lowQualScore : 11 1 22222
lowQualScore : 00 4 2 2 2 33 55555 333 5
lowQualScore : .. . . . . .. ..... ... .
lowQualScore : 99 5 2 2 2 11 11111 222 1
consensus : AATATTCACTTGAAAACGTA-TTTTAAACTCTACAGCTCC-ATAC-T-T--AAAACATGTATAT-T-TTTGGTAAAGAA
Reference ( gi|38569 ) : AATATTCACTTGAAAACGTC-TTTGAAACTCTACAGCTCC-ATAC-T-T--AAGATAAGTATAT-T-TTTGGCAAAGAA
gi|38571 : AATATTCATTTGAAAACGCC-TTTGAA-CTCTACAGCTCC-ATAC-T-T--AAGACATGAATAT-G-TTTGCTAAAAAA
gi|38570 : AATATTCACTGGAAAACTTA-TTTTAAACTCTACAGCTCC-ATAT-T-T--AAAACATGTACAT-T-TTTAGTAAAGAA
gi|38568 : AATATCCACTTGAAAACGCC-TCTTAAACTCTACAGCTCC-ATAT-T-T--AAAACGTGTATAT-T-TTTCGTAAAAA
gi|38572 : AATATTCATATAAAAACATA-TTTTAAACTCTACAGATCA-ATAT-T-T--AAAACATGTATGT-T-TTTGGTAAAGAA
gi|38573 : AATATTCACTTTTAAACGCA-TTT-AAACTCTCCAGCTCC-ATAT-T-T--AAAACATTTCTAT-T-TTTGGTAAAGAA
gi|38574 : AATATCCACTAAAAAACACT-TTTGAAACTCTGTAACTCC-ATAT-T-T--AAAACAGGTATAT-A-TTTTGTAAAAA
gi|38575 : AATACTCACTTGAAAATGTA-TTTTTTACTTTACAGCCCA-ATAC-T-T--AAACCATGAATAG-T-TTTGG
gi|38576 : AATA--CACTTGGGAACGCC-TTTTAAACTCTACAGCTTT-ATTG-T-T--AAACCATGTATATAT-TTT--CAAAAAAt
gi|38577 : ATATCCACTTGGAAACGTC-TTTTAA-CTCTACAGCTCC-GTAC-T-T--AAAAC--GTATAT-T-TTTGGTAAAAAA
gi|38578 : ATATTCACTTGGAAACGTA-TTTCAAACTGTACAGCTCC-ATAC-C-T--AAAGCATGTATAT-CATTTTGTAAAGAA
gi|38579 : ATATTCGCTTGGAAACGTA-TTTCAAATTCTACAGCACA-AAAC-T-T--CAAACATGTTTAT-G-TTTGGTAGAAA
gi|38581 : ATATTCTCTTGAAAACATA-TCTTAAACTCGACGGCTCC-ACACGT-T----------TTTAT-T-TTTGGTAAA
gi|38580 : ATATCCACTTTTAAAGGTAATTTAACGTTC-ACAGCTCG-ATAC-T-T--AAAACATGTATAG-A-TTTGGTAAAGAA
gi|38582 : TATTTGCTTGAAAACGTA-TTTTAAACTCTGCAGCTCC-ATAC-T-T--AAATCGTGTATAT-G-TTTGGTTAAGAA
gi|38584 : TATTCACTTGACAACGTA-TTT-AAACTCTACAGATCCAATAC-TGT--AA-ACATGTATAT-T-TTTGGTTAAGAAa
gi|38583 : TATTCATTTGAAAACGTA-TTTTAATCTCTGCAGCTGT-ATAC-T-TAAAAAATATATATAA-T-TTTGGTAAATAAa
gi|38585 : ATTCACTTGAAAACATA-TTTTAAAATATACAGCTCC-ATAT-T-T--AACACA--TA----T-TTTGATAAAGAA
gi|38586 : AACTCTGCAGCTCC-ATAC-T-T--AAAACATGCATAT-T-TTTAGTAAAGAA
Alignments
lowQualScore : 2 5555
lowQualScore : . ....
lowQualScore : 1 4444
consensus : AATATTCACTTGAAAACGTATTTTAAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAAACATGTATAT--T-TTTGGTAAAGAA
Reference ( family-832 ) : AATATTCACTTGAAAACGTATTTTAAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAAACATGTATAT--T-TTTGGTAAAGAA
gi|38568 : AATATCCACTTGAAAACGCCTCTTAAACTCTACAGCTCC-ATATTTAAAACGTGTATAT--T-TTTCGTAAAAA
gi|38569 : AATATTCACTTGAAAACGTCTTTGAAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAGATAAGTATAT--T-TTTGGCAAAGAA
gi|38570 : AATATTCACTGGAAAACTTATTTTAAACTCTACAGCTCC-ATATTTAAAACATGTACAT--T-TTTAGTAAAGAA
gi|38571 : AATATTCATTTGAAAACGC-CTTTGAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAGACATGAATAT--G-TTTGCTAAAAAA
gi|38572 : AATATTCATATAAAAACATATTTTAAACTCTACAGATCA-ATATTTAAAACATGTATGT--T-TTTGGTAAAGAA
gi|38573 : AATATTCACTTTTAAACGCATTT-AAACTCTCCAGCTCC-ATATTTAAAACATTTCTAT--T-TTTGGTAAAGAA
gi|38574 : AATATCCACTAAAAAACACTTTTGAAACTCTGTAACTCC-ATATTTAAAACAGGTATAT--A-TTTTGTAAAAA
gi|38575 : AATACTCACTTGAAAATGTATTTTTTACTTTACAGCCCA-ATACTTAAACCATGAATAG--T-TTTGGT
gi|38576 : AATA--CACTTGGGAACGCCTTTTAAACTCTACAGCTTT-ATTGTTAAACCATGTATATA-T-TTT--CAAAAAA
gi|38577 : ATATCCACTTGGAAACGTCTTTTAA-CTCTACAGCTCC-GTACTTAAAAC--GTATAT--T-TTTGGTAAAAAA
gi|38578 : ATATTCACTTGGAAACGTATTTCAAACTGTACAGCTCC-ATACCTAAAGCATGTATAT--CATTTTGTAAAGAA
gi|38579 : ATATTCGCTTGGAAACGTATTTCAAATTCTACAGCACA-AAACTTCAAACATGTTTAT--G-TTTGGTAGAAA
gi|38580 : ATATCCACTTTTAAAGGTAATTTAACGTTCACAGCTCG-ATACTTAAAACATGTATAG--A-TTTGGTAAAGAA
gi|38581 : ATATTCTCTTGAAAACATATCTTAAACTCGACGGCTCC-AC-------ACGTTTTTAT--T-TTTGGTAAA
gi|38582 : TATTTGCTTGAAAACGTATTTTAAACTCTGCAGCTCC-ATACTTAAATCGTGTATAT--G-TTTGGTTAAGAA
gi|38583 : TATTCATTTGAAAACGTATTTTAATCTCTGCAGCTGT-ATACTTAAAAAATATATATAAT-TTTGGTAAATAAa
gi|38584 : TATTCACTTGACAACGTA-TTTAAACTCTACAGATCCAATACTGTAAACATGTATAT--T-TTTGGTTAAGAA
gi|38585 : ATTCACTTGAAAACATATTTTAAAATATACAGCTCC-ATATTTAACACATA-------T-TTTGATAAAGAAa
gi|38586 : TCATTTTAA---GTACTTTTAACTCTGCAGCTCC-ATACTTAAAACATGCATAT--T-TTTAGTAAAGAA
Alignments
lowQualScore : 2 5555
lowQualScore : . ....
lowQualScore : 1 4444
consensus : AATATTCACTTGAAAACGTATTTTAAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAAACATGTATAT--T-TTTGGTAAAGAA
Reference ( family-832 ) : AATATTCACTTGAAAACGTATTTTAAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAAACATGTATAT--T-TTTGGTAAAGAA
gi|38568 : AATATCCACTTGAAAACGCCTCTTAAACTCTACAGCTCC-ATATTTAAAACGTGTATAT--T-TTTCGTAAAAA
gi|38569 : AATATTCACTTGAAAACGTCTTTGAAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAGATAAGTATAT--T-TTTGGCAAAGAA
gi|38570 : AATATTCACTGGAAAACTTATTTTAAACTCTACAGCTCC-ATATTTAAAACATGTACAT--T-TTTAGTAAAGAA
gi|38571 : AATATTCATTTGAAAACGC-CTTTGAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAGACATGAATAT--G-TTTGCTAAAAAA
gi|38572 : AATATTCATATAAAAACATATTTTAAACTCTACAGATCA-ATATTTAAAACATGTATGT--T-TTTGGTAAAGAA
gi|38573 : AATATTCACTTTTAAACGCATTT-AAACTCTCCAGCTCC-ATATTTAAAACATTTCTAT--T-TTTGGTAAAGAA
gi|38574 : AATATCCACTAAAAAACACTTTTGAAACTCTGTAACTCC-ATATTTAAAACAGGTATAT--A-TTTTGTAAAAA
gi|38575 : AATACTCACTTGAAAATGTATTTTTTACTTTACAGCCCA-ATACTTAAACCATGAATAG--T-TTTGGT
gi|38576 : AATA--CACTTGGGAACGCCTTTTAAACTCTACAGCTTT-ATTGTTAAACCATGTATATA-T-TTT--CAAAAAA
gi|38577 : ATATCCACTTGGAAACGTCTTTTAA-CTCTACAGCTCC-GTACTTAAAAC--GTATAT--T-TTTGGTAAAAAA
gi|38578 : ATATTCACTTGGAAACGTATTTCAAACTGTACAGCTCC-ATACCTAAAGCATGTATAT--CATTTTGTAAAGAA
gi|38579 : ATATTCGCTTGGAAACGTATTTCAAATTCTACAGCACA-AAACTTCAAACATGTTTAT--G-TTTGGTAGAAA
gi|38580 : ATATCCACTTTTAAAGGTAATTTAACGTTCACAGCTCG-ATACTTAAAACATGTATAG--A-TTTGGTAAAGAA
gi|38581 : ATATTCTCTTGAAAACATATCTTAAACTCGACGGCTCC-AC-------ACGTTTTTAT--T-TTTGGTAAA
gi|38582 : TATTTGCTTGAAAACGTATTTTAAACTCTGCAGCTCC-ATACTTAAATCGTGTATAT--G-TTTGGTTAAGAA
gi|38583 : TATTCATTTGAAAACGTATTTTAATCTCTGCAGCTGT-ATACTTAAAAAATATATATAAT-TTTGGTAAATAAa
gi|38584 : TATTCACTTGACAACGTA-TTTAAACTCTACAGATCCAATACTGTAAACATGTATAT--T-TTTGGTTAAGAA
gi|38585 : ATTCACTTGAAAACATATTTTAAAATATACAGCTCC-ATATTTAACACATA-------T-TTTGATAAAGAAa
gi|38586 : TCATTTTAA---GTACTTTTAACTCTGCAGCTCC-ATACTTAAAACATGCATAT--T-TTTAGTAAAGAA
blockSeqs : A AAT
blockSeqs : . AT
blockSeqs : . CA
blockSeqs : . T
blockSeqs : . T
blockSeqs : . G
blockSeqs : . T
blockSeqs : . T
blockSeqs : . A
blockSeqs : . T
blockSeqs : . T
blockSeqs : . G
blockSeqs : . A
blockSeqs : . T
blockSeqs : . G
blockSeqs : . T
blockSeqs : . T
blockSeqs : . T
blockSeqCons :
originalCons : AATATTCACTTGAAAACGTATTTTAAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAAACATGTATAT--T-TTTGGTAAAGAA
finalCons : AATATTCACTTGAAAACGTATTTTAAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAAACATGTATAT--T-TTTGGTAAAGAA
Alignments
lowQualScore : 2 5555
lowQualScore : . ....
lowQualScore : 1 4444
consensus : AATATTCACTTGAAAACGTATTTTAAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAAACATGTATAT--T-TTTGGTAAAGAA
Reference ( family-832 ) : AATATTCACTTGAAAACGTATTTTAAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAAACATGTATAT--T-TTTGGTAAAGAA
gi|38568 : AATATCCACTTGAAAACGCCTCTTAAACTCTACAGCTCC-ATATTTAAAACGTGTATAT--T-TTTCGTAAAAA
gi|38569 : AATATTCACTTGAAAACGTCTTTGAAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAGATAAGTATAT--T-TTTGGCAAAGAA
gi|38570 : AATATTCACTGGAAAACTTATTTTAAACTCTACAGCTCC-ATATTTAAAACATGTACAT--T-TTTAGTAAAGAA
gi|38571 : AATATTCATTTGAAAACGC-CTTTGAACTCTACAGCTCC-ATACTTAAGACATGAATAT--G-TTTGCTAAAAAA
gi|38572 : AATATTCATATAAAAACATATTTTAAACTCTACAGATCA-ATATTTAAAACATGTATGT--T-TTTGGTAAAGAA
gi|38573 : AATATTCACTTTTAAACGCATTT-AAACTCTCCAGCTCC-ATATTTAAAACATTTCTAT--T-TTTGGTAAAGAA
gi|38574 : AATATCCACTAAAAAACACTTTTGAAACTCTGTAACTCC-ATATTTAAAACAGGTATAT--A-TTTTGTAAAAA
gi|38575 : AATACTCACTTGAAAATGTATTTTTTACTTTACAGCCCA-ATACTTAAACCATGAATAG--T-TTTGGT
gi|38576 : AATA--CACTTGGGAACGCCTTTTAAACTCTACAGCTTT-ATTGTTAAACCATGTATATA-T-TTT--CAAAAAA
gi|38577 : ATATCCACTTGGAAACGTCTTTTAA-CTCTACAGCTCC-GTACTTAAAAC--GTATAT--T-TTTGGTAAAAAA
gi|38578 : ATATTCACTTGGAAACGTATTTCAAACTGTACAGCTCC-ATACCTAAAGCATGTATAT--CATTTTGTAAAGAA
gi|38579 : ATATTCGCTTGGAAACGTATTTCAAATTCTACAGCACA-AAACTTCAAACATGTTTAT--G-TTTGGTAGAAA
gi|38580 : ATATCCACTTTTAAAGGTAATTTAACGTTCACAGCTCG-ATACTTAAAACATGTATAG--A-TTTGGTAAAGAA
gi|38581 : ATATTCTCTTGAAAACATATCTTAAACTCGACGGCTCC-AC-------ACGTTTTTAT--T-TTTGGTAAA
gi|38582 : TATTTGCTTGAAAACGTATTTTAAACTCTGCAGCTCC-ATACTTAAATCGTGTATAT--G-TTTGGTTAAGAA
gi|38583 : TATTCATTTGAAAACGTATTTTAATCTCTGCAGCTGT-ATACTTAAAAAATATATATAAT-TTTGGTAAATAAa
gi|38584 : TATTCACTTGACAACGTA-TTTAAACTCTACAGATCCAATACTGTAAACATGTATAT--T-TTTGGTTAAGAA
gi|38585 : ATTCACTTGAAAACATATTTTAAAATATACAGCTCC-ATATTTAACACATA-------T-TTTGATAAAGAAa
gi|38586 : TCATTTTAA---GTACTTTTAACTCTGCAGCTCC-ATACTTAAAACATGCATAT--T-TTTAGTAAAGAA