lowQualScore : 11 22222222 22 1111111 2222222 1 1111 4444 1 1 111111 11111 1
lowQualScore : 33 2 4 9 4 3 99999999 666 55 55 6 3 0 1 4 2 2 1 1111111 2222222 3 1 1 44 8 9 0 2 3 3 3 44 888 9999 44 3 2 3 44 1 2 3 4 5555 3 55 7 1 0 6 1 0 4 0 2 4 000000 00000 3 3 2 3 7
lowQualScore : .. . . . . . ........ ... .. .. . . . . . . . . ....... ....... . . . .. . . . . . . . .. ... .... .. . . . .. . . . . .... . .. . . . . . . . . . . ...... ..... . . . . .
lowQualScore : 88 5 6 5 9 6 55555555 444 00 00 2 3 5 4 0 9 1 9 2222222 3333333 1 0 0 22 2 0 5 8 3 1 1 55 999 6666 22 1 8 1 33 8 8 6 1 6666 6 00 3 6 5 0 2 5 5 4 8 9 555555 22222 3 3 9 3 0
consensus : ATATGCA--TTNCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAAT-GTA-TC---ANTTT---TTAATT--GCATTTATTTTTT-CAGTTTGGTATAAATACTTTATTTGTGGCTTGNAATT-GNTGAAAACTGGTC----GTCT----TC-CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCAT--GAAGAATTAATTTATTTAAAA-CACTGTCATATTTNACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTGAA-GTATTATATTTT--TGTC-ANTGCA-TANAGTTTCAAAACTANCCCAG-AATGTTTCTGCATATT--T-GCA--CTCCCAAAANAGATGTGTAATGCTTTCTACATGCTGCTTTGCAAAAAGTGCANGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAGANAATTTG
Reference ( gi|72528 ) : ATATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTACTAAT-GTA-TC---TTTTT---TT--TT--GCATTTAATTTTT-CAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATT-GTTGAAAACTGGTT----GTCT----TA-CATCTAAC-TTACACTTATAAATGTAATATTTTGCAT--GTAGTATTAATTTATTTAGAA-CACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTGAACGT-TTATATTTT--TGTC-AGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATA-A--T-ACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTCTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATATG
gi|72529 : ATATGCA--TTACAGTATTTTTCAAATTTTACTAAT-GTAATT---TTTTT---TT--TT--GCATTTAATTTTT-CAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATT-GTTGAAAACTGGTT----GTCT----TC-CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCAT--GTAGAATTAATTTATTTAGAA-CACTGTCGTATTTAATTGACTCAGAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTGAACAA-TTATATTTT--TTTC-AGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTCGTATATT--T-ACA--CTCCCAAAAATGATGTGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTGTTGTCAATAAATAATTTG
gi|72530 : ATATGCA--TTGCAGTATTTTTCAAATTTTACTAAT-GTA-TC---TTTTT---TT--TTTCGCATTTAATTTTT-CAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATT-GTTGAAAACTGGTT----GTCT----TC-CATCTAAC-TTGCATTTATAAATGTAATATTTTGCAT--GTAGTATTAATTTATTTAAAA-CACTGTCATATGTAATTGACCCTAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATCTTGGTTGAATGT-TTATATTTT--TGTC-AGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTTTATATT--T-ACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTTTCTATATGCTG-TTTAC-AAAAGTGCAAGAAC------TATC---A-TC-TT-TTATCta
gi|72531 : TATACACTTTCCATTATATTTCAAATTGTACTAAT-GTA-TTATATTTTTGCATT--TT--GCATTTAATTTAT-CGATTTGGTATGAATATTTT-TATGCGGTTTGTAATT-GTTTGAAACTTGCC----ATCT----TC-CGTCTAAC-TCGCATTTGTACATGTTAAACTTT--ATTGGTAGAACTCGTTTATC---AATCACTGTCATATTTGAT--------------ATATCTTTCACAGACCATATTCGTTGAAAGT-TTATATTTT---GTC-AGAGCA-CAGAGTTTCAAAATTAGTCAAACAATGGTTTTACATA-T--TCACATTCTCCCAAAA--TATGTGTAATGCTTTCCATATAATG-TTTACAAATAGTGCAAGAAT------TGTC---A-CC-TC-TTATCTTCAGTTTTGCCAACAAA
gi|72532 : ATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTCCTAAT-GTA-TC---TTTCC---TT--T---GCATTTAATTTTT-CAATTTGTTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATT-GTTGAAAATTGGTT----GTCT----TC-CAGCTAAC-TTTCACTTATAAATGTAATATTTTGCGT--GTAGTATTTATTTATTTAAAA-CACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACAATTTTGGTTGAACGT-TTATATTTT--TGTCAAGT-CA-TAGAATTTCAAAATTAGCCAAA-AATATTTTTGTATATT--T-ACA--CTCCGAAAAAAGACGCGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGaactttgta
gi|72533 : ATTCTTCATATTTTACTTAT-GTA-TC---ACTTT---TT--TT--GCATTTAATTTTT-CACTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAACT-GTTGAAAACTGGTT----GTCT----TC-CATCTACT-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCAT--GCAGTATTAATTTATTCAGTA-CACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-GTAATATCTTTCACAGACCATTTT--------AT-CTTCATTTT--TGTC-AATATA-TAta
gi|72535 : ATGTTTCAAACTTTTCAATT-GTA--C---AATTT---TTAATT--GCATTTATTTTTT-CAGTTTGGTACACACACTTTATTTGTTGCTTAAAATT-GATGAAGAATGGTA----ACCT----AT-CATCTAAC-TTTTACTTATAAAAAAAGTATTTTGCAT--GAAAAATTAATTTATTTAAAA-TATTATCATGTTTTACTGATCTGAAG-ATAATATCTTTCACATTTCATTGAAGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGCC-ATTGCA-TGTTGTTATAAAACTATCCCAG-AATGTTTCTACATA-CT-T-GCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCAAAAGGAACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTG
gi|72534 : ATGTTTCAAACTTTTC-AAT-TGA-AC---AATTT---TTAATT--GCATTTATTTTTT-CAGTTTGGTATACATACTTTATTTGTGGCTTTAAATT-GATGAAGAATGGTA----ACCT----AT-CATC-AAA-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTAGCAT--GAAAAATTAATTTATTAAAAA-TATTGTCATGTTTAACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGTC-ATTGCA-TGTTATTATAAAACTATCCCAG-AATATTTCTACATA-CT-T-GCA--TTCCCAGGATAACTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCCAAAGGTACATGTAT------CATC---ATTT-TT-TTATCTTCATTTTTATCAAAAGAGAATTTGta
gi|72536 : ATGTTTCAAACTTTTCAATT-GTA--C---AATTT---TTAATT--GCATTTATTTTTT-CAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTGGCTTAAGATT-GATGAAAAATGGCA----ACCT----AT-CATCTAAC-ATGCACTTATAAATGAAGAATTTTGCAT--GAAAAATTAATTTATTTAAAA-TATTGTCATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGTC-ATTGCA-TGTTGTTATAAAAta
gi|72537 : ATGTTTCAAACTTT-TTAATTGTA--C---AATTT---TTAATT--GCATTTATTTTTTTCAGTTTGGTACAGATACTTTATTTGTTGCTTAAAATT-GATGAAGAATGGTA----A-CT----TATCATCTAAC-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTTACAT--GAAAAATTAATTTA
gi|72538 : TTTCAAACTTTTCAAAT-GTA--C---AATTT---TTAATT--GCCTTTATTTTTT-CAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTCGCTTAAAATT-AATGAAGAATGGTA----ACCT----AT-CATCTAAC-TTGCACTTAAAAATAAAGTATTTTGCAT--GAAAAATTAATTTATTTAAAA-TATTGTTATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGTC-ATTGCA-TGCTGTTATAAAGCTATCCCAG-AATGTTTCTACATA-CT-T-GCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCAAAAGGTACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTTTCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTG
gi|72539 : TTTCAATCTTTTCAATT-GTA-CA---ATTTT---AA--TT--GCATTTATTTATC-CAGTTTGGTACACAAACTTTATTTGTGGCTAAAGATC-TATGAAGAATGGT---------------------------------ATAAATATAGTATTTTGCAT--GAAAAATTAATTAATTTAAAA-TATTGTAATATTTTACTGATCCAAAG-ATAATATTTTTCATACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTTTATGTC-ATTGCA-TGCTGTTATAAAACTATTCCAG-AATGATTCTACATACA--T-GCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGTAAAAGTTACATG---------TATCAATA-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTGta
gi|72540 : TTATTTTTT-CAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATT-GTTGAAAACTGGTT----GTCT----TC-CATCTAAC-ATGCATTTATAAATGTAATATTTTGCAT--GAAGTATTAATTTATTTAGAA-CACTGTCATATTTAATTAACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTGAATGT-TTATATTTT--TGTC-AGTGCA-AAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATATT--T-ACA--CT-CAAAAAAAGATGCGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGta
gi|72541 : AAATATTTTATTTGTGGTTTGTAGTT-GTTGAAAACTGGTT----ATCT----TC-CATGTAAta
gi|72542 : TATTTTACCTATGGTTTAAAATTCATACAAAGCTGGTTTACAGTATTTTCTG-CATGTGGCATT--ACTTATAAATATAGAATTCTACAT--GAAAAATTAGTTGAC---AAA-TATTGTCATATTTTACTGATCCAAAATATAAT---TTTCATACTCCTTTGTGGTTAAATGA-TTGTCTTAT--CGTC-ATTGCATTATA---TTAAAACTATCCCAG-AATGTTCTTGTA-A-ACTT-GCA--TTCCCAAAATAAGTGTGTAATGTTTTCTAAACTCGG-TTTGCAAAAAGT--ATGTATATTTTATATC---A-TCATTGTTATCTTCATTTaataattaattaaaagta
gi|72543 : TTGACCCAAAC-ATGATATCTTTTATAGACCATACTGTTTAAACGT-TTATATTTT--TCCC-AGTGCA--AGAGTTTCAAA-CTGACTCAA-AATGTTTCC-----------ACA--CTCCCACAAAGGATGTATACTGCTTTTTAAATGCTT-TGTACAAAAACTGCAAGAAC------TATC---G-CA-TT-TTAGTTTCATTTTTGTTGATAAACAAT
gi|72533 : -TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATATATAtagta
Alignments
lowQualScore : 11 11 111 11111111 2222 1
lowQualScore : 11 1 1 1 3 3 66 555 555 44 66 0 1 1 2 1 88888888 1 33 2 0 0 44 0 4 2 11 444 0000 33 1 2 22 1 1 3 0 3 0 44 1 2 8 3 8 1 3 999999 88888 3 3 1 1
lowQualScore : .. . . . . . .. ... ... .. .. . . . . . ........ . .. . . . .. . . . .. ... .... .. . . .. . . . . . . .. . . . . . . . ...... ..... . . . .
lowQualScore : 00 0 0 0 8 3 99 999 222 66 11 6 0 0 7 1 11111111 3 77 9 1 3 11 3 0 9 77 999 1111 99 0 9 00 0 0 3 8 3 1 66 0 2 8 3 4 0 8 666666 55555 3 3 0 0
consensus : ATATGCA--TTCCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTA-ATT--GCATTTA-NTTTTTCAGTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGNAATTGNTG-AAAACTGGTC------GTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTGAA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCAT-AGAGTTTCAAAACTAGCCCAA-AATGTTTTTGCATACTTGCA--CTCCCAAAANAGATGCGTAATGTTTTCTATATGCT-GCTTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAAANAATTTG
Reference ( family-934 ) : ATATGCA--TTNCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTATAAATACTTTATTTGTGGCTTGNAATTGNTG-AAAACTGGTC------GTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTNACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTGAA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCAT-ANAGTTTCAAAACTANCCCAG-AATGTTTCTGCATATTTGCA--CTCCCAAAANAGATGTGTAATGCTTTCTACATGCT-GCTTTGCAAAAAGTGCANGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAGANAATTTG
gi|72528 : ATATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTA-TCTT-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGTT------GTCTTA--CATCTAAC-TTACACTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGTATTAATTTATTTAGAACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTGAACGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCAT-AGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATA-ATACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTCTCTATATGCT-G-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATATG
gi|72529 : ATATGCA--TTACAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTAATTTT-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGTT------GTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGAATTAATTTATTTAGAACACTGTCGTATTTAATTGACTCAGAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTGAA-CAATTATATTTT--TTTCAGTGCAT-AGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTCGTATATTTACA--CTCCCAAAAATGATGTGTAATACTTTCTATATGCT-G-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTGTTGTCAATAAATAATTTG
gi|72530 : ATATGCA--TTGCAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTA-TCTT-TTTTTT-TTC--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGTT------GTCTTC--CATCTAAC-TTGCATTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGTATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATGTAATTGACCCTAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATCTTGGTTGAATGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCAT-AGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTTTATATTTACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTTTCTATATGCT-G-TTTAC-AAAAGTGCAAGAAC------TATC---A-TC-TT-TTATCta
gi|72531 : TATACACTTTCCATTATATTTCAAATTGTACTAA-TGTA-TTATATTTTTGCATTTTGCATTTA-ATTTATCGATTTGGTATGAATATTTT-TATGCGGTTTGTAATTGTTT-GAAACTTGCC------ATCTTC--CGTCTAAC-TCGCATTTGTACATGTTAAACTTTAT-TGGTAGAACTCGTTTATC--AATCACTGTCATATTT------------G-ATA-TATCTTTCACAGACCATATTCGTTGAAAGT-TTATATTTT---GTCAGAGCAC-AGAGTTTCAAAATTAGTCAAACAATGGTTTTACATATTCACATTCTCCCAAAAT--ATGTGTAATGCTTTCCATATAAT-G-TTTACAAATAGTGCAAGAAT------TGTC---A-CC-TC-TTATCTTCAGTTTTGCCAACAAAAACTTTG
gi|72532 : ATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTCCTAA-TGTA-TC-T-TTCCT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGTTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAATTGGTT------GTCTTC--CAGCTAAC-TTTCACTTATAAATGTAATATTTTGCGTGT-AGTATTTATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACAATTTTGGTTGAACGT-TTATATTTT--TGTCAAGTCAT-AGAATTTCAAAATTAGCCAAA-AATATTTTTGTATATTTACA--CTCCGAAAAAAGACGCGTAATACTTTCTATATGCT-G-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGta
gi|72533 : ATTCTTCATATTTTACTTA-TGTA-TCAC-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCACTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAACTGTTG-AAAACTGGTT------GTCTTC--CATCTACT-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCATGC-AGTATTAATTTATTCAGTACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-GTAATATCTTTCACAGACCATTTT--------ATCTT-CATTTT--TGTCAATATAT-Ata
gi|72534 : ATGTTTCAAACTTTTC-AA-TTGA-ACAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTATACATACTTTATTTGTGGCTTTAAATTGATG-AAGAATGGTA------ACCTAT--CATC-AAA-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTAGCATGA-AAAATTAATTTATTAAAAATATTGTCATGTTTAACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCAT-GTTATTATAAAACTATCCCAG-AATATTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGGATAACTGTGTAATGTTTTCTACATG-T-GCTTTGCCAAAGGTACATGTAT------CATC---ATTT-TT-TTATCTTCATTTTTATCAAAAGAGAATTTG
gi|72535 : ATGTTTCAAACTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACACACTTTATTTGTTGCTTAAAATTGATG-AAGAATGGTA------ACCTAT--CATCTAAC-TTTTACTTATAAAAAAAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTATCATGTTTTACTGATCTGAAG-ATAATATCTTTCACATTTCATTGAAGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGCCATTGCAT-GTTGTTATAAAACTATCCCAG-AATGTTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-T-GCTTTGCAAAAGGAACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTGta
gi|72536 : ATGTTTCAAACTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTGGCTTAAGATTGATG-AAAAATGGCA------ACCTAT--CATCTAAC-ATGCACTTATAAATGAAGAATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTGTCATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCAT-GTTGTTATAAAAta
gi|72537 : ATGTTTCAAACTTTT-TAATTGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTATTTTTTTCAGTTTGGTACAGATACTTTATTTGTTGCTTAAAATTGATG-AAGAATGGTA------ACTTAT--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTTACATGA-AAAATTAATTTA
gi|72538 : TTTCAAACTTTTCAAA-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCCTTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTCGCTTAAAATTAATG-AAGAATGGTA------ACCTAT--CATCTAAC-TTGCACTTAAAAATAAAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTGTTATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCAT-GCTGTTATAAAGCTATCCCAG-AATGTTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-T-GCTTTGCAAAAGGTACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTTTCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTG
gi|72539 : TTTCAATCTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTT-A-ATT--GCATTTA-TTTATCCAGTTTGGTACACAAACTTTATTTGTGGCTAAAGATCTATG-AAGAATGGT--------------------------------ATAAATATAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTAATTTAAAATATTGTAATATTTTACTGATCCAAAG-ATAATATTTTTCATACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTTTATGTCATTGCAT-GCTGTTATAAAACTATTCCAG-AATGATTCTACATACATGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-T-GCTTTGTAAAAGTTACATG---------TATCAATA-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTGta
gi|72540 : TTA-TTTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGTT------GTCTTC--CATCTAAC-ATGCATTTATAAATGTAATATTTTGCATGA-AGTATTAATTTATTTAGAACACTGTCATATTTAATTAACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTGAATGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCAA-AGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATATTTACA--CT-CAAAAAAAGATGCGTAATACTTTCTATATGCT-G-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGta
gi|72541 : AAATATTTTATTTGTGGTTTGTAGTTGTTG-AAAACTGGTT------ATCTTC--CATGTAAta
gi|72542 : TATTTTACCTATGGTTTAAAATTCATACAAAGCTGGTTTACAGTATTTTCTGCATGTGGCATT--ACTTATAAATATAGAATTCTACATGA-AAAATTAGTTGAC---AAATATTGTCATATTTTACTGATCCAAAATATAAT---TTTCATACTCCTTTGTGGTTAAA-TGATTGTCTTAT--CGTCATTGCATTATA---TTAAAACTATCCCAG-AATGTTCTTGTAAACTTGCA--TTCCCAAAATAAGTGTGTAATGTTTTCTAAA--CTCGGTTTGCAAAAAGT--ATGTATATTTTATATC---A-TCATTGTTATCTTCATTTaataattaattaaaagta
gi|72543 : TGACCCAAAC-ATGATATCTTTTATAGACCATACTGTTTAAACGT-TTATATTTT--TCCCAGTGCA--AGAGTTTC-AAACTGACTCAA-AATGTTTC--CA------CA--CTCCCACAAAGGATGTATACTGCTTTTTAAATGCT--TTGTACAAAAACTGCAAGAAC------TATC---G-CA-TT-TTAGTTTCATTTTTGTTGATAAACAATT
Alignments
lowQualScore : 11 11 111 11111111 2222 2
lowQualScore : 11 1 1 3 3 66 555 555 44 44 0 1 1 2 1 88888888 1 33 2 0 0 44 0 4 2 11 444 0000 33 1 2 22 1 1 3 0 0 0 44 1 0 0 8 1 3 1 3 999999 88888 3 3 1 1
lowQualScore : .. . . . . .. ... ... .. .. . . . . . ........ . .. . . . .. . . . .. ... .... .. . . .. . . . . . . .. . . . . . . . . ...... ..... . . . .
lowQualScore : 00 0 0 8 3 99 999 222 66 11 6 0 0 7 1 11111111 3 77 9 1 3 11 3 8 9 77 999 1111 99 0 9 55 0 8 3 8 8 1 66 0 7 3 8 2 3 8 8 666666 55555 3 3 0 0
consensus : ATATGCA--TTCCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTA-ATT--GCATTTA-NTTTTTCAGTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGNAATTGNTG-AAAACTGGTC------GTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTGAA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCAT-AGAGTTTCAAAACTAGCCCAA-AATGTTTTTGCATACTTGCA--CTCCCAAAANAGATGCGTAATGTTTTCTATATGCTG-TT-TACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAAANAATTTG
Reference ( family-934 ) : ATATGCA--TTCCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTA-ATT--GCATTTA-NTTTTTCAGTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGNAATTGNTG-AAAACTGGTC------GTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTGAA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCAT-AGAGTTTCAAAACTAGCCCAA-AATGTTTTTGCATACTTGCA--CTCCCAAAANAGATGCGTAATGTTTTCTATATGCTGCTT-TACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAAANAATTTG
gi|72528 : ATATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTA-TCTT-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGTT------GTCTTA--CATCTAAC-TTACACTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGTATTAATTTATTTAGAACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTGAACGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCAT-AGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATAA-TACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTCTCTATATGCTG-TT-TACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATATG
gi|72529 : ATATGCA--TTACAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTAATTTT-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGTT------GTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGAATTAATTTATTTAGAACACTGTCGTATTTAATTGACTCAGAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTGAA-CAATTATATTTT--TTTCAGTGCAT-AGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTCGTATATTTACA--CTCCCAAAAATGATGTGTAATACTTTCTATATGCTG-TT-TACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTGTTGTCAATAAATAATTTG
gi|72530 : ATATGCA--TTGCAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTA-TCTT-TTTTTT-TTC--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGTT------GTCTTC--CATCTAAC-TTGCATTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGTATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATGTAATTGACCCTAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATCTTGGTTGAATGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCAT-AGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTTTATATTTACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTTTCTATATGCTG-TT-TAC-AAAAGTGCAAGAAC------TATC---A-TC-TT-TTATCta
gi|72531 : TATACACTTTCCATTATATTTCAAATTGTACTAA-TGTA-TTATATTTTTGCATTTTGCATTTA-ATTTATCGATTTGGTATGAATATTTT-TATGCGGTTTGTAATTGTTT-GAAACTTGCC------ATCTTC--CGTCTAAC-TCGCATTTGTACATGTTAAACTTTAT-TGGTAGAACTCGTTTATC--AATCACTGTCATATTT------------G-ATA-TATCTTTCACAGACCATATTCGTTGAAAGT-TTATATTTT---GTCAGAGCAC-AGAGTTTCAAAATTAGTCAAACAATGGTTTTACATATTCACATTCTCCCAAAAT--ATGTGTAATGCTTTCCATATAATG-TT-TACAAATAGTGCAAGAAT------TGTC---A-CC-TC-TTATCTTCAGTTTTGCCAACAAAAACTTTG
gi|72532 : ATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTCCTAA-TGTA-TC-T-TTCCT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGTTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAATTGGTT------GTCTTC--CAGCTAAC-TTTCACTTATAAATGTAATATTTTGCGTGT-AGTATTTATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACAATTTTGGTTGAACGT-TTATATTTT--TGTCAAGTCAT-AGAATTTCAAAATTAGCCAAA-AATATTTTTGTATATTTACA--CTCCGAAAAAAGACGCGTAATACTTTCTATATGCTG-TT-TACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGta
gi|72533 : ATTCTTCATATTTTACTTA-TGTA-TCAC-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCACTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAACTGTTG-AAAACTGGTT------GTCTTC--CATCTACT-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCATGC-AGTATTAATTTATTCAGTACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-GTAATATCTTTCACAGACCATTTT--------ATCTT-CATTTT--TGTCAATATAT-Ata
gi|72534 : ATGTTTCAAACTTTTC-AA-TTGA-ACAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTATACATACTTTATTTGTGGCTTTAAATTGATG-AAGAATGGTA------ACCTAT--CATC-AAA-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTAGCATGA-AAAATTAATTTATTAAAAATATTGTCATGTTTAACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCAT-GTTATTATAAAACTATCCCAG-AATATTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGGATAACTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTT-TGCCAAAGGTACATGTAT------CATC---ATTT-TT-TTATCTTCATTTTTATCAAAAGAGAATTTG
gi|72535 : ATGTTTCAAACTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACACACTTTATTTGTTGCTTAAAATTGATG-AAGAATGGTA------ACCTAT--CATCTAAC-TTTTACTTATAAAAAAAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTATCATGTTTTACTGATCTGAAG-ATAATATCTTTCACATTTCATTGAAGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGCCATTGCAT-GTTGTTATAAAACTATCCCAG-AATGTTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTT-TGCAAAAGGAACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTGta
gi|72536 : ATGTTTCAAACTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTGGCTTAAGATTGATG-AAAAATGGCA------ACCTAT--CATCTAAC-ATGCACTTATAAATGAAGAATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTGTCATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCAT-GTTGTTATAAAAta
gi|72537 : ATGTTTCAAACTTTT-TAATTGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTATTTTTTTCAGTTTGGTACAGATACTTTATTTGTTGCTTAAAATTGATG-AAGAATGGTA------ACTTAT--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTTACATGA-AAAATTAATTTA
gi|72538 : TTTCAAACTTTTCAAA-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCCTTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTCGCTTAAAATTAATG-AAGAATGGTA------ACCTAT--CATCTAAC-TTGCACTTAAAAATAAAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTGTTATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCAT-GCTGTTATAAAGCTATCCCAG-AATGTTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTT-TGCAAAAGGTACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTTTCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTG
gi|72539 : TTTCAATCTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTT-A-ATT--GCATTTA-TTTATCCAGTTTGGTACACAAACTTTATTTGTGGCTAAAGATCTATG-AAGAATGGT--------------------------------ATAAATATAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTAATTTAAAATATTGTAATATTTTACTGATCCAAAG-ATAATATTTTTCATACTCCATTGATGTTGAA-GTATTATGTTTTTATGTCATTGCAT-GCTGTTATAAAACTATTCCAG-AATGATTCTACATACATGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTT-TGTAAAAGTTACATG---------TATCAATA-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTGta
gi|72540 : TTA-TTTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGTT------GTCTTC--CATCTAAC-ATGCATTTATAAATGTAATATTTTGCATGA-AGTATTAATTTATTTAGAACACTGTCATATTTAATTAACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTGAATGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCAA-AGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATATTTACA--CT-CAAAAAAAGATGCGTAATACTTTCTATATGCTG-TT-TACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGta
gi|72541 : AAATATTTTATTTGTGGTTTGTAGTTGTTG-AAAACTGGTT------ATCTTC--CATGTAAta
gi|72542 : TATTTTACCTATGGTTTAAAATTCATACAAAGCTGGTTTACAGTATTTTCTGCATGTGGCATT--ACTTATAAATATAGAATTCTACATGA-AAAATTAGTTGAC---AAATATTGTCATATTTTACTGATCCAAAATATAAT---TTTCATACTCCTTTGTGGTTAAA-TGATTGTCTTAT--CGTCATTGCATTATA---TTAAAACTATCCCAG-AATGTTCTTGTAAACTTGCA--TTCCCAAAATAAGTGTGTAATGTTTTCTAAACTCGG-TT-TGCAAAAAGT--ATGTATATTTTATATC---A-TCATTGTTATCTTCATTTaataattaattaaaagta
gi|72543 : TGACCCAAAC-ATGATATCTTTTATAGACCATACTGTTTAAACGT-TTATATTTT--TCCCAGTGCA--AGAGTTTCAAA-CTGACTCAA-AATGTTTC--CA------CA--CTCCCACAAAGGATGTATACTGCTTTTTAAATGCT--TTGTACAAAAACTGCAAGAAC------TATC---G-CA-TT-TTAGTTTCATTTTTGTTGATAAACAATT
Alignments
lowQualScore : 11 11 111 11111111 1111 1
lowQualScore : 11 1 1 3 3 66 555 555 44 44 0 1 1 2 1 88888888 1 33 2 0 0 44 0 4 2 11 444 2 7777 33 1 2 22 1 1 3 0 0 0 44 1 0 0 8 3 1 3 999999 88888 3 3 1 1
lowQualScore : .. . . . . .. ... ... .. .. . . . . . ........ . .. . . . .. . . . .. ... . .... .. . . .. . . . . . . .. . . . . . . . ...... ..... . . . .
lowQualScore : 00 0 0 8 3 99 999 222 66 11 6 0 0 7 1 11111111 3 77 9 1 3 11 3 8 9 77 999 9 3333 99 0 9 55 0 8 3 8 8 1 66 0 7 3 8 3 8 8 666666 55555 3 3 0 0
consensus : ATATGCA--TTCCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTA-ATT--GCATTTA-NTTTTTCAGTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGNAATTGNTG-AAAACTGGT------CGTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTG-AA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCA-TAGAGTTTCAAAACTAGCCCAA-AATGTTTTTGCATACTTGCA--CTCCCAAAANAGATGCGTAATGTTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAAANAATTTG
Reference ( family-934 ) : ATATGCA--TTCCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTA-ATT--GCATTTA-NTTTTTCAGTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGNAATTGNTG-AAAACTGGT------CGTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTG-AA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCA-TAGAGTTTCAAAACTAGCCCAA-AATGTTTTTGCATACTTGCA--CTCCCAAAANAGATGCGTAATGTTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAAANAATTTG
gi|72528 : ATATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTA-TCTT-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTA--CATCTAAC-TTACACTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGTATTAATTTATTTAGAACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTG-AACGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATAA-TACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTCTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATATG
gi|72529 : ATATGCA--TTACAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTAATTTT-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGAATTAATTTATTTAGAACACTGTCGTATTTAATTGACTCAGAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTG-AA-CAATTATATTTT--TTTCAGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTCGTATATTTACA--CTCCCAAAAATGATGTGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTGTTGTCAATAAATAATTTG
gi|72530 : ATATGCA--TTGCAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTA-TCTT-TTTTTT-TTC--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTAAC-TTGCATTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGTATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATGTAATTGACCCTAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATCTTGGTTG-AATGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTTTATATTTACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTTTCTATATGCTG-TTTAC-AAAAGTGCAAGAAC------TATC---A-TC-TT-TTATCta
gi|72531 : TATACACTTTCCATTATATTTCAAATTGTACTAA-TGTA-TTATATTTTTGCATTTTGCATTTA-ATTTATCGATTTGGTATGAATATTTT-TATGCGGTTTGTAATTGTTT-GAAACTTGC------CATCTTC--CGTCTAAC-TCGCATTTGTACATGTTAAACTTTAT-TGGTAGAACTCGTTTATC--AATCACTGTCATATTT------------G-ATA-TATCTTTCACAGACCATATTCGTTGAAA-GT-TTATA-TTT--TGTCAGAGCA-CAGAGTTTCAAAATTAGTCAAACAATGGTTTTACATATTCACATTCTCCCAAAAT--ATGTGTAATGCTTTCCATATAATG-TTTACAAATAGTGCAAGAAT------TGTC---A-CC-TC-TTATCTTCAGTTTTGCCAACAAAAACTTTG
gi|72532 : ATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTCCTAA-TGTA-TC-T-TTCCT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGTTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAATTGGT------TGTCTTC--CAGCTAAC-TTTCACTTATAAATGTAATATTTTGCGTGT-AGTATTTATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACAATTTTGGTTG-AACGT-TTATATTTT--TGTCAAGTCA-TAGAATTTCAAAATTAGCCAAA-AATATTTTTGTATATTTACA--CTCCGAAAAAAGACGCGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGta
gi|72533 : ATTCTTCATATTTTACTTA-TGTA-TCAC-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCACTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAACTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTACT-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCATGC-AGTATTAATTTATTCAGTACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-GTAATATCTTTCACAGACCATTTT---------ATCTT-CATTTT--TGTCAATATA-TAta
gi|72534 : ATGTTTCAAACTTTTC-AA-TTGA-ACAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTATACATACTTTATTTGTGGCTTTAAATTGATG-AAGAATGGT------AACCTAT--CATC-AAA-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTAGCATGA-AAAATTAATTTATTAAAAATATTGTCATGTTTAACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCA-TGTTATTATAAAACTATCCCAG-AATATTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGGATAACTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCCAAAGGTACATGTAT------CATC---ATTT-TT-TTATCTTCATTTTTATCAAAAGAGAATTTG
gi|72535 : ATGTTTCAAACTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACACACTTTATTTGTTGCTTAAAATTGATG-AAGAATGGT------AACCTAT--CATCTAAC-TTTTACTTATAAAAAAAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTATCATGTTTTACTGATCTGAAG-ATAATATCTTTCACATTTCATTGAAGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGCCATTGCA-TGTTGTTATAAAACTATCCCAG-AATGTTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCAAAAGGAACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTGta
gi|72536 : ATGTTTCAAACTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTGGCTTAAGATTGATG-AAAAATGGC------AACCTAT--CATCTAAC-ATGCACTTATAAATGAAGAATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTGTCATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCA-TGTTGTTATAAAAta
gi|72537 : ATGTTTCAAACTTTT-TAATTGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTATTTTTTTCAGTTTGGTACAGATACTTTATTTGTTGCTTAAAATTGATG-AAGAATGGT------AACTTAT--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTTACATGA-AAAATTAATTTA
gi|72538 : TTTCAAACTTTTCAAA-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCCTTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTCGCTTAAAATTAATG-AAGAATGGT------AACCTAT--CATCTAAC-TTGCACTTAAAAATAAAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTGTTATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCA-TGCTGTTATAAAGCTATCCCAG-AATGTTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCAAAAGGTACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTTTCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTG
gi|72539 : TTTCAATCTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTT-A-ATT--GCATTTA-TTTATCCAGTTTGGTACACAAACTTTATTTGTGGCTAAAGATCTATG-AAGAATGGT--------------------------------ATAAATATAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTAATTTAAAATATTGTAATATTTTACTGATCCAAAG-ATAATATTTTTCATACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTTTATGTCATTGCA-TGCTGTTATAAAACTATTCCAG-AATGATTCTACATACATGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGTAAAAGTTACATG---------TATCAATA-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTGta
gi|72540 : TTA-TTTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTAAC-ATGCATTTATAAATGTAATATTTTGCATGA-AGTATTAATTTATTTAGAACACTGTCATATTTAATTAACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTG-AATGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCA-AAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATATTTACA--CT-CAAAAAAAGATGCGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGta
gi|72541 : AAATATTTTATTTGTGGTTTGTAGTTGTTG-AAAACTGGT------TATCTTC--CATGTAAta
gi|72542 : TATTTTACCTATGGTTTAAAATTCATACAAAGCTGGTTTACAGTATTTTCTGCATGTGGCATT--ACTTATAAATATAGAATTCTACATGA-AAAATTAGTTGAC---AAATATTGTCATATTTTACTGATCCAAAATATAAT---TTTCATACTCCTTTGTGGTTA-AA-TGATTGTCTTAT--CGTCATTGCATTATA---TTAAAACTATCCCAG-AATGTTCTTGTAAACTTGCA--TTCCCAAAATAAGTGTGTAATGTTTTCTAAACTCGG-TTTGCAAAAAGT--ATGTATATTTTATATC---A-TCATTGTTATCTTCATTTaataattaattaaaagta
gi|72543 : TGACCCAAAC-ATGATATCTTTTATAGACCATACTGTTTA-AACGT-TTATATTTT--TCCCAGTGCA--AGAGTTTCAAA-CTGACTCAA-AATGTTTC--CA------CA--CTCCCACAAAGGATGTATACTGCTTTTTAAATGCTT-TGTACAAAAACTGCAAGAAC------TATC---G-CA-TT-TTAGTTTCATTTTTGTTGATAAACAATT
Alignments
lowQualScore : 11 11 111 11111111 1111 1
lowQualScore : 11 1 1 3 3 66 555 555 44 44 0 1 1 2 1 88888888 1 33 2 0 0 44 0 4 2 11 444 2 7777 33 1 2 22 1 1 3 0 0 0 44 1 0 0 8 3 1 3 999999 88888 3 3 1 1
lowQualScore : .. . . . . .. ... ... .. .. . . . . . ........ . .. . . . .. . . . .. ... . .... .. . . .. . . . . . . .. . . . . . . . ...... ..... . . . .
lowQualScore : 00 0 0 8 3 99 999 222 66 11 6 0 0 7 1 11111111 3 77 9 1 3 11 3 8 9 77 999 9 3333 99 0 9 55 0 8 3 8 8 1 66 0 7 3 8 3 8 8 666666 55555 3 3 0 0
consensus : ATATGCA--TTCCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTA-ATT--GCATTTA-NTTTTTCAGTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGNAATTGNTG-AAAACTGGT------CGTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTG-AA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCA-TAGAGTTTCAAAACTAGCCCAA-AATGTTTTTGCATACTTGCA--CTCCCAAAANAGATGCGTAATGTTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAAANAATTTG
Reference ( family-934 ) : ATATGCA--TTCCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTA-ATT--GCATTTA-NTTTTTCAGTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGNAATTGNTG-AAAACTGGT------CGTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTG-AA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCA-TAGAGTTTCAAAACTAGCCCAA-AATGTTTTTGCATACTTGCA--CTCCCAAAANAGATGCGTAATGTTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAAANAATTTG
gi|72528 : ATATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTA-TCTT-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTA--CATCTAAC-TTACACTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGTATTAATTTATTTAGAACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTG-AACGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATAA-TACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTCTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATATG
gi|72529 : ATATGCA--TTACAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTAATTTT-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGAATTAATTTATTTAGAACACTGTCGTATTTAATTGACTCAGAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTG-AA-CAATTATATTTT--TTTCAGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTCGTATATTTACA--CTCCCAAAAATGATGTGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTGTTGTCAATAAATAATTTG
gi|72530 : ATATGCA--TTGCAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTA-TCTT-TTTTTT-TTC--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTAAC-TTGCATTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGTATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATGTAATTGACCCTAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATCTTGGTTG-AATGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTTTATATTTACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTTTCTATATGCTG-TTTAC-AAAAGTGCAAGAAC------TATC---A-TC-TT-TTATCta
gi|72531 : TATACACTTTCCATTATATTTCAAATTGTACTAA-TGTA-TTATATTTTTGCATTTTGCATTTA-ATTTATCGATTTGGTATGAATATTTT-TATGCGGTTTGTAATTGTTT-GAAACTTGC------CATCTTC--CGTCTAAC-TCGCATTTGTACATGTTAAACTTTAT-TGGTAGAACTCGTTTATC--AATCACTGTCATATTT------------G-ATA-TATCTTTCACAGACCATATTCGTTGAAA-GT-TTATA-TTT--TGTCAGAGCA-CAGAGTTTCAAAATTAGTCAAACAATGGTTTTACATATTCACATTCTCCCAAAAT--ATGTGTAATGCTTTCCATATAATG-TTTACAAATAGTGCAAGAAT------TGTC---A-CC-TC-TTATCTTCAGTTTTGCCAACAAAAACTTTG
gi|72532 : ATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTCCTAA-TGTA-TC-T-TTCCT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGTTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAATTGGT------TGTCTTC--CAGCTAAC-TTTCACTTATAAATGTAATATTTTGCGTGT-AGTATTTATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACAATTTTGGTTG-AACGT-TTATATTTT--TGTCAAGTCA-TAGAATTTCAAAATTAGCCAAA-AATATTTTTGTATATTTACA--CTCCGAAAAAAGACGCGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGta
gi|72533 : ATTCTTCATATTTTACTTA-TGTA-TCAC-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCACTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAACTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTACT-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCATGC-AGTATTAATTTATTCAGTACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-GTAATATCTTTCACAGACCATTTT---------ATCTT-CATTTT--TGTCAATATA-TAta
gi|72534 : ATGTTTCAAACTTTTC-AA-TTGA-ACAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTATACATACTTTATTTGTGGCTTTAAATTGATG-AAGAATGGT------AACCTAT--CATC-AAA-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTAGCATGA-AAAATTAATTTATTAAAAATATTGTCATGTTTAACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCA-TGTTATTATAAAACTATCCCAG-AATATTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGGATAACTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCCAAAGGTACATGTAT------CATC---ATTT-TT-TTATCTTCATTTTTATCAAAAGAGAATTTG
gi|72535 : ATGTTTCAAACTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACACACTTTATTTGTTGCTTAAAATTGATG-AAGAATGGT------AACCTAT--CATCTAAC-TTTTACTTATAAAAAAAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTATCATGTTTTACTGATCTGAAG-ATAATATCTTTCACATTTCATTGAAGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGCCATTGCA-TGTTGTTATAAAACTATCCCAG-AATGTTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCAAAAGGAACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTGta
gi|72536 : ATGTTTCAAACTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTGGCTTAAGATTGATG-AAAAATGGC------AACCTAT--CATCTAAC-ATGCACTTATAAATGAAGAATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTGTCATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCA-TGTTGTTATAAAAta
gi|72537 : ATGTTTCAAACTTTT-TAATTGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTATTTTTTTCAGTTTGGTACAGATACTTTATTTGTTGCTTAAAATTGATG-AAGAATGGT------AACTTAT--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTTACATGA-AAAATTAATTTA
gi|72538 : TTTCAAACTTTTCAAA-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCCTTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTCGCTTAAAATTAATG-AAGAATGGT------AACCTAT--CATCTAAC-TTGCACTTAAAAATAAAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTGTTATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCA-TGCTGTTATAAAGCTATCCCAG-AATGTTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCAAAAGGTACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTTTCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTG
gi|72539 : TTTCAATCTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTT-A-ATT--GCATTTA-TTTATCCAGTTTGGTACACAAACTTTATTTGTGGCTAAAGATCTATG-AAGAATGGT--------------------------------ATAAATATAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTAATTTAAAATATTGTAATATTTTACTGATCCAAAG-ATAATATTTTTCATACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTTTATGTCATTGCA-TGCTGTTATAAAACTATTCCAG-AATGATTCTACATACATGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGTAAAAGTTACATG---------TATCAATA-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTGta
gi|72540 : TTA-TTTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTAAC-ATGCATTTATAAATGTAATATTTTGCATGA-AGTATTAATTTATTTAGAACACTGTCATATTTAATTAACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTG-AATGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCA-AAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATATTTACA--CT-CAAAAAAAGATGCGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGta
gi|72541 : AAATATTTTATTTGTGGTTTGTAGTTGTTG-AAAACTGGT------TATCTTC--CATGTAAta
gi|72542 : TATTTTACCTATGGTTTAAAATTCATACAAAGCTGGTTTACAGTATTTTCTGCATGTGGCATT--ACTTATAAATATAGAATTCTACATGA-AAAATTAGTTGAC---AAATATTGTCATATTTTACTGATCCAAAATATAAT---TTTCATACTCCTTTGTGGTTA-AA-TGATTGTCTTAT--CGTCATTGCATTATA---TTAAAACTATCCCAG-AATGTTCTTGTAAACTTGCA--TTCCCAAAATAAGTGTGTAATGTTTTCTAAACTCGG-TTTGCAAAAAGT--ATGTATATTTTATATC---A-TCATTGTTATCTTCATTTaataattaattaaaagta
gi|72543 : TGACCCAAAC-ATGATATCTTTTATAGACCATACTGTTTA-AACGT-TTATATTTT--TCCCAGTGCA--AGAGTTTCAAA-CTGACTCAA-AATGTTTC--CA------CA--CTCCCACAAAGGATGTATACTGCTTTTTAAATGCTT-TGTACAAAAACTGCAAGAAC------TATC---G-CA-TT-TTAGTTTCATTTTTGTTGATAAACAATT
blockSeqs : CT T A T T AT ATA GCA TT TT T T C C TTACAGTA T TG A GT A T GA TTG A CAA TA G T GA T G C TT A C C A A ATTTTA AATA A G T T
blockSeqs : . T A T . T TT TT . A T T . C TG T . . T A . GA TTG . TGT . G . GA T G . . A C C A A . AT . . C A
blockSeqs : . A A T . T TT AA . A T T . C TG T . . T A . GA TTC . CGT . G . GA T G . . T A C A A . G . . T T
blockSeqs : . T C T . T AC AA . A T T . T CA T . . T A . GA TTG . ATC . A . GA T G . . A C C A A . A . . A G
blockSeqs : T A T . T AA AA . A T T . C TG T . . C A . GA GAT . GTA . A . TT A T . . T C . T T . A . . A G
blockSeqs : G T A . A AA AA . A A A . A TG A . . A T . CT GAA . GTA . T . TT A T . . T C . T T . G . . A G
blockSeqs : G T A . . AA AA . T A A . A AA A . . A T . TT GAT . GTA . T . TT A T . . T C . T T . A . . A G
blockSeqs : G T T . . AA AA . T A A . A AA A . . A T . CT GAT . GTA . T . CT A T . . T . . T A . A . . T T
blockSeqs : G T A . . AA . . T A A . A AA A . . A T . CT GAT . GTA . T . CT A G . . A . . A T . G . . T C
blockSeqs : T A . . AA . . T A A . A AA A . . A A . CT TTG . TGT . T . GA T T . . T . . T A . A . .
blockSeqs : T . . . T . . T A A . A AA T . . A T . GA GTG . TGA . G . TA T A . . A . . A . . G . .
blockSeqs : T T T . C TG T . . A . . CT CTG . CGT . T . GA T
blockSeqs : T T . C TA T . . A . GA TT . GT . G .
blockSeqs : A A . C . . .
blockSeqCons : AA*
originalCons : ATATGCA--TTCCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTA-ATT--GCATTTA-NTTTTTCAGTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGNAATTGNTG-AAAACTGGT------CGTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTG-AA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCA-TAGAGTTTCAAAACTAGCCCAA-AATGTTTTTGCATACTTGCA--CTCCCAAAANAGATGCGTAATGTTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAAANAATTTG
finalCons : ATATGCA--TTCCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTAA-TT--GCATTTA-NTTTTTCAGTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGNAATTGNTG-AAAACTGGT------CGTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTG-AA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCA-TAGAGTTTCAAAACTAGCCCAA-AATGTTTTTGCATACTTGCA--CTCCCAAAANAGATGCGTAATGTTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAAANAATTTG
Alignments
lowQualScore : 11 11 111 11111111 1111 1
lowQualScore : 11 1 1 3 3 66 555 555 44 44 0 1 1 2 1 88888888 1 33 2 0 0 44 0 4 2 11 444 2 7777 33 1 2 22 1 1 3 0 0 0 44 1 0 0 8 3 1 3 999999 88888 3 3 1 1
lowQualScore : .. . . . . .. ... ... .. .. . . . . . ........ . .. . . . .. . . . .. ... . .... .. . . .. . . . . . . .. . . . . . . . ...... ..... . . . .
lowQualScore : 00 0 0 8 3 99 999 222 66 11 6 0 0 7 1 11111111 3 77 9 1 3 11 3 8 9 77 999 9 3333 99 0 9 55 0 8 3 8 8 1 66 0 7 3 8 3 8 8 666666 55555 3 3 0 0
consensus : ATATGCA--TTCCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTA-ATT--GCATTTA-NTTTTTCAGTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGNAATTGNTG-AAAACTGGT------CGTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTG-AA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCA-TAGAGTTTCAAAACTAGCCCAA-AATGTTTTTGCATACTTGCA--CTCCCAAAANAGATGCGTAATGTTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAAANAATTTG
Reference ( family-934 ) : ATATGCA--TTCCAGTATNTTTCAAACTTTNCTAA-TGTA-TCAN-TTTTTA-ATT--GCATTTA-NTTTTTCAGTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGNAATTGNTG-AAAACTGGT------CGTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAGTATTTTGCATGA-AGAATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAACTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGNCCATTNTGGTTG-AA-GTATTATATTTT--TGTCANTGCA-TAGAGTTTCAAAACTAGCCCAA-AATGTTTTTGCATACTTGCA--CTCCCAAAANAGATGCGTAATGTTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAANAAANAATTTG
gi|72528 : ATATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTA-TCTT-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTA--CATCTAAC-TTACACTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGTATTAATTTATTTAGAACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTG-AACGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATAA-TACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTCTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATATG
gi|72529 : ATATGCA--TTACAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTAATTTT-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGAATTAATTTATTTAGAACACTGTCGTATTTAATTGACTCAGAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTG-AA-CAATTATATTTT--TTTCAGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTCGTATATTTACA--CTCCCAAAAATGATGTGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTGTTGTCAATAAATAATTTG
gi|72530 : ATATGCA--TTGCAGTATTTTTCAAATTTTACTAA-TGTA-TCTT-TTTTTT-TTC--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTAAC-TTGCATTTATAAATGTAATATTTTGCATGT-AGTATTAATTTATTTAAAACACTGTCATATGTAATTGACCCTAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATCTTGGTTG-AATGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCA-TAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTTTATATTTACA--CTCCCAAAAAAGATGCGTAATATTTTCTATATGCTG-TTTAC-AAAAGTGCAAGAAC------TATC---A-TC-TT-TTATCta
gi|72531 : TATACACTTTCCATTATATTTCAAATTGTACTAA-TGTA-TTATATTTTTGCATTTTGCATTTA-ATTTATCGATTTGGTATGAATATTTT-TATGCGGTTTGTAATTGTTT-GAAACTTGC------CATCTTC--CGTCTAAC-TCGCATTTGTACATGTTAAACTTTAT-TGGTAGAACTCGTTTATC--AATCACTGTCATATTT------------G-ATA-TATCTTTCACAGACCATATTCGTTGAAA-GT-TTATA-TTT--TGTCAGAGCA-CAGAGTTTCAAAATTAGTCAAACAATGGTTTTACATATTCACATTCTCCCAAAAT--ATGTGTAATGCTTTCCATATAATG-TTTACAAATAGTGCAAGAAT------TGTC---A-CC-TC-TTATCTTCAGTTTTGCCAACAAAAACTTTG
gi|72532 : ATGCA--TTCCAGTATTTTTCAAATTTTCCTAA-TGTA-TC-T-TTCCT---TT--GCATTTA-ATTTTTCAATTTGTTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAATTGGT------TGTCTTC--CAGCTAAC-TTTCACTTATAAATGTAATATTTTGCGTGT-AGTATTTATTTATTTAAAACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACAATTTTGGTTG-AACGT-TTATATTTT--TGTCAAGTCA-TAGAATTTCAAAATTAGCCAAA-AATATTTTTGTATATTTACA--CTCCGAAAAAAGACGCGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGta
gi|72533 : ATTCTTCATATTTTACTTA-TGTA-TCAC-TTTTT---TT--GCATTTA-ATTTTTCACTTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAACTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTACT-TTGCACTTATAAATGTAATATTTTGCATGC-AGTATTAATTTATTCAGTACACTGTCATATTTAATTGACCCAAAG-GTAATATCTTTCACAGACCATTTT---------ATCTT-CATTTT--TGTCAATATA-TAta
gi|72534 : ATGTTTCAAACTTTTC-AA-TTGA-ACAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTATACATACTTTATTTGTGGCTTTAAATTGATG-AAGAATGGT------AACCTAT--CATC-AAA-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTAGCATGA-AAAATTAATTTATTAAAAATATTGTCATGTTTAACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCA-TGTTATTATAAAACTATCCCAG-AATATTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGGATAACTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCCAAAGGTACATGTAT------CATC---ATTT-TT-TTATCTTCATTTTTATCAAAAGAGAATTTG
gi|72535 : ATGTTTCAAACTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACACACTTTATTTGTTGCTTAAAATTGATG-AAGAATGGT------AACCTAT--CATCTAAC-TTTTACTTATAAAAAAAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTATCATGTTTTACTGATCTGAAG-ATAATATCTTTCACATTTCATTGAAGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGCCATTGCA-TGTTGTTATAAAACTATCCCAG-AATGTTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCAAAAGGAACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTGta
gi|72536 : ATGTTTCAAACTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTGGCTTAAGATTGATG-AAAAATGGC------AACCTAT--CATCTAAC-ATGCACTTATAAATGAAGAATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTGTCATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCA-TGTTGTTATAAAAta
gi|72537 : ATGTTTCAAACTTTT-TAATTGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCATTTATTTTTTTCAGTTTGGTACAGATACTTTATTTGTTGCTTAAAATTGATG-AAGAATGGT------AACTTAT--CATCTAAC-TTGCACTTATAAATAAAGTATTTTACATGA-AAAATTAATTTA
gi|72538 : TTTCAAACTTTTCAAA-TGTA--CAA-TTTTTA-ATT--GCCTTTA-TTTTTTCAGTTTGGTACACATACTTTATTTGTCGCTTAAAATTAATG-AAGAATGGT------AACCTAT--CATCTAAC-TTGCACTTAAAAATAAAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTTATTTAAAATATTGTTATGTTTTACTGATCCAAAG-ATAATATCTTTCACACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTT--TGTCATTGCA-TGCTGTTATAAAGCTATCCCAG-AATGTTTCTACATACTTGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGCAAAAGGTACATGTAT------CATC---A-TT-TT-TTTTCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTG
gi|72539 : TTTCAATCTTTTCAAT-TGTA--CAA-TTTT-A-ATT--GCATTTA-TTTATCCAGTTTGGTACACAAACTTTATTTGTGGCTAAAGATCTATG-AAGAATGGT--------------------------------ATAAATATAGTATTTTGCATGA-AAAATTAATTAATTTAAAATATTGTAATATTTTACTGATCCAAAG-ATAATATTTTTCATACTCCATTGATGTTG-AA-GTATTATGTTTTTATGTCATTGCA-TGCTGTTATAAAACTATTCCAG-AATGATTCTACATACATGCA--TTCCCAGAATAAGTGTGTAATGTTTTCTACATG-TGCTTTGTAAAAGTTACATG---------TATCAATA-TT-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAAAAGAGAATTTGta
gi|72540 : TTA-TTTTTTCAATTTGGTATAAATATTTTATTTGTGGTTTGTAATTGTTG-AAAACTGGT------TGTCTTC--CATCTAAC-ATGCATTTATAAATGTAATATTTTGCATGA-AGTATTAATTTATTTAGAACACTGTCATATTTAATTAACCCAAAG-ATAATATCTTTCACAGACCATTTTGGTTG-AATGT-TTATATTTT--TGTCAGTGCA-AAGAGTTTCAAAATTAGCCCAA-AATGTTTTTGTATATTTACA--CT-CAAAAAAAGATGCGTAATACTTTCTATATGCTG-TTTACAAAAAGTGCAAGAAC------TATC---G-TC-TT-TTATCTTCATTTTTGTCAATAAATAATTTGta
gi|72541 : AAATATTTTATTTGTGGTTTGTAGTTGTTG-AAAACTGGT------TATCTTC--CATGTAAta
gi|72542 : TATTTTACCTATGGTTTAAAATTCATACAAAGCTGGTTTACAGTATTTTCTGCATGTGGCATT--ACTTATAAATATAGAATTCTACATGA-AAAATTAGTTGAC---AAATATTGTCATATTTTACTGATCCAAAATATAAT---TTTCATACTCCTTTGTGGTTA-AA-TGATTGTCTTAT--CGTCATTGCATTATA---TTAAAACTATCCCAG-AATGTTCTTGTAAACTTGCA--TTCCCAAAATAAGTGTGTAATGTTTTCTAAACTCGG-TTTGCAAAAAGT--ATGTATATTTTATATC---A-TCATTGTTATCTTCATTTaataattaattaaaagta
gi|72543 : TGACCCAAAC-ATGATATCTTTTATAGACCATACTGTTTA-AACGT-TTATATTTT--TCCCAGTGCA--AGAGTTTCAAA-CTGACTCAA-AATGTTTC--CA------CA--CTCCCACAAAGGATGTATACTGCTTTTTAAATGCTT-TGTACAAAAACTGCAAGAAC------TATC---G-CA-TT-TTAGTTTCATTTTTGTTGATAAACAATT