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lowQualScore                  :      .   .            ..  .    ...      .     ...................................   ..          .   .                                 .  .                       ....          .                ..  .   .. . .  .     . . .        .   .  .   ..    .       .     .   ..  .                    .  
lowQualScore                  :      4   5            00  1    222      8     22222222222222222222222222222222222   88          8   3                                 3  3                       8888          3                22  1   33 2 6  1     8 6 7        9   5  5   22    5       7     2   22  3                    5  
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Reference ( gi|9098 )         : AAAATAGACTAATGATATAAAT--TCCCAAAG--TAAGCTAATTATA----T-------------ATA-----AA--GA--TATCGAACTTGAATACGAGTGCGAGTTATATGTTAAAATGAACCTTAACAAAA-AT-TTAAGATCGTGTATTACACAACTTCGTTCCGGTACCC-TTCCCATTGCAATCGA-ATTGGGT-CGTTATACTGGTTCACCTAGAGACCAGAGA-TTCTGT--AAGCCGTGTAATCTAAAT-ATT--GTCGAAGATGAAATACATTTCATGTT
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gi|9108                       :                TATACAT--TTTCAAAA--TAAACTTATTATA----T-------------ATATATATAA--GAA-TATTAAACTTGAATATGAG----AGTTATTTGTTAAAATGAGCCTTGACAAAA-AAATTAAGGTTGTGTATTACACAACTCCGCTCCGATACCC-TTCCCATTGCAATCAA-GTTCGGC-CGGTTTAATGGTTTTCCAAGAGACTAGAGA-TTTTGT--AAGTAGTGTAATCTAGAT-ATT--GTTGAAAATGAAATACATTTTATATT
gi|9109                       :                 ATAAAT--TCTCAAAA--TAAACTAGTAAT--------------------TA-----AATTAC--TATTAAACTTGAATACGAATGAGAGTTATATGGTTTAATGAACTTAAACAAAA-AA-GTCAGATCGCATACTACAAAACTATGCTCTGATATAC-TTCCCACTGCAATCGG-GTTATGT-TGGTTTATTGCTTTACATAGAGATCAGAAA-TT-TAA--AAATAGTTCAATTTAAAT-ATT--GTTGAAAAT
gi|9110                       :                                          ATTATT----TT------------ATA-----AA--AA--TATCAAACTTAAATATGAGTGCGAGTTATATTTTAAAAC----------------T-TTAAGATCATGT----------------------CCCATTCCCGTTGCAATCGC-GTTAGGTAAGTT-TATTGGTT-ACCAAGAGACGAAAGATTTTTGT--AAGCAGTG--------ATGATT--GAAGGAAATAAAAT---TTTCA
gi|9111                       :                                                                                                                                                                                           AATCGA-GTTGGGT-CGGTATGTTGGTTTATCAAGAGATTAAATC-TTTTGT--AAGCGGTGTAATTTGGAT-ACT--GTTGAAGATGAAATATATTTCATA
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gi|9115                       :                                                                                                                                                                                                                                      GA-CTGTGT--AAGCTGTGTAATTTAAAT-ATC--GTTGAAGATGAAATACAGTTCAT
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gi|9117                       :                                                                                                                                                                                                                                              T--AAGCAGTGTAATTTAAAT-ATT--GTCGAAGATGAAATACATTTCATTTT
gi|9116                       :                                                                                                                                                                                                                                                         TAACTTAAAT-ATT--GTTGAAGACGAAATACATTTCATATT





Alignments
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lowQualScore                  :                       44    44          5     44444444444444444444 3   888888  44                                                   3      3                       22            3                2   2       0            2                2  22    2                                  33         
lowQualScore                  :                       ..    ..          .     .................... .   ......  ..                                                   .      .                       ..            .                .   .       .            .                .  ..    .                                  ..         
lowQualScore                  :                       66    66          4     44444444444444444444 1   888888  22                                                   1      1                       55            1                9   0       1            0                2  99    1                                  44         
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gi|9108                       :                TATACAT--TTTC--AAAATAAACTTATTAT-------------A------T-ATATATATAAG--AATATTAAACTTGAATATGAG----AGTTATTTGTTAAAATGAGCCTTGAC-AAAAAAATTAAGGTTGTGTATTACACAACTCCGCTCCGATACCC-TTCCCATTGCAATCAA-GTTCGGCCGGTTTAATGGTTTTCCAAGAGACTAGAGATTTT-GT--AAGT-AGTGTAATCTAGATATTGTTGAAAATGAAATACA--TTTTATATT
gi|9109                       :                 ATAAAT--TCTC--AAAATAAACTAGTAAT-----------------------TA------AATTACTATTAAACTTGAATACGAATGAGAGTTATATGGTTTAATGAACTTAAAC-AAAAAA-GTCAGATCGCATACTACAAAACTATGCTCTGATATAC-TTCCCACTGCAATCGG-GTTATGTTGGTTTATTGCTTTACATAGAGATCAGAAA-TTT-AA--AAAT-AGTTCAATTTAAATATTGTTGAAAAT
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gi|9117                       :                                                                                                                                                                                                                                               T--AAGC-AGTGTAATTTAAATATTGTCGAAGATGAAATACA--TTTCATTTT


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blockSeqs                     :                       .     .           A     A                    .   .       .                  T                                 .      .                       AA            .                .   A                    A                .  .     .                                  . 
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Reference ( family-811 )      : AAAATGGACAAATGATATAAAT--TCTC--AAAATAAGCTAATTAT-------------A------T-ATA------AA--AATATTAAACTTGAATACGAGTGCGAGTTATATGTTAAAATGAACCTTAAC-AAAAAT-TTAAGATCGTGTATTACACAACTACGCTCCGGTACCC-TTCCCATTGCAATCGA-GTTAGGTCGGTATATTGGTTTACCAAGAGACCAGAGATTTT-GT--AAGC-AGTGTAATTTAAATATTGTTGAAGATGAAATACA--TTTCATATT
gi|9098                       : AAAATAGACTAATGATATAAAT--TCCC--AAAGTAAGCTAATTAT-------------A------T-ATA------AA--GATATCGAACTTGAATACGAGTGCGAGTTATATGTTAAAATGAACCTTAAC-AAAAAT-TTAAGATCGTGTATTACACAACTTCGTTCCGGTACCC-TTCCCATTGCAATCGA-ATTGGGTCGTTATACTGGTTCACCTAGAGACCAGAGATTCT-GT--AAGC-CGTGTAATCTAAATATTGTCGAAGATGAAATACA--TTTCATGTT
gi|9099                       : AAAATAGACTAATGATATATAT--TCCC--AAAGTAAGCTAATTAT-------------A------T-ATA------AA--AATGTCAAACTTGAATACCAGAGTGAATTATATGTTAAAATGAACCTTAAC-AAAAGT-TTAAGATCGTGTATTACACAACTATGTTCTGGTACCC-TTCCCATTGCAATCTAGGTTGGGTCATTATATTGGTTCACCTAGAGACCAGAGATTAT-GT--AAGC-AGTGTAATTTAAATATTGTCGAAGATGAACTACA--TTTCATATT
gi|9100                       : AAAATGGACTAATGATATAAAT--TCCC--AAAGTAAGCTTATTAT-------------A------T-ATA------AA--AATAACAAACTTGAATACGAGTGCAAGTTATATGTTAAAATGAACCTTTAC-AAAAAT-TTAAGATTGTGTATAACATAACTACGTTCCGGTACCC-TTCCCATTGCAATCGA-G-TAGGGTGTTTTATTGGTTTACCTAGAGACCAGAGATTGT-GT--AAGC-GGTGTAATTTAAATATTGTCGAAGATGAAATACA--TTTCATTTT
gi|9101                       : AAAATGGACAAATGATATAAAT--TCTC--AAAATAAGCTAATTAT-------------AATTATAT-ACA------AG--AATATTAAATTTAGATAT-AGTGCGAGTTAAATGTTAAAATGAACCTTAAC-AAAAAT-TTAAGATCGTGTATTACACAACTAAGCTCCCGTACCC-TTCCCATTGCAATCGA------GTCGATATATTAGTTTATCAAGAGACCAAATATTTT-GT--TAGC-AGTGTAATTTGAATATT
gi|9102                       : AAAATGGACAAATTATATAAAT--TCTC--AAAATAAGTTAATTAT-------------A------T-ATG------AA----TGTTAATATTAAATATGAGTGCGAGTTATTTGTTAAAATGAACATTAAC-AAAAAA-ATTACATCGTGTATTAAACAGCTACGCTCCGACACCC-TTCCTATTGCAATTGA-GTTAGGTTGGTATATTAGTTTA--------------ATTTT-GT--AAGC-AGTGTAATTTGAATATTTTTGAGGATGAAATACA--TTTCATATTtggtccaaaat
gi|9103                       : AAAATGGATAAATTATATAAAT---CTC--AAAACAAGCTTATTAT-------------A------T-ATA------CG--AATATCAAGTTTGAATATGAGTGCGAGTTATATGTTAAAATGATCCTTAAC-ACAAAT-TTAAGATCGTGAATTACACAACT-----------TCC-TTCCCATTGTTATCGA-TTTTGGTCGGTATATTGGTTTATCAAG--------------------AGC-AATGTGATTTAAATATTGATGAAGATGAAATGCA--TTTCGTAT
gi|9104                       : AAAATAGACAAATGATATACAT--TCTC--AAAAT----TA--TAT-------------A------T-AAA------AA--AATATTCTATTTGAATATGAGTGCTAGTTATATGTTAAAACGAACCTTAAC-AAAAAA-TTAAGATCGTGTATTACACAACTAGGCTCCGGTTTTC-TTCCCATTGCAATCGA-GTT
gi|9105                       : AAAATGGGCAATTGATATAAATATTCTC--AAAATAAGCT-------------------------------------------TATTATAC----ATAAGAGT-------------TAAAATGAACCTTAAC-AGAAAT-TTAAGATCGTGTAGTTCACAACTACACCCCGGTATTC-TCCCCTTTACAGTCGG-GTTAATTCGGTATAGTG----ACCAAGAGACCAACTATTTT-GT--AAGT-AGATCAGTTTGA--AGTGTTGAAGGTGAAATA-----TTCATATT
gi|9106                       :  AAATCGACAAAAAATATTGAT--TCTC--AAAA-AAGCTTATTTT-------------A------T-ATA------AA--AATACTCAACTTGAATATGAGTGCGATTAATATGTTACAATGAACCTTAAC-AAAACT-TTAATATCTTGTATTACACAACCACACTCCAGTACCC-TTCCCATTGCAATCGA-GTTAGTTCGGTATATTGATTTATCTAAAGATCAGAGATTGT-GA--AAAT-AATGAGATTGAAACATTGCAGAAAATTAAATATA--TTTCATACT
gi|9107                       :           AGTGTTATAAAT--TCTCAAAAAATAAGATAATTACATGTATACAATGAA------T-ATA------AG--AATATTAAACTTGAATATGA----GAGTTATATTCTAAAATGAACCTTGACAAAAAAT-TTAAGATTGTGCATTACACAACTCCGCTTAGGTAACC-GTCCAATTGCAAT----------------------TTT-CCAAGAGACCAGAGATTTT-TT--AAGC-AGTGTAATTTGAATAT
gi|9108                       :                TATACAT--TTTC--AAAATAAACTTATTAT-------------A------T-ATATATATAAG--AATATTAAACTTGAATATGAG----AGTTATTTGTTAAAATGAGCCTTGAC-AAAAAAATTAAGGTTGTGTATTACACAACTCCGCTCCGATACCC-TTCCCATTGCAATCAA-GTTCGGCCGGTTTAATGGTTTTCCAAGAGACTAGAGATTTT-GT--AAGT-AGTGTAATCTAGATATTGTTGAAAATGAAATACA--TTTTATATT
gi|9109                       :                 ATAAAT--TCTC--AAAATAAACTAGTAAT-----------------------TA------AATTACTATTAAACTTGAATACGAATGAGAGTTATATGGTTTAATGAACTTAAAC-AAAAAA-GTCAGATCGCATACTACAAAACTATGCTCTGATATAC-TTCCCACTGCAATCGG-GTTATGTTGGTTTATTGCTTTACATAGAGATCAGAAA-TTT-AA--AAAT-AGTTCAATTTAAATATTGTTGAAAAT
gi|9110                       :                                          ATTAT-------------T------TTATA------AA--AATATCAAACTTAAATATGAGTGCGAGTTATATTTTAAAAC----------------T-TTAAGATCATGT----------------------CCCATTCCCGTTGCAATCGC-GTTAGGTAAGTTTATTGGTT-ACCAAGAGACGAAAGATTTTTGT--AAGC-AGTG----------ATGATTGAAG--GAAATAAAATTTTCA
gi|9111                       :                                                                                                                                                                                             AATCGA-GTTGGGTCGGTATGTTGGTTTATCAAGAGATTAAATCTTTT-GT--AAGC-GGTGTAATTTGGATACTGTTGAAGATGAAATATA--TTTCATAT
gi|9112                       :                                                                                                                                                                                                           CAGTACATCGGTATACCAAGAGACCAAAAATTGT-GT--AAAC-AATGTAATTTGAGTATTGTTGAAGATGAAATACA--TTTCATATT
gi|9113                       :                                                                                                                                                                                                                                       GATTTT-GT--AAGC-AGTGTAATTTGAATTTTGTTGAAGATGAAATACA--TTTCATATT
gi|9114                       :                                                                                                                                                                                                                                       GATTTT-ATTTGAGC-AGTGTAATCTAAATATTGCTGAAGATGGAATACA--TTTCATATT
gi|9115                       :                                                                                                                                                                                                                                       GACTGT-GT--AAGC-TGTGTAATTTAAATATCGTTGAAGATGAAATACA--GTTCATA
gi|9116                       :                                                                                                                                                                                                                                           TT-GC--AATCGAGT-TAACTTAAATATTGTTGAAGACGAAATACA--TTTCATATT
gi|9117                       :                                                                                                                                                                                                                                               T--AAGC-AGTGTAATTTAAATATTGTCGAAGATGAAATACA--TTTCATTTT