lowQualScore : 22 111111111 11111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 111111111111111111111111111 1 11111111111111 1111111111111111 111111 1111111111111 1
lowQualScore : 3 3 6 44 11 5 33 000000000 4 9 99999999 66 33333333 33 5555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99999 2 5 6666 999 999999999999999999999999999 0 33 88888888 99 5555 5555 1 2 2 66666 2 2 2 666666 2 2 55555555555555 4444444444444444 33 33 55555 33 7777777 55555 000000 0 0000000000000 55555 5555 33 0 8
lowQualScore : . . . .. .. . .. ......... . . ........ .. ........ .. .... ...................................................................... ..... . . .... ... ........................... . .. ........ .. .... .... . . . ..... . . . ...... . . .............. ................ .. .. ..... .. ....... ..... ...... . ............. ..... .... .. . .
lowQualScore : 1 1 2 22 99 3 44 666666666 1 8 33333333 33 55555555 77 7777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77777 5 0 4444 666 333333333333333333333333333 4 22 55555555 77 0000 0000 8 8 4 22222 5 5 1 888888 4 4 44444444444444 8888888888888888 22 22 99999 22 6666666 99999 999999 5 5555555555555 99999 0000 77 8 3
consensus : TTATTGAAGAT-GGAT-A-A--AGACAA-AACTCAA--ACAA-------A-TGAACTGGTTTATAG--------T--ATTGGAATATA-----A--T----TGGCCATGGCTTC-------------------NA--T---AA-----------T--------------A--------------TATG-----AA-T-ACAA--ANTGTGCAGTCATGAAA--GTCATTAAGAAATA----------GTAT-------------GTTC--GTATCACAGACCAGTTT--------AT--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTGT-GAACCC-TGGGTACA------G-A-CGTTCACAAAG------A-------TTTA------A--ATC---ACT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA--GTAGTCTTTATTGGAAACGTGTG
Reference ( gi|89636 ) : TTATTGAAGAT-GGAT-A-A--ATTCAA-AACTCAA--ACAA-------G-TGAACTAGTTTATAG--------T--ATTGGAATTTA-----A--T----TGGCCATGGCTTC-------------------CA--T---AA-----------T--------------A--------------TATG-----AA-T-ACAA--ACTGTGCAGTCATGAAA--TTCATTAAGAAATA----------GTAT-------------GTTC--ATATCACAGACCAGTTT--------AT--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTGT-GAACCC-TGGGTACA------G-A-TGTTCACAAAG------A-------TTTA------A--ATC---GCT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA--GTCGTCTTTATAGGAAACATGTG
gi|89630 : TTATTGAAGAT-GGAT-A-A--ATTCAA-AACTCGA--ACAA-------G-TGAACTTGTTTATAG--------T--ATTGGAATTAA-----A--T----TGGCCATGGCTTC-------------------CA--T---AA-----------T--------------A--------------TATG-----AA-T-ACAA--ACTGTGCAGTCATGAAA--TTCGTTAAGAAATA----------GTAT-------------GCTC--ATATCACAGACCAGTTT--------AT--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTGT-GAACCC-TGGGTACA------G-A-TGTTCACAAAG------A-------TTTA------A--ATC---ACT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTT----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA--
gi|89625 : aTTATTGAAGAT-GGAT-A-A--AGACAA-AACTCAA--ACAA-------A-TGAACTGGTTTATAG--------T--ATTGGAATATA-----A--T----TGGCCATGGCTTC-------------------TA--T---AA-----------T--------------A--------------TATG-----AA-T-ACAA--AATGTGCAGTCATGAAA--GTCATTAAGAAATA----------GTAT-------------GTTC--GTATCACAGACCAGTTT--------AT--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTGT-GAACCC-TTGGTACA------G-A-TGTTCACAAAG------A-------TTTG------A--ATA---ACT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAAAACTGCCA--GTAGTCTTTATtatgccaatagtggca
gi|89626 : aTTATTGAAGAT-GGAT-A-A--AGACAA-AACTCAA--ACAA-------A-TGAACTGGTTTATAG--------T--ATTGGAATATA-----A--T----TGGCCATGGCTTC-------------------TA--T---AA-----------T--------------A--------------TATG-----AA-T-ACAA--AATGTGCAGTCATGAAA--GTCATTAAGAAATA----------GTAT-------------GTTC--GTATCACAGACCAGTTT--------AT--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTGT-GAACCC-TGGGTACA------G-A-TGTTCACAAAG------A-------TTTG------A--ATA---ACT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTACCA--taacaacgtatg
gi|89627 : aTTATTGAAGAT-GGAT-A-A--AGACAA-AACTCAA--ACAA-------A-TGAACTGGTTTATAG--------T--ATTGGAATACA-----A--C----TGGCCATGGCTTC-------------------TA--T---AA-----------T--------------G--------------TATG-----AA-T-ACAA--AATGTGCAGTCATGAAA--GTCATTAAGAAATA----------GTAT-------------GTTC--GTATCACAGACCAGTTT--------AT--AAT----T----GTCACTGAAAAAAAT-GATC-----CTGT-GAACCC-TGGTTACA------GTA-TGTTCACAAAG------A-------TTTG------A--ATA---ACT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA--GTAGTCTTTATtaagccaaaaatggcattacatg
gi|89631 : aTTATTGAAGAT-AGAT-A-A--AGTAAA-AACTCAA--ACAA-------G-TGAACTAATTTATAG--------T--ATTGAAATTTG-----A--T----TGGCCATGGTTTC-------------------CA--T---AA-----------T--------------A--------------TATG-----AA-T-ACAA--ACTGTGCAGTCATGAAA--GTCATTAAGTAATA----------GTAT-------------GTTT--ATAATACAGACCAGTTT--------AT--AAT----T----GTCACTG-AAAAAAT-GACC-----CTGT-GAACCC-TGGGTACC------G-ATTTTTCACAAAG------A-------TTTA------A--ATC---ACT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATGCTGCCA--taacaacgtatg
gi|89628 : aTTATTGAAGAT-GGAT-A-A--AGGCAA-AACTCAA--ACAA-------A-TGAACTGGTTTATAG--------T--ATTGTAATATA-----A--T----TGGCCATGGCTTC-------------------TA--T---AA-----------T--------------A--------------TATG-----GA-T-ACAA--AATGTGCAGTCATGAAA--GTCATTAAGAAATA----------GTAT-------------GTTC--GTATCACAGACCAGTTT--------AT--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTGT-GAACCC-TTGGTACA------G-A-TGTTCACAAAG------A-------TGTG------A--ATA---ACT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA--tatgccaatagtgaca
gi|89629 : aTTATTGAAGAT-GGAT-A-A--AGACAA-AACTCAA--ACAA-------AATGAACTGGTTCATAG--------T--ATTGGAATATA-----A--T----TGGCCATGACTTC-------------------TA--T---AA-----------T--------------A--------------TATG-----AA-T-ACAA--AATGTGCA------AAA--GTCATTAAGAAATA----------GTAT-------------GTTC--GTATCACAGACCAGTTT--------AT--AAT----T----GTCACTG-AAAAAATAGATC-----CTGT-GAACCC-TGGGTACA------G-A-TGTTCACAAAG------A-------TTTG------A--ATA---ACT--T--TC-----CT--TCAA-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGTGAAATACTGCCA--GTAGTCTTTATtatgccaatagtggca
gi|89632 : aTTATTGAAGAT-TGAT-A-A--AGACAA-AACTCAA--ACAA-------G-TGAACTGGTT-ATAG--------T--ATTGGAATTTA-----A--T----TGACCAT-----------------------------------------------------------------------------ATG-----AA-T-ACAA--ACTGTGCAGTCATGAAA--GTCATTAAGAAATA----------GTAT-------------GTTC--ATATTACAGACCAGTTT--------GT--AAT----T----GTTACTG-AAAAATT-GACC-----CTTA-GAACCC-TGGGTACAGAGTCTG-A-TGTTCACAAAG------A-------TTTA------C--ATC---ACT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----ATGTGACCGCAAACTACTACCA--GTAGTCTTTATAGGAAACATGTtaacaacgtatg
gi|89637 : aTTATTGGAGAT-GGAT-A-A--AGACAA-AACTCAA--ACAA-------G-TGAACTGGTTAATAT--------TT-ATTGGAATTAA-----A--T----TGGCAAAGGCTTC-------------------CA--T---AA-----------T--------------A--------------TATG-----AT-T-ACGA--ACTGTGTTATCATGAAA--ATCATTAAAAAATATGATACTTTTATAT-------------GTTC--ATAACATATATCAGTTT--------AT--AAT----T----GTCACTC-AAAAGTT-GACC-----CAGT-GAATCCGTCGG-ACA------G-A-TGTTCACATAG------A-------TTTA------A--ATC---ACT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GAATATTAAATGTTG----CTGTGACTGCGAAATACTGCCA--TTAGTCTTTATTGGGAACGTATG
gi|89639 : TTATTGAAGAT-GGAT-A-A--ATTAAA-AACTCAA--ACAA-------G-TGAACTAGTTCA
gi|89635 : TTATTGAAAATTGGTT-ATA--AT--AATGACATAA--TTAA-------A-TGAA-TAGTT-ATAGCTGTTATTT--ATTGGTACAAA-----A--T-----GGCCATGGCTTCAAGA---------------TA--A---AA-----------T--------------AGAAAGTTAGGCAAATATG-----GA-TTACAA---TTGTGCTGTCACGAAAAGTTTATCTAGAAA-----------------------------------ACATCA------AATAT--------ATTGAAT----T----GTAATTA-CTATTTT-GACT-----CTATTAAACCT-TGGGAACA------G-A-CATTCACAAAGATAACTA-------TTTAACATTTA--GTC---ACA--A--TC-----AT--TTAA-------ATTGATAT------GTTT-TA---T---------ACACC-----GATCACTATACGCTGGCTTCTGAGACCGCGATTTACTGCcgacgattagaaca
gi|89634 : aTTAACGAAGTT-GGGTTACA--AT--AATAACATAA--TTAA-------A-TGAA-TAGTT-ATAG--------T---TTA-AATTTATTGGCA--TAAAATGGCCATGGCTTC-------------------AAGAT---AAGATAGAAAGTTTGGCAA---------A--------------TATG-----GA-TTACAA---TTATGCAGTCATGAAA-----ATTTAGATATA------------AT-------------G------------AA------TT--------AT--AA-----------CCACT----AACTT-GACT-----CTAT-GAGTCC-TGAAAACA------A-A-CATGCACAAAGACAGTTA-------TTTA------A----C---ATT--TAGTCACAATCA--TCTA-------A-----ATAAAAAAGTTT-TA---T---------ACAAT-----GATGACTGTACGCTG----CTGAGACCGCGATATACTACTA--
gi|89638 : aTTGTTGAAGAT-ATAT-T-ATGAT--AA-AATACAATTATAATGACTGTG-TG---TAGTTTGTTT--------T--ATTTGAA---A-----AACT----TGGCCAT---TTA-------------------GT--T---GA-----------T--------------A--------------TATGGG---AA-A-ATCA--ATTTT-TATTC-TGAAA--ATTGTTAGAAAATC----------GTATCAATTATAATTATGGTCGTATATCAAAGACCA-TTT--------GG--AAT----T----ATAACTG-ATAC-TT-GAGT-----TTAT-GAACCC-TGGGTACA------T-A-TGTTTGCAtaatgcctatagtggtataacata
gi|89640 : AA-GACATAA--TTAA-------A-TGAA-TAGTT-ATAGATTATATTT--ATTGGCAT--A-----A--A----TGGCCATGGCCTCAA-----------------GA--TAAAAA-----------TAGAAAGTTTGGCAAA--------------TATG-----GATT-AC-A--ATTGTGAAGTCACGAAAAGTTTATCTAGAAA-A------------------------------C--ATAT--CAGA----TAT--------ATTGAAT----T----GTAACTA-TTAACTT-GACT-----CTCT-GAATCT-TGGGAACA------G-A-CATTCACTAAG------A---------CA---------------GC-------C-----AT--TCAA-------C-----ATTTA---GT-CACA---ATTGTTTTATACACT-----GATGACTATAGGCTG----CTGAGACTGTGATATACTGCCA--
gi|89641 : ataAA-GACATAA--TTAA-------A-TGAA-TAGTT-ATAG--------C---TTGAAAT-----------------GGCCATGGCTTCAAGATTAAATAGAGTTATACA--T---AG-----------T--------------AC-------------TTTGCAGCAAA-T-TCAACAACTGTGCTGTCATAAA-----CAATAAGAAATA----------A-GT-------------GTAC--ATAGCACAGTCAAGTTTGGCAAGTAGT--GAT----TACAAGTCAC-G-AAAAGTT-TA-T-----CTAT-AAAAC-------ACA-------------TCAGATAT------A-------TTTA------ATTATA---ACTACT--AC-----CT--T-GACTCTATGA-----AT---------CATATGGA---------ACAGTTCACCGATCACTAAATGCTG----CTGAGACTGCAATATACTGCCtatgcctctagtggtataacata
gi|89642 : ataCTCAA--ACAT-------A-TGAACTAGTTTGT-G--------TTTATTGGAATATA-----A--T----AGGCCATGACTTC-------------------AA--A---AA-----------T--------------A--------------TGTA-----CA-T-AAGA--ACTGTGCAGTTGTGAGA--TTCATTAA--AATA-----------TAT-------------GTCC--ATATCACAGACCAGTTT--------AT--AATTAATT----GTCACTG-AACACTT-GACT-----CTGG-GAAAGC-TGGGTACA------G-A-CGTTCACAAAG------G-------TTTA------A--AAC---AGT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----GT------GTTTACA---A---------ACAAT-----GATCACT-AATGGTG----ATGTGGCCGCAAAGTACTTCCAGTGTCGTCTGTATTGGAAAC
gi|89644 : ---AA-----------T--------------A--------------T-CG-----AT-T-ACAA---TTGTGTAATCACGAAACGTTTATCTAGAAAT-------------------------------C--ATATCA--GA------T--------ATTGAAT----T----GT----GTAACAATT-AACTTAAATCTAT-GAATCA-TGGGATCA------G-A-CATTCACAAAG------ATAGCTATTTTACATTT-A--GTCATAGTC--G--TC-----TTAATAAA-------A-----AT------GTTT-CT---A---------ACACC-----GATCATTATAGGCTG----CTGAGACCGCGATATACTGCCA--
gi|89633 : TAT-------------GTTC--ATATCACAGACCAGTTT--------AC--AAT----T----GTCACTG-AAAACTT-
gi|89643 : attattgaagatataagtcaaaactacgatggtttacagtcgaaacaacgatgatgaaaagtcaaaatatcgatggtgaaaagtataattttaACA------G-A-TTTTCACAAAG------G-------TTAA------A--ATC---ACT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTTCGCA---A---------ATAAT-----GATCACTAAATGGTT----ATGTGACCGCGAAATATTACCA--GTtccttcgaaatgtccagagattggtgttgtgaccgcgaaatactaacagca
gi|89633 : tataatatctgctgtgaaatttgcacatatgcatgtattaaatagtttttgtgacaattacctgtgtattaaacactctcagttgctcctataatcCT--T--TC-----CT--TCGA-------A-----AT------GTCCAGA-----------------------GAT-------TGGTG----TTGTGACCGCGAAATACTAACA--Ggcc
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 4444444444444444444444444444444444444 1111 111111111111111 1111111111111 1 111111 111111 11
lowQualScore : 2 55555 2 2 2 2 2 666666 7 44444444444444444 44 1 5555555555555555555555555555555555555 9999999999 88888 6 33 2 33 1 1111 2 333 666666666666666 2222222222222 1 33 0 88888888 66 4444 4444 1 2 2 55555 2 2 1 666666 2 6666 2 555555 7777777 666666 33 33 66 55555 33 888888888 7777777 55555 000000 9999999999999 55555 4444 1 55 3 0
lowQualScore : . ..... . . . . . ...... . ................. .. . ..................................... .......... ..... . .. . .. . .... . ... ............... ............. . .. . ........ .. .... .... . . . ..... . . . ...... . .... . ...... ....... ...... .. .. .. ..... .. ......... ....... ..... ...... ............. ..... .... . .. . .
lowQualScore : 7 99999 4 0 2 2 5 444444 7 33333333333333333 11 1 4444444444444444444444444444444444444 7777777777 66666 7 11 2 11 0 1111 2 999 999999999999999 2222222222222 7 11 6 11111111 11 7777 7777 1 1 2 99999 4 4 4 111111 1 4444 2 888888 2222222 444444 11 11 11 66666 11 999999999 2222222 66666 333333 4444444444444 66666 7777 4 00 4 7
consensus : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--NA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ANTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTGGNAACGTATG
Reference ( family-803 ) : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--NA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ANTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTGGAAACGTGTG
gi|89625 : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TTGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAAAACTGCCAGTA--GTCTTTATTAACAACGTATG
gi|89626 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTACCA
gi|89627 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATACAACTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------GTA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAAAT-GATC-----CTG-TGAACCC-TGGTTACA------GTA-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTAACAACGTATGtaagccaaaaatggcattacatg
gi|89628 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGGCAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGTAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----GA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TTGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------GTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA
gi|89629 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AAATGAACTG------GTTCATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGACTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCA------AAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAAATAGATC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCA---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGTGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTAACAACGTATGtatgccaatagtggca
gi|89630 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTCAA-AACTCGAACA-AG-TGAACTT------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATTAAATTGGCCATGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-T--TC-GTTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GCTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTT----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA
gi|89631 : aTTATTGAAGAT-AG-----ATAAAGTAAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------ATTTATAG--------T--------ATTGAAATTTGATTGGCCATGGTTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGTA---AT---A----------GTAT-------------GTTTATAA--TACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAAAT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACC------G-ATT--TTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATGCTGCCAtatgccaatagtggca
gi|89632 : aTTATTGAAGAT-TG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTG------GTT-ATAG--------T--------ATTGGAATTTAATTGACCAT---------------------------------------------A----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCATAT--TACAGACCAGTTTG--------T--AAT----T----GTTACTG-AAAAATT-GACC-----CTT-AGAACCC-TGGGTACAGAGTCTG-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------C--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----ATGTGACCGCAAACTACTACCAGTA--GTCTTTATAGGAAACATGTtatgccaatagtgaca
gi|89633 : aTTATTGAAGAT--------ATAA-GTCAA-AACT--------A-CGA--TG------GTTTACAG--------T--------C---GAA-ACAA----CGATG--------------------------------------------A----------TG-----AA-AAGTCAA--AATAT-CGATGGTGAAA-A--GT-AT-----A---ATTTTA-----------TAT-------------GTTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------C--AAT----T----GTCACTG-AAAACTT-
gi|89633 : aACA------G-A-CCAGTTTACAATTGTC----AC-------TGA------A--A--ACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCAGA-----------------------GAT-------TGGTG----TTGTGACCGCGAAATACTAACAGCA--tccttcgaaatgtccagagattggtgttgtgaccgcgaaatactaacagca
gi|89634 : attattgaagatataagtcaaaactacgatggtttacagtcgaaacaacgatgatgaaaagtcaaaatatcgatggtgaaaagtataattttatatgttcatatcTTAACGAAGTT-GG-----GTTACAATAATAACATAATTA-AA-TGAA-TA------GTT-ATAG--------TTTAAATTTATTGGCATAAAAT-GGCCATGGCTTCAAGA---T---AAGA-------TAGAAAGTTTGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTATGCAGTCATGAAA-------ATTTAGAT---AT---A------------AT-------------G------------AA------TTA--------T--AA-----------CCACT----AACTT-GACT-----CTA-TGAGTCC-TGAAAACA------A-A-C--ATGCACAAA-GACAGTTAT-------TTA------A----CATT--TAGTCACAATCA--TCT---------A-------A-----ATAAAAAAGTTT-TA---T---------ACAAT-----GATGACTGTACGCTG----CTGAGACCGCGATATACTACTA-TAATGCCTATAGTGG
gi|89635 : aTTATTGAAAATTGGTTATAATAATGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAGCTGTTATTT--------ATTGGTACAAAAT-GGCCATGGCTTCAAGA---TAA-A--A-------TAGAAAGTTAGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTGTGCTGTCACGAAA-AGTTT-ATCTAGAAAACATCA-A----------ATAT-------------ATT-----------GA--A--TTG--------T--AAT----T----ACTATT-------TT-GACT-----CTATTAAACCT-TGGGAACA------G-A-C--ATTCACAAA-GATAACTAT-------TTAACATTTA--GTCACA--A--TC-----AT--TTA---------A-------ATTGATAT------GTTT-TA---T---------ACACC-----GATCACTATACGCTGGCTTCTGAGACCGCGATTTACTGCtataacata
gi|89636 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTCAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATTTAATTGGCCATGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-T--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCGCT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTC--GTCTTTATAGGAAACATGTG
gi|89637 : TTATTGGAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTG------GTTAATAT--------TT-------ATTGGAATTAAATTGGCAAAGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AT-TA--CGA--ACTGTGTTATCATGAAA-A--TC-ATTAAAAA---AT---ATGATACTTTTATAT-------------GTTCATAA--CATATATCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTC-AAAAGTT-GACC-----CAG-TGAATCCGTCGG-ACA------G-A-T--GTTCACATA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GAATATTAAATGTTG----CTGTGACTGCGAAATACTGCCATTA--GTCTTTATTGGGAACGTATG
gi|89638 : TTGTTGAAGAT-AT-----ATTATGATAA-AATACAATTATAA-TGA-CTGTGTGTAGTTTGTTT--------T--------ATTTGAAAA-ACTTGGCCAT---TTA--GT---T---G--A-------T--------------ATA----------TGGG---AA-AA--TCA--ATTTT-TATTC-TGAAA-A--TT-GTTAGAAA---AT---C----------GTATCAATTATAATTATGGTCGTATATCAAAGACCA-TTTG--------G--AAT----T----ATAACTG-ATAC-TT-GAGT-----TTA-TGAACCC-TGGGTACA------T-A-T--GTTTGCA
gi|89639 : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTAAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------GTTCACGA--------CG-------ATTAGAACA
gi|89640 : -----ATAAAGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAGATTATATTT--------ATTGG--CATAAATGGCCATGGCCTCAAGA---TAAAA--A-------TAGAAAGTTTGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTGTGAAGTCACGAAA-AGTTT-ATCTAGAA---A----A------------------------------CATAT----CAGA----TATA--------TTGAAT----T----GTAACTA-TTAACTT-GACT-----CTC-TGAATCT-TGGGAACA------G-A-C--ATTCACTAA-G------AC----------------A--GCCA---------------T--TCA---------A-------C-----ATTTA---GT-CACA---ATTGTTTTATACACT-----GATGACTATAGGCTG----CTGAGACTGTGATATACTGCCA-TAT-GCCTCTAGTGG
gi|89641 : -----ATAAAGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAG--------C---------TTGAAAT------GGCCATGGCTTC--AAGATT---A--AATAGAGTT--------------ATACATAGTACTTTGCAGCAAA-TT--CAACAACTGTGCTGTCATAAA------C-AATAAGAA---AT---A----------A-GT-------------GTACATAG--CACAGTCAAGTTTGGCAAGTAGT--GAT----TACAAGTCAC-G-AAAAGTT-TATC------TA-TAAAAC-------ACA---------------TCAGATA-T------AT-------TTA------ATTATAACTACT--AC-----CT--T-G---------ACTCTATGA-----AT---------CATATGGA---------ACAGTTCACCGATCACTAAATGCTG----CTGAGACTGCAATATACTGCCtataacata
gi|89642 : CTCAAACA-TA-TGAACTA------GTTTGT-G--------TTT------ATTGGAATATAATAGGCCATGACTTC--AA---A---A--A-------T--------------ATG----------TA-----CA-TA--AGA--ACTGTGCAGTTGTGAGA-T--TC-ATTAA--A---AT---A-----------TAT-------------GTCCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AATTAATT----GTCACTG-AACACTT-GACT-----CTG-GGAAAGC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------GT-------TTA------A--AACAGT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----GT------GTTTACA---A---------ACAAT-----GATCACT-AATGGTG----ATGTGGCCGCAAAGTACTTCCAGTGTCGTCTGTATTGGAAAC
gi|89643 : ACA------G-A-T--TTTCACAAA-G------GT-------TAA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTTCGCA---A---------ATAAT-----GATCACTAAATGGTT----ATGTGACCGCGAAATATTACCAGT
gi|89644 : tataatatctgctgtgaaatttgcacatatgcatgtattaaatagtttttgtgacaattacctgtgtattaaacactctcagttgctcctataatc---A--A-------T--------------AT-----------CG-----AT-TA--CAA---TTGTGTAATCACGAAACG--TTTATCTAGAA---AT----------------------------------CATAT--CA--GA------TA--------TTGAAT----T----GT----GTAACAATT-AACTTAAATCTA-TGAATCA-TGGGATCA------G-A-C--ATTCACAAA-G------ATAGCTATTTTA-----------CATT--TAGTC-----ATAGTCGTCTTAATAAA-------A-----AT------GTTT-CT---A---------ACACC-----GATCATTATAGGCTG----CTGAGACCGCGATATACTGCCAgcc
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 4444444444444444444444444444444444444 1111 111111111111111 1111111111111 1 111111 111111 11 111
lowQualScore : 2 55555 2 2 2 2 2 666666 7 44444444444444444 44 1 5555555555555555555555555555555555555 9999999999 88888 6 33 2 33 1 1111 2 333 666666666666666 2222222222222 1 33 0 88888888 66 4444 4444 1 2 2 55555 2 2 1 666666 2 6666 2 555555 7777777 666666 33 33 66 55555 33 888888888 7777777 55555 000000 9999999999999 55555 4444 1 55 333
lowQualScore : . ..... . . . . . ...... . ................. .. . ..................................... .......... ..... . .. . .. . .... . ... ............... ............. . .. . ........ .. .... .... . . . ..... . . . ...... . .... . ...... ....... ...... .. .. .. ..... .. ......... ....... ..... ...... ............. ..... .... . .. ...
lowQualScore : 7 99999 4 0 2 2 5 444444 7 33333333333333333 11 1 4444444444444444444444444444444444444 7777777777 66666 7 11 2 11 0 1111 2 999 999999999999999 2222222222222 7 11 6 11111111 11 7777 7777 1 1 2 99999 4 4 4 111111 1 4444 2 888888 2222222 444444 11 11 11 66666 11 999999999 2222222 66666 333333 4444444444444 66666 7777 4 00 222
consensus : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--NA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ANTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTGG--NAACGTATG
Reference ( family-803 ) : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--NA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ANTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTGG--NAACGTATG
gi|89625 : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TTGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAAAACTGCCAGTA--GTCTTTATTAA--CAACGTATG
gi|89626 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTACCA
gi|89627 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATACAACTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------GTA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAAAT-GATC-----CTG-TGAACCC-TGGTTACA------GTA-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTAA--CAACGTATGtaagccaaaaatggcattacatg
gi|89628 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGGCAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGTAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----GA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TTGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------GTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA
gi|89629 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AAATGAACTG------GTTCATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGACTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCA------AAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAAATAGATC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCA---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGTGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTAA--CAACGTATGtatgccaatagtggca
gi|89630 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTCAA-AACTCGAACA-AG-TGAACTT------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATTAAATTGGCCATGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-T--TC-GTTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GCTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTT----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA
gi|89631 : aTTATTGAAGAT-AG-----ATAAAGTAAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------ATTTATAG--------T--------ATTGAAATTTGATTGGCCATGGTTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGTA---AT---A----------GTAT-------------GTTTATAA--TACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAAAT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACC------G-ATT--TTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATGCTGCCAtatgccaatagtggca
gi|89632 : aTTATTGAAGAT-TG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTG------GTT-ATAG--------T--------ATTGGAATTTAATTGACCAT---------------------------------------------A----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCATAT--TACAGACCAGTTTG--------T--AAT----T----GTTACTG-AAAAATT-GACC-----CTT-AGAACCC-TGGGTACAGAGTCTG-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------C--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----ATGTGACCGCAAACTACTACCAGTA--GTCTTTATAGG--AAACATGTtatgccaatagtgaca
gi|89633 : aTTATTGAAGAT--------ATAA-GTCAA-AACT--------A-CGA--TG------GTTTACAG--------T--------C---GAA-ACAA----CGATG--------------------------------------------A----------TG-----AA-AAGTCAA--AATAT-CGATGGTGAAA-A--GT-AT-----A---ATTTTA-----------TAT-------------GTTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------C--AAT----T----GTCACTG-AAAACTT-
gi|89633 : aACA------G-A-CCAGTTTACAATTGTC----AC-------TGA------A--A--ACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCAGA-----------------------GAT-------TGGTG----TTGTGACCGCGAAATACTAACAGCA--tccttcgaaatgtccagagattggtgttgtgaccgcgaaatactaacagca
gi|89634 : attattgaagatataagtcaaaactacgatggtttacagtcgaaacaacgatgatgaaaagtcaaaatatcgatggtgaaaagtataattttatatgttcatatcTTAACGAAGTT-GG-----GTTACAATAATAACATAATTA-AA-TGAA-TA------GTT-ATAG--------TTTAAATTTATTGGCATAAAAT-GGCCATGGCTTCAAGA---T---AAGA-------TAGAAAGTTTGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTATGCAGTCATGAAA-------ATTTAGAT---AT---A------------AT-------------G------------AA------TTA--------T--AA-----------CCACT----AACTT-GACT-----CTA-TGAGTCC-TGAAAACA------A-A-C--ATGCACAAA-GACAGTTAT-------TTA------A----CATT--TAGTCACAATCA--TCT---------A-------A-----ATAAAAAAGTTT-TA---T---------ACAAT-----GATGACTGTACGCTG----CTGAGACCGCGATATACTACTA-TAATGCCTATAGTGGTATAACATA
gi|89635 : aTTATTGAAAATTGGTTATAATAATGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAGCTGTTATTT--------ATTGGTACAAAAT-GGCCATGGCTTCAAGA---TAA-A--A-------TAGAAAGTTAGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTGTGCTGTCACGAAA-AGTTT-ATCTAGAAAACATCA-A----------ATAT-------------ATT-----------GA--A--TTG--------T--AAT----T----ACTATT-------TT-GACT-----CTATTAAACCT-TGGGAACA------G-A-C--ATTCACAAA-GATAACTAT-------TTAACATTTA--GTCACA--A--TC-----AT--TTA---------A-------ATTGATAT------GTTT-TA---T---------ACACC-----GATCACTATACGCTGGCTTCTGAGACCGCGATTTACTGC
gi|89636 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTCAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATTTAATTGGCCATGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-T--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCGCT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTC--GTCTTTATAGG--AAACATGTG
gi|89637 : TTATTGGAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTG------GTTAATAT--------TT-------ATTGGAATTAAATTGGCAAAGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AT-TA--CGA--ACTGTGTTATCATGAAA-A--TC-ATTAAAAA---AT---ATGATACTTTTATAT-------------GTTCATAA--CATATATCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTC-AAAAGTT-GACC-----CAG-TGAATCCGTCGG-ACA------G-A-T--GTTCACATA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GAATATTAAATGTTG----CTGTGACTGCGAAATACTGCCATTA--GTCTTTATTGG--GAACGTATG
gi|89638 : TTGTTGAAGAT-AT-----ATTATGATAA-AATACAATTATAA-TGA-CTGTGTGTAGTTTGTTT--------T--------ATTTGAAAA-ACTTGGCCAT---TTA--GT---T---G--A-------T--------------ATA----------TGGG---AA-AA--TCA--ATTTT-TATTC-TGAAA-A--TT-GTTAGAAA---AT---C----------GTATCAATTATAATTATGGTCGTATATCAAAGACCA-TTTG--------G--AAT----T----ATAACTG-ATAC-TT-GAGT-----TTA-TGAACCC-TGGGTACA------T-A-T--GTTTGCA
gi|89639 : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTAAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------GTTCACGA--------CG-------ATTAGAACA
gi|89640 : -----ATAAAGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAGATTATATTT--------ATTGG--CATAAATGGCCATGGCCTCAAGA---TAAAA--A-------TAGAAAGTTTGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTGTGAAGTCACGAAA-AGTTT-ATCTAGAA---A----A------------------------------CATAT----CAGA----TATA--------TTGAAT----T----GTAACTA-TTAACTT-GACT-----CTC-TGAATCT-TGGGAACA------G-A-C--ATTCACTAA-G------AC----------------A--GCCA---------------T--TCA---------A-------C-----ATTTA---GT-CACA---ATTGTTTTATACACT-----GATGACTATAGGCTG----CTGAGACTGTGATATACTGCCA-TAT-GCCTCTAGTGGTATAACATA
gi|89641 : -----ATAAAGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAG--------C---------TTGAAAT------GGCCATGGCTTC--AAGATT---A--AATAGAGTT--------------ATACATAGTACTTTGCAGCAAA-TT--CAACAACTGTGCTGTCATAAA------C-AATAAGAA---AT---A----------A-GT-------------GTACATAG--CACAGTCAAGTTTGGCAAGTAGT--GAT----TACAAGTCAC-G-AAAAGTT-TATC------TA-TAAAAC-------ACA---------------TCAGATA-T------AT-------TTA------ATTATAACTACT--AC-----CT--T-G---------ACTCTATGA-----AT---------CATATGGA---------ACAGTTCACCGATCACTAAATGCTG----CTGAGACTGCAATATACTGCC
gi|89642 : CTCAAACA-TA-TGAACTA------GTTTGT-G--------TTT------ATTGGAATATAATAGGCCATGACTTC--AA---A---A--A-------T--------------ATG----------TA-----CA-TA--AGA--ACTGTGCAGTTGTGAGA-T--TC-ATTAA--A---AT---A-----------TAT-------------GTCCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AATTAATT----GTCACTG-AACACTT-GACT-----CTG-GGAAAGC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------GT-------TTA------A--AACAGT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----GT------GTTTACA---A---------ACAAT-----GATCACT-AATGGTG----ATGTGGCCGCAAAGTACTTCCAGTGTCGTCTGTATTGG--AAAC
gi|89643 : ACA------G-A-T--TTTCACAAA-G------GT-------TAA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTTCGCA---A---------ATAAT-----GATCACTAAATGGTT----ATGTGACCGCGAAATATTACCAGT
gi|89644 : tataatatctgctgtgaaatttgcacatatgcatgtattaaatagtttttgtgacaattacctgtgtattaaacactctcagttgctcctataatc---A--A-------T--------------AT-----------CG-----AT-TA--CAA---TTGTGTAATCACGAAACG--TTTATCTAGAA---AT----------------------------------CATAT--CA--GA------TA--------TTGAAT----T----GT----GTAACAATT-AACTTAAATCTA-TGAATCA-TGGGATCA------G-A-C--ATTCACAAA-G------ATAGCTATTTTA-----------CATT--TAGTC-----ATAGTCGTCTTAATAAA-------A-----AT------GTTT-CT---A---------ACACC-----GATCATTATAGGCTG----CTGAGACCGCGATATACTGCCAgcc
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 4444444444444444444444444444444444444 1111 111111111111111 1111111111111 1 111111 111111 11 111
lowQualScore : 2 55555 2 2 2 2 2 666666 7 44444444444444444 44 1 5555555555555555555555555555555555555 9999999999 88888 6 33 2 33 1 1111 2 333 666666666666666 2222222222222 1 33 0 88888888 66 4444 4444 1 2 2 55555 2 2 1 666666 2 6666 2 555555 7777777 666666 33 33 66 55555 33 888888888 7777777 55555 000000 9999999999999 55555 4444 1 55 333
lowQualScore : . ..... . . . . . ...... . ................. .. . ..................................... .......... ..... . .. . .. . .... . ... ............... ............. . .. . ........ .. .... .... . . . ..... . . . ...... . .... . ...... ....... ...... .. .. .. ..... .. ......... ....... ..... ...... ............. ..... .... . .. ...
lowQualScore : 7 99999 4 0 2 2 5 444444 7 33333333333333333 11 1 4444444444444444444444444444444444444 7777777777 66666 7 11 2 11 0 1111 2 999 999999999999999 2222222222222 7 11 6 11111111 11 7777 7777 1 1 2 99999 4 4 4 111111 1 4444 2 888888 2222222 444444 11 11 11 66666 11 999999999 2222222 66666 333333 4444444444444 66666 7777 4 00 222
consensus : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--NA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ANTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTGG--NAACGTATG
Reference ( family-803 ) : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--NA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ANTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTGG--NAACGTATG
gi|89625 : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TTGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAAAACTGCCAGTA--GTCTTTATTAA--CAACGTATG
gi|89626 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTACCA
gi|89627 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATACAACTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------GTA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAAAT-GATC-----CTG-TGAACCC-TGGTTACA------GTA-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTAA--CAACGTATGtaagccaaaaatggcattacatg
gi|89628 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGGCAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGTAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----GA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TTGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------GTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA
gi|89629 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AAATGAACTG------GTTCATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGACTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCA------AAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAAATAGATC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCA---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGTGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTAA--CAACGTATGtatgccaatagtggca
gi|89630 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTCAA-AACTCGAACA-AG-TGAACTT------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATTAAATTGGCCATGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-T--TC-GTTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GCTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTT----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA
gi|89631 : aTTATTGAAGAT-AG-----ATAAAGTAAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------ATTTATAG--------T--------ATTGAAATTTGATTGGCCATGGTTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGTA---AT---A----------GTAT-------------GTTTATAA--TACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAAAT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACC------G-ATT--TTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATGCTGCCAtatgccaatagtggca
gi|89632 : aTTATTGAAGAT-TG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTG------GTT-ATAG--------T--------ATTGGAATTTAATTGACCAT---------------------------------------------A----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCATAT--TACAGACCAGTTTG--------T--AAT----T----GTTACTG-AAAAATT-GACC-----CTT-AGAACCC-TGGGTACAGAGTCTG-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------C--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----ATGTGACCGCAAACTACTACCAGTA--GTCTTTATAGG--AAACATGTtatgccaatagtgaca
gi|89633 : aTTATTGAAGAT--------ATAA-GTCAA-AACT--------A-CGA--TG------GTTTACAG--------T--------C---GAA-ACAA----CGATG--------------------------------------------A----------TG-----AA-AAGTCAA--AATAT-CGATGGTGAAA-A--GT-AT-----A---ATTTTA-----------TAT-------------GTTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------C--AAT----T----GTCACTG-AAAACTT-
gi|89633 : aACA------G-A-CCAGTTTACAATTGTC----AC-------TGA------A--A--ACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCAGA-----------------------GAT-------TGGTG----TTGTGACCGCGAAATACTAACAGCA--tccttcgaaatgtccagagattggtgttgtgaccgcgaaatactaacagca
gi|89634 : attattgaagatataagtcaaaactacgatggtttacagtcgaaacaacgatgatgaaaagtcaaaatatcgatggtgaaaagtataattttatatgttcatatcTTAACGAAGTT-GG-----GTTACAATAATAACATAATTA-AA-TGAA-TA------GTT-ATAG--------TTTAAATTTATTGGCATAAAAT-GGCCATGGCTTCAAGA---T---AAGA-------TAGAAAGTTTGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTATGCAGTCATGAAA-------ATTTAGAT---AT---A------------AT-------------G------------AA------TTA--------T--AA-----------CCACT----AACTT-GACT-----CTA-TGAGTCC-TGAAAACA------A-A-C--ATGCACAAA-GACAGTTAT-------TTA------A----CATT--TAGTCACAATCA--TCT---------A-------A-----ATAAAAAAGTTT-TA---T---------ACAAT-----GATGACTGTACGCTG----CTGAGACCGCGATATACTACTA-TAATGCCTATAGTGGTATAACATA
gi|89635 : aTTATTGAAAATTGGTTATAATAATGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAGCTGTTATTT--------ATTGGTACAAAAT-GGCCATGGCTTCAAGA---TAA-A--A-------TAGAAAGTTAGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTGTGCTGTCACGAAA-AGTTT-ATCTAGAAAACATCA-A----------ATAT-------------ATT-----------GA--A--TTG--------T--AAT----T----ACTATT-------TT-GACT-----CTATTAAACCT-TGGGAACA------G-A-C--ATTCACAAA-GATAACTAT-------TTAACATTTA--GTCACA--A--TC-----AT--TTA---------A-------ATTGATAT------GTTT-TA---T---------ACACC-----GATCACTATACGCTGGCTTCTGAGACCGCGATTTACTGC
gi|89636 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTCAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATTTAATTGGCCATGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-T--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCGCT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTC--GTCTTTATAGG--AAACATGTG
gi|89637 : TTATTGGAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTG------GTTAATAT--------TT-------ATTGGAATTAAATTGGCAAAGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AT-TA--CGA--ACTGTGTTATCATGAAA-A--TC-ATTAAAAA---AT---ATGATACTTTTATAT-------------GTTCATAA--CATATATCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTC-AAAAGTT-GACC-----CAG-TGAATCCGTCGG-ACA------G-A-T--GTTCACATA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GAATATTAAATGTTG----CTGTGACTGCGAAATACTGCCATTA--GTCTTTATTGG--GAACGTATG
gi|89638 : TTGTTGAAGAT-AT-----ATTATGATAA-AATACAATTATAA-TGA-CTGTGTGTAGTTTGTTT--------T--------ATTTGAAAA-ACTTGGCCAT---TTA--GT---T---G--A-------T--------------ATA----------TGGG---AA-AA--TCA--ATTTT-TATTC-TGAAA-A--TT-GTTAGAAA---AT---C----------GTATCAATTATAATTATGGTCGTATATCAAAGACCA-TTTG--------G--AAT----T----ATAACTG-ATAC-TT-GAGT-----TTA-TGAACCC-TGGGTACA------T-A-T--GTTTGCA
gi|89639 : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTAAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------GTTCACGA--------CG-------ATTAGAACA
gi|89640 : -----ATAAAGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAGATTATATTT--------ATTGG--CATAAATGGCCATGGCCTCAAGA---TAAAA--A-------TAGAAAGTTTGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTGTGAAGTCACGAAA-AGTTT-ATCTAGAA---A----A------------------------------CATAT----CAGA----TATA--------TTGAAT----T----GTAACTA-TTAACTT-GACT-----CTC-TGAATCT-TGGGAACA------G-A-C--ATTCACTAA-G------AC----------------A--GCCA---------------T--TCA---------A-------C-----ATTTA---GT-CACA---ATTGTTTTATACACT-----GATGACTATAGGCTG----CTGAGACTGTGATATACTGCCA-TAT-GCCTCTAGTGGTATAACATA
gi|89641 : -----ATAAAGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAG--------C---------TTGAAAT------GGCCATGGCTTC--AAGATT---A--AATAGAGTT--------------ATACATAGTACTTTGCAGCAAA-TT--CAACAACTGTGCTGTCATAAA------C-AATAAGAA---AT---A----------A-GT-------------GTACATAG--CACAGTCAAGTTTGGCAAGTAGT--GAT----TACAAGTCAC-G-AAAAGTT-TATC------TA-TAAAAC-------ACA---------------TCAGATA-T------AT-------TTA------ATTATAACTACT--AC-----CT--T-G---------ACTCTATGA-----AT---------CATATGGA---------ACAGTTCACCGATCACTAAATGCTG----CTGAGACTGCAATATACTGCC
gi|89642 : CTCAAACA-TA-TGAACTA------GTTTGT-G--------TTT------ATTGGAATATAATAGGCCATGACTTC--AA---A---A--A-------T--------------ATG----------TA-----CA-TA--AGA--ACTGTGCAGTTGTGAGA-T--TC-ATTAA--A---AT---A-----------TAT-------------GTCCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AATTAATT----GTCACTG-AACACTT-GACT-----CTG-GGAAAGC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------GT-------TTA------A--AACAGT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----GT------GTTTACA---A---------ACAAT-----GATCACT-AATGGTG----ATGTGGCCGCAAAGTACTTCCAGTGTCGTCTGTATTGG--AAAC
gi|89643 : ACA------G-A-T--TTTCACAAA-G------GT-------TAA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTTCGCA---A---------ATAAT-----GATCACTAAATGGTT----ATGTGACCGCGAAATATTACCAGT
gi|89644 : tataatatctgctgtgaaatttgcacatatgcatgtattaaatagtttttgtgacaattacctgtgtattaaacactctcagttgctcctataatc---A--A-------T--------------AT-----------CG-----AT-TA--CAA---TTGTGTAATCACGAAACG--TTTATCTAGAA---AT----------------------------------CATAT--CA--GA------TA--------TTGAAT----T----GT----GTAACAATT-AACTTAAATCTA-TGAATCA-TGGGATCA------G-A-C--ATTCACAAA-G------ATAGCTATTTTA-----------CATT--TAGTC-----ATAGTCGTCTTAATAAA-------A-----AT------GTTT-CT---A---------ACACC-----GATCATTATAGGCTG----CTGAGACCGCGATATACTGCCAgcc
blockSeqs : T TTATA T C T A C TGTGTA T TTTAAATTT AT T AAGATAAAAATAGAAAGTTTGGCAA CATAGTACTT CAGCA T GT A CA A AGT T AAC ATGATACTTTTA CAATTATAATTAT G AT GCAAGTAG TG TAAT ACAA A A A TAAAT T G T GAGTCT T CCA T ACAGTT AGCTATT ACATTT TT AC AG ACAAT AG TCTTAATAA CTCTATG TTGAT AAAAAA ATTGTTTTAT TCACC GCTT G AT TAT
blockSeqs : . . . C . . C . T CTGTTATTT AC T AAGATAAGATAGAAAGTTTGGCAA . GG T . A . A AGT . . TTTA . G . . TG . . A A . . . . T . . TT . ATAACT . . . . AG . . . . . TTA TGGA . . G TC TAT
blockSeqs : . . . C . . C . T ATTATATTT AT T AAGATAAAATAGAAAGTTAGGCAA . . T . A . A CG . . CAAA . G . . . . . A A . . . . T . . T . TC . . . . . . . . . . . A . . G T C
blockSeqs : . . . C . . C . C TTT AT T AAGATTAAATAGAGTT . . . . A . A G . . AG . G . . . . . T A . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . A . . G . C
blockSeqs : . . . C . . C . T TT TA T TATAAT . . . . A . C G . . AG . A . . . . . . A . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . A . . G . A
blockSeqs : . . . C . . C . T CG TT T TATAAT . . . . A . C G . . AG . A . . . . . . A . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . A . . T . A
blockSeqs : . . . C . . C . T T TT T TATAAT . . . . A . C G . . AG . A . . . . . . A . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . A . . G . G
blockSeqs : . . . T . . C . T T AC T TATAAT . . . . A . A T . . AG . A . . . . . . C . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . A . . G . A
blockSeqs : . . . C . . C . A T AA T CATAAT . . . . A . T G . . AG . A . . . . . . C . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . C . . C . T T AA T CATAAT . . . . G . T G . . AG . A . . . . . . A . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . C . . C . C T TT T CATAAT . . . . C . C A . . AG . G . . . . . . G . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . C . . C . T T TA A CATAAT . . . . A . C T . . CG . A . . . . . . C . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T AT . GTTGAT . . . . G . T A . . AA . A . . . . . . G . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T AT . AAAAAT . . . . A . T A . . A . A . . . . . . C . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . T A . . . . . . . . C T . . A . A . . . . . . A . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--NA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ANTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTGG--NAACGTATG
finalCons : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--NA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ANTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTGG--NAACGTATG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 4444444444444444444444444444444444444 1111 111111111111111 1111111111111 1 111111 111111 11 111
lowQualScore : 2 55555 2 2 2 2 2 666666 7 44444444444444444 44 1 5555555555555555555555555555555555555 9999999999 88888 6 33 2 33 1 1111 2 333 666666666666666 2222222222222 1 33 0 88888888 66 4444 4444 1 2 2 55555 2 2 1 666666 2 6666 2 555555 7777777 666666 33 33 66 55555 33 888888888 7777777 55555 000000 9999999999999 55555 4444 1 55 333
lowQualScore : . ..... . . . . . ...... . ................. .. . ..................................... .......... ..... . .. . .. . .... . ... ............... ............. . .. . ........ .. .... .... . . . ..... . . . ...... . .... . ...... ....... ...... .. .. .. ..... .. ......... ....... ..... ...... ............. ..... .... . .. ...
lowQualScore : 7 99999 4 0 2 2 5 444444 7 33333333333333333 11 1 4444444444444444444444444444444444444 7777777777 66666 7 11 2 11 0 1111 2 999 999999999999999 2222222222222 7 11 6 11111111 11 7777 7777 1 1 2 99999 4 4 4 111111 1 4444 2 888888 2222222 444444 11 11 11 66666 11 999999999 2222222 66666 333333 4444444444444 66666 7777 4 00 222
consensus : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--NA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ANTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTGG--NAACGTATG
Reference ( family-803 ) : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--NA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ANTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTGG--NAACGTATG
gi|89625 : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TTGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAAAACTGCCAGTA--GTCTTTATTAA--CAACGTATG
gi|89626 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTACCA
gi|89627 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATACAACTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------GTA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAAAT-GATC-----CTG-TGAACCC-TGGTTACA------GTA-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTAA--CAACGTATGtaagccaaaaatggcattacatg
gi|89628 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGGCAA-AACTCAAACA-AA-TGAACTG------GTTTATAG--------T--------ATTGTAATATAATTGGCCATGGCTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----GA-TA--CAA--AATGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTGAAAAAATT-GATC-----CTG-TGAACCC-TTGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------GTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA
gi|89629 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AAATGAACTG------GTTCATAG--------T--------ATTGGAATATAATTGGCCATGACTTC--TA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--AATGTGCA------AAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCGTAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAAATAGATC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTG------A--ATAACT--T--TC-----CT--TCA---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGTGAAATACTGCCAGTA--GTCTTTATTAA--CAACGTATGtatgccaatagtggca
gi|89630 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTCAA-AACTCGAACA-AG-TGAACTT------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATTAAATTGGCCATGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-T--TC-GTTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GCTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTT----CTGTGACCGCGAAATACTGCCA
gi|89631 : aTTATTGAAGAT-AG-----ATAAAGTAAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------ATTTATAG--------T--------ATTGAAATTTGATTGGCCATGGTTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGTA---AT---A----------GTAT-------------GTTTATAA--TACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAAAT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACC------G-ATT--TTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATGCTGCCAtatgccaatagtggca
gi|89632 : aTTATTGAAGAT-TG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTG------GTT-ATAG--------T--------ATTGGAATTTAATTGACCAT---------------------------------------------A----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-G--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCATAT--TACAGACCAGTTTG--------T--AAT----T----GTTACTG-AAAAATT-GACC-----CTT-AGAACCC-TGGGTACAGAGTCTG-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------C--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----ATGTGACCGCAAACTACTACCAGTA--GTCTTTATAGG--AAACATGTtatgccaatagtgaca
gi|89633 : aTTATTGAAGAT--------ATAA-GTCAA-AACT--------A-CGA--TG------GTTTACAG--------T--------C---GAA-ACAA----CGATG--------------------------------------------A----------TG-----AA-AAGTCAA--AATAT-CGATGGTGAAA-A--GT-AT-----A---ATTTTA-----------TAT-------------GTTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------C--AAT----T----GTCACTG-AAAACTT-
gi|89633 : aACA------G-A-CCAGTTTACAATTGTC----AC-------TGA------A--A--ACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCAGA-----------------------GAT-------TGGTG----TTGTGACCGCGAAATACTAACAGCA--tccttcgaaatgtccagagattggtgttgtgaccgcgaaatactaacagca
gi|89634 : attattgaagatataagtcaaaactacgatggtttacagtcgaaacaacgatgatgaaaagtcaaaatatcgatggtgaaaagtataattttatatgttcatatcTTAACGAAGTT-GG-----GTTACAATAATAACATAATTA-AA-TGAA-TA------GTT-ATAG--------TTTAAATTTATTGGCATAAAAT-GGCCATGGCTTCAAGA---T---AAGA-------TAGAAAGTTTGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTATGCAGTCATGAAA-------ATTTAGAT---AT---A------------AT-------------G------------AA------TTA--------T--AA-----------CCACT----AACTT-GACT-----CTA-TGAGTCC-TGAAAACA------A-A-C--ATGCACAAA-GACAGTTAT-------TTA------A----CATT--TAGTCACAATCA--TCT---------A-------A-----ATAAAAAAGTTT-TA---T---------ACAAT-----GATGACTGTACGCTG----CTGAGACCGCGATATACTACTA-TAATGCCTATAGTGGTATAACATA
gi|89635 : aTTATTGAAAATTGGTTATAATAATGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAGCTGTTATTT--------ATTGGTACAAAAT-GGCCATGGCTTCAAGA---TAA-A--A-------TAGAAAGTTAGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTGTGCTGTCACGAAA-AGTTT-ATCTAGAAAACATCA-A----------ATAT-------------ATT-----------GA--A--TTG--------T--AAT----T----ACTATT-------TT-GACT-----CTATTAAACCT-TGGGAACA------G-A-C--ATTCACAAA-GATAACTAT-------TTAACATTTA--GTCACA--A--TC-----AT--TTA---------A-------ATTGATAT------GTTT-TA---T---------ACACC-----GATCACTATACGCTGGCTTCTGAGACCGCGATTTACTGC
gi|89636 : aTTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTCAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------GTTTATAG--------T--------ATTGGAATTTAATTGGCCATGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AA-TA--CAA--ACTGTGCAGTCATGAAA-T--TC-ATTAAGAA---AT---A----------GTAT-------------GTTCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTG-AAAAATT-GACC-----CTG-TGAACCC-TGGGTACA------G-A-T--GTTCACAAA-G------AT-------TTA------A--ATCGCT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GATCATTAAATGGTG----CTGTGACCGCGAAATACTGCCAGTC--GTCTTTATAGG--AAACATGTG
gi|89637 : TTATTGGAGAT-GG-----ATAAAGACAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTG------GTTAATAT--------TT-------ATTGGAATTAAATTGGCAAAGGCTTC--CA---T---A--A-------T--------------ATA----------TG-----AT-TA--CGA--ACTGTGTTATCATGAAA-A--TC-ATTAAAAA---AT---ATGATACTTTTATAT-------------GTTCATAA--CATATATCAGTTTA--------T--AAT----T----GTCACTC-AAAAGTT-GACC-----CAG-TGAATCCGTCGG-ACA------G-A-T--GTTCACATA-G------AT-------TTA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTCCACA---A---------ACAAT-----GAATATTAAATGTTG----CTGTGACTGCGAAATACTGCCATTA--GTCTTTATTGG--GAACGTATG
gi|89638 : TTGTTGAAGAT-AT-----ATTATGATAA-AATACAATTATAA-TGA-CTGTGTGTAGTTTGTTT--------T--------ATTTGAAAA-ACTTGGCCAT---TTA--GT---T---G--A-------T--------------ATA----------TGGG---AA-AA--TCA--ATTTT-TATTC-TGAAA-A--TT-GTTAGAAA---AT---C----------GTATCAATTATAATTATGGTCGTATATCAAAGACCA-TTTG--------G--AAT----T----ATAACTG-ATAC-TT-GAGT-----TTA-TGAACCC-TGGGTACA------T-A-T--GTTTGCA
gi|89639 : TTATTGAAGAT-GG-----ATAAATTAAA-AACTCAAACA-AG-TGAACTA------GTTCACGA--------CG-------ATTAGAACA
gi|89640 : -----ATAAAGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAGATTATATTT--------ATTGG--CATAAATGGCCATGGCCTCAAGA---TAAAA--A-------TAGAAAGTTTGGCAAATA----------TG-----GATTA--C-A--ATTGTGAAGTCACGAAA-AGTTT-ATCTAGAA---A----A------------------------------CATAT----CAGA----TATA--------TTGAAT----T----GTAACTA-TTAACTT-GACT-----CTC-TGAATCT-TGGGAACA------G-A-C--ATTCACTAA-G------AC----------------A--GCCA---------------T--TCA---------A-------C-----ATTTA---GT-CACA---ATTGTTTTATACACT-----GATGACTATAGGCTG----CTGAGACTGTGATATACTGCCA-TAT-GCCTCTAGTGGTATAACATA
gi|89641 : -----ATAAAGACAT-AATT-----A-AA-TGAA-TA------GTT-ATAG--------C---------TTGAAAT------GGCCATGGCTTC--AAGATT---A--AATAGAGTT--------------ATACATAGTACTTTGCAGCAAA-TT--CAACAACTGTGCTGTCATAAA------C-AATAAGAA---AT---A----------A-GT-------------GTACATAG--CACAGTCAAGTTTGGCAAGTAGT--GAT----TACAAGTCAC-G-AAAAGTT-TATC------TA-TAAAAC-------ACA---------------TCAGATA-T------AT-------TTA------ATTATAACTACT--AC-----CT--T-G---------ACTCTATGA-----AT---------CATATGGA---------ACAGTTCACCGATCACTAAATGCTG----CTGAGACTGCAATATACTGCC
gi|89642 : CTCAAACA-TA-TGAACTA------GTTTGT-G--------TTT------ATTGGAATATAATAGGCCATGACTTC--AA---A---A--A-------T--------------ATG----------TA-----CA-TA--AGA--ACTGTGCAGTTGTGAGA-T--TC-ATTAA--A---AT---A-----------TAT-------------GTCCATAT--CACAGACCAGTTTA--------T--AATTAATT----GTCACTG-AACACTT-GACT-----CTG-GGAAAGC-TGGGTACA------G-A-C--GTTCACAAA-G------GT-------TTA------A--AACAGT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----GT------GTTTACA---A---------ACAAT-----GATCACT-AATGGTG----ATGTGGCCGCAAAGTACTTCCAGTGTCGTCTGTATTGG--AAAC
gi|89643 : ACA------G-A-T--TTTCACAAA-G------GT-------TAA------A--ATCACT--T--TC-----CT--TCG---------A-------A-----AT------GTTCGCA---A---------ATAAT-----GATCACTAAATGGTT----ATGTGACCGCGAAATATTACCAGT
gi|89644 : tataatatctgctgtgaaatttgcacatatgcatgtattaaatagtttttgtgacaattacctgtgtattaaacactctcagttgctcctataatc---A--A-------T--------------AT-----------CG-----AT-TA--CAA---TTGTGTAATCACGAAACG--TTTATCTAGAA---AT----------------------------------CATAT--CA--GA------TA--------TTGAAT----T----GT----GTAACAATT-AACTTAAATCTA-TGAATCA-TGGGATCA------G-A-C--ATTCACAAA-G------ATAGCTATTTTA-----------CATT--TAGTC-----ATAGTCGTCTTAATAAA-------A-----AT------GTTT-CT---A---------ACACC-----GATCATTATAGGCTG----CTGAGACCGCGATATACTGCCAgcc