lowQualScore : 11111 11111 111111111 111111111 111111 33333333333333333333333 11 111 111 111 11111 1 111111 11
lowQualScore : 5 4 00000 00000 0 3 55 4 1 4 0 777 1 4 7777 7777 3 4 2 55 0 666 1 999999 888888888 4 666666666 3 4 444444 55 8 55 55555555555555555555555 777 3 4 5 3 4 1 55 7 55 4 55 4 6 1 4 4 3 3 3 44 44 44 1 66 55 222 222 111 3 3 555 99 6 88888 7 1 5 0 000000 1 7 00 3 7 666 0 4 0 0 9999 5 55 0 6
lowQualScore : . . ..... ..... . . .. . . . . ... . . .... .... . . . .. . ... . ...... ......... . ......... . . ...... .. . .. ....................... ... . . . . . . .. . .. . .. . . . . . . . . .. .. .. . .. .. ... ... ... . . ... .. . ..... . . . . ...... . . .. . . ... . . . . .... . .. . .
lowQualScore : 5 0 00000 00000 6 0 55 0 1 4 1 888 3 0 9999 7777 6 1 8 00 5 444 6 666666 888888888 0 000000000 2 0 888888 55 0 55 44444444444444444444444 444 2 0 6 2 0 2 55 9 55 0 55 0 0 4 0 0 0 3 3 66 66 66 3 33 00 777 777 777 3 3 888 22 7 22222 6 4 0 5 555555 4 3 00 6 3 333 5 4 8 2 9999 0 99 5 0
consensus : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACANA--GTCCC-TTATAATTATAATGATTCCATTCGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA---------T-GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATN-----ATTATAAA--ACAA-TATATAAGT--AGAA---AAAG-A-------------AAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTG--TCTCC--ACAAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATNATACA-TAA-ATC--TG--A--AAAATGTAAAAT-TAAT--AGTCT---TT---ATTT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAA--TG-GTTCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
Reference ( gi|7859 ) : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATA--GTCCC-TTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA---------T-GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-TATATAAGT--AGAA---AATG-A-------------AAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTG--TCTAC--ACAAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCGTCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATC--TG--A--AAAATGTAAAAT-AAAT--AGTCT---TT---ATTT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTTAATGTTATTTTTGGCAATACAGCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAA--TG-GTTCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAAATG
gi|7860 : AAGAAACATTTTTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CTAAGCAGATATTTATAGTTTAGCATA--GTCCC-TTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACGATTGATGTA---AACAATAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA---------T-GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATT-----ATTATAAA--ACAA-TATATAAGT--AGAA---AAAG-A-------------AAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAAAAATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTG--TCTAC--ACAAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATC--TG--A--AAAATGTAAAAT-TAAT--AGTCT---TT---ATTT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTCAA--TG-GTTCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7861 : AAGAAACATTTTTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATA--GTCCC-TTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-CATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAAATAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA---------T-GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATT-----ATTATAAA--ACAA-TATATAAGT--AGAA---AAAGAA-------------AAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGAAGCAGGAAATTTTCA-CTGAAGTACTG--TCTAC--ACAAAA-AAAGCA--AA-GAGTCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATC--TG--A--AAAATGTAATAT-TAAT--AGTCT---TT---ATTT---TTAAGATATAAAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATATATCGTTCTGTTTCA------TACATCATTT-TAATATAGTGTTTGAA--TG-GTTCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7862 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATA--GTCCC-TAATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA---------T-GT---------AAAATTGTTATATAAACATTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGAATC-----ATTATAAA--ACAA-TATATAAGT--AGAA---AAAG-A-------------AAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAAGATATTTTCA-CTAAAGTACTG--TCTAC--ACAAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATC--TG--A--AAAATGTAAAAT-TAAT--AGACT---TT---ATTT---TTAAGATAT-AAGAGGAGTGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTAA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAA--TG-GTGCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGAGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCATAAA
gi|7863 : AAGAAACATGATTATGAGTGT-GCATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATAGTTTTAGTTTAACAGA--GTCCC-TTATAAGTATAAGGATATCAATCGTGACAAATAA-AGTATAGGCTATACTATTCATTTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAAT------------------AAGATAACAT----C-TCATTAGAATACAC--ATGTGTACTATGTGTACTAAGATGTGAAAGT-----T-GT---------AAAATTGTTATTTAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAGAAACAAAACAGTAGC-TGGATG-----ATTATAAA--AAAA-TATATAAGT--AGAG---AAAG-A-------------AAAA---TAAAAC-ACAA---AAAA--------GCGGCATGAGATTTTCA-CTCAAGTACTG--TCTCC--ACAAAA-TTAGAA--AA-GAAGTCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCATACATTAATATG--TG--A--AAACTGTTAAAT-TAAT--AGTCT---TT---GTTT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATTAA
gi|7864 : AAGAAACATGATTAAGAGTGT-ACATGTTTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTACAGTTTAACAGA--GTCCC-TTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTA-ACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAAATCTTATATTATTGCAAAA
gi|7865 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACAGA--GTTCC-TTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACCAAA-AACATAGGCTATACTATTGATGT----AACAGTAATTAAGATCTTATATAATTACAAAATGT-G
gi|7866 : AAGAAAGATGATTATGATTATTGCATGTGTAAAC-----ACTGTTT-----TCTAGCAAATAGTTATAGTTAAACAGG--GTCCT-TTATAATTATAATGTTTTGATCCGTGA---AAAACAGTGTTGGCTATACTATTCATGTA---AACAACAATTAAAATCTTGCATTATTGCAAGATCTGGT---TTTCACAAGT
gi|7867 : AAGAAACAT------GAGTAT-GCATGTGTAATC-----ACGATTT-----TCAAGCAAAAGGTTACAGTTAAACATA--G-----------TTATAATGTCTCGATTCGTGA---AAAA-AGTGTTAGCTATACTATAAATGTATATAACAGTAATTAATATCTTATATTATTGCAAAATCT-GCTTTTTTTACCAATAAGATATATTTACAC-T-TTTACACTACAC--ATGTGTTTT
gi|7868 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAACGGGGGA--ATTTCTGTCCCATG-AGTCATCTATAGTGTAACTTCCTGTCCCATTACA
gi|7869 : AACATGATTAAGAGTGC-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATAGTTATAGCTTAACAGA--GTCCC-TTATAATTATAATGATTCCATTCGTAACACAAAA-AATATAGGCAATACTATTCATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATAATTGCAGAATTT-GG---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TTATTAAAATACAT--ATGCGTTCTATG---ACAA------GATTTGAAAGTT-GT---------AAAATTGTTATATAAACA-----CTTTTCTTTTAATGAGAAATAAAACAGAAGT-TGGATG-----ATTATAAA--ACAA-TATATGAGT--AGA-------G-A-------------AAAAA--------AACAATAAAAAA-AG--GAAGCAGCATGAGA-TTTCA-CTCAAGTTCTG--TCTCC--ACAAAA-TTAGAA--AT-GAGGCCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCACACT-TGA-ATCTGTG--A--AAAATGTAAAAT-TAAC--AGTCTTTATT---ATTT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ACAG--GTTCCATAACAA-ATCATTTTT-----TTCAACCTCAAGGTTGTTTTTGGCAGTACATCGTTCTGTTTCA------TACAAAATTT-TAATATAGTGTTTGAA--TG-GTTCAAAAATAGGAAT-ATTGTTTTTTTTATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAATATACAGCAGCCTATTTT-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7870 : TTT-GG---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAATTAGAATACAC--ATGTGTTCTATG---ACAA------AA---------T-GTGAAAGTTGTAAAATTGCTATATAAACACCTTCCTTTTCTTTTAATGAGAAATAAAACAGAAGT-TGGATG-----ATAATAAA--ACAA-TATATAAGT--AGA-------G-A-------------AAGGA-AAAAAACAACAATAAAAAA-A--CGAAGCAGCTGGAGAATTTCA-CTGAAGTACTG--TCTCC--GCAAAAATAA-CA--AT-GAGGTCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCATACA-TGA-ATC--TGTGA--AAAAAGTCAAAT-TAAT--AGTCT---TT---ATTT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ACAG--GTTCCATAACAA-ATCAAGTTT-----TTCCACCTCAAGGTTATTTTTTGTAATTAATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAA--TG-GTCCAGAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATCTGTTGACAGTATATGTAGTGTTCAGCAGTATACAGCAGCCTATTCA-AAACTGTTTC--G-A-ATTCCATACTGCAAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7871 : TTT-AC---TTTTATAAA---AATAAATT----TATAAT---AGTACTTTGATATGGTATAT-------A------GA---------TTAT---------AAAAAC-TTACATGAACA-------TCTATTTTAGTAAAAAGAGAAAAAAAACTCTTGCTTTTAAGGTTATAAAGAACAAATTTATAAATCAGGAATGAAATG-ATTGCCAAAAAAAAAAAAA-AAAAAAAAACAAGATGAAA-AATTG---CCCTAAGAAATTCTAAACTAACATGCTG--TGTCCCAACAACA-CATACATGAT-AAAGCCATCCTAGCGGGTAATGTGTTTGCCATTCA-GTA-ACC--TG--TGTAAACTGTAAAATTAAATCTATTCTGTTTC---ATTT---TT----TAT---------TTTTTAATAT--GATTCATAACAA-ATAAAAGTT-----TTTCATCTCAAGGTTATTTTTGGCAATACATAGTACTGCATCG------TATAACATTT-TAATATAATGTTTGAA--TGAGTT
gi|7860 : T----C-TGGTCATAGAACAC--ATGTGTACTCTA---ACTA------GA---------
gi|7861 : aagaaacatttttaagagtgtacatgtgtaaacactatttctaagcagatatttatagtttagcatagtcccttataattataatgattccatttgtgacacaaaaaatataggctatacgattgatgtaaacaataattaagatcttatattattgcaaaatttgctttcacaaataagataaacT----C-TGGTCATAGAACAC--ATGTGTACTCTA---ACTA------GA---------tgtaaaattgttatataaacactttccttttcttttaatgaaaaataaaacagaagttggattattataaaacaatatataagtagaaaaagaaaaaacaaaaacaacaatagaaaaaaatcgaggcagcaggagattttcactaaagtactgtctacacaaaataagcaaagaggccatcctggagggcaacttttataatacataaatctgaaaaatgtaaaattaatagtctttatttttaagatataaggggaatgtataggttccataacaaatcaaatttttccacctcaatgttatttttggcaatacatcgttctgtttcatacaacattttaatatagtgtttcaatggttcaaaaataggaatattgtttttcattttttgacagtatatgaagtgtttagcagtatatagcagcctattcaaaacagtttcgaatttcatactgccaaagattatgtctgaagatg
gi|7862 : aagaaacatttttaagagtgtacatgtgtaaacactatttccaagcagatatttatagtttaacatagtcccttataattataatgattccatttgtgacacaaaacatataggctatactattgatgtaaacagtaaataagatcttatattattgcaaaatttgctttcacaaataagataaacT----C-TGGTCATAGAACAC--ATGTGTACTCTA---ACTA------GA---------tgtaaaattgttatataaacactttccttttcttttaatgaaaaataaaacagaagttggattattataaaacaatatataagtagaaaaagaaaaaaacaaaaacaacaatagaaaaaatcgaggaagcaggaaattttcactgaagtactgtctacacaaaaaaagcaaagagtccatcctggagggcaacttttataatacataaatctgaaaaatgtaatattaatagtctttatttttaagatataaaggggaatgtataggttccataacaaatcaaatttttccacctcaatgttatttttggcaatatatcgttctgtttcatacatcattttaatatagtgtttgaatggttcaaaaataggaatattgtttttcattttttgacagtatatgaagtgtttagcagtatatagcagcctattcaaaacagtttcgaatttcatactgccaaagattatgtctgaagatg
gi|7872 : aagaaacattattaagagtgtacatgtgtaaacactatttccaagcagatatttatagtttaacatagtccctaataattataatgattccatttgtgacacaaaaaatataggctatactattgatgtaaacagtaattaagatcttatattattgcaaaatttgctttcacaaataagataaac---ACCA------GA---------T-GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-TATATAAGT--AGAA---AAAGAA-------------AAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATGGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTAATG--TCT-C--GCAAAA-TTAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTACAATACA-TAA-ATC--TG--A--AAAATGTAAAAT-TAAT--AGTCT---TT---ATTT---TTACGATGT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAGTGTTATTTTTGGCAATATATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAA--TG-GTTCAAAAATTGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATtgtaaaattgttatataaacattttccttttcttttaatgaaaaataaaacagaagttgaatcattataaaacaatatataagtagaaaaagaaaaaacaaaaacaacaatagaaaaaatcgaggcagcaagatattttcactaaagtactgtctacacaaaataagcaaagaggccatcctggagggcaacttttataatacataaatctgaaaaatgtaaaattaatagactttatttttaagatataagaggagtgtataggttccataacaaatcaaatttttccacctcaatgttatttttggcaatacatcgttctgtttaatacaacattttaatatagtgtttgaatggtgcaaaaataggaatattgtttttcattttttgacagtatatgaagagtttagcagtatatagcagcctattcataaa
gi|7873 : CCG------GA---------T-GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-TATATAAGT--AGAA---AAAG-A-------------AAAAAACAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAG---GAGATTTTCA-TTAAAGTATTG--TCTCC--ACAAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATC--TG--A--AAAATGTAAAAT-TAAT--AGTCT---TT---ATTT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATCT-----TTCCACCTCAATGTTTTTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAA--TG-GTTCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGGAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--A-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7874 : ---------T-GT---------AGAATTGTTAAATAAACATTTTCGTTTTCTTTTAATGAGAAATAAAACAGTAGT-TTGATG-----ATTAT-AA--ATAATTATACAAGT--AGA-------G-A-------------AAAAA-C----ACACCAA-AAAAAC-AA-CAAAGCAGCATGAGATTTTCA-CTCAAGTACTGTCTCTAC--A-AAAA-TA--CA--AATGAAGCCATTGTGGAGGGCATC-T-TTTATCATTCA-TTT-ATC--TG--T--AAAAT
gi|7875 : -TAA-AAC--TG--A--AAGA-GTAACAT-GAAA--AATGT---TTCAAATTTGTATCAAGATAT-AAGTGG--CTT---ATAGTCATTCCA-AATAATATCAAAATTGGGTATTTTAC---AAT-TTATTGTT-GCAAGATACCGTTCTGTATTA------TACAG-ATTTATAATATGTTTTTTAAAGTTG---TCAAGTGTAGGTTTAACTG---TTTTAAGTTTCTGGGTGTAAATAAATTTCTTTGCAATTAATATTATTTTATTCA-AAACTTTGTCAAA-A-ATTT--TATTTCCGAACATAATGTCTG
gi|7876 : -TAA-AAC--TG--A--AAGA-GTAACAT-GAAA--AATGT---TTCAAATTTGTATCAAGATAT-AAGTGG--CTT---ATAGTCATTCCA-AATAATATCAAAATTGGGTATTTTAC---AAT-TTATTGTT-GCAAGATACCGTTCTGTATTA------TACAG-ATTTATAATATA-TTTTTAAAGTTG---TCAAGTGTAGGTTTAACTG---TTTTAAGTTTCTGGGTGTAAATAAATTTCTTTGCAATTAATATTATTTTATTCA-AAACTTTGTC--A-A-AAATGTTATTTCCGAACATAATGTCTG
gi|7877 : T---TTAAGATGT-AAGAGGTATGT---AAAT--GTTCCATAACAA-ATCAAACCT-----TTCCACCACAACGTTATTTTTGGCAAATCATTGTTCAGTATCATAATTTTATAGCATTT-TACTTTAGTGAATAAA--AT-GCTCAAAAGTGGGGTT-ATTC--TTTTTTA--TTTTGACAGAACATGAAATATTTAGCAGTATAAAGCA
gi|7878 : aaaaggttaaaatttacttgttatactgcTTGAAAATTAGGAAT-ATTC--CTTTTCATTCTGTTACAGTATATGAAAT-TTTAGCAGTATAGAGCAGCCGATTGA-ATACAGTACC--ATACATTT--TACTTCCAAAGA--GTGTCTGAA
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 111111111 111111 22222222222222222 111 1111 111 11111
lowQualScore : 4 3 99999 99999 1 4 777 0 3 777 9999 4 2 66 777 111111 7777 888888888 444444444 3 000000 55 3 3 3 55555555555555555 2 7 77 2 3 4 2 3 0 3 55 3 3 55 3 0 3 3 1 3 3 88 33 1 3 555 555 000 1111 000 3 2 555 88 6 66666 0 999999 0 6 1 3 88 6 555 4 7777 4 3
lowQualScore : . . ..... ..... . . ... . . ... .... . . .. ... ...... .... ......... ......... . ...... .. . . . ................. . . .. . . . . . . . .. . . .. . . . . . . . .. .. . . ... ... ... .... ... . . ... .. . ..... . ...... . . . . .. . ... . .... . .
lowQualScore : 2 6 11111 11111 0 0 000 4 6 000 4444 4 0 11 888 555555 7777 222222222 555555555 6 111111 00 6 6 6 55555555555555555 6 3 33 1 6 3 0 6 3 6 00 6 6 00 6 5 6 6 0 1 1 55 99 6 1 444 444 888 9999 888 1 4 444 55 2 77777 4 666666 4 7 3 3 55 7 000 0 7777 4 9
consensus : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACANAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTCGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATN-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTCC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
Reference ( family-823 ) : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACANAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTCGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATN-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTCC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATNATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7859 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAATG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCGTCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATAAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTTAATGTTATTTTTGGCAATACAGCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAAATG
gi|7860 : AAGAAACATTTTTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CTAAGCAGATATTTATAGTTTAGCATAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACGATTGATGTA---AACAATAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATT-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAAAAATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTCAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7861 : AAGAAACATTTTTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-CATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAAATAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATT-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAGAAAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGAAGCAGGAAATTTTCA-CTGAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-AAAGCA--AA-GAGTCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AATATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATATAAAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATATATCGTTCTGTTTCA------TACATCATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7862 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATAGTCCCTAATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACATTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGAATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAAGATATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGACT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGAGGAGTGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTAA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--GCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGAGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCATAAA
gi|7863 : AAGAAACATGATTATGAGTGT-GCATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATAGTTTTAGTTTAACAGAGTCCCTTATAAGTATAAGGATATCAATCGTGACAAATAA-AGTATAGGCTATACTATTCATTTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAAT------------------AAGATAACAT----C-TCATTAGAATACAC--ATGTGTACTATGTGTACTAAGATGTGAAAGTT---------GT---------AAAATTGTTATTTAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAGAAACAAAACAGTAGC-TGGATG-----ATTATAAA--AAAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AGAAAG-AAAAA---TAAAAC-ACAA---AAAA--------GCGGCATGAGATTTTCA-CTCAAGTACTGTCTCC--AC-AAAA-TTAGAA--AA-GAAGTCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCATACATTAATATGTG--A--AAACTGT-TAAATTAA---TAGTCT---TT---GT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATTAA
gi|7864 : AAGAAACATGATTAAGAGTGT-ACATGTTTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTACAGTTTAACAGAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTA-ACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAAATCTTATATTATTGCAAAA
gi|7865 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACAGAGTTCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACCAAA-AACATAGGCTATACTATTGATGT----AACAGTAATTAAGATCTTATATAATTACAAAATGT-G
gi|7866 : AAGAAAGATGATTATGATTATTGCATGTGTAAAC-----ACTGTTT-----TCTAGCAAATAGTTATAGTTAAACAGGGTCCTTTATAATTATAATGTTTTGATCCGTGA---AAAACAGTGTTGGCTATACTATTCATGTA---AACAACAATTAAAATCTTGCATTATTGCAAGATCTGGT---TTTCACAAGT
gi|7867 : AAGAAACAT------GAGTAT-GCATGTGTAATC-----ACGATTT-----TCAAGCAAAAGGTTACAGTTAAACATAG----------TTATAATGTCTCGATTCGTGA---AAAA-AGTGTTAGCTATACTATAAATGTATATAACAGTAATTAATATCTTATATTATTGCAAAATCT-GCTTTTTTTACCAATAAGATATATTTACAC-T-TTTACACTACAC--ATGTGTTTT
gi|7868 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAACGGGGGA--ATTTCTGTCCCATG-AGTCATCTATAGTGTAAC
gi|7869 : AACATGATTAAGAGTGC-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATAGTTATAGCTTAACAGAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTCGTAACACAAAA-AATATAGGCAATACTATTCATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATAATTGCAGAATTT-GG---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TTATTAAAATACAT--ATGCGTTCTATG---ACAA------GA----TTTGAAAGTTGT---------AAAATTGTTATATAAACACTTT-----TCTTTTAATGAGAAATAAAACAGAAGT-TGGATG-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATGAGT-AG-----------------A----G-AAAAAA--------AACAATAAAAAA-AG--GAAGCAGCATGAGATTT-CA-CTCAAGTTCTGTCTCC--AC-AAAA-TTAGAA--AT-GAGGCCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCACACT-TGA-ATCTGTGA--AAAATGT-AAAATTAA---CAGTCT---TT---ATTAT-TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ACAG--GTTCCATAACAA-ATCATTTTT-----TTCAACCTCAAGGTTGTTTTTGGCAGTACATCGTTCTGTTTCA------TACAAAATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTGTTTTTTTTATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAATATACAGCAGCCTATTTT-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATGttcctgtcccattaca
gi|7870 : TTT-GG---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAATTAGAATACAC--ATGTGTTCTATG---ACAA------AA----T---------GTGAAAGTTGTAAAATTGCTATATAAACACCTTCCTTTTCTTTTAATGAGAAATAAAACAGAAGT-TGGATG-----ATAATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AGAAAG-GAAAAA-----AACAACAATAAAAAA-A--CGAAGCAGCTGGAGAATTTCA-CTGAAGTACTGTCTCC--GC-AAAAATAA-CA--AT-GAGGTCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCATACA-TGA-ATCTGTGA--AAAAAGT-CAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ACAG--GTTCCATAACAA-ATCAAGTTT-----TTCCACCTCAAGGTTATTTTTTGTAATTAATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--CCAGAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATCTGTTGACAGTATATGTAGTGTTCAGCAGTATACAGCAGCCTATTCA-AAACTGTTTC--G-A-ATTCCATACTGCAAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7871 : TTT-AC---TTTTATAAA---AATAAATT----TATAAT---AGTACTTTGATATGGTATAT-------A------GA----TT--------AT---------AAAAAC-TTACATGAACA-------TCTATTTTAGTAAAAAGAGAAAAAAAACTCTTGCTTTTAAGGTTATAAAGAACAAAT-TTATAAATCAGGAATGAAATGATTGCCAAAAAAA-AAAAAA-AAAAAAAAACAAGATGAAA-AATTG---CCCTAAGAAATTCTAAACTAACATGCTGTGTCCCAAC-AACA-CATACATGAT-AAAGCCATCCTAGCGGGTAATGTGTTTGCCATTCA-GTA-ACCTG--TGTAAACTGT-AAAATTAAATCTATTCTGTTTC---AT----TT---TT----TAT---------TTTTTAATAT--GATTCATAACAA-ATAAAAGTT-----TTTCATCTCAAGGTTATTTTTGGCAATACATAGTACTGCATCG------TATAACATTT-TAATATAATGTTTGAATGAGT--T
gi|7872 : ---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAGAAAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATGGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTAATGTCT-C--GC-AAAA-TTAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTACAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTACGATGT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAGTGTTATTTTTGGCAATATATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATTGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTAT
gi|7873 : CCG------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAAACAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAG---GAGATTTTCA-TTAAAGTATTGTCTCC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATCT-----TTCCACCTCAATGTTTTTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGGAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--A-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7874 : ----T---------GT---------AGAATTGTTAAATAAACATTTTCGTTTTCTTTTAATGAGAAATAAAACAGTAGT-TTGATG-----ATTATAAA---TAA-TTATACAAGT-AG-----------------A----G-AAAAAA-CA----CACCAA-AAAAAC-AA-CAAAGCAGCATGAGATTTTCA-CTCAAGTACTGTCTCT--ACAAAAA-TA--CA--AATGAAGCCATTGTGGAGGGCATC-T-TTTATCATTCA-TTT-ATCTG--T--AAAAT
gi|7875 : -TAA-AACTG--A--AAGA-GT-AACATGAA---AAATGT---TTCAAAT----TTGTATCAAGATAT-AAGTGG--CTT---ATAGTCATTCCA-AATAATATCAAAATTGGGTATTTTA---CAAT-TTATTGTT-GCAAGATACCGTTCTGTATTA------TACAG-ATTTATAATATGTTTTTTAAA---GTTGTCAAGTGTAGGTTTAACTG---TTTTAAGTTTCTGGGTGTAAATAAATTTCTTTGCAATTAATATTATTTTATTCA-AAACTTTGTCAAA-A-ATTT--TATTTCCGAACATAATGTCTG
gi|7876 : -TAA-AACTG--A--AAGA-GT-AACATGAA---AAATGT---TTCAAAT----TTGTATCAAGATAT-AAGTGG--CTT---ATAGTCATTCCA-AATAATATCAAAATTGGGTATTTTA---CAAT-TTATTGTT-GCAAGATACCGTTCTGTATTA------TACAG-ATTTATAATATA-TTTTTAAA---GTTGTCAAGTGTAGGTTTAACTG---TTTTAAGTTTCTGGGTGTAAATAAATTTCTTTGCAATTAATATTATTTTATTCA-AAACTTTGTC--A-A-AAATGTTATTTCCGAACATAATGTCTG
gi|7877 : --AAAAGGTTAAAATT-----TACTTG---TT---ATACTGCT---TTAAGATGT-AAGAGGTATGT---AAAT--GTTCCATAACAA-ATCAAACCT-----TTCCACCACAACGTTATTTTTGGCAAATCATTGTTCAGTATCATAATTTTATAGCATTT-TACTTTAGTGAATAAAAT-GC--TCAAAAGTGGGGTT-ATTC--TTTTTTA--TTTTGACAGAACATGAAATATTTAGCAGTATAAAGCA
gi|7878 : T--TGAAAATTAGGAAT-ATTC--CTTTTCATTCTGTTACAGTATATGAAAT-TTTAGCAGTATAGAGCAGCCGATTGA-ATACAGTACC--ATACATTT--TACTTCCAAAGA--GTGTCTGAA
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 111111111 111111 22222222222222222 111 1111 111 11111
lowQualScore : 4 3 99999 99999 1 4 777 0 3 777 9999 4 2 66 777 111111 7777 888888888 444444444 3 000000 55 3 3 3 55555555555555555 2 7 77 2 3 4 2 3 0 3 55 3 3 55 3 0 3 3 1 3 3 88 33 1 3 555 555 000 1111 000 3 2 555 88 6 66666 0 999999 0 6 1 3 88 6 555 4 7777 4 3
lowQualScore : . . ..... ..... . . ... . . ... .... . . .. ... ...... .... ......... ......... . ...... .. . . . ................. . . .. . . . . . . . .. . . .. . . . . . . . .. .. . . ... ... ... .... ... . . ... .. . ..... . ...... . . . . .. . ... . .... . .
lowQualScore : 2 6 11111 11111 0 0 000 4 6 000 4444 4 0 11 888 555555 7777 222222222 555555555 6 111111 00 6 6 6 55555555555555555 6 3 33 1 6 3 0 6 3 6 00 6 6 00 6 5 6 6 9 1 1 55 99 6 1 444 444 888 9999 888 1 4 444 55 2 77777 4 666666 4 7 3 3 55 7 000 0 7777 4 9
consensus : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACANAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTCGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATN-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTCC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
Reference ( family-823 ) : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACANAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTCGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATN-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTCC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7859 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAATG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCGTCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATAAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTTAATGTTATTTTTGGCAATACAGCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAAATG
gi|7860 : AAGAAACATTTTTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CTAAGCAGATATTTATAGTTTAGCATAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACGATTGATGTA---AACAATAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATT-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAAAAATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTCAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7861 : AAGAAACATTTTTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-CATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAAATAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATT-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAGAAAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGAAGCAGGAAATTTTCA-CTGAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-AAAGCA--AA-GAGTCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AATATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATATAAAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATATATCGTTCTGTTTCA------TACATCATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7862 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATAGTCCCTAATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACATTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGAATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAAGATATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGACT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGAGGAGTGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTAA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--GCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGAGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCATAAA
gi|7863 : AAGAAACATGATTATGAGTGT-GCATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATAGTTTTAGTTTAACAGAGTCCCTTATAAGTATAAGGATATCAATCGTGACAAATAA-AGTATAGGCTATACTATTCATTTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAAT------------------AAGATAACAT----C-TCATTAGAATACAC--ATGTGTACTATGTGTACTAAGATGTGAAAGTT---------GT---------AAAATTGTTATTTAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAGAAACAAAACAGTAGC-TGGATG-----ATTATAAA--AAAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AGAAAG-AAAAA---TAAAAC-ACAA---AAAA--------GCGGCATGAGATTTTCA-CTCAAGTACTGTCTCC--AC-AAAA-TTAGAA--AA-GAAGTCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCATACATTAATATGTG--A--AAACTGT-TAAATTAA---TAGTCT---TT---GT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATTAA
gi|7864 : AAGAAACATGATTAAGAGTGT-ACATGTTTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTACAGTTTAACAGAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTA-ACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAAATCTTATATTATTGCAAAA
gi|7865 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACAGAGTTCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACCAAA-AACATAGGCTATACTATTGATGT----AACAGTAATTAAGATCTTATATAATTACAAAATGT-G
gi|7866 : AAGAAAGATGATTATGATTATTGCATGTGTAAAC-----ACTGTTT-----TCTAGCAAATAGTTATAGTTAAACAGGGTCCTTTATAATTATAATGTTTTGATCCGTGA---AAAACAGTGTTGGCTATACTATTCATGTA---AACAACAATTAAAATCTTGCATTATTGCAAGATCTGGT---TTTCACAAGT
gi|7867 : AAGAAACAT------GAGTAT-GCATGTGTAATC-----ACGATTT-----TCAAGCAAAAGGTTACAGTTAAACATAG----------TTATAATGTCTCGATTCGTGA---AAAA-AGTGTTAGCTATACTATAAATGTATATAACAGTAATTAATATCTTATATTATTGCAAAATCT-GCTTTTTTTACCAATAAGATATATTTACAC-T-TTTACACTACAC--ATGTGTTTT
gi|7868 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAACGGGGGA--ATTTCTGTCCCATG-AGTCATCTATAGTGTAAC
gi|7869 : AACATGATTAAGAGTGC-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATAGTTATAGCTTAACAGAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTCGTAACACAAAA-AATATAGGCAATACTATTCATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATAATTGCAGAATTT-GG---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TTATTAAAATACAT--ATGCGTTCTATG---ACAA------GA----TTTGAAAGTTGT---------AAAATTGTTATATAAACACTTT-----TCTTTTAATGAGAAATAAAACAGAAGT-TGGATG-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATGAGT-AG-----------------A----G-AAAAAA--------AACAATAAAAAA-AG--GAAGCAGCATGAGATTT-CA-CTCAAGTTCTGTCTCC--AC-AAAA-TTAGAA--AT-GAGGCCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCACACT-TGA-ATCTGTGA--AAAATGT-AAAATTAA---CAGTCT---TT---ATTAT-TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ACAG--GTTCCATAACAA-ATCATTTTT-----TTCAACCTCAAGGTTGTTTTTGGCAGTACATCGTTCTGTTTCA------TACAAAATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTGTTTTTTTTATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAATATACAGCAGCCTATTTT-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATGttcctgtcccattaca
gi|7870 : TTT-GG---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAATTAGAATACAC--ATGTGTTCTATG---ACAA------AA----T---------GTGAAAGTTGTAAAATTGCTATATAAACACCTTCCTTTTCTTTTAATGAGAAATAAAACAGAAGT-TGGATG-----ATAATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AGAAAG-GAAAAA-----AACAACAATAAAAAA-A--CGAAGCAGCTGGAGAATTTCA-CTGAAGTACTGTCTCC--GC-AAAAATAA-CA--AT-GAGGTCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCATACA-TGA-ATCTGTGA--AAAAAGT-CAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ACAG--GTTCCATAACAA-ATCAAGTTT-----TTCCACCTCAAGGTTATTTTTTGTAATTAATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--CCAGAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATCTGTTGACAGTATATGTAGTGTTCAGCAGTATACAGCAGCCTATTCA-AAACTGTTTC--G-A-ATTCCATACTGCAAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7871 : TTT-AC---TTTTATAAA---AATAAATT----TATAAT---AGTACTTTGATATGGTATAT-------A------GA----TT--------AT---------AAAAAC-TTACATGAACA-------TCTATTTTAGTAAAAAGAGAAAAAAAACTCTTGCTTTTAAGGTTATAAAGAACAAAT-TTATAAATCAGGAATGAAATGATTGCCAAAAAAA-AAAAAA-AAAAAAAAACAAGATGAAA-AATTG---CCCTAAGAAATTCTAAACTAACATGCTGTGTCCCAAC-AACA-CATACATGAT-AAAGCCATCCTAGCGGGTAATGTGTTTGCCATTCA-GTA-ACCTG--TGTAAACTGT-AAAATTAAATCTATTCTGTTTC---AT----TT---TT----TAT---------TTTTTAATAT--GATTCATAACAA-ATAAAAGTT-----TTTCATCTCAAGGTTATTTTTGGCAATACATAGTACTGCATCG------TATAACATTT-TAATATAATGTTTGAATGAGT--T
gi|7872 : ---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAGAAAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATGGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTAATGTCT-C--GC-AAAA-TTAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTACAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTACGATGT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAGTGTTATTTTTGGCAATATATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATTGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTAT
gi|7873 : CCG------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAAACAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAG---GAGATTTTCA-TTAAAGTATTGTCTCC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATCT-----TTCCACCTCAATGTTTTTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGGAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--A-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7874 : ----T---------GT---------AGAATTGTTAAATAAACATTTTCGTTTTCTTTTAATGAGAAATAAAACAGTAGT-TTGATG-----ATTATAAA---TAA-TTATACAAGT-AG-----------------A----G-AAAAAA-CA----CACCAA-AAAAAC-AA-CAAAGCAGCATGAGATTTTCA-CTCAAGTACTGTCTCT--ACAAAAA-TA--CA--AATGAAGCCATTGTGGAGGGCATC-T-TTTATCATTCA-TTT-ATCTG--T--AAAAT
gi|7875 : -TAA-AACTG--A--AAGA-GT-AACATGAA---AAATGT---TTCAAAT----TTGTATCAAGATAT-AAGTGG--CTT---ATAGTCATTCCA-AATAATATCAAAATTGGGTATTTTA---CAAT-TTATTGTT-GCAAGATACCGTTCTGTATTA------TACAG-ATTTATAATATGTTTTTTAAA---GTTGTCAAGTGTAGGTTTAACTG---TTTTAAGTTTCTGGGTGTAAATAAATTTCTTTGCAATTAATATTATTTTATTCA-AAACTTTGTCAAA-A-ATTT--TATTTCCGAACATAATGTCTG
gi|7876 : -TAA-AACTG--A--AAGA-GT-AACATGAA---AAATGT---TTCAAAT----TTGTATCAAGATAT-AAGTGG--CTT---ATAGTCATTCCA-AATAATATCAAAATTGGGTATTTTA---CAAT-TTATTGTT-GCAAGATACCGTTCTGTATTA------TACAG-ATTTATAATATA-TTTTTAAA---GTTGTCAAGTGTAGGTTTAACTG---TTTTAAGTTTCTGGGTGTAAATAAATTTCTTTGCAATTAATATTATTTTATTCA-AAACTTTGTC--A-A-AAATGTTATTTCCGAACATAATGTCTG
gi|7877 : --AAAAGGTTAAAATT-----TACTTG---TT---ATACTGCT---TTAAGATGT-AAGAGGTATGT---AAAT--GTTCCATAACAA-ATCAAACCT-----TTCCACCACAACGTTATTTTTGGCAAATCATTGTTCAGTATCATAATTTTATAGCATTT-TACTTTAGTGAATAAAAT-GC--TCAAAAGTGGGGTT-ATTC--TTTTTTA--TTTTGACAGAACATGAAATATTTAGCAGTATAAAGCA
gi|7878 : T--TGAAAATTAGGAAT-ATTC--CTTTTCATTCTGTTACAGTATATGAAAT-TTTAGCAGTATAGAGCAGCCGATTGA-ATACAGTACC--ATACATTT--TACTTCCAAAGA--GTGTCTGAA
blockSeqs : T T GGGGG CTGTC T C TAT G TTT TACA A A TG TGT AGATGT AAGT TTGAAAGTT GAAAGTTGT C TTTAAG GA A T C GAATGAAATGATTGCCA A A AC T A T G A A CA A A TG T G G A T T TG GT T T ATC GTT CAA ACTG GTA A A TTA TC T GGGTA TAATTT A T A TG A TTT T AAA C C
blockSeqs : T . . . T . . . . . . A . . . . T . . T . . . . . A A C T . T G . A . . . . . . . A . . TG . T . . . CAA TAT GTA . A . TC T GGGTA . A T . TG A T . AT . C
blockSeqs : T . . . T . . . . . . A . . . . . . . T . . . . . A . C T . T A . A . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . A . . . . . . T . . . T . G . C
blockSeqs : G . . . G . . . . . . C . . . . . . . C . . . . . G . C T . T T . C . . . . . . . C . . . . T . . . . . . . A . . . . . . T . . . T . G . C
blockSeqs : G . . . G . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . G . A T . T T . C . . . . . . . C . . . . T . . . . . . . A . . . . . . T . . . T . G . C
blockSeqs : T . . . G . . . . . . A . . . . . . . G . . . . . A . C G . T G . C . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . A . . . . . . T . . . T . G . G
blockSeqs : G . . . G . . . . . . A . . . . . . . G . . . . . A . C T . . A . C . . . . . . . C . . . . T . . . . . . . A . . . . . . T . . . T . A . .
blockSeqs : T . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . T . . G . C . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . A . . . . . . T . . . T . A . .
blockSeqs : G . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . T . . . . . . A . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACANAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTCGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATN-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTCC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
finalCons : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACANAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTCGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATN-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTCC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 111111111 111111 22222222222222222 111 1111 111 11111
lowQualScore : 4 3 99999 99999 1 4 777 0 3 777 9999 4 2 66 777 111111 7777 888888888 444444444 3 000000 55 3 3 3 55555555555555555 2 7 77 2 3 4 2 3 0 3 55 3 3 55 3 0 3 3 1 3 3 88 33 1 3 555 555 000 1111 000 3 2 555 88 6 66666 0 999999 0 6 1 3 88 6 555 4 7777 4 3
lowQualScore : . . ..... ..... . . ... . . ... .... . . .. ... ...... .... ......... ......... . ...... .. . . . ................. . . .. . . . . . . . .. . . .. . . . . . . . .. .. . . ... ... ... .... ... . . ... .. . ..... . ...... . . . . .. . ... . .... . .
lowQualScore : 2 6 11111 11111 0 0 000 4 6 000 4444 4 0 11 888 555555 7777 222222222 555555555 6 111111 00 6 6 6 55555555555555555 6 3 33 1 6 3 0 6 3 6 00 6 6 00 6 5 6 6 9 1 1 55 99 6 1 444 444 888 9999 888 1 4 444 55 2 77777 4 666666 4 7 3 3 55 7 000 0 7777 4 9
consensus : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACANAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTCGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATN-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTCC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
Reference ( family-823 ) : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACANAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTCGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATN-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTCC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7859 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAATG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCGTCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATAAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTTAATGTTATTTTTGGCAATACAGCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAAATG
gi|7860 : AAGAAACATTTTTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CTAAGCAGATATTTATAGTTTAGCATAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACGATTGATGTA---AACAATAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATT-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAAAAATCGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTCAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7861 : AAGAAACATTTTTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-CATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAAATAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATT-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAGAAAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGAAGCAGGAAATTTTCA-CTGAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-AAAGCA--AA-GAGTCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AATATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATATAAAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATATATCGTTCTGTTTCA------TACATCATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7862 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACATAGTCCCTAATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTATACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAATTT-GC---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAGTTAGAGTACAC--ATGTGTTCTATG---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACATTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGAATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAGCAAGATATTTTCA-CTAAAGTACTGTCTAC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGACT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGAGGAGTGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAATGTTATTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTAA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--GCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGAGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCATAAA
gi|7863 : AAGAAACATGATTATGAGTGT-GCATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATAGTTTTAGTTTAACAGAGTCCCTTATAAGTATAAGGATATCAATCGTGACAAATAA-AGTATAGGCTATACTATTCATTTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATTATTGCAAAAT------------------AAGATAACAT----C-TCATTAGAATACAC--ATGTGTACTATGTGTACTAAGATGTGAAAGTT---------GT---------AAAATTGTTATTTAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAGAAACAAAACAGTAGC-TGGATG-----ATTATAAA--AAAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AGAAAG-AAAAA---TAAAAC-ACAA---AAAA--------GCGGCATGAGATTTTCA-CTCAAGTACTGTCTCC--AC-AAAA-TTAGAA--AA-GAAGTCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCATACATTAATATGTG--A--AAACTGT-TAAATTAA---TAGTCT---TT---GT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATTAA
gi|7864 : AAGAAACATGATTAAGAGTGT-ACATGTTTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTACAGTTTAACAGAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACAAAA-AATATAGGCTA-ACTATTGATGTA---AACAGTAATTAAAATCTTATATTATTGCAAAA
gi|7865 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATATTTATAGTTTAACAGAGTTCCTTATAATTATAATGATTCCATTTGTGACACCAAA-AACATAGGCTATACTATTGATGT----AACAGTAATTAAGATCTTATATAATTACAAAATGT-G
gi|7866 : AAGAAAGATGATTATGATTATTGCATGTGTAAAC-----ACTGTTT-----TCTAGCAAATAGTTATAGTTAAACAGGGTCCTTTATAATTATAATGTTTTGATCCGTGA---AAAACAGTGTTGGCTATACTATTCATGTA---AACAACAATTAAAATCTTGCATTATTGCAAGATCTGGT---TTTCACAAGT
gi|7867 : AAGAAACAT------GAGTAT-GCATGTGTAATC-----ACGATTT-----TCAAGCAAAAGGTTACAGTTAAACATAG----------TTATAATGTCTCGATTCGTGA---AAAA-AGTGTTAGCTATACTATAAATGTATATAACAGTAATTAATATCTTATATTATTGCAAAATCT-GCTTTTTTTACCAATAAGATATATTTACAC-T-TTTACACTACAC--ATGTGTTTT
gi|7868 : AAGAAACATTATTAAGAGTGT-ACATGTGTAAACGGGGGA--ATTTCTGTCCCATG-AGTCATCTATAGTGTAAC
gi|7869 : AACATGATTAAGAGTGC-ACATGTGTAAAC-----ACTATTT-----CCAAGCAGATAGTTATAGCTTAACAGAGTCCCTTATAATTATAATGATTCCATTCGTAACACAAAA-AATATAGGCAATACTATTCATGTA---AACAGTAATTAAGATCTTATATAATTGCAGAATTT-GG---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TTATTAAAATACAT--ATGCGTTCTATG---ACAA------GA----TTTGAAAGTTGT---------AAAATTGTTATATAAACACTTT-----TCTTTTAATGAGAAATAAAACAGAAGT-TGGATG-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATGAGT-AG-----------------A----G-AAAAAA--------AACAATAAAAAA-AG--GAAGCAGCATGAGATTT-CA-CTCAAGTTCTGTCTCC--AC-AAAA-TTAGAA--AT-GAGGCCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCACACT-TGA-ATCTGTGA--AAAATGT-AAAATTAA---CAGTCT---TT---ATTAT-TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ACAG--GTTCCATAACAA-ATCATTTTT-----TTCAACCTCAAGGTTGTTTTTGGCAGTACATCGTTCTGTTTCA------TACAAAATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTGTTTTTTTTATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAATATACAGCAGCCTATTTT-AAACAGTTTC--G-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATGttcctgtcccattaca
gi|7870 : TTT-GG---TTTCACAAATAAGATAAACT----C-TAATTAGAATACAC--ATGTGTTCTATG---ACAA------AA----T---------GTGAAAGTTGTAAAATTGCTATATAAACACCTTCCTTTTCTTTTAATGAGAAATAAAACAGAAGT-TGGATG-----ATAATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AGAAAG-GAAAAA-----AACAACAATAAAAAA-A--CGAAGCAGCTGGAGAATTTCA-CTGAAGTACTGTCTCC--GC-AAAAATAA-CA--AT-GAGGTCATCCTGGAGGGCATC-T-TTTATCATACA-TGA-ATCTGTGA--AAAAAGT-CAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ACAG--GTTCCATAACAA-ATCAAGTTT-----TTCCACCTCAAGGTTATTTTTTGTAATTAATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--CCAGAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATCTGTTGACAGTATATGTAGTGTTCAGCAGTATACAGCAGCCTATTCA-AAACTGTTTC--G-A-ATTCCATACTGCAAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7871 : TTT-AC---TTTTATAAA---AATAAATT----TATAAT---AGTACTTTGATATGGTATAT-------A------GA----TT--------AT---------AAAAAC-TTACATGAACA-------TCTATTTTAGTAAAAAGAGAAAAAAAACTCTTGCTTTTAAGGTTATAAAGAACAAAT-TTATAAATCAGGAATGAAATGATTGCCAAAAAAA-AAAAAA-AAAAAAAAACAAGATGAAA-AATTG---CCCTAAGAAATTCTAAACTAACATGCTGTGTCCCAAC-AACA-CATACATGAT-AAAGCCATCCTAGCGGGTAATGTGTTTGCCATTCA-GTA-ACCTG--TGTAAACTGT-AAAATTAAATCTATTCTGTTTC---AT----TT---TT----TAT---------TTTTTAATAT--GATTCATAACAA-ATAAAAGTT-----TTTCATCTCAAGGTTATTTTTGGCAATACATAGTACTGCATCG------TATAACATTT-TAATATAATGTTTGAATGAGT--T
gi|7872 : ---ACCA------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAGAAAAAAA-CAAAAACAACAATAGAAAA-AATGGAGGCAGCAGGAGATTTTCA-CTAAAGTAATGTCT-C--GC-AAAA-TTAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTACAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTACGATGT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATTT-----TTCCACCTCAGTGTTATTTTTGGCAATATATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATTGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGAAGTGTTTAGCAGTAT
gi|7873 : CCG------GA----T---------GT---------AAAATTGTTATATAAACACTTTCCTTTTCTTTTAATGAAAAATAAAACAGAAGT-TGGATC-----ATTATAAA--ACAA-T-ATATAAGT-AG-----------------AAAAAG-AAAAAAACAAAAACAACAATAGAAAA-AATCGAGGCAG---GAGATTTTCA-TTAAAGTATTGTCTCC--AC-AAAA-TAAGCA--AA-GAGGCCATCCTGGAGGGCAAC-T-TTTATAATACA-TAA-ATCTG--A--AAAATGT-AAAATTAA---TAGTCT---TT---AT----TT---TTAAGATAT-AAGGGGAATGT---ATAG--GTTCCATAACAA-ATCAAATCT-----TTCCACCTCAATGTTTTTTTTGGCAATACATCGTTCTGTTTCA------TACAACATTT-TAATATAGTGTTTGAATG-GT--TCAAAAATAGGAAT-ATTG--TTTTTCATTTTTTGACAGTATATGGAGTGTTTAGCAGTATATAGCAGCCTATTCA-AAACAGTTTC--A-A-ATTTCATACTGCCAAAGATTATGTCTGAAGATG
gi|7874 : ----T---------GT---------AGAATTGTTAAATAAACATTTTCGTTTTCTTTTAATGAGAAATAAAACAGTAGT-TTGATG-----ATTATAAA---TAA-TTATACAAGT-AG-----------------A----G-AAAAAA-CA----CACCAA-AAAAAC-AA-CAAAGCAGCATGAGATTTTCA-CTCAAGTACTGTCTCT--ACAAAAA-TA--CA--AATGAAGCCATTGTGGAGGGCATC-T-TTTATCATTCA-TTT-ATCTG--T--AAAAT
gi|7875 : -TAA-AACTG--A--AAGA-GT-AACATGAA---AAATGT---TTCAAAT----TTGTATCAAGATAT-AAGTGG--CTT---ATAGTCATTCCA-AATAATATCAAAATTGGGTATTTTA---CAAT-TTATTGTT-GCAAGATACCGTTCTGTATTA------TACAG-ATTTATAATATGTTTTTTAAA---GTTGTCAAGTGTAGGTTTAACTG---TTTTAAGTTTCTGGGTGTAAATAAATTTCTTTGCAATTAATATTATTTTATTCA-AAACTTTGTCAAA-A-ATTT--TATTTCCGAACATAATGTCTG
gi|7876 : -TAA-AACTG--A--AAGA-GT-AACATGAA---AAATGT---TTCAAAT----TTGTATCAAGATAT-AAGTGG--CTT---ATAGTCATTCCA-AATAATATCAAAATTGGGTATTTTA---CAAT-TTATTGTT-GCAAGATACCGTTCTGTATTA------TACAG-ATTTATAATATA-TTTTTAAA---GTTGTCAAGTGTAGGTTTAACTG---TTTTAAGTTTCTGGGTGTAAATAAATTTCTTTGCAATTAATATTATTTTATTCA-AAACTTTGTC--A-A-AAATGTTATTTCCGAACATAATGTCTG
gi|7877 : --AAAAGGTTAAAATT-----TACTTG---TT---ATACTGCT---TTAAGATGT-AAGAGGTATGT---AAAT--GTTCCATAACAA-ATCAAACCT-----TTCCACCACAACGTTATTTTTGGCAAATCATTGTTCAGTATCATAATTTTATAGCATTT-TACTTTAGTGAATAAAAT-GC--TCAAAAGTGGGGTT-ATTC--TTTTTTA--TTTTGACAGAACATGAAATATTTAGCAGTATAAAGCA
gi|7878 : T--TGAAAATTAGGAAT-ATTC--CTTTTCATTCTGTTACAGTATATGAAAT-TTTAGCAGTATAGAGCAGCCGATTGA-ATACAGTACC--ATACATTT--TACTTCCAAAGA--GTGTCTGAA