lowQualScore                  :                         22222222                         1111              
lowQualScore                  :            4            55555555  1 77777   0 99     2   1111         3    
lowQualScore                  :            .            ........  . .....   . ..     .   ....         .    
lowQualScore                  :            1            99999999  0 55555   6 77     6   4444         4    
consensus                     : TTGACCCACTTNGAAGGCTGGAGC----T---CCGG----TAGACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGCCGCTTG
Reference ( gi|5116 )         : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCGG----TAAACA--CGTCCTTCC-ACTTCGACAGCCACTTG
gi|5117                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCGG----TAAACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGGCGCCTG
gi|5118                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CTGG----TAAACA--CGTCCTTCT-ACTTCGCCAGCCGCTTG
gi|5119                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGT----T---CCGG----TAAACA--AGTCCTTCC-ACTTCGGTAGCCGCTTG
gi|5120                       : TTGACTCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCTG----AAAATA--CATCCTTCC-AGTTTGACAGCCGCATG
gi|5121                       : TTGACCCACTTACAAAGCTGGAGC----T---CCGG----TAAACA--CGTCTATCC-GCTACGACAACCGCATG
gi|5122                       : TTGACCCACTTTGAAGACTGGAGC----G---AAGT----TTCATA--CGTCCTTCC-ATCTCGACAGTCGCTTG
gi|5123                       : TTGACCCACTTCGAAGACTGGAGC----G---GAAG----TGCATA--CGTCTGTCC-TGCTCGGCAGTCGCTTG
gi|5125                       :  TGACCCGCTTTGAAGGCTGAAGC----T---CCGG----TAAACA--CGTCCTTCC-ACTTCGACAGTCGCTTG
gi|5128                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCC------TGGAGA--CGTCCATCC-TGCTCGACAGCCACTTG
gi|5126                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAG------GAGA--CGTCCGTCCTGCTT-GACAGCCACTTG
gi|5127                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAG------GAGA--CGTCCGTCC-TGCTCGACAGCCGCTTG
gi|5131                       :  TGAGCCATTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAG----GAGACATCCGTCCTGC-----TCGACAGCCACTTG
gi|5129                       :  TGACCCATTTAGAAGGTTGGAGC----C---TAGG----TAAGTA--GACCATTCC-GCTTCTGCAGCCGCTTG
gi|5130                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAG----GAGACATCCGTCC-TGC-A---CGGCAGCCGCTTG
gi|5124                       :  TGACCCATTTAGAAGGCTGGAGCATTGC---CCAG----GAGACATTCGTCCTGC-----TCGACAGCCGCTT
gi|5132                       :  TGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----A---GAGGAGCATAATTC--CGTCCT----GCTT-GGCAGCCGCTTG
gi|5133                       :   GATCCACTTTGAAGGCTGGAGCTA--T---CCAG----TGG--A--CGTCCGTCCTGCATTGGCAGCTGCTCG





Alignments
lowQualScore                  :                         22222222       1111              1                 
lowQualScore                  :            1            55555555  0 7  0000   99     0   3  9              
lowQualScore                  :            .            ........  . .  ....   ..     .   .  .              
lowQualScore                  :            0            44444444  9 5  8888   22     6   3  6              
consensus                     : TTGACCCACTTNGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAG----ACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGCCGCTTG
Reference ( family-853 )      : TTGACCCACTTNGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAG----ACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGCCGCTTG
gi|5116                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCCTTCC-ACTTCGACAGCCACTTG
gi|5117                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGGCGCCTG
gi|5118                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CTGGTAA----ACA--CGTCCTTCT-ACTTCGCCAGCCGCTTG
gi|5119                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGT----T---CCGGTAA----ACA--AGTCCTTCC-ACTTCGGTAGCCGCTTG
gi|5120                       : TTGACTCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCTGAAA----ATA--CATCCTTCC-AGTTTGACAGCCGCATG
gi|5121                       : TTGACCCACTTACAAAGCTGGAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCTATCC-GCTACGACAACCGCATG
gi|5122                       : TTGACCCACTTTGAAGACTGGAGC-----------GAAGTTTCATA--CGTCCTTCC-ATCTCGACAGTCGCTTG
gi|5123                       : TTGACCCACTTCGAAGACTGGAG----------CGGAAGTGC-ATA--CGTCTGTCCTGC-TCGGCAGTCGCTTG
gi|5124                       :  TGACCCATTTAGAAGGCTGGAGCATTGC---CCAGGAG----ACATTCGTCCT----GC-TCGACAGCCGCTT
gi|5125                       :  TGACCCGCTTTGAAGGCTGAAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCCTTCC-ACTTCGACAGTCGCTTG
gi|5126                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAG--G----AGA--CGTCCGTCCTGCTT-GACAGCCACTTG
gi|5127                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAG--G----AGA--CGTCCGTCCTGC-TCGACAGCCGCTTG
gi|5128                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCC--TGG----AGA--CGTCCATCCTGC-TCGACAGCCACTTG
gi|5129                       :  TGACCCATTTAGAAGGTTGGAGC----C---TAGGTAA----GTA--GACCATTCC-GCTTCTGCAGCCGCTTG
gi|5130                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAGGAG----ACATCCGTCCT----GC-ACGGCAGCCGCTTG
gi|5131                       :  TGAGCCATTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAGGAG----ACATCCGTCCT----GC-TCGACAGCCACTTG
gi|5132                       :  TGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----A---GAGG-AGC---ATA--ATTCCGTCCTGCTT-GGCAGCCGCTTG
gi|5133                       :   GATCCACTTTGAAGGCTGGAGCTA--T---CCAGTGG------A--CGTCCGTCCTGCATTGGCAGCTGCTCG





Alignments
lowQualScore                  :                         22222222       1111              1                 
lowQualScore                  :            1            55555555  0 7  0000   99     0   3  9              
lowQualScore                  :            .            ........  . .  ....   ..     .   .  .              
lowQualScore                  :            0            44444444  9 5  8888   22     6   3  6              
consensus                     : TTGACCCACTTNGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAG----ACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGCCGCTTG
Reference ( family-853 )      : TTGACCCACTTNGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAG----ACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGCCGCTTG
gi|5116                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCCTTCC-ACTTCGACAGCCACTTG
gi|5117                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGGCGCCTG
gi|5118                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CTGGTAA----ACA--CGTCCTTCT-ACTTCGCCAGCCGCTTG
gi|5119                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGT----T---CCGGTAA----ACA--AGTCCTTCC-ACTTCGGTAGCCGCTTG
gi|5120                       : TTGACTCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCTGAAA----ATA--CATCCTTCC-AGTTTGACAGCCGCATG
gi|5121                       : TTGACCCACTTACAAAGCTGGAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCTATCC-GCTACGACAACCGCATG
gi|5122                       : TTGACCCACTTTGAAGACTGGAGC-----------GAAGTTTCATA--CGTCCTTCC-ATCTCGACAGTCGCTTG
gi|5123                       : TTGACCCACTTCGAAGACTGGAG----------CGGAAGTGC-ATA--CGTCTGTCCTGC-TCGGCAGTCGCTTG
gi|5124                       :  TGACCCATTTAGAAGGCTGGAGCATTGC---CCAGGAG----ACATTCGTCCT----GC-TCGACAGCCGCTT
gi|5125                       :  TGACCCGCTTTGAAGGCTGAAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCCTTCC-ACTTCGACAGTCGCTTG
gi|5126                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAG--G----AGA--CGTCCGTCCTGCTT-GACAGCCACTTG
gi|5127                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAG--G----AGA--CGTCCGTCCTGC-TCGACAGCCGCTTG
gi|5128                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCC--TGG----AGA--CGTCCATCCTGC-TCGACAGCCACTTG
gi|5129                       :  TGACCCATTTAGAAGGTTGGAGC----C---TAGGTAA----GTA--GACCATTCC-GCTTCTGCAGCCGCTTG
gi|5130                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAGGAG----ACATCCGTCCT----GC-ACGGCAGCCGCTTG
gi|5131                       :  TGAGCCATTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAGGAG----ACATCCGTCCT----GC-TCGACAGCCACTTG
gi|5132                       :  TGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----A---GAGG-AGC---ATA--ATTCCGTCCTGCTT-GGCAGCCGCTTG
gi|5133                       :   GATCCACTTTGAAGGCTGGAGCTA--T---CCAGTGG------A--CGTCCGTCCTGCATTGGCAGCTGCTCG


blockSeqs                     :            T            ATTGC       T  TTTC   TT         T  T
blockSeqs                     :            T            TTGC        T  TGC    TC         T  T
blockSeqs                     :            T            TTGC        T  C      TC         T  T
blockSeqs                     :            T            TTGC        A  .      .          T  T
blockSeqs                     :            A            TTGC        T  .      .          T  T
blockSeqs                     :            T            TTGC        A  .      .          T  C
blockSeqs                     :            C            TAT         A  .      .          .  T
blockSeqs                     :            A            T           G  .      .          .  T
blockSeqs                     :            T            T           T  .      .          .  T
blockSeqs                     :            A            T           T  .      .          .  T
blockSeqs                     :            A            T           T  .      .          .  A
blockSeqs                     :            A            T           G  .      .          .  .
blockSeqs                     :            A            T           G  .      .          .  .
blockSeqs                     :            A            C           T  .      .          .  .
blockSeqs                     :            A            A           .  .      .          .  .
blockSeqs                     :            T            .           .  .      .          .  .
blockSeqs                     :            T            .           .  .      .          .  .


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTGACCCACTTNGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAG----ACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGCCGCTTG
finalCons                     : TTGACCCACTTNGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAG----ACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGCCGCTTG





Alignments
lowQualScore                  :                         22222222       1111              1                 
lowQualScore                  :            1            55555555  0 7  0000   99     0   3  9              
lowQualScore                  :            .            ........  . .  ....   ..     .   .  .              
lowQualScore                  :            0            44444444  9 5  8888   22     6   3  6              
consensus                     : TTGACCCACTTNGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAG----ACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGCCGCTTG
Reference ( family-853 )      : TTGACCCACTTNGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAG----ACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGCCGCTTG
gi|5116                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCCTTCC-ACTTCGACAGCCACTTG
gi|5117                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCCTTCC-GCTTCGACAGGCGCCTG
gi|5118                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CTGGTAA----ACA--CGTCCTTCT-ACTTCGCCAGCCGCTTG
gi|5119                       : TTGACCCACTTTGAAGGCTGGAGT----T---CCGGTAA----ACA--AGTCCTTCC-ACTTCGGTAGCCGCTTG
gi|5120                       : TTGACTCACTTTGAAGGCTGGAGC----T---CCTGAAA----ATA--CATCCTTCC-AGTTTGACAGCCGCATG
gi|5121                       : TTGACCCACTTACAAAGCTGGAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCTATCC-GCTACGACAACCGCATG
gi|5122                       : TTGACCCACTTTGAAGACTGGAGC-----------GAAGTTTCATA--CGTCCTTCC-ATCTCGACAGTCGCTTG
gi|5123                       : TTGACCCACTTCGAAGACTGGAG----------CGGAAGTGC-ATA--CGTCTGTCCTGC-TCGGCAGTCGCTTG
gi|5124                       :  TGACCCATTTAGAAGGCTGGAGCATTGC---CCAGGAG----ACATTCGTCCT----GC-TCGACAGCCGCTT
gi|5125                       :  TGACCCGCTTTGAAGGCTGAAGC----T---CCGGTAA----ACA--CGTCCTTCC-ACTTCGACAGTCGCTTG
gi|5126                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAG--G----AGA--CGTCCGTCCTGCTT-GACAGCCACTTG
gi|5127                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAG--G----AGA--CGTCCGTCCTGC-TCGACAGCCGCTTG
gi|5128                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCC--TGG----AGA--CGTCCATCCTGC-TCGACAGCCACTTG
gi|5129                       :  TGACCCATTTAGAAGGTTGGAGC----C---TAGGTAA----GTA--GACCATTCC-GCTTCTGCAGCCGCTTG
gi|5130                       :  TGACCCACTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAGGAG----ACATCCGTCCT----GC-ACGGCAGCCGCTTG
gi|5131                       :  TGAGCCATTTAGAAGGCTGGAGC----TTGCCCAGGAG----ACATCCGTCCT----GC-TCGACAGCCACTTG
gi|5132                       :  TGACCCACTTTGAAGGCTGGAGC----A---GAGG-AGC---ATA--ATTCCGTCCTGCTT-GGCAGCCGCTTG
gi|5133                       :   GATCCACTTTGAAGGCTGGAGCTA--T---CCAGTGG------A--CGTCCGTCCTGCATTGGCAGCTGCTCG