lowQualScore                  :                       22222222222222222222222                                                11                            11  1       222                      22           333     11                                                                                                     
lowQualScore                  :                       44444444444444444444444                    2            2          2   88             2  2           44  0       000  0          2        77    4      555     44                                                                    6   3                            
lowQualScore                  :                       .......................                    .            .          .   ..             .  .           ..  .       ...  .          .        ..    .      ...     ..                                                                    .   .                            
lowQualScore                  :                       77777777777777777777777                    5            5          3   33             7  7           77  7       000  3          5        55    0      000     44                                                                    7   7                            
consensus                     :      ACGGTGAAGTCGGTAAA-----------------------TGACAATCTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AACGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG-CA-ATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATATCACACCTACNGTGGATACGTTTTGNCACCTTCACTCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCTCTAATTTGGGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
Reference ( gi|83106 )        :      ACGGTGAAGTCGGTAAA-----------------------TGACAATCTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG-TA-ATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCTCTAATTTGGGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83105                      :      ACGGTGAAGTCGGTAAA-----------------------TGACAATCTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG-TA-ATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCTCTAATTTGGGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83104                      :      ACGGTGAAGTCGGTAAA-----------------------TGACAATCTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG-TA-ATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCTCTAATTTGGGTGTGACTAAAAC-TCGTGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83108                      :      ACGGTGAAGTCGGTAAA-----------------------TGACAATCTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AATGGATTGGTGAC--CTTGGTAAAAAGG-TA-ATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTG---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCTCTAATTTGGGTGTGACTAAAAC-TCGTGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83107                      :      ACGGTGAAGTCGGTAAA-----------------------TGACAATCTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG-TA-ATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTATCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCTCTAATTTGGGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTTATATT
gi|83109                      :      ACGGTGAAGTCGGTAAA-----------------------TGACAATCTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG-TA-ATAATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCTCTAATTTGGGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTT
gi|83100                      :      ACAGTGAAGTCGGTAAA-----------------------TGACAATCTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG-CA-ATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATT
gi|83096                      : gatttACAGTGGAGTCGGTAAA-----------------------TGACAATCTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG-CA-ATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACTGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATTaatgaggtgtgataaaacatcggcagtgtggatactgatctaa
gi|83097                      : gatttACAGTGAAGTCGGTAAA-----------------------TGACAATCTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG-CA-ATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGTTACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATTaatgaggtgtgataa
gi|83098                      : gatttACAGTGAAGTCGGTAAA-----------------------TGACAATCTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG-CA-ATTATATAGCA--CA-GTAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATTaatgaggtgtgataa
gi|83099                      : gatttACAGTGAAGTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGACCTCGGTAAAAAGGCAATTATATAGTACAATAGaatgaggtgtgataa
gi|83111                      :          gatttTCGGTAAA-----------------------TAGCCAGTTCGGTAAATTGG-ATTTATGTAGTA-AACCGATTGG--ACGTTTCGGTAAAAAAG-CA-ATTATATAGTAATTATATGGTTAAGTATATCACACCTtgaatatcacacctaccgtggatacgttttgtcaccttcactcgc
gi|83110                      :               TCGGTAAA-----------------------TAGCCAGTTCGGTAAATTGG-ATTTATGTAGTA-AACCGATTGG--ACGTTTCGGTAAAAAAG-CA-ATTATATAGTAATTATATGGTTAAGTATATCACACCTttcacgaatacaataa
gi|83102                      :               TCGGTAAA-----------------------TAGCCAGTTCGGTATATTGG-ATTTATATAGTA-AACCGATTG--GACGTTTCGGTAAAAAAG-CA-ATTATATAGTAATTATATGGTAAAGTATATCACACCTttcacgaatacaataa
gi|83101                      : gatttacagacgttTCGGTAAA-----------------------TAGCCAGTTCGGTATATTGG-ATTTATATAGTA-AACCGATTG--GACGTTTCGGTAAAAAAG-CA-ATTATATAGTAATTATATGGTAAAGTATATCACACCTcttacgaatacaaca
gi|83103                      : gatttacagacgttTTGGTAAA-----------------------TAGCCAGTTCGGTAAATTGG-ATTTATATAGTA-AACCGAATG--GACGTTTCGGTAAAAAAGCTACAATACATAATA--TA-ATcttacgaatacaaca
gi|83099                      :                                        gatttatagacgttTCGGTAAAAAGG-ATTTATATAGTA-AATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG-CA-ATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCa
gi|83100                      :                                                                                                                                                                                                                                gatttacagtgaagGGTGTGA-TAAAACATCG-GCAGTGTGGA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                       11                             11  1       111                      22           222     11                                              22222222                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           1       1   77             444             33  0       888             1        11    1      222     11                                              00000000      77  5              5   1                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           .       .   ..             ...             ..  .       ...             .        ..    .      ...     ..                                              ........      ..  .              .   .                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           0       6   22             444             88  0       777             0        44    0      777     22                                              77777777      99  7              7   7                            
consensus                     :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAACGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGNCACCTTCACTCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
Reference ( family-928 )      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAACGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATATCACACCTACNGTGGATACGTTTTGNCACCTTCACTCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83096                      :                                                                                                                        ACAGTGGAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACTGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATT
gi|83097                      :                                                                                                                   gatttACAGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGTTACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATTaatgaggtgtgataa
gi|83098                      :                                                                                                                   gatttACAGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGCA--CA-GTAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATTaatgaggtgtgataa
gi|83099                      :                                                                                                                                            gatttTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCaatgaggtgtgataa
gi|83100                      :                                                                                                          gatttacagtgaagACAGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATT
gi|83100                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gatttTTGTCACCTTCACTCGCCTCATTAATGAGGTGTGA-TAAAACATCG-GCAGTGTGGAaatgaggtgtgataaaacatcggcagtgtggatactgatctaa
gi|83101                      : gatttacagtgaagtcggtaaatgacaatctcggtaaaaaggatttatatagtaaatggattggtgacctcggtaaaaaggcaattatatagtacaatagtgaatatcacacctaccgtggatacgttTCGGTAAATAGCCAGTTCGGTATATTGGATTTATATAGTAAACCGATTG--GACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTAAAGTATATCACACCTCTTACGAATACtactgatctaa
gi|83102                      :                                                                                                                   gatttacagacgttTCGGTAAATAGCCAGTTCGGTATATTGGATTTATATAGTAAACCGATTG--GACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTAAAGTATATCACACCTCTTACGAATACaaca
gi|83103                      :                                                                                                                   gatttacagacgttTTGGTAAATAGCCAGTTCGGTAAATTGGATTTATATAGTAAACCGAATG--GACGTTTCGGTAAAAAAGCTACAA-TACATAATA--TA-ATaaca
gi|83104                      :                                                                                                          gatttatagacgttACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGTGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTAa
gi|83105                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83106                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83107                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTATCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTTATATT
gi|83108                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTTGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCT---GTCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGTGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83109                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATAATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTT
gi|83110                      :                                                                                                                                 TCGGTAAATAGCCAGTTCGGTAAATTGGATTTATGTAGTAAACCGATTGG--ACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTTAAGTATATCACACCTTTCACGAATAC
gi|83111                      :                                                                                                                                 TCGGTAAATAGCCAGTTCGGTAAATTGGATTTATGTAGTAAACCGATTGG--ACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTTAAGTATATCACACCTTTCACGAATACaataa





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                       11                             11  1       111                      22           222     11                                              22222222                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           1       1   77             444             33  0       888             3        11    1      222     11                                              00000000      77  5              5   1                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           .       .   ..             ...             ..  .       ...             .        ..    .      ...     ..                                              ........      ..  .              .   .                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           0       6   22             444             88  0       777             2        44    0      777     22                                              77777777      99  7              7   7                            
consensus                     :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAACGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGNCACCTTCACTCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
Reference ( family-928 )      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAACGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGNCACCTTCACTCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83096                      :                                                                                                                        ACAGTGGAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACTGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATT
gi|83097                      :                                                                                                                   gatttACAGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGTTACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATTaatgaggtgtgataa
gi|83098                      :                                                                                                                   gatttACAGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGCA--CA-GTAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATTaatgaggtgtgataa
gi|83099                      :                                                                                                                                            gatttTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCaatgaggtgtgataa
gi|83100                      :                                                                                                          gatttacagtgaagACAGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATT
gi|83100                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gatttTTGTCACCTTCACTCGCCTCATTAATGAGGTGTGA-TAAAACATCG-GCAGTGTGGAaatgaggtgtgataaaacatcggcagtgtggatactgatctaa
gi|83101                      : gatttacagtgaagtcggtaaatgacaatctcggtaaaaaggatttatatagtaaatggattggtgacctcggtaaaaaggcaattatatagtacaatagtgaatatcacacctaccgtggatacgttTCGGTAAATAGCCAGTTCGGTATATTGGATTTATATAGTAAACCGATTG--GACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTAAAGTATATCACACCTCTTACGAATACtactgatctaa
gi|83102                      :                                                                                                                   gatttacagacgttTCGGTAAATAGCCAGTTCGGTATATTGGATTTATATAGTAAACCGATTG--GACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTAAAGTATATCACACCTCTTACGAATACaaca
gi|83103                      :                                                                                                                   gatttacagacgttTTGGTAAATAGCCAGTTCGGTAAATTGGATTTATATAGTAAACCGAATG--GACGTTTCGGTAAAAAAGCTACAA-TACATAATA--TA-ATaaca
gi|83104                      :                                                                                                          gatttatagacgttACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGTGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTAa
gi|83105                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83106                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83107                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTATCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTTATATT
gi|83108                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTTGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCT---GTCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGTGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83109                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATAATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTT
gi|83110                      :                                                                                                                                 TCGGTAAATAGCCAGTTCGGTAAATTGGATTTATGTAGTAAACCGATTGG--ACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTTAAGTATATCACACCTTTCACGAATAC
gi|83111                      :                                                                                                                                 TCGGTAAATAGCCAGTTCGGTAAATTGGATTTATGTAGTAAACCGATTGG--ACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTTAAGTATATCACACCTTTCACGAATACaataa


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           T       T   GT             CTA             AT  T       AGT             C        GT    T      CAC     AA                                              .             .   .              .   T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           T       T   GT             .               AT  T       AGT             C        GT    T      CAC     AA                                              .             .   .              .   C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           T       T   GT             .               AT  T       AGT             C        GT    T      CAC     AA                                              .             .   .              .   C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           T       T   GT             .               AT  T       AGT             C        GT    T      CAC     AA                                              .             .   .              .   C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           C       T   GT             .               .   .       .               T        .     A      G       AA                                              .             .   .              .   T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           C       T   .              .               .   .       .               T        .     A      .       AA                                              .             .   .              .   C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           C       T   .              .               .   .       .               G        .     A      .       .                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           T       T   .              .               .   .       .               G        .     A      .       .                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           T       T   .              .               .   .       .               G        .     A      .       .                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           T       T   .              .               .   .       .               G        .     A      .                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           T       .   .              .               .   .       .               G                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           T       .   .              .               .   .       .               G                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           T       .   .              .               .   .       .               C                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           C       .   .              .               .   .       .               C                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           C       .   .              .               .   .                                                                                                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                           **           ***     AA                                              ********      **
originalCons                  :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAACGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGNCACCTTCACTCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
finalCons                     :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAACGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATAC--TTTGNCACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                       11                             11  1       111                      11           333     11                                              22222222                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           1       1   77             444             33  0       888             3        88    1      111     11                                              00000000      77  5              5   1                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           .       .   ..             ...             ..  .       ...             .        ..    .      ...     ..                                              ........      ..  .              .   .                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           0       6   22             444             88  0       777             2        33    0      888     22                                              77777777      99  7              7   7                            
consensus                     :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAACGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATAC--TTTGNCACCTTCACTCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
Reference ( family-928 )      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAACGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATAC--TTTGNCACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83096                      :                                                                                                                        ACAGTGGAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACTGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATT
gi|83097                      :                                                                                                                   gatttACAGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGTTACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATTaatgaggtgtgataa
gi|83098                      :                                                                                                                   gatttACAGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGCA--CA-GTAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATTaatgaggtgtgataa
gi|83099                      :                                                                                                                                            gatttTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCaatgaggtgtgataa
gi|83100                      :                                                                                                          gatttacagtgaagACAGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---CAATTATATAGTA--CA-ATAGTGA---ATATCACACCTACCGTGGATACGTTTTGTCACCTTCACTCGCC--TCATT
gi|83100                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gatttTTGTCACCTTCACTCGCCTCATTAATGAGGTGTGA-TAAAACATCG-GCAGTGTGGAaatgaggtgtgataaaacatcggcagtgtggatactgatctaa
gi|83101                      : gatttacagtgaagtcggtaaatgacaatctcggtaaaaaggatttatatagtaaatggattggtgacctcggtaaaaaggcaattatatagtacaatagtgaatatcacacctaccgtggatacgttTCGGTAAATAGCCAGTTCGGTATATTGGATTTATATAGTAAACCGATTG--GACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTAAAGTATATCACACCTCTTACGAATAC--tactgatctaa
gi|83102                      :                                                                                                                   gatttacagacgttTCGGTAAATAGCCAGTTCGGTATATTGGATTTATATAGTAAACCGATTG--GACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTAAAGTATATCACACCTCTTACGAATAC--aaca
gi|83103                      :                                                                                                                   gatttacagacgttTTGGTAAATAGCCAGTTCGGTAAATTGGATTTATATAGTAAACCGAATG--GACGTTTCGGTAAAAAAGCTACAA-TACATAATA--TA-ATaaca
gi|83104                      :                                                                                                          gatttatagacgttACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGTGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTAa
gi|83105                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83106                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83107                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTATCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTTTTTTTTATATT
gi|83108                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTTGGTAAAAAGG---TAATTATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTG---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGTGCAGTGTGGAATTTTTTTTTGATATTTA
gi|83109                      :                                                                                                                        ACGGTGAAGTCGGTAAATGACAATCTCGGTAAAAAGGATTTATATAGTAAATGGATTGGTGAC--CTCGGTAAAAAGG---TAATAATATAGTA--CA-ATGGTGA---ATGTCACACCTACGGTGGATAC--TTTAACACCTT---TCGCCAATCGTTGTCATGGTGGATGCATTGTCAATTGCCGAATGTTGTCACCT--------CTAATT--TG-GGTGTGACTAAAAC-TCGCGCAGTGTGGAATTTT
gi|83110                      :                                                                                                                                 TCGGTAAATAGCCAGTTCGGTAAATTGGATTTATGTAGTAAACCGATTGG--ACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTTAAGTATATCACACCTTTCACGAATAC--
gi|83111                      :                                                                                                                                 TCGGTAAATAGCCAGTTCGGTAAATTGGATTTATGTAGTAAACCGATTGG--ACGTTTCGGTAAAAAAG---CAATTATATAGTAATTATATGGTTAAGTATATCACACCTTTCACGAATAC--aataa