lowQualScore : 3 1 1 1 111111 1111111111 2
lowQualScore : 4 7 6 3 5 2 55 6 2 3 777 4444 3 3 2 1 3 99 5 1 555 5 555 6 3 333333 3 3333333333 3 0 0 3 1 6
lowQualScore : . . . . . . .. . . . ... .... . . . . . .. . . ... . ... . . ...... . .......... . . . . . .
lowQualScore : 5 5 4 6 0 7 00 0 8 6 222 6666 6 7 2 2 6 55 6 9 888 0 888 8 3 111111 1 5555555555 1 6 2 1 5 0
consensus : ATATATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGT-CGAATTAAACATAAATTACTCATCA--AAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCNT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGNTTTNAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TGG-----ATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
Reference ( gi|119641 ) : ATATATGTAAATATGACGCCACACTTTGAAGG-GT-CAAATTAAACATAACTTACGCATCA--AAAGCACTTGTAAATTCCTTCAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTAAAAATATTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAAGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAAGGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGCGAAACAAATACC-TGA-----ATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAGAATAAT
gi|119643 : ATATATGTAAATATGACATCACACATTGAACGTGT-CAAATTAAACATAAATTACTCATCA--AAAGCACTCGTAAATTTCTGAAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTAAAA-TAGTTTCAAATTCCCCATTGTTCATTTTTTATAGAAAACTAATATATCTATT-AAAAA-CATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TGG-----ATTTAAT-CT----------CTTATATTACTCTGAAAAC-ACAATGAAAAATAT-TTTTTTTATTTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAA
gi|119644 : ATATATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGGTGT-CAAATTAAACATAACTTACTCAACA--AAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCCT-GTAAAT--ATTTATCTTAAAAATATTTTCAATTTCCTCACTGTTCATTTTTT-TATAAAAT----------ATT-AAAAAACATAAGGATTTTCATGTTGTCAAA---TTAACGACAAGATTTTT---CGAA-GCGAGGCAAACAATTGTGAAACAAATACC-TGG-----ATTTAAT-GT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAAAATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAGATAAAATAAAATAAT
gi|119642 : ATATATGTAAATATGACGTAACGCCTTGACGGTGT-CAAATTAAACATAAATTACTCATCA--AAAGCATTCTTAAATTCCTTCAGCAT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTACCTACTGTTCATTCTTTAAAGAAAATTATTATAACTATT-AGAAA-TATAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTGACGACTAGATTTTT---CAAAAGCAAGGCAAAATATTGTGAAACAAATGCC-TGG-----ATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTGTATATGTTTAATGTTGAATTATATATT-TAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAA
gi|119645 : ATATAGGTAAATATCATGCC-----TTGAAGGTGT-CAAATTAAACATAAATTACTCACCA--AAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCAT-GTTAAC--TTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAA---ACAAGCATTTATATGTTTTCAAA---TTAATGACTAGATTTTT---TGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCC-TGG-----ATTTAAT-CT----------CTTATATTT-CCTTAAAAC-ACAATGAAAGATATATCTTCATTTGTTTATTGTTGAATGGTATATT-AAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
gi|119646 : TATATGTAAATATGACGTCACACCTGGGAGG-TTTCAAATTAAACA-AA-TTACTCATCA--AAAGCACTCGTAAATTATTTCATCCT-GTTACG--TTTTATTTTAAAAATGTTTTCAATTTCCCCATTATTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATATGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TGG-----ATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTAAAAAC-ACAATGGAAAATATATCTTGATATGTTTGTTGTTGAATGATATATC-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
gi|119647 : TATATGTTAATATGACATCACACATTGAAGGTGT-CAAATTAAACATAAATTACTCATCA--AAAGCACTCGTCAATTTCTGCAGCCTCGTAAATTTCTTAATTTTAAAA-TATTTTCAAT------ATTGTTCATTTTTTATTTAAAATCAATAAATCTGTA-AAAAAACATAATGATTTGTATGTTGTCAAA---TTA-----TAGATTTTT---CGAAAGCGAGTCAAATTATTGTGAAACAAATACT-TGG-----ATTTAAT-TT----------CATATATTTCTCCGAAAAC-ACAATGAAAA--ACATTGTTATATGTTTGTTGATGAATGATATATTAAAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAA
gi|119648 : ATGTAAATATGACGTCATGCCTTGAATGTGT-CGAATTAGACTTAAATTACTCATCA--AAAACACTCGTTAACTCCTTCAGTTT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGGTTTAAATTTCTCCAATATTCATTCTTTTAAGAAAAATTATACAAC-ATA-AAAAAA---AAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TAAACGATTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTAGC-TGG-----ATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTTAAAACAAAAATGAAAAATATATATTTTTATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AAATTTGCAATTCTTACAGGTCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119649 : ATGTAAATATGACGTCACACCTTAAAGGTGT-CGAATTATACTTAAATTACTCATCA--AAAACACTCGTAATTTCTTTCAGCAT-GTT----------TTTTA-----------AATTTCCCCATTGTTCATTCTTTAAAGAA---------AACTATT-GAAAAAAATAAAGATTTGTATGTTAGCAAA---TTAACGATTAGA-TTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTAAAACAATTGCC-TGG-----ATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAATATATATATATATATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AACCTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119650 : ATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGT-CGAATTAGGCTTAAATTACTCACCA--AAAACACTCGTGAATGCCTTCAGCAT-GGTA-C--CTTTATTTAAAAAAAAATT-AAATTTCCCCAGTATTCATTCTTTA---------AAGATAACTATTGAAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTAACGATTAGATTTT----CGAAAGAGAGGCAAAA-ATTGTGAAACAATTGCC-TGG-----ATTTAAT-ATATATTAATATCTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAAAATATATATTTATGTTTACTGTCGAATGATATATT-AAACTTGCAATTATTAAAGATCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119651 : ATGTTAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGT-CGAATTATACTTAA
gi|119652 : AAACATGACGTCACGGTTTGACGGTGT-CCGAT-AAACATAAAATACTCATCA--AAACCACTCGTAAAATCCGTCAGCAT-GCTTAC--CGATGTTTTAAATACGGTTTAAATTTa
gi|119653 : AATTAA-TATA---TACGAGTTATAAAAGCACTCGTAAATTTCTGCAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTATGAATAGTTTCAATTTCACTATTGTT-ATTTTTTATAGAAAATTAGTATATCTATT-AAAAAACACAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTATATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGAG-ATTAAATACC-TGG-----ATTTAAT-CT----------CTTATATTTCTCTCAAAAC-ACAATGGAAAA-ATATCTTTATATGTTTGTTGTTCAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAA
gi|119654 : TT-AAAAAA--TAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTAACGATTAGATTTT-----GGAAGCGGGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCACGATCACGATTTAAT-CA----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATG--AAATATATATATATATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCTTGAAATAAAATAAAATGAT
gi|119655 : CAAACATTCAACGACTAGATTTTTTGTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTAAAACAAATACC-TGG-----ATTTAAT-CT----------ATTATATTACCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-TAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAACTAAAATAA
gi|119656 : AATGCT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATACATCTTTATATGTTTATGATTAAAAGATATATT-GAACTTGCAATTCTT---GGCCATAAAATAAATTAAAATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1
lowQualScore : 3 1 3 555 2 11 1 2 1 0 3 5 1 555 555 3 77777 2 2222222222 2 2 5
lowQualScore : . . . ... . .. . . . . . . . ... ... . ..... . .......... . . .
lowQualScore : 3 0 3 444 4 11 0 5 2 3 3 9 0 444 444 1 77777 9 5555555555 9 9 5
consensus : ATATATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCCT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGTTTTNAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
Reference ( family-919 ) : ATATATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCNT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGNTTTNAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
gi|119641 : ATATATGTAAATATGACGCCACACTTTGAAGG-GTC-AAATTAAACATAACTTACGCATCAAAAGCACTTGTAAATTCCTTCAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTAAAAATATTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAAGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAAGGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGCGAAACAAATACC-TG-----AATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAGAATAAT
gi|119642 : ATATATGTAAATATGACGTAACGCCTTGACGGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCATTCTTAAATTCCTTCAGCAT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTACCTACTGTTCATTCTTTAAAGAAAATTATTATAACTATT-AGAAA-TATAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTGACGACTAGATTTTT---CAAAAGCAAGGCAAAATATTGTGAAACAAATGCC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTGTATATGTTTAATGTTGAATTATATATT-TAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAA
gi|119643 : ATATATGTAAATATGACATCACACATTGAACGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTTCTGAAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTAAAA-TAGTTTCAAATTCCCCATTGTTCATTTTTTATAGAAAACTAATATATCTATT-AAAA-ACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTACTCTGAAAAC-ACAATGAAAAATAT-TTTTTTTATTTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAA
gi|119644 : ATATATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGGTGTC-AAATTAAACATAACTTACTCAACAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCCT-GTAAAT--ATTTATCTTAAAAATATTTTCAATTTCCTCACTGTTCATTTTTT-TATAAAAT----------ATT-AAAAAACATAAGGATTTTCATGTTGTCAAA---TTAACGACAAGATTTTT---CGAA-GCGAGGCAAACAATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-GT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAAAATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAGATAAAATAAAATAAT
gi|119645 : ATATAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCAT-GTTAAC--TTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAA---ACAAGCATTTATATGTTTTCAAA---TTAATGACTAGATTTTT---TGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTT-CCTTAAAAC-ACAATGAAAGATATATCTTCATTTGTTTATTGTTGAATGGTATATT-AAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
gi|119646 : TATATGTAAATATGACGTCACACCTGGGAGGTTTC-AAATTAAACA--AATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTATTTCATCCT-GTTACG--TTTTATTTTAAAAATGTTTTCAATTTCCCCATTATTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATATGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTAAAAAC-ACAATGGAAAATATATCTTGATATGTTTGTTGTTGAATGATATATC-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
gi|119647 : TATATGTTAATATGACATCACACATTGAAGGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTCAATTTCTGCAGCCTCGTAAATTTCTTAATTTTAAAA-TATTTTCAAT------ATTGTTCATTTTTTATTTAAAATCAATAAATCTGTA-AAAAAACATAATGATTTGTATGTTGTCAAA---TTA-----TAGATTTTT---CGAAAGCGAGTCAAATTATTGTGAAACAAATACT-TG-----GATTTAAT-TT----------CATATATTTCTCCGAAAAC-ACAATGAAAA--ACATTGTTATATGTTTGTTGATGAATGATATATTAAAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAA
gi|119648 : ATGTAAATATGACGTCATGCCTTGAATGTGTC-GAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGTTAACTCCTTCAGTTT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGGTTTAAATTTCTCCAATATTCATTCTTTTAAGAAAAATTATACAAC-ATA-AAAAAA---AAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TAAACGATTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTAGC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTTAAAACAAAAATGAAAAATATATATTTTTATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AAATTTGCAATTCTTACAGGTCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119649 : ATGTAAATATGACGTCACACCTTAAAGGTGTC-GAATTATACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGTAATTTCTTTCAGCAT-GTT---------------------TTTTAAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTAAAGAA---------AACTATT-GAAAAAAATAAAGATTTGTATGTTAGCAAA---TTAACGATTAGA-TTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTAAAACAATTGCC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAATATATATATATATATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AACCTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119650 : ATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTAGGCTTAAATTACTCACCAAAAACACTCGTGAATGCCTTCAGCAT-GGTA-C--CTTTATTTAAAAAAAAATT-AAATTTCCCCAGTATTCATTCTTTA---------AAGATAACTATTGAAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTAACGATTAGATTTT----CGAAAGAGAGGCAAAA-ATTGTGAAACAATTGCC-TG-----GATTTAAT-ATATATTAATATCTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAAAATATATATTTATGTTTACTGTCGAATGATATATT-AAACTTGCAATTATTAAAGATCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119651 : ATGTTAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTATACTTAAA
gi|119652 : AAACATGACGTCACGGTTTGACGGTGTCCGA--TAAACATAAAATACTCATCAAAACCACTCGTAAAATCCGTCAGCAT-GCTTAC--CGATGTTTTAAATACGGTTTAAATTT
gi|119653 : AATTAA-TATATACGAGTTAT-AAAAGCACTCGTAAATTTCTGCAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTATGAATAGTTTCAATTTCACTATTGTT-ATTTTTTATAGAAAATTAGTATATCTATT-AAAAAACACAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTATATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGAG-ATTAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCTCTCAAAAC-ACAATGGAAAA-ATATCTTTATATGTTTGTTGTTCAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAA
gi|119654 : TT-AAAAAA--TAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTAACGATTAGATTTT-----GGAAGCGGGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCACGATCACGATTTAAT-CA----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAATATATATAT--ATATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCTTGAAATAAAATAAAATGAT
gi|119655 : CAAACATTCAACGACTAGATTTTTTGTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTAAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------ATTATATTACCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-TAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAACTAAAATAA
gi|119656 : AATGCT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATACATCTTTATATGTTTATGATTAAAAGATATATT-GAACTTGCAATTCTT---GGCCATAAAATAAATTAAAATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1
lowQualScore : 3 1 3 555 2 11 1 2 3 0 3 5 1 555 555 3 77777 2 2222222222 2 2 5
lowQualScore : . . . ... . .. . . . . . . . ... ... . ..... . .......... . . .
lowQualScore : 3 8 3 444 4 22 0 5 5 3 3 9 0 444 444 1 77777 9 5555555555 9 9 5
consensus : ATATATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCCT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGTTTTNAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
Reference ( family-919 ) : ATATATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCCT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGTTTTNAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
gi|119641 : ATATATGTAAATATGACGCCACACTTTGAAGG-GTC-AAATTAAACATAACTTACGCATCAAAAGCACTTGTAAATTCCTTCAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTAAAAATATTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAAGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAAGGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGCGAAACAAATACC-TG-----AATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAGAATAAT
gi|119642 : ATATATGTAAATATGACGTAACGCCTTGACGGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCATTCTTAAATTCCTTCAGCAT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTACCTACTGTTCATTCTTTAAAGAAAATTATTATAACTATT-AGAAA-TATAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTGACGACTAGATTTTT---CAAAAGCAAGGCAAAATATTGTGAAACAAATGCC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTGTATATGTTTAATGTTGAATTATATATT-TAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAA
gi|119643 : ATATATGTAAATATGACATCACACATTGAACGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTTCTGAAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTAAAA-TAGTTTCAAATTCCCCATTGTTCATTTTTTATAGAAAACTAATATATCTATT-AAAA-ACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTACTCTGAAAAC-ACAATGAAAAATAT-TTTTTTTATTTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAA
gi|119644 : ATATATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGGTGTC-AAATTAAACATAACTTACTCAACAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCCT-GTAAAT--ATTTATCTTAAAAATATTTTCAATTTCCTCACTGTTCATTTTTT-TATAAAA----------TATT-AAAAAACATAAGGATTTTCATGTTGTCAAA---TTAACGACAAGATTTTT---CG-AAGCGAGGCAAACAATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-GT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAAAATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAGATAAAATAAAATAAT
gi|119645 : ATATAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCAT-GTTAAC--TTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAA---ACAAGCATTTATATGTTTTCAAA---TTAATGACTAGATTTTT---TGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTT-CCTTAAAAC-ACAATGAAAGATATATCTTCATTTGTTTATTGTTGAATGGTATATT-AAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
gi|119646 : TATATGTAAATATGACGTCACACCTGGGAGGTTTC-AAATTAAACA--AATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTATTTCATCCT-GTTACG--TTTTATTTTAAAAATGTTTTCAATTTCCCCATTATTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATATGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTAAAAAC-ACAATGGAAAATATATCTTGATATGTTTGTTGTTGAATGATATATC-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
gi|119647 : TATATGTTAATATGACATCACACATTGAAGGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTCAATTTCTGCAGCCTCGTAAATTTCTTAATTTTAAAA-TATTTTCAAT------ATTGTTCATTTTTTATTTAAAATCAATAAATCTGTA-AAAAAACATAATGATTTGTATGTTGTCAAA---TTA-----TAGATTTTT---CGAAAGCGAGTCAAATTATTGTGAAACAAATACT-TG-----GATTTAAT-TT----------CATATATTTCTCCGAAAAC-ACAATGAAAA--ACATTGTTATATGTTTGTTGATGAATGATATATTAAAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAA
gi|119648 : ATGTAAATATGACGTCATGCCTTGAATGTGTC-GAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGTTAACTCCTTCAGTTT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGGTTTAAATTTCTCCAATATTCATTCTTTTAAGAAAAATTATACAAC-ATA-AAAAAA---AAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TAAACGATTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTAGC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTTAAAACAAAAATGAAAAATATATATTTTTATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AAATTTGCAATTCTTACAGGTCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119649 : ATGTAAATATGACGTCACACCTTAAAGGTGTC-GAATTATACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGTAATTTCTTTCAGCAT-GTT---------------------TTTTAAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTAAAGAA---------AACTATT-GAAAAAAATAAAGATTTGTATGTTAGCAAA---TTAACGATTAGA-TTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTAAAACAATTGCC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAATATATATATATATATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AACCTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119650 : ATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTAGGCTTAAATTACTCACCAAAAACACTCGTGAATGCCTTCAGCAT-GGTA-C--CTTTATTTAAAAAAAAATT-AAATTTCCCCAGTATTCATTCTTTA---------AAGATAACTATTGAAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTAACGATTAGATTTT----CGAAAGAGAGGCAAAA-ATTGTGAAACAATTGCC-TG-----GATTTAAT-ATATATTAATATCTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAAAATATATATTTATGTTTACTGTCGAATGATATATT-AAACTTGCAATTATTAAAGATCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119651 : ATGTTAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTATACTTAAA
gi|119652 : AAACATGACGTCACGGTTTGACGGTGTCCGA--TAAACATAAAATACTCATCAAAACCACTCGTAAAATCCGTCAGCAT-GCTTAC--CGATGTTTTAAATACGGTTTAAATTT
gi|119653 : AATTAA-TATATACGAGTTAT-AAAAGCACTCGTAAATTTCTGCAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTATGAATAGTTTCAATTTCACTATTGTT-ATTTTTTATAGAAAATTAGTATATCTATT-AAAAAACACAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTATATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGAG-ATTAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCTCTCAAAAC-ACAATGGAAAA-ATATCTTTATATGTTTGTTGTTCAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAA
gi|119654 : TT-AAAAAA--TAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTAACGATTAGATTTT-----GGAAGCGGGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCACGATCACGATTTAAT-CA----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAATATATATAT--ATATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCTTGAAATAAAATAAAATGAT
gi|119655 : CAAACATTCAACGACTAGATTTTTTGTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTAAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------ATTATATTACCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-TAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAACTAAAATAA
gi|119656 : AATGCT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATACATCTTTATATGTTTATGATTAAAAGATATATT-GAACTTGCAATTCTT---GGCCATAAAATAAATTAAAATA
blockSeqs : C A C TTT A GT A A T G T G CAT TGT A ATCAC G ATATTAATAT A A A
blockSeqs : . C . C A AG C T C . C T . . . . . . . . A
blockSeqs : . C . T G AT C T T . C T . . . . . . . . A
blockSeqs : . A . T A GT A T T . C T . . . . . . . . A
blockSeqs : . C . C A GT C T T . C T . . . . . . . . A
blockSeqs : . C . G A AT C T A . A T . . . . . . . . A
blockSeqs : . T . C A GG A A T . A G . . . . . . . . A
blockSeqs : . A . C A AA A A . . C G . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . C . GG A T . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . T . AG A . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . T C . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATATATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCCT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGTTTTNAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
finalCons : ATATATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCCT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGTTTTNAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1
lowQualScore : 3 1 3 555 2 11 1 2 3 0 3 5 1 555 555 3 77777 2 2222222222 2 2 5
lowQualScore : . . . ... . .. . . . . . . . ... ... . ..... . .......... . . .
lowQualScore : 3 8 3 444 4 22 0 5 5 3 3 9 0 444 444 1 77777 9 5555555555 9 9 5
consensus : ATATATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCCT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGTTTTNAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
Reference ( family-919 ) : ATATATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCCT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGTTTTNAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
gi|119641 : ATATATGTAAATATGACGCCACACTTTGAAGG-GTC-AAATTAAACATAACTTACGCATCAAAAGCACTTGTAAATTCCTTCAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTAAAAATATTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAAGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAAGGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGCGAAACAAATACC-TG-----AATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAGAATAAT
gi|119642 : ATATATGTAAATATGACGTAACGCCTTGACGGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCATTCTTAAATTCCTTCAGCAT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTACCTACTGTTCATTCTTTAAAGAAAATTATTATAACTATT-AGAAA-TATAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTGACGACTAGATTTTT---CAAAAGCAAGGCAAAATATTGTGAAACAAATGCC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTGTATATGTTTAATGTTGAATTATATATT-TAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAA
gi|119643 : ATATATGTAAATATGACATCACACATTGAACGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTTCTGAAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTAAAA-TAGTTTCAAATTCCCCATTGTTCATTTTTTATAGAAAACTAATATATCTATT-AAAA-ACATAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTACTCTGAAAAC-ACAATGAAAAATAT-TTTTTTTATTTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAA
gi|119644 : ATATATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGGTGTC-AAATTAAACATAACTTACTCAACAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCCT-GTAAAT--ATTTATCTTAAAAATATTTTCAATTTCCTCACTGTTCATTTTTT-TATAAAA----------TATT-AAAAAACATAAGGATTTTCATGTTGTCAAA---TTAACGACAAGATTTTT---CG-AAGCGAGGCAAACAATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-GT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAAAATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAGATAAAATAAAATAAT
gi|119645 : ATATAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCAT-GTTAAC--TTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAA---ACAAGCATTTATATGTTTTCAAA---TTAATGACTAGATTTTT---TGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTT-CCTTAAAAC-ACAATGAAAGATATATCTTCATTTGTTTATTGTTGAATGGTATATT-AAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
gi|119646 : TATATGTAAATATGACGTCACACCTGGGAGGTTTC-AAATTAAACA--AATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTATTTCATCCT-GTTACG--TTTTATTTTAAAAATGTTTTCAATTTCCCCATTATTCATTCTTTATAGAAAATTAATATAACTATT-AAAAAACATAAGGATATGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTAAAAAC-ACAATGGAAAATATATCTTGATATGTTTGTTGTTGAATGATATATC-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAAT
gi|119647 : TATATGTTAATATGACATCACACATTGAAGGTGTC-AAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTCAATTTCTGCAGCCTCGTAAATTTCTTAATTTTAAAA-TATTTTCAAT------ATTGTTCATTTTTTATTTAAAATCAATAAATCTGTA-AAAAAACATAATGATTTGTATGTTGTCAAA---TTA-----TAGATTTTT---CGAAAGCGAGTCAAATTATTGTGAAACAAATACT-TG-----GATTTAAT-TT----------CATATATTTCTCCGAAAAC-ACAATGAAAA--ACATTGTTATATGTTTGTTGATGAATGATATATTAAAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAA
gi|119648 : ATGTAAATATGACGTCATGCCTTGAATGTGTC-GAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGTTAACTCCTTCAGTTT-GTTAAC--CTTTATTTTAAAAATGGTTTAAATTTCTCCAATATTCATTCTTTTAAGAAAAATTATACAAC-ATA-AAAAAA---AAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TAAACGATTAGATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTAGC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTTAAAACAAAAATGAAAAATATATATTTTTATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AAATTTGCAATTCTTACAGGTCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119649 : ATGTAAATATGACGTCACACCTTAAAGGTGTC-GAATTATACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGTAATTTCTTTCAGCAT-GTT---------------------TTTTAAATTTCCCCATTGTTCATTCTTTAAAGAA---------AACTATT-GAAAAAAATAAAGATTTGTATGTTAGCAAA---TTAACGATTAGA-TTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGTAAAACAATTGCC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAATATATATATATATATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AACCTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119650 : ATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTAGGCTTAAATTACTCACCAAAAACACTCGTGAATGCCTTCAGCAT-GGTA-C--CTTTATTTAAAAAAAAATT-AAATTTCCCCAGTATTCATTCTTTA---------AAGATAACTATTGAAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTAACGATTAGATTTT----CGAAAGAGAGGCAAAA-ATTGTGAAACAATTGCC-TG-----GATTTAAT-ATATATTAATATCTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAAAATATATATTTATGTTTACTGTCGAATGATATATT-AAACTTGCAATTATTAAAGATCATGAAATAAAATAAAATAAT
gi|119651 : ATGTTAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTC-GAATTATACTTAAA
gi|119652 : AAACATGACGTCACGGTTTGACGGTGTCCGA--TAAACATAAAATACTCATCAAAACCACTCGTAAAATCCGTCAGCAT-GCTTAC--CGATGTTTTAAATACGGTTTAAATTT
gi|119653 : AATTAA-TATATACGAGTTAT-AAAAGCACTCGTAAATTTCTGCAGCCT-GTTAAT--CTTTATTTTATGAATAGTTTCAATTTCACTATTGTT-ATTTTTTATAGAAAATTAGTATATCTATT-AAAAAACACAAGGATTTGTATGTTGTCAAA---TTAACGACTATATTTTT---CGAAAGCGAGGCAAAATATTGAG-ATTAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------CTTATATTTCTCTCAAAAC-ACAATGGAAAA-ATATCTTTATATGTTTGTTGTTCAATGATATATT-AAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAA
gi|119654 : TT-AAAAAA--TAAGGATTTGTATGTTGGCAAA---TTAACGATTAGATTTT-----GGAAGCGGGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCACGATCACGATTTAAT-CA----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAATATATATAT--ATATGTTTACTGTTGAATGATATATT-AAACTTGCAATTCTTAAAGGTCTTGAAATAAAATAAAATGAT
gi|119655 : CAAACATTCAACGACTAGATTTTTTGTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTAAAACAAATACC-TG-----GATTTAAT-CT----------ATTATATTACCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATATATCTTTATATGTTTGTTGTTGAATGATATATT-TAACTTGC-ATTCTTAAAGGTCATAAAATAAACTAAAATAA
gi|119656 : AATGCT----------CTTATATTTCCCTCAAAAC-ACAATGAAAAATACATCTTTATATGTTTATGATTAAAAGATATATT-GAACTTGCAATTCTT---GGCCATAAAATAAATTAAAATA