lowQualScore : 22 111 111111111111111 1 1 1
lowQualScore : 3 444 2 00 444 0 3 666666666666666 1 5 2 5 6 8 9 1 88 4 2 2 1 4 1 9
lowQualScore : . ... . .. ... . . ............... . . . . . . . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 7 222 2 66 000 2 4 777777777777777 1 1 0 0 7 6 6 6 44 3 9 6 6 3 3 3
consensus : ACACGTGTTAATTATGGTCATAAATATTG-G-GGGTTGTGACTTTATG---------------ACCCCTTGTCGCAGTTGAGTAATTTTGTAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGAATTTT-GTTTTGATAACAAGGTGCNATT-TT-CGCACCTGTTTCCTGTCGGAGGACAGTGTATGGTT
Reference ( gi|139674 ) : ACGCGTGTTAATTATAATTATAAATATTG-G-GGGTTGTGACTCTATG---------------ACCCCTTATCGCGGTTGAGTAATTTTGCAAGGAATTCTATACAGACTTTATACAAGTCCTTGAATTTT-GTTATGATAACAATGTGCCATT-TT-CGCACCTGTTTCCTGCCAGAGGACAGGGTATCGTT
gi|139675 : ACTCATGTTAATTAGAATTATAAATATTA-A-GGGTTGAGATTCTATG---------------ACCCCTTTTTGCGGTTGAGTAATTTTGTAAGGAATTATATAGATACTTTATACAAGTCCTTGAATTTT-GTTATGATAACAATGTGCCATT-TT-CGCACCTGTTTCCTGTCAAAGGACAGTGTAT
gi|139676 : ACGCATGTTAATTATAATCATAAATATTG-G-GT-TTGTGACTCTATA---------------ACACCTTATCGCTGTCGAGTAATTTTATAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTT-----ATTTT-GTTATGATAATAATGTGCCATT-TT-CGCACCTGTTTCCTGTCAGAGGACAGGGTATCGTTg
gi|139677 : ACGCGTGTTAAACATAATCATATACATTG-G----TTGAGACTCTATG---------------ATCCCTTATCGCGGTTGAGTAATTTTGCAAGGATTTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGAATTTT-GTTATGATAACAAGGTGCCATT-TT-CGCACCTGTTTCCTGTCAGTGGACAG
gi|139670 : ACACGTGTTAATTATGGTCATAAA-GTTGAG-GGGTTGTGACTTTATG---------------ACCCTTTGTCGCAGTTGAGTAATTTT
gi|139668 : taACACGTGTTAATTAAGGTCATAAA-ATTGAG-GGGTTGTGACTTTATG---------------ACCTCTTGTCTCAGCTGAGTAATTTTcttttgataacaaggtgcaattattcgcacctatttccagtctaaagacattgtctggtt
gi|139667 : taACACGTGTTAATTAAGGTCATAAA-ATTGAG-GGGTTGTGACTTTATG---------------ACCTCTTGTCTCAGCTGAGTAATTTTcttttgataacaaggtgaaactattcaaatttatttcctgttggaaaacaatgtctggtt
gi|139671 : taACACGTGTTAATTATGGTCATAAA-ATTGAA-GGGTTGCGACTTTATG---------------ACCTCTTGTCGTAGTTGAGTTATTTTcttttgataacaaggtgaaactattcaaatttatttcctgttggaaaacaatgtctggtt
gi|139669 : taACACGTGATAATTATGGTCATAAA-ATTG-AAGGGTTGTGACTTTATG---------------ACCCCTTGTCGTAAATGAGTAATTTTctttagataacaaggtgaagttataagcatccatttcttgttggaagacaatgtctggtt
gi|139673 : taACACTTGTTAATTATGGTCATAAAAAATG-G-GGATTGTAACAATATG---------------ACCCCTTATCGCATTTGTGTcttttgataacaaggtgaaattattcgcatctatttcctgttggaagacggtgtctggtt
gi|139672 : ACACGTGCTACTTAAGGTCATAAAC--TG-GAGGGTTGTGACTTTATGACGGGCCCCTTTATGACCCCTTGTCGCACATGAGTAATTTTttgttttgataagatggcgctgtttttcacacctgtttcctgccagaggacaggatatagtt
gi|139681 : taTATAAAT--TG-G-GGATTGTGACTTTATG---------------A-CCCTTATCGCAGTTAAGAAATTTTGagttttgataacaaggtgcaattattcgcacctattgtctgtttgaagacattgtctggtt
gi|139680 : tcgTATAAAT--TG-G-GGATTGTGACTTTATG---------------A-CCCTTATCGCAGTTAAGAAATTTTGttttaataacaagatggtattttttcaccggtttcctaccagacgacag
gi|139682 : tcgTGTGACTTTATG---------------ACCCCTTATCCATGTTGAGTAATTTTGTAATGAttttaataacaagatggtattttttcactggtttcctaccagaggacag
gi|139679 : CTTTATG---------------ACCCCTTGTCGCAGTTGAGTAATTTTtaacaaggtgccatgttagcacctatttcctgtcagaggacaggttattgtctg
gi|139678 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcCTTTATG---------------ACCCCTTGTCGCAGTTGAGTAATTTTagttttgataacaaggtcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggtt
gi|139683 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcCTTGTCGCAGTTGAGTAATTTTGagttttgataacaaggtcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggtt
gi|139670 : ttattaattAATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGCAATTATT-CGCACCTATTTCCAGTCTAAAGACAttttgacaacaatggacaattatt
gi|139682 : taacacgtgttaattatggtcataaagttgaggggttgtgactttatgaccctttgtcgcagttgagtAATTTT-GTAATGATAACAAGGTGCCATG-TT-AGCACCTATTTCCTGTCAGAGGACAGGTTATTGTttgtctggtt
gi|139668 : tgtgactttatgaccccttatccatgttgagtAATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAACTATT-CAAATTTATTTCCTGTTGGAAAACAATGTCTGGTTctg
gi|139667 : taacacgtgttaattaaggtcataaaattgaggggttgtgactttatgacctcttgtctcagctgagtAATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAACTATT-CAAATTTATTTCCTGTTGGAAAACAATGTCTGGTT
gi|139669 : taacacgtgttaattaaggtcataaaattgaggggttgtgactttatgacctcttgtctcagctgagtAATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAATTATT-CGCATCTATTTCCTGTTGGAAGACGGTGTCTGGTT
gi|139681 : taacacgtgataattatggtcataaaattgaagggttgtgactttatgaccccttgtcgtaaatgagtAATTTT-GTTTTAATAACAAGATGGTATT-TT-TTCACCGGTTTCCTACCAGACGACAG
gi|139680 : tcgtataaattggggattgtgactttatgacccttatcgcagttaagaAATTTT-GTTTTAATAACAAGATGGTATT-TT-TTCACTGGTTTCCTACCAGAGGACAG
gi|139672 : tcgtataaattggggattgtgactttatgacccttatcgcagttaagaAATTTTAGTTTTGATAACAAGGTGCAATTATT-CGCACCTATTGTCTGTTTGAAGACA
gi|139679 : taacacgtgctacttaaggtcataaactggagggttgtgactttatgacgggcccctttatgaccccttgtcgcacatgagtAATTTTAGTTTTGATAACAAGGT----------CGCACCTATTTGCTGTCTGAAGACAttgtctggtt
gi|139678 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcctttatgaccccttgtcgcagttgagtAATTTTAGTTTTGATAACAAGGT----------CGCACCTATTTGCTGTCTGAAGACAttgtctggtt
gi|139673 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcctttatgaccccttgtcgcagttgagtTTT-GTTTTGATAAGATGGCGCTGTT-TTTCACACCTGTTTCCTGCCAGAGGACAGGATATAGTTttgtctggtt
Alignments
lowQualScore : 2222 1 444444444444444 1
lowQualScore : 2 1111 3 2 5 444444444444444 2 2 4 2 444 7 55 5 2 4 5
lowQualScore : . .... . . . ............... . . . . ... . .. . . . .
lowQualScore : 8 2222 3 7 0 111111111111111 4 4 4 5 777 5 22 0 5 2 8
consensus : ACGCGTGTTAATTANGGTCATAAA-TATTG-G-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTTTGATAACAAGGTGCNATTATT-CGCACCTGTTTCCTGTCGGAGGACAGTGTCTGGTT
Reference ( family-889 ) : ACACGTGTTAATTATGGTCATAAA-TATTG-G-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTTTGATAACAAGGTGCNATT-TT-CGCACCTGTTTCCTGTCGGAGGACAGTGTATGGTT
gi|139667 : ACACGTGTTAATTAAGGTCATAAA--ATTGAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCTCA-GCTGAG-TAATTTT
gi|139667 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAACTATT-CAAATTTATTTCCTGTTGGAAAACAATGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaactattcaaatttatttcctgttggaaaacaatgtctggtt
gi|139668 : taacacgtgttaattaaggtcataaaattgaggggttgtgactttatgacctcttgtctcagctgagtACACGTGTTAATTAAGGTCATAAA--ATTGAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCTCA-GCTGAG-TAATTTT
gi|139668 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAACTATT-CAAATTTATTTCCTGTTGGAAAACAATGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaactattcaaatttatttcctgttggaaaacaatgtctggtt
gi|139669 : taacacgtgttaattaaggtcataaaattgaggggttgtgactttatgacctcttgtctcagctgagtACACGTGATAATTATGGTCATAAA--ATTGAA-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGTA-AATGAG-TAATTTT
gi|139669 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAATTATT-CGCATCTATTTCCTGTTGGAAGACGGTGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaattattcgcatctatttcctgttggaagacggtgtctggtt
gi|139670 : taacacgtgataattatggtcataaaattgaagggttgtgactttatgaccccttgtcgtaaatgagtACACGTGTTAATTATGGTCATAAA--GTTGAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCTTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139670 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGCAATTATT-CGCACCTATTTCCAGTCTAAAGACATTGTCTGGTTcttttgataacaaggtgcaattattcgcacctatttccagtctaaagacattgtctggtt
gi|139671 : taacacgtgttaattatggtcataaagttgaggggttgtgactttatgaccctttgtcgcagttgagtACACGTGTTAATTATGGTCATAAA--ATTGAA-GGGTT-GCGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCGTA-GTTGAG-TTATTTT
gi|139671 : taTTGAGTTATTTT-CTTTAGATAACAAGGTGAAGTTATA-AGCATCCATTTCTTGTTGGAAGACAATGTCTGGTTctttagataacaaggtgaagttataagcatccatttcttgttggaagacaatgtctggtt
gi|139672 : taacacgtgttaattatggtcataaaattgaagggttgcgactttatgacctcttgtcgtagACACGTGCTACTTAAGGTCATAAA-C--TG-GAGGGTT-GTGACTTTATGACGGGCCCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-CATGAG-TAATTTT
gi|139672 : taA---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGTGCAATTATT-CGCACCTATTGTCTGTTTGAAGACATTGTCTGGTTagttttgataacaaggtgcaattattcgcacctattgtctgtttgaagacattgtctggtt
gi|139673 : taacacgtgctacttaaggtcataaactggagggttgtgactttatgacgggcccctttatgaccccttgtcgcacatgagtACACTTGTTAATTATGGTCATAAA-AAATG-G-GGATT-GTAACAAT---------------ATGACCCCTTATCGCA-TTTGTGTTTGTTTTGATAAG
gi|139673 : TTT-GTTTTGATAAGATGGCGCTGTT-TTTCACACCTGTTTCCTGCCAGAGGACAGGATATAGTTatggcgctgtttttcacacctgtttcctgccagaggacaggatatagtt
gi|139674 : acacttgttaattatggtcataaaaaatggggattgtaacaatatgaccccttatcgcatttgtgACGCGTGTTAATTATAATTATAAA-TATTG-G-GGGTT-GTGACTCT---------------ATGACCCCTTATCGCG-GTTGAG-TAATTTTG-CAAGGAATTCTATACAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAATGTGCCATT-TT-CGCACCTGTTTCCTGCCAGAGGACAGGGTATCGTT
gi|139675 : ACTCATGTTAATTAGAATTATAAA-TATTA-A-GGGTT-GAGATTCT---------------ATGACCCCTTTTTGCG-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTATATAGATACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAATGTGCCATT-TT-CGCACCTGTTTCCTGTCAAAGGACAGTGTATG
gi|139676 : ACGCATGTTAATTATAATCATAAA-TATTG-G-GT-TT-GTGACTCT---------------ATAACACCTTATCGCT-GTCGAG-TAATTTTA-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTT--------ATTTT-GTTATGATAATAATGTGCCATT-TT-CGCACCTGTTTCCTGTCAGAGGACAGGGTATCGTT
gi|139677 : ACGCGTGTTAAACATAATCATATA-CATTG-G----TT-GAGACTCT---------------ATGATCCCTTATCGCG-GTTGAG-TAATTTTG-CAAGGATTTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAAGGTGCCATT-TT-CGCACCTGTTTCCTGTCAGTGGACAG
gi|139678 : ATTAAGGTCATAAACTGAAG-G-GGGTTTGTGACTTTTTGCTGCGCTCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139678 : A---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGT----------CGCACCTATTTGCTGTCTGAAGACATTGTCTGGTTagttttgataacaaggtcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggtt
gi|139679 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcctttatgaccccttgtcgcagttgagtATTAAGGTCATAAACTGAAG-G-GGGTTTGTGACTTTTTGCTGCGCTCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139679 : A---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGT----------CGCACCTATTTGCTGTCTGAAGACATTGTCTGGTTagttttgataacaaggtcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggtt
gi|139680 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcctttatgaccccttgtcgcagttgagtATAAA-T--TG-G-GGATT-GTGACTTT---------------ATGA-CCCTTATCGCA-GTTAAG-AAATTTTG-T
gi|139680 : tcgtA---ATTTT-GTTTTAATAACAAGATGGTATT-TT-TTCACTGGTTTCCTACCAGAGGACAGtttaataacaagatggtattttttcactggtttcctaccagaggacag
gi|139681 : tcgtataaattggggattgtgactttatgacccttatcgcagttaagaATAAA-T--TG-G-GGATT-GTGACTTT---------------ATGA-CCCTTATCGCA-GTTAAG-AAATTTTG-T
gi|139681 : tcgtA---ATTTT-GTTTTAATAACAAGATGGTATT-TT-TTCACCGGTTTCCTACCAGACGACAGtttaataacaagatggtattttttcaccggtttcctaccagacgacag
gi|139682 : tcgtataaattggggattgtgactttatgacccttatcgcagttaagaT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTATC-CATGTTGAG-TAATTTTG-TAATGA
gi|139682 : A---ATTTT-GTAATGATAACAAGGTGCCATG-TT-AGCACCTATTTCCTGTCAGAGGACAGGTTATTGTtaacaaggtgccatgttagcacctatttcctgtcagaggacaggttattgtctg
gi|139683 : tgtgactttatgaccccttatccatgttgagtTT---------------ATTAATTCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-Tctg
Alignments
lowQualScore : 2222 1 444444444444444 1
lowQualScore : 2 1 1111 0 5 5 444444444444444 2 2 4 2 444 7 44 3 4 66666
lowQualScore : . . .... . . . ............... . . . . ... . .. . . .....
lowQualScore : 5 0 2222 7 3 0 111111111111111 4 4 4 5 444 1 44 5 2 22222
consensus : ACGCGTGTTAATTANGGTCATAAA-TATTG-G-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTTTGATAACAAGGTGCNATTATTCGCACCTGTTTCCTGTCGGAGGACAG-----TGTCTGGTT
Reference ( family-889 ) : ACGCGTGTTAATTANGGTCATAAA-TATTG-G-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTTTGATAACAAGGTGCNATTATTCGCACCTGTTTCCTGTCGGAGGACAG-----TGTCTGGTT
gi|139667 : ACACGTGTTAATTAAGGTCATAAA--ATTGAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCTCA-GCTGAG-TAATTTT
gi|139667 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAACTATTCAAATTTATTTCCTGTTGGAAAACAA-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaactattcaaatttatttcctgttggaaaacaatgtctggtt
gi|139668 : taacacgtgttaattaaggtcataaaattgaggggttgtgactttatgacctcttgtctcagctgagtACACGTGTTAATTAAGGTCATAAA--ATTGAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCTCA-GCTGAG-TAATTTT
gi|139668 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAACTATTCAAATTTATTTCCTGTTGGAAAACAA-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaactattcaaatttatttcctgttggaaaacaatgtctggtt
gi|139669 : taacacgtgttaattaaggtcataaaattgaggggttgtgactttatgacctcttgtctcagctgagtACACGTGATAATTATGGTCATAAA--ATTG-AAGGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGTA-AATGAG-TAATTTT
gi|139669 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAATTATTCGCATCTATTTCCTGTTGGAAGACGG-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaattattcgcatctatttcctgttggaagacggtgtctggtt
gi|139670 : taacacgtgataattatggtcataaaattgaagggttgtgactttatgaccccttgtcgtaaatgagtACACGTGTTAATTATGGTCATAAA--GTTGAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCTTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139670 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGCAATTATTCGCACCTATTTCCAGTCTAAAGACAT-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgcaattattcgcacctatttccagtctaaagacattgtctggtt
gi|139671 : taacacgtgttaattatggtcataaagttgaggggttgtgactttatgaccctttgtcgcagttgagtACACGTGTTAATTATGGTCATAAA--ATTGAA-GGGTT-GCGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCGTA-GTTGAG-TTATTTT
gi|139671 : taTTGAGTTATTTT-CTTTAGATAACAAGGTGAAGTTATAAGCATCCATTTCTTGTTGGAAGACAA-----TGTCTGGTTctttagataacaaggtgaagttataagcatccatttcttgttggaagacaatgtctggtt
gi|139672 : taacacgtgttaattatggtcataaaattgaagggttgcgactttatgacctcttgtcgtagACACGTGCTACTTAAGGTCATAAA-C--TG-GAGGGTT-GTGACTTTATGACGGGCCCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-CATGAG-TAATTTT
gi|139672 : taA---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGTGCAATTATTCGCACCTATTGTCTGTTTGAAGACAT-----TGTCTGGTTagttttgataacaaggtgcaattattcgcacctattgtctgtttgaagacattgtctggtt
gi|139673 : taacacgtgctacttaaggtcataaactggagggttgtgactttatgacgggcccctttatgaccccttgtcgcacatgagtACACTTGTTAATTATGGTCATAAA-AAATG-G-GGATT-GTAACAAT---------------ATGACCCCTTATCGCA-TTTGTGTTTGTTTTGATAAG
gi|139673 : TTT-GTTTTGATAAGATGGCGCTGTTTTTCACACCTGTTTCCTGCCAGAGGACAG-----GATATAGTTatggcgctgtttttcacacctgtttcctgccagaggacaggatatagtt
gi|139674 : acacttgttaattatggtcataaaaaatggggattgtaacaatatgaccccttatcgcatttgtgACGCGTGTTAATTATAATTATAAA-TATTG-G-GGGTT-GTGACTCT---------------ATGACCCCTTATCGCG-GTTGAG-TAATTTTG-CAAGGAATTCTATACAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAATGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGCCAGAGGACAG-----GGTATCGTT
gi|139675 : ACTCATGTTAATTAGAATTATAAA-TATTA-A-GGGTT-GAGATTCT---------------ATGACCCCTTTTTGCG-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTATATAGATACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAATGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGTCAAAGGACAG-----TGTATG
gi|139676 : ACGCATGTTAATTATAATCATAAA-TATTG-G-GT-TT-GTGACTCT---------------ATAACACCTTATCGCT-GTCGAG-TAATTTTA-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTT--------ATTTT-GTTATGATAATAATGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGTCAGAGGACAG-----GGTATCGTT
gi|139677 : ACGCGTGTTAAACATAATCATATA-CATTG-G----TT-GAGACTCT---------------ATGATCCCTTATCGCG-GTTGAG-TAATTTTG-CAAGGATTTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAAGGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGTCAGTGGACAG-----
gi|139678 : ATTAAGGTCATAAACTGAAG-G-GGGTTTGTGACTTTTTGCTGCGCTCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139678 : A---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGT---------CGCACCTATTTGCTGTCTGAAGACAT-----TGTCTGGTTagttttgataacaaggtcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggtt
gi|139679 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcctttatgaccccttgtcgcagttgagtATTAAGGTCATAAACTGAAG-G-GGGTTTGTGACTTTTTGCTGCGCTCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139679 : A---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGT---------CGCACCTATTTGCTGTCTGAAGACAT-----TGTCTGGTTagttttgataacaaggtcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggtt
gi|139680 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcctttatgaccccttgtcgcagttgagtATAAA-T--TG-G-GGATT-GTGACTTT---------------ATGA-CCCTTATCGCA-GTTAAG-AAATTTTG-T
gi|139680 : tcgtA---ATTTT-GTTTTAATAACAAGATGGTATT-TTTTCACTGGTTTCCTACCAGAGGACAG-----tttaataacaagatggtattttttcactggtttcctaccagaggacag
gi|139681 : tcgtataaattggggattgtgactttatgacccttatcgcagttaagaATAAA-T--TG-G-GGATT-GTGACTTT---------------ATGA-CCCTTATCGCA-GTTAAG-AAATTTTG-T
gi|139681 : tcgtA---ATTTT-GTTTTAATAACAAGATGGTATT-TTTTCACCGGTTTCCTACCAGACGACAG-----tttaataacaagatggtattttttcaccggtttcctaccagacgacag
gi|139682 : tcgtataaattggggattgtgactttatgacccttatcgcagttaagaT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTATC-CATGTTGAG-TAATTTTG-TAATGA
gi|139682 : A---ATTTT-GTAATGATAACAAGGTGCCAT-GTTAGCACCTATTTCCTGTCAGAGGACAGGTTATTGTCTGtaacaaggtgccatgttagcacctatttcctgtcagaggacaggttattgtctg
gi|139683 : tgtgactttatgaccccttatccatgttgagtTT---------------ATTAATTCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-T
gi|139683 : A---ATTTT-GTTTTGACAACAATGGACAATTATTtttgacaacaatggacaattatt
Alignments
lowQualScore : 2222 1 444444444444444 1
lowQualScore : 2 1 1111 0 5 5 444444444444444 2 2 4 2 444 7 44 3 4 66666
lowQualScore : . . .... . . . ............... . . . . ... . .. . . .....
lowQualScore : 5 0 2222 7 3 0 111111111111111 4 4 4 5 444 1 44 5 2 22222
consensus : ACGCGTGTTAATTANGGTCATAAA-TATTG-G-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTTTGATAACAAGGTGCNATTATTCGCACCTGTTTCCTGTCGGAGGACAG-----TGTCTGGTT
Reference ( family-889 ) : ACGCGTGTTAATTANGGTCATAAA-TATTG-G-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTTTGATAACAAGGTGCNATTATTCGCACCTGTTTCCTGTCGGAGGACAG-----TGTCTGGTT
gi|139667 : ACACGTGTTAATTAAGGTCATAAA--ATTGAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCTCA-GCTGAG-TAATTTT
gi|139667 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAACTATTCAAATTTATTTCCTGTTGGAAAACAA-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaactattcaaatttatttcctgttggaaaacaatgtctggtt
gi|139668 : taacacgtgttaattaaggtcataaaattgaggggttgtgactttatgacctcttgtctcagctgagtACACGTGTTAATTAAGGTCATAAA--ATTGAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCTCA-GCTGAG-TAATTTT
gi|139668 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAACTATTCAAATTTATTTCCTGTTGGAAAACAA-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaactattcaaatttatttcctgttggaaaacaatgtctggtt
gi|139669 : taacacgtgttaattaaggtcataaaattgaggggttgtgactttatgacctcttgtctcagctgagtACACGTGATAATTATGGTCATAAA--ATTG-AAGGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGTA-AATGAG-TAATTTT
gi|139669 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAATTATTCGCATCTATTTCCTGTTGGAAGACGG-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaattattcgcatctatttcctgttggaagacggtgtctggtt
gi|139670 : taacacgtgataattatggtcataaaattgaagggttgtgactttatgaccccttgtcgtaaatgagtACACGTGTTAATTATGGTCATAAA--GTTGAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCTTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139670 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGCAATTATTCGCACCTATTTCCAGTCTAAAGACAT-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgcaattattcgcacctatttccagtctaaagacattgtctggtt
gi|139671 : taacacgtgttaattatggtcataaagttgaggggttgtgactttatgaccctttgtcgcagttgagtACACGTGTTAATTATGGTCATAAA--ATTGAA-GGGTT-GCGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCGTA-GTTGAG-TTATTTT
gi|139671 : taTTGAGTTATTTT-CTTTAGATAACAAGGTGAAGTTATAAGCATCCATTTCTTGTTGGAAGACAA-----TGTCTGGTTctttagataacaaggtgaagttataagcatccatttcttgttggaagacaatgtctggtt
gi|139672 : taacacgtgttaattatggtcataaaattgaagggttgcgactttatgacctcttgtcgtagACACGTGCTACTTAAGGTCATAAA-C--TG-GAGGGTT-GTGACTTTATGACGGGCCCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-CATGAG-TAATTTT
gi|139672 : taA---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGTGCAATTATTCGCACCTATTGTCTGTTTGAAGACAT-----TGTCTGGTTagttttgataacaaggtgcaattattcgcacctattgtctgtttgaagacattgtctggtt
gi|139673 : taacacgtgctacttaaggtcataaactggagggttgtgactttatgacgggcccctttatgaccccttgtcgcacatgagtACACTTGTTAATTATGGTCATAAA-AAATG-G-GGATT-GTAACAAT---------------ATGACCCCTTATCGCA-TTTGTGTTTGTTTTGATAAG
gi|139673 : TTT-GTTTTGATAAGATGGCGCTGTTTTTCACACCTGTTTCCTGCCAGAGGACAG-----GATATAGTTatggcgctgtttttcacacctgtttcctgccagaggacaggatatagtt
gi|139674 : acacttgttaattatggtcataaaaaatggggattgtaacaatatgaccccttatcgcatttgtgACGCGTGTTAATTATAATTATAAA-TATTG-G-GGGTT-GTGACTCT---------------ATGACCCCTTATCGCG-GTTGAG-TAATTTTG-CAAGGAATTCTATACAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAATGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGCCAGAGGACAG-----GGTATCGTT
gi|139675 : ACTCATGTTAATTAGAATTATAAA-TATTA-A-GGGTT-GAGATTCT---------------ATGACCCCTTTTTGCG-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTATATAGATACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAATGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGTCAAAGGACAG-----TGTATG
gi|139676 : ACGCATGTTAATTATAATCATAAA-TATTG-G-GT-TT-GTGACTCT---------------ATAACACCTTATCGCT-GTCGAG-TAATTTTA-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTT--------ATTTT-GTTATGATAATAATGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGTCAGAGGACAG-----GGTATCGTT
gi|139677 : ACGCGTGTTAAACATAATCATATA-CATTG-G----TT-GAGACTCT---------------ATGATCCCTTATCGCG-GTTGAG-TAATTTTG-CAAGGATTTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAAGGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGTCAGTGGACAG-----
gi|139678 : ATTAAGGTCATAAACTGAAG-G-GGGTTTGTGACTTTTTGCTGCGCTCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139678 : A---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGT---------CGCACCTATTTGCTGTCTGAAGACAT-----TGTCTGGTTagttttgataacaaggtcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggtt
gi|139679 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcctttatgaccccttgtcgcagttgagtATTAAGGTCATAAACTGAAG-G-GGGTTTGTGACTTTTTGCTGCGCTCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139679 : A---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGT---------CGCACCTATTTGCTGTCTGAAGACAT-----TGTCTGGTTagttttgataacaaggtcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggtt
gi|139680 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcctttatgaccccttgtcgcagttgagtATAAA-T--TG-G-GGATT-GTGACTTT---------------ATGA-CCCTTATCGCA-GTTAAG-AAATTTTG-T
gi|139680 : tcgtA---ATTTT-GTTTTAATAACAAGATGGTATT-TTTTCACTGGTTTCCTACCAGAGGACAG-----tttaataacaagatggtattttttcactggtttcctaccagaggacag
gi|139681 : tcgtataaattggggattgtgactttatgacccttatcgcagttaagaATAAA-T--TG-G-GGATT-GTGACTTT---------------ATGA-CCCTTATCGCA-GTTAAG-AAATTTTG-T
gi|139681 : tcgtA---ATTTT-GTTTTAATAACAAGATGGTATT-TTTTCACCGGTTTCCTACCAGACGACAG-----tttaataacaagatggtattttttcaccggtttcctaccagacgacag
gi|139682 : tcgtataaattggggattgtgactttatgacccttatcgcagttaagaT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTATC-CATGTTGAG-TAATTTTG-TAATGA
gi|139682 : A---ATTTT-GTAATGATAACAAGGTGCCAT-GTTAGCACCTATTTCCTGTCAGAGGACAGGTTATTGTCTGtaacaaggtgccatgttagcacctatttcctgtcagaggacaggttattgtctg
gi|139683 : tgtgactttatgaccccttatccatgttgagtTT---------------ATTAATTCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-T
gi|139683 : A---ATTTT-GTTTTGACAACAATGGACAATTATTtttgacaacaatggacaattatt
blockSeqs : A A CTGA A A T ATGACGGGCCCCTTT T T . C GTT A AA A G GTTAT
blockSeqs : A T CTGA A A T TTGCTGCGCTCCTTT . . . C . A AA A G .
blockSeqs : A T AAA A . . TTGCTGCGCTCCTTT . . . . . A CA A T .
blockSeqs : A T TAT . . . . . . . . . AA A G .
blockSeqs : A A TAT . . . . . . . . . CA A T .
blockSeqs : A T TAT . . . . . . . . . CT T A .
blockSeqs : G T CAT . . . . . . . . . CC G A .
blockSeqs : T G AT . . . . . . . . . CC A A .
blockSeqs : G T AT . . . . . . . . CC . A .
blockSeqs : G T GT . . . . . . . . CC . A .
blockSeqs : A AT . . . . . . . . GT . T .
blockSeqs : A C . . . . . . . . GT . T .
blockSeqs : T . . . . . . . . CC . A .
blockSeqs : T . . . . . . . . CA . A .
blockSeqs : . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : AT**
originalCons : ACGCGTGTTAATTANGGTCATAAA-TATTG-G-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTTTGATAACAAGGTGCNATTATTCGCACCTGTTTCCTGTCGGAGGACAG-----TGTCTGGTT
finalCons : ACGCGTGTTAATTANGGTCATAAAAT--TG-G-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTTTGATAACAAGGTGCNATTATTCGCACCTGTTTCCTGTCGGAGGACAG-----TGTCTGGTT
Alignments
lowQualScore : 444444444444444 1
lowQualScore : 2 1 8 8 2 77 8 5 5 444444444444444 2 2 4 2 444 7 44 3 4 66666
lowQualScore : . . . . . .. . . . ............... . . . . ... . .. . . .....
lowQualScore : 5 0 0 0 7 33 0 3 0 111111111111111 4 4 4 5 444 1 44 5 2 22222
consensus : ACGCGTGTTAATTANGGTCATA-AA-AT-T--G-G-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTTTGATAACAAGGTGCNATTATTCGCACCTGTTTCCTGTCGGAGGACAG-----TGTCTGGTT
Reference ( family-889 ) : ACGCGTGTTAATTANGGTCATA-AA-AT-T--G-G-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTTTGATAACAAGGTGCNATTATTCGCACCTGTTTCCTGTCGGAGGACAG-----TGTCTGGTT
gi|139667 : ACACGTGTTAATTAAGGTCATA-AA-AT-T--GAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCTCA-GCTGAG-TAATTTT
gi|139667 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAACTATTCAAATTTATTTCCTGTTGGAAAACAA-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaactattcaaatttatttcctgttggaaaacaatgtctggtt
gi|139668 : taacacgtgttaattaaggtcataaaattgaggggttgtgactttatgacctcttgtctcagctgagtACACGTGTTAATTAAGGTCATA-AA-AT-T--GAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCTCA-GCTGAG-TAATTTT
gi|139668 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAACTATTCAAATTTATTTCCTGTTGGAAAACAA-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaactattcaaatttatttcctgttggaaaacaatgtctggtt
gi|139669 : taacacgtgttaattaaggtcataaaattgaggggttgtgactttatgacctcttgtctcagctgagtACACGTGATAATTATGGTCATA-AA-AT-T--G-AAGGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTGTCGTA-AATGAG-TAATTTT
gi|139669 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGAAATTATTCGCATCTATTTCCTGTTGGAAGACGG-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgaaattattcgcatctatttcctgttggaagacggtgtctggtt
gi|139670 : taacacgtgataattatggtcataaaattgaagggttgtgactttatgaccccttgtcgtaaatgagtACACGTGTTAATTATGGTCATA-AA-GT-T--GAG-GGGTT-GTGACTTT---------------ATGACCCTTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139670 : taA---ATTTT-CTTTTGATAACAAGGTGCAATTATTCGCACCTATTTCCAGTCTAAAGACAT-----TGTCTGGTTcttttgataacaaggtgcaattattcgcacctatttccagtctaaagacattgtctggtt
gi|139671 : taacacgtgttaattatggtcataaagttgaggggttgtgactttatgaccctttgtcgcagttgagtACACGTGTTAATTATGGTCATA-AA-AT-T--G-AAGGGTT-GCGACTTT---------------ATGACCTCTTGTCGTA-GTTGAG-TTATTTT
gi|139671 : taTTGAGTTATTTT-CTTTAGATAACAAGGTGAAGTTATAAGCATCCATTTCTTGTTGGAAGACAA-----TGTCTGGTTctttagataacaaggtgaagttataagcatccatttcttgttggaagacaatgtctggtt
gi|139672 : taacacgtgttaattatggtcataaaattgaagggttgcgactttatgacctcttgtcgtagACACGTGCTACTTAAGGTCATA-AA-CT-G--G-A-GGGTT-GTGACTTTATGACGGGCCCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-CATGAG-TAATTTT
gi|139672 : taA---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGTGCAATTATTCGCACCTATTGTCTGTTTGAAGACAT-----TGTCTGGTTagttttgataacaaggtgcaattattcgcacctattgtctgtttgaagacattgtctggtt
gi|139673 : taacacgtgctacttaaggtcataaactggagggttgtgactttatgacgggcccctttatgaccccttgtcgcacatgagtACACTTGTTAATTATGGTCATA-AA-AAAT--G-G-GGATT-GTAACAAT---------------ATGACCCCTTATCGCA-TTTGTGTTTGTTTTGATAAG
gi|139673 : TTT-GTTTTGATAAGATGGCGCTGTTTTTCACACCTGTTTCCTGCCAGAGGACAG-----GATATAGTTatggcgctgtttttcacacctgtttcctgccagaggacaggatatagtt
gi|139674 : acacttgttaattatggtcataaaaaatggggattgtaacaatatgaccccttatcgcatttgtgACGCGTGTTAATTATAATTATA-AATAT-T--G-G-GGGTT-GTGACTCT---------------ATGACCCCTTATCGCG-GTTGAG-TAATTTTG-CAAGGAATTCTATACAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAATGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGCCAGAGGACAG-----GGTATCGTT
gi|139675 : ACTCATGTTAATTAGAATTATA-AATAT-T--A-A-GGGTT-GAGATTCT---------------ATGACCCCTTTTTGCG-GTTGAG-TAATTTTG-TAAGGAATTATATAGATACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAATGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGTCAAAGGACAG-----TGTATG
gi|139676 : ACGCATGTTAATTATAATCATA-AATAT-T--G-G-GT-TT-GTGACTCT---------------ATAACACCTTATCGCT-GTCGAG-TAATTTTA-TAAGGAATTCTATAGAGACTTTATACAAGTT--------ATTTT-GTTATGATAATAATGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGTCAGAGGACAG-----GGTATCGTT
gi|139677 : ACGCGTGTTAAACATAATCATATAC-AT-T--G-G----TT-GAGACTCT---------------ATGATCCCTTATCGCG-GTTGAG-TAATTTTG-CAAGGATTTCTATAGAGACTTTATACAAGTCCTTGA---ATTTT-GTTATGATAACAAGGTGCCATT-TTCGCACCTGTTTCCTGTCAGTGGACAG-----
gi|139678 : ATTAAGGTCATA-AA-CT-GAAG-G-GGGTTTGTGACTTTTTGCTGCGCTCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139678 : A---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGT---------CGCACCTATTTGCTGTCTGAAGACAT-----TGTCTGGTTagttttgataacaaggtcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggtt
gi|139679 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcctttatgaccccttgtcgcagttgagtATTAAGGTCATA-AA-CT-GAAG-G-GGGTTTGTGACTTTTTGCTGCGCTCCTTTATGACCCCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTT
gi|139679 : A---ATTTTAGTTTTGATAACAAGGT---------CGCACCTATTTGCTGTCTGAAGACAT-----TGTCTGGTTagttttgataacaaggtcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggtt
gi|139680 : attaaggtcataaactgaagggggtttgtgactttttgctgcgctcctttatgaccccttgtcgcagttgagtTCGTATAA-AT-T--G-G-GGATT-GTGACTTT---------------ATGA-CCCTTATCGCA-GTTAAG-AAATTTTG-T
gi|139680 : A---ATTTT-GTTTTAATAACAAGATGGTATT-TTTTCACTGGTTTCCTACCAGAGGACAG-----tttaataacaagatggtattttttcactggtttcctaccagaggacag
gi|139681 : tcgtataaattggggattgtgactttatgacccttatcgcagttaagaTCGTATAA-AT-T--G-G-GGATT-GTGACTTT---------------ATGA-CCCTTATCGCA-GTTAAG-AAATTTTG-T
gi|139681 : A---ATTTT-GTTTTAATAACAAGATGGTATT-TTTTCACCGGTTTCCTACCAGACGACAG-----tttaataacaagatggtattttttcaccggtttcctaccagacgacag
gi|139682 : tcgtataaattggggattgtgactttatgacccttatcgcagttaagaT-GTGACTTT---------------ATGACCCCTTATC-CATGTTGAG-TAATTTTG-TAATGA
gi|139682 : A---ATTTT-GTAATGATAACAAGGTGCCAT-GTTAGCACCTATTTCCTGTCAGAGGACAGGTTATTGTCTGtaacaaggtgccatgttagcacctatttcctgtcagaggacaggttattgtctg
gi|139683 : tgtgactttatgaccccttatccatgttgagtTT---------------ATTAATTCTTGTCGCA-GTTGAG-TAATTTTG-T
gi|139683 : A---ATTTT-GTTTTGACAACAATGGACAATTATTtttgacaacaatggacaattatt