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lowQualScore                  :             4 1   2        33   7   1 5    33      5   0000000000   8888 2  444 2      33 2       55     2  22222222222222222222222     99         3 3   3   3     
lowQualScore                  :             . .   .        ..   .   . .    ..      .   ..........   .... .  ... .      .. .       ..     .  .......................     ..         . .   .   .     
lowQualScore                  :             7 0   7        77   1   4 5    44      1   9999999999   8888 5  444 5      44 5       99     5  55555555555555555555555     44         3 1   1   3     
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Reference ( gi|131562 )       : CCTACCACAATGATTAGG-TTGGGTGA--GGTTAGCGGAGTCA--GCATATGCGT----------TGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AACGGCATAGCTGCAATA-TAC-ATA-AAACA
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gi|131567                     : CCTAACACAATGATTAGG-TTGGGTGA--AGTTAGCGGAGTCC--GCATATGCGT----------TGT----C-TC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAATC-AC-------T-------T-------CACGGCGTAACTGCAAAA-TAC-ATA-AAACA
gi|131566                     : CCTACTACAATGATCAGG-TTGGGTGA--GGTGAGTGGAGTCA--GCATATACGT----------TGT----C-CC---T-ACATGT--A-TTTTGAT--AAAAA-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCTGCAAGA-AAC-ATA-AACCA
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gi|131564                     : CCTACTACAATGATTAGG-TTTGGTGA--GGTGAGTGGGGTCA--GCATATACGT----------TGT----C-CC---A-ACATGC--A-TTTTGATAAAAAAA-AC-------T-------T-------GACGGTGTAGCTGCAAGA-TAC-ATG-AAACA
gi|131565                     : CCTACTGCAATTATCAGG-TTGGGTAA--GGTGAGTGGGGTCA--CCATATACGT----------TGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--CAAAA-AC-------T-------T-------AACAGTGTAGCTGCAAGA-TAC-ATA-AAACA
gi|131569                     : CCTACTAAAATGATCAGG-TTGGGTGA--GGTGAGTGGGGCAA--GCATATCCGT----------TGT----C-CC---A-ACATGT--A-TGTTGAT--CAAAA-AC-------T-------T-------AACAGTGTAGCTGCAAGA-TACAATA-
gi|131570                     : CCTACAA-AATGTTTAGG-TTGGATGA--GGTTCGCGGGATCA--GCATATACGT----------TAT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------A-------AACGG
gi|131571                     : CCTACCACAATGATCAGG-TTGAGTGA--GGT-------------G-AT-TACGC----------TGT----G-CC---A-ACGTGT--G-TTTT----------------------------T-------GACGGTGTAACTGTAAGA-TGC-ATA-AAACAtgaag
gi|131572                     : CCTTCCGCAATGTTCAGG-TTGGGTGA--GGCGGGT-GAGTCATGATATATACAT----------TGTCC--C-CC---ATACACGT----TTTT-AT--TAAAA-AC-------T-------T-------
gi|131573                     : CCCACACCAATGTTCAGG-TTGGGTGAAGGGTT--C----TTG--GCCT---CCT----------TGT----C-CCCATA-ACATTTTGA-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AA-GTTGTGGCTGCgtaaaataacgatgaagctgggtaagaatcatataaaca
gi|131574                     :  CTCCCGCAATGTACAGT-TTGGGTGA--GTTTGGCGGGGCCA--GTATATATATATATATATATTGT----C-AC---A-ACATTT--A-TTTTCAT--TAAAA-CC-------G-------TGTAAATAAACGATGTAGCTGCAAGA-GAT-ATA-
gi|131575                     :     CCACAATGTTCAGG-TTGGGTGA--GGTGAGTCGGGTAA--CTATATACGA----------TGT----C-CC---A-GCATAT--ATTTTTTAT--TAAAG-ACTTGTGATT-------T-------AACGGTATAGCTGTAAGA-TAT-ATA-CAA
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gi|131577                     :          ATGTTCAGA-TTTGATGA--GGTGAGCAGGGTCA--GCATATATGC----------TGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGATA-AAAAA-AC-------G-------T-------AATGGTGTAGTTGCAAGA-TCC-A
gi|131578                     :                                  AGCGGGGTCA--GCATATACGT----------TGT----C-CC---A-TCATGT--C-TTTTGAT--TAGAC-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCTGCAAGA-TAC-ATA-AAACA





Alignments
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lowQualScore                  :             1                0         33 33 0000000000            8888 2  444 2      33 2       55     2  88888888888888888888888            33      2   2   5     
lowQualScore                  :             .                .         .. .. ..........            .... .  ... .      .. .       ..     .  .......................            ..      .   .   .     
lowQualScore                  :             0                9         22 22 3333333333            2222 4  111 4      22 4       66     4  44444444444444444444444            44      7   7   7     
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Reference ( family-882 )      : CCTACCACAATGNTCAGGTTGGGTGAGGTGAGCGGGGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-AAACA
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gi|131563                     : CCTACTACAATGATCAGGTTGGGTGAGGTGAGTGGGGTT--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGA---TAAAA-AC-------T-------T-------ATCGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-GAATA
gi|131564                     : CCTACTACAATGATTAGGTTTGGTGAGGTGAGTGGGGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGC--A-TTTTGATAAAAAAA-AC-------T-------T-------GACGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATG-AAACA
gi|131565                     : CCTACTGCAATTATCAGGTTGGGTAAGGTGAGTGGGGTC--A--C----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--CAAAA-AC-------T-------T-------AACAGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-AAACA
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gi|131568                     : CCTACCACAATGATTAGATTAGGTGGTGTTAGCGGAAAC--A--G----------CATATGCGCTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TCAAA-AC-------T-------T-------AACGGCGTAGCT--GCAATG-TAC-ATA-AAACA
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gi|131571                     : CCTACCACAATGATCAGGTTGAGTGAGGTGA--------------------------T-TACGCTGT----G-CC---A-ACGTGT--G-TTTT----------------------------T-------GACGGTGTAACT--GTAAGA-TGC-ATA-AAACA
gi|131572                     : CCTTCCGCAATGTTCAGGTTGGGTGAGGCGGGT-GAGTC--ATGA----------TATATACATTGTCC--C-CC---ATACACGT----TTTT-AT--TAAAA-AC-------TTGTAAAAT-------AACGATGAAGCTGGGTAAGA-ATC-ATATAAACA
gi|131573                     : CCCACACCAATGTTCAGGTTGGGTGAAG------GGTTCTTG--G----------CCT---CCTTGT----C-CCCATA-ACATTTTGA-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AA-GTTGTGGCT--GC
gi|131574                     :  CTCCCGCAATGTACAGTTTGGGTGAGTTTGGCGGGGCC--A--GTATATATATATATATATATTGT----C-AC---A-ACATTT--A-TTTTCAT--TAAAA-CC-------G-------TGTAAATAAACGATGTAGCT--GCAAGA-GAT-ATA-
gi|131575                     :     CCACAATGTTCAGGTTGGGTGAGGTGAGTCGGGTA--A--C----------TATATACGATGT----C-CC---A-GCATAT--ATTTTTTAT--TAAAG-ACTTGTGATT-------T-------AACGGTATAGCT--GTAAGA-TAT-ATA-CAA
gi|131576                     :      CACAATGTTAACCTTGAGTGAGGTTGGCAGG-TC--A--G----------TATATATTTTGTATACCGCC---G-GCATAT--A-TTTTGAT--TAAAAGAC-------TTGTAAAAT-------AAGGGTTTAGTT--GGGAGAGCAC-ATATAAACA
gi|131577                     :          ATGTTCAGATTTGATGAGGTGAGCAGGGTC--A--G----------CATATATGCTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGATA-AAAAA-AC-------G-------T-------AATGGTGTAGTT--GCAAGA-TCC-A
gi|131578                     :                               AGCGGGGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-TCATGT--C-TTTTGAT--TAGAC-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-AAACA





Alignments
lowQualScore                  :                                              1111111111                                                    11111111111111111111111                                  
lowQualScore                  :             1                0         33 33 0000000000            8888 2  444 2      33 2       55     2  88888888888888888888888            33      2   2   5     
lowQualScore                  :             .                .         .. .. ..........            .... .  ... .      .. .       ..     .  .......................            ..      .   .   .     
lowQualScore                  :             0                9         22 22 3333333333            2222 4  111 4      22 4       66     4  44444444444444444444444            44      7   7   7     
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Reference ( family-882 )      : CCTACCACAATGNTCAGGTTGGGTGAGGTGAGCGGGGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-AAACA
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gi|131573                     : CCCACACCAATGTTCAGGTTGGGTGAAG------GGTTCTTG--G----------CCT---CCTTGT----C-CCCATA-ACATTTTGA-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AA-GTTGTGGCT--GC
gi|131574                     :  CTCCCGCAATGTACAGTTTGGGTGAGTTTGGCGGGGCC--A--GTATATATATATATATATATTGT----C-AC---A-ACATTT--A-TTTTCAT--TAAAA-CC-------G-------TGTAAATAAACGATGTAGCT--GCAAGA-GAT-ATA-
gi|131575                     :     CCACAATGTTCAGGTTGGGTGAGGTGAGTCGGGTA--A--C----------TATATACGATGT----C-CC---A-GCATAT--ATTTTTTAT--TAAAG-ACTTGTGATT-------T-------AACGGTATAGCT--GTAAGA-TAT-ATA-CAA
gi|131576                     :      CACAATGTTAACCTTGAGTGAGGTTGGCAGG-TC--A--G----------TATATATTTTGTATACCGCC---G-GCATAT--A-TTTTGAT--TAAAAGAC-------TTGTAAAAT-------AAGGGTTTAGTT--GGGAGAGCAC-ATATAAACA
gi|131577                     :          ATGTTCAGATTTGATGAGGTGAGCAGGGTC--A--G----------CATATATGCTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGATA-AAAAA-AC-------G-------T-------AATGGTGTAGTT--GCAAGA-TCC-A
gi|131578                     :                               AGCGGGGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-TCATGT--C-TTTTGAT--TAGAC-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-AAACA


blockSeqs                     :             A                          TT TG TATATATATA            ATAC G  CAT T      TG T       AA     G  TTGTAAAAT                          GG      G   A   T
blockSeqs                     :             A                          .  .  .                     CC   .  .   .      .  .       A      .  GTGTAAATA                          .       .   .   T
blockSeqs                     :             A                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TTGTGATTT                          .       .   .   .
blockSeqs                     :             A                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TTGTAAAAT                          .       .   .   .
blockSeqs                     :             A                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TT                                 .       .   .   .
blockSeqs                     :             A                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TT                                 .       .   .   .
blockSeqs                     :             A                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TT                                 .       .   .   .
blockSeqs                     :             T                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TT                                 .       .   .   .
blockSeqs                     :             A                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TT                                 .       .   .   .
blockSeqs                     :             T                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TT                                 .       .   .   .
blockSeqs                     :             T                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TT                                 .       .   .   .
blockSeqs                     :             T                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TA                                 .       .   .   .
blockSeqs                     :             T                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TT                                 .       .   .   .
blockSeqs                     :             T                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  GT                                 .       .   .    
blockSeqs                     :             T                          .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  TT                                 .                
blockSeqs                     :                                        .  .  .                     .    .  .   .      .  .       .      .  T                                                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CCTACCACAATGNTCAGGTTGGGTGAGGTGAGCGGGGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-AAACA
finalCons                     : CCTACCACAATGNTCAGGTTGGGTGAGGTGAGCGGGGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-AAACA





Alignments
lowQualScore                  :                                              1111111111                                                    11111111111111111111111                                  
lowQualScore                  :             1                0         33 33 0000000000            8888 2  444 2      33 2       55     2  88888888888888888888888            33      2   2   5     
lowQualScore                  :             .                .         .. .. ..........            .... .  ... .      .. .       ..     .  .......................            ..      .   .   .     
lowQualScore                  :             0                9         22 22 3333333333            2222 4  111 4      22 4       66     4  44444444444444444444444            44      7   7   7     
consensus                     : CCTACCACAATGNTCAGGTTGGGTGAGGTGAGCGGGGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-AAACA
Reference ( family-882 )      : CCTACCACAATGNTCAGGTTGGGTGAGGTGAGCGGGGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-AAACA
gi|131562                     : CCTACCACAATGATTAGGTTGGGTGAGGTTAGCGGAGTC--A--G----------CATATGCGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AACGGCATAGCT--GCAATA-TAC-ATA-AAACA
gi|131563                     : CCTACTACAATGATCAGGTTGGGTGAGGTGAGTGGGGTT--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGA---TAAAA-AC-------T-------T-------ATCGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-GAATA
gi|131564                     : CCTACTACAATGATTAGGTTTGGTGAGGTGAGTGGGGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGC--A-TTTTGATAAAAAAA-AC-------T-------T-------GACGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATG-AAACA
gi|131565                     : CCTACTGCAATTATCAGGTTGGGTAAGGTGAGTGGGGTC--A--C----------CATATACGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--CAAAA-AC-------T-------T-------AACAGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-AAACA
gi|131566                     : CCTACTACAATGATCAGGTTGGGTGAGGTGAGTGGAGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---T-ACATGT--A-TTTTGAT--AAAAA-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCT--GCAAGA-AAC-ATA-AACCA
gi|131567                     : CCTAACACAATGATTAGGTTGGGTGAAGTTAGCGGAGTC--C--G----------CATATGCGTTGT----C-TC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAATC-AC-------T-------T-------CACGGCGTAACT--GCAAAA-TAC-ATA-AAACA
gi|131568                     : CCTACCACAATGATTAGATTAGGTGGTGTTAGCGGAAAC--A--G----------CATATGCGCTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TCAAA-AC-------T-------T-------AACGGCGTAGCT--GCAATG-TAC-ATA-AAACA
gi|131569                     : CCTACTAAAATGATCAGGTTGGGTGAGGTGAGTGGGGCA--A--G----------CATATCCGTTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TGTTGAT--CAAAA-AC-------T-------T-------AACAGTGTAGCT--GCAAGA-TACAATA-
gi|131570                     : CCTACAA-AATGTTTAGGTTGGATGAGGTTCGCGGGATC--A--G----------CATATACGTTAT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------A-------AACGGTGAAG
gi|131571                     : CCTACCACAATGATCAGGTTGAGTGAGGTGA--------------------------T-TACGCTGT----G-CC---A-ACGTGT--G-TTTT----------------------------T-------GACGGTGTAACT--GTAAGA-TGC-ATA-AAACA
gi|131572                     : CCTTCCGCAATGTTCAGGTTGGGTGAGGCGGGT-GAGTC--ATGA----------TATATACATTGTCC--C-CC---ATACACGT----TTTT-AT--TAAAA-AC-------TTGTAAAAT-------AACGATGAAGCTGGGTAAGA-ATC-ATATAAACA
gi|131573                     : CCCACACCAATGTTCAGGTTGGGTGAAG------GGTTCTTG--G----------CCT---CCTTGT----C-CCCATA-ACATTTTGA-TTTTGAT--TAAAA-AC-------T-------T-------AA-GTTGTGGCT--GC
gi|131574                     :  CTCCCGCAATGTACAGTTTGGGTGAGTTTGGCGGGGCC--A--GTATATATATATATATATATTGT----C-AC---A-ACATTT--A-TTTTCAT--TAAAA-CC-------G-------TGTAAATAAACGATGTAGCT--GCAAGA-GAT-ATA-
gi|131575                     :     CCACAATGTTCAGGTTGGGTGAGGTGAGTCGGGTA--A--C----------TATATACGATGT----C-CC---A-GCATAT--ATTTTTTAT--TAAAG-ACTTGTGATT-------T-------AACGGTATAGCT--GTAAGA-TAT-ATA-CAA
gi|131576                     :      CACAATGTTAACCTTGAGTGAGGTTGGCAGG-TC--A--G----------TATATATTTTGTATACCGCC---G-GCATAT--A-TTTTGAT--TAAAAGAC-------TTGTAAAAT-------AAGGGTTTAGTT--GGGAGAGCAC-ATATAAACA
gi|131577                     :          ATGTTCAGATTTGATGAGGTGAGCAGGGTC--A--G----------CATATATGCTGT----C-CC---A-ACATGT--A-TTTTGATA-AAAAA-AC-------G-------T-------AATGGTGTAGTT--GCAAGA-TCC-A
gi|131578                     :                               AGCGGGGTC--A--G----------CATATACGTTGT----C-CC---A-TCATGT--C-TTTTGAT--TAGAC-AC-------T-------T-------AACGGTGTAGCT--GCAAGA-TAC-ATA-AAACA