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lowQualScore                  :           ....         .. .     .     .    .    .           .   ..    .             .                          . .             ....    .  .  . .      .                           ........   .              ..                   .           .            .     .     ..   ........ .   ...                           
lowQualScore                  :           1111         77 7     0     4    7    3           5   44    5             4                          9 1             3333    9  5  5 5      2                           77777777   0              99                   1           6            3     3     22   66666666 1   444                           
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gi|97759                      : tAACATGACA----TGATCTGAA--AGGAATATTTTGTGAATA-TTTA-AGTGTTTACTTTATT--AAAC-ATGAAACACTTGAAGGAATATAAAGCTTTAGATAATTGC---------------AG----CAAAGAG-AT-T-TGTAAATCTGCTACGTATTATATCAGCTATTCACAATTTCATATTTATTAGCATACTAAAGGACTT
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Reference ( family-904 )      :                                                                                                                                                                                AACATGACA----TGATCTGTA--AGAAATATTT-TGTGAATGTTTT-AGTGT-TTACTTTA--TTAAACATGAAACA-CTAGAAGGAATATAAAGCTTTAGATAATTGCGGTATTACTAATCAAAG----CAAAGAGATTTGTAAANCTGCTGCGTAATATATCAGCTATTCAC--------ATTTATTAGCTTACTAAAGTACTTTAAAGGGACACGCTGCAATTTTCACTTAAAACTATTTCTG-AAAAG--TATAT-------A------TAC--TTATTATGTAAAGTTACATTACCATAGCATATG
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Reference ( family-904 )      :                                                                                                                                                                                AACATGACA----TGATCTGTA--AGAAATATTT-TGTGAATGTTTT-AGTGT-TTACTTTA--TTAAACATGAAACA-CTAGAAGGAATATAAAGCTTTAGATAATTGCGGTATTACTAATCAAAG----CAAAGAGATTTGTAAANCTGCTGCGTAATATATCAGCTATTCAC--------ATTTATTAGCTTACTAAAGTACTTTAAAGGGACACGCTGCAATTTTCACTTAAAACTATTTCTG-AAAAG--TATAT-------A------TAC--TTATTATGTAAAGTTACATTACCATAGCATATG
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            T     .        .               .                                                .                   T                           .                         AT                                            .     .      ATACATG          . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            T     .        .               .                                                .                   A                           .                         GT                                            .     .      AAT              . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            .     .        .               .                                                .                   C                           .                         AT                                            .     .      A                . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            .     .        .               .                                                .                   A                           .                         GT                                            .     .      A                . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            .     .        .               .                                                .                   A                           .                         GT                                            .     .      A                . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            .     .        .               .                                                .                   T                           .                         GG                                            .     .      A                . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            .     .        .               .                                                .                   A                           .                         AT                                            .     .      A                . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            .     .        .               .                                                .                   A                           .                         AT                                            .     .      A                . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            .     .        .               .                                                .                   T                           .                         GG                                            .     .      A                . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            .     .        .               .                                                .                   A                           .                         AT                                            .     .      A                . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            .     .        .               .                                                .                   A                           .                         G                                             .     .      A                . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            .     .        .               .                                                .                   T                           .                         A                                                   .      A                . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .            .           .            .     .        .               .                                                .                   T                           .                         .                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      .           .            .     .        .               .                                                .                   .                           .                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                  .            .     .        .               .                                                .                   .                                                                                                                                   


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                
originalCons                  :                                                                                                                                                                                AACATGACA----TGATCTGTA--AGAAATATTT-TGTGAATGTTTT-AGTGT-TTACTTTA--TTAAACATGAAACA-CTAGAAGGAATATAAAGCTTTAGATAATTGCGGTATTACTAATCAAAG----CAAAGAGATTTGTAAANCTGCTGCGTAATATATCAGCTATTCAC--------ATTTATTAGCTTACTAAAGTACTTTAAAGGGACACGCTGCAATTTTCACTTAAAACTATTTCTG-AAAAG--TATAT-------A------TAC--TTATTATGTAAAGTTACATTACCATAGCATATG
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Reference ( family-904 )      :                                                                                                                                                                                AACATGACA----TGATCTGTA--AGAAATATTT-TGTGAATGTTTT-AGTGT-TTACTTTA--TTAAACATGAAACA-CTAGAAGGAATATAAAGCTTTAGATAATTGCGGTATTACTAATCAAAG----CAAAGAGATTTGTAAANCTGCTGCGTAATATATCAGCTATTCAC--------ATTTATTAGCTTACTAAAGTACTTTAAAGGGACACGCTGCAATTTTCACTTAAAACTATTTCTG-AAAAG--TATAT-------A------TAC--TTATTATGTAAAGTTACATTACCATAGCATATG
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gi|97763                      :                                                                                                                                                                                                TCTGTA--AGAAATATTT-TGTGAATGTTTT-AGTGT-TCACTTTA--TTAAACATGAAACA-CTAGAAGAAATACAAAGCTTTAGATAATTGCGGTATTACTAATAAAAAATAACAAAGAGATTTGTAAATCTGCTGCGTATTATATCTGCTATTCAC--------ATTTATTAGCGTACTAAAGGACATTAAAAGTACACTCTGCAATTTTCACTTTAAACTATTTCTG-AAAAG--TATAT-------A------TAC--TTATTATGTAAAGTTACATTACCATAGCATAT
gi|97764                      :                                                                                                                                                                                                            ATATTGATATGAATGATTT-TGCACATTGTTTTG--TTAAATAT----CA-ATAGAATGAATATAAAGCATTAGATAATTGCGGTATTACTAATCAAAG----CAAAGAGATTTGTAAATCTGCTGCGTAATATATCAG-TATTCAC--------ATTTATCAACTTACTAAAATATTTTAAAGGGACACGCTGCAATTTTCACTTAAAACTATTTCTG-AAAAG--TATAT-------A------TAC--TTATTATGTAAAGTTACATTACCATAGCATATG