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Reference ( gi|116219 )       : CTGTTGATATCTATTGAGTGTGTCGTCTTGAGTTAGATTGGTTTGTAAAATGG--CGT----GTATTTATGCAAACC-----TTTAAATGCGTTTTTATTTTTGA-AA-----AC-TATTTTT--TGAATGGTTGAAGTGC--ATTCTATTTTGT---AT---ATGTGTGGTAATCT-----GAGAC-AAAATTGTCAATCGTATTTGAATTTCGTC--TTTCTGTCAATATGATAGGAA--A-A-A--TGTTAAGT-TTAAT---TTATCTTC-TAAAATATCGCG-----TTA-TAACTAG--C-----GTTAACAA---T---ATATGTAGTATCGGGTATT------TCTCTTCTACTTCCATCATCTCCATAAACAGAACAAAAACAACACAATTTCAATTAAATATGTTT
gi|116220                     : CTGTTGATATCTATTGAGTGTGTCGTCTTGAGTTAGAT-------------GG--CAT----GTATTTATGCAAACC-----TTTAAATGCGTTTTTATTTTTGA-AA-----GA-T-CTTTT--TAACTGGTTGAATAGC--ATACTATTTTGT---AT---ACGTGTGGTTATCT-----GTGAC-AAAATTGTCAATCGTATTTGAATTTCGTC--TTTCTGTCAATATGATAGAAA--A-AAA--TGTTAAGT-TTAAT---TTGTCTTC-TAAAATATCGCG-----TTA-TAACTAG--C-----GTTAACAA---T---ATATGTAGTATCGGATATT------TCCCTTCTACTTCCATGGAGACCATAAACAGAACAAAAACAAAACAATTTCAATTAAATATGTTT
gi|116221                     : CTGTTGATATCTATTGAGTGTGTCATCTTGAGTAAG-TTGGTTTGTAAAATAG--CAT----GTATTTATGCAAACC-----TTTAAATGCGTCTTTATTTTTAA-AA-----GA-TATTTTT---AAATGACTGAAGTGC--ATTTTATTTTGT---AT---ATTTGTGGTAATCT-----GAGAC-AAAATTGTCAATCGTATTTGAATTTCGTC--TTTCTGTCAATATGATAGAAA--A-A-AACTGTTATGT-TTAAT---TTGTCTTC-TAAAATACCGTG-----TTA-TAACTAG--C-----GTTAACTA---T---ATATGTAGTATCGGGTATT------T
gi|116222                     : CTGTTAATATCTATTGAGTGTGTCATCTTGCG--GGAATGGTTTGTAAAATAG--CAT----GTATTTATGCAAACC-----TTTAAATGAGCCTTTATTTTTGG-AA-----GA-AATTTTG--TAAATGGTTGAAGTGC--ATTCTATTTTGA---AT---ATTTGTGGTAATCT-----GAGGC-AAAATTGCCAATAGTATTTTAATTTCGTC--TTTCTGTCA-----------------------TTAAG----------TTGTCTTC-TAAAATATCGCA-----TTT-TCACTAG--C-----GTTAACAA---TTTAATATATA-TAT
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gi|116225                     : CTGTTAATATCTATTGAGTGTGTCATCTTGAG--GAATTGGTTTGTAAAATGG--CAT----GTATTGATGCAAACC-----TTTAAATGAGTCAATATTTTTGA-AA-----GA-TATTTTA--TAAATGGTTGAAGTGCAAATTATATTT
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gi|116227                     :    TTGATATCTATTGAGTGTGTCATCTTGAGTTAGGTTGGTTTGTAAAATA-----T----GTATTTATGCAAACC-----TTTAAATGCGTCTTTAGTATTAA-AA-----GA-TAGTTTT--TAAATGATTGAAGTGC--ATTCTATTTTGC---AT---ATTTGTGGTAATCT-----GAGAA-AAAATTGTCAGTCGTATTTGAATTTCGTC--TTT-TGTCATTATGATAGAAA--A-A-AG-TATCGGGT----AT---TT-TTTCCATATAGTTTAGTA-----TCA-TAA-TAG--CTCTCTGTTCAAAA---G---ACATTTAGT
gi|116228                     :       ATATCTATTGAGTGTGTCATCTTGAGTTAGGTTGGTTTGTAAAATA-----T----GTATTTATGCAAACC-----TTTAA-TGCGTCTTTAGTATTAA-AA-----GA-TAGTTTT--TAAATGATTGAAGTGC--ATTCTATTTTGC---AT---ATTTGTGGTAACCT-----GAGAA-AAAATTGTCAGTCGTATTTGAATTTCGGC--TTTCCGTCAGTATGATAGAAA--A-A-AG-TATCGGGT-TT---------TTTTC-C---ATATCGTGTAGTATCA-TAA-TAG--CTCTCTGTTCAAAA---G---ACATTTAGT
gi|116231                     :                          TCTTGAGTTAGATTGGTTTGTAAAATGG--CATACATGTATTTATGCAAACC-----TTTAAATGCGTTTTTATTTTTGA-AA-----GA-TGTTTTT--TAAATGGTTGAAGTGC--ATTCTATTTTGT---AT---ATGTGTGGTAATCT-----GAGAC-AAAATTGTCAATTGTATTTGAATTTCGTC--TTTCTGTCAATATGAAAGAAA--A-A-A--TGTTAAGT-TTAAT---TTATCTTC-TAAAATATTGCA-----TTA-TAACTAG--T-----GTTAACAA---C---ATATGTAGTATCGGGTATT------TCCCTTCTACTTCCACCATCTCCATAAACGGAACAAAAACAACACAATTTCAATTAAATATGTTT
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gi|116229                     :                                          TTTGTAAAAGTG--CGT----------ATGCAGACC-----CTT-----CATTTTTATTTTGGA-AAGGG--ACATATCTTTGGTAAATGGTTGCACGGC--ATCCTATTTCGT---TTTTAATGC-TGGTA------------AC-AAACGTGTTGAATATATTTTAATTTCACCAGTTTTCGTCATCATGGTAG
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Reference ( family-841 )      : CTGTTGATATCTATTGAGTGTGTCATCTTGAGTTAGATTGGTTTGTAAAAT-GGCA-T----GTATTTATGCAAACCTTTAAATGCGTCTTTATTTTTGAAAG----A--T-ATTTTT--TAAATGGTTGAAGTGC--ATTCTATTTTGT---ATATTTGTGGTAAT-CT-----GA-GAC-AAAATTGTCAATCGTATTTGAATTTCGTC--TTTCTGTCAATATGAT--AGAAAA-AA--TGTTAAGTTTAATTTGTCTTC-TAAAATATCGCG-----TTATAACTAGC-----GTTAACAA---T---ATATGTAGTATCGGGTATT------TCCCTTCTACTTCCACCGTCTCCATAAACGGAACAAAAACAACACAATTTCAATTAAATATGTTT
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gi|116220                     : CTGTTGATATCTATTGAGTGTGTCGTCTTGAGTTAGAT--------------GGCA-T----GTATTTATGCAAACCTTTAAATGCGTTTTTATTTTTGAAAG----A--T--CTTTT--TAACTGGTTGAATAGC--ATACTATTTTGT---ATACGTGTGGTTAT-CT-----GT-GAC-AAAATTGTCAATCGTATTTGAATTTCGTC--TTTCTGTCAATATGAT--AGAAAAAAA--TGTTAAGTTTAATTTGTCTTC-TAAAATATCGCG-----TTATAACTAGC-----GTTAACAA---T---ATATGTAGTATCGGATATT------TCCCTTCTACTTCCATGGAGACCATAAACAGAACAAAAACAAAACAATTTCAATTAAATATGTTT
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gi|116225                     : CTGTTAATATCTATTGAGTGTGTCATCTTGAG--GAATTGGTTTGTAAAAT-GGCA-T----GTATTGATGCAAACCTTTAAATGAGTCAATATTTTTGAAAG----A--T-ATTTTA--TAAATGGTTGAAGTGCAAATTATATTTgttta
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gi|116227                     :    TTGATATCTATTGAGTGTGTCATCTTGAGTTAGGTTGGTTTGTAAAAT----A-T----GTATTTATGCAAACCTTTAAATGCGTCTTTAGTATTAAAAG----A--T-AGTTTT--TAAATGATTGAAGTGC--ATTCTATTTTGC---ATATTTGTGGTAAT-CT-----GA-GAA-AAAATTGTCAGTCGTATTTGAATTTCGTC--TTT-TGTCATTATGAT--AGAAAA-AAG-TATCGGGT---ATTT-TTTCCATATAGTTTAGTA-----TCATAA-TAGCTCTCTGTTCAAAA---G---ACATTTAGTaacttcgtatttaaagtttgtat
gi|116228                     :       ATATCTATTGAGTGTGTCATCTTGAGTTAGGTTGGTTTGTAAAAT----A-T----GTATTTATGCAAACCTTTAA-TGCGTCTTTAGTATTAAAAG----A--T-AGTTTT--TAAATGATTGAAGTGC--ATTCTATTTTGC---ATATTTGTGGTAAC-CT-----GA-GAA-AAAATTGTCAGTCGTATTTGAATTTCGGC--TTTCCGTCAGTATGAT--AGAAAA-AAG-TATCGGGTTT------TTTTC-C---ATATCGTGTAGTATCATAA-TAGCTCTCTGTTCAAAA---G---ACATTTAGT
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Alignments
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gi|116233                     :                                                                      TACAAACCCATAACTGTGTTTCGATTTTTGATAG----ATGT-ATTTCT--T---TGTTTGGAATGC--ATCCTATTTGGC---AAATGTGTGATCAT-TTTTAAGGA-AAC-AAAAtcaaaggaaacattaatatgtaatctttaagacgtttttttgctaactaggatggcagcaata
gi|116234                     :                                                                                 AAAT-CGTCTTTATTTT-AAAAG----A--G-ATTTAG--TAAATGGTTGAAGAGC--ATTTGATTTTGT---ATATTTGTGGTAAT-CT-----GA-GAC-AAAATTGTCAATCGTATTTGAATTTCGTC--TTTTTGTCAAGATGGT--GGGAAA-A-------AAGTTTAATTTGTATTT-CAAAA
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lowQualScore                  :                                 3                  44   2 2222                                         1111 33 2      66                33            555    1         2  77777  2   2                             88         1      44      3  22          0    2     3            99999           88888        0000000    1              444444                             0       1                           
lowQualScore                  :                                 .                  ..   . ....                                         .... .. .      ..                ..            ...    .         .  .....  .   .                             ..         .      ..      .  ..          .    .     .            .....           .....        .......    .              ......                             .       .                           
lowQualScore                  :                                 5                  11   9 1111                                         3333 77 7      33                77            000    3         9  11111  9   9                             55         9      22      6  33          7    3     3            11111           22222        8888888    6              444444                             7       7                           
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Reference ( family-841 )      : CTGTTGATATCTATTGAGTGTGTCATCTTGAGTTAGATTGGTTTGTAAAAT-GGCA-T----GTATTTATGCAAACCTTTAAATGCGTCTTTATTTTTGAAAG----A--T-ATTTTT--TAAATGGTTGAAGTGC--ATTCTATTTTGT---ATATTTGTGGTAAT-CT-----GA-GAC-AAAATTGTCAATCGTATTTGAATTTCGTC--TTTCTGTCAATATGAT--AGAAAA-AA--TGTTAAGTTTAATTTGTCTTC-TAAAATATCGCG-----TTATAACTAGC-----GTTAACAA---T---ATATGTAGTATCGGGTATT------TCCCTTCTACTTCCACCGTCTCCATAAACGGAACAAAAACAACACAATTTCAATTAAATATGTTT
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gi|116234                     :                                                                                 AAAT-CGTCTTTATTTT-AAAAG----A--G-ATTTAG--TAAATGGTTGAAGAGC--ATTTGATTTTGT---ATATTTGTGGTAAT-CT-----GA-GAC-AAAATTGTCAATCGTATTTGAATTTCGTC--TTTTTGTCAAGATGGT--GGGAAA-A-------AAGTTTAATTTGTATTT-CAAAA
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gi|116237                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATT------TCCCTTCTACTTCCACTGTCTCCATAAACAGAACAAA---AACACAATTTCAATTAAATATGTTT