lowQualScore : 33 33333333333333333333333333333333333333333333 111 11 11111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222 11111 111111111111 3333333333333333333333333 1111111111111 2222222222 1111 11 222222222222222222 111111 11111 11 333333333333333333 111 222222222222222222 222222222222 11111 1111
lowQualScore : 44 0 11111111111111111111111111111111111111111111 777 555 22 0 3 3 6 0 88 7777 4 4 11111111111 7 555 44 0 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 6 3 999 2 1 0 66666 4 44 444444444444 3333333333333333333333333 2 5555555555555 6666 7777777777 888 6 3 2222 555 7 44 4 6 22 1 44 111111111111111111 3 555 0 3 3 666666 2 1 555 5 2 6666 333 5 77777 0 11111 33 2 44 8 4 111111111111111111 8888 44 111 8 2 0 222222222222222222 444 9999 000000000000 0 33333 77777 444 2 2 4 0000 0 2 1
lowQualScore : .. . ............................................ ... ... .. . . . . . .. .... . . ........... . ... .. . . ............................................................ ..... . . ... . . . ..... . .. ............ ......................... . ............. .... .......... ... . . .... ... . .. . . .. . .. .................. . ... . . . ...... . . ... . . .... ... . ..... . ..... .. . .. . . .................. .... .. ... . . . .................. ... .... ............ . ..... ..... ... . . . .... . . .
lowQualScore : 00 5 44444444444444444444444444444444444444444444 555 888 55 1 1 9 2 3 99 8888 3 0 44444444444 0 444 22 5 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666 7 7 111 9 1 9 44444 4 22 888888888888 6666666666666666666666666 2 9999999999999 5555 8888888888 777 2 1 2222 444 8 22 0 4 00 5 22 000000000000000000 0 444 2 2 5 999999 7 4 000 4 9 1111 444 1 11111 1 99999 77 7 33 1 6 999999999999999999 3333 99 888 7 7 7 222222222222222222 777 3333 666666666666 5 11111 11111 777 7 7 7 9999 6 9 4
consensus : AATGTATAAATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAAGATT---GTC---AA---GTTNGGTC-----G---AAT-C--AATAAT---AAAAT---AGNNGACGAACAGAACGG-ATTTAGGAAAAAGCGNAGCACGAT-NGA---TCATNTNTCA-----T-----CNCTAA---CT--AATATNATTG-----A---ACG-T-AGA-----TTGAAA--AG---G---A-AA---------GN-C-TCTACATT-TGCNGCNTTCATNGATTTTAA--AAAAG-CTTACGA-TA-CTATNAATA--GAAA--T-NTG--CTTTGGAACAAG---TTAT-G-TAAT--A--TNGGNGTGNAT--G------GTAAAAT----G--T-NTANN-GCTGTNAAA-TCTTT-ATAC-GCNTC---TGTTT--CNTCNTGTGTNNGNGTAA--ATG-G--TT----TNAAA---ACCGANTGGTT---TGACGTNAA---NNCTGGTTTAAGACAAG---GNT-G----T-TGTTTATCTC-----CATTATTN--T--TCAAT-TTNTTTATTAATGATTTNGC-N--TATA---AAAT---AAA----AT-C--TCTNGAT-ATTGGA-A------T------CGATAT---TGG-NGATGAAAACAAAGTT-TGTATATTGNTG----TATGCCGACGAT---A-TTG-TNCT---NCTGGCTGAAAATG-AAACGGACTT
Reference ( gi|141220 ) : AATGATTAAATTGTATTGTTATGTTTTAAATAAAAGATT---GTC---AA---GTTCGGTT-----G---AAT-CG-AATAAT---AAAAT---AGAGGACGAACAAAATGG-ATTTAGAAAAAAGAGAAGTACAAT-TGA---CCATTTGTCA-----T-----CATTAA---CT--AACATAATCG-----A---ATG-T-AGA-----TTGAAA--AG---G---A-AA---------GC-C-TCTACATT-TACAGCATTTATAGATTTTAA--GAAAG-CTTACGA-TA-CTATTAATA--GAAA--T-TTA--TTGTGGAACAAG---TTGT-G-TAAT--A--TAGGAGTGAAT--G------GTAAAAT----G--T-ATAAT-GCTATTAAA-TCTTT-ATAT-ACTTC---TGTGT--CATCGTGTGTTCGAATAA--ATG-G--TT----TAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAA---AACTGGTCTGAGACAAG---GGT-G----T-TGTCTATCTC-----CATTACTT--T--TCAAT-TGTTTTGTAAATGATTTTGC-A--TATA---GAAT---AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTGGA-A------T------TAATAT---TGG-AGATGGAAACAAAGCT-TGTATACTGTTA----TATGCTGATGAT---A-TTG-TCCT---TCTGGCTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141219 : AATGTATAAATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAATATT---GTC---AA---GTTGGGTT-----G---AAT-CT-AATAAT---AAAAA---AGAGGACGAACAAAATGG-ATTTAGAAAAAAGAGAAGTGCAAT-TGA---CCATTTGTCA-----T-----CATTAA---CT--AACATAATTG-----A---ATG-T-AGA-----TTGAAA--AG---G---A-AA---------GT-C-TCTACATT-TACAGCATTTATAGATTTTAA--GAAAG-CTTACGA-TA-CTATTAATA--GAAA--T-TTA--TTATGGAACAAG---TTAT-A-TAAT--A--TAGGAGTGAAT--G------GTAAAAT----G--T-ATAAA-AATGTCAAA-TCTTT-ATAT-ACTTC---AGTGT--AACCGTGTGTTCGAATAA--ATA-G--TT----TAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAA---AACTGATCTGAGACAAG---GGT-G----T-TGTCTATCTC-----CATTACTT--T--TCAAT-TGTTTTGTTTATGATTTTGC-T--TATA---AAAT---AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTAGA-A------T------TGATAT---TGG-AGATGGAAACAAAGCT-TGTTTACTGTTA----TATGCTGATGAT---A-TTG-TCCT---TCTGCCTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141218 : AATGTATAAATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAATATT---GTC---AA---GTTGGGTT-----G---AAT-CT-AATAAT---AAAAA---AGAGGACGAACAAAATGG-ATTTAGAAAAAAGAGAAGTGCAAT-TGA---CCATTTGTCA-----T-----CATTAA---CT--AACATAATTG-----A---ATG-T-AGA-----TTGAAA--AG---G---A-AA---------GT-C-TCTACATT-TACAGCATTTATAGATTTTAA--GAAAG-CTTACGA-TA-CTATTAATA--GAAA--T-TTA--TTATGGAACAAG---TTAT-A-TAAT--A--TAGGAGTGAAT--G------GTAAAAT----G--T-ATAAA-AATGTCAAA-TCTTT-ATAT-ACTTC---AGTGT--AACCGTGTGTTCGAATAA--ATA-G--TT----TAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAA---AACTGATCTGAGACAAG---GGT-G----T-TGTCTATCTC-----CATTACTT--T--TCAAT-TGTTTTGTTTATGATTTTGC-T--TATA---AAAT---AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTAGA-A------T------TGATAT---TGG-AGATGGAAACAAAGCT-TGTTTACTGTTA----TATGCTGATGAT---A-TTG-TCCT---TCTGCCTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141221 : AATGTATAAACTGTTTTGCTATGTTTTAAATCAAAGATT---ATC---AA---AGAGGGTC-----G---AAT-CA-AATAAT---AAATT---AGAACAAGAACAAAATGG-ATTTAGAAAAAAGAGAATCACAAA-AGA---TCATCTGTCA-----TGTCATCATTGA---CT--AACATTATCG-----A---AAC-T-CGA-----ATACAA--TG---------AA---------GCTC-TCTACGTA-TACAGCATTTATCGATCTCAA---AAGG-CTTACGA-TA-CTGTTAATA--GAAA--T-TTA--CTATGGAATAAA---TTAT-G-TTAT--A--TGGGAGTGAAC--G------GTAAAAT----G--T-TTAAA-GCGGTTAAA-TCTTTTATTT-ACTAC---TGTAT--CATCTTGCGTCCGTATTA--ATGTG--TT----TAAAA----CCGATCGGTT---TGACGTAAA---AACCGGCCTAAAACAAG---GTT-G----C-TGTTTGTCTC-----CATTACAG--T--TCAAC-TGTTTTGTTAATGATTTTGC-T--TATA---AAGT---GAA----AG-C--CTTAGAT-ATTGGA-A------T------AGATAT---TGG-TAGTGAAAACAAAGCT-TGTATAATGTTA----TATGCTGATGAT---A-TTGTTTTT---TCTGGCTGAAAATG-AGGCAGATTT
gi|141222 : AATGTATATATTGCATAGTTCTGTTTTAAACCACAGATT---GTC---TT---TTTAGATG-----G---AAT-CA-AATGAT---AAACT---TGTAGATGAACAAAAT-A-ATTTAAGGGGAAAATGAGTACTAT-AGA---TCATTTATCA-----T-----CCCTGT---CT------TATTCGATTAAA---ACA-C-GGA-----TT-AAA--AG---A---A-AA---------TT-G-TCTACGTA-TACTGCTTTCATTGATTTTTA--AAAAG-CATAT-A-TAGCTATAAA
gi|141223 : TAAATTGTATAGTTCTATATTGAATAA----TC---GTC---TATATATTTGGTC-----GGAAAAT----AATAAT---AAAAT---TGTTGACGAGCAGAATGG-TTTTCGGAAAAAACGTAGCACAAT-AGA---CCAACTTTCA-----T-----CTCTAA---CA--AATATTATAG-----A----TACT-AG--------GAAA--AA---GCTTA-AA---------CG-C-TCTACATTCTGT-GCTTTAATTGATTTTAA--AAAAG-CTTACGATTA-C-ATCAATA--GAGA--C-AAG--CTTTGGGAAAGA---TTGCAG-T-GT--A--TTGGTGTTTCT--A------GTAAAAT----GCTT-GTA---GCTGTCAAA-TCTTT-ATAT-GCATC---TGTTT--CCTCCTGTGTGAGGGTAA--ATA-A--TT----TTTAT---ACCAATTGGTT---TCCAGTGAA---TTCTGGTTTAAGACAAG---GCT-G----T-TCATTGTCAC-----CCGTATTA--T--TCAAT-TTGTTTATAAATGACCTAGC-A--T-TAC--GTAT---AAA----AT-C--CCTTGGT-AAAGGT-A------T------CTGTAT---TGA-TAATGAAAAT---GTT-AGCATTTTAATG----TATGCTGATGAT---A-TTG-TACT---TCTTGCTGAAAATG-AA
gi|141224 : atgtaTACATTGTATAGTTCTATATTGAATAA----TC---GTCTATAA---ATTTGGTC-----G---GAA-AGTAATAAT---AAAAT---TGTTGACGAGCAGAATGG-TTTTCGGAAAAAACGTAGCACAAT-AGA---CCAACTTTCA-----T-----CTCTAA---CA--AATATTATAG-----A----TACT-AG--------GAAA--AA---GCTTA-AA---------CG-C-TCTACATTCTGT-GCTTTCATTGATTTTAA--AAAAG-CTTACGACTA--TATCAATA--GAGA--C-AAG--CTTTGGGAGAGA---TTGCAG-TG-T--A--TTGGTGTTTCT--A------GTAAAAT----G--C-ATGTA-GCTGTCAAA-TCTTT-ATAT-GCATC---TGTTC--CCTCCTGTGTGAGGGTAA--ATA-A--TT----TTTAT---ACCAACTGGTT---TCAAGTGAA---TTCTGGTTTAAGACAAG---GCT-GTTCAT-TGTC-ATCCG-----TATTA-----T--TCAAT-TTGTTTATAAATGACCTAGC-A--T-TAC--GTAT---AAA----AT-C--CCTTGGT-AAAGGT-A------T------CTGTTT---TGA-TAATGAAAAT---GTT-AGCATTTTAATG----TATGTTGATGAT---A-TTG-TACT---ACTTGCTGAAAATG-AA
gi|141229 : atgtaTAAAATGTATTGTAATATTTTAAATAGCCGTTTAA-GTG---AA---TTTTG--T-----G---AA-----AACAATTCAAAAAT---AGTCGATGAACAGAACGG-ATTTAGGAAGAAGCGTAGTACGAT-AGA---TCATATTTTA-----T-----CACTTA---CT--AGTATTATTG-----A----TA-CCAG--------GAAA--AA---GCT-A-AA---------GA-AGTCTACATT-TTGTGCTTTCATAGACTTTCA--AAAAG-CTTATGA---------------GGTA--T-ATG--CTTTGGAA-AAGACTTCAT-GATAAT-------GGTATCTGT--G------GTAAGAT----G--C-TTCTT-GCT-TGAAAGTCATT-ATAC-GTCTC---TGTTT--CGTAATGTG----AATAA--CCG-----T----TAAA-----CTGAGTGGTT---TGATGTACA---ATGTGGGTTAAGACAAG---GGT-G----T-GTTTTATCTC-----CTTTTTTG--T--TTAAT-TTATTTATTAATGATTTTGC-AT-TGTATTTGAA----AAG----A------CTTAAT-ATTGG-----------------AATAT---CGGTAAATAATGATAACATT-TGTATTTTAATG----TATGCCGACGAT---A-TCG-TTCT---ATTGGCAGAAAATG-AAACAGATTT
gi|141228 : tgtaTACATTGTATTGTTATGTGTCAAAAACAATATT---GTG---AA---GTTGGGTT-----G---AAT-CT-TATAAT---AAATT---AGAGGATAAA-AAAATGG-ATTTAGAAAAAACATAAGTAAGAT-TGA---TCATTTGTCT-----T-----CGTTAA---CT--AATATAATTG-----A---ACG-C-ATA-----TTGGAA--AG---G---A-AA---------GT-C-TCCACGTT-T-------------ATTTGAA--TCAA-----------A-CTCTTAATA--CAAATTT-TTA--CT-TGAAACAAG---CTAT-G-CAAT--A--TAGGAATGAAT--
gi|141226 : tataTAAAATATATTGTAATATTTTGAATAACC-ATTAAAGTT---AA---TTTTG--T-----G---AA-----AACAGTTCCAAAAT---AGTCGATGAACAGAACGG-GTTTAGGAAGAAGCGTAGAACGATATG----TCATATTTCA-----A-----CTCTTA---CT--AGTATTATTG-----ATACATG-T-AGC-----AGGAAA--AGCTAA---ATAA---------G----TCTACATT-TTGTGCTTTCAAAGACTTTCG--AAAAG-CTGATGA-TT-ATATAAATA--GTGA--T-ATG--CTTTGGAA-AAGACTTTAT-GATAAT-------GGTATCTGT--G------GTAAGAT----G--C-TTTTT-GCT-TTAAAGTCATT-CCAT-GTCTC---TATTT--CGTCATGTGT---AATAGTGATG-ACCTT----TAAA-----CTGAGTGGTT---TAATGTACA---CTGTGGGCTAAGACAAA---AGT-G----T-GTTTTATCTC-----CTTTGTTG--T--TTAAT-TTATTTATTAATGATTTGGC-T--T-T----GTATTTGAAA----AG-C---CTTAAT-ATTGGA-A------TATCGGGTAATA----------ATGATAACA---TT-TGTAT----TTAAGTGCATGCCGACGAT---A-TCG-TTCT---ATTGGCAGGAAATG-AAACAGATT
gi|141227 : atgtaAAATTATATTGTAATGTTTTGAATGAACGTCT---AAC---AC---GCT-GG-------G---AACGTG-AA-AAC---GAAATTATAAATGACGAACAAAACGG-GTTCAGAAAAGGACGTAGCACAAC-GGA---TCACATACTA-----T-----CTTTAA---C----ACA-AATT------------------A-----TTGAAACCAG---A---A-AATTAAAACGTGT-A-TCTACATT-CGCAGCCTTTATAGACTTTAG--GAAAG-CATATGA-CG-CAATCAACA--GGAG--A-CTG--CTTTTTAAAAAA---TTAA-A-GGAT--C--TTGGGCT--ATCAG------GCCGTAT----G--T-TTACA-GCAATACAA-TCTTT-ATATGA---C---GGTGTAAGATGCTGTGTACGTATTA--ATG-G--GA----TGAAA---ACAAACTGGTT---CTCTGTTAA---CTGTGGATTGAAACAAG---GCT-G----T-AATTTG--TC-----AACTATTTTAT--TTAAT-CTTTATATCAACGATCTTGT-T--GAAA---AGAT---AAA----CG-C--TCTCAAT-AGAGGT-A------T------TAACGT---TAA-CGATGAA---AAAGTG-TCTGTTCTTCTG----TACGCCGACGATCTAA-TTA-TACTGGCTTCATCTGAAAACG-A
gi|141225 : atttacTTGTAATATTTTAAATAG----CT---GTTT--AA---GT--GATTTTTGTG---AAC-----ATAACTCCAAAAT---AGTCGATGAACAGAACGG-GTTTAGGAAGAAGCGTAGTACCAC-GGA---TCACATCTCA-----T-----CGCTTA---CT--AGTATTATTA-----AT--ACG-A-GGA-------AAAA--AC---A---A-AA---------GA-AGTCTACATT-TTGTGCTTTCATAGACTTTCG--TAAAG-CTTATGACTA--TATAAATA--GAAA--T-ATG--CTTTGGAA-AAGACTTTTT-GATAAT-------GGTATCTGT--G------GTAAAAT----A--C-TTCTT-GCTTTAAAA-TCATT-ATAC-GTCTC---TGTTT--CGTCATGTGTTAGAGTGA--ATA-A--CC----TTAAT---ACAGAGTGGTT---TGATGTGCA---CTGTGGGTTAAGACAAG---GTT-G----TATAT-TATCTC-----CTTTATTG--T--TTAAT-TTATTCATTAATGATTTGGC-T--T-TA---TATTTG-AAA----AG-C---CTTAAT-ATTGGA-ATATCGGT------TAATA----------ATGATAACA---TT-TGTATTTTAATG----TATGCCGATGAT---A-TCG-TACT---ATTAGCCGAAAATG-AAACTGATTT
gi|141230 : atgtataacattt-AATAAC---AAAAT---TGCAGATGAACAGAATGT-GTTCAGACACAATAGAA-CACA-T-CGA----------------------------AA---CTTCAACA-AGT-------A---TTA-T-AGA--------AAC--AA---G---A-AA---------G----------------AAAATTTAAAGATTTTAG--AAATG-CATCTGA-TT-ATATAAATA--GAAA--C-AAG--CTTTGAAA-ACG---TT-T-G-TA-------T-GAAATAAAT--GTACTAAGTAAATT----G----ATAACAGCTATTAAA-TCGTT-ATAT----TCAAATGTAT--CTGCATGTGTTTAGGTAA--ATGCG--TT----TTGCA---GCTGATTGGTT---TAATGTTAG---TTCAGGTTTGAGACAAG---GCT-G----T-TCTCTTTCTC-----CTCTCCTT--T--TTAAT-CTATTTATTAATAACCTAAA-AATTAAA---AAAA---ACA----ATGC--ACTTGGT-AAAGGT-A------T------ATATAT---TGA-CAATG--AGCGTA-TT-TCTTTACTTTTA----TTTGCTGACGAT---A-TTG-ATTT---AATAGCTGATAACGCAAACG
gi|141231 : CAAAATGGTATTC-GAAAGAAACGTAGCACTAT-TGATCACCATTGGTCAGATTTC-----CTTTAAATACT--AATATTATCG-----A---AAC-T-AGGGAAACTTAAAC--AA---T---A-AA---------------CTG--TT-TGC-GCATTTATTGATTTAAA--AAAAGGCCTATGA-GT-TTATCAATA--GAGG--T-TAACTTTG-GGAAC--G---CT-----TAATGTA--TAGAAGTGTTTCAG------ATGAAAT----G--TTAAAATCGGTA--AAA-TCTTT-GTAC-AATTC---AGTTT--CATCTTGTGT
gi|141232 : TTTATTGATTTTAAAAGACAG---TATGC-TT-TTGTTAAAAAAGAAA--CCTTA--TTG---AATAAA---CT-T-G-CAAA--AGCTCGGATTGA-T--G------GAGAAAT----G--T-TTAAA-GCAGTAAAA-TCCTT-ATAC-AATAT---TGTTT--CTTCGTGTTTAAGAGTAA--ATG-G--TTGTTGT-------ACTGACTGTTT---TGATGTTAATGTAA--GGT-TAAGGCAGG---GCT-G----T-TCCTTATCGC-----CATT--TT--TACTTAATATG-TTTATCAATGATTCAGCAA--TAT------------------AT-C--TGTAGGTCAACGGACA--------------GATAT---AGG-AGATTGTGAAAAGGTG-TGTATATTTTTT----TATGCAGACGAT---G-TTG-TTCT---GCTTTCTGACAATG-AAGTTGATTT
gi|141233 : T--A------GTAAAATCCTTG--T-A-----GCTGTTAAT-TCTTT-ATAT-GCATC---TATTT--CCTCCTGTGTGAGGGTAA--ATA-A--TT----TTTAT---ACCTACTGGTT---TCAAGTGAA---TTCTGGTTTAAGACAAGGCTGGTCG----T-TGTC-ACCTT-----TATTA-----T--TCAAT-TTGTTTATAAATGACCTAAC-A--T-TAC--GTAT---AAA----AG-C--CC-------TTGG----------------TAA----------AGGT--------ATC--TGTAT--TAATG----TATGCTGATGAT---A-TTG-AACT---ACTTGCTGAAAATG-AAAAAAACTT
gi|141234 : CATGTGTTCGCATAA--ATA-A--T-------AAACTTACTGAGTGGTTCTTTGGC---AA---CACTGGTTTAAAGCAGG---GAG-G----C-AAT--ATTTCACCAACATTATTT--T--TCTAT-A--TTCGCAAATGGCCTTGC-A--AAAG---AAAT---AAAT---GT-C---CTAGAT-CTTGGA-A------T------AAATAT---TGG-CGAT---AATAAA-CTATCGACATTGCTT----TATGCTAACGAT---ATTTG-TCTT---T
gi|141235 : cAG---AACTGGTCTAAGGCAGG---GTT-G----T-TGCTTATCTC-----GAATATTA--T--TCAAT-TGTTTTGTAAATGATTTAGC-T--TTTA---AACT---AAAAAATAT-TGGTTTAGAT-ATAAAT-A------T------CGATATAAATGA-AGATGAA---AAAGTA-TGCTTATTGTTG----AATGCTGACGAT---T-TTG-TTTT---GTTGACGGAAAATG-AATTGGACT
gi|141236 : --T--TCTAT-TGTTTTGTTAATGCTTTTAA-T--TGTA---AAAT---AAA----AT-C--TTTAGAT-GTTGGA-A------T------AGACAT---TGG-TCGTGAAAACAAAAC---G---------A----TATGCTGACGAT---A-TTG-TC------CTGGTTGAAAATG-AAAC
Alignments
lowQualScore : 2222 111 111 22222 111 11111111111 22222222222222222222 111111 11111 222 11111 1 111 1111 111111111111 111 11
lowQualScore : 3 0000 000 999 777777777 1 777 000 88888 3 666 555 22 1 2 2 1 4 4 1 555 1 1 00000000000 1 555 2 1 44 2 99999999999999999999 444444 33333 5 000 3 2 1 777777 2 0 44444 1 33 1 2 1 000 7777 2 0000 6666 1 555 77 1 22 0 1 2 2 1 1 1 1 1 44 1 55 77 5555 2 1 555 2 2 22 0 1 33 555 2 5 2 0 1 22 2 1 999999999999 1 7 66 7777 2 000 1 2 33 88888888 444 777777 444 0 1 00 2 3 2 33 2 2 1 1 777777 2 0
lowQualScore : . .... ... ... ......... . ... ... ..... . ... ... .. . . . . . . . ... . . ........... . ... . . .. . .................... ...... ..... . ... . . . ...... . . ..... . .. . . . ... .... . .... .... . ... .. . .. . . . . . . . . . .. . .. .. .... . . ... . . .. . . .. ... . . . . . .. . . ............ . . .. .... . ... . . .. ........ ... ...... ... . . .. . . . .. . . . . ...... . .
lowQualScore : 3 2222 444 222 444444444 0 222 444 33333 1 222 444 00 4 9 9 9 8 5 0 000 0 0 11111111111 0 000 9 0 33 9 66666666666666666666 999999 99999 7 111 0 5 9 777777 7 2 00000 9 99 0 9 9 000 0000 9 6666 0000 0 111 33 0 00 6 0 9 9 4 0 7 0 0 00 0 11 99 3333 7 0 000 2 0 00 1 0 77 666 7 3 3 3 0 55 6 0 000000000000 2 5 99 8888 5 555 0 5 66 33333333 444 333333 444 1 8 77 5 0 1 22 6 7 9 0 777777 7 4
consensus : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TNGGTCG---AA--TC-AA-TAAT---AAA---ATAGNNGACGAACAGAATGG-ATTT-AGGAAAAAGCGTAGCACGATNGATCA---TNTNTCA-----T-----CNCTAA---C-TAATATTATT-G-A---AC--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAG-NC-TCTACATT-TNCNGCNTTCATNGATTTTAAAAAA------G-CTTACGA-TA-CTATNAATAGAAA--TNTGCTTTGG-AACAAG---TT---AT-GTA--ATA--TNGGAGTGTAT--GGTAAAATGCTTANAGCTGTNAAA-TCTTT-ATACGCNTCTGTTTCNTCNTGTGTNNGAGTAAATG-GTTTTNAA---ACCGANTGGTT---TGACGTNAANNCTGGTTTAAGACAAGGNTGT--TNT-TT-ATC-TCCNTTATTNTTCAATTTNTTTGTNAATGATTTNGC---N--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTNGAT-ATTGGA--ATC-GATAT---TGG----NGA---TGAAAACAAAGT-TTGTATATTGNTGTATGCTGACGATATTG-TNCTNCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
Reference ( family-829 ) : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TNGGTCG---AA--TC-AA-TAAT---AAA---ATAGNNGACGAACAGAACGG-ATTT-AGGAAAAAGCGNAGCACGATNGATCA---TNTNTCA-----T-----CNCTAA---C-TAATATNATT-G-A---AC--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAG-NC-TCTACATT-TGCNGCNTTCATNGATTTTAAAAAA------G-CTTACGA-TA-CTATNAATAGAAA--TNTGCTTTGG-AACAAG---TT---AT-GTA--ATA--TNGGNGTGNAT--GGTAAAATGTNTANNGCTGTNAAA-TCTTT-ATACGCNTCTGTTTCNTCNTGTGTNNGNGTAAATG-GTTTNAAA---ACCGANTGGTT---TGACGTNAANNCTGGTTTAAGACAAGGNTGT--TGT-TT-ATC-TCCATTATTNTTCAATTTNTTTATTAATGATTTNGC---N--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTNGAT-ATTGGA--ATC-GATAT---TGG----NGA---TGAAAACAAAGT-TTGTATATTGNTGTATGCCGACGATATTG-TNCTNCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141218 : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAATATT---GTC---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTAA-TAAT---AAA---AAAGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGAAGTGCAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATAATT-G-A---AT--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAG-TC-TCTACATT-TACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTATGG-AACAAG---TT---AT-ATA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAAAAATGTCAAA-TCTTT-ATATACTTCAGTGTAACCGTGTGTTCGAATAAATA-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGATCTGAGACAAGGGTGT--TGT-CT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTTTATGATTTTGC---T--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTAGA--ATT-GATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTTTACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGC------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141219 : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAATATT---GTC---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTAA-TAAT---AAA---AAAGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGAAGTGCAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATAATT-G-A---AT--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAG-TC-TCTACATT-TACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTATGG-AACAAG---TT---AT-ATA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAAAAATGTCAAA-TCTTT-ATATACTTCAGTGTAACCGTGTGTTCGAATAAATA-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGATCTGAGACAAGGGTGT--TGT-CT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTTTATGATTTTGC---T--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTAGA--ATT-GATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTTTACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGC------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141220 : AATGATTAA-ATTGTATTGTTATGTTTTAAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TCGGTTG---AA--TCGAA-TAAT---AAA---ATAGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGAAGTACAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATAATC-G-A---AT--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAG-CC-TCTACATT-TACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTGTGG-AACAAG---TT---GT-GTA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAATGCTATTAAA-TCTTT-ATATACTTCTGTGTCATCGTGTGTTCGAATAAATG-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGGTCTGAGACAAGGGTGT--TGT-CT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTAAATGATTTTGC---A--TAT---AGA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTGGA--ATT-AATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTATACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141221 : AATGTATAA-ACTGTTTTGCTATGTTTTAAATCAAAGATT---ATC---AA---AG----AGGGTCG---AA--TC-AAATAAT---AAA---TTAGAACAAGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGAATCACAAAAGATCA---TCTGTCA-----TGTCATCATTGA---C-TAACATTATC-G-A---AA--CTCGA-----AT-ACAAT--G---AAGC-TC-TCTACGTA-TACAGCATTTATCGATCTCAAAAG-------G-CTTACGA-TA-CTGTTAATAGAAA--TTTACTATGG-AATAAA---TT---AT-GTT--ATA--TGGGAGTGAAC--GGTAAAATGTTTAAAGCGGTTAAA-TCTTTTATTTACTACTGTATCATCTTGCGTCCGTATTAATG-TGTTTAAA---ACCGATCGGTT---TGACGTAAAAACCGGCCTAAAACAAGGTTGC--TGT-TT-GTC-TCCATTACAGTTCAACTGTTTTGTTAATGATTTTGC---T--TAT---AAA-GT--GAA----AG-C--CTTAGAT-ATTGGA--ATA-GATAT---TGG----TAG---TGAAAACAAAGC-TTGTATAATGTTATATGCTGATGATATTGTTTTTTCTGG------CTGAAAATG-AGGCAGATTT
gi|141222 : AATGTATAT-ATTGCATAGTTCTGTTTTAAACCACAGATT---GTC---TT---TT----TAGATGG---AA--TCAAA-TGAT---AAA---CTTGTAGATGAACAAAAT-A-ATTTAAGGGGAAAATG-AGTACTATAGATCA---TTTATCA-----T-----CCCTGT---C-TTATTCGATTAA-A---AC--ACGGA-----TT-AAAAG--A---AAAT-TG-TCTACGTA-TACTGCTTTCATTGATTTTTAAAAA------G-CATAT-A-TAGCTATAAA
gi|141223 : ATGTATAA-ATTGTATAGTTCTATATTGAATAA----TC---GTC---TATATAT----TTGGTCGGAAAA--T--AA-TAAT---AAA---ATTGTTGACGAGCAGAATGG-TTTT-CGGAAAAAACGTAGCACAATAGACCA---ACTTTCA-----T-----CTCTAA---C-AAATATTATA-G-AT--AC---TAG--------GAAAAA--GCTTAAAC-GC-TCTACATTCTG-TGCTTTAATTGATTTTAAAAAA------G-CTTACGATTA-C-ATCAATAGAGA--CAAGCTTTGG-GA-AAG---AT----T-GCAGTGTA--TTGGTGTTTCT--AGTAAAATGCTTGTAGCTGTCAAA-TCTTT-ATATGCATCTGTTTCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCAATTGGTT---TCCAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGT--TCA-TT-GTC-ACCCGTATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCTAGC---A--T-T---ACGTAT--AAA----AT-C--CCTTGGT-AAAGGT--ATC-TGTAT---TGA----TAA---TGAAAAT---GT-TAGCATTTTAATGTATGCTGATGATATTG-TACTTCTTG------CTGAAAATG-AA
gi|141224 : ATGTATAC-ATTGTATAGTTCTATATTGAATAA----TC---GTCTATAA---AT----TTGGTCGGA-AA--GT-AA-TAAT---AAA---ATTGTTGACGAGCAGAATGG-TTTT-CGGAAAAAACGTAGCACAATAGACCA---ACTTTCA-----T-----CTCTAA---C-AAATATTATA-G-AT--AC---TAG--------GAAAAA--GCTTAAAC-GC-TCTACATTCTG-TGCTTTCATTGATTTTAAAAAA------G-CTTACGACTA--TATCAATAGAGA--CAAGCTTTGG-GAGAGA---TT---GCAGT---GTA--TTGGTGTTTCT--AGTAAAATGCATGTAGCTGTCAAA-TCTTT-ATATGCATCTGTTCCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCAACTGGTT---TCAAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGT--TCA-TT-GTCATCCG-TATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCTAGC---A--T-T---ACGTAT--AAA----AT-C--CCTTGGT-AAAGGT--ATC-TGTTT---TGA----TAA---TGAAAAT---GT-TAGCATTTTAATGTATGTTGATGATATTG-TACTACTTG------CTGAAAATG-AA
gi|141225 : ATGTATAACATT-T-TTGTAATATTTTAAATAG----CT---GTTT--AA---GTGATTTTTGT-G---AA--C---A-TAACTCCAAA---ATAGTCGATGAACAGAACGG-GTTT-AGGAAGAAGCGTAGTACCACGGATCA---CATCTCA-----T-----CGCTTA---C-TAGTATTATT-A-AT--AC--GAGGA-------AAAAAC--A---AAAGAAG-TCTACATT-TTGTGCTTTCATAGACTTTCGTAAA------G-CTTATGACTA--TATAAATAGAAA--TATGCTTTGG-AAAAGA---CT---TT-TTG--ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAAATACTTCTTGCTTTAAAA-TCATT-ATACGTCTCTGTTTCGTCATGTGTTAGAGTGAATA-ACCTTAAT---ACAGAGTGGTT---TGATGTGCACTGTGGGTTAAGACAAGGTTG---TATATT-ATC-TCCTTTATTGTTTAATTTATTCATTAATGATTTGGC---T--T-T---ATA-TTTGAAA----AG-C---CTTAAT-ATTGGAATATC-G--GT---TAA----TAA---TGATAACA---T-TTGTATTTTAATGTATGCCGATGATATCG-TACTATTAG------CCGAAAATG-AAACTGATTT
gi|141226 : ATGTATAA-AATATATTGTAATATTTTGAATAACC-ATTAAAGTT---AA---TT----TTG--TG---AA-----AA-CAGTTCCAAA---ATAGTCGATGAACAGAACGG-GTTT-AGGAAGAAGCGTAGAACGATATGTCA---TATTTCA-----A-----CTCTTA---C-TAGTATTATT-G-ATACAT--GTAGC-----AGGAAAAGCTA---AATA-AG-TCTACATT-TTGTGCTTTCAAAGACTTTCGAAAA------G-CTGATGA-TT-ATATAAATAGTGA--TATGCTTTGG-AA-AAGACTTT---AT-G----ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAGATGCTTTTTGCTTTAAAG-TCATT-CCATGTCTCTATTTCGTCATGTGTAATAGT-GATG-ACCTTTAA---ACTGAGTGGTT---TAATGTACACTGTGGGCTAAGACAAAAGTGT--GTT-TT-ATC-TCCTTTGTTGTTTAATTTATTTATTAATGATTTGGC---T--T-T---GTA-TTTGAAA----AG-C---CTTAAT-ATTGGA-------ATAT---CGGGTAATAA---TGATAACA---T-TTGTATTTAAGTGCATGCCGACGATATCG-TTCTATTGG------CAGGAAATG-AAACAGATT
gi|141227 : ATTTACAA-ATTATATTGTAATGTTTTGAATGAACGTCT---AAC---AC---GC----TGG---G---AACGTG-AA--AAC---GAAATTATAAATGACGAACAAAACGG-GTTC-AGAAAAGGACGTAGCACAACGGATCA---CATACTA-----T-----CTTTAA---CACAA-ATTATT-GAA---ACCAGAAAA-----TTAAAACG--T------G-TA-TCTACATT-CGCAGCCTTTATAGACTTTAGGAAA------G-CATATGA-CG-CAATCAACAGGAG--ACTGCTTTTT-AAAAAA---TT---AA-AGG--ATC--TTGGGCTATCA--GGCCGTATGTTTACAGCAATACAA-TCTTT-ATATGACGGTGTAAGATGCTGTGTACGTATTAATG-GGATGAAA---ACAAACTGGTT---CTCTGTTAACTGTGGATTGAAACAAGGCTGT--AAT-TT-GTCAACTATT-TTATTTAATCTTTATATCAACGATCTTGT---T--GAA---AAG-AT--AAA----CG-C--TCTCAAT-AGAGGT--ATT-AACGT---TAA----CGA---TGAAAA-AGTGT-CTGT-TCTT-CTGTACGCCGACGATCTAA-TTATACTGGCTTCATCTGAAAACG-
gi|141228 : TATATAC-ATTGTATTGTTATGTGTCAAAAACAATATT---GTG---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTTA-TAAT---AAA---TTAGAGGATAAA-AAAATGG-ATTT-AGAAAAAACATAAGTAAGATTGATCA---TTTGTCT-----T-----CGTTAA---C-TAATATAATT-G-A---AC--GCATA-----TTGGAAAG--G---AAAG-TC-TCCACGTT-T-------------ATTTGAATCAA-----------------A-CTCTTAATACAAATTTTTAC-TTGA-AACAAG---CT---AT-GCA--ATA--TAGGAATGAAT--
gi|141229 : TGTATAA-AATGTATTGTAATATTTTAAATAGCCGTTTAA-GTG---AA---TT----TTG--TG---AA-----AA-CAATTCAAAA---ATAGTCGATGAACAGAACGG-ATTT-AGGAAGAAGCGTAGTACGATAGATCA---TATTTTA-----T-----CACTTA---C-TAGTATTATT-G-AT--AC---CAG--------GAAAAA--GCT-AAAG-AAGTCTACATT-TTGTGCTTTCATAGACTTTCAAAAA------G-CTTATGA-------------GGTA--TATGCTTTGG-AA-AAGACTTC---AT-G----ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAGATGCTTCTTGCT-TGAAAGTCATT-ATACGTCTCTGTTTCGTAATGTG----AATAACCG---TT--AA---ACTGAGTGGTT---TGATGTACAATGTGGGTTAAGACAAGGGTGT--GTT-TT-ATC-TCCTTTTTTGTTTAATTTATTTATTAATGATTTTGCATTG--TATTTGAAA-AG--A-------------CTTAAT-ATTGGAATATC-GGTA-----AA----TAA---TGATAACA---T-TTGTATTTTAATGTATGCCGACGATATCG-TTCTATTGG------CAGAAAATG-AAACAGATTT
gi|141230 : -AA-TAAC---AAA---ATTGCAGATGAACAGAATGT-GTTC-AGA-----------CACAATAGAACA---CATCGAA-----A-----CTTCAA---C-AAGTATTAT--------------AGA--------AACAA--G---AAAG-A-----AAATT-T---------AAAGATTTTAGAAAT------G-CATCTGA-TT-ATATAAATAGAAA--CAAGCTTTGA-AA-ACG---TTTGTAT-GAA--ATA------AATGTACTAAGTAAATTGATAACAGCTATTAAA-TCGTT-ATATTCAAATGTATCTGCATGTGTTTAGGTAAATGCGTTTTGCA---GCTGATTGGTT---TAATGTTAGTTCAGGTTTGAGACAAGGCTGT--TCT-CT-TTC-TCCTCTCCTTTTTAATCTATTTATTAATAACCTAAA---AATTAA---AAA-AA--ACA----ATGC--ACTTGGT-AAAGGT--ATA-TATAT---TGA----CAA---TGAGCGTA---T-TTCTTTACTTTTATTTGCTGACGATATTG-ATTTAATAG------CTGATAACGCAAACG
gi|141231 : CAAAATGGTATTC--GAAAGAAACGTAGCACTATTGATCACCATTGGTCAGATTTC-----CTTTAAATAC-TAATATTATC-G-A---AA--CTAGGGAAACTTAAACAA--T---AAA------CTG--TT-TGC-GCATTTATTGATTTAAAAAAA------GGCCTATGA-GT-TTATCAATAGAGG--TTAACTTTGGGAACGCT---TA---AT-GTA-------TAGAAGTGTTTCAGATGAAATGTTAAAATCGGTAAAA-TCTTT-GTACAATTCAGTTTCATCTTGTGT
gi|141232 : TTTATTGATTTTAAAAGACAGTATG-CTTTTGT-TA-----AAAAAGAAA--CCTTATT--G-AATAAA---CT----T-GCA--AAAGCTCGGATTG-AT--GGAGAAATGTTTAAAGCAGTAAAA-TCCTT-ATACAATATTGTTTCTTCGTGTTTAAGAGTAAATG-GTTGTTGT---ACTGACTGTTT---TGATGTTAATGTAAGGTTAAGGCAGGGCTGT--TCC-TT-ATC-GCCATTTTTACTTAATATGTTTATCAATGATTCAGC--------------A-AT---AT----AT-C--TGTAGGTCAACGGA----CAGATAT---AGG----AGATTGTGAA---AAGGT-GTGTATATTTTTTTATGCAGACGATGTTG-TTCTGCTTT------CTGACAATG-AAGTTGATTT
gi|141233 : T--AGTAAAATCCTTGTAGCTGTTAAT-TCTTT-ATATGCATCTATTTCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCTACTGGTT---TCAAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGG--TCG-TT-GTC-ACCTTTATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCTAAC---A--T-T---ACGTAT--AAA----AG-C--CCTTGGT-A---------------------------------------AAGGT-ATCTGTATTAATGTATGCTGATGATATTG-AACTACTTG------CTGAAAATG-AAAAAAACTT
gi|141234 : CATGTGTTCGCATAAATA-AT---AAACTTACTGAGTGGTTCTTTGGC---AACACTGGTTTAAAGCAGGGAGGCAATAT-TTCACC-AACATTATTTTTCTAT--ATTCGCAAATGGCCTTGC---A--AAA---GAA-AT--AAAT---GT-C---CTAGAT-CTTGGA--ATA-AATAT---TGG----CGA---T---AATAAACTATCG-ACATTGCTTTATGCTAACGATATT
gi|141235 : cAGAACTGGTCTAAGGCAGGGTTGT--TGC-TT-ATC-TCGAATATTATTCAATTGTTTTGTAAATGATTTAGC---T--TTT---AAA-CT--AAAAAATAT-TGGTTTAGAT-ATAAAT--ATC-GATATAAATGA----AGA---TGAA---AAAGT-ATGCTTATTGTTGAATGCTGACGATTTTG-TTTTGTTGA------CGGAAAATG-AATTGGACTtgtcttt
gi|141236 : TTCTATTGTTTTGTTAATGCTTTTAA---T--TGT---AAA-AT--AAA----AT-C--TTTAGAT-GTTGGA--ATA-GACAT---TGG----TCG---TGAAAACAAAA----------CGA--TATGCTGACGATATTG----TCCTGG------TTGAAAATG-AAAC
Alignments
lowQualScore : 2222 111 111 22222 111 11111111111 22222222222222222222 111111 1111 111 11111 1 111 1111 111111111111 111 11
lowQualScore : 3 0000 000 999 777777777 1 777 000 88888 3 666 555 22 2 2 0 66 4 1 555 1 1 00000000000 1 555 2 33 44 2 99999999999999999999 444444 3333 444 3 2 1 777777 2 0 44444 1 33 1 2 1 000 7777 2 0000 6666 1 555 77 1 0 1 2 2 1 1 1 1 1 44 0 55 0 1 5555 2 1 555 2 2 22 0 1 33 1 2 5 1 0 1 22 1 1 999999999999 1 7 66 7777 2 000 1 2 33 88888888 444 777777 444 0 1 00 2 3 2 33 2 1 1 777777 2 0
lowQualScore : . .... ... ... ......... . ... ... ..... . ... ... .. . . . .. . . ... . . ........... . ... . .. .. . .................... ...... .... ... . . . ...... . . ..... . .. . . . ... .... . .... .... . ... .. . . . . . . . . . . .. . .. . . .... . . ... . . .. . . .. . . . . . . .. . . ............ . . .. .... . ... . . .. ........ ... ...... ... . . .. . . . .. . . . ...... . .
lowQualScore : 3 2222 444 222 444444444 0 222 444 33333 1 222 444 00 9 9 1 55 5 0 000 0 0 11111111111 0 000 9 99 33 9 66666666666666666666 999999 9999 999 0 5 9 777777 7 2 00000 9 99 0 9 9 000 0000 9 6666 0000 4 111 33 0 6 0 9 9 4 0 7 0 0 00 7 11 2 0 3333 7 0 000 2 0 00 1 0 77 0 7 3 0 3 0 55 0 0 000000000000 2 5 99 8888 5 555 0 5 66 33333333 444 333333 444 1 8 77 5 0 1 22 7 9 0 777777 7 4
consensus : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TNGGTCG---AA--TC-AA-TAAT---AAA---ATAGNNGACGAACAGAATGG-ATTT-AGGAAAAAGCGT-AGCACGATNGATCA---TNTNTCA-----T-----CNCTAA---C-TAATATT--ATT-G-A---AC--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAGNC-TCTACATTTNCNGCNTTCATNGATTTTAAAAAA------G-CTTACGA-TA-CTATNAATAGAAA--TNTGCTTTGG-AACAAG---TT---AT-GTA--ATA--TNGGAGTGTAT--GGTAAAATGCTTANAGCTGTNAAA-TCTTT-ATACGCNTCTGTTTCNTCNTGTGTNNGAGTAAATG-GTTTTNAA---ACCGANTGGTT---TGACGTNAANNCTGGTTTAAGACAAGGNTGT--TNTTT-ATC-TCCNTTATTNTTCAATTTNTTTGTNAATGATTTNGC---N--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTNGAT-ATTGGA--ATC-GATAT---TGG----NGA---TGAAAACAAAGT-TTGTATATTGNTGTATGCTGACGATATTG-TNCTNCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
Reference ( family-829 ) : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TNGGTCG---AA--TC-AA-TAAT---AAA---ATAGNNGACGAACAGAATGG-ATTT-AGGAAAAAGCGT-AGCACGATNGATCA---TNTNTCA-----T-----CNCTAA---C-TAATATT--ATT-G-A---AC--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAGNC-TCTACATTTNCNGCNTTCATNGATTTTAAAAAA------G-CTTACGA-TA-CTATNAATAGAAA--TNTGCTTTGG-AACAAG---TT---AT-GTA--ATA--TNGGAGTGTAT--GGTAAAATGCTTANAGCTGTNAAA-TCTTT-ATACGCNTCTGTTTCNTCNTGTGTNNGAGTAAATG-GTTTTNAA---ACCGANTGGTT---TGACGTNAANNCTGGTTTAAGACAAGGNTGT--TNTTT-ATC-TCCNTTATTNTTCAATTTNTTTGTNAATGATTTNGC---N--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTNGAT-ATTGGA--ATC-GATAT---TGG----NGA---TGAAAACAAAGT-TTGTATATTGNTGTATGCTGACGATATTG-TNCTNCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141218 : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAATATT---GTC---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTAA-TAAT---AAA---AAAGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-AGTGCAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATA--ATT-G-A---AT--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAGTC-TCTACATTTACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTATGG-AACAAG---TT---AT-ATA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAAAAATGTCAAA-TCTTT-ATATACTTCAGTGTAACCGTGTGTTCGAATAAATA-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGATCTGAGACAAGGGTGT--TGTCT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTTTATGATTTTGC---T--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTAGA--ATT-GATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTTTACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGC------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141219 : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAATATT---GTC---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTAA-TAAT---AAA---AAAGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-AGTGCAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATA--ATT-G-A---AT--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAGTC-TCTACATTTACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTATGG-AACAAG---TT---AT-ATA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAAAAATGTCAAA-TCTTT-ATATACTTCAGTGTAACCGTGTGTTCGAATAAATA-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGATCTGAGACAAGGGTGT--TGTCT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTTTATGATTTTGC---T--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTAGA--ATT-GATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTTTACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGC------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141220 : AATGATTAA-ATTGTATTGTTATGTTTTAAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TCGGTTG---AA--TCGAA-TAAT---AAA---ATAGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-AGTACAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATA--ATC-G-A---AT--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAGCC-TCTACATTTACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTGTGG-AACAAG---TT---GT-GTA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAATGCTATTAAA-TCTTT-ATATACTTCTGTGTCATCGTGTGTTCGAATAAATG-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGGTCTGAGACAAGGGTGT--TGTCT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTAAATGATTTTGC---A--TAT---AGA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTGGA--ATT-AATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTATACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141221 : AATGTATAA-ACTGTTTTGCTATGTTTTAAATCAAAGATT---ATC---AA---AG----AGGGTCG---AA--TC-AAATAAT---AAA---TTAGAACAAGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-ATCACAAAAGATCA---TCTGTCA-----TGTCATCATTGA---C-TAACATT--ATC-G-A---AA--CTCGA-----AT-ACAAT--G---AAGCTC-TCTACGTATACAGCATTTATCGATCTCAAAAG-------G-CTTACGA-TA-CTGTTAATAGAAA--TTTACTATGG-AATAAA---TT---AT-GTT--ATA--TGGGAGTGAAC--GGTAAAATGTTTAAAGCGGTTAAA-TCTTTTATTTACTACTGTATCATCTTGCGTCCGTATTAATG-TGTTTAAA---ACCGATCGGTT---TGACGTAAAAACCGGCCTAAAACAAGGTTGC--TGTTT-GTC-TCCATTACAGTTCAACTGTTTTGTTAATGATTTTGC---T--TAT---AAA-GT--GAA----AG-C--CTTAGAT-ATTGGA--ATA-GATAT---TGG----TAG---TGAAAACAAAGC-TTGTATAATGTTATATGCTGATGATATTGTTTTTTCTGG------CTGAAAATG-AGGCAGATTT
gi|141222 : AATGTATAT-ATTGCATAGTTCTGTTTTAAACCACAGATT---GTC---TT---TT----TAGATGG---AA--TCAAA-TGAT---AAA---CTTGTAGATGAACAAAAT-A-ATTTAAGGGGAAAATG--AGTACTATAGATCA---TTTATCA-----T-----CCCTGT---C-T--TATTCGATTAA-A---AC--ACGGA-----TT-AAAAG--A---AAATTG-TCTACGTATACTGCTTTCATTGATTTTTAAAAA------G-CATAT-A-TAGCTATAAA
gi|141223 : ATGTATAA-ATTGTATAGTTCTATATTGAATAA----TC---GTC---TATATAT----TTGGTCGGAAAA--T--AA-TAAT---AAA---ATTGTTGACGAGCAGAATGG-TTTT-CGGAAAAAACGT-AGCACAATAGACCA---ACTTTCA-----T-----CTCTAA---C-AAATATT--ATA-G-AT--AC---TAG--------GAAAAA--GCTTAAACGC-TCTACATTCTGTGCTTTAATTGATTTTAAAAAA------G-CTTACGATTA-C-ATCAATAGAGA--CAAGCTTTGG-GA-AAG---AT----T-GCAGTGTA--TTGGTGTTTCT--AGTAAAATGCTTGTAGCTGTCAAA-TCTTT-ATATGCATCTGTTTCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCAATTGGTT---TCCAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGT--TCATT-GTC-ACCCGTATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCTAGC---A--T-T---ACGTAT--AAA----AT-C--CCTTGGT-AAAGGT--ATC-TGTAT---TGA----TAA---TGAAAAT---GT-TAGCATTTTAATGTATGCTGATGATATTG-TACTTCTTG------CTGAAAATG-AA
gi|141224 : ATGTATAC-ATTGTATAGTTCTATATTGAATAA----TC---GTCTATAA---AT----TTGGTCGGA-AA--GT-AA-TAAT---AAA---ATTGTTGACGAGCAGAATGG-TTTT-CGGAAAAAACGT-AGCACAATAGACCA---ACTTTCA-----T-----CTCTAA---C-AAATATT--ATA-G-AT--AC---TAG--------GAAAAA--GCTTAAACGC-TCTACATTCTGTGCTTTCATTGATTTTAAAAAA------G-CTTACGACTA--TATCAATAGAGA--CAAGCTTTGG-GAGAGA---TT---GCAGT---GTA--TTGGTGTTTCT--AGTAAAATGCATGTAGCTGTCAAA-TCTTT-ATATGCATCTGTTCCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCAACTGGTT---TCAAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGT--TCATT-GTCATCCG-TATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCTAGC---A--T-T---ACGTAT--AAA----AT-C--CCTTGGT-AAAGGT--ATC-TGTTT---TGA----TAA---TGAAAAT---GT-TAGCATTTTAATGTATGTTGATGATATTG-TACTACTTG------CTGAAAATG-AA
gi|141225 : ATGTATAACATT-T-TTGTAATATTTTAAATAG----CT---GTTT--AA---GTGATTTTTGT-G---AA--C---A-TAACTCCAAA---ATAGTCGATGAACAGAACGG-GTTT-AGGAAGAAGCGT-AGTACCACGGATCA---CATCTCA-----T-----CGCTTA---C-TAGTATT--ATT-A-AT--AC--GAGGA-------AAAAAC--A---AAAGAAGTCTACATTTTGTGCTTTCATAGACTTTCGTAAA------G-CTTATGACTA--TATAAATAGAAA--TATGCTTTGG-AAAAGA---CT---TT-TTG--ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAAATACTTCTTGCTTTAAAA-TCATT-ATACGTCTCTGTTTCGTCATGTGTTAGAGTGAATA-ACCTTAAT---ACAGAGTGGTT---TGATGTGCACTGTGGGTTAAGACAAGGTTGT--ATATT-ATC-TCCTTTATTGTTTAATTTATTCATTAATGATTTGGC---T--T-T---ATA-TTTGAAA----AG-C---CTTAAT-ATTGGAATATC-G--GT---TAA----TAA---TGATAACA---T-TTGTATTTTAATGTATGCCGATGATATCG-TACTATTAG------CCGAAAATG-AAACTGATTT
gi|141226 : ATGTATAA-AATATATTGTAATATTTTGAATAACC-ATTAAAGTT---AA---TT----TTG--TG---AA-----AA-CAGTTCCAAA---ATAGTCGATGAACAGAACGG-GTTT-AGGAAGAAGCGT-AGAACGATATGTCA---TATTTCA-----A-----CTCTTA---C-TAGTATT--ATT-G-ATACAT--GTAGC-----AGGAAAAGCTA---AATAAG-TCTACATTTTGTGCTTTCAAAGACTTTCGAAAA------G-CTGATGA-TT-ATATAAATAGTGA--TATGCTTTGG-AA-AAGACTTT---AT-G----ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAGATGCTTTTTGCTTTAAAG-TCATT-CCATGTCTCTATTTCGTCATGTGTAATAGT-GATG-ACCTTTAA---ACTGAGTGGTT---TAATGTACACTGTGGGCTAAGACAAAAGTGT--GTTTT-ATC-TCCTTTGTTGTTTAATTTATTTATTAATGATTTGGC---T--T-T---GTA-TTTGAAA----AG-C---CTTAAT-ATTGGA-------ATAT---CGGGTAATAA---TGATAACA---T-TTGTATTTAAGTGCATGCCGACGATATCG-TTCTATTGG------CAGGAAATG-AAACAGATT
gi|141227 : ATTTACAA-ATTATATTGTAATGTTTTGAATGAACGTCT---AAC---AC---GC----TGG---G---AACGTG-AA--AAC---GAAATTATAAATGACGAACAAAACGG-GTTC-AGAAAAGGACGT-AGCACAACGGATCA---CATACTA-----T-----CTTTAA---CACAA-ATT--ATT-GAA---ACCAGAAAA-----TTAAAACG--T------GTA-TCTACATTCGCAGCCTTTATAGACTTTAGGAAA------G-CATATGA-CG-CAATCAACAGGAG--ACTGCTTTTT-AAAAAA---TT---AA-AGG--ATC--TTGGGCTATCA--GGCCGTATGTTTACAGCAATACAA-TCTTT-ATATGACGGTGTAAGATGCTGTGTACGTATTAATG-GGATGAAA---ACAAACTGGTT---CTCTGTTAACTGTGGATTGAAACAAGGCTGT--AATTT-GTCAACTATT-TTATTTAATCTTTATATCAACGATCTTGT---T--GAA---AAG-AT--AAA----CG-C--TCTCAAT-AGAGGT--ATT-AACGT---TAA----CGA---TGAAAA-AGTGT-CTGT-TCTT-CTGTACGCCGACGATCTAA-TTATACTGGCTTCATCTGAAAACG-
gi|141228 : TATATAC-ATTGTATTGTTATGTGTCAAAAACAATATT---GTG---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTTA-TAAT---AAA---TTAGAGGATAAA-AAAATGG-ATTT-A-GAAAAAACATAAGTAAGATTGATCA---TTTGTCT-----T-----CGTTAA---C-TAATATA--ATT-G-A---AC--GCATA-----TTGGAAAG--G---AAAGTC-TCCACGTTT-------------ATTTGAATCAA-----------------A-CTCTTAATACAAATTTTTAC-TTGA-AACAAG---CT---AT-GCA--ATA--TAGGAATGAAT--
gi|141229 : TGTATAA-AATGTATTGTAATATTTTAAATAGCCGTTTAA-GTG---AA---TT----TTG--TG---AA-----AA-CAATTCAAAA---ATAGTCGATGAACAGAACGG-ATTT-AGGAAGAAGCGT-AGTACGATAGATCA---TATTTTA-----T-----CACTTA---C-TAGTATT--ATT-G-AT--AC---CAG--------GAAAAA--GCT-AAAGAAGTCTACATTTTGTGCTTTCATAGACTTTCAAAAA------G-CTTATGA-------------GGTA--TATGCTTTGG-AA-AAGACTTC---AT-G----ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAGATGCTTCTTGCT-TGAAAGTCATT-ATACGTCTCTGTTTCGTAATGTG----AATAACCG-----TTAA---ACTGAGTGGTT---TGATGTACAATGTGGGTTAAGACAAGGGTGT--GTTTT-ATC-TCCTTTTTTGTTTAATTTATTTATTAATGATTTTGCATTG--TATTTGAAA-AG--A-------------CTTAAT-ATTGGAATATC-GGTA-----AA----TAA---TGATAACA---T-TTGTATTTTAATGTATGCCGACGATATCG-TTCTATTGG------CAGAAAATG-AAACAGATTT
gi|141230 : -AA-TAAC---AAA---ATTGCAGATGAACAGAATGT-GTTC-AGA------------CACAATAGAACA---CATCGAA-----A-----CTTCAA---C-AAGTATT--AT--------------AGA--------AACAA--G---AAAGA-----AAATTT---------AAAGATTTTAGAAAT------G-CATCTGA-TT-ATATAAATAGAAA--CAAGCTTTGA-AA-ACG---TTTGTAT-GAA--ATA------AATGTACTAAGTAAATTGATAACAGCTATTAAA-TCGTT-ATATTCAAATGTATCTGCATGTGTTTAGGTAAATGCGTTTTGCA---GCTGATTGGTT---TAATGTTAGTTCAGGTTTGAGACAAGGCTGT--TCTCT-TTC-TCCTCTCCTTTTTAATCTATTTATTAATAACCTAAA---AATTAA---AAA-AA--ACA----ATGC--ACTTGGT-AAAGGT--ATA-TATAT---TGA----CAA---TGAGCGTA---T-TTCTTTACTTTTATTTGCTGACGATATTG-ATTTAATAG------CTGATAACGCAAACG
gi|141231 : CAAAATGGTATTC--GAAAGAAACGT-AGCACTATTGATCACCATTGGTCAGATTTC-----CTTTAAATAC-TAATATT--ATC-G-A---AA--CTAGGGAAACTTAAACAA--T---AAA-----CTG--TTTGC-GCATTTATTGATTTAAAAAAA------GGCCTATGA-GT-TTATCAATAGAGG--TTAACTTTGGGAACGCT---TA---AT-GTA-------TAGAAGTGTTTCAGATGAAATGTTAAAATCGGTAAAA-TCTTT-GTACAATTCAGTTTCATCTTGTGT
gi|141232 : TTTATTGATTTTAAAAGACAGTATG-CTTTTGT-TA-----AAAAAGAAA--CCTTATT--G-AATAAA---CT----T-GCA--AAAGCTCGGATTG-AT--GGAGAAATGTTTAAAGCAGTAAAA-TCCTT-ATACAATATTGTTTCTTCGTGTTTAAGAGTAAATG-GTTGTTGT---ACTGACTGTTT---TGATGTTAATGTAAGGTTAAGGCAGGGCTGT--TCCTT-ATC-GCCATTTTTACTTAATATGTTTATCAATGATTCAGC--------------A-AT---AT----AT-C--TGTAGGTCAACGGA----CAGATAT---AGG----AGATTGTGAA---AAGGT-GTGTATATTTTTTTATGCAGACGATGTTG-TTCTGCTTT------CTGACAATG-AAGTTGATTT
gi|141233 : T--AGTAAAATCCTTGTAGCTGTTAAT-TCTTT-ATATGCATCTATTTCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCTACTGGTT---TCAAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGG--TCGTT-GTC-ACCTTTATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCTAAC---A--T-T---ACGTAT--AAA----AG-C--CCTTGGT-A---------------------------------------AAGGT-ATCTGTATTAATGTATGCTGATGATATTG-AACTACTTG------CTGAAAATG-AAAAAAACTT
gi|141234 : CATGTGTTCGCATAAATA-AT---AAACTTACTGAGTGGTTCTTTGGC---AACACTGGTTTAAAGCAGGGAGGCAATATTTCACC-AACATTATTTTTCTAT--ATTCGCAAATGGCCTTGC---A--AAA---GAA-AT--AAAT---GT-C---CTAGAT-CTTGGA--ATA-AATAT---TGG----CGA---T---AATAAACTATCG-ACATTGCTTTATGCTAACGATATT
gi|141235 : cAGAACTGGTCTAAGGCAGGGTTGT--TGCTT-ATC-TCGAATATTATTCAATTGTTTTGTAAATGATTTAGC---T--TTT---AAA-CT--AAAAAATAT-TGGTTTAGAT-ATAAAT--ATC-GATATAAATGA----AGA---TGAA---AAAGT-ATGCTTATTGTTGAATGCTGACGATTTTG-TTTTGTTGA------CGGAAAATG-AATTGGACTtgtcttt
gi|141236 : TTCTATTGTTTTGTTAATGCTTTTAA---T--TGT---AAA-AT--AAA----AT-C--TTTAGAT-GTTGGA--ATA-GACAT---TGG----TCG---TGAAAACAAAA----------CGA--TATGCTGACGATATTG----TCCTGG------TTGAAAATG-AAAC
Alignments
lowQualScore : 2222 111 111 22222 111 11111111111 22222222222222222222 111111 1111 111 11111 1 111 1111 111111111111 111 11
lowQualScore : 3 0000 000 999 777777777 1 777 000 88888 3 666 555 22 2 2 0 66 4 1 555 1 1 00000000000 1 555 2 33 44 2 99999999999999999999 444444 3333 444 3 2 1 777777 2 0 44444 1 33 1 2 1 000 7777 2 0000 6666 1 555 77 1 0 1 2 2 1 1 1 1 1 44 0 55 0 1 5555 2 1 555 2 2 22 0 1 33 1 2 5 1 0 1 22 1 1 999999999999 1 7 66 7777 2 000 1 2 33 88888888 444 777777 444 0 1 00 2 3 2 33 2 1 1 777777 2 0
lowQualScore : . .... ... ... ......... . ... ... ..... . ... ... .. . . . .. . . ... . . ........... . ... . .. .. . .................... ...... .... ... . . . ...... . . ..... . .. . . . ... .... . .... .... . ... .. . . . . . . . . . . .. . .. . . .... . . ... . . .. . . .. . . . . . . .. . . ............ . . .. .... . ... . . .. ........ ... ...... ... . . .. . . . .. . . . ...... . .
lowQualScore : 3 2222 444 222 444444444 0 222 444 33333 1 222 444 00 9 9 1 55 5 0 000 0 0 11111111111 0 000 9 99 33 9 66666666666666666666 999999 9999 999 0 5 9 777777 7 2 00000 9 99 0 9 9 000 0000 9 6666 0000 4 111 33 0 6 0 9 9 4 0 7 0 0 00 7 11 2 0 3333 7 0 000 2 0 00 1 0 77 0 7 3 0 3 0 55 0 0 000000000000 2 5 99 8888 5 555 0 5 66 33333333 444 333333 444 1 8 77 5 0 1 22 7 9 0 777777 7 4
consensus : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TNGGTCG---AA--TC-AA-TAAT---AAA---ATAGNNGACGAACAGAATGG-ATTT-AGGAAAAAGCGT-AGCACGATNGATCA---TNTNTCA-----T-----CNCTAA---C-TAATATT--ATT-G-A---AC--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAGNC-TCTACATTTNCNGCNTTCATNGATTTTAAAAAA------G-CTTACGA-TA-CTATNAATAGAAA--TNTGCTTTGG-AACAAG---TT---AT-GTA--ATA--TNGGAGTGTAT--GGTAAAATGCTTANAGCTGTNAAA-TCTTT-ATACGCNTCTGTTTCNTCNTGTGTNNGAGTAAATG-GTTTTNAA---ACCGANTGGTT---TGACGTNAANNCTGGTTTAAGACAAGGNTGT--TNTTT-ATC-TCCNTTATTNTTCAATTTNTTTGTNAATGATTTNGC---N--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTNGAT-ATTGGA--ATC-GATAT---TGG----NGA---TGAAAACAAAGT-TTGTATATTGNTGTATGCTGACGATATTG-TNCTNCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
Reference ( family-829 ) : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TNGGTCG---AA--TC-AA-TAAT---AAA---ATAGNNGACGAACAGAATGG-ATTT-AGGAAAAAGCGT-AGCACGATNGATCA---TNTNTCA-----T-----CNCTAA---C-TAATATT--ATT-G-A---AC--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAGNC-TCTACATTTNCNGCNTTCATNGATTTTAAAAAA------G-CTTACGA-TA-CTATNAATAGAAA--TNTGCTTTGG-AACAAG---TT---AT-GTA--ATA--TNGGAGTGTAT--GGTAAAATGCTTANAGCTGTNAAA-TCTTT-ATACGCNTCTGTTTCNTCNTGTGTNNGAGTAAATG-GTTTTNAA---ACCGANTGGTT---TGACGTNAANNCTGGTTTAAGACAAGGNTGT--TNTTT-ATC-TCCNTTATTNTTCAATTTNTTTGTNAATGATTTNGC---N--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTNGAT-ATTGGA--ATC-GATAT---TGG----NGA---TGAAAACAAAGT-TTGTATATTGNTGTATGCTGACGATATTG-TNCTNCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141218 : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAATATT---GTC---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTAA-TAAT---AAA---AAAGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-AGTGCAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATA--ATT-G-A---AT--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAGTC-TCTACATTTACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTATGG-AACAAG---TT---AT-ATA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAAAAATGTCAAA-TCTTT-ATATACTTCAGTGTAACCGTGTGTTCGAATAAATA-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGATCTGAGACAAGGGTGT--TGTCT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTTTATGATTTTGC---T--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTAGA--ATT-GATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTTTACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGC------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141219 : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAATATT---GTC---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTAA-TAAT---AAA---AAAGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-AGTGCAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATA--ATT-G-A---AT--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAGTC-TCTACATTTACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTATGG-AACAAG---TT---AT-ATA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAAAAATGTCAAA-TCTTT-ATATACTTCAGTGTAACCGTGTGTTCGAATAAATA-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGATCTGAGACAAGGGTGT--TGTCT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTTTATGATTTTGC---T--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTAGA--ATT-GATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTTTACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGC------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141220 : AATGATTAA-ATTGTATTGTTATGTTTTAAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TCGGTTG---AA--TCGAA-TAAT---AAA---ATAGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-AGTACAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATA--ATC-G-A---AT--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAGCC-TCTACATTTACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTGTGG-AACAAG---TT---GT-GTA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAATGCTATTAAA-TCTTT-ATATACTTCTGTGTCATCGTGTGTTCGAATAAATG-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGGTCTGAGACAAGGGTGT--TGTCT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTAAATGATTTTGC---A--TAT---AGA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTGGA--ATT-AATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTATACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141221 : AATGTATAA-ACTGTTTTGCTATGTTTTAAATCAAAGATT---ATC---AA---AG----AGGGTCG---AA--TC-AAATAAT---AAA---TTAGAACAAGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-ATCACAAAAGATCA---TCTGTCA-----TGTCATCATTGA---C-TAACATT--ATC-G-A---AA--CTCGA-----AT-ACAAT--G---AAGCTC-TCTACGTATACAGCATTTATCGATCTCAAAAG-------G-CTTACGA-TA-CTGTTAATAGAAA--TTTACTATGG-AATAAA---TT---AT-GTT--ATA--TGGGAGTGAAC--GGTAAAATGTTTAAAGCGGTTAAA-TCTTTTATTTACTACTGTATCATCTTGCGTCCGTATTAATG-TGTTTAAA---ACCGATCGGTT---TGACGTAAAAACCGGCCTAAAACAAGGTTGC--TGTTT-GTC-TCCATTACAGTTCAACTGTTTTGTTAATGATTTTGC---T--TAT---AAA-GT--GAA----AG-C--CTTAGAT-ATTGGA--ATA-GATAT---TGG----TAG---TGAAAACAAAGC-TTGTATAATGTTATATGCTGATGATATTGTTTTTTCTGG------CTGAAAATG-AGGCAGATTT
gi|141222 : AATGTATAT-ATTGCATAGTTCTGTTTTAAACCACAGATT---GTC---TT---TT----TAGATGG---AA--TCAAA-TGAT---AAA---CTTGTAGATGAACAAAAT-A-ATTTAAGGGGAAAATG--AGTACTATAGATCA---TTTATCA-----T-----CCCTGT---C-T--TATTCGATTAA-A---AC--ACGGA-----TT-AAAAG--A---AAATTG-TCTACGTATACTGCTTTCATTGATTTTTAAAAA------G-CATAT-A-TAGCTATAAA
gi|141223 : ATGTATAA-ATTGTATAGTTCTATATTGAATAA----TC---GTC---TATATAT----TTGGTCGGAAAA--T--AA-TAAT---AAA---ATTGTTGACGAGCAGAATGG-TTTT-CGGAAAAAACGT-AGCACAATAGACCA---ACTTTCA-----T-----CTCTAA---C-AAATATT--ATA-G-AT--AC---TAG--------GAAAAA--GCTTAAACGC-TCTACATTCTGTGCTTTAATTGATTTTAAAAAA------G-CTTACGATTA-C-ATCAATAGAGA--CAAGCTTTGG-GA-AAG---AT----T-GCAGTGTA--TTGGTGTTTCT--AGTAAAATGCTTGTAGCTGTCAAA-TCTTT-ATATGCATCTGTTTCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCAATTGGTT---TCCAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGT--TCATT-GTC-ACCCGTATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCTAGC---A--T-T---ACGTAT--AAA----AT-C--CCTTGGT-AAAGGT--ATC-TGTAT---TGA----TAA---TGAAAAT---GT-TAGCATTTTAATGTATGCTGATGATATTG-TACTTCTTG------CTGAAAATG-AA
gi|141224 : ATGTATAC-ATTGTATAGTTCTATATTGAATAA----TC---GTCTATAA---AT----TTGGTCGGA-AA--GT-AA-TAAT---AAA---ATTGTTGACGAGCAGAATGG-TTTT-CGGAAAAAACGT-AGCACAATAGACCA---ACTTTCA-----T-----CTCTAA---C-AAATATT--ATA-G-AT--AC---TAG--------GAAAAA--GCTTAAACGC-TCTACATTCTGTGCTTTCATTGATTTTAAAAAA------G-CTTACGACTA--TATCAATAGAGA--CAAGCTTTGG-GAGAGA---TT---GCAGT---GTA--TTGGTGTTTCT--AGTAAAATGCATGTAGCTGTCAAA-TCTTT-ATATGCATCTGTTCCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCAACTGGTT---TCAAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGT--TCATT-GTCATCCG-TATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCTAGC---A--T-T---ACGTAT--AAA----AT-C--CCTTGGT-AAAGGT--ATC-TGTTT---TGA----TAA---TGAAAAT---GT-TAGCATTTTAATGTATGTTGATGATATTG-TACTACTTG------CTGAAAATG-AA
gi|141225 : ATGTATAACATT-T-TTGTAATATTTTAAATAG----CT---GTTT--AA---GTGATTTTTGT-G---AA--C---A-TAACTCCAAA---ATAGTCGATGAACAGAACGG-GTTT-AGGAAGAAGCGT-AGTACCACGGATCA---CATCTCA-----T-----CGCTTA---C-TAGTATT--ATT-A-AT--AC--GAGGA-------AAAAAC--A---AAAGAAGTCTACATTTTGTGCTTTCATAGACTTTCGTAAA------G-CTTATGACTA--TATAAATAGAAA--TATGCTTTGG-AAAAGA---CT---TT-TTG--ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAAATACTTCTTGCTTTAAAA-TCATT-ATACGTCTCTGTTTCGTCATGTGTTAGAGTGAATA-ACCTTAAT---ACAGAGTGGTT---TGATGTGCACTGTGGGTTAAGACAAGGTTGT--ATATT-ATC-TCCTTTATTGTTTAATTTATTCATTAATGATTTGGC---T--T-T---ATA-TTTGAAA----AG-C---CTTAAT-ATTGGAATATC-G--GT---TAA----TAA---TGATAACA---T-TTGTATTTTAATGTATGCCGATGATATCG-TACTATTAG------CCGAAAATG-AAACTGATTT
gi|141226 : ATGTATAA-AATATATTGTAATATTTTGAATAACC-ATTAAAGTT---AA---TT----TTG--TG---AA-----AA-CAGTTCCAAA---ATAGTCGATGAACAGAACGG-GTTT-AGGAAGAAGCGT-AGAACGATATGTCA---TATTTCA-----A-----CTCTTA---C-TAGTATT--ATT-G-ATACAT--GTAGC-----AGGAAAAGCTA---AATAAG-TCTACATTTTGTGCTTTCAAAGACTTTCGAAAA------G-CTGATGA-TT-ATATAAATAGTGA--TATGCTTTGG-AA-AAGACTTT---AT-G----ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAGATGCTTTTTGCTTTAAAG-TCATT-CCATGTCTCTATTTCGTCATGTGTAATAGT-GATG-ACCTTTAA---ACTGAGTGGTT---TAATGTACACTGTGGGCTAAGACAAAAGTGT--GTTTT-ATC-TCCTTTGTTGTTTAATTTATTTATTAATGATTTGGC---T--T-T---GTA-TTTGAAA----AG-C---CTTAAT-ATTGGA-------ATAT---CGGGTAATAA---TGATAACA---T-TTGTATTTAAGTGCATGCCGACGATATCG-TTCTATTGG------CAGGAAATG-AAACAGATT
gi|141227 : ATTTACAA-ATTATATTGTAATGTTTTGAATGAACGTCT---AAC---AC---GC----TGG---G---AACGTG-AA--AAC---GAAATTATAAATGACGAACAAAACGG-GTTC-AGAAAAGGACGT-AGCACAACGGATCA---CATACTA-----T-----CTTTAA---CACAA-ATT--ATT-GAA---ACCAGAAAA-----TTAAAACG--T------GTA-TCTACATTCGCAGCCTTTATAGACTTTAGGAAA------G-CATATGA-CG-CAATCAACAGGAG--ACTGCTTTTT-AAAAAA---TT---AA-AGG--ATC--TTGGGCTATCA--GGCCGTATGTTTACAGCAATACAA-TCTTT-ATATGACGGTGTAAGATGCTGTGTACGTATTAATG-GGATGAAA---ACAAACTGGTT---CTCTGTTAACTGTGGATTGAAACAAGGCTGT--AATTT-GTCAACTATT-TTATTTAATCTTTATATCAACGATCTTGT---T--GAA---AAG-AT--AAA----CG-C--TCTCAAT-AGAGGT--ATT-AACGT---TAA----CGA---TGAAAA-AGTGT-CTGT-TCTT-CTGTACGCCGACGATCTAA-TTATACTGGCTTCATCTGAAAACG-
gi|141228 : TATATAC-ATTGTATTGTTATGTGTCAAAAACAATATT---GTG---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTTA-TAAT---AAA---TTAGAGGATAAA-AAAATGG-ATTT-A-GAAAAAACATAAGTAAGATTGATCA---TTTGTCT-----T-----CGTTAA---C-TAATATA--ATT-G-A---AC--GCATA-----TTGGAAAG--G---AAAGTC-TCCACGTTT-------------ATTTGAATCAA-----------------A-CTCTTAATACAAATTTTTAC-TTGA-AACAAG---CT---AT-GCA--ATA--TAGGAATGAAT--
gi|141229 : TGTATAA-AATGTATTGTAATATTTTAAATAGCCGTTTAA-GTG---AA---TT----TTG--TG---AA-----AA-CAATTCAAAA---ATAGTCGATGAACAGAACGG-ATTT-AGGAAGAAGCGT-AGTACGATAGATCA---TATTTTA-----T-----CACTTA---C-TAGTATT--ATT-G-AT--AC---CAG--------GAAAAA--GCT-AAAGAAGTCTACATTTTGTGCTTTCATAGACTTTCAAAAA------G-CTTATGA-------------GGTA--TATGCTTTGG-AA-AAGACTTC---AT-G----ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAGATGCTTCTTGCT-TGAAAGTCATT-ATACGTCTCTGTTTCGTAATGTG----AATAACCG-----TTAA---ACTGAGTGGTT---TGATGTACAATGTGGGTTAAGACAAGGGTGT--GTTTT-ATC-TCCTTTTTTGTTTAATTTATTTATTAATGATTTTGCATTG--TATTTGAAA-AG--A-------------CTTAAT-ATTGGAATATC-GGTA-----AA----TAA---TGATAACA---T-TTGTATTTTAATGTATGCCGACGATATCG-TTCTATTGG------CAGAAAATG-AAACAGATTT
gi|141230 : -AA-TAAC---AAA---ATTGCAGATGAACAGAATGT-GTTC-AGA------------CACAATAGAACA---CATCGAA-----A-----CTTCAA---C-AAGTATT--AT--------------AGA--------AACAA--G---AAAGA-----AAATTT---------AAAGATTTTAGAAAT------G-CATCTGA-TT-ATATAAATAGAAA--CAAGCTTTGA-AA-ACG---TTTGTAT-GAA--ATA------AATGTACTAAGTAAATTGATAACAGCTATTAAA-TCGTT-ATATTCAAATGTATCTGCATGTGTTTAGGTAAATGCGTTTTGCA---GCTGATTGGTT---TAATGTTAGTTCAGGTTTGAGACAAGGCTGT--TCTCT-TTC-TCCTCTCCTTTTTAATCTATTTATTAATAACCTAAA---AATTAA---AAA-AA--ACA----ATGC--ACTTGGT-AAAGGT--ATA-TATAT---TGA----CAA---TGAGCGTA---T-TTCTTTACTTTTATTTGCTGACGATATTG-ATTTAATAG------CTGATAACGCAAACG
gi|141231 : CAAAATGGTATTC--GAAAGAAACGT-AGCACTATTGATCACCATTGGTCAGATTTC-----CTTTAAATAC-TAATATT--ATC-G-A---AA--CTAGGGAAACTTAAACAA--T---AAA-----CTG--TTTGC-GCATTTATTGATTTAAAAAAA------GGCCTATGA-GT-TTATCAATAGAGG--TTAACTTTGGGAACGCT---TA---AT-GTA-------TAGAAGTGTTTCAGATGAAATGTTAAAATCGGTAAAA-TCTTT-GTACAATTCAGTTTCATCTTGTGT
gi|141232 : TTTATTGATTTTAAAAGACAGTATG-CTTTTGT-TA-----AAAAAGAAA--CCTTATT--G-AATAAA---CT----T-GCA--AAAGCTCGGATTG-AT--GGAGAAATGTTTAAAGCAGTAAAA-TCCTT-ATACAATATTGTTTCTTCGTGTTTAAGAGTAAATG-GTTGTTGT---ACTGACTGTTT---TGATGTTAATGTAAGGTTAAGGCAGGGCTGT--TCCTT-ATC-GCCATTTTTACTTAATATGTTTATCAATGATTCAGC--------------A-AT---AT----AT-C--TGTAGGTCAACGGA----CAGATAT---AGG----AGATTGTGAA---AAGGT-GTGTATATTTTTTTATGCAGACGATGTTG-TTCTGCTTT------CTGACAATG-AAGTTGATTT
gi|141233 : T--AGTAAAATCCTTGTAGCTGTTAAT-TCTTT-ATATGCATCTATTTCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCTACTGGTT---TCAAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGG--TCGTT-GTC-ACCTTTATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCTAAC---A--T-T---ACGTAT--AAA----AG-C--CCTTGGT-A---------------------------------------AAGGT-ATCTGTATTAATGTATGCTGATGATATTG-AACTACTTG------CTGAAAATG-AAAAAAACTT
gi|141234 : CATGTGTTCGCATAAATA-AT---AAACTTACTGAGTGGTTCTTTGGC---AACACTGGTTTAAAGCAGGGAGGCAATATTTCACC-AACATTATTTTTCTAT--ATTCGCAAATGGCCTTGC---A--AAA---GAA-AT--AAAT---GT-C---CTAGAT-CTTGGA--ATA-AATAT---TGG----CGA---T---AATAAACTATCG-ACATTGCTTTATGCTAACGATATT
gi|141235 : cAGAACTGGTCTAAGGCAGGGTTGT--TGCTT-ATC-TCGAATATTATTCAATTGTTTTGTAAATGATTTAGC---T--TTT---AAA-CT--AAAAAATAT-TGGTTTAGAT-ATAAAT--ATC-GATATAAATGA----AGA---TGAA---AAAGT-ATGCTTATTGTTGAATGCTGACGATTTTG-TTTTGTTGA------CGGAAAATG-AATTGGACTtgtcttt
gi|141236 : TTCTATTGTTTTGTTAATGCTTTTAA---T--TGT---AAA-AT--AAA----AT-C--TTTAGAT-GTTGGA--ATA-GACAT---TGG----TCG---TGAAAACAAAA----------CGA--TATGCTGACGATATTG----TCCTGG------TTGAAAATG-AAAC
blockSeqs : C AATA AAA TAT GTGATT G GTT GAA CGTG A TCC ATT AG T A TA A T CCA T G TGTCAT A ATA A CG TA A AACTAGGGAAACTTA GCTT GAAG ACA A T A CAGTAT G TAGC T TT T G C ACT TGTA A CAGT GCTC A GAA TA A C G T T T G A G TC CG A ACTT T T CTT C A AA G AA G C A A T GT T T ATTGTATTTG A T TG AAAT G GGT G C TT AATATCG AAA GTAATA TTG C AA A T A GT T C T CTTCAT C
blockSeqs : . AAGA AA T TATAT C GTT GA TCT . TCC . AG . . A A T . T G GATTTC A . . . T . TACATGTAGCAGG GCTT GAAG ACA A T A . . TTAC T . T . C ACT A . TA TA A GAA CA A T . . T T G A G TC G A A T T . C A AA G . G . A A T GT A T AATTAA G T TG T . T G . TT AATATCG . AG . C AA . A A GT . C T . .
blockSeqs : . AAGA . . GT G GTC . TCG . TCA . AA . . A A A . C G T A . . . C . ACCAGAAAATTA CTA GTC ACA A T C . . TAC T . T . T . G . TA TA A GAA . A T . . T T A A T CC G A A C T . C A AA T . G . . A G GT T T TTAT A T . . . T A . TT AATTG . AG . C AA . A A GT . T T . .
blockSeqs : . CAGA . . GT A ATG . TCA . . . TA . . A T A . T A T C . . . C . ATGTAGATTG GCT GCC ACT T C T . . TAC A . A . G . A . TT TG T TTC . T C . . T A T C C GA T T A C T . A G TT C . C . . C A TG A A ATAT C . . . . C T . AA AATTA . TA . T GT . A T AA . A T . .
blockSeqs : . ACGT . . AG T GTC . TCT . . . TT . . T A A . C T T T . . . A . ATGTAGATTG G CTC TGT T A T . . TAC C . A . A . G . TG TT T TTC . T C . . T A T C C GA A T T C C . A G TT C . C . . G A TG A A TTAT C . . . . C T . AA AATAG . TA . T AG . A T AA . A A . .
blockSeqs : . AATA . . TT T GTC . TC . . . TT . . T A A . C T T T . . . A . ACGCATATTG G TTG TGT T C T . . CTA C . A . A . T . GG TT T CTG . T A . . C C T G A TA A A T A G . T G CT T . T . . T G TA T G TGAA T . . . . C T . TT TATCT . TA . C AG . A T AA . A A . .
blockSeqs : . CCGT . . AT T GTT . GT . . . TC . . T C G . A C T G . . . T . AACTCGAAT G CGC TGT T C A . . CTA A . A . C . A . CA AT T CTG . T A . . T C T G A AA A T T T G . T A CT G . T . . T G TA T G AAAA T . . . . T T . TT TATCT . TA . C AA . A T AG . T A . .
blockSeqs : . CCA . . TT T GT . T . . . TC . . T G A . A T T T . . . T . ACACGGATT A CGC TGT T C A . . TTA A . C . C . A . AA AT G ATC . C A . . T C A A C AC A A A A C . T T CT C . A . . A A TT C T TTTT A . . . . A C . GA TATTA . CG . C AA . A C AA . T A . .
blockSeqs : . . . . GC G T . C . . . AT . . T A G . A A A T . . . T . TACGAGGAA A AAG GCA C T A . . CGC C . T . T . A . TA TT A GAA . T G . . C C T G A TT G T A T G . T A AT G . T . . T G TA T T TTGT A . . . . T T . TT TATAT . TA . T AA . T T TT . T A . .
blockSeqs : . . . . GT G T . . . . . AG . . T G T . T G T G . . . T . TACTAGG T GTA TGT T C A . . TTA T . A . . . A . CA TA T CTG . C T . . T A A T A AA G G A T T . T T TT C . C . . T T TA T A ATT A . . . . C T . AA AATAA . CA . T . . A A TT . T A . .
blockSeqs : . . . . TT T . . . . . . TC . . T G A . A T T A . . . T . TACTAGG G GTC GC A T A . . GTT A . A . . . A . T AT A GTA . A A . . C T T A T GA A T A T C . T T TG C . C . . A A TG C A ATT C . . . . T A . AC TATCG . AG . C . . G A AA . T G . .
blockSeqs : . . . CA . . . A A . A C T T . . . C . TACCAGG G GA . . T T . . AC C . T . . . . . . TA A GTT . A A . . C T T T G TC A T T C C . A G TT C . C . . T A TG A A TTT A . . . . . T . TT AATAG . CG . . . . A A GC . A A . .
blockSeqs : . . . T T . T G A T . . . . . AGA T . . . . T . . TA A . C . . . . . . . A GA . T T . . T A T C C . . A T T G . C . CA A . A . . A T GT A T TTT A . . . . . A . TA ACAG . AG . . . . T A GT . T G . .
blockSeqs : . . . . . . . A AA T . G . . A A GT A A ATT A . . . . . A . TT A . TC . . . . . A GA . . C . .
blockSeqs : A T T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . C
blockSeqCons : TACTAGG*************
originalCons : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TNGGTCG---AA--TC-AA-TAAT---AAA---ATAGNNGACGAACAGAATGG-ATTT-AGGAAAAAGCGT-AGCACGATNGATCA---TNTNTCA-----T-----CNCTAA---C-TAATATT--ATT-G-A---AC--GTAGA-----TTGAAAAG--G---AAAGNC-TCTACATTTNCNGCNTTCATNGATTTTAAAAAA------G-CTTACGA-TA-CTATNAATAGAAA--TNTGCTTTGG-AACAAG---TT---AT-GTA--ATA--TNGGAGTGTAT--GGTAAAATGCTTANAGCTGTNAAA-TCTTT-ATACGCNTCTGTTTCNTCNTGTGTNNGAGTAAATG-GTTTTNAA---ACCGANTGGTT---TGACGTNAANNCTGGTTTAAGACAAGGNTGT--TNTTT-ATC-TCCNTTATTNTTCAATTTNTTTGTNAATGATTTNGC---N--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTNGAT-ATTGGA--ATC-GATAT---TGG----NGA---TGAAAACAAAGT-TTGTATATTGNTGTATGCTGACGATATTG-TNCTNCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
finalCons : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TNGGTCG---AA--TC-AA-TAAT---AAA---ATAGNNGACGAACAGAATGG-ATTT-AGGAAAAAGCGT-AGCACGATNGATCA---TNTNTCA-----T-----CNCTAA---C-TAATATT--ATT-G-ATACTAGG-------------AAAAG--G---AAAGNC-TCTACATTTNCNGCNTTCATNGATTTTAAAAAA------G-CTTACGA-TA-CTATNAATAGAAA--TNTGCTTTGG-AACAAG---TT---AT-GTA--ATA--TNGGAGTGTAT--GGTAAAATGCTTANAGCTGTNAAA-TCTTT-ATACGCNTCTGTTTCNTCNTGTGTNNGAGTAAATG-GTTTTNAA---ACCGANTGGTT---TGACGTNAANNCTGGTTTAAGACAAGGNTGT--TNTTT-ATC-TCCNTTATTNTTCAATTTNTTTGTNAATGATTTNGC---N--TAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTNGAT-ATTGGA--ATC-GATAT---TGG----NGA---TGAAAACAAAGT-TTGTATATTGNTGTATGCTGACGATATTG-TNCTNCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
Alignments
lowQualScore : 2222 111 111 22222 111 11111111111 2222222222222222 2222222 1111111 111 11111 1 1111111 1111 1111111111 111 11
lowQualScore : 3 0000 000 999 777777777 1 6 000 88888 3 666 555 22 2 2 0 66 4 1 555 1 1 00000000000 1 555 2 33 77777 0000000000000000 555 2 2 2222222 8888888 2 444 3 2 1 777777 2 0 44444 1 33 1 2 1 1111111 2 2 0000 6666 1 555 77 1 0 1 2 2 1 1 1 1 1 44 0 55 0 1 5555 2 1 555 2 2 22 0 1 33 1 2 5 1 0 1 22 1 444 5555555555 1 7 66 7777 2 000 1 2 33 88888888 444 777777 444 0 1 00 2 3 2 33 2 1 1 777777 2 0
lowQualScore : . .... ... ... ......... . . ... ..... . ... ... .. . . . .. . . ... . . ........... . ... . .. ..... ................ ... . . ....... ....... . ... . . . ...... . . ..... . .. . . . ....... . . .... .... . ... .. . . . . . . . . . . .. . .. . . .... . . ... . . .. . . .. . . . . . . .. . ... .......... . . .. .... . ... . . .. ........ ... ...... ... . . .. . . . .. . . . ...... . .
lowQualScore : 3 2222 444 222 444444444 0 3 444 33333 1 222 444 00 9 9 1 55 5 0 000 0 0 11111111111 0 000 9 99 11111 3333333333333333 000 9 9 7777777 9999999 9 999 0 5 9 777777 7 2 00000 9 99 0 9 9 1111111 0 9 6666 0000 4 111 33 0 6 0 9 9 4 0 7 0 0 00 7 11 2 0 3333 7 0 000 2 0 00 1 0 77 0 7 3 0 3 0 55 0 444 6666666666 2 5 99 8888 5 555 0 5 66 33333333 444 333333 444 1 8 77 5 0 1 22 7 9 0 777777 7 4
consensus : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TNGGTCG---AA--TC-AA-TAAT---AAAAT---AGNNGACGAACAGAATGG-ATTT-AGGAAAAAGCGT-AGCACGATNGATCA---TNTNTCA-----T-----CNCTAA---C-TAATATT--ATTG-----A-TAC------TAG---G---A-A-AAG--G---AAA---GNC-TCTAC-ATTTNCNGCNTTCATNGATTTTAAAAAA------G-CTTACGA-TA-CTATNAATAGAAA--TNTGCTTTGG-AACAAG---T---TAT-GTA--ATA--TNGGAGTGTAT--GGTAAAATGCTTANAGCTGTNAAA-TCTTT-ATACGCNTCTGTTTCNTCNTGTGTNNGAGTAAATG-GTTTTNAA---ACCGANTGGTT---TGACGTNAANNCTGGTTTAAGACAAGGNTGT--TNTTT-ATC-TCCNTTATTNTTCAATTTNTTTGTNAATGATTT--NGC---TTAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTNGAT-ATTGGA--ATC-GATAT---TGG----NGA---TGAAAACAAAGT-TTGTATATTGNTGTATGCTGACGATATTG-TNCTNCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
Reference ( family-829 ) : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TNGGTCG---AA--TC-AA-TAAT---AAAAT---AGNNGACGAACAGAATGG-ATTT-AGGAAAAAGCGT-AGCACGATNGATCA---TNTNTCA-----T-----CNCTAA---C-TAATATT--ATTG-----A-TAC------TAG---G---A-A-AAG--G---AAA---GNC-TCTAC-ATTTNCNGCNTTCATNGATTTTAAAAAA------G-CTTACGA-TA-CTATNAATAGAAA--TNTGCTTTGG-AACAAG---T---TAT-GTA--ATA--TNGGAGTGTAT--GGTAAAATGCTTANAGCTGTNAAA-TCTTT-ATACGCNTCTGTTTCNTCNTGTGTNNGAGTAAATG-GTTTTNAA---ACCGANTGGTT---TGACGTNAANNCTGGTTTAAGACAAGGNTGT--TNTTT-ATC-TCCNTTATTNTTCAATTTNTTTGTNAATGATTT--NGC---NTAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTNGAT-ATTGGA--ATC-GATAT---TGG----NGA---TGAAAACAAAGT-TTGTATATTGNTGTATGCTGACGATATTG-TNCTNCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141218 : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAATATT---GTC---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTAA-TAAT---AAAAA---AGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-AGTGCAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATA--ATTG-----AATG-------TAGATTG---A-A-AAG--G---AAA---GTC-TCTAC-ATTTACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTATGG-AACAAG---T---TAT-ATA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAAAAATGTCAAA-TCTTT-ATATACTTCAGTGTAACCGTGTGTTCGAATAAATA-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGATCTGAGACAAGGGTGT--TGTCT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTTTATGATTT--TGC---TTAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTAGA--ATT-GATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTTTACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGC------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141219 : AATGTATAA-ATTGTATTGTTATGTTTTGAATAAAATATT---GTC---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTAA-TAAT---AAAAA---AGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-AGTGCAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATA--ATTG-----AATG-------TAGATTG---A-A-AAG--G---AAA---GTC-TCTAC-ATTTACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTATGG-AACAAG---T---TAT-ATA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAAAAATGTCAAA-TCTTT-ATATACTTCAGTGTAACCGTGTGTTCGAATAAATA-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGATCTGAGACAAGGGTGT--TGTCT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTTTATGATTT--TGC---TTAT---AAA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTAGA--ATT-GATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTTTACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGC------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141220 : AATGATTAA-ATTGTATTGTTATGTTTTAAATAAAAGATT---GTC---AA---GT----TCGGTTG---AA--TCGAA-TAAT---AAAAT---AGAGGACGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-AGTACAATTGACCA---TTTGTCA-----T-----CATTAA---C-TAACATA--ATCG-----AATG-------TAGATTG---A-A-AAG--G---AAA---GCC-TCTAC-ATTTACAGCATTTATAGATTTTAAGAAA------G-CTTACGA-TA-CTATTAATAGAAA--TTTATTGTGG-AACAAG---T---TGT-GTA--ATA--TAGGAGTGAAT--GGTAAAATGTATAATGCTATTAAA-TCTTT-ATATACTTCTGTGTCATCGTGTGTTCGAATAAATG-GTTTAAAA---ACTGATTGGTT---TGACGTAAAAACTGGTCTGAGACAAGGGTGT--TGTCT-ATC-TCCATTACTTTTCAATTGTTTTGTAAATGATTT--TGC---ATAT---AGA-AT--AAA----AT-C--TCTGGAT-ATTGGA--ATT-AATAT---TGG----AGA---TGGAAACAAAGC-TTGTATACTGTTATATGCTGATGATATTG-TCCTTCTGG------CTGAAAATG-AAACGGACTT
gi|141221 : AATGTATAA-ACTGTTTTGCTATGTTTTAAATCAAAGATT---ATC---AA---AG----AGGGTCG---AA--TC-AAATAAT---AAATT---AGAACAAGAACAAAATGG-ATTT-AGAAAAAAGAGA-ATCACAAAAGATCA---TCTGTCA-----TGTCATCATTGA---C-TAACATT--ATCG-----A-AAC------TCG---A---ATACAAT--G---AAG---CTC-TCTAC-GTATACAGCATTTATCGATCTCAAAAG-------G-CTTACGA-TA-CTGTTAATAGAAA--TTTACTATGG-AATAAA---T---TAT-GTT--ATA--TGGGAGTGAAC--GGTAAAATGTTTAAAGCGGTTAAA-TCTTTTATTTACTACTGTATCATCTTGCGTCCGTATTAATG-TGTTTAAA---ACCGATCGGTT---TGACGTAAAAACCGGCCTAAAACAAGGTTGC--TGTTT-GTC-TCCATTACAGTTCAACTGTTTTGTTAATGATTT--TGC---TTAT---AAA-GT--GAA----AG-C--CTTAGAT-ATTGGA--ATA-GATAT---TGG----TAG---TGAAAACAAAGC-TTGTATAATGTTATATGCTGATGATATTGTTTTTTCTGG------CTGAAAATG-AGGCAGATTT
gi|141222 : AATGTATAT-ATTGCATAGTTCTGTTTTAAACCACAGATT---GTC---TT---TT----TAGATGG---AA--TCAAA-TGAT---AAACT---TGTAGATGAACAAAAT-A-ATTTAAGGGGAAAATG--AGTACTATAGATCA---TTTATCA-----T-----CCCTGT---C-T--TATTCGATTA-----A-AAC------ACG---GATTA-A-AAG--A---AAA---TTG-TCTAC-GTATACTGCTTTCATTGATTTTTAAAAA------G-CATAT-A-TAGCTATAAA
gi|141223 : ATGTATAA-ATTGTATAGTTCTATATTGAATAA----TC---GTC---TATATAT----TTGGTCGGAAAA--T--AA-TAAT---AAAAT---TGTTGACGAGCAGAATGG-TTTT-CGGAAAAAACGT-AGCACAATAGACCA---ACTTTCA-----T-----CTCTAA---C-AAATATT--ATAG-----A-TAC------TAG---G---A-A-AAA--GCTTAAA---CGC-TCTAC-ATTCTGTGCTTTAATTGATTTTAAAAAA------G-CTTACGATTA-C-ATCAATAGAGA--CAAGCTTTGG-GA-AAG---A---T-T-GCAGTGTA--TTGGTGTTTCT--AGTAAAATGCTTGTAGCTGTCAAA-TCTTT-ATATGCATCTGTTTCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCAATTGGTT---TCCAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGT--TCATT-GTC-ACCCGTATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCT--AGC---AT-T---ACGTAT--AAA----AT-C--CCTTGGT-AAAGGT--ATC-TGTAT---TGA----TAA---TGAAAAT---GT-TAGCATTTTAATGTATGCTGATGATATTG-TACTTCTTG------CTGAAAATG-AA
gi|141224 : ATGTATAC-ATTGTATAGTTCTATATTGAATAA----TC---GTCTATAA---AT----TTGGTCGGA-AA--GT-AA-TAAT---AAAAT---TGTTGACGAGCAGAATGG-TTTT-CGGAAAAAACGT-AGCACAATAGACCA---ACTTTCA-----T-----CTCTAA---C-AAATATT--ATAG-----A-TAC------TAG---G---A-A-AAA--GCTTAAA---CGC-TCTAC-ATTCTGTGCTTTCATTGATTTTAAAAAA------G-CTTACGACTA--TATCAATAGAGA--CAAGCTTTGG-GAGAGA---T---TGCAGT---GTA--TTGGTGTTTCT--AGTAAAATGCATGTAGCTGTCAAA-TCTTT-ATATGCATCTGTTCCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCAACTGGTT---TCAAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGT--TCATT-GTCATCCG-TATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCT--AGC---AT-T---ACGTAT--AAA----AT-C--CCTTGGT-AAAGGT--ATC-TGTTT---TGA----TAA---TGAAAAT---GT-TAGCATTTTAATGTATGTTGATGATATTG-TACTACTTG------CTGAAAATG-AA
gi|141225 : ATGTATAACATT-T-TTGTAATATTTTAAATAG----CT---GTTT--AA---GTGATTTTTGT-G---AA--C---A-TAACTCCAAAAT---AGTCGATGAACAGAACGG-GTTT-AGGAAGAAGCGT-AGTACCACGGATCA---CATCTCA-----T-----CGCTTA---C-TAGTATT--ATTA-----A-TAC------GAG---G---A-A-AAA--ACA-AAA---GAAGTCTAC-ATTTTGTGCTTTCATAGACTTTCGTAAA------G-CTTATGACTA--TATAAATAGAAA--TATGCTTTGG-AAAAGA---C---TTT-TTG--ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAAATACTTCTTGCTTTAAAA-TCATT-ATACGTCTCTGTTTCGTCATGTGTTAGAGTGAATA-ACCTTAAT---ACAGAGTGGTT---TGATGTGCACTGTGGGTTAAGACAAGGTTGT--ATATT-ATC-TCCTTTATTGTTTAATTTATTCATTAATGATTT--GGC---TT-T---ATA-TTTGAAA----AG-C---CTTAAT-ATTGGAATATC-G--GT---TAA----TAA---TGATAACA---T-TTGTATTTTAATGTATGCCGATGATATCG-TACTATTAG------CCGAAAATG-AAACTGATTT
gi|141226 : ATGTATAA-AATATATTGTAATATTTTGAATAACC-ATTAAAGTT---AA---TT----TTG--TG---AA-----AA-CAGTTCCAAAAT---AGTCGATGAACAGAACGG-GTTT-AGGAAGAAGCGT-AGAACGATATGTCA---TATTTCA-----A-----CTCTTA---C-TAGTATT--ATTG-----A-TACATGTAGCAG---G---A-A-AAGCTA---AAT---AAG-TCTAC-ATTTTGTGCTTTCAAAGACTTTCGAAAA------G-CTGATGA-TT-ATATAAATAGTGA--TATGCTTTGG-AA-AAGACTT---TAT-G----ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAGATGCTTTTTGCTTTAAAG-TCATT-CCATGTCTCTATTTCGTCATGTGTAATAGT-GATG-ACCTTTAA---ACTGAGTGGTT---TAATGTACACTGTGGGCTAAGACAAAAGTGT--GTTTT-ATC-TCCTTTGTTGTTTAATTTATTTATTAATGATTT--GGC---TT-T---GTA-TTTGAAA----AG-C---CTTAAT-ATTGGA-------ATAT---CGGGTAATAA---TGATAACA---T-TTGTATTTAAGTGCATGCCGACGATATCG-TTCTATTGG------CAGGAAATG-AAACAGATT
gi|141227 : ATTTACAA-ATTATATTGTAATGTTTTGAATGAACGTCT---AAC---AC---GC----TGGG------AACGTG-AA--AAC---GAAATTATAAATGACGAACAAAACGG-GTTC-AGAAAAGGACGT-AGCACAACGGATCA---CATACTA-----T-----CTTTAA---CACAA-ATT--ATTG-----A-AAC------CAG---A---A-A-ATT--A---AAACGTGTA-TCTAC-ATTCGCAGCCTTTATAGACTTTAGGAAA------G-CATATGA-CG-CAATCAACAGGAG--ACTGCTTTTT-AAAAAA---T---TAA-AGG--ATC--TTGGGCTATCA--GGCCGTATGTTTACAGCAATACAA-TCTTT-ATATGACGGTGTAAGATGCTGTGTACGTATTAATG-GGATGAAA---ACAAACTGGTT---CTCTGTTAACTGTGGATTGAAACAAGGCTGT--AATTT-GTCAACTATT-TTATTTAATCTTTATATCAACGATCT--TGT---TGAA---AAG-AT--AAA----CG-C--TCTCAAT-AGAGGT--ATT-AACGT---TAA----CGA---TGAAAA-AGTGT-CTGT-TCTT-CTGTACGCCGACGATCTAA-TTATACTGGCTTCATCTGAAAACG-
gi|141228 : TATATAC-ATTGTATTGTTATGTGTCAAAAACAATATT---GTG---AA---GT----TGGGTTG---AA--TCTTA-TAAT---AAATT---AGAGGATAAA-AAAATGG-ATTT-A-GAAAAAACATAAGTAAGATTGATCA---TTTGTCT-----T-----CGTTAA---C-TAATATA--ATTGAACGCA-TAT------T-----G---G-A-AAG--G---AAA---GTC-TCCAC-GTTT-------------ATTTGAATCAA-----------------A-CTCTTAATACAAATTTTTAC-TTGA-AACAAG---C---TAT-GCA--ATA--TAGGAATGAAT--
gi|141229 : TGTATAA-AATGTATTGTAATATTTTAAATAGCCGTTTAA-GTG---AA---TT----TTG--TG---AA-----AA-CAATTCAAAAAT---AGTCGATGAACAGAACGG-ATTT-AGGAAGAAGCGT-AGTACGATAGATCA---TATTTTA-----T-----CACTTA---C-TAGTATT--ATTG-----A-TAC------CAG---G---A-A-AAA--GCT-AAA---GAAGTCTAC-ATTTTGTGCTTTCATAGACTTTCAAAAA------G-CTTATGA-------------GGTA--TATGCTTTGG-AA-AAGACTT---CAT-G----ATA--ATGGTATCTGT--GGTAAGATGCTTCTTGCT-TGAAAGTCATT-ATACGTCTCTGTTTCGTAATGTG----AATAACCG-----TTAA---ACTGAGTGGTT---TGATGTACAATGTGGGTTAAGACAAGGGTGT--GTTTT-ATC-TCCTTTTTTGTTTAATTTATTTATTAATGATTT--TGCATTGTATTTGAAA-AG--A-------------CTTAAT-ATTGGAATATC-GGTA-----AA----TAA---TGATAACA---T-TTGTATTTTAATGTATGCCGACGATATCG-TTCTATTGG------CAGAAAATG-AAACAGATTT
gi|141230 : -AA-TAAC---AAAAT---TGCAGATGAACAGAATGT-GTTC-AGA------------CACAATAGAACA---CATCGAA-----A-----CTTCAA---C-AAGTATT--ATAG-----A-AAC-------AA---G---A-A-A----G---AAA-------------ATTT---------AAAGATTTTAGAAAT------G-CATCTGA-TT-ATATAAATAGAAA--CAAGCTTTGA-AA-ACG---TTTGTAT-GAA--ATA------AATGTACTAAGTAAATTGATAACAGCTATTAAA-TCGTT-ATATTCAAATGTATCTGCATGTGTTTAGGTAAATGCGTTTTGCA---GCTGATTGGTT---TAATGTTAGTTCAGGTTTGAGACAAGGCTGT--TCTCT-TTC-TCCTCTCCTTTTTAATCTATTTATTAATAACCTAAAAA---TTAA---AAA-AA--ACA----ATGC--ACTTGGT-AAAGGT--ATA-TATAT---TGA----CAA---TGAGCGTA---T-TTCTTTACTTTTATTTGCTGACGATATTG-ATTTAATAG------CTGATAACGCAAACG
gi|141231 : CAAAATGGTATTC--GAAAGAAACGT-AGCACTATTGATCACCATTGGTCAGATTTC-----CTTTAAATAC-TAATATT--ATCG-----A-AAC------TAG---G---G-A-AAC--TT--AAA---CAA-TAAACTGTTTGC-GCATTTATTGATTTAAAAAAA------GGCCTATGA-GT-TTATCAATAGAGG--TTAACTTTGGGAACGCT---T---AAT-GTA-------TAGAAGTGTTTCAGATGAAATGTTAAAATCGGTAAAA-TCTTT-GTACAATTCAGTTTCATCTTGTGT
gi|141232 : TTTATTGATTTTAAAAGACAGTATG-CTTTTGT-TA-----AAAAAGAAA--CCTTATT--G-AATAAA---C---T-T-GCA--AAAGCTCGGATTG-AT--GGAGAAATGTTTAAAGCAGTAAAA-TCCTT-ATACAATATTGTTTCTTCGTGTTTAAGAGTAAATG-GTTGTTGT---ACTGACTGTTT---TGATGTTAATGTAAGGTTAAGGCAGGGCTGT--TCCTT-ATC-GCCATTTTTACTTAATATGTTTATCAATGATTC--AGC------------A-AT---AT----AT-C--TGTAGGTCAACGGA----CAGATAT---AGG----AGATTGTGAA---AAGGT-GTGTATATTTTTTTATGCAGACGATGTTG-TTCTGCTTT------CTGACAATG-AAGTTGATTT
gi|141233 : T--AGTAAAATCCTTGTAGCTGTTAAT-TCTTT-ATATGCATCTATTTCCTCCTGTGTGAGGGTAAATA-ATTTTTAT---ACCTACTGGTT---TCAAGTGAATTCTGGTTTAAGACAAGGCTGG--TCGTT-GTC-ACCTTTATTATTCAATTTGTTTATAAATGACCT--AAC---AT-T---ACGTAT--AAA----AG-C--CCTTGGT-A---------------------------------------AAGGT-ATCTGTATTAATGTATGCTGATGATATTG-AACTACTTG------CTGAAAATG-AAAAAAACTT
gi|141234 : CATGTGTTCGCATAAATA-AT---AAACTTACTGAGTGGTTCTTTGGC---AACACTGGTTTAAAGCAGGGAGGCAATATTTCACC-AACATTATTTTTCTAT--ATTCGCAAATGGCCT--TGC---AAAA---GAA-AT--AAAT---GT-C---CTAGAT-CTTGGA--ATA-AATAT---TGG----CGA---T---AATAAACTATCG-ACATTGCTTTATGCTAACGATATT
gi|141235 : cAGAACTGGTCTAAGGCAGGGTTGT--TGCTT-ATC-TCGAATATTATTCAATTGTTTTGTAAATGATTT--AGC---TTTT---AAA-CT--AAAAAATAT-TGGTTTAGAT-ATAAAT--ATC-GATATAAATGA----AGA---TGAA---AAAGT-ATGCTTATTGTTGAATGCTGACGATTTTG-TTTTGTTGA------CGGAAAATG-AATTGGACTtgtcttt
gi|141236 : TTCTATTGTTTTGTTAATGCTTT--TAA---TTGT---AAA-AT--AAA----AT-C--TTTAGAT-GTTGGA--ATA-GACAT---TGG----TCG---TGAAAACAAAA----------CGA--TATGCTGACGATATTG----TCCTGG------TTGAAAATG-AAAC