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lowQualScore                  :                 9    22   3       0   1    1     9  11111 00  11111     99   3  2 1111 9  000   000 000   7777777  8888 77 7     7777777777    66666666666666666666666666  99  000  9            222222 2    000    0000  000      6   777  3  0 8 0  00         888888      1   77777       8    5555555555    444      3 00    7      
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Reference ( gi|14283 )        : TCTACGCGATTGGGTAGTTATGATCT-GAATGTGAAAT-TTAT-GCAAG-CC-----TCGTT-----TTCAT--TATAACTT----TCAC---TTG---G---TAG-------TTT---G--A-AAATA----------TCGG-------GA------A----------TT--GT---AC-TTTTGATTTCAG------ACGTAA---ATGT----TA---TCTACCTTCTGTGAG-ATAAGTGGG-TAAATGTGATG-----TGAAAT-TAT-----GTTGAGCGTTGA-A------GGTGTT---TTGGTTAT--TATAAACAGCA
gi|14284                      : TCTACGCGATTGGGTAGTTACGATCT-GAATGTGAAAT-TTAT-GCAAG-CC-----TCGTT-----TTCAT--TATAACTT----TCAC---TTG---G---AAG-------TTT---G--A-AAATA----------TCGG-------GA------A----------TT--GT---AC-TTTTGATTTCAG------ACGTAA---ATGT----TA---TTTACCTTCTGTGAG-ATAAGTGGG-TAAATGTGAAG-----TGAACT-TAT-----GTTGAGCGTTGA-T------GGTGTT---TTGGTTAT--TATAAACAGCA
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gi|14296                      :                             AATGTGGAAT-TTAT-GCAAA-CC-----TCATT-----TTCATTATCAGCTT-------A-ACGTC---A---TAG--------TCG---GA-AAATAGCAC-------AA------A----------AT--G---T--------TGGAT----------------A---ATGT----TAGAATTT--------CGATTTCAG-AGG-TA-----AGTACAATTTAAAAT-TAT-----GCTGAGT----GT---TGATGCT--TT---TCGATT
gi|14297                      :                                                AG-CC-----T---T-----TTCACTGTCACCTC-------A-ACTTG---G---TCT--------TGG---GA-AAATATTGG-------AA------A----------AT--G---T---------TGATTTCAG------AGATAA---ATAT----TA---TCTACCCACTACGAGAACAACTGA-CA-----ATTATGATTTAGAAT-TAT-----GTTGAGT----GT---AAATGCT-GTT---TTTGTT
gi|14298                      :                                                                                                         G--------TAT---AA-AAATATTGG-------TA------AATGCAGATTGTT--G---T---AT-TTTCAATTTCAG------AGGT------TTC----TACCCTCTACCCTCTACTAGATCAATGAG-CA-----AATATGATTTGAAAT-TGT-----CTTGAGT----TTAGATCATGCT-GTT---TTGGTTCT--TGTA


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Reference ( family-920 )      : TCTACGCGATTGGGTAGTTATGATCT-GAATGTGAAAT-TTAT-GCAAG-CC-----TCGTT-----TTCATTATAACCTT-------C-ACTTG---G---TAG--------TCT---GA-AAATATCGG-------GA------A----------TT--G---T---AC-TTTTGATTTCAG------AGGTAA---ATGT----TA---TCTACCCTCTGCGAGATCAGTGGG-CA-----AATGTGATTTGAAAT-TAT-----GTTGAGC----GT---TGATGGT-GTT---TTGGTTCT--TATAAACAGCA
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gi|14286                      : TCTACGCGATAAGGTAGTTATGATCT-GAATGTGAAAT-TTAT-GCAAG-TTCATTATCATTGTATATTCGTTATACCTTT-------C-ATTTG---G---TAG--------TTT---GA-AAATATCGG-------GA------A----------CT--G---T---AC-TCTTGATTTCCG------ACGTAA---ATGT----TA---TCTACCTTCTGTGAGATAAGTGGG-TA-----AATGTGATGGGAAAT-TAT-----GTTGAGC----GT---TGATGGT-GTT---TTGGTTAT--TATAAA-AGCA
gi|14287                      : TCTGTACGATTAGATA-TAAT--TCT-GAATATGTAAT-GTAT-GCAAG-CC-----TCATT-----TTCATTATCACCAT-------G-ACTTG---G---TAG--------TCG---GA-AAATATCCGATA----GATAGATTG----------TT--G---T---AC-TTTCAATTTCAG------AAGTA-------T----TA---TCTACTCTTTACAAGATCAGTAGG-CAAATGTAATGTGATTTGAAAT-TAT-----GTTGAGC----AT---AGTTAGT-GCTTAGTTGGTTCT--CATACGCAG
gi|14288                      : TCTACACAATTGAATAATTATATTTT-GAATGAGAAAT-TTAT-GCAAT-CC-----TTGTT-----TTCATTATAA---T-------C-AGCTG---GACTTGG--------TTTATAGAGAAACAT--A-------GA------A----------TT--G---TTGTAC-TTCTGATTTCAGTTTCAAATGTAGTTTATGT----TA---TTTACTTTCTGCAAGATCATTGGG-CA-----AAAGTGATTTGAAAT-TAT-----GTTGGGTTAAAAT---AGATGCT-GTT---TTCGTTCT--TGTACACA
gi|14289                      : TCCATGAGATTGGATAGTTA--ATTT------CCAAAT---AC-GTAAG-CC-----TCATT-----TTCATTATCACCTT-------C-ACTTGTTTG---TGGCAAAATATTCT----A-AAATACCAG---------------A----------TT--GTTAT---ACATTTTAG--TCAA------AGGTTA---GTGCAA--TA---TCAAC--------AGGTCAATGGGATA-----AATATGATTTTAAAT-TATCTTTCATTGTGT----GT---AAATGCT-GTT---TTTGTTCA--TATACACA
gi|14290                      :     CGCGATTGGGTAGTTATGATCT-GAATGTGAAAT-TTAT-GCAAG-CC-----TTGTT-----TTCATTATAACTTT-------C-ACTTG---G---TAA--------TTT---GA-AAATATCGA-------GA------A----------TT--G---T---AC-TTTTGATTTCAG------ACATAA---ATGT----TA---TCTACCTTCTGTGAGATAAGTTGG-TA-----AATGTGATGTGAAAT-TAT-----CTTGAGC----GT---TGATGGT-GTT---TTGGTTAT--TATAAACAGCA
gi|14291                      :       CAATTAGATAATTAT-ATTTAGAATGTGTAGT-TTAT-GCAAG-CC-----TAGTT-----TTCATTATCACCAT-------T-ACTTG---G---TTG--------TCT---GG-AAATATTGG-------AA------AATGCCAGG--TT--G---TATAAC-CTGCGATTGCAG------AGGTAA---ATGT----TA---CCTACCCTCT
gi|14292                      :        GATTGTATAATTATTTTCT-GAATACGTAAT-TTAT-------------------------------TA-CCTT-------G-ATTTG---G---TGG--------TCG---AA-AAATATCAG--------ATT----A----------TT--G---T---AC-TTTTGATATCAG------AGGTAA---ATGTTTAATA---TCTACCCATTACATGATCAATGGG-CA-----AACATGATTGGAAATAGAT-----ACTG------------TGACA---GTC---TTGGTTCT--TGTA
gi|14293                      :                   TATGA-CT-GGATGT----T-TTATTGCAAG-CC-----TCACT-----TTCATTATACCCTT-------G-AATTT---A---TAG--------TTT---GA-AAATAGCAG-------AA------A----------TTTTG---T---GC-TTTTTATTTCAG------AGGTAA---CTAT----TA---TCTACCGCCTACAAGATCAATCGG-AA-----AATATGATTTGAATT-CAT-----GCTGAAC----GC---AG-TAGCAGTT---TTGGTTCTCGTACAAA
gi|14294                      :                   TATG-TCC-GGATGTGTAAT-TTAT-GCAAAACC-----TCATT-----TTCATTATCATTTT-------G-ACTTG---G---TAG--------TCG---GA-AAATGT
gi|14295                      :                     TGATCT-A---GGGAAATGTTAT-GTGAG-TA-----TTGT--------CATGCTAAACTTGTTACCACGACTAG---G---TAT--------TCA---GA-AAATATCAGATAAGCAGATTT---G----------TT--G---T---AC-TTTTGGTTTCAA------AGCTAA---AGGT----TA---TCTACACTCTACAAGATCAATAAG-CA-----AATATGATGGGAAAA-TAT-----GCTGAGC-----T---T----GT-TTT---TTGGTTCT--TGTACACA
gi|14296                      :                             AATGTGGAAT-TTAT-GCAAA-CC-----TCATT-----TTCATTATCAGCTT-------A-ACGTC---A---TAG--------TCG---GA-AAATAGCAC-------AA------A----------AT--G---T--------TGGAT----------------A---ATGT----TAGAATTT--------CGATTTCAG-AGG-TA-----AGTACAATTTAAAAT-TAT-----GCTGAGT----GT---TGATGCT--TT---TCGATT
gi|14297                      :                                                AG-CC-----T---T-----TTCACTGTCACCTC-------A-ACTTG---G---TCT--------TGG---GA-AAATATTGG-------AA------A----------AT--G---T---------TGATTTCAG------AGATAA---ATAT----TA---TCTACCCACTACGAGAACAACTGA-CA-----ATTATGATTTAGAAT-TAT-----GTTGAGT----GT---AAATGCT-GTT---TTTGTT
gi|14298                      :                                                                                                         G--------TAT---AA-AAATATTGG-------TA------AATGCAGATTGTT--G---T---AT-TTTCAATTTCAG------AGGT------TTC----TACCCTCTACCCTCTACTAGATCAATGAG-CA-----AATATGATTTGAAAT-TGT-----CTTGAGT----TTAGATCATGCT-GTT---TTGGTTCT--TGTA