lowQualScore : 1 222222222222222222222 1
lowQualScore : 7777 2 44 55 0 3 1 333 4444 333333333333333333333 333 0 1 2 1
lowQualScore : .... . .. .. . . . ... .... ..................... ... . . . .
lowQualScore : 0000 7 55 44 7 5 9 777 5555 666666666666666666666 999 6 1 2 4
consensus : TAACATAT---A-GATCTAGC-TAAGAAAG-GTAGGTCTACGTTTTAGG---TACAGGT----AAAT-------GCTAT---------GCAGTACG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCACGACCA
Reference ( gi|131609 ) : TAACATAC---A-GATCTAGC-CAAGAAAA-GTATGTCTATGTTTTGGG---TACAGGT----AAAT-------GCTTT---------GCAGTATG---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAAGCA
gi|131607 : TAACATAT---A-GATCTAGC-TAAGAAAG-GTAGGTCTACATTTTAGG---TACAGGT----AAAT-------GCTCT---------GCAGTTCA---GATGAAACAAA-ATTTTATCCACGACCA
gi|131614 : TAACATAT---A-GATCTAGC-CAAAAAAAAGTAGGTCT---TAGTGAG---TATAGGT----AAAC-------GTTAT---------GCAGTACA---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAATCAtt
gi|131608 : TAACATAT---A-GATCTAGA-TAAGAAAG-GTATATCTATGTTTTAGG---TACAGGT----AAAT-------GCTAT---------GCAGTTGG---GATACAACAAA-ATTTTATCCATGACCAtt
gi|131613 : TAA-ATAG---A-AA-CTAAC-TGAGAAAG-GTAGGTCTACATTTAAGG---TACAGGT----AAAT-------GCTAT---------GCAGAATG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCAtt
gi|131616 : TAACATAT---A-CAT---GCATATGAAAG-GCAGGTCTACCTTTTGGG---TATAGGT----AAAT-------ACCAT---------GCAATACA---GATGCAACACA-ATTTTGCCTACAAGCAataccatt
gi|131610 : TAACATAC---A-GATTTAGC-TAAGAACG-GT-CACAAAGGTTTTAGG---TACAGGT----AAAT-------GCTAT---------GCAGTTCG---GATGTAACAAA-ATTTTATCCACGA
gi|131612 : TAACATAT---A-GATCTAGC-TAATAAAG-GTAGGCCTTCATTTTAGG---AACAGAC----AAAT-------GCTAT---------GTAGTTTG---GATGTAACAAA-ATCTTATCCACctatt
gi|131611 : TAACATTT---A-GATCTAGC-TGAGAAAG---ATGT--ACGCTTTAGG---TACAGGT----AAAT-------GCTAT---------GCAGTACG---GGTGTTACAAA-AATTTACCCACGAg
gi|131617 : TAACATAT---A-GATTTAGC-CAAGAAGG-GTAGGTCTACGTT---------------------AT-------GC--------------AATACA---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAATCAc
gi|131615 : TAA-ATAC---ATGATCTGCT-TGAGAAAG-GTAGGTCTATGTTTTAGG---TACAGGT----AAAT-------GC----------------TACA---GATGCAACACA-ATTTtt
gi|131618 : TAACATTT---A-GATCTAGC-TGAGAAGG-GT----------TTTAGG---TACAGGT----AATT-------ACCGT---------ACAGTATGGTAGATTAAACAAA-ATTTTGACTACAcacaattttgcccatgaccatt
gi|131619 : TAACATTT---A-GATCTAAC-TGAGAAAG-GTAGGTCTATGTTTTATGCAATACAGAT----gccatt
gi|131620 : TAATATTT---A-GATCTAGC-TGAGA-----TAGGTCTATGATT---------CA----------------------T---------GAAGAATA---GGTGTAACAAA-ATTTTGCCCACAACCAtttgctcacaaccatt
gi|131621 : AACACACCAAA-GATATAGC-CATAAAAA-GAAGGTTTACGTTTTAGG---TACAGAT----ATATATTACCCGGTAC---------GCAGTATG---GATAAAACACA-GTT
gi|131622 : AC---A-GATCTAGC-CATGAAAA-GTAGGTCTACGTTTTGGG---TACAGATTATGATAT-------ATATTACCCGGTACGCAGTATG---GATGAAACACA-GTTATGCCT
gi|131625 : AGC-TCAGAAAG-GTATGTCAACGTTCTAAG---TACAGAT----AAAT-----------------------AGTACA---GATATAACACA-Attgattatt
gi|131623 : AAAAAAA-GTGGGTCTACTTCCTGGG---TACAGTT----AAAT-------GCTAT---------GCAGTATG---GATGTAACACA-ATTTat
gi|131626 : atgtggcttAGGAAG-GTAGGTTGATGTTCTGGG---TACTGGT----AAAT-------GCCAT---------ACAATACG---GATGTAACACA-ACTTTTCCTA
gi|131624 : TAGGCCTACGTTTTGGG---TAAAGGT----AATT-------TCTAT---------ACAGTATG---AATGGAACAAATATTTTGCCTATGACCAtgatc
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 2 2 2 2 2 4444 333 22 66666666666 4444 333 0 1 2
lowQualScore : . . . . . .... ... .. ........... .... ... . . .
lowQualScore : 2 1 1 0 0 2222 555 88 00000000000 2222 555 1 2 0
consensus : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AAGA-AAG-GT----AGGTCTACGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTACG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCACGACCA
Reference ( family-828 ) : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AAGA-AAG-GT----AGGTCTACGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTACG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCACGACCA
gi|131607 : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AAGA-AAG-GT----AGGTCTACATTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----CTGCAGTTCA---GATGAAACAAA-ATTTTATCCACGACCA
gi|131608 : TAACATATAGAT-CTAGA-T-AAGA-AAG-GT----ATATCTATGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTTGG---GATACAACAAA-ATTTTATCCATGACCAtt
gi|131609 : TAACATACAGAT-CTAGC-C-AAGA-AAA-GT----ATGTCTATGTTTTGG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----TTGCAGTATG---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAAGCAtt
gi|131610 : TAACATACAGAT-TTAGC-T-AAGA-ACG-GTCACAAAG-----GTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTTCG---GATGTAACAAA-ATTTTATCCACGACTA
gi|131611 : TAACATTTAGAT-CTAGC-T-GAGA-AAG-AT----G----TACGCTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTACG---GGTGTTACAAA-AATTTACCCACGACtt
gi|131612 : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AATA-AAG-GT----AGGCCTTCATTTTAG---GAACAGACAA--AT-----------GCT----ATGTAGTTTG---GATGTAACAAA-ATCTTATCCACG
gi|131613 : ATAGAAACTAAC-T-GAGA-AAG-GT----AGGTCTACATTTAAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGAATG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCAATACCA
gi|131614 : taaTAACATATAGAT-CTAGC-C-AAAA-AAAAGT----AGGTCT------TAGTGAGTATAGGTAA--AC-----------GTT----ATGCAGTACA---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAATCAtt
gi|131615 : AATACAT-GAT-CTGCT-T-GAGA-AAG-GT----AGGTCTATGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCTACAGATGCAACAC----AATTT--CACA-ATTTTGCCCATGACCAtt
gi|131616 : taTAACATATACAT----GCAT-ATGA-AAG-GC----AGGTCTACCTTTTGG---GTATAGGTAA--AT-----------ACC----ATGCAATACA---GATGCAACACA-ATTTTGCCTACAAGCAtt
gi|131617 : TAACATATAGAT-TTAGC-C-AAGA-AGG-GT----AGGTCTACGT-----------------------------------T----ATGCAATACA---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAATCA
gi|131618 : TAACATTTAGAT-CTAGC-T-GAGA-AGG-GT--------------TTTAG---GTACAGGTAA--TT-----------ACC----GTACAGTATGGTAGATTAAACAAA-ATTTTGACTACAGCCAtt
gi|131619 : TAACATTTAGAT-CTAAC-T-GAGA-AAG-GT----AGGTCTATGTTTTA-------------------------------------TGCAATACA---GAT-----------TTTGCTCACAACCAtt
gi|131620 : TAATATTTAGAT-CTAGC-T-GAGA------T----AGGTCTATGATTCA-------------------------------------TGAAGAATA---GGTGTAACAAA-ATTTTGCCCACAACCAtt
gi|131621 : AGAT-ATAGC-C-ATAA-AAA-GA----AGGTTTACGTTTTAG---GTACAGATAT--ATATTACCC----GGT----ACGCAGTATG---GATAAAACACA-GTT
gi|131622 : aacacaccaaACAGAT-CTAGC-C-ATGA-AAA-GT----AGGTCTACGTTTTGG---GTACAGATTATGATATATATTACCCGGT----ACGCAGTATG---GATGAAACACA-GTTATGCC
gi|131623 : AT-GTGGC-TTAAAA-AAA-GT----GGGTCTACTTCCTGG---GTACAGTTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTATG---GATGTAACACA-ATTTtttgattatt
gi|131624 : AT-TTAAC-T-TAGGTAAC-TT----AGGCCTACGTTTTGG---GTAAAGGTAA--TT-----------TCT----ATACAGTATG---AATGGAACAAATATTTTGCCTATGACCA
gi|131625 : AGC-T-CAGA-AAG-GT----ATGTCAACGTTCTAA---GTACAGATAA--AT----------------------AGTACA---GATATAACACA-
gi|131626 : AGG-AAG-GT----AGGTTGATGTTCTGG---GTACTGGTAA--AT-----------GCC----ATACAATACG---GATGTAACACA-ACTTTTCCTATGATCat
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 2 2 2 2 2 4444 333 22 66666666666 4444 333 0 1 2
lowQualScore : . . . . . .... ... .. ........... .... ... . . .
lowQualScore : 2 1 1 0 0 2222 555 88 00000000000 2222 555 1 2 0
consensus : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AAGA-AAG-GT----AGGTCTACGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTACG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCACGACCA
Reference ( family-828 ) : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AAGA-AAG-GT----AGGTCTACGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTACG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCACGACCA
gi|131607 : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AAGA-AAG-GT----AGGTCTACATTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----CTGCAGTTCA---GATGAAACAAA-ATTTTATCCACGACCA
gi|131608 : TAACATATAGAT-CTAGA-T-AAGA-AAG-GT----ATATCTATGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTTGG---GATACAACAAA-ATTTTATCCATGACCAtt
gi|131609 : TAACATACAGAT-CTAGC-C-AAGA-AAA-GT----ATGTCTATGTTTTGG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----TTGCAGTATG---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAAGCAtt
gi|131610 : TAACATACAGAT-TTAGC-T-AAGA-ACG-GTCACAAAG-----GTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTTCG---GATGTAACAAA-ATTTTATCCACGACTA
gi|131611 : TAACATTTAGAT-CTAGC-T-GAGA-AAG-AT----G----TACGCTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTACG---GGTGTTACAAA-AATTTACCCACGACtt
gi|131612 : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AATA-AAG-GT----AGGCCTTCATTTTAG---GAACAGACAA--AT-----------GCT----ATGTAGTTTG---GATGTAACAAA-ATCTTATCCACG
gi|131613 : ATAGAAACTAAC-T-GAGA-AAG-GT----AGGTCTACATTTAAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGAATG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCAATACCA
gi|131614 : taaTAACATATAGAT-CTAGC-C-AAAA-AAAAGT----AGGTCT------TAGTGAGTATAGGTAA--AC-----------GTT----ATGCAGTACA---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAATCAtt
gi|131615 : AATACAT-GAT-CTGCT-T-GAGA-AAG-GT----AGGTCTATGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCTACAGATGCAACAC----AATTT--CACA-ATTTTGCCCATGACCAtt
gi|131616 : taTAACATATACAT----GCAT-ATGA-AAG-GC----AGGTCTACCTTTTGG---GTATAGGTAA--AT-----------ACC----ATGCAATACA---GATGCAACACA-ATTTTGCCTACAAGCAtt
gi|131617 : TAACATATAGAT-TTAGC-C-AAGA-AGG-GT----AGGTCTACGT-----------------------------------T----ATGCAATACA---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAATCA
gi|131618 : TAACATTTAGAT-CTAGC-T-GAGA-AGG-GT--------------TTTAG---GTACAGGTAA--TT-----------ACC----GTACAGTATGGTAGATTAAACAAA-ATTTTGACTACAGCCAtt
gi|131619 : TAACATTTAGAT-CTAAC-T-GAGA-AAG-GT----AGGTCTATGTTTTA-------------------------------------TGCAATACA---GAT-----------TTTGCTCACAACCAtt
gi|131620 : TAATATTTAGAT-CTAGC-T-GAGA------T----AGGTCTATGATTCA-------------------------------------TGAAGAATA---GGTGTAACAAA-ATTTTGCCCACAACCAtt
gi|131621 : AGAT-ATAGC-C-ATAA-AAA-GA----AGGTTTACGTTTTAG---GTACAGATAT--ATATTACCC----GGT----ACGCAGTATG---GATAAAACACA-GTT
gi|131622 : aacacaccaaACAGAT-CTAGC-C-ATGA-AAA-GT----AGGTCTACGTTTTGG---GTACAGATTATGATATATATTACCCGGT----ACGCAGTATG---GATGAAACACA-GTTATGCC
gi|131623 : AT-GTGGC-TTAAAA-AAA-GT----GGGTCTACTTCCTGG---GTACAGTTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTATG---GATGTAACACA-ATTTtttgattatt
gi|131624 : AT-TTAAC-T-TAGGTAAC-TT----AGGCCTACGTTTTGG---GTAAAGGTAA--TT-----------TCT----ATACAGTATG---AATGGAACAAATATTTTGCCTATGACCA
gi|131625 : AGC-T-CAGA-AAG-GT----ATGTCAACGTTCTAA---GTACAGATAA--AT----------------------AGTACA---GATATAACACA-
gi|131626 : AGG-AAG-GT----AGGTTGATGTTCTGG---GTACTGGTAA--AT-----------GCC----ATACAATACG---GATGTAACACA-ACTTTTCCTATGATCat
blockSeqs : A A T T A CACA TGA TG ATATATTACCC ACAG GTA A T
blockSeqs : . . . . . . . . ATTACCC . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AAGA-AAG-GT----AGGTCTACGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTACG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCACGACCA
finalCons : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AAGA-AAG-GT----AGGTCTACGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTACG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCACGACCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 2 2 2 2 2 4444 333 22 66666666666 4444 333 0 1 2
lowQualScore : . . . . . .... ... .. ........... .... ... . . .
lowQualScore : 2 1 1 0 0 2222 555 88 00000000000 2222 555 1 2 0
consensus : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AAGA-AAG-GT----AGGTCTACGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTACG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCACGACCA
Reference ( family-828 ) : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AAGA-AAG-GT----AGGTCTACGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTACG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCACGACCA
gi|131607 : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AAGA-AAG-GT----AGGTCTACATTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----CTGCAGTTCA---GATGAAACAAA-ATTTTATCCACGACCA
gi|131608 : TAACATATAGAT-CTAGA-T-AAGA-AAG-GT----ATATCTATGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTTGG---GATACAACAAA-ATTTTATCCATGACCAtt
gi|131609 : TAACATACAGAT-CTAGC-C-AAGA-AAA-GT----ATGTCTATGTTTTGG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----TTGCAGTATG---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAAGCAtt
gi|131610 : TAACATACAGAT-TTAGC-T-AAGA-ACG-GTCACAAAG-----GTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTTCG---GATGTAACAAA-ATTTTATCCACGACTA
gi|131611 : TAACATTTAGAT-CTAGC-T-GAGA-AAG-AT----G----TACGCTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTACG---GGTGTTACAAA-AATTTACCCACGACtt
gi|131612 : TAACATATAGAT-CTAGC-T-AATA-AAG-GT----AGGCCTTCATTTTAG---GAACAGACAA--AT-----------GCT----ATGTAGTTTG---GATGTAACAAA-ATCTTATCCACG
gi|131613 : ATAGAAACTAAC-T-GAGA-AAG-GT----AGGTCTACATTTAAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCT----ATGCAGAATG---GATGTAACACA-ATTTTGCCCAATACCA
gi|131614 : taaTAACATATAGAT-CTAGC-C-AAAA-AAAAGT----AGGTCT------TAGTGAGTATAGGTAA--AC-----------GTT----ATGCAGTACA---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAATCAtt
gi|131615 : AATACAT-GAT-CTGCT-T-GAGA-AAG-GT----AGGTCTATGTTTTAG---GTACAGGTAA--AT-----------GCTACAGATGCAACAC----AATTT--CACA-ATTTTGCCCATGACCAtt
gi|131616 : taTAACATATACAT----GCAT-ATGA-AAG-GC----AGGTCTACCTTTTGG---GTATAGGTAA--AT-----------ACC----ATGCAATACA---GATGCAACACA-ATTTTGCCTACAAGCAtt
gi|131617 : TAACATATAGAT-TTAGC-C-AAGA-AGG-GT----AGGTCTACGT-----------------------------------T----ATGCAATACA---GATGTAACACA-ATTTTGCCTACAATCA
gi|131618 : TAACATTTAGAT-CTAGC-T-GAGA-AGG-GT--------------TTTAG---GTACAGGTAA--TT-----------ACC----GTACAGTATGGTAGATTAAACAAA-ATTTTGACTACAGCCAtt
gi|131619 : TAACATTTAGAT-CTAAC-T-GAGA-AAG-GT----AGGTCTATGTTTTA-------------------------------------TGCAATACA---GAT-----------TTTGCTCACAACCAtt
gi|131620 : TAATATTTAGAT-CTAGC-T-GAGA------T----AGGTCTATGATTCA-------------------------------------TGAAGAATA---GGTGTAACAAA-ATTTTGCCCACAACCAtt
gi|131621 : AGAT-ATAGC-C-ATAA-AAA-GA----AGGTTTACGTTTTAG---GTACAGATAT--ATATTACCC----GGT----ACGCAGTATG---GATAAAACACA-GTT
gi|131622 : aacacaccaaACAGAT-CTAGC-C-ATGA-AAA-GT----AGGTCTACGTTTTGG---GTACAGATTATGATATATATTACCCGGT----ACGCAGTATG---GATGAAACACA-GTTATGCC
gi|131623 : AT-GTGGC-TTAAAA-AAA-GT----GGGTCTACTTCCTGG---GTACAGTTAA--AT-----------GCT----ATGCAGTATG---GATGTAACACA-ATTTtttgattatt
gi|131624 : AT-TTAAC-T-TAGGTAAC-TT----AGGCCTACGTTTTGG---GTAAAGGTAA--TT-----------TCT----ATACAGTATG---AATGGAACAAATATTTTGCCTATGACCA
gi|131625 : AGC-T-CAGA-AAG-GT----ATGTCAACGTTCTAA---GTACAGATAA--AT----------------------AGTACA---GATATAACACA-
gi|131626 : AGG-AAG-GT----AGGTTGATGTTCTGG---GTACTGGTAA--AT-----------GCC----ATACAATACG---GATGTAACACA-ACTTTTCCTATGATCat