lowQualScore                  :                                           1                            22222                            
lowQualScore                  :        333      33  2                     3                   0      2 66666       6                    
lowQualScore                  :        ...      ..  .                     .                   .      . .....       .                    
lowQualScore                  :        999      11  2                     9                   7      9 11111       8                    
consensus                     : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACA-TAAGA-AATCGTTATTGTACGCTTCAAACCGGAA
Reference ( gi|20670 )        : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTAGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACA-T-AGT-AATCGTTGTTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20669                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTAGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACA-T-AGT-AATCGTTGTTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20672                      : TTATTAT---CCACCT--TA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCAAGCATTTGTACCACGTGATTGTACA-T-AATAAATCATTATTGTATGCTTCAAACTGGAA
gi|20671                      : TTTTTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCCTCGAGCATTTCTACCATGTGACTGTACA-TAAGA-AATCGCCATTGTACGTTTCAAACCGGAA
gi|20673                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCCAATAGAATGAGCTTCGAGCATATGTTCCACGTGACAGTACA-TAAGA-AATCATTTTTGTACGCTTTAAACCGGAA
gi|20675                      : TTATTAT---CAACCT--AA-AATAGCTATTCCGATATTCTTCGAGTATGTGTACCACA-------------AGA-AATCATTATTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20674                      : TTATTAT---CCTTCA--AA-AATAGGTAT-CGAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGAATGTACA-TAAGA-AATTGTTATTGTA
gi|20676                      : TTATTAT---CCTCCT--AA-TGTGTCTATTTCAGTGAATTTCGAGTTTCTGTACCACGTGATTGAACA-TAAGA-AATCGTTTAAGTACGTTGCAAACCGGAA
gi|20677                      : TTATTAT---CCACCT--AA-ACTAGCCCTT-----AAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGATTGTACA-TAAGA-AAT----------CGCTTCAAACC
gi|20679                      : TTATCAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTTCAATAAGCTTCGAGCATGTGTACCAGATGAC
gi|20678                      : TTAGTAT---CAACCT--AA-TATA-----TCCTATCAGCTTCGAGCATTTGTACCATGTATTTGTTCA-TAAGA-AAGCATTATTGTAGGCTTCAAACGGGAA
gi|20680                      : TTATTAT---CCGCCT--AA-AATAGCTAATCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACTA
gi|20681                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AACATATATTTAAATGAGCTTTGAGCATTTGTA
gi|20682                      : TTACTAT---CCACCT--AA-AAT------TCGAATGAGCTTTGAGTATTTGAACCTTGTCAATGT
gi|20683                      :  TATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGA-CGTTTGTACCACGTGATTGTACA-TAAGA-AATCGCTATTGTACATTTCAAACCGtgttgtgaaatcttgtattggac
gi|20684                      :  TATTATTTACCTCCT--TA-AATAACTATTCCAATGAGCCTCTAGCATTTGTACCATGTGACTGTACA-TAAGA-AATTGTTATTGTACGCTTCAAACTGAAA
gi|20685                      :  TATTTT---CCACCT--AA-AGTAGC--TTC-----------GAGCAATTGTACCACGTGACTGTACA-T-AATAAATCATTATTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20686                      :      AT---CCACTT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGAACCATGTGATTGTACATT-AGA-AATCATTATTGTATGCTTCAAACCGGA
gi|20687                      :      AT---TTACCTTTAATAATAGCTTTTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTATCACCTGGCTGTACT-TAAGA-AAGCGTTATTGTAAGCTTCAAACCGGAA





Alignments
lowQualScore                  :        333      22  2                                         0                 2                      
lowQualScore                  :        ...      ..  .                                         .                 .                      
lowQualScore                  :        777      99  1                                         1                 5                      
consensus                     : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACATAAGAAATCGT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
Reference ( family-846 )      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACATAAGAAATCGT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20669                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTAGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACAT-AGTAATCGT-TGTTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20670                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTAGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACAT-AGTAATCGT-TGTTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20671                      : TTTTTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCCTCGAGCATTTCTACCATGTGACTGTACATAAGAAATCGC-CATTGTACGTTTCAAACCGGAA
gi|20672                      : TTATTAT---CCACCT--TA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCAAGCATTTGTACCACGTGATTGTACATAATAAATCAT-TATTGTATGCTTCAAACTGGAA
gi|20673                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCCAATAGAATGAGCTTCGAGCATATGTTCCACGTGACAGTACATAAGAAATCAT-TTTTGTACGCTTTAAACCGGAA
gi|20674                      : TTATTAT---CCTTCA--AA-AATAGGTAT-CGAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGAATGTACATAAGAAATTGT-TATTGTA
gi|20675                      : TTATTAT---CAACCT--AA-AATAGCTATTCCGATATTCTTCGAGTATGTGTACCAC------------AAGAAATCAT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20676                      : TTATTAT---CCTCCT--AA-TGTGTCTATTTCAGTGAATTTCGAGTTTCTGTACCACGTGATTGAACATAAGAAATCGT-TTAAGTACGTTGCAAACCGGAA
gi|20677                      : TTATTAT---CCACCT--AA-ACTAGCCCTT-----AAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGATTGTACATAAGAAAT-----------CGCTTCAAACC
gi|20678                      : TTAGTAT---CAACCT--AA-TATA-----TCCTATCAGCTTCGAGCATTTGTACCATGTATTTGTTCATAAGAAAGCAT-TATTGTAGGCTTCAAACGGGAA
gi|20679                      : TTATCAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTTCAATAAGCTTCGAGCATGTGTACCAGATGAC
gi|20680                      : TTATTAT---CCGCCT--AA-AATAGCTAATCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACTA
gi|20681                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AACATATATTTAAATGAGCTTTGAGCATTTGTA
gi|20682                      : TTACTAT---CCACCT--AA-AAT------TCGAATGAGCTTTGAGTATTTGAACCTTGTCAATGTTGTTGTGAAATCTTGTATTGGAC
gi|20683                      :  TATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGA-CGTTTGTACCACGTGATTGTACATAAGAAATCGC-TATTGTACATTTCAAACCG
gi|20684                      :  TATTATTTACCTCCT--TA-AATAACTATTCCAATGAGCCTCTAGCATTTGTACCATGTGACTGTACATAAGAAATTGT-TATTGTACGCTTCAAACTGAAA
gi|20685                      :  TATTTT---CCACCT--AA-AGTAGCT-------------TCGAGCAATTGTACCACGTGACTGTACATAATAAATCAT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20686                      :      AT---CCACTT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGAACCATGTGATTGTACATTAGAAATCAT-TATTGTATGCTTCAAACCGGA
gi|20687                      :      AT---TTACCTTTAATAATAGCTTTTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTATCACCTGGCTGTACTTAAGAAAGCGT-TATTGTAAGCTTCAAACCGGAA





Alignments
lowQualScore                  :        333      22  2                                         0                 2                      
lowQualScore                  :        ...      ..  .                                         .                 .                      
lowQualScore                  :        777      99  1                                         1                 5                      
consensus                     : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACATAAGAAATCGT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
Reference ( family-846 )      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACATAAGAAATCGT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20669                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTAGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACAT-AGTAATCGT-TGTTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20670                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTAGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACAT-AGTAATCGT-TGTTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20671                      : TTTTTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCCTCGAGCATTTCTACCATGTGACTGTACATAAGAAATCGC-CATTGTACGTTTCAAACCGGAA
gi|20672                      : TTATTAT---CCACCT--TA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCAAGCATTTGTACCACGTGATTGTACATAATAAATCAT-TATTGTATGCTTCAAACTGGAA
gi|20673                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCCAATAGAATGAGCTTCGAGCATATGTTCCACGTGACAGTACATAAGAAATCAT-TTTTGTACGCTTTAAACCGGAA
gi|20674                      : TTATTAT---CCTTCA--AA-AATAGGTAT-CGAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGAATGTACATAAGAAATTGT-TATTGTA
gi|20675                      : TTATTAT---CAACCT--AA-AATAGCTATTCCGATATTCTTCGAGTATGTGTACCAC------------AAGAAATCAT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20676                      : TTATTAT---CCTCCT--AA-TGTGTCTATTTCAGTGAATTTCGAGTTTCTGTACCACGTGATTGAACATAAGAAATCGT-TTAAGTACGTTGCAAACCGGAA
gi|20677                      : TTATTAT---CCACCT--AA-ACTAGCCCTT-----AAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGATTGTACATAAGAAAT-----------CGCTTCAAACC
gi|20678                      : TTAGTAT---CAACCT--AA-TATA-----TCCTATCAGCTTCGAGCATTTGTACCATGTATTTGTTCATAAGAAAGCAT-TATTGTAGGCTTCAAACGGGAA
gi|20679                      : TTATCAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTTCAATAAGCTTCGAGCATGTGTACCAGATGAC
gi|20680                      : TTATTAT---CCGCCT--AA-AATAGCTAATCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACTA
gi|20681                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AACATATATTTAAATGAGCTTTGAGCATTTGTA
gi|20682                      : TTACTAT---CCACCT--AA-AAT------TCGAATGAGCTTTGAGTATTTGAACCTTGTCAATGTTGTTGTGAAATCTTGTATTGGAC
gi|20683                      :  TATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGA-CGTTTGTACCACGTGATTGTACATAAGAAATCGC-TATTGTACATTTCAAACCG
gi|20684                      :  TATTATTTACCTCCT--TA-AATAACTATTCCAATGAGCCTCTAGCATTTGTACCATGTGACTGTACATAAGAAATTGT-TATTGTACGCTTCAAACTGAAA
gi|20685                      :  TATTTT---CCACCT--AA-AGTAGCT-------------TCGAGCAATTGTACCACGTGACTGTACATAATAAATCAT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20686                      :      AT---CCACTT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGAACCATGTGATTGTACATTAGAAATCAT-TATTGTATGCTTCAAACCGGA
gi|20687                      :      AT---TTACCTTTAATAATAGCTTTTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTATCACCTGGCTGTACTTAAGAAAGCGT-TATTGTAAGCTTCAAACCGGAA


blockSeqs                     :        TTA      TT  T                                                           G
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                           .
blockSeqs                     :        .        .   .                                                            
blockSeqs                     :        .        .   .                                                            
blockSeqs                     :        .        .   .                                                            


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACATAAGAAATCGT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
finalCons                     : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACATAAGAAATCGT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA





Alignments
lowQualScore                  :        333      22  2                                         0                 2                      
lowQualScore                  :        ...      ..  .                                         .                 .                      
lowQualScore                  :        777      99  1                                         1                 5                      
consensus                     : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACATAAGAAATCGT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
Reference ( family-846 )      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACATAAGAAATCGT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20669                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTAGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACAT-AGTAATCGT-TGTTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20670                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTAGAGCATTTGTACCACGTGACTGTACAT-AGTAATCGT-TGTTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20671                      : TTTTTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCCTCGAGCATTTCTACCATGTGACTGTACATAAGAAATCGC-CATTGTACGTTTCAAACCGGAA
gi|20672                      : TTATTAT---CCACCT--TA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCAAGCATTTGTACCACGTGATTGTACATAATAAATCAT-TATTGTATGCTTCAAACTGGAA
gi|20673                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AATAGCCAATAGAATGAGCTTCGAGCATATGTTCCACGTGACAGTACATAAGAAATCAT-TTTTGTACGCTTTAAACCGGAA
gi|20674                      : TTATTAT---CCTTCA--AA-AATAGGTAT-CGAATGAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGAATGTACATAAGAAATTGT-TATTGTA
gi|20675                      : TTATTAT---CAACCT--AA-AATAGCTATTCCGATATTCTTCGAGTATGTGTACCAC------------AAGAAATCAT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20676                      : TTATTAT---CCTCCT--AA-TGTGTCTATTTCAGTGAATTTCGAGTTTCTGTACCACGTGATTGAACATAAGAAATCGT-TTAAGTACGTTGCAAACCGGAA
gi|20677                      : TTATTAT---CCACCT--AA-ACTAGCCCTT-----AAGCTTCGAGCATTTGTACCACGTGATTGTACATAAGAAAT-----------CGCTTCAAACC
gi|20678                      : TTAGTAT---CAACCT--AA-TATA-----TCCTATCAGCTTCGAGCATTTGTACCATGTATTTGTTCATAAGAAAGCAT-TATTGTAGGCTTCAAACGGGAA
gi|20679                      : TTATCAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTTCAATAAGCTTCGAGCATGTGTACCAGATGAC
gi|20680                      : TTATTAT---CCGCCT--AA-AATAGCTAATCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTACTA
gi|20681                      : TTATTAT---CCACCT--AA-AACATATATTTAAATGAGCTTTGAGCATTTGTA
gi|20682                      : TTACTAT---CCACCT--AA-AAT------TCGAATGAGCTTTGAGTATTTGAACCTTGTCAATGTTGTTGTGAAATCTTGTATTGGAC
gi|20683                      :  TATTAT---CCACCT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGA-CGTTTGTACCACGTGATTGTACATAAGAAATCGC-TATTGTACATTTCAAACCG
gi|20684                      :  TATTATTTACCTCCT--TA-AATAACTATTCCAATGAGCCTCTAGCATTTGTACCATGTGACTGTACATAAGAAATTGT-TATTGTACGCTTCAAACTGAAA
gi|20685                      :  TATTTT---CCACCT--AA-AGTAGCT-------------TCGAGCAATTGTACCACGTGACTGTACATAATAAATCAT-TATTGTACGCTTCAAACCGGAA
gi|20686                      :      AT---CCACTT--AA-AATAGCTATTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGAACCATGTGATTGTACATTAGAAATCAT-TATTGTATGCTTCAAACCGGA
gi|20687                      :      AT---TTACCTTTAATAATAGCTTTTCCAATGAGCTTCGAGCATTTGTATCACCTGGCTGTACTTAAGAAAGCGT-TATTGTAAGCTTCAAACCGGAA