lowQualScore : 111 11111 2222222222222222 11111111111 111111111 1 1 1 1 33 8888 5555 1 1111111 2
lowQualScore : 0 444 5555 555 55555 444 88888888 3 7777777 00000 2 55 2 2 2 8888888 2 2 3 5555 2 2 0 4 44 0 3 44 44 6 44 555 44 6666 2 3 9999999999999999 77777 44444444444 222222222 2 44 6 5 0 4 4 4 5 5 5 1 44 88 44 6 3 0000 2222 6 6 1111111 4 3 9
lowQualScore : . ... .... ... ..... ... ........ . ....... ..... . .. . . . ....... . . . .... . . . . .. . . .. .. . .. ... .. .... . . ................ ..... ........... ......... . .. . . . . . . . . . . .. .. .. . . .... .... . . ....... . . .
lowQualScore : 9 111 0000 000 99999 111 55555555 5 6666666 00000 4 66 4 4 5 1111111 3 7 3 7777 1 9 6 0 22 8 1 33 22 2 22 888 66 5555 3 1 2222222222222222 77777 66666666666 333333333 4 22 0 3 7 6 0 8 5 0 0 3 22 11 66 0 3 5555 0000 2 7 8888888 7 6 0
consensus : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATATG--C-----AT---ATC--------TACACC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTNCA----TAGAGATNA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCT-GACTACATCTG-TTA--ATTT-AAATTTGTTGACA--GTTTAATTAATG---TAA--AGGTCAAAA----TACAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTA----------------GTTC-----ATAATT-----------TGA---------AAATTAAGTTT--TTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACCGGTTAAACCGTGTTTTATGATCTGATAACTGAATGTATTTACAAATTCTCAGGGG-TGTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCTGCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACA--CCTCTCT--TTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTA-TTCTT-TTTTT
Reference ( gi|102293 ) : ATAGACCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATATT--C-----AT---ATC--------TACACC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCT-GACTACATCTG-TTA--ATTT-AAATTTGTTGACA--GTTTAATTAATG---TAA--AGGTCAAAA----TACAATATTTAATTATTGAT-TTAAGTA----------------GTTC-----ATAATT-----------TGA---------AAATTCAGTTT--TTATATCATTCAGCATGTGTACTTCTTTACTGGTTAAACCGTGTTTTATGATCTGATAACTGAATATATTTACAAATTCTCAGGGG-TGTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCTGCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGGAAAGATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACA--C--CTCT--TTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACTG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCATGATTGTGTACTCATATATATAAGTGCCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTATA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTA-TTCTTATTTTT
gi|102296 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATATG--C-----AT---ATC--------TGCAAC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----AAGAGATTA-CATTACTATCTCGGAT--AATAATTGGGATATAAGTCT-GACTTAATCTG-TTA--ATTT-AGATTTGTTGACA--ATTTAATTAATT---TAA--AGGTCAAAA----TACAATATTAAATTATTGAT-TTAAGTA----------------GTTC-----ATAATT-----------TGA---------AAATTAAGTTT--TTATATCATTCAGCATATGTATTTCTATACTGGTTAAACCGTGTTTTATGATCTGATAACTGAATGTATTTACAAATTCTCAGGGG-TGTGGGGGAGGGAGGAAAGGGTCTGCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGCAAACATTCCTGAAGATTAAGGCAAATTAACA--CCGCTCT--TTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCTATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACT----TATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACATTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAGATTCTTCTA-T
gi|102294 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATATG--C-----AT---ATC--------TACACC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACA-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----AAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCT-GACTACATCTG-TTA--ATTT-AAATTTGTTGACA--GTTTAATTAATG---TAA--AGGTCAAAA----TACAATATCTAATTATTAAT-TTAAGTA----------------GTTC-----ATAATT-----------TGA---------AAATTAAGTTT--TTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATAGTGGTTAAACCATGTTTTATGACCTGATAATTGAATGTATTTACAAATTCTCAGGCG-TGTAGGGGAGGGAGGAAAGAGCCTGCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGGAGATTAAGGCTAATTAACA--CCTCTCT--TTAAAAGTGATTTAGAAGGGATCCAAACCGTTTTGTATAATGTAAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTATACTC--ATATACGAGT--CCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATTCTTCCA-TTATT-TTTTT
gi|102297 : ATAGACCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATATG--C-----AT---ATC--------TACACC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACA-CCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGC-TACA----CAGAGATTA-CATGGCTATTTCGGAT--AATGATTGAGATATAAGTCT-GACTACATCTG-TTA--ATTT-AAATTTCTTGACA--GTTTAATTAATG---TAA--AGGTCAAA-----TACAATATCAAATTATTGAT-TTAAGTA----------------GTTC-----ATAGTT-----------TGA---------AAATTAAGTTT--TTATATCATTCAGCATATGTATTTCTATACTGGTTAAACTGTGTTTTATGATCTGATAACTGAATATATTTACAAATTCTCAGGGGTTGTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCTGCTGTAAATTAATAAATTCACATATGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACA--CCTCTCT--TTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACACACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAAAACAACAGAACAGTTAACCATT-TG--------TTTTGTTCAAAGTCTTCTA-TTCTT-TTTTT
gi|102295 : ATAGACCATTCTTAATACTGTCT---CATGA----ATATG--C-----AT---ATC--------TACACC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TGCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTTCA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AAATATTGAGATATAAGTCT-GACTACATCTG-TTA--ATTT-GAATTTGTTGACA--GTTTAATTAATG---TAA--AGGTCAAAA----TACAATATCTAATTATTGAT-TTAACTA----------------GGCC-----ATAATT-----------TGA---------AAATTAAGTTT--TTATATCATTCAGCATGTGAATTTCTATACTGGTTAAACTGTGTTTTATGATCTGATAACTGAATGTATTTAGAAATTCTCAGGGG-TGTGGGGAA-GGGGGAAAGGGTTTGCTGTAAATCAATTCATTCGCATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACA--CCTCTCT--TTGAAAGTGATTTAGAAGGAATACAAACCG-TCTGTATAATTTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TATGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCAGTTTA-TTCTT-TTTTT
gi|102298 : ATAGACCATTATTAATATTATCT---CATGA----ATATG--C-----AT---ATC--------TACACC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--A-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTTGCGCACA----TAGAGATAA-CATGGCTATTTCAGAT--AATAATTGAGATAAAAGTCT-GACTACATCTG-TTG--ATTT-AAATTTGTTGATA--GTTTAATTAATG---TAA--AGGTCAAAA----TACAATATCTAATTATTAAT-TGAAGTA----------------GTTC-----ATAATT-----------TGA---------AAATTAAGTTC--CTAAATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACTGGTTAAACAGTGTTTTATGATCTGATAACTGAATGTATTTACAAATTCTCAGGGG-TGTAGAGGATGGTGGAAAGGGTCTGCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATAAAGGCTAATTAACA--CATCTCT--TTGAAAGTGATTTAAAAGGGCTACAAACCT-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ACATAAGTGACCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAAGTCTTCTA-
gi|102299 : ATAGATCCTTCTTAATATTATCT---CATGA----ATATG--C-----AT---ATC--------TACACC-------AGA-----ATGAGGTT-AG--G-AG-CACA-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGTGTGCA----TAGAGATTA-CATGGCTATATCC-ATTAAAAAATTGAGATACAAGTCT-GACTACATCTA-TTA--ATTA-AAATTTGTTGACA--ATTTAATTAATG---TAA--AGGTCAAAA----TACAATATTTAATTATTGAT-TTAAGTA----------------GTTC-----ATAATT-----------TGA---------AAATTAAGTTT--TTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTCTACTGGTTAAACCATGTTTTATGATCTGATAACTGAATGTATTTACAAATTCTCA----------GGGATGGAGGAATGGGTCTGCTGTAAATCAATTCATTCATATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACA--T--CTCCCATTGCAAGTGAATTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAGTGTCAGGTTCCATGAATATTTGTACCATACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGATCACAACCGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAAGTCTTCTA-TTCTT-TTTTT
gi|102300 : ATAGACCATTCTTAATA-------------------------C-----AT---ATC--------TACACC-------AGA-----ACGAG-TT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAT-CAAAACTAGCGTACA----TAAAGATTA-CATGGCTATCACAGAT--AATAATTGAGATATAAGTCT-GACTACACCTG-TTA--ATTA-AAATTTGTTGAAA--GTTTAATTAATG---TAA--AGGTCAAAA----TATAATATTTAATTATTG-----------------------------------ATAATT-----------TGC---------AAATTAAGTTT--TTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACTGGTTAAACCGT-TTTTATGATCTGATAAATGAATGTATTTACAAATTCTCAGGGG-TGTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCCACTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTATTAACATTCTTGAAGATTAAGGCTTATTAACA--CCTCTCT--TTGAAAGTGATTTAGAAGGGATATAAACCG-TCTGTATTATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTCCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAGCAATTAACCATTTTATTTTTGTTTTTTGTTCAAATCTTTCTA-TTCTC-TTTTT
gi|102301 : ATAGACCATTCTTGATATTGTCT---TATGA----ATATG--C-----AT---ATC--------TACACC-------AGACTGTGACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAACGTACA----TAAAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAAATATAAGGCG-GACTACATCTA-TTA--ATTT-TAATGTGTTGACA--ATTTAATTAATG---TAA--AGGTCAAAA----TACAATATTTAGTTATTGAT-TTAAGTA----------------GTTC-----ATAATT-----------TGA---------AAATTAAGTTT--TTATATCATTCAGCGTGTGTATTGCTATACTGGTTAAACCATGTTTTATGATCTGATTATTGAATGTATTAACAAATTATCAGGGG-TGT-GGGGAGGGAGGAAAGGGTCTGCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGTTAATTAA-A--C--CCC
gi|102302 : ATAGACCATTCTTAAAATTATCTACGCGTAA----ACA----------AG---ATCAAAAGAGTTACCCCCCTTCTAATATGT--ATAAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------TTCTTACAG-CGACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-ATTGGCTATCTCGGAT--TGCAACTAAGATAAAAGTCT-GATTACATCTA-TCA--ATTTCGAATTTGTTGACA--GTCCAATTAATG---TAA--AGGTCAAAA----AACAATATTTAATTATTGAT-TGAAGTA----------------GTTC-----ATGATT-----------TAA---------AAGTTTAGTTA--TTATATTATTCAGCATGTGTATTGCTATACCGGTAAAACCATGTTTCATGTTCTGATAACTGA--GTATTTACAATTTCTCAGTCA-T--------TGAAG----GGGTCT--TATAAG------CATTTGCA--------GT--AAACACTCCAGTATATTAAGGTTTATTAACA--CATCTCT--TTAGAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATATTGTCAGGTTCCATGAATATTAGTGCATTACAA----TGTCTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTCACCATTTTA-------GTTTTGTTTAAA-CCTTTT--TTTTTCTTTTT
gi|102303 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATAATTTCATATG--C-----AT---AGC--------TTCACC-------CGA-----ACGACGCA-AG--G-AG-CACA-TCAT-------ATCTTCAAA-AAACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-GATGGC--------------TAATTGAGATAAAAGTCTGGATTCAATTTATTTA--TTTT-AAATTTGTTAACA--ATTCAACTAACG---TAA--AGGATAAAA----GAAAA----TAATCCTTGAT-TTAAGTAGTTTTGGGAAGAATTTGTTC-----ATGATC-----------TGA---------AAATTAAGTAA--TTGTTTTATTCAGAATGTATTTTGATATACCGGTAAAACTGTTTCTTt
gi|102304 : ATAGACCAAACTTGATATTGTTT---CATGA----ATATG--C-----AT---ATC--------TACACC-------AGA-----ACGAGACT-AG--G-AG-CGCA-TCAT-------ATCTCCCAG-CAGCACTAGCGTCCA----Ttcgaacgatttctctatcactgtgttttactagatgtacaggtttttacaattctgaacattgaaagggtgttatatgcatttacggaccccactataaatcaattcattcacattcgacatgtttatacattcctgtagattaaggcaaattaacagtcctctttccaagtgatttagaagctctaaaacccatctgtatagtataaggttccatgaatattggtacattaccatgtctactcaaataagtgcccattgtctagaacacaacagaaaaacttaccattttatcgatgttcaaaccctttactttttatttt
gi|102305 : ATAGGCCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATATTAAC-----AG---ATT--------T--TCC-------AAA-----GCGAGGCT-GGGTG-AG-CAAGCTACTTGTTTACATCTCCCAGTCATGGCTA-CTTACAGTGCTAGAGATT--TATCGCTATTTC
gi|102306 : ATCGATCCTTCTTAATATTACTG---CATGA----ATATC--TACGAGAT---AT-------------CC-------AGA-----ACGAGGAT-AA--GCAGACACC-TGCT-------GTTCT--AG-T--TACTCGCGTCCT----TAGAGATAACCACGGCT-TCTT--AC--AGTGAACAAGATATCAGTTT-AATTCCAGAT--TTAACATTT-TCGTTTGTTGAAA--GTT
gi|102307 : ATAGACCACTCTTAATATTATCT---CATGA----ATATT--A-----AGAGAATT--------T---CC-------AGA-----GTGAGGCTGAGT-G-AG-CAatataaaaagcaataaatcatcatct
gi|102308 : TAGACCAGTCTTAATATTGTCT---CATGG----CTATG--C-----AT---ATC--------TACTTC-------ACA-----ACGGAGCT-CT--G-AG-CACA-TCAT-------GTCTCCTAG-CAACACTAGCGTCCA----CAGAGACAA-CAT---TGT-----------TGATTGAGATAGAA---T-G---GGGTCTA-TAA--ATTTCGAATTTGTTGACA--GTTCAATAAATG---TAA--AGGACAAAA----GACAATA---AATCATTGAT-TTAAGTA----------------GTTCTGTGAAGAATTTGTTCAAGATATGA---------AAATTAAGTTA--TTATTTCATTCAGTAAGTATATTGATATACCGGTAGAAC--TGTTTAAT
gi|102309 : GAACATTCTTAATATTGTCT---AATGA----ATATA--C-----AT---ATC--------T--ACC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACA-TCAT-------ATttcctaacaaattctctatcattgtttttacaagaggttttaacaaattcaggacattgaaggcgtattatatgcatttatgggctctactataaatctattcattcacatctgatctgtttgcacattcctgtagattaaaaccctctttggaagtgatttagaagcgatataaaccaactgtaaaa
gi|102310 : TTAATATTCTCT---CAAGA----ATATG--C-----AT---ATC--------TACACC-------TTA-----ACGAGGTT-GG--G-AG-CACA-TTAT-------ATCTTCCAG-CAACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-AATGGCTATCTTTGAT--A---------GTATAAGTCT-GACTACATATA--TG--GGTC-AAA-----TGACAATATTTAACTATTGGTTTAAGTAGTTCATAATTTGTACATTAAGTTATTATT-ATGTTCAGCA-----------------TGC-----GTA--T-----------TGATGTACCAGTAAAACC-GTTTGATTTTCT-ATTTAAC-----TATTTCTCTATC------ACTGTGTTTTATGACCTGATAACTAGAAGTAATTACAAATT-TCA
gi|102311 : ----TAAAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTACCGGTA----------GTTC-----ATAATT-----------TGA---------AAATTAAGTTT--TTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATAGAGGTTAAACCGTGTTTTATGATCTGATAATTGAATGTATTTACAAATTCTCAGGGG-TGTAGGGGAGGGAGGAAAGAGCCTGCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGGAGATTAAGGCTAATTAACA--CCTCTCT--TTGAAAGTGATTTAAAAGGGATCCAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTCATATAC----GTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCCA-TTCTT-TTTTTacattgaaagggttttataagtcatgtagattatggctaattaacgcttctctatggaaatgattta
gi|102308 : GGCTCTACTATAAATCTATTCATTCACATCTGATCTGTTTGCACATTCCTGTAGATTAA--------AAC---C--CTCT--TTGGAAGTGATTTAGAAGCGATATAAACCA-ACTGTAAAA
gi|102303 : tagaccagtcttaatattgtctcatggctatgcatatctacttcacaacggagctctgagcacatcatgtctcctagcaacactagcgtccacagagacaacattgttgattgagatagaatggggtctataaatttcgaatttgttgacagttcaataaatgtaaaggacaaaagacaataaatcattgatttaagtagttctgtgaagaatttgttcaagatatgaaaattaagttattatttcattcagtaagtatattgatataccggtagaactgtttaatttcctaacaaattctctatcattgtttttacaagaggttttaacaaattcaggacattgaaggcgtattatatgcatttatgCTATAAATCAATTCATTCACATTCGACATGTTTATACATTCCTGTAGATTAAGGCAAATTAACAGTC--CTCT--TTCCAAGTGATTTAGAAGCTCTAAAACCCA-TCTGTATAGTATAAGGTTCCATGAATATTGGTACATTACCATG----TCTACTCA---A-ATAAGTGCCCATTGTCTAGAACACAACAGAAAAACTTACCATTTTA-------TCGATGTTCAAACCCTT-TACTTTTTATTTT
gi|102310 : atagaccattcttaatattgtctcataatttcatatgcatagcttcacccgaacgacgcaaggagcacatcatatcttcaaaaaacactagcgtccatagagataagatggctaattgagataaaagtctggattcaatttatttattttaaatttgttaacaattcaactaacgtaaaggataaaagaaaataatccttgatttaagtagttttgggaagaatttgttcatgatctgaaaattaagtaattgttttattcagaatgtattttgatataccggtaaaactgtttctttcgaacgatttctctatcactgtgttttactagatgtacaggtttttacaattctgaacattgaaagggtgttatatgcatttacggaccccaTCATGTAGATTATGGCTAATTAACG--CTTCTCT--ATGGAAATGATTTA
gi|102312 : ttaatattctctcaagaatatgcatatctacaccttaacgaggttgggagcacattatatcttccagcaacactagcgtccatagagataaaatggctatctttgatagtataagtctgactacatatatgggtcaaatgacaatatttaactattggtttaagtagttcataatttgtacattaagttattattatgttcagcatgcgtattgatgtaccagtaaaaccgtttgattttctatttaactatttctctatcactgtgttttatgacctgataactagaagtaattacaaatttcaacattgaaagggttttataagTGGAAATGATTTAGAAGGGCTATAAACCG-TCTGTATAGTGTCAGGTTCCATGGATAGTAATGCATTACCA----TGTCTACTCATATA
gi|102312 : TTAT--------TTTTTGTCCAAACCCTTCTT-TTCGTCTTTTagtacaattttattttttgtccaaacccttcttttcgtctttt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 11111111111 1111111111 1111111111 1111111
lowQualScore : 333 4444 666 88888888 1 666666 7777777 99999 2 55 2 2 2 7777777 1 2 1 5555 1 2 3 33 2 0 33 8 33 555 33 33 5555 1 2 888888 8888888888888888 77777 33333333333 2222222222 6666 2 6666 6666 77777 6666666666 888888 555 77777 3 4 3 3 0 0 3 7777 7777 0000000 0 4 4
lowQualScore : ... .... ... ........ . ...... ....... ..... . .. . . . ....... . . . .... . . . .. . . .. . .. ... .. .. .... . . ...... ................ ..... ........... .......... .... . .... .... ..... .......... ...... ... ..... . . . . . . . .... .... ....... . . .
lowQualScore : 999 7777 999 11111111 4 444444 2222222 44444 2 33 2 2 4 6666666 6 5 0 3333 0 7 0 99 9 4 99 6 99 000 99 99 7777 4 9 222222 9999999999999999 11111 66666666666 5555555555 1111 1 1111 1111 11111 4444444444 222222 444 77777 3 4 1 1 6 1 1 1111 1111 8888888 8 0 0
consensus : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTNCA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACCGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTATTCTT-T-TTTT
Reference ( family-809 ) : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTNCA----TAGAGATNA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACCGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTATTCTT-T-TTTT
gi|102293 : ATAGACCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATAT---TCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTCAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTACTTCTTTACTGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATATA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGGAAAGATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACAC--CTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACTG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCATGATTGTGTACTCATATATATAAGTGCCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTATA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTATTCTTAT-TTTT
gi|102294 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACA-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----AAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTAAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATAGTGGTTAAACCATGTTTT----ATGAC----CTGATAA-----TTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGCGT-GTAGGGGAGGGAGGAAAGAGCCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGGAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTAAAAGTGATTTAGAAGGGATCCAAACCGTTTTGTATAATGTAAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTATACTC----ATATACGAGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATTCTTCCATTATT-T-TTTT
gi|102295 : ATAGACCATTCTTAATACTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TGCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTTCA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AAATATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-GAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTGAT-TTAACTA------GGC----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGAATTTCTATACTGGTTAAACTGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTAGAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGAA-GGGGGAAAGGGTTT-GCTGTAAATCAATTCATTCGCATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGAATACAAACCG-TCTGTATAATTTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TATGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCAGTTTATTCTT-T-TTTT
gi|102296 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TGCA------AC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----AAGAGATTA-CATTACTATCTCGGAT--AATAATTGGGATATAAGTCTG-ACTTAATCTGTTA--ATTT-AGATTTGTTGACAAT--TTAATTAATT---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTAAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATATGTATTTCTATACTGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGAGGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGCAAACATTCCTGAAGATTAAGGCAAATTAACACCGCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCTATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTT----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACATTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAGATTCTTCTAT
gi|102297 : ATAGACCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACA-CCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGC-TACA----CAGAGATTA-CATGGCTATTTCGGAT--AATGATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTCTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AA-T----ACAATATCAAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAGTT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATATGTATTTCTATACTGGTTAAACTGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATATA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGTTGTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATTAATAAATTCACATATGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACACACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAAAACAACAGAACAGTTAACCATTT---------GTTTTGTTCAAAGTCTTCTATTCTT-T-TTTT
gi|102298 : ATAGACCATTATTAATATTATCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--A-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTTGCGCACA----TAGAGATAA-CATGGCTATTTCAGAT--AATAATTGAGATAAAAGTCTG-ACTACATCTGTTG--ATTT-AAATTTGTTGATAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTAAT-TGAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTCCTAAATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACTGGTTAAACAGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTAGAGGATGGTGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATAAAGGCTAATTAACACATCTCTTTGAAAGTGATTTAAAAGGGCTACAAACCT-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ACATAAGTGACCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAAGTCTTCTA
gi|102299 : ATAGATCCTTCTTAATATTATCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ATGAGGTT-AG--G-AG-CACA-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGTGTGCA----TAGAGATTA-CATGGCTATATCC-ATTAAAAAATTGAGATACAAGTCTG-ACTACATCTATTA--ATTA-AAATTTGTTGACAAT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTCTACTGGTTAAACCATGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGG----------ATGGAGGAATGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCATATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACATCTCCCATTGCAAGTGAATTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAGTGTCAGGTTCCATGAATATTTGTACCATACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGATCACAACCGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAAGTCTTCTATTCTT-T-TTTT
gi|102300 : ATAGACCATTCTTAATA--------------------------CATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAG-TT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAT-CAAAACTAGCGTACA----TAAAGATTA-CATGGCTATCACAGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACACCTGTTA--ATTA-AAATTTGTTGAAAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ATAATATTTAATTATTGAT-----------------------------------------AATT-----------TGC----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACTGGTTAAACCGT-TTTT----ATGAT----CTGATAA-----ATG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCC-ACTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTATTAACATTCTTGAAGATTAAGGCTTATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATATAAACCG-TCTGTATTATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTCCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAGCAATTAACCATTTTATTTTTGTTTTTTGTTCAAATCTTTCTATTCTC-T-TTTT
gi|102301 : ATAGACCATTCTTGATATTGTCT---TATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGACTGTGACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAACGTACA----TAAAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAAATATAAGGCGG-ACTACATCTATTA--ATTT-TAATGTGTTGACAAT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTTAGTTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCGTGTGTATTGCTATACTGGTTAAACCATGTTTT----ATGAT----CTGATTA-----TTG----------AATGTA------TTAACAAATTAT---CA-----GGGGT-GT-GGGGAGGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGTTAATTAA-ACCCC
gi|102302 : ATAGACCATTCTTAAAATTATCTACGCGTAA----ACA------AGATCAAAAGAGTTACC------CCCCTTCTAATATGT--ATAAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------TTCTTACAG-CGACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-ATTGGCTATCTCGGAT--TGCAACTAAGATAAAAGTCTG-ATTACATCTATCA--ATTTCGAATTTGTTGACAGT--CCAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAA----ACAATATTTAATTATTGAT-TGAAGTA------GTT----------------C-----ATGATT-----------TAA----------AAG----TTTAGTTATTATATTATTCAGCATGTGTATTGCTATACCGGTAAAACCATGTTTC----ATGTT----CTGATAA-----CTG----------A--GTA------TTTACAATTTCT---CA-----GTCAT---------TGAAG----GGGTCT---TATAAG------CATTTGCA----------GTAAACACTCCAGTATATTAAGGTTTATTAACACATCTCTTTAGAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATATTGTCAGGTTCCATGAATATTAGTGCATTACAA----TGTCTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTCACCATTTTA-------GTTTTGTTTAAACCTTTTTTTTTCT-T-TTTT
gi|102303 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATAATTTCATAT---GCATAGC--------TTCA------CC-------CGA-----ACGACGCA-AG--G-AG-CACA-TCAT-------ATCTTCAAA-AAACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-GATGGCTA--------------ATTGAGATAAAAGTCTGGATTCAATTTATTT--ATTTTAAATTTGTTAACAAT--TCAACTAACG---TAA--AGGATA--AAAG----AAAATA----ATCCTTGAT-TTAAGTA------GTTTTGGGAAGAATTTGTTC-----ATGATC-----------TGA----------AAA----TTAAGTAATTGTTTTATTCAGAATGTATTTTGATATACCGGTAAAACTGTTTCTTTCGAACGATTTCTCT-ATCA-----CTGTGTTTTACTAGATGTACAGGTTTTTACAA-TTCTGAACATTGAAAGGGT-GTTAT--ATGCATTTACGGACCCCACTATAAATCAATTCATTCACATTCGACATGTTTATACATTCCTGTAGATTAAGGCAAATTAACAGTCCTCTTTCCAAGTGATTTAGAAGCTCTAAAACCCA-TCTGTATAGTATAAGGTTCCATGAATATTGGTACATTACCA----TGTCTACTC----AAATAAGTGCCCATTGTCTAGAACACAACAGAAAAACTTACCATTTTA-------TCGATGTTCAAACCCTT-TACTTTT-TATTTT
gi|102304 : ATAGACCAAACTTGATATTGTTT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGACT-AG--G-AG-CGCA-TCAT-------ATCTCCCAG-CAGCACTAGCGTCCA----T
gi|102305 : ATAGGCCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATATTA-ACAGATT--------T--T------CC-------AAA-----GCGAGGCT-GGGTG-AG-CAAGCTACTTGTTTACATCTCCCAGTCATGGCTA-CTTACAGTGCTAGAGATT--TATCGCTATTTC
gi|102306 : ATCGATCCTTCTTAATATTACTG---CATGA-------------ATATC--------TACGAGATATCC-------AGA-----ACGAGGAT-AA--GCAGACACC-TGCT-------GTTCT--AG-T--TACTCGCGTCCT----TAGAGATAACCACGGCT-TCTT--AC--AGTGAACAAGATATCAGTTTA-ATTCCAGAT-TTAACATTT-TCGTTTGTTGAAAGT--T------ATA---TAA--AAAGCAATAAAT-----CATCATCT
gi|102307 : ATAGACCACTCTTAATATTATCT---CATGA----ATATTAAGAGAATT--------T---------CC-------AGA-----GTGAGGCTGAGT-G-AG-CA
gi|102308 : TAGACCAGTCTTAATATTGTCT---CATGG----CTAT---GCATATC--------TACT------TC-------ACA-----ACGGAGCT-CT--G-AG-CACA-TCAT-------GTCTCCTAG-CAACACTAGCGTCCA----CAGAGACAA-CAT---TGT-----------TGATTGAGATAGAA---TG----GGGTCTATAA--ATTTCGAATTTGTTGACAGT--TCAATAAATG---TAA--AGGACA--AAAG----ACAATA---AATCATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------CTGTGAAGAATTTGTTCAAGATATGA----------AAA----TTAAGTTATTATTTCATTCAGTAAGTATATTGATATACCGGTAGAAC--TGTTTA----ATTTC----CTAACAAATTCTCTATC--------ATTGTT------TTTACAA
gi|102308 : GGCTCT-ACTATAAATCTATTCATTCACATCTGATCTGTTTGCACATTCCTGTAGATTAAA----------ACC-CTCTTTGGAAGTGATTTAGAAGCGATATAAACCA-ACTGTAAAAgaggttttaacaaattcaggacattgaaggcgtattatatgcatttatgggctctactataaatctattcattcacatctgatctgtttgcacattcctgtagattaaaaccctctttggaagtgatttagaagcgatataaaccaactgtaaaa
gi|102309 : tagaccagtcttaatattgtctcatggctatgcatatctacttcacaacggagctctgagcacatcatgtctcctagcaacactagcgtccacagagacaacattgttgattgagatagaatggggtctataaatttcgaatttgttgacagttcaataaatgtaaaggacaaaagacaataaatcattgatttaagtagttctgtgaagaatttgttcaagatatgaaaattaagttattatttcattcagtaagtatattgatataccggtagaactgtttaatttcctaacaaattctctatcattgtttttacaagaggttttaacaaattcaggacattgaaggcgtattatatgcatttatgGAACATTCTTAATATTGTCT---AATGA----ATAT---ACATATC--------T--A------CC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACA-TCAT-------AT
gi|102310 : TTAATATTCTCT---CAAGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------TTA-----ACGAGGTT-GG--G-AG-CACA-TTAT-------ATCTTCCAG-CAACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-AATGGCTATCTTTGAT--AGTA---------TAAGTCTG-ACTACATATATGG--GTC--AAAT-----GACAATATTTAACTATTGGTTTAAGTAGTTCA--TAATTTGTACATTAAGTTATTATT-ATGTTCAGCA-------TG----------------C-----GTA--T-----------TGATGTACCAGTAAAACCGTTTGATTTTCTAT-----TTAAC-----TATTTCTCTATC------ACTGTGTTTT----ATGAC----CTGATAA-----CTA----------GAAGTA------ATTACAAATT-T---CA-----
gi|102310 : TCATGTAGATTATGGCTAATTAACGCTTCTCTATGGAAATGATTTAacattgaaagggttttataagtcatgtagattatggctaattaacgcttctctatggaaatgattta
gi|102311 : ttaatattctctcaagaatatgcatatctacaccttaacgaggttgggagcacattatatcttccagcaacactagcgtccatagagataaaatggctatctttgatagtataagtctgactacatatatgggtcaaatgacaatatttaactattggtttaagtagttcataatttgtacattaagttattattatgttcagcatgcgtattgatgtaccagtaaaaccgtttgattttctatttaactatttctctatcactgtgttttatgacctgataactagaagtaattacaaatttcaacattgaaagggttttataagT----AAAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTACCGGTAGTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATAGAGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----TTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTAGGGGAGGGAGGAAAGAGCCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGGAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAAAAGGGATCCAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATACGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCCATTCTT-T-TTTT
gi|102312 : TGGAAATGATTTAGAAGGGCTATAAACCG-TCTGTATAGTGTCAGGTTCCATGGATAGTAATGCATTACCA----TGTCTACTC----ATATAAGT------------------------ACAATT--TTATTT-----------TTTGTCCAAACCCTTCTTTTCGT-C-TTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 11111111111 1111111111 1111111111 1111111
lowQualScore : 333 4444 666 88888888 1 666666 7777777 99999 2 55 2 2 2 7777777 1 2 1 5555 1 2 3 33 2 0 33 8 33 555 33 33 5555 1 2 888888 8888888888888888 77777 33333333333 2222222222 6666 2 6666 6666 77777 6666666666 888888 555 77777 3 4 3 3 0 0 3 7777 7777 0000000 0 4 4
lowQualScore : ... .... ... ........ . ...... ....... ..... . .. . . . ....... . . . .... . . . .. . . .. . .. ... .. .. .... . . ...... ................ ..... ........... .......... .... . .... .... ..... .......... ...... ... ..... . . . . . . . .... .... ....... . . .
lowQualScore : 999 7777 999 11111111 4 444444 2222222 44444 2 33 2 2 4 6666666 6 5 0 3333 4 7 0 99 9 4 99 6 99 000 99 99 7777 4 9 222222 9999999999999999 11111 66666666666 5555555555 1111 1 1111 1111 11111 4444444444 222222 444 77777 3 4 1 1 6 1 1 1111 1111 8888888 8 0 0
consensus : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTNCA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACCGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTATTCTT-T-TTTT
Reference ( family-809 ) : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTNCA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACCGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTATTCTT-T-TTTT
gi|102293 : ATAGACCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATAT---TCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTCAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTACTTCTTTACTGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATATA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGGAAAGATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACAC--CTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACTG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCATGATTGTGTACTCATATATATAAGTGCCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTATA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTATTCTTAT-TTTT
gi|102294 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACA-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----AAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTAAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATAGTGGTTAAACCATGTTTT----ATGAC----CTGATAA-----TTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGCGT-GTAGGGGAGGGAGGAAAGAGCCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGGAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTAAAAGTGATTTAGAAGGGATCCAAACCGTTTTGTATAATGTAAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTATACTC----ATATACGAGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATTCTTCCATTATT-T-TTTT
gi|102295 : ATAGACCATTCTTAATACTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TGCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTTCA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AAATATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-GAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTGAT-TTAACTA------GGC----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGAATTTCTATACTGGTTAAACTGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTAGAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGAA-GGGGGAAAGGGTTT-GCTGTAAATCAATTCATTCGCATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGAATACAAACCG-TCTGTATAATTTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TATGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCAGTTTATTCTT-T-TTTT
gi|102296 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TGCA------AC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----AAGAGATTA-CATTACTATCTCGGAT--AATAATTGGGATATAAGTCTG-ACTTAATCTGTTA--ATTT-AGATTTGTTGACAAT--TTAATTAATT---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTAAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATATGTATTTCTATACTGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGAGGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGCAAACATTCCTGAAGATTAAGGCAAATTAACACCGCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCTATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTT----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACATTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAGATTCTTCTAT
gi|102297 : ATAGACCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACA-CCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGC-TACA----CAGAGATTA-CATGGCTATTTCGGAT--AATGATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTCTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AA-T----ACAATATCAAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAGTT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATATGTATTTCTATACTGGTTAAACTGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATATA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGTTGTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATTAATAAATTCACATATGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACACACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAAAACAACAGAACAGTTAACCATTT---------GTTTTGTTCAAAGTCTTCTATTCTT-T-TTTT
gi|102298 : ATAGACCATTATTAATATTATCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--A-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTTGCGCACA----TAGAGATAA-CATGGCTATTTCAGAT--AATAATTGAGATAAAAGTCTG-ACTACATCTGTTG--ATTT-AAATTTGTTGATAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTAAT-TGAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTCCTAAATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACTGGTTAAACAGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTAGAGGATGGTGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATAAAGGCTAATTAACACATCTCTTTGAAAGTGATTTAAAAGGGCTACAAACCT-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ACATAAGTGACCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAAGTCTTCTA
gi|102299 : ATAGATCCTTCTTAATATTATCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ATGAGGTT-AG--G-AG-CACA-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGTGTGCA----TAGAGATTA-CATGGCTATATCC-ATTAAAAAATTGAGATACAAGTCTG-ACTACATCTATTA--ATTA-AAATTTGTTGACAAT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTCTACTGGTTAAACCATGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGG----------ATGGAGGAATGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCATATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACATCTCCCATTGCAAGTGAATTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAGTGTCAGGTTCCATGAATATTTGTACCATACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGATCACAACCGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAAGTCTTCTATTCTT-T-TTTT
gi|102300 : ATAGACCATTCTTAATA--------------------------CATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAG-TT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAT-CAAAACTAGCGTACA----TAAAGATTA-CATGGCTATCACAGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACACCTGTTA--ATTA-AAATTTGTTGAAAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ATAATATTTAATTATTGAT-----------------------------------------AATT-----------TGC----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACTGGTTAAACCGT-TTTT----ATGAT----CTGATAA-----ATG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCC-ACTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTATTAACATTCTTGAAGATTAAGGCTTATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATATAAACCG-TCTGTATTATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTCCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAGCAATTAACCATTTTATTTTTGTTTTTTGTTCAAATCTTTCTATTCTC-T-TTTT
gi|102301 : ATAGACCATTCTTGATATTGTCT---TATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGACTGTGACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAACGTACA----TAAAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAAATATAAGGCGG-ACTACATCTATTA--ATTT-TAATGTGTTGACAAT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTTAGTTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCGTGTGTATTGCTATACTGGTTAAACCATGTTTT----ATGAT----CTGATTA-----TTG----------AATGTA------TTAACAAATTAT---CA-----GGGGT-GT-GGGGAGGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGTTAATTAA-ACCCC
gi|102302 : ATAGACCATTCTTAAAATTATCTACGCGTAA----ACA------AGATCAAAAGAGTTACC------CCCCTTCTAATATGT--ATAAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------TTCTTACAG-CGACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-ATTGGCTATCTCGGAT--TGCAACTAAGATAAAAGTCTG-ATTACATCTATCA--ATTTCGAATTTGTTGACAGT--CCAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAA----ACAATATTTAATTATTGAT-TGAAGTA------GTT----------------C-----ATGATT-----------TAA----------AAG----TTTAGTTATTATATTATTCAGCATGTGTATTGCTATACCGGTAAAACCATGTTTC----ATGTT----CTGATAA-----CTG----------A--GTA------TTTACAATTTCT---CA-----GTCAT---------TGAAG----GGGTCT---TATAAG------CATTTGCA----------GTAAACACTCCAGTATATTAAGGTTTATTAACACATCTCTTTAGAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATATTGTCAGGTTCCATGAATATTAGTGCATTACAA----TGTCTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTCACCATTTTA-------GTTTTGTTTAAACCTTTTTTTTTCT-T-TTTT
gi|102303 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATAATTTCATAT---GCATAGC--------TTCA------CC-------CGA-----ACGACGCA-AG--G-AG-CACA-TCAT-------ATCTTCAAA-AAACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-GATGGCTA--------------ATTGAGATAAAAGTCTGGATTCAATTTATTT--ATTTTAAATTTGTTAACAAT--TCAACTAACG---TAA--AGGATA--AAAG----AAAATA----ATCCTTGAT-TTAAGTA------GTTTTGGGAAGAATTTGTTC-----ATGATC-----------TGA----------AAA----TTAAGTAATTGTTTTATTCAGAATGTATTTTGATATACCGGTAAAACTGTTTCTTTCGAACGATTTCTCT-ATCA-----CTGTGTTTTACTAGATGTACAGGTTTTTACAA-TTCTGAACATTGAAAGGGT-GTTAT--ATGCATTTACGGACCCCACTATAAATCAATTCATTCACATTCGACATGTTTATACATTCCTGTAGATTAAGGCAAATTAACAGTCCTCTTTCCAAGTGATTTAGAAGCTCTAAAACCCA-TCTGTATAGTATAAGGTTCCATGAATATTGGTACATTACCA----TGTCTACTC----AAATAAGTGCCCATTGTCTAGAACACAACAGAAAAACTTACCATTTTA-------TCGATGTTCAAACCCTT-TACTTTT-TATTTT
gi|102304 : ATAGACCAAACTTGATATTGTTT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGACT-AG--G-AG-CGCA-TCAT-------ATCTCCCAG-CAGCACTAGCGTCCA----T
gi|102305 : ATAGGCCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATATTA-ACAGATT--------T--T------CC-------AAA-----GCGAGGCT-GGGTG-AG-CAAGCTACTTGTTTACATCTCCCAGTCATGGCTA-CTTACAGTGCTAGAGATT--TATCGCTATTTC
gi|102306 : ATCGATCCTTCTTAATATTACTG---CATGA-------------ATATC--------TACGAGATATCC-------AGA-----ACGAGGAT-AA--GCAGACACC-TGCT-------GTTCT--AG-T--TACTCGCGTCCT----TAGAGATAACCACGGCT-TCTT--AC--AGTGAACAAGATATCAGTTTA-ATTCCAGAT-TTAACATTT-TCGTTTGTTGAAAGT--T------ATA---TAA--AAAGCAATAAAT-----CATCATCT
gi|102307 : ATAGACCACTCTTAATATTATCT---CATGA----ATATTAAGAGAATT--------T---------CC-------AGA-----GTGAGGCTGAGT-G-AG-CA
gi|102308 : TAGACCAGTCTTAATATTGTCT---CATGG----CTAT---GCATATC--------TACT------TC-------ACA-----ACGGAGCT-CT--G-AG-CACA-TCAT-------GTCTCCTAG-CAACACTAGCGTCCA----CAGAGACAA-CAT---TGT-----------TGATTGAGATAGAA---TG----GGGTCTATAA--ATTTCGAATTTGTTGACAGT--TCAATAAATG---TAA--AGGACA--AAAG----ACAATA---AATCATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------CTGTGAAGAATTTGTTCAAGATATGA----------AAA----TTAAGTTATTATTTCATTCAGTAAGTATATTGATATACCGGTAGAAC--TGTTTA----ATTTC----CTAACAAATTCTCTATC--------ATTGTT------TTTACAA
gi|102308 : GGCTCT-ACTATAAATCTATTCATTCACATCTGATCTGTTTGCACATTCCTGTAGATTAAA----------ACC-CTCTTTGGAAGTGATTTAGAAGCGATATAAACCA-ACTGTAAAAgaggttttaacaaattcaggacattgaaggcgtattatatgcatttatgggctctactataaatctattcattcacatctgatctgtttgcacattcctgtagattaaaaccctctttggaagtgatttagaagcgatataaaccaactgtaaaa
gi|102309 : tagaccagtcttaatattgtctcatggctatgcatatctacttcacaacggagctctgagcacatcatgtctcctagcaacactagcgtccacagagacaacattgttgattgagatagaatggggtctataaatttcgaatttgttgacagttcaataaatgtaaaggacaaaagacaataaatcattgatttaagtagttctgtgaagaatttgttcaagatatgaaaattaagttattatttcattcagtaagtatattgatataccggtagaactgtttaatttcctaacaaattctctatcattgtttttacaagaggttttaacaaattcaggacattgaaggcgtattatatgcatttatgGAACATTCTTAATATTGTCT---AATGA----ATAT---ACATATC--------T--A------CC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACA-TCAT-------AT
gi|102310 : TTAATATTCTCT---CAAGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------TTA-----ACGAGGTT-GG--G-AG-CACA-TTAT-------ATCTTCCAG-CAACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-AATGGCTATCTTTGAT--AGTA---------TAAGTCTG-ACTACATATATGG--GTC--AAAT-----GACAATATTTAACTATTGGTTTAAGTAGTTCA--TAATTTGTACATTAAGTTATTATT-ATGTTCAGCA-------TG----------------C-----GTA--T-----------TGATGTACCAGTAAAACCGTTTGATTTTCTAT-----TTAAC-----TATTTCTCTATC------ACTGTGTTTT----ATGAC----CTGATAA-----CTA----------GAAGTA------ATTACAAATT-T---CA-----
gi|102310 : TCATGTAGATTATGGCTAATTAACGCTTCTCTATGGAAATGATTTAacattgaaagggttttataagtcatgtagattatggctaattaacgcttctctatggaaatgattta
gi|102311 : ttaatattctctcaagaatatgcatatctacaccttaacgaggttgggagcacattatatcttccagcaacactagcgtccatagagataaaatggctatctttgatagtataagtctgactacatatatgggtcaaatgacaatatttaactattggtttaagtagttcataatttgtacattaagttattattatgttcagcatgcgtattgatgtaccagtaaaaccgtttgattttctatttaactatttctctatcactgtgttttatgacctgataactagaagtaattacaaatttcaacattgaaagggttttataagT----AAAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTACCGGTAGTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATAGAGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----TTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTAGGGGAGGGAGGAAAGAGCCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGGAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAAAAGGGATCCAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATACGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCCATTCTT-T-TTTT
gi|102312 : TGGAAATGATTTAGAAGGGCTATAAACCG-TCTGTATAGTGTCAGGTTCCATGGATAGTAATGCATTACCA----TGTCTACTC----ATATAAGT------------------------ACAATT--TTATTT-----------TTTGTCCAAACCCTTCTTTTCGT-C-TTTT
blockSeqs : ACG TTTC TAA AAAAGAGT A AGATAT CCTTCTA CTGTG G GT C A C TGTTTAC A T A GTGC T C G TA G AC C AT GTT GT AT TTGT C G CCGGTA TTGGGAAGAATTTGTT TGTGA TGTTCAAGATA TGTACCAGTA CCGT T TCGA TTCT ATTCT TGTTTTACTA CAGGTT GAA TTGAA T A G C T . . TTTTTGT . A
blockSeqs : . . TA . A . . TGT . T . . . . A . T . T . G . . . T . . . . . C . . . . . . . T . . . TC . . . . G G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . A . A . T . G . . . C . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . G T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . A . A . T . G . . . . . . . . . C . . . . . . . T . . . . . . . . G T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . A . A . A . A . . . . . . . . . C . . . . . . . T . . . . . . . . A T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . A . G . T . C . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . G T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . A . A . T . A . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . T G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . A . A . T . G . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . A T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . A . C . A . G . . . . . . . . . T . . . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . C . C . A . T . . . . . . . . . C . . . . . . . C . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . C . C . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . C . A . A . . . . . . . . . . . C . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . C . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . C . C . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** ****
originalCons : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTNCA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACCGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTATTCTT-T-TTTT
finalCons : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTNCA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACCGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTATTCTT-T-TTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 11111111111 1111111111 1111111111 1111111
lowQualScore : 333 4444 666 88888888 1 666666 7777777 99999 2 55 2 2 2 7777777 1 2 1 5555 1 2 3 33 2 0 33 8 33 555 33 33 5555 1 2 888888 8888888888888888 77777 33333333333 2222222222 6666 2 6666 6666 77777 6666666666 888888 555 77777 3 4 3 3 0 0 3 7777 7777 0000000 0 4 4
lowQualScore : ... .... ... ........ . ...... ....... ..... . .. . . . ....... . . . .... . . . .. . . .. . .. ... .. .. .... . . ...... ................ ..... ........... .......... .... . .... .... ..... .......... ...... ... ..... . . . . . . . .... .... ....... . . .
lowQualScore : 999 7777 999 11111111 4 444444 2222222 44444 2 33 2 2 4 6666666 6 5 0 3333 4 7 0 99 9 4 99 6 99 000 99 99 7777 4 9 222222 9999999999999999 11111 66666666666 5555555555 1111 1 1111 1111 11111 4444444444 222222 444 77777 3 4 1 1 6 1 1 1111 1111 8888888 8 0 0
consensus : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTNCA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACCGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTATTCTT-T-TTTT
Reference ( family-809 ) : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTNCA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACCGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTATTCTT-T-TTTT
gi|102293 : ATAGACCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATAT---TCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTCAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTACTTCTTTACTGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATATA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGGAAAGATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACAC--CTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACTG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCATGATTGTGTACTCATATATATAAGTGCCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTATA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCTATTCTTAT-TTTT
gi|102294 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACA-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----AAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTAAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATAGTGGTTAAACCATGTTTT----ATGAC----CTGATAA-----TTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGCGT-GTAGGGGAGGGAGGAAAGAGCCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGGAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTAAAAGTGATTTAGAAGGGATCCAAACCGTTTTGTATAATGTAAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTATACTC----ATATACGAGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATTCTTCCATTATT-T-TTTT
gi|102295 : ATAGACCATTCTTAATACTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TGCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTTCA----TAGAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AAATATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-GAATTTGTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTGAT-TTAACTA------GGC----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGAATTTCTATACTGGTTAAACTGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTAGAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGAA-GGGGGAAAGGGTTT-GCTGTAAATCAATTCATTCGCATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGAATACAAACCG-TCTGTATAATTTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TATGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCAGTTTATTCTT-T-TTTT
gi|102296 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TGCA------AC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGCGTACA----AAGAGATTA-CATTACTATCTCGGAT--AATAATTGGGATATAAGTCTG-ACTTAATCTGTTA--ATTT-AGATTTGTTGACAAT--TTAATTAATT---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTAAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATATGTATTTCTATACTGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGAGGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGCAAACATTCCTGAAGATTAAGGCAAATTAACACCGCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCTATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTT----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACATTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAGATTCTTCTAT
gi|102297 : ATAGACCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--G-AG-CACA-CCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGC-TACA----CAGAGATTA-CATGGCTATTTCGGAT--AATGATTGAGATATAAGTCTG-ACTACATCTGTTA--ATTT-AAATTTCTTGACAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AA-T----ACAATATCAAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAGTT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATATGTATTTCTATACTGGTTAAACTGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATATA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGTTGTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATTAATAAATTCACATATGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATACACACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAAAACAACAGAACAGTTAACCATTT---------GTTTTGTTCAAAGTCTTCTATTCTT-T-TTTT
gi|102298 : ATAGACCATTATTAATATTATCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGGTT-AG--A-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTTGCGCACA----TAGAGATAA-CATGGCTATTTCAGAT--AATAATTGAGATAAAAGTCTG-ACTACATCTGTTG--ATTT-AAATTTGTTGATAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATCTAATTATTAAT-TGAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTCCTAAATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACTGGTTAAACAGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTAGAGGATGGTGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATAAAGGCTAATTAACACATCTCTTTGAAAGTGATTTAAAAGGGCTACAAACCT-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ACATAAGTGACCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAAGTCTTCTA
gi|102299 : ATAGATCCTTCTTAATATTATCT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ATGAGGTT-AG--G-AG-CACA-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAGTGTGCA----TAGAGATTA-CATGGCTATATCC-ATTAAAAAATTGAGATACAAGTCTG-ACTACATCTATTA--ATTA-AAATTTGTTGACAAT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTTAATTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTCTACTGGTTAAACCATGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----CTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGG----------ATGGAGGAATGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCATATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGCTAATTAACATCTCCCATTGCAAGTGAATTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATAGTGTCAGGTTCCATGAATATTTGTACCATACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGATCACAACCGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAAGTCTTCTATTCTT-T-TTTT
gi|102300 : ATAGACCATTCTTAATA--------------------------CATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAG-TT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAT-CAAAACTAGCGTACA----TAAAGATTA-CATGGCTATCACAGAT--AATAATTGAGATATAAGTCTG-ACTACACCTGTTA--ATTA-AAATTTGTTGAAAGT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ATAATATTTAATTATTGAT-----------------------------------------AATT-----------TGC----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATACTGGTTAAACCGT-TTTT----ATGAT----CTGATAA-----ATG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTGGGGGATGGAGGAAAGGGTCC-ACTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTATTAACATTCTTGAAGATTAAGGCTTATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAGAAGGGATATAAACCG-TCTGTATTATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTCCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAGCAATTAACCATTTTATTTTTGTTTTTTGTTCAAATCTTTCTATTCTC-T-TTTT
gi|102301 : ATAGACCATTCTTGATATTGTCT---TATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGACTGTGACGAGGTT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------ATCTTACAG-CAACACTAACGTACA----TAAAGATTA-CATGGCTATCTCGGAT--AATAATTGAAATATAAGGCGG-ACTACATCTATTA--ATTT-TAATGTGTTGACAAT--TTAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAT----ACAATATTTAGTTATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCGTGTGTATTGCTATACTGGTTAAACCATGTTTT----ATGAT----CTGATTA-----TTG----------AATGTA------TTAACAAATTAT---CA-----GGGGT-GT-GGGGAGGGAGGAAAGGGTCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGAAGATTAAGGTTAATTAA-ACCCC
gi|102302 : ATAGACCATTCTTAAAATTATCTACGCGTAA----ACA------AGATCAAAAGAGTTACC------CCCCTTCTAATATGT--ATAAGGCT-AG--G-AG-CACG-TCCT-------TTCTTACAG-CGACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-ATTGGCTATCTCGGAT--TGCAACTAAGATAAAAGTCTG-ATTACATCTATCA--ATTTCGAATTTGTTGACAGT--CCAATTAATG---TAA--AGGTCA--AAAA----ACAATATTTAATTATTGAT-TGAAGTA------GTT----------------C-----ATGATT-----------TAA----------AAG----TTTAGTTATTATATTATTCAGCATGTGTATTGCTATACCGGTAAAACCATGTTTC----ATGTT----CTGATAA-----CTG----------A--GTA------TTTACAATTTCT---CA-----GTCAT---------TGAAG----GGGTCT---TATAAG------CATTTGCA----------GTAAACACTCCAGTATATTAAGGTTTATTAACACATCTCTTTAGAAGTGATTTAGAAGGGATACAAACCG-TCTGTATATTGTCAGGTTCCATGAATATTAGTGCATTACAA----TGTCTACTC----ATATAAGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTCACCATTTTA-------GTTTTGTTTAAACCTTTTTTTTTCT-T-TTTT
gi|102303 : ATAGACCATTCTTAATATTGTCT---CATAATTTCATAT---GCATAGC--------TTCA------CC-------CGA-----ACGACGCA-AG--G-AG-CACA-TCAT-------ATCTTCAAA-AAACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-GATGGCTA--------------ATTGAGATAAAAGTCTGGATTCAATTTATTT--ATTTTAAATTTGTTAACAAT--TCAACTAACG---TAA--AGGATA--AAAG----AAAATA----ATCCTTGAT-TTAAGTA------GTTTTGGGAAGAATTTGTTC-----ATGATC-----------TGA----------AAA----TTAAGTAATTGTTTTATTCAGAATGTATTTTGATATACCGGTAAAACTGTTTCTTTCGAACGATTTCTCT-ATCA-----CTGTGTTTTACTAGATGTACAGGTTTTTACAA-TTCTGAACATTGAAAGGGT-GTTAT--ATGCATTTACGGACCCCACTATAAATCAATTCATTCACATTCGACATGTTTATACATTCCTGTAGATTAAGGCAAATTAACAGTCCTCTTTCCAAGTGATTTAGAAGCTCTAAAACCCA-TCTGTATAGTATAAGGTTCCATGAATATTGGTACATTACCA----TGTCTACTC----AAATAAGTGCCCATTGTCTAGAACACAACAGAAAAACTTACCATTTTA-------TCGATGTTCAAACCCTT-TACTTTT-TATTTT
gi|102304 : ATAGACCAAACTTGATATTGTTT---CATGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------AGA-----ACGAGACT-AG--G-AG-CGCA-TCAT-------ATCTCCCAG-CAGCACTAGCGTCCA----T
gi|102305 : ATAGGCCATTCTTAATATTATCT---CATGA----ATATTA-ACAGATT--------T--T------CC-------AAA-----GCGAGGCT-GGGTG-AG-CAAGCTACTTGTTTACATCTCCCAGTCATGGCTA-CTTACAGTGCTAGAGATT--TATCGCTATTTC
gi|102306 : ATCGATCCTTCTTAATATTACTG---CATGA-------------ATATC--------TACGAGATATCC-------AGA-----ACGAGGAT-AA--GCAGACACC-TGCT-------GTTCT--AG-T--TACTCGCGTCCT----TAGAGATAACCACGGCT-TCTT--AC--AGTGAACAAGATATCAGTTTA-ATTCCAGAT-TTAACATTT-TCGTTTGTTGAAAGT--T------ATA---TAA--AAAGCAATAAAT-----CATCATCT
gi|102307 : ATAGACCACTCTTAATATTATCT---CATGA----ATATTAAGAGAATT--------T---------CC-------AGA-----GTGAGGCTGAGT-G-AG-CA
gi|102308 : TAGACCAGTCTTAATATTGTCT---CATGG----CTAT---GCATATC--------TACT------TC-------ACA-----ACGGAGCT-CT--G-AG-CACA-TCAT-------GTCTCCTAG-CAACACTAGCGTCCA----CAGAGACAA-CAT---TGT-----------TGATTGAGATAGAA---TG----GGGTCTATAA--ATTTCGAATTTGTTGACAGT--TCAATAAATG---TAA--AGGACA--AAAG----ACAATA---AATCATTGAT-TTAAGTA------GTT----------------CTGTGAAGAATTTGTTCAAGATATGA----------AAA----TTAAGTTATTATTTCATTCAGTAAGTATATTGATATACCGGTAGAAC--TGTTTA----ATTTC----CTAACAAATTCTCTATC--------ATTGTT------TTTACAA
gi|102308 : GGCTCT-ACTATAAATCTATTCATTCACATCTGATCTGTTTGCACATTCCTGTAGATTAAA----------ACC-CTCTTTGGAAGTGATTTAGAAGCGATATAAACCA-ACTGTAAAAgaggttttaacaaattcaggacattgaaggcgtattatatgcatttatgggctctactataaatctattcattcacatctgatctgtttgcacattcctgtagattaaaaccctctttggaagtgatttagaagcgatataaaccaactgtaaaa
gi|102309 : tagaccagtcttaatattgtctcatggctatgcatatctacttcacaacggagctctgagcacatcatgtctcctagcaacactagcgtccacagagacaacattgttgattgagatagaatggggtctataaatttcgaatttgttgacagttcaataaatgtaaaggacaaaagacaataaatcattgatttaagtagttctgtgaagaatttgttcaagatatgaaaattaagttattatttcattcagtaagtatattgatataccggtagaactgtttaatttcctaacaaattctctatcattgtttttacaagaggttttaacaaattcaggacattgaaggcgtattatatgcatttatgGAACATTCTTAATATTGTCT---AATGA----ATAT---ACATATC--------T--A------CC-------AGA-----ACGAGGCT-AG--G-AG-CACA-TCAT-------AT
gi|102310 : TTAATATTCTCT---CAAGA----ATAT---GCATATC--------TACA------CC-------TTA-----ACGAGGTT-GG--G-AG-CACA-TTAT-------ATCTTCCAG-CAACACTAGCGTCCA----TAGAGATAA-AATGGCTATCTTTGAT--AGTA---------TAAGTCTG-ACTACATATATGG--GTC--AAAT-----GACAATATTTAACTATTGGTTTAAGTAGTTCA--TAATTTGTACATTAAGTTATTATT-ATGTTCAGCA-------TG----------------C-----GTA--T-----------TGATGTACCAGTAAAACCGTTTGATTTTCTAT-----TTAAC-----TATTTCTCTATC------ACTGTGTTTT----ATGAC----CTGATAA-----CTA----------GAAGTA------ATTACAAATT-T---CA-----
gi|102310 : TCATGTAGATTATGGCTAATTAACGCTTCTCTATGGAAATGATTTAacattgaaagggttttataagtcatgtagattatggctaattaacgcttctctatggaaatgattta
gi|102311 : ttaatattctctcaagaatatgcatatctacaccttaacgaggttgggagcacattatatcttccagcaacactagcgtccatagagataaaatggctatctttgatagtataagtctgactacatatatgggtcaaatgacaatatttaactattggtttaagtagttcataatttgtacattaagttattattatgttcagcatgcgtattgatgtaccagtaaaaccgtttgattttctatttaactatttctctatcactgtgttttatgacctgataactagaagtaattacaaatttcaacattgaaagggttttataagT----AAAATATCTAATTATTGAT-TTAAGTACCGGTAGTT----------------C-----ATAATT-----------TGA----------AAA----TTAAGTTTTTATATCATTCAGCATGTGTATTTCTATAGAGGTTAAACCGTGTTTT----ATGAT----CTGATAA-----TTG----------AATGTA------TTTACAAATTCT---CA-----GGGGT-GTAGGGGAGGGAGGAAAGAGCCT-GCTGTAAATCAATTCATTCACATCTGACCTGTGTAAACATTCCTGGAGATTAAGGCTAATTAACACCTCTCTTTGAAAGTGATTTAAAAGGGATCCAAACCG-TCTGTATAATGTCAGGTTCCATGAATATTTGTGCCTTACCA----TGTGTACTC----ATATACGTGTCCATTGTCTAGAACACAACAGAACAGTTAACCATTTTA-------TTTTTGTTCAAATCCTTCCATTCTT-T-TTTT
gi|102312 : TGGAAATGATTTAGAAGGGCTATAAACCG-TCTGTATAGTGTCAGGTTCCATGGATAGTAATGCATTACCA----TGTCTACTC----ATATAAGT------------------------ACAATT--TTATTT-----------TTTGTCCAAACCCTTCTTTTCGT-C-TTTT