 : at-----GTGGC-G----A--TTT--T--TATCTGCT--GACCTTTTCACGGCAGTCATCTTTGTTG--TC---ATT---------------TCTGT--ATAGGTCT--TGG-T--A-C--TTATT
gi|26 : gagctccacaTATT--GGCCCTTCCAGGGCGATGCCTCCTGTTG--TC---GCTTC------T------TCTGT--ATAAATGT--T-A-T--A-TAATTATTCTa
gi|3 : AT-CTA-TATACGAT--T--------TCAGT-C-T--------TCTAG-TG-------T--GT------CACA------TTA-----C-ACGT-GTGC---TTC--TGTCGTATGTGCACATGTA-----CG----A-GAA----TATCCTGGCGGAGACAA-----AT-TT--ATATAAATGATAAT-GTCT--TGCG------TTATGATTTGTCGACG--GG-GA------TG-------GGGGGTGGGC-----GA-GG-----TTGG-GGTGCC-C-T-G-GT--C------AT--C---C-TTGTTTAA-----TC--TCTACA-GTGGC-G-T--C--ATT--T--G--CTACT--GACCGTTCCAATGCG-TGACCTC-GTTG--TC---AGTTC------T--TA--GCTAT--GTTTGTAT--T-G-T--A-G--TTACCATGA-TTACTCCT--TATATTAATCGTG-ACCTGTGACCTGTGAG-TGTCACTGCT-A---ATGT
gi|4 : ACGGAAGCGCTGGGTACGTGTTCTTGT--CTCCGATTTGCTGTACCCTTAATTA-TATTCATTTGATGCTCTGACTTCTGCTAG--GTTATTGAGTACATGTGCGTATAGCAACACC-T-GTTACTT-TTTTATGTACACATGTCTAT-CTA-TCTA---C--C--------TTAGCAG-T----------T-G-TG-------T--TTGCACCGTGCATATATTTTATA---T-ATAT-ATATAG-T-T--T---ATAT-T-----T---------G----A-GTA----TAAT-TGGCAGGGATAT-----TT-TT--AT-----TCACA---------CGTT------TTATGGTAGAACGACAT-AG-GA------CT-------AT-------T-----GA-CG-----TTGG-G-Tttgttatatagttgtctta
gi|5 : gACTCTTATTTACTATTATCTT-TTACTCTACTTTGTGCAAA--GTCATCGCGTACAATTGCGTATAGCATCG-CTT-GTT--TCGTTCTA------------TAT-AGA-TTTACT-T--T--------TG-GCAA-T--------TTT-A-TG-------T--CT------TATA------TTATA---C-ATAT-ATG-AA-TGC--TGCCA---------------------------------------CGGAGGGGCTTC-----TT-TT--CT-----TTAAAAT--TGT--CGTT------TGGTGACATGTCGACG--GG-GAT-----AGAGAGGGAAG-------CATGGGGA-GGCTAGATTGG-G-TGCA-C-CTG-TG--C------AA--C---A-A-GTTTAT---GCTC--CCTA---GTG---G-T--AG-TTT--T--G--CTACT--Gaacc
gi|6 : aT-ATA-TTTA---C--T--------TGAACAT-T--------TCT-A-TA-------T--TT------TACATACTACTTATA---T-AGAT--TGCA--TTT--TGTCGCAT-T-----TATA-----AG----A-AAG----TAGTCCCTCGGGAATAC-----CT-TT--AT-----CTACATC-AAC---------------GTGGTGTGATAATG--TT-GG------AG-------TA-------T-----AA-GA-----CTGG-G-TGTA-C-G-A-TC--A------AC--C---A-G-GTT---------------------------T--G--TTT--T--G--ACATT--GGCGGATTTA--GCAATGATCCCTATTG--TC---ACGTCACAAGTT--TG--TATTTAAGTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATCCTGA-TAATTCTG--CCCATTAGTTATAT-CCTTTAACTT
gi|7 : CT-G-AG-------T--TT------TGCA------C-GTA---C-ACGT-GTGCAG-GGA---GTCGTAT-C-----TGTT-----AG----A-GGA----TAGCATGT---AGTTAC-----TT-T---AT-----TTACGTA-GTCT--CGTT------ACATGAAGTGACGACG--GT-AA------AG-------AG-------G-----GA-GG-----TCGA-G-TGCT-CAA-G-TA--T------AA--A---A-G-GATAAA---G-CC--CCAGA--GTGGC-G----G--TTT--G--G--ATGCT--AACATTTCCAAAGCAGTGACCTCTGTTT--TC---ACATC------T--TG--TTAAA--GTATGCAT--T-G-T--A-T--TTATT
gi|8 : tattcataatcaatggcttggtcatgtttaatgCTCTTCTCTTGCTGCTCTAGTTTCTTCAAA--TTTATCGAATACATCTTCGTGTAGTAT-A-C-T-TTT--GA-TTTTA------------TAC-ATA-TTAG---C--C--------TGAGTATAT--------T-----TA-------T--TT------AACA------ATATG---T-ATAT-GTGCA--TGC--TGTGGTTG-T-----TGTA-----AAATATA-TAT----TATTCT---TGGGATAC-----AT-TT--GT-----TTAC-CC-ATCT--TTTC------TTATGATGTGACGGCT--AG-GA------AG-------AC-------A-----AA-TG-----TTGA-A-TGCA-T-C-G-TT--TACAGTAAC--C---A-G-GTTTGGATTA-TC--CA-----ATGGT-G-T--A--TTA--T--G--agtt
gi|9 : CAAA--TCCATCGAGAACATCTGCGTATAATATTG-C-TTGCT--TT-ATTTT------------TAT-CTAATTTC---TTCC--------TGAGCAT-CACACCAGATAC-A-TG-------A-----------ATA------GTATA---T-AAATAGTGCA--TACCATGTCGTCT-T-----AAAA-----AG----A-GAAGGAATAGTCTGGCGGGAAAAG-----TCCTT--AT-----TAACACT-GTCT--CGTC------CTGTGGTGTGATGGCA--GGTGA------AG-------GG-------C-----GA-TG-----TTGG-T-TGCAGC-C-G-TTAAC------AT--T---A----TTTAA---C-TT--CC-----CTTGCAG-T--A--TTT--T--
Alignments
lowQualScore : 444444444 333333333333333 111111111 33333333333333333333333333333 1111111111111111111111 11111111111111111 222222222222222222222222222222 111111111111111111111 3333333333333333 1111111111 11111111 22 1 22222 2222 11 1 222 22222 222
lowQualScore : 1 1 000000000 1 1 2 0 888 4 3 1 1 1 666666666666666 66 4 666666666 55555 00000000000000000000000000000 3 3 3 5555555555555555555555 9999999 444 2 33 2 2 5555 3 77777 44444444444444444 4 77777 3 33 66666 555 33 666666 0 2 2 33 888888888888888888888888888888 2 55555 888 6666666 2 222222222222222222222 4444444444444444 4444444444 22 44 22 22 1 2 77 33 333 666666 33333333 66 33 2 2 33 2 66 2 5 33 7777 11 3 3 88888 1 1 3333 88 5 000 77777 1 000
lowQualScore : . . ......... . . . . ... . . . . . ............... .. . ......... ..... ............................. . . . ...................... ....... ... . .. . . .... . ..... ................. . ..... . .. ..... ... .. ...... . . . .. .............................. . ..... ... ....... . ..................... ................ .......... .. .. .. .. . . .. .. ... ...... ........ .. .. . . .. . .. . . .. .... .. . . ..... . . .... .. . ... ..... . ...
lowQualScore : 0 0 000000000 0 0 5 3 666 0 0 6 7 7 777777777777777 99 4 999999999 11111 00000000000000000000000000000 8 3 3 3333333333333333333333 8888888 777 7 77 7 9 1111 1 77777 66666666666666666 0 77777 1 99 77777 555 22 888888 1 2 2 11 666666666666666666666666666666 2 33333 111 0000000 1 777777777777777777777 1111111111111111 5555555555 55 33 66 66 6 2 88 11 999 888888 88888888 55 77 7 7 77 7 33 1 7 99 0000 22 3 7 00000 0 0 5555 55 0 555 00000 0 555
consensus : ACGGAGGCGCTGGNTACNTGTCCTTGT--CCNCG-CTTGTTGTACCCTTAATTACTNTTCTCTTGCTGCTCTAGCTTCTGCAAA--GTCATCGAGTACATCTGCGTATAGCATCGC-T-GTT--TT--TTTTA--TAT-A--------TATTTA--T--C--------TG----AGTAT-T--------TCT-G-TG-------T--TT----------TACA------NTATA---C-AC--AT-GTGC-ATGC--TGTCGTAT-T-----TGTA-----AGA-GA-A----TAGTCTGGCGGGGATAC-----TT-TT--AT-----TTACACT-GTCT--CGTT------TTGTGATGTGACGACG-GG-G--A------AG-------AG-------C-----GA-GG-----TTGG-N-TGCA-C-C-G-T------TN-AN--C---A-G-GTTTAA---G-TC--CC-----GTGGC-G-T--A--TTT--T--G--CTACTG--ACCGTTCC-AAGGCGGTGACCCCTGTTG--TC---ACTTC------T--TG--TCTGT--GTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATTNTGATT-ATTCCT--TNTATTAATTGTGTACCTGTGACCTGTGAT-TGTCACGGCT-AC-CATGTCACAGCNACNTATGCAGTTGATAAGGAATCCAGCACCTGTTGAACAATCTGCGGANGGAGAGAAACGTACAGACAAC
Reference ( family-100 ) : ACGGAGGCGCTGGNTACNTGTCCTTGT--CCNCG-CTTGTTGTACCCTTAATTACTNTTCTCTTGCTGCTCTAGCTTCTGCAAA--GTCATCGAGTACATCTGCGTATAGCATCGC-T-GTT--TT--TTTTA--TAT-A--------TATTTA--T--C--------TG----AGTAT-T--------TCT-G-TG-------T--TT----------TACA------NTATA---C-AC--AT-GTGC-ATGC--TGTCGTAT-T-----TGTA-----AGA-GA-A----TAGTCTGGCGGGGATAC-----TT-TT--AT-----TTACACT-GTCT--CGTT------TTGTGATGTGACGACG-GG-G--A------AG-------AG-------C-----GA-GG-----TTGG-N-TGCA-C-C-G-T------TN-AN--C---A-G-GTTTAA---G-TC--CC-----GTGGC-G-T--A--TTT--T--G--CTACTG--ACCGTTCC-AAGGCGGTGACCCCTGTTG--TC---ACTTC------T--TG--TCTGT--GTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATTNTGATT-ATTCCT--TNTATTAATTGTGTACCTGTGACCTGTGAT-TGTCACGGCT-AC-CATGTCACAGCNACNTATGCAGTTGATAAGGAATCCAGCACCTGTTGAACAATCTGCGGANGGAGAGAAACGTACAGACAAC
gi|1 : ACAGAGACGCTGGATACCTGGCCTTGT--CCAAGTCTTGTTGAACCCTTAGTTATTTTTCTCTTGTTGCTCCAGCTTCAGCAAA--GTCGTCAATTATATTTGTGTATTGCATCAC-T-GTT--TC--TTTTA--TAT-C--------TATTTA--T--C--------TG----AGTGT-T--------TCT-G-TG-------T--TT----------TATA------ATATA---C-AC--AT-GTGCAATGT--GGCCGTAT-T-----TGTA-----AGA-GT-T----TAGCCTGGCGGCAATAC-----TT-TT--AT-----TTTCACT-GTCT--CGTC------TTGTTATATGACGATG-GG-G--A------AA-------AG-------C-----GA-GA-----TTGG-T-TGAA-C-C-G-T------TC-AG--C---A-G-GTTTAA---G-T----C-----GTGGC-G-T--A--TTT--T--G--CTGCTG--AACATTCC-CAGGCATTGACCCATGTTG--TC---ATTTC------T--TG--TCTGT--GTACATAT--T-G-T--T-C--TTATTTTAATA-ATTCCT--ATTATTAATTATATACATGTAACTTTGGGTATGTCACAACTCACATATGGTACAATTACTTATA----TGAT--GAAATCCAA-ACCTGTTGAAC-----GCGGAGGGAGAGAA---TACAGACAAC
gi|10 : ATTTA--T--CATCAACTATG----AATGT-T--------TGT-G-TG-------TCTTT----------TACA------CCAAA---C-AC--AC-GTGC-ATTC--TGCCGCAT-T-----TGTA-----ACA-GA----------CCGGTGACAATGC-----TT-TT--AT-----GCACATT-GTCT--CGTT------TTATGATGTG-CGA---GG-C--A------AG-------AG-------C-----AA-GG-----TTGA-A-AGCA-C-CGG-T------TT-AT--C---A-G-GTTTAA---GCTC--CCTCATGGTGG--G-TG-A--CTT--T--T--TTGCTA--ACTGCTTC-AAGGTTTTGACCCCTGCTG--TC---ACTTC------T------TCTGT--t
gi|11 : G-------T--TA----------TACA------CCACA---C-AT--AT-GTGC-ATGA--TGTCGTAT-T-----TGTA-----ATG-GA-A----CAGTCTGGCAGGGATGCGTGTATT-TTCAAT-----TTACACT-GTCT--CGTC------TTGTGATGTGATGAC---------------------------------------------------GG-A-TGAA-C---------------------------GTCTAG---G-TCCTCT-----GTGGA-G-T--C--TTT--T--G--CTACCG--GCTGTTCC-CAGGCGGTTGTCGTTATTG--TC---ACTTC------T--TG--TTTAT--GGATTTAT--T-G-T--A-C--TAA---------AATCTG--TATATTAATTGTa
gi|12 : TTTA--T--C--------TG-----GTTT-TCAAACG--TCT-G-TGCTGCGGGT--TT----------GATA------TTGCA---CTACGAAT-GCAA-ATGT--TGCCACGT-T-----TCTC-----AAA-GC-A----TTTTCTGTCGGGTCTAC-----TT-TT--AT-----TTACGCT-ATCT--TGTT------CTGTGATGTTACGACG-AG-G--AAAGT--AG-------TG-------C-----GA-GA-----TTGG-A-TACA-C-T-G-T------GA-AT--C---G-G-ATTTCC---G-TT--AC-----TTAGT-GAT--AATTTT--T--G--CCATTG--ACCTTTCa
gi|13 : ctcG-----CTGG-C-TGTA-C-C-GCT------TA-AT--C---A-G-GTTTAA---G-TT--CC-----CTGG--G-T--G--TTT--T--G--CTACTG--GTCGTTAC-AAAGTGGCGACATCTAGTG--TC---ACTTC------T--TC--TGTAT--GTCTGTAT--T-G-T--A-CT-TTATTGT-ATA-ATTATT--GTTATTGATTGTGT--TTGTG
gi|14 : caactaggatagggtgtggtggggtaggggtgcgaaggca--AT-----TTACACTTGTTC--TGTT------CTGTGATGTGACAATG-GG-G--GGAATACAG-------AGGA-----T-----GA-G-------TGG-G-TG-A-----G-T------TC-AA--CTGTA-A-GTTTAA---G-CC--CC-----CTAGTTG-T--GG-TTT--TAGG--CTTCTG--ATCATTTC-AAAGC----ATCCCTGTTG--TTGATAATTT------T--TG-----AT--ACATATAT--T-G-T--A-C--TTATTATGATT-ATCCCTGCTTTATggatcgaattagg
gi|15 : T-----TTACA----TCT--CGTT------TTATCACATGGTGACG-AG-T--G------AA-------AG-------C-----GA-GT-----TTGA-C------C-C-A-T------TT-AC--C---A-A-GCTTAA---A-CT--CCATA--GTTGT-G-T--A--TTT--T--G--CCAATA--ACCGTTAC-TAGTTTGTGACTCCTAT-GACTC---AATTC------T--TA--TATATTTGTATATAT--T-T-C--A-C--TTATTGCAATT-ATTCCT--TATATTAGTT
gi|16 : TATA---C-TC--CT-GTGC-AGGT--GACCGTAT-T-----TGTA-----AAA--A-C----TATTCTGACG----TTT-----TT-TT--AT-----TTATACT-GTCT--CGTC------TTGTGATATAACGATG-GA-GGAA------AG-------GG-------T-----AA-GG-----TCG-------A-G-C-G-T------TT-A--------------TAC---T-TT--CC-----ATAGA-G-G--C--TCT--T--G--CTACTGCGACAGTAAC-AATACCATAACCGCTGTTG--TC---
gi|17 : ACGGAGGCGCTGATTACTTGTCTTTATGACCTC------TAGTCCCATTAATTACCGTTCTCTTGCTGCTCTGACTTCTGTAAA--CTTATAGTGTACACATATGTCTAG---------------T--TTTCA--CATAA--------TATTTA--T--C-----------------AT-T--------TCT-GTTG-------T--TT----------TACC------CTAAA---C-AC--AT-TTGT-A
gi|18 : g-GG-G--A------AA-------AG-------------AA-GA-----CAGG-AGTGC--C-C-G-T------TA-AAATC---G-G-ATATAA---GCTC--CT-----GAG-----------TTT--T--A--CTTATG---CCATTTAGAAAGTAACGAATCCTGTTA--TC---ACATC------T--T----CTGT----ATGTAT--T-G-----------ATTATGATT-GTT
gi|19 : cataaataacTAA---G-CT--CCTAA--GTGTC-G-T--T--CTA--T--G--ATACCG--ACCGTTCC-AATGCGTTGACCCTTAATA--CC---GCCTA------T--TC--GGTAT--GTATGTAT--T-G-TACA-C--TTATTATCATT-ATaaatttata
gi|2 : TATATTTC-AC--AC-GTGC--TTC--TGTCGTAT-A-----TGTATATGTATATGA-A----TAATCTGGCGAAGATAA-----AT-TA--AT-----TTATAAT-GTCTAGCGTTATGATTTTCCGATGGGAGGGAG-GG-G--GTG----GG-------GG-------A-----GA-GG-----TTGG-G-TGCA-T-C-G-G------TATAC--C---T-T-GTTCAA---CCTCTACA-----GTGGC-G-T--C--TTT--A--G--CTTCTG--ACCGTTTC-AAGGCG-TGACCTC-ATTG--TT---AGTTC------T--TA--GCTGT--GTAAGTATAAT-GCT--AGC--TT-CCATAATT-ACTCCT--TATATTAACTGTG-ACCTGTGACCTGTGAT-TGCCACGGCT-AC-CATGTCACAGCAACATATGCAGTTGATAAGGAATCTAGCAC---TTAAACAATCTGCAGATAAAAAAAAACGTACAGATAACcaggcctcgcctatacatattatgccctcaaagtgat
gi|20 : gtctctagagtgtTGTTGTACCCGTAATGACTACTCTTTTCCTATCCTTGCTTCGGTAAAAAGT-AC---GTACATCTGCGTATGGCATAAT-T-TTTGTCT--TTTTAAATGT-A--------TATTTA--C--C--------TC----AGTAT-A--------TCT-G-TG-------T--TA----------TACA------ACATA---C-AC--A--GTG
gi|21 : -C-G-T------TG-GG--C---A-C-GTTTGA---G-CC--CCAGA--GTGGC-G-T--A--TTT--C--G--CTACTA--AGAGTACT-AAGGCAGTGATCCCAGGTG--TC---AAGTC------T--TGTATGTGT--GTGTGTAT--T-G-T--A-T--TCATTTTTACTGATTC
gi|22 : T--CGTT------TTATGATG-----ACT-GG-G--A------AG-------AG-------C-----GG-GG-----TTTA-T-TACACC-C-G-T------TT-AC--C---A-G-GTTTGA---A-CT--CCACA--GTGGC-G----A----T--T--G---TAGCG--A---TT-----GGCGGTGATTCCCATTG--TC---ACTAC------T------TCTGT--AT
gi|23 : --CGTC------TTATGGTATGGCTACG-GG-G--A------TG-------GG-------C-----GAGGG-----TTGGTT-TATC-T-C-G-C------TT-A---C---ATG-GTTCAA---G-CC--CTCAA--GTGAC-G-T--C--GTT--T--G--CTTCTG--ACCG
gi|24 : tg-GTTTAA---A-CT--CC-----TCGGCAG-TTGA--TTTGCTA-G--CTACTG--ACCTTTCC-AAGGCAGTGACCCCTGTTA--TC---ACTTC------TACTG--TATAC--GAATGTGG--T-C-T--A-C--TTATTGTgccctatgcatg
gi|25 : at-----GTGGC-G----A--TTT--T--TATCTGCTG--ACCTTTTC-ACGGCAGTCATCTTTGTTG--TC---ATT---------------TCTGT--ATAGGTCT--TGG-T--A-C--TTATT
gi|26 : gagctccacaTATTG--GCCCTTCC-AGGGCGATGCCTCCTGTTG--TC---GCTTC------T------TCTGT--ATAAATGT--T-A-T--A-TAATTATTCTa
gi|3 : TCTA--TAT-A--------CG---A--T--T--------TC----AGT-C-T--------TCTAG-TG-------T--GT----------CACA------TTA-----C-AC--GT-GTGC--TTC--TGTCGTATGTGCACATGTA-----CGA-GA-A----TATCCTGGCGGAGACAA-----AT-TT--ATATAAATGATAAT-GTCT--TGCG------TTATGATTTGTCGACG-GG-G--A------TG-------GGGGGTGGGC-----GA-GG-----TTGG-GGTGCC-C-T-G-G------TC-AT--C---C-TTGTTTAA-----TC--TCTACA-GTGGC-G-T--C--ATT--T--G--CTACTG--ACCGTTCC-AATGCG-TGACCTC-GTTG--TC---AGTTC------T--TA--GCTAT--GTTTGTAT--T-G-T--A-G--TTACCATGATT-ACTCCT--TATATTAATCGTG-ACCTGTGACCTGTGAG-TGTCACTGCT-A---ATGT
gi|4 : aACGGAAGCGCTGGGTACGTGTTCTTGT--CTCCGATTTGCTGTACCCTTAATTA-TATTCATTTGATGCTCTGACTTCTGCTAG--GTTATTGAGTACATGTGCGTATAGCAACACCT-GTTACTT--TTTTA--TGT-ACACATGTCTATCTA--T--C--------TACCTTAGCAG-T--------T---G-TG-------T--TTGCACCGTGCATATA------TTTTA---T-AT--AT-ATAT-ATAG--T-TTATAT-T-----TG---------A-GT-A----TAAT-TGGCAGGGATAT-----TT-TT--AT-----TCACA---------CGTT------TTATGGTAGAACGACATAG-G--A------CT-------AT-------T-----GA-CG-----TTGG-G-Tttgttatatagttgtctta
gi|5 : gACTCTTATTTACTATTATCTT-TTACTCTACTTTGTGCAAA--GTCATCGCGTACAATTGCGTATAGCATCGCTT-GTT--TCG-TTCTA--TAT-A--------GATTTACTT--T--------TG-----GCAA-T--------TTT-A-TG-------T--CT----------TATA------TTATA---C-AT--AT-ATGA-ATGC--TGCCA------------------------------------CGGAGGGGCTTC-----TT-TT--CT-----TTAAAAT--TGT--CGTT------TGGTGACATGTCGACG-GG-G--AT-----AGAGAGGGAAG-------CATGGGGA-GGCTAGATTGG-G-TGCA-C-CTG-T------GC-AA--C---A-A-GTTTAT---GCTC--CCTA---GTG---G-T--AG-TTT--T--G--CTACTG--aacc
gi|6 : aT-A--------TATTTA--C--T--------TG----AACAT-T--------TCT-A-TA-------T--TT----------TACATACTACTTATA---T-AG--AT--TGC-ATTT--TGTCGCAT-T-----TATA-----AGA-AA-G----TAGTCCCTCGGGAATAC-----CT-TT--AT-----CTACATC-AAC---------------GTGGTGTGATAATG-TT-G--G------AG-------TA-------T-----AA-GA-----CTGG-G-TGTA-C-G-A-T------CA-AC--C---A-G-GTT---------------------------T--G--TTT--T--G--ACATTG--GCGGATTT-A--GCAATGATCCCTATTG--TC---ACGTCACAAGTT--TG--TATTTAAGTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATCCTGATA-ATTCTG--CCCATTAGTTATAT-CCTTTAACTT
gi|7 : CT-G-AG-------T--TT----------TGCA------C-GTA---C-AC--GT-GTGC-AGGG--AGTCGTAT-C-----TGTT-----AGA-GG-A----TAGCATGT---AGTTAC-----TT-T---AT-----TTACGTA-GTCT--CGTT------ACATGAAGTGACGACG-GT-A--A------AG-------AG-------G-----GA-GG-----TCGA-G-TGCT-CAA-G-T------AT-AA--A---A-G-GATAAA---G-CC--CCAGA--GTGGC-G----G--TTT--G--G--ATGCTA--ACATTTCC-AAAGCAGTGACCTCTGTTT--TC---ACATC------T--TG--TTAAA--GTATGCAT--T-G-T--A-T--TTATT
gi|8 : tattcataatcaatggcttggtcatgtttaatgCTCTTCTCTTGCTGCTCTAGTTTCTTCAAA--TTTATCGAATACATCTTCGTGTAGTAT-AC-T-TTT--GA--TTTTA--TAC-A--------TATTAG--C--C--------TG----AGTATAT--------T-----TA-------T--TT----------AACA------ATATG---T-AT--AT-GTGC-ATGC--TGTGGTTG-T-----TGTA-----AAA-TATA----TATTATTCTTGGGATAC-----AT-TT--GT-----TTAC-CC-ATCT--TTTC------TTATGATGTGACGGCT-AG-G--A------AG-------AC-------A-----AA-TG-----TTGA-A-TGCA-T-C-G-TTTACAGTA-AC--C---A-G-GTTTGGATTA-TC--CA-----ATGGT-G-T--A--TTA--T--G--agtt
gi|9 : CAAA--TCCATCGAGAACATCTGCGTATAATATTGC-TTGCT--TTATTTTTA--TCT-A---------ATTTC--TTCC--------TG----AGCAT-CACACCAGATAC-A-TG-------A---------------ATA------GTATA---T-AA--ATAGTGC-ATACCATGTCGTCT-T-----AAAA-----AGA-GA-AGGAATAGTCTGGCGGGAAAAG-----TCCTT--AT-----TAACACT-GTCT--CGTC------CTGTGGTGTGATGGCA-GGTG--A------AG-------GG-------C-----GA-TG-----TTGG-T-TGCAGC-C-G-T------T--AA--C---ATT-ATTTAA---C-TT--CC-----CTTGCAG-T--A--TTT--T--
Alignments
lowQualScore : 444444444 333333333333333 111111111 33333333333333333333333333333 1111111111111111111111 11111111111111111 222222222222222222222222222222 111111111111111111111 3333333333333333 1111111111 11111111 22 1 22222 2222 11 1 222 22222 222
lowQualScore : 1 1 000000000 1 1 2 0 888 4 3 1 1 1 666666666666666 66 4 666666666 55555 00000000000000000000000000000 3 3 3 5555555555555555555555 9999999 444 2 33 2 2 5555 3 77777 44444444444444444 4 77777 3 33 66666 555 33 666666 0 2 2 33 888888888888888888888888888888 2 55555 888 6666666 2 222222222222222222222 4444444444444444 4444444444 22 44 22 22 1 2 77 33 333 666666 33333333 66 33 2 2 33 2 66 2 5 33 7777 11 3 3 88888 1 1 3333 88 5 000 77777 1 000
lowQualScore : . . ......... . . . . ... . . . . . ............... .. . ......... ..... ............................. . . . ...................... ....... ... . .. . . .... . ..... ................. . ..... . .. ..... ... .. ...... . . . .. .............................. . ..... ... ....... . ..................... ................ .......... .. .. .. .. . . .. .. ... ...... ........ .. .. . . .. . .. . . .. .... .. . . ..... . . .... .. . ... ..... . ...
lowQualScore : 0 0 000000000 0 0 5 3 666 0 0 6 7 7 777777777777777 99 4 999999999 11111 00000000000000000000000000000 8 3 3 3333333333333333333333 8888888 777 7 77 7 9 1111 1 77777 66666666666666666 0 77777 1 99 77777 555 22 888888 1 2 2 11 666666666666666666666666666666 2 33333 111 0000000 1 777777777777777777777 1111111111111111 5555555555 55 33 66 66 6 2 88 11 999 888888 88888888 55 77 7 7 77 7 33 1 7 99 0000 22 3 7 00000 0 0 5555 55 0 555 00000 0 555
consensus : ACGGAGGCGCTGGNTACNTGTCCTTGT--CCNCG-CTTGTTGTACCCTTAATTACTNTTCTCTTGCTGCTCTAGCTTCTGCAAA--GTCATCGAGTACATCTGCGTATAGCATCGC-T-GTT--TT--TTTTA--TAT-A--------TATTTA--T--C--------TG----AGTAT-T--------TCT-G-TG-------T--TT----------TACA------NTATA---C-AC--AT-GTGC-ATGC--TGTCGTAT-T-----TGTA-----AGA-GA-A----TAGTCTGGCGGGGATAC-----TT-TT--AT-----TTACACT-GTCT--CGTT------TTGTGATGTGACGACG-GG-G--A------AG-------AG-------C-----GA-GG-----TTGG-N-TGCA-C-C-G-T------TN-AN--C---A-G-GTTTAA---G-TC--CC-----GTGGC-G-T--A--TTT--T--G--CTACTG--ACCGTTCC-AAGGCGGTGACCCCTGTTG--TC---ACTTC------T--TG--TCTGT--GTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATTNTGATT-ATTCCT--TNTATTAATTGTGTACCTGTGACCTGTGAT-TGTCACGGCT-AC-CATGTCACAGCNACNTATGCAGTTGATAAGGAATCCAGCACCTGTTGAACAATCTGCGGANGGAGAGAAACGTACAGACAAC
Reference ( family-100 ) : ACGGAGGCGCTGGNTACNTGTCCTTGT--CCNCG-CTTGTTGTACCCTTAATTACTNTTCTCTTGCTGCTCTAGCTTCTGCAAA--GTCATCGAGTACATCTGCGTATAGCATCGC-T-GTT--TT--TTTTA--TAT-A--------TATTTA--T--C--------TG----AGTAT-T--------TCT-G-TG-------T--TT----------TACA------NTATA---C-AC--AT-GTGC-ATGC--TGTCGTAT-T-----TGTA-----AGA-GA-A----TAGTCTGGCGGGGATAC-----TT-TT--AT-----TTACACT-GTCT--CGTT------TTGTGATGTGACGACG-GG-G--A------AG-------AG-------C-----GA-GG-----TTGG-N-TGCA-C-C-G-T------TN-AN--C---A-G-GTTTAA---G-TC--CC-----GTGGC-G-T--A--TTT--T--G--CTACTG--ACCGTTCC-AAGGCGGTGACCCCTGTTG--TC---ACTTC------T--TG--TCTGT--GTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATTNTGATT-ATTCCT--TNTATTAATTGTGTACCTGTGACCTGTGAT-TGTCACGGCT-AC-CATGTCACAGCNACNTATGCAGTTGATAAGGAATCCAGCACCTGTTGAACAATCTGCGGANGGAGAGAAACGTACAGACAAC
gi|1 : ACAGAGACGCTGGATACCTGGCCTTGT--CCAAGTCTTGTTGAACCCTTAGTTATTTTTCTCTTGTTGCTCCAGCTTCAGCAAA--GTCGTCAATTATATTTGTGTATTGCATCAC-T-GTT--TC--TTTTA--TAT-C--------TATTTA--T--C--------TG----AGTGT-T--------TCT-G-TG-------T--TT----------TATA------ATATA---C-AC--AT-GTGCAATGT--GGCCGTAT-T-----TGTA-----AGA-GT-T----TAGCCTGGCGGCAATAC-----TT-TT--AT-----TTTCACT-GTCT--CGTC------TTGTTATATGACGATG-GG-G--A------AA-------AG-------C-----GA-GA-----TTGG-T-TGAA-C-C-G-T------TC-AG--C---A-G-GTTTAA---G-T----C-----GTGGC-G-T--A--TTT--T--G--CTGCTG--AACATTCC-CAGGCATTGACCCATGTTG--TC---ATTTC------T--TG--TCTGT--GTACATAT--T-G-T--T-C--TTATTTTAATA-ATTCCT--ATTATTAATTATATACATGTAACTTTGGGTATGTCACAACTCACATATGGTACAATTACTTATA----TGAT--GAAATCCAA-ACCTGTTGAAC-----GCGGAGGGAGAGAA---TACAGACAAC
gi|10 : ATTTA--T--CATCAACTATG----AATGT-T--------TGT-G-TG-------TCTTT----------TACA------CCAAA---C-AC--AC-GTGC-ATTC--TGCCGCAT-T-----TGTA-----ACA-GA----------CCGGTGACAATGC-----TT-TT--AT-----GCACATT-GTCT--CGTT------TTATGATGTG-CGA---GG-C--A------AG-------AG-------C-----AA-GG-----TTGA-A-AGCA-C-CGG-T------TT-AT--C---A-G-GTTTAA---GCTC--CCTCATGGTGG--G-TG-A--CTT--T--T--TTGCTA--ACTGCTTC-AAGGTTTTGACCCCTGCTG--TC---ACTTC------T------TCTGT--t
gi|11 : G-------T--TA----------TACA------CCACA---C-AT--AT-GTGC-ATGA--TGTCGTAT-T-----TGTA-----ATG-GA-A----CAGTCTGGCAGGGATGCGTGTATT-TTCAAT-----TTACACT-GTCT--CGTC------TTGTGATGTGATGAC---------------------------------------------------GG-A-TGAA-C---------------------------GTCTAG---G-TCCTCT-----GTGGA-G-T--C--TTT--T--G--CTACCG--GCTGTTCC-CAGGCGGTTGTCGTTATTG--TC---ACTTC------T--TG--TTTAT--GGATTTAT--T-G-T--A-C--TAA---------AATCTG--TATATTAATTGTa
gi|12 : TTTA--T--C--------TG-----GTTT-TCAAACG--TCT-G-TGCTGCGGGT--TT----------GATA------TTGCA---CTACGAAT-GCAA-ATGT--TGCCACGT-T-----TCTC-----AAA-GC-A----TTTTCTGTCGGGTCTAC-----TT-TT--AT-----TTACGCT-ATCT--TGTT------CTGTGATGTTACGACG-AG-G--AAAGT--AG-------TG-------C-----GA-GA-----TTGG-A-TACA-C-T-G-T------GA-AT--C---G-G-ATTTCC---G-TT--AC-----TTAGT-GAT--AATTTT--T--G--CCATTG--ACCTTTCa
gi|13 : ctcG-----CTGG-C-TGTA-C-C-GCT------TA-AT--C---A-G-GTTTAA---G-TT--CC-----CTGG--G-T--G--TTT--T--G--CTACTG--GTCGTTAC-AAAGTGGCGACATCTAGTG--TC---ACTTC------T--TC--TGTAT--GTCTGTAT--T-G-T--A-CT-TTATTGT-ATA-ATTATT--GTTATTGATTGTGT--TTGTG
gi|14 : caactaggatagggtgtggtggggtaggggtgcgaaggca--AT-----TTACACTTGTTC--TGTT------CTGTGATGTGACAATG-GG-G--GGAATACAG-------AGGA-----T-----GA-G-------TGG-G-TG-A-----G-T------TC-AA--CTGTA-A-GTTTAA---G-CC--CC-----CTAGTTG-T--GG-TTT--TAGG--CTTCTG--ATCATTTC-AAAGC----ATCCCTGTTG--TTGATAATTT------T--TG-----AT--ACATATAT--T-G-T--A-C--TTATTATGATT-ATCCCTGCTTTATggatcgaattagg
gi|15 : T-----TTACA----TCT--CGTT------TTATCACATGGTGACG-AG-T--G------AA-------AG-------C-----GA-GT-----TTGA-C------C-C-A-T------TT-AC--C---A-A-GCTTAA---A-CT--CCATA--GTTGT-G-T--A--TTT--T--G--CCAATA--ACCGTTAC-TAGTTTGTGACTCCTAT-GACTC---AATTC------T--TA--TATATTTGTATATAT--T-T-C--A-C--TTATTGCAATT-ATTCCT--TATATTAGTT
gi|16 : TATA---C-TC--CT-GTGC-AGGT--GACCGTAT-T-----TGTA-----AAA--A-C----TATTCTGACG----TTT-----TT-TT--AT-----TTATACT-GTCT--CGTC------TTGTGATATAACGATG-GA-GGAA------AG-------GG-------T-----AA-GG-----TCG-------A-G-C-G-T------TT-A--------------TAC---T-TT--CC-----ATAGA-G-G--C--TCT--T--G--CTACTGCGACAGTAAC-AATACCATAACCGCTGTTG--TC---
gi|17 : ACGGAGGCGCTGATTACTTGTCTTTATGACCTC------TAGTCCCATTAATTACCGTTCTCTTGCTGCTCTGACTTCTGTAAA--CTTATAGTGTACACATATGTCTAG---------------T--TTTCA--CATAA--------TATTTA--T--C-----------------AT-T--------TCT-GTTG-------T--TT----------TACC------CTAAA---C-AC--AT-TTGT-A
gi|18 : g-GG-G--A------AA-------AG-------------AA-GA-----CAGG-AGTGC--C-C-G-T------TA-AAATC---G-G-ATATAA---GCTC--CT-----GAG-----------TTT--T--A--CTTATG---CCATTTAGAAAGTAACGAATCCTGTTA--TC---ACATC------T--T----CTGT----ATGTAT--T-G-----------ATTATGATT-GTT
gi|19 : cataaataacTAA---G-CT--CCTAA--GTGTC-G-T--T--CTA--T--G--ATACCG--ACCGTTCC-AATGCGTTGACCCTTAATA--CC---GCCTA------T--TC--GGTAT--GTATGTAT--T-G-TACA-C--TTATTATCATT-ATaaatttata
gi|2 : TATATTTC-AC--AC-GTGC--TTC--TGTCGTAT-A-----TGTATATGTATATGA-A----TAATCTGGCGAAGATAA-----AT-TA--AT-----TTATAAT-GTCTAGCGTTATGATTTTCCGATGGGAGGGAG-GG-G--GTG----GG-------GG-------A-----GA-GG-----TTGG-G-TGCA-T-C-G-G------TATAC--C---T-T-GTTCAA---CCTCTACA-----GTGGC-G-T--C--TTT--A--G--CTTCTG--ACCGTTTC-AAGGCG-TGACCTC-ATTG--TT---AGTTC------T--TA--GCTGT--GTAAGTATAAT-GCT--AGC--TT-CCATAATT-ACTCCT--TATATTAACTGTG-ACCTGTGACCTGTGAT-TGCCACGGCT-AC-CATGTCACAGCAACATATGCAGTTGATAAGGAATCTAGCAC---TTAAACAATCTGCAGATAAAAAAAAACGTACAGATAACcaggcctcgcctatacatattatgccctcaaagtgat
gi|20 : gtctctagagtgtTGTTGTACCCGTAATGACTACTCTTTTCCTATCCTTGCTTCGGTAAAAAGT-AC---GTACATCTGCGTATGGCATAAT-T-TTTGTCT--TTTTAAATGT-A--------TATTTA--C--C--------TC----AGTAT-A--------TCT-G-TG-------T--TA----------TACA------ACATA---C-AC--A--GTG
gi|21 : -C-G-T------TG-GG--C---A-C-GTTTGA---G-CC--CCAGA--GTGGC-G-T--A--TTT--C--G--CTACTA--AGAGTACT-AAGGCAGTGATCCCAGGTG--TC---AAGTC------T--TGTATGTGT--GTGTGTAT--T-G-T--A-T--TCATTTTTACTGATTC
gi|22 : T--CGTT------TTATGATG-----ACT-GG-G--A------AG-------AG-------C-----GG-GG-----TTTA-T-TACACC-C-G-T------TT-AC--C---A-G-GTTTGA---A-CT--CCACA--GTGGC-G----A----T--T--G---TAGCG--A---TT-----GGCGGTGATTCCCATTG--TC---ACTAC------T------TCTGT--AT
gi|23 : --CGTC------TTATGGTATGGCTACG-GG-G--A------TG-------GG-------C-----GAGGG-----TTGGTT-TATC-T-C-G-C------TT-A---C---ATG-GTTCAA---G-CC--CTCAA--GTGAC-G-T--C--GTT--T--G--CTTCTG--ACCG
gi|24 : tg-GTTTAA---A-CT--CC-----TCGGCAG-TTGA--TTTGCTA-G--CTACTG--ACCTTTCC-AAGGCAGTGACCCCTGTTA--TC---ACTTC------TACTG--TATAC--GAATGTGG--T-C-T--A-C--TTATTGTgccctatgcatg
gi|25 : at-----GTGGC-G----A--TTT--T--TATCTGCTG--ACCTTTTC-ACGGCAGTCATCTTTGTTG--TC---ATT---------------TCTGT--ATAGGTCT--TGG-T--A-C--TTATT
gi|26 : gagctccacaTATTG--GCCCTTCC-AGGGCGATGCCTCCTGTTG--TC---GCTTC------T------TCTGT--ATAAATGT--T-A-T--A-TAATTATTCTa
gi|3 : TCTA--TAT-A--------CG---A--T--T--------TC----AGT-C-T--------TCTAG-TG-------T--GT----------CACA------TTA-----C-AC--GT-GTGC--TTC--TGTCGTATGTGCACATGTA-----CGA-GA-A----TATCCTGGCGGAGACAA-----AT-TT--ATATAAATGATAAT-GTCT--TGCG------TTATGATTTGTCGACG-GG-G--A------TG-------GGGGGTGGGC-----GA-GG-----TTGG-GGTGCC-C-T-G-G------TC-AT--C---C-TTGTTTAA-----TC--TCTACA-GTGGC-G-T--C--ATT--T--G--CTACTG--ACCGTTCC-AATGCG-TGACCTC-GTTG--TC---AGTTC------T--TA--GCTAT--GTTTGTAT--T-G-T--A-G--TTACCATGATT-ACTCCT--TATATTAATCGTG-ACCTGTGACCTGTGAG-TGTCACTGCT-A---ATGT
gi|4 : aACGGAAGCGCTGGGTACGTGTTCTTGT--CTCCGATTTGCTGTACCCTTAATTA-TATTCATTTGATGCTCTGACTTCTGCTAG--GTTATTGAGTACATGTGCGTATAGCAACACCT-GTTACTT--TTTTA--TGT-ACACATGTCTATCTA--T--C--------TACCTTAGCAG-T--------T---G-TG-------T--TTGCACCGTGCATATA------TTTTA---T-AT--AT-ATAT-ATAG--T-TTATAT-T-----TG---------A-GT-A----TAAT-TGGCAGGGATAT-----TT-TT--AT-----TCACA---------CGTT------TTATGGTAGAACGACATAG-G--A------CT-------AT-------T-----GA-CG-----TTGG-G-Tttgttatatagttgtctta
gi|5 : gACTCTTATTTACTATTATCTT-TTACTCTACTTTGTGCAAA--GTCATCGCGTACAATTGCGTATAGCATCGCTT-GTT--TCG-TTCTA--TAT-A--------GATTTACTT--T--------TG-----GCAA-T--------TTT-A-TG-------T--CT----------TATA------TTATA---C-AT--AT-ATGA-ATGC--TGCCA------------------------------------CGGAGGGGCTTC-----TT-TT--CT-----TTAAAAT--TGT--CGTT------TGGTGACATGTCGACG-GG-G--AT-----AGAGAGGGAAG-------CATGGGGA-GGCTAGATTGG-G-TGCA-C-CTG-T------GC-AA--C---A-A-GTTTAT---GCTC--CCTA---GTG---G-T--AG-TTT--T--G--CTACTG--aacc
gi|6 : aT-A--------TATTTA--C--T--------TG----AACAT-T--------TCT-A-TA-------T--TT----------TACATACTACTTATA---T-AG--AT--TGC-ATTT--TGTCGCAT-T-----TATA-----AGA-AA-G----TAGTCCCTCGGGAATAC-----CT-TT--AT-----CTACATC-AAC---------------GTGGTGTGATAATG-TT-G--G------AG-------TA-------T-----AA-GA-----CTGG-G-TGTA-C-G-A-T------CA-AC--C---A-G-GTT---------------------------T--G--TTT--T--G--ACATTG--GCGGATTT-A--GCAATGATCCCTATTG--TC---ACGTCACAAGTT--TG--TATTTAAGTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATCCTGATA-ATTCTG--CCCATTAGTTATAT-CCTTTAACTT
gi|7 : CT-G-AG-------T--TT----------TGCA------C-GTA---C-AC--GT-GTGC-AGGG--AGTCGTAT-C-----TGTT-----AGA-GG-A----TAGCATGT---AGTTAC-----TT-T---AT-----TTACGTA-GTCT--CGTT------ACATGAAGTGACGACG-GT-A--A------AG-------AG-------G-----GA-GG-----TCGA-G-TGCT-CAA-G-T------AT-AA--A---A-G-GATAAA---G-CC--CCAGA--GTGGC-G----G--TTT--G--G--ATGCTA--ACATTTCC-AAAGCAGTGACCTCTGTTT--TC---ACATC------T--TG--TTAAA--GTATGCAT--T-G-T--A-T--TTATT
gi|8 : tattcataatcaatggcttggtcatgtttaatgCTCTTCTCTTGCTGCTCTAGTTTCTTCAAA--TTTATCGAATACATCTTCGTGTAGTAT-AC-T-TTT--GA--TTTTA--TAC-A--------TATTAG--C--C--------TG----AGTATAT--------T-----TA-------T--TT----------AACA------ATATG---T-AT--AT-GTGC-ATGC--TGTGGTTG-T-----TGTA-----AAA-TATA----TATTATTCTTGGGATAC-----AT-TT--GT-----TTAC-CC-ATCT--TTTC------TTATGATGTGACGGCT-AG-G--A------AG-------AC-------A-----AA-TG-----TTGA-A-TGCA-T-C-G-TTTACAGTA-AC--C---A-G-GTTTGGATTA-TC--CA-----ATGGT-G-T--A--TTA--T--G--agtt
gi|9 : CAAA--TCCATCGAGAACATCTGCGTATAATATTGC-TTGCT--TTATTTTTA--TCT-A---------ATTTC--TTCC--------TG----AGCAT-CACACCAGATAC-A-TG-------A---------------ATA------GTATA---T-AA--ATAGTGC-ATACCATGTCGTCT-T-----AAAA-----AGA-GA-AGGAATAGTCTGGCGGGAAAAG-----TCCTT--AT-----TAACACT-GTCT--CGTC------CTGTGGTGTGATGGCA-GGTG--A------AG-------GG-------C-----GA-TG-----TTGG-T-TGCAGC-C-G-T------T--AA--C---ATT-ATTTAA---C-TT--CC-----CTTGCAG-T--A--TTT--T--
blockSeqs : T T CTCCGAT C G G AAG T A T A C CACCTGTTACTT AA A CACATGTCT CTT ATCAACTATGAATGTT G A T TTTGCACCGTGCA TACTACT TTT T GA A . ACCA G GCACA TATGTATATGAA G GTGTA C CA ATAAA CTT AG ATGATT T T GA TAGAGAGGGAAGCATGGG G CTAGA AG CACCG C TTACAGTAACCAG GCTCCCTCATG TGATAAT GC AG AT CG T G TT AC GAT ACAAGT TGTATG TT AA G C AC G AA G G TG GCTT T . G ACC A A CAGT AA C . AATCT T ACG
blockSeqs : G G GACCTC C A C C T T A C C TGCTTGCTTTAT . . T TTC TGAGCATCACACCAGA C . . CTGCGGGTTT C . . . . . TC . . AGAGAAGGAA T . . . . TT . . . . . GAATACAGAGGAT . . TT CACCC . TCAACTGTAA ACTCCATA CAGTTGA . A . . C . GG . . . ACTGTA AA . . . . . T A A A TA A . T A
blockSeqs : C A G G C C C G C AATTTTTGTCT . . T T TGGTTTTCAAACG C . . TCTTT C . . . . . GA . . AAATATA T . . . . CT . . . . . TGGGGGGTGGGC . . GG CACCT . TAAAATCGG GCTCCTAA TTGTGG . . . . C . GG . . . TGTT . . . . . . . G G T GT A
blockSeqs : C A G G T C A T T CGCTTGTTTCG . . C T TACCTTAGCAGT C . . TTA T . . . . . GT . . ATGGAA A . . . . CT . . . . . AAGTAGTGC . . A CTCAA . TATACCTT CCTCTACA CAGTA . . . . A . TG . . . TCTG . . . . . . . A C T TA T
blockSeqs : . C . T C C A C T ACTTTTGA . . G T TGAGTATAT C . . TTT C . . . . . GT . . AAAGCA T . . . . CT . . . . . TGGGGGA . . A CAGCC . TCATCCTT GCCCCAGA GTGA . . . . T . CA . . . TATA . . . . . . . A A T TA
blockSeqs : T . . . C . T . . T C TCAGTATA T . . TTA A . . . . . TC . . CGAGAA A . . . . AT . . . . . AGAGC . . A CACT . TTATCAG ACTCCACA AGTC . . . . A . AA . . . TCGG . . . . . . . A T T TA
blockSeqs : . . T T TGAACATT C . . TGT T . . . . . TC . . AGAAAG G . . . . AT . . . . . AAAGC . . C TACC . GAATCGG GCCCTCAA TGTA . . . . A . GT . . . TAGC . . . . . . . T G T CC
blockSeqs : . . T TCAGTCT C . . TCT T . . . . . AG . . AGAGGA G . . . . AT . . . . . AGGGT . . G CATC . TAATCAG TCTCTACA AGGC . . . . T . AG . . . TAGC . . . . . . . G G T
blockSeqs : C TGGCAAT A . . TTT T . . . . . GC . . ACAGA T . . . . TC . . . . . AGAGC . . C TCTC . TTACCAA GCTCCCTA CGTT . . . . C . GG . . . TGTA . . . . . . . C . A
blockSeqs : C ATT . . . TTT C . . . . . TT . . AAAAC G . . . . TA . . . . . TGGGC . . G CCCT . TGGGCAC GCCCCAGA CGTC . . . . T . AG . . . TGTT . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . TTT A . . . . . GG . . AGTA . . . . . CC . . . . . CTATT . . T TACG . TTACCAG ATTATCCA CGTA . . . . C . AG . . . TC . . . . . . . C
blockSeqs : A G . . . . . GC . . . . . . . . CT . . . . . AGTAT . . G CATC . TTACATG GTCCTCT CGTC . . . . C . GA . . . TG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AGAGG . . G AAC . GCAACAA GCTCCT CGTC . . . . T . AA . . . TC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AGACA . . G AGC . CAACCAG GTTAC GTAG . . . . C . AG . . . TC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AGGGC . . G CCC . ATAAAAG GTTCC TGTA . . . . C . G . . . TC .
blockSeqs : . . . . . AAAG . . A CC . TAACATT GCCCC GTG . . . . T . G . . . TC .
blockSeqs : . . . . . . T A . TTA TTTCC CGA . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . ACTCC CGA . . . . .
blockSeqs : CTTCC CGG . . . .
blockSeqs : . TG . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : TACTTGTTTCN**** TGAGCATT********************* GCTCCA********** N*
originalCons : ACGGAGGCGCTGGNTACNTGTCCTTGT--CCNCG-CTTGTTGTACCCTTAATTACTNTTCTCTTGCTGCTCTAGCTTCTGCAAA--GTCATCGAGTACATCTGCGTATAGCATCGC-T-GTT--TT--TTTTA--TAT-A--------TATTTA--T--C--------TG----AGTAT-T--------TCT-G-TG-------T--TT----------TACA------NTATA---C-AC--AT-GTGC-ATGC--TGTCGTAT-T-----TGTA-----AGA-GA-A----TAGTCTGGCGGGGATAC-----TT-TT--AT-----TTACACT-GTCT--CGTT------TTGTGATGTGACGACG-GG-G--A------AG-------AG-------C-----GA-GG-----TTGG-N-TGCA-C-C-G-T------TN-AN--C---A-G-GTTTAA---G-TC--CC-----GTGGC-G-T--A--TTT--T--G--CTACTG--ACCGTTCC-AAGGCGGTGACCCCTGTTG--TC---ACTTC------T--TG--TCTGT--GTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATTNTGATT-ATTCCT--TNTATTAATTGTGTACCTGTGACCTGTGAT-TGTCACGGCT-AC-CATGTCACAGCNACNTATGCAGTTGATAAGGAATCCAGCACCTGTTGAACAATCTGCGGANGGAGAGAAACGTACAGACAAC
finalCons : ACGGAGGCGCTGGNTACNTGTCCTTGT--CCNCG-CTTGTTGTACCCTTAATTACTNTTCTCTTGCTGCTCTAGCTTCTGCAAA--GTCATCGAGTACATCTGCGTATAGCATTACTTGTTTCN----TTTTA--TAT-A--------TATTTA--T--CTGAGCATT---------------------TCT-G-TG-------T--TT----------TACA------NTATA---C-AC--AT-GTGC-ATGC--TGTCGTAT-T-----TGTA-----AGA-GA-A----TAGTCTGGCGGGGATAC-----TT-TT--AT-----TTACACT-GTCT--CGTT------TTGTGATGTGACGACG-GG-G--A------AG-------AG-------C-----GA-GG-----TTGG-N-TGCA-C-C-G-T------TN-AN--C---A-G-GTTTAAGCTCCA----------GTGGC-G-T--A--TTT--T--G--CTACTG--ACCGTTCC-AAGGCGGTGACCCCTGTTG--TC---ACTTC------T--TG--TCTGT--GTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATTNTGATT-ATTCCT--TNTATTAATTGTGN-CCTGTGACCTGTGAT-TGTCACGGCT-AC-CATGTCACAGCNACNTATGCAGTTGATAAGGAATCCAGCACCTGTTGAACAATCTGCGGANGGAGAGAAACGTACAGACAAC
Alignments
lowQualScore : 444444444 11111111111111 111111111 22222222222222222222 11111111 1111111111 111111111 222222222222222222222222222222 111111111 333333333333333333333333333 11111111 111111 1 22222 2222 11 1 222 22222 222
lowQualScore : 1 1 000000000 1 1 2 0 77 0 4 3 1 1 1 99999999999999 77 5 888888888 33333333333333333333 4 44444444 2 333 44 3333333333 9999999 444 2 33 2 2 5555 3 77777 0 77777 1 333333333 4 77777 3 33 66666 555 33 666666 0 55 2 888888888888888888888888888888 2 55555 888 66666 4 2 000000000 66666666666 22 22 111111111111111111111111111 22 44 22 22 1 2 77 33 333 666666 33333333 66 33 2 2 33 2 66 2 5 33 000000 4 66 1 77 3 3 88888 1 1 3333 88 5 000 77777 1 000
lowQualScore : . . ......... . . . . .. . . . . . . .............. .. . ......... .................... . ........ . ... .. .......... ....... ... . .. . . .... . ..... . ..... . ......... . ..... . .. ..... ... .. ...... . .. . .............................. . ..... ... ..... . . ......... ........... .. .. ........................... .. .. .. .. . . .. .. ... ...... ........ .. .. . . .. . .. . . .. ...... . .. . .. . . ..... . . .... .. . ... ..... . ...
lowQualScore : 0 0 000000000 0 0 5 3 99 7 0 0 6 7 7 11111111111111 99 0 222222222 99999999999999999999 0 55555555 8 999 22 5555555555 8888888 777 7 77 7 9 1111 1 77777 2 77777 4 111111111 0 77777 1 99 77777 555 22 888888 1 33 2 666666666666666666666666666666 2 33333 111 33333 2 1 222222222 22222222222 55 55 555555555555555555555555555 55 33 66 66 6 2 88 11 999 888888 88888888 55 77 7 7 77 7 33 1 7 99 555555 0 11 0 77 3 7 00000 0 0 5555 55 0 555 00000 0 555
consensus : ACGGAGGCGCTGGNTACNTGTCCTTGT--CCNCG-CTTGTTGTACCCTTAATTACTNTTCTCTTGCTGCTCTAGCTTCTGC--AAAGTCATCGAGTACATCTGCGTATAGCATCGCTTG-TTTC-TTTTT--ATAT-A--------TATTTA--T--C--------TG----AGCAT-T--------TCT-G-TGT--TT----------TACA------NTATA---C-AC--AT-GTGCA-TGC--TGTCGTAT-T-----TGTA-----AGA-GA-A----TAGTCTGGCGGGGATAC-----TT-TT--AT-----TTACACT-GTCT--CGTT------TTGTGATGTGACGACG--GG-GA------AG-------AG-------C-----GA-GG-----TTGG-N-TGCA-C-C-G-T------TN-AN--C---A-G-GTTTAAG--C--TC--C-----A--G--T-GGC-GT--A--TTT--T--G--CTACT--GACCGTTCC-AAGGCGGTGACCCCTGTTG--TC---ACTTC------T--TG--TCTGT--GTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATTNTGATT-AT------TC-CT--TNTATTAATTGTG-NCCTGTGACCTGTGAT-TGTCACGGCT-AC-CATGTCACAGCNACNTATGCAGTTGATAAGGAATCCAGCACCTGTTGAACAATCTGCGGANGGAGAGAAACGTACAGACAAC
Reference ( family-100 ) : ACGGAGGCGCTGGNTACNTGTCCTTGT--CCNCG-CTTGTTGTACCCTTAATTACTNTTCTCTTGCTGCTCTAGCTTCTGC--AAAGTCATCGAGTACATCTGCGTATAGCATTACTTG-TTTC-NTTTT--ATAT-A--------TATTTA--T--C--------TG----AGCAT-T--------TCT-G-TGT--TT----------TACA------NTATA---C-AC--AT-GTGCA-TGC--TGTCGTAT-T-----TGTA-----AGA-GA-A----TAGTCTGGCGGGGATAC-----TT-TT--AT-----TTACACT-GTCT--CGTT------TTGTGATGTGACGACG--GG-GA------AG-------AG-------C-----GA-GG-----TTGG-N-TGCA-C-C-G-T------TN-AN--C---A-G-GTTTAAG--C--TC--C-----A--G--T-GGC-GT--A--TTT--T--G--CTACT--GACCGTTCC-AAGGCGGTGACCCCTGTTG--TC---ACTTC------T--TG--TCTGT--GTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATTNTGATT-AT------TC-CT--TNTATTAATTGTG-NCCTGTGACCTGTGAT-TGTCACGGCT-AC-CATGTCACAGCNACNTATGCAGTTGATAAGGAATCCAGCACCTGTTGAACAATCTGCGGANGGAGAGAAACGTACAGACAAC
gi|1 : ACAGAGACGCTGGATACCTGGCCTTGT--CCAAGTCTTGTTGAACCCTTAGTTATTTTTCTCTTGTTGCTCCAGCTTCAGC--AAAGTCGTCAATTATATTTGTGTATTGCATCACT-G-TTTC--TTTT--ATAT-C--------TATTTA--T--C--------TG----AGTGT-T--------TCT-G-TGT--TT----------TATA------ATATA---C-AC--AT-GTGCAATGT--GGCCGTAT-T-----TGTA-----AGA-GT-T----TAGCCTGGCGGCAATAC-----TT-TT--AT-----TTTCACT-GTCT--CGTC------TTGTTATATGACGATG--GG-GA------AA-------AG-------C-----GA-GA-----TTGG-T-TGAA-C-C-G-T------TC-AG--C---A-G-GTTTAAG-----TC-----------G--T-GGC-GT--A--TTT--T--G--CTGCT--GAACATTCC-CAGGCATTGACCCATGTTG--TC---ATTTC------T--TG--TCTGT--GTACATAT--T-G-T--T-C--TTATTTTAATA-AT------TC-CT--ATTATTAATTATATACATGTAACTTTGGGTATGTCACAACTCACATATGGTACAATTACTTATA----TGAT--GAAATCCAA-ACCTGTTGAAC-----GCGGAGGGAGAGAA---TACAGACAAC
gi|10 : ATTTA--T--CATCAACTATG----AATGT-T--------TGT-G-TGTCTTT----------TACA------CCAAA---C-AC--AC-GTGCA-TTC--TGCCGCAT-T-----TGTA-----ACA-GA----------CCGGTGACAATGC-----TT-TT--AT-----GCACATT-GTCT--CGTT------TTATGATGTG-CGA----GG-CA------AG-------AG-------C-----AA-GG-----TTGA-A-AGCA-C-CGG-T------TT-AT--C---A-G-GTTTAAG--C--TC--CCTCATG--G--T-GG--GTG-A--CTT--T--T--TTGCT--AACTGCTTC-AAGGTTTTGACCCCTGCTG--TC---ACTTC------T------TCTGT--t
gi|11 : GT--TA----------TACA------CCACA---C-AT--AT-GTGCA-TGA--TGTCGTAT-T-----TGTA-----ATG-GA-A----CAGTCTGGCAGGGATGCGTGTATT-TTCAAT-----TTACACT-GTCT--CGTC------TTGTGATGTGATGAC--------------------------------------------------GG-A-TG-A-A-C-G-T----------C--T---A-G-GTC------C--TC--T--------G--T-GGA-GT--C--TTT--T--G--CTACC--GGCTGTTCC-CAGGCGGTTGTCGTTATTG--TC---ACTTC------T--TG--TTTAT--GGATTTAT--T-G-T--A-C--TAA---------AA------TC-TG--TATATTAATTGTa
gi|12 : GT--TT----------GATA------TTGCA---CTACGAAT-GCAAA-TGT--TGCCACGT-T-----TCTC-----AAA-GC-A----TTTTCTGTCGGGTCTAC-----TT-TT--AT-----TTACGCT-ATCT--TGTT------CTGTGATGTTACGACG--AG-GAAAGT--AG-------TG-------C-----GA-GA-----TTGG-A-TACA-C-T-G-T------GA-AT--C---G-G-ATTTCCG--T--TA--CTT---A--G--T-G---AT--AATTTT--T--G--CCATT--GACCTTTCa
gi|13 : ctctttatctggttttcaaacgtctgtgctgcggG-----CTGG-C-TGTA-C-C-GCT------TA-AT--C---A-G-GTTTAAG--T--TC--C-----C-----T-GG--GT--G--TTT--T--G--CTACT--GGTCGTTAC-AAAGTGGCGACATCTAGTG--TC---ACTTC------T--TC--TGTAT--GTCTGTAT--T-G-T--A-CT-TTATTGT-ATA-AT------TA-TT--GTTATTGATTGTG-T-TTGTG
gi|14 : caactaggatagggtgtggtggggtaggggtgcgaaggca--AT-----TTACACTTGTTC--TGTT------CTGTGATGTGACAATG--GG-GGGAATACAG-------AGGA-----T-----GA-G-------TGG-G-TG-A-----G-T------TC-AA--CTGTA-A-GTTTAAG--C--CC--CCT---A--G--T-TGT-G---G--TTT--TAGG--CTTCT--GATCATTTC-AAAGC----ATCCCTGTTG--TTGATAATTT------T--TG-----AT--ACATATAT--T-G-T--A-C--TTATTATGATT-AT------CC-CTGCTTTATggatcgaattagg
gi|15 : T-----TTACA----TCT--CGTT------TTATCACATGGTGACG--AG-TG------AA-------AG-------C-----GA-GT-----TTGA-C------C-C-A-T------TT-AC--C---A-A-GCTTAAA--C--TC--C-----ATAG--T-TGT-GT--A--TTT--T--G--CCAAT--AACCGTTAC-TAGTTTGTGACTCCTAT-GACTC---AATTC------T--TA--TATATTTGTATATAT--T-T-C--A-C--TTATTGCAATT-AT------TC-CT--TATATTAGTT
gi|16 : TATA---C-TC--CT-GTGCA-GGT--GACCGTAT-T-----TGTA-----AAA--A-C----TATTCTGACG----TTT-----TT-TT--AT-----TTATACT-GTCT--CGTC------TTGTGATATAACGATGGAGG-AA------AG-------GG-------T-----AA-GG-----TCG-------A-G-C-G-T------TT-AT----------ACTT--------TC--CAT---A--G--A-GGC--------TCT--T--G--CTACTGCGACAGTAAC-AATACCATAACCGCTGTTG--TC---
gi|17 : ACGGAGGCGCTGATTACTTGTCTTTATGACCTC------TAGTCCCATTAATTACCGTTCTCTTGCTGCTCTGACTTCTGT--AAACTTATAGTGTACACATATGTCTAG---------------TTTTC--ACATAA--------TATTTA--T-------------------CAT-T--------TCT-GTTGT--TT----------TACC------CTAAA---C-AC--AT-TTGTA-
gi|18 : g--GG-GA------AA-------AG-------------AA-GA-----CAGG-AGTGC--C-C-G-T------TA-AAATC---G-G-ATATAAG--C--TC--C-----------T-GA------G--TTT--T--A--CTTAT--G-CCATTTAGAAAGTAACGAATCCTGTTA--TC---ACATC------T--T----CTGT----ATGTAT--T-G-----------ATTATGATT-GT------T
gi|19 : cataaataacTAAG--C--TC--CTA---A--G--T-GTC-GT--T--CTA--T--G--ATACC--GACCGTTCC-AATGCGTTGACCCTTAATA--CC---GCCTA------T--TC--GGTAT--GTATGTAT--T-G-TACA-C--TTATTATCATT-ATCAGGCCTCGCC--TATACATATTATG-CCCTaaatttata
gi|2 : TATATTTC-AC--AC-GTGC--TTC--TGTCGTAT-A-----TGTATATGTATATGA-A----TAATCTGGCGAAGATAA-----AT-TA--AT-----TTATAAT-GTCTAGCGTTATGATTTTCCGATGGGAGGGAG--GG-GGTG----GG-------GG-------A-----GA-GG-----TTGG-G-TGCA-T-C-G-G------TATAC--C---T-T-GTTCAAC--C--TCTAC-----A--G--T-GGC-GT--C--TTT--A--G--CTTCT--GACCGTTTC-AAGGCG-TGACCTC-ATTG--TT---AGTTC------T--TA--GCTGT--GTAAGTATAAT-GCT--AGC--TT-CCATAATT-AC------TC-CT--TATATTAACTGTG-ACCTGTGACCTGTGAT-TGCCACGGCT-AC-CATGTCACAGCAACATATGCAGTTGATAAGGAATCTAGCAC---TTAAACAATCTGCAGATAAAAAAAAACGTACAGATAACcaaagtgat
gi|20 : gtctctagagtgtTGTTGTACCCGTAATGACTACTCTTTTCCTATCCTTGCTTCGGTAAAAAGT-AC---GTACATCTGCGTATGGCATAATTTT-TGTC-TTTTTAAATGT-A--------TATTTA--C--C--------TC----AGTAT-A--------TCT-G-TGT--TA----------TACA------ACATA---C-AC--A--GTG
gi|21 : -C-G-T------TG-GG--C---A-C-GTTTGAG--C--CC--C-----A--GAGT-GGC-GT--A--TTT--C--G--CTACT--AAGAGTACT-AAGGCAGTGATCCCAGGTG--TC---AAGTC------T--TGTATGTGT--GTGTGTAT--T-G-T--A-T--TCATTTTTACTGAT------TC-
gi|22 : T--CGTT------TTATGATG-----ACT--GG-GA------AG-------AG-------C-----GG-GG-----TTTA-T-TACACC-C-G-T------TT-AC--C---A-G-GTTTGAA--C--TCCAC-----A--G--T-GGC-G---A----T--T--G---TAGC--GA---TT-----GGCGGTGATTCCCATTG--TC---ACTAC------T------TCTGT--AT
gi|23 : --CGTC------TTATGGTATGGCTACG--GG-GA------TG-------GG-------C-----GAGGG-----TTGGTT-TATC-T-C-G-C------TT-A---C---ATG-GTTCAAGCCC--TC--A-----A--G--T-GAC-GT--C--GTT--T--G--CTTCT--GACCG
gi|24 : tg-GTTTAAA--C--TC--C-----------TCGGCAGTTGA--TTTGCTA-G--CTACT--GACCTTTCC-AAGGCAGTGACCCCTGTTA--TC---ACTTC------TACTG--TATAC--GAATGTGG--T-C-T--A-C--TTATTGTgccctatgcatg
gi|25 : atAG--C--TC--C-----ACAG--T-GGC-G---A--TTT--T--TATCTGCT--GACCTTTTC-ACGGCAGTCATCTTTGTTG--TC---ATT---------------TCTGT--ATAGGTCT--TGG-T--A-C--TTATT
gi|26 : gTATT--GGCCCTTCC-AGGGCGATGCCTCCTGTTG--TC---GCTTC------T------TCTGT--ATAAATGT--T-A-T--A-TAATTATTCTa
gi|3 : -T--------TCTAG-TGT--GT----------CACA------TTA-----C-AC--GT-GTGC--TTC--TGTCGTATGTGCACATGTA-----CGA-GA-A----TATCCTGGCGGAGACAA-----AT-TT--ATATAAATGATAAT-GTCT--TGCG------TTATGATTTGTCGACG--GG-GA------TG-------GGGGGTGGGC-----GA-GG-----TTGG-GGTGCC-C-T-G-G------TC-AT--C---C-TTGTTTAAT--C--TCTAC-----A--G--T-GGC-GT--C--ATT--T--G--CTACT--GACCGTTCC-AATGCG-TGACCTC-GTTG--TC---AGTTC------T--TA--GCTAT--GTTTGTAT--T-G-T--A-G--TTACCATGATT-AC------TC-CT--TATATTAATCGTG-ACCTGTGACCTGTGAG-TGTCACTGCT-A---ATGT
gi|4 : atctatatacgatttcagtcACGGAAGCGCTGGGTACGTGTTCTTGT--CTCCGATTTGCTGTACCCTTAATTA-TATTCATTTGATGCTCTGACTTCTGC--TAGGTTATTGAGTACATGTGCGTATAGCAACACCTG-TTACTTTTTT--ATGT-ACACATGTCTATCTA--T--C--------TACCTTAGCAG-T----------T-G-TGT--TTGCACCGTGCATATA------TTTTA---T-AT--AT-ATATA-TAG--T-TTATAT-T-----T---------GA-GT-A----TAAT-TGGCAGGGATAT-----TT-TT--AT-----TCACA---------CGTT------TTATGGTAGAACGACAT-AG-GA------CT-------AT-------T-----GA-CG-----TTGG-G-Tttgttatatagttgtctta
gi|5 : gACTCTTATTTACTATTATCTT-TTACTCTACTTTGTGC--AAAGTCATCGCGTACAATTGCGTATAGCATCGCTTG-TTTC-GTTCT--ATAT-A--------GATTTACTT--T--------TG-----GCAA-T--------TTT-A-TGT--CT----------TATA------TTATA---C-AT--AT-ATGAA-TGC--TGCCA------------------------------------CGGAGGGGCTTC-----TT-TT--CT-----TTAAAAT--TGT--CGTT------TGGTGACATGTCGACG--GG-GAT-----AGAGAGGGAAG-------CATGGGGA-GGCTAGATTGG-G-TGCA-C-CTG-T------GC-AA--C---A-A-GTTTATG--C--TC--CCT---A--G--T-G---GT--AG-TTT--T--G--CTACT--Gaacc
gi|6 : aT-A--------TATTTA--C--T--------TG----AACAT-T--------TCT-A-TAT--TT----------TACATACTACTTATA---T-AG--AT--TGCA-TTT--TGTCGCAT-T-----TATA-----AGA-AA-G----TAGTCCCTCGGGAATAC-----CT-TT--AT-----CTACATC-AAC---------------GTGGTGTGATAATG--TT-GG------AG-------TA-------T-----AA-GA-----CTGG-G-TGTA-C-G-A-T------CA-AC--C---A-G-GTT--------------------------------T--G--TTT--T--G--ACATT--GGCGGATTT-A--GCAATGATCCCTATTG--TC---ACGTCACAAGTT--TG--TATTTAAGTATGTAT--T-G-T--A-C--TTATCCTGATA-AT------TC-TG--CCCATTAGTTATA-TCCTTTAACTT
gi|7 : CT-G-AGT--TT----------TGCA------C-GTA---C-AC--GT-GTGCA-GGG--AGTCGTAT-C-----TGTT-----AGA-GG-A----TAGCATGT---AGTTAC-----TT-T---AT-----TTACGTA-GTCT--CGTT------ACATGAAGTGACGACG--GT-AA------AG-------AG-------G-----GA-GG-----TCGA-G-TGCT-CAA-G-T------AT-AA--A---A-G-GATAAAG--C--CC--CAG---A--G--T-GGC-G---G--TTT--G--G--ATGCT--AACATTTCC-AAAGCAGTGACCTCTGTTT--TC---ACATC------T--TG--TTAAA--GTATGCAT--T-G-T--A-T--TTATT
gi|8 : tattcataatcaatggcttggtcatgtttaatgCTCTTCTCTTGCTGCTCTAGTTTCTTC--AAATTTATCGAATACATCTTCGTGTAGTA-TACT---TTTG-ATTTT--ATAC-A--------TATTAG--C--C--------TG----AGTATAT--------T-----TAT--TT----------AACA------ATATG---T-AT--AT-GTGCA-TGC--TGTGGTTG-T-----TGTA-----AAA-TATA----TATTATTCTTGGGATAC-----AT-TT--GT-----TTAC-CC-ATCT--TTTC------TTATGATGTGACGGCT--AG-GA------AG-------AC-------A-----AA-TG-----TTGA-A-TGCA-T-C-G-TTTACAGTA-AC--C---A-G-GTTTGGA--TTATC--C-----A--A--T-GGT-GT--A--TTA--T--G--agtt
gi|9 : C--AAATCCATCGAGAACATCTGCGTATAATATTGCTTGCTTTA-TTTTT--ATCT-A---------ATTTC--TTCC--------TG----AGCAT-CACACCAGATAC-A-TGA---------------ATA------GTATA---T-AA--ATAGTGCA-TACCATGTCGTCT-T-----AAAA-----AGA-GA-AGGAATAGTCTGGCGGGAAAAG-----TCCTT--AT-----TAACACT-GTCT--CGTC------CTGTGGTGTGATGGCA--GGTGA------AG-------GG-------C-----GA-TG-----TTGG-T-TGCAGC-C-G-T------T--AA--C---ATT-ATTTAAC--T--TC--C-----C--T--T-GCA-GT--A--TTT--T--