lowQualScore : 1111111 1111 44444444444444444444444444 22222222222222222 22222222222222222 1 1 11
lowQualScore : 2 3 7 3 3 55 888 0 666 2 7777 666666 4 3333333 4444 55 8888 22222222222222222222222222 7777 0 55 55555555555555555 3 3 66666666666666666 666 5 5 7 55 2 6 11 77 3 1 7777 2
lowQualScore : . . . . . .. ... . ... . .... ...... . ....... .... .. .... .......................... .... . .. ................. . . ................. ... . . . .. . . .. .. . . .... .
lowQualScore : 2 6 0 6 6 00 888 2 444 8 7777 777777 0 0000000 0000 55 5555 55555555555555555555555555 7777 5 55 55555555555555555 6 6 55555555555555555 444 0 8 5 55 7 0 22 99 6 0 7777 5
consensus : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTA-CTGATGGTA-ACACGTT-T--GC-GCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T----AAGTTTAGAA-AGGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATTT----ATATAACAAC
Reference ( gi|113455 ) : TCAGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTA-CTAATGGTA-ACACGTT-T--GC-GTATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T----AAGTTTAAAA-AGGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCCGACATTAAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGCTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATCT----ATATAGCAAC
gi|113456 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTA-CTAATGGTA-ACACGTT-T--GC-GCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATTTAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T----AAATTAAAAAAAGGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTTACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATCT----ATATAGCAAC
gi|113457 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTA-CTTATGGTA-ACACGTT-T--GC-GCATGCGCGGTGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCGAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----TGA--CTG----A-------CGTCATAT-----C-----T----AAGTTTAAAA-AAGTA-----------------GTCATG-CTTTTAGTAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAACTGATTTGTATACTCGATCTAAGGCGT---GGTCGCGGACA-TAAGGGG--GGTCAGGTCCTCAGCCATAGACGGAGATA-TTTAGTGACAACCGTTTCTTA-AAAA--AACTTAACATGAACTAC-----ATCT----ATATAGCAAC
gi|113461 : TCAAAAGGTGGCCATCTTGGATGACTT-CTGATGGTA-ACACCTT-T--GC-TCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---T---ATGTGCGGCCAT----A---A--TT-TTAATAAAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------CGTCATAT-----C-----T----AAATTTAGAA-CGATA-----------------GCCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGTTGACTCGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTTGCGGATATTAA--GG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAAACGTTTGGGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATAAACTACATA-TATTT----ATATAACAACaac
gi|113458 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTA-CTTATGGTA-AAACGTT-T--GC-GCATGTGCGACAGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGAGGCCAT----A---G--TT-TTAATATATGA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----ATCATACC-----T----AAGTTTAGAA-CGATA-----------------GTCATG-CTTTTAGTAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATATAGGGCGT---GGTCGCGGAAA-TAAGAGG--GGTCATGCCATCAGCCATAGACGGAGACGTTTTATTGACAACAGTTTCTTAAAAAA--AACTAAACATGAGCTACATCGTTTTT----ATATAACAAC
gi|113460 : TCGGAAAGCGGCCATATTGGATGACTA-CTGATGGTA-ACACGTT-T--GC-GCATGTGCGGCTGCCATTTTAGATAACT---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----CATATAT----AAGTTTAGAA-CGATA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------TTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATTCTCGATCTAGGGCATAGGGGTGGGGG----TGGGGGGATGGTCAGGCCCTCAGTCCTACATGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AAATAAACATGAACCAAATC-TATTT----ATATAACAAC
gi|113462 : TCAGAAGGTGGCCATCTTGGATGACTA-CTGATCTTA-ACACCTT-T--GC-TCATGCGCGGCGGCCGTTTTAGATAACG---T---ATGTGCGGCCAT----A---A--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----CATATCT----AAGTTTAGAA-CGATA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------CCCTTAAAAGTATACAGAGCTGACTTG--------ATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTTAAGGA--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGGCGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATAAACAACTAC-T-TCTTAAAATATAATAAC
gi|113459 : TCGGAAGGCGATCATCTTGGATGACTA-CTAATGGTT-ACACGTT-T--GC-ACATGAGCGGCAGTCATTTCAGATAAAG---TCGTATGCGCGGCCAT----A---G--TT-TAAAAATTGAA-------GC----CGA--CTG----A-------CATCATAT-----C-----T----AAGTTTAGAA-CGATA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGT-------AC--------GTCTCAAACGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACAAT-AGGGG--GGTCAGGCCATCAGCCATAGACGGAGACTTTTAAGTGACAACTGTTTCTTA-AAAA--AACTTAAC---AACTAaa
gi|113463 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATAACTA-TTAATGATA-ACCCGTC-T--GC-GCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGGTTGTGAGGCAAT----A---atactgtaata
gi|113464 : GGCGGCCATTCTGAACGCATATCGGAAGGCG-GC-CATT-TTGGCTGTGTGCGCTGCGGCCATTT----TGACG---TCGTATGTGCGGTCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----CA----TATCGAAGTTTAAAA-AGGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAAA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTTAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATATACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATAT----ATATAACAAC
gi|113465 : GGCGGCCATCTTGGATTATTA-TT----GTATATAAATAAT--GC-GCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAATGACATTTTATGTGTGGCCATGTTAA---A--TTCTTAATATAGAA-------GGTA--CAAATCTAGGTTA-------T-----AT-----C-----T----AAGTATAGAA-AGAAA-----------------GTCGTG-C-TTCGGTAAGATTTGAGAATTGTTTTA-GTCTCAAAAGTATACAAAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGTCATT-GGAGG--GGTCATGTTCT------CAGACGGAGA
gi|113466 : GCCATCTTGAATGGCTA-ATGATGGTA-ACTCGTT-T--GC-A-ATGCGCGGTGGCCATCTT
gi|113467 : AAAG---TAGTATGTGCAGCCAT----ATTGGATTC-TTGATATAGAGTTCGAAGGCACATCGA--CTG----ATGTAGGTC-----ATAA---C-----T----AAGTTTGGAA-AGGTAGTGAAGCTTTTGGGAGGGTCATGATTTTTGAAACTATC-----ACTTTTTTTAGTTTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTGTACTCGATCTATGGCGT---
gi|113468 : T-----C-----T----AAGTTTAAAA-AGGTA-----------------GTCATG-CTTTTAGTAAGA-------CC--------GTCTCAAAAGTATACAGAACTGACTTGTATACTCGATCTAAGGCGT---GGTCGTGGACATTA--GGG--GGTCAGGTCCTCAGCCATAGATGGAGACA-TTTAGTGACCACCGTTTCTT--AAAA--AATTAAACATGAACT---TC--ATCT----ATATAGCAAC
gi|113469 : ctgcgtcatgGAAACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAAAAAACTAAACATGAACTACATC-TATTT----ATATAACAACaac
gi|113471 : GAGAGGTTTTAGTGACAACCGTTTCCT--CAAA--AACTAAACATGAGCTACATT-TATTT----ATATAACAAC
gi|113470 : GAGACGTTTCAGTGACATTTGTTTTTT--AAAAA-AACTAAACATTAACTACATC-TATTT----ATATATCAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111 33333333333333333333333333 22222222222222222 1111111 22222222 11
lowQualScore : 3 0 0 555 1 7777 555 55 3 1111111 2222 55 7777 77777777777777777777777777 44 44 33333333333333333 3 2 5555555 22222222 555 4 6 55 00 77 3 0 999999 6
lowQualScore : . . . ... . .... ... .. . ....... .... .. .... .......................... .. .. ................. . . ....... ........ ... . . .. .. .. . . ...... .
lowQualScore : 3 4 1 888 8 1111 888 00 6 8888888 7777 00 7777 22222222222222222222222222 66 33 33333333333333333 3 5 4444444 99999999 888 5 0 00 44 33 3 4 666666 7
consensus : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTG-ATGGTAACACGTTTGCGCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T--AAGTTTAGAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATTT------ATA-TAACAAC
Reference ( family-892 ) : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTG-ATGGTAACACGTTTGCGCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T--AAGTTTAGAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATTT------ATA-TAACAAC
gi|113455 : TCAGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTA-ATGGTAACACGTTTGCGTATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T--AAGTTTAAAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCCGACATTAAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGCTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATCT------ATA-TAGCAAC
gi|113456 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTA-ATGGTAACACGTTTGCGCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATTTAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T--AAATTAAAAAAAGGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTTACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATCT------ATA-TAGCAAC
gi|113457 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTT-ATGGTAACACGTTTGCGCATGCGCGGTGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCGAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----TGA--CTG----A-------CGTCATAT-----C-----T--AAGTTTAAAAA-AGTA-----------------GTCATG-CTTTTAGTAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAACTGATTTGTATACTCGATCTAAGGCGT---GGTCGCGGACA-TAAGGGG--GGTCAGGTCCTCAGCCATAGACGGAGATA-TTTAGTGACAACCGTTTCTTA-AAAA--AACTTAACATGAACTACATC-TA--T------ATAGCAACAAC
gi|113458 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTT-ATGGTAAAACGTTTGCGCATGTGCGACAGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGAGGCCAT----A---G--TT-TTAATATATGA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----ATCATACC-----T--AAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CTTTTAGTAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATATAGGGCGT---GGTCGCGGAAA-TAAGAGG--GGTCATGCCATCAGCCATAGACGGAGACGTTTTATTGACAACAGTTTCTTAAAAAA--AACTAAACATGAGCTACATCGTTTTT------ATA-TAACAAC
gi|113459 : TCGGAAGGCGATCATCTTGGATGACTACTA-ATGGTTACACGTTTGCACATGAGCGGCAGTCATTTCAGATAAAG---TCGTATGCGCGGCCAT----A---G--TT-TAAAAATTGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----CATATCT--AAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGT-------AC--------GTCTCAAACGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACAAT-AGGGG--GGTCAGGCCATCAGCCATAGACGGAGACTTTTAAGTGACAACTGTTTCTTA-AAAA--AACTTAAC---AACTA
gi|113460 : TCGGAAAGCGGCCATATTGGATGACTACTG-ATGGTAACACGTTTGCGCATGTGCGGCTGCCATTTTAGATAACT---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----CATATAT--AAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------TTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATTCTCGATCTAGGGCATAGGGGTGGGGG----TGGGGGGATGGTCAGGCCCTCAGTCCTACATGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AAATAAACATGAACCAAATC-TATTT------ATA-TAACAACatactgtaata
gi|113461 : TCAAAAGGTGGCCATCTTGGATGACTTCTG-ATGGTAACACCTTTGCTCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---T---ATGTGCGGCCAT----A---A--TT-TTAATAAAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------CGTCATAT-----C-----T--AAATTTAGAAC-GATA-----------------GCCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGTTGACTCGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTTGCGGATATTAA--GG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAAACGTTTGGGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATAAACTACATA-TATTT------ATA-TAACAAC
gi|113462 : TCAGAAGGTGGCCATCTTGGATGACTACTG-ATCTTAACACCTTTGCTCATGCGCGGCGGCCGTTTTAGATAACG---T---ATGTGCGGCCAT----A---A--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----CATATCT--AAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------CCCTTAAAAGTATACAGAGCTGACTTG--------ATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTTAAGGA--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGGCGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATAA---ACAAC-TACTTCTTAAAATA-TAATAAC
gi|113463 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATAACTATTA-ATGATAACCCGTCTGCGCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGGTTGTGAGGCAAT----A---aa
gi|113464 : TCGGAAGGCGGCCATTTTGG-------CTG--------------TG----TGCGCTGCGGCCATTTTG----ACG---TCGTATGTGCGGTCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----CATA--TCGAAGTTTAAAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAAA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTTAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATATACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATAT------ATA-TAACAAC
gi|113465 : ggcggccattctgaacgcataGGCGGCCATCTTGGATTATTATTGTATATAAATAA---TGCGCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAATGACATTTTATGTGTGGCCATGTTAA---A--TTCTTAATATAGAA-------GGTA--CAAATCTAGGTTA-------T-----AT-----C-----T--AAGTATAGAAA-GAAA-----------------GTCGTG-C-TTCGGTAAGATTTGAGAATTGTTTTA-GTCTCAAAAGTATACAAAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGTCATT-GGAGG--GGTCATGTTCTC------AGACGGAGA
gi|113466 : GCCATCTTGAATGGCTAATG-ATGGTAACTCGTTTGCA-ATGCGCGGTGGCCATCTT
gi|113467 : AAAG---TAGTATGTGCAGCCAT----ATTGGATTC-TTGATATAGAGTTCGAAGGCACATCGA--CTG----ATGTAGGTC-----ATAA---C-----T--AAGTTTGGAAA-GGTAGTGAAGCTTTTGGGAGGGTCATGATTTTTGAAACTATC-----ACTTTTTTTAGTTTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTGTACTCGATCTATGGCGT---
gi|113468 : T-----C-----T--AAGTTTAAAAA-GGTA-----------------GTCATG-CTTTTAGTAAGA-------CC--------GTCTCAAAAGTATACAGAACTGACTTGTATACTCGATCTAAGGCGT---GGTCGTGGACATTA--GGG--GGTCAGGTCCTCAGCCATAGATGGAGACA-TTTAGTGACCACCGTTTCTT--AAAA--AATTAAACATGAACTTCATC-TA--T------ATAGCAACAAC
gi|113469 : ctgcgtcatgGAAACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAAAAAACTAAACATGAACTACATC-TATTT------ATA-TAACAAC
gi|113470 : GAGACGTTTCAGTGACATTTGTTTTTT--AAAAA-AACTAAACATTAACTACATC-TATTT------ATA-TATCAAC
gi|113471 : GAGAGGTTTTAGTGACAACCGTTTCCT--CAAA--AACTAAACATGAGCTACATT-TATTT------ATA-TAACAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111 33333333333333333333333333 22222222222222222 1111111 22222222 11
lowQualScore : 3 0 0 555 1 7777 555 55 3 1111111 2222 55 7777 77777777777777777777777777 44 44 33333333333333333 3 2 5555555 22222222 555 4 6 55 00 77 3 0 999999 6
lowQualScore : . . . ... . .... ... .. . ....... .... .. .... .......................... .. .. ................. . . ....... ........ ... . . .. .. .. . . ...... .
lowQualScore : 3 4 1 888 8 1111 888 00 6 8888888 7777 00 7777 22222222222222222222222222 66 33 33333333333333333 3 5 4444444 99999999 888 5 0 00 44 33 3 4 666666 7
consensus : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTG-ATGGTAACACGTTTGCGCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T--AAGTTTAGAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATTT------ATA-TAACAAC
Reference ( family-892 ) : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTG-ATGGTAACACGTTTGCGCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T--AAGTTTAGAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATTT------ATA-TAACAAC
gi|113455 : TCAGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTA-ATGGTAACACGTTTGCGTATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T--AAGTTTAAAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCCGACATTAAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGCTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATCT------ATA-TAGCAAC
gi|113456 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTA-ATGGTAACACGTTTGCGCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATTTAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T--AAATTAAAAAAAGGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTTACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATCT------ATA-TAGCAAC
gi|113457 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTT-ATGGTAACACGTTTGCGCATGCGCGGTGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCGAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----TGA--CTG----A-------CGTCATAT-----C-----T--AAGTTTAAAAA-AGTA-----------------GTCATG-CTTTTAGTAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAACTGATTTGTATACTCGATCTAAGGCGT---GGTCGCGGACA-TAAGGGG--GGTCAGGTCCTCAGCCATAGACGGAGATA-TTTAGTGACAACCGTTTCTTA-AAAA--AACTTAACATGAACTACATC-TA--T------ATAGCAACAAC
gi|113458 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTT-ATGGTAAAACGTTTGCGCATGTGCGACAGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGAGGCCAT----A---G--TT-TTAATATATGA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----ATCATACC-----T--AAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CTTTTAGTAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATATAGGGCGT---GGTCGCGGAAA-TAAGAGG--GGTCATGCCATCAGCCATAGACGGAGACGTTTTATTGACAACAGTTTCTTAAAAAA--AACTAAACATGAGCTACATCGTTTTT------ATA-TAACAAC
gi|113459 : TCGGAAGGCGATCATCTTGGATGACTACTA-ATGGTTACACGTTTGCACATGAGCGGCAGTCATTTCAGATAAAG---TCGTATGCGCGGCCAT----A---G--TT-TAAAAATTGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----CATATCT--AAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGT-------AC--------GTCTCAAACGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACAAT-AGGGG--GGTCAGGCCATCAGCCATAGACGGAGACTTTTAAGTGACAACTGTTTCTTA-AAAA--AACTTAAC---AACTA
gi|113460 : TCGGAAAGCGGCCATATTGGATGACTACTG-ATGGTAACACGTTTGCGCATGTGCGGCTGCCATTTTAGATAACT---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----CATATAT--AAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------TTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATTCTCGATCTAGGGCATAGGGGTGGGGG----TGGGGGGATGGTCAGGCCCTCAGTCCTACATGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AAATAAACATGAACCAAATC-TATTT------ATA-TAACAACatactgtaata
gi|113461 : TCAAAAGGTGGCCATCTTGGATGACTTCTG-ATGGTAACACCTTTGCTCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---T---ATGTGCGGCCAT----A---A--TT-TTAATAAAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------CGTCATAT-----C-----T--AAATTTAGAAC-GATA-----------------GCCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGTTGACTCGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTTGCGGATATTAA--GG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAAACGTTTGGGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATAAACTACATA-TATTT------ATA-TAACAAC
gi|113462 : TCAGAAGGTGGCCATCTTGGATGACTACTG-ATCTTAACACCTTTGCTCATGCGCGGCGGCCGTTTTAGATAACG---T---ATGTGCGGCCAT----A---A--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----CATATCT--AAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------CCCTTAAAAGTATACAGAGCTGACTTG--------ATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTTAAGGA--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGGCGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATAA---ACAAC-TACTTCTTAAAATA-TAATAAC
gi|113463 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATAACTATTA-ATGATAACCCGTCTGCGCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGGTTGTGAGGCAAT----A---aa
gi|113464 : TCGGAAGGCGGCCATTTTGG-------CTG--------------TG----TGCGCTGCGGCCATTTTG----ACG---TCGTATGTGCGGTCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----CATA--TCGAAGTTTAAAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAAA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTTAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATATACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATAT------ATA-TAACAAC
gi|113465 : ggcggccattctgaacgcataGGCGGCCATCTTGGATTATTATTGTATATAAATAA---TGCGCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAATGACATTTTATGTGTGGCCATGTTAA---A--TTCTTAATATAGAA-------GGTA--CAAATCTAGGTTA-------T-----AT-----C-----T--AAGTATAGAAA-GAAA-----------------GTCGTG-C-TTCGGTAAGATTTGAGAATTGTTTTA-GTCTCAAAAGTATACAAAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGTCATT-GGAGG--GGTCATGTTCTC------AGACGGAGA
gi|113466 : GCCATCTTGAATGGCTAATG-ATGGTAACTCGTTTGCA-ATGCGCGGTGGCCATCTT
gi|113467 : AAAG---TAGTATGTGCAGCCAT----ATTGGATTC-TTGATATAGAGTTCGAAGGCACATCGA--CTG----ATGTAGGTC-----ATAA---C-----T--AAGTTTGGAAA-GGTAGTGAAGCTTTTGGGAGGGTCATGATTTTTGAAACTATC-----ACTTTTTTTAGTTTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTGTACTCGATCTATGGCGT---
gi|113468 : T-----C-----T--AAGTTTAAAAA-GGTA-----------------GTCATG-CTTTTAGTAAGA-------CC--------GTCTCAAAAGTATACAGAACTGACTTGTATACTCGATCTAAGGCGT---GGTCGTGGACATTA--GGG--GGTCAGGTCCTCAGCCATAGATGGAGACA-TTTAGTGACCACCGTTTCTT--AAAA--AATTAAACATGAACTTCATC-TA--T------ATAGCAACAAC
gi|113469 : ctgcgtcatgGAAACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAAAAAACTAAACATGAACTACATC-TATTT------ATA-TAACAAC
gi|113470 : GAGACGTTTCAGTGACATTTGTTTTTT--AAAAA-AACTAAACATTAACTACATC-TATTT------ATA-TATCAAC
gi|113471 : GAGAGGTTTTAGTGACAACCGTTTCCT--CAAA--AACTAAACATGAGCTACATT-TATTT------ATA-TAACAAC
blockSeqs : T ACA C GTTA TTG AT C TTCGAAG ACAT AT GGTT TGTAGGTCATAAC CG AA GTGAAGCTTTTGGGAGG A G TTTGAGA TTTTTTTA AGG T A AT AA AA G CTTAAA G
blockSeqs : . . C . . . . . TA . . CGTCATATC . A . . T TC TGTTTTA . A A . A A . . G
blockSeqs : . . C . . . . . . . . CATCATACC . C . . T . . . T A . A . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . CATCATATC . C . . G . . . T G . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . CATCATATA . C . . G . . . T A . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . CGTCATATC . C . . G . . . T T . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . CATCATATC . C . . G . . . T T . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . CATCATA . A . . G . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . CATC . A . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATC . A . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CGTCATATC*****************
originalCons : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTG-ATGGTAACACGTTTGCGCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----A-------C-----AT-----C-----T--AAGTTTAGAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATTT------ATA-TAACAAC
finalCons : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTG-ATGGTAACACGTTTGCGCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATAACG---TCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------GC----CGA--CTG----ACGTCATATC-----------------T--AAGTTTAGAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATAAGA-------AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATTT------ATA-TAACAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 22222222222222222 1111111 22222222 11
lowQualScore : 3 0 0 555 1 7777 555 55 3 1111111 666 7777 5 7777 44 33333333333333333 3 2 0000000 44 22222222 555 4 6 55 00 77 3 0 999999 6
lowQualScore : . . . ... . .... ... .. . ....... ... .... . .... .. ................. . . ....... .. ........ ... . . .. .. .. . . ...... .
lowQualScore : 3 4 1 888 8 1111 888 00 6 8888888 444 7777 0 1111 33 33333333333333333 3 5 8888888 66 99999999 888 5 0 00 44 33 3 4 666666 7
consensus : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTG-ATGGTAACACGTTTGCGCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATA---ACGTCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------G---C----CGACTGACGT----CATATCTAAGTTTAGAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATA-------AGA--AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATTT------ATA-TAACAAC
Reference ( family-892 ) : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTG-ATGGTAACACGTTTGCGCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATA---ACGTCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------G---C----CGACTGACGT----CATATCTAAGTTTAGAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATA-------AGA--AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATTT------ATA-TAACAAC
gi|113455 : TCAGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTA-ATGGTAACACGTTTGCGTATGTGCGGCGGCCATTTTAGATA---ACGTCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------G---C----CGACTGAC---------ATCTAAGTTTAAAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATA-------AGA--AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCCGACATTAAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGCTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATCT------ATA-TAGCAAC
gi|113456 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTA-ATGGTAACACGTTTGCGCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATA---ACGTCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATTTAGAA-------G---C----CGACTGAC---------ATCTAAATTAAAAAAAGGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATA-------AGA--AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTTACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTAAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATAGACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATCT------ATA-TAGCAAC
gi|113457 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTT-ATGGTAACACGTTTGCGCATGCGCGGTGGCCATTTTAGATA---ACGTCGTATGTGCGGCGAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------G---C----TGACTGACGT----CATATCTAAGTTTAAAAA-AGTA-----------------GTCATG-CTTTTAGTA-------AGA--AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAACTGATTTGTATACTCGATCTAAGGCGT---GGTCGCGGACA-TAAGGGG--GGTCAGGTCCTCAGCCATAGACGGAGATA-TTTAGTGACAACCGTTTCTTA-AAAA--AACTTAACATGAACTACATC-TA--T------ATAGCAACAAC
gi|113458 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATGACTACTT-ATGGTAAAACGTTTGCGCATGTGCGACAGCCATTTTAGATA---ACGTCGTATGTGAGGCCAT----A---G--TT-TTAATATATGA-------G---C----CGACTGACAT----CATACCTAAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CTTTTAGTA-------AGA--AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATATAGGGCGT---GGTCGCGGAAA-TAAGAGG--GGTCATGCCATCAGCCATAGACGGAGACGTTTTATTGACAACAGTTTCTTAAAAAA--AACTAAACATGAGCTACATCGTTTTT------ATA-TAACAAC
gi|113459 : TCGGAAGGCGATCATCTTGGATGACTACTA-ATGGTTACACGTTTGCACATGAGCGGCAGTCATTTCAGATA---AAGTCGTATGCGCGGCCAT----A---G--TT-TAAAAATTGAA-------G---C----CGACTGACAT----CATATCTAAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CGTTTGATA-------AGT--AC--------GTCTCAAACGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACAAT-AGGGG--GGTCAGGCCATCAGCCATAGACGGAGACTTTTAAGTGACAACTGTTTCTTA-AAAA--AACTTAAC---AACTA
gi|113460 : TCGGAAAGCGGCCATATTGGATGACTACTG-ATGGTAACACGTTTGCGCATGTGCGGCTGCCATTTTAGATA---ACTTCGTATGTGCGGCCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------G---C----CGACTGACAT----CATATATAAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CGTTTGATA-------AGA--AC--------TTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATTCTCGATCTAGGGCATAGGGGTGGGGG----TGGGGGGATGGTCAGGCCCTCAGTCCTACATGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AAATAAACATGAACCAAATC-TATTT------ATA-TAACAACatactgtaata
gi|113461 : TCAAAAGGTGGCCATCTTGGATGACTTCTG-ATGGTAACACCTTTGCTCATGCGCGGCGGCCATTTTAGATA---ACGT---ATGTGCGGCCAT----A---A--TT-TTAATAAAGAA-------G---C----CGACTGACGT----CATATCTAAATTTAGAAC-GATA-----------------GCCATG-CGTTTGATA-------AGA--AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGTTGACTCGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTTGCGGATATTAA--GG--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAAACGTTTGGGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATAAACTACATA-TATTT------ATA-TAACAAC
gi|113462 : TCAGAAGGTGGCCATCTTGGATGACTACTG-ATCTTAACACCTTTGCTCATGCGCGGCGGCCGTTTTAGATA---ACGT---ATGTGCGGCCAT----A---A--TT-TTAATATAGAA-------G---C----CGACTGACAT----CATATCTAAGTTTAGAAC-GATA-----------------GTCATG-CGTTTGATA-------AGA--AC--------CCCTTAAAAGTATACAGAGCTGACTT--------GATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTTAAGGA--GGTCAGGCCCTCAGCCATAGACGGAGGCGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATAA---ACAAC-TACTTCTTAAAATA-TAATAAC
gi|113463 : TCGGAAGGCGGCCATCTTGGATAACTATTA-ATGATAACCCGTCTGCGCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATA---ACGTCGGTTGTGAGGCAAT----A---aa
gi|113464 : TCGGAAGGCGGCCATTTTGG-------CTG--------------TG----TGCGCTGCGGCCATTTTG-------ACGTCGTATGTGCGGTCAT----A---G--TT-TTAATATAGAA-------G---C----CGACTGACAT----CATATCGAAGTTTAAAAA-GGTA-----------------GTCATG-CGTTTGATA-------AAA--AC--------GTCTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGACATTTAGGGG--GGTCAGGTCCTAAGCCATATACGGAGACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAA--AACTAAACATGAACTACATC-TATAT------ATA-TAACAAC
gi|113465 : ggcggccattctgaacgcataGGCGGCCATCTTGGATTATTATTGTATATAAATAA---TGCGCATGTGCGGCGGCCATTTTAGATAATGACATTTTATGTGTGGCCATGTTAA---A--TTCTTAATATAGAA-------GGTAC----AAATCTAGGT----TATATCTAAGTATAGAAA-GAAA-----------------GTCGTG-C-TTCGGTAAGATTTGAGA--ATTGTTTTA-GTCTCAAAAGTATACAAAGCTGACTTGTATACTCGATCTAGGGCGT---GGTCGCGGTCATT-GGAGG--GGTCATGTTCTC------AGACGGAGA
gi|113466 : GCCATCTTGAATGGCTAATG-ATGGTAACTCGTTTGCA-ATGCGCGGTGGCCATCTT
gi|113467 : A---AAGTAGTATGTGCAGCCAT----ATTGGATTC-TTGATATAGAGTTCGAAGG---CACATCGACTGATGTAGGTCATAACTAAGTTTGGAAA-GGTAGTGAAGCTTTTGGGAGGGTCATGATTTTTGAAA-------CTATCACTTTTTTTAGTTTCAAAAGTATACAGAGCTGACTTGTGTACTCGATCTATGGCGT---
gi|113468 : CTG-CGT----CATGTCTAAGTTTAAAAA-GGTA-----------------GTCATG-CTTTTAGTA-------AGA--CC--------GTCTCAAAAGTATACAGAACTGACTTGTATACTCGATCTAAGGCGT---GGTCGTGGACATTA--GGG--GGTCAGGTCCTCAGCCATAGATGGAGACA-TTTAGTGACCACCGTTTCTT--AAAA--AATTAAACATGAACTTCATC-TA--T------ATAGCAACAAC
gi|113469 : GAAACGTTTTAGTGACAACCGTTTCTT--AAAAAAAACTAAACATGAACTACATC-TATTT------ATA-TAACAAC
gi|113470 : GAGACGTTTCAGTGACATTTGTTTTTT--AAAAA-AACTAAACATTAACTACATC-TATTT------ATA-TATCAAC
gi|113471 : GAGAGGTTTTAGTGACAACCGTTTCCT--CAAA--AACTAAACATGAGCTACATT-TATTT------ATA-TAACAAC