lowQualScore : 111 222222 1 11111 1 1111111 111111111 111111
lowQualScore : 5 555 1 2 6 2 33 444 33 5 33 0 4444 5 222222 22 333 5 2 777777 2 00000 8 5555 444 1 66666 777777 1 8888888 55 2 2 33 444 444 3 66666 0000000 5555 2 1 000000000 2 33 444 55 2 2 33 33 2 33 888888 7 6
lowQualScore : . ... . . . . .. ... .. . .. . .... . ...... .. ... . . ...... . ..... . .... ... . ..... ...... . ....... .. . . .. ... ... . ..... ....... .... . . ......... . .. ... .. . . .. .. . .. ...... . .
lowQualScore : 2 666 6 5 0 5 44 444 44 0 22 9 5555 8 888888 99 777 1 5 222222 9 66666 8 3333 444 4 44444 222222 6 1111111 22 5 5 44 444 444 6 22222 6666666 7777 0 5 111111111 5 44 444 99 5 5 44 44 5 44 555555 9 0
consensus : TGTGCTTGCTTAATGCA--GCTCTCTTAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACAT----GTCATTTTATTGTAC----CATAAAATGA--CTATAATGTAATATATA-A------TCGATT-----ACATT----A---TATTATAATGT---GCGTA------GAATGTTAT-------AT-GC-AT-GACTAT--T---TAA---CTAACATTC-----T-------TACATAACAT----GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCGCCACT
Reference ( gi|115496 ) : TGTGTTTGCTTAATGCA--TCTCTCTTAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATAGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACAT----GTCATTTTATTGTAA----AATAAAATGA--CTATAATGTTATATATA-A------TCGATT-----ACACT----A---TATTATAATGT---GTGTA------GAATGTTAT-------AT-GC-AT-GACTAT--T---TAA---CTTACATTC-----T-------TACATAACAT----GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCTCAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCGCCATT
gi|115484 : TGTGCTTGCTTAATGCA--GCTTTCTTAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--CATAACATGT-TATGCT-AAAAT----GTCGTTGTATTTTAC----AA-AAAATGA--ATAAAGTGTAATATATA-T------TCGATT-----ACATT----A---TATTATAATGT---GTGTA------GAATGTTAT-------AT-GC-AT-GACTAT--T---TAA---CTAACATTA-----T-------TACATAACAT----GACTAGTCAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAT--ATCAAAC-A--TTCCAACAGCAAATA-GTGGGCAACTATCCGCCAC
gi|115483 : ttTGTGCTTGCTTAATGCA--GCTTTCTTAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--CATAACATGT-TATGCT-AAAAT----GTCGTTGTATTTTAC----AA-AAAATGA--ATAAAGTGTAATATATA-T------TCGATT-----ACATT----A---TATTATAATGT---GTGTA------GAATGTTAT-------AT-GC-AT-GACTAT--T---TAA---CTAACATTA-----T-------TACATAACAT----GACTAGTCAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAT--ATCAAAC-A--TTCCAACAGCAAATA-GTGGGCAACTATCCGCCAC
gi|115485 : ttTGTGCTTGCTTAATGCA--GTTCTCTTAAGTATCCAACTACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-AAA--A---AGATACACA--AAAGCCATGT-TATGCG-AAAAT----GTCCTTTTATTGTAC----CATAAAATGA--CTATAATGTAATATATG-A------TGGATT-----ACTTT----A---TATTATAATGT---GCGTA------GAATGTTAT--------T-GC-AT-GACTAT--T---TAA---CTAGAATTC-----T-------TACATAACCT----GACTAGTAAG-AAA------T--TTC-AAGAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAATGTGGGCAACTATCCGCCAC
gi|115497 : ttTGTGATTGCTAAATGCA--TCTCTCTTAAGTATCCAACCATATCAATATGCAACTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACT--AATAACATGT-TATACG-AAAAT----GCTATTTTATTGTAC----CATAAAATGA--CTATAATGTAATATTTA-A------TCGATT-----GCATT----A---TAGTATAATAT---GCGTA------GAATGTTAT-------AT-AC-AT-GACTAT--T---TAA---CTAAAATTC-----T-------TACATAACAT----CAGTAGTAAGAAAA------T--TTC-AATAA--AA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGGGCAACTATCGGCCAC
gi|115486 : TGTGTTTGCTTAATGCA--GATCTCTTAAGTATCAAACCATATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAG--A---AGACACACA--AATATCATGT-TATGCG-AATAT----GTCATTTTATCTTAC----CATAAAAT-ATTCTACAATGTAATATATA-A------TCGATT-----ACATT----ATATTATTATAATCT---GCGTA------GAATGATAT-------AT-GC-AT-GACTAT--T---TAA---CTAACATTC-----T-------TA-ATAACAT----GACTAGTTACAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AC-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCTCAAAGC-AAAATGTGGGCA
gi|115487 : ttTGTGCTTGTTAAATGAA--GCTGTCTTAAGTATCCAACTACATCAATATGCAGCTTGCTT-TGCAGATGGGAAT-TAA--A-----ATACACAAGAATACCATGG-TATGCG-AACAT----GTCATTTTAGTGTAC----CATGAAATGA--CTATAATGTAATATATA-A------TCAACA-----ACATT----G---TATTATAATGT---GCGTA------GAATGACAT-------AT----AT-T-CTAT--T---TAA---CTAACATTC-----T-------TACATAACAT----GACTATTTAGAAAA------T--TTC----AA--TG---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--ATCCAACAGC-AAATGGTTGCCAACTATCCGCCAC
gi|115488 : ttTGTGCTTGCTTAATTCA--GCCCTTTTAAGTATCCAACCATATCAATATGCATTTTGTGT-TGCAAAT-GGAAT-CTA--A---AGATACACA--AATACCTTGT-TATGCG-AACAT----GCCATTTCATTTTAC----CATAAAATGA--CTGTATTGTAATGTATA-A------TCGATT-----ACGTT----T---TATAATAATGT---CCGTA------GAATGTAAA-------AT-AC-AT-GACTAT--T---TAA---CCAACATTC-----T-------TACATAACAT----GACTAGTTAAAAAA------A--TTT-AATCA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ACAAA--ATCAAAC-A--TACCC------AAAATAAAGGCAACTATCCGCCA
gi|115490 : ttTGTGCTTGCTTTATACA--GCTTTCCCAAGTATACATCAACACTAATATGCAGTTTTTTTATGCAAAGTGAAAT-CAA--A---ATATACACA--AATACCTCGT-TATGCA-AATAT----GTCATTTTATTTCAC----CATAAAATGA--TTAAAATGTAATAAACATA------T-GATT-----ACATT----A---CATTAGAAT------TTTA------A-----TAT-------AT-AC-AT-GACTAG--T---TAA---CTAACTTTC-----T-------TACATACTAT----GACTAGTTAGAAAA------G--T---AATAA--TA---C--TC-TTTTGT-A--ACTAA--AT----C-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGAGCAACTATCCGCCAC
gi|115491 : ttTGTCTTAACTTCATGCA--GCTGT-TTAA-TATCTAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGTAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACA-G--AATACCATGT-TATGCC-AACAT----GACATTTTATTTTAC----TATAAAATGA--CCATAATGTAATATATC-T------TTGACTGTA--ACATT----A---TGTTATAATGT---GAGTA------GAATGTTAC-------AT-AC-AT-GACTAG--T---TAA---CTAACGTTC-----T-------AACCTAACAT----GTCT---------C------T--TTC-AATAA--TA---CT-CT-TTTTGT-A--ACTAATTGTCGAAC-A--T
gi|115492 : ttTATGCTTGCTTAATGCA--GCTCTCTTAAGTATCCAGCTACATCAATATGCAGCT-GTTT-TGCAAATAGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATTTG-AACAT----GTCATTTTATTGTAC----CATAAAATTA--C------------TATA-A------T--GTT-----A---T----A---TATAATAA---------------------ATTAT-------A---C-AT-GACTAT--T---TAA---CTAACATTC-----T-------TACAAAACAT----GAC-------------------------ATAA--TT---A--AT-TTCTGT-T--AGTAA--GTCAAAC-A--TTCCCTTATCAAAcgccac
gi|115489 : ttTGCTTGCTTAATGCA--GCTTTCTTAAGTATCCAATCACATCAATATGCAGATTGTTT-TGCAGATAGGAAT-CAA--A---AGAGACACA--AATACCATGT-TATGCA-AACAC----GTCATTTTATTGTAC----CATAAAATGA--CTGTAATGTTATATATA-A------TTGATT-----GCATT----A---TATTATTATGT---GCTTA------GCATGTTAT-------AT-AC-AT-GACTAT--T---TAA---CTAATATTC-----T-------TA
gi|115493 : tttcTGGTTGCATAAT-CAGGTTTATGTTAATTATCCAACTATATCAATG-ACA-CTTGTTT-T-TAAATGGGAACATAA--T---AAACAAACA--AATACCGTGA-TATGCG-AATAT----GTCATTTTAATC--------ATATAATGA--CTACATTATAATATGTA-AACTGACTAGATT-----AAAATGTAAA---TATCATGATAT----TACA------ACATGTCAT-------AT-AC-AC--AC-ATCCT---TTA---CTAACATTC-----TA------AACAGTATAT----GACTAG--AATAAGTGTTTTT--TTT-AACAA--TT---A--GC-TTATATAA--ATTCA--ATTAAAG-ACTTTCCCATAG-AAAAAGATGGG
gi|115498 : ttcaTTAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-AAA--A---AGATACGCA--AA-ACCATGT-TATGCG-AACAT----GTCATTTTATTTTAC----CATAAAATGA--CTATAATGTAATATATG-A------TGGATT-----ACTTT----A---TATTATAATGT---GCGTA------GAATGTTAT-------AT-AC-AT-GACTAT--T---TAA---CTAGCATTC-----T-------TACATAACCT----GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AAGAA--TA---CTTTT-TTCTGT-A--ATTAA--GTCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGGGCAACTATCCGCCAC
gi|115494 : ACCCAACCACATCAATATGCAGTTTGCTT-TGCAAATATGAAT-CAC--A---A
gi|115499 : tttttgctagcaatcaatctttgcgcatgctttattcAGCTACATCA-T-TGAAGCTAGTTT-TG-ATATGGGAAT-TAATTA---A-ATGCACA--ATT-CCA-GTATATGTG-AATAT----GTCATTTTATT-TCATTTTTATAAAATGA--C-GCAATAT----TATA-A------TC-ATTATAAAACACC----T---TATTATAATGTATCATGTAATATGTGAATGTCATACTGAAAAT-GCAATAGACAAC--CCGGTAACATCTTATA--C-----TGGATCAATACA-AAAGTCTGAGACCATTTAACAAA------TAGGTC-ACTA----A---C--ATCTTTTGA-ACTATTCT--AT-ATACTA--TTCCCATTG-AAAAAGGTGGGCAACTTTCTGCCA
gi|115495 : CATCA-TAGG-AGCTTGTTT--G-ATATGGGAAT-AAA--ATTGAAATA-ACA--AATACCAAGTCTGTGTATAATAT----GTCATTTCAAT---------ATAAAATGA--CTGCACTATAATGAAAG-G------TCAACC-----ACA------A---TATTATAACGC---AT-TA------A---GTTGT-------AT-AC-A--AACTAA--T---TTA---C-TAGATTCAAAAAT-------T-CGT-ATAT----GAC----TAGAA------------TCAAATAA--CAAGTT--AT-TTACAC-A--A-CAA--AAGACAC-A--ATACCGTATTAAAA--GCGGGCAAATATCCAC
gi|115486 : tttgtgcttctttattttatcatttctgttggtacA--AATA----GT-CATGC---ATAT----ATCATTCTAC-GCAG----ATTATAATAA---TATAATGT-------A-A------TCGATT-----A---T----A---TATTAC-AT------TGTA------GAATATTTT-------ATGGT-AA-GA-TA--------AA---ATGACATAT-----T-------CGCATAACAT----GA
gi|115489 : tttgtgtttgcttaatgcagatctcttaagtatcaaaccatatcaatatgcagcttgttttgcaaatgggaatcagaagacacacaaata-AACATTACAGTCATTTTATGGTAC----AATAAAATGA--Caactaacattcttaataacatgactagttacaaaatttcaataatacacttctgtaattaaatcaaacattctcaaagcaaaatgtgggca
gi|115488 : tttctgcttgcttaatgcagctttcttaagtatccaatcacatcaatatgcagattgttttgcagataggaatcaaaagagacacaaataccatgttatgcaaacacACA-----GTCATTTTATGGTAA----AATGAAATGG--C----ATGTTatatataattgattgcattatattattatgtgcttagcatgttatatacatgactatttaactaatattctta
gi|115498 : tttgtgcttgcttaattcagcccttttaagtatccaaccatatcaatatgcattttgtgttgcaaatggaatctaaagatacacaaataccttgttatgcg----GTCATTTTATGGTAA----AATAAAATGA--C----ATGTTattgtaatgtataatcgattacgttttataataatgtccgtagaatgtaaaatacatgactatttaaccaacattcttacataacatgactagttaaaaaaatttaatcatacatttctgtaacaaaatcaaacatacccaaaataaaggcaactatccgcca
gi|115500 : ttaagtatccaaccacatcaatatgcagcttgttttgcaaatgggaataaaaagatacgcaaaaccatgttatgcgTC-AAT----TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAATC-A--TTCCTACAGC-AAAAGATGGGCAACTATCCGTCtataatgtaatatatgatggattactttatattataatgtgcgtagaatgttatatacatgactatttaactagcattcttacataacctgactagttagaaaatttcaagaatacttttttctgtaattaagtcaaacattcccacagcaaaaggtgggcaactatccgccact
gi|115501 : -AATAAGGCA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAA-GTGGGCAATTATCCGCCACcac
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111 1111111111 1
lowQualScore : 33 2 2 33 444 33 5 2 1 7 444 33 0 2 2 2 00000 000000000 444 66666 777777 33 2 666 2 2 1 5555 66666 2 777777 1111111111 1 0 888888888 2 33 444 55 2 2 33 33 2 33 2 6 3
lowQualScore : .. . . .. ... .. . . . . ... .. . . . . ..... ......... ... ..... ...... .. . ... . . . .... ..... . ...... .......... . . ......... . .. ... .. . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 99 4 4 22 111 44 0 5 2 2 444 44 2 5 5 5 66666 000000000 444 66666 222222 44 5 111 5 5 1 3333 22222 5 777777 7777777777 3 8 999999999 4 22 111 66 4 4 22 22 4 22 4 7 1
consensus : TGTGCTTGCTTAATGCAGCTCTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTTTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATA-ATC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCACT
Reference ( family-836 ) : TGTGCTTGCTTAATGCAGCTCTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTGTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATA-ATC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115483 : TGTGCTTGCTTAATGCAGCTTTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--CATAACATGT-TATGCT-AAAATGTCGTTGTATTTTA---CAA-AAAATGA--ATAAAGTGTAATA-TATA-TTC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GTGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTA-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTCAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAT--ATCAAAC-A--TTCCAACAGCAAATA-GTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115484 : ttTGTGCTTGCTTAATGCAGCTTTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--CATAACATGT-TATGCT-AAAATGTCGTTGTATTTTA---CAA-AAAATGA--ATAAAGTGTAATA-TATA-TTC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GTGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTA-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTCAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAT--ATCAAAC-A--TTCCAACAGCAAATA-GTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115485 : ttTGTGCTTGCTTAATGCAGTTCTCT--TAAGTATCCAACTACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-AAA--A---AGATACACA--AAAGCCATGT-TATGCG-AAAATGTCCTTTTATTGTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATG-ATG-GATT-----ACTTT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTAT--TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAGAATTC-----T-TACA------TAACCT----------GACTAGTAAG-AAA------T--TTC-AAGAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAATGTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115486 : ttTGTGTTTGCTTAATGCAGATCTCT--TAAGTATCAAACCATATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAG--A---AGACACACA--AATATCATGT-TATGCG-AATATGTCATTTTATCTTA---CCATAAAAT-ATTCTACAATGTAATA-TATA-ATC-GATT-----ACATT---------ATATTATTATAATCT---GCGTA------GA--ATGATATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TA-A------TAACAT----------GACTAGTTACAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AC-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCTCAAAGC-AAAATGTGGGCA
gi|115487 : ttTGTGCTTGTTAAATGAAGCTGTCT--TAAGTATCCAACTACATCAATATGCAGCTTGCTT-TGCAGATGGGAAT-TAA--A-----ATACACAAGAATACCATGG-TATGCG-AACATGTCATTTTAGTGTA---CCATGAAATGA--CTATAATGTAATA-TATA-ATC-AACA-----ACATT---------G---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGACATA-T----ATT--C-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTATTTAGAAAA------T--TTC----AA--TG---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--ATCCAACAGC-AAATGGTTGCCAACTATCCG-CCACT
gi|115488 : ttTGTGCTTGCTTAATTCAGCCCTTT--TAAGTATCCAACCATATCAATATGCATTTTGTGT-TGCAAATGG-AAT-CTA--A---AGATACACA--AATACCTTGT-TATGCG-AACATGCCATTTCATTTTA---CCATAAAATGA--CTGTATTGTAATG-TATA-ATC-GATT-----ACGTT---------T---TATAATAATGT---CCGTA------GA--ATGTAAAA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----CAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAAAAAA------A--TTT-AATCA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ACAAA--ATCAAAC-A--TACCCAAAATAAA------GGCAACTATCCG-CCA
gi|115489 : ttTGCTTGCTTAATGCAGCTTTCT--TAAGTATCCAATCACATCAATATGCAGATTGTTT-TGCAGATAGGAAT-CAA--A---AGAGACACA--AATACCATGT-TATGCA-AACACGTCATTTTATTGTA---CCATAAAATGA--CTGTAATGTTATA-TATA-ATT-GATT-----GCATT---------A---TATTATTATGT---GCTTA------GC--ATGTTATA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----TAATATTC-----T-TA
gi|115490 : tttcTGTGCTTGCTTTATACAGCTTTCC--CAAGTATACATCAACACTAATATGCAGTTTTTTTATGCAAAGTGAAAT-CAA--A---ATATACACA--AATACCTCGT-TATGCA-AATATGTCATTTTATTTCA---CCATAAAATGA--TTAAAATGTAATA-AACATAT--GATT-----ACATT---------A---CATTAGAATTT------TA------A-------TATA-TA--CATG-AC-TAGTTAAC----TAACTTTC-----T-TACA------TACTAT----------GACTAGTTAGAAAA------G--T---AATAA--TA---C--TC-TTTTGT-A--ACTAA--AT----C-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGAGCAACTATCCG-CCACT
gi|115491 : ttCTTCATGCAGCTGT-T--TAA-TATCTAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGTAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACA-G--AATACCATGT-TATGCC-AACATGACATTTTATTTTA---CTATAAAATGA--CCATAATGTAATA-TATC-TTT-GACTGTA--ACATT---------A---TGTTATAATGT---GAGTA------GA--ATGTTACA-TA--CATG-AC-TAGTTAAC----TAACGTTC-----T-AACC------TAACAT----------GTCT---------C------T--TTC-AATAA--TA---CT-CT-TTTTGT-A--ACTAATTGTCGAAC-A--TCGCCAC
gi|115492 : tttgtcttaaTATGCTTGCTTAATGCAGCTCTCT--TAAGTATCCAGCTACATCAATATGCAGCT-GTTT-TGCAAATAGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATTTG-AACATGTCATTTTATTGTA---CCATAAAATTA--CTATAATGTTATA-TATA-ATA-AATT-----A---T---------A---CAT----------------------GA--CTATT----------TA-AC-TA------------ACATTC-----T-TACA------AAACAT----------GAC-------------------------ATAA--TT---A--AT-TTCTGT-T--AGTAA--GTCAAAC-A--TTCCCTTATCAAA
gi|115493 : ttTGGTTGCATAAT-CAGGTTTATGTTAATTATCCAACTATATCAATG-ACA-CTTGTTT-T-TAAATGGGAACATAA--T---AAACAAACA--AATACCGTGA-TATGCG-AATATGTCATTTTA----A---TCATATAATGA--CTACATTATAATA-TGTA-AACTGACT-----AGATTAAAATGTAAA---TATCATGATAT------TA------CAACATGTCATA-TA--CAC--ACATCCTTTAC----TAACATTC-----TAAACA------GTATAT----------GACTAG--AATAAGTGTTTTT--TTT-AACAA--TT---A--GC-TTATATAA--ATTCA--ATTAAAG-ACTTTCCCATAG-AAAAAGATGGG
gi|115494 : ttcaACCCAACCACATCAATATGCAGTTTGCTT-TGCAAATATGAAT-CAC--A---A
gi|115495 : tttttgctagcaatcaatctttgcgcatgctttattcCATCA-TAGG-AGCTTGTTT--G-ATATGGGAAT-AAA--ATTGAAATA-ACA--AATACCAAGTCTGTGTATAATATGTCATTTCAAT--------ATAAAATGA--CTGCACTATAATG-AAAG-GTC-AACC-----ACA-----------A---TATTATAA-------CGCA------TT--AAGTTGTA-TA--CA-A-AC-TAATTTAC----TAG-ATTCAAAAAT-T-CG------T-ATAT----------GAC----TAGAA------------TCAAATAA--CAAGTT--AT-TTACAC-A--A-CAA--AAGACAC-A--ATACCGTATTAAAA--GCGGGCAAATATCCA-
gi|115496 : tttgtgcttctttattttatcatttctgttggtacTGTGTTTGCTTAATGCATCTCTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATAGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTGTA---AAATAAAATGA--CTATAATGTTATA-TATA-ATC-GATT-----ACACT---------A---TATTATAATGT---GTGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TTACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCTCAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCATT
gi|115497 : TGTGATTGCTAAATGCATCTCTCT--TAAGTATCCAACCATATCAATATGCAACTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACT--AATAACATGT-TATACG-AAAATGCTATTTTATTGTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TTTA-ATC-GATT-----GCATT---------A---TAGTATAATAT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----TAAAATTC-----T-TACA------TAACAT----------CAGTAGTAAGAAAA------T--TTC-AATAA--AA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGGGCAACTATCGG-CCACT
gi|115498 : T--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-AAA--A---AGATACGCA--AA-ACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTTTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATG-ATG-GATT-----ACTTT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----TAGCATTC-----T-TACA------TAACCT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AAGAA--TA---CTTTT-TTCTGT-A--ATTAA--GTCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115499 : AGCTACATCA-T-TGAAGCTAGTTT-TG-ATATGGGAAT-TAATTA---A-ATGCACA--ATT-CCA-GTATATGTG-AATATGTCATTTTATTTCATTTTTATAAAATGA--C------GCAATATTATA-ATC--ATTATAAAACACC---------T---TATTATAATGTATCATGTAATATGTGA--ATGTCATACTGAAAATGCAA-TAGACAACCCGGTAACA-TC-----T-TATACTGGATCAATACAAAAGTCTGAGACCATTTAACAAA------TAGGTC-ACTA----A---C--ATCTTTTGA-ACTATTCT--AT-ATACTA--TTCCCATTG-AAAAAGGTGGGCAACTTTCTG-CCA
gi|115500 : TC-AAT----TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAATC-A--TTCCTACAGC-AAAAGATGGGCAACTATCCGTCCAC
gi|115501 : -AATAAGGCA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAA-GTGGGCAATTATCCG-CCACT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111 1111111111 1
lowQualScore : 33 2 2 33 444 33 5 2 1 4 444 33 0 2 2 2 00000 000000000 444 66666 777777 33 2 666 2 2 1 5555 66666 2 777777 1111111111 1 0 888888888 2 33 444 55 2 2 33 33 2 33 2 6 3
lowQualScore : .. . . .. ... .. . . . . ... .. . . . . ..... ......... ... ..... ...... .. . ... . . . .... ..... . ...... .......... . . ......... . .. ... .. . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 99 4 4 22 111 44 0 5 2 6 444 44 2 5 5 5 66666 000000000 444 66666 222222 44 5 111 5 5 1 3333 22222 5 777777 7777777777 3 8 999999999 4 22 111 66 4 4 22 22 4 22 4 7 1
consensus : TGTGCTTGCTTAATGCAGCTCTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTTTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATA-ATC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCACT
Reference ( family-836 ) : TGTGCTTGCTTAATGCAGCTCTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTTTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATA-ATC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115483 : TGTGCTTGCTTAATGCAGCTTTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--CATAACATGT-TATGCT-AAAATGTCGTTGTATTTTA---CAA-AAAATGA--ATAAAGTGTAATA-TATA-TTC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GTGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTA-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTCAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAT--ATCAAAC-A--TTCCAACAGCAAATA-GTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115484 : ttTGTGCTTGCTTAATGCAGCTTTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--CATAACATGT-TATGCT-AAAATGTCGTTGTATTTTA---CAA-AAAATGA--ATAAAGTGTAATA-TATA-TTC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GTGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTA-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTCAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAT--ATCAAAC-A--TTCCAACAGCAAATA-GTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115485 : ttTGTGCTTGCTTAATGCAGTTCTCT--TAAGTATCCAACTACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-AAA--A---AGATACACA--AAAGCCATGT-TATGCG-AAAATGTCCTTTTATTGTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATG-ATG-GATT-----ACTTT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTAT--TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAGAATTC-----T-TACA------TAACCT----------GACTAGTAAG-AAA------T--TTC-AAGAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAATGTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115486 : ttTGTGTTTGCTTAATGCAGATCTCT--TAAGTATCAAACCATATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAG--A---AGACACACA--AATATCATGT-TATGCG-AATATGTCATTTTATCTTA---CCATAAAAT-ATTCTACAATGTAATA-TATA-ATC-GATT-----ACATT---------ATATTATTATAATCT---GCGTA------GA--ATGATATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TA-A------TAACAT----------GACTAGTTACAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AC-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCTCAAAGC-AAAATGTGGGCA
gi|115487 : ttTGTGCTTGTTAAATGAAGCTGTCT--TAAGTATCCAACTACATCAATATGCAGCTTGCTT-TGCAGATGGGAAT-TAA--A-----ATACACAAGAATACCATGG-TATGCG-AACATGTCATTTTAGTGTA---CCATGAAATGA--CTATAATGTAATA-TATA-ATC-AACA-----ACATT---------G---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGACATA-T----ATT--C-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTATTTAGAAAA------T--TTC----AA--TG---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--ATCCAACAGC-AAATGGTTGCCAACTATCCG-CCACT
gi|115488 : ttTGTGCTTGCTTAATTCAGCCCTTT--TAAGTATCCAACCATATCAATATGCATTTTGTGT-TGCAAATGG-AAT-CTA--A---AGATACACA--AATACCTTGT-TATGCG-AACATGCCATTTCATTTTA---CCATAAAATGA--CTGTATTGTAATG-TATA-ATC-GATT-----ACGTT---------T---TATAATAATGT---CCGTA------GA--ATGTAAAA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----CAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAAAAAA------A--TTT-AATCA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ACAAA--ATCAAAC-A--TACCCAAAATAAA------GGCAACTATCCG-CCA
gi|115489 : ttTGCTTGCTTAATGCAGCTTTCT--TAAGTATCCAATCACATCAATATGCAGATTGTTT-TGCAGATAGGAAT-CAA--A---AGAGACACA--AATACCATGT-TATGCA-AACACGTCATTTTATTGTA---CCATAAAATGA--CTGTAATGTTATA-TATA-ATT-GATT-----GCATT---------A---TATTATTATGT---GCTTA------GC--ATGTTATA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----TAATATTC-----T-TA
gi|115490 : tttcTGTGCTTGCTTTATACAGCTTTCC--CAAGTATACATCAACACTAATATGCAGTTTTTTTATGCAAAGTGAAAT-CAA--A---ATATACACA--AATACCTCGT-TATGCA-AATATGTCATTTTATTTCA---CCATAAAATGA--TTAAAATGTAATA-AACATAT--GATT-----ACATT---------A---CATTAGAATTT------TA------A-------TATA-TA--CATG-AC-TAGTTAAC----TAACTTTC-----T-TACA------TACTAT----------GACTAGTTAGAAAA------G--T---AATAA--TA---C--TC-TTTTGT-A--ACTAA--AT----C-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGAGCAACTATCCG-CCACT
gi|115491 : ttCTTCATGCAGCTGT-T--TAA-TATCTAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGTAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACA-G--AATACCATGT-TATGCC-AACATGACATTTTATTTTA---CTATAAAATGA--CCATAATGTAATA-TATC-TTT-GACTGTA--ACATT---------A---TGTTATAATGT---GAGTA------GA--ATGTTACA-TA--CATG-AC-TAGTTAAC----TAACGTTC-----T-AACC------TAACAT----------GTCT---------C------T--TTC-AATAA--TA---CT-CT-TTTTGT-A--ACTAATTGTCGAAC-A--TCGCCAC
gi|115492 : tttgtcttaaTATGCTTGCTTAATGCAGCTCTCT--TAAGTATCCAGCTACATCAATATGCAGCT-GTTT-TGCAAATAGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATTTG-AACATGTCATTTTATTGTA---CCATAAAATTA--CTATAATGTTATA-TATA-ATA-AATT-----A---T---------A---CAT----------------------GA--CTATT----------TA-AC-TA------------ACATTC-----T-TACA------AAACAT----------GAC-------------------------ATAA--TT---A--AT-TTCTGT-T--AGTAA--GTCAAAC-A--TTCCCTTATCAAA
gi|115493 : ttTGGTTGCATAAT-CAGGTTTATGTTAATTATCCAACTATATCAATG-ACA-CTTGTTT-T-TAAATGGGAACATAA--T---AAACAAACA--AATACCGTGA-TATGCG-AATATGTCATTTTA----A---TCATATAATGA--CTACATTATAATA-TGTA-AACTGACT-----AGATTAAAATGTAAA---TATCATGATAT------TA------CAACATGTCATA-TA--CAC--ACATCCTTTAC----TAACATTC-----TAAACA------GTATAT----------GACTAG--AATAAGTGTTTTT--TTT-AACAA--TT---A--GC-TTATATAA--ATTCA--ATTAAAG-ACTTTCCCATAG-AAAAAGATGGG
gi|115494 : ttcaACCCAACCACATCAATATGCAGTTTGCTT-TGCAAATATGAAT-CAC--A---A
gi|115495 : tttttgctagcaatcaatctttgcgcatgctttattcCATCA-TAGG-AGCTTGTTT--G-ATATGGGAAT-AAA--ATTGAAATA-ACA--AATACCAAGTCTGTGTATAATATGTCATTTCAAT--------ATAAAATGA--CTGCACTATAATG-AAAG-GTC-AACC-----ACA-----------A---TATTATAA-------CGCA------TT--AAGTTGTA-TA--CA-A-AC-TAATTTAC----TAG-ATTCAAAAAT-T-CG------T-ATAT----------GAC----TAGAA------------TCAAATAA--CAAGTT--AT-TTACAC-A--A-CAA--AAGACAC-A--ATACCGTATTAAAA--GCGGGCAAATATCCA-
gi|115496 : tttgtgcttctttattttatcatttctgttggtacTGTGTTTGCTTAATGCATCTCTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATAGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTGTA---AAATAAAATGA--CTATAATGTTATA-TATA-ATC-GATT-----ACACT---------A---TATTATAATGT---GTGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TTACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCTCAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCATT
gi|115497 : TGTGATTGCTAAATGCATCTCTCT--TAAGTATCCAACCATATCAATATGCAACTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACT--AATAACATGT-TATACG-AAAATGCTATTTTATTGTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TTTA-ATC-GATT-----GCATT---------A---TAGTATAATAT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----TAAAATTC-----T-TACA------TAACAT----------CAGTAGTAAGAAAA------T--TTC-AATAA--AA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGGGCAACTATCGG-CCACT
gi|115498 : T--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-AAA--A---AGATACGCA--AA-ACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTTTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATG-ATG-GATT-----ACTTT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----TAGCATTC-----T-TACA------TAACCT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AAGAA--TA---CTTTT-TTCTGT-A--ATTAA--GTCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115499 : AGCTACATCA-T-TGAAGCTAGTTT-TG-ATATGGGAAT-TAATTA---A-ATGCACA--ATT-CCA-GTATATGTG-AATATGTCATTTTATTTCATTTTTATAAAATGA--C------GCAATATTATA-ATC--ATTATAAAACACC---------T---TATTATAATGTATCATGTAATATGTGA--ATGTCATACTGAAAATGCAA-TAGACAACCCGGTAACA-TC-----T-TATACTGGATCAATACAAAAGTCTGAGACCATTTAACAAA------TAGGTC-ACTA----A---C--ATCTTTTGA-ACTATTCT--AT-ATACTA--TTCCCATTG-AAAAAGGTGGGCAACTTTCTG-CCA
gi|115500 : TC-AAT----TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAATC-A--TTCCTACAGC-AAAAGATGGGCAACTATCCGTCCAC
gi|115501 : -AATAAGGCA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAA-GTGGGCAATTATCCG-CCACT
blockSeqs : GT A A TT TTG AG C T A T TTT TT T T T ATAAA AAAATGTAA TAT ATCAT ATATGT AC C GAA C A T CCGG AAAAA A CTGGAT AAAAGTCTGA C TGTTTTT A GG AGT TT C A CT TT T CT A T T
blockSeqs : . . . . . . A . A G . . . . . GTA . . GT . . . G . . T . . . . . A TAG . . . T . . . . . . A T .
blockSeqs : . . . . . . . . T T . . . . . . . . GC . . . G . . T . . . . . T T . . . . . . . . . . A G .
blockSeqs : . . . . . . . . C G . . . . . . . . GC . . . G . . T . . . . . T T . . . . . . . . . . A G .
blockSeqs : . . . . . . . . C T . . . . . . . . GC . . . A . . T . . . . . T T . . . . . . . . . . A G .
blockSeqs : . . . . . . . . C G . . . . . . . . CC . . . A . . T . . . . . T T . . . . . . . . . . A G .
blockSeqs : . . . . . . . . T T . . . . . . . . GC . . . A . . G . . . . . T A . . . . . . . . . . A G .
blockSeqs : . . . . . . . . C T . . . . . . . . GA . . . A . . G . . . . . T G . . . . . . . . . . A G .
blockSeqs : . . . . . . . . C G . . . . . . . . GT . . . A . . C . . . . . A T . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . T G . . . . . . . . GC . . . A . . A . . . . . T T . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . T G . . . . . . . . GC . . . G . . T . . . . . T T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C T . . . . . . . . C . . . A . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TGTGCTTGCTTAATGCAGCTCTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTTTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATA-ATC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCACT
finalCons : TGTGCTTGCTTAATGCAGCTCTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTTTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATA-ATC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCACT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111 1111111111 1
lowQualScore : 33 2 2 33 444 33 5 2 1 4 444 33 0 2 2 2 00000 000000000 444 66666 777777 33 2 666 2 2 1 5555 66666 2 777777 1111111111 1 0 888888888 2 33 444 55 2 2 33 33 2 33 2 6 3
lowQualScore : .. . . .. ... .. . . . . ... .. . . . . ..... ......... ... ..... ...... .. . ... . . . .... ..... . ...... .......... . . ......... . .. ... .. . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 99 4 4 22 111 44 0 5 2 6 444 44 2 5 5 5 66666 000000000 444 66666 222222 44 5 111 5 5 1 3333 22222 5 777777 7777777777 3 8 999999999 4 22 111 66 4 4 22 22 4 22 4 7 1
consensus : TGTGCTTGCTTAATGCAGCTCTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTTTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATA-ATC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCACT
Reference ( family-836 ) : TGTGCTTGCTTAATGCAGCTCTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTTTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATA-ATC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115483 : TGTGCTTGCTTAATGCAGCTTTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--CATAACATGT-TATGCT-AAAATGTCGTTGTATTTTA---CAA-AAAATGA--ATAAAGTGTAATA-TATA-TTC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GTGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTA-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTCAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAT--ATCAAAC-A--TTCCAACAGCAAATA-GTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115484 : ttTGTGCTTGCTTAATGCAGCTTTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACA--CATAACATGT-TATGCT-AAAATGTCGTTGTATTTTA---CAA-AAAATGA--ATAAAGTGTAATA-TATA-TTC-GATT-----ACATT---------A---TATTATAATGT---GTGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTA-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTCAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAT--ATCAAAC-A--TTCCAACAGCAAATA-GTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115485 : ttTGTGCTTGCTTAATGCAGTTCTCT--TAAGTATCCAACTACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-AAA--A---AGATACACA--AAAGCCATGT-TATGCG-AAAATGTCCTTTTATTGTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATG-ATG-GATT-----ACTTT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTAT--TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAGAATTC-----T-TACA------TAACCT----------GACTAGTAAG-AAA------T--TTC-AAGAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAATGTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115486 : ttTGTGTTTGCTTAATGCAGATCTCT--TAAGTATCAAACCATATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAG--A---AGACACACA--AATATCATGT-TATGCG-AATATGTCATTTTATCTTA---CCATAAAAT-ATTCTACAATGTAATA-TATA-ATC-GATT-----ACATT---------ATATTATTATAATCT---GCGTA------GA--ATGATATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TA-A------TAACAT----------GACTAGTTACAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AC-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCTCAAAGC-AAAATGTGGGCA
gi|115487 : ttTGTGCTTGTTAAATGAAGCTGTCT--TAAGTATCCAACTACATCAATATGCAGCTTGCTT-TGCAGATGGGAAT-TAA--A-----ATACACAAGAATACCATGG-TATGCG-AACATGTCATTTTAGTGTA---CCATGAAATGA--CTATAATGTAATA-TATA-ATC-AACA-----ACATT---------G---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGACATA-T----ATT--C-TATTTAAC----TAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTATTTAGAAAA------T--TTC----AA--TG---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--ATCCAACAGC-AAATGGTTGCCAACTATCCG-CCACT
gi|115488 : ttTGTGCTTGCTTAATTCAGCCCTTT--TAAGTATCCAACCATATCAATATGCATTTTGTGT-TGCAAATGG-AAT-CTA--A---AGATACACA--AATACCTTGT-TATGCG-AACATGCCATTTCATTTTA---CCATAAAATGA--CTGTATTGTAATG-TATA-ATC-GATT-----ACGTT---------T---TATAATAATGT---CCGTA------GA--ATGTAAAA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----CAACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAAAAAA------A--TTT-AATCA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ACAAA--ATCAAAC-A--TACCCAAAATAAA------GGCAACTATCCG-CCA
gi|115489 : ttTGCTTGCTTAATGCAGCTTTCT--TAAGTATCCAATCACATCAATATGCAGATTGTTT-TGCAGATAGGAAT-CAA--A---AGAGACACA--AATACCATGT-TATGCA-AACACGTCATTTTATTGTA---CCATAAAATGA--CTGTAATGTTATA-TATA-ATT-GATT-----GCATT---------A---TATTATTATGT---GCTTA------GC--ATGTTATA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----TAATATTC-----T-TA
gi|115490 : tttcTGTGCTTGCTTTATACAGCTTTCC--CAAGTATACATCAACACTAATATGCAGTTTTTTTATGCAAAGTGAAAT-CAA--A---ATATACACA--AATACCTCGT-TATGCA-AATATGTCATTTTATTTCA---CCATAAAATGA--TTAAAATGTAATA-AACATAT--GATT-----ACATT---------A---CATTAGAATTT------TA------A-------TATA-TA--CATG-AC-TAGTTAAC----TAACTTTC-----T-TACA------TACTAT----------GACTAGTTAGAAAA------G--T---AATAA--TA---C--TC-TTTTGT-A--ACTAA--AT----C-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGAGCAACTATCCG-CCACT
gi|115491 : ttCTTCATGCAGCTGT-T--TAA-TATCTAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGTAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACA-G--AATACCATGT-TATGCC-AACATGACATTTTATTTTA---CTATAAAATGA--CCATAATGTAATA-TATC-TTT-GACTGTA--ACATT---------A---TGTTATAATGT---GAGTA------GA--ATGTTACA-TA--CATG-AC-TAGTTAAC----TAACGTTC-----T-AACC------TAACAT----------GTCT---------C------T--TTC-AATAA--TA---CT-CT-TTTTGT-A--ACTAATTGTCGAAC-A--TCGCCAC
gi|115492 : tttgtcttaaTATGCTTGCTTAATGCAGCTCTCT--TAAGTATCCAGCTACATCAATATGCAGCT-GTTT-TGCAAATAGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATTTG-AACATGTCATTTTATTGTA---CCATAAAATTA--CTATAATGTTATA-TATA-ATA-AATT-----A---T---------A---CAT----------------------GA--CTATT----------TA-AC-TA------------ACATTC-----T-TACA------AAACAT----------GAC-------------------------ATAA--TT---A--AT-TTCTGT-T--AGTAA--GTCAAAC-A--TTCCCTTATCAAA
gi|115493 : ttTGGTTGCATAAT-CAGGTTTATGTTAATTATCCAACTATATCAATG-ACA-CTTGTTT-T-TAAATGGGAACATAA--T---AAACAAACA--AATACCGTGA-TATGCG-AATATGTCATTTTA----A---TCATATAATGA--CTACATTATAATA-TGTA-AACTGACT-----AGATTAAAATGTAAA---TATCATGATAT------TA------CAACATGTCATA-TA--CAC--ACATCCTTTAC----TAACATTC-----TAAACA------GTATAT----------GACTAG--AATAAGTGTTTTT--TTT-AACAA--TT---A--GC-TTATATAA--ATTCA--ATTAAAG-ACTTTCCCATAG-AAAAAGATGGG
gi|115494 : ttcaACCCAACCACATCAATATGCAGTTTGCTT-TGCAAATATGAAT-CAC--A---A
gi|115495 : tttttgctagcaatcaatctttgcgcatgctttattcCATCA-TAGG-AGCTTGTTT--G-ATATGGGAAT-AAA--ATTGAAATA-ACA--AATACCAAGTCTGTGTATAATATGTCATTTCAAT--------ATAAAATGA--CTGCACTATAATG-AAAG-GTC-AACC-----ACA-----------A---TATTATAA-------CGCA------TT--AAGTTGTA-TA--CA-A-AC-TAATTTAC----TAG-ATTCAAAAAT-T-CG------T-ATAT----------GAC----TAGAA------------TCAAATAA--CAAGTT--AT-TTACAC-A--A-CAA--AAGACAC-A--ATACCGTATTAAAA--GCGGGCAAATATCCA-
gi|115496 : tttgtgcttctttattttatcatttctgttggtacTGTGTTTGCTTAATGCATCTCTCT--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATAGGAAT-CAA--A---AGATACACA--AATACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTGTA---AAATAAAATGA--CTATAATGTTATA-TATA-ATC-GATT-----ACACT---------A---TATTATAATGT---GTGTA------GA--ATGTTATA-TG--CATG-AC-TATTTAAC----TTACATTC-----T-TACA------TAACAT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AATAA--TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCTCAGCAAAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCATT
gi|115497 : TGTGATTGCTAAATGCATCTCTCT--TAAGTATCCAACCATATCAATATGCAACTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-CAA--A---AGATACACT--AATAACATGT-TATACG-AAAATGCTATTTTATTGTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TTTA-ATC-GATT-----GCATT---------A---TAGTATAATAT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----TAAAATTC-----T-TACA------TAACAT----------CAGTAGTAAGAAAA------T--TTC-AATAA--AA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGGGCAACTATCGG-CCACT
gi|115498 : T--TAAGTATCCAACCACATCAATATGCAGCTTGTTT-TGCAAATGGGAAT-AAA--A---AGATACGCA--AA-ACCATGT-TATGCG-AACATGTCATTTTATTTTA---CCATAAAATGA--CTATAATGTAATA-TATG-ATG-GATT-----ACTTT---------A---TATTATAATGT---GCGTA------GA--ATGTTATA-TA--CATG-AC-TATTTAAC----TAGCATTC-----T-TACA------TAACCT----------GACTAGTTAGAAAA------T--TTC-AAGAA--TA---CTTTT-TTCTGT-A--ATTAA--GTCAAAC-A--TTCCCACAGC-AAAAGGTGGGCAACTATCCG-CCACT
gi|115499 : AGCTACATCA-T-TGAAGCTAGTTT-TG-ATATGGGAAT-TAATTA---A-ATGCACA--ATT-CCA-GTATATGTG-AATATGTCATTTTATTTCATTTTTATAAAATGA--C------GCAATATTATA-ATC--ATTATAAAACACC---------T---TATTATAATGTATCATGTAATATGTGA--ATGTCATACTGAAAATGCAA-TAGACAACCCGGTAACA-TC-----T-TATACTGGATCAATACAAAAGTCTGAGACCATTTAACAAA------TAGGTC-ACTA----A---C--ATCTTTTGA-ACTATTCT--AT-ATACTA--TTCCCATTG-AAAAAGGTGGGCAACTTTCTG-CCA
gi|115500 : TC-AAT----TA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAATC-A--TTCCTACAGC-AAAAGATGGGCAACTATCCGTCCAC
gi|115501 : -AATAAGGCA---C--AT-TTCTGT-A--ATTAA--ATCAAAC-A--TTCCCACAGCAAAAA-GTGGGCAATTATCCG-CCACT