lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4444444444 1
lowQualScore : 6 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 5555555555 2 1 66 44 2 1 44 1 44
lowQualScore : . . .................................................................... . .......... . . .. .. . . .. . ..
lowQualScore : 0 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 9999999999 2 0 77 66 2 1 66 1 66
consensus : GGCAAACTTTCTCACATAAGTTTGTTCTGTTATAAAAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACACAG--TGGTT--GTGGTAGAGCGTCTGCC-CGCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
Reference ( gi|53510 ) : GGCGAAGTTT-----ATATGTT-GTTTTCCTG-AAGATTATCTAATTATTTTAAGGAAGACCGCAGCGTGGTCTAGTGGTAGAGCGTCTGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTTGGTTCGATCCCC-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53228 : GGCAAACTTTCTCACATAAGTTTGTTCTGTTATAAAAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACACAG--TGGTT-----GTAAAGTGTCTG------------GAGGTTGTGGGTTTGATCCC-------------ATA---GAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGG
gi|53227 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCACATAAGTTTGTTCTGTTATAAAAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACACAG--TGGTT-----GTAAAGTGTCTG------------GAGGTTGTGGGTTTGATCCC-------------ATA---GAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGGtggtggg
gi|53226 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCACATAAGTTTGTTCTGTTATAAAAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACACAG--TGGTT-----GTAAAGTGTCTG------------GAGGTTGTGGGTTTGATCCC-------------ATA---GAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGGtggtggg
gi|53513 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactAAGACGGCAGCGTGGTTGAGTGGTAGATTGTCCGTCTCACATGTGGAAGGTTGTGGGTTTGATCCCC-AGCCGGG--TCATATCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTA-TAGAAG--CTTCCTCGCTTGGCGCTCAGCATTTACAGGACAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCTGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGtggtggg
gi|53522 : tctaatatagacaGTGGTAGAGCGTCTGCCGCGCACGCAGAAGGTTGTGGGTTCGATCCCT-AGTC------------AAATATTTGAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCTTCGCTTGGCGTTCAGCATTGAGAGGATGGTTCC-AGGTCTGGTCGGTCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53508 : cagcgGTAGAGCATCTGCTTTGCATGTGGAAGGCTGTGGGTTCGATTCCA-AGTTGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAA--CTTCCTCCCTTGGCTCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-ATGTCTAGTCAGCTCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGtg
gi|53526 : gttaatgggatacaagcttgcttaatcatgtgtttatcttagtatcaaataagtattattataaaccacaacaATGCGGAAGGTTGTGGGTTTGATCCCT-GGCCAGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCACTTGGCGCTCAGCATTTAGAGGACAGTTTT-AGGTCTGGTCAGCCTGGTGTCTGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53516 : aaTGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGTCGGG--TCATATCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTTGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGACCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53531 : ttattggaataagtgacaccacttgttcttttcgaatCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAGG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53532 : tCGGA-GGTCGTGGGTTCGATCCCC-GACCGGG--TCATACCAAAGACTTTAGA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53557 : cGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53563 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGA--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGATGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53564 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCGGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53570 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GACCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTAT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53553 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCT-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGGCACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53566 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAAAAG--CTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGATCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53568 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCC--GGCCGGG--TCATACTAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53565 : GAAGGTCATGGGTTCGATCCCC-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAAAAG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTGAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTTGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53547 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCTGG--TCATAACAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53560 : GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCT-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCACTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCGGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53542 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--AAA-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGACAGTTCT-AGGTCAGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGAAT--GGGTGGGGt
gi|53546 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-CAGTACCAGAAG--CTTCCTCACTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCTGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53571 : GAAGGTCGTAGGTTTGATCCCC-GACCGGG--TCATACAAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTATTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAAAGTTCT-AGGTCTGGTCAGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53537 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-AGCTGGG--TCATATCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTATTAGAAG--CTTCCTCACTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53558 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCT-GGCCATG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACTCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTTGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53544 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGAG--TCATACCAAAGACTTTAAA--AAA-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-ATGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTTACT--GGGTGGGGt
gi|53569 : GAAGGTTGTAGGTTTGATCCCC-AGCTGGG--TCATGCCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCCAGTCGGACCGGTGTCAGTATAATGTAACT--GGGTGGGGt
gi|53572 : GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGG--TCATACCAGAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCCATTGGCGCTCAGCATAAAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGACCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53548 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGGCGCT-----TTTAGAGGACAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATTTGACT--GGTTGGGGt
gi|53540 : GAAGGTTGTGGGTTTGATCCCT-GACTGGG--TCATACCAAACACTTTAAA--A-A-TAGTACTTGAAG--CTTTCTCGTTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAAAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53545 : GGAGGTCGTGGGTTCAATTCCC-GGCCGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-AATGGTACTAGAAG--CTT----GCT---CGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATATTGTGACT--GGGTAGGGt
gi|53541 : GAAGGTTGTGGGTTCGATCCCTTGGCAGGG--TCATATCAAATACTTGAAA--A-A-TGGTACCAGAAG--CTTCCTCGCTTGGTGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTTTAAGGTCTGACTGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GAGTGGGGt
gi|53533 : GAAGATTGTGGGTTTGATCCCC-AGCCAGA--TCA--CCAAAGACTT-GCA--A-A-TGTTACTTGAAG--CTTCCTCACTTGGCGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-AGCTCTGGTTGGTCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGt
gi|53531 : ctAAAGTCTTTGGTATGA--CCC-GGCCGGGGATCGAACCCACGACCTT
gi|53557 : tcggAAAGTCTTTGGTATGA--CCC-GGCCGGGGATCGAACCCACGACCTTaaaaatggtactagaggcttcctcgcttgacgctcagcatttagaggagagttctaggtctggtcggcccggtgtcagtataatgtgactgggtggggt
gi|53563 : gAAAGTCTTTGGTATGATCC---GGCCGGGGATCGAACCCACGACCTTaaaaatggtactagaagcttcctcgcttgacgctcagcatttagaggagagttctaggtctggtcggcccggtgtcagtataatgtgactgggtggggt
gi|53542 : gAAAGTCTTTGGTATGA--CCC-GGCCGGGGATCGAACCCACGACCTTaaaaatggtactagaagcttcctcgcttgatgctcagcatttagaggagagttctaggtctggtcggcccggtgtcagtataatgtgactgggtggggt
gi|53548 : gAAAGTCTTTGGTATGA--CCC-GGCCGGGGATCGAACCCACGACCTTaaaaaatggtactagaagcttcctcgcttgacgctcagcatttagaggacagttctaggtcaggtcggcccggtgtcagtataatgtgaatgggtggggt
gi|53641 : gAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCAGA--TCATACCAAAGACTTCAAA--A-A-TGGTACTAGAAG--CTTCCTCACTTGATGCTCAGTATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGaaaaatggtactagaagcttcctcgcttggcgcttttagaggacagttttaggtctggtcggcccggtgtcagtataatttgactggttggggt
gi|53640 : AGGTTGTGGGTTTGATTTCC-GACTGGG--TCATACCAAAGACTTTAAA--A-A-TAGTACTAGAAG--CTTCCTCGCTTGATGCTCAGTATTTAGAGAAAAGTTCT-TGGTCTGGTCGGCCAGATGTCAGTATATTGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53644 : GGTTGTGGGTTTGATCCTC-GGCTGGG--TCATACCGAAGAGTT--GA--A-A-TGATATTAGAAG--CTTCTTCAGTTGGCACTTAACATTTAGAACATAATTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
63 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|53463 ): AGTAGAATCACTGTCCTTCCGCAAGTTACTGGCAAACTTTCTCACATAA
Unaligned ( gi|53231 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTTACTGGCAAACTTTCTCACATTAAGTTT
Unaligned ( gi|53232 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACAAAGTTT
Unaligned ( gi|53235 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53236 ): GAGTAGAATCGCTGTCCTTCCTCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACAGAAAGTTTTTT
Unaligned ( gi|53238 ): GAGTAGAATCACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAACGTTT
Unaligned ( gi|53240 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCTTAAGTTACTGGCAAACGTTCTCACATAAAGTTGTT
Unaligned ( gi|53241 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCAGCAAGTAACTGACAAACTTTCTCACATAAGTTT
Unaligned ( gi|53242 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53243 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAATGTTT
Unaligned ( gi|53468 ): AGTAGAACCACTGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGGTTTG
Unaligned ( gi|53245 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCCACAAGTCACTGGCAAACTTTCTCGCATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53246 ): GAGTAGAACCATTGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTT
Unaligned ( gi|53248 ): GAGTAGAGCCACCGTCCTTCGACAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTTTTT
Unaligned ( gi|53249 ): GAGTAGAGCCACCGTCCTTTCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAATGTTTTG
Unaligned ( gi|53250 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAGCTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53251 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAACGTTT
Unaligned ( gi|53252 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTTTTT
Unaligned ( gi|53254 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53255 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53257 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53258 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACACATAGTTT
Unaligned ( gi|53470 ): AGTAGAATCACCGTCCTTCCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATACAGTTT
Unaligned ( gi|53259 ): GAGTAGAACCACCATCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53260 ): GAGTAGAACCACTATCCTTCCCCATGTTACTGGCAAACTTTCTCATATAGTTT
Unaligned ( gi|53262 ): GAGTAGAACCACCATCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53263 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCTGCAAGTAACCGACAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53471 ): AGTAGAACCACTGTCCTTCCGCAAGTTACTCGCAAACTTTCTCACATAAAT
Unaligned ( gi|53265 ): GAGTAGAACCACCATCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTTTTC
Unaligned ( gi|53266 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCAGCAAGTAACTGACAAACTTTCTCACATAATGTTTATT
Unaligned ( gi|53268 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCTGCAAGTGACTGGAAACTTTCTCACATTAAGTTT
Unaligned ( gi|53271 ): GAGTAGAACCAATGTCCTTTCTCAAGTTACTGGCAAACTTTCTCACAT
Unaligned ( gi|53273 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCCGCATGTAACTGGAAACTTTCTCACATAAGTTT
Unaligned ( gi|53274 ): GAGTAAAACCACCGTCCTTCCGCAAGTCACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53275 ): GAGTAGAACCACCATCCTTCCCCAAGTGACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53276 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCGAGTTACTGACAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53278 ): GAGTAGAACCACTATCCTTCCTCATGTTACTAACAAACTTTCTCACAAAGTT
Unaligned ( gi|53280 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCATGTAAAGTTGTT
Unaligned ( gi|53283 ): GAGTAGAACCACCATCTTTCCGCAAGTTACTGGCAAACTTTCTCACATAATGTTT
Unaligned ( gi|53284 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCTGCAAGTCACTGGCAAACTTTTTCATATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53285 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTATGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAG
Unaligned ( gi|53286 ): GAGTAGAATCACCGTCCTTCCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATGAAAATTT
Unaligned ( gi|53475 ): AGTAGAATCACCGTCATTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATGAAGTTT
Unaligned ( gi|53289 ): GAGTAGAACTACTATCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATGAAGTT
Unaligned ( gi|53292 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAA
Unaligned ( gi|53295 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAA
Unaligned ( gi|53298 ): GAGTAGAACCACCTTCCTTCTTCAAGTACCTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53301 ): GAGTAAAACCACCGTCCTTCGTAAGTTACTGGCAAACTTTCTCACATAACGTTT
Unaligned ( gi|53303 ): GAGTAGATCCACTGTCTTTCTGTAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53304 ): GAGTAGAACCAATGTCCTTCTGTAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTTTTT
Unaligned ( gi|53261 ): GAATAGAATCACCGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCATACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53305 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCCACAAGTAAATGGCAAACTTTCTCACATTAAGTTT
Unaligned ( gi|53477 ): AGCAGACTCACCATCCTTTCGCAGGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAGTTT
Unaligned ( gi|53272 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCAGCAAGTGACTGGCAAACTTTCTCACATAACAGTTT
Unaligned ( gi|53308 ): GAGTAGAGCCACCATCCTTCCTCATGTAACTGGCAGACTTTCTCACATACAGT
Unaligned ( gi|53309 ): GAGTAGAACCACCGTCTTTCCGTAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTTGT
Unaligned ( gi|53478 ): AGTAGAACCACTGTTCTTCTGTAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATGAAGTTTTTT
Unaligned ( gi|53314 ): GAGTAGAACCACCATCATTCTGCAAGTCACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53479 ): AGTAGAACCACTGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAATTTTTTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53315 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTTTGCAAGTAGCTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53317 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTTTGCAAGTAGCTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53319 ): GAGAAGAACCACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCACATAAAGTTGTT
Unaligned ( gi|53480 ): AGTAGACCCACTGTCCTTCCTCAAGTAACTTGCAAACTTTCTCACATAAAATTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 111 11 44444444 4444444444
lowQualScore : 00 1 99 22 44 00 0 111 8 6 9999999 6 88 11111111 7777777777 1 44 2 1 44 1 44
lowQualScore : .. . .. .. .. .. . ... . . ....... . .. ........ .......... . .. . . .. . ..
lowQualScore : 99 3 33 88 88 99 9 888 0 7 8888888 7 33 44444444 7777777777 1 55 2 1 55 1 55
consensus : GGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACG-CAG--TGGTT--G--TGGTAGAGCGTCTGCC-C-GCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
Reference ( family-81 ) : GGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--G--TTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT--G--TGGTAGAGCGTCTGCC-C-GCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53226 : GGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--G--TTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT-------GTAAAGTGTCT-------------GGAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGG
gi|53227 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--G--TTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT-------GTAAAGTGTCT-------------GGAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGGtggtggg
gi|53228 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--G--TTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT-------GTAAAGTGTCT-------------GGAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGGtggtggg
gi|53231 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CATT--A--A--G--TTTtggtggg
gi|53232 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagttactGGCAAACTTTCTCA--CA----A--A--G--TTT
gi|53235 : gagtagaaccactgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53236 : gagtagaaccaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-GA-A--A--G--TTTTTT
gi|53238 : gagtagaatcgctgtccttcctcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--AC-G--TTT
gi|53240 : gagtagaatcaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACGTTCTCA--CA-T--A--A--A--GTTGTT
gi|53241 : gagtagaaccaccgtccttcttaagttactGACAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--G--TTT
gi|53242 : gagtagaaccactgtccttcagcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53243 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--AT-G--TTT
gi|53245 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCG--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53246 : gagtagaaccactgtccttccacaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TT
gi|53248 : gagtagaaccattgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTTTTT
gi|53249 : gagtagagccaccgtccttcgacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--A----TGTTTTG
gi|53250 : gagtagagccaccgtcctttcgcaagtaactGGCAAGCTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53251 : gagtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--AC-G--TTT
gi|53252 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTTTTT
gi|53254 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53255 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53257 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53258 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-C--AT-A--G--TTT
gi|53259 : gagtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53260 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--TA-T-----A--G--TTT
gi|53261 : gagtagaaccactatccttccccatgttactGGCATACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53262 : gaatagaatcaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53263 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGACAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53265 : gagtagaaccactgtccttctgcaagtaaccGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT-TTC
gi|53266 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGACAAACTTTCTCA--CA-T--A--AT-G--TTTATT
gi|53271 : gagtagaaccactgtccttcagcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--
gi|53272 : gagtagaaccaatgtcctttctcaagttactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--AACA--G--TTT
gi|53273 : gagtagaaccaccgtccttcagcaagtgactAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--G--TTT
gi|53274 : gagtagaaccactgtccttccgcatgtaactggGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53275 : gagtaaaaccaccgtccttccgcaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53276 : gagtagaaccaccatccttccccaagtgactGACAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53280 : gagtagaaccaccgtccttccgcgagttactGGCAAACTTTCTCA--TG-T--A--A--A--GTTGTT
gi|53283 : gagtagaaccaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--AT-G--TTT
gi|53285 : gagtagaaccaccatctttccgcaagttactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--G--
gi|53286 : gagtagaaccaccgtccttatgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TGAA--A--A--TTT
gi|53289 : gagtagaatcaccgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TG-A--A--G--TT
gi|53292 : gagtagaactactatccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--
gi|53295 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--
gi|53298 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53301 : gagtagaaccaccttccttcttcaagtacctGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--AC-G--TTT
gi|53303 : gagtaaaaccaccgtccttcgtaagttactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53304 : gagtagatccactgtctttctgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTTTTT
gi|53305 : gagtagaaccaatgtccttctgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CATT--A--A--G--TTT
gi|53308 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaaatGGCAGACTTTCTCA--CA-T--AC-A--G--T
gi|53309 : gagtagagccaccatccttcctcatgtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTTGT
gi|53314 : gagtagaaccaccgtctttccgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53315 : gagtagaaccaccatcattctgcaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53317 : gagtagaaccaccgtccttttgcaagtagctGGCAAACTTTCTCA--CA-TA-A--A--G--TTT
gi|53319 : gagtagaaccaccgtccttttgcaagtagctGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--A--GTTGTT
gi|53463 : gagaagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--
gi|53468 : agtagaatcactgtccttccgcaagttactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--AAGG--TTTG
gi|53470 : agtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--AC-A--G--TTT
gi|53475 : agtagaatcaccgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TG-A--A--G--TTT
gi|53477 : agtagaatcaccgtcattctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--G--TTT
gi|53478 : agcagactcaccatcctttcgcaggtaactGGCAAACTTTCTCA--CA-TG-A--A--G--TTTTTT
gi|53480 : agtagaaccactgttcttctgtaagtaactGCAAACTTTCTCA--CA-T--A--A--AATTTTG
gi|53508 : agtagacccactgtccttcctcaagtaacttCAAGCTTGCTTAATCA-T--G--T--G--TTTATCTTAGTATCAAATAAGTAT-TA-TTAT--------AAACCA-CAA--CAGT----------AGAGCATCTGCT-TTGCATGTGGAAGGCTGTGGGTTCGATTCCA-AGTTGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AACTTCCTCCCTTGGCTCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-ATGTCTAGTCAGCTCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53510 : gttaatgggataGGCGAAGTTT-------A-T--A--T--G--TT-GTTTTCCTG---AA-GATTATCTAATTATTTTAAGGAAGACCG-CAGCGTGGTCTAG--TGGTAGAGCGTCTGCCTC-GCATGCGGAAGGTCGTTGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53513 : TCTA-ATAT-AGAC--AAAGACGGCAGCGTGGTT--GAGTGGTAGATTGTCCGTCTC-ACATGTGGAAGGTTGTGGGTTTGATCCCC-AGCCGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTA-TAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCGCTCAGCATTTACAGGACAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCTGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53516 : TGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGTCGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTTGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGACCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53522 : ttattggaataagtgacaccacttgttcttttcgaat--G--TGGTAGAGCGTCTGCCGC-GCACGCAGAAGGTTGTGGGTTCGATCCCT-AGTC----------AAATATTTGAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCTTCGCTTGGCGTTCAGCATTGAGAGGATGGTTCC-AGGTCTGGTCGGTCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53526 : cagcgATGCGGAAGGTTGTGGGTTTGATCCCT-GGCCAGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGGCGCTCAGCATTTAGAGGACAGTTTT-AGGTCTGGTCAGCCTGGTGTCTGTATAATGTGACT--GGGTGGGGtg
gi|53531 : aaCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--GGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53532 : tCGGA-GGTCGTGGGTTCGATCCCC-GACCGGGTCATACCAAAGACTTTAG--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53533 : cGAAGATTGTGGGTTTGATCCCC-AGCCAGATCA--CCAAAGACTT-GC--AA-A-TGTTACTTGA--AGCTTCCTCACTTGGCGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-AGCTCTGGTTGGTCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGt
gi|53537 : ctGAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-AGCTGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTATTAGA--AGCTTCCTCACTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53540 : GAAGGTTGTGGGTTTGATCCCT-GACTGGGTCATACCAAACACTTTAA--AA-A-TAGTACTTGA--AGCTTTCTCGTTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAAAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53541 : GAAGGTTGTGGGTTCGATCCCTTGGCAGGGTCATATCAAATACTTGAA--AA-A-TGGTACCAGA--AGCTTCCTCGCTTGGTGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTTTAAGGTCTGACTGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GAGTGGGGt
gi|53542 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AAAA-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGACAGTTCT-AGGTCAGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGAAT--GGGTGGGGt
gi|53544 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGAGTCATACCAAAGACTTTAA--AAAA-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-ATGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTTACT--GGGTGGGGt
gi|53545 : GGAGGTCGTGGGTTCAATTCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-AATGGTACTAGA--AGCTT----GCT---CGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATATTGTGACT--GGGTAGGGt
gi|53546 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-CAGTACCAGA--AGCTTCCTCACTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCTGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53547 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCTGGTCATAACAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53548 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCGCT-----TTTAGAGGACAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATTTGACT--GGTTGGGGt
gi|53553 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCT-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53557 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53558 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCT-GGCCATGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACTCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTTGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53560 : GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCT-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCGGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53563 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGATCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGATGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53564 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCGGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53565 : GAAGGTCATGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAAA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTGAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTTGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53566 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAAA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGATCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53568 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCC--GGCCGGGTCATACTAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53569 : GAAGGTTGTAGGTTTGATCCCC-AGCTGGGTCATGCCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCCAGTCGGACCGGTGTCAGTATAATGTAACT--GGGTGGGGt
gi|53570 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GACCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTAT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53571 : GAAGGTCGTAGGTTTGATCCCC-GACCGGGTCATACAAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTATTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAAAGTTCT-AGGTCTGGTCAGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53572 : GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAGAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCCATTGGCGCTCAGCATAAAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGACCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53640 : AGGTTGTGGGTTTGATTTCC-GACTGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TAGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGATGCTCAGTATTTAGAGAAAAGTTCT-TGGTCTGGTCGGCCAGATGTCAGTATATTGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53641 : AGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCAGATCATACCAAAGACTTCAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGATGCTCAGTATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53644 : GGTTGTGGGTTTGATCCTC-GGCTGGGTCATACCGAAGAGTT--G--AA-A-TGATATTAGA--AGCTTCTTCAGTTGGCACTTAACATTTAGAACATAATTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|53471 ): AGTAGAACCACTGTCCTTCCGCAAGTTACTCGCAAACTTTCTCACATAAAT
Unaligned ( gi|53268 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCTGCAAGTGACTGGAAACTTTCTCACATTAAGTTT
Unaligned ( gi|53278 ): GAGTAGAACCACTATCCTTCCTCATGTTACTAACAAACTTTCTCACAAAGTT
Unaligned ( gi|53284 ): GAGTAGAACCACCGTCCTTCTGCAAGTCACTGGCAAACTTTTTCATATAAAGTTT
Unaligned ( gi|53479 ): AGTAGAACCACTGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAATTTTTTCACATAAAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111 11 44444444 4444444444
lowQualScore : 00 0 0 0 1 111 8 6 9999999 77 88 11111111 7777777777 1 44 2 1 44 1 44
lowQualScore : .. . . . . ... . . ....... .. .. ........ .......... . .. . . .. . ..
lowQualScore : 99 6 6 7 5 888 0 7 8888888 33 33 44444444 7777777777 1 55 2 1 55 1 55
consensus : GGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACG-CAG--TGGTT--G--TGGTAGAGCGTCTGCC-C-GCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
Reference ( family-81 ) : GGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACG-CAG--TGGTT--G--TGGTAGAGCGTCTGCC-C-GCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53226 : GGCAAACTTTCTCA--CAT-AA---GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT-------GTAAAGTGTCT-------------GGAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGG
gi|53227 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA---GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT-------GTAAAGTGTCT-------------GGAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGGtggtggg
gi|53228 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA---GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT-------GTAAAGTGTCT-------------GGAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGGtggtggg
gi|53231 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-TA-A-GTTTtggtggg
gi|53232 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagttactGGCAAACTTTCTCA--C---AA-A-GTTT
gi|53235 : gagtagaaccactgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53236 : gagtagaaccaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAG-AA-A-GTTTTTT
gi|53238 : gagtagaatcgctgtccttcctcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-C-GTTT
gi|53240 : gagtagaatcaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACGTTCTCA--CAT-AA-A-G-TTGTT
gi|53241 : gagtagaaccaccgtccttcttaagttactGACAAACTTTCTCA--CAT--A-A-GTTT
gi|53242 : gagtagaaccactgtccttcagcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53243 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-T-GTTT
gi|53245 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCG--CAT-AA-A-GTTT
gi|53246 : gagtagaaccactgtccttccacaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTT
gi|53248 : gagtagaaccattgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTTTT
gi|53249 : gagtagagccaccgtccttcgacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A----TGTTTTG
gi|53250 : gagtagagccaccgtcctttcgcaagtaactGGCAAGCTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53251 : gagtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-C-GTTT
gi|53252 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTTTT
gi|53254 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53255 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53257 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53258 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAC-AT-A-GTTT
gi|53259 : gagtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53261 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGGCATACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53262 : gaatagaatcaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53263 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGACAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53265 : gagtagaaccactgtccttctgcaagtaaccGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT-TTC
gi|53266 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGACAAACTTTCTCA--CAT-AA-T-GTTTATT
gi|53271 : gagtagaaccactgtccttcagcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-
gi|53272 : gagtagaaccaatgtcctttctcaagttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AACA-GTTT
gi|53274 : gagtagaaccaccgtccttcagcaagtgactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53275 : gagtaaaaccaccgtccttccgcaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53276 : gagtagaaccaccatccttccccaagtgactGACAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53280 : gagtagaaccaccgtccttccgcgagttactGGCAAACTTTCTCA--TGT-AA-A-G-TTGTT
gi|53283 : gagtagaaccaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-T-GTTT
gi|53284 : gagtagaaccaccatctttccgcaagttactGGCAAACTTTTTCA--TAT-AA-A-GTTT
gi|53285 : gagtagaaccaccgtccttctgcaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53286 : gagtagaaccaccgtccttatgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CATGAA-A-ATTTg
gi|53289 : gagtagaatcaccgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-GA-A-GTT
gi|53292 : gagtagaactactatccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53295 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53298 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53301 : gagtagaaccaccttccttcttcaagtacctGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-C-GTTT
gi|53303 : gagtaaaaccaccgtccttcgtaagttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53304 : gagtagatccactgtctttctgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTTTT
gi|53305 : gagtagaaccaatgtccttctgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-TA-A-GTTT
gi|53308 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaaatGGCAGACTTTCTCA--CAT-AC-A-GT
gi|53309 : gagtagagccaccatccttcctcatgtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTGT
gi|53314 : gagtagaaccaccgtctttccgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53315 : gagtagaaccaccatcattctgcaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53317 : gagtagaaccaccgtccttttgcaagtagctGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53319 : gagtagaaccaccgtccttttgcaagtagctGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-G-TTGTT
gi|53463 : gagaagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53468 : agtagaatcactgtccttccgcaagttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-AGGTTTG
gi|53470 : agtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AC-A-GTTT
gi|53471 : agtagaatcaccgtccttccacaagtaactGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-
gi|53475 : agtagaaccactgtccttccgcaagttactcGGCAAACTTTCTCA--CAT-GA-A-GTTTt
gi|53477 : agtagaatcaccgtcattctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT--A-A-GTTT
gi|53478 : agcagactcaccatcctttcgcaggtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-GA-A-GTTTTTT
gi|53479 : agtagaaccactgttcttctgtaagtaactGGCAAATTTTTTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53480 : agtagaaccactgtccttctgcaagtaactGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-ATTT
gi|53508 : agtagacccactgtccttcctcaagtaacttCAAGCTTGCTTAATCAT-GT---GTTTATCTTAGTATCAAATAAGTAT-TA-TTAT--------AAACCA-CAA--CAGT----------AGAGCATCTGCT-TTGCATGTGGAAGGCTGTGGGTTCGATTCCA-AGTTGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AACTTCCTCCCTTGGCTCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-ATGTCTAGTCAGCTCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGtg
gi|53510 : gttaatgggataTTGTTTTCCTG---AA-GATTATCTAATTATTTTAAGGAAGACCG-CAGCGTGGTCTAG--TGGTAGAGCGTCTGCCTC-GCATGCGGAAGGTCGTTGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53513 : ggcgaagtttatatgTCTA-ATAT-AGAC--AAAGACGGCAGCGTGGTT--GAGTGGTAGATTGTCCGTCTC-ACATGTGGAAGGTTGTGGGTTTGATCCCC-AGCCGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTA-TAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCGCTCAGCATTTACAGGACAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCTGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53516 : TGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGTCGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTTGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGACCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53522 : ttattggaataagtgacaccacttgttcttttcgaat--G--TGGTAGAGCGTCTGCCGC-GCACGCAGAAGGTTGTGGGTTCGATCCCT-AGTC----------AAATATTTGAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCTTCGCTTGGCGTTCAGCATTGAGAGGATGGTTCC-AGGTCTGGTCGGTCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53526 : cagcgATGCGGAAGGTTGTGGGTTTGATCCCT-GGCCAGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGGCGCTCAGCATTTAGAGGACAGTTTT-AGGTCTGGTCAGCCTGGTGTCTGTATAATGTGACT--GGGTGGGGtg
gi|53531 : aaCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--GGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53532 : tCGGA-GGTCGTGGGTTCGATCCCC-GACCGGGTCATACCAAAGACTTTAG--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53533 : cGAAGATTGTGGGTTTGATCCCC-AGCCAGATCA--CCAAAGACTT-GC--AA-A-TGTTACTTGA--AGCTTCCTCACTTGGCGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-AGCTCTGGTTGGTCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGt
gi|53537 : ctGAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-AGCTGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTATTAGA--AGCTTCCTCACTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53540 : GAAGGTTGTGGGTTTGATCCCT-GACTGGGTCATACCAAACACTTTAA--AA-A-TAGTACTTGA--AGCTTTCTCGTTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAAAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53541 : GAAGGTTGTGGGTTCGATCCCTTGGCAGGGTCATATCAAATACTTGAA--AA-A-TGGTACCAGA--AGCTTCCTCGCTTGGTGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTTTAAGGTCTGACTGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GAGTGGGGt
gi|53542 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AAAA-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGACAGTTCT-AGGTCAGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGAAT--GGGTGGGGt
gi|53544 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGAGTCATACCAAAGACTTTAA--AAAA-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-ATGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTTACT--GGGTGGGGt
gi|53545 : GGAGGTCGTGGGTTCAATTCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-AATGGTACTAGA--AGCTT----GCT---CGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATATTGTGACT--GGGTAGGGt
gi|53546 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-CAGTACCAGA--AGCTTCCTCACTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCTGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53547 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCTGGTCATAACAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53548 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCGCT-----TTTAGAGGACAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATTTGACT--GGTTGGGGt
gi|53553 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCT-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53557 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53558 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCT-GGCCATGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACTCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTTGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53560 : GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCT-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCGGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53563 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGATCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGATGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53564 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCGGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53565 : GAAGGTCATGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAAA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTGAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTTGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53566 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAAA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGATCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53568 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCC--GGCCGGGTCATACTAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53569 : GAAGGTTGTAGGTTTGATCCCC-AGCTGGGTCATGCCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCCAGTCGGACCGGTGTCAGTATAATGTAACT--GGGTGGGGt
gi|53570 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GACCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTAT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53571 : GAAGGTCGTAGGTTTGATCCCC-GACCGGGTCATACAAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTATTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAAAGTTCT-AGGTCTGGTCAGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53572 : GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAGAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCCATTGGCGCTCAGCATAAAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGACCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53640 : AGGTTGTGGGTTTGATTTCC-GACTGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TAGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGATGCTCAGTATTTAGAGAAAAGTTCT-TGGTCTGGTCGGCCAGATGTCAGTATATTGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53641 : AGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCAGATCATACCAAAGACTTCAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGATGCTCAGTATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53644 : GGTTGTGGGTTTGATCCTC-GGCTGGGTCATACCGAAGAGTT--G--AA-A-TGATATTAGA--AGCTTCTTCAGTTGGCACTTAACATTTAGAACATAATTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|53260 ): GAGTAGAACCACTATCCTTCCCCATGTTACTGGCAAACTTTCTCATATAGTTT
Unaligned ( gi|53268 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCTGCAAGTGACTGGAAACTTTCTCACATTAAGTTT
Unaligned ( gi|53273 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCCGCATGTAACTGGAAACTTTCTCACATAAGTTT
Unaligned ( gi|53278 ): GAGTAGAACCACTATCCTTCCTCATGTTACTAACAAACTTTCTCACAAAGTT
Alignments
lowQualScore : 111 11 44444444 4444444444
lowQualScore : 00 0 0 0 1 111 8 6 9999999 77 88 11111111 7777777777 1 44 2 1 44 1 44
lowQualScore : .. . . . . ... . . ....... .. .. ........ .......... . .. . . .. . ..
lowQualScore : 99 6 6 7 5 888 0 7 8888888 33 33 44444444 7777777777 1 55 2 1 55 1 55
consensus : GGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACG-CAG--TGGTT--G--TGGTAGAGCGTCTGCC-C-GCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
Reference ( family-81 ) : GGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACG-CAG--TGGTT--G--TGGTAGAGCGTCTGCC-C-GCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53226 : GGCAAACTTTCTCA--CAT-AA---GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT-------GTAAAGTGTCT-------------GGAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGG
gi|53227 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA---GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT-------GTAAAGTGTCT-------------GGAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGGtggtggg
gi|53228 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA---GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT-------GTAAAGTGTCT-------------GGAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGGtggtggg
gi|53231 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-TA-A-GTTTtggtggg
gi|53232 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagttactGGCAAACTTTCTCA--C---AA-A-GTTT
gi|53235 : gagtagaaccactgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53236 : gagtagaaccaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAG-AA-A-GTTTTTT
gi|53238 : gagtagaatcgctgtccttcctcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-C-GTTT
gi|53240 : gagtagaatcaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACGTTCTCA--CAT-AA-A-G-TTGTT
gi|53241 : gagtagaaccaccgtccttcttaagttactGACAAACTTTCTCA--CAT--A-A-GTTT
gi|53242 : gagtagaaccactgtccttcagcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53243 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-T-GTTT
gi|53245 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCG--CAT-AA-A-GTTT
gi|53246 : gagtagaaccactgtccttccacaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTT
gi|53248 : gagtagaaccattgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTTTT
gi|53249 : gagtagagccaccgtccttcgacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A----TGTTTTG
gi|53250 : gagtagagccaccgtcctttcgcaagtaactGGCAAGCTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53251 : gagtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-C-GTTT
gi|53252 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTTTT
gi|53254 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53255 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53257 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53258 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAC-AT-A-GTTT
gi|53259 : gagtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53261 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGGCATACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53262 : gaatagaatcaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53263 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGACAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53265 : gagtagaaccactgtccttctgcaagtaaccGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT-TTC
gi|53266 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGACAAACTTTCTCA--CAT-AA-T-GTTTATT
gi|53271 : gagtagaaccactgtccttcagcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-
gi|53272 : gagtagaaccaatgtcctttctcaagttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AACA-GTTT
gi|53274 : gagtagaaccaccgtccttcagcaagtgactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53275 : gagtaaaaccaccgtccttccgcaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53276 : gagtagaaccaccatccttccccaagtgactGACAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53280 : gagtagaaccaccgtccttccgcgagttactGGCAAACTTTCTCA--TGT-AA-A-G-TTGTT
gi|53283 : gagtagaaccaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-T-GTTT
gi|53284 : gagtagaaccaccatctttccgcaagttactGGCAAACTTTTTCA--TAT-AA-A-GTTT
gi|53285 : gagtagaaccaccgtccttctgcaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53286 : gagtagaaccaccgtccttatgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CATGAA-A-ATTTg
gi|53289 : gagtagaatcaccgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-GA-A-GTT
gi|53292 : gagtagaactactatccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53295 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53298 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53301 : gagtagaaccaccttccttcttcaagtacctGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-C-GTTT
gi|53303 : gagtaaaaccaccgtccttcgtaagttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53304 : gagtagatccactgtctttctgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTTTT
gi|53305 : gagtagaaccaatgtccttctgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-TA-A-GTTT
gi|53308 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaaatGGCAGACTTTCTCA--CAT-AC-A-GT
gi|53309 : gagtagagccaccatccttcctcatgtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTGT
gi|53314 : gagtagaaccaccgtctttccgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53315 : gagtagaaccaccatcattctgcaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53317 : gagtagaaccaccgtccttttgcaagtagctGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53319 : gagtagaaccaccgtccttttgcaagtagctGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-G-TTGTT
gi|53463 : gagaagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53468 : agtagaatcactgtccttccgcaagttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-AGGTTTG
gi|53470 : agtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AC-A-GTTT
gi|53471 : agtagaatcaccgtccttccacaagtaactGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-
gi|53475 : agtagaaccactgtccttccgcaagttactcGGCAAACTTTCTCA--CAT-GA-A-GTTTt
gi|53477 : agtagaatcaccgtcattctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT--A-A-GTTT
gi|53478 : agcagactcaccatcctttcgcaggtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-GA-A-GTTTTTT
gi|53479 : agtagaaccactgttcttctgtaagtaactGGCAAATTTTTTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53480 : agtagaaccactgtccttctgcaagtaactGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-ATTT
gi|53508 : agtagacccactgtccttcctcaagtaacttCAAGCTTGCTTAATCAT-GT---GTTTATCTTAGTATCAAATAAGTAT-TA-TTAT--------AAACCA-CAA--CAGT----------AGAGCATCTGCT-TTGCATGTGGAAGGCTGTGGGTTCGATTCCA-AGTTGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AACTTCCTCCCTTGGCTCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-ATGTCTAGTCAGCTCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGtg
gi|53510 : gttaatgggataTTGTTTTCCTG---AA-GATTATCTAATTATTTTAAGGAAGACCG-CAGCGTGGTCTAG--TGGTAGAGCGTCTGCCTC-GCATGCGGAAGGTCGTTGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53513 : ggcgaagtttatatgTCTA-ATAT-AGAC--AAAGACGGCAGCGTGGTT--GAGTGGTAGATTGTCCGTCTC-ACATGTGGAAGGTTGTGGGTTTGATCCCC-AGCCGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTA-TAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCGCTCAGCATTTACAGGACAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCTGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53516 : TGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGTCGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTTGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGACCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53522 : ttattggaataagtgacaccacttgttcttttcgaat--G--TGGTAGAGCGTCTGCCGC-GCACGCAGAAGGTTGTGGGTTCGATCCCT-AGTC----------AAATATTTGAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCTTCGCTTGGCGTTCAGCATTGAGAGGATGGTTCC-AGGTCTGGTCGGTCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53526 : cagcgATGCGGAAGGTTGTGGGTTTGATCCCT-GGCCAGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGGCGCTCAGCATTTAGAGGACAGTTTT-AGGTCTGGTCAGCCTGGTGTCTGTATAATGTGACT--GGGTGGGGtg
gi|53531 : aaCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--GGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53532 : tCGGA-GGTCGTGGGTTCGATCCCC-GACCGGGTCATACCAAAGACTTTAG--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53533 : cGAAGATTGTGGGTTTGATCCCC-AGCCAGATCA--CCAAAGACTT-GC--AA-A-TGTTACTTGA--AGCTTCCTCACTTGGCGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-AGCTCTGGTTGGTCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGt
gi|53537 : ctGAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-AGCTGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTATTAGA--AGCTTCCTCACTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53540 : GAAGGTTGTGGGTTTGATCCCT-GACTGGGTCATACCAAACACTTTAA--AA-A-TAGTACTTGA--AGCTTTCTCGTTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAAAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53541 : GAAGGTTGTGGGTTCGATCCCTTGGCAGGGTCATATCAAATACTTGAA--AA-A-TGGTACCAGA--AGCTTCCTCGCTTGGTGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTTTAAGGTCTGACTGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GAGTGGGGt
gi|53542 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AAAA-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGACAGTTCT-AGGTCAGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGAAT--GGGTGGGGt
gi|53544 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGAGTCATACCAAAGACTTTAA--AAAA-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-ATGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTTACT--GGGTGGGGt
gi|53545 : GGAGGTCGTGGGTTCAATTCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-AATGGTACTAGA--AGCTT----GCT---CGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATATTGTGACT--GGGTAGGGt
gi|53546 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-CAGTACCAGA--AGCTTCCTCACTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCTGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53547 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCTGGTCATAACAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53548 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCGCT-----TTTAGAGGACAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATTTGACT--GGTTGGGGt
gi|53553 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCT-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53557 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53558 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCT-GGCCATGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACTCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTTGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53560 : GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCT-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCGGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53563 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGATCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGATGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53564 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCGGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53565 : GAAGGTCATGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAAA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTGAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTTGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53566 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAAA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGATCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53568 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCC--GGCCGGGTCATACTAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53569 : GAAGGTTGTAGGTTTGATCCCC-AGCTGGGTCATGCCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCCAGTCGGACCGGTGTCAGTATAATGTAACT--GGGTGGGGt
gi|53570 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GACCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTAT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53571 : GAAGGTCGTAGGTTTGATCCCC-GACCGGGTCATACAAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTATTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAAAGTTCT-AGGTCTGGTCAGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53572 : GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAGAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCCATTGGCGCTCAGCATAAAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGACCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53640 : AGGTTGTGGGTTTGATTTCC-GACTGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TAGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGATGCTCAGTATTTAGAGAAAAGTTCT-TGGTCTGGTCGGCCAGATGTCAGTATATTGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53641 : AGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCAGATCATACCAAAGACTTCAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGATGCTCAGTATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53644 : GGTTGTGGGTTTGATCCTC-GGCTGGGTCATACCGAAGAGTT--G--AA-A-TGATATTAGA--AGCTTCTTCAGTTGGCACTTAACATTTAGAACATAATTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
blockSeqs : G TCA T A TTTAAGG GG CG CTAGTG GCTTTGCAT T AG A A AG A GG
blockSeqs : G T . . TGGAA A CG TGAGTG GCCTCGCAT . AG A . AG . GG
blockSeqs : T T . . TGGAA A . T GTCTCACAT . . . . . . .
blockSeqs : G . . . AGAC A . T GCCGCGCAC . . . . . . .
blockSeqs : T . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : GCCTCGCAT* ** ** **
originalCons : GGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACG-CAG--TGGTT--G--TGGTAGAGCGTCTGCC-C-GCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
finalCons : GGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACG-CAG--TGGTT--G--TGGTAGAGCGTCTGCCTCGCAT-GCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|53260 ): GAGTAGAACCACTATCCTTCCCCATGTTACTGGCAAACTTTCTCATATAGTTT
Unaligned ( gi|53268 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCTGCAAGTGACTGGAAACTTTCTCACATTAAGTTT
Unaligned ( gi|53273 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCCGCATGTAACTGGAAACTTTCTCACATAAGTTT
Unaligned ( gi|53278 ): GAGTAGAACCACTATCCTTCCTCATGTTACTAACAAACTTTCTCACAAAGTT
Alignments
lowQualScore : 111 11 2222222222 22222222
lowQualScore : 00 0 0 0 1 111 8 6 9999999 77 88 9999999999 88888888 1 44 2 1 44 1 44
lowQualScore : .. . . . . ... . . ....... .. .. .......... ........ . .. . . .. . ..
lowQualScore : 99 6 6 7 5 888 0 7 8888888 33 33 4444444444 88888888 1 55 2 1 55 1 55
consensus : GGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACG-CAG--TGGTT--G--TGGTAGAGCGTCTGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
Reference ( family-81 ) : GGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACG-CAG--TGGTT--G--TGGTAGAGCGTCTGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53226 : GGCAAACTTTCTCA--CAT-AA---GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT--G--T---AAAGTGTCTG------------GAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGG
gi|53227 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA---GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT--G--T---AAAGTGTCTG------------GAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGGtggtggg
gi|53228 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA---GTTTGTTCTGTTAT--AA-AAGTATCTA-TTATTGGAA--AAAAACA-CAG--TGGTT--G--T---AAAGTGTCTG------------GAGGTTGTGGGTTTGATCC-----------CAT---AGAGGCTTTAAAGAA-A-CAGT-TTGGAAGAGCTTCCTCACTTGGC--------TTTGGAATAGTGATTT---GACAGGTTGGGCCAGTGTCAGTATATTGTGACTGGGGGTGGGGtggtggg
gi|53231 : gagtagagtcactgtccttcttcaggttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-TA-A-GTTTtggtggg
gi|53232 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagttactGGCAAACTTTCTCA--C---AA-A-GTTT
gi|53235 : gagtagaaccactgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53236 : gagtagaaccaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAG-AA-A-GTTTTTT
gi|53238 : gagtagaatcgctgtccttcctcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-C-GTTT
gi|53240 : gagtagaatcaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACGTTCTCA--CAT-AA-A-G-TTGTT
gi|53241 : gagtagaaccaccgtccttcttaagttactGACAAACTTTCTCA--CAT--A-A-GTTT
gi|53242 : gagtagaaccactgtccttcagcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53243 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-T-GTTT
gi|53245 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCG--CAT-AA-A-GTTT
gi|53246 : gagtagaaccactgtccttccacaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTT
gi|53248 : gagtagaaccattgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTTTT
gi|53249 : gagtagagccaccgtccttcgacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A----TGTTTTG
gi|53250 : gagtagagccaccgtcctttcgcaagtaactGGCAAGCTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53251 : gagtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-C-GTTT
gi|53252 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTTTT
gi|53254 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53255 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53257 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53258 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAC-AT-A-GTTT
gi|53259 : gagtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53261 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGGCATACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53262 : gaatagaatcaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53263 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGACAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53265 : gagtagaaccactgtccttctgcaagtaaccGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT-TTC
gi|53266 : gagtagaaccaccatccttctgcaagtaactGACAAACTTTCTCA--CAT-AA-T-GTTTATT
gi|53271 : gagtagaaccactgtccttcagcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-
gi|53272 : gagtagaaccaatgtcctttctcaagttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AACA-GTTT
gi|53274 : gagtagaaccaccgtccttcagcaagtgactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53275 : gagtaaaaccaccgtccttccgcaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53276 : gagtagaaccaccatccttccccaagtgactGACAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53280 : gagtagaaccaccgtccttccgcgagttactGGCAAACTTTCTCA--TGT-AA-A-G-TTGTT
gi|53283 : gagtagaaccaccgtccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-T-GTTT
gi|53284 : gagtagaaccaccatctttccgcaagttactGGCAAACTTTTTCA--TAT-AA-A-GTTT
gi|53285 : gagtagaaccaccgtccttctgcaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53286 : gagtagaaccaccgtccttatgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CATGAA-A-ATTTg
gi|53289 : gagtagaatcaccgtccttccacaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-GA-A-GTT
gi|53292 : gagtagaactactatccttctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53295 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53298 : gagtagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53301 : gagtagaaccaccttccttcttcaagtacctGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-C-GTTT
gi|53303 : gagtaaaaccaccgtccttcgtaagttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53304 : gagtagatccactgtctttctgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTTTT
gi|53305 : gagtagaaccaatgtccttctgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-TA-A-GTTT
gi|53308 : gagtagaaccactgtccttccacaagtaaatGGCAGACTTTCTCA--CAT-AC-A-GT
gi|53309 : gagtagagccaccatccttcctcatgtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTTGT
gi|53314 : gagtagaaccaccgtctttccgtaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53315 : gagtagaaccaccatcattctgcaagtcactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53317 : gagtagaaccaccgtccttttgcaagtagctGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53319 : gagtagaaccaccgtccttttgcaagtagctGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-G-TTGTT
gi|53463 : gagaagaaccaccgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-
gi|53468 : agtagaatcactgtccttccgcaagttactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-AGGTTTG
gi|53470 : agtagaaccactgtccttccgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-AC-A-GTTT
gi|53471 : agtagaatcaccgtccttccacaagtaactGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-
gi|53475 : agtagaaccactgtccttccgcaagttactcGGCAAACTTTCTCA--CAT-GA-A-GTTTt
gi|53477 : agtagaatcaccgtcattctgcaagtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT--A-A-GTTT
gi|53478 : agcagactcaccatcctttcgcaggtaactGGCAAACTTTCTCA--CAT-GA-A-GTTTTTT
gi|53479 : agtagaaccactgttcttctgtaagtaactGGCAAATTTTTTCA--CAT-AA-A-GTTT
gi|53480 : agtagaaccactgtccttctgcaagtaactGCAAACTTTCTCA--CAT-AA-A-ATTT
gi|53508 : agtagacccactgtccttcctcaagtaacttCAAGCTTGCTTAATCAT-GT---GTTTATCTTAGTATCAAATAAGTAT-TA-TTAT--------AAACCA-CAA--CAGT----------AGAGCATCTGCTTTGCATGTGGAAGGCTGTGGGTTCGATTCCA-AGTTGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AACTTCCTCCCTTGGCTCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-ATGTCTAGTCAGCTCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGtg
gi|53510 : gttaatgggataTTGTTTTCCTG---AA-GATTATCTAATTATTTTAAGGAAGACCG-CAGCGTGGTCTAG--TGGTAGAGCGTCTGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTTGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53513 : ggcgaagtttatatgTCTA-ATAT-AGAC--AAAGACGGCAGCGTGGTT--GAGTGGTAGATTGTCCGTCTCACATGTGGAAGGTTGTGGGTTTGATCCCC-AGCCGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTA-TAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCGCTCAGCATTTACAGGACAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCTGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53516 : TGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGTCGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTTGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGACCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53522 : ttattggaataagtgacaccacttgttcttttcgaat--G--TGGTAGAGCGTCTGCCGCGCACGCAGAAGGTTGTGGGTTCGATCCCT-AGTC----------AAATATTTGAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCTTCGCTTGGCGTTCAGCATTGAGAGGATGGTTCC-AGGTCTGGTCGGTCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53526 : cagcgATGCGGAAGGTTGTGGGTTTGATCCCT-GGCCAGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGGCGCTCAGCATTTAGAGGACAGTTTT-AGGTCTGGTCAGCCTGGTGTCTGTATAATGTGACT--GGGTGGGGtg
gi|53531 : aaCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--GGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53532 : tCGGA-GGTCGTGGGTTCGATCCCC-GACCGGGTCATACCAAAGACTTTAG--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53533 : cGAAGATTGTGGGTTTGATCCCC-AGCCAGATCA--CCAAAGACTT-GC--AA-A-TGTTACTTGA--AGCTTCCTCACTTGGCGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-AGCTCTGGTTGGTCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGt
gi|53537 : ctGAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-AGCTGGGTCATATCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTATTAGA--AGCTTCCTCACTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGG
gi|53540 : GAAGGTTGTGGGTTTGATCCCT-GACTGGGTCATACCAAACACTTTAA--AA-A-TAGTACTTGA--AGCTTTCTCGTTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAAAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53541 : GAAGGTTGTGGGTTCGATCCCTTGGCAGGGTCATATCAAATACTTGAA--AA-A-TGGTACCAGA--AGCTTCCTCGCTTGGTGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTTTAAGGTCTGACTGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GAGTGGGGt
gi|53542 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AAAA-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGACAGTTCT-AGGTCAGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGAAT--GGGTGGGGt
gi|53544 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGAGTCATACCAAAGACTTTAA--AAAA-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGATAGTTCT-ATGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTTACT--GGGTGGGGt
gi|53545 : GGAGGTCGTGGGTTCAATTCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-AATGGTACTAGA--AGCTT----GCT---CGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATATTGTGACT--GGGTAGGGt
gi|53546 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-CAGTACCAGA--AGCTTCCTCACTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCTGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53547 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCTGGTCATAACAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53548 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCGCT-----TTTAGAGGACAGTTTT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATTTGACT--GGTTGGGGt
gi|53553 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCT-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGGCACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53557 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53558 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCT-GGCCATGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACTCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTTGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53560 : GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCT-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCGGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53563 : GAAGGTCGTGGGTTCGATCCCC-GGCCGGATCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGATGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53564 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCGGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53565 : GAAGGTCATGGGTTCGATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAAA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTGAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTTGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53566 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAAA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGATCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53568 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCC--GGCCGGGTCATACTAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53569 : GAAGGTTGTAGGTTTGATCCCC-AGCTGGGTCATGCCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACACTCAGCATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCCAGTCGGACCGGTGTCAGTATAATGTAACT--GGGTGGGGt
gi|53570 : GAAGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GACCGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAGAGTTAT-AGGTCTGGTCGGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53571 : GAAGGTCGTAGGTTTGATCCCC-GACCGGGTCATACAAAAGACTTTAA--AA-A-TGGTATTAGA--AGCTTCCTCGCTTGACGCTCAGCATTTAGAGGAAAGTTCT-AGGTCTGGTCAGCCCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53572 : GAAGGTTGTGGGTTCAATCCCC-GGCCGGGTCATACCAGAGACTTTAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCCATTGGCGCTCAGCATAAAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGACCGGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53640 : AGGTTGTGGGTTTGATTTCC-GACTGGGTCATACCAAAGACTTTAA--AA-A-TAGTACTAGA--AGCTTCCTCGCTTGATGCTCAGTATTTAGAGAAAAGTTCT-TGGTCTGGTCGGCCAGATGTCAGTATATTGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53641 : AGGTCGTGGGTTCAATCCCC-GGCCAGATCATACCAAAGACTTCAA--AA-A-TGGTACTAGA--AGCTTCCTCACTTGATGCTCAGTATTTAGAGGAGAGTTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
gi|53644 : GGTTGTGGGTTTGATCCTC-GGCTGGGTCATACCGAAGAGTT--G--AA-A-TGATATTAGA--AGCTTCTTCAGTTGGCACTTAACATTTAGAACATAATTCT-AGGTCTGGTCGGCCCAGTGTCAGTATAATGTGACT--GGGTGGGGt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|53260 ): GAGTAGAACCACTATCCTTCCCCATGTTACTGGCAAACTTTCTCATATAGTTT
Unaligned ( gi|53268 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCTGCAAGTGACTGGAAACTTTCTCACATTAAGTTT
Unaligned ( gi|53273 ): GAGTAGAACCACTGTCCTTCCGCATGTAACTGGAAACTTTCTCACATAAGTTT
Unaligned ( gi|53278 ): GAGTAGAACCACTATCCTTCCTCATGTTACTAACAAACTTTCTCACAAAGTT