lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 22222222 1 1111111 1 111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 1 111111 11 666666666666666666666666666666666666666666666 7777
lowQualScore : 6 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 3 3 00000000 1 4 3 4 0 3 3 0000000 0 555555555555555555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777 2 0 4 6 0 3 3 2 2 77777 777 0 2 33 4 888888 6 333333 2 2 1 2 55 2 4 0 66666 4 99 333333333333333333333333333333333333333333333 77 6 6666
lowQualScore : . ........................................................................................................................................................................................................... .... . . ........ . . . . . . . ....... . .................. ......................................................... .... . . . . . . . . . ..... ... . . .. . ...... . ...... . . . . .. . . . ..... . .. ............................................. .. . ....
lowQualScore : 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777 6 6 99999999 8 3 3 8 4 3 3 8888888 0 555555555555555555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 2 2 5 2 8 1 1 9 9 11111 999 4 9 99 4 222222 8 555555 9 9 9 5 44 4 4 6 77777 6 00 333333333333333333333333333333333333333333333 77 0 0000
consensus : GTTTTATTGTTTAAAAAAAACAT-TAAA-ATATATTAAA-TGAACCGACTCATTTCATGCTTTAATTTGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCTTCAGTAAA----GGNANATGTAGATTNTAGCATT--AA-AATGGA-GAAATCAT--TCAT-------ACAAATA-AA---TTTG--AAA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATTNAGCGTCATTTTT-ATGCCATCGAGGGC-TAACA-G-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTT--------TC--------CTG----------G--G----------A----------T----------T----------AACCA----GTNCTCGAGCACACCCCATCTCCGC-AAGTAA-CTGATAAC-TTTCCCA-CT-TG-----AAT---CAGCG-GTGAG--AGACGAA------TGATAATG-----AGACGCAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACT-----GAGCTAATCGGGCCCGG--C----AAT-TTG--A-A----GAAAA------AT----T-AA--TGAACATTNNGATATGTTTTTTGAACAATTT
Reference ( gi|1 ) : GTTTTACT-----AAAGGTATATCTAAATATGTATTAAAATGAACAAAATCATTTC-TNNNNNNNNNNGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGTTTTACTAAA----GGTATATCTAAAT-AT-GTATT--AA-AATGAACGAAATCAT--TTCT-------ACAAATA-AA---TTTG--AGA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATTTAGCGTCATTTTT-ATGCCTTCGAGGGC-TAACA-G-------ACGATCAGTTAACCTAACAACTGTT--------TC--------CTG----------G--G----------A----------T----------T----------AACCA----GTACTCGAGCACACCCCATCTCCGC-AA-TAA-CTGATAAC-TTTCCCA-CT-TG-----AAT---CAGTG-GTGAG--ATACGAA------TGCTAATA-----AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGGATCCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTTACCGACT-----GAGCTAATCGGGTCCGG--C----AAT-TTGAGA-A----GAAAA------AT----T-AA--TGAACATTGAAATACGTTTT---GACAATTTCGATACATCAAAAGTTGT
gi|8 : GTTTTATTGTTTAAAAAAAACAT-TAAA-ATATATTAAA-TGAACCGACTCATTTCATGCTTTAATTTGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGAGATGTAGAT-CTAGCATTCAAA-AAT---CAAAGTCA-----AC-------ACAAACA-AACGTTTTG----------------T----TTA-TTTGTTTG--------AATAATAAGTGTCATTTGT-ATTCCATCGAGGGC-TCACA-G-------ACGAGCAGTTAACCTTACCCCTCTC--------CC--------CTG----------G--G----------A----------T----------CTTGAAAAGTGAACCA----GTACTCTAGCACACCA-ATCTGTAC-AAGTAA-CTGGTTAC-TTTTTAAATT-TA-----AATAGGCAGTGAGAGAGGAAGACGAA------TTATAATG-----AGACACAATGTCGT
gi|16 : AGCTTCAGTAAA------TATAT--AAATTAT-G-ATT--GATAATGGA--AAAT-ATGATTAT-------CCAAGT---------TG--AAA-----------T----TGA-TT-AATTG--------AATGTTTAGTGTCATTTTT-ATGCCATCGACATC-TAACA-T-------ATGATTAG
gi|12 : taaatgcaactgtttaaatactactccaaatccaaactatacATT--AA-AATA---GAAAT-AT--------------CATATATAA---TTTGTCAGATA----G---ATAG--TGA-TC-AATGG--------AATGTTAA---------------CCTT--AGGTCGTAATAAG-------ACTATT------CTTAAAAACGGTT--------------------G----------GT-G----------A----------A----------T----------A-CCACCCTGTACTCGAGCACA-CCTATCTCCGT-AAGGAA-CTGATAAC-T--------T-TA-----AAT---CAGCG----------AC--A------T-----TG-----AGACACTATGCTGTATATAG-ATCAAT-ACG------GTT------------ATTCAAACTCTCGTTCCATGACTTGATAGTCAGACATTCTATCGACT-----GAGTTTACCTGGCCTGG--C----AAA-TTGcggtacttgaat
gi|6 : A-AATGAAGGG---CAT--TCCTGAGATATACAAA-A-TA---TTAA--AAA-A----GTCAATACCATGA-TT-AATTG--------AATATTTAGCATCATTTTT-ATGCCATCGAGGGC-TAACA-G-------ACAATCAATTAACCTAACCACTCTT--------TC--------CTG----------G--GTTCCTGAAAGA----------T----------T----------AACCA----GTTCTCGAGCACACCCCATCTCCGC-AAGTAT-GTGATAAC-TTTCCCA-CT-TG-----AAT---CAGCG-GTGAG--AGACGAA------TGATAATG-----AGACACAATGTTGTATATCA-ATCATC-ACAGAGACTGGTGCCTGGCAGGG--TTCAAACTCACTACCCCTGGATTGAAAGTTAGAAGCGTTACTGACT-----GAGCTAATCGGACCCGG--C----AAT--------------ACCA------GT----T-TACTTGAAAATTATGATATGTTTTTTGAACAATTTtacggggttaaaataaat
gi|7 : aacatggAAATA-AT---CTTC--AAA-ATTTTG---AT----TGAATT-GATTG--------AATATTTAGCGTCATTTTTTATGCCATCGAGGGC-TAACA-G-------ACGATCACTTAACCTAACCACTGTT--------TC--------CTG----------G--G----------A----------T----------T----------AACCA----GTTCTCAAGCACATCCTGTCTCCGT-AAGTAA-CTGATAAC-TTTCCCA-CT-TG-----AAT---CAGTG-GTGAG--AGACGAG------TGATAATT-----AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-TTGGAGACTGTTGCCGGGCGGAGGATTCGAACTCAAGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCTAATCGGACCCGG--CTCAAAAT-TTT-GA-A----GGAgcaactaagattgta
gi|2 : tcaaaattctgagggatttgaaaccaccatttttgaggactgatgatatca-A----G---AT----TGA-TT-GATTGACTGATTAAATAGTAAGCGTCA-TATT-ATGCCATCGAAGGC-TAACA-G-------ACGATTATTTAATATAGCCACTATT--------TC--------CTGTGATTCTTGAA--G----------A----------T----------T----------AATCA----GTACTCGAGCACA--CTAT----GC-AAGTAA-CTGA-AACATTTCCCA-AT-GG-----AAC---CAGTG-GTGAG--AGAAGAA------TGCTTATG-----AGACGCAATGTCGTATATCA-ACCGTC-GCGGAGATTGTGGCCGGGT-GGGAATTCGAACTGACGACCCCTGAATTGATAGTCAGACACGCTAACGACT-----GAGCTAATCGAACCCGG--C----Atatggccac
gi|3 : aacatatgttgaacccaaactaagacgttagataatatgtgttaaatgcttacatatactatatgcaaaaatatataaagttatatcttatcactatatataggtgatgcaatatt-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------GGTGTTTAGCGTCATGTTT-ATGCCATCGAGATC-TAACA-G-------ATGATCAGTTAACTTAGCTACTCTTTTCATGGATC--------CTG----------G--G----------AGG--------T----------T----------AAACA----GTTTTCGAACACACCTTATATCCGA-AATTAA-CTGACAAC-TTTCCCA-CTGTACTTACAAA---CAGCG-GTGAG--AGACGAA------TGATAATG-----AGACGCAATTTCATATATCA-ATCATC-ATGGAGAATGTGGTCAGGC-TGAGATGTGTATTCATGGCCTCTGGGTTGATAGTTAGACGCAGTACGGGCT-----GAGAAAATAGAGTCCAG--C---------TGATATATTTTGAAAA------AT----T-AA---AAACAtacaatattagaatacagctacgttcgatcttaataactgggaattacctcgtattatgatccataacgttctg
gi|11 : tttttcagaaaatgttgtaaaacggtaggtcagaataaatgttattcagttttatttccaaatataattcacttatagcaatggctgatgagttatctgaatggcaaatatttgcctattt----G---AT----TGA-TT-TATTG--------AATATTAAGGGTCATTT---ATGCCATCGAGGGC-TAACA-G-------ACGATCAGTTATCCTAACGACTGTT--------TCTTTGGATCCTG----------GAAG----------G----------T----------T----------AACCA----GTTCTCGAGCACACCCCATCTCCGC-AAATAA-CTGATAAC-TT-CCCA-CT-TG-----AAT---CAGCG-GTGAG--AGACTAA------TGATAATG-----AGACGCAATGTCGTATATCA-ACCACC---------------CGGGTGGGG-ATTCGAACTCAAGCCCGCTTGATTGAAAGTCTGACGTGCTAACGACT-----GAGCTAATCGGACCTGG--C----CAC-TTATGA-A----GAAAA------accgtcatgttt
gi|4 : tatgaatgttacacgtctgcatacacttatacagattgactgattgact---AT----TCA-TT-GATTG--------AATATTTAGCGTTAGTTTT-ATGCCATAGAGG-C-TAACA-G-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTT--------TC--------CTG----------G--G----------A----------T----------C----------AACCA----GTACTTGAGCACACCCCATCT-CGCAAA-TAA-CTGATAAC-TTTCCCA-CT-TG-----AAT---CAGTG-GTGAG--AGACGAA------TGATAATG-----AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGATGCCGGG-AGGTGATTACAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCTATTCGGGCCCGG--tatc
gi|5 : tcccaacaacaatccagaggtcgtttttaccagcaattcttgagaaaattctaagacttaagcttgaaaatcaaaatttcaacgatcggtttctattgtaccatgacatatagaataattgtgagagtttatttgactacatattaggtgtctctacatgcttgca---AT----TGA-TT-AATTGATTT----AATATTTAGCTTTA-TTTT-ATGCCATCGAGGGC-TAACA-G-------ACGATCAGTTAACCTAACAACTGTT--------TC--------CTG----------G--G----------ATCCTGGAAGGT----------T----------AACCA----GTACTCGAGCACATCCCATCTCCGA-AAGTAA-CTGATAAT-TTTCCCA-CT-CG-----GAT---CAGTG-GTGAG--GGACGAC------TGATAATG-----AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ATGGAGACTGTTGCCGGGC-GGGAATCCGAACTCACGACCGCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCAAATCAGGCCCGG--C----AA
gi|9 : cggttcctagtttattgtgtcttatagtaaaactgttttcttactgtgtatcatacagaacgttac---AT----TGA-TT-AATTG--------AATACTCAGCATCATTTTT-ATGACATTGAGAGT-TAACA-G-------ATGATCAGTTAACCTAACCACTGTT--------TC--------CTGTTA-------A--G----------A----------T----------T----------AACCA----GTGTTCCAGCACACCTCATTTCCGC-AAGTAG-TTGATTAA-TTTCTCA-CT-TG-----AAA---CAGCA-GTGAT--AGACAAA------TGATAATG-----AGATGCAATGTCCTATATCA-ATCATC-ATGG----T-----------GGGGATTCAAACTCATGATCCTTATCTTGATAGTCAGACATGCTACCTACT-----GAGCTAATTGGGCCTAG--C----aacataacaacattcgggtacagtatcttattaactttaaatat
gi|10 : tttttcaatgtactgttagatcgtccT-ATGCCATTGAGGGC-TAACA-GCTAACAGATGATCAGTTAACCTAACCACTGTT--------TC--------CTG----------G--G----------A----------TCCTGAAAGGCT----------AACAA----CTACTCTAGCATACCCCACCTCCACAAA-CAA-CTGATGAC-TTTCCTG-CT-TG-----AAT---CAGCG-TTGAG--ACACGAA------TG---------------ATAATGTTGTCTTTCA-ATTGTC-ATGGAGACTGTTGCCGGGC-GGGGATTCGAACTCA-----CCTGGATTATTAGTCGGACGTGCTACCAAGTTAGCAGAGGTTATCAGGCCCGG--C----ttaaactgttcattgtactgttagggacacaactggtattgtttatcaacttcaacatatt
gi|17 : --G----------G----------T----------T----------AACCA----GGGCTCGAGCTCACCT-ATCTCCGC-AA-AAAACTGGTAAC-TTTCCTA-CT-TG-----AAT---CAGCG-GTGAG--AGACAAA------TGATAATG-----AAGCGCAATGTCCTATATCA-ATTGTC-TCGAAGACTGCCAGCGGGC-AGGGATTCGACCTCACGGCCCCTGGTTTGATAGTccacacaaataaggataagacaacgcatggtttataaaagtataggatatatcaaaacatgtatatgtgcagattcagagaagggaaagagagttc
gi|13 : gtaaACACCAGATCTCTGC-AAGTCG-CTGACTAC-TTGCCCA-CA-T-------ATG--CAAAG-GTG-G--A----AG------TG-TCATAGCCGTAGAAGGAAGCTCGTG-GCCA-ATCATC-ACAGAGAATGTAGCCTGGCAGAGAATC-GAACTCACGACTCCTATATTGACCGTCAGACGGGTTAACGACT-----ACGCCAGAAGGGTTCGGTAC----ACT-ATGA-A-C----GTAAACAGGACATCATGT-AA--TGAACATTTAAA
gi|15 : aA-TT-TG-------T---CTGTG-G-GAA--ATATGAAACAATGTGATAATG-----AGACGCAATGTCTAATATCATAT--TCTACGGAGAGTGTGGTCGGGCG-GGGATTCGAACTCGCGACCCATGGATTGAAAG--------GCTCCTGGTT-----TAGCATACCGAGCCCGG--CAT--AATATTGCAA-A----T---A------AT----TCAG--TTAACATTGgatatacacatgtttggactagtt
gi|14 : AATGTCGTATATCA-ATTATC-ACAGAGACTGTTGCCGGGTGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGACAGTCAGATGCGTAACCGACT-----GAGCTAATCTGACCTGGC-C----AAT-tacctgaaatttattgaatgatatttttc
gi|19 : caaaaacaaaatttaaTCGATAGTTAGACATGCTAACAACT-----GAGCTAACTGGGCCTAG--C----gccacagagtcgacagaaaagaaatgatagtcagtaaagaacaaagataaaacacaacataataagtcgggcatactgatagagacagtcagttc
gi|20 : TGATAGTCAGGTGTGCTACCAACT-----GAGCTAACCATGGCTGGT-C----AAT------A-A----CAGAA------AT----T-AA--Ttcctacacatacagagtac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACTGAATCGACAGAACAGAAATGATAGTCAATAAAGAACAAAGATTAAATACAACATAATAAGTTGGGCATACTGATAGATACATAGTCAGTTC
Alignments
lowQualScore : 22222 2 2 2 1 3333333333333333333333333333333333333 3333333 222222 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11111111 1111111 11111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1 222222222222222 111111111111 22222 222
lowQualScore : 77777 4 0 0 0 2 2 5 7777777777777777777777777777777777777 2 9999999 1 3 0 999999 11 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 3 3 22222222 1 3 3 77777 0000000 44444444444444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444 1 5 2 2 77777 2 2 777777 2 33 2 2 2 2 1 1 6 1 66666 2 99 77 555 222222222222222 999999999999 99 22222 333 7
lowQualScore : ..... . . . . . . . ..................................... . ....... . . . ...... .. . ........................................................ .... . . ........ . . . ..... ....... ................. ................................................. . . . . ..... . . ...... . .. . . . . . . . . ..... . .. .. ... ............... ............ .. ..... ... .
lowQualScore : 00000 0 0 0 0 5 5 5 0000000000000000000000000000000000000 0 0000000 0 7 7 444444 00 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7777 3 3 11111111 0 1 1 77777 0000000 22222222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666 0 9 9 9 11111 9 9 777777 7 77 7 7 7 7 1 7 5 5 22222 5 44 33 888 333333333333333 444444444444 22 22222 333 3
consensus : GTTTTACTGTTTAAAAGGNACATCTAAATATGTATTAAAATGAACCGANTCATTTCATGCTTTAATTTGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGCTTCANTAAA----GG-ATATNTAAAT-ATAGCATT--AA-AATGAA-GAA-ATCATTC-------ATACAAA----TAAA---TTTG--AAA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATTTAGCGTCATTTT-TATGCCATCG-AGGGCTA-----ACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGC-GGGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGCCCGG--C--A---A---T-T--T--GAA-GAAAA------AT----TAA--TGAACATT--GNGATATG---TTTTTTGAACGATTT
Reference ( family-38 ) : GTTTTATTGTTTAAAAAAAACAT-TAAA-ATATATTAAA-TGAACCGACTCATTTCATGCTTTAATTTGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCTTCAGTAAA----GGNANATGTAGATTNTAGCATT--AA-AATGGA-GAA-ATCATTC-------ATACAAA----TAAA---TTTG--AAA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATTNAGCGTCATTTT-TATGCCATCG-AGGGCTA-----ACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTNCTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGCCCGG--C--A---A---T-T--T--GAA-GAAAA------AT----TAA--TGAACATT--NNGATATG---TTTTTTGAACAATTT
gi|1 : GTTTTACT-----AAAGGTATATCTAAATATGTATTAAAATGAACAAAATCATTTC-TNNNNNNNNNNGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGTTTTACTAAA----GGTATATCTAAAT-AT-GTATT--AA-AATGAACGAA-ATCATTT-------CTACAAA----TAAA---TTTG--AGA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATTTAGCGTCATTTT-TATGCCTTCG-AGGGCTA-----ACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACAACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA-TAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGTGGTGAGATA------CGA-ATG--CTAAT-A-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGGATCCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGTCCGG--C--A---A---T-T--TGAGAA-GAAAA------AT----TAA--TGAACATT--GAAATACG---TTTT---GACAATTT
gi|10 : -TATGCCATTG-AGGGCTA-----ACAGCTAACAGATGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--TCCTGAAAGGCT----------AACAACTACTCTAGCATACCCCACCTCCACAAACAACTGATGAC-TTTCCTG-CT-----TG-AAT-CAGCGTTGAGACA------CGA-ATG--AT------------AATGTTGTCTTTCA-ATTGTC-ATGGAGACTGTTGCCGGGC-GGGGATTCGAACTCA-----CCTGGATTATTAGTCGGACGTGCTACCAAGTTAGCAGAGGTTATCA-GGCCCGG--C--cgatacatcaaaagttgt
gi|11 : ----G---AT----TGA-TT-TATTG--------AATATTAAGGGTCATTT---ATGCCATCG-AGGGCTA-----ACAG-------ACGATCAGTTATCCTAACGACTGTTT--------CTTTGGATCCTG----------GAAG----------G--T----------T----------AACCAGTTCTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAATAACTGATAAC-TT-CCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CTA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ACCACC---------------CGGGTGGGG-ATTCGAACTCAAGCCCGCTTGATTGAAAGTCTGACGTGCTAACGACT-----GAGCTAATCG-GACCTGG--C--C---A---C-TTAT--GAA-GAAAA------ccacacaaataaggataagacaacgcatggtttataaaagtataggatatatcaaaacatgtatatgtgcagattcagagaagggaaagagagttc
gi|12 : tatgaatgttacacgtctgcatacacttatacagattgactgattgactATT--AA-AATAGA-AAT-ATCAT---------ATATAA------------TTTGTCAGATA----G---ATAG--TGA-TC-AATGG--------AATGTTAACC-------T-TAGGTCGTAATAAGACTATTCTTAAAA-------ACGGTTGGTGAAT---ACCAC-------------C--------CTG-------------------------------------------------------TACTCGAGCACACCT-ATCTCCGTAAGGAACTGATAAC-TTT-------------A-AAT-CAGCG-------A------C--------AT--T-G-AGACACTATGCTGTATATAG-ATCAAT-ACGG------TT------------ATTCAAACTCTCGTTCCATGACTTGATAGTCAGACATTCTATCGACT-----GAGTTTACCT-GGCCTGG--C--A---A---A-T--T--Gtatc
gi|13 : ACACCAGATCTCTGCAAGTCGCTGACTAC-TTGCCCA-CA-----T---ATGCAAAGGTGGAAG------------TGTCATAGCCGTAGAAGGAAGCTCGTG-GCCA-ATCATC-ACAGAGAATGTAGCCTGGCAGAGAAT-CGAACTCACGACTCCTATATTGACCGTCAGACGGGTTAACGACT-----ACGCCAGAAG-GGTTCGGTAC--A---C---T-A--T--GAACGTAAACAGGACATCATGTAA--TGAACATTTAAAGATATtacggggttaaaataaat
gi|14 : aAATGTCGTATATCA-ATTATC-ACAGAGACTGTTGCCGGGTGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGACAGTCAGATGCGTAACCGACT-----GAGCTAATCT-GACCTGGC-C--A---A---T-acacatgtttggactagtt
gi|15 : caaaaacaaaatttaaGAAA------CAATGTG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCTAATATCATAT--TCTACGGAGAGTGTGGTCGGGC-GGGGATTCGAACTCGCGACCCATGGATTGAAAG--------GCTCCTGGTT-----TAGCATACCG-AGCCCGG--CATA---A---TAT--T--GCA-AATAA------TT----CAG--TTAACATT--GT-ACCTGAAATTTATTGAATGATgccacagagtcgacagaaaagaaatgatagtcagtaaagaacaaagataaaacacaacataataagtcgggcatactgatagagacagtcagttc
gi|16 : atttgtctgtgggaaatatAGCTTCAGTAAA--------TATATAAATTATG--ATT--GATAATGGA-AAATATGATT--------ATCCAAG----T--------TG--AAA-----------T----TGA-TT-AATTG--------AATGTTTAGTGTCATTTT-TATGCCATCG-ACATCTA-----ACAT-------ATGATTAGatttttc
gi|17 : taaatgcaactgtttaaatactactccaaatccaaactatac--G----------G--T----------T----------AACCAGGGCTCGAGCTCACCT-ATCTCCGCAAAAAACTGGTAAC-TTTCCTA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CAA-ATG--ATAAT-G-AAGCGCAATGTCCTATATCA-ATTGTC-TCGAAGACTGCCAGCGGGC-AGGGATTCGACCTCACGGCCCCTGGTTTGATAGTcggtacttgaat
gi|19 : gtaaTCGATAGTTAGACATGCTAACAACT-----GAGCTAACTG-GGCCTAG--C--
gi|2 : -A----G---AT----TGA-TT-GATTGACTGATTAAATAGTAAGCGTCA-TAT-TATGCCATCG-AAGGCTA-----ACAG-------ACGATTATTTAATATAGCCACTATTT--------C--------CTGTGATTCTTGAA--G----------A--T----------T----------AATCAGTACTCGAGCACA--CTAT----GCAAGTAACTGA-AACATTTCCCA-AT-----GG-AAC-CAGTGGTGAGAGA------AGA-ATG--CTTAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ACCGTC-GCGGAGATTGTGGCCGGGT-GGGAATTCGAACTGACGACCCCTGAATTGATAGTCAGACACGCTAACGACT-----GAGCTAATCG-AACCCGG--C--A---tcctacacatacagagtac
gi|20 : aacatatgttgaacccaaactaagacgttagataatatgtgttaaatgcttacatatactatatgcaaaaatatataaagttatatcttatcactatatataggtgatgcaatattTGATAGTCAGGTGTGCTACCAACT-----GAGCTAACCATGGCTGGT--C--A---A---T--------AA-CAGAA------AT----TAA--Ttacaatattagaatacagctacgttcgatcttaataactgggaattacctcgtattatgatccataacgttctg
gi|3 : -A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------GGTGTTTAGCGTCATGTT-TATGCCATCG-AGATCTA-----ACAG-------ATGATCAGTTAACTTAGCTACTCTTTTCATGGATC--------CTG----------G--G----------AGGT----------T----------AAACAGTTTTCGAACACACCTTATATCCGAAATTAACTGACAAC-TTTCCCA-CTGTACTTACAAA-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATTTCATATATCA-ATCATC-ATGGAGAATGTGGTCAGGC-TGAGATGTGTATTCATGGCCTCTGGGTTGATAGTTAGACGCAGTACGGGCT-----GAGAAAATAG-AGTCCAG--CTGATATA---T-T--T--T---GAAAA------AT----TAA---AAACA
gi|4 : tttttcagaaaatgttgtaaaacggtaggtcagaataaatgttattcagttttatttccaaatataattcacttatagcaatggctgatgagttatctgaatggcaaatatttgcctattt---AT----TCA-TT-GATTG--------AATATTTAGCGTTAGTTT-TATGCCATAG-AGG-CTA-----ACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------C----------AACCAGTACTTGAGCACACCCCATCTC-GCAAATAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGTGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGATGCCGGG-AGGTGATTACAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCTATTCG-GGCCCGG--accgtcatgttt
gi|5 : tcccaacaacaatccagaggtcgtttttaccagcaattcttgagaaaattctaagacttaagcttgaaaatcaaaatttcaacgatcggtttctattgtaccatgacatatagaataattgtgagagtttatttgactacatattaggtgtctctacatgcttgcaTC-------ATACAGAACGTTACA---TT-------------G---AT----TAA-TT-GATTT--------AATATTTAGCTTTATTTT--ATGCCATCG-AGGGCTA-----ACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACAACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--TCCTGGAAGGTT----------AACCAGTACTCGAGCACATCCCATCTCCGAAAGTAACTGATAAT-TTTCCCA-CT-----CG-GAT-CAGTGGTGAGGGA------CGA-CTG--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ATGGAGACTGTTGCCGGGC-GGGAATCCGAACTCACGACCGCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCAAATCA-GGCCCGG--C--A---A---
gi|6 : cggttcctagtttattgtgtcttatagtaaaactgttttcttactgtgtaAACATG--GA-AATGAA-GGG---CATTCCTGAGATATACAAA-----ATA---TTAA--AAA-A----GTCAATACCATGA-TT-AATTG--------AATATTTAGCATCATTTT-TATGCCATCG-AGGGCTA-----ACAG-------ACAATCAATTAACCTAACCACTCTTT--------C--------CTG----------G--GTTCCTGAAAGA--T----------T----------AACCAGTTCTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTATGTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACACAATGTTGTATATCA-ATCATC-ACAGAGACTGGTGCCTGGCAGGG--TTCAAACTCACTACCCCTGGATTGAAAGTTAGAAGCGTTACTGACT-----GAGCTAATCG-GACCCGG--C--A---A---T------------ACCA------GT----TTACTTGAAAATT--ATGATATG---TTTTTTGAACAATTTaacataacaacattcgggtacagtatcttattaactttaaatat
gi|7 : AAA----TAAT---CTTC--AAA-ATTTTG---AT----TGAATT-GATTG--------AATATTTAGCGTCATTTTTTATGCCATCG-AGGGCTA-----ACAG-------ACGATCACTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTTCTCAAGCACATCCTGTCTCCGTAAGTAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGTGGTGAGAGA------CGA-GTG--ATAAT-T-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-TTGGAGACTGTTGCCGGGCGGAGGATTCGAACTCAAGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCTAATCG-GACCCGGCTC--A---AAATT-T--T--GAA-GGAgcaactaagattgta
gi|8 : tcaaaattctgagggatttgaaaccaccatttttgaggactgatgatatcaGTTTTATTGTTTAAAAAAAACAT-TAAA-ATATATTAAA-TGAACCGACTCATTTCATGCTTTAATTTGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGAGATGTAGAT-CTAGCATTCAAA-AATCAA---A-GTCA----------ACACAAA----CAAACGTTTTG----------------T----TTA-TTTGTTTG--------AATAATAAGTGTCATTTG-TATTCCATCG-AGGGCTC-----ACAG-------ACGAGCAGTTAACCTTACCCCTCTCC--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------CTTGAAAAGTGAACCAGTACTCTAGCACACCA-ATCTGTACAAGTAACTGGTTAC-TTTTTAAATT-----TA-AAT-AGGCAGTGAGAGAGGAAGACGA-ATT--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTtatggccac
gi|9 : ---AT----TGA-TT-AATTG--------AATACTCAGCATCATTTT-TATGACATTG-AGAGTTA-----ACAG-------ATGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTGTTA-------A--G----------A--T----------T----------AACCAGTGTTCCAGCACACCTCATTTCCGCAAGTAGTTGATTAA-TTTCTCA-CT-----TG-AAA-CAGCAGTGATAGA------CAA-ATG--ATAAT-G-AGATGCAATGTCCTATATCA-ATCATC-ATGG----T-----------GGGGATTCAAACTCATGATCCTTATCTTGATAGTCAGACATGCTACCTACT-----GAGCTAATTG-GGCCTAG--C--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACTGAATCGACAGAACAGAAATGATAGTCAATAAAGAACAAAGATTAAATACAACATAATAAGTTGGGCATACTGATAGATACATAGTCAGTTC
Alignments
lowQualScore : 22222 1 1 1 1 55555555 1 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11111111 1111111 11111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222222 111111111111 11111 222
lowQualScore : 77777 1 5 5 5 2 1 5 1 11111111 1 5 333 11 8 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 3 3 22222222 88888 3 0000000 44444444444444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444 1 5 2 2 77777 2 2 777777 2 33 2 2 2 2 1 1 2 2 2 66666 2 99 77 555 222222222222222 999999999999 99 99999 333 7 0
lowQualScore : ..... . . . . . . . . ........ . . ... .. . . ........................................................ .... . . ........ ..... . ....... ................. ................................................. . . . . ..... . . ...... . .. . . . . . . . . . ..... . .. .. ... ............... ............ .. ..... ... . .
lowQualScore : 00000 0 0 5 5 5 0 5 0 77777777 0 3 888 00 0 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 3 3 11111111 33333 1 0000000 22222222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666 3 9 9 9 11111 9 9 777777 7 77 7 7 7 7 1 7 7 7 7 22222 5 44 33 888 333333333333333 444444444444 22 22222 333 3 7
consensus : GTTTTACTGTTTAAAAGGNACATCTAAATATGTATTAAAATGAACCGANTCATTTCATGCTTTAATTTGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGCTTCANTAAA-----GG-ATATNTAAAT-TAGCATT--AA-AATGAA-GAA-ATCATTC-------ATACAAA----TAAA---TTTG--AAA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTCATTTT-TATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGCCCGG--C--A---A---T-T--T--GAA-GAAAA------AT----TAA--TGAACATT--GNGATATG---TTTTTTGAACGATTT
Reference ( family-38 ) : GTTTTACTGTTTAAAAGGNACATCTAAATATGTATTAAAATGAACCGANTCATTTCATGCTTTAATTTGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGCTTCANTAAA-----GG-ATATNTAAATATAGCATT--AA-AATGAA-GAA-ATCATTC-------ATACAAA----TAAA---TTTG--AAA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTCATTTT-TATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGCCCGG--C--A---A---T-T--T--GAA-GAAAA------AT----TAA--TGAACATT--GNGATATG---TTTTTTGAACGATTT
gi|1 : GTTTTACT-----AAAGGTATATCTAAATATGTATTAAAATGAACAAAATCATTTC-TNNNNNNNNNNGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGTTTTACTAAA-----GGTATATCTAAATAT-GTATT--AA-AATGAACGAA-ATCATTT-------CTACAAA----TAAA---TTTG--AGA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTCATTTT-TATGCCTTCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACAACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA-TAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGTGGTGAGATA------CGA-ATG--CTAAT-A-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGCGGG-GG-ATCCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGTCCGG--C--A---A---T-T--TGAGAA-GAAAA------AT----TAA--TGAACATT--GAAATACG---TTTT---GACAATTT
gi|10 : -TATGCCATTGAGGGCTAACAGCTAACAGATGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--TCCTGAAAGGCT----------AACAACTACTCTAGCATACCCCACCTCCACAAACAACTGATGAC-TTTCCTG-CT-----TG-AAT-CAGCGTTGAGACA------CGA-ATG--AT------------AATGTTGTCTTTCA-ATTGTC-ATGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCA-----CCTGGATTATTAGTCGGACGTGCTACCAAGTTAGCAGAGGTTATCA-GGCCCGG--C--cgatacatcaaaagttgt
gi|11 : ----G---AT----TGA-TT-TATTG--------AATATT-----AAGGGTCATTT---ATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTATCCTAACGACTGTTT--------CTTTGGATCCTG----------GAAG----------G--T----------T----------AACCAGTTCTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAATAACTGATAAC-TT-CCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CTA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ACCACC---------------CGGGT-GG-GG-ATTCGAACTCAAGCCCGCTTGATTGAAAGTCTGACGTGCTAACGACT-----GAGCTAATCG-GACCTGG--C--C---A---C-TTAT--GAA-GAAAA------ccacacaaataaggataagacaacgcatggtttataaaagtataggatatatcaaaacatgtatatgtgcagattcagagaagggaaagagagttc
gi|12 : tatgaatgttacacgtctgcatacacttatacagattgactgattgactATT--AA-AAT--A-GAA-AT-AT-C-------ATATA------TAA----TTTGTCAGATA----G---ATAG--TGA-TC-AATGG--------AATGTTAACCTTAG-GTCGTAAT-AAGACTATT-----CTTAAAA-------ACGGTTGGTGAAT---ACCAC-------------C--------CTG-------------------------------------------------------TACTCGAGCACACCT-ATCTCCGTAAGGAACTGATAAC-T--------T-----TA-AAT-CAGC-------GA------C---AT-------T-G-AGACACTATGCTGTATATAG-ATCAAT-ACG------GTT--------------ATTCAAACTCTCGTTCCATGACTTGATAGTCAGACATTCTATCGACT-----GAGTTTACCT-GGCCTGG--C--A---A---A-T--T--Gtatc
gi|13 : ACACCAGATCTCTGCAAGTCGCTGACTAC-TTGCCCA-CA-----T---ATGCAAAGGTGGAAG------------TGTCATAGCCGTAGAAGGAAGCTCGTG-GCCA-ATCATC-ACAGAGAATGTAGCCTGGC-AG-AG-AATCGAACTCACGACTCCTATATTGACCGTCAGACGGGTTAACGACT-----ACGCCAGAAG-GGTTCGGTAC--A---C---T-A--T--GAACGTAAACAGGACATCATGTAA--TGAACATTTAAAGATATtacggggttaaaataaat
gi|14 : aAATGTCGTATATCA-ATTATC-ACAGAGACTGTTGCCGGGT-GG-GGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGACAGTCAGATGCGTAACCGACT-----GAGCTAATCT-GACCTGGC-C--A---A---T-acacatgtttggactagtt
gi|15 : caaaaacaaaatttaaGAAA------CAATGTG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCTAATATCATAT--TCTACGGAGAGTGTGGTCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCGCGACCCATGGATTGAAAG--------GCTCCTGGTT-----TAGCATACCG-AGCCCGG--CATA---A---TAT--T--GCA-AATAA------TT----CAG--TTAACATT--GT-ACCTGAAATTTATTGAATGATgccacagagtcgacagaaaagaaatgatagtcagtaaagaacaaagataaaacacaacataataagtcgggcatactgatagagacagtcagttc
gi|16 : atttgtctgtgggaaatatAGCTTCAGTAAA---------TATATAAAT-TATGATT--GATAATGGA-AAATATGATT--------ATCCAAG------------TTG--AA-----------AT----TGA-TT-AATTG--------AATGTT-----TAGTGTCATTTT-TATGCCATCGACATCTAACAT-------ATGATTAGatttttc
gi|17 : taaatgcaactgtttaaatactactccaaatccaaactatac--G----------G--T----------T----------AACCAGGGCTCGAGCTCACCT-ATCTCCGCAAAAAACTGGTAAC-TTTCCTA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CAA-ATG--ATAAT-G-AAGCGCAATGTCCTATATCA-ATTGTC-TCGAAGACTGCCAGCGGGC-AG-GG-ATTCGACCTCACGGCCCCTGGTTTGATAGTcggtacttgaat
gi|19 : gtaaTCGATAGTTAGACATGCTAACAACT-----GAGCTAACTG-GGCCTAG--C--
gi|2 : -A----G---AT----TGA-TT-GATTGACTGATTAAATAGT-----AAGCGTCA-TAT-TATGCCATCGAAGGCTAACAG-------ACGATTATTTAATATAGCCACTATTT--------C--------CTGTGATTCTTGAA--G----------A--T----------T----------AATCAGTACTCGAGCACA--CTAT----GCAAGTAACTGA-AACATTTCCCA-AT-----GG-AAC-CAGTGGTGAGAGA------AGA-ATG--CTTAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ACCGTC-GCGGAGATTGTGGCCGGGT-GG-GA-ATTCGAACTGACGACCCCTGAATTGATAGTCAGACACGCTAACGACT-----GAGCTAATCG-AACCCGG--C--A---tcctacacatacagagtac
gi|20 : aacatatgttgaacccaaactaagacgttagataatatgtgttaaatgcttacatatactatatgcaaaaatatataaagttatatcttatcactatatataggtgatgcaatattTGATAGTCAGGTGTGCTACCAACT-----GAGCTAACCATGGCTGGT--C--A---A---T--------AA-CAGAA------AT----TAA--Ttacaatattagaatacagctacgttcgatcttaataactgggaattacctcgtattatgatccataacgttctg
gi|3 : -A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------GGTGTT-----TAGCGTCATGTT-TATGCCATCGAGATCTAACAG-------ATGATCAGTTAACTTAGCTACTCTTTTCATGGATC--------CTG----------G--G----------AGGT----------T----------AAACAGTTTTCGAACACACCTTATATCCGAAATTAACTGACAAC-TTTCCCA-CTGTACTTACAAA-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATTTCATATATCA-ATCATC-ATGGAGAATGTGGTCAGGC-TG-AG-ATGTGTATTCATGGCCTCTGGGTTGATAGTTAGACGCAGTACGGGCT-----GAGAAAATAG-AGTCCAG--CTGATATA---T-T--T--T---GAAAA------AT----TAA---AAACA
gi|4 : tttttcagaaaatgttgtaaaacggtaggtcagaataaatgttattcagttttatttccaaatataattcacttatagcaatggctgatgagttatctgaatggcaaatatttgcctattt---AT----TCA-TT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTTAGTTT-TATGCCATAGAGG-CTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------C----------AACCAGTACTTGAGCACACCCCATCTC-GCAAATAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGTGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGATGCCGGGA-GG-TG-ATTACAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCTATTCG-GGCCCGG--accgtcatgttt
gi|5 : tcccaacaacaatccagaggtcgtttttaccagcaattcttgagaaaattctaagacttaagcttgaaaatcaaaatttcaacgatcggtttctattgtaccatgacatatagaataattgtgagagtttatttgactacatattaggtgtctctacatgcttgcaTC-------ATACAGAACGTTACA---TT-------------G---AT----TAA-TT-GATTT--------AATATT-----TAGCTTTATTTT--ATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACAACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--TCCTGGAAGGTT----------AACCAGTACTCGAGCACATCCCATCTCCGAAAGTAACTGATAAT-TTTCCCA-CT-----CG-GAT-CAGTGGTGAGGGA------CGA-CTG--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ATGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GA-ATCCGAACTCACGACCGCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCAAATCA-GGCCCGG--C--A---A---
gi|6 : cggttcctagtttattgtgtcttatagtaaaactgttttcttactgtgtaAACATG--GA-AATGAA-GGG---CATTCCTGAGATATACAAA-----ATA---TTAA--AAA-A----GTCAATACCATGA-TT-AATTG--------AATATT-----TAGCATCATTTT-TATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACAATCAATTAACCTAACCACTCTTT--------C--------CTG----------G--GTTCCTGAAAGA--T----------T----------AACCAGTTCTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTATGTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACACAATGTTGTATATCA-ATCATC-ACAGAGACTGGTGCCTGGC-AG-GG--TTCAAACTCACTACCCCTGGATTGAAAGTTAGAAGCGTTACTGACT-----GAGCTAATCG-GACCCGG--C--A---A---T------------ACCA------GT----TTACTTGAAAATT--ATGATATG---TTTTTTGAACAATTTaacataacaacattcgggtacagtatcttattaactttaaatat
gi|7 : AAA----TAAT---CTTC--AAA-ATTTTG---AT----TGAATT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTCATTTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCACTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTTCTCAAGCACATCCTGTCTCCGTAAGTAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGTGGTGAGAGA------CGA-GTG--ATAAT-T-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-TTGGAGACTGTTGCCGGGC-GGAGG-ATTCGAACTCAAGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCTAATCG-GACCCGGCTC--A---AAATT-T--T--GAA-GGAgcaactaagattgta
gi|8 : tcaaaattctgagggatttgaaaccaccatttttgaggactgatgatatcaGTTTTATTGTTTAAAAAAAACAT-TAAA-ATATATTAAA-TGAACCGACTCATTTCATGCTTTAATTTGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGG-AGATGTAGATCTAGCATTCAAA-AATCAA---A-GTCA----------ACACAAA----CAAACGTTTTG----------------T----TTA-TTTGTTTG--------AATAAT-----AAGTGTCATTTG-TATTCCATCGAGGGCTCACAG-------ACGAGCAGTTAACCTTACCCCTCTCC--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------CTTGAAAAGTGAACCAGTACTCTAGCACACCA-ATCTGTACAAGTAACTGGTTAC-TTTTTAAATT-----TA-AAT-AGGCAGTGAGAGAGGAAGACGA-ATT--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTtatggccac
gi|9 : ---AT----TGA-TT-AATTG--------AATACT-----CAGCATCATTTT-TATGACATTGAGAGTTAACAG-------ATGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTGTTA-------A--G----------A--T----------T----------AACCAGTGTTCCAGCACACCTCATTTCCGCAAGTAGTTGATTAA-TTTCTCA-CT-----TG-AAA-CAGCAGTGATAGA------CAA-ATG--ATAAT-G-AGATGCAATGTCCTATATCA-ATCATC-AT--------------GGT-GG-GG-ATTCAAACTCATGATCCTTATCTTGATAGTCAGACATGCTACCTACT-----GAGCTAATTG-GGCCTAG--C--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACTGAATCGACAGAACAGAAATGATAGTCAATAAAGAACAAAGATTAAATACAACATAATAAGTTGGGCATACTGATAGATACATAGTCAGTTC
Alignments
lowQualScore : 22222 1 1 1 1 55555555 1 11 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 11111111 1111111 11111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222222 111111111111 11111 222
lowQualScore : 77777 1 5 5 5 2 1 5 1 11111111 1 3 00 11 8 5 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 3 3 22222222 88888 3 0000000 44444444444444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444 1 5 2 2 77777 2 2 777777 2 33 2 2 2 2 1 1 2 2 2 66666 2 99 77 555 222222222222222 999999999999 99 99999 333 7 0
lowQualScore : ..... . . . . . . . . ........ . . .. .. . . ........................................................ .... . . ........ ..... . ....... ................. ................................................. . . . . ..... . . ...... . .. . . . . . . . . . ..... . .. .. ... ............... ............ .. ..... ... . .
lowQualScore : 00000 0 0 5 5 5 0 5 0 77777777 0 3 55 00 0 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 3 3 11111111 33333 1 0000000 22222222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666 3 9 9 9 11111 9 9 777777 7 77 7 7 7 7 1 7 7 7 7 22222 5 44 33 888 333333333333333 444444444444 22 22222 333 3 7
consensus : GTTTTACTGTTTAAAAGGNACATCTAAATATGTATTAAAATGAACCGANTCATTTCATGCTTTAATTTGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGCTTCANTAAA-----GG-ATATNTAAAT-TAGCATT--AA-AATGAA-GAA-ATCATTC-------ATACAAA----TAAA---TTTG--AAA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTCATTTT-TATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGCCCGG--C--A---A---T-T--T--GAA-GAAAA------AT----TAA--TGAACATT--GNGATATG---TTTTTTGAACGATTT
Reference ( family-38 ) : GTTTTACTGTTTAAAAGGNACATCTAAATATGTATTAAAATGAACCGANTCATTTCATGCTTTAATTTGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGCTTCANTAAA-----GG-ATATNTAAAT-TAGCATT--AA-AATGAA-GAA-ATCATTC-------ATACAAA----TAAA---TTTG--AAA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTCATTTT-TATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGCCCGG--C--A---A---T-T--T--GAA-GAAAA------AT----TAA--TGAACATT--GNGATATG---TTTTTTGAACGATTT
gi|1 : GTTTTACT-----AAAGGTATATCTAAATATGTATTAAAATGAACAAAATCATTTC-TNNNNNNNNNNGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGTTTTACTAAA-----GGTATATCTAAAT-ATGTATT--AA-AATGAACGAA-ATCATTT-------CTACAAA----TAAA---TTTG--AGA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTCATTTT-TATGCCTTCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACAACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA-TAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGTGGTGAGATA------CGA-ATG--CTAAT-A-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGCGGG-GG-ATCCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGTCCGG--C--A---A---T-T--TGAGAA-GAAAA------AT----TAA--TGAACATT--GAAATACG---TTTT---GACAATTT
gi|10 : -TATGCCATTGAGGGCTAACAGCTAACAGATGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--TCCTGAAAGGCT----------AACAACTACTCTAGCATACCCCACCTCCACAAACAACTGATGAC-TTTCCTG-CT-----TG-AAT-CAGCGTTGAGACA------CGA-ATG--AT------------AATGTTGTCTTTCA-ATTGTC-ATGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCA-----CCTGGATTATTAGTCGGACGTGCTACCAAGTTAGCAGAGGTTATCA-GGCCCGG--C--cgatacatcaaaagttgt
gi|11 : ----G---AT----TGA-TT-TATTG--------AATATT-----AAGGGTCATTT---ATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTATCCTAACGACTGTTT--------CTTTGGATCCTG----------GAAG----------G--T----------T----------AACCAGTTCTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAATAACTGATAAC-TT-CCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CTA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ACCACC---------------CGGGT-GG-GG-ATTCGAACTCAAGCCCGCTTGATTGAAAGTCTGACGTGCTAACGACT-----GAGCTAATCG-GACCTGG--C--C---A---C-TTAT--GAA-GAAAA------ccacacaaataaggataagacaacgcatggtttataaaagtataggatatatcaaaacatgtatatgtgcagattcagagaagggaaagagagttc
gi|12 : tatgaatgttacacgtctgcatacacttatacagattgactgattgactATT--AA-AAT--A-GAA-AT-AT-C-------ATATA------TAA----TTTGTCAGATA----G---ATAG--TGA-TC-AATGG--------AATGTTAACCTTAG-GTCGTAAT-AAGACTATT-----CTTAAAA-------ACGGTTGGTGAAT---ACCAC-------------C--------CTG-------------------------------------------------------TACTCGAGCACACCT-ATCTCCGTAAGGAACTGATAAC-T--------T-----TA-AAT-CAGC-------GA------C---AT-------T-G-AGACACTATGCTGTATATAG-ATCAAT-ACG------GTT--------------ATTCAAACTCTCGTTCCATGACTTGATAGTCAGACATTCTATCGACT-----GAGTTTACCT-GGCCTGG--C--A---A---A-T--T--Gtatc
gi|13 : ACACCAGATCTCTGCAAGTCGCTGACTAC-TTGCCCA-CA-----T---ATGCAAAGGTGGAAG------------TGTCATAGCCGTAGAAGGAAGCTCGTG-GCCA-ATCATC-ACAGAGAATGTAGCCTGGC-AG-AG-AATCGAACTCACGACTCCTATATTGACCGTCAGACGGGTTAACGACT-----ACGCCAGAAG-GGTTCGGTAC--A---C---T-A--T--GAACGTAAACAGGACATCATGTAA--TGAACATTTAAAGATATtacggggttaaaataaat
gi|14 : aAATGTCGTATATCA-ATTATC-ACAGAGACTGTTGCCGGGT-GG-GGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGACAGTCAGATGCGTAACCGACT-----GAGCTAATCT-GACCTGGC-C--A---A---T-acacatgtttggactagtt
gi|15 : caaaaacaaaatttaaGAAA------CAATGTG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCTAATATCATAT--TCTACGGAGAGTGTGGTCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCGCGACCCATGGATTGAAAG--------GCTCCTGGTT-----TAGCATACCG-AGCCCGG--CATA---A---TAT--T--GCA-AATAA------TT----CAG--TTAACATT--GT-ACCTGAAATTTATTGAATGATgccacagagtcgacagaaaagaaatgatagtcagtaaagaacaaagataaaacacaacataataagtcgggcatactgatagagacagtcagttc
gi|16 : atttgtctgtgggaaatatAGCTTCAGTAAA---------TATATAAAT-TATGATT--GATAATGGA-AAATATGATT--------ATCCAAG----T--------TG--AAA-----------T----TGA-TT-AATTG--------AATGTT-----TAGTGTCATTTT-TATGCCATCGACATCTAACAT-------ATGATTAGatttttc
gi|17 : taaatgcaactgtttaaatactactccaaatccaaactatac--G----------G--T----------T----------AACCAGGGCTCGAGCTCACCT-ATCTCCGCAAAAAACTGGTAAC-TTTCCTA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CAA-ATG--ATAAT-G-AAGCGCAATGTCCTATATCA-ATTGTC-TCGAAGACTGCCAGCGGGC-AG-GG-ATTCGACCTCACGGCCCCTGGTTTGATAGTcggtacttgaat
gi|19 : gtaaTCGATAGTTAGACATGCTAACAACT-----GAGCTAACTG-GGCCTAG--C--
gi|2 : -A----G---AT----TGA-TT-GATTGACTGATTAAATAGT-----AAGCGTCA-TAT-TATGCCATCGAAGGCTAACAG-------ACGATTATTTAATATAGCCACTATTT--------C--------CTGTGATTCTTGAA--G----------A--T----------T----------AATCAGTACTCGAGCACA--CTAT----GCAAGTAACTGA-AACATTTCCCA-AT-----GG-AAC-CAGTGGTGAGAGA------AGA-ATG--CTTAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ACCGTC-GCGGAGATTGTGGCCGGGT-GG-GA-ATTCGAACTGACGACCCCTGAATTGATAGTCAGACACGCTAACGACT-----GAGCTAATCG-AACCCGG--C--A---tcctacacatacagagtac
gi|20 : aacatatgttgaacccaaactaagacgttagataatatgtgttaaatgcttacatatactatatgcaaaaatatataaagttatatcttatcactatatataggtgatgcaatattTGATAGTCAGGTGTGCTACCAACT-----GAGCTAACCATGGCTGGT--C--A---A---T--------AA-CAGAA------AT----TAA--Ttacaatattagaatacagctacgttcgatcttaataactgggaattacctcgtattatgatccataacgttctg
gi|3 : -A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------GGTGTT-----TAGCGTCATGTT-TATGCCATCGAGATCTAACAG-------ATGATCAGTTAACTTAGCTACTCTTTTCATGGATC--------CTG----------G--G----------AGGT----------T----------AAACAGTTTTCGAACACACCTTATATCCGAAATTAACTGACAAC-TTTCCCA-CTGTACTTACAAA-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATTTCATATATCA-ATCATC-ATGGAGAATGTGGTCAGGC-TG-AG-ATGTGTATTCATGGCCTCTGGGTTGATAGTTAGACGCAGTACGGGCT-----GAGAAAATAG-AGTCCAG--CTGATATA---T-T--T--T---GAAAA------AT----TAA---AAACA
gi|4 : tttttcagaaaatgttgtaaaacggtaggtcagaataaatgttattcagttttatttccaaatataattcacttatagcaatggctgatgagttatctgaatggcaaatatttgcctattt---AT----TCA-TT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTTAGTTT-TATGCCATAGAGG-CTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------C----------AACCAGTACTTGAGCACACCCCATCTC-GCAAATAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGTGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGATGCCGGGA-GG-TG-ATTACAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCTATTCG-GGCCCGG--accgtcatgttt
gi|5 : tcccaacaacaatccagaggtcgtttttaccagcaattcttgagaaaattctaagacttaagcttgaaaatcaaaatttcaacgatcggtttctattgtaccatgacatatagaataattgtgagagtttatttgactacatattaggtgtctctacatgcttgcaTC-------ATACAGAACGTTACA---TT-------------G---AT----TAA-TT-GATTT--------AATATT-----TAGCTTTATTTT--ATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACAACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--TCCTGGAAGGTT----------AACCAGTACTCGAGCACATCCCATCTCCGAAAGTAACTGATAAT-TTTCCCA-CT-----CG-GAT-CAGTGGTGAGGGA------CGA-CTG--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ATGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GA-ATCCGAACTCACGACCGCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCAAATCA-GGCCCGG--C--A---A---
gi|6 : cggttcctagtttattgtgtcttatagtaaaactgttttcttactgtgtaAACATG--GA-AATGAA-GGG---CATTCCTGAGATATACAAA-----ATA---TTAA--AAA-A----GTCAATACCATGA-TT-AATTG--------AATATT-----TAGCATCATTTT-TATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACAATCAATTAACCTAACCACTCTTT--------C--------CTG----------G--GTTCCTGAAAGA--T----------T----------AACCAGTTCTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTATGTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACACAATGTTGTATATCA-ATCATC-ACAGAGACTGGTGCCTGGC-AG-GG--TTCAAACTCACTACCCCTGGATTGAAAGTTAGAAGCGTTACTGACT-----GAGCTAATCG-GACCCGG--C--A---A---T------------ACCA------GT----TTACTTGAAAATT--ATGATATG---TTTTTTGAACAATTTaacataacaacattcgggtacagtatcttattaactttaaatat
gi|7 : AAA----TAAT---CTTC--AAA-ATTTTG---AT----TGAATT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTCATTTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCACTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTTCTCAAGCACATCCTGTCTCCGTAAGTAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGTGGTGAGAGA------CGA-GTG--ATAAT-T-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-TTGGAGACTGTTGCCGGGC-GGAGG-ATTCGAACTCAAGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCTAATCG-GACCCGGCTC--A---AAATT-T--T--GAA-GGAgcaactaagattgta
gi|8 : tcaaaattctgagggatttgaaaccaccatttttgaggactgatgatatcaGTTTTATTGTTTAAAAAAAACAT-TAAA-ATATATTAAA-TGAACCGACTCATTTCATGCTTTAATTTGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGG-AGATGTAGATCTAGCATTCAAA-AATCAA---A-GTCA----------ACACAAA----CAAACGTTTTG----------------T----TTA-TTTGTTTG--------AATAAT-----AAGTGTCATTTG-TATTCCATCGAGGGCTCACAG-------ACGAGCAGTTAACCTTACCCCTCTCC--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------CTTGAAAAGTGAACCAGTACTCTAGCACACCA-ATCTGTACAAGTAACTGGTTAC-TTTTTAAATT-----TA-AAT-AGGCAGTGAGAGAGGAAGACGA-ATT--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTtatggccac
gi|9 : ---AT----TGA-TT-AATTG--------AATACT-----CAGCATCATTTT-TATGACATTGAGAGTTAACAG-------ATGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTGTTA-------A--G----------A--T----------T----------AACCAGTGTTCCAGCACACCTCATTTCCGCAAGTAGTTGATTAA-TTTCTCA-CT-----TG-AAA-CAGCAGTGATAGA------CAA-ATG--ATAAT-G-AGATGCAATGTCCTATATCA-ATCATC-AT--------------GGT-GG-GG-ATTCAAACTCATGATCCTTATCTTGATAGTCAGACATGCTACCTACT-----GAGCTAATTG-GGCCTAG--C--
blockSeqs : GTTTA A . . . C C A G NNNNGGG A C CA T G GGGCATTCCTGAGATATACAAAATATTAAAAAAGTCA ACCA A T ACTGATTA AACCT T CTAACAG CTTTGGATC GGATCCTGAAAGGCT A C A A GTACT C G GGAAGA T TC C T T T C T . A G TAGCA T TA AT TAT AATTTTGAA CAGGACATCATG CT TAAAG AAA T
blockSeqs : N . G . . . G GAAATATCATATATAATTTGTCAGATAG AG . . . . . . TCATGGATC TGATTCTTGAAGATT T C . . . . . . . . . . . . A T . . . . . CT TG . CTTATGAA TT . ATG . T
blockSeqs : . . C AAATATGATTATCCAAGTTGAAA . . . . . . . C GGATCCTGGAAGGTT A G . . . . . . . . . . . . C A . . . . . C . . TATGAAC AT . GT
blockSeqs : . . . AGTCAACACAAACAAACGTTTTG . . . . . . . C GGTTCCTGAAAGATT G T . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . TATTGCA AT .
blockSeqs : . . . . . . . C GGATCTTGAAAAGTG A T . . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . . TTTT GT .
blockSeqs : . . . . . . . C TTAAGATT T C . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . . TAA
blockSeqs : . . . . . . . C GAAGGTT A C . . . . . . . . . . . . A G . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . C GGAGGTT A C . . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C GGATC T T . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C GGATT T C . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GGATCCTAAGGTT************************************ TATGAA*********
originalCons : GTTTTACTGTTTAAAAGGNACATCTAAATATGTATTAAAATGAACCGANTCATTTCATGCTTTAATTTGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGCTTCANTAAA-----GG-ATATNTAAAT-TAGCATT--AA-AATGAA-GAA-ATCATTC-------ATACAAA----TAAA---TTTG--AAA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTCATTTT-TATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTG----------G--G----------A--T----------T----------AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGCCCGG--C--A---A---T-T--T--GAA-GAAAA------AT----TAA--TGAACATT--GNGATATG---TTTTTTGAACGATTT
finalCons : GTTTTACTGTTTAAAAGGNACATCTAAATATGTATTAAAATGAACCGANTCATTTCATGCTTTAATTTGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGCTTCANTAAA-----GG-ATATNTAAAT-TAGCATT--AA-AATGAA-GAA-ATCATTC-------ATACAAA----TAAA---TTTG--AAA-A----G---AT----TGA-TT-GATTG--------AATATT-----TAGCGTCATTTT-TATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTT--------C--------CTGGGATCCTAAGGTT------------------------------------AACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAAC-TTTCCCA-CT-----TG-AAT-CAGCGGTGAGAGA------CGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGCCCGG--C--A---ATATGAA---------GAAAA------AT----TAA--TGAACATT--GNGATATG---TTTTTTGAACGATTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACTGAATCGACAGAACAGAAATGATAGTCAATAAAGAACAAAGATTAAATACAACATAATAAGTTGGGCATACTGATAGATACATAGTCAGTTC
Alignments
lowQualScore : 22222 1 1 1 1 55555555 1 11 1 4444444444444444444 444444444444444444444444444 1111111 33333 333333333 111111 1111 11111 222
lowQualScore : 77777 1 5 5 5 2 1 5 1 11111111 1 3 00 33 0 6666666666666666666 666666666666666666666666666 7777 3 3 44 0000000 22 00000 0 1 4 2 2 77777 2 2 777777 2 33 2 2 2 2 1 1 2 2 2 66666 2 55 66 55 1 555555555 666666 4444 6 99 99999 333 7 0
lowQualScore : ..... . . . . . . . . ........ . . .. .. . ................... ........................... .... . . .. ....... .. ..... . . . . . ..... . . ...... . .. . . . . . . . . . ..... . .. .. .. . ......... ...... .... . .. ..... ... . .
lowQualScore : 00000 0 0 5 5 5 0 5 0 77777777 0 3 55 88 0 5555555555555555555 222222222222222222222222222 7777 6 6 55 8888888 55 33333 2 3 8 9 9 11111 9 9 777777 7 77 7 7 7 7 1 7 7 7 7 22222 5 99 33 55 7 000000000 444444 2222 7 22 22222 333 3 7
consensus : GTTTTACTGTTTAAAAGGNACATCTAAATATGTATTAAAATGAACCGANTCATTTCATGCTTTAATTTGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGCTTCANTAAA-----GG-ATATNTAAAT-TAGCATT--GA-AATGAA-GAA-ATCATTC-------ATACAAA----TAAA---TTTGAAAA----G---AT----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTTT-ATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATCCTGGA--AGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAAC-TTTCC-CACT-----TG-AAT-CAGCGGTGAG------AGACGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGCCCGG--C--AA--TAT--GAA----GAAAA------AT----T-AA--TGAACATT--GNGATATG---TTTTTTGAACGATTT
Reference ( family-38 ) : GTTTTACTGTTTAAAAGGNACATCTAAATATGTATTAAAATGAACCGANTCATTTCATGCTTTAATTTGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGCTTCANTAAA-----GG-ATATNTAAAT-TAGCATT--AA-AATGAA-GAA-ATCATTC-------ATACAAA----TAAA---TTTGAAAA----G---AT----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTTT-ATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATCCT--A--AGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTAACTGATAAC-TTTCC-CACT-----TG-AAT-CAGCGGTGAG------AGACGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGCTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGCCCGG--C--AA--TAT--GAA----GAAAA------AT----T-AA--TGAACATT--GNGATATG---TTTTTTGAACGATTT
gi|1 : GTTTTACT-----AAAGGTATATCTAAATATGTATTAAAATGAACAAAATCATTTC-TNNNNNNNNNNGTAACAATGGTTGGTGACTGGTTCCAATAAAACCCTTCCAAGTTTTACTAAA-----GGTATATCTAAAT-ATGTATT--AA-AATGAACGAA-ATCATTT-------CTACAAA----TAAA---TTTGAGAA----G---AT----TGA-TT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTTT-ATGCCTTCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACAACTGTTTCCTGGGA------------TTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATCTCCGCAA-TAACTGATAAC-TTTCC-CACT-----TG-AAT-CAGTGGTGAG------ATACGA-ATG--CTAAT-A-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGTTGCCGGGCGGG-GG-ATCCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTTACCGACT-----GAGCTAATCG-GGTCCGG--C--AA--TTTGAGAA----GAAAA------AT----T-AA--TGAACATT--GAAATACG---TTTT---GACAATTT
gi|10 : T-ATGCCATTGAGGGCTAACAGCTAACAGATGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATCCTGAA--AGGCTAACAACTACTCTAGCATACCCCACCTCCACAAACAACTGATGAC-TTTCC-TGCT-----TG-AAT-CAGCGTTGAG------ACACGA-ATG--AT------------AATGTTGTCTTTCA-ATTGTC-ATGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCA-----CCTGGATTATTAGTCGGACGTGCTACCAAGTTAGCAGAGGTTATCA-GGCCCGG--C--cgatacatcaaaagttgt
gi|11 : ----G---AT----TGA-TT-TATTGAATATTAAGGGTCATTT---ATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTATCCTAACGACTGTTTCTTTGGATCCTGGA--AGGTTAACCAGTTCTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAATAACTGATAAC-TT-CC-CACT-----TG-AAT-CAGCGGTGAG------AGACTA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ACCACC---------------CGGGT-GG-GG-ATTCGAACTCAAGCCCGCTTGATTGAAAGTCTGACGTGCTAACGACT-----GAGCTAATCG-GACCTGG--C--CACTTAT--GAA----GAAAA------ccacacaaataaggataagacaacgcatggtttataaaagtataggatatatcaaaacatgtatatgtgcagattcagagaagggaaagagagttc
gi|12 : tatgaatgttacacgtctgcatacacttatacagattgactgattgactCCTGTACTCGAGCACACCT-ATCTCCGTAAGGAACTGATAAC-T--------T-----TA-AAT-CAGC-------------GAC---AT-------T-G-AGACACTATGCTGTATATAG-ATCAAT-ACG------GTT--------------ATTCAAACTCTCGTTCCATGACTTGATAGTCAGACATTCTATCGACT-----GAGTTTACCT-GGCCTGG--C--AA--tatc
gi|13 : attaaaatagaaatatcatatataatttgtcagatagatagtgatcaatggaatgttaaccttaggtcgtaataagactattcttaaaaacggttggtgaataccacACACCAGATCTCTGCAAGTCGCTGACTAC-TTGCC-CACA-----T---ATGCAAAGGTGGA------AG------TGTCATAGCCGTAGAAGGAAGCTCGTG-GCCA-ATCATC-ACAGAGAATGTAGCCTGGC-AG-AG-AATCGAACTCACGACTCCTATATTGACCGTCAGACGGGTTAACGACT-----ACGCCAGAAG-GGTTCGGTAC--AC--TAT--GAAC---GTAAACAGGACATCATGT-AA--TGAACATTTAAAGATATattgtacggggttaaaataaat
gi|14 : aAATGTCGTATATCA-ATTATC-ACAGAGACTGTTGCCGGGT-GG-GGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGACAGTCAGATGCGTAACCGACT-----GAGCTAATCT-GACCTGGC-C--AA--Tacacatgtttggactagtt
gi|15 : caaaaacaaaatttaaG------AAACAATGTG--ATAAT-G-AGACGCAATGTCTAATATCATAT--TCTACGGAGAGTGTGGTCGGGC-GG-GG-ATTCGAACTCGCGACCCATGGATTGAAAG--------GCTCCTGGTT-----TAGCATACCG-AGCCCGG--CATAA--TAT--TGC----AAATA------AT----TCAG--TTAACATT--GT-ACCTGAAATTTATTGAATGATgccacagagtcgacagaaaagaaatgatagtcagtaaagaacaaagataaaacacaacataataagtcgggcatactgatagagacagtcagttc
gi|16 : atttgtctgtgggaaatatAGCTTCAGTAAA---------TATATAAAT-TATGATT--GATAATGGA-AAATATGATT--------ATCCAAG----T--------TGAAA----------T----TGA-TT-AATTGAATGTTTAGTGTCATTTTT-ATGCCATCGACATCTAACAT-------ATGATTAGatttttc
gi|17 : taaatgcaactgtttaaatactactccaaatccaaactatacT--A--AGGTTAACCAGGGCTCGAGCTCACCT-ATCTCCGCAAAAAACTGGTAAC-TTTCC-TACT-----TG-AAT-CAGCGGTGAG------AGACAA-ATG--ATAAT-G-AAGCGCAATGTCCTATATCA-ATTGTC-TCGAAGACTGCCAGCGGGC-AG-GG-ATTCGACCTCACGGCCCCTGGTTTGATAGTcggtacttgaat
gi|19 : gTCGATAGTTAGACATGCTAACAACT-----GAGCTAACTG-GGCCTAG--C--
gi|2 : ----G---AT----TGA-CT-GATTAAATAGTAAGCGTCATATT--ATGCCATCGAAGGCTAACAG-------ACGATTATTTAATATAGCCACTATTTCCTGTGATTCTTGA--AGATTAATCAGTACTCGAGCACACT--AT----GCAAGTAACTGA-AACATTTCC-CAAT-----GG-AAC-CAGTGGTGAG------AGAAGA-ATG--CTTAT-G-AGACGCAATGTCGTATATCA-ACCGTC-GCGGAGATTGTGGCCGGGT-GG-GA-ATTCGAACTGACGACCCCTGAATTGATAGTCAGACACGCTAACGACT-----GAGCTAATCG-AACCCGG--C--Atcctacacatacagagtac
gi|20 : aacatatgttgaacccaaactaagacgttagataatatgtgttaaatgcttacatatactatatgcaaaaatatataaagttatatcttatcactatatataggtgatgcaatattagattgattTGATAGTCAGGTGTGCTACCAACT-----GAGCTAACCATGGCTGGT--C--AA--T-----AA----CAGAA------AT----T-AA--Ttacaatattagaatacagctacgttcgatcttaataactgggaattacctcgtattatgatccataacgttctg
gi|3 : A----G---AT----TGA-TT-GATTGGGTGTTTAGCGTCATGTTT-ATGCCATCGAGATCTAACAG-------ATGATCAGTTAACTTAGCTACTCTTTTCATGGATCCT--GGGAGGTTAAACAGTTTTCGAACACACCTTATATCCGAAATTAACTGACAAC-TTTCC-CACTGTACTTACAAA-CAGCGGTGAG------AGACGA-ATG--ATAAT-G-AGACGCAATTTCATATATCA-ATCATC-ATGGAGAATGTGGTCAGGC-TG-AG-ATGTGTATTCATGGCCTCTGGGTTGATAGTTAGACGCAGTACGGGCT-----GAGAAAATAG-AGTCCAG--CT-GA--TAT----ATTTTGAAAA------AT----T-AA---AAACA
gi|4 : tttttcagaaaatgttgtaaaacggtaggtcagaataaatgttattcagttttatttccaaatataattcacttatagcaatggctgatgagttatctgaatggcaaatatttgcctattt---AT----TCA-TT-GATTGAATATTTAGCGTTAGTTTT-ATGCCATAGAGG-CTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATC------------AACCAGTACTTGAGCACACCCCATCTC-GCAAATAACTGATAAC-TTTCC-CACT-----TG-AAT-CAGTGGTGAG------AGACGA-ATG--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ACGGAGACTGATGCCGGGA-GG-TG-ATTACAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCTATTCG-GGCCCGG--accgtcatgttt
gi|5 : tcccaacaacaatccagaggtcgtttttaccagcaattcttgagaaaattctaagacttaagcttgaaaatcaaaatttcaacgatcggtttctattgtaccatgacatatagaataattgtgagagtttatttgactacatattaggtgtctctacatgcttgcaTC-------ATACAGAACGTTACA---TT----------G---AT----TAA-TT-GATTTAATATTTAGCTTTATTTT--ATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCAGTTAACCTAACAACTGTTTCCTGGGATCCTGGA--AGGTTAACCAGTACTCGAGCACATCCCATCTCCGAAAGTAACTGATAAT-TTTCC-CACT-----CG-GAT-CAGTGGTGAG------GGACGA-CTG--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-ATGGAGACTGTTGCCGGGC-GG-GA-ATCCGAACTCACGACCGCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCAAATCA-GGCCCGG--C--AA--
gi|6 : cggttcctagtttattgtgtcttatagtaaaactgttttcttactgtgtaAACATG--GA-AATGAA-GGG---CATTCCTGAGATATACAAA-----ATA---TTAAAAAA----GTCAATACCATGA-TT-AATTGAATATTTAGCATCATTTTT-ATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACAATCAATTAACCTAACCACTCTTTCCTGGGTTCCTGAA--AGATTAACCAGTTCTCGAGCACACCCCATCTCCGCAAGTATGTGATAAC-TTTCC-CACT-----TG-AAT-CAGCGGTGAG------AGACGA-ATG--ATAAT-G-AGACACAATGTTGTATATCA-ATCATC-ACAGAGACTGGTGCCTGGC-AG-GG--TTCAAACTCACTACCCCTGGATTGAAAGTTAGAAGCGTTACTGACT-----GAGCTAATCG-GACCCGG--C--AA--TAC------------CA------GT----T-TACTTGAAAATT--ATGATATG---TTTTTTGAACAATTTaacataacaacattcgggtacagtatcttattaactttaaatat
gi|7 : AAA----TAAT---CTTCAAAATTTTG---AT----TGAATT-GATTGAATATTTAGCGTCATTTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAG-------ACGATCACTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGAT------------TAACCAGTTCTCAAGCACATCCTGTCTCCGTAAGTAACTGATAAC-TTTCC-CACT-----TG-AAT-CAGTGGTGAG------AGACGA-GTG--ATAAT-T-AGACACAATGTCGTATATCA-ATCATC-TTGGAGACTGTTGCCGGGC-GGAGG-ATTCGAACTCAAGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGTAACCGACT-----GAGCTAATCG-GACCCGG--C--gcaactaagattgta
gi|8 : tcaaaattctgagggatttgaaaccaccatttttgaggactgatgatatcaGTTTTATTGTTTAAAAAAAACAT-TAAA-ATATATTAAA-TGAACCGACTCATTTCATGCTTTAATTTGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGG-AGATGTAGATCTAGCATTCAAA-AATCAA---A-GTCA----------ACACAAA----CAAACGTTTTG-------------T----TTA-TTTGTTTGAATAATAAGTGTCATTTGT-ATTCCATCGAGGGCTCACAG-------ACGAGCAGTTAACCTTACCCCTCTCCCCTGGGATCTTGAA--AAGTGAACCAGTACTCTAGCACA-CCAATCTGTACAAGTAACTGGTTAC-TTTTTAAATT-----TA-AAT-AGGCAGTGAGAGAGGAAGACGA-ATT--ATAAT-G-AGACACAATGTCGTtcaaaattttgaaggatatggccac
gi|9 : ---AT----TGA-TT-AATTGAATACTCAGCATCATTTTT-ATGACATTGAGAGTTAACAG-------ATGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTG-----TT--A--AGATTAACCAGTGTTCCAGCACACCTCATTTCCGCAAGTAGTTGATTAA-TTTCT-CACT-----TG-AAA-CAGCAGTGAT------AGACAA-ATG--ATAAT-G-AGATGCAATGTCCTATATCA-ATCATC-AT--------------GGT-GG-GG-ATTCAAACTCATGATCCTTATCTTGATAGTCAGACATGCTACCTACT-----GAGCTAATTG-GGCCTAG--C--
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACTGAATCGACAGAACAGAAATGATAGTCAATAAAGAACAAAGATTAAATACAACATAATAAGTTGGGCATACTGATAGATACATAGTCAGTTC