lowQualScore : 22222222222222 111111 22222222 33333333333333333333333333333333333333 1111111 222222 22222222222
lowQualScore : 5 3 8 1 3 3 11111111111111 111111 44 3 00000000 6666 666666 444444444 55555555555555555555555555555555555555 2222222 22 333 333 333333 22 0 1 2 1 6 66 22 4444 6666666 1 33333333333 5 66 7 4 88888 3 777 55 8 99 2 0 777
lowQualScore : . . . . . . .............. ...... .. . ........ .... ...... ......... ...................................... ....... .. ... ... ...... .. . . . . . .. .. .... ....... . ........... . .. . . ..... . ... .. . .. . . ...
lowQualScore : 5 2 2 6 6 6 44444444444444 000000 66 3 55555555 1111 888888 999999999 22222222222222222222222222222222222222 1111111 99 111 777 000000 88 3 4 1 6 1 99 99 5555 8888888 3 55555555555 6 44 6 8 33333 6 000 55 0 55 5 1 888
consensus : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAAAACAA-CTG-AACTAAGGATGCATTGA--------------ATGG-----GTCA--CAT-TGTGACCA-------GTTATT----ATTATGC------AATA----T----AT--------GTA----------------A-A--------GCA----C--A--TA--T---GTGTC------ATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAA-CGA--CACAC----A-------TGTGCCATAA-AT-------GTTNTATA-CATTACATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATAAT--ACNGAAAAAAGAAA---AGAAATGTGAA
Reference ( gi|100558 ) : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAACACAA-CTG-AACTAAGGATGCATTGA--------------ATGG-----ATCA--CAT-TGTGACCA-------ATTATT----ATTATGC------AATA----T----AT--------GTA----------------A-A--------GCA----C--A--TA--T---GTGTC------ATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAA-CGA--CACAC----A-------TGTGCCATAA-AT-------GTTATATA-TATTACATCTTCAGAAGCAAGGTACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATAAT--ACCGAAAAAAGAAA---AGAAATGTGAA
gi|100557 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAACACAA-CTG-AACTAAGGATGCATTGA--------------ATGA-----ATCA--CAT-TGTGACCA-------GTTATT----ATTATGC------AATA----T----AT--------GTA----------------A-A--------GCA----C--A--TA--T---GTGTC------ATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAA-CGA--CACAC----A-------TGTGCCATAC-AT-------GTTTTATA-CATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATATGCCATAATATCAGTA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATAAT--ACCGAAAAAAGAAA---AGAAATGTGAA
gi|100559 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAAAATAA-CTG-AACTAAGGATGCATTGA--------------ATGG-----ATCA--CAT-TGTGACCA-------GTTATT----ATTATGC------AATA----T----AT--------GTT----------------T-A--------GCA----T--A--TA--T---GTGTC------ATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAA-CGA--CACAC----A-------TGTGCCATAA-AT-------GTTTTATA-CATTGCATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAACATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---AC--AA-ACAAT--ACCG--AAAAGAAA---AGAAATGTGAA
gi|100560 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAAAACAA-CTG-AACTAAGGATGCAATGA--------------ATGG-----GTCA--CAT-TGTGACCA-------GTTATT----ATTATGC------AATA----T----AT--------GTA----------------A-A--------GCA----C--A--TA--T---GTGTC------ATATA--TCATGGTTATCATT-ATGCATTATTTGAA-CGA--CACAC----A-------TGTGCCATAA-AA-------GTTTTATA-CATTACATCGTCAGAAACAAGGCACACATGTGCCAAAATACTAAAA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-AGAAT--ACAGAAAAAAGAAA---AGATATGTGAA
gi|100561 : ATCTATAAATCTTGCTAATGGGTGGATATAACAA-CTG-AAGTAAGGATACATTGA--------------ATGG-----GTCA--CAT-TGTGACCG-------GTTATT----AATGTAC------AATA----C----AG--------GTA----------------A-A--------GCA----T--G--TT--T---GTGAC------ATACA--ACATTGTAATAA-----G---TATTAGAA-AAG--CACAC----A-------TGTGCCATAA-CT-------GTTTTATA-CATTGGATCGTCAGAGGGAAGGCACACA
gi|100562 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGGT--GACATAAAA-CTG-AACTAAGGATGCACTGAGTTAGCCATAAAACATGGTTATAATTATGCAT-TACTAGCATTATAGCATTATT----ATTATGC------CATA----C----AC--------ATATACATTACATCGTCAGA-A--------GCAATG-C--A--TACAT---TTGCC------ATAA----TATCAATATAATT-ATGTATTATTACAA-AGA--GACAC----G-------TGTGCCATAA-AC----------ATATA-CATTATATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCAAAATATCAATA-----
gi|100564 : ATTTATAAGTATTGCCAAAGGGTTGAATAAACAT-TTG-AACAATGAACGCAGTGA--------------ATTG-----GTAA--CAT-TGTGAACT-------GTTATT----TTCATGC------AATA----T----AT--------GTA-----------------------------------------------------------ATAAAGTACCTGGTTATCATT-ATGCATTATTTGAA-AGA--CGGCC----A-------TTTGTCAGAA-A
gi|100563 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGGT--GACATAAAA-CTG-AACTAAGGATGCACTGA--------------GTTA-----GCCA--TA-----AAACATG-----GTTATA----ATTATGC------ATTACTAGC----AT---------TA----------------T-A--------GCATTATT--A--T---T---ATGCC------AT-AC--ACATA--TA-CATT-A--CATCGTCAGAAGCAATGCATAC----A-------TTTGCCATAATATCAATATAATTATGTATTATTACA
gi|100565 : TTTTTAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAAAACAA-CTG-AACTAAGGATGCATTGA--------------ATGG-----GTCA--CAT-TGTGACCA-------GT---------------------------------------------------------------A-A--------GCA----C--A--TA--T---GTGTC------ATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAA-CGA--CACAC----A-------TGTGCCATAA-AT-------GTTTTATA-CATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATAAT--ACCGAAAAAAGAAA---AGAAATGTGAAaa
gi|100566 : TTTATAAATCTTGTTA-GAGTTTGAAACAAAAA-CTGGAACTAAGGATGCATTGA--------------ATGG-----GTTA--CAT-TATGACCA-------CTTATT----ATTATGC------TTTA----T----AT--------GTA----------------A-A--------GCA----C--A--TA--TCATGTGTC------ATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAA-CAA--CACAC----A-------T-TGCCATCA-AA-------GTTTTATA-CATTCGATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGCGCCATAATATCAAAA-----ATATA-TATTTCAAATAT---TC--TA-AGAAT--ACAGAAAAAA
gi|100567 : TTATAAATCTTGCAAAGGG-GTGAAAACAAAACCTG-AACAATGAATGCATTGA--------------ACTG-----GTCA--AAT-GGTGACCA-------GTTATT----ATAATGCAAAACTAATA----TAGTAAT--------GAA----------------A-A--------GCA----CATA--TA--T---GTGTC------ATGAA--A
gi|100568 : AA-CTG-AACTAAGGATGCATTGA--------------ATGG-----GTCA--CAT-TGTGACCA-------GTTATT----ATTATGC------AATA----T----AT--------GTA----------------A-A--------GCA----C--A--TA--T---GTGTC------ATAAA--ACACGGTTATCATT-ATGCATTATAAGAA-CGA--CACAC----A-------TGTGCCATAA-AT-------GTTTTATA-CATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATAAT--ACCGAAAAATGAAA---AGAAAT
gi|100560 : CA--CATGTGTG-CC---------TTGTTTCTGACGATGT------AATG----T----AT--------A-A----------------A-ACTTTTATGGCA----C--A--TG--T---GTGTCGTTCAAATAAT--GCATAATGATAACC-ATG-AT-AT----A-TGA--CACAT----A-------TGTGCT---------------TTACATA-TATTGCAT
gi|100569 : atttataaatcttgccaagggtttgaaaaaacaactgaactaaggatgcaatgaatgggtcacattgtgaccagttattattGACCG-------GTCATT----ATTATGC------AATA----T----AT--------GTA----------------A-A--------GCA----C--A--AA--T---GTTTC------ATAAA--ATATGGTCATCATT-ATGCGTTATAAAAA-AGA--CACAC------------CG------------------GTTGTA------TACATCGTCATAAACAATGCCTGCATGTGTCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGC-AATCT---TTAAAA-AAAATA-ACAGAACAAATAAA---ATAAccaaaatactaaaaacatatattgcaaatattcaaagaatacagaaaaaagaaaagatatgtgaa
gi|100557 : T----AATGTAT------AAAA----C----AT--------GTA----------------T-G--------GCA----C--A--TG--T---GTGTCGTTCTAATAAT--GCATAATGATAACC-ATGTTTTAT-------GA--CACAT----A-------TGTGCT---------------TTACATA-TATTGCAT
gi|100570 : atttataaatcttgccaagggtttgaaaacacaactgaactaaggatgcattgaatgaatcacattgtgaccagttattattTATAC------ATTA----T----ATCGTCAGAAGCA----------------A-T--------GCA----T--A--CA--T---TTGCC------A--AA--ATATCAATATAATT-ATGTATTATTAGAA-AGA--GACAC----G-------TGTGCCATAA-AC----------ATATA-CATTACATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AATAT-TT--ACAGAAAGAA-AAA---TGAAcatcttcagaagcaaggcacacatatgccataatatcagtaacatatattgcaaatattcaaataataccgaaaaaagaaaagaaatgtgaa
gi|100559 : ATGC------AATG----T----AT--------A-A----------------A-ACATTTATGGCA----C--A--TG--T---GTGTCGTTCTAATAAT--GCATAATGATAACC-ATGTTTTAT-------GA--CACAT----A-------TATGC--TAA-AC------------ATA-TATTGCAT
gi|100568 : atttataaatcttgccaagggtttgaaaaaataactgaactaaggatgcattgaatggatcacattgtgaccagttattattATGT------AATG----T----AT--------A-A----------------A-ACATTTATGGCA----C--A--TG--T---GTGTCGTTCTTATAAT--GCATAATGATAACC-GTGTTTTAT-------GA--CACAT----A-------TGTGCT---------------TTACATA-TATTGCATcttcagaagcaaggcacacatgtgccataacatcaataacatatattgcaaatatacaaacaataccgaaaagaaaagaaatgtgaa
gi|100571 : aactgaactaaggatgcattgaatgggtcacattgtgaccagttattattATA----T----GT--------GTC----------------ATA--------GCAACT-C--AAATA--T---GTTTC------ATAAA--CCATTGTTATTACTGACAAATC-TGAGCA-AGG--CACATCATTA-------TGTTTCATAACAT--------TTGTATA--AGTA-ATCGTCAGGTTTAAAGTACAAATGTGCCATAAAATAAATG-----AAATA-AACTGTAAACATAAAGC--AA-TTAAT--CTC----AAAGAAAACTAGAAATGCGActtcagaagcaaggcacacatgtgccataatatcaataacatatattgcaaatattcaaataataccgaaaaatgaaaagaaat
gi|100572 : ----AT--------GTA----------------ATA--------GTG-------G--TG--T---GAGAC------GTGAA--ACATAATTATCATT-ATGTATTATTAGAA-AGA--CACAC----A-------TGTGTTATTG-A--------GTTTTATA-CATTACACAGTCAAAAGCAAGGCACACACGTGCCCTAATGTCATTA-----ACATG-TACTGCAAACAT---AA--AACATAATTAACAGAAAAAAAGAA---AG
gi|100563 : GCC------ATAAA--ACATGGTTATAATT-ATGCATTACTAGCA-TTA--TA-GC----ATTATTATTATGCCATAC-A----------CATATA-CATTACATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCATAATATCAATATAATTATGTATTATTACAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 1111111111 111111111111111111 111111111
lowQualScore : 4 2 33 5 3 99999999999999 6666 44 3333333333 888888 5555 99999999 888888888888888888 111111111 33 444 33 2 1 5555 2 66 2 0 77777 3 666 55 3 3 88 1 0
lowQualScore : . . .. . . .............. .... .. .......... ...... .... ........ .................. ......... .. ... .. . . .... . .. . . ..... . ... .. . . .. . .
lowQualScore : 2 1 99 1 3 66666666666666 5555 22 5555555555 222222 3333 11111111 888888888888888888 888888888 44 444 44 7 7 7777 7 33 0 1 77777 3 444 00 6 6 66 0 7
consensus : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACNGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
Reference ( family-942 ) : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTNTATACATTACATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACNGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100557 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-CACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGAATCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAC-ATGTTTTATACATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATATGCCATAATATCAGTA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100558 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-CACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGATCACA--------------TTGTG----ACCA--A----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTATATATATTACATCTTCAGAAGCAAGGTACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100559 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AATAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGATCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTT----------------T-AGCA---T--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTGCATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAACATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---AC--AA-ACA-AT--ACCG--AAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100560 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCAATGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATATA--TCATGGTTATCATT-ATGCATTATTTGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-AAGTTTTATACATTACATCGTCAGAAACAAGGCACACATGTGCCAAAATACTAAAA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-AGA-AT--ACAGAAAAAAGAAAAGATATGTGAA
gi|100561 : ATCTATAAATCTTGCTAATGGGTGGATAT-AACAACTG-AAGTAAGGATACATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCG--G----------TTATTAATGTAC------AATAC----AG--------GTA----------------A-AGCA---T--G--TT--T---GTGACATACA--ACATTGTAATAA-----G---TATTAGAAAAGCACAC----ATGTGCCATAA-CTGTTTTATACATTGGATCGTCAGAGGGAAGGCACACA
gi|100562 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGGT-GACAT-AA-AACTG-AACTAAGGATGCACTGAGTTAGCCATAAAACATGGTTATAATTATGCATTACTA--GCATTATAGCATTATTATTATGC------CATAC----AC--------ATATACATTACATCGTCAGA-AGCAATGC--A--TACAT---TTGCCATAA----TATCAATATAATT-ATGTATTATTACAAAGAGACAC----GTGTGCCATAA-AC---ATATACATTATATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCAAAATATCAATA-----
gi|100563 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGGT-GACAT-AA-AACTG-AACTAAGGATGCACTGAGTTAGCCATA------------------A----AACATGG----------TTATAATTATGC------ATTAC-----T-----------------------------AGCA---T-----TA--T------------A--GCA---TTATTATT-ATGC----------C-ATACAC----A-----------------TATACATTACATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCATAATATCAATATAATTATGTATTATTACAAA
gi|100564 : ATTTATAAGTATTGCCAAAGGGTTGAATA-AACATTTG-AACAATGAACGCAGTGAATTGGTAACA--------------TTGTG----AACT--G----------TTATTTTCATGC------AATAT----AT--------GTA--------------------------------------------ATAAAGTACCTGGTTATCATT-ATGCATTATTTGAAAGACGGCC----ATTTGTCAGAA-A
gi|100565 : TTTTTAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------T-------------------------------------------------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100566 : TTTATAAATCTTGTTA-GAGTTTGAAAC-AAAAACTGGAACTAAGGATGCATTGAATGGGTTACA--------------TTATG----ACCA--C----------TTATTATTATGC------TTTAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--TCATGTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACAACACAC----AT-TGCCATCA-AAGTTTTATACATTCGATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGCGCCATAATATCAAAA-----ATATA-TATTTCAAATAT---TC--TA-AGA-AT--ACAGAAAAAA
gi|100567 : TTATAAATCTTGCAAAGGG-GTGAAAACAAAACCTG-AACAATGAATGCATTGAACTGGTCAAA--------------TGGTG----ACCA--G----------TTATTATAATGCAAAACTAATATAGTAAT--------GAA----------------A-AGCA---CATA--TA--T---GTGTCATGAA--A
gi|100568 : AACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACACGGTTATCATT-ATGCATTATAAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAATGAAAAGAAAT
gi|100569 : G----ACCG--G----------TCATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--AA--T---GTTTCATAAA--ATATGGTCATCATT-ATGCGTTATAAAAAAGACACAC----------CG------GTTGTATAC-----ATCGTCATAAACAATGCCTGCATGTGTCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGC-AATCT---TTAAAA-AAA-ATA-ACAGAACAAATAAAATAA
gi|100570 : TATAC------ATTAT----ATCGTCAGAAGCA----------------A-TGCA---T--A--CA--T---TTGCCA--AA--ATATCAATATAATT-ATGTATTATTAGAAAGAGACAC----GTGTGCCATAA-AC---ATATACATTACATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC---A-ATATTT--ACAGAAAGAA-AAATGAA
gi|100571 : ATAT----GT--------GTC----------------ATAGCAACTC--AAATA--T---GTTTCATAAA--CCATTGTTATTACTGACAAATC-TGAGCAAGGCACATCATTATGTTTCATAACAT-TTGTATA-AGTA-ATCGTCAGGTTTAAAGTACAAATGTGCCATAAAATAAATG-----AAATA-AACTGTAAACATAAAGC--AA-TTA-AT---CTCAAAGAAAACTAGAAATGCGA
gi|100572 : ----AT--------GTA----------------ATAGTG------G--TG--T---GAGACGTGAA--ACATAATTATCATT-ATGTATTATTAGAAAGACACAC----ATGTGTTATTG-A-GTTTTATACATTACACAGTCAAAAGCAAGGCACACACGTGCCCTAATGTCATTA-----ACATG-TACTGCAAACAT---AA--AACATA-ATTAACAGAAAAAAAGAAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 1111111111 111111111111111111 111111111
lowQualScore : 4 2 33 5 3 99999999999999 6666 44 3333333333 888888 5555 99999999 888888888888888888 111111111 33 444 33 2 1 5555 2 3 1 0 77777 3 666 55 3 3 88 1 0
lowQualScore : . . .. . . .............. .... .. .......... ...... .... ........ .................. ......... .. ... .. . . .... . . . . ..... . ... .. . . .. . .
lowQualScore : 2 1 99 1 3 66666666666666 5555 22 5555555555 222222 3333 11111111 888888888888888888 888888888 44 444 44 7 7 7777 7 8 4 1 77777 3 444 00 6 6 66 0 7
consensus : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACNGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
Reference ( family-942 ) : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACNGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100557 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-CACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGAATCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAC-ATGTTTTATACATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATATGCCATAATATCAGTA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100558 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-CACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGATCACA--------------TTGTG----ACCA--A----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTATATATATTACATCTTCAGAAGCAAGGTACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100559 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AATAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGATCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTT----------------T-AGCA---T--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTGCATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAACATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---AC--AA-ACA-AT--ACCG--AAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100560 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCAATGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATATA--TCATGGTTATCATT-ATGCATTATTTGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-AAGTTTTATACATTACATCGTCAGAAACAAGGCACACATGTGCCAAAATACTAAAA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-AGA-AT--ACAGAAAAAAGAAAAGATATGTGAA
gi|100561 : ATCTATAAATCTTGCTAATGGGTGGATAT-AACAACTG-AAGTAAGGATACATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCG--G----------TTATTAATGTAC------AATAC----AG--------GTA----------------A-AGCA---T--G--TT--T---GTGACATACA--ACATTGTAATAA-----G---TATTAGAAAAGCACAC----ATGTGCCATAA-CTGTTTTATACATTGGATCGTCAGAGGGAAGGCACACA
gi|100562 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGGT-GACAT-AA-AACTG-AACTAAGGATGCACTGAGTTAGCCATAAAACATGGTTATAATTATGCATTACTA--GCATTATAGCATTATTATTATGC------CATAC----AC--------ATATACATTACATCGTCAGA-AGCAATGC--A--TACAT---TTGCCATAA----TATCAATATAATT-ATGTATTATTACAAAGAGACAC----GTGTGCCATAA-ACAT---ATACATTATATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCAAAATATCAATA-----
gi|100563 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGGT-GACAT-AA-AACTG-AACTAAGGATGCACTGAGTTAGCCATA------------------A----AACATGG----------TTATAATTATGC------ATTAC-----T-----------------------------AGCA---T-----TA--T------------A--GCA---TTATTATT-ATGC----------C-ATACAC----A-----------------TATACATTACATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCATAATATCAATATAATTATGTATTATTACAAA
gi|100564 : ATTTATAAGTATTGCCAAAGGGTTGAATA-AACATTTG-AACAATGAACGCAGTGAATTGGTAACA--------------TTGTG----AACT--G----------TTATTTTCATGC------AATAT----AT--------GTA--------------------------------------------ATAAAGTACCTGGTTATCATT-ATGCATTATTTGAAAGACGGCC----ATTTGTCAGAA-A
gi|100565 : TTTTTAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------T-------------------------------------------------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100566 : TTTATAAATCTTGTTA-GAGTTTGAAAC-AAAAACTGGAACTAAGGATGCATTGAATGGGTTACA--------------TTATG----ACCA--C----------TTATTATTATGC------TTTAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--TCATGTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACAACACAC----AT-TGCCATCA-AAGTTTTATACATTCGATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGCGCCATAATATCAAAA-----ATATA-TATTTCAAATAT---TC--TA-AGA-AT--ACAGAAAAAA
gi|100567 : TTATAAATCTTGCAAAGGG-GTGAAAACAAAACCTG-AACAATGAATGCATTGAACTGGTCAAA--------------TGGTG----ACCA--G----------TTATTATAATGCAAAACTAATATAGTAAT--------GAA----------------A-AGCA---CATA--TA--T---GTGTCATGAA--A
gi|100568 : AACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACACGGTTATCATT-ATGCATTATAAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAATGAAAAGAAAT
gi|100569 : G----ACCG--G----------TCATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--AA--T---GTTTCATAAA--ATATGGTCATCATT-ATGCGTTATAAAAAAGACACAC----------CG------GTTGTATAC-----ATCGTCATAAACAATGCCTGCATGTGTCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGC-AATCT---TTAAAA-AAA-ATA-ACAGAACAAATAAAATAA
gi|100570 : TATAC------ATTAT----ATCGTCAGAAGCA----------------A-TGCA---T--A--CA--T---TTGCCA--AA--ATATCAATATAATT-ATGTATTATTAGAAAGAGACAC----GTGTGCCATAA-ACAT---ATACATTACATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC---A-ATATTT--ACAGAAAGAA-AAATGAA
gi|100571 : ATAT----GT--------GTC----------------ATAGCAACTC--AAATA--T---GTTTCATAAA--CCATTGTTATTACTGACAAATC-TGAGCAAGGCACATCATTATGTTTCATAACAT-TTGTATA-AGTA-ATCGTCAGGTTTAAAGTACAAATGTGCCATAAAATAAATG-----AAATA-AACTGTAAACATAAAGC--AA-TTA-AT---CTCAAAGAAAACTAGAAATGCGA
gi|100572 : ----AT--------GTA----------------ATAGTG------G--TG--T---GAGACGTGAA--ACATAATTATCATT-ATGTATTATTAGAAAGACACAC----ATGTGTTATTG-A-GTTTTATACATTACACAGTCAAAAGCAAGGCACACACGTGCCCTAATGTCATTA-----ACATG-TACTGCAAACAT---AA--AACATA-ATTAACAGAAAAAAAGAAAG
blockSeqs : T T AC C G AAACATGGTTATAA CATT TG CATTATAGCA AAAACT AGTA CGTCAGAA TACATTACATCGTCAGA ACTCAAA CA CAT GT G C CATT C T A TAATT T AAA AA C T TA C
blockSeqs : T T A T . . . . . . . . AT ATGCA . . . . C . . T T . . . . . . A C
blockSeqs : T T A C . . . . . . . . AT CATA . . . . C . . A T . . . . . . . A
blockSeqs : G G A C . . . . . . . . A CA . . . . A . . T T . . . . . . . C
blockSeqs : G T T C . . . . . . . . T TA . . . . A . . C T . . . . . . . A
blockSeqs : G T T C . . . . . . . . A CA . . . . C . . T T . . . . . . . C
blockSeqs : G T T A . . . . . . . . A TG . . . . A . . A T . . . . . . . A
blockSeqs : T T A A . . . . . . . . A CA . . . . C . . T G . . . . . . . A
blockSeqs : T . A . . . . . . . . . A CA . . . . C . . C G . . . . . . . T
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . A CA . . . . C . . T T . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . A CA . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A TA . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . A T . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACNGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
finalCons : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACNGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 1111111111 111111111111111111 111111111
lowQualScore : 4 2 33 5 3 99999999999999 6666 44 3333333333 888888 5555 99999999 888888888888888888 111111111 33 444 33 2 1 5555 2 3 1 0 77777 3 666 55 3 3 88 1 0
lowQualScore : . . .. . . .............. .... .. .......... ...... .... ........ .................. ......... .. ... .. . . .... . . . . ..... . ... .. . . .. . .
lowQualScore : 2 1 99 1 3 66666666666666 5555 22 5555555555 222222 3333 11111111 888888888888888888 888888888 44 444 44 7 7 7777 7 8 4 1 77777 3 444 00 6 6 66 0 7
consensus : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACNGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
Reference ( family-942 ) : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACNGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100557 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-CACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGAATCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAC-ATGTTTTATACATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATATGCCATAATATCAGTA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100558 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-CACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGATCACA--------------TTGTG----ACCA--A----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTATATATATTACATCTTCAGAAGCAAGGTACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100559 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AATAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGATCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTT----------------T-AGCA---T--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTGCATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAACATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---AC--AA-ACA-AT--ACCG--AAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100560 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCAATGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATATA--TCATGGTTATCATT-ATGCATTATTTGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-AAGTTTTATACATTACATCGTCAGAAACAAGGCACACATGTGCCAAAATACTAAAA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-AGA-AT--ACAGAAAAAAGAAAAGATATGTGAA
gi|100561 : ATCTATAAATCTTGCTAATGGGTGGATAT-AACAACTG-AAGTAAGGATACATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCG--G----------TTATTAATGTAC------AATAC----AG--------GTA----------------A-AGCA---T--G--TT--T---GTGACATACA--ACATTGTAATAA-----G---TATTAGAAAAGCACAC----ATGTGCCATAA-CTGTTTTATACATTGGATCGTCAGAGGGAAGGCACACA
gi|100562 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGGT-GACAT-AA-AACTG-AACTAAGGATGCACTGAGTTAGCCATAAAACATGGTTATAATTATGCATTACTA--GCATTATAGCATTATTATTATGC------CATAC----AC--------ATATACATTACATCGTCAGA-AGCAATGC--A--TACAT---TTGCCATAA----TATCAATATAATT-ATGTATTATTACAAAGAGACAC----GTGTGCCATAA-ACAT---ATACATTATATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCAAAATATCAATA-----
gi|100563 : ATTTATAAATCTTGCCAAGGGGT-GACAT-AA-AACTG-AACTAAGGATGCACTGAGTTAGCCATA------------------A----AACATGG----------TTATAATTATGC------ATTAC-----T-----------------------------AGCA---T-----TA--T------------A--GCA---TTATTATT-ATGC----------C-ATACAC----A-----------------TATACATTACATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCATAATATCAATATAATTATGTATTATTACAAA
gi|100564 : ATTTATAAGTATTGCCAAAGGGTTGAATA-AACATTTG-AACAATGAACGCAGTGAATTGGTAACA--------------TTGTG----AACT--G----------TTATTTTCATGC------AATAT----AT--------GTA--------------------------------------------ATAAAGTACCTGGTTATCATT-ATGCATTATTTGAAAGACGGCC----ATTTGTCAGAA-A
gi|100565 : TTTTTAAATCTTGCCAAGGGTTTGAAAA-AACAACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------T-------------------------------------------------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAAAGAAAAGAAATGTGAA
gi|100566 : TTTATAAATCTTGTTA-GAGTTTGAAAC-AAAAACTGGAACTAAGGATGCATTGAATGGGTTACA--------------TTATG----ACCA--C----------TTATTATTATGC------TTTAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--TCATGTGTCATAAA--ACATGGTTATCATT-ATGCATTATTAGAACAACACAC----AT-TGCCATCA-AAGTTTTATACATTCGATCGTCAGAAGCAAGGCACACATGCGCCATAATATCAAAA-----ATATA-TATTTCAAATAT---TC--TA-AGA-AT--ACAGAAAAAA
gi|100567 : TTATAAATCTTGCAAAGGG-GTGAAAACAAAACCTG-AACAATGAATGCATTGAACTGGTCAAA--------------TGGTG----ACCA--G----------TTATTATAATGCAAAACTAATATAGTAAT--------GAA----------------A-AGCA---CATA--TA--T---GTGTCATGAA--A
gi|100568 : AACTG-AACTAAGGATGCATTGAATGGGTCACA--------------TTGTG----ACCA--G----------TTATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--TA--T---GTGTCATAAA--ACACGGTTATCATT-ATGCATTATAAGAACGACACAC----ATGTGCCATAA-ATGTTTTATACATTACATCTTCAGAAGCAAGGCACACATGTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC--AA-ATA-AT--ACCGAAAAATGAAAAGAAAT
gi|100569 : G----ACCG--G----------TCATTATTATGC------AATAT----AT--------GTA----------------A-AGCA---C--A--AA--T---GTTTCATAAA--ATATGGTCATCATT-ATGCGTTATAAAAAAGACACAC----------CG------GTTGTATAC-----ATCGTCATAAACAATGCCTGCATGTGTCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGC-AATCT---TTAAAA-AAA-ATA-ACAGAACAAATAAAATAA
gi|100570 : TATAC------ATTAT----ATCGTCAGAAGCA----------------A-TGCA---T--A--CA--T---TTGCCA--AA--ATATCAATATAATT-ATGTATTATTAGAAAGAGACAC----GTGTGCCATAA-ACAT---ATACATTACATCGTCAGAAGCAATGCATACATTTGCCATAATATCAATA-----ACATA-TATTGCAAATAT---TC---A-ATATTT--ACAGAAAGAA-AAATGAA
gi|100571 : ATAT----GT--------GTC----------------ATAGCAACTC--AAATA--T---GTTTCATAAA--CCATTGTTATTACTGACAAATC-TGAGCAAGGCACATCATTATGTTTCATAACAT-TTGTATA-AGTA-ATCGTCAGGTTTAAAGTACAAATGTGCCATAAAATAAATG-----AAATA-AACTGTAAACATAAAGC--AA-TTA-AT---CTCAAAGAAAACTAGAAATGCGA
gi|100572 : ----AT--------GTA----------------ATAGTG------G--TG--T---GAGACGTGAA--ACATAATTATCATT-ATGTATTATTAGAAAGACACAC----ATGTGTTATTG-A-GTTTTATACATTACACAGTCAAAAGCAAGGCACACACGTGCCCTAATGTCATTA-----ACATG-TACTGCAAACAT---AA--AACATA-ATTAACAGAAAAAAAGAAAG