lowQualScore : 111111 11111111111 1 111 111111111 111 11111111111111 111111111 1 1 333
lowQualScore : 55 22 8 666 3 444444 8888 0 1 22222222222 0 3333 2 2 77 222 5555 1 444 0 555 55 77 77 888888888 2 1 888888 1 5 2 000 1 66 5 5 44444444444444 0 666666666 66666 5 6 2 33 444 4 3 44 5 99999 2 444 555 33 2 5555 5 0 4 3 2 1 0 3 77 0 66 6 77 3 000 2
lowQualScore : .. .. . ... . ...... .... . . ........... . .... . . .. ... .... . ... . ... .. .. .. ......... . . ...... . . . ... . .. . . .............. . ......... ..... . . . .. ... . . .. . ..... . ... ... .. . .... . . . . . . . . .. . .. . .. . ... .
lowQualScore : 55 88 8 444 6 111111 1111 4 2 77777777777 2 6666 9 5 44 000 0000 5 444 9 000 22 99 99 666666666 9 9 777777 8 7 9 000 4 44 7 2 44444444444444 2 111111111 77777 3 5 5 22 111 8 4 66 0 11111 5 444 777 44 5 3333 4 1 5 8 8 5 7 9 00 6 00 2 22 3 999 6
consensus : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATAAACGAATGTATCCCTTT---A-CCA------CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTNAT-GA-TTTTATGAACAAN-AA---TTTA--CATAAAATA-GGTAAT---CCGTTCTGGAAAGATG--TTT--ATG--------AA-AGTCTT-AATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCNTGGAA------A------CAATTTTTA-----A--NTC-----A-ACCTCTATGGTACAA-CAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTC-GAGCG-T-T---TTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTN-TCCTTTAGGT-CATTTGAAGA-AAAANTTTCTGTNAATT
Reference ( gi|131579 ) : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTT---A-CCA------CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAAT-GA-TTTTATGAACAAT-AA---TTTA--CATAAAATA-GGCAAT---CTGTTCTGGAAAGATG--TTT--ATG--------AA-AGTCTT-AATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CAATTTTTA-----A--CTC-----A-ACCTCAATGGTACAA-CAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTC-AAGTG-T-T---TTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAGTGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTG-TCCTTTAAAT-CATTTGAAGA-AATTTTTTCTGTTAATT
gi|131580 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCTTTT---A-CCA------CA---AAGATGTCAA--TTT------TT-GGTAAT-GA-TTTTATGAACAAT-AA---TT-A--CATAAAATA-GGCAGT---CTGTTCTGGAAAGATG--TTT--ATG--------AA-AGTCTT-AATTTAATAC-TA-TCTA---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CAATTTTTA-----A--CTC-----A-ACCTCTATGGTACAA-CAA--T---AACCTTAAGATAAGAAGGTC-AAGTT-T-T---TTTTA-C---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACTGTAATCTTCTG-TCCTTTAGAT-CATTTGAAGA-AAAATTTTCTGCTAATT
gi|131581 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATAAACAAATGTATCCCTTT---A-CCA------CA---AAGATGTTAA--TTT------TT-GGTAAT-GA-TTTTATGAACAAT-AA---TTTA--CATAAAATA-GGCAAT---CTGTTCTGGAAAGATG--TTT--ATG--------AA-AGTCTT-AATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------T-----------------TC-----A-ACCTCTATGGTACAA-CAA--T---AACCTTGAGATAGGAAAGTC-AAGTGTT-T---TTTTA-C---AAA-G-ATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTG-TCTTTTAGAT-CATTTAAAGA-AAAAATTTCTGTTAATT
gi|131582 : AAAAAATGTAT--GAAA-TCCATGAACAAATGTATCTCTTT---A-CCA------CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTTAT-GATTTTTATGAACAAT-AA---TTTA--CATAAAATA-AGCAAC---ATGTTCTGGAAAGATG--TTT--ATG--------AA-AGTCTT-AATTTATTAA-TA-TCTG---CTATAA-AATCATTG-TCATGGAA------A------CAATTTTTA-----A--CTC-----A-ACCTCTATGGTACAA-CAA--T---A
gi|131583 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTTTATGTATCC--TT---AGCCAT-----CA---GAAATGTTAA--TTT------TT-GGTAAT-GA-TTATGTGAAAAAG-AACC-TTTT--CA--AAATA-TGTAAT---CCATTTTGGAAAGATG--TGT--ACA--------TA-AGTCTG-GAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCCATG-TCTTGGAA------A-------GATTTTTA-----A--ACC-----A-ACCTTTATGGTTTAA-CAA--T---AACATTAAGATAGGAAGATC-GAGTG-T-A---TTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTT-ACATTTAGGT-TATTTGTGGA-TAAGTTTTCTGTAAAT
gi|131584 : AAAAAATGTAT--AAAAAATCATAATTTTATGTATCC---T---A-ACA------CATCAGAAATATTAA--TTT------TT-GGTAAA-GA-ATATGTGAAAAAG-GACC-TTTT--CA--AAATA-TGTAAT---CCATTTTGGAAAGATG--TGT--ACA--------TA-AGTCTG-GAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------A------GATTTTTTA-----A--ACC-----A-ACCTTTATGGTTTAA-CAA--T---AACATTAAGATAGGAAGATC-GAGTG-T-A---TTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTT-ACATTTAGGT-TATTTGTGGATAA--GTTTCTGTAAAT
gi|131585 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTGTATGTATCCTTAT---G-CAT------CC---GAATTGTTAA--TTT------TT-GGTAAT-GA-TTATATGAAAAAG-AACCTTTTT--CA--AAATA-TGTAAT---CCATTTTGGAAAGATA--TGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTT-TTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------A-------GATTTTTA-----A--ACC-----A-ACCTTTATGGTTTAA-CAA--T---AACATTAAGAT--------C-GAGTG-T-A---TTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTGTTAGTGACTTGATTGATGAGCTTGGTAATCTTCTT-ACATTTAGGT-TATTTGTGGG-TAAGTTTTCTGTAAAT
gi|131586 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTA---A-CCA------CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTAAT-GA-TTTTATGAACAAT-AA---TTT
gi|131587 : AAAAAATAT-T--GGATATTTTTAAAATAATGTATCCGTTT---A-------------------TATTAAACTTCACCGCATTTGGTTTA-GA-TTTTATTAACAAC-CA---ATCA---ATAGAATT-CATAAT---CACTTTTGAAAAGATA--TTTTCATGTCATAC--AATAGTTTT-CATC-AT--A-CA-TC-GAACCTACCA----CACGG-TC-TGG------------------TTTACA-----AAGTTC-----ATACATT--TGGTACAA-CCC--T---AATCTTAAGGTCGGAGGCTC-GAGCA-T-T---TTT-A-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATAATAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAATTT
gi|131588 : AAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTT---A-CCA------CA---AAGATGT-AA--GTT------TATGGATAT-GA-TTTCATGAACAAA-AA---TTTA--CATCTAA-A-GGTAAT---CTGTTCTGGAAAGATG--TTT--ATT--------AA-ATTCTT-TATTTATTAA-TA-TTTA---CTACAA-AACAATTG-CCATGGAA------A------CAATTTCAA-----A--CCA-----A-GCCTCTATGGTAAAA-CAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTC-AATTG-T-A---TTTTA-C---AAA-TTATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATCAATGAAAACGGCAATTTTCTG-TCCTTTATAT-CATTTAAAGA-AAAAAATTATGTTAATTgtatactattaga
gi|131589 : AAAATATATTTGGATATTTTTAAAACAATGTATCCGTTT---A-CCG------CA------------------------TTTGGTTCA-GA-TTT-ATTAACAAC-CA---CATC--AATAGAATT-CATAAT---CACTTTTGGAAAGATA--CTTTCATGTCATACAAAA-AATTTT-CATC-A--AA-CA-TC-GAACCTACCA----CATGG-TCAGGTTT------A------CAA-----A-----G--TTC-----ATACATT--TGGTACAA-CCC--T---AATCTTAAGGTCGGAGGCTC-TAGCA-T-T---TTTTA-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATATTAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAATTT
gi|131590 : AAGAAATGTATCCATTTTTGG-CCAAGTTTACA---AAAA-----A--T-----------GGTACT-GA-TTCTATTAATAAA-AA---AT-A--CATAAAATT-GATAAT---CAATTCTGGAAAGACG--CTT--TTG---------------TT-AA-ATATAAA-TAGTTTT---CTAC---AACCGTTACTCCTGAAA------ATTAGTTTAATTTTTGTTGTTT--TTC-----A---CT--GTGGCAAAA-C----------CCTTATGTT---AAGGTTGAAA---------TTCTA-CCGTAAA-TTATCGTAACTGGGTCTCAAAAGGAATATTATTGGTTAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGATAT--TGATTCTTTAgtataccattaga
gi|131591 : T------TTTGGTCATCG----TTAT-AACAATCGA---TTCAATCATTTTATACAGCTATTTCCT-TTCTGGAAAGATG--TTT--ATG--------AA-AGTTTA-AACATACTTT-TA-TCTA---CTTTAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CA-TTTTTA-----A---TC-----A-ACCTCTATTGTACAAACAA--T---AACCTTAAGATA----------AGTA-T-T---TT--A-C---AAA-ATATGGTA--T-GAC----AAAGGAATGATAAACATAAATGATTTGATGAATGAAAACGGTAACCTTCTT-CCTTTTAGGT-CAT
gi|131592 : TGGTGCC-GA-TTTTATTAATAAA-AA---AATA--CATAAAATT-GATAAT---CAGTTCTGGAAAGACGTTTTT--ATT--------AA-A----------TATAAACTG-TTTT---CTAC---AACAGTTACTCCTGAAAATTGCTA------TAATTTCTG-----T--TGT-----A-ATC-CACTGTGGCAA-CAGCCT---AATGTTAAGGTCGGAAATTC-TAGC--T-TAAATTATC-C---TAA-CTG-GGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGAT-TTTTA-TTCTTTAACTGAATTT--AGA-AAT
gi|131593 : TGGTGCC-GA-TTTTATTAATAAA-AA---ATTA--CATAAAATT-GAAAAT---CAGTTCTGGAAAGACGTTTTT--ATT--------AA-A----------TATAAACTG-TTTT---CTACAACAGTTAT---TCCTGAAA------A------TTGGTATTA-----T--TTCTTTTGT-ATTTCATTGTGGCAA--AA--TCCAAATGTTAAGGTCGGAAATTC-TAGCG-T-A---AATTATC---ATA-ACTGGGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGAGAT-TTTTA-TTCTTTAAATGAATTT--AGA-AATaagt
gi|131594 : T-AA---TT-A---ATAAAATA-GGCAAT---CTGTTCTGGAAAGATG--TTT--ATG--------AA-AGTCTT-AATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CAATTTTTT-----A--CTC-----A-ACATCTATGGTACAA-CAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTC-AAGTGTT-T---TTTTA-C---AAA-AGACGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTG-TCCTTTAGTT-CATTTAAAGA-AAAATTTTCTGTTAATTaagt
gi|131595 : AATATTTA-----A--ACC-----A-ACTTTTATGGTTTAA-CAA--T---AACATTAAGATAGGAAGATC-GAGTG-T-A---TTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAACTTTGTTAGTGACTTGATTGATGAACATGATAATCTTCTT-ACATTTAGGT-TATTTGCGGA-TAAGTTTTCTGTAAAT
gi|131596 : GATACAA-CAA--T---AACCTTAAGATTGGAACATC-AACTG-TGT---TTTTA-C---AGA-ATATGGTA--T-TTT----AAAGGCATAATA---ATTAA-----TAATGAAT--AAAC----AT-TTCTA-TCTTTTATAT-TACTTGAAGA-AAT
gi|131597 : --T---AACCTTAAGATAGGAAGGTC-AAGTG-C-T---TTT-A-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTC-TCCTTTAGAT-CATTTAAAGA-AAAAATTTCTGTTAATTaaaatgcagttaatt
Alignments
lowQualScore : 111 222222222 22222222222222222 111111111 111111111
lowQualScore : 55 7 6 3 3 8888 999 999999 7 1 2 2 1 33 222 33 0 33 2 4 77 333333333 2 88 1 5 2 999 0 55 5 3 22222222222222222 66666 111111111 777 2 33 333 3 2 2 333333333 2 444 4 3 33 2 5555 1 1 1 1 1 0 0 7 1 2 2 1 5 66 9 1 1
lowQualScore : .. . . . . .... ... ...... . . . . . .. ... .. . .. . . .. ......... . .. . . . ... . .. . . ................. ..... ......... ... . .. ... . . . ......... . ... . . .. . .... . . . . . . . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 00 8 5 6 6 1111 333 666666 3 0 7 7 7 77 000 77 8 77 7 7 33 333333333 7 00 1 3 7 333 7 44 3 6 55555555555555555 22222 444444444 111 4 11 999 9 6 5 000000000 4 111 7 2 22 4 0000 0 0 0 0 8 9 1 1 0 4 4 6 7 99 2 0 0
consensus : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAAT-GA-TTTTATGAACAAN-AA---TTTA--CATA--AAATAGGTAAT-CCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CA--ATTTT-----TA-----AN--TCA-A-CCTCTATGGTAC-AACAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCGAGCG-T-N---TTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTTAATT
Reference ( family-839 ) : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATAAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTNAT-GA-TTTTATGAACAAN-AA---TTTA--CATA--AAATAGGTAAT-CCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCNTGGAA------A------CA--ATTTT-----TA-----AN--TCA-A-CCTCTATGGTAC-AACAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCGAGCG-T-T---TTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTNAATT
gi|131579 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAAT-GA-TTTTATGAACAAT-AA---TTTA--CATA--AAATAGGCAAT-CTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CA--ATTTT-----TA-----AC--TCA-A-CCTCAATGGTAC-AACAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCAAGTG-T-T---TTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAGTGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CCT-TTAAAT-CATTTGAAGAAA-TTTTTTCTGTTAATT
gi|131580 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCTTTTA-CCA-CA---AAGATGTCAA--TTT------TT-GGTAAT-GA-TTTTATGAACAAT-AA---TT-A--CATA--AAATAGGCAGT-CTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTAATAC-TA-TCTA---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CA--ATTTT-----TA-----AC--TCA-A-CCTCTATGGTAC-AACAA--T---AACCTTAAGATAAGAAGGTCAAGTT-T-T---TTTTA-C---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACTGTAATCTTCTGT-CCT-TTAGAT-CATTTGAAGAAA-AATTTTCTGCTAATT
gi|131581 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATAAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TT-GGTAAT-GA-TTTTATGAACAAT-AA---TTTA--CATA--AAATAGGCAAT-CTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A----------------------------T--TCA-A-CCTCTATGGTAC-AACAA--T---AACCTTGAGATAGGAAAGTCAAGTGTT-T---TTTTA-C---AAA-G-ATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CTT-TTAGAT-CATTTAAAGAAA-AAATTTCTGTTAATT
gi|131582 : AAAAAATGTAT--GAAA-TCCATGAACAAATGTATCTCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTTAT-GATTTTTATGAACAAT-AA---TTTA--CATA--AAATAAGCAAC-ATGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTATAA-AATCATTG-TCATGGAA------A------CA--ATTTT-----TA-----AC--TCA-A-CCTCTATGGTAC-AACAA--T---A
gi|131583 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTTTATGTATCC--TTAGCCATCA---GAAATGTTAA--TTT------TT-GGTAAT-GA-TTATGTGAAAAAG-AACC-TTTT--CA----AAATATGTAAT-CCATTTTGGAAAGATGTGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCCATG-TCTTGGAA------A-------G--ATTTT-----TA-----AA--CCA-A-CCTTTATGGTTT-AACAA--T---AACATTAAGATAGGAAGATCGAGTG-T-A---TTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGTGGATA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131584 : AAAAAATGTAT--AAAAAATCATAATTTTATGTATCC---TA-ACA-CATCAGAAATATTAA--TTT------TT-GGTAAA-GA-ATATGTGAAAAAG-GACC-TTTT--CA----AAATATGTAAT-CCATTTTGGAAAGATGTGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------A------GA--TTTTT-----TA-----AA--CCA-A-CCTTTATGGTTT-AACAA--T---AACATTAAGATAGGAAGATCGAGTG-T-A---TTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTG-TGGAT-AAGTTTCTGTAAAT
gi|131585 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTGTATGTATCCTTATG-CAT-CC---GAATTGTTAA--TTT------TT-GGTAAT-GA-TTATATGAAAAAG-AACCTTTTT--CA----AAATATGTAAT-CCATTTTGGAAAGATATGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTTTTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------A-------G--ATTTT-----TA-----AA--CCA-A-CCTTTATGGTTT-AACAA--T---AACATTAAGAT--------CGAGTG-T-A---TTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTGTTAGTGACTTGATTGATGAGCTTGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGTGGGTA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131586 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTAA-CCA-CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTAAT-GA-TTTTATGAACAAT-AA---TTT
gi|131587 : AAAAAATAT-T--GGATATTTTTAAAATAATGTATCCGTTTA--------------TATTAAACTTCACCGCATTTGGTTTA-GA-TTTTATTAACAAC-CA---ATCA---ATA--GAATTCATAAT-CACTTTTGAAAAGATATTTTCATGTCATAC--AATAGTTTTCATC-AT--A-CA-TC-GAACCTACCA----CACGG-TC-TGG--------------------TTTA-----CA-----AAGTTCATA-CATTT--GGTAC-AACCC--T---AATCTTAAGGTCGGAGGCTCGAGCA---T---TTTTA-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATAATAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAAT-TTGTAT-ACTATTAG
gi|131588 : AAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGT-AA--GTT------TATGGATAT-GA-TTTCATGAACAAA-AA---TTTA--CATC--TAA-AGGTAAT-CTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATT--------AA-ATTCTTTATTTATTAA-TA-TTTA---CTACAA-AACAATTG-CCATGGAA------A------CA--A-TTT-----CA-----AA--CCA-AGCCTCTATGGTAA-AACAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCAATTG-T-A---TTTTA-C---AAA-TTATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATCAATGAAAACGGCAATTTTCTGT-CCT-TTATAT-CATTTAAAGAAA-AAAATTATGTTAATTa
gi|131589 : AAAATATATTTGGATATTTTTAAAACAATGTATCCGTTTA-CCG-CA------------------------TTTGGTTCA-GA-TTT-ATTAACAAC-CA---CATC--AATA--GAATTCATAAT-CACTTTTGGAAAGATACTTTCATGTCATACAAAA-AATTTTCATC-A--AA-CA-TC-GAACCTACCA----CATGG-TCAGGTTT------A------CA--A----------A-----GT--TCATA-CATTT--GGTAC-AACCC--T---AATCTTAAGGTCGGAGGCTCTAGCA-T-T---TTTTA-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATATTAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAAT-TTGTATACCA-TTAG
gi|131590 : TGGTACT-GA-TTCTATTAATAAA-AA---AT-A--CATA--AAATTGATAAT-CAATTCTGGAAAGACGCTT--TTG---------------TTAA-ATATAAA-TAGTTTT---CTAC---AACCGTTACTCCTGAAA------ATTAGTTTA--ATTTT-----TGTTGTTTT--TCA------CTGTGGCAA-AAC----------CCTTATGTT---AAGGTTGAAA--------TTCTA-CCGTAAA-TTATCGTAACTGGGTCTCAAAAGGAATATTATTGGTTAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGATATT-GAT-TCT-TTAa
gi|131591 : aagaaatgtatccatttttggccaagtttacaaaaaaT------TTTGGTCATCG----TTAT-AACAATCGA---TTCAATCATTTTATACAGCTATTTCCTTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTTTAAACATACTTT-TA-TCTA---CTTTAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------C---ATTTT-----TA-----A---TCA-A-CCTCTATTGTACAAACAA--T---AACCTTAAGATAA-----------G-T-A---TTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAC----AAAGGAATGATAAACATAAATGATTTGATGAATGAAAACGGTAACCTTCTTC-CTT-TTAGGT-CAT
gi|131592 : TGGTGCC-GA-TTTTATTAATAAA-AA---AATA--CATA--AAATTGATAAT-CAGTTCTGGAAAGACGTTT--TTA---------------TTAA-ATATAAACTG-TTTT---CTAC---AACAGTTACTCCTGAAAATTGCTA------TA--ATTTC-----TG-----TT--GTA-ATCCACTGTGG--C-AACAGCCT---AATGTTAAGGTCGGAAATTCTAGC--T-TAAATTATC-C---TAA-CTG-GGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGAT-TTTTAT-TCT-TTAACTGAATTT--AGAAATAAGT
gi|131593 : TGGTGCC-GA-TTTTATTAATAAA-AA---ATTA--CATA--AAATTGAAAAT-CAGTTCTGGAAAGACGTTT--TTA---------------TTAA-ATATAAACTG-TTTT---CTACAACAGTTAT---TCCTGAAA------ATTGG--TATTATTTCTTTTGTA-----TT--TCA------TTGTGG--C-AA-AA--TCCAAATGTTAAGGTCGGAAATTCTAGCG-T-A---AATTATC---ATA-ACTGGGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGAGAT-TTTTAT-TCT-TTAAATGAATTT--AGAAATAAGT
gi|131594 : TTA---ATA--AAATAGGCAAT-CTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CA--ATTTT-----TT-----AC--TCA-A-CATCTATGGTAC-AACAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCAAGTGTT-T---TTTTA-C---AAA-AGACGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CCT-TTAGTT-CATTTAAAGAAA-AATTTTCTGTTAATT
gi|131595 : taaA--ATATT-----TA-----AA--CCA-A-CTTTTATGGTTT-AACAA--T---AACATTAAGATAGGAAGATCGAGTG-T-A---TTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAACTTTGTTAGTGACTTGATTGATGAACATGATAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGCGGATA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131596 : GATAC-AACAA--T---AACCTTAAGATTGGAACATCAACTG-TGT---TTTTA-C---AGA-ATATGGTA--T-TTT----AAAGGCATAATAATTAATAATGA--------AT--AAAC----AT-TTCTAT-CTT-TTATAT-TACTTGAAGAAATAAAATGCAGTTAATT
gi|131597 : --T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCAAGTG-C-T---TTT-A-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTCT-CCT-TTAGAT-CATTTAAAGAAA-AAATTTCTGTTAATT
Alignments
lowQualScore : 111111 111 222222222 22222222222222222 111111111
lowQualScore : 55 7 6 3 3 8888 999 000000 8 0 2 1 222 1 00 4 77 333333333 2 88 1 5 2 999 0 55 5 4 22222222222222222 66666 111111111 777 2 33 333 3 2 2 7777777 2 2 444 4 3 33 2 5555 1 1 1 1 1 0 0 7 1 2 2 1 5 66 9 1 0
lowQualScore : .. . . . . .... ... ...... . . . . ... . .. . .. ......... . .. . . . ... . .. . . ................. ..... ......... ... . .. ... . . . ....... . . ... . . .. . .... . . . . . . . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 00 8 5 6 6 1111 333 555555 5 6 9 0 999 5 44 7 33 333333333 7 00 1 3 7 333 7 44 3 3 55555555555555555 22222 444444444 111 4 11 999 9 6 5 6666666 4 4 111 7 2 22 4 0000 0 0 0 0 8 9 1 1 0 4 4 6 7 99 2 0 5
consensus : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAANAA---TTTACATAAAATAGGTAATCCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CA--ATTTT-----TA-----AN--TCA-A-CCTCTATGGTAC-AACAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCGAGCG-T--ATTTT-A-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTTAATT
Reference ( family-839 ) : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAANAA---TTTACATAAAATAGGTAATCCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CA--ATTTT-----TA-----AN--TCA-A-CCTCTATGGTAC-AACAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCGAGCG-T--NTTTT-A-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTTAATT
gi|131579 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CA--ATTTT-----TA-----AC--TCA-A-CCTCAATGGTAC-AACAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCAAGTG-T--TTTTT-A-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAGTGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CCT-TTAAAT-CATTTGAAGAAA-TTTTTTCTGTTAATT
gi|131580 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCTTTTA-CCA-CA---AAGATGTCAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TT-ACATAAAATAGGCAGTCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTAATAC-TA-TCTA---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CA--ATTTT-----TA-----AC--TCA-A-CCTCTATGGTAC-AACAA--T---AACCTTAAGATAAGAAGGTCAAGTT-T--TTTTT-A-C---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACTGTAATCTTCTGT-CCT-TTAGAT-CATTTGAAGAAA-AATTTTCTGCTAATT
gi|131581 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATAAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A----------------------------T--TCA-A-CCTCTATGGTAC-AACAA--T---AACCTTGAGATAGGAAAGTCAAGTGTT--TTTTT-A-C---AAA-G-ATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CTT-TTAGAT-CATTTAAAGAAA-AAATTTCTGTTAATT
gi|131582 : AAAAAATGTAT--GAAA-TCCATGAACAAATGTATCTCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTTATGATTTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAAGCAACATGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTATAA-AATCATTG-TCATGGAA------A------CA--ATTTT-----TA-----AC--TCA-A-CCTCTATGGTAC-AACAA--T---A
gi|131583 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTTTATGTATCC--TTAGCCATCA---GAAATGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTATGTGAAAAAGAACC-TTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATGTGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCCATG-TCTTGGAA------A-------G--ATTTT-----TA-----AA--CCA-A-CCTTTATGGTTT-AACAA--T---AACATTAAGATAGGAAGATCGAGTG-T--ATTTT-A-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGTGGATA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131584 : AAAAAATGTAT--AAAAAATCATAATTTTATGTATCC---TA-ACA-CATCAGAAATATTAA--TTT------TT-GGTAAAGA-ATATGTGAAAAAGGACC-TTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATGTGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------A------GA--TTTTT-----TA-----AA--CCA-A-CCTTTATGGTTT-AACAA--T---AACATTAAGATAGGAAGATCGAGTG-T--ATTTT-A-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTG-TGGAT-AAGTTTCTGTAAAT
gi|131585 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTGTATGTATCCTTATG-CAT-CC---GAATTGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTATATGAAAAAGAACCTTTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATATGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTTTTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------A-------G--ATTTT-----TA-----AA--CCA-A-CCTTTATGGTTT-AACAA--T---AACATTAAGAT--------CGAGTG-T--ATTTT-A-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTGTTAGTGACTTGATTGATGAGCTTGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGTGGGTA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131586 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTAA-CCA-CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTT
gi|131587 : AAAAAATAT-T--GGATATTTTTAAAATAATGTATCCGTTTA--------------TATTAAACTTCACCGCATTTGGTTTAGA-TTTTATTAACAACCA---ATCA-ATAGAATTCATAATCACTTTTGAAAAGATATTTTCATGTCATAC--AATAGTTTTCATC-AT--A-CA-TC-GAACCTACCA----CACGG-TC-TGG--------------------TTTA-----CA-----AAGTTCATA-CATTT--GGTAC-AACCC--T---AATCTTAAGGTCGGAGGCTCGAGCA-T---TTTT-A-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATAATAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAAT-TTGTAT-ACTATTAG
gi|131588 : AAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGT-AA--GTT------TATGGATATGA-TTTCATGAACAAAAA---TTTACATCTAA-AGGTAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATT--------AA-ATTCTTTATTTATTAA-TA-TTTA---CTACAA-AACAATTG-CCATGGAA------A------CA--A-TTT-----CA-----AA--CCA-AGCCTCTATGGTAA-AACAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCAATTG-T--ATTTT-A-C---AAA-TTATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATCAATGAAAACGGCAATTTTCTGT-CCT-TTATAT-CATTTAAAGAAA-AAAATTATGTTAATTa
gi|131589 : AAAATATATTTGGATATTTTTAAAACAATGTATCCGTTTA-CCG-CA------------------------TTTGGTTCAGA-TTT-ATTAACAACCA---CATCAATAGAATTCATAATCACTTTTGGAAAGATACTTTCATGTCATACAAAA-AATTTTCATC-A--AA-CA-TC-GAACCTACCA----CATGG-TCAGGTTT------A------CA--A----------A-----GT--TCATA-CATTT--GGTAC-AACCC--T---AATCTTAAGGTCGGAGGCTCTAGCA-T--TTTTT-A-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATATTAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAAT-TTGTATACCA-TTAG
gi|131590 : TGGTACTGA-TTCTATTAATAAAAA---AT-ACATAAAATTGATAATCAATTCTGGAAAGACGCTT--TTG---------------TTAA-ATATAAA-TAGTTTT---CTAC---AACCGTTACTCCTGAAA------ATTAGTTTA--ATTTT-----TGTTGTTTT--TCA------CTGTGGCAA-AAC----------CCTTATGTT---AAGGTTGAA------ATTCT-A-CCGTAAA-TTATCGTAACTGGGTCTCAAAAGGAATATTATTGGTTAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGATATT-GAT-TCT-TTAa
gi|131591 : aagaaatgtatccatttttggccaagtttacaaaaaaTCCTTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTTTAAACATACTTT-TA-TCTA---CTTTAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------C---ATTTT-----TA-----A---TCA-A-CCTCTATTGTACAAACAA--T---AACCTTAAGATAA-----------G-T--ATTTT-A-C---AAA-ATATGGTA--T-GAC----AAAGGAATGATAAACATAAATGATTTGATGAATGAAAACGGTAACCTTCTTC-CTT-TTAGGT-CAT
gi|131592 : ttttggtcatcgttataacaatcgattcaatcattttatacagctattTGGTGCCGA-TTTTATTAATAAAAA---AATACATAAAATTGATAATCAGTTCTGGAAAGACGTTT--TTA---------------TTAA-ATATAAACTG-TTTT---CTAC---AACAGTTACTCCTGAAAATTGCTA------TA--ATTTC-----TG-----TT--GTA-ATCCACTGTGG--C-AACAGCCT---AATGTTAAGGTCGGAAATTCTAGCT-TAAATTAT-C-C---TAA-CTG-GGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGAT-TTTTAT-TCT-TTAACTGAATTT--AGAAATAAG
gi|131593 : TGGTGCCGA-TTTTATTAATAAAAA---ATTACATAAAATTGAAAATCAGTTCTGGAAAGACGTTT--TTA---------------TTAA-ATATAAACTG-TTTT---CTACAACAGTTAT---TCCTGAAA------ATTGG--TATTATTTCTTTTGTA-----TT--TCA------TTGTGG--C-AA-AA--TCCAAATGTTAAGGTCGGAAATTCTAGCG-T--AAATT-ATC---ATA-ACTGGGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGAGAT-TTTTAT-TCT-TTAAATGAATTT--AGAAATAAG
gi|131594 : TTA-ATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A------CA--ATTTT-----TT-----AC--TCA-A-CATCTATGGTAC-AACAA--T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCAAGTGTT--TTTTT-A-C---AAA-AGACGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CCT-TTAGTT-CATTTAAAGAAA-AATTTTCTGTTAATT
gi|131595 : taaA--ATATT-----TA-----AA--CCA-A-CTTTTATGGTTT-AACAA--T---AACATTAAGATAGGAAGATCGAGTG-T--ATTTT-A-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAACTTTGTTAGTGACTTGATTGATGAACATGATAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGCGGATA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131596 : GATAC-AACAA--T---AACCTTAAGATTGGAACATCAACTG-T--GTTTTTA-C---AGA-ATATGGTA--T-TTT----AAAGGCATAATAATTAATAATGA--------AT--AAAC----AT-TTCTAT-CTT-TTATAT-TACTTGAAGAAATAAAATGCAGTTAATT
gi|131597 : --T---AACCTTAAGATAGGAAGGTCAAGTG----CTTTT-A-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTCT-CCT-TTAGAT-CATTTAAAGAAA-AAATTTCTGTTAATT
Alignments
lowQualScore : 111111 111 222222222 111111111111111 111111111 11111 111
lowQualScore : 55 7 6 3 3 8888 999 000000 8 0 2 1 222 1 00 4 77 333333333 2 88 1 5 2 999 88 5 4 444444444444444 0 111111111 11111 5 33 2 33 33 3 2 2 33 555 000 2 444 4 3 33 2 5555 1 1 1 1 1 0 0 7 1 2 2 1 5 66 9 1 0
lowQualScore : .. . . . . .... ... ...... . . . . ... . .. . .. ......... . .. . . . ... .. . . ............... . ......... ..... . .. . .. .. . . . .. ... ... . ... . . .. . .... . . . . . . . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 00 8 5 6 6 1111 333 555555 5 6 9 0 999 5 44 7 33 333333333 7 00 1 3 7 333 77 3 3 555555555555555 1 444444444 22222 0 44 4 22 11 9 6 5 22 888 555 4 111 7 2 22 4 0000 0 0 0 0 8 9 1 1 0 4 4 6 7 99 2 0 5
consensus : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAANAA---TTTACATAAAATAGGTAATCCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AN--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCGA--GCG-T--ATTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTTAATT
Reference ( family-839 ) : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAANAA---TTTACATAAAATAGGTAATCCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AN--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCGA--GCG-T--ATTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTTAATT
gi|131579 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AC--TCA-----A-CCTC--AATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--GTG-T--TTTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAGTGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CCT-TTAAAT-CATTTGAAGAAA-TTTTTTCTGTTAATT
gi|131580 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCTTTTA-CCA-CA---AAGATGTCAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TT-ACATAAAATAGGCAGTCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTAATAC-TA-TCTA---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AC--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAAGAAGGTCAA--GTT-T--TTTTTA-C---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACTGTAATCTTCTGT-CCT-TTAGAT-CATTTGAAGAAA-AATTTTCTGCTAATT
gi|131581 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATAAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A---------------------T--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTGAGATAGGAAAGTCAA--GTGTT--TTTTTA-C---AAA-G-ATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CTT-TTAGAT-CATTTAAAGAAA-AAATTTCTGTTAATT
gi|131582 : AAAAAATGTAT--GAAA-TCCATGAACAAATGTATCTCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTTATGATTTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAAGCAACATGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTATAA-AATCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AC--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TA
gi|131583 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTTTATGTATCC--TTAGCCATCA---GAAATGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTATGTGAAAAAGAACC-TTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATGTGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCCATG-TCTTGGAA------A-------GATTTTTA-----AA--CCA-----A-CCTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGATAGGAAGATCGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGTGGATA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131584 : AAAAAATGTAT--AAAAAATCATAATTTTATGTATCC---TA-ACA-CATCAGAAATATTAA--TTT------TT-GGTAAAGA-ATATGTGAAAAAGGACC-TTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATGTGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------AG------ATTTTTTA-----AA--CCA-----A-CCTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGATAGGAAGATCGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTG-TGGAT-AAGTTTCTGTAAAT
gi|131585 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTGTATGTATCCTTATG-CAT-CC---GAATTGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTATATGAAAAAGAACCTTTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATATGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTTTTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------A-------GATTTTTA-----AA--CCA-----A-CCTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGAT--------CGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTGTTAGTGACTTGATTGATGAGCTTGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGTGGGTA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131586 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTAA-CCA-CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTT
gi|131587 : AAAAAATAT-T--GGATATTTTTAAAATAATGTATCCGTTTA--------------TATTAAACTTCACCGCATTTGGTTTAGA-TTTTATTAACAACCA---ATCA-ATAGAATTCATAATCACTTTTGAAAAGATATTTTCATGTCATAC--AATAGTTTTCATC-AT--A-CA-TC-GAACCTACCA----CACGG-TC-TGG------------------TTTACA-----AAGTTCAT----A-CATT--T--GGTAC-AA--CCC--TAATCTTAAGGTCGGAGGCTCGA--GCA-T---TTTTA-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATAATAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAAT-TTGTAT-ACTATTAG
gi|131588 : AAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGT-AA--GTT------TATGGATATGA-TTTCATGAACAAAAA---TTTACATCTAA-AGGTAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATT--------AA-ATTCTTTATTTATTAA-TA-TTTA---CTACAA-AACAATTG-CCATGGAA------AC------AA-TTTCA-----AA--CCA-----AGCCTC--TATGGTAA-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--TTG-T--ATTTTA-C---AAA-TTATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATCAATGAAAACGGCAATTTTCTGT-CCT-TTATAT-CATTTAAAGAAA-AAAATTATGTTAATTa
gi|131589 : AAAATATATTTGGATATTTTTAAAACAATGTATCCGTTTA-CCG-CA------------------------TTTGGTTCAGA-TTT-ATTAACAACCA---CATCAATAGAATTCATAATCACTTTTGGAAAGATACTTTCATGTCATACAAAA-AATTTTCATC-A--AA-CA-TC-GAACCTACCA----CATGG-TCAGGTTT------AC------AA-----A-----GT--TCAT----A-CATT--T--GGTAC-AA--CCC--TAATCTTAAGGTCGGAGGCTCTA--GCA-T--TTTTTA-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATATTAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAAT-TTGTATACCA-TTAG
gi|131590 : TGGTACTGA-TTCTATTAATAAAAA---AT-ACATAAAATTGATAATCAATTCTGGAAAGACGCTT--TTG---------------TTAA-ATATAAA-TAGTTTT---CTACAA---CCGTTACTCCTGAAA------ATTAGTTTAATTTTTGTTGTTTT--TCA----------C--TGTGGCAA-AA--C-------CCTTATGTT---AAGGTTGA--A------ATTCTA-CCGTAAA-TTATCGTAACTGGGTCTCAAAAGGAATATTATTGGTTAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGATATT-GAT-TCT-TTAa
gi|131591 : aagaaatgtatccatttttggccaagtttacaaaaaaTCCTTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTTTAAACATACTTT-TA-TCTA---CTTTAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC-------ATTTTTA-----A---TCA-----A-CCTC--TATTGTACAAA--CAA--TAACCTTAAGATAA-------------G-T--ATTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAC----AAAGGAATGATAAACATAAATGATTTGATGAATGAAAACGGTAACCTTCTTC-CTT-TTAGGT-CAT
gi|131592 : ttttggtcatcgttataacaatcgattcaatcattttatacagctattTGGTGCCGA-TTTTATTAATAAAAA---AATACATAAAATTGATAATCAGTTCTGGAAAGACGTTT--TTA---------------TTAA-ATATAAACTG-TTTT---CTAC---AACAGTTACTCCTGAAAATTGCTAT------AATTTCTG-----TT--GTA-----ATCCAC--TGTGG--C-AA--CAGCCTAATGTTAAGGTCGGAAATTCTA--GCT-TAAATTATC-C---TAA-CTG-GGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGAT-TTTTAT-TCT-TTAACTGAATTT--AGAAATAAG
gi|131593 : TGGTGCCGA-TTTTATTAATAAAAA---ATTACATAAAATTGAAAATCAGTTCTGGAAAGACGTTT--TTA---------------TTAA-ATATAAACTG-TTTT---CTACAACAGTTATT---CCTGAAA------AT------TGGTATTA-----TT--TCTTTTGTA-TTTCATTGTGGCAA-AATCCAA----ATGTTAAGGTCGGAAATTCTA--GCG-T--AAATTATC---ATA-ACTGGGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGAGAT-TTTTAT-TCT-TTAAATGAATTT--AGAAATAAG
gi|131594 : TTA-ATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTT-----AC--TCA-----A-CATC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--GTGTT--TTTTTA-C---AAA-AGACGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CCT-TTAGTT-CATTTAAAGAAA-AATTTTCTGTTAATT
gi|131595 : taa------AATATTTA-----AA--CCA-----A-CTTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGATAGGAAGATCGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAACTTTGTTAGTGACTTGATTGATGAACATGATAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGCGGATA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131596 : GATAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATTGGAACATCAACTGTG-T---TTTTA-C---AGA-ATATGGTA--T-TTT----AAAGGCATAATAATTAATAATGA--------AT--AAAC----AT-TTCTAT-CTT-TTATAT-TACTTGAAGAAATAAAATGCAGTTAATT
gi|131597 : --TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--GTG-C---TTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTCT-CCT-TTAGAT-CATTTAAAGAAA-AAATTTCTGTTAATT
Alignments
lowQualScore : 111111 111 222222222 111111111111111 111111111 11111 111
lowQualScore : 55 7 6 3 3 8888 999 000000 8 0 2 1 222 1 00 4 77 333333333 2 88 1 5 2 999 88 5 4 444444444444444 0 111111111 11111 5 33 2 33 33 3 2 2 33 555 000 2 444 4 3 33 2 5555 1 1 1 1 1 0 0 7 1 2 2 1 5 66 9 1 0
lowQualScore : .. . . . . .... ... ...... . . . . ... . .. . .. ......... . .. . . . ... .. . . ............... . ......... ..... . .. . .. .. . . . .. ... ... . ... . . .. . .... . . . . . . . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 00 8 5 6 6 1111 333 555555 5 6 9 0 999 5 44 7 33 333333333 7 00 1 3 7 333 77 3 3 555555555555555 1 444444444 22222 0 44 4 22 11 9 6 5 22 888 555 4 111 7 2 22 4 0000 0 0 0 0 8 9 1 1 0 4 4 6 7 99 2 0 5
consensus : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAANAA---TTTACATAAAATAGGTAATCCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AN--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCGA--GCG-T--ATTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTTAATT
Reference ( family-839 ) : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAANAA---TTTACATAAAATAGGTAATCCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AN--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCGA--GCG-T--ATTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTTAATT
gi|131579 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AC--TCA-----A-CCTC--AATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--GTG-T--TTTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAGTGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CCT-TTAAAT-CATTTGAAGAAA-TTTTTTCTGTTAATT
gi|131580 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCTTTTA-CCA-CA---AAGATGTCAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TT-ACATAAAATAGGCAGTCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTAATAC-TA-TCTA---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AC--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAAGAAGGTCAA--GTT-T--TTTTTA-C---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACTGTAATCTTCTGT-CCT-TTAGAT-CATTTGAAGAAA-AATTTTCTGCTAATT
gi|131581 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATAAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A---------------------T--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTGAGATAGGAAAGTCAA--GTGTT--TTTTTA-C---AAA-G-ATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CTT-TTAGAT-CATTTAAAGAAA-AAATTTCTGTTAATT
gi|131582 : AAAAAATGTAT--GAAA-TCCATGAACAAATGTATCTCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTTATGATTTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAAGCAACATGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTATAA-AATCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AC--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TA
gi|131583 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTTTATGTATCC--TTAGCCATCA---GAAATGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTATGTGAAAAAGAACC-TTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATGTGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCCATG-TCTTGGAA------A-------GATTTTTA-----AA--CCA-----A-CCTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGATAGGAAGATCGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGTGGATA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131584 : AAAAAATGTAT--AAAAAATCATAATTTTATGTATCC---TA-ACA-CATCAGAAATATTAA--TTT------TT-GGTAAAGA-ATATGTGAAAAAGGACC-TTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATGTGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------AG------ATTTTTTA-----AA--CCA-----A-CCTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGATAGGAAGATCGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTG-TGGAT-AAGTTTCTGTAAAT
gi|131585 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTGTATGTATCCTTATG-CAT-CC---GAATTGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTATATGAAAAAGAACCTTTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATATGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTTTTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------A-------GATTTTTA-----AA--CCA-----A-CCTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGAT--------CGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTGTTAGTGACTTGATTGATGAGCTTGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGTGGGTA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131586 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTAA-CCA-CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTT
gi|131587 : AAAAAATAT-T--GGATATTTTTAAAATAATGTATCCGTTTA--------------TATTAAACTTCACCGCATTTGGTTTAGA-TTTTATTAACAACCA---ATCA-ATAGAATTCATAATCACTTTTGAAAAGATATTTTCATGTCATAC--AATAGTTTTCATC-AT--A-CA-TC-GAACCTACCA----CACGG-TC-TGG------------------TTTACA-----AAGTTCAT----A-CATT--T--GGTAC-AA--CCC--TAATCTTAAGGTCGGAGGCTCGA--GCA-T---TTTTA-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATAATAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAAT-TTGTAT-ACTATTAG
gi|131588 : AAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGT-AA--GTT------TATGGATATGA-TTTCATGAACAAAAA---TTTACATCTAA-AGGTAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATT--------AA-ATTCTTTATTTATTAA-TA-TTTA---CTACAA-AACAATTG-CCATGGAA------AC------AA-TTTCA-----AA--CCA-----AGCCTC--TATGGTAA-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--TTG-T--ATTTTA-C---AAA-TTATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATCAATGAAAACGGCAATTTTCTGT-CCT-TTATAT-CATTTAAAGAAA-AAAATTATGTTAATTa
gi|131589 : AAAATATATTTGGATATTTTTAAAACAATGTATCCGTTTA-CCG-CA------------------------TTTGGTTCAGA-TTT-ATTAACAACCA---CATCAATAGAATTCATAATCACTTTTGGAAAGATACTTTCATGTCATACAAAA-AATTTTCATC-A--AA-CA-TC-GAACCTACCA----CATGG-TCAGGTTT------AC------AA-----A-----GT--TCAT----A-CATT--T--GGTAC-AA--CCC--TAATCTTAAGGTCGGAGGCTCTA--GCA-T--TTTTTA-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATATTAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAAT-TTGTATACCA-TTAG
gi|131590 : TGGTACTGA-TTCTATTAATAAAAA---AT-ACATAAAATTGATAATCAATTCTGGAAAGACGCTT--TTG---------------TTAA-ATATAAA-TAGTTTT---CTACAA---CCGTTACTCCTGAAA------ATTAGTTTAATTTTTGTTGTTTT--TCA----------C--TGTGGCAA-AA--C-------CCTTATGTT---AAGGTTGA--A------ATTCTA-CCGTAAA-TTATCGTAACTGGGTCTCAAAAGGAATATTATTGGTTAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGATATT-GAT-TCT-TTAa
gi|131591 : aagaaatgtatccatttttggccaagtttacaaaaaaTCCTTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTTTAAACATACTTT-TA-TCTA---CTTTAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC-------ATTTTTA-----A---TCA-----A-CCTC--TATTGTACAAA--CAA--TAACCTTAAGATAA-------------G-T--ATTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAC----AAAGGAATGATAAACATAAATGATTTGATGAATGAAAACGGTAACCTTCTTC-CTT-TTAGGT-CAT
gi|131592 : ttttggtcatcgttataacaatcgattcaatcattttatacagctattTGGTGCCGA-TTTTATTAATAAAAA---AATACATAAAATTGATAATCAGTTCTGGAAAGACGTTT--TTA---------------TTAA-ATATAAACTG-TTTT---CTAC---AACAGTTACTCCTGAAAATTGCTAT------AATTTCTG-----TT--GTA-----ATCCAC--TGTGG--C-AA--CAGCCTAATGTTAAGGTCGGAAATTCTA--GCT-TAAATTATC-C---TAA-CTG-GGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGAT-TTTTAT-TCT-TTAACTGAATTT--AGAAATAAG
gi|131593 : TGGTGCCGA-TTTTATTAATAAAAA---ATTACATAAAATTGAAAATCAGTTCTGGAAAGACGTTT--TTA---------------TTAA-ATATAAACTG-TTTT---CTACAACAGTTATT---CCTGAAA------AT------TGGTATTA-----TT--TCTTTTGTA-TTTCATTGTGGCAA-AATCCAA----ATGTTAAGGTCGGAAATTCTA--GCG-T--AAATTATC---ATA-ACTGGGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGAGAT-TTTTAT-TCT-TTAAATGAATTT--AGAAATAAG
gi|131594 : TTA-ATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTT-----AC--TCA-----A-CATC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--GTGTT--TTTTTA-C---AAA-AGACGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CCT-TTAGTT-CATTTAAAGAAA-AATTTTCTGTTAATT
gi|131595 : taa------AATATTTA-----AA--CCA-----A-CTTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGATAGGAAGATCGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAACTTTGTTAGTGACTTGATTGATGAACATGATAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGCGGATA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131596 : GATAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATTGGAACATCAACTGTG-T---TTTTA-C---AGA-ATATGGTA--T-TTT----AAAGGCATAATAATTAATAATGA--------AT--AAAC----AT-TTCTAT-CTT-TTATAT-TACTTGAAGAAATAAAATGCAGTTAATT
gi|131597 : --TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--GTG-C---TTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTCT-CCT-TTAGAT-CATTTAAAGAAA-AAATTTCTGTTAATT
blockSeqs : TT A T G T TCAG ACT ACCGCA T T T CCT T T TC TCATACAAA T TT T C G AAC CA C A ATTAGTTTA TTGTTTT TTTGT G AT A TC CC A G A CT TGT AAA T CGT C G AC G CTCA C A G C A C G A A A G GA T T
blockSeqs : . A C . . A T . T . T CC T T TC TCATACA . TT T C . AAC A C A ATTGCTATA AAGT T T . . . . A G A . TGT T . . C G . . . T A G C A C G . . A G AA T A
blockSeqs : . A C . . A T . T . T CC T T . A . TT T . . . A . A ACA AC T . . . . . A A G . TT T . . . G . . . T T T T T C T . . G . GT T T
blockSeqs : . T T . . A T . T . G . T C . A . AG T . . . A . T ACA AC . . . . . . A A G . TG A . . . G . . . T T T T T C T . . G . GT . G
blockSeqs : . T C . . G T . T . G . T C . A . AG T . . . T . T AGA AA . . . . . . C C G . TG A . . . T . . . T T T T T C T . . G . AA . T
blockSeqs : . G G . . G T . T . G . T C . T . AG T . . . T . T ACA AA . . . . . . A G G . TG A . . . T . . . A G T A G T A . . A . AA . A
blockSeqs : . A C . . A G . T . T . T A . T . TC T . . . T . A ACA AA . . . . . . C C A . CA A . . . T . . . T A G C C A G . . G . GC . G
blockSeqs : . T G . . A . . T . C . T T . T . TT A . . . A . A ATT AA . . . . . . A G T . TG T . . . T . . . A G T A G C A . . C . GA . G
blockSeqs : . A . . . . . . . . A . T A . A . TC T . . . A . C ACA GT . . . . . . C T G . CA A . . . T . . . A T G T A C A . . A . AA . T
blockSeqs : . C . . . . . . . . C . T A . A . CA A . . . A . A AG TT . . . . . . C T T . CT A . . . T . . . A A C A G C T . . T . G . T
blockSeqs : . . A . . C . A . TT A . . . A . C AG TT . . . . . . A G T . CG A . . . C . . . A T A A A C A . . G . . . A
blockSeqs : . . A . . A . . . A T . . . . . C AC AC . . . . . . A A A . TG T . . . G . . . A T A A A . A . . A . . . A
blockSeqs : . . A . . A . . . A . . . . . . A A AA . . . . . . T A G . TG A . . . G . . . C A G C A . G . . A .
blockSeqs : T . . . A . . . . . . . . T . . . . . . A G A . TG . . . . T . . . T T T T T . T . .
blockSeqs : A . . . . . . . . A . G . . . . T . . . C A T T A . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C A G C . . C . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAANAA---TTTACATAAAATAGGTAATCCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AN--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCGA--GCG-T--ATTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTTAATT
finalCons : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAANAA---TTTACATAAAATAGGTAATCCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AN--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCGA--GCG-T--ATTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTTAATT
Alignments
lowQualScore : 111111 111 222222222 111111111111111 111111111 11111 111
lowQualScore : 55 7 6 3 3 8888 999 000000 8 0 2 1 222 1 00 4 77 333333333 2 88 1 5 2 999 88 5 4 444444444444444 0 111111111 11111 5 33 2 33 33 3 2 2 33 555 000 2 444 4 3 33 2 5555 1 1 1 1 1 0 0 7 1 2 2 1 5 66 9 1 0
lowQualScore : .. . . . . .... ... ...... . . . . ... . .. . .. ......... . .. . . . ... .. . . ............... . ......... ..... . .. . .. .. . . . .. ... ... . ... . . .. . .... . . . . . . . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 00 8 5 6 6 1111 333 555555 5 6 9 0 999 5 44 7 33 333333333 7 00 1 3 7 333 77 3 3 555555555555555 1 444444444 22222 0 44 4 22 11 9 6 5 22 888 555 4 111 7 2 22 4 0000 0 0 0 0 8 9 1 1 0 4 4 6 7 99 2 0 5
consensus : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAANAA---TTTACATAAAATAGGTAATCCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AN--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCGA--GCG-T--ATTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTTAATT
Reference ( family-839 ) : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACGAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAANAA---TTTACATAAAATAGGTAATCCGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATNTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AN--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCGA--GCG-T--ATTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGNATAATANTNATNAATGATCTGATNAATGAAAACGGTAATCTTCTNT-CCT-TTAGGT-CATTTGAAGAAA-AANTTTCTGTTAATT
gi|131579 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AC--TCA-----A-CCTC--AATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--GTG-T--TTTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAGTGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CCT-TTAAAT-CATTTGAAGAAA-TTTTTTCTGTTAATT
gi|131580 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCTTTTA-CCA-CA---AAGATGTCAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TT-ACATAAAATAGGCAGTCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTAATAC-TA-TCTA---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AC--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAAGAAGGTCAA--GTT-T--TTTTTA-C---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACTGTAATCTTCTGT-CCT-TTAGAT-CATTTGAAGAAA-AATTTTCTGCTAATT
gi|131581 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATAAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------A---------------------T--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTGAGATAGGAAAGTCAA--GTGTT--TTTTTA-C---AAA-G-ATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CTT-TTAGAT-CATTTAAAGAAA-AAATTTCTGTTAATT
gi|131582 : AAAAAATGTAT--GAAA-TCCATGAACAAATGTATCTCTTTA-CCA-CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTTATGATTTTTATGAACAATAA---TTTACATAAAATAAGCAACATGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTATAA-AATCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTA-----AC--TCA-----A-CCTC--TATGGTAC-AA--CAA--TA
gi|131583 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTTTATGTATCC--TTAGCCATCA---GAAATGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTATGTGAAAAAGAACC-TTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATGTGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCCATG-TCTTGGAA------A-------GATTTTTA-----AA--CCA-----A-CCTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGATAGGAAGATCGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGTGGATA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131584 : AAAAAATGTAT--AAAAAATCATAATTTTATGTATCC---TA-ACA-CATCAGAAATATTAA--TTT------TT-GGTAAAGA-ATATGTGAAAAAGGACC-TTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATGTGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTATTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------AG------ATTTTTTA-----AA--CCA-----A-CCTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGATAGGAAGATCGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTATTAGTGACTTGATTGATGAACATGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTG-TGGAT-AAGTTTCTGTAAAT
gi|131585 : AAAAAATGTAT--AGAAATTCATAATTGTATGTATCCTTATG-CAT-CC---GAATTGTTAA--TTT------TT-GGTAATGA-TTATATGAAAAAGAACCTTTTTCA--AAATATGTAATCCATTTTGGAAAGATATGT--ACA--------TA-AGTCTGGAAGTTTTAA-TA-ACTG---CCTTAG-TACCAATG-TCTTGGAA------A-------GATTTTTA-----AA--CCA-----A-CCTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGAT--------CGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAC----AAAGGTGTAAAATTTGTTAGTGACTTGATTGATGAGCTTGGTAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGTGGGTA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131586 : AAAAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTAA-CCA-CA---AAGATGTTAA---TT------TTTGGTAATGA-TTTTATGAACAATAA---TTT
gi|131587 : AAAAAATAT-T--GGATATTTTTAAAATAATGTATCCGTTTA--------------TATTAAACTTCACCGCATTTGGTTTAGA-TTTTATTAACAACCA---ATCA-ATAGAATTCATAATCACTTTTGAAAAGATATTTTCATGTCATAC--AATAGTTTTCATC-AT--A-CA-TC-GAACCTACCA----CACGG-TC-TGG------------------TTTACA-----AAGTTCAT----A-CATT--T--GGTAC-AA--CCC--TAATCTTAAGGTCGGAGGCTCGA--GCA-T---TTTTA-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATAATAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAAT-TTGTAT-ACTATTAG
gi|131588 : AAAATGTAT--GAAAATCCATGAACAAATGTATCCCTTTA-CCA-CA---AAGATGT-AA--GTT------TATGGATATGA-TTTCATGAACAAAAA---TTTACATCTAA-AGGTAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATT--------AA-ATTCTTTATTTATTAA-TA-TTTA---CTACAA-AACAATTG-CCATGGAA------AC------AA-TTTCA-----AA--CCA-----AGCCTC--TATGGTAA-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--TTG-T--ATTTTA-C---AAA-TTATGGTA--T-GAT----AAAGGTATAATAATGATCAATGATCTGATCAATGAAAACGGCAATTTTCTGT-CCT-TTATAT-CATTTAAAGAAA-AAAATTATGTTAATTa
gi|131589 : AAAATATATTTGGATATTTTTAAAACAATGTATCCGTTTA-CCG-CA------------------------TTTGGTTCAGA-TTT-ATTAACAACCA---CATCAATAGAATTCATAATCACTTTTGGAAAGATACTTTCATGTCATACAAAA-AATTTTCATC-A--AA-CA-TC-GAACCTACCA----CATGG-TCAGGTTT------AC------AA-----A-----GT--TCAT----A-CATT--T--GGTAC-AA--CCC--TAATCTTAAGGTCGGAGGCTCTA--GCA-T--TTTTTA-T---AAGCAT-TGGTT--T-TCT----AAAGGAATATTAGTTATAAATGACCTAATGAATAGCAATGGCAAT-TTGTATACCA-TTAG
gi|131590 : TGGTACTGA-TTCTATTAATAAAAA---AT-ACATAAAATTGATAATCAATTCTGGAAAGACGCTT--TTG---------------TTAA-ATATAAA-TAGTTTT---CTACAA---CCGTTACTCCTGAAA------ATTAGTTTAATTTTTGTTGTTTT--TCA----------C--TGTGGCAA-AA--C-------CCTTATGTT---AAGGTTGA--A------ATTCTA-CCGTAAA-TTATCGTAACTGGGTCTCAAAAGGAATATTATTGGTTAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGATATT-GAT-TCT-TTAa
gi|131591 : aagaaatgtatccatttttggccaagtttacaaaaaaTCCTTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTTTAAACATACTTT-TA-TCTA---CTTTAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC-------ATTTTTA-----A---TCA-----A-CCTC--TATTGTACAAA--CAA--TAACCTTAAGATAA-------------G-T--ATTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAC----AAAGGAATGATAAACATAAATGATTTGATGAATGAAAACGGTAACCTTCTTC-CTT-TTAGGT-CAT
gi|131592 : ttttggtcatcgttataacaatcgattcaatcattttatacagctattTGGTGCCGA-TTTTATTAATAAAAA---AATACATAAAATTGATAATCAGTTCTGGAAAGACGTTT--TTA---------------TTAA-ATATAAACTG-TTTT---CTAC---AACAGTTACTCCTGAAAATTGCTAT------AATTTCTG-----TT--GTA-----ATCCAC--TGTGG--C-AA--CAGCCTAATGTTAAGGTCGGAAATTCTA--GCT-TAAATTATC-C---TAA-CTG-GGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGTGAT-TTTTAT-TCT-TTAACTGAATTT--AGAAATAAG
gi|131593 : TGGTGCCGA-TTTTATTAATAAAAA---ATTACATAAAATTGAAAATCAGTTCTGGAAAGACGTTT--TTA---------------TTAA-ATATAAACTG-TTTT---CTACAACAGTTATT---CCTGAAA------AT------TGGTATTA-----TT--TCTTTTGTA-TTTCATTGTGGCAA-AATCCAA----ATGTTAAGGTCGGAAATTCTA--GCG-T--AAATTATC---ATA-ACTGGGTC--T-CA-----AAAGGAATAATATTAGTAAATGATTTAATAAATGAACAGGGAGAT-TTTTAT-TCT-TTAAATGAATTT--AGAAATAAG
gi|131594 : TTA-ATAAAATAGGCAATCTGTTCTGGAAAGATGTTT--ATG--------AA-AGTCTTAATTTATTAA-TA-TCTG---CTACAA-AACCATTG-TCATGGAA------AC------AATTTTTT-----AC--TCA-----A-CATC--TATGGTAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--GTGTT--TTTTTA-C---AAA-AGACGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTGT-CCT-TTAGTT-CATTTAAAGAAA-AATTTTCTGTTAATT
gi|131595 : taa------AATATTTA-----AA--CCA-----A-CTTT--TATGGTTT-AA--CAA--TAACATTAAGATAGGAAGATCGA--GTG-T--ATTTTA-T---AAA-AGATGGTA--T-GAT----AAAGGTGTAAACTTTGTTAGTGACTTGATTGATGAACATGATAATCTTCTTA-CAT-TTAGGT-TATTTGCGGATA-AGTTTTCTGTAAAT
gi|131596 : GATAC-AA--CAA--TAACCTTAAGATTGGAACATCAACTGTG-T---TTTTA-C---AGA-ATATGGTA--T-TTT----AAAGGCATAATAATTAATAATGA--------AT--AAAC----AT-TTCTAT-CTT-TTATAT-TACTTGAAGAAATAAAATGCAGTTAATT
gi|131597 : --TAACCTTAAGATAGGAAGGTCAA--GTG-C---TTTTA-C---AAA-ATATGGTA--T-GAT----AAAGGCATAATAATGATCAATGATCTGATAAATGAAAACGGTAATCTTCTCT-CCT-TTAGAT-CATTTAAAGAAA-AAATTTCTGTTAATT