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lowQualScore                  :                              0               8  00   0     8 00    8    8          0 0                                                        222222222222    11111111111     22222222  8                                                     0 0 0     6                6    9  5          4444                      4  11  4444444444             9                      4                     1      22   99   4                  4    22222222222222222  11         0   0    
consensus                     :                      TTTTTTAA-TGAAATTATTCTCTTTTA--AAA-ATGTATATNTTTTTATAATGTTTGCTGCTGCATGGACAAAATGCTACTAACTTATGCTTACTCTTTCTGACTGCCTTACATTCGAAAA------------GTAT-----------ATTTT--------CCGTGGACTGCAGTTTATAATCATACATGGTCTATATTTTTTGTCTATTTTGTTCG-T-C-TTGTTTAGTATTACAACCAGATTGTAGGAGNGTCTGGACAA----GAACTGAAGGGAACCTATGTCC-AG--AT----------TGTATATTTCATANATATTTGGATGCCTCAGCTGCTAATTTGGGAACTTAAGTAAATGTGTTGGTTCATG--TGT-GCAGTCATGCACAATGCTATTGT-----------------TT--TTTCTTGGT-ACA-TGGG
Reference ( gi|12872 )        :                      TTTTTTAAATGAAATTATTCTCTTTTA--AAA-ATGTATATATTTTTATAATGTTTGCTGCTGCATGGACAAAATGCTACTAACTTATGCTTACTCTTTCTGACTGCCTTACATTCGAAAA------------GTAT-----------ATTTT--------CCTTGGACTGCAGTTTATAATCATACATGGTCTATATTTTTTGTCTATTTTGTTTG-T-C-TTGTTAAGTATTACAACCAGATGGTAGAAGTGTCTGGACAA----GAACTGAAGGGAACCTATGTCC-AG--AT----------TGTATATTTCATACATATTTGGATGCCTCAGCTGCTAATTTGGGAACTTAAGTAAATGTGTTGGTTTATG--TAT-GCAGTCATGCACAATGCTGTTGT-----------------TT--TTTCTTGGT-ACA-TGGG
gi|12871                      :                      TTTTTTAA-TGAAATTATTCTCTTTTA--AAA-ATGTATATTTTTTTATAATGTTTGCTGCTGTATGGACAAAATGCTACTAACTTATGCTTACTCTTTCTGACTGCCTTACATTCGAAAA------------GTAT-----------ATTTT--------CCGTGGACTGCAGTTTATAATCATACATGATCTATATTTTTTGTCTACTTTGTTTG-T-C-TTGTTTAGTATTACAACCAGATGGTAGAAGTGTCTGGACAA----GAACTGAAGGGAACCTATATCC-AG--AT----------TGTATATTTCATATATATTTGGATGCCTCAACTGCTAATTTGGGAACTTAAGTAAATGTGTTGGTTTATG--TAT-GCAGTCATGCACAATGCTGTTGT-----------------TT--TTTCTTGGT-ACA-TGGG
gi|12873                      :                      TTTTTTAA-TGAAATTATTCTCTTTTA--AAA-ATGTATATTTTTTTATAATGTTTGCTGCTCCATGGACAAAATGCTACTAACTTATGCTAACTCGTTCTGACTGCCTTACATTTGAAAA------------GTAT-----------ATTTT--------CCGTGGACTGCAGTTTATAATCATACATGGTCTATATTTT-TGTCTATTTTGTTTG-T-C-TTGTTTAGTATTACAACCAGATTGTAGAAGTGTCTGGACAA----GAACTGAAGGGAACCTATGTCC-AG--AT----------TGTATATTTCATATATATTTGGATGCCTCAGCTGCTAATTTGGGAACTTAAGAAAATGTGTTGGTTTATG--TAT-GCAGTCATGCACAATGCTGTTGT-----------------TT--TTGCTTGGT-GCA-TGGG
gi|12874                      :                      TTTTTTAA-TGAAATTATTCTCTT-----AAA-ATGTATATATTTT-ATAATGTTTGCTACTGCATGGACAAAATGCTACTAACTTATGCTTACTCTTTCTGACTGCCTTACATTCGAAAA------------GTAT-----------ATTTT--------GCATGGACTGCAGTTTATAATCATACATGGTCTATATTTTTTGTCTATTTTGTTTA-T-C-TTGTTTAGTATTACAACCAGATTGTAGAAGTGTCTCGACAA----GAACTGAAGGGAACTTATGTCC-AG--AT----------TGTATACTTCATATATATTTGGATGCCTCAGCTGCTAATTTGGGAACTTAAGTAAATGTGTTTGTTTATG--TAT-GCAGTCACGCACAA------TGT-----------------TT--TTTTTTGGT-ACA-TGGG
gi|12875                      :                      TTTTTTAT-TGAAATTATTCTCTTTTATTAAATATTTATAT-TTTTTATAATATTTGCTGCTGCTAAGACAAATTGCTA
gi|12877                      :                      TTTTTTAA-TGAAAATAATCTCTTTTA--AAT-ATGTA-A-ATTTTTTTAA---TTGCTCCT---TTGACAAAATGCTA
gi|12878                      :                                                                                                    ACTAACTTATGCTTACACTTAATGACTGCCTTACATTCGAAAA------------GTAT-----------ATTTTTACATTTTCCATGGATTGCAGTTTATAACCATACATGGTCTATATTTTTTGTCTATTTTGTTTA-T-C-TTGTTTAGTATTACAACCAGATTGTAAAAGTGTCTGGACAA----GAACTAAAGGGAACCTATG--------------------------TTTCATATATATTTGAGTGCCTCAGCTGCTAATTTGGGAACTTAAGTAAATGTATTGGTTGATG--TATAGC-GTCATGCACAATGCTATTGT-----------------TT--TTTCTTGGT-ACA-TGGG
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gi|12876                      :                                                                                                          TTGTGCTTACTCTTTTTGACTGCTATACATT---AAA------------CTATATTTAATAAACATTTT--------CCGTGGACTTCAGTTTA
gi|12880                      : ttttttaatgaaattattctctattaaatatctctataattattacatatattacatttcaatcttacttttaatattttaagttttaagaggcatcagggttttTTGTGCGTATTCTTTCAGACTGCCTTACA-TCAAAAATATATAGTTTATATAC-----------ATTTT--------CCGTGAACAGCAGCTAATAAT
gi|12882                      :                                                                                                                    TCTTTCTGCTTGCCTTACATTCAAACATATATTTTAT--ATAC-----------ATTTT--------CCGTGAACTGCGGTTTACAAT
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gi|12884                      :                                                                                                                                                                                                                      CTATATTTTT-GTGTATTTTGTTCG-TTC-ATGTTTAGTATTGCAACCAGATTGTAGCAGAGTCTGGACAA----GAACTAAAGGGAATCTATGTCC-GG--AT----------TGTATATTTCTTAAAAATTTTGATGCCTCAGTTGCT-ATTATGGAACTTAAGTAATTGGAATGGTACATG--TGT-GTTGTCATACACAATACTATGGTGACAATGAATGGTATAGTA--TTTCTTGGT-ACA-TGGG
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gi|12885                      :                                                                                                   tctttctgcttgccttacattcaaacatatattttatatacattttccgtgaactgcggtttacaatggtaaagcgattaacctacaaagttttgaattcgaatccctgctgaggCTATTTTTTTTGTCTATTTTGTTTGTT-C-CTGTTCAGTATTACAATTAGATAGTAGGAGAGTC
gi|12886                      :                                                                                                                                                                                                                        ATATTTTTTGTCTAATTTGTTTG-TTC-CTGTTTAGTATTACAACTAGATTGTAGGAGAATCTGGACAA----GAACTGAAGGGAACTTATGTCC-AA--AT----------TGTATATTTCAT
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Alignments
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Reference ( family-837 )      :                                                                                                          TTTTTTAA-TGAAATTATTCTCTTTTA--AAA-ATGTATATNTTTTTATAATGTTTGCTGCTGCATGGACAAAATGCTACTAACTTATGCTTACTCTTTCTGACTGCCTTACATTCGAAAA------------GTAT-----------ATTTT--------CCGTGGACTGCAGTTTATAATCATACATGGTCTATATTTTTTGTCTATTTTGTTCGT-C-TTGTTTAGTATTACAACCAGATTGTAGGAGNGTCTGGACAA----GAACTGAAGGGAACCTATGTCC-AG--AT----------TGTATATTTCATANATATTTGGATGCCTCAGCTGCTAATTTGGGAACTTAAGTAAATGTGTTGGTTCATG--TGT-GCAGTCATGCACAATGCTATTGT-----------------TT--TTTCTTGGT-ACA-TGGG
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gi|12881                      :                                                                                                                                                                                              TTATGCTTACTCTTTCTGACAACCTTACATTTAAAAT------------ATAT-----------ATTTT--------
gi|12882                      :                                                                                                                                                                                                        TCTTTCTGCTTGCCTTACATTCAAACATATATTTTAT--ATAC-----------ATTTT--------CCGTGAACTGCGGTTTACAAT
gi|12882                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTATACTTTTTGTCTATTTTGTTCAT-TGCTGTTAAGCATTACAACAAGACTGTAGGGGAGTCTAAAAAA----TAACAATAGGGAAGTTATACCA-AG--ATAAATCTTAATTGT---TTTCATAAATATTAAGATGCATCAACTGCTAATTTGGGAAC-TAAGTAAATAGATTGGTACATG--TGT-GCATCCATGCACAGCACCATTGT-----------------TTGCTTTTATGGTGACACTGGggtaaagcgattaacctacaaagttttgaattcgaatccctgctgaggctatactttttgtctattttgttcattgctgttaagcattacaacaagactgtaggggagtctaaaaaataacaatagggaagttataccaagataaatcttaattgttttcataaatattaagatgcatcaactgctaatttgggaactaagtaaatagattggtacatgtgtgcatccatgcacagcaccattgtttgcttttatggtgacactgg
gi|12883                      :                                                                                                                                                                                    tctttctgcttgccttacattcaaacatatattttatatacattttccgtgaactgcggtttacaatggtaaagcgattaacctacaaagttttgaattcgaatccctgctgaggGGTATATATCT---GTCTATTTTGTTCGTTC-TTGTTTAGTATTACAACCAGAGTGTAGGAGCGTCTGAACAAACAAGAAATGAAGGGA---TAGATCTTAATTAT----------TGTATATTTTATAAATATTGGAATGCATCAGCTGCTTATTTGGTAACTTAAGTAAATG-AATGGTACGTG--TGA-GTAGTAGTGCACAATACTATTGT-----------------TT--
gi|12884                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTATATTTTT-GTGTATTTTGTTCGTTC-ATGTTTAGTATTGCAACCAGATTGTAGCAGAGTCTGGACAA----GAACTAAAGGGAATCTATGTCC-GG--AT----------TGTATATTTCTTAAAAATTTTGATGCCTCAGTTGCT-ATTATGGAACTTAAGTAATTGGAATGGTACATG--TGT-GTTGTCATACACAATACTATGGTGACAATGAATGGTATAGTA--TTTCTTGGT-ACA-TGGG
gi|12885                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTATTTTTTTTGTCTATTTTGTTTGTTC-CTGTTCAGTATTACAATTAGATAGTAGGAGAGTC
gi|12886                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATATTTTTTGTCTAATTTGTTTGTTC-CTGTTTAGTATTACAACTAGATTGTAGGAGAATCTGGACAA----GAACTGAAGGGAACTTATGTCC-AA--AT----------TGTATATTTCAT
gi|12887                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TATTTTTTGTCTATTTA---------------AGTTATATAACTAGATTGTAGGAGAGTTTGGACAA----GAACTTAAGGGAACTTATGTCC-AG--AT----------TGTATATTTCAT
gi|12888                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttTATTTGGATACTTCAGCTGCTAATTTTGGAATTTAAGTACATGTGTAG--TCATGCTTTT-ATAG---TG-ACAATGTAAATATAA---------------TA--TTCCTTGGT-ACA-TGGG
gi|12889                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tg-GCAGTCATGCATAATGCTATTG------------------TT--TTTCTTGGT-ACA-


blockSeqs                     :                                                                                                                  A                  TT   T                             G                                                          TATATAGTTTAT    ATTTAATAAAC     TACATTTT                                                      T  T G                              T          ACAA                      T  TT  AAATCTTAAT             C                                            T           CT   A                       GACAATGAATGGTATAG  GC         G   C
blockSeqs                     :                                                                                                                  .                  .    .                             C                                                          TATATTTTAT      .               TACATTTC                                                      T  T .                              T          .                         .  .   .                      T                                            T           .    .                       AA                 .          .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                  .                  .    .                             G                                                          .               .               .                                                             T  T .                              T          .                         .  .   .                      T                                            T           .    .                       .                  .          .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                  .                  .    .                             G                                                          .               .               .                                                             T  T .                              T          .                         .  .   .                      T                                            T           .    .                       .                  .          .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                  .                  .    .                             .                                                          .               .               .                                                             C  . .                              A          .                         .  .   .                      A                                            G           .    .                       .                  .          .   .
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gi|12876                      :                                                                                                                                                                                              TTGTGCTTACTCTTTTTGACTGCTATACATT---AAA------------CTATATTTAATAAACATTTT--------CCGTGGACTTCAGTTTA
gi|12877                      : ttttttaatgaaattattctctattaaatatctctataattattacatatattacatttcaatcttacttttaatattttaagttttaagaggcatcagggttttTTTTTTAA-TGAAAATAATCTCTTTTA--AAT-ATGTAAATTTTTTTA-A----TTGCTCCT---TTGACAAAATGCTA
gi|12878                      :                                                                                                                                                                                        ACTAACTTATGCTTACACTTAATGACTGCCTTACATTCGAAAA------------GTAT-----------ATTTTTACATTTTCCATGGATTGCAGTTTATAACCATACATGGTCTATATTTTTTGTCTATTTTGTTTAT-C-TTGTTTAGTATTACAACCAGATTGTAAAAGTGTCTGGACAA----GAACTAAAGGGAACCTATG--------------------------TTTCATATATATTTGAGTGCCTCAGCTGCTAATTTGGGAACTTAAGTAAATGTATTGGTTGATG--TATAGC-GTCATGCACAATGCTATTGT-----------------TT--TTTCTTGGT-ACA-TGGG
gi|12879                      :                                                                                                                                                                                        ACTAACTTATGCTTACTCTTTCTGACTGCCTTACATTCGAAAA------------GTAT-----------ATTTTTACATTTCCCATTGACTGCAGTTTATAATCATACATGGTCTATATTTTTTGTC
gi|12880                      :                                                                                                                                                                                              TTGTGCGTATTCTTTCAGACTGCCTTACA-TCAAAAATATATAGTTTATATAC-----------ATTTT--------CCGTGAACAGCAGCTAATAAT
gi|12881                      :                                                                                                                                                                                              TTATGCTTACTCTTTCTGACAACCTTACATTTAAAAT------------ATAT-----------ATTTT--------
gi|12882                      :                                                                                                                                                                                                        TCTTTCTGCTTGCCTTACATTCAAACATATATTTTAT--ATAC-----------ATTTT--------CCGTGAACTGCGGTTTACAAT
gi|12882                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTATACTTTTTGTCTATTTTGTTCAT-TGCTGTTAAGCATTACAACAAGACTGTAGGGGAGTCTAAAAAA----TAACAATAGGGAAGTTATACCA-AG--ATAAATCTTAATTGT---TTTCATAAATATTAAGATGCATCAACTGCTAATTTGGGAAC-TAAGTAAATAGATTGGTACATG--TGT-GCATCCATGCACAGCACCATTGT-----------------TTGCTTTTATGGTGACACTGGggtaaagcgattaacctacaaagttttgaattcgaatccctgctgaggctatactttttgtctattttgttcattgctgttaagcattacaacaagactgtaggggagtctaaaaaataacaatagggaagttataccaagataaatcttaattgttttcataaatattaagatgcatcaactgctaatttgggaactaagtaaatagattggtacatgtgtgcatccatgcacagcaccattgtttgcttttatggtgacactgg
gi|12883                      :                                                                                                                                                                                    tctttctgcttgccttacattcaaacatatattttatatacattttccgtgaactgcggtttacaatggtaaagcgattaacctacaaagttttgaattcgaatccctgctgaggGGTATATATCT---GTCTATTTTGTTCGTTC-TTGTTTAGTATTACAACCAGAGTGTAGGAGCGTCTGAACAAACAAGAAATGAAGGGA---TAGATCTTAATTAT----------TGTATATTTTATAAATATTGGAATGCATCAGCTGCTTATTTGGTAACTTAAGTAAATG-AATGGTACGTG--TGA-GTAGTAGTGCACAATACTATTGT-----------------TT--
gi|12884                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTATATTTTT-GTGTATTTTGTTCGTTC-ATGTTTAGTATTGCAACCAGATTGTAGCAGAGTCTGGACAA----GAACTAAAGGGAATCTATGTCC-GG--AT----------TGTATATTTCTTAAAAATTTTGATGCCTCAGTTGCT-ATTATGGAACTTAAGTAATTGGAATGGTACATG--TGT-GTTGTCATACACAATACTATGGTGACAATGAATGGTATAGTA--TTTCTTGGT-ACA-TGGG
gi|12885                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTATTTTTTTTGTCTATTTTGTTTGTTC-CTGTTCAGTATTACAATTAGATAGTAGGAGAGTC
gi|12886                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATATTTTTTGTCTAATTTGTTTGTTC-CTGTTTAGTATTACAACTAGATTGTAGGAGAATCTGGACAA----GAACTGAAGGGAACTTATGTCC-AA--AT----------TGTATATTTCAT
gi|12887                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TATTTTTTGTCTATTTA---------------AGTTATATAACTAGATTGTAGGAGAGTTTGGACAA----GAACTTAAGGGAACTTATGTCC-AG--AT----------TGTATATTTCAT
gi|12888                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttTATTTGGATACTTCAGCTGCTAATTTTGGAATTTAAGTACATGTGTAG--TCATGCTTTT-ATAG---TG-ACAATGTAAATATAA---------------TA--TTCCTTGGT-ACA-TGGG
gi|12889                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tg-GCAGTCATGCATAATGCTATTG------------------TT--TTTCTTGGT-ACA-