lowQualScore                  :                       1                                                                                                  1                                    111                                                                                                                11                                                                           
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lowQualScore                  :           .           .         ....      .    .                     .       ...      . .  .      .                      .           .     .  ..   .    .     ...    .   .           .  .    ....         ..  .   .              ....  ..  ....    ..  . .           .     ..    ..                       .         ..  .                                .    
lowQualScore                  :           4           0         0000      8    8                     8       222      8 8  8      9                      4           5     6  22   6    8     444    7   7           2  6    4444         88  6   0              3333  11  5555    11  1 7           7     88    55                       5         99  1                                1    
consensus                     :  TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTAAGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACACATGGTATGA-TA--CCC-CACCCAGTCA-C-ATTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA----CCTAGAACT-NTC-CTCTAAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAGC-TTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTC-TTTGGTATGACCCGGCCGGGGATCGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
Reference ( gi|4 )            :  TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGGGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTAAGCACTGTCACACTGGAGTATCATGCAGCAGACACATGGTATGA-TA--CCC-CACCTAGTCA-A-ATTACACT-GACACCGGGCCAAC-CAGA----CCTAGAACT-CTC-CTCCAAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAAC-TTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTA-TTTGGTATGACCCGGCCGGGGATTGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
gi|2                          :  TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AATTAT-TCTT-CAGTCATATCGCGACGGTATC-TATTAGA---GACAGT-A-TT-CTAAGCGCTGTCACACTGAAGTATCGTGCCGCAGATACATGTTATGA-TA--CCC--ACCCAGTCA-C-ATTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA----CCTAGAACT-TTC-CTCTAAATGCTAAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGC-TTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTC-TTTGGTATGACCAGGCCGGGGATTGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
gi|3                          :  TGTTGTTGT-AATGTGTTTAGCATCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCACATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTGAGCGCTGTCACACTGGAGTATCAGGCCGCAGACAATTGATATGA-TA--CCC-CACCCAGTCA-C-ATTATACT-GACACCAGGCC--CGCAGA----CCTACAACT-ATC-CTCCAAATGCTTAACACC----AA--GC----GAGG--AAAC-TTCTAGTATCA-ATTTTC-AAGTC-ATTGGCATGACCCAGCTGGGAATCAAACCCACA--AC-ATTCTGCATGCGAGGTGGATGCTTTACCACTA-GACacgc
gi|10                         :  TGTTGCTGT-ATGGCGTTTAGTGACACTTTC----AACAGT-TTTT-CAGTTATATCACGATGGTGTC-TTCTTGA---GAAAGT-A-TA-CTGAGCACTGCCACACTGAAGTATCATGCTGCAGACACATAATATGA-TA--CCC-CACCTAGTCA-T-TTTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA----CCTAGAACT-ATC-CTCTAAATGCTGAGTGCC----AA--GA----GAGG--AAGA-TTCTAGTACCA-TTTTT--AAGTC-TTTGGCATGACACAGCCAGGAATCAAACCAACG--CC-CTTCCACATGCGAGGTGGATGCTCTACCaact
gi|1                          :  TGCTATCGT-AGGGGGGTAAGCGTCGTTTTC----AACATTGTTTT-CTCTCATATCGTGAAGGTGTC-AACTTGA---CACAGT-A-TT-CTAAGCGCTGACACACTGGAATATCATACCGCAGACACATGGTATGA-TA--TCC-AACCCAGTCA-C-ATTATACT-GACACCGGATCGAC-C-GA----CCCAAAAGT-CTC-TTCTAAATGCTGAGCCCT----AA--GC----GAGA--AAGC-TTCTAGTACCA-TTTTTC-ATCTC-TTTGGTATAACTCGACCGGGGATCGAATCTACG--AC-TTTCCGCATACGAGGCGGACGATCTACCGCTA-GACCca
gi|13                         : tTGTTGTTGT-ATGATGTTTAGCATCACCTTC----AACAAT-TTTT-CAGCAATATAACGATAGAGTC-TACTAGA---GATAGT-A-TT-CTAATCGCTGACACACTGGAGTATTATGCCACAGACACATGGTATGA-TA--CCC-CACCCAGTTA-C-AGTATAAG-GACACTGGGCCAAC-AAGA----GCTGTAACT-ATC-CTTTAATTGCTGAATGCCAGCTAA--GT----GACA--AGGC-TTCTAGTACCA-TTTATA-AAGTC-TTTGGTATGACatcgctacg
gi|23                         : tTGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AAATAT-TCTT-CAGTCATATCGCGACGGTATC-TACTAGA---GACAGT-GTTT-CGAATCGCTGTCACACTGAAGTATCGTGCCGCAGACACATGTTATGA-TA--CCC-CACCCAGTCA-C-ATTATAac
gi|16                         : tTGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCATTC----ACCAAT-TGTT-CAG
gi|5                          :    TTGTTGT-ATGGAGTTTATCGTTGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGG---GACAGT-A-TT-CTAAGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACACATGTTATGA-TA--CCC-CACCCAGTCA-C-ATTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA----CCTAGAACT-CTC-CTCTAAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGC-TTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTT-TTTGGTATGACCCGGCCTTGGATTGAACCAACG--AC-CTTCCGCACGCGAGACGAACGCTCTACCACTG-GACCcgtgaagcacaggagtattatgccgcagacatatggtatgataatccatccacccatattatagtgacacgaggccgaccagacctgcctagaactatcctctaaatgttgagctctgagcaaggatgcttctagtgccatatttaagtctgtggtatgaactgttcggggatcga
gi|6                          :    TTATTGT-ATGGTGTTTAGCGT-GTTTTC----AAAAAA-TTTT-CAGTCATATCGCGAAGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTAAGCGCTGTCACAATGGAGTATCATGCCGCAGACACATGGTATGA-TA--CCC-CACCCAGTGA-C-ATTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA----CCTAGAACT-CTC-CTCTAAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGC-TTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTC-TTTGGTATGACCCGGCCGGGGACTGAACCCACG--AA-CTTCCGCATGTGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACCa
gi|15                         :   aTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----TACAAT-TTTT-CAGTCATATTGCGATGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTAAGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACACATGGTATGA-TA--CCC-CACCCAGTCA-C-ATTATACT-GACACTGGGCCGAC-CAGA----CCTAGAACT-CTC-CTCTAAATGCTGAGCATC----AA--GC----GAGG--AAGC-TTTTAGTACCA-TTTTTA-AAGTC-TT
gi|19                         :    TTGTTGTTATGGTGTTAAGCGTCGCTTTC----AACAAT-AATT-TAGTTATATTGCAACTGTGTC-TACTTGA---TACAGT-A-CT-CTA-----TAT-AGA-TGGAGTATCA---A--AGACACATGTTATGA-TA--CCC-CAGCTAGTCG-C-ATTATATT-GACCCCGGGCCGAT-CAGA----ACTAGAACT-ACC-GTCTAAATGCTGAACA-C----AT--GC----ATGGT-AGACGTTCTA
gi|8                          :    tTGTTGT-ATGATGTTTAGCATCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCAAGATGGTGTC-TACTTGA---GA--GT-A-TT-CTGAGCTCTGTCACAATGGAGTATCATGCCGCAGACACATGGTATGA-TA--CCC-CACCCAGTCA-C-ATTATACT-GACACAGGGCCGAC-CAGA----CCTAGAAAT-TTC-CTCTAAATGCTGAGCGTT----AA--GC----AAGG--AAGC-TGCTAATACCT-TTTTTA-GAGTC-TTTGGTTTGACCTGGCCAGGGATTGAACCTACG--AC-CTTCCGCATGTGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACCc
gi|17                         :     TGTTGT-ATGGTGTTTAGTGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-TAGTCATATCGCGACAGTGTC-TATTTGA---AACAGT-A-TT-CTAAGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCATAGACACGTGGTATGA-TA--CCC-CACCAAGTCA-C-ATTATACT-GACACCGGGCCTAC-CAGA----CCTAGAACT-CTC-CTCTAAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAAC-TTCTAGTATCA-
gi|24                         :      GTTGT-ATGGTGTTAAGCGTCACTTTCCAAAAAAAAT------CAGTTATAT-----------------TGA---CACAGT-A-TT-CTAAGCGCTGCCAGACTGGTGTATCATGTTGGAGATGCATTGTATGA-TA--CCC-CACCCAGTCA-C-ATTATACT-AACATCATGTCGAC-C
gi|7                          :    ttgTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGATGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTAAGCGCTGTCACACTGGTGAATCATGCCGCAGACACATGATATGA-TA--CCC-CATCCAGTCA-C-ATTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA----CATAGAACT-CTC-CTCTTAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGC-TTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTC-TTTGGTATGACCCGGCC---GACTGAACCCGCG--AC-CTTCCGCATGCGAGGTGGACGCTCTACCACAA-GACC
gi|20                         :       TTGT-ATGGTGTTTAGTGTTGCTTTC----AACATT-TTTTTCTGCAATATTGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-T-TT-ATAAGCGCTATCACACTGGAGTATCATGCCGCAGATACATTATATGA-TT--CCC-CGTCCAGTCA-C-ATTATACT-GACACTGGGCCGAG-CAAA----CCTAGCACT-ATC-CTCTAAATGTTTAACGCC----AA--GC----GAGacgc
gi|9                          :        gtT-ATGGTATTTGTCGTCGCTTCC----AAAAAT-CTTT-CAGTTATATCGTGTCGATGTC-TGCTTAA---GACTGT-A-TT-CAGAGCGCTGCCACACTGAAGCACCATGTCGCAGATACATACTTTGC-TA--CCC-CACCCAGTCACATATTATACT-GACACTAAGTCGAC-CAGA----CCTAGAACT-ATT-CTCTAAATACTGAGCATC----AA--TT----AAGG--AAGC-TTCTAGTACCA-TTTTCA-GA-TA-GTTTATAAAACCCGACAGGGGATCGAACCCACG--GC-CTTCCACGTGTGAGGCGGACGATCTACAATTA-GACt
gi|21                         :          tgtTGGTGTTAAATGTGACTTT-----AGCGAT-TATT-CAGTTAAACAG-GACTATGTAGTATTTGTTTTGTGAGT-A-TT-GTATGCACTTCCAGAATGTA-TAGTACGCTGTTTATACATG-CATGA-TA--CC----------TA-A-AT----CT-GGTACAAGACAGAC-GAGA----CCTCGAGCA-CAC-GTCTAAATGATGAACATC----AA--G
gi|35                         :               GTGTTTAACATCACTTTC----AACAAT-TTTT-CAATCATAT-----CAGTG-----CTTGG---GGCAGT-A-TT-GTAAGC
gi|12                         :                 GTTTAGCATCGCTTTA----ACCAAT-TTT--CAGTTATATCATGACTGTGTC-TACTTGA---CACTGT-A-TT-CTAAGCACTGTCACACTGGAGTATCATGCTGCAGACACATGGT-------------------------------ACT-GACACTGGACTGAC-CAGA----ACTGAAACC-ATC-CTCTAAATGCTCAGCGCC----AA--GT----GAGG--ACAT-TTCTAAAACC---TTTTA-AAGTC-TTTGGTATGACCCAGCCGAGGATCGAACCTATG--AC-TTTCAGCATGCGAGGTGATCACTCTAACACTA-GACC
gi|37                         :           ttgtcatcatcatcgctgtcTC----GACAAC-TGTT-CAGTCGTACCGCAACGGTATC-TGCCTGA---GAC
gi|22                         :                                     ttaAAT-GTTT-TAGTCATGCCATGACAGTGTC-TATATGA---CACCAC-A-TTAC--AGTGCTGCC-CTCTACAGTATCATATCACCTACACATGACATGA-TAATCTA-CACCT
gi|26                         :                                         ttagcattttGTCATGTCGTGAT--TGTC-TACCTGA---GACAATGA-TA-C--AGCGCTGCCGT-CTACAACATCATGTCACCTACACATGACATGATTA--TCTACACCTtatgacatgataatatacccaattagttatactgacactagactgacc
gi|11                         :                                                                                     GT-A-TT-CTGA-CGCTGCCGCACTGGAGTATCATGCCGTTGACACATGATATGA-TA---CC-CATCCAGTCG-C-ATTATACTGGACAACGGACTGAC-CGGA----CCTAGAACT-ATC-CTCTAAATGCTTAGTGTC----AA--AC----GAGG--AAGC-ATCTAGTACCA-TTTTTC-AAATA-TTTGGTATGACCCAACCGGGGTTCGATCCGACG--AA-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTATCgatgacatgataatatacacaattagttatactgacactagactgacct
gi|28                         :                         tgttgttgttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttAAGCGCTGCCACACTGGTGTATCATGCCGCCGACACATGGTATGA-TA--CCC-CACACATTTA-C-ATTATACT-GACATCGTGCCGAC-CAGA----CGTAG---------------ATGCTGAGCGCC----AA--G
gi|18                         :                                                                                                AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCAGCAGATACATGGTATGA-TA--TTC-CACCCAGTCA-C-ATTGTACT-GACACCGAGCCGAT-CAGA----CCTATAACT-CTG-CTCTAAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--ATGC-TTCTAGTACCA--TTTTA-AAGTC-TTTGGTATGACCCGGCCGGGGATTGAACCCACG--AC-CTTCCGCATACGAGGCGGACGCTCTACCAC
gi|16                         :                                                                                                          CACAGGAGTATTATGCCGCAGACATATGGTATGA-TA--ATC-CATCCACCCA-T-ATTATAGT-GACACGAGGCCGAC-CAGACCTGCCTAGAACT-ATC-CTCTAAATGTTGAGCTCT----GA--GC----AAGG--ATGC-TTCTAGTGCCA-TATTT--AAGTC-TGTGGTATGAACTGTTCGGGGATCGA
gi|14                         :                                                              tgttgttgtatggtgtttagcgtcgcattcaccaattgttcagcgtgaagAGTTTCATGCCTTGGCCATATTGTATGA-TA--GTC-CACCCAGTTG-C-GTTATACT-GACAACGGGCCGAT-CAGA----A--ACAATT-CTC-TT
gi|31                         :                                                                                                                                                            TCA-C-ATTATACT-GACACCGGGCCGAT-CAGA----CCTAGAACT-TTC-CTCTAAATGCTAAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGT-TTCTAGTACCA-TTTTTaagaagatctatcctctttgtcgacctagaactgtcctctaaatgatgagcaccaagcaaagaagcttcaagtatcattttttcaagtctttgttataccctgtcggggatcgaacacatgaaaccttccgcatgtgaggcagaaactctatccttacaccaacgc
gi|25                         :                                                                                                                                                                 -ATTATATT-AACAC-AAACTGAC-CAGG----CCTAGAACT-TTC-CTCCGAATGCTGAGCATC----AA--GC----GAGG--AAGC-TTCAAGTACCA-TTTTC--AAGTT-TTTTATATGATCTGACCGCAAATCAAAACCAC---ACGCTTCCGCATGCGAGAC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                        C-CAGA----CATAAAACTGTTCTCTCTAAATAGTGAACGCC----AA--GG----GAGG--AAGC-TT---ATACCA-TTTTTC-AAGTC-TTTGGT--GATCGGGCTGGGGATCGAACCCAAG--AC-CTCATGCATTCGAGGCAGATGCTCTACC-CCATGACCaac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                            GA----CCTAGAACT-GTC-CTCTAAATGATGAGCACC----AA--GC----AAAG--AAGC-TTCAAGTATCATTTTTTC-AAGTC-TTTGTTAT-ACCCTGTCGGGGATCGAACACATGAAAC-CTTCCGCATGTGAGGCAGAAACTCTATCCTTA-CACC
gi|32                         :                                                                                                             agtttcatgccttggccatattgtatgatagtccacccagttgcgttatactgacaacgggccgatcagaaacaattctcttaagaagatctatcctctttgtcAATGCT---TGTC----AACAGCCTAAGAGGCTAAAC-TT---GTCTTA-ATCTTA-AA-TA-TTTGGTATGACTCGATCGGAAGTCGAG---ACG--AA-CTTaacgc
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                           tctcGCC----AA--GT----GAGG--AAAG-TTCTA--------TTTTATAAGTATTTTGGTGTGAACCAGCCAAAAACAGAAGCCATG--AC-t
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                     gatcaatTCTAGTATCA-TTTTTTTAAGTC-TTTGGTATGACCCAGCCAGAGATGGAACTCATG--AC-CTTTCACGTGCAAGGCAGACACTCTACCACTA-CACCatctcatttgcaatgcactc
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              gaaGGCCGGGGATCGAGCTTATG--AC-CTTTCTCGTGCGAGGTAGACG--CTACCACTT-GGCCac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): AGACAGCCAGCGTAATTTCTACAGCGCTGTCGTGCTTATGAATCATGACGCTGACAAATCTCGTGATATACTATTCTAACCAGTC
Unaligned ( gi|36 ): ATAGAATTCTACATTTAACAATATAAGAGACTGGCTCTACCACTACACCA






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consensus                     :                                                        TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTNTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGATCGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
Reference ( family-77 )       :                                                        TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTNTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGATCGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
gi|1                          :                                                        TGCTATCGT-AGGGGGGTAAGCGTCGTTTTC----AACATTGTTTT-CTCTCATATCGTGAAGGTGTC-AACTTGA---CACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGACACACTGGAATATCATACCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TATCC-A-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGATCGAC-C-GA------CCC----AAAA---GTCTCTTCT-----------------------AAATGCTGAGCCCT----AA--GC----GAGA--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTC-ATCTCTTTGGTATAACTCGACCGGGGATCGAATCTACG--AC-TTTCCGCATACGAGGCGGACGATCTACCGCTA-GACC
gi|10                         :                                                       tTGTTGCTGT-ATGGCGTTTAGTGACACTTTC----AACAGT-TTTT-CAGTTATATCACGATGGTGTC-TTCTTGA---GAAAGT-A-TA-CTG-AGCACTGCCACACTGAAGTATCATGCTGCAGACA-----CATAATATGA-----TACCC-C-----------------ACCTAGT--------------CAT--T-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTATCCTCT-----------------------AAATGCTGAGTGCC----AA--GA----GAGG--AAGATTCTAGTACCA-TTTTT--AAGTCTTTGGCATGACACAGCCAGGAATCAAACCAACG--CC-CTTCCACATGCGAGGTGGATGCTCTACCatcgctacg
gi|11                         :                                                                                                                                           GT-A-TT-CTG-A-CGCTGCCGCACTGGAGTATCATGCCGTTGACA-----CATGATATGA-----TA-CC-C-----------------ATCCAGT--------------CGC--A-----TTATACTGGACAACGGACTGAC-CGGA------CCT----AGAA---CTATCCTCT-----------------------AAATGCTTAGTGTC----AA--AC----GAGG--AAGCATCTAGTACCA-TTTTTC-AAATATTTGGTATGACCCAACCGGGGTTCGATCCGACG--AA-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTATCca
gi|12                         : tgttgttgttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGTTTAGCATCGCTTTA----ACCAAT-TTT--CAGTTATATCATGACTGTGTC-TACTTGA---CACTGT-A-TT-CTA-AGCACTGTCACACTGGAGTATCATGCTGCAGACA-----CATGGTA---------------------------------------------------------------------CT-GACACTGGACTGAC-CAGA------ACT----GAAA---CCATCCTCT-----------------------AAATGCTCAGCGCC----AA--GT----GAGG--ACATTTCTAAAACC---TTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCAGCCGAGGATCGAACCTATG--AC-TTTCAGCATGCGAGGTGATCACTCTAACACTA-GACC
gi|13                         :                                    ttgtcatcatcatcgctgtcTGTTGTTGT-ATGATGTTTAGCATCACCTTC----AACAAT-TTTT-CAGCAATATAACGATAGAGTC-TACTAGA---GATAGT-A-TT-CTA-ATCGCTGACACACTGGAGTATTATGCCACAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------TAC--A-----GTATAAG-GACACTGGGCCAAC-AAGA------GCT----GTAA---CTATCCTTT-----------------------AATTGCTGAATGCCAGCTAA--GT----GACA--AGGCTTCTAGTACCA-TTTATA-AAGTCTTTGGTATGAC
gi|14                         :                                                                                                                                                                      tAGTTTCATGCCTTGGCCA-----TATTGTATGA-----TAGTC-C-----------------ACCCAGT--------------TGC--G-----TTATACT-GACAACGGGCCGAT-CAGAAACAATTCTCTTAAGAAGATCTATCCTCTTTGTCGACCTAGAACTGTCCTCTAAATGATGAGCACC----AA--GC----AAAG--AAGCTTCAAGTATCATTTTTTC-AAGTCTTTGTTAT-ACCCTGTCGGGGATCGAACACATGAAAC-CTTCCGCATGTGAGGCAGAAACTCTATCCTTA-CACCac
gi|15                         :                                                          TTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----TACAAT-TTTT-CAGTCATATTGCGATGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACTGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCATC----AA--GC----GAGG--AAGCTTTTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTaacgc
gi|16                         :                                                        TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCATTC----ACCAAT-TGTT-CAG
gi|16                         :                                                                                                                                                                 CACAGGAGTATTATGCCGCAGACA-----TATGGTATGA-----TAATC-C-----------------ATCCACC--------------CAT--A-----TTATAGT-GACACGAGGCCGAC-CAGACCTG--CCT----AGAA---CTATCCTCT-----------------------AAATGTTGAGCTCT----GA--GC----AAGG--ATGCTTCTAGTGCCA-TATTT--AAGTCTGTGGTATGAACTGTTCGGGGATCGAcgtgaagcacaggagtattatgccgcagacatatggtatgataatccatccacccatattatagtgacacgaggccgaccagacctgcctagaactatcctctaaatgttgagctctgagcaaggatgcttctagtgccatatttaagtctgtggtatgaactgttcggggatcga
gi|17                         :         tgttgttgtatggtgtttagcgtcgcattcaccaattgttcagcgtgaagTGTTGT-ATGGTGTTTAGTGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-TAGTCATATCGCGACAGTGTC-TATTTGA---AACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCATAGACA-----CGTGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCAAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCTAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAACTTCTAGTATCA-
gi|18                         :                                                                                                                                                      -AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCAGCAGATA-----CATGGTATGA-----TATTC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTGTACT-GACACCGAGCCGAT-CAGA------CCT----ATAA---CTCTGCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--ATGCTTCTAGTACCA--TTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGATTGAACCCACG--AC-CTTCCGCATACGAGGCGGACGCTCTACCAC
gi|19                         :                                                          TTGTTGTTATGGTGTTAAGCGTCGCTTTC----AACAAT-AATT-TAGTTATATTGCAACTGTGTC-TACTTGA---TACAGT-A-CT-CTA------TAT-AGA-TGGAGTATCA-----AAGACA-----CATGTTATGA-----TACCC-C-----------------AGCTAGT--------------CGC--A-----TTATATT-GACCCCGGGCCGAT-CAGA------ACT----AGAA---CTACCGTCT-----------------------AAATGCTGAACAC
gi|2                          :                                                       tTGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AATTAT-TCTT-CAGTCATATCGCGACGGTATC-TATTAGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGAAGTATCGTGCCGCAGATA-----CATGTTATGA-----TACCC-------------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTTTCCTCT-----------------------AAATGCTAAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCAGGCCGGGGATTGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACCatgcatggtagacgttctac
gi|20                         :                                                             TTGT-ATGGTGTTTAGTGTTGCTTTC----AACATT-TTTTTCTGCAATATTGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-T-TT-ATA-AGCGCTATCACACTGGAGTATCATGCCGCAGATA-----CATTATATGA-----TTCCC-C-----------------GTCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACTGGGCCGAG-CAAA------CCT----AGCA---CTATCCTCT-----------------------AAATGTTTAACGCC----AA--GC----GAGacgc
gi|21                         :                                                                 gtTGGTGTTAAATGTGACTTT-----AGCGAT-TATT-CAGTTAAACAG-GACTATGTAGTATTTGTTTTGTGAGT-A-TT-GTA-TGCACTTCCAGAATGTA-TAGTACGCTGTTTATA-----CATG-CATGA-----TACCT-A-----------------A---------------------------------AT-CT-GGTACAAGACAGAC-GAGA------CCT----CGAG---CACACGTCT-----------------------AAATGATGAACATC----AA--Gt
gi|22                         :                                                                         TTAGCAT---TTT--------AAT-GTTT-TAGTCATGCCATGACAGTGTC-TATATGA---CACCAC-A-TTAC---AGTGCTGCC-CTCTACAGTATCATATCACCTACA-----CATGACATGATAATCTACAC-CTTATGACATGATAATATACCCAAT--------------TA---G-----TTATACT-GACACTAGACTGAC-C
gi|23                         :                                                        TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AAATAT-TCTT-CAGTCATATCGCGACGGTATC-TACTAGA---GACAGT-GTTT-CGA-ATCGCTGTCACACTGAAGTATCGTGCCGCAGACA-----CATGTTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATA
gi|24                         :                                                           tGTTGT-ATGGTGTTAAGCGTCACTTTCCAAAAAAAAT------CAGTTATAT-----------------TGA---CACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGCCAGACTGGTGTATCATGTTGGAGATG-----CATTGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-AACATCATGTCGAC-C
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                          ttg--A-----TTATATT-AACAC-AAACTGAC-CAGG------CCT----AGAA---CTTTCCTCC-----------------------GAATGCTGAGCATC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCAAGTACCA-TTTTC--AAGTTTTTTATATGATCTGACCGCAAATCAAAACCAC---ACGCTTCCGCATGCGAGAC
gi|26                         :                                                                                                         GTCATGTCGTGAT--TGTC-TACCTGA---GACAATGA-TA-C---AGCGCTGCCGT-CTACAACATCATGTCACCTACA-----CATGACATGAT----TATCTAC-----------------ACCTGATGACATGATAATATACAC--AATTAGTTATACT-GACACTAGACTGAC-Caac
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          C-CAGA------CAT----AAAA---CTGTTCTCTCT---------------------AAATAGTGAACGCC----AA--GG----GAGG--AAGCTT---ATACCA-TTTTTC-AAGTCTTTGGT--GATCGGGCTGGGGATCGAACCCAAG--AC-CTCATGCATTCGAGGCAGATGCTCTACC-CCATGACCt
gi|28                         :                                                                                                                                                     A-AGCGCTGCCACACTGGTGTATCATGCCGCCGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACACATT--------------TAC--A-----TTATACT-GACATCGTGCCGAC-CAGA------CGT----AG---------------------------------------ATGCTGAGCGCC----AA--G
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCTAGTATCA-TTTTTTTAAGTCTTTGGTATGACCCAGCCAGAGATGGAACTCATG--AC-CTTTCACGTGCAAGGCAGACACTCTACCACTA-CACC
gi|3                          :                                                     gaaTGTTGTTGT-AATGTGTTTAGCATCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCACATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTG-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCAGGCCGCAGACA-----ATTGATATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCAGGCC--CGCAGA------CCT----ACAA---CTATCCTCC-----------------------AAATGCTTAACACC----AA--GC----GAGG--AAACTTCTAGTATCA-ATTTTC-AAGTCATTGGCATGACCCAGCTGGGAATCAAACCCACA--AC-ATTCTGCATGCGAGGTGGATGCTTTACCACTA-GACac
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                           T--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAT-CAGA------CCT----AGAA---CTTTCCTCT-----------------------AAATGCTAAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGTTTCTAGTACCA-TTTTTaact
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCT-----------------------CAATGCT---TGTC----AACAGCCTAAGAGGCTAAACTT---GTCTTA-ATCTTA-AA-TATTTGGTATGACTCGATCGGAAGTCGAG---ACG--AA-CTT
gi|33                         :                                                                                                                                               -TT-CTACAGCGCTGTCGTGCTTATGAATCATGACGCTGACAAATCTCGTGATATAC-----TATTC-T-----------------AACCAGT--------------Ct
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agacagccagcgtaatGGCCGGGGATCGAGCTTATG--AC-CTTTCTCGTGCGAGGTAGACG--CTACCACTT-GGCC
gi|35                         :                                                                     GTGTTTAACATCACTTTC----AACAAT-TTTT-CAATCATAT-----CAGTG-----CTTGG---GGCAGT-A-TT-GTA-AGCacgctgc
gi|37                         :                                                                                     TC----GACAAC-TGTT-CAGTCGTACCGCAACGGTATC-TGCCTGA---GAC
gi|4                          :                                                     ttaTGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGGGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCACTGTCACACTGGAGTATCATGCAGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCTAGT--------------CAA--A-----TTACACT-GACACCGGGCCAAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCC-----------------------AAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAACTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTATTTGGTATGACCCGGCCGGGGATTGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
gi|5                          :                                                          TTGTTGT-ATGGAGTTTATCGTTGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGG---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGTTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTTTTTGGTATGACCCGGCCTTGGATTGAACCAACG--AC-CTTCCGCACGCGAGACGAACGCTCTACCACTG-GACC
gi|6                          :                                                          TTATTGT-ATGGTGTTTAGCGT-GTTTTC----AAAAAA-TTTT-CAGTCATATCGCGAAGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACAATGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------GAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGACTGAACCCACG--AA-CTTCCGCATGTGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACCa
gi|7                          :                                                            aTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGATGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGTGAATCATGCCGCAGACA-----CATGATATGA-----TACCC-C-----------------ATCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CAT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------TAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCC---GACTGAACCCGCG--AC-CTTCCGCATGCGAGGTGGACGCTCTACCACAA-GACC
gi|8                          :                                                           TGTTGT-ATGATGTTTAGCATCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCAAGATGGTGTC-TACTTGA---GA--GT-A-TT-CTG-AGCTCTGTCACAATGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACAGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---ATTTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGTT----AA--GC----AAGG--AAGCTGCTAATACCT-TTTTTA-GAGTCTTTGGTTTGACCTGGCCAGGGATTGAACCTACG--AC-CTTCCGCATGTGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACCacgc
gi|9                          :                                                                T-ATGGTATTTGTCGTCGCTTCC----AAAAAT-CTTT-CAGTTATATCGTGTCGATGTC-TGCTTAA---GACTGT-A-TT-CAG-AGCGCTGCCACACTGAAGCACCATGTCGCAGATA-----CATACTTTGC-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CACATA-----TTATACT-GACACTAAGTCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTATTCTCT-----------------------AAATACTGAGCATC----AA--TT----AAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTCA-GA-TAGTTTATAAAACCCGACAGGGGATCGAACCCACG--GC-CTTCCACGTGTGAGGCGGACGATCTACAATTA-GAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GATCAATGCCAAGTGAGGAAAGTTCTATTTTATAAGTATTTTGGTGTGAACCAGCCAAAAACAGAAGCCATGACATCTCATTTGCAATGCACTC
Unaligned ( gi|36 ): ATAGAATTCTACATTTAACAATATAAGAGACTGGCTCTACCACTACACCA






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consensus                     :                                                        TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTNTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGATCGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
Reference ( family-77 )       :                                                        TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTNTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGATCGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
gi|1                          :                                                        TGCTATCGT-AGGGGGGTAAGCGTCGTTTTC----AACATTGTTTT-CTCTCATATCGTGAAGGTGTC-AACTTGA---CACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGACACACTGGAATATCATACCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TATCC-A-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGATCGAC-C-GA------CCC----AAAA---GTCTCTTCT-----------------------AAATGCTGAGCCCT----AA--GC----GAGA--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTC-ATCTCTTTGGTATAACTCGACCGGGGATCGAATCTACG--AC-TTTCCGCATACGAGGCGGACGATCTACCGCTA-GACC
gi|10                         :                                                       tTGTTGCTGT-ATGGCGTTTAGTGACACTTTC----AACAGT-TTTT-CAGTTATATCACGATGGTGTC-TTCTTGA---GAAAGT-A-TA-CTG-AGCACTGCCACACTGAAGTATCATGCTGCAGACA-----CATAATATGA-----TACCC-C-----------------ACCTAGT--------------CAT--T-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTATCCTCT-----------------------AAATGCTGAGTGCC----AA--GA----GAGG--AAGATTCTAGTACCA-TTTTT--AAGTCTTTGGCATGACACAGCCAGGAATCAAACCAACG--CC-CTTCCACATGCGAGGTGGATGCTCTACCatcgctacg
gi|11                         :                                                                                                                                           GT-A-TT-CTG-A-CGCTGCCGCACTGGAGTATCATGCCGTTGACA-----CATGATATGA-----TA-CC-C-----------------ATCCAGT--------------CGC--A-----TTATACTGGACAACGGACTGAC-CGGA------CCT----AGAA---CTATCCTCT-----------------------AAATGCTTAGTGTC----AA--AC----GAGG--AAGCATCTAGTACCA-TTTTTC-AAATATTTGGTATGACCCAACCGGGGTTCGATCCGACG--AA-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTATCca
gi|12                         : tgttgttgttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGTTTAGCATCGCTTTA----ACCAAT-TTT--CAGTTATATCATGACTGTGTC-TACTTGA---CACTGT-A-TT-CTA-AGCACTGTCACACTGGAGTATCATGCTGCAGACA-----CATGGTA---------------------------------------------------------------------CT-GACACTGGACTGAC-CAGA------ACT----GAAA---CCATCCTCT-----------------------AAATGCTCAGCGCC----AA--GT----GAGG--ACATTTCTAAAACC---TTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCAGCCGAGGATCGAACCTATG--AC-TTTCAGCATGCGAGGTGATCACTCTAACACTA-GACC
gi|13                         :                                    ttgtcatcatcatcgctgtcTGTTGTTGT-ATGATGTTTAGCATCACCTTC----AACAAT-TTTT-CAGCAATATAACGATAGAGTC-TACTAGA---GATAGT-A-TT-CTA-ATCGCTGACACACTGGAGTATTATGCCACAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------TAC--A-----GTATAAG-GACACTGGGCCAAC-AAGA------GCT----GTAA---CTATCCTTT-----------------------AATTGCTGAATGCCAGCTAA--GT----GACA--AGGCTTCTAGTACCA-TTTATA-AAGTCTTTGGTATGAC
gi|14                         :                                                                                                                                                                      tAGTTTCATGCCTTGGCCA-----TATTGTATGA-----TAGTC-C-----------------ACCCAGT--------------TGC--G-----TTATACT-GACAACGGGCCGAT-CAGAAACAATTCTCTTAAGAAGATCTATCCTCTTTGTCGACCTAGAACTGTCCTCTAAATGATGAGCACC----AA--GC----AAAG--AAGCTTCAAGTATCATTTTTTC-AAGTCTTTGTTAT-ACCCTGTCGGGGATCGAACACATGAAAC-CTTCCGCATGTGAGGCAGAAACTCTATCCTTA-CACCac
gi|15                         :                                                          TTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----TACAAT-TTTT-CAGTCATATTGCGATGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACTGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCATC----AA--GC----GAGG--AAGCTTTTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTaacgc
gi|16                         :                                                        TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCATTC----ACCAAT-TGTT-CAG
gi|16                         :                                                                                                                                                                 CACAGGAGTATTATGCCGCAGACA-----TATGGTATGA-----TAATC-C-----------------ATCCACC--------------CAT--A-----TTATAGT-GACACGAGGCCGAC-CAGACCTG--CCT----AGAA---CTATCCTCT-----------------------AAATGTTGAGCTCT----GA--GC----AAGG--ATGCTTCTAGTGCCA-TATTT--AAGTCTGTGGTATGAACTGTTCGGGGATCGAcgtgaagcacaggagtattatgccgcagacatatggtatgataatccatccacccatattatagtgacacgaggccgaccagacctgcctagaactatcctctaaatgttgagctctgagcaaggatgcttctagtgccatatttaagtctgtggtatgaactgttcggggatcga
gi|17                         :         tgttgttgtatggtgtttagcgtcgcattcaccaattgttcagcgtgaagTGTTGT-ATGGTGTTTAGTGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-TAGTCATATCGCGACAGTGTC-TATTTGA---AACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCATAGACA-----CGTGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCAAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCTAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAACTTCTAGTATCA-
gi|18                         :                                                                                                                                                      -AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCAGCAGATA-----CATGGTATGA-----TATTC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTGTACT-GACACCGAGCCGAT-CAGA------CCT----ATAA---CTCTGCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--ATGCTTCTAGTACCA--TTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGATTGAACCCACG--AC-CTTCCGCATACGAGGCGGACGCTCTACCAC
gi|19                         :                                                          TTGTTGTTATGGTGTTAAGCGTCGCTTTC----AACAAT-AATT-TAGTTATATTGCAACTGTGTC-TACTTGA---TACAGT-A-CT-CTA------TAT-AGA-TGGAGTATCA-----AAGACA-----CATGTTATGA-----TACCC-C-----------------AGCTAGT--------------CGC--A-----TTATATT-GACCCCGGGCCGAT-CAGA------ACT----AGAA---CTACCGTCT-----------------------AAATGCTGAACAC
gi|2                          :                                                       tTGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AATTAT-TCTT-CAGTCATATCGCGACGGTATC-TATTAGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGAAGTATCGTGCCGCAGATA-----CATGTTATGA-----TACCC-------------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTTTCCTCT-----------------------AAATGCTAAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCAGGCCGGGGATTGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACCatgcatggtagacgttctac
gi|20                         :                                                             TTGT-ATGGTGTTTAGTGTTGCTTTC----AACATT-TTTTTCTGCAATATTGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-T-TT-ATA-AGCGCTATCACACTGGAGTATCATGCCGCAGATA-----CATTATATGA-----TTCCC-C-----------------GTCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACTGGGCCGAG-CAAA------CCT----AGCA---CTATCCTCT-----------------------AAATGTTTAACGCC----AA--GC----GAGacgc
gi|21                         :                                                                 gtTGGTGTTAAATGTGACTTT-----AGCGAT-TATT-CAGTTAAACAG-GACTATGTAGTATTTGTTTTGTGAGT-A-TT-GTA-TGCACTTCCAGAATGTA-TAGTACGCTGTTTATA-----CATG-CATGA-----TACCT-A-----------------A---------------------------------AT-CT-GGTACAAGACAGAC-GAGA------CCT----CGAG---CACACGTCT-----------------------AAATGATGAACATC----AA--Gt
gi|22                         :                                                                         TTAGCAT---TTT--------AAT-GTTT-TAGTCATGCCATGACAGTGTC-TATATGA---CACCAC-A-TTAC---AGTGCTGCC-CTCTACAGTATCATATCACCTACA-----CATGACATGATAATCTACAC-CTTATGACATGATAATATACCCAAT--------------TA---G-----TTATACT-GACACTAGACTGAC-C
gi|23                         :                                                        TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AAATAT-TCTT-CAGTCATATCGCGACGGTATC-TACTAGA---GACAGT-GTTT-CGA-ATCGCTGTCACACTGAAGTATCGTGCCGCAGACA-----CATGTTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATA
gi|24                         :                                                           tGTTGT-ATGGTGTTAAGCGTCACTTTCCAAAAAAAAT------CAGTTATAT-----------------TGA---CACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGCCAGACTGGTGTATCATGTTGGAGATG-----CATTGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-AACATCATGTCGAC-C
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                          ttg--A-----TTATATT-AACAC-AAACTGAC-CAGG------CCT----AGAA---CTTTCCTCC-----------------------GAATGCTGAGCATC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCAAGTACCA-TTTTC--AAGTTTTTTATATGATCTGACCGCAAATCAAAACCAC---ACGCTTCCGCATGCGAGAC
gi|26                         :                                                                                                         GTCATGTCGTGAT--TGTC-TACCTGA---GACAATGA-TA-C---AGCGCTGCCGT-CTACAACATCATGTCACCTACA-----CATGACATGAT----TATCTAC-----------------ACCTGATGACATGATAATATACAC--AATTAGTTATACT-GACACTAGACTGAC-Caac
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          C-CAGA------CAT----AAAA---CTGTTCTCTCT---------------------AAATAGTGAACGCC----AA--GG----GAGG--AAGCTT---ATACCA-TTTTTC-AAGTCTTTGGT--GATCGGGCTGGGGATCGAACCCAAG--AC-CTCATGCATTCGAGGCAGATGCTCTACC-CCATGACCt
gi|28                         :                                                                                                                                                     A-AGCGCTGCCACACTGGTGTATCATGCCGCCGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACACATT--------------TAC--A-----TTATACT-GACATCGTGCCGAC-CAGA------CGT----AG---------------------------------------ATGCTGAGCGCC----AA--G
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCTAGTATCA-TTTTTTTAAGTCTTTGGTATGACCCAGCCAGAGATGGAACTCATG--AC-CTTTCACGTGCAAGGCAGACACTCTACCACTA-CACC
gi|3                          :                                                     gaaTGTTGTTGT-AATGTGTTTAGCATCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCACATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTG-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCAGGCCGCAGACA-----ATTGATATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCAGGCC--CGCAGA------CCT----ACAA---CTATCCTCC-----------------------AAATGCTTAACACC----AA--GC----GAGG--AAACTTCTAGTATCA-ATTTTC-AAGTCATTGGCATGACCCAGCTGGGAATCAAACCCACA--AC-ATTCTGCATGCGAGGTGGATGCTTTACCACTA-GACac
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                           T--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAT-CAGA------CCT----AGAA---CTTTCCTCT-----------------------AAATGCTAAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGTTTCTAGTACCA-TTTTTaact
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCT-----------------------CAATGCT---TGTC----AACAGCCTAAGAGGCTAAACTT---GTCTTA-ATCTTA-AA-TATTTGGTATGACTCGATCGGAAGTCGAG---ACG--AA-CTT
gi|33                         :                                                                                                                                               -TT-CTACAGCGCTGTCGTGCTTATGAATCATGACGCTGACAAATCTCGTGATATAC-----TATTC-T-----------------AACCAGT--------------Ct
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agacagccagcgtaatGGCCGGGGATCGAGCTTATG--AC-CTTTCTCGTGCGAGGTAGACG--CTACCACTT-GGCC
gi|35                         :                                                                     GTGTTTAACATCACTTTC----AACAAT-TTTT-CAATCATAT-----CAGTG-----CTTGG---GGCAGT-A-TT-GTA-AGCacgctgc
gi|37                         :                                                                                     TC----GACAAC-TGTT-CAGTCGTACCGCAACGGTATC-TGCCTGA---GAC
gi|4                          :                                                     ttaTGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGGGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCACTGTCACACTGGAGTATCATGCAGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCTAGT--------------CAA--A-----TTACACT-GACACCGGGCCAAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCC-----------------------AAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAACTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTATTTGGTATGACCCGGCCGGGGATTGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
gi|5                          :                                                          TTGTTGT-ATGGAGTTTATCGTTGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGG---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGTTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTTTTTGGTATGACCCGGCCTTGGATTGAACCAACG--AC-CTTCCGCACGCGAGACGAACGCTCTACCACTG-GACC
gi|6                          :                                                          TTATTGT-ATGGTGTTTAGCGT-GTTTTC----AAAAAA-TTTT-CAGTCATATCGCGAAGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACAATGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------GAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGACTGAACCCACG--AA-CTTCCGCATGTGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACCa
gi|7                          :                                                            aTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGATGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGTGAATCATGCCGCAGACA-----CATGATATGA-----TACCC-C-----------------ATCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CAT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------TAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCC---GACTGAACCCGCG--AC-CTTCCGCATGCGAGGTGGACGCTCTACCACAA-GACC
gi|8                          :                                                           TGTTGT-ATGATGTTTAGCATCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCAAGATGGTGTC-TACTTGA---GA--GT-A-TT-CTG-AGCTCTGTCACAATGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACAGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---ATTTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGTT----AA--GC----AAGG--AAGCTGCTAATACCT-TTTTTA-GAGTCTTTGGTTTGACCTGGCCAGGGATTGAACCTACG--AC-CTTCCGCATGTGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACCacgc
gi|9                          :                                                                T-ATGGTATTTGTCGTCGCTTCC----AAAAAT-CTTT-CAGTTATATCGTGTCGATGTC-TGCTTAA---GACTGT-A-TT-CAG-AGCGCTGCCACACTGAAGCACCATGTCGCAGATA-----CATACTTTGC-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CACATA-----TTATACT-GACACTAAGTCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTATTCTCT-----------------------AAATACTGAGCATC----AA--TT----AAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTCA-GA-TAGTTTATAAAACCCGACAGGGGATCGAACCCACG--GC-CTTCCACGTGTGAGGCGGACGATCTACAATTA-GAC


blockSeqs                     :                                                                 T                     CAAA      .    T                     G       TTT      G T  A   C                                  AATCT    A     TAATC     A TTATGACATGATAATAT       GACATGATAATATA   AT ATTAG       G              G    AACAAT   CTTA    GAT  A      TTGTCGACCTAGAACTGTCCTCT              AGCT  CA  CTAA    CT               T     TT                                      AA  G                                T
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        A     T         . .                       .                .  .           .              .    CCTG     .       .    A      CT                                   .     .   .       .                .     C                                       .   .                                .
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    A      .                                    .     .   .       .                .     A                                       .   .                                .
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    A      .                                    .     .   .       .                .     A                                       .   .                                .
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    A      .                                    .     .   .       .                .     C                                       .   .                                .
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    C      .                                    .     .   .       .                .     A                                       .   .                                .
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    A      .                                    .     .   .       .                .     A                                       .   .                                .
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    C      .                                    .     .   .       .                .     A                                       .   .                                .
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    C      .                                    .     .   .       .                .     C                                       .   .                                .
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        T     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    A      .                                    .     .   .       .                .     C                                       .   .                                .
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blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        A     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    C      .                                    .     .   .       .                .     A                                       .   .                                .
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        T     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    T      .                                    .     .   .       .                .     A                                       .   .                                 
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    G      .                                    .     .   .       .                .     A                                       .   .                                 
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        A     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    A      .                                    .     .   .       .                .     A                                       .   .                                 
blockSeqs                     :                                                                 .                     .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    T      .                                    .     .   .       .                .     A                                       .   .                                 
blockSeqs                     :                                                                                       .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        A     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    C      .                                    .     .   .       .                .     .                                       .   .                                 
blockSeqs                     :                                                                                       .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        A     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    C      .                                    .     .   .       .                .     .                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                       .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    C      .                                    .     .   .       .                .     .                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                       .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        T     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    C      .                                    .     .   .       .                .                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                       .         .    .                     .       .        . .  .   .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    T      .                                    .     .   .                        .                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                               .  .   .                                  .        A     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    A      .                                    .     .                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .                                  .        G     .         . .                       .                .  .           .              .    .        .       .    .      .                                    .     .                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .                                  .        C     .         . .                       .                .  .           .              .                                 .                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .        .     .         . .                       .                .  .           .              .                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                            .                .  .                          .                                                                                                                                                                                             


blockSeqCons                  :                                                        
originalCons                  :                                                        TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTNTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGATCGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
finalCons                     :                                                        TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTNTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGATCGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GATCAATGCCAAGTGAGGAAAGTTCTATTTTATAAGTATTTTGGTGTGAACCAGCCAAAAACAGAAGCCATGACATCTCATTTGCAATGCACTC
Unaligned ( gi|36 ): ATAGAATTCTACATTTAACAATATAAGAGACTGGCTCTACCACTACACCA






Alignments
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Reference ( family-77 )       :                                                        TGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTNTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGATCGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
gi|1                          :                                                        TGCTATCGT-AGGGGGGTAAGCGTCGTTTTC----AACATTGTTTT-CTCTCATATCGTGAAGGTGTC-AACTTGA---CACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGACACACTGGAATATCATACCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TATCC-A-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGATCGAC-C-GA------CCC----AAAA---GTCTCTTCT-----------------------AAATGCTGAGCCCT----AA--GC----GAGA--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTC-ATCTCTTTGGTATAACTCGACCGGGGATCGAATCTACG--AC-TTTCCGCATACGAGGCGGACGATCTACCGCTA-GACC
gi|10                         :                                                       tTGTTGCTGT-ATGGCGTTTAGTGACACTTTC----AACAGT-TTTT-CAGTTATATCACGATGGTGTC-TTCTTGA---GAAAGT-A-TA-CTG-AGCACTGCCACACTGAAGTATCATGCTGCAGACA-----CATAATATGA-----TACCC-C-----------------ACCTAGT--------------CAT--T-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTATCCTCT-----------------------AAATGCTGAGTGCC----AA--GA----GAGG--AAGATTCTAGTACCA-TTTTT--AAGTCTTTGGCATGACACAGCCAGGAATCAAACCAACG--CC-CTTCCACATGCGAGGTGGATGCTCTACCatcgctacg
gi|11                         :                                                                                                                                           GT-A-TT-CTG-A-CGCTGCCGCACTGGAGTATCATGCCGTTGACA-----CATGATATGA-----TA-CC-C-----------------ATCCAGT--------------CGC--A-----TTATACTGGACAACGGACTGAC-CGGA------CCT----AGAA---CTATCCTCT-----------------------AAATGCTTAGTGTC----AA--AC----GAGG--AAGCATCTAGTACCA-TTTTTC-AAATATTTGGTATGACCCAACCGGGGTTCGATCCGACG--AA-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTATCca
gi|12                         : tgttgttgttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGTTTAGCATCGCTTTA----ACCAAT-TTT--CAGTTATATCATGACTGTGTC-TACTTGA---CACTGT-A-TT-CTA-AGCACTGTCACACTGGAGTATCATGCTGCAGACA-----CATGGTA---------------------------------------------------------------------CT-GACACTGGACTGAC-CAGA------ACT----GAAA---CCATCCTCT-----------------------AAATGCTCAGCGCC----AA--GT----GAGG--ACATTTCTAAAACC---TTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCAGCCGAGGATCGAACCTATG--AC-TTTCAGCATGCGAGGTGATCACTCTAACACTA-GACC
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gi|17                         :         tgttgttgtatggtgtttagcgtcgcattcaccaattgttcagcgtgaagTGTTGT-ATGGTGTTTAGTGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-TAGTCATATCGCGACAGTGTC-TATTTGA---AACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCATAGACA-----CGTGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCAAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCTAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGCC----AA--GC----GAGG--AAACTTCTAGTATCA-
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gi|20                         :                                                             TTGT-ATGGTGTTTAGTGTTGCTTTC----AACATT-TTTTTCTGCAATATTGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-T-TT-ATA-AGCGCTATCACACTGGAGTATCATGCCGCAGATA-----CATTATATGA-----TTCCC-C-----------------GTCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACTGGGCCGAG-CAAA------CCT----AGCA---CTATCCTCT-----------------------AAATGTTTAACGCC----AA--GC----GAGacgc
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gi|22                         :                                                                         TTAGCAT---TTT--------AAT-GTTT-TAGTCATGCCATGACAGTGTC-TATATGA---CACCAC-A-TTAC---AGTGCTGCC-CTCTACAGTATCATATCACCTACA-----CATGACATGATAATCTACAC-CTTATGACATGATAATATACCCAAT--------------TA---G-----TTATACT-GACACTAGACTGAC-C
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gi|24                         :                                                           tGTTGT-ATGGTGTTAAGCGTCACTTTCCAAAAAAAAT------CAGTTATAT-----------------TGA---CACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGCCAGACTGGTGTATCATGTTGGAGATG-----CATTGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-AACATCATGTCGAC-C
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gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          C-CAGA------CAT----AAAA---CTGTTCTCTCT---------------------AAATAGTGAACGCC----AA--GG----GAGG--AAGCTT---ATACCA-TTTTTC-AAGTCTTTGGT--GATCGGGCTGGGGATCGAACCCAAG--AC-CTCATGCATTCGAGGCAGATGCTCTACC-CCATGACCt
gi|28                         :                                                                                                                                                     A-AGCGCTGCCACACTGGTGTATCATGCCGCCGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACACATT--------------TAC--A-----TTATACT-GACATCGTGCCGAC-CAGA------CGT----AG---------------------------------------ATGCTGAGCGCC----AA--G
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCTAGTATCA-TTTTTTTAAGTCTTTGGTATGACCCAGCCAGAGATGGAACTCATG--AC-CTTTCACGTGCAAGGCAGACACTCTACCACTA-CACC
gi|3                          :                                                     gaaTGTTGTTGT-AATGTGTTTAGCATCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCACATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTG-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCAGGCCGCAGACA-----ATTGATATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCAGGCC--CGCAGA------CCT----ACAA---CTATCCTCC-----------------------AAATGCTTAACACC----AA--GC----GAGG--AAACTTCTAGTATCA-ATTTTC-AAGTCATTGGCATGACCCAGCTGGGAATCAAACCCACA--AC-ATTCTGCATGCGAGGTGGATGCTTTACCACTA-GACac
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                           T--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAT-CAGA------CCT----AGAA---CTTTCCTCT-----------------------AAATGCTAAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGTTTCTAGTACCA-TTTTTaact
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCT-----------------------CAATGCT---TGTC----AACAGCCTAAGAGGCTAAACTT---GTCTTA-ATCTTA-AA-TATTTGGTATGACTCGATCGGAAGTCGAG---ACG--AA-CTT
gi|33                         :                                                                                                                                               -TT-CTACAGCGCTGTCGTGCTTATGAATCATGACGCTGACAAATCTCGTGATATAC-----TATTC-T-----------------AACCAGT--------------Ct
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agacagccagcgtaatGGCCGGGGATCGAGCTTATG--AC-CTTTCTCGTGCGAGGTAGACG--CTACCACTT-GGCC
gi|35                         :                                                                     GTGTTTAACATCACTTTC----AACAAT-TTTT-CAATCATAT-----CAGTG-----CTTGG---GGCAGT-A-TT-GTA-AGCacgctgc
gi|37                         :                                                                                     TC----GACAAC-TGTT-CAGTCGTACCGCAACGGTATC-TGCCTGA---GAC
gi|4                          :                                                     ttaTGTTGTTGT-ATGGTGTTTAGGGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCACTGTCACACTGGAGTATCATGCAGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCTAGT--------------CAA--A-----TTACACT-GACACCGGGCCAAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCC-----------------------AAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAACTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTATTTGGTATGACCCGGCCGGGGATTGAACCCACG--AC-CTTCCGCATGCGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACC
gi|5                          :                                                          TTGTTGT-ATGGAGTTTATCGTTGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGACGGTGTC-TACTTGG---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGTTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTTTTTGGTATGACCCGGCCTTGGATTGAACCAACG--AC-CTTCCGCACGCGAGACGAACGCTCTACCACTG-GACC
gi|6                          :                                                          TTATTGT-ATGGTGTTTAGCGT-GTTTTC----AAAAAA-TTTT-CAGTCATATCGCGAAGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACAATGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------GAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCCGGGGACTGAACCCACG--AA-CTTCCGCATGTGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACCa
gi|7                          :                                                            aTTGT-ATGGTGTTTAGCGTCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCGCGATGGTGTC-TACTTGA---GACAGT-A-TT-CTA-AGCGCTGTCACACTGGTGAATCATGCCGCAGACA-----CATGATATGA-----TACCC-C-----------------ATCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACCGGGCCGAC-CAGA------CAT----AGAA---CTCTCCTCT-----------------------TAATGCTGAGCGTC----AA--GC----GAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTTA-AAGTCTTTGGTATGACCCGGCC---GACTGAACCCGCG--AC-CTTCCGCATGCGAGGTGGACGCTCTACCACAA-GACC
gi|8                          :                                                           TGTTGT-ATGATGTTTAGCATCGCTTTC----AACAAT-TTTT-CAGTCATATCAAGATGGTGTC-TACTTGA---GA--GT-A-TT-CTG-AGCTCTGTCACAATGGAGTATCATGCCGCAGACA-----CATGGTATGA-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CAC--A-----TTATACT-GACACAGGGCCGAC-CAGA------CCT----AGAA---ATTTCCTCT-----------------------AAATGCTGAGCGTT----AA--GC----AAGG--AAGCTGCTAATACCT-TTTTTA-GAGTCTTTGGTTTGACCTGGCCAGGGATTGAACCTACG--AC-CTTCCGCATGTGAGGCGGACGCTCTACCACTA-GACCacgc
gi|9                          :                                                                T-ATGGTATTTGTCGTCGCTTCC----AAAAAT-CTTT-CAGTTATATCGTGTCGATGTC-TGCTTAA---GACTGT-A-TT-CAG-AGCGCTGCCACACTGAAGCACCATGTCGCAGATA-----CATACTTTGC-----TACCC-C-----------------ACCCAGT--------------CACATA-----TTATACT-GACACTAAGTCGAC-CAGA------CCT----AGAA---CTATTCTCT-----------------------AAATACTGAGCATC----AA--TT----AAGG--AAGCTTCTAGTACCA-TTTTCA-GA-TAGTTTATAAAACCCGACAGGGGATCGAACCCACG--GC-CTTCCACGTGTGAGGCGGACGATCTACAATTA-GAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GATCAATGCCAAGTGAGGAAAGTTCTATTTTATAAGTATTTTGGTGTGAACCAGCCAAAAACAGAAGCCATGACATCTCATTTGCAATGCACTC
Unaligned ( gi|36 ): ATAGAATTCTACATTTAACAATATAAGAGACTGGCTCTACCACTACACCA