lowQualScore : 1 1111111111 22222222222222222222222222222222 11111111 1111 1 1111111 11111111 222222222 111111 11111 1111111111111 1111 111 111111 1 11111 111 333333333333333333 111111111111 11111 11111111111 111111
lowQualScore : 6 666 55 2 2 0 77 7777 8 3 3 2 3 4444444444 88 88888888888888888888888888888888 4 3 3 88888888 9 3 0 3 0 3333 44 1 5 3333333 44 22222222 0 44 111111111 444444 5 333 0 3 5 44444 4444444444444 2 2 444 9999 22 444 2 55 444444 444 0 2 555 2 2 00000 666 66666 99999999 4 33 0 000000000000000000 222 555 3 99 4 555555555555 777 6 33333 2 44444444444 4 666666 44 5 6
lowQualScore : . ... .. . . . .. .... . . . . . .......... .. ................................ . . . ........ . . . . . .... .. . . ....... .. ........ . .. ......... ...... . ... . . . ..... ............. . . ... .... .. ... . .. ...... ... . . ... . . ..... ... ..... ........ . .. . .................. ... ... . .. . ............ ... . ..... . ........... . ...... .. . .
lowQualScore : 0 888 00 2 6 3 55 5555 8 3 7 6 5 6666666666 99 33333333333333333333333333333333 4 3 3 77777777 1 3 4 3 8 9999 66 4 5 7777777 66 22222222 1 44 999999999 222222 8 666 5 3 0 77777 2222222222222 3 6 555 6666 99 111 7 99 777777 444 3 5 333 5 9 88888 999 77777 88888888 7 66 9 111111111111111111 999 000 0 44 3 666666666666 999 8 44444 9 44444444444 0 111111 22 9 7
consensus : AGTTACCGNGC--NA--TNACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAAA-CTATATGAAANTATACTTCTT----------AAT-AAAATTGATAC-TGA------TGGTA-ACTC---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GNCTNCAAGGC-GGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGCGTNATGAC--N----TC--TTNCGCTG--TAAAAGAATGC---A-----TTT------GCCTA-A-GTA-AGGAG--TNAGACTC-TA---A-GC---TGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNN-AAGCATTTGA-TAGNGT-T----TGGCA---TGATG-G--TT-CGTNTG-GTAA---ATTG-----T-----ACGANCTTC-GATTA--GATATGC-----A--ATT-TACAAAG---CTNTCTTTAGCC----------TATACACCGATNTG--GNCAGCTGTGT-CA------GATNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTNTTACAGGGNACCAGACA
Reference ( gi|13464 ) : AGTTACCGTGC--TA--TTACCTTATCATC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTT----------AAC-AAAATTGATAC-TGA------TGGTA-ACTC---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTCTTCAATGC-GGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGAC--A----TC--TTACACTG--TAAAGGAATGC---A-----TTT------GCCTA-A-GTA-AGGAG--TTAGACTC-TA---A-GC---TGTTTGCATGTTAC-CTT----GATGCACAGA-AAGCATTTGA-TAGGGT-T----TGGCA---TGATG-G--TT-TGTTTA-GTAA---ATTG-----T-----ACGATCTTC-AATTA--GATATGC-----AG-ATT-TACAAAG---CTTTCGTGAGCC----------TATACTCAGATTTA--GAGAGCTGTGT-CA------AATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13463 : AGTTACCGTGC--TA--TTACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAACTATACTTCTT----------AAC-AAAATTGATAC-TGA------TGGTA-ACTC---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTCTTCAATGC-GGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGAC--A----TC--TTACACTG--TAAAGGAATGC---A-----TTT------GCCTA-A-GTA-AGGAG--TTAGACTC-TA---A-GC---TGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGA-AAGCATTTGA-TAGGGT-T----TGGCA---TGATG-G--TT-TGTTTA-GTAA---ATTG-----T-----ACGATCTTC-AATTA--GATATGC-----AG-ATT-TACAAAG---CTTTCGTGAGCC----------TATACTCAGATTTA--GAGAGCTGTGT-CA------AATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13465 : AGTTACCGTGC--TA--TACCCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTT----------AAT-AAAATTGATAC-TGA------TGGTA-ACTC---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTCTTCAATGC-ATTTTTCA-GAAAA--A-ATATTGGGCTGTGTTATGAC--A----TC--TTACACTG--TAAAAGAATGC---A-----TTT------GCCTA-A-GTA-AGGAG--TTAGATTC-TA---A-GC---TGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACATA-AAGCATTCGA-TATGGT-T----TGGCA---TGCTG-G--TT-TGTTTA-GTAA---ATTG-----T-----ACGATCTTC-AATTA--TATATGC-----AA-ACT-TACAAAG---CTTTCGTGAGCC----------TATACTCAGATTTA--GAGAGCAGTGT-TA------AATTCCAGGGGTTTTATTTAGACTGGTTCCCAGTTCTACAAGGAACCCGACA
gi|13466 : AGCTACCGTGT--TA--TTAC-TCATTTTC---CGTTTTTGTTAGA-CTATATGAAAGTATACTTCAT----------AAA-ACAATTGCTAC-TGA------TGGTA-ACAC---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTTTTCAATGC-GATTTTCAGAAAAA--A-AT--TGG-CTGTGTTATGAC--A----TC--TTACACTG--TAAAGGAATGC---A-----TTT------GCCTT-A-GTA-AGTAG--TTAGACTC-TA---A-GC---TGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGA-AAGCATTTGA-TAGGGT-A----TGGCA---TGATG-G--TT-TGTT-A-GTAA---ATTG-----T-----ATGATTTTC-AATTA--GATTTGC-----A--------CA----------CGTGAGCC----------TATACTCAGATTAA--GAGAGCTGTAT-TA------AATTTCAGAGGTTTTA-CCAGACTGAGTCCCAGTTCTAAAGGGAACCCGACA
gi|13467 : AGTTATAGGGC--TA--TCACATTATCGTC---TGTTTTTGTTAGA-TTATATGAACTTATG-TTATT----------AGA-TAGGTTAA------A------GGGTA-ATGCGAATAT---AGAAATAG-A-TA---GACAGCAGGGT-GGTTTCCA-AGAAA--A-GT--TGTCTTGTGGAATGAC--A----TCATTTTCACT----AAGAGAGTGT---A-----TTC------TCTTT-G-GTA-AAGAA--TGTGATTC-TA---AAGTATATATTTGCTTCTTA---------GATGCGAAAC-AGGCCTTCGA-TAGAAT-A----TGGCA---AGATG-G--GT-TATTTT-TTAA---ATTA-----A-----ATGAACTAA-AAATA--GATA-AA-----AGTATA-TACAATG---CTTTCTTTAGTC----------TTTACAATGATGTA--GAGAGTCGCGT-TA------AATTTCGTGAACACTTTTCTGACTGGTTCCCTGTTAAACAGGGTACCAGACA
gi|13468 : AGTTATCGAGC--AA--TTACTCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTC----------GAT-AGAATTGA-ACGCGA------TTGTG-CGTA---TCA---GAAAATTA-A-TA---AGTTACAAGGT-GGATTTCA-ACGGG--GTAT--TGG-CTGCATGATGAC--T----TC--TTTTGTTC--TGCGTGAATGC---T-----CTT------ACTTC-G-CTA-AAGAA--AATGAC--------A-GT---CAATTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCC-GTGCATTTGA-TACCGT-T----TGGCA---TGA-G-G--CT-CTTATG-GTAAT--ATTG-----T-----TCAAATTTG-GATTACCGTTATAC-----A---TT-CTTAAAG---TTGTTTTTAATT----------TATATACCAATATG--ACCAGTTGTGT-CA------GAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13471 : AGTTATCGAGC--AA--TTACCCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTC----------GAT-AGAATTGA-ACGTGA------TTGTG-CGTA---TCA---GAAAATTA-A-TA---AGTTACAAGGT-GGGTTCCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACTGC----TT--TTGTTCTGCCT----GAATGCTCTA-----TCTTC----GCTTA-A-G-A-A--AA--TGAGAGTC--A---A---------TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCC-GTGCATTTGA-TACCGT-T----TGGCA---TAA-G-G--TT-CTTATG-ATAAT--TTTG-----T-----TCAAATTTG-GTTTACTGTTATAC--------ATT-CTTAAAG---TTGTTTTTAATT----------TATATACCGATATG--ACCAGTTGTGT-CA------TAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTAAAAGGTACCAGACA
gi|13472 : AGTTATCGAGC--AA--TTAACCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTC----------GAT-AGAATTGAAAG-TGA------T--TC-AGTG---TATCAGAAAATT-A-A-TA---A----CAAGGT-GGGTTTCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGAC--T----TC--TTTTGTTC--TGCGTGAATGC---T-----CTT------ACTTC-G-CTA-AAGAAAATGAGAGTC--A---A---------TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCC-GTGCATTTGA-TAGCGT-T----TGGCA---TGA-G-G--CT-CTTATG-GTAA------------T-----A--GTGTTCAAATTT--GGTTTAC-----CG-TTA-TAC-AAG---TTGTTTTTAATT----------TATATACCAATATG--ACCAGTTGTGT-TA------GAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTAGTTCCGTGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13469 : AGTTACAGGGCCATA--TCACTTTGT--TC---TACTATTTTAAAA-TTGTACGAAAAGAT-----TT----------AATTAAAAATGTTA---GAGCAATCTGGTACACTC----------AGGTTAA-A-CA---CATTGCAAGGC-GGTTTTCA-AAGAA--ACAT--T-AATTGTAAAATGAC--G----TC--TTTTCTTT--TGATAGAAAGT---ATCTTTTTT------GC--A-A---A-AGAAA--ACA-ACTCTTA---A-AC---TTTTTACATGCTTC-CTC----GACGTG-AGACAAGCATTTGA-CCACGTATCTCATAGCA---TACTG-A-----TGCT----TAA---ATTA-----TATAAAACAAGTGTC-AA-CA--AATCTATTTTTAAA-ATTATACAAAA---CATGTTTGAAA------------ATATT----TTTA------GCTGCGT-TA------GGTCACAAGGCCAATCTTCGGATTGGTTCCCAATTTTACAGGGAAC
gi|13470 : AGTTACAGGGC--CAATTCACTTTGT--TC---TACTTTTTTAAAA-TTGTACGAAAAGAT----TTT----------ACT-AAAACTATTA---GAGCAATCTGGTACACTC----------AAGTTAA-A-CA---CATTGCAAGGC-GGTTTTCA-AAGAAACA-AT----AATTGTAAAATGAC--G----TC--TTTTTTTT--TACGAGAAAGT---ATCTTTTTT------GCACA-A-GAA-AACA-------ACTC-TA---A-AC---TTTTAACACGCTTC-CTC----GACGTG-AGACAAGCATTTGACTACGTA-TATCATAGCATATTGATG-G--TT-TAATTATATAA---A
gi|13473 : GTTACCGTGC--TA--TAACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTT----------AGT-AAAATTGATAC-TGA------TGGTA-ACTC---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTCTTCAATGC-GGTTTTAA-AAAAA--A-AT--TGAGCTGTGTTATGAC--A----TC--TTACACTG--TAAAGGAATGC---A-----TTT------GCCTA-A-GTA-AGGAG--TTAGACTC-TA---A-GC---TGTTTGAATGTTAC-CTT----GATGCACAGA-AAGCATTTGA-TAGGGT-A----TGGCA---TGATG-G--TT-TGTTTA-GTAA---ATTG-----T-----ATCATCTTC-AATTA--GATATGC-----AG-ACT-TACAAAG---CTTTCGTGAGCC----------TATACTCAGATTTA--GAGAGCTGTGT-TA------AATTTAAGGGTTTTTATTCAGACTGGTTTCCAGTTCTACATGGAACCCGACA
gi|13474 : GC--AA--TAACTCTATCGTCTTCCATTTT----AAAGCTATATGAAAGTGTTCTG-TT----------AAA-AAAACTAAAAT-CCA------GCCTA-AC-----------AAATCCCATA-CATGAGT-TGCAA-GCAGGCTTCCA-AGAAA--A-CA--TGAGTTGTGTTATGAC--AAACATC--TTG----G--TGAAAGAATGT---------TCC------GCATA-TTGTG-A--------AAACTC-TAGTAA-AT---TATATGCATGTTTTTCTT----GATGC-TAGACAGGCCTTCGA-CAGAGT-A----TGGTA---CGATG-G--AC-TGTTT------------------T-----ACAAACTCC-ATCTA---ATGGGC-----A----T-TACAAAGCAACTTTGGTTCGCTGTAGTTGAAATGCACACAGATATG--TACAGCTGTTT-CA------TGCATTATGGCTTTAACTCTAGCTGGTTTCCTATTTTACAGAGAACCAGGCA
gi|13475 : TTAAA-CTATATGAAAATATACTTCTTTCACGTTCCGAAC-AAAA-----AC-T----------------TC---TTT---CTAATTTA-AGTA---ATCAACAAGGG-GGGTTTCA-GGAAG--G-AC--TTGGTTGTTTGATGAC--T----TC--CTTCGCAC--TAAAAGAATGT---A-----TTTTATATGGCAGAGA-GCACAAGAG--CAAGGTTT-T-----------TGTTTGCTTTTTA---------GATGCTCGTC-AAGCTTTTGA-TAGGGT-G----TGGCA---TAATG-GACTTATGCT----CAA---ATTG-----T-----TTGAT
gi|13476 : TGTATGCTTC-CTT----GATGCCCGCC-AAGCTTTCGA-GAATGT-A----TGGCA---TGACGAA--CT-TCTATA--TAAGCTATTGCAGACT-----AGCATCTAC-AA--A--TACACGC-----A----T-TAT---G---CTTT--TGAAAC----------TATATACCGTTCTATGGAGAGTTGTGTGCGT-----AATC---GGCACTTTTTTTTTACTGGTTCAGAGTTTTACAGGGTAC
gi|13477 : GCATTTGA-TACCGT-T----TGGCA---TGA-G-G--CT-CTTATG-GTAAT--ATTG-----T-----TCAAATTTG-GATTACCGTTATAC-----A---TT-CTTAAAG---TTGTTTTTAATT----------TATATACCAATATG--ACCAGTTGTGT-CA------GAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13478 : GCATTTGA-TACCGT-T----TGGCA---TGA-G-G--CT-CTTATG-GTAAT--ATTG-----T-----TCAAATTTG-GATTA--C-----C-----AC-ATT-CTTAAAG---TTGTTTTTAATT----------TATATACCAATATG--ACCAGTTGTGT-CA------GAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13479 : T-C----TGGCA---TGA-G-G--TT-CTTATG-GTATT--ATTG-----T-----TCAAATTTG-GGTTACCGTTATAC-----A---TT-CTTAAAG---TTGTTTTTAATT----------TATATACATATATG--ACCAGTTGTGT-CAGAAACCAATGTCA-----CTT-TTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 111111 11111111111 1 111111111 11111 1111 111111 111 33333333333333333333333 111111 1111111111
lowQualScore : 1 1 44 555 1 1 555 7 0 2 1 1 2 3 3 44 22222 777777 1 6 55555555555 3 3 3 8888 1 3 44 2 44 9 2 1 77777 44 444 5 1 999999999 44 4 66666 3 33333 3 55 555 22 3 1 1 2 8888 4 22 2 333 333333 444 9 333 8 5 4 2 999 1 1 44 5 99999999999999999999999 888 1 000000 66 666666 444 5555 1 3333333333 2 1 55 0 1 1 1 1 1 0
lowQualScore : . . .. ... . . ... . . . . . . . . .. ..... ...... . . ........... . . . .... . . .. . .. . . . ..... .. ... . . ......... .. . ..... . ..... . .. ... .. . . . . .... . .. . ... ...... ... . ... . . . . ... . . .. . ....................... ... . ...... .. ...... ... .... . .......... . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 66 666 6 0 888 3 4 3 0 7 5 1 1 22 77777 777777 5 2 33333333333 3 1 1 9999 0 1 22 3 22 8 3 0 55555 22 222 4 6 555555555 22 5 11111 8 44444 1 33 444 88 3 0 0 9 2222 5 00 5 333 999999 111 2 666 2 9 4 5 444 4 9 44 0 99999999999999999999999 333 9 333333 33 111111 777 7777 0 4444444444 7 4 11 8 0 0 0 0 0 2
consensus : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T----TGGCA---TGATGG--TTCGTNTGGT-AAT--ATTGTACGAACTTCGATTA--G-ATA----TGC-A-ATT-TACAAAGC---TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
Reference ( family-898 ) : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAAA-CTATATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGCGTNATGACN----TC--TTNCGCTGTAAAAGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNNAAGCATTTGA-TA-GNGT-T----TGGCA---TGATGG--TTCGTNTGGT-AA---ATTGTACGANCTTCGATTA--G-ATA----TGC-A-ATT-TACAAAGC---TNT------CTTT--AGCC----TATAC---ACCG--ATNTGG--------NCAGCTGTGT-CAGATNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTNTTACAGGGNACCAGACA
gi|13463 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAACTATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T----TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGT-AA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-ATA----TGC-AGATT-TACAAAGC---TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13464 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCATC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGCATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T----TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGT-AA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-ATA----TGC-AGATT-TACAAAGC---TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13465 : AGTTACCGTGCTA--TA--CCCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCATTTTTCA-GAAAA--A-ATATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAAGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-TTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACATAAAGCATTCGA-TA-TGGT-T----TGGCA---TGCTGG--TTTGTTTAGT-AA---ATTGTACGATCTTCAATTA--T-ATA----TGCAA-ACT-TACAAAGC---TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCAGTGT-TAAATTCCAGGGGTTTTATTTAGACTGGTTCCCAGTTCTACAAGGAACCCGACA
gi|13466 : AGCTACCGTGTTA--TT--AC-TCATTTTC---CGTTTTTGTTAGA-CTATATGAAAGTATACTTCATA-AA-ACAATT--GCTAC-TGA------TGGTA-ACA-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTTTTCAATGCGATTTTCAGAAAAA--A-AT--TGG-CTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTT---A-GTAAGTAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A----TGGCA---TGATGG--TTTGT-TAGT-AA---ATTGTATGATTTTCAATTA--G-ATT----TGC-A-------CA----------------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTAAG--------AGAGCTGTAT-TAAATTTCAGAGGTTTTAC-CAGACTGAGTCCCAGTTCTAAAGGGAACCCGACA
gi|13467 : AGTTATAGGGCTA--TC--ACATTATCGTC---TGTTTTTGTTAGA-TTATATGAACTTATG-TTATTAGAT-AGG-TT--AA------A------GGGTA-ATG-CGAATAT---AGAAATAG-A-TA--GACAGCAGGGTGGTTTCCA-AGAAA--A-GT--TGTCTTGTGGAATGACA----TCATTTTCACT--AAGAGAGTGT---A-----TTC--TCTTT---G-GTAAAGAA--TGTGA-TTC-TA---AAGTATATATTTGCTTC-TTA----GATGCGAAACAGGCCTTCGA-TA-GAAT-A----TGGCA---AGATGG--GTTATTTTTT-AA---ATTAAATGAACTAAAAATA--G-ATAAAAGT-----ATA-TACAATGC---TTT------CTTT--AGTC----TTTAC---AATG--ATGTAG--------AGAGTCGCGT-TAAATTTCGTGAACACTTTTCTGACTGGTTCCCTGTTAAACAGGGTACCAGACA
gi|13468 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACTCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGCGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGATTTCA-ACGGG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAA--AATGA-C--------AGTCAATTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T----TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGT-AAT--ATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TTA----TAC---ATT-CTTAAAGT---TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13469 : AGTTACAGGGCCA--TATCACTTTGTTCTA---CTATTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT-----TTA-ATTAAAAAT--GTTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AGGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAA--ACAT--T-AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTCTTTTGATAGAAAGT---ATCTTTTTT--GC--A---A---AAGAAA--ACA-A-CTCTTA---AACTTTTTACATGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGA-CC-ACGTATCTCATAGCA---TACTGA--TGC-T----T-AA---ATTATATAAA-----ACAA--G--TG----T-C-A------ACAAATC---TAT------TTTTA-AAAT----TATACAAAACAT--GTTTGAAAATATTTTTAGCTGCGT-TAGGTCACAAGGCCAATCTTCGGATTGGTTCCCAATTTTACAGGGAAC
gi|13470 : AGTTACAGGGCCAATTC--ACTTTGTTCTA---CTTTTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT----TTTA-CT-AAAACT--ATTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AAGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAAACA-AT----AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTTTTTTACGAGAAAGT---ATCTTTTTT--GCACA---A-GAAAACA-------A-CTC-TA---AACTTTTAACACGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGACTACGTATATCA--TAGCATATTGATGG--TT
gi|13471 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACCCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGTGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGGTTCCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----GC--TTTTGTTCTGCCTGAATGCTCTA-----TCTTCGCTTA---A-G-AA--AA--TGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T----TGGCA---TAA-GG--TTCTTATGAT-AAT--TTTGTTCAAATTTGGTTTACTG-TTA----TAC---ATT-CTTAAAGT---TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCG--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CATAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTAAAAGGTACCAGACAtaattatataaa
gi|13472 : AGTTATCGAGCAA--TT--AACCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GAAAG-TGA------T--TC-AGT-G---TATCAGAAAATT-A-A-TA------ACAAGGTGGGTTTCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAAAATGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-GCGT-T----TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGT-AAT--AGTGTTCAAATTTGGTTTA-------------C-C-GTTATACAA-GT---TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-TAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTAGTTCCGTGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13473 : GTTACCGTGCTA--TA--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-GT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTAA-AAAAA--A-AT--TGAGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGAATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A----TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGT-AA---ATTGTATCATCTTCAATTA--G-ATA----TGC-AGACT-TACAAAGC---TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-TAAATTTAAGGGTTTTTATTCAGACTGGTTTCCAGTTCTACATGGAACCCGACA
gi|13474 : GCAA--TA--ACTCTATCGTCTTCCATTTT----AAAGCTATATGAAAGTGTTCTG-TTA-AA-AAAACT--AAAAT-CCA------GCCTA-AC------------AAATCCCATA-CATGAGTTGCAAGCAGGCTTCCA-AGAAA--A-CA--TGAGTTGTGTTATGACAAACATC--TTG----GTGAAAGAATGT---------TCC--GCATA---TTGTGA--------AAA-CTC-TAGTAAATTATATGCATGTTTTTCTT----GATGCTAGACAGGCCTTCGA-CA-GAGT-A----TGGTA---CGATGG--ACTGTTT-------------TACAAACTCCATCTA----ATG----GGC-A---T-TACAAAGCAACTTTGGTTCGCTGT--AGTTGAAATGCAC---ACAG--ATATGT--------ACAGCTGTTT-CATGCATTATGGCTTTAACTCTAGCTGGTTTCCTATTTTACAGAGAACCAGGCA
gi|13475 : TTAAA-CTATATGAAAATATACTTCTT---T-CACGTTCCGA-AC-AAA----------A-ACTTC---TTT---CTAATTTA-AGTA--ATCAACAAGGGGGGTTTCA-GGAAG--G-AC--TTGGTTGTTTGATGACT----TC--CTTCGCACTAAAAGAATGT---A-----TTT-----TATATG-GCAGAGAGCACAAGAGC----A---AGGTTTTTGTTTGCTTT-TTA----GATGCTCGTCAAGCTTTTGA-TA-GGGT-G----TGGCA---TAATGG---ACTTATGCTCAA---ATTGT
gi|13476 : TGTATGCTTC-CTT----GATGCCCGCCAAGCTTTCGA-GA-ATGT-A----TGGCA---TGACGAACTTC-TAT-AT-AAGCTATTGCA--------GACTA--GCATC----TAC-A-A-A-TAC-ACGCAT-TATG-----CTTTTGAAAC----TATAT---ACCGTTCTATGG--------AGAGTTGTGTGCGTAATC--GGCACTTTTTTTTTACTGGTTCAGAGTTTTACAGGGTACttgat
gi|13477 : GCATTTGA-TA-CCGT-T----TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGT-AAT--ATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TTA----TAC-A-TTC-T-TAAAGT---TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13478 : GCATTTGA-TA-CCGT-T----TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGT-AAT--ATTGTTCAAATTTGGATTA--C----------C-ACATT-CTTAAAGT---TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13479 : T-C----TGGCA---TGA-GG--TTCTTATGGT-ATT--ATTGTTCAAATTTGGGTTACCG-TTA----TAC-A-TTC-T-TAAAGT---TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACAT--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAATGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 111111 11111111111 1 111111111 11111 1111 1 111 333333333333333333333333333 111111 1111111111
lowQualScore : 1 1 44 555 1 1 555 7 0 2 1 1 2 3 3 44 22222 777777 1 6 55555555555 3 3 3 8888 1 3 44 2 44 9 1 77777 44 444 4 1 999999999 44 4 66666 3 33333 3 55 555 22 3 1 1 2 8888 4 1 2 333 9999 444 0 333 9 4 3 444 1 0 2 5 888888888888888888888888888 666666 1 000000 77 66666 444 1 33 1 1111111111 2 1 22 0 1 1 1 1 1 0
lowQualScore : . . .. ... . . ... . . . . . . . . .. ..... ...... . . ........... . . . .... . . .. . .. . . ..... .. ... . . ......... .. . ..... . ..... . .. ... .. . . . . .... . . . ... .... ... . ... . . . ... . . . . ........................... ...... . ...... .. ..... ... . .. . .......... . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 66 666 6 0 888 3 4 3 0 7 5 1 1 22 77777 777777 5 2 33333333333 3 1 1 9999 0 1 22 3 22 8 0 88888 22 222 0 0 555555555 22 5 11111 8 44444 1 33 444 88 3 0 0 9 2222 5 0 5 333 4444 111 6 555 4 5 1 333 4 8 9 0 777777777777777777777777777 444444 9 333333 33 55555 777 0 77 0 7777777777 7 4 00 8 0 0 0 4 0 2
consensus : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG--TTCGTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGC-A-A---TC-TACAAAG---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
Reference ( family-898 ) : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG--TTCGTNTGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGC-A-A---TT-TACAAAG---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
gi|13463 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAACTATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGC-AGA---TT-TACAAAG---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13464 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCATC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGCATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGC-AGA---TT-TACAAAG---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13465 : AGTTACCGTGCTA--TA--CCCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCATTTTTCA-GAAAA--A-ATATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAAGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-TTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACATAAAGCATTCGA-TA-TGGT-T--TGGCA---TGCTGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--T-AT-A----TGCAA-A---CT-TACAAAG---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCAGTGT-TAAATTCCAGGGGTTTTATTTAGACTGGTTCCCAGTTCTACAAGGAACCCGACA
gi|13466 : AGCTACCGTGTTA--TT--AC-TCATTTTC---CGTTTTTGTTAGA-CTATATGAAAGTATACTTCATA-AA-ACAATT--GCTAC-TGA------TGGTA-ACA-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTTTTCAATGCGATTTTCAGAAAAA--A-AT--TGG-CTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTT---A-GTAAGTAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG--TTTGT-TAGTAA---ATTGTATGATTTTCAATTA--G-AT-T----TGC-A----------CA------------------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTAAG--------AGAGCTGTAT-TAAATTTCAGAGGTTTTAC-CAGACTGAGTCCCAGTTCTAAAGGGAACCCGACA
gi|13467 : AGTTATAGGGCTA--TC--ACATTATCGTC---TGTTTTTGTTAGA-TTATATGAACTTATG-TTATTAGAT-AGG-TT--AA------A------GGGTA-ATG-CGAATAT---AGAAATAG-A-TA--GACAGCAGGGTGGTTTCCA-AGAAA--A-GT--TGTCTTGTGGAATGACA----TCATTTTCACT--AAGAGAGTGT---A-----TTC--TCTTT---G-GTAAAGAA--TGTGA-TTC-TA---AAGTATATATTTGCTTC-TTA----GATGCGAAACAGGCCTTCGA-TA-GAAT-A--TGGCA---AGATGG--GTTATTTTTTAA---ATTAAATGAACTAAAAATA--G-AT-AAAAGT-----A---TA-TACAATG---C--TTT------CTTT--AGTC----TTTAC---AATG--ATGTAG--------AGAGTCGCGT-TAAATTTCGTGAACACTTTTCTGACTGGTTCCCTGTTAAACAGGGTACCAGACA
gi|13468 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACTCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGCGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGATTTCA-ACGGG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAA--AATGA-C--------AGTCAATTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TAC-A-T---TC-T-TAAAG---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13469 : AGTTACAGGGCCA--TATCACTTTGTTCTA---CTATTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT-----TTA-ATTAAAAAT--GTTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AGGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAA--ACAT--T-AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTCTTTTGATAGAAAGT---ATCTTTTTT--GC--A---A---AAGAAA--ACA-A-CTCTTA---AACTTTTTACATGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGA-CC-ACGT--------A---T-------CTC--ATAGC-A--TACTG-ATG--CTTAAATTA--T-ATAA----AAC-A-AGTGTC-AACAAAT---C--TAT------TTTTAAAAT-----TATACAAAACAT--GTTTGAAAATATTTTTAGCTGCGT-TAGGTCACAAGGCCAATCTTCGGATTGGTTCCCAATTTTACAGGGAAC
gi|13470 : AGTTACAGGGCCAATTC--ACTTTGTTCTA---CTTTTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT----TTTA-CT-AAAACT--ATTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AAGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAAACA-AT----AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTTTTTTACGAGAAAGT---ATCTTTTTT--GCACA---A-GAAAACA-------A-CTC-TA---AACTTTTAACACGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGATGG--TT
gi|13471 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACCCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGTGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGGTTCCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----GC--TTTTGTTCTGCCTGAATGCTCTA-----TCTTCGCTTA---A-G-AA--AA--TGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TAA-GG--TTCTTATGATAA--TTTTGTTCAAATTTGGTTTACTG-TT-A----TAC-A-T---TC-T-TAAAG---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCG--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CATAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTAAAAGGTACCAGACAtaattatataaa
gi|13472 : AGTTATCGAGCAA--TT--AACCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GAAAG-TGA------T--TC-AGT-G---TATCAGAAAATT-A-A-TA------ACAAGGTGGGTTTCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAAAATGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-GCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TAGTGTTCAAATTTGGTTTA--------------C-C-G---TTATACAA-G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-TAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTAGTTCCGTGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13473 : GTTACCGTGCTA--TA--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-GT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTAA-AAAAA--A-AT--TGAGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGAATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTATCATCTTCAATTA--G-AT-A----TGC-AGA---CT-TACAAAG---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-TAAATTTAAGGGTTTTTATTCAGACTGGTTTCCAGTTCTACATGGAACCCGACA
gi|13474 : GCAA--TA--ACTCTATCGTCTTCCATTTT----AAAGCTATATGAAAGTGTTCTG-TTA-AA-AAAACT--AAAAT-CCA------GCCTA-AC------------AAATCCCATA-CATGAGTTGCAAGCAGGCTTCCA-AGAAA--A-CA--TGAGTTGTGTTATGACAAACATC--TTG----GTGAAAGAATGT---------TCC--GCATA---TTGTGA--------AAA-CTC-TAGTAAATTATATGCATGTTTTTCTT----GATGCTAGACAGGCCTTCGA-CA-GAGT-A--TGGTA---CGATGG------------AC--TGTTTTACAAACTCCATCTA----AT-G----GGC-A------T-TACAAAGCAAC--TTTGGTTCGCTGT--AGTTGAAATGCAC---ACAG--ATATGT--------ACAGCTGTTT-CATGCATTATGGCTTTAACTCTAGCTGGTTTCCTATTTTACAGAGAACCAGGCA
gi|13475 : TTAAA-CTATATGAAAATATACTTCTT---T-CACGTTCCGA-AC-AAA----------A-ACTTC---TTT---CTAATTTA-AGTA--ATCAACAAGGGGGGTTTCA-GGAAG--G-AC--TTGGTTGTTTGATGACT----TC--CTTCGCACTAAAAGAATGT---A-----TTT-----TATATG-GCAGAGAGCACAAGAGC----A---AGGTTTTTGTTTGCTTT-TTA----GATGCTCGTCAAGCTTTTGA-TA-GGGT-G--TGGCA---TAATGG--
gi|13476 : TGTATGCTTC-CTT----GATGCCCGCCAAGCTTTCGA-GA-ATGT-A--TGGCA---TGACGAACTTC-TAT-ATAAGCTATTGCA--------GACTA--GCAT-C----TAC-A-A----A-TAC-ACG---CATTATG-----CTTTTGAAAC----TATAT---ACCGTTCTATGG--------AGAGTTGTGTGCGTAATC--GGCACTTTTTTTTTACTGGTTCAGAGTTTTACAGGGTACacttatgctcaaattgtttgat
gi|13477 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TAC-A-T---TC-T-TAAAG---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13478 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTA--C-----------C-ACA---TT-CTTAAAG---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13479 : T-C--TGGCA---TGA-GG--TTCTTATGGTAT--TATTGTTCAAATTTGGGTTACCG-TT-A----TAC-A-T---TC-T-TAAAG---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACAT--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAATGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 111111 11111111111 1 111111111 11111 1111 1 111 33333333333333333333333333 111111 1111111111
lowQualScore : 1 1 44 555 1 1 555 7 0 2 1 1 2 3 3 44 22222 777777 1 6 55555555555 3 3 3 8888 1 3 44 2 44 1 5 1 77777 44 444 4 1 999999999 44 4 66666 3 33333 3 55 555 22 3 1 1 2 8888 4 1 2 333 9999 444 0 555 9 3 2 444 1 0 2 55 66666666666666666666666666 66666 666666 1 000000 77 66666 444 1 33 1 1111111111 2 1 22 0 1 1 1 1 1 0
lowQualScore : . . .. ... . . ... . . . . . . . . .. ..... ...... . . ........... . . . .... . . .. . .. . . . ..... .. ... . . ......... .. . ..... . ..... . .. ... .. . . . . .... . . . ... .... ... . ... . . . ... . . . .. .......................... ..... ...... . ...... .. ..... ... . .. . .......... . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 66 666 6 0 888 3 4 3 0 7 5 1 1 22 77777 777777 5 2 33333333333 3 1 1 9999 0 1 22 3 22 5 9 0 88888 22 222 0 0 555555555 22 5 11111 8 44444 1 33 444 88 3 0 0 9 2222 5 0 5 333 4444 111 6 888 8 7 2 444 4 8 9 88 11111111111111111111111111 77777 444444 9 333333 33 55555 777 0 77 0 7777777777 7 4 00 8 0 0 0 4 0 2
consensus : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG--TTCNTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
Reference ( family-898 ) : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG--TTCGTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
gi|13463 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAACTATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---TT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13464 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCATC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGCATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---TT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13465 : AGTTACCGTGCTA--TA--CCCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCATTTTTCA-GAAAA--A-ATATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAAGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-TTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACATAAAGCATTCGA-TA-TGGT-T--TGGCA---TGCTGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--T-AT-A----TGCA-A---ACTTACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCAGTGT-TAAATTCCAGGGGTTTTATTTAGACTGGTTCCCAGTTCTACAAGGAACCCGACA
gi|13466 : AGCTACCGTGTTA--TT--AC-TCATTTTC---CGTTTTTGTTAGA-CTATATGAAAGTATACTTCATA-AA-ACAATT--GCTAC-TGA------TGGTA-ACA-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTTTTCAATGCGATTTTCAGAAAAA--A-AT--T-GGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTT---A-GTAAGTAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG--TTTGT-TAGTAA---ATTGTATGATTTTCAATTA--G-AT-T----TGC----------ACA-----------------------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTAAG--------AGAGCTGTAT-TAAATTTCAGAGGTTTTA-CCAGACTGAGTCCCAGTTCTAAAGGGAACCCGACA
gi|13467 : AGTTATAGGGCTA--TC--ACATTATCGTC---TGTTTTTGTTAGA-TTATATGAACTTATG-TTATTAGAT-AGG-TT--AA------A------GGGTA-ATG-CGAATAT---AGAAATAG-A-TA--GACAGCAGGGTGGTTTCCA-AGAAA--A-GT--TGTCTTGTGGAATGACA----TCATTTTCACT--AAGAGAGTGT---A-----TTC--TCTTT---G-GTAAAGAA--TGTGA-TTC-TA---AAGTATATATTTGCTTC-TTA----GATGCGAAACAGGCCTTCGA-TA-GAAT-A--TGGCA---AGATGG--GTTATTTTTTAA---ATTAAATGAACTAAAAATA--G-AT-AAAAGT----A---TA-TACAAT-----G---C--TTT------CTTT--AGTC----TTTAC---AATG--ATGTAG--------AGAGTCGCGT-TAAATTTCGTGAACACTTTTCTGACTGGTTCCCTGTTAAACAGGGTACCAGACA
gi|13468 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACTCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGCGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGATTTCA-ACGGG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAA--AATGA-C--------AGTCAATTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13469 : AGTTACAGGGCCA--TATCACTTTGTTCTA---CTATTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT-----TTA-ATTAAAAAT--GTTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AGGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAA--ACAT--T-AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTCTTTTGATAGAAAGT---ATCTTTTTT--GC--A---A---AAGAAA--ACA-A-CTCTTA---AACTTTTTACATGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGA-CC-ACGT--------A---T-------CTC--ATAGC-A--TACTG-ATG--CTTAAATTA--T-ATAA----AACA-AGTGTC-AACAAA-----T---C--TAT------TTTTAAAAT-----TATACAAAACAT--GTTTGAAAATATTTTTAGCTGCGT-TAGGTCACAAGGCCAATCTTCGGATTGGTTCCCAATTTTACAGGGAAC
gi|13470 : AGTTACAGGGCCAATTC--ACTTTGTTCTA---CTTTTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT----TTTA-CT-AAAACT--ATTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AAGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAAACA-AT----AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTTTTTTACGAGAAAGT---ATCTTTTTT--GCACA---A-GAAAACA-------A-CTC-TA---AACTTTTAACACGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGATGG--TT
gi|13471 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACCCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGTGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGGTTCCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----GC--TTTTGTTCTGCCTGAATGCTCTA-----TCTTCGCTTA---A-G-AA--AA--TGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TAA-GG--TTCTTATGATAA--TTTTGTTCAAATTTGGTTTACTG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCG--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CATAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTAAAAGGTACCAGACAtaattatataaa
gi|13472 : AGTTATCGAGCAA--TT--AACCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GAAAG-TGA------T--TC-AGT-G---TATCAGAAAATT-A-A-TA------ACAAGGTGGGTTTCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAAAATGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-GCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TAGTGTTCAAATTTGGTTTACCG-TT-A----TACA-A-----------------G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-TAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTAGTTCCGTGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13473 : GTTACCGTGCTA--TA--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-GT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTAA-AAAAA--A-AT--TGAGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGAATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTATCATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---CT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-TAAATTTAAGGGTTTTTATTCAGACTGGTTTCCAGTTCTACATGGAACCCGACA
gi|13474 : GCAA--TA--ACTCTATCGTCTTCCATTTT----AAAGCTATATGAAAGTGTTCTG-TTA-AA-AAAACT--AAAAT-CCA------GCCTA-AC------------AAATCCCATA-CATGAGTTGCAAGCAGGCTTCCA-AGAAA--A-CA--TGAGTTGTGTTATGACAAACATC--TTG----GTGAAAGAATGT---------TCC--GCATA---TTGTGA--------AAA-CTC-TAGTAAATTATATGCATGTTTTTCTT----GATGCTAGACAGGCCTTCGA-CA-GAGT-A--TGGTA---CGATGG------------AC--TGTTTTACAAACTCC-ATCT--A-AT-G----GGCA------T-TACAAA-----GCAAC--TTTGGTTCGCTGT--AGTTGAAATGCAC---ACAG--ATATGT--------ACAGCTGTTT-CATGCATTATGGCTTTAACTCTAGCTGGTTTCCTATTTTACAGAGAACCAGGCA
gi|13475 : TTAAA-CTATATGAAAATATACTTCTT---T-CACGTTCCGA-AC-AAA----------A-ACTTC---TTT---CTAATTTA-AGTA--ATCAACAAGGGGGGTTTCA-GGAAG--G-AC--TTGGTTGTTTGATGACT----TC--CTTCGCACTAAAAGAATGT---A-----TTT-----TATATG-GCAGAGAGCACAAGAGC----A---AGGTTTTTGTTTGCTTT-TTA----GATGCTCGTCAAGCTTTTGA-TA-GGGT-G--TGGCA---TAATGG---ACTTATGCTCA--AATTGT
gi|13476 : TGTATGCTTC-CTT----GATGCCCGCCAAGCTTTCGA-GA-ATGT-A--TGGCA---TGACGAACTTC-TAT-ATAAGCTATTGCA--------GACTA-------------GC--A---TC-TACAAATACACG---CATTATG-----CTTTTGAAAC----TATAT---ACCGTTCTATGG--------AGAGTTGTGTGCGTAATC--GGCACTTTTTTTTTACTGGTTCAGAGTTTTACAGGGTACttgat
gi|13477 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13478 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTA--CCAC-A----T--------TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13479 : T-C--TGGCA---TGA-GG--TTCTTATGGTAT--TATTGTTCAAATTTGGGTTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACAT--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAATGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 111111 11111111111 1 111111111 11111 1111 1 111 33333333333333333333333333 111111 1111111111
lowQualScore : 1 1 44 555 1 1 555 7 0 2 1 1 2 3 3 44 22222 777777 1 6 55555555555 3 3 3 8888 1 3 44 2 44 1 5 1 77777 44 444 4 1 999999999 44 4 66666 3 33333 3 55 555 22 3 1 1 2 8888 4 1 2 333 9999 444 0 666 4 3 2 444 1 0 2 5 88888888888888888888888888 66666 666666 1 000000 77 66666 444 1 33 1 1111111111 2 1 22 0 1 1 1 1 1 0
lowQualScore : . . .. ... . . ... . . . . . . . . .. ..... ...... . . ........... . . . .... . . .. . .. . . . ..... .. ... . . ......... .. . ..... . ..... . .. ... .. . . . . .... . . . ... .... ... . ... . . . ... . . . . .......................... ..... ...... . ...... .. ..... ... . .. . .......... . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 66 666 6 0 888 3 4 3 0 7 5 1 1 22 77777 777777 5 2 33333333333 3 1 1 9999 0 1 22 3 22 5 9 0 88888 22 222 0 0 555555555 22 5 11111 8 44444 1 33 444 88 3 0 0 9 2222 5 0 5 333 4444 111 6 444 3 7 2 444 4 8 9 0 33333333333333333333333333 77777 444444 9 333333 33 55555 777 0 77 0 7777777777 7 4 00 8 0 0 0 4 0 2
consensus : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG--TTCTTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
Reference ( family-898 ) : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG--TTCNTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
gi|13463 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAACTATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---TT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13464 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCATC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGCATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---TT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13465 : AGTTACCGTGCTA--TA--CCCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCATTTTTCA-GAAAA--A-ATATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAAGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-TTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACATAAAGCATTCGA-TA-TGGT-T--TGGCA---TGCTGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--T-AT-A----TGCA-A---ACTTACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCAGTGT-TAAATTCCAGGGGTTTTATTTAGACTGGTTCCCAGTTCTACAAGGAACCCGACA
gi|13466 : AGCTACCGTGTTA--TT--AC-TCATTTTC---CGTTTTTGTTAGA-CTATATGAAAGTATACTTCATA-AA-ACAATT--GCTAC-TGA------TGGTA-ACA-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTTTTCAATGCGATTTTCAGAAAAA--A-AT--T-GGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTT---A-GTAAGTAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG--TTTGT-TAGTAA---ATTGTATGATTTTCAATTA--G-AT-T----TGC----------ACA-----------------------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTAAG--------AGAGCTGTAT-TAAATTTCAGAGGTTTTA-CCAGACTGAGTCCCAGTTCTAAAGGGAACCCGACA
gi|13467 : AGTTATAGGGCTA--TC--ACATTATCGTC---TGTTTTTGTTAGA-TTATATGAACTTATG-TTATTAGAT-AGG-TT--AA------A------GGGTA-ATG-CGAATAT---AGAAATAG-A-TA--GACAGCAGGGTGGTTTCCA-AGAAA--A-GT--TGTCTTGTGGAATGACA----TCATTTTCACT--AAGAGAGTGT---A-----TTC--TCTTT---G-GTAAAGAA--TGTGA-TTC-TA---AAGTATATATTTGCTTC-TTA----GATGCGAAACAGGCCTTCGA-TA-GAAT-A--TGGCA---AGATGG--GTTATTTTTTAA---ATTAAATGAACTAAAAATA--G-AT-AAAAGT----A---TA-TACAAT-----G---C--TTT------CTTT--AGTC----TTTAC---AATG--ATGTAG--------AGAGTCGCGT-TAAATTTCGTGAACACTTTTCTGACTGGTTCCCTGTTAAACAGGGTACCAGACA
gi|13468 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACTCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGCGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGATTTCA-ACGGG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAA--AATGA-C--------AGTCAATTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13469 : AGTTACAGGGCCA--TATCACTTTGTTCTA---CTATTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT-----TTA-ATTAAAAAT--GTTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AGGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAA--ACAT--T-AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTCTTTTGATAGAAAGT---ATCTTTTTT--GC--A---A---AAGAAA--ACA-A-CTCTTA---AACTTTTTACATGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGA-CC-ACGT--------A------------TCTCATAGC-A--TACTG-ATG--CTTAAATTA--T-ATAA----AACA-AGTGTC-AACAAA-----T---C--TAT------TTTTAAAAT-----TATACAAAACAT--GTTTGAAAATATTTTTAGCTGCGT-TAGGTCACAAGGCCAATCTTCGGATTGGTTCCCAATTTTACAGGGAAC
gi|13470 : AGTTACAGGGCCAATTC--ACTTTGTTCTA---CTTTTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT----TTTA-CT-AAAACT--ATTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AAGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAAACA-AT----AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTTTTTTACGAGAAAGT---ATCTTTTTT--GCACA---A-GAAAACA-------A-CTC-TA---AACTTTTAACACGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGATGG--TT
gi|13471 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACCCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGTGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGGTTCCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----GC--TTTTGTTCTGCCTGAATGCTCTA-----TCTTCGCTTA---A-G-AA--AA--TGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TAA-GG--TTCTTATGATAA--TTTTGTTCAAATTTGGTTTACTG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCG--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CATAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTAAAAGGTACCAGACAtaattatataaa
gi|13472 : AGTTATCGAGCAA--TT--AACCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GAAAG-TGA------T--TC-AGT-G---TATCAGAAAATT-A-A-TA------ACAAGGTGGGTTTCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAAAATGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-GCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TAGTGTTCAAATTTGGTTTACCG-TT-A----TACA-A-----------------G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-TAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTAGTTCCGTGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13473 : GTTACCGTGCTA--TA--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-GT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTAA-AAAAA--A-AT--TGAGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGAATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG--TTTGTTTAGTAA---ATTGTATCATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---CT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-TAAATTTAAGGGTTTTTATTCAGACTGGTTTCCAGTTCTACATGGAACCCGACA
gi|13474 : GCAA--TA--ACTCTATCGTCTTCCATTTT----AAAGCTATATGAAAGTGTTCTG-TTA-AA-AAAACT--AAAAT-CCA------GCCTA-AC------------AAATCCCATA-CATGAGTTGCAAGCAGGCTTCCA-AGAAA--A-CA--TGAGTTGTGTTATGACAAACATC--TTG----GTGAAAGAATGT---------TCC--GCATA---TTGTGA--------AAA-CTC-TAGTAAATTATATGCATGTTTTTCTT----GATGCTAGACAGGCCTTCGA-CA-GAGT-A--TGGTA---CGATGG------------AC--TGTTTTACAAACTCCATCTA----AT-G----GGCA------T-TACAAA-----GCAAC--TTTGGTTCGCTGT--AGTTGAAATGCAC---ACAG--ATATGT--------ACAGCTGTTT-CATGCATTATGGCTTTAACTCTAGCTGGTTTCCTATTTTACAGAGAACCAGGCA
gi|13475 : TTAAA-CTATATGAAAATATACTTCTT---T-CACGTTCCGA-AC-AAA----------A-ACTTC---TTT---CTAATTTA-AGTA--ATCAACAAGGGGGGTTTCA-GGAAG--G-AC--TTGGTTGTTTGATGACT----TC--CTTCGCACTAAAAGAATGT---A-----TTT-----TATATG-GCAGAGAGCACAAGAGC----A---AGGTTTTTGTTTGCTTT-TTA----GATGCTCGTCAAGCTTTTGA-TA-GGGT-G--TGGCA---TAATGG---ACTTATGCTCA--AATTGT
gi|13476 : TGTATGCTTC-CTT----GATGCCCGCCAAGCTTTCGA-GA-ATGT-A--TGGCA---TGACGAACTTC-TAT-ATAAGCTATTGCA--------GACTA-------------GC--A---TC-TACAAATACACG---CATTATG-----CTTTTGAAAC----TATAT---ACCGTTCTATGG--------AGAGTTGTGTGCGTAATC--GGCACTTTTTTTTTACTGGTTCAGAGTTTTACAGGGTACttgat
gi|13477 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13478 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG--CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTA--CCAC-A----T--------TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13479 : T-C--TGGCA---TGA-GG--TTCTTATGGTAT--TATTGTTCAAATTTGGGTTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACAT--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAATGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 111111 11111111111 1 111111111 11111 1111 1 111 33333333333333333333333333 111111 1111111111
lowQualScore : 1 1 44 555 1 1 555 7 0 2 1 1 2 3 3 44 22222 777777 1 6 55555555555 3 3 3 8888 1 3 44 2 44 1 5 1 77777 44 444 4 1 999999999 44 4 66666 3 33333 3 55 555 22 3 1 1 2 8888 4 1 2 333 9999 444 0 99999 3 5 2 444 1 0 2 55 66666666666666666666666666 66666 666666 1 000000 77 66666 444 1 33 1 1111111111 2 1 22 0 1 1 1 1 1 0
lowQualScore : . . .. ... . . ... . . . . . . . . .. ..... ...... . . ........... . . . .... . . .. . .. . . . ..... .. ... . . ......... .. . ..... . ..... . .. ... .. . . . . .... . . . ... .... ... . ..... . . . ... . . . .. .......................... ..... ...... . ...... .. ..... ... . .. . .......... . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 66 666 6 0 888 3 4 3 0 7 5 1 1 22 77777 777777 5 2 33333333333 3 1 1 9999 0 1 22 3 22 5 9 0 88888 22 222 0 0 555555555 22 5 11111 8 44444 1 33 444 88 3 0 0 9 2222 5 0 5 333 4444 111 6 99999 1 1 2 444 4 8 9 88 11111111111111111111111111 77777 444444 9 333333 33 55555 777 0 77 0 7777777777 7 4 00 8 0 0 0 4 0 2
consensus : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG----TTCTTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
Reference ( family-898 ) : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG----TTCTTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
gi|13463 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAACTATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---TT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13464 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCATC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGCATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---TT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13465 : AGTTACCGTGCTA--TA--CCCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCATTTTTCA-GAAAA--A-ATATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAAGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-TTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACATAAAGCATTCGA-TA-TGGT-T--TGGCA---TGCTGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--T-AT-A----TGCA-A---ACTTACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCAGTGT-TAAATTCCAGGGGTTTTATTTAGACTGGTTCCCAGTTCTACAAGGAACCCGACA
gi|13466 : AGCTACCGTGTTA--TT--AC-TCATTTTC---CGTTTTTGTTAGA-CTATATGAAAGTATACTTCATA-AA-ACAATT--GCTAC-TGA------TGGTA-ACA-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTTTTCAATGCGATTTTCAGAAAAA--A-AT--T-GGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTT---A-GTAAGTAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG----TTTGT-TAGTAA---ATTGTATGATTTTCAATTA--G-AT-T----TGC----------ACA-----------------------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTAAG--------AGAGCTGTAT-TAAATTTCAGAGGTTTTA-CCAGACTGAGTCCCAGTTCTAAAGGGAACCCGACA
gi|13467 : AGTTATAGGGCTA--TC--ACATTATCGTC---TGTTTTTGTTAGA-TTATATGAACTTATG-TTATTAGAT-AGG-TT--AA------A------GGGTA-ATG-CGAATAT---AGAAATAG-A-TA--GACAGCAGGGTGGTTTCCA-AGAAA--A-GT--TGTCTTGTGGAATGACA----TCATTTTCACT--AAGAGAGTGT---A-----TTC--TCTTT---G-GTAAAGAA--TGTGA-TTC-TA---AAGTATATATTTGCTTC-TTA----GATGCGAAACAGGCCTTCGA-TA-GAAT-A--TGGCA---AGATGGGTTATTTTT----TAA---ATTAAATGAACTAAAAATA--G-AT-AAAAGT----A---TA-TACAAT-----G---C--TTT------CTTT--AGTC----TTTAC---AATG--ATGTAG--------AGAGTCGCGT-TAAATTTCGTGAACACTTTTCTGACTGGTTCCCTGTTAAACAGGGTACCAGACA
gi|13468 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACTCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGCGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGATTTCA-ACGGG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAA--AATGA-C--------AGTCAATTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13469 : AGTTACAGGGCCA--TATCACTTTGTTCTA---CTATTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT-----TTA-ATTAAAAAT--GTTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AGGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAA--ACAT--T-AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTCTTTTGATAGAAAGT---ATCTTTTTT--GC--A---A---AAGAAA--ACA-A-CTCTTA---AACTTTTTACATGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGA-CC-ACGT--------A--------------TCTCATAGC-A--TACTG-ATG--CTTAAATTA--T-ATAA----AACA-AGTGTC-AACAAA-----T---C--TAT------TTTTAAAAT-----TATACAAAACAT--GTTTGAAAATATTTTTAGCTGCGT-TAGGTCACAAGGCCAATCTTCGGATTGGTTCCCAATTTTACAGGGAAC
gi|13470 : AGTTACAGGGCCAATTC--ACTTTGTTCTA---CTTTTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT----TTTA-CT-AAAACT--ATTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AAGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAAACA-AT----AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTTTTTTACGAGAAAGT---ATCTTTTTT--GCACA---A-GAAAACA-------A-CTC-TA---AACTTTTAACACGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGATGG----TT
gi|13471 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACCCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGTGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGGTTCCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----GC--TTTTGTTCTGCCTGAATGCTCTA-----TCTTCGCTTA---A-G-AA--AA--TGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TAA-GG----TTCTTATGATAA--TTTTGTTCAAATTTGGTTTACTG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCG--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CATAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTAAAAGGTACCAGACAtaattatataaa
gi|13472 : AGTTATCGAGCAA--TT--AACCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GAAAG-TGA------T--TC-AGT-G---TATCAGAAAATT-A-A-TA------ACAAGGTGGGTTTCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAAAATGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-GCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TAGTGTTCAAATTTGGTTTACCG-TT-A----TACA-A-----------------G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-TAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTAGTTCCGTGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13473 : GTTACCGTGCTA--TA--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-GT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTAA-AAAAA--A-AT--TGAGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGAATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTATCATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---CT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-TAAATTTAAGGGTTTTTATTCAGACTGGTTTCCAGTTCTACATGGAACCCGACA
gi|13474 : GCAA--TA--ACTCTATCGTCTTCCATTTT----AAAGCTATATGAAAGTGTTCTG-TTA-AA-AAAACT--AAAAT-CCA------GCCTA-AC------------AAATCCCATA-CATGAGTTGCAAGCAGGCTTCCA-AGAAA--A-CA--TGAGTTGTGTTATGACAAACATC--TTG----GTGAAAGAATGT---------TCC--GCATA---TTGTGA--------AAA-CTC-TAGTAAATTATATGCATGTTTTTCTT----GATGCTAGACAGGCCTTCGA-CA-GAGT-A--TGGTA---CGATGG--------------AC--TGTTTTACAAACTCC-ATCT--A-AT-G----GGCA------T-TACAAA-----GCAAC--TTTGGTTCGCTGT--AGTTGAAATGCAC---ACAG--ATATGT--------ACAGCTGTTT-CATGCATTATGGCTTTAACTCTAGCTGGTTTCCTATTTTACAGAGAACCAGGCA
gi|13475 : TTAAA-CTATATGAAAATATACTTCTT---T-CACGTTCCGA-AC-AAA----------A-ACTTC---TTT---CTAATTTA-AGTA--ATCAACAAGGGGGGTTTCA-GGAAG--G-AC--TTGGTTGTTTGATGACT----TC--CTTCGCACTAAAAGAATGT---A-----TTT-----TATATG-GCAGAGAGCACAAGAGC----A---AGGTTTTTGTTTGCTTT-TTA----GATGCTCGTCAAGCTTTTGA-TA-GGGT-G--TGGCA---TAATGG-----ACTTATGCTCA--AATTGT
gi|13476 : TGTATGCTTC-CTT----GATGCCCGCCAAGCTTTCGA-GA-ATGT-A--TGGCA---TGACGAAC--TTC-TAT-ATAAGCTATTGCA--------GACTA-------------GC--A---TC-TACAAATACACG---CATTATG-----CTTTTGAAAC----TATAT---ACCGTTCTATGG--------AGAGTTGTGTGCGTAATC--GGCACTTTTTTTTTACTGGTTCAGAGTTTTACAGGGTACttgat
gi|13477 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13478 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTA--CCAC-A----T--------TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13479 : T-C--TGGCA---TGA-GG----TTCTTATGGTAT--TATTGTTCAAATTTGGGTTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACAT--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAATGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 111111 11111111111 1 111111111 11111 1111 1 111 33333333333333333333333333 111111 1111111111
lowQualScore : 1 1 44 555 1 1 555 7 0 2 1 1 2 3 3 44 22222 777777 1 6 55555555555 3 3 3 8888 1 3 44 2 44 1 5 1 77777 44 444 4 1 999999999 44 4 66666 3 33333 3 55 555 22 3 1 1 2 8888 4 1 2 333 9999 444 0 99999 3 5 2 444 1 0 2 55 66666666666666666666666666 66666 666666 1 000000 77 66666 444 1 33 1 1111111111 2 1 22 0 1 1 1 1 1 0
lowQualScore : . . .. ... . . ... . . . . . . . . .. ..... ...... . . ........... . . . .... . . .. . .. . . . ..... .. ... . . ......... .. . ..... . ..... . .. ... .. . . . . .... . . . ... .... ... . ..... . . . ... . . . .. .......................... ..... ...... . ...... .. ..... ... . .. . .......... . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 66 666 6 0 888 3 4 3 0 7 5 1 1 22 77777 777777 5 2 33333333333 3 1 1 9999 0 1 22 3 22 5 9 0 88888 22 222 0 0 555555555 22 5 11111 8 44444 1 33 444 88 3 0 0 9 2222 5 0 5 333 4444 111 6 99999 1 1 2 444 4 8 9 88 11111111111111111111111111 77777 444444 9 333333 33 55555 777 0 77 0 7777777777 7 4 00 8 0 0 0 4 0 2
consensus : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG----TTCTTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
Reference ( family-898 ) : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG----TTCTTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
gi|13463 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAACTATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---TT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13464 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCATC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGCATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---TT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13465 : AGTTACCGTGCTA--TA--CCCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCATTTTTCA-GAAAA--A-ATATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAAGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-TTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACATAAAGCATTCGA-TA-TGGT-T--TGGCA---TGCTGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--T-AT-A----TGCA-A---ACTTACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCAGTGT-TAAATTCCAGGGGTTTTATTTAGACTGGTTCCCAGTTCTACAAGGAACCCGACA
gi|13466 : AGCTACCGTGTTA--TT--AC-TCATTTTC---CGTTTTTGTTAGA-CTATATGAAAGTATACTTCATA-AA-ACAATT--GCTAC-TGA------TGGTA-ACA-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTTTTCAATGCGATTTTCAGAAAAA--A-AT--T-GGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTT---A-GTAAGTAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG----TTTGT-TAGTAA---ATTGTATGATTTTCAATTA--G-AT-T----TGC----------ACA-----------------------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTAAG--------AGAGCTGTAT-TAAATTTCAGAGGTTTTA-CCAGACTGAGTCCCAGTTCTAAAGGGAACCCGACA
gi|13467 : AGTTATAGGGCTA--TC--ACATTATCGTC---TGTTTTTGTTAGA-TTATATGAACTTATG-TTATTAGAT-AGG-TT--AA------A------GGGTA-ATG-CGAATAT---AGAAATAG-A-TA--GACAGCAGGGTGGTTTCCA-AGAAA--A-GT--TGTCTTGTGGAATGACA----TCATTTTCACT--AAGAGAGTGT---A-----TTC--TCTTT---G-GTAAAGAA--TGTGA-TTC-TA---AAGTATATATTTGCTTC-TTA----GATGCGAAACAGGCCTTCGA-TA-GAAT-A--TGGCA---AGATGGGTTATTTTT----TAA---ATTAAATGAACTAAAAATA--G-AT-AAAAGT----A---TA-TACAAT-----G---C--TTT------CTTT--AGTC----TTTAC---AATG--ATGTAG--------AGAGTCGCGT-TAAATTTCGTGAACACTTTTCTGACTGGTTCCCTGTTAAACAGGGTACCAGACA
gi|13468 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACTCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGCGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGATTTCA-ACGGG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAA--AATGA-C--------AGTCAATTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13469 : AGTTACAGGGCCA--TATCACTTTGTTCTA---CTATTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT-----TTA-ATTAAAAAT--GTTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AGGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAA--ACAT--T-AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTCTTTTGATAGAAAGT---ATCTTTTTT--GC--A---A---AAGAAA--ACA-A-CTCTTA---AACTTTTTACATGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGA-CC-ACGT--------A--------------TCTCATAGC-A--TACTG-ATG--CTTAAATTA--T-ATAA----AACA-AGTGTC-AACAAA-----T---C--TAT------TTTTAAAAT-----TATACAAAACAT--GTTTGAAAATATTTTTAGCTGCGT-TAGGTCACAAGGCCAATCTTCGGATTGGTTCCCAATTTTACAGGGAAC
gi|13470 : AGTTACAGGGCCAATTC--ACTTTGTTCTA---CTTTTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT----TTTA-CT-AAAACT--ATTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AAGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAAACA-AT----AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTTTTTTACGAGAAAGT---ATCTTTTTT--GCACA---A-GAAAACA-------A-CTC-TA---AACTTTTAACACGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGATGG----TT
gi|13471 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACCCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGTGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGGTTCCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----GC--TTTTGTTCTGCCTGAATGCTCTA-----TCTTCGCTTA---A-G-AA--AA--TGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TAA-GG----TTCTTATGATAA--TTTTGTTCAAATTTGGTTTACTG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCG--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CATAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTAAAAGGTACCAGACAtaattatataaa
gi|13472 : AGTTATCGAGCAA--TT--AACCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GAAAG-TGA------T--TC-AGT-G---TATCAGAAAATT-A-A-TA------ACAAGGTGGGTTTCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAAAATGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-GCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TAGTGTTCAAATTTGGTTTACCG-TT-A----TACA-A-----------------G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-TAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTAGTTCCGTGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13473 : GTTACCGTGCTA--TA--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-GT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTAA-AAAAA--A-AT--TGAGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGAATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTATCATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---CT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-TAAATTTAAGGGTTTTTATTCAGACTGGTTTCCAGTTCTACATGGAACCCGACA
gi|13474 : GCAA--TA--ACTCTATCGTCTTCCATTTT----AAAGCTATATGAAAGTGTTCTG-TTA-AA-AAAACT--AAAAT-CCA------GCCTA-AC------------AAATCCCATA-CATGAGTTGCAAGCAGGCTTCCA-AGAAA--A-CA--TGAGTTGTGTTATGACAAACATC--TTG----GTGAAAGAATGT---------TCC--GCATA---TTGTGA--------AAA-CTC-TAGTAAATTATATGCATGTTTTTCTT----GATGCTAGACAGGCCTTCGA-CA-GAGT-A--TGGTA---CGATGG--------------AC--TGTTTTACAAACTCC-ATCT--A-AT-G----GGCA------T-TACAAA-----GCAAC--TTTGGTTCGCTGT--AGTTGAAATGCAC---ACAG--ATATGT--------ACAGCTGTTT-CATGCATTATGGCTTTAACTCTAGCTGGTTTCCTATTTTACAGAGAACCAGGCA
gi|13475 : TTAAA-CTATATGAAAATATACTTCTT---T-CACGTTCCGA-AC-AAA----------A-ACTTC---TTT---CTAATTTA-AGTA--ATCAACAAGGGGGGTTTCA-GGAAG--G-AC--TTGGTTGTTTGATGACT----TC--CTTCGCACTAAAAGAATGT---A-----TTT-----TATATG-GCAGAGAGCACAAGAGC----A---AGGTTTTTGTTTGCTTT-TTA----GATGCTCGTCAAGCTTTTGA-TA-GGGT-G--TGGCA---TAATGG-----ACTTATGCTCA--AATTGT
gi|13476 : TGTATGCTTC-CTT----GATGCCCGCCAAGCTTTCGA-GA-ATGT-A--TGGCA---TGACGAAC--TTC-TAT-ATAAGCTATTGCA--------GACTA-------------GC--A---TC-TACAAATACACG---CATTATG-----CTTTTGAAAC----TATAT---ACCGTTCTATGG--------AGAGTTGTGTGCGTAATC--GGCACTTTTTTTTTACTGGTTCAGAGTTTTACAGGGTACttgat
gi|13477 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13478 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTA--CCAC-A----T--------TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13479 : T-C--TGGCA---TGA-GG----TTCTTATGGTAT--TATTGTTCAAATTTGGGTTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACAT--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAATGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
blockSeqs : T T AT ATC C A TTC T A A A T G T CC TACT GCAATC G C CGAATAT C T G TGAG T G AC T AT G G T AAACA AT ACA G G ATCTTT TC C TATG G AAATG G TT GTA GC G C A T TCTA A G C CGT ATCA TAT T GTTAT G T A GCT A T CA TATAAAACAAGTGTCAA TACAC CAAC T GGTTCG AA TGAAA AAA A TT T AAATATTTTT G A TT G T A T A
blockSeqs : T T . T C C . T A A A T . . . TACT GCAATC G C GTATCAG C . . GT T . . C . G G T A . ACA G A ATCTTT . C TT G GCACA . T . GC G T A . TCTA A T . GG T . T ACT G T A T A T CA GATATGCAGATTTA . CAT T G TG C . A . T AG . A TT G T A T A
blockSeqs : T T . A A T . T A G A T . . . TACT . G . TCTTT C . . GT T . . T . G G T A . ACA G G TCTA . C A G GTT . T . GC G T A . TCTA A G . TG T . T T G A A T A T CA TATATGCAAACTTA . C T . . C . A . T AG . A TT G T A T A
blockSeqs : G T . T T G . T G T G T . . . ACGC . G . CTTT A . . GT G . . T . G C A A . TCA C A A . T A A GTT . T . AG A T T . . G A . GG A . T T T A G T A A AA GATAAAAGTATATA . C G . . C . T . G AG . A TT A A T T T
blockSeqs : A A . C T A . T . C A A . . . ACGT . T . CTTT T . . GA A . . . . G A G A . TTG T T A . T A A GTT . T . GT A A G . . A C . GA A . T T T A A T T A GG CCGTTATACATTCT . C A . . C . C . A AG . G AA T A T A T
blockSeqs : G C . T T C . T . A A A . . . AAGT . G . CTTT A . . AG G . . . . G A A T . TTC T A A . A G G ATG . T . AC T C T . . G A . CC T . T C T A G T A A AA CTGTTATACATTCT . T G . . T . A . T CC . G TC C A C T A
blockSeqs : G C . C C C . T . A A A . . . TACT . G . ATCA A . . CA G . . . . G G A G . TTT C A A . T G A AAA . T . AC T C T . . G A . AC T . T T T T G A T A GG GATATGCAGACTTA . C G . . T . C . A CC . T AA T A T A T
blockSeqs : A A . T C A . . . C A T . . . AATC . T . ATCA T . . CA A . . . . G G G G . TTG C T T . T A A AAC . T . GC G A G . . A C . CC T . T T T A A T T T GG CCGTTATACATTCT . T T . . T . C . A CC . G AA T A T A T
blockSeqs : A A . T C A . . . C T G . . . ACA . G . CTTT C . . AG A . . . . T G G T . TTG G T T . C A G ATG . . . AT A A G . . A C . GC A . C C G A G T A A CA CCGTTATACATTCT . T T . . C . A . T AG . A TT T T A T A
blockSeqs : T T . A T C . . . A A T . . . TA . C . C C . . GT T . . . . . . T T . ACA G G A . A A A GTT . . . GG T A A . . A G . GG A . . T T A G T A A GG CCGTTATACAA . C A . . C . A . A AC . T CA C T A T A
blockSeqs : A . A . G . . . G . . . . . TA . . . C T . . AT G . . . . . . T A . TCG C A A . . G . . . . . . . C T . . T A . GA G . . C T A G . A A GG AATGGGCATTA . T G . . T . C . A AG . T AT A T T T T
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . G T . G . A . . . A . . . . . . . T T . . T T . GG A . . C T A G . T A GG CCACATTCT . T G . . T . C . A CC . G AA T A T A T
blockSeqs : T T . . C C . AT T . . T T . . . T . C GATTTGCA . T G . . T . C . A CC . G AA T A T A T
blockSeqs : . CC T . . . . . . . T . G GCATCTA . . . . . . . A . A CC . G AA T A T A T
blockSeqs : . CC C . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : T**
originalCons : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG----TTCTTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
finalCons : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG----TTCTTATGGTAAT--ATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 111111 11111111111 1 111111111 11111 1111 1 111 33333333333333333333333333 111111 1111111111
lowQualScore : 1 1 44 555 1 1 555 7 0 2 1 1 2 3 3 44 22222 777777 1 6 55555555555 3 3 3 8888 1 3 44 2 44 1 5 1 77777 44 444 4 1 999999999 44 4 66666 3 33333 3 55 555 22 3 1 1 2 8888 4 1 2 333 9999 444 0 99999 3 5 2 444 1 0 2 55 66666666666666666666666666 66666 666666 1 000000 77 66666 444 1 33 1 1111111111 2 1 22 0 1 1 1 1 1 0
lowQualScore : . . .. ... . . ... . . . . . . . . .. ..... ...... . . ........... . . . .... . . .. . .. . . . ..... .. ... . . ......... .. . ..... . ..... . .. ... .. . . . . .... . . . ... .... ... . ..... . . . ... . . . .. .......................... ..... ...... . ...... .. ..... ... . .. . .......... . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 66 666 6 0 888 3 4 3 0 7 5 1 1 22 77777 777777 5 2 33333333333 3 1 1 9999 0 1 22 3 22 5 9 0 88888 22 222 0 0 555555555 22 5 11111 8 44444 1 33 444 88 3 0 0 9 2222 5 0 5 333 4444 111 6 99999 1 1 2 444 4 8 9 88 11111111111111111111111111 77777 444444 9 333333 33 55555 777 0 77 0 7777777777 7 4 00 8 0 0 0 4 0 2
consensus : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG----TTCTTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
Reference ( family-898 ) : AGTTACCGNGCNA--TN--ACCTTATCNTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAANTATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GNCTNCAAGGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTNATGACA----TC--TTNCGCTNTAAANGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TNAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGNATGTTNC-CTT----GATGCGCGNCAAGCATTTGA-TA-GNGT-T--TGGCA---TGATGG----TTCTTATGGTAA--TATTGTACGAACTTCGATTA--G-AT-A----TGCA-A---TC-TACAAA-----G---C--TNT------CTTT--AGTC----TATAC---ACNG--ATNTGG--------NNAGCTGTGT-CAGANNCCAGGGNCNCTNTTCAGACTGGTTCCCAGTTTTACAGGGNACCAGACA
gi|13463 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAACTATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---TT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13464 : AGTTACCGTGCTA--TT--ACCTTATCATC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AC-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTCA-AAAAA--A-AT--TGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGCATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-T--TGGCA---TGATGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---TT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-CAAATTTCAGGGGTTTTATTCAGACTGGTTCCCAGTTCTACAGGGAACCCGACA
gi|13465 : AGTTACCGTGCTA--TA--CCCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-AT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCATTTTTCA-GAAAA--A-ATATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAAGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-TTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACATAAAGCATTCGA-TA-TGGT-T--TGGCA---TGCTGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTACGATCTTCAATTA--T-AT-A----TGCA-A---ACTTACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCAGTGT-TAAATTCCAGGGGTTTTATTTAGACTGGTTCCCAGTTCTACAAGGAACCCGACA
gi|13466 : AGCTACCGTGTTA--TT--AC-TCATTTTC---CGTTTTTGTTAGA-CTATATGAAAGTATACTTCATA-AA-ACAATT--GCTAC-TGA------TGGTA-ACA-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTTTTCAATGCGATTTTCAGAAAAA--A-AT--T-GGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTT---A-GTAAGTAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG----TTTGT-TAGTAA---ATTGTATGATTTTCAATTA--G-AT-T----TGC----------ACA-----------------------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTAAG--------AGAGCTGTAT-TAAATTTCAGAGGTTTTA-CCAGACTGAGTCCCAGTTCTAAAGGGAACCCGACA
gi|13467 : AGTTATAGGGCTA--TC--ACATTATCGTC---TGTTTTTGTTAGA-TTATATGAACTTATG-TTATTAGAT-AGG-TT--AA------A------GGGTA-ATG-CGAATAT---AGAAATAG-A-TA--GACAGCAGGGTGGTTTCCA-AGAAA--A-GT--TGTCTTGTGGAATGACA----TCATTTTCACT--AAGAGAGTGT---A-----TTC--TCTTT---G-GTAAAGAA--TGTGA-TTC-TA---AAGTATATATTTGCTTC-TTA----GATGCGAAACAGGCCTTCGA-TA-GAAT-A--TGGCA---AGATGGGTTATTTTT----TAA---ATTAAATGAACTAAAAATA--G-AT-AAAAGT----A---TA-TACAAT-----G---C--TTT------CTTT--AGTC----TTTAC---AATG--ATGTAG--------AGAGTCGCGT-TAAATTTCGTGAACACTTTTCTGACTGGTTCCCTGTTAAACAGGGTACCAGACA
gi|13468 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACTCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGCGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGATTTCA-ACGGG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAA--AATGA-C--------AGTCAATTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13469 : AGTTACAGGGCCA--TATCACTTTGTTCTA---CTATTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT-----TTA-ATTAAAAAT--GTTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AGGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAA--ACAT--T-AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTCTTTTGATAGAAAGT---ATCTTTTTT--GC--A---A---AAGAAA--ACA-A-CTCTTA---AACTTTTTACATGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGA-CC-ACGT--------A--------------TCTCATAGC-A--TACTG-ATG--CTTAAATTA--T-ATAA----AACA-AGTGTC-AACAAA-----T---C--TAT------TTTTAAAAT-----TATACAAAACAT--GTTTGAAAATATTTTTAGCTGCGT-TAGGTCACAAGGCCAATCTTCGGATTGGTTCCCAATTTTACAGGGAAC
gi|13470 : AGTTACAGGGCCAATTC--ACTTTGTTCTA---CTTTTTTA--AAA-TTGTACGAAAAGAT----TTTA-CT-AAAACT--ATTA---GAGCAATCTGGTACACT-C----------AAGTTAA-A-CA--CATTGCAAGGCGGTTTTCA-AAGAAACA-AT----AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTTTTTTACGAGAAAGT---ATCTTTTTT--GCACA---A-GAAAACA-------A-CTC-TA---AACTTTTAACACGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGATGG----TT
gi|13471 : AGTTATCGAGCAA--TT--ACCCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GA-ACGTGA------TTGTG-CGT-A---TCA---GAAAATTA-A-TA--AGTTACAAGGTGGGTTCCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----GC--TTTTGTTCTGCCTGAATGCTCTA-----TCTTCGCTTA---A-G-AA--AA--TGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TAA-GG----TTCTTATGATAA--TTTTGTTCAAATTTGGTTTACTG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCG--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CATAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTAAAAGGTACCAGACAtaattatataaa
gi|13472 : AGTTATCGAGCAA--TT--AACCTCTCATC---AGTACT-GTTAAAATTATATGAATCTGTACTACTCG-AT-AGAATT--GAAAG-TGA------T--TC-AGT-G---TATCAGAAAATT-A-A-TA------ACAAGGTGGGTTTCA-ACGAG--GTAT--TGG-CTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTCTGCGTGAATGC---T-----CTT--ACTTC---G-CTAAAGAAAATGAGA-GTC--A---A-----TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-TA-GCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TAGTGTTCAAATTTGGTTTACCG-TT-A----TACA-A-----------------G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-TAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTAGTTCCGTGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13473 : GTTACCGTGCTA--TA--ACCTTATCCTC---CGTTTTTGTTAGA-CTGTATGAAAATATACTTCTTA-GT-AAAATT--GATAC-TGA------TGGTA-ACT-C---TTT---AAAGTTCA-A-CA--GTCTTCAATGCGGTTTTAA-AAAAA--A-AT--TGAGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTGTAAAGGAATGC---A-----TTT--GCCTA---A-GTAAGGAG--TTAGA-CTC-TA---AGCTGTTTGAATGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-TA-GGGT-A--TGGCA---TGATGG----TTTGTTTAGTAA---ATTGTATCATCTTCAATTA--G-AT-A----TGCAGA---CT-TACAAA-----G---C--TTT------CGTG--AGCC----TATAC---TCAG--ATTTAG--------AGAGCTGTGT-TAAATTTAAGGGTTTTTATTCAGACTGGTTTCCAGTTCTACATGGAACCCGACA
gi|13474 : GCAA--TA--ACTCTATCGTCTTCCATTTT----AAAGCTATATGAAAGTGTTCTG-TTA-AA-AAAACT--AAAAT-CCA------GCCTA-AC------------AAATCCCATA-CATGAGTTGCAAGCAGGCTTCCA-AGAAA--A-CA--TGAGTTGTGTTATGACAAACATC--TTG----GTGAAAGAATGT---------TCC--GCATA---TTGTGA--------AAA-CTC-TAGTAAATTATATGCATGTTTTTCTT----GATGCTAGACAGGCCTTCGA-CA-GAGT-A--TGGTA---CGATGG--------------AC--TGTTTTACAAACTCC-ATCT--A-AT-G----GGCA------T-TACAAA-----GCAAC--TTTGGTTCGCTGT--AGTTGAAATGCAC---ACAG--ATATGT--------ACAGCTGTTT-CATGCATTATGGCTTTAACTCTAGCTGGTTTCCTATTTTACAGAGAACCAGGCA
gi|13475 : TTAAA-CTATATGAAAATATACTTCTT---T-CACGTTCCGA-AC-AAA----------A-ACTTC---TTT---CTAATTTA-AGTA--ATCAACAAGGGGGGTTTCA-GGAAG--G-AC--TTGGTTGTTTGATGACT----TC--CTTCGCACTAAAAGAATGT---A-----TTT-----TATATG-GCAGAGAGCACAAGAGC----A---AGGTTTTTGTTTGCTTT-TTA----GATGCTCGTCAAGCTTTTGA-TA-GGGT-G--TGGCA---TAATGG-----ACTTATGCTCA--AATTGT
gi|13476 : TGTATGCTTC-CTT----GATGCCCGCCAAGCTTTCGA-GA-ATGT-A--TGGCA---TGACGAAC--TTC-TAT-ATAAGCTATTGCA--------GACTA-------------GC--A---TC-TACAAATACACG---CATTATG-----CTTTTGAAAC----TATAT---ACCGTTCTATGG--------AGAGTTGTGTGCGTAATC--GGCACTTTTTTTTTACTGGTTCAGAGTTTTACAGGGTACttgat
gi|13477 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13478 : GCATTTGA-TA-CCGT-T--TGGCA---TGA-GG----CTCTTATGGTAA--TATTGTTCAAATTTGGATTA--CCAC-A----T--------TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACCA--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAAGGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA
gi|13479 : T-C--TGGCA---TGA-GG----TTCTTATGGTAT--TATTGTTCAAATTTGGGTTACCG-TT-A----TACA-T---TC-T-TAAA-----G---T--TGT------TTTT--AATT----TATAT---ACAT--ATATGA--------CCAGTTGTGT-CAGAAACCAATGTCACTTTTCAGACTGGTTCCCAGTATTACAAGGTACCAGACA