lowQualScore                  :                111                           1                                                                                  222222            11111                                                                         
lowQualScore                  :                666                           4         8 2      33    5   444   6     7        2            33    444     5555  333333            11111   66666     33 5           777777        6                      2       
lowQualScore                  :                ...                           .         . .      ..    .   ...   .     .        .            ..    ...     ....  ......            .....   .....     .. .           ......        .                      .       
lowQualScore                  :                333                           4         7 5      44    4   444   8     5        5            44    444     7777  333333            88888   77777     77 0           777777        6                      3       
consensus                     : CTTTGATTAGTAATAC-CGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA---ACACTAAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGA---TCATG----TC----A-TGTTAGTACGCTA----TTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
Reference ( gi|87016 )        : CTTTGATTAGTAATAA-TGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTGTAGTGTTTCGT-GTTTAA--TAAAATAA---ACATTAAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGA---TCATG----TC----C-TGTTAGTACGCTG----TTG-----AAACA--CACGATATGTTTT------AAAATAGACATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCATTCA
gi|87015                      : CTTTGATTAGTAATAC-CACAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTTTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TACAGTAA---ACACTAAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGA---TCATG----TC----A-TGTTAATACTTTA----TTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGAGAAAAGTCACTCA
gi|87017                      : CTTTGATTAGTAACAT-CGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCATCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA---ACACTAAAA-CATTAACA-AACTATTTGTTA--CAGA---TCATG----TC----A-TGTTTGTACTCTA----TTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGAAATTCAACAATACAATGTGCAAAATCATTCAta
gi|87019                      : CTTTGATTAGTAACAA-CGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA---ACACTAAAA-CATTAACA-AGCTATTTGTTA--AAGA---TCATG----TC----A-TGTTTGTACGTTA----TTG-----AAACA--AGCGATATGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCAta
gi|87018                      : CTTTGATTAGTAATAC-CGCAATTATCTAAA-CTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAAAATAAATTTA---ACATTAAAA-TATTCACA-AAATATTTCATA--CATA---TCATG----TC----A-TGTTAGTACGCTA----TTG-----ACACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATATAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
gi|87020                      : CTTTTATTAGTAATAC-CGCAATTATCTAAAGTTTTTTATTGCTTCAAGTGTTTCAT-ATTTTA--TAAAATAA---ACACTAAAA-CATTCACA-AGCTTTTTGTTA--CAGA---TCATG----TC----A-TGTTAGTACGCAA----TTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCAta
gi|87021                      : CTTTGATTAGT-ATAACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGCGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGT------TATT-AAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--TAGA---TCATA----TC----A-TGTTAGCACGCTA----TTGAAGCAAAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAAATATTTAACAATAAAATGTTCATAACCATTCAta
gi|87022                      : CTTTGATTTGTAATAC-CGC---TATCTA----------TTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--CAAAGTAA---ACACTAAAA-CGTTCACA-AAATATTTCTTA--CAGA---TCATG----TCACGTCATGTTAGTACTCTA----TTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATGCAATGTGCAAAGTCACTCta
gi|87023                      : CTTTGATTAGTAATAC-GGCAATTATCTAAATCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAA-GTTTTA--TAAAGTAA---ACACTAAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGA---TCATG----TC----A-TGTTA----------------------ACA--CGCAATATGTTTT------AAAATAGATTTTTAACAATACAATGTGCActa
gi|87024                      : CTTTCCTTAGCAATAC-CACAATGATCTAAAGCTTGATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--T-----------------------TCACA-AAAT--TTCTTA--CAGA---TCATG----TC----A-TGTTAGTACGGTA----TTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAATGAGATATTTAGCAATACAATGTGTAAAATCATTCAttcata
gi|87025                      : CTTTGATTAGTAATAC-CGCAATTATCTAATGCTTTATATTCATTCTATTG----AT-ATTTAA--CAAAACAATGTGCA--AAAT-CATTCATATCAATATta
gi|87026                      :  TTTAATTAGTAATAC-TGCAATTATCTAAAGCTTTTTATTCATTCTAGTTTTTCAT-GTTTAA--TGAAGTAA---ACACTAAAA-CATTCACA-AAACGTTTCTTA--TAGA---TCATG----TC----A-TGTTAGTACGCGA----TTG-----AAACT--CGCGGTATG-TTC------AAAATAGATACTTAACAATACAATGTGCAAAACCATT
gi|87027                      :  TTTGATAAGTTATAC-TGCAATTATCTAAAGTTTTATATTCCTGCTAGTGTTTCAT-G---------AAGTAA---ACACTAAAAACATTCACA-AAATATATCTTA--CAGA---TCATG----TC------TATTAGCACGCTA----TTG-----AAACA--CGCTATATGTTTT------GAAATAGATATTTAACAATACAATGTTCAAAATCATTCAgata
gi|87028                      :  TTTGATAAGTAATAC-TGCATTAATCTCAAGCTTTATATTCCTTATAGTTTTTTTTTGTTTAA--TGAAGTAA----CACTAAAAACAGTCACA-AACTATTTCTTA--CAGA---TCATAATTATC----A-TGTAAGAACGCTA----TTG-----AAACA--CGCGATAGGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATTTGAAAACTCATTta
gi|87029                      :  TTTGATTAGTCATAC-TGCAATTATCTCATGCTTTATAT----------ATTTC-----TTCA--TGAAGTAA---ATACTAAAAACATTCACA-AAACATTTCTTATACAGA---TCATG----TC----A-TGTTA------------TTG-----AAACA--CGATATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACGATACAATGTGCAAAATCATTCAgata
gi|87030                      :  TTTTATTAGTAATAC-CGCAATTATCTAAAGCTTTGTATTTCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTGA---ACACTAAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGA---ta
gi|87031                      :                 -TGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCAAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA---ACACTTAAA-TATTCACA-AAATATTCCTTT--CAGA---TCATG----TC----A-TGTTAGTACGCTA----TTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCACTCAaaatagatatttaacaatacaatgtgcaaaatcattcata
gi|87030                      :                                                                                                 tgcTATTTCTTC--TAGTGTTTCATG----T---------TTAATAAAGTGAACACTA-----AAACATTCACAAAATATTTCTTACAGAAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCAta
gi|87025                      :                                                                                                                                                          ttttattagtaataccgcaattatctaaagctttgATTGATATTTAACAAAACAATGTGCAAAATCATTCAta





Alignments
lowQualScore                  :                                                                               2      33        2     2    4        2            33        66666 5555       777777   33         66666     33             777777                                       
lowQualScore                  :                                                                               .      ..        .     .    .        .            ..        ..... ....       ......   ..         .....     ..             ......                                       
lowQualScore                  :                                                                               4      22        4     4    7        4            22        22222 3333       222222   44         22222     44             222222                                       
consensus                     :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
Reference ( family-881 )      :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
gi|87015                      :                       CTTTGATTAGTAATACCACAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTTTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TACAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AAT--ACTTTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGAGAAAAGTCACTCA
gi|87016                      :                       CTTTGATTAGTAATAATGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTGTAGTGTTTCGT-GTTTAA--TAAAATAA-ACATT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCCTGTT------AGT--ACGCTGTTG-----AAACA--CACGATATGTTTT------AAAATAGACATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCATTCAta
gi|87017                      :                       CTTTGATTAGTAACATCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCATCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTAACA-AACTATTTGTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------TGT--ACTCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGAAATTCAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
gi|87018                      :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAAA-CTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAAAATAAATTTA-ACATT-AAAA-TATTCACA-AAATATTTCATA--CATATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----ACACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATATAACAATACAATGTGCAAAATCATTCAta
gi|87019                      :                       CTTTGATTAGTAACAACGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTAACA-AGCTATTTGTTA--AAGATCAT-----G----TCATGTT------TGT--ACGTTATTG-----AAACA--AGCGATATGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCAta
gi|87020                      :                       CTTTTATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGTTTTTTATTGCTTCAAGTGTTTCAT-ATTTTA--TAAAATAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AGCTTTTTGTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCAATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
gi|87021                      :                       CTTTGATTAGTATAACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGCGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGT----TATT--AAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--TAGATCAT-----A----TCATGTT------AGC--ACGCTATTGAAGCAAAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAAATATTTAACAATAAAATGTTCATAACCATTCAta
gi|87022                      :                       CTTTGATTTGTAATACCGC---TATC----------TATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--CAAAGTAA-ACACT-AAAA-CGTTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCATGTCACG----TCATGTT------AGT--ACTCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATGCAATGTGCAAAGTCACTCta
gi|87023                      :                       CTTTGATTAGTAATACGGCAATTATCTAAATCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAA-GTTTTA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------A--------------------ACA--CGCAATATGTTTT------AAAATAGATTTTTAACAATACAATGTGCActa
gi|87024                      :                       CTTTCCTTAGCAATACCACAATGATCTAAAGCTTGATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--T----------------------TCACA-AAAT--TTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGGTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAATGAGATATTTAGCAATACAATGTGTAAAATCATTCAttcata
gi|87025                      :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAATGCTTTATATTCATTCTATTG----AT-ATTTAA--CAAAACAATGTGCA-AAAT-CATTCATATCAATATta
gi|87026                      :                        TTTAATTAGTAATACTGCAATTATCTAAAGCTTTTTATTCATTCTAGTTTTTCAT-GTTTAA--TGAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAACGTTTCTTA--TAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCGATTG-----AAACT--CGCGGTATG-TTC------AAAATAGATACTTAACAATACAATGTGCAAAACCATT
gi|87027                      :                        TTTGATAAGTTATACTGCAATTATCTAAAGTTTTATATTCCTGCTAGTGTTTCAT-G---------AAGTAA-ACACTAAAAA-CATTCACA-AAATATATCTTA--CAGATCAT-----G----TC-TATT------AGC--ACGCTATTG-----AAACA--CGCTATATGTTTT------GAAATAGATATTTAACAATACAATGTTCAAAATCATTCAgata
gi|87028                      :                        TTTGATAAGTAATACTGCATTAATCTCAAGCTTTATATTCCTTATAGTTTTTTTTTGTTTAA--TGAAGTAA--CACT-AAAAACAGTCACA-AACTATTTCTTA--CAGATCAT-----AATTATCATGTA------AGA--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATAGGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATTTGAAAACTCATTta
gi|87029                      :                        TTTGATTAGTCATACTGCAATTATCTCATGCTTTATAT----------ATTTC-----TTCA--TGAAGTAA-ATACT-AAAAACATTCACA-AAACATTTCTTATACAGATCAT-----G----TCATGTT------A----------TTG-----AAACA--CGATATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACGATACAATGTGCAAAATCATTCAgata
gi|87030                      :                        TTTTATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGCTTTGTATTTCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTGA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGAta
gi|87030                      :                                                                                                                        TATTTCTTC--TAG--TGT-----T----TCATGTTTAATAAAGTGAACACTA--------AAACATTCACAAAATATTTCTTACAGAAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCAaaatagatatttaacaatacaatgtgcaaaatcattcata
gi|87031                      : ttttattagtaataccgcaattatctaaagctttgTGCTGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCAAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-TAAA-TATTCACA-AAATATTCCTTT--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCACTCAta





Alignments
lowQualScore                  :                                                                               2      33        2     2    4        2            33        66666 5555       777777   33         66666     33             777777                                       
lowQualScore                  :                                                                               .      ..        .     .    .        .            ..        ..... ....       ......   ..         .....     ..             ......                                       
lowQualScore                  :                                                                               4      22        4     4    7        4            22        22222 3333       222222   44         22222     44             222222                                       
consensus                     :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
Reference ( family-881 )      :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
gi|87015                      :                       CTTTGATTAGTAATACCACAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTTTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TACAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AAT--ACTTTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGAGAAAAGTCACTCA
gi|87016                      :                       CTTTGATTAGTAATAATGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTGTAGTGTTTCGT-GTTTAA--TAAAATAA-ACATT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCCTGTT------AGT--ACGCTGTTG-----AAACA--CACGATATGTTTT------AAAATAGACATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCATTCAta
gi|87017                      :                       CTTTGATTAGTAACATCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCATCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTAACA-AACTATTTGTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------TGT--ACTCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGAAATTCAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
gi|87018                      :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAAA-CTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAAAATAAATTTA-ACATT-AAAA-TATTCACA-AAATATTTCATA--CATATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----ACACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATATAACAATACAATGTGCAAAATCATTCAta
gi|87019                      :                       CTTTGATTAGTAACAACGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTAACA-AGCTATTTGTTA--AAGATCAT-----G----TCATGTT------TGT--ACGTTATTG-----AAACA--AGCGATATGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCAta
gi|87020                      :                       CTTTTATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGTTTTTTATTGCTTCAAGTGTTTCAT-ATTTTA--TAAAATAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AGCTTTTTGTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCAATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
gi|87021                      :                       CTTTGATTAGTATAACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGCGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGT----TATT--AAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--TAGATCAT-----A----TCATGTT------AGC--ACGCTATTGAAGCAAAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAAATATTTAACAATAAAATGTTCATAACCATTCAta
gi|87022                      :                       CTTTGATTTGTAATACCGC---TATC----------TATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--CAAAGTAA-ACACT-AAAA-CGTTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCATGTCACG----TCATGTT------AGT--ACTCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATGCAATGTGCAAAGTCACTCta
gi|87023                      :                       CTTTGATTAGTAATACGGCAATTATCTAAATCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAA-GTTTTA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------A--------------------ACA--CGCAATATGTTTT------AAAATAGATTTTTAACAATACAATGTGCActa
gi|87024                      :                       CTTTCCTTAGCAATACCACAATGATCTAAAGCTTGATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--T----------------------TCACA-AAAT--TTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGGTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAATGAGATATTTAGCAATACAATGTGTAAAATCATTCAttcata
gi|87025                      :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAATGCTTTATATTCATTCTATTG----AT-ATTTAA--CAAAACAATGTGCA-AAAT-CATTCATATCAATATta
gi|87026                      :                        TTTAATTAGTAATACTGCAATTATCTAAAGCTTTTTATTCATTCTAGTTTTTCAT-GTTTAA--TGAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAACGTTTCTTA--TAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCGATTG-----AAACT--CGCGGTATG-TTC------AAAATAGATACTTAACAATACAATGTGCAAAACCATT
gi|87027                      :                        TTTGATAAGTTATACTGCAATTATCTAAAGTTTTATATTCCTGCTAGTGTTTCAT-G---------AAGTAA-ACACTAAAAA-CATTCACA-AAATATATCTTA--CAGATCAT-----G----TC-TATT------AGC--ACGCTATTG-----AAACA--CGCTATATGTTTT------GAAATAGATATTTAACAATACAATGTTCAAAATCATTCAgata
gi|87028                      :                        TTTGATAAGTAATACTGCATTAATCTCAAGCTTTATATTCCTTATAGTTTTTTTTTGTTTAA--TGAAGTAA--CACT-AAAAACAGTCACA-AACTATTTCTTA--CAGATCAT-----AATTATCATGTA------AGA--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATAGGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATTTGAAAACTCATTta
gi|87029                      :                        TTTGATTAGTCATACTGCAATTATCTCATGCTTTATAT----------ATTTC-----TTCA--TGAAGTAA-ATACT-AAAAACATTCACA-AAACATTTCTTATACAGATCAT-----G----TCATGTT------A----------TTG-----AAACA--CGATATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACGATACAATGTGCAAAATCATTCAgata
gi|87030                      :                        TTTTATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGCTTTGTATTTCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTGA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGAta
gi|87030                      :                                                                                                                        TATTTCTTC--TAG--TGT-----T----TCATGTTTAATAAAGTGAACACTA--------AAACATTCACAAAATATTTCTTACAGAAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCAaaatagatatttaacaatacaatgtgcaaaatcattcata
gi|87031                      : ttttattagtaataccgcaattatctaaagctttgTGCTGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCAAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-TAAA-TATTCACA-AAATATTCCTTT--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCACTCAta


blockSeqs                     :                                                                               T      AA        T     A    A        T            TA        GTCAC ATTA       TAATAA   GA         AAGCA     TT             TTACAG
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    A        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .         .     .          .        .          .         .              .     
blockSeqs                     :                                                                               .      .         .     .    .        .            .                                                                             


blockSeqCons                  :                       
originalCons                  :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
finalCons                     :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                               2      33        2     2    4        2            33        66666 5555       777777   33         66666     33             777777                                       
lowQualScore                  :                                                                               .      ..        .     .    .        .            ..        ..... ....       ......   ..         .....     ..             ......                                       
lowQualScore                  :                                                                               4      22        4     4    7        4            22        22222 3333       222222   44         22222     44             222222                                       
consensus                     :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
Reference ( family-881 )      :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
gi|87015                      :                       CTTTGATTAGTAATACCACAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTTTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TACAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AAT--ACTTTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGAGAAAAGTCACTCA
gi|87016                      :                       CTTTGATTAGTAATAATGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTGTAGTGTTTCGT-GTTTAA--TAAAATAA-ACATT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCCTGTT------AGT--ACGCTGTTG-----AAACA--CACGATATGTTTT------AAAATAGACATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCATTCAta
gi|87017                      :                       CTTTGATTAGTAACATCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCATCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTAACA-AACTATTTGTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------TGT--ACTCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGAAATTCAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
gi|87018                      :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAAA-CTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAAAATAAATTTA-ACATT-AAAA-TATTCACA-AAATATTTCATA--CATATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----ACACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATATAACAATACAATGTGCAAAATCATTCAta
gi|87019                      :                       CTTTGATTAGTAACAACGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTAACA-AGCTATTTGTTA--AAGATCAT-----G----TCATGTT------TGT--ACGTTATTG-----AAACA--AGCGATATGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCAta
gi|87020                      :                       CTTTTATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGTTTTTTATTGCTTCAAGTGTTTCAT-ATTTTA--TAAAATAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AGCTTTTTGTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCAATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCA
gi|87021                      :                       CTTTGATTAGTATAACCGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCTAGCGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGT----TATT--AAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--TAGATCAT-----A----TCATGTT------AGC--ACGCTATTGAAGCAAAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAAATATTTAACAATAAAATGTTCATAACCATTCAta
gi|87022                      :                       CTTTGATTTGTAATACCGC---TATC----------TATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--CAAAGTAA-ACACT-AAAA-CGTTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCATGTCACG----TCATGTT------AGT--ACTCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATGCAATGTGCAAAGTCACTCta
gi|87023                      :                       CTTTGATTAGTAATACGGCAATTATCTAAATCTTTATATTCCTTCTAGTGTTTCAA-GTTTTA--TAAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------A--------------------ACA--CGCAATATGTTTT------AAAATAGATTTTTAACAATACAATGTGCActa
gi|87024                      :                       CTTTCCTTAGCAATACCACAATGATCTAAAGCTTGATATTCCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--T----------------------TCACA-AAAT--TTCTTA--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGGTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAATGAGATATTTAGCAATACAATGTGTAAAATCATTCAttcata
gi|87025                      :                       CTTTGATTAGTAATACCGCAATTATCTAATGCTTTATATTCATTCTATTG----AT-ATTTAA--CAAAACAATGTGCA-AAAT-CATTCATATCAATATta
gi|87026                      :                        TTTAATTAGTAATACTGCAATTATCTAAAGCTTTTTATTCATTCTAGTTTTTCAT-GTTTAA--TGAAGTAA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAACGTTTCTTA--TAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCGATTG-----AAACT--CGCGGTATG-TTC------AAAATAGATACTTAACAATACAATGTGCAAAACCATT
gi|87027                      :                        TTTGATAAGTTATACTGCAATTATCTAAAGTTTTATATTCCTGCTAGTGTTTCAT-G---------AAGTAA-ACACTAAAAA-CATTCACA-AAATATATCTTA--CAGATCAT-----G----TC-TATT------AGC--ACGCTATTG-----AAACA--CGCTATATGTTTT------GAAATAGATATTTAACAATACAATGTTCAAAATCATTCAgata
gi|87028                      :                        TTTGATAAGTAATACTGCATTAATCTCAAGCTTTATATTCCTTATAGTTTTTTTTTGTTTAA--TGAAGTAA--CACT-AAAAACAGTCACA-AACTATTTCTTA--CAGATCAT-----AATTATCATGTA------AGA--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATAGGTTTT------AAAACAGATATTTAACAATACAATTTGAAAACTCATTta
gi|87029                      :                        TTTGATTAGTCATACTGCAATTATCTCATGCTTTATAT----------ATTTC-----TTCA--TGAAGTAA-ATACT-AAAAACATTCACA-AAACATTTCTTATACAGATCAT-----G----TCATGTT------A----------TTG-----AAACA--CGATATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACGATACAATGTGCAAAATCATTCAgata
gi|87030                      :                        TTTTATTAGTAATACCGCAATTATCTAAAGCTTTGTATTTCTTCTAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTGA-ACACT-AAAA-CATTCACA-AAATATTTCTTA--CAGAta
gi|87030                      :                                                                                                                        TATTTCTTC--TAG--TGT-----T----TCATGTTTAATAAAGTGAACACTA--------AAACATTCACAAAATATTTCTTACAGAAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAATCATTCAaaatagatatttaacaatacaatgtgcaaaatcattcata
gi|87031                      : ttttattagtaataccgcaattatctaaagctttgTGCTGCAATTATCTAAAGCTTTATATTCCTTCAAGTGTTTCAT-GTTTAA--TAAAGTAA-ACACT-TAAA-TATTCACA-AAATATTCCTTT--CAGATCAT-----G----TCATGTT------AGT--ACGCTATTG-----AAACA--CGCGATATGTTTT------AAAATAGATATTTAACAATACAATGTGCAAAGTCACTCAta