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consensus                     :                     TACAGTGGGGG-CATTATTTACAATTACAATACAATTGTATTGAATGAATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGATGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAACTGCATA-----CTATCGTGTTACAGTTTCCTGAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAAGAAA-----TTGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------CAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
Reference ( gi|95660 )        :                     TACAGTGAGGA-CAGTATTTCCAATTACAATACAGTTGTATTGAATGAACGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGATGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTATCGTGTTACAGTTTCCTGAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAAGAAA-----GTGTAATG---ATTA---ATGGCA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
gi|95661                      :                     TACAGTGAGGA-CAGTATTTCCAATTACAATACAGTTGTATTGAATGAACGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTCGGTCCCGTTAAGATGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTATCGTGTTACAGTTTCCTAAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAAGAAA-----GTGTAATG---ATTA---ATGGCA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
gi|95663                      :                     TACAATGGTGA-CATTATTTCCAATTACAATACAGTTGTATTGAATGAACGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGTTGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTACAATGTTAAAGTTTACTGATA-ATAGGC-AATCCA-T---TTTTT-T-TATTGTC----TTCTTTCAAGTAT-----GTGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------CAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGAGAGAGA
gi|95662                      :                     TACAGTGGGGGGCATTATTTACAATTACAATACAATTGTATTGAATGAACTCAAAATCCCTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGTTGTTAACGATGCTATTTATTAAAATTAATTACATA-----CTACCGTGTAACATTTTCCTAAAG-ATATGC-GATCTA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTAAAGAAA-----TTGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AT-----TTATA----ACCG-ATCT----------CAGAGAAAGAGAGAGAAAGAGAGA
gi|95670                      :                     TACAGTGGGGA-CATTATTT-----------ACATTTGTATTGAATGAATACAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGTTGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTATCGTGTTACAACTTCCTGAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTTGT-C-TTGTC----TTCTTTCAAGAAA-----TTGTAATG---ATAA---ATGACA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATCT----------CAGAGAGAGAGAGA
gi|95667                      : gacattatttacaattacaaTACAGTGGGGA-CATTATTTACAATTATAATACAATTGTATTGAATGAATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATA
gi|95665                      :                     TACAGTGGGGG-CATTATATACAATTACAATACAATTGTATT----GAATG---AATGC-----------AAAAT------CCTTTA------TGACGTAGCTATTCACTAAAATTAACTGCATACTAGTCTATCGTGTTACAGTTTCCTGAAGAATATATAGATATA-T---TTTAA-A-C-TTGTTTAAGTTCTTACAA
gi|95666                      :                     TACAGTGGGGG-CATTTTATGCAATTACAATACAATTGTACT----GAATG---AATGC-----------AAAAT------CCTTTA------TGACGTTGCTATTCACTAAAATTAACTGCATACTAGTCTATCTTGTTACAGTTTCCTGAAGAATATACAGATATA-T---TTT
gi|95668                      :                      ACAGTGGGGA-CATTATTTACAATTACAATACAATTGTATTGAATAAATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAAGTGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTACCGTGTTACATTTTCCTGAAG-ATATGC-GATCTA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAAGAAA-----TTGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AT-----GTATA----ACCG-ATCT----------CAGAAAGAAAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGA
gi|95669                      :                        AGTGGGGG-CAATATTTACAATTATAATACAATTGTACTGAGTGCATGCAAGATCCTTTATATCAGGAATACTTGGCCACGTTAATATGTTGACGTTGCTAAACACTAAAATTAACTGCATA-----ATATGGTATGACAATTACCTGAAG-ACATGT-GATCC--T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTC---AAA-----TTATAATG---ATTA---ATGACAAAAAAAACA---------AC-----TTATA----ACCC-ATAT----------CAGAGGGAGGGAGGGAGAGACAG
gi|95664                      :                                          CAATTACAATACAATTGTATTGAATAAATGCAAAATCCTTTATATCAG---------------TTAAGATATTGATGTTGCTATTCGCTTAAATTAATTGCATA-----TCACCGTGTTACAGTTTCCTGAAGAATATATAGATATA-T---TTT
gi|95671                      :                           tatagtagtggcattataaaACAATACAATTGTATTGAGTGCATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATACTTGGCCATGTTAATATGTTGACGATGCTATTCACTAAAATTAACTACATA-----ATATCGTAGTACAATTACCTGAAG-ACATGC-GATCCA-T---TTTTT-T-T----TC----TTCTTTC---AAA-----TTATAATC---AATA---ATGACA--------AAAAAACT--AC-----TTATA----ACCA-ATATCACAATATCACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
gi|95672                      :                                                               GATTGAATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTTCAGTTAAGACGTTGACCTTGTTATTCACTAAAATTAACTGCATG-----ATATCGTATTACAGTTACCTGAAG-ACATGT-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAAGAAA-----TTGTAATG---ATTA---ATGACA--------AAAAAATAATAC-----TTATA----ACCG-ATAT----------
gi|95673                      :                                                                       GCGAAATCCTTTATATCAGGAATACTTGGCCACATTAATATGTTGATGTTGCTATTCTATAAAATTAACTGCATA-----GTATccga
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|95676 ): TCTTGCTTCTTTTGACGACCTGTCAACACAAACATGGGTTATATAAATGTCATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA






Alignments
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consensus                     : TACAGTGGGG-ACATTATTTACAATTACAATACAATTGTATTGAATGAACGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGATGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAACTGCATA-----CTATCGTGTTACAGTTTCCTGAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAT---TGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------CA-GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
Reference ( family-880 )      : TACAGTGGGG-GCATTATTTACAATTACAATACAATTGTATTGAATGAATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGATGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAACTGCATA-----CTATCGTGTTACAGTTTCCTGAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAT---TGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------CA-GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
gi|95660                      : TACAGTGAGG-ACAGTATTTCCAATTACAATACAGTTGTATTGAATGAACGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGATGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTATCGTGTTACAGTTTCCTGAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAG---TGTAATG---ATTA---ATGGCA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------GA-GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
gi|95661                      : TACAGTGAGG-ACAGTATTTCCAATTACAATACAGTTGTATTGAATGAACGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTCGGTCCCGTTAAGATGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTATCGTGTTACAGTTTCCTAAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAG---TGTAATG---ATTA---ATGGCA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------GA-GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
gi|95662                      : TACAGTGGGGGGCATTATTTACAATTACAATACAATTGTATTGAATGAACTCAAAATCCCTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGTTGTTAACGATGCTATTTATTAAAATTAATTACATA-----CTACCGTGTAACATTTTCCTAAAG-ATATGC-GATCTA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTAAA--GAAAT---TGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AT-----TTATA----ACCG-ATCT----------CA-GAGAAAGAGAGAGAAAGAGAGA
gi|95663                      : TACAATGGTG-ACATTATTTCCAATTACAATACAGTTGTATTGAATGAACGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGTTGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTACAATGTTAAAGTTTACTGATA-ATAGGC-AATCCA-T---TTTTT-T-TATTGTC----TTCTTTCAA--GTATG---TGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------CA-GAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGAGAGAGA
gi|95664                      : TATAGTAGTG-GCATTATAAACAATTACAATACAATTGTATTGAATAAATGCAAAATCCTTTATATCAG---------------TTAAGATATTGATGTTGCTATTCGCTTAAATTAATTGCATA-----TCACCGTGTTACAGTTTCCTGAAGAATATATAGATATA-T---TTT
gi|95665                      : TACAGTGGGG-GCATTATATACAATTACAATACAATTGTATTGAATGAATGCAAAATCCTTTAT-----GA-----------CGT--AGCTATTCA-----CTA------AAA-TTAACTGCATACTAGTCTATCGTGTTACAGTTTCCTGAAGAATATATAGATATA-T---TTTAA-A-C-TTGTTTAAGTTCTTACAA--
gi|95666                      : TACAGTGGGG-GCATTTTATGCAATTACAATACAATTGTACTGAATGAATGCAAAATCCTTTAT------------------------GACGTT------GCTATTCACTAAAATTAACTGCATACTAGTCTATCTTGTTACAGTTTCCTGAAGAATATACAGATATA-T---TTT
gi|95667                      : TACAGTGGGG-ACATTATTTACAATTATAATACAATTGTATTGAATGAATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATA
gi|95668                      :  ACAGTGGGG-ACATTATTTACAATTACAATACAATTGTATTGAATAAATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAAGTGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTACCGTGTTACATTTTCCTGAAG-ATATGC-GATCTA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAT---TGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AT-----GTATA----ACCG-ATCT----------CA-GAAAGAAAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGA
gi|95669                      :    AGTGGGG-GCAATATTTACAATTATAATACAATTGTACTGAGTGCATGCAAGATCCTTTATATCAGGAATACTTGGCCACGTTAATATGTTGACGTTGCTAAACACTAAAATTAACTGCATA-----ATATGGTATGACAATTACCTGAAG-ACATGT-GATCC--T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTC-----AAAT---TATAATG---ATTA---ATGACAAAAAAAACA---------AC-----TTATA----ACCC-ATAT----------CA-GAGGGAGGGAGGGAGAGACAG
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gi|95670                      : TACAGTGGGG-ACATTATTTACA-------T----TTGTATTGAATGAATACAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGTTGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTATCGTGTTACAACTTCCTGAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTTGT-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAT---TGTAATG---ATAA---ATGACA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATCT----------CA-GAGAGAGAGAGAgtggggacattatttacatttgtattgaatgaatacaaaatcctttatatcaggaatatttggtcccgttaagttgttgacgttgctattcactaaaattaattgcatactatcgtgttacaacttcctgaagatatgcgatccattttttgtcttgtcttctttcaagaaattgtaatgataaatgacaaacttataaccgatctcagagagagagaga
gi|95671                      :       gacattatttacaattacaaACAATACAATTGTATTGAGTGCATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATACTTGGCCATGTTAATATGTTGACGATGCTATTCACTAAAATTAACTACATA-----ATATCGTAGTACAATTACCTGAAG-ACATGC-GATCCA-T---TTTTT-T-T----TC----TTCTTTC-----AAAT---TATAATC---AATA---ATGACA--------AAAAAACT--AC-----TTATA----ACCA-ATATCACAATATCACA-GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
gi|95672                      :                                           GATTGAATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTTCAGTTAAGACGTTGACCTTGTTATTCACTAAAATTAACTGCATG-----ATATCGTATTACAGTTACCTGAAG-ACATGT-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAT---TGTAATG---ATTA---ATGACA--------AAAAAATAATAC-----TTATA----ACCG-ATAT----------CC-GA
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Reference ( family-880 )      : TACAGTGGGGA-CATTATTTACAATTACAATACAATTGTATTGAATGAACGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGATGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAACTGCATA-----CTATCGTGTTACAGTTTCCTGAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAT---TGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------CA-GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
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gi|95663                      : TACAATGGTGA-CATTATTTCCAATTACAATACAGTTGTATTGAATGAACGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGTTGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTACAATGTTAAAGTTTACTGATA-ATAGGC-AATCCA-T---TTTTT-T-TATTGTC----TTCTTTCAA--GTATG---TGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------CA-GAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGAGAGAGA
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gi|95666                      : TACAGTGGGGG-CATTTTATGCAATTACAATACAATTGTACT----GAATG---AATGC-----------AAAAT------CCTTTA------TGACGTTGCTATTCACTAAAATTAACTGCATACTAGTCTATCTTGTTACAGTTTCCTGAAGAATATACAGATATA-T---TTT
gi|95667                      : TACAGTGGGGA-CATTATTTACAATTATAATACAATTGTATTGAATGAATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATA
gi|95668                      :  ACAGTGGGGA-CATTATTTACAATTACAATACAATTGTATTGAATAAATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAAGTGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTACCGTGTTACATTTTCCTGAAG-ATATGC-GATCTA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAT---TGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AT-----GTATA----ACCG-ATCT----------CA-GAAAGAAAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGA
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gi|95670                      :          GA-CATTATTTACAATTACAATACA
gi|95670                      : TACAGTGGGGA-CATTATTTACA-------T----TTGTATTGAATGAATACAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGTTGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAATTGCATA-----CTATCGTGTTACAACTTCCTGAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTTGT-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAT---TGTAATG---ATAA---ATGACA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATCT----------CA-GAGAGAGAGAGAgtggggacattatttacatttgtattgaatgaatacaaaatcctttatatcaggaatatttggtcccgttaagttgttgacgttgctattcactaaaattaattgcatactatcgtgttacaacttcctgaagatatgcgatccattttttgtcttgtcttctttcaagaaattgtaatgataaatgacaaacttataaccgatctcagagagagagaga
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gi|95672                      :                                           GATTGAATGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTTCAGTTAAGACGTTGACCTTGTTATTCACTAAAATTAACTGCATG-----ATATCGTATTACAGTTACCTGAAG-ACATGT-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAT---TGTAATG---ATTA---ATGACA--------AAAAAATAATAC-----TTATA----ACCG-ATAT----------CC-GA
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Reference ( family-880 )      : TACAGTGGGGA-CATTATTTACAATTACAATACAATTGTATTGAATGAACGCAAAATCCTTTATATCAGGAATATTTGGTCCCGTTAAGATGTTGACGTTGCTATTCACTAAAATTAACTGCATA-----CTATCGTGTTACAGTTTCCTGAAG-ATATGC-GATCCA-T---TTTTT-T-C-TTGTC----TTCTTTCAA--GAAAT---TGTAATG---ATTA---ATGACA--------A---------AC-----TTATA----ACCG-ATAT----------CA-GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
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