lowQualScore : 1 22 1
lowQualScore : 444 2 99999999 66666 5 55 0 444 777777 33 9999999 4 9999999 5 33 2 7 2
lowQualScore : ... . ........ ..... . .. . ... ...... .. ....... . ....... . .. . . .
lowQualScore : 777 7 11111111 22222 4 22 4 444 222222 44 3333333 9 3333333 7 99 5 3 9
consensus : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAATA---GA------TA--AAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATTACATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
Reference ( gi|3607 ) : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCTATTACAACCAAAAGATA---GA------TA--AAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTGTAACTATCAACCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATACAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3608 : TGATTGAT---TGATTGATTGATTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGTTTACATTAAATATACATATTCTATTACAAATAGAAATTA---CA------TA--AAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATCATATAAAATTAACTA-------AGT-ATTG--CAACTTGTTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3610 : TGATTGAT---TGATTGAT-ATTTATTAAAGTTGAAACACAC--------A-----CATACAGGTTCCATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAATA---GA------TA--CAT-------TAGTTAAAGGTAATTTTATAACTATCATCCATATTACATAAAATTAAT-----------T-ATTG--CAACATATTAAATTTAAAGTATCA-CAGAATGCAATT
gi|3609 : TGATTGAA---TGATTGAT-ATTTATTCAGATTAAAACACAA--------A-----TATACATGTTACATTAAATATACATTTTCAATTACAAATAACAAATACTAGA------TA--TAT-------TAGTGAAAGATAATTTTATAACTATCAATCATATTACATAAAATTAATCA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATTA-CAGAATGCAATT
gi|3611 : TAATTGAT---TGATTGGT-GTTAATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTAAATTAAATATATTAACTCAATTAAAAT-AAAAAATA---GA------TA--AAT-------TAGTTAAAGATAATTTTATAACTATCAACCATGTTATATAAATTTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATGAAGTATCA-CAGAAT
gi|3612 : TGATTGAT---AGATTGAT-ATTTATTCAGGTTAACACACAC--------A-----TATATAGGTTACAATAAATATACATACTTAATAACAAATAAAAAATA---GA------TA--CAT-------AAGTAAAAGGTTATTTTATAACTGTCAACCATGTTGCATAAAATTTATTA-------ACT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-AAGTATGCAA
gi|3613 : TGATAGAT---TGGTTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----GATACAGGTTACATTAAATATACATAATTAATTACA---AAAAAACG---CA------TATTAAT-------AAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATAGACTAAATTAC-----ATTAAGTA-------ATT-ATTG--TAA-TTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3614 : TGATTGAT---TAATTGAT-ATTTATTTAGGTTAGCACATACGTACATGTA-----TATACAATTTACATTAAATATACATAATAAGTTA-AA--AGAAAACA---AA------TC--CAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATTATTATTAACCATATTACATAAAACTAATT--------AGTAATTG--CCAAATATTATATAGATAGTATCA-CAGAATGCAATT
gi|3615 : TGATTGATTTATGATTGAT-GTGT-TTCAAGTTAAAAC-------------------ATACAGGTTATATTTAATATACATTCTCAAAAACAAATGAAATGTA---GA------TA--AAT-------TATTAAAAG--------GCAACTATCAACCATACTATATAGAAATAATAA-------AGT-ATTT--CAAATTATCA-----AAAGTA-CATCAGAATGTAATTT
gi|3616 : ATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACTGGTTACATTGAATATACATTCTCAGTTACAAATAAT-TATA---GA------TA--AAT-------TAGTAGAAAGTAGTTTTATAACTGTCAACCACATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3618 : ACTGAT---TGATTTAT-GTTTATTCAGATTGAAACACGC--------A-----TATACAAGTCACGTTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAATGTA---GAAACATTTA--ATT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACAATCAACTTAATTACATAACATTAA------------------------TTATTTAATGTAAAGTATCA-
gi|3617 : ATTGAC---TGATTGAT-GTTTATTCAGATTAAAATACAA--------AATTAATATACAGGTTACA----------A-ACTCAATTTAAAATACAA-ATA---GA------TA--AAC-------CAAAGAAAGGTAATTTTATA-TTATCAACCATATTATATAAGATAAATTA-------AGC-ATTG--CAAATTACTAAGTATAAA-TAACA-CAAAATACAA
gi|3619 : TTGAT---TGATTGAT-GTTCATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATAATAAATAAAATGTA---GA------TA--AAT-------TAGTAAAAGGAAATTTTACAACTATCAGCCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-GTTG--CAAATTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3620 : TGAT---TGATTGAT-GTTTTTTCAGGT-AAAA-ACAC--------A-----TATACAGGTTACATTGAATATACATACTCAAATACAAATTAAGAATA---GA------TA--AATTAGTAAATAGTAAAAGGTTAATTTATAACTATCAACCATGCTATATGAAATTTATTATTGTATTAATAATTGAAAAACATATTAAATATAACATAACA-TAGAATGCAGTTT
gi|3621 : TGAT---TGATTGCT-GTTTATTCAGGTTTAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATATTCAATTTCAAATACAAAGTA---GA------TA--AA
gi|3622 : TGAT---TGATTGCT-GTTTATTCAGGTTTAAACACAC--------A-----TAAACTGGTTACATTAAATATACATATTCAATTTCAAATACAAAGTA---GA------TA--AA
gi|3623 : --------A-----TATACAGGTCAATTTAAATATACATACTCAATCATAAATAAAAAA-A---GA------TA--ATT-------TACTAAAAGGTAATATTATAACTATCAACCAGATTATATAAATTTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
Alignments
lowQualScore : 444 2 88888888 55555 3 444 666666 8888888 8888888 5 33 1 2
lowQualScore : ... . ........ ..... . ... ...... ....... ....... . .. . .
lowQualScore : 444 5 55555555 99999 6 111 888888 7777777 7777777 3 77 7 7
consensus : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAGTA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
Reference ( family-897 ) : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAATA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATTACATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3607 : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCTATTACAACCAAAAGATA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTGTAACTATCAACCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATACAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3608 : TGATTGAT---TGATTGATTGATTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGTTTACATTAAATATACATATTCTATTACAAATAGAAATTA---CA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATCATATAAAATTAACTA-------AGT-ATTG--CAACTTGTTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3609 : TGATTGAA---TGATTGAT-ATTTATTCAGATTAAAACACAA--------A-----TATACATGTTACATTAAATATACATTTTCAATTACAAATAACAAATACTAGA------TATAT-------TAGTGAAAGATAATTTTATAACTATCAATCATATTACATAAAATTAATCA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATTA-CAGAATGCAATT
gi|3610 : TGATTGAT---TGATTGAT-ATTTATTAAAGTTGAAACACAC--------A-----CATACAGGTTCCATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAATA---GA------TACAT-------TAGTTAAAGGTAATTTTATAACTATCATCCATATTACATAAAATTAAT-----------T-ATTG--CAACATATTAAATTTAAAGTATCA-CAGAATGCAATT
gi|3611 : TAATTGAT---TGATTGGT-GTTAATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTAAATTAAATATATTAACTCAATTA-AAATAAAAAATA---GA------TAAAT-------TAGTTAAAGATAATTTTATAACTATCAACCATGTTATATAAATTTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATGAAGTATCA-CAGAAT
gi|3612 : TGATTGAT---AGATTGAT-ATTTATTCAGGTTAACACACAC--------A-----TATATAGGTTACAATAAATATACATACTTAATAACAAATAAAAAATA---GA------TACAT-------AAGTAAAAGGTTATTTTATAACTGTCAACCATGTTGCATAAAATTTATTA-------ACT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-AAGTATGCAA
gi|3613 : TGATAGAT---TGGTTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----GATACAGGTTACATTAAATATACATAATTAATTACAAA-AAAACGCA---TA------TTAAT-------AAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATAGACTAAATTAC-----ATTAAGTA-------ATT-ATTG--TAA-TTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3614 : TGATTGAT---TAATTGAT-ATTTATTTAGGTTAGCACATACGTACATGTA-----TATACAATTTACATTAAATATACATAATAAGTTA--AA-AGAAAACA---AA------TCCAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATTATTATTAACCATATTACATAAAACTAATT--------AGTAATTG--CCAAATATTATATAGATAGTATCA-CAGAATGCAATT
gi|3615 : TGATTGATTTATGATTGAT-GTGT-TTCAAGTTAAAAC-------------------ATACAGGTTATATTTAATATACATTCTCAAAAACAAATGAAATGTA---GA------TAAAT-------TATTAAAAGG--------CAACTATCAACCATACTATATAGAAATAATAA-------AGT-ATTT--CAAATTATCA-----AAAGTA-CATCAGAATGTAATTT
gi|3616 : ATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACTGGTTACATTGAATATACATTCTCAGTTACAAATAATTA-TA---GA------TAAAT-------TAGTAGAAAGTAGTTTTATAACTGTCAACCACATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3617 : ATTGAC---TGATTGAT-GTTTATTCAGATTAAAATACAA--------AATTAATATACAGGTTACA----------A-ACTCAATTTAAAATACAAA-TA---GA------TAAAC-------CAAAGAAAGGTAATTTTATA-TTATCAACCATATTATATAAGATAAATTA-------AGC-ATTG--CAAATTACTAAGTATAAA-TAACA-CAAAATACAA
gi|3618 : ACTGAT---TGATTTAT-GTTTATTCAGATTGAAACACGC--------A-----TATACAAGTCACGTTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAATGTA---GAAACATTTAATT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACAATCAACTTAATTACATAACATTAA------------------------TTATTTAATGTAAAGTATCA-
gi|3619 : TTGAT---TGATTGAT-GTTCATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATAATAAATAAAATGTA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGAAATTTTACAACTATCAGCCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-GTTG--CAAATTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3620 : TGAT---TGATTGAT-GTTTTTTCAGGT-AAAA-ACAC--------A-----TATACAGGTTACATTGAATATACATACTCAAATACAAATTAAGAATA---GA------TAAATTAGTAAATAGTAAAAGGTTAATTTATAACTATCAACCATGCTATATGAAATTTATTATTGTATTAATAATTGAAAAACATATTAAATATAACATAACA-TAGAATGCAGTTT
gi|3621 : TGAT---TGATTGCT-GTTTATTCAGGTTTAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATATTCAATTTCAAATACAAAGTA---GA------TAAA
gi|3622 : TGAT---TGATTGCT-GTTTATTCAGGTTTAAACACAC--------A-----TAAACTGGTTACATTAAATATACATATTCAATTTCAAATACAAAGTA---GA------TAAA
gi|3623 : --------A-----TATACAGGTCAATTTAAATATACATACTCAATCATAAATAAAAAA-A---GA------TAATT-------TACTAAAAGGTAATATTATAACTATCAACCAGATTATATAAATTTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
Alignments
lowQualScore : 444 2 88888888 55555 66 444 666666 8888888 8888888 5 33 1 2
lowQualScore : ... . ........ ..... .. ... ...... ....... ....... . .. . .
lowQualScore : 444 5 55555555 99999 22 111 888888 7777777 7777777 3 77 7 7
consensus : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAGTA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
Reference ( family-897 ) : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAGTA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3607 : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCTATTACAACCAAAAGATA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTGTAACTATCAACCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATACAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3608 : TGATTGAT---TGATTGATTGATTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGTTTACATTAAATATACATATTCTATTACAAATAGAAATTA---CA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATCATATAAAATTAACTA-------AGT-ATTG--CAACTTGTTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3609 : TGATTGAA---TGATTGAT-ATTTATTCAGATTAAAACACAA--------A-----TATACATGTTACATTAAATATACATTTTCAATTACAAATAACAAATACTAGA------TATAT-------TAGTGAAAGATAATTTTATAACTATCAATCATATTACATAAAATTAATCA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATTA-CAGAATGCAATT
gi|3610 : TGATTGAT---TGATTGAT-ATTTATTAAAGTTGAAACACAC--------A-----CATACAGGTTCCATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAATA---GA------TACAT-------TAGTTAAAGGTAATTTTATAACTATCATCCATATTACATAAAATTAAT-----------T-ATTG--CAACATATTAAATTTAAAGTATCA-CAGAATGCAATT
gi|3611 : TAATTGAT---TGATTGGT-GTTAATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTAAATTAAATATATTAACTCAATTA-AAATAAAAAATA---GA------TAAAT-------TAGTTAAAGATAATTTTATAACTATCAACCATGTTATATAAATTTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATGAAGTATCA-CAGAAT
gi|3612 : TGATTGAT---AGATTGAT-ATTTATTCAGGTTAACACACAC--------A-----TATATAGGTTACAATAAATATACATACTTAATAACAAATAAAAAATA---GA------TACAT-------AAGTAAAAGGTTATTTTATAACTGTCAACCATGTTGCATAAAATTTATTA-------ACT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-AAGTATGCAA
gi|3613 : TGATAGAT---TGGTTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----GATACAGGTTACATTAAATATACATAATTAATTACAAA-AAAACGCA---TA------TTAAT-------AAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATAGACTAAATTAC-----ATTAAGTA-------ATT-ATTG--TAA-TTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3614 : TGATTGAT---TAATTGAT-ATTTATTTAGGTTAGCACATACGTACATGTA-----TATACAATTTACATTAAATATACATAATAAGTTA-AAAGAAAA--CA---AA------TCCAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATTATTATTAACCATATTACATAAAACTAATT--------AGTAATTG--CCAAATATTATATAGATAGTATCA-CAGAATGCAATT
gi|3615 : TGATTGATTTATGATTGAT-GTGT-TTCAAGTTAAAAC-------------------ATACAGGTTATATTTAATATACATTCTCAAAAACAAATGAAATGTA---GA------TAAAT-------TATTAAAAGG--------CAACTATCAACCATACTATATAGAAATAATAA-------AGT-ATTT--CAAATTATCA-----AAAGTA-CATCAGAATGTAATTT
gi|3616 : ATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACTGGTTACATTGAATATACATTCTCAGTTACAAATAATTA-TA---GA------TAAAT-------TAGTAGAAAGTAGTTTTATAACTGTCAACCACATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3617 : ATTGAC---TGATTGAT-GTTTATTCAGATTAAAATACAA--------AATTAATATACAGGTTACA----------A-ACTCAATTTAAAATACAAA-TA---GA------TAAAC-------CAAAGAAAGGTAATTTTATA-TTATCAACCATATTATATAAGATAAATTA-------AGC-ATTG--CAAATTACTAAGTATAAA-TAACA-CAAAATACAA
gi|3618 : ACTGAT---TGATTTAT-GTTTATTCAGATTGAAACACGC--------A-----TATACAAGTCACGTTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAATGTA---GAAACATTTAATT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACAATCAACTTAATTACATAACATTAA------------------------TTATTTAATGTAAAGTATCA-
gi|3619 : TTGAT---TGATTGAT-GTTCATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATAATAAATAAAATGTA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGAAATTTTACAACTATCAGCCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-GTTG--CAAATTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3620 : TGAT---TGATTGAT-GTTTTTTCAGGT-AAAA-ACAC--------A-----TATACAGGTTACATTGAATATACATACTCAAATACAAATTAAGAATA---GA------TAAATTAGTAAATAGTAAAAGGTTAATTTATAACTATCAACCATGCTATATGAAATTTATTATTGTATTAATAATTGAAAAACATATTAAATATAACATAACA-TAGAATGCAGTTT
gi|3621 : TGAT---TGATTGCT-GTTTATTCAGGTTTAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATATTCAATTTCAAATACAAAGTA---GA------TAAA
gi|3622 : TGAT---TGATTGCT-GTTTATTCAGGTTTAAACACAC--------A-----TAAACTGGTTACATTAAATATACATATTCAATTTCAAATACAAAGTA---GA------TAAA
gi|3623 : --------A-----TATACAGGTCAATTTAAATATACATACTCAATCATAAATAAAAAA-A---GA------TAATT-------TACTAAAAGGTAATATTATAACTATCAACCAGATTATATAAATTTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
blockSeqs : TTA T GTACATGT ATTAA AT CTA AACATT TAGTAAA TTGTATT A AA C T
blockSeqs : . . . . AA . . . . A . C .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . CG . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . TG . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . TG . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . TG . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . AG . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . AG . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAGTA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
finalCons : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAGTA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
Alignments
lowQualScore : 444 2 88888888 55555 66 444 666666 8888888 8888888 5 33 1 2
lowQualScore : ... . ........ ..... .. ... ...... ....... ....... . .. . .
lowQualScore : 444 5 55555555 99999 22 111 888888 7777777 7777777 3 77 7 7
consensus : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAGTA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
Reference ( family-897 ) : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAGTA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3607 : TGATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCTATTACAACCAAAAGATA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTGTAACTATCAACCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATACAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3608 : TGATTGAT---TGATTGATTGATTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGTTTACATTAAATATACATATTCTATTACAAATAGAAATTA---CA------TAAAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATCAACCATATCATATAAAATTAACTA-------AGT-ATTG--CAACTTGTTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3609 : TGATTGAA---TGATTGAT-ATTTATTCAGATTAAAACACAA--------A-----TATACATGTTACATTAAATATACATTTTCAATTACAAATAACAAATACTAGA------TATAT-------TAGTGAAAGATAATTTTATAACTATCAATCATATTACATAAAATTAATCA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATTA-CAGAATGCAATT
gi|3610 : TGATTGAT---TGATTGAT-ATTTATTAAAGTTGAAACACAC--------A-----CATACAGGTTCCATTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAAAATA---GA------TACAT-------TAGTTAAAGGTAATTTTATAACTATCATCCATATTACATAAAATTAAT-----------T-ATTG--CAACATATTAAATTTAAAGTATCA-CAGAATGCAATT
gi|3611 : TAATTGAT---TGATTGGT-GTTAATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTAAATTAAATATATTAACTCAATTA-AAATAAAAAATA---GA------TAAAT-------TAGTTAAAGATAATTTTATAACTATCAACCATGTTATATAAATTTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATGAAGTATCA-CAGAAT
gi|3612 : TGATTGAT---AGATTGAT-ATTTATTCAGGTTAACACACAC--------A-----TATATAGGTTACAATAAATATACATACTTAATAACAAATAAAAAATA---GA------TACAT-------AAGTAAAAGGTTATTTTATAACTGTCAACCATGTTGCATAAAATTTATTA-------ACT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-AAGTATGCAA
gi|3613 : TGATAGAT---TGGTTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----GATACAGGTTACATTAAATATACATAATTAATTACAAA-AAAACGCA---TA------TTAAT-------AAGTAAAAGGTAATTTTATAACTATAGACTAAATTAC-----ATTAAGTA-------ATT-ATTG--TAA-TTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3614 : TGATTGAT---TAATTGAT-ATTTATTTAGGTTAGCACATACGTACATGTA-----TATACAATTTACATTAAATATACATAATAAGTTA-AAAGAAAA--CA---AA------TCCAT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATTATTATTAACCATATTACATAAAACTAATT--------AGTAATTG--CCAAATATTATATAGATAGTATCA-CAGAATGCAATT
gi|3615 : TGATTGATTTATGATTGAT-GTGT-TTCAAGTTAAAAC-------------------ATACAGGTTATATTTAATATACATTCTCAAAAACAAATGAAATGTA---GA------TAAAT-------TATTAAAAGG--------CAACTATCAACCATACTATATAGAAATAATAA-------AGT-ATTT--CAAATTATCA-----AAAGTA-CATCAGAATGTAATTT
gi|3616 : ATTGAT---TGATTGAT-GTTTATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACTGGTTACATTGAATATACATTCTCAGTTACAAATAATTA-TA---GA------TAAAT-------TAGTAGAAAGTAGTTTTATAACTGTCAACCACATTATATAAAATTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3617 : ATTGAC---TGATTGAT-GTTTATTCAGATTAAAATACAA--------AATTAATATACAGGTTACA----------A-ACTCAATTTAAAATACAAA-TA---GA------TAAAC-------CAAAGAAAGGTAATTTTATA-TTATCAACCATATTATATAAGATAAATTA-------AGC-ATTG--CAAATTACTAAGTATAAA-TAACA-CAAAATACAA
gi|3618 : ACTGAT---TGATTTAT-GTTTATTCAGATTGAAACACGC--------A-----TATACAAGTCACGTTAAATATACATACTCAATTACAAATAAAATGTA---GAAACATTTAATT-------TAGTAAAAGGTAATTTTATAACAATCAACTTAATTACATAACATTAA------------------------TTATTTAATGTAAAGTATCA-
gi|3619 : TTGAT---TGATTGAT-GTTCATTCAGGTTAAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATACTCAATAATAAATAAAATGTA---GA------TAAAT-------TAGTAAAAGGAAATTTTACAACTATCAGCCATATTATATAAAATTAATTA-------AGT-GTTG--CAAATTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT
gi|3620 : TGAT---TGATTGAT-GTTTTTTCAGGT-AAAA-ACAC--------A-----TATACAGGTTACATTGAATATACATACTCAAATACAAATTAAGAATA---GA------TAAATTAGTAAATAGTAAAAGGTTAATTTATAACTATCAACCATGCTATATGAAATTTATTATTGTATTAATAATTGAAAAACATATTAAATATAACATAACA-TAGAATGCAGTTT
gi|3621 : TGAT---TGATTGCT-GTTTATTCAGGTTTAAACACAC--------A-----TATACAGGTTACATTAAATATACATATTCAATTTCAAATACAAAGTA---GA------TAAA
gi|3622 : TGAT---TGATTGCT-GTTTATTCAGGTTTAAACACAC--------A-----TAAACTGGTTACATTAAATATACATATTCAATTTCAAATACAAAGTA---GA------TAAA
gi|3623 : --------A-----TATACAGGTCAATTTAAATATACATACTCAATCATAAATAAAAAA-A---GA------TAATT-------TACTAAAAGGTAATATTATAACTATCAACCAGATTATATAAATTTAATTA-------AGT-ATTG--CAACTTATTAAATATAAAGTATCA-CAGAATGCAATTT