lowQualScore : 1 2 33333333333333333 2 1 1 1
lowQualScore : 7 6 6 7 6 22 8 3 99999999999999999 2 1 3 1 7 6 3 5 3 4 8 2 88 33 2
lowQualScore : . . . . . .. . . ................. . . . . . . . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 0 0 7 0 7 88 6 2 66666666666666666 4 2 1 2 0 6 2 6 9 4 9 2 66 77 1
consensus : CTAACATATTTTCGTTAAAAAA-TCAATAAATTATCTACCGGTAT-ATATCCCATACTAAAAGATCGATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTNAATACACA--C-----G--------GTAAGCGCGTCATGTCAATTNCATCAGATAAACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-AA-T-GGCCANNCAANGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACATT
Reference ( gi|15169 ) : CTTACATATTTTTGTTAAAAAA-TCAATAAATTATATACCGGTAT-ATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACA-AATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA--C-----G-----A--GTAAG-GCGTCATGTCAATTCCATCGGATAAACATGTTACGGTCACTTAATCATGA-AA-T-GGCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15167 : CTAACATATTTTCGTTAAAAAA-TCAATAAATTATATACCGGTAT-ATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTAAAATTATATACACA--C-----TTTACCA--GTAAGCGTGTCATGTCAATTCCATCAGATAAATACGTTACGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15168 : CTAACATATTTTCGTTAAAAAAATCAATAAATTATATACCGGTAT-ATATCCCATACTAAAAGATTCATAAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA--CTTACCG--------GTAAGCGTGTCATGTCAATTCCATCAGATAAACATGTTATGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTGCACTCAAAGCCAGACTAGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15170 : CTAACATGTTTTCGTTAAAAAT-TCAATTAATTATCTACTGGTAT-ATATCCCATACTAAAAGATTCTTCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACAATC-----AT----G--GTAAGCGCGTCATGTCAATTCTATCAGATAAACACG--------------TCATGA-AA-T-GGCCACTCGAAGCCAAACTGGTTTACACTAAAGT
gi|15171 : ACATATTTTCGTTAGAAAG-TCAATAAATTATCTACAAGTAT-ATATCCCATACTAAAAGATCGATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA--C-----G-----G--GTAAGCGCATCATGTCAATTACATCAGATAAACACGTTATGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCAACTCAAAGCCAGAATGGTTTACACTAAAGTTAACATT
gi|15172 : aACATATTTTCATTAAAAAA-TCAATAAATTATCTACCGGTATTATATCCCATACTAAAAGATAAATCAATTTGCAAAAAAC-AATTGCTTTGAATCCTTTGATATTAAATACACA--C-----A-----G--GTAAGCGCGTTATATCAATTTCATCAAATAAACATGTTACAGTCACATAA-CATGA-AA-T-GTCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACGTT
gi|15173 : aACATATTTTCGTTAGAAAA-TCAATAAATTATCTACCAGTAT-ATTTCCCACACTAAAAGATCGATCAATTTGCGAAAACA-CATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA--C-----A-----G--ATAAGCGCGTCATGTCAATTACAT
gi|15174 : aCAATTTGTAAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA--C-----G-----GTCATAAGCGTGTCATGCCAATTCCATCAGATAAACACGTTACGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCCATGCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATTagaaatagcacg
gi|15175 : CTTTGAAATTAAATACACT--T-----G--------GTAAGCGCATCATGTCAATTTCATCAGATAAACACGTTATGGTCACATAATAATTA-TA-T-CGCCGCTCAAAGCCAGACTGGTTCACACTAAAGTTAACATT
gi|15177 : TTGAAATTTAATGCACA--C-----------A--GTAAGCGCATCATGTCAATTTCATCAGATAAACACATTACGGTTACGTAATCATTA-GA-T-GGCCAAACAATGCCAGACTTGTTTACACTAAAGTTAACA
gi|15178 : TTGAAATTTAATACACG--T-----G--------GTACG-GGG-CATGTCAATTACATCAGATAAACACGTTACGATCACGTAATCATTAGAA-T-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAACATT
gi|15179 : TTGAAATTTAATACACA--T-----G--------GTACG-GGG-CATGTCAATTACATCAGATAAACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-GA-TAAGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15176 : TTGAAATTTAATACACA--T-----G--------GTACG-GGG-CATGTCAATTACATCAGATAAACACGTTACGGTCATGTAATCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTATACTTAAGTTAACATT
gi|15180 : TTGAAATTTAATACACA--T-----G--------GTACG-GGG-CATGTCAATTACATCAGATAAACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-GATT-AGCCGAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15182 : TTGAAATTTAATACACA--T-----G--------GTACG-GGG-CATGTCAGTTACATCAGATAAACACGTTACGGTCACATACTCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15181 : TTGAAATTTAATACACA--T-----G--------GTACG-GGG-CATGTCAATTACATCAGATAAATACGTTACGGTCATGTAATCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATGTT
gi|15183 : TTGAAATTTAATACACA--T-----G--------GTATG-GGG-CATGTCAATTACATACGATAATCACGTTACGGTCACATAATCATTAGAA-T-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15184 : AAATAAAATACACA--C-----G--------------GCATCATGTCAATTTCATCATACGAACATGTCACGGATACACAAT-A-GA-A-----------CAAAGTCAGACTGGTTC-CACAAAAATTACCATT
gi|15185 : TAATAATTA-TA-T-GGCCGCTCAAAGCCAGACTGGTTCACACTAAAGTTAACATT
gi|15186 : AATCATGA-AA-T-GTCCACTTAAAGTCAGACTGGTT
Alignments
lowQualScore : 22222222 11
lowQualScore : 5 0 5 99 1 11111111 2 333 22 2 0 1 2 1 4 8 2 22 11
lowQualScore : . . . .. . ........ . ... .. . . . . . . . . .. ..
lowQualScore : 7 7 7 33 0 33333333 2 999 55 4 3 0 2 1 2 4 1 77 66
consensus : CTAACATATTTTCGTTAAAA-AATCAATAAATTATCTACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTNAATACACA------C-G-GT---AAGCGCGTCATGTCAATTNCATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-AA-T-GGCCACNCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACATT
Reference ( family-804 ) : CTAACATATTTTCGTTAAAA-AATCAATAAATTATCTACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATCGATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTNAATACACA------C-G-GT---AAGCGCGTCATGTCAATTNCATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-AA-T-GGCCANNCAANGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACATT
gi|15167 : CTAACATATTTTCGTTAAAA-AATCAATAAATTATATACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTAAAATTATATACACACTTTACC-A-GT---AAGCGTGTCATGTCAATTCCATCAGATA-AATACGTTACGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15168 : CTAACATATTTTCGTTAAAAAAATCAATAAATTATATACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATAAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACACTTAC-C-G-GT---AAGCGTGTCATGTCAATTCCATCAGATA-AACATGTTATGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTGCACTCAAAGCCAGACTAGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15169 : CTTACATATTTTTGTTAAAA-AATCAATAAATTATATACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACA-AATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------C-GAGT---AAG-GCGTCATGTCAATTCCATCGGATA-AACATGTTACGGTCACTTAATCATGA-AA-T-GGCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15170 : CTAACATGTTTTCGTTAAAA-ATTCAATTAATTATCTACTGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCTTCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACAATCA--T-G-GT---AAGCGCGTCATGTCAATTCTATCAGATA-AACACGT--------------CATGA-AA-T-GGCCACTCGAAGCCAAACTGGTTTACACTAAAGT
gi|15171 : AACATATTTTCGTTAGAA-AGTCAATAAATTATCTACAAGTA-TATATCCCATACTAAAAGATCGATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------CGG-GT---AAGCGCATCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTATGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCAACTCAAAGCCAGAATGGTTTACACTAAAGTTAACATT
gi|15172 : AACATATTTTCATTAAAA-AATCAATAAATTATCTACCGGTATTATATCCCATACTAAAAGATAAATCAATTTGCAAAAA-ACAATTGCTTTGAATCCTTTGATATTAAATACACA------CAG-GT---AAGCGCGTTATATCAATTTCATCAAATA-AACATGTTACAGTCACATAA-CATGA-AA-T-GTCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACGTT
gi|15173 : AACATATTTTCGTTAGAA-AATCAATAAATTATCTACCAGTA-TATTTCCCACACTAAAAGATCGATCAATTTGCGAAAACAC-ATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------CAG-AT---AAGCGCGTCATGTCAATTACAT-AGAAATAGCACG
gi|15174 : CAATTTGTAAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------C-G-GTCATAAGCGTGTCATGCCAATTCCATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCCATGCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15175 : CTTTGAAATTAAATACACT------T-G-GT---AAGCGCATCATGTCAATTTCATCAGATA-AACACGTTATGGTCACATAATAATTA-TA-T-CGCCGCTCAAAGCCAGACTGGTTCACACTAAAGTTAACATT
gi|15176 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCATGTAATCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTATACTTAAGTTAACATT
gi|15177 : TTGAAATTTAATGCACA------C-A-GT---AAGCGCATCATGTCAATTTCATCAGATA-AACACATTACGGTTACGTAATCATTA-GA-T-GGCCAAACAATGCCAGACTTGTTTACACTAAAGTTAACA
gi|15178 : TTGAAATTTAATACACG------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGATCACGTAATCATTAGAA-T-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAACATT
gi|15179 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-GA-TAAGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15180 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-GATT-AGCCGAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15181 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AATACGTTACGGTCATGTAATCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATGTT
gi|15182 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAGTTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCACATACTCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15183 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--TGGGGCATGTCAATTACATACGATA-ATCACGTTACGGTCACATAATCATTAGAA-T-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15184 : AAATAAAATACACA------C-G-G---------CATCATGTCAATTTCATCATACG-AACATGTCACGGATACACAA----TA-GA---------ACAAAGTCAGACTGGTTC-CACAAAAATTACCATT
gi|15185 : TAATAATTA-TA-T-GGCCGCTCAAAGCCAGACTGGTTCACACTAAAGTTAACATT
gi|15186 : AATCATGA-AA-T-GTCCACTTAAAGTCAGACTGGTT
Alignments
lowQualScore : 22222222 11
lowQualScore : 5 0 5 0 1 11111111 2 333 22 2 0 1 2 1 4 8 2 33 22
lowQualScore : . . . . . ........ . ... .. . . . . . . . . .. ..
lowQualScore : 7 7 7 7 0 33333333 2 999 55 4 3 0 2 1 2 4 1 77 55
consensus : CTAACATATTTTCGTTAAAA-AATCAATAAATTATCTACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTNAATACACA------C-G-GT---AAGCGCGTCATGTCAATTNCATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-AA-T-GGCCACNCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACATT
Reference ( family-804 ) : CTAACATATTTTCGTTAAAA-AATCAATAAATTATCTACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTNAATACACA------C-G-GT---AAGCGCGTCATGTCAATTNCATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-AA-T-GGCCACNCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACATT
gi|15167 : CTAACATATTTTCGTTAAAA-AATCAATAAATTATATACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTAAAATTATATACACACTTTACC-A-GT---AAGCGTGTCATGTCAATTCCATCAGATA-AATACGTTACGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15168 : CTAACATATTTTCGTTAAAAAAATCAATAAATTATATACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATAAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACACTTAC-C-G-GT---AAGCGTGTCATGTCAATTCCATCAGATA-AACATGTTATGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTGCACTCAAAGCCAGACTAGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15169 : CTTACATATTTTTGTTAAAA-AATCAATAAATTATATACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACA-AATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------C-GAGT---AAG-GCGTCATGTCAATTCCATCGGATA-AACATGTTACGGTCACTTAATCATGA-AA-T-GGCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15170 : CTAACATGTTTTCGTTAAAA-ATTCAATTAATTATCTACTGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCTTCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACAATCA--T-G-GT---AAGCGCGTCATGTCAATTCTATCAGATA-AACACGT--------------CATGA-AA-T-GGCCACTCGAAGCCAAACTGGTTTACACTAAAGT
gi|15171 : AACATATTTTCGTTAGAA-AGTCAATAAATTATCTACAAGTA-TATATCCCATACTAAAAGATCGATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------CGG-GT---AAGCGCATCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTATGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCAACTCAAAGCCAGAATGGTTTACACTAAAGTTAACATT
gi|15172 : AACATATTTTCATTAAAA-AATCAATAAATTATCTACCGGTATTATATCCCATACTAAAAGATAAATCAATTTGCAAAAA-ACAATTGCTTTGAATCCTTTGATATTAAATACACA------CAG-GT---AAGCGCGTTATATCAATTTCATCAAATA-AACATGTTACAGTCACATAA-CATGA-AA-T-GTCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACGTT
gi|15173 : AACATATTTTCGTTAGAA-AATCAATAAATTATCTACCAGTA-TATTTCCCACACTAAAAGATCGATCAATTTGCGAAAACAC-ATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------CAG-AT---AAGCGCGTCATGTCAATTACAT-AGAAATAGCACG
gi|15174 : CAATTTGTAAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------C-G-GTCATAAGCGTGTCATGCCAATTCCATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCCATGCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15175 : CTTTGAAATTAAATACACT------T-G-GT---AAGCGCATCATGTCAATTTCATCAGATA-AACACGTTATGGTCACATAATAATTA-TA-T-CGCCGCTCAAAGCCAGACTGGTTCACACTAAAGTTAACATT
gi|15176 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCATGTAATCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTATACTTAAGTTAACATT
gi|15177 : TTGAAATTTAATGCACA------C-A-GT---AAGCGCATCATGTCAATTTCATCAGATA-AACACATTACGGTTACGTAATCATTA-GA-T-GGCCAAACAATGCCAGACTTGTTTACACTAAAGTTAACA
gi|15178 : TTGAAATTTAATACACG------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGATCACGTAATCATTAGAA-T-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAACATT
gi|15179 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-GA-TAAGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15180 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-GATT-AGCCGAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15181 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AATACGTTACGGTCATGTAATCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATGTT
gi|15182 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAGTTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCACATACTCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15183 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--TGGGGCATGTCAATTACATACGATA-ATCACGTTACGGTCACATAATCATTAGAA-T-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15184 : AAATAAAATACACA------C-G-G---------CATCATGTCAATTTCATCATACG-AACATGTCACGGATACACAA----TA-GA---------ACAAAGTCAGACTGGTTC-CACAAAAATTACCATT
gi|15185 : TAATAATTA-TA-T-GGCCGCTCAAAGCCAGACTGGTTCACACTAAAGTTAACATT
gi|15186 : AATCATGA-AA-T-GTCCACTTAAAGTCAGACTGGTT
blockSeqs : A T A CTTACC A CAT AG T C T G G T A CT AA
blockSeqs : . . A ATCAT . . AG C C . G G T . CT AA
blockSeqs : . . A CG . . AG C C . G . T . CT AA
blockSeqs : . . A CA . . AG C A . G . T . CT AA
blockSeqs : . . A CA . . AG C T . G . . . CT AA
blockSeqs : . . A C . . AG C A . G . . . TG AA
blockSeqs : A C . . AG T C . T . . . CT AA
blockSeqs : A T . . AG C T . T . . . AA TT
blockSeqs : T T . . AG G A . T . . . AA AT
blockSeqs : T C . . . C T . T . . . AA TT
blockSeqs : T T . . . G A . T . . . AA TT
blockSeqs : T T . . . G A . T . . . AA TT
blockSeqs : T T . . . G A . T . . . AA TT
blockSeqs : T T . . . G A . T . . . AA TT
blockSeqs : T T . . . G A . T . . . AA TT
blockSeqs : T T . . . G A . T . . . CT AA
blockSeqs : A C . . . C T . T . . . CT AA
blockSeqs : G . . . A AA
blockSeqCons : T*******
originalCons : CTAACATATTTTCGTTAAAA-AATCAATAAATTATCTACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTNAATACACA------C-G-GT---AAGCGCGTCATGTCAATTNCATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-AA-T-GGCCACNCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACATT
finalCons : CTAACATATTTTCGTTAAAA-AATCAATAAATTATCTACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTNAATACACAT-------G-GT---AAGCGCGTCATGTCAATTNCATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-AA-T-GGCCACNCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACATT
Alignments
lowQualScore : 22222222 11
lowQualScore : 5 0 5 0 1 11111111 2 333 22 2 0 1 2 1 4 8 2 33 22
lowQualScore : . . . . . ........ . ... .. . . . . . . . . .. ..
lowQualScore : 7 7 7 7 0 88888888 2 999 55 4 3 0 2 1 2 4 1 77 55
consensus : CTAACATATTTTCGTTAAAA-AATCAATAAATTATCTACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTNAATACACA------C-G-GT---AAGCGCGTCATGTCAATTNCATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-AA-T-GGCCACNCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACATT
Reference ( family-804 ) : CTAACATATTTTCGTTAAAA-AATCAATAAATTATCTACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTNAATACACA------T-G-GT---AAGCGCGTCATGTCAATTNCATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-AA-T-GGCCACNCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACATT
gi|15167 : CTAACATATTTTCGTTAAAA-AATCAATAAATTATATACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTAAAATTATATACACACTTTACC-A-GT---AAGCGTGTCATGTCAATTCCATCAGATA-AATACGTTACGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15168 : CTAACATATTTTCGTTAAAAAAATCAATAAATTATATACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATAAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACACTTAC-C-G-GT---AAGCGTGTCATGTCAATTCCATCAGATA-AACATGTTATGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTGCACTCAAAGCCAGACTAGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15169 : CTTACATATTTTTGTTAAAA-AATCAATAAATTATATACCGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCATCAATTTGCGAAAACA-AATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------C-GAGT---AAG-GCGTCATGTCAATTCCATCGGATA-AACATGTTACGGTCACTTAATCATGA-AA-T-GGCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15170 : CTAACATGTTTTCGTTAAAA-ATTCAATTAATTATCTACTGGTA-TATATCCCATACTAAAAGATTCTTCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACAATCA--T-G-GT---AAGCGCGTCATGTCAATTCTATCAGATA-AACACGT--------------CATGA-AA-T-GGCCACTCGAAGCCAAACTGGTTTACACTAAAGT
gi|15171 : AACATATTTTCGTTAGAA-AGTCAATAAATTATCTACAAGTA-TATATCCCATACTAAAAGATCGATCAATTTGCGAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------CGG-GT---AAGCGCATCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTATGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCAACTCAAAGCCAGAATGGTTTACACTAAAGTTAACATT
gi|15172 : AACATATTTTCATTAAAA-AATCAATAAATTATCTACCGGTATTATATCCCATACTAAAAGATAAATCAATTTGCAAAAA-ACAATTGCTTTGAATCCTTTGATATTAAATACACA------CAG-GT---AAGCGCGTTATATCAATTTCATCAAATA-AACATGTTACAGTCACATAA-CATGA-AA-T-GTCCACTCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTTAACGTT
gi|15173 : AACATATTTTCGTTAGAA-AATCAATAAATTATCTACCAGTA-TATTTCCCACACTAAAAGATCGATCAATTTGCGAAAACAC-ATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------CAG-AT---AAGCGCGTCATGTCAATTACAT-AGAAATAGCACG
gi|15174 : CAATTTGTAAAAACACAATTGCTTTGCATCCTTTGAAATTAAATACACA------C-G-GTCATAAGCGTGTCATGCCAATTCCATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATGA-AA-T-GTCCATGCAAAGCCAGACTGGTTTACACTAAAGTAAACATT
gi|15175 : CTTTGAAATTAAATACACT------T-G-GT---AAGCGCATCATGTCAATTTCATCAGATA-AACACGTTATGGTCACATAATAATTA-TA-T-CGCCGCTCAAAGCCAGACTGGTTCACACTAAAGTTAACATT
gi|15176 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCATGTAATCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTATACTTAAGTTAACATT
gi|15177 : TTGAAATTTAATGCACA------C-A-GT---AAGCGCATCATGTCAATTTCATCAGATA-AACACATTACGGTTACGTAATCATTA-GA-T-GGCCAAACAATGCCAGACTTGTTTACACTAAAGTTAACA
gi|15178 : TTGAAATTTAATACACG------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGATCACGTAATCATTAGAA-T-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAACATT
gi|15179 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-GA-TAAGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15180 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCACGTAATCATTA-GATT-AGCCGAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15181 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAATTACATCAGATA-AATACGTTACGGTCATGTAATCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATGTT
gi|15182 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--CGGGGCATGTCAGTTACATCAGATA-AACACGTTACGGTCACATACTCATTA-GATT-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15183 : TTGAAATTTAATACACA------T-G-GT---A--TGGGGCATGTCAATTACATACGATA-ATCACGTTACGGTCACATAATCATTAGAA-T-GGCCAAACATTGCCAGACTGGTTTACACTAACGTTAATATT
gi|15184 : AAATAAAATACACA------C-G-G---------CATCATGTCAATTTCATCATACG-AACATGTCACGGATACACAA----TA-GA---------ACAAAGTCAGACTGGTTC-CACAAAAATTACCATT
gi|15185 : TAATAATTA-TA-T-GGCCGCTCAAAGCCAGACTGGTTCACACTAAAGTTAACATT
gi|15186 : AATCATGA-AA-T-GTCCACTTAAAGTCAGACTGGTT