lowQualScore : 1111 11111 2222 1111 111 666666666666666666666666666666666666 1 1 1 66666666666666666666666666 22222222222 11 22222 111 1 111 11111111111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 11111 1111111 22222222222222222 111111111 111111111 2222222222222222 1111111111111 1111 11111
lowQualScore : 3 3 4 6 1 0000 4 22222 5 0000 4444 3 000 2 0 000000000000000000000000000000000000 0 55 5 1 0 333 8 7777777 44444444444444444444444444 0 11111111111 555 3 22 0 11111 2 33 0 5 555 33 66666 99 1 0 0 777 33 6 55 2 666 7777 1 88888888 2 3 111 2 6666 33 1 44444444444444444444 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 2222 44 5555 2 2 44444 5 2 0 4 3333333 33 22222222222222222 999999999 5555 2 777777 000000000 2 55 6666666666666666 1 0 5555555555555 0 1 1 777 9999 55555 1 2 0 99999 555 66 44 3 666 3 99
lowQualScore : . . . . . .... . ..... . .... .... . ... . . .................................... . .. . . . ... . ....... .......................... . ........... ... . .. . ..... . .. . . ... .. ..... .. . . . ... .. . .. . ... .... . ........ . . ... . .... .. . .................... . ............................................................. .. .... .. .... . . ..... . . . . ....... .. ................. ......... .... . ...... ......... . .. ................ . . ............. . . . ... .... ..... . . . ..... ... .. .. . ... . ..
lowQualScore : 2 2 4 4 1 7777 4 33333 2 7777 0000 6 666 6 5 222222222222222222222222222222222222 9 00 0 2 4 888 1 9999999 00000000000000000000000000 5 88888888888 444 1 44 2 88888 1 77 7 3 888 99 55555 99 9 9 0 999 44 9 33 5 888 2222 1 22222222 5 1 999 7 8888 88 3 22222222222222222222 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 9999 33 3333 5 5 22222 1 4 1 4 2222222 77 11111111111111111 444444444 7777 7 777777 888888888 7 77 3333333333333333 5 9 1111111111111 9 5 5 333 7777 44444 2 7 6 88888 444 33 66 3 333 6 22
consensus : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCC--G--GNGGGATN-GACAAAGTATT-TTACGAAAATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCN--A--GAAACATGAAAAG---AGGT-GTAATTATCAC-A---TTATNCA--AAGGCGGTAANAAANCGAA-AA--A--TGACCCNAATAGTTACCGAGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTC---CGTTNTTG----TT-AAA---CTGTATGAAAN---TATACTTCTT----------AA--T-AA--AATTGATAC-TGA------TGGT-A-ACT----C---TTT---AAAGTTCA-A-C--A---GTCTN-CA--AG---GC-GG----TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGGGCTGCGTNATGAC--G----TC--TTNCGCTG--TAA--G-G-GAATGC---A-----T----T-T------GCN-TA-A-GTA-AG-GA--------G--TN---AGACTC-T-A---AGC---TGTTTGCATGTTNC-CTT----GATGCACAGN-AAGCATTCGA-TAGGGTN----TGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
Reference ( gi|18395 ) : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCC--G--GAGGAATA-GACAAAGTAGT-TTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGT-GTAATTGTCAC-A---TTATTTA--AAGGTGGTAACAAACCGAG-AA--A--TGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CATC---CGTTTTTG----TT-AGA---CTGTATGAAAA---TATACTTCTT----------AA--C-AA--AATTGATAC-TGA------TGGT-A-ACT----C---TTT---AAAGTTCA-A-C--A---GTCTT-CA--AT---GC-GG----TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGGGCTGTGTTATGAC--A----TC--TTACACTG--TAA--A-G-GAATGC---A-----T----T-T------GCC-TA-A-GTA-AG-GA--------G--TT---AGACTC-T-A---AGC---TGTTTGCATGTTAC-CTT----GATGCACAGA-AAGCATTTGA-TAGGGTT----TGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18394 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCC--G--GAGGAATA-GACAAAGTAGT-TTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGT-GTAATTATCAC-A---TTATTTA--AAGGTGGTAACAAACCGAG-AA--A--TGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CCTC---CGTTTTTG----TT-AGA---CTGTATGAAAC---TATACTTCTT----------AA--C-AA--AATTGATAC-TGA------TGGT-A-ACT----C---TTT---AAAGTTCA-A-C--A---GTCTT-CA--AT---GC-GG----TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGGGCTGTGTTATGAC--A----TC--TTACACTG--TAA--A-G-GAATGC---A-----T----T-T------GCC-TA-A-GTA-AG-GA--------G--TT---AGACTC-T-A---AGC---TGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGA-AAGCATTTGA-TAGGGTT----TGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18396 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCATAAACGG-CC-AAA-GCC--G--GAGGAATA-TACAAAGTAGT-TTATGAACATTAAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTTAACTATTTA-CT-GC-AATG-TTA---ATA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGAT-GTAATTATCAC-T---TTATTTA--AAGGTGGTAACAAACCTAG-AA--A--TGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TACC-CTTA-T-CCTC---CGTTTTTG----TT-AGA---CTGTATGAAAA---TATACTTCTT----------AA--T-AA--AATTGATAC-TGA------TGGT-A-ACT----C---TTT---AAAGTTCA-A-C--A---GTCTT-CA--AT---GC-AT----TTTTCA-GAAA-A--AATATTGGGCTGTGTTATGAC--A----TC--TTACACTG--TAA--A-A-GAATGC---A-----T----T-T------GCC-TA-A-GTA-AG-GA--------G--TT---AGATTC-T-A---AGC---TGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACATA-AAGCATTCGA-TATGGTT----TGGCA---TGC-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--TATATGCA
gi|18397 : AGATTATGTCAATCTGGCATTGCGTTAA-GCGAAAACGG-CC-AAAAGTC--G--AAGGAATA-GACAAAGTAGT-TTATGAACATTTTATATAAATTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTCCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAGTACGGCT-GTTATTATCAC-A---TTATTTA--AAGGTGATAACAAACTGAG-AA--A--TGACCCCGACAGCTACCGTGT--TA--TTAC--TCA-T-TTTC---CGTTTTTG----TT-AGA---CTATATGAAAG---TATACTTCAT----------AA--A-AC--AATTGCTAC-TGA------TGGT-A-ACA----C---TTT---AAAGTTCA-A-C--A---GTTTT-CA--AT---GC-GA----TTTTCAGAAAA-A--A--ATT-GGCTGTGTTATGAC--A----TC--TTACACTG--TAA--A-G-GAATGC---A-----T----T-T------GCC-TT-A-GTA-AG-TA--------G--TT---AGACTC-T-A---AGC---TGTTTGTATGTTAC-CTT----GATGCACAGA-AAGCATTTGA-TAGGGTA----TGGCA---TGA-TGG--TT-TG-TTA-GTAA-ATTGTATGATTTTCAATTA--GATTTGCA
gi|18398 : AGAACCTG--AATT--GCATCGTGTAAA--CG----CGG-C--AAA-GCC--A--GTGGGATC-GATAATGTTTC-TTACGAACATTACATTTTTGGCGGAAA--------T---ATAGT--TA------T----TAA-TACAT--TAG---CAAAACTGTATA-CA-GC-TATG-CTGTCCCAAAGT----------TA-CAT-TCCACC-------AAACATGAACAA---AGGC-GTCATTATAAC-A---TTACATA--AAGGCGGAGGTAAACGTAA-GG--A--TGATCCCAATAATTATAGAGC--AA--TCAC-ATTA-A-CTCC---TACTGCTC----TT-AAA---CTATATGAAAA---TATACTTCTTTCACGTTCCGAA--C-AA--AA-----AC-T-----------------T----C---TTT---CTAATTTA-AGT--A---ATCAA-CA--AG---GG-GG----GTTTCA-GGAA-G--G--ACTTGGTTGTTTGATGAC--T----TC--CTTCGCAC--TAA--A-A-GAATGT---A-----T----T-TTATATGGCA-GAGA-GCACAA-GA--------G--CA---AGGTTT-T-----------TGTTTGCTTTTTA---------GATGCTCGTC-AAGCTTTTGA-TAGGGTG----TGGCA---TAA-TGGACTTATGCT----CAA-ATTGTTTGAT
gi|18399 : GCATTAAGTAAA-GTGAAGAAAT-CA-AAA-GCC--GCCGGGGA-T--GACAAAGT-GTGTTATGAACATTTGATATACAGTAA-----------T---GGCGT--GG------T----AAG-ACAAC--TA-TTGGTGAA----ATA-AT-GC-TATG-TTA---AAG--T----------TCTCATATACACCC--A--AACATATGAAGAG---AGGT-ATTATAATTAC-T---CTTTATA--AAGGTGGCAAGAAGTCACG-TG--A--TGACCCGAACAGTTATAGGGC--TA--TCAC-ATTA-T-CGTC---TGTTTTTG----TT-AGA---TTATATGAACT---TATG-TTATT----------AG--A-TA--GGTTAA------A------GGGT-A-ATG----CGAATAT---AGAAATAG-A-T--A---GACAG-CA--GG---GT-GG----TTTCCA-AGAA-A--A--GTTGTCTTGTGGAATGAC--A----TCATTTTCAC----TAA--G-A-GAGTGT---A-----T----T-C------TCT-TT-G-GTA-AA-GA--------A--TG---TGATTC-TAA---AGTATATATTTGCTTCTTA---------GATGCGAAAC-AGGCCTTCGA-TAGAATA----TGGCA---AGA-TGG--GT-TATTTT-TTAA-ATTAAATGAACTAAAAATA--GATA
gi|18400 : GCATTGAGTAACTGTAAAAAAAC-TT-AAA-GCC--T--GCGGGAAC-GATAAAGTATT-TTACGAAAATATCATGCATGGCGG-----------T------GT--TT------TACTGCAG-CAGGTGATAATT---AAACTGTTTAACT-G--TATGCTTG---CTT--T----------T-TCACATACGCCCGCA--GAA--ATGAAAAA---ATGT-ATAATTATAAC-A---TTATTTA--AAGGCGGAAACAAAAAGAA-AA--A--TGACCCAAATAGCTATAGAGC--CA--T----CTCA-T-TGT-----GTTCATGCATATT-A-A---CTTTATGAAAA---AA----TCCT----------AATTC-AGCTGATTGAAAA-GGA------TGGA-A-AATTGAGC---TTT---AA---TC------------CCTCGCA--AG---GA-GG----TTTTCA-GAAA-A--A--TGTCAACTGTCTCATGAC--A----TC--ATATA-TG--TTA--C-GTGAATGC---A-----TAAACTAT------GCA-GA-T-GAA-AA-CA--------A--TTCACAAA-TC-T-AC--ACC---TGTTT----------CTTA---GACGCAAAAC-AAGCGTTCGA-TCGGGCA----TGG
gi|18401 : CGAAAA-GC-AAAACAGATT-AAA-GCT--T--GCGGG-TGTGATAATGTTTA-TTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTC-AAAATATG-A-CTAGA-TATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGTAGTA----TCAT-ACTTTTATACA--AAGGTGGTAAAAAGGCAAA-GA--T--TGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAA-CCTC-T-CATC---AGTACT-G----TT-AAAA--TTATATGAATC---TGTACTACTC----------GA--T-AG--AATTGAAAG-TGA------T--T-C-AGT----G---TATCAGAAAATT-A-A-T--A---A-----CA--AG---GT-GG----GTTTCA-ACGA-G--GT-ATTGG-CTGCATGATGAC--T----TC--TTTTGTTC--TGC--G-T-GAATGC---T-----C----T-T------ACT-TC-G-CTA-AA-GA--------AAATG---AGAGTC---A---A--------TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCC-GTGCATTTGA-TAGCGTT----TGGCA---TGA--GG--CT-CTTATG-GTAA-
gi|18402 : CGAAAA-GC-AAAACAG-TTTAAA-GCT--T--GCGGG-TGTGATAATGTTTA-TTACGAAAATATTACCTATGTTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAGAAC--TA-TTTC-AAAATATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGT-ATAAT---CAT-ACTTTTATACA--AAGGTGGTAAAAAGGCAAA-GA--C--TGACCCGAAAAGTTATCGAGC--AA--TTAC-CCTC-T-CATC---AG-TACTG----TTAAAA---TTATATGAATC---TGTACTACTC----------GA--T-AG--AATTGA-ACGTGA------TTGT-G-CGT----A---TCA---GAAAATTA-A-T--A---AGTTA-CA--AG---GT-GG----GTTCCA-ACGA-G--GT-ATT-GGCTGCATGATGACTGC----TT--TTGTTCTGCCT--------GAATGCTCTATC---T----T-C------GCT-TA-A-G-A-A---A--------A--TG---AGAGTC---A---A--------TTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCC-GTGCATTTGA-TACCGTT----TGGCA---TAA--GG--TT-
gi|18403 : -GCAAAAA-GA-AC-AAA-ATCATG--AGGGAAT--GACCTAGTATA-CTATAAAAGTATCATGTATGGTGGACAATGACTGCT---ATCGG--TGA-----T----TAA-AAAAT---AATTTAGAAAC-ATAAA----AA-TATA-TT-----------------------CACATTCACCT--ACTGAA--ATGAAAAA---AGGA-ATAATTACGAC-T---TTATTCA--AAGGTAGTTATAAA--AAC-AA--AGCCGATCCAAATAGCTATCGAGCAATA--TCGC-TCTGCT-CAGC---AGATT-------TA-AAA---CTATATGAGAAGGTTTTACTCTCT----------AT--T------ATTAAAAC-AAA------CGTT-A-GTT----TCG-CTT---AAA-TTCA------------CTA-CA--AG---GA-GG----TTTTCA-AATA-A--A--TATAAGCATTGTAATGAC--G----TC--GTAT-CTGC-TAC--G-T-GAATGC---A-----T----T-A------ATCATA----CA-CGCGA--------A--CA---AAATTC-T-A---AAT---TATATACTTGTTTT-CTT----GACGTA-AGACAAGCGTTCGA-TCATGTG----TGTCA---TAA-
gi|18405 : -TTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTCAAAAC-ATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGT-ATAAT---CAT-ACTTTTATACA--AAGGTGGTAAAAAGGCAAA-GA--C--TGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAC-TCTC-T-CATC---AGTACT-G----TT-AAAA--TTATATGAATC---TGTACTACTC----------GA--T-AG--AATTGA-ACGCGA------TTGT-G-CGT----A---TCA---GAAAATTA-A-T--A---AGTTA-CA--AG---GT-GG----ATTTCA-ACGG-G--GT-ATTGG-CTGCATGATGAC--T----TC--TTTTGTTC--TGC--G-T-GAATGC---T-----C----T-T------ACT-TC-G-CTA-AA-GA--------A--AA---TGAC---------AGT---CAATTAAATATTGC-TTTTCTAGATGTACGCC-GTGCATTTGA-TACCGTT----TGGCA---TGA--GG--CT-CTTATG-GTAATATTGTTCAAATTTGGATTACCGTTATACA
gi|18404 : -TTACGAAAATATGATATACGGTGG-----------T---CC-GC--T-------------------AT--TACTTTCCAAAAT-TACA-AA-AT-TATT-TCA---CAA--TATGTCTTTACTAGCACATGTACCT--GTTGAA--ATGAAAAA---GGGT-ATTATAACGAC-C---CTCTACA--AAGGCAACAATAAAAACAA-AA--C--GGACCCAAATAGTTACAGGGCCATA--TCAC-TTTG-T---TC---TACTATTT----TA-AAA---TTGTACGAAAA---GAT-----TT----------AA--TTAA--AAATGTTA---GAGCAATCTGGT-ACACT----C----------AGGTTAA-A-C--A---CATTG-CA--AG---GC-GG----TTTTCA-AAGA-A--AC-ATT-AATTGTAAAATGAC--G----TC--TTTTCTTT--TGA--T-A-GAAAGT---ATCTTTT----T-T------GC---A-A---A-AG-AA--------A--AC---A-ACTCTT-A---AAC---TTTTTACATGCTTC-CTC----GACGTG-AGACAAGCATTTGA-
gi|18406 : ATGAAAAG---ACGT-GTAAGCATTACCA---TT--TTA--CGAGTAGGAAGAA---GGGTAAGGA--TGACTCTAACTGTTATCGAGC--TA--TAAC-ATAA-T-CATC---TGCTATT-----TC-AAAAAACT--ATGAAAG---TATTATTCTT----------GA--T-AA--AGTT---AT-TGG------AAGT-A-A------------T---GAAG---A-A-CCAA---TTCAT-CGCCAT---GG-GGAGGATTTGCA-CCAG-G--T--ATTGGTC-GCAGTATAAC-----------TTA-A-TA--TAATTACG-GAATTC---A-----T----T-T------ATT-TC-A-GCA-AG-GAAAATAAAAG--TC---A-ACTC-T-A---------TGTT-GCAT-TTAA---T----GATGTAAGGC-AAGC-TTTGA-TAGAATT----TTGCA---TCACTGG--TC-AGTTTA---AA-ATTGTA
gi|18407 : G---GGGG-GTA-TTGTCAC------TATTCACAAAGGTGGTAGAAAGAGGAA-AG--A--CGATCCAAATAATAACAGGGC--TA--TAACTCTTA-CGCCTA---CGATACTG-------AAA---CTGTATGAAAG---TATAATTTT------------A--C-------TTCGTTC-GAA------AAGCAA-ACT----CCTATCT---AAACT------C--A---GTCCG-CA--ACATGGG-GG----GTTCCA-GAAACA--G--ATTGGG-TGTATTATGGC--
gi|18408 : TTCA--AAGGCAACAATAAAAACAA-AA--C--GGACCCAAATAGTTACAGGGC--CAATTCAC-TTTG-T---TC---TACTTTTT----TA-AAA---TTGTACGAAAA---GAT----TTT----------AC--T-AA--AACTATTA---GAGCAATCTGGT-ACACT----C----------AAGTTAA-A-C--A---CATTG-CA--AG---GC-GG----TTTTCA-AAGA-AACA--AT--AATTGTAAAATGAC--G----TC--TTTTTTTT--TAC--G-A-GAAAGT---ATCTTTT----T-T------GCA-CA-A-GAA-AA-CA------------------ACTC-T-A---AAC---TTTTAACACGCTTC-CTC----GACGTG-AGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGA-TGG--TT-TAATTATATAA-A
gi|18409 : --AAGGTGGGAATAAACGCAA-AA--A--CGATCATAAAAGTTATATAGC--AA--TAAC-TCTA-T-CGTCTTCCATTTT---------AAAG--CTATATGAAAG---TGTTCTG-TT----------AA--A-AA--AACTAAAAT-CCA------GCCT-A-AC---------------AAATCCCATA-C--ATGAGT-TG-CA--A----GCAGG----CTTCCA-AGAA-A--A--CATGAGTTGTGTTATGAC--AAACATC--TTG----G--TGA--A-A-GAATGT---------T----C-C------GCA-TA-TTGTG-A--------------------AAACTC-T-AGTAAAT---TATATGCATGTTTTTCTT----GATGC-TAGACAGGCCTTCGA-CAGAGTA----TGGTA---CGA-TGG--AC-TGTTTT-ACAA-ACT
gi|18410 : GTTACCGTGC--TA--TAAC-CTTA-T-CCTC---CGTTTTTG----TT-AGA---CTGTATGAAAA---TATACTTCTT----------AG--T-AA--AATTGATAC-TGA------TGGT-A-ACT----C---TTT---AAAGTTCA-A-C--A---GTCTT-CA--AT---GC-GG----TTTTAA-AAAA-A--A--ATTGAGCTGTGTTATGAC--A----TC--TTACACTG--TAA--A-G-GAATGC---A-----T----T-T------GCC-TA-A-GTA-AG-GA--------G--TT---AGACTC-T-A---AGC---TGTTTGAATGTTAC-CTT----GATGCACAGA-AAGCATTTGA-TAGGGTA----TGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTATCATCTTCAATTA--GATATGCA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444 1 1 55555555555555555555555555 111111 11111 1111 1111111 11111 2222222222222222222222222222222 11111 1 11111 1111111 111111111 11111111111 1111
lowQualScore : 0 0 4 4 7777 4 44 1 44 333 3 1 1 1 777777777777777777777777777777777777 0 444 0 0 2 55 77 3 3 6 11111111111111111111111111 0 222222 77 555 0 6 88888 1 2 1 1 0000 0 1 0 2 666 33 3 44 2 2 1 2 7 1 1111111 33 2 0 5555 22 0 2 2 444444 33 22222 2222222222222222222222222222222 8888888 1 444 999999999 33 444 2 2 2 2 22222 0 2 1 11111 33 6666666 999999 777777777 5555 55 777777 1 555 1 2 77777777777 6666 22 444 99 1 0 33 1 2 5555 444 66 0 1 66666 0 1 555 55 44 3 44 3 77
lowQualScore : . . . . .... . .. . .. ... . . . . .................................... . ... . . . .. .. . . . .......................... . ...... .. ... . . ..... . . . . .... . . . . ... .. . .. . . . . . . ....... .. . . .... .. . . . ...... .. ..... ............................... ....... . ... ......... .. ... . . . . ..... . . . ..... .. ....... ...... ......... .... .. ...... . ... . . ........... .... .. ... .. . . .. . . .... ... .. . . ..... . . ... .. .. . .. . ..
lowQualScore : 8 8 0 8 6666 0 77 0 66 666 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444 0 777 1 3 2 88 88 3 3 7 11111111111111111111111111 7 222222 88 000 4 6 44444 0 0 5 0 6666 1 0 3 2 999 22 3 44 4 4 8 1 6 0 6666666 22 4 5 1111 44 7 4 4 888888 22 44444 8888888888888888888888888888888 8888888 6 333 666666666 22 111 6 4 4 4 88888 1 2 0 11111 44 0000000 999999 666666666 3333 99 222222 0 111 8 5 66666666666 8888 88 444 99 8 2 44 0 5 9999 444 22 6 0 22222 9 0 000 22 22 1 33 3 99
consensus : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGANNGACAAAGTATNTTACGAANATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCT--A--GAAACATGAAAAG---GGGTGTAATTATCAC-N---TTATNCAAAGGTGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAACAGTTACCGNGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T---A--AA-CTGTATGAAA---NTATACTTCTTA-A-T--AA--AATT--GATAC-CGA------TGGT-A-AC-T----C---TTT---AAAG------TTCA-A-CA---GTCT-NCA--A---GGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGGGCTGTGTNATGACG----TC--TTNCGCTG-TA---AGNGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--------AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGC---ACGNCAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
Reference ( family-878 ) : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGATNGACAAAGTATTTTACGAAAATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCN--A--GAAACATGAAAAG---AGGTGTAATTATCAC-A---TTATNCAAAGGCGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAATAGTTACCGAGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T---A--AA-CTGTATGAAA---NTATACTTCTTA-A-T--AA--AATT--GATAC-TGA------TGGT-A-AC-T----C---TTT---AAAG------TTCA-A-CA---GTCT-NCA--A---GGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGGGCTGCGTNATGACG----TC--TTNCGCTG-TA---AGGGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--------AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGC---ACAGNAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18394 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGTGTAATTATCAC-A---TTATTTAAAGGTGGTAACAAACCG-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T---A--GA-CTGTATGAAA---CTATACTTCTTA-A-C--AA--AATT--GATAC-TGA------TGGT-A-AC-T----C---TTT---AAAG------TTCA-A-CA---GTCT-TCA--A---TGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTG-TA---AAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGC---ACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTTTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18395 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGTGTAATTGTCAC-A---TTATTTAAAGGTGGTAACAAACCG-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CATCCGTTTTTGT-T---A--GA-CTGTATGAAA---ATATACTTCTTA-A-C--AA--AATT--GATAC-TGA------TGGT-A-AC-T----C---TTT---AAAG------TTCA-A-CA---GTCT-TCA--A---TGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTG-TA---AAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTAC-CTT----GATGC---ACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTTTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18396 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCATAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATATACAAAGTAGTTTATGAACATTAAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTTAACTATTTA-CT-GC-AATG-TTA---ATA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGATGTAATTATCAC-T---TTATTTAAAGGTGGTAACAAACCT-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TACC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T---A--GA-CTGTATGAAA---ATATACTTCTTA-A-T--AA--AATT--GATAC-TGA------TGGT-A-AC-T----C---TTT---AAAG------TTCA-A-CA---GTCT-TCA--A---TGCAT-TTTTCA-GAAA-A--AATATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTG-TA---AAAGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGATTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGC---ACATAAAGCATTCGA-----TATGGTTTGGCA---TGC-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--TATATGCA
gi|18397 : AGATTATGTCAATCTGGCATTGCGTTAA-GCGAAAACGG-CC-AAAAGTCG-AAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTTATATAAATTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTCCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAGTACGGCTGTTATTATCAC-A---TTATTTAAAGGTGATAACAAACTG-AGAAATGACCCCGACAGCTACCGTGT--TA--TTAC--TCA-T-TTTCCGTTTTTGT-T---A--GA-CTATATGAAA---GTATACTTCATA-A-A--AC--AATT--GCTAC-TGA------TGGT-A-AC-A----C---TTT---AAAG------TTCA-A-CA---GTTT-TCA--A---TGCGA-TTTTCAGAAAA-A--A--ATT-GGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTG-TA---AAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTT-A-GTA-AG-T--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGC---ACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTATGGCA---TGA-TGG--TT-TG-TTA-GTAA-ATTGTATGATTTTCAATTA--GATTTGCA
gi|18398 : AGAACCTG--AATT--GCATCGTGTAAA--CG----CGG-C--AAA-GCCA-GTGGGATCGATAATGTTTCTTACGAACATTACATTTTTGGCGGAAA--------T---ATAGT--TA------T----TAA-TACAT--TAG---CAAAACTGTATA-CA-GC-TATG-CTGTCCCAAAGT----------TA-CAT-TCCACC-------AAACATGAACAA---AGGCGTCATTATAAC-A---TTACATAAAGGCGG-AGGTAAACGTAAGGATGATCCCAATAATTATAGAGC--AA--TCAC-ATTA-A-CTCCTACTGCTCT-T---A--AA-CTATATGAAA---ATATACTTCTT----T--CA--CGTTCCGA-AC-AAA-----------A-ACTT----C---TTT---CTAA------TTTA-AGTA---ATCA-ACA--A---GGGGG-GTTTCA-GGAA-G--G--ACTTGGTTGTTTGATGACT----TC--CTTCGCAC-TA---AAAGAATGT---A-----T----T--TTATATGGCAGAGA-GCACAA-G--------AGCAAGGTTT-T-------TGTTTGCT--TTTTA---------GATGC---TCGTCAAGCTTTTGA-----TAGGGTGTGGCA---TAA-TGGACTTATGCT----CAA-ATTGTTTGAT
gi|18399 : GCATTAAGTAAA-GTGAAGAAAT-CA-AAA-GCCG-CCGGGGATGACAAAGTGTGTTATGAACATTTGATATACAGTAA-----------T---GGCGT--GG------T----AAG-ACAAC--TATTGGTGAAA-----TA-AT-GC-TATG-TTA---AAG--T----------TCTCATATACACCC--A--AACATATGAAGAG---AGGTATTATAATTAC-T---CTTTATAAAGGTGGCAAGAAGTCA-CGTGATGACCCGAACAGTTATAGGGC--TA--TCAC-ATTA-T-CGTCTGTTTTTGT-T---A--GA-TTATATGAAC---TTATG-TTATTAGA-T---A--GGTT--AA------A------GGGT-A-AT-G----CGAATAT---AGAA------ATAG-A-TA---GACA-GCA--G---GGTGG-TTTCCA-AGAA-A--A--GTTGTCTTGTGGAATGACA----TCATTTTCAC---TA---AGAGAGTGT---A-----T----T--C------TCTTT-G-GTA-AA-G--------AATGTGATTC-TA---AAGTATATATT--TGCTTC-TTA----GATGC---GAAACAGGCCTTCGA-----TAGAATATGGCA---AGA-TGG--GT-TATTTT-TTAA-ATTAAATGAACTAAAAATA--GATA
gi|18400 : GCATTGAGTAACTGTAAAAAAAC-TT-AAA-GCCT-GCGGGAACGATAAAGTATTTTACGAAAATATCATGCATGGCGG-----------T------GT--TT------TACTGCAG-CAGGTGATAATT---AAACTGTTTAACT-G--TATGCTTG---CTT--T----------T-TCACATACGCCCGCA--GAAA--TGAAAAA---ATGTATAATTATAAC-A---TTATTTAAAGGCGGAAACAAAAAG-AAAAATGACCCAAATAGCTATAGAGC--CA--T----CTCA-T-TGT--GTTCATGCAT---ATTAA-CTTTATGAAA---AAA----TCCTA-A-TTCAGCTGATT--GAAAA-GGA------TGGA-A-AA-TTGAGC---TTT---AA---------TC----------CCTCGCA--A---GGAGG-TTTTCA-GAAA-A--A--TGTCAACTGTCTCATGACA----TC--ATATA-TGTTA---CGTGAATGC---A-----TAAACTA-T------GCAGA-T-GAA-AA-C--------AATT---CAC-AA---A----TCTACACCTGTTTC-TTA----GACGC---AAAACAAGCGTTCGA-----TCGGGCATGG
gi|18401 : CGAAAA-GC-AAAACAGATT-AAA-GCTT-GCGGGTGTGATAATGTTTATTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTCAAAA-TATG-A-CTAGA-TATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGT---AGTATCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGATTGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAA-CCTC-T-CATCAG-TACTGT-TA--A--AA-TTATATGAAT---CTGTACTACTCG-A-T--AG--AATT--GAAAG-TGA------T--T-C-AG-T----G---TATCAGAAAA------TT-A-A-TA--------ACA--A---GGTGG-GTTTCA-ACGA-G--GT-ATT-GGCTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTC-TG---CGTGAATGC---T-----C----T--T------ACTTC-G-CTA-AA-GAA------AATGAGAGTC--A---A-----TTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGT---ACGCCGTGCATTTGA-----TAGCGTTTGGCA---TGA--GG--CT-CTTATG-GTAA-
gi|18402 : CGAAAA-GC-AAAACAG-TTTAAA-GCTT-GCGGGTGTGATAATGTTTATTACGAAAATATTACCTATGTTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAGAAC--TA-TTTCAAAA-TATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGTATAATCAT-ACTT---TTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGACTGACCCGAAAAGTTATCGAGC--AA--TTAC-CCTC-T-CATCAG-TACTGT-TA--A--AA-TTATATGAAT---CTGTACTACTCG-A-T--AG--AATT--GA-ACGTGA------TTGT-G-CG-T----A---TCA---GAAA------ATTA-A-TA---AGTT-ACA--A---GGTGG-GTTCCA-ACGA-G--GT-ATT-GGCTGCATGATGACT----GC--TTTTGTTC-TG---CCTGAATGCTCTATC---T----T--C------GCTTA-A-G-A-A-----------AATGAGAGTC--A---A-----TTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGT---ACGCCGTGCATTTGA-----TACCGTTTGGCA---TAA--GG--TT-
gi|18403 : -GCAAAAA-GA-AC-AAA-ATCATGAGGGAATGACCTAGTATACTATAAAAGTATCATGTATGGTGGACAATGACTGCT---ATCGG--TGA-----T----TAA-AAAA---TAATTTAGAAAC-ATAAA----AA-TATA-T-----------------------TCACATTCACCT--ACTGAA--ATGAAAAA---AGGAATAATTACGAC-T---TTATTCAAAGGTAGTTATAAAAAC-AAAGCCGATCCAAATAGCTATCGAGCAATA--TCGC-TCTGCT-CAGCAG--ATT-T-A---A--AA-CTATATGAGAAGGTTTTACTCTCTA-T-T-------ATT--AAAAC-AAA------CGTT-A-GT-T----TCG-CTT---AAA-------TTCA----------CT-ACA--A---GGAGG-TTTTCA-AATA-A--A--TATAAGCATTGTAATGACG----TC--GTAT-CTGCTA---CGTGAATGC---A-----T----TAAT-------CATA----CA-CGCG--------AACAAAATTC-TA---AATTATATACT--TGTTTT-CTT----GACGT---AAGACAAGCGTTCGA-----TCATGTGTGTCA---TAA-
gi|18404 : TTACGAAAATATGATATACGGTGG-----------T----CCGC--T-------------------AT--TACTTTCCAAAAT-TACA-AA-AT-TATT-TCA---CAA--TATGTCTTTACTAGCACATGTACCT--GTTGAA--ATGAAAAA---GGGTATTATAACGAC-C---CTCTACAAAGGCAACAATAAAAAC-AAAACGGACCCAAATAGTTACAGGGCCATA--TCAC-TTTG-T---TCTACTATTTT-A---A--AA-TTGTACGAAA---AGAT-----TTA-ATT--AA--AAAT--GTTA---GAGCAATCTGGT-ACAC-T----C----------AGG------TTAA-A-CA---CATT-GCA--A---GGCGG-TTTTCA-AAGA-A--AC-ATT-AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTCTTT-TG---ATAGAAAGT---ATCTTTT----T--T------GCAAA-A-GAA-AA-C--------A-----ACTCTTA---AACTTTTTACA--TGCTTC-CTC----GACGT---GAGACAAGCATTTGA-----
gi|18405 : TTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTCAAAAC-ATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGTATAATCAT-ACTT---TTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGACTGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAC-TCTC-T-CATCAG-TACTGT-TA--A--AA-TTATATGAAT---CTGTACTACTCG-A-T--AG--AATT--GA-ACGCGA------TTGT-G-CG-T----A---TCA---GAAA------ATTA-A-TA---AGTT-ACA--A---GGTGG-ATTTCA-ACGG-G--GT-ATT-GGCTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTC-TG---CGTGAATGC---T-----C----T--T------ACTTC-G-CTA-AA-G--------AAAATGAC--------AGTCAATTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGT---ACGCCGTGCATTTGA-----TACCGTTTGGCA---TGA--GG--CT-CTTATG-GTAATATTGTTCAAATTTGGATTACCGTTATACA
gi|18406 : ATGAAAAG---ACGTGTAAGCATTACCA---TTTTACGA--GTAGGAAGAAGGGT-AAGGATGACTCTAACTGTTATCGAGC--TA--TAAC-ATAA-T-CATCTGCTATT-T-CAAAA--AA-C--TATGAAA---GTATTATTCTTG-A-T--AA--AGT-----TAT-TGG------AAGT-A-A-------------T---GAAGAACCAATTCA---------TCG-CCATGG---GGAGGATTTGCA-CCAG-G--T--ATTGGTC-GCAGTATAA-------C--TTA--ATA-TAATTACGGAATTC---A-----T----T--T------ATTTC-A-GCA-AG-GAAAATAAAAGTCA-ACTC-TA------TG-TTGCA--T-TTAA---T----GATGT---AAGGCAAGC-TTTGA-----TAGAATTTTGCA---TCACTGG--TC-AGTTTA---AA-ATTGTA
gi|18407 : G---GGGGGTA-TTGTCACTA---TT-CACAAAGGTGGTAGAAAGAGG-AAAGACGATCCAAATAATAACAGGGC--TA--TAACTCTTA-CGCCTACGATACTG------A--AA-CTGTATGAAA---GTATAATTTT------------ACTT--CGTTC-GAA------AAGCAA-AC-T----CCTATCT---AAAC------T------CA---GTCC-GCA--ACATGGGGG-GTTCCA-GAAACA--G--ATTGGG-TGTATTATGGC
gi|18408 : TTCAAAGGCAACAATAAAAAC-AAAACGGACCCAAATAGTTACAGGGC--CAATTCAC-TTTG-T-TCTACTTTTTTA------A--AA-TTGTACGAAA---AGAT----TTTA-C-T--AA--AACT--ATTA---GAGCAATCTGGT-ACAC-T----C----------AAG------TTAA-A-CA---CATT-GCA--A---GGCGG-TTTTCA-AAGA-AACA--AT--AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTTTTT-TA---CGAGAAAGT---ATCTTTT----T--T------GCACA-A-GAA-AA-C--------A-----ACTC-TA---AACTTTTAACA--CGCTTC-CTC----GACGT---GAGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGA-TGG--TT-TAATTATATAA-A
gi|18409 : AAGGTGGGAATAAA-CGCAAAAACGATCATAAAAGTTATATAGC--AA--TAAC-TCTA-T-CGTCTTCCATT-T-T---A--AAGCTATATGAAA---GTGTTCTG-TTA-A-A--AA--AACT--AAAAT-CCA------GCCT-A-AC----------------AAAT------CCCATA-CATGAGT-T-GCA--A---GCAGG-CTTCCA-AGAA-A--A--CATGAGTTGTGTTATGACAAACATC--TTG----G-TG---AAAGAATGT---------T----C--C------GCATA-TTGTG-A---------------AAACTC-TAGTAAATTATATGCA--TGTTTTTCTT----GATGCTAGACAG---GCCTTCGA-----CAGAGTATGGTA---CGA-TGG--AC-TGTTTT-ACAA-ACT
gi|18410 : GTTACCGTGC--TA--TAAC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T---A--GA-CTGTATGAAA---ATATACTTCTTA-G-T--AA--AATT--GATAC-TGA------TGGT-A-AC-T----C---TTT---AAAG------TTCA-A-CA---GTCT-TCA--A---TGCGG-TTTTAA-AAAA-A--A--ATTGAGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTG-TA---AAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGAA--TGTTAC-CTT----GATGC---ACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTATGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTATCATCTTCAATTA--GATATGCA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444 1 1 55555555555555555555555555 111111 1111 1111111111111111111111111111111111111 11 1 11111 1111111 111111111 1111111111 1111
lowQualScore : 0 0 4 4 7777 4 44 1 22 111 1 1 1 1 777777777777777777777777777777777777 0 444 0 0 2 55 77 3 3 6 11111111111111111111111111 0 222222 77 555 2 555 9 1 8 1 1 1 0000 0 1 1 0 1 666 33 3 44 2 2 1 2 7 1 77777 33 666 1 5555 33 66666 2 33 5555 2 33 9999999999999999999999999999999999999 2 2 2 2 99999 33 444 1 2 2 33 33 1 1 00000 33 2222222 222 999999999 5555 888888888 1 666 1 2 2222222222 33 444 88 2 0 33 1 2 7777 1 0 66666 0 1 555 3 44 3 44 3 77
lowQualScore : . . . . .... . .. . .. ... . . . . .................................... . ... . . . .. .. . . . .......................... . ...... .. ... . ... . . . . . . .... . . . . . ... .. . .. . . . . . . ..... .. ... . .... .. ..... . .. .... . .. ..................................... . . . . ..... .. ... . . . .. .. . . ..... .. ....... ... ......... .... ......... . ... . . .......... .. ... .. . . .. . . .... . . ..... . . ... . .. . .. . ..
lowQualScore : 8 8 0 8 6666 0 77 0 00 999 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444 0 777 1 3 2 88 88 3 3 7 11111111111111111111111111 7 111111 88 000 9 000 0 0 6 9 5 0 6666 1 0 1 3 0 999 22 3 44 4 4 8 1 6 0 55555 22 555 9 1111 99 66666 4 22 0000 4 44 7777777777777777777777777777777777777 8 4 5 5 66666 55 444 8 5 5 44 44 3 0 99999 77 5555555 444 444444444 7777 000000000 0 111 5 7 1111111111 55 777 55 6 9 77 0 7 0000 0 7 77777 6 0 444 2 66 3 33 6 99
consensus : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGANNGACAAAGTATNTTACGAANATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCT--A--GAAACATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACTTT-ATNCAAAGGTGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAACAGTTACCGNGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T-A--AA---CTGTATGAAA---NTATACT-TC--TTA-AT--AAA----AT-TG--A-AC-CG--A--T--GGTA-AC-T----C---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTCTN-CAA---GGCGGTTTTCA-AAAA-A--A--ATTGGGCTGTGTNATGACG----TC--TTNCGCTG-TAAGNGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGCACGNCAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGATGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
Reference ( family-878 ) : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGANNGACAAAGTATNTTACGAANATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCT--A--GAAACATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACNTT-ATNCAAAGGTGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAACAGTTACCGNGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T-A--AA---CTGTATGAAA---NTATACT-TC--TTA-AT--AAA----AT-TG--ATAC-CG--A--T--GGTA-AC-T----C---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTCTN-CAA---GGCGGTTTTCA-AAAA-A--A--ATTGGGCTGTGTNATGACG----TC--TTNCGCTG-TAAGNGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGCACGNCAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGATGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18394 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACATT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCG-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---CTATACT-TC--TTA-AC--AAA----AT-TG--ATAC-TG--A--T--GGTA-AC-T----C---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTCTT-CAA---TGCGGTTTTCA-AAAA-A--A--ATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTTTGGCA---TGATGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18395 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTGTCACATT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCG-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CATCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-AC--AAA----AT-TG--ATAC-TG--A--T--GGTA-AC-T----C---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTCTT-CAA---TGCGGTTTTCA-AAAA-A--A--ATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTTTGGCA---TGATGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18396 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCATAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATATACAAAGTAGTTTATGAACATTAAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTTAACTATTTA-CT-GC-AATG-TTA---ATA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGAT-GTAA---TTATCACTTT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCT-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TACC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-AT--AAA----AT-TG--ATAC-TG--A--T--GGTA-AC-T----C---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTCTT-CAA---TGCATTTTTCA-GAAA-A--AATATTGGGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTG-TAAAAGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--AGTTAGATTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACATAAAGCATTCGA-----TATGGTTTGGCA---TGCTGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--TATATGCA
gi|18397 : AGATTATGTCAATCTGGCATTGCGTTAA-GCGAAAACGG-CC-AAAAGTCG-AAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTTATATAAATTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTCCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAGTACGGCT-GTTA---TTATCACATT-ATTTAAAGGTGATAACAAACTG-AGAAATGACCCCGACAGCTACCGTGT--TA--TTAC--TCA-T-TTTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTATATGAAA---GTATACT-TC--ATA-AA--ACA----AT-TG--CTAC-TG--A--T--GGTA-AC-A----C---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTTTT-CAA---TGCGATTTTCAGAAAA-A--A--ATT-GGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTT-A-GTA-AG-T--AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTATGGCA---TGATGG--TT-TG-TTA-GTAA-ATTGTATGATTTTCAATTA--GATTTGCA
gi|18398 : AGAACCTG--AATT--GCATCGTGTAAA--CG----CGG-C--AAA-GCCA-GTGGGATCGATAATGTTTCTTACGAACATTACATTTTTGGCGGAAA--------T---ATAGT--TA------T----TAA-TACAT--TAG---CAAAACTGTATA-CA-GC-TATG-CTGTCCCAAAGT----------TA-CAT-TCCACC-------AAACATGAACAA---AGGC-GTCA---TTATAACATT-ACATAAAGGCGG-AGGTAAACGTAAGGATGATCCCAATAATTATAGAGC--AA--TCAC-ATTA-A-CTCCTACTGCTCT-T-A--AA---CTATATGAAA---ATATACT-TC--TT---T--CAC----GT-T------C-CGA-A--C--AAAA-ACTT----C---TTT---CTAATTTA-AGTA---ATCAA-CAA---GGGGGGTTTCA-GGAA-G--G--ACTTGGTTGTTTGATGACT----TC--CTTCGCAC-TAAAAGAATGT---A-----T----T--TTATATGGCAGAGA-GCACAA-G--AGCAAGGTTT-T-------TGTTTGCT--TTTTA---------GATGCTCGTCAAGCTTTTGA-----TAGGGTGTGGCA---TAATGGACTTATGCT----CAA-ATTGTTTGAT
gi|18399 : GCATTAAGTAAA-GTGAAGAAAT-CA-AAA-GCCG-CCGGGGATGACAAAGTGTGTTATGAACATTTGATATACAGTAA-----------T---GGCGT--GG------T----AAG-ACAAC--TATTGGTGAAA-----TA-AT-GC-TATG-TTA---AAG--T----------TCTCATATACACCC--A--AACATATGAAGAG---AGGT-ATTA---TAATTACTCT-TTATAAAGGTGGCAAGAAGTCA-CGTGATGACCCGAACAGTTATAGGGC--TA--TCAC-ATTA-T-CGTCTGTTTTTGT-T-A--GA---TTATATGAAC---TTATG-T-TA--TTAGAT---AG----GT-TA--A--------A--G--GGTA-AT-G----CGAATAT---AGAAATAG-A-TA---GACAG-CAG---GGTGGTTTCCA-AGAA-A--A--GTTGTCTTGTGGAATGACA----TCATTTTCAC---TAAGAGAGTGT---A-----T----T--C------TCTTT-G-GTA-AA-G--AATGTGATTC-TA---AAGTATATATT--TGCTTC-TTA----GATGCGAAACAGGCCTTCGA-----TAGAATATGGCA---AGATGG--GT-TATTTT-TTAA-ATTAAATGAACTAAAAATA--GATA
gi|18400 : GCATTGAGTAACTGTAAAAAAAC-TT-AAA-GCCT-GCGGGAACGATAAAGTATTTTACGAAAATATCATGCATGGCGG-----------T------GT--TT------TACTGCAG-CAGGTGATAATT---AAACTGTTTAACT-G--TATGCTTG---CTT--T----------T-TCACATACGCCCGCA--GAAA--TGAAAAA---ATGT-ATAA---TTATAACATT-ATTTAAAGGCGGAAACAAAAAG-AAAAATGACCCAAATAGCTATAGAGC--CA--T----CTCA-T-TGT--GTTCATGCAT-ATTAA---CTTTATGAAA---AAAT-----C--CTA-AT--TCAGCTGAT-TG--AAAA-GG--A--T--GGAA-AA-TTGAGC---TTT---AA---TC----------CCTCGCAA---GGAGGTTTTCA-GAAA-A--A--TGTCAACTGTCTCATGACA----TC--ATATA-TGTTACGTGAATGC---A-----TAAACTA-T------GCAGA-T-GAA-AA-C--AATT---CAC-AA---A----TCTACACCTGTTTC-TTA----GACGCAAAACAAGCGTTCGA-----TCGGGCATGG
gi|18401 : CGAAAA-GC-AAAACAGATT-AAA-GCTT-GCGGGTGTGATAATGTTTATTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTCAAAA-TATG-A-CTAGA-TATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGTAGTA----TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGATTGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAA-CCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-AT--AGA----AT-TG--AAAG-TG--A--T----TC-AG-T----G---TATCAGAAAATT-A-A-TA-------A-CAA---GGTGGGTTTCA-ACGA-G--GT-ATT-GGCTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTC-TGCGTGAATGC---T-----C----T--T------ACTTC-G-CTA-AA-GAAAATGAGAGTC--A---A-----TTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TAGCGTTTGGCA---TGA-GG--CT-CTTATG-GTAA-
gi|18402 : CGAAAA-GC-AAAACAG-TTTAAA-GCTT-GCGGGTGTGATAATGTTTATTACGAAAATATTACCTATGTTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAGAAC--TA-TTTCAAAA-TATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGT-ATAA---TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGACTGACCCGAAAAGTTATCGAGC--AA--TTAC-CCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-AT--AGA----AT-TG--A-ACGTG--A--T--TGTG-CG-T----A---TCA---GAAAATTA-A-TA---AGTTA-CAA---GGTGGGTTCCA-ACGA-G--GT-ATT-GGCTGCATGATGACT----GC--TTTTGTTC-TGCCTGAATGCTCTATC---T----T--C------GCTTA-A-G-A-A-----AATGAGAGTC--A---A-----TTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TACCGTTTGGCA---TAA-GG--TT-
gi|18403 : -GCAAAAA-GA-AC-AAA-ATCATGAGGGAATGACCTAGTATACTATAAAAGTATCATGTATGGTGGACAATGACTGCT---ATCGG--TGA-----T----TAA-AAAA---TAATTTAGAAAC-ATAAA----AA-TATA-T-----------------------TCACATTCACCT--ACTGAA--ATGAAAAA---AGGA-ATAA---TTACGACTTT-ATTCAAAGGTAGTTATAAAAAC-AAAGCCGATCCAAATAGCTATCGAGCAATA--TCGC-TCTGCT-CAGCAG--ATT-T-A-A--AA---CTATATGAGAAGGTTTTACTCTCTATTA-TT--AAA----AC-AA--A----CG--T--T--AGT---T-T----CG--CTT---AAA-TTCA----------CTA-CAA---GGAGGTTTTCA-AATA-A--A--TATAAGCATTGTAATGACG----TC--GTAT-CTGCTACGTGAATGC---A-----T----TAAT-------CATA----CA-CGCG--AACAAAATTC-TA---AATTATATACT--TGTTTT-CTT----GACGTAAGACAAGCGTTCGA-----TCATGTGTGTCA---TAA
gi|18404 : TTACGAAAATATGATATACGGTGG-----------T----CCGC--T-------------------AT--TACTTTCCAAAAT-TACA-AA-AT-TATT-TCA---CAA--TATGTCTTTACTAGCACATGTACCT--GTTGAA--ATGAAAAA---GGGT-ATTA---TAACGACCCT-CTACAAAGGCAACAATAAAAAC-AAAACGGACCCAAATAGTTACAGGGCCATA--TCAC-TTTG-T---TCTACTATTTT-A-A--AA---TTGTACGAAA---AGAT--------TTA-ATTAAAA----ATGTT--AGAG-CA--ATCT--GGTACAC-T----C----------AGGTTAA-A-CA---CATTG-CAA---GGCGGTTTTCA-AAGA-A--AC-ATT-AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTCTTT-TGATAGAAAGT---ATCTTTT----T--T------GCAAA-A-GAA-AA-C--A-----ACTCTTA---AACTTTTTACA--TGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGA-----
gi|18405 : TTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTCAAAAC-ATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGT-ATAA---TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGACTGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAC-TCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-AT--AGA----AT-TG--A-ACGCG--A--T--TGTG-CG-T----A---TCA---GAAAATTA-A-TA---AGTTA-CAA---GGTGGATTTCA-ACGG-G--GT-ATT-GGCTGCATGATGACT----TC--TTTTGTTC-TGCGTGAATGC---T-----C----T--T------ACTTC-G-CTA-AA-G--AAAATGAC--------AGTCAATTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TACCGTTTGGCA---TGA-GG--CT-CTTATG-GTAATATTGTTCAAATTTGGATTACCGTTATACA
gi|18406 : ATGAAAAG---ACGT-GTAAGCATTACCATTTT-A--CGA--GTAGGAAGAAGGGT-AAGGATGACTCTAACTGTTATCGAGC--TA--TAAC-ATAA-T-CATCTGCTATT-T-C-A--AAAAACT--ATGAAA---GTATTAT-TC--TTG-AT--AAA----GT-T
gi|18407 : G---GGGG-GTA----TTGTCACTAT-TCACAAAGGTGGTAGAAAGAGG-AAAGACGATCCAAATAATAACAGGGC--TA--TAACTCTTA-CGCCTACGATACTG----A--AA---CTGTATGAAA---GTATAAT-T---TTA-CT----------T-CG--TT---CGAAA--A--GCAA-AC-T----CCTATCT---AAACT------CA---GTCCG-CAACATGGGGGGTTCCA-GAAACA--G--ATTGGG-TGTATTATGGCattggaagtaatgaagaaccaattcatcgccatggggaggatttgcaccaggtattggtcgcagtataacttaatataattacggaattcatttatttcagcaaggaaaataaaagtcaactctatgttgcatttaatgatgtaaggcaagctttgatagaattttgcatcactggtcagtttaaaattgta
gi|18408 : TTCAAAGGCAACAATAAAAAC-AAAACGGACCCAAATAGTTACAGGGC--CAATTCAC-TTTG-T-TCTACTTTTTTA----A--AA---TTGTACGAAA---AGAT-----T--TTA-CT--AAA----AC-TATTAGAG-CA--A--TCTGGTACAC-T----C----------AAGTTAA-A-CA---CATTG-CAA---GGCGGTTTTCA-AAGA-AACA--AT--AATTGTAAAATGACG----TC--TTTTTTTT-TACGAGAAAGT---ATCTTTT----T--T------GCACA-A-GAA-AA-C--A-----ACTC-TA---AACTTTTAACA--CGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGATGG--TT-TAATTATATAA-A
gi|18409 : AAGGTGGGAATAAA-CGCAAAAACGATCATAAAAGTTATATAGC--AA--TAAC-TCTA-T-CGTCTTCCATT-T-T-A--AAG--CTATATGAAA---GTGTTCT-G---TTA-AA--AAA----AC-TA--AAAT-CC--A--G--CCTA-AC----------------AAATCCCATA-CATGAGT-TG-CAA---GCAGGCTTCCA-AGAA-A--A--CATGAGTTGTGTTATGACAAACATC--TTG----G-TGAAAGAATGT---------T----C--C------GCATA-TTGTG-A---------AAACTC-TAGTAAATTATATGCA--TGTTTTTCTT----GATGCTAGACAGGCCTTCGA-----CAGAGTATGGTA---CGATGG--AC-TGTTTT-ACAA-ACT
gi|18410 : GTTACCGTGC--TA--TAAC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-GT--AAA----AT-TG--ATAC-TG--A--T--GGTA-AC-T----C---TTT---AAAGTTCA-A-CA---GTCTT-CAA---TGCGGTTTTAA-AAAA-A--A--ATTGAGCTGTGTTATGACA----TC--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGAA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTATGGCA---TGATGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTATCATCTTCAATTA--GATATGCA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444 1 1 55555555555555555555555555 111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333 11111 1111 11111 1111111 111111111 11111111111 1111
lowQualScore : 0 0 4 4 7777 4 44 1 22 111 1 1 1 1 777777777777777777777777777777777777 0 44 0 0 2 55 77 3 3 6 11111111111111111111111111 0 222222 55 555 2 555 9 1 8 1 1 1 0000 0 1 1 0 1 666 33 3 44 2 2 1 2 7 1 77777 33 666 1 5555 33 66666 2 2 88888888 33 3333333333333333333333333333333333333333 8888888 1 444 999999999 33 444 2 2 2 2 22222 0000 1 33 00000 2 33 4444444 555 777777777 5555 55 777777 1 555 1 2 77777777777 6666 22 444 99 1 0 33 1 2 5555 0 1 0 1 66666 0 1 555 55 44 3 44 3 77
lowQualScore : . . . . .... . .. . .. ... . . . . .................................... . .. . . . .. .. . . . .......................... . ...... .. ... . ... . . . . . . .... . . . . . ... .. . .. . . . . . . ..... .. ... . .... .. ..... . . ........ .. ........................................ ....... . ... ......... .. ... . . . . ..... .... . .. ..... . .. ....... ... ......... .... .. ...... . ... . . ........... .... .. ... .. . . .. . . .... . . . . ..... . . ... .. .. . .. . ..
lowQualScore : 8 8 0 8 6666 0 77 0 00 999 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444 0 66 1 3 2 88 88 3 3 7 11111111111111111111111111 7 111111 88 000 9 000 0 4 6 9 5 0 6666 1 0 1 3 0 999 22 3 44 4 4 8 1 6 0 55555 22 555 9 1111 99 66666 4 4 44444444 22 9999999999999999999999999999999999999999 8888888 6 333 666666666 22 111 6 4 4 4 88888 4444 0 22 66666 5 44 9999999 111 666666666 3333 99 222222 0 111 8 5 66666666666 8888 88 444 99 8 2 44 0 5 9999 9 0 6 0 22222 9 0 000 22 22 1 33 3 99
consensus : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGANNGACAAAGTATNTTACGAANATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCT--A--GAAACATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACTTT-ATNCAAAGGTGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAACAGTTACCGNGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T-A--AA---CTGTATGAAA---NTATACT-TC--TTA-A-TAAA----A---TT--GA-A--C-CG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTN-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTNA--TGACA----T-C--TTNCGCTG-TAAGNGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--------AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGCACGNCAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
Reference ( family-878 ) : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGANNGACAAAGTATNTTACGAANATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCT--A--GAAACATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACTTT-ATNCAAAGGTGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAACAGTTACCGNGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T-A--AA---CTGTATGAAA---NTATACT-TC--TTA-A-TAAA----A---TT--GA-A--C-CG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTN-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTNA--TGACG----T-C--TTNCGCTG-TAAGNGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--------AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGCACGNCAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18394 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACATT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCG-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---CTATACT-TC--TTA-A-CAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTTTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18395 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTGTCACATT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCG-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CATCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-A-CAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTTTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18396 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCATAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATATACAAAGTAGTTTATGAACATTAAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTTAACTATTTA-CT-GC-AATG-TTA---ATA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGAT-GTAA---TTATCACTTT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCT-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TACC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-A-TAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCAT-TTTTCA-GAAA-A--AATATTGG--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAAGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGATTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACATAAAGCATTCGA-----TATGGTTTGGCA---TGC-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--TATATGCA
gi|18397 : AGATTATGTCAATCTGGCATTGCGTTAA-GCGAAAACGG-CC-AAAAGTCG-AAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTTATATAAATTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTCCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAGTACGGCT-GTTA---TTATCACATT-ATTTAAAGGTGATAACAAACTG-AGAAATGACCCCGACAGCTACCGTGT--TA--TTAC--TCA-T-TTTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTATATGAAA---GTATACT-TC--ATA-A-AACA----A---TT--GCTA--C-TG-A--T--GGTA-AC-A----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTTTT-CA--A---TGCGA-TTTTCAGAAAA-A--A--ATT-G--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTT-A-GTA-AG-T--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTATGGCA---TGA-TGG--TT-TG-TTA-GTAA-ATTGTATGATTTTCAATTA--GATTTGCA
gi|18398 : AGAACCTG--AATT--GCATCGTGTAAA--CG----CGG-C--AAA-GCCA-GTGGGATCGATAATGTTTCTTACGAACATTACATTTTTGGCGGAAA--------T---ATAGT--TA------T----TAA-TACAT--TAG---CAAAACTGTATA-CA-GC-TATG-CTGTCCCAAAGT----------TA-CAT-TCCACC-------AAACATGAACAA---AGGC-GTCA---TTATAACATT-ACATAAAGGCGG-AGGTAAACGTAAGGATGATCCCAATAATTATAGAGC--AA--TCAC-ATTA-A-CTCCTACTGCTCT-T-A--AA---CTATATGAAA---ATATACT-TC--TT----TCAC----G---TTCCGA-A--C-AA-A--------A-ACTT----C---TTT-----CTAA------TTTA-AGTA---ATCAA-CA--A---GGGGG-GTTTCA-GGAA-G--G--ACTTG--GTTGTTTGA--TGACT----T-C--CTTCGCAC-TAAAAGAATGT---A-----T----T--TTATATGGCAGAGA-GCACAA-G--------AGCAAGGTTT-T-------TGTTTGCT--TTTTA---------GATGCTCGTCAAGCTTTTGA-----TAGGGTGTGGCA---TAA-TGGACTTATGCT----CAA-ATTGTTTGAT
gi|18399 : GCATTAAGTAAA-GTGAAGAAAT-CA-AAA-GCCG-CCGGGGATGACAAAGTGTGTTATGAACATTTGATATACAGTAA-----------T---GGCGT--GG------T----AAG-ACAAC--TATTGGTGAAA-----TA-AT-GC-TATG-TTA---AAG--T----------TCTCATATACACCC--A--AACATATGAAGAG---AGGT-ATTA---TAATTACTCT-TTATAAAGGTGGCAAGAAGTCA-CGTGATGACCCGAACAGTTATAGGGC--TA--TCAC-ATTA-T-CGTCTGTTTTTGT-T-A--GA---TTATATGAAC---TTATG-T-TA--TTAGA-T-AG----G---TT--AA-A-----G-------GGTA-AT-G----CGAATAT-----AGAA------ATAG-A-TA---GACAG-CA--G---GGTGG-TTTCCA-AGAA-A--A--GTTGT--CTTGTGGAA--TGACA----T-CATTTTCAC---TAAGAGAGTGT---A-----T----T--C------TCTTT-G-GTA-AA-G--------AATGTGATTC-TA---AAGTATATATT--TGCTTC-TTA----GATGCGAAACAGGCCTTCGA-----TAGAATATGGCA---AGA-TGG--GT-TATTTT-TTAA-ATTAAATGAACTAAAAATA--GATA
gi|18400 : GCATTGAGTAACTGTAAAAAAAC-TT-AAA-GCCT-GCGGGAACGATAAAGTATTTTACGAAAATATCATGCATGGCGG-----------T------GT--TT------TACTGCAG-CAGGTGATAATT---AAACTGTTTAACT-G--TATGCTTG---CTT--T----------T-TCACATACGCCCGCA--GAAA--TGAAAAA---ATGT-ATAA---TTATAACATT-ATTTAAAGGCGGAAACAAAAAG-AAAAATGACCCAAATAGCTATAGAGC--CA--T----CTCA-T-TGT--GTTCATGCAT-ATTAA---CTTTATGAAA---AAAT-----C--CTA-A-TTCAGCTGA---TT--GA-A--A-AGGA--T--GGAA-AA-TTGAGC---TTT-----AA---------TC----------CCTCGCA--A---GGAGG-TTTTCA-GAAA-A--A--TGTCA--ACTGTCTCA--TGACA----T-C--ATATA-TGTTACGTGAATGC---A-----TAAACTA-T------GCAGA-T-GAA-AA-C--------AATT---CAC-AA---A----TCTACACCTGTTTC-TTA----GACGCAAAACAAGCGTTCGA-----TCGGGCATGG
gi|18401 : CGAAAA-GC-AAAACAGATT-AAA-GCTT-GCGGGTGTGATAATGTTTATTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTCAAAA-TATG-A-CTAGA-TATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGTAGTA----TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGATTGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAA-CCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-A-TAGA----A---TT--GA-A-------------AGTG-AT-T----CAG-TGTATCAGAAAA------TT-A-A-TA-------A-CA--A---GGTGG-GTTTCA-ACGA-G--GT-ATT-G--GCTGCATGA--TGACT----T-C--TTTTGTTC-TGCGTGAATGC---T-----C----T--T------ACTTC-G-CTA-AA-GAA------AATGAGAGTC--A---A-----TTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TAGCGTTTGGCA---TGA--GG--CT-CTTATG-GTAA-
gi|18402 : CGAAAA-GC-AAAACAG-TTTAAA-GCTT-GCGGGTGTGATAATGTTTATTACGAAAATATTACCTATGTTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAGAAC--TA-TTTCAAAA-TATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGT-ATAA---TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGACTGACCCGAAAAGTTATCGAGC--AA--TTAC-CCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-A-TAGA----A---TT--GA-A--CGTG-A--T--TGTG-CG-T----A---TCA-----GAAA------ATTA-A-TA---AGTTA-CA--A---GGTGG-GTTCCA-ACGA-G--GT-ATT-G--GCTGCATGA--TGACT----G-C--TTTTGTTC-TGCCTGAATGCTCTATC---T----T--C------GCTTA-A-G-A-A-----------AATGAGAGTC--A---A-----TTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TACCGTTTGGCA---TAA--GG--TT-
gi|18403 : -GCAAAAA-GA-AC-AAA-ATCATGAGGGAATGACCTAGTATACTATAAAAGTATCATGTATGGTGGACAATGACTGCT---ATCGG--TGA-----T----TAA-AAAAT---AATTTAGAAAC-ATAAA----AA-TATA-TT-----------------------CACATTCACCT--ACTGAAA--TGAAAAA---AGGA-ATAA---TTACGACTTT-ATTCAAAGGTAGTTATAAAAAC-AAAGCCGATCCAAATAGCTATCGAGCAATA--TCGC-TCTGCT-CAGCAG--ATT-T-A-A--AA---CTATATGAGAAGGTTTTACTCTCTATTA-T-TAAA----A---C----A-A--A-CG-T--T--AGT---T-T----CG--CTT-----AAA-------TTCA----------CTA-CA--A---GGAGG-TTTTCA-AATA-A--A--TATAA--GCATTGTAA--TGACG----T-C--GTAT-CTGCTACGTGAATGC---A-----T----TAAT-------CATA----CA-CGCG--------AACAAAATTC-TA---AATTATATACT--TGTTTT-CTT----GACGTAAGACAAGCGTTCGA-----TCATGTGTGTCA---TAA-
gi|18404 : TTACGAAAATATGATATACGGTGG-----------T----CCGC--T-------------------AT--TACTTTCCAAAAT-TACA-AA-AT-TATT-TCA---CAA--TATGTCTTTACTAGCACATGTACCT--GTTGAA--ATGAAAAA---GGGT-ATTA---TAACGACCCT-CTACAAAGGCAACAATAAAAAC-AAAACGGACCCAAATAGTTACAGGGCCATA--TCAC-TTTG-T---TCTACTATTTT-A-A--AA---TTGTACGAAA---AGAT--------TTA-ATTAAA----AATGTT--AG-A--G-CA-ATCT--GGTACAC-T----C------------AGG------TTAA-A-CA---CATTG-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAGA-A--AC-ATT-A--ATTGTAAAA--TGACG----T-C--TTTTCTTT-TGATAGAAAGT---ATCTTTT----T--T------GCAAA-A-GAA-AA-C--------A-----ACTCTTA---AACTTTTTACA--TGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGA-----
gi|18405 : TTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTCAAAAC-ATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGT-ATAA---TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGACTGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAC-TCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-A-TAGA----A---TT--GA-A--CGCG-A--T--TGTG-CG-T----A---TCA-----GAAA------ATTA-A-TA---AGTTA-CA--A---GGTGG-ATTTCA-ACGG-G--GT-ATT-G--GCTGCATGA--TGACT----T-C--TTTTGTTC-TGCGTGAATGC---T-----C----T--T------ACTTC-G-CTA-AA-G--------AAAATGAC--------AGTCAATTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TACCGTTTGGCA---TGA--GG--CT-CTTATG-GTAATATTGTTCAAATTTGGATTACCGTTATACA
gi|18406 : ATGAAAAG---ACGT-GTAAGCATTACCATTTT-A--CGA--GTAGGAAGAAGGGT-AAGGATGACTCTAACTGTTATCGAGC--TA--TAAC-ATAA-T-CATCTGCTATT-T-C-A--AAAAACT--ATGAAA---GTATTAT-TC--TTG-A-TAAA----G---TT-----A--T-TG-G--A--AGTA-A-------------T-----GAAGAACCAATTCA---------TCGC-CATGG---GGAGGATTTGCA-CCAG-G--T--ATTGGTCGCAGTATAACTTAATA----TAA--TTACG---------GAATTC---A-----T----T--T------ATTTC-A-GCA-AG-GAAAATAAAAGTCA-ACTC-TA------TG-TTGCA--T-TTAA---T----GATGTAAGGCAAGC-TTTGA-----TAGAATTTTGCA---TCACTGG--TC-AGTTTA---AA-ATTGTA
gi|18407 : G---GGGG-GTA----TTGTCACTAT-TCACAAAGGTGGTAGAAAGAGG-AAAGACGATCCAAATAATAACAGGGC--TA--TAACTCTTA-CGCCTACGATACTG----A--AA---CTGTATGAAA---GTATAAT-T---TTA-C-TTCG----T---TC--GA-A-------A--A--GCAA-AC-T----CCTATCT-----AAAC------T------CA---GTCCG-CA--ACATGGGGG-GTTCCA-GAAACA--G--ATTGG--G-TGTATTA--TGGC
gi|18408 : TTCAAAGGCAACAATAAAAAC-AAAACGGACCCAAATAGTTACAGGGC--CAATTCAC-TTTG-T-TCTACTTTTTTA----A--AA---TTGTACGAAA---AGAT-----T--TTA-C-TAAA----ACTATT--AG-A--G-CA-A--TCTGGTACAC-T----C------------AAG------TTAA-A-CA---CATTG-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAGA-AACA--AT--A--ATTGTAAAA--TGACG----T-C--TTTTTTTT-TACGAGAAAGT---ATCTTTT----T--T------GCACA-A-GAA-AA-C--------A-----ACTC-TA---AACTTTTAACA--CGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGA-TGG--TT-TAATTATATAA-A
gi|18409 : AAGGTGGGAATAAA-CGCAAAAACGATCATAAAAGTTATATAGC--AA--TAAC-TCTA-T-CGTCTTCCATT-T-T-A--AAG--CTATATGAAA---GTGTTCT-G---TTA-A-AAAA----A---CT--AA-AATC-CA-G--C--C-TA-AC------------------AAAT------CCCATA-CATGAGT-TG-CA--A---GCAGG-CTTCCA-AGAA-A--A--CATGA--GTTGTGTTA--TGACAAACAT-C--TTG----G-TGAAAGAATGT---------T----C--C------GCATA-TTGTG-A---------------AAACTC-TAGTAAATTATATGCA--TGTTTTTCTT----GATGCTAGACAGGCCTTCGA-----CAGAGTATGGTA---CGA-TGG--AC-TGTTTT-ACAA-ACT
gi|18410 : GTTACCGTGC--TA--TAAC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-G-TAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCGG-TTTTAA-AAAA-A--A--ATTGA--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGAA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTATGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTATCATCTTCAATTA--GATATGCA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444 1 1 55555555555555555555555555 111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333 11111 1111 1111111 111111111 11111111111 1111
lowQualScore : 0 0 4 4 7777 4 44 1 22 111 1 1 1 1 777777777777777777777777777777777777 0 44 0 0 2 55 77 3 3 6 11111111111111111111111111 0 222222 55 555 2 555 9 1 8 1 1 1 0000 0 1 1 0 1 666 33 3 44 2 2 1 2 7 1 77777 33 666 1 5555 33 66666 2 2 88888888 33 3333333333333333333333333333333333333333 8888888 1 444 999999999 33 444 2 2 2 2 22222 0000 1 33 55555 2 33 4444444 555 777777777 5555 55 777777 1 555 1 2 77777777777 6666 22 444 99 1 0 33 1 2 5555 0 1 0 1 66666 0 1 555 55 44 3 44 3 77
lowQualScore : . . . . .... . .. . .. ... . . . . .................................... . .. . . . .. .. . . . .......................... . ...... .. ... . ... . . . . . . .... . . . . . ... .. . .. . . . . . . ..... .. ... . .... .. ..... . . ........ .. ........................................ ....... . ... ......... .. ... . . . . ..... .... . .. ..... . .. ....... ... ......... .... .. ...... . ... . . ........... .... .. ... .. . . .. . . .... . . . . ..... . . ... .. .. . .. . ..
lowQualScore : 8 8 0 8 6666 0 77 0 00 999 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444 0 66 1 3 2 88 88 3 3 7 11111111111111111111111111 7 111111 88 000 9 000 0 4 6 9 5 0 6666 1 0 1 3 0 999 22 3 44 4 4 8 1 6 0 55555 22 555 9 1111 99 66666 4 4 44444444 22 9999999999999999999999999999999999999999 8888888 6 333 666666666 22 111 6 4 4 4 88888 4444 0 22 66666 5 44 9999999 111 666666666 3333 99 222222 0 111 8 5 66666666666 8888 88 444 99 8 2 44 0 5 9999 9 0 6 0 22222 9 0 000 22 22 1 33 3 99
consensus : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGANNGACAAAGTATNTTACGAANATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCT--A--GAAACATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACTTT-ATNCAAAGGTGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAACAGTTACCGNGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T-A--AA---CTGTATGAAA---NTATACT-TC--TTA-A-TAAA----A---TT--GA-A--C-CG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTN-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTNA--TGACA----T-C--TTNCGCTG-TAAGNGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--------AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGCACGNCAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
Reference ( family-878 ) : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGANNGACAAAGTATNTTACGAANATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCT--A--GAAACATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACTTT-ATNCAAAGGTGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAACAGTTACCGNGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T-A--AA---CTGTATGAAA---NTATACT-TC--TTA-A-TAAA----A---TT--GA-A--C-CG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTN-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTNA--TGACA----T-C--TTNCGCTG-TAAGNGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--------AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGCACGNCAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18394 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACATT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCG-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---CTATACT-TC--TTA-A-CAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTTTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18395 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTGTCACATT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCG-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CATCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-A-CAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTTTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18396 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCATAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATATACAAAGTAGTTTATGAACATTAAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTTAACTATTTA-CT-GC-AATG-TTA---ATA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGAT-GTAA---TTATCACTTT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCT-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TACC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-A-TAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCAT-TTTTCA-GAAA-A--AATATTGG--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAAGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGATTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACATAAAGCATTCGA-----TATGGTTTGGCA---TGC-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--TATATGCA
gi|18397 : AGATTATGTCAATCTGGCATTGCGTTAA-GCGAAAACGG-CC-AAAAGTCG-AAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTTATATAAATTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTCCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAGTACGGCT-GTTA---TTATCACATT-ATTTAAAGGTGATAACAAACTG-AGAAATGACCCCGACAGCTACCGTGT--TA--TTAC--TCA-T-TTTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTATATGAAA---GTATACT-TC--ATA-A-AACA----A---TT--GCTA--C-TG-A--T--GGTA-AC-A----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTTTT-CA--A---TGCGA-TTTTCAGAAAA-A--A--ATT-G--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTT-A-GTA-AG-T--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTATGGCA---TGA-TGG--TT-TG-TTA-GTAA-ATTGTATGATTTTCAATTA--GATTTGCA
gi|18398 : AGAACCTG--AATT--GCATCGTGTAAA--CG----CGG-C--AAA-GCCA-GTGGGATCGATAATGTTTCTTACGAACATTACATTTTTGGCGGAAA--------T---ATAGT--TA------T----TAA-TACAT--TAG---CAAAACTGTATA-CA-GC-TATG-CTGTCCCAAAGT----------TA-CAT-TCCACC-------AAACATGAACAA---AGGC-GTCA---TTATAACATT-ACATAAAGGCGG-AGGTAAACGTAAGGATGATCCCAATAATTATAGAGC--AA--TCAC-ATTA-A-CTCCTACTGCTCT-T-A--AA---CTATATGAAA---ATATACT-TC--TT----TCAC----G---TTCCGA-A--C-AA-A--------A-ACTT----C---TTT-----CTAA------TTTA-AGTA---ATCAA-CA--A---GGGGG-GTTTCA-GGAA-G--G--ACTTG--GTTGTTTGA--TGACT----T-C--CTTCGCAC-TAAAAGAATGT---A-----T----T--TTATATGGCAGAGA-GCACAA-G--------AGCAAGGTTT-T-------TGTTTGCT--TTTTA---------GATGCTCGTCAAGCTTTTGA-----TAGGGTGTGGCA---TAA-TGGACTTATGCT----CAA-ATTGTTTGAT
gi|18399 : GCATTAAGTAAA-GTGAAGAAAT-CA-AAA-GCCG-CCGGGGATGACAAAGTGTGTTATGAACATTTGATATACAGTAA-----------T---GGCGT--GG------T----AAG-ACAAC--TATTGGTGAAA-----TA-AT-GC-TATG-TTA---AAG--T----------TCTCATATACACCC--A--AACATATGAAGAG---AGGT-ATTA---TAATTACTCT-TTATAAAGGTGGCAAGAAGTCA-CGTGATGACCCGAACAGTTATAGGGC--TA--TCAC-ATTA-T-CGTCTGTTTTTGT-T-A--GA---TTATATGAAC---TTATG-T-TA--TTAGA-T-AG----G---TT--AA-A-----G-------GGTA-AT-G----CGAATAT-----AGAA------ATAG-A-TA---GACAG-CA--G---GGTGG-TTTCCA-AGAA-A--A--GTTGT--CTTGTGGAA--TGACA----T-CATTTTCAC---TAAGAGAGTGT---A-----T----T--C------TCTTT-G-GTA-AA-G--------AATGTGATTC-TA---AAGTATATATT--TGCTTC-TTA----GATGCGAAACAGGCCTTCGA-----TAGAATATGGCA---AGA-TGG--GT-TATTTT-TTAA-ATTAAATGAACTAAAAATA--GATA
gi|18400 : GCATTGAGTAACTGTAAAAAAAC-TT-AAA-GCCT-GCGGGAACGATAAAGTATTTTACGAAAATATCATGCATGGCGG-----------T------GT--TT------TACTGCAG-CAGGTGATAATT---AAACTGTTTAACT-G--TATGCTTG---CTT--T----------T-TCACATACGCCCGCA--GAAA--TGAAAAA---ATGT-ATAA---TTATAACATT-ATTTAAAGGCGGAAACAAAAAG-AAAAATGACCCAAATAGCTATAGAGC--CA--T----CTCA-T-TGT--GTTCATGCAT-ATTAA---CTTTATGAAA---AAAT-----C--CTA-A-TTCAGCTGA---TT--GA-A--A-AGGA--T--GGAA-AA-TTGAGC---TTT-----AA---------TC----------CCTCGCA--A---GGAGG-TTTTCA-GAAA-A--A--TGTCA--ACTGTCTCA--TGACA----T-C--ATATA-TGTTACGTGAATGC---A-----TAAACTA-T------GCAGA-T-GAA-AA-C--------AATT---CAC-AA---A----TCTACACCTGTTTC-TTA----GACGCAAAACAAGCGTTCGA-----TCGGGCATGG
gi|18401 : CGAAAA-GC-AAAACAGATT-AAA-GCTT-GCGGGTGTGATAATGTTTATTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTCAAAA-TATG-A-CTAGA-TATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGTAGTA----TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGATTGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAA-CCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-A-TAGA----A---TT--GA-A-------------AGTG-AT-T----CAG-TGTATCAGAAAA------TT-A-A-TA-------A-CA--A---GGTGG-GTTTCA-ACGA-G--GT-ATT-G--GCTGCATGA--TGACT----T-C--TTTTGTTC-TGCGTGAATGC---T-----C----T--T------ACTTC-G-CTA-AA-GAA------AATGAGAGTC--A---A-----TTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TAGCGTTTGGCA---TGA--GG--CT-CTTATG-GTAA-
gi|18402 : CGAAAA-GC-AAAACAG-TTTAAA-GCTT-GCGGGTGTGATAATGTTTATTACGAAAATATTACCTATGTTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAGAAC--TA-TTTCAAAA-TATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGT-ATAA---TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGACTGACCCGAAAAGTTATCGAGC--AA--TTAC-CCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-A-TAGA----A---TT--GA-A--CGTG-A--T--TGTG-CG-T----A---TCA-----GAAA------ATTA-A-TA---AGTTA-CA--A---GGTGG-GTTCCA-ACGA-G--GT-ATT-G--GCTGCATGA--TGACT----G-C--TTTTGTTC-TGCCTGAATGCTCTATC---T----T--C------GCTTA-A-G-A-A-----------AATGAGAGTC--A---A-----TTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TACCGTTTGGCA---TAA--GG--TT-
gi|18403 : -GCAAAAA-GA-AC-AAA-ATCATGAGGGAATGACCTAGTATACTATAAAAGTATCATGTATGGTGGACAATGACTGCT---ATCGG--TGA-----T----TAA-AAAAT---AATTTAGAAAC-ATAAA----AA-TATA-TT-----------------------CACATTCACCT--ACTGAAA--TGAAAAA---AGGA-ATAA---TTACGACTTT-ATTCAAAGGTAGTTATAAAAAC-AAAGCCGATCCAAATAGCTATCGAGCAATA--TCGC-TCTGCT-CAGCAG--ATT-T-A-A--AA---CTATATGAGAAGGTTTTACTCTCTATTA-T-TAAA----A---C----A-A--A-CG-T--T--AGT---T-T----CG--CTT-----AAA-------TTCA----------CTA-CA--A---GGAGG-TTTTCA-AATA-A--A--TATAA--GCATTGTAA--TGACG----T-C--GTAT-CTGCTACGTGAATGC---A-----T----TAAT-------CATA----CA-CGCG--------AACAAAATTC-TA---AATTATATACT--TGTTTT-CTT----GACGTAAGACAAGCGTTCGA-----TCATGTGTGTCA---TAA-
gi|18404 : TTACGAAAATATGATATACGGTGG-----------T----CCGC--T-------------------AT--TACTTTCCAAAAT-TACA-AA-AT-TATT-TCA---CAA--TATGTCTTTACTAGCACATGTACCT--GTTGAA--ATGAAAAA---GGGT-ATTA---TAACGACCCT-CTACAAAGGCAACAATAAAAAC-AAAACGGACCCAAATAGTTACAGGGCCATA--TCAC-TTTG-T---TCTACTATTTT-A-A--AA---TTGTACGAAA---AGAT--------TTA-ATTAAA----AATGTT--AG-A--G-CA-ATCT--GGTACAC-T----C------------AGG------TTAA-A-CA---CATTG-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAGA-A--AC-ATT-A--ATTGTAAAA--TGACG----T-C--TTTTCTTT-TGATAGAAAGT---ATCTTTT----T--T------GCAAA-A-GAA-AA-C--------A-----ACTCTTA---AACTTTTTACA--TGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGA-----
gi|18405 : TTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTCAAAAC-ATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGT-ATAA---TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGACTGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAC-TCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-A-TAGA----A---TT--GA-A--CGCG-A--T--TGTG-CG-T----A---TCA-----GAAA------ATTA-A-TA---AGTTA-CA--A---GGTGG-ATTTCA-ACGG-G--GT-ATT-G--GCTGCATGA--TGACT----T-C--TTTTGTTC-TGCGTGAATGC---T-----C----T--T------ACTTC-G-CTA-AA-G--------AAAATGAC--------AGTCAATTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TACCGTTTGGCA---TGA--GG--CT-CTTATG-GTAATATTGTTCAAATTTGGATTACCGTTATACA
gi|18406 : ATGAAAAG---ACGT-GTAAGCATTACCATTTT-A--CGA--GTAGGAAGAAGGGT-AAGGATGACTCTAACTGTTATCGAGC--TA--TAAC-ATAA-T-CATCTGCTATT-T-C-A--AAAAACT--ATGAAA---GTATTAT-TC--TTG-A-TAAA----G---TT-----A--T-TG-G--A--AGTA-A-------------T-----GAAGAACCAATTCA---------TCGC-CATGG---GGAGGATTTGCA-CCAG-G--T--ATTGGTCGCAGTATAACTTAATA----TAA--TTACG---------GAATTC---A-----T----T--T------ATTTC-A-GCA-AG-GAAAATAAAAGTCA-ACTC-TA------TG-TTGCA--T-TTAA---T----GATGTAAGGCAAGC-TTTGA-----TAGAATTTTGCA---TCACTGG--TC-AGTTTA---AA-ATTGTA
gi|18407 : G---GGGG-GTA----TTGTCACTAT-TCACAAAGGTGGTAGAAAGAGG-AAAGACGATCCAAATAATAACAGGGC--TA--TAACTCTTA-CGCCTACGATACTG----A--AA---CTGTATGAAA---GTATAAT-T---TTA-C-TTCG----T---TC--GA-A-------A--A--GCAA-AC-T----CCTATCT-----AAAC------T------CA---GTCCG-CA--ACATGGGGG-GTTCCA-GAAACA--G--ATTGG--G-TGTATTA--TGGC
gi|18408 : TTCAAAGGCAACAATAAAAAC-AAAACGGACCCAAATAGTTACAGGGC--CAATTCAC-TTTG-T-TCTACTTTTTTA----A--AA---TTGTACGAAA---AGAT-----T--TTA-C-TAAA----ACTATT--AG-A--G-CA-A--TCTGGTACAC-T----C------------AAG------TTAA-A-CA---CATTG-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAGA-AACA--AT--A--ATTGTAAAA--TGACG----T-C--TTTTTTTT-TACGAGAAAGT---ATCTTTT----T--T------GCACA-A-GAA-AA-C--------A-----ACTC-TA---AACTTTTAACA--CGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGA-TGG--TT-TAATTATATAA-A
gi|18409 : AAGGTGGGAATAAA-CGCAAAAACGATCATAAAAGTTATATAGC--AA--TAAC-TCTA-T-CGTCTTCCATT-T-T-A--AAG--CTATATGAAA---GTGTTCT-G---TTA-A-AAAA----A---CT--AA-AATC-CA-G--C--C-TA-AC------------------AAAT------CCCATA-CATGAGT-TG-CA--A---GCAGG-CTTCCA-AGAA-A--A--CATGA--GTTGTGTTA--TGACAAACAT-C--TTG----G-TGAAAGAATGT---------T----C--C------GCATA-TTGTG-A---------------AAACTC-TAGTAAATTATATGCA--TGTTTTTCTT----GATGCTAGACAGGCCTTCGA-----CAGAGTATGGTA---CGA-TGG--AC-TGTTTT-ACAA-ACT
gi|18410 : GTTACCGTGC--TA--TAAC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-G-TAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCGG-TTTTAA-AAAA-A--A--ATTGA--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGAA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTATGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTATCATCTTCAATTA--GATATGCA
blockSeqs : T G ATT A AT A TA AGT C T A A ACAATGACTGCTATCGGTGATT C GA C T CT AT A A A TCACAATATGTCTTTACTAG CGCA GC TAC A GCA C A T T T C ACGT C C T AAT AT T TC C G A C T T GCAT TT AAA G AGGT AC CTCTA G T GCTGA CC AAAGGATGGAAAATTGAGCTTT GAACCAA C AG TGAGTTG TG CAT C A G C AAT GGTC T CT AAACA A AT ACACTG AAG TCTATC AAAC AA TATATG C GA T C GGAAAATAAA GTTA TT GTA GC G CC A T TCTA G T CTACG T TAT CT AC A TA T CC
blockSeqs : . A TTT . G A TA AGT C T A A TGAAATAGTACTGAAACTCTT C . C T CT TT . . A CTGTCCCAAAGTTA TACT GC . . . C T T T T C CCG C C T CAT . A C . . C C T T GTTA . G G A AC TC . . AATG . AAGTGATTCAGTGTATCAG G C TA GTCTT . . C . . . ACA GG T . A . . ACACTG AAA ATCTTT . A . C TT T . AGAA GTTA T . GC G . A . TCTA T C . T . T . . G . .
blockSeqs : . G CC . G A TA AGT C T T A TGAAATAGTACTGAAACTCTT C . C T CT AT . . . TTACAATTAT TGTT GC . . . C A T T T C CCT C C T T . T C . . T C T T GTTA . . A A AC TC . . ACTA . TACTGATGGTAACTCTTT G C A GTCTT . . C . . . GT GG T . A . . ACACTG AAG ATCTTT . . . C A T . GCG GTTA T . GC G . A . TCTA G T . A . T . . G . .
blockSeqs : . G CC . G T TC TTC C T C T TGAAATAGTACTGAAACTCTT . . G A CT AT . . . TTAATATTAT TA AC . . . A A . A C G CTG C T A T . C A . . T T C G GTTA . . A G AC TC . . A . TACTGATGGTAACTCTTT G T A GTTTT . . G . . . GT TG G . A . . TCGCAC AAA A . . . A A C . GG GCAA T . AG G . A . . T T . G . T . . G . .
blockSeqs : . G CC . A C AT GTG C T G A AAATATAGTTATT . . T G CT TT . . . TTACAATTAT TA AT . . . T T . A A G TCA G C G T . C A . . G T T T GTT . . A A AC TC . . A . TACTGATGGTAACACTTT A A A ATCAA . . T . . . AC GT A . T . . ATATGT AGA A . . . T A T . GG ATGT T . AT A . T . . A C . A . T . . T . .
blockSeqs : . A CA . G C AC ATT A A C G TGTTTTACTGC . . A A AT AA . . . TTAAAGTTCT TA AT . . . A A . T T C AAG A T A A . T C . . G A T C GTT . . T T AC TA . . A . ACGTGATTGTGCGTATCA A C A GACAG . . A . . . GT CA C . A . . TTGTTC CGT A . . . A G A . GT ATGA T . AC A . T . . A C . A . T . . G . .
blockSeqs : . A TT . T C GT TTA A A T C TATAGTTGTC . . A A T AC . . . CTTGCTTTTT CA AT . . . G T . A T A GCA G T A T . T C . . A A C A GTT . . A A AC AC . . G . ACGCGATTGTGCGTATCA A T A CCTCG . . T . . . A AA G . A . . TTGTTC CGT A . . . T T T . AG ATGA A . GT T . G . . C T . T . T . . G .
blockSeqs : . . AC . T C GT TTA A A T C TATAGTTGTC . . C G T T . . . TT AA AT . . . G T . A T A GCA G A A C . C C . . A A C A CTT . . A C AC AC . . G . TACTGATGGTAACTCTTT A C A AGTTA . . T . . . A GG G . T . . ATCTGC CCT A . . . T G C . AG ACAA T . AC A . G . . C T . T . T . . A .
blockSeqs : . . C . T A AT ATA A A C G TATAGTTGTC . . . C C G . . . . AA A . . . C T . T C T AAC A T A A . C T . . A T A A GTT . . A C TA AC . . A . AGCAATCTGGTACACTC G A A CATTG . . A . . . G GA A . T . . TTCTTT CGT A . . . A A A . AC AAAT T . AT G . T . . A C . G . T . . G .
blockSeqs : A A G A TGGCGTGGTA . . . A C G . . . . AA A . . . C C . A T T AAC A T G A . T T . . A A T A TTA . . G A AA TC . . A . AAAGCAAACTCCTATCT A T A AGTTA . . C . . . A GA A . G . . TTGTTC ATA T . . . A A T . AC GTCA T . GC T . T . . A T . T . . . . . .
blockSeqs : A A T C TCCGCT . . . . . G . . . . . . . . . . T . A G A GCA G T A A . A T . . A T C A GTT . . A C TC TC . . A . AGCAATCTGGTACACTC C C A GTCCG . . T . . . A G G . G . . TTTTTT CGT A . . . T G C . AG GTTA T . . A . G . . C T . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . A T G GGT T C A T . A A . . C C T A TA . . G G AC C . . A . AGGGTAATGCGAATAT G A A CATTG . . A . . . A G A . T . . ACACTG CGA T . . . T A A . AC ATT T . . G . A . . G T . A . . . .
blockSeqs : . . . . T . T C A AGG A T G T . C T . . C C . A TC . . G G G T . . G . AACGTTAGTTTCGCTT T C . GTCTT . . G . . . T G T . A . . TCAC AAA A . . . A A T . GG A . . . . . T . . A T . A .
blockSeqs : . G T AAC A T G C . A T . . G T . T TT . . A A . T . . T . ACAAAAACTTCTTT G C . TCGC . . C . . . G A A . G . . ACG AAG A . . . A A T . . . . . . . . T . . A C . A
blockSeqs : . T CGC T A A A . A C . . C C . A G . . G G . G . . A . AATCCAGCCTAAC . . . CTA . . A . . . A G T . A . . GG . . . . . C . . . . . . . . . . A . . G T .
blockSeqs : T T . . . . . . . . T A . . . A . . . . A . ATTGGAAGTAAT . . . A . . C . . . A A T .
blockSeqCons :
originalCons : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGANNGACAAAGTATNTTACGAANATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCT--A--GAAACATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACTTT-ATNCAAAGGTGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAACAGTTACCGNGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T-A--AA---CTGTATGAAA---NTATACT-TC--TTA-A-TAAA----A---TT--GA-A--C-CG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTN-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTNA--TGACA----T-C--TTNCGCTG-TAAGNGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--------AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGCACGNCAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
finalCons : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGANNGACAAAGTATNTTACGAANATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCT--A--GAAACATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACTTT-ATNCAAAGGTGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAACAGTTACCGNGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T-A--AA---CTGTATGAAA---NTATACT-TC--TTA-A-TAAA----A---TT--GA-A--C-CG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTN-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTNA--TGACA----T-C--TTNCGCTG-TAAGNGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--------AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGCACGNCAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444 1 1 55555555555555555555555555 111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333 11111 1111 1111111 111111111 11111111111 1111
lowQualScore : 0 0 4 4 7777 4 44 1 22 111 1 1 1 1 777777777777777777777777777777777777 0 44 0 0 2 55 77 3 3 6 11111111111111111111111111 0 222222 55 555 2 555 9 1 8 1 1 1 0000 0 1 1 0 1 666 33 3 44 2 2 1 2 7 1 77777 33 666 1 5555 33 66666 2 2 88888888 33 3333333333333333333333333333333333333333 8888888 1 444 999999999 33 444 2 2 2 2 22222 0000 1 33 55555 2 33 4444444 555 777777777 5555 55 777777 1 555 1 2 77777777777 6666 22 444 99 1 0 33 1 2 5555 0 1 0 1 66666 0 1 555 55 44 3 44 3 77
lowQualScore : . . . . .... . .. . .. ... . . . . .................................... . .. . . . .. .. . . . .......................... . ...... .. ... . ... . . . . . . .... . . . . . ... .. . .. . . . . . . ..... .. ... . .... .. ..... . . ........ .. ........................................ ....... . ... ......... .. ... . . . . ..... .... . .. ..... . .. ....... ... ......... .... .. ...... . ... . . ........... .... .. ... .. . . .. . . .... . . . . ..... . . ... .. .. . .. . ..
lowQualScore : 8 8 0 8 6666 0 77 0 00 999 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444 0 66 1 3 2 88 88 3 3 7 11111111111111111111111111 7 111111 88 000 9 000 0 4 6 9 5 0 6666 1 0 1 3 0 999 22 3 44 4 4 8 1 6 0 55555 22 555 9 1111 99 66666 4 4 44444444 22 9999999999999999999999999999999999999999 8888888 6 333 666666666 22 111 6 4 4 4 88888 4444 0 22 66666 5 44 9999999 111 666666666 3333 99 222222 0 111 8 5 66666666666 8888 88 444 99 8 2 44 0 5 9999 9 0 6 0 22222 9 0 000 22 22 1 33 3 99
consensus : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGANNGACAAAGTATNTTACGAANATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCT--A--GAAACATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACTTT-ATNCAAAGGTGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAACAGTTACCGNGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T-A--AA---CTGTATGAAA---NTATACT-TC--TTA-A-TAAA----A---TT--GA-A--C-CG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTN-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTNA--TGACA----T-C--TTNCGCTG-TAAGNGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--------AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGCACGNCAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
Reference ( family-878 ) : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GNGGGANNGACAAAGTATNTTACGAANATNTNATNTATGGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCNAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCACATACGCCT--A--GAAACATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACTTT-ATNCAAAGGTGGTAANAAANCG-AAAAATGACCCNAACAGTTACCGNGC--TA--TNAC-CTTA-T-CNTCCGTTNTTGT-T-A--AA---CTGTATGAAA---NTATACT-TC--TTA-A-TAAA----A---TT--GA-A--C-CG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTN-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTNA--TGACA----T-C--TTNCGCTG-TAAGNGAATGC---A-----T----T--T------GCNTA-A-GTA-AG-G--------AGTNAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTNC-CTT----GATGCACGNCAAGCATTCGA-----TAGGGTNTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18394 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTATCACATT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCG-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---CTATACT-TC--TTA-A-CAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTTTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18395 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCGAAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGGT-GTAA---TTGTCACATT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCG-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TTAC-CTTA-T-CATCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-A-CAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCGG-TTTTCA-AAAA-A--A--ATTGG--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGCA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTTTGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--GATATGCA
gi|18396 : TTAGAATCTGTCAATCTGGCATTGCGTAAA-GCATAAACGG-CC-AAA-GCCG-GAGGAATATACAAAGTAGTTTATGAACATTAAATATATAGTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTTCTTAACTATTTA-CT-GC-AATG-TTA---ATA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAG---GGAT-GTAA---TTATCACTTT-ATTTAAAGGTGGTAACAAACCT-AGAAATGACCCCGACAGTTACCGTGC--TA--TACC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-A-TAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCAT-TTTTCA-GAAA-A--AATATTGG--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAAGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGATTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACATAAAGCATTCGA-----TATGGTTTGGCA---TGC-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTACGATCTTCAATTA--TATATGCA
gi|18397 : AGATTATGTCAATCTGGCATTGCGTTAA-GCGAAAACGG-CC-AAAAGTCG-AAGGAATAGACAAAGTAGTTTATGAACATTTTATATAAATTGG-----------T---ATAGT--TG------T----CAG-AAAAT--TACTTCCTAAACTATATA-CT-GC-TATG-TTA---CAA--T----------TATCATATATACCT--A--GAAGCATGAAAAGTACGGCT-GTTA---TTATCACATT-ATTTAAAGGTGATAACAAACTG-AGAAATGACCCCGACAGCTACCGTGT--TA--TTAC--TCA-T-TTTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTATATGAAA---GTATACT-TC--ATA-A-AACA----A---TT--GCTA--C-TG-A--T--GGTA-AC-A----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTTTT-CA--A---TGCGA-TTTTCAGAAAA-A--A--ATT-G--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTT-A-GTA-AG-T--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGTA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTATGGCA---TGA-TGG--TT-TG-TTA-GTAA-ATTGTATGATTTTCAATTA--GATTTGCA
gi|18398 : AGAACCTG--AATT--GCATCGTGTAAA--CG----CGG-C--AAA-GCCA-GTGGGATCGATAATGTTTCTTACGAACATTACATTTTTGGCGGAAA--------T---ATAGT--TA------T----TAA-TACAT--TAG---CAAAACTGTATA-CA-GC-TATG-CTGTCCCAAAGT----------TA-CAT-TCCACC-------AAACATGAACAA---AGGC-GTCA---TTATAACATT-ACATAAAGGCGG-AGGTAAACGTAAGGATGATCCCAATAATTATAGAGC--AA--TCAC-ATTA-A-CTCCTACTGCTCT-T-A--AA---CTATATGAAA---ATATACT-TC--TT----TCAC----G---TTCCGA-A--C-AA-A--------A-ACTT----C---TTT-----CTAA------TTTA-AGTA---ATCAA-CA--A---GGGGG-GTTTCA-GGAA-G--G--ACTTG--GTTGTTTGA--TGACT----T-C--CTTCGCAC-TAAAAGAATGT---A-----T----T--TTATATGGCAGAGA-GCACAA-G--------AGCAAGGTTT-T-------TGTTTGCT--TTTTA---------GATGCTCGTCAAGCTTTTGA-----TAGGGTGTGGCA---TAA-TGGACTTATGCT----CAA-ATTGTTTGAT
gi|18399 : GCATTAAGTAAA-GTGAAGAAAT-CA-AAA-GCCG-CCGGGGATGACAAAGTGTGTTATGAACATTTGATATACAGTAA-----------T---GGCGT--GG------T----AAG-ACAAC--TATTGGTGAAA-----TA-AT-GC-TATG-TTA---AAG--T----------TCTCATATACACCC--A--AACATATGAAGAG---AGGT-ATTA---TAATTACTCT-TTATAAAGGTGGCAAGAAGTCA-CGTGATGACCCGAACAGTTATAGGGC--TA--TCAC-ATTA-T-CGTCTGTTTTTGT-T-A--GA---TTATATGAAC---TTATG-T-TA--TTAGA-T-AG----G---TT--AA-A-----G-------GGTA-AT-G----CGAATAT-----AGAA------ATAG-A-TA---GACAG-CA--G---GGTGG-TTTCCA-AGAA-A--A--GTTGT--CTTGTGGAA--TGACA----T-CATTTTCAC---TAAGAGAGTGT---A-----T----T--C------TCTTT-G-GTA-AA-G--------AATGTGATTC-TA---AAGTATATATT--TGCTTC-TTA----GATGCGAAACAGGCCTTCGA-----TAGAATATGGCA---AGA-TGG--GT-TATTTT-TTAA-ATTAAATGAACTAAAAATA--GATA
gi|18400 : GCATTGAGTAACTGTAAAAAAAC-TT-AAA-GCCT-GCGGGAACGATAAAGTATTTTACGAAAATATCATGCATGGCGG-----------T------GT--TT------TACTGCAG-CAGGTGATAATT---AAACTGTTTAACT-G--TATGCTTG---CTT--T----------T-TCACATACGCCCGCA--GAAA--TGAAAAA---ATGT-ATAA---TTATAACATT-ATTTAAAGGCGGAAACAAAAAG-AAAAATGACCCAAATAGCTATAGAGC--CA--T----CTCA-T-TGT--GTTCATGCAT-ATTAA---CTTTATGAAA---AAAT-----C--CTA-A-TTCAGCTGA---TT--GA-A--A-AGGA--T--GGAA-AA-TTGAGC---TTT-----AA---------TC----------CCTCGCA--A---GGAGG-TTTTCA-GAAA-A--A--TGTCA--ACTGTCTCA--TGACA----T-C--ATATA-TGTTACGTGAATGC---A-----TAAACTA-T------GCAGA-T-GAA-AA-C--------AATT---CAC-AA---A----TCTACACCTGTTTC-TTA----GACGCAAAACAAGCGTTCGA-----TCGGGCATGG
gi|18401 : CGAAAA-GC-AAAACAGATT-AAA-GCTT-GCGGGTGTGATAATGTTTATTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTCAAAA-TATG-A-CTAGA-TATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGTAGTA----TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGATTGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAA-CCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-A-TAGA----A---TT--GA-A-------------AGTG-AT-T----CAG-TGTATCAGAAAA------TT-A-A-TA-------A-CA--A---GGTGG-GTTTCA-ACGA-G--GT-ATT-G--GCTGCATGA--TGACT----T-C--TTTTGTTC-TGCGTGAATGC---T-----C----T--T------ACTTC-G-CTA-AA-GAA------AATGAGAGTC--A---A-----TTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TAGCGTTTGGCA---TGA--GG--CT-CTTATG-GTAA-
gi|18402 : CGAAAA-GC-AAAACAG-TTTAAA-GCTT-GCGGGTGTGATAATGTTTATTACGAAAATATTACCTATGTTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAGAAC--TA-TTTCAAAA-TATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGT-ATAA---TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGACTGACCCGAAAAGTTATCGAGC--AA--TTAC-CCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-A-TAGA----A---TT--GA-A--CGTG-A--T--TGTG-CG-T----A---TCA-----GAAA------ATTA-A-TA---AGTTA-CA--A---GGTGG-GTTCCA-ACGA-G--GT-ATT-G--GCTGCATGA--TGACT----G-C--TTTTGTTC-TGCCTGAATGCTCTATC---T----T--C------GCTTA-A-G-A-A-----------AATGAGAGTC--A---A-----TTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TACCGTTTGGCA---TAA--GG--TT-
gi|18403 : -GCAAAAA-GA-AC-AAA-ATCATGAGGGAATGACCTAGTATACTATAAAAGTATCATGTATGGTGGACAATGACTGCT---ATCGG--TGA-----T----TAA-AAAAT---AATTTAGAAAC-ATAAA----AA-TATA-TT-----------------------CACATTCACCT--ACTGAAA--TGAAAAA---AGGA-ATAA---TTACGACTTT-ATTCAAAGGTAGTTATAAAAAC-AAAGCCGATCCAAATAGCTATCGAGCAATA--TCGC-TCTGCT-CAGCAG--ATT-T-A-A--AA---CTATATGAGAAGGTTTTACTCTCTATTA-T-TAAA----A---C----A-A--A-CG-T--T--AGT---T-T----CG--CTT-----AAA-------TTCA----------CTA-CA--A---GGAGG-TTTTCA-AATA-A--A--TATAA--GCATTGTAA--TGACG----T-C--GTAT-CTGCTACGTGAATGC---A-----T----TAAT-------CATA----CA-CGCG--------AACAAAATTC-TA---AATTATATACT--TGTTTT-CTT----GACGTAAGACAAGCGTTCGA-----TCATGTGTGTCA---TAA-
gi|18404 : TTACGAAAATATGATATACGGTGG-----------T----CCGC--T-------------------AT--TACTTTCCAAAAT-TACA-AA-AT-TATT-TCA---CAA--TATGTCTTTACTAGCACATGTACCT--GTTGAA--ATGAAAAA---GGGT-ATTA---TAACGACCCT-CTACAAAGGCAACAATAAAAAC-AAAACGGACCCAAATAGTTACAGGGCCATA--TCAC-TTTG-T---TCTACTATTTT-A-A--AA---TTGTACGAAA---AGAT--------TTA-ATTAAA----AATGTT--AG-A--G-CA-ATCT--GGTACAC-T----C------------AGG------TTAA-A-CA---CATTG-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAGA-A--AC-ATT-A--ATTGTAAAA--TGACG----T-C--TTTTCTTT-TGATAGAAAGT---ATCTTTT----T--T------GCAAA-A-GAA-AA-C--------A-----ACTCTTA---AACTTTTTACA--TGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGA-----
gi|18405 : TTACGAAAATATTACCTATGGTGG-----------TGAAATAGTACTGAAACTCT----TAGCAAAAC--TA-TTTCAAAAC-ATG-A-CT-ACATATG--------------------------CGCATACGCCA--A--ATGATATGAAGAA---AGGT-ATAA---TCAT-ACTTTTATACAAAGGTGGTAAAAAGGCA-AAGACTGACCCGAATAGTTATCGAGC--AA--TTAC-TCTC-T-CATCAG-TACTGT-TAA--AA---TTATATGAAT---CTGTACT-AC--TCG-A-TAGA----A---TT--GA-A--CGCG-A--T--TGTG-CG-T----A---TCA-----GAAA------ATTA-A-TA---AGTTA-CA--A---GGTGG-ATTTCA-ACGG-G--GT-ATT-G--GCTGCATGA--TGACT----T-C--TTTTGTTC-TGCGTGAATGC---T-----C----T--T------ACTTC-G-CTA-AA-G--------AAAATGAC--------AGTCAATTAAA--TATTGC-TTTTCTAGATGTACGCCGTGCATTTGA-----TACCGTTTGGCA---TGA--GG--CT-CTTATG-GTAATATTGTTCAAATTTGGATTACCGTTATACA
gi|18406 : ATGAAAAG---ACGT-GTAAGCATTACCATTTT-A--CGA--GTAGGAAGAAGGGT-AAGGATGACTCTAACTGTTATCGAGC--TA--TAAC-ATAA-T-CATCTGCTATT-T-C-A--AAAAACT--ATGAAA---GTATTAT-TC--TTG-A-TAAA----G---TT-----A--T-TG-G--A--AGTA-A-------------T-----GAAGAACCAATTCA---------TCGC-CATGG---GGAGGATTTGCA-CCAG-G--T--ATTGGTCGCAGTATAACTTAATA----TAA--TTACG---------GAATTC---A-----T----T--T------ATTTC-A-GCA-AG-GAAAATAAAAGTCA-ACTC-TA------TG-TTGCA--T-TTAA---T----GATGTAAGGCAAGC-TTTGA-----TAGAATTTTGCA---TCACTGG--TC-AGTTTA---AA-ATTGTA
gi|18407 : G---GGGG-GTA----TTGTCACTAT-TCACAAAGGTGGTAGAAAGAGG-AAAGACGATCCAAATAATAACAGGGC--TA--TAACTCTTA-CGCCTACGATACTG----A--AA---CTGTATGAAA---GTATAAT-T---TTA-C-TTCG----T---TC--GA-A-------A--A--GCAA-AC-T----CCTATCT-----AAAC------T------CA---GTCCG-CA--ACATGGGGG-GTTCCA-GAAACA--G--ATTGG--G-TGTATTA--TGGC
gi|18408 : TTCAAAGGCAACAATAAAAAC-AAAACGGACCCAAATAGTTACAGGGC--CAATTCAC-TTTG-T-TCTACTTTTTTA----A--AA---TTGTACGAAA---AGAT-----T--TTA-C-TAAA----ACTATT--AG-A--G-CA-A--TCTGGTACAC-T----C------------AAG------TTAA-A-CA---CATTG-CA--A---GGCGG-TTTTCA-AAGA-AACA--AT--A--ATTGTAAAA--TGACG----T-C--TTTTTTTT-TACGAGAAAGT---ATCTTTT----T--T------GCACA-A-GAA-AA-C--------A-----ACTC-TA---AACTTTTAACA--CGCTTC-CTC----GACGTGAGACAAGCATTTGACTACGTATATCATAGCATATTGA-TGG--TT-TAATTATATAA-A
gi|18409 : AAGGTGGGAATAAA-CGCAAAAACGATCATAAAAGTTATATAGC--AA--TAAC-TCTA-T-CGTCTTCCATT-T-T-A--AAG--CTATATGAAA---GTGTTCT-G---TTA-A-AAAA----A---CT--AA-AATC-CA-G--C--C-TA-AC------------------AAAT------CCCATA-CATGAGT-TG-CA--A---GCAGG-CTTCCA-AGAA-A--A--CATGA--GTTGTGTTA--TGACAAACAT-C--TTG----G-TGAAAGAATGT---------T----C--C------GCATA-TTGTG-A---------------AAACTC-TAGTAAATTATATGCA--TGTTTTTCTT----GATGCTAGACAGGCCTTCGA-----CAGAGTATGGTA---CGA-TGG--AC-TGTTTT-ACAA-ACT
gi|18410 : GTTACCGTGC--TA--TAAC-CTTA-T-CCTCCGTTTTTGT-T-A--GA---CTGTATGAAA---ATATACT-TC--TTA-G-TAAA----A---TT--GATA--C-TG-A--T--GGTA-AC-T----C---TTT-----AAAG------TTCA-A-CA---GTCTT-CA--A---TGCGG-TTTTAA-AAAA-A--A--ATTGA--GCTGTGTTA--TGACA----T-C--TTACACTG-TAAAGGAATGC---A-----T----T--T------GCCTA-A-GTA-AG-G--------AGTTAGACTC-TA---AGCTGTTTGAA--TGTTAC-CTT----GATGCACAGAAAGCATTTGA-----TAGGGTATGGCA---TGA-TGG--TT-TGTTTA-GTAA-ATTGTATCATCTTCAATTA--GATATGCA