lowQualScore                  :                 111                                                1    1    1    
lowQualScore                  :       5 2       777         2        2   33     2           7777   4 6  3    5    
lowQualScore                  :       . .       ...         .        .   ..     .           ....   . .  .    .    
lowQualScore                  :       1 9       999         9        7   77     7           1111   1 0  6    4    
consensus                     : TCAATGNCGTTTCAGT-CTTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
Reference ( gi|27180 )        : TCAATGCCATTTCAGT-TGTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGGCGGCTTGTATGTTT
gi|27182                      : TCAATGCCATTTCAGT-CTTCAATCATT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTACC----AAGCCAATGTGTAGGTTT
gi|27178                      : TCAATGCCTTTTCAGT-AATCAAGCACT-AACTTTAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGAT----GAGCCAGCACGTAGGTTT
gi|27184                      : TCAATGCCATTTCAGT-CTTCAAGCACT-AACTAGAC-CAA--GTAAA-TGACAGGTTCC----AAACCAGTATGTAGATTT
gi|27179                      : TCAATGGTGTTTCGGT-CCTTAAGCACT-GACTTGAC-ATT--GTACA-TGACAGGTGTC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
gi|27186                      : TCAATGTCGTTTCAGT-TTTCAGGCGCT-AACTTGAC-CTG--GTACA-TGACAGGT
gi|27183                      : TCAATGGTGATTCAGT-CCTTAAGCACTTAACTTGAA-ATT--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCTTGTAAGTTT
gi|27181                      : TCAATGACGTTTCAGT-CTTTAATGAAT-AAGATGAG-CTA--GTACA-TGACAGGTGGC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
gi|27185                      : TCATTGGCATTTTAGT-CCTTAAGCACT-AACTTGAC-AGT--GTACA-TGGCAAGTGAC----G
gi|27188                      : TCAATGACGTTTCAGTCTG-CAAGCAAT-AATTTCAC-CTG--GTACA-TTACACGTGtacatgtgtgtaagttt
gi|27187                      : TCAATGAGGTTTCAGC-CTTTAAGCACT-GACTTGAC-CTA--ATACA-CAACAG
gi|27189                      :  CAATGCTGTTAC-GT-TTTCGAGCACT-AACTTGAC-AAA--GTATA-TGACATGTGCC----GAG
gi|27190                      :          TTTCAGT-CATCAAGCACT-AAT------CTA--GCACA-TGACTGGTGCT----GAGCCAGTGTGCAGGTTTccag
gi|27191                      :                    TTAAGCACT-A---TGAC-CTATAGTACA-TGACAGATGCTATCAGAGCCAGCATGTAGGTTT
gi|27192                      :                      aAGCA-T-AACTTGACATTA--GTACAATGGCAGGTGCT----TAGCCAGCATGTA
gi|27193                      :                                CTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGT---------GACAGCATGTAAGTTTatttt

lowQualScore                  :       1          0         2        2   33     2           6666        0         
lowQualScore                  :       .          .         .        .   ..     .           ....        .         
lowQualScore                  :       0          3         7        5   44     5           5555        8         
consensus                     : TCAATGNCGTTTCAGTCTTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
Reference ( family-931 )      : TCAATGNCGTTTCAGTCTTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
gi|27178                      : TCAATGCCTTTTCAGTAATCAAGCACT-AACTTTAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGAT----GAGCCAGCACGTAGGTTT
gi|27179                      : TCAATGGTGTTTCGGTCCTTAAGCACT-GACTTGAC-ATT--GTACA-TGACAGGTGTC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
gi|27180                      : TCAATGCCATTTCAGTTGTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGGCGGCTTGTATGTTT
gi|27181                      : TCAATGACGTTTCAGTCTTTAATGAAT-AAGATGAG-CTA--GTACA-TGACAGGTGGC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
gi|27182                      : TCAATGCCATTTCAGTCTTCAATCATT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTACC----AAGCCAATGTGTAGGTTT
gi|27183                      : TCAATGGTGATTCAGTCCTTAAGCACTTAACTTGAA-ATT--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCTTGTAAGTTT
gi|27184                      : TCAATGCCATTTCAGTCTTCAAGCACT-AACTAGAC-CAA--GTAAA-TGACAGGTTCC----AAACCAGTATGTAGATTT
gi|27185                      : TCATTGGCATTTTAGTCCTTAAGCACT-AACTTGAC-AGT--GTACA-TGGCAAGTGAC----GTACATGTGTGTAAGTTT
gi|27186                      : TCAATGTCGTTTCAGTTTTCAGGCGCT-AACTTGAC-CTG--GTACA-TGACAGGT
gi|27187                      : TCAATGAGGTTTCAGCCTTTAAGCACT-GACTTGAC-CTA--ATACA-CAACAG
gi|27188                      : TCAATGACGTTTCAGTCTGCAAGCAAT-AATTTCAC-CTG--GTACA-TTACACGTG
gi|27189                      :  CAATGCTGTTAC-GTTTTCGAGCACT-AACTTGAC-AAA--GTATA-TGACATGTGCC----GAGCCAG
gi|27190                      :          TTTCAGTCATCAAGCACT-AAT------CTA--GCACA-TGACTGGTGCT----GAGCCAGTGTGCAGGTTT
gi|27191                      :                   TTAAGCACT-A---TGAC-CTATAGTACA-TGACAGATGCTATCAGAGCCAGCATGTAGGTTT
gi|27192                      :                     aAGCA-T-AACTTGACATTA--GTACAATGGCAGGTGCT----TAGCCAGCATGTAATTTT
gi|27193                      :                               CTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGT-------GA--CAGCATGTAAGTTT

lowQualScore                  :       1          0         2        2   33     2           6666        0         
lowQualScore                  :       .          .         .        .   ..     .           ....        .         
lowQualScore                  :       0          3         7        5   44     5           5555        8         
consensus                     : TCAATGNCGTTTCAGTCTTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
Reference ( family-931 )      : TCAATGNCGTTTCAGTCTTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
gi|27178                      : TCAATGCCTTTTCAGTAATCAAGCACT-AACTTTAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGAT----GAGCCAGCACGTAGGTTT
gi|27179                      : TCAATGGTGTTTCGGTCCTTAAGCACT-GACTTGAC-ATT--GTACA-TGACAGGTGTC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
gi|27180                      : TCAATGCCATTTCAGTTGTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGGCGGCTTGTATGTTT
gi|27181                      : TCAATGACGTTTCAGTCTTTAATGAAT-AAGATGAG-CTA--GTACA-TGACAGGTGGC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
gi|27182                      : TCAATGCCATTTCAGTCTTCAATCATT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTACC----AAGCCAATGTGTAGGTTT
gi|27183                      : TCAATGGTGATTCAGTCCTTAAGCACTTAACTTGAA-ATT--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCTTGTAAGTTT
gi|27184                      : TCAATGCCATTTCAGTCTTCAAGCACT-AACTAGAC-CAA--GTAAA-TGACAGGTTCC----AAACCAGTATGTAGATTT
gi|27185                      : TCATTGGCATTTTAGTCCTTAAGCACT-AACTTGAC-AGT--GTACA-TGGCAAGTGAC----GTACATGTGTGTAAGTTT
gi|27186                      : TCAATGTCGTTTCAGTTTTCAGGCGCT-AACTTGAC-CTG--GTACA-TGACAGGT
gi|27187                      : TCAATGAGGTTTCAGCCTTTAAGCACT-GACTTGAC-CTA--ATACA-CAACAG
gi|27188                      : TCAATGACGTTTCAGTCTGCAAGCAAT-AATTTCAC-CTG--GTACA-TTACACGTG
gi|27189                      :  CAATGCTGTTAC-GTTTTCGAGCACT-AACTTGAC-AAA--GTATA-TGACATGTGCC----GAGCCAG
gi|27190                      :          TTTCAGTCATCAAGCACT-AAT------CTA--GCACA-TGACTGGTGCT----GAGCCAGTGTGCAGGTTT
gi|27191                      :                   TTAAGCACT-A---TGAC-CTATAGTACA-TGACAGATGCTATCAGAGCCAGCATGTAGGTTT
gi|27192                      :                     aAGCA-T-AACTTGACATTA--GTACAATGGCAGGTGCT----TAGCCAGCATGTAATTTT
gi|27193                      :                               CTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGT-------GA--CAGCATGTAAGTTT


blockSeqs                     :       G                    T        A   TA     A           ATCA
blockSeqs                     :       C                    .        .   .      .           .   
blockSeqs                     :       A                    .        .   .      .           .   
blockSeqs                     :       C                    .        .   .      .           .   
blockSeqs                     :       G                    .        .   .      .           .   
blockSeqs                     :       C                    .        .   .      .           .   
blockSeqs                     :       G                    .        .   .      .           .   
blockSeqs                     :       T                    .        .   .      .           .   
blockSeqs                     :       A                    .        .   .      .           .   
blockSeqs                     :       A                    .        .   .      .           .   
blockSeqs                     :       C                    .        .   .      .           .   
blockSeqs                     :                            .        .   .      .           .   
blockSeqs                     :                            .        .   .      .               
blockSeqs                     :                            .        .   .      .               
blockSeqs                     :                                     .   .      .               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TCAATGNCGTTTCAGTCTTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
finalCons                     : TCAATGNCGTTTCAGTCTTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT

lowQualScore                  :       1          0         2        2   33     2           6666        0         
lowQualScore                  :       .          .         .        .   ..     .           ....        .         
lowQualScore                  :       0          3         7        5   44     5           5555        8         
consensus                     : TCAATGNCGTTTCAGTCTTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
Reference ( family-931 )      : TCAATGNCGTTTCAGTCTTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
gi|27178                      : TCAATGCCTTTTCAGTAATCAAGCACT-AACTTTAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGAT----GAGCCAGCACGTAGGTTT
gi|27179                      : TCAATGGTGTTTCGGTCCTTAAGCACT-GACTTGAC-ATT--GTACA-TGACAGGTGTC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
gi|27180                      : TCAATGCCATTTCAGTTGTCAAGCACT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGGCGGCTTGTATGTTT
gi|27181                      : TCAATGACGTTTCAGTCTTTAATGAAT-AAGATGAG-CTA--GTACA-TGACAGGTGGC----GAGCCAGCGTGTAGGTTT
gi|27182                      : TCAATGCCATTTCAGTCTTCAATCATT-AACTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGTACC----AAGCCAATGTGTAGGTTT
gi|27183                      : TCAATGGTGATTCAGTCCTTAAGCACTTAACTTGAA-ATT--GTACA-TGACAGGTGCC----GAGCCAGCTTGTAAGTTT
gi|27184                      : TCAATGCCATTTCAGTCTTCAAGCACT-AACTAGAC-CAA--GTAAA-TGACAGGTTCC----AAACCAGTATGTAGATTT
gi|27185                      : TCATTGGCATTTTAGTCCTTAAGCACT-AACTTGAC-AGT--GTACA-TGGCAAGTGAC----GTACATGTGTGTAAGTTT
gi|27186                      : TCAATGTCGTTTCAGTTTTCAGGCGCT-AACTTGAC-CTG--GTACA-TGACAGGT
gi|27187                      : TCAATGAGGTTTCAGCCTTTAAGCACT-GACTTGAC-CTA--ATACA-CAACAG
gi|27188                      : TCAATGACGTTTCAGTCTGCAAGCAAT-AATTTCAC-CTG--GTACA-TTACACGTG
gi|27189                      :  CAATGCTGTTAC-GTTTTCGAGCACT-AACTTGAC-AAA--GTATA-TGACATGTGCC----GAGCCAG
gi|27190                      :          TTTCAGTCATCAAGCACT-AAT------CTA--GCACA-TGACTGGTGCT----GAGCCAGTGTGCAGGTTT
gi|27191                      :                   TTAAGCACT-A---TGAC-CTATAGTACA-TGACAGATGCTATCAGAGCCAGCATGTAGGTTT
gi|27192                      :                     aAGCA-T-AACTTGACATTA--GTACAATGGCAGGTGCT----TAGCCAGCATGTAATTTT
gi|27193                      :                               CTTGAC-CTA--GTACA-TGACAGGT-------GA--CAGCATGTAAGTTT