lowQualScore                  :                                                1                 11111          11      11                  11                         111111                     1        111111111                  11111       1                                                                            11              
lowQualScore                  :           44   3  6  33  4             0   88  3     4  2  3  0  66666 8     2  11      22  6  55 22 0 33   00 4   3 4        8  6  0  444444 2  7  0 44   5555   1  3  4  777777777  3  2    2 2     22222    33 2    2    8888  1      1 1     5  3  6     3        0  5   2 5     33  6     77        3     
lowQualScore                  :           ..   .  .  ..  .             .   ..  .     .  .  .  .  ..... .     .  ..      ..  .  .. .. . ..   .. .   . .        .  .  .  ...... .  .  . ..   ....   .  .  .  .........  .  .    . .     .....    .. .    .    ....  .      . .     .  .  .     .        .  .   . .     ..  .     ..        .     
lowQualScore                  :           22   1  2  99  1             5   44  3     5  6  7  1  77777 0     7  00      99  1  99 88 4 44   66 8   4 2        0  4  4  555555 5  5  6 66   3333   3  1  2  666666666  4  7    7 5     77777    22 7    4    8888  3      8 8     4  1  3     1        2  7   8 0     22  4     22        6     
consensus                     : TTATAAATGG--CGA-AA-AA--ATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTAGGTATCAAATTCNA--T-TACACCGG-TAATATG-NCANAT--G-CTGT--AAAAGCGTTANCNGATCAAGCCCTNAGGGC--A---T-AT-AATA-ATTT----ACTATCAGTNTTC---GN--TAGAGTTAAAC-TNGATAT----TAAAA--CNAAAT-TATCN---CTATTTGATTCTATGGTNGTACCNATTCTNTTATACGGATCGGAAGTNTGGGG-TGTNTATGANTATAAGGAA-TTAGA
Reference ( gi|17621 )        : TTATAAATAA--TGA-AA-AA--ATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TACACTGG-AAATATG-TCACAT--G-CTGT--AAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCAGAGC--A---T-AT-AACA-GTTT----ACTTTCAGTATTC---AC--TAGGGTTAAAT-TAGATAT----CAAAA--CTAAAT-TATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCAATTTTATTATACGGATCAGAAATTTGGGG-TATTTATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17622                      : TTATAAATAA--TGA-AA-AA--ATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TACACTGG-AAATATG-TCACAT--G-CTGT--AAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCGGAGC--A---T-AT-AACA-GTTT----ACTTTCAGTATTC---AC--TAGGGTTAAAT-TAGATAT----CAAAA--CTAAAT-TATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCAATTTTATTATACAGATCGGAAATTTGGGG-TATTTATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17623                      : TTATAAATAA--CGA-AA-AA--ATAGAAATTGCTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TAAACTGG-AAATATG-TCACAT--G-CTGT--AAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCAGAGC--A---T-AT-AACA-GTTT----ACTTTCAGTATTC---AC--TATGGTAAAAT-TAGATAT----CAAAA--CTAAAT-TATCT---TTATTTGATCCTATGGTTATACCAATCCTATTTTTCGGATCGGAAGTTTGGGG-TATTTATGAATATAAGGAA-TTAGA
gi|17624                      : TTATAAATGG--CGA-AA-AA--ATTGAAATGGTAGATAACTT-TACATATTTAGGTATTAACTTTAC--T-CACACCGG-TAACCTG-TCAAAC--G-CTGT--TAAAACTTTATCTAATCAAGCCCGTAGGGT--A---T-AT-CATT-ATTT----ACTGTAGGTGTTT---GA--CAAAGTACCGT-TAGACAT----TAAAA--CAAAAC-TGTCA---TTATTCGATTCCATGGTTGTACCAATTTTATTGTATGGAGCTGAAGTCTGGGG-CGTGTATAATTATAAAG----TAGA
gi|17625                      : TCATAAATGG--TGA-AA-AA--TTAGATATTGTAGACAATTTCTGC-TACTTAGGAGCCAAATT-TA--TGTATAACGG-TAATATG--AATATA-A-TTCC--AAAAACTCTAGCAGATCAAGCTCTAAGAGC------T-ATGAATA-ATTT----ATTATCATTGTTC---AC--AAGAATTAAAT-TCGATAT----TAAAA--CAAAAT-TATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACCTATTCTCTTATACAGTGCAGAGATATGGGG-AGTGTATGA
gi|17628                      : TCATAAATGG--TGA-AA-AA--ATGGATATTGTAGACAATTTCTGC-TACTTAGGAGCCAAA-TGTA--TGTATAACGG-TAATATG--AAAATAAG--TCC--AAAAACTCTAGCAGATCAAGCTCTAAGAGC------T-ATGAATA-ATTT----ATTATCATTGTTC---AC--AAGAATTAAAC-TCGATAT----TAAAA--CAAAAT-TATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACGTATTCTCTTATACAGTGCAGAGATATGGGG-AGTGTATGACTACAAAGA
gi|17626                      : TTATAAATGG--CGA-AA-AG--ATAGAAGTTGTTGATAATTTC-ACATACTTAAGGATCAATTTTAC--T-TATACAGG-TAGCTTA-ACTAAT--G-ATGT--AAAA-CGTTAACGAATCAAGCCCTTAGGGC--T---T-AT-AATA-ATCT----GTTAACTGTATTT---GA--TAGAGT-ACATCTAGATAT----AAAAA--C--AATCTTTCA---CTATTCGACTTAATGGTCGTTCCTATTTTGTTATACGGATCGGAAGTATGGGG-TGTATACAATTATAAAGAA-
gi|17627                      : TTATCAATGG--CGA-AA-AG--ATAGAAGTTGTTGATAATTC--ACATACTTAGGGAT-AAATTTTACTT-TACA--AG-TAATAAA-CTA-AT--G-TTGT--AAAAACGTTAACAAATCAAGTTCTTAGGGC--T---T-AT-AATA-ATTTGTTAACTTT--GT-TTG---A---TAGAGTTCGTC-TAGATAT----AAAAA--TCAAAC-TTTCA---TTATTCGATTCAAGGGTCGTTCCTATTTTGTTGTACGGATCGGAGGTATGAGG-TGTGTACAATTATAAAGAA-
gi|17629                      : TCATAAATGG--CGA-AA-AA--ATTGAAATGGTAGATAACTT-TACATATTTAGGTATTAACTTTAC--T-CACACCGG-TAACCTG-TCAAAC--G-CTGT--TAAAACTTTATCTAATCAAGCCCTTAGGGC--A---T-AT-CAAA-TTTT----GC
gi|17630                      :  TATCAATAA--TGA-AA-GA--ATTGAAATAGTTGGTA------GC-T---------TTA---TCTA--T-----CTAG-A-----G-GC---T--G-TTAT--AA---CATTAGCTGATCAAGCCCTTAGGGA--AAATT-AT-AATC-TTTT----A---TCACTTTTT---GA--CAGAGTTAAAT-TAAATGT----AAAAAAAC-AAAT-TACCT---TTATTTGATAGTATGGTGGTGCTTATTCTTTTATATGG-TCCGAAGTGTGGGG-AGTCTATAACTACAAGGAA-
gi|17631                      :   ATCAATAA--TGA-AAGAA--AT-GAAATAGTTGATAGCTTTATC-TATCTAGGTGTCAAGTTTGT--T-CATACAGG-TTATATGTTCAT-T--G-ATTTTCAAA--CATTAGCTGATCAAGCCCTTAGGGC--A---T-AT-TATT-ATCT----GTTATCACTTTTT---GA--CAGAGTTAAAT-TTAATGTAAAAAAAAA--C-AAAT-TATCT---TTATTTGATAGTATGGTGGTAACTATTCTTTTATATGGTTCCGAAGTGTGGAG-AGTCTATAACTACAAGGAA-
gi|17632                      :    TAAATAAAATGA-AA-AT--ATATAAATTGTTGATAGTTTTTGC-TACTTAGGTATTAAATTCCA--T-TACACTAG-AAATATG-TCACAT--G-CTGT--AAAGGCATTATCAGTTCAAGCACTCAGAGC--A---T-AT-AACA-GTTT----ACTTTCAGTATTT---AC--TAGGATTAAAT-TAGATAT----TAAAA--CTAAAT-CATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCATTTCTA-TATATGGATCAAAAGTTTGGGG-TATTTATAAAAATTAGAAA-TTAGA
gi|17633                      :     AAATGG--TGA-AA-AA--TTGGATATTGTAGACAGTTTCTGC-TACTTAGGAACCACATTT-A--TGTATAACAG-TAATATG--AAAAT--AATTCC--AAAATCTCTAGCAGATCAAGCCCTAAGAGC------T-ATGAATA-ATTT----ATTATCGATA-------------------AC-TCGATAT----TAAAA--CAAAAT-TATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACCTATTCTCTTATACAG
gi|17634                      :       ATAA--TGATAATAATGATAGAAGGTGTTGATAATTTC-ACATACTTAGGGATCA------A--T-TATACTGGTACAGGTA-GCAAAT--G-CT-T--AAAAGCGCTAACGGATCTAGCCCTTAGGGCTAA---TAAT-AACCTGTTA----ACT----GTATTTGAAATGATAGAGTGCATC-TAGATAT-----AAAA----AAAT-AA------TTAGTAGACTCAATGGTCGTTCAAATTTTGTTATTCGAATCGGAGGTATAGGG-TGTATACAACTATAAAGAAGTTA
gi|17635                      :                      --ATTGAAGTTGTTGACACGTTTTGT-TATTTAGGTATAAAATTCAC--T-CACACGGG-TAATATG-ACACAC--G-CTGT--GAACGCGTTATCTGAACAAGCATTGAAGGC--T---T-AT-AACA-ACTT----ACTATCTGTTTGT---GA--TAGACTTAATC-TCGACAT----TAAAA--CCAAGT-TATCC---CTTTTTGACTCGATGGTGGTACCTATTATCTTATATGGGGCGGAAGTCTGGGG-TATCTATGA
gi|17636                      :                            AAGTTGATGACACGTTTTGT-TATTTAGGTATAAAATTCAC--T-CACACTGG-TAAAATG-ACACAC--G-CTGT--GAACGCGTTATCTGAACAAGCATTGAAGGC--T---T-AT-AACG-ACTT----ACTATCTGTTTGT---GA--TAGACTTAATC-TTGACCT----TAAAA--CCAAAT-TATCC---CTTTTTGACTCTATGGTGGTACTAATCATCTTATATGGGGCGGAAGTCTGGGG-TATCTATG
gi|17637                      :                                                                                            ACAT----CTGT--TAAAACGTTGTGTGAATAAGCTCTAAGGGT--A---T-AT-CATA-GTTT----ATTATCTGTATTC---GA--CAGAGTACAGC-TCAATAT----TAAAA--C-AAAT-TGTCA---CTTTTTGACTCTGTGGTCCTACCAATTTTACTGTATGGATCGGATATCTGGGG-TGTCTATAACTACAAAGAA-GTAGA
gi|17639                      :                                                                                                                                                                                                     AT----CATAA--CTAAAT-TATCT---TTATTCGATTCTATGATTGTGCCTATCTTATTATATGGATCGGAATTTTGGTG-TATTCATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17640                      :                                                                                                                                                                                                             AAA--CTGAAT-TATTTAAACTGTTTGATACTATGGTAATACCTATTTTAACATATGGAGCGGAAATTTGGGGATAT
gi|17641                      :                                                                                                                                                                                                                              ---TTGTTTGATGCTATGGTTGTGCCGATATTAACATATGGATCTGAACTTTGGGG--A--TATGAATAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17638 ): ACCTTCAAATGTTATTTAATAAAGTTTAAGTTGATGTTAAGGCTAAGTTATCAATAATTGATACCATGGCTGTGTTGATTCTTTTGTACTGTTCTGAAGTTTTGGTTGTGTTTAATCTTGAAAAAGTTAACAAACTGGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                      1                 11111                                                                                                                    1111                                                                                                
lowQualScore                  :                                                           3    2                 55  3        1  3  0  33333 8     3    2     33  1  77     0   1 3   1 1        2  1     7   7              3  1    777777      1  0 444 1     0000     3        4444  0      1 1     1     1   1 1                 1     0  1     1         3     
lowQualScore                  :                                                           .    .                 ..  .        .  .  .  ..... .     .    .     ..  .  ..     .   . .   . .        .  .     .   .              .  .    ......      .  . ... .     ....     .        ....  .      . .     .     .   . .                 .     .  .     .         .     
lowQualScore                  :                                                           3    2                 11  3        0  1  2  33333 0     1    7     77  0  99     4   9 0   0 0        6  0     3   1              2  9    222222      9  1 444 0     0000     9        9999  8      3 3     0     0   1 0                 0     9  0     0         3     
consensus                     :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTAGGTATCAAATTCNA--T-TACACCGGTA-ATATGN-CANAT--GCTGTAAAAGCGTTANCNGATCAAGCNCTNAGGGCATAT-AATAATTTACTATCNGTNTTCGA-----TAGAGTTAAAC---TAGATAT---TAAAACNAAATTATCN---CTATTTGATTCTATGGTNGTACCNATTCTNTTATACGGATCGGAAGTNTGGGGTGTNTATGANTATAAGGAA-TTAGA
Reference ( family-800 )      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTAGGTATCAAATTCNA--T-TACACCGGTA-ATATGN-CANAT--GCTGTAAAAGCGTTANCNGATCAAGCCCTNAGGGCATAT-AATAATTTACTATCAGTNTTCGN-----TAGAGTTAAAC---TNGATAT---TAAAACNAAATTATCN---CTATTTGATTCTATGGTNGTACCNATTCTNTTATACGGATCGGAAGTNTGGGGTGTNTATGANTATAAGGAA-TTAGA
gi|17621                      :                                            TTATAAATAATGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TACACTGGAA-ATATGT-CACAT--GCTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TAGGGTTAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCAATTTTATTATACGGATCAGAAATTTGGGGTATTTATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17622                      :                                            TTATAAATAATGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TACACTGGAA-ATATGT-CACAT--GCTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCGGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TAGGGTTAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCAATTTTATTATACAGATCGGAAATTTGGGGTATTTATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17623                      :                                            TTATAAATAACGAAA-AAATAGAAATTGCTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TAAACTGGAA-ATATGT-CACAT--GCTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TATGGTAAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATCCTATGGTTATACCAATCCTATTTTTCGGATCGGAAGTTTGGGGTATTTATGAATATAAGGAA-TTAGA
gi|17624                      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATTGAAATGGTAGATAACTT-TACATATTTAGGTATTAACTTTAC--T-CACACCGGTA-ACCTGT-CAAAC--GCTGTTAAAACTTTATCTAATCAAGCCCGTAGGGTATAT-CATTATTTACTGTAGGTGTTTGA-----CAAAGT---ACCGTTAGACAT---TAAAACAAAACTGTCA---TTATTCGATTCCATGGTTGTACCAATTTTATTGTATGGAGCTGAAGTCTGGGGCGTGTATAATTATAAAG----TAGA
gi|17625                      :                                            TCATAAATGGTGAAA-AATTAGATATTGTAGACAATTTCTGC-TACTTAGGAGCCAAATT-TA--TGTATAACGGTA-ATATGA--ATATA-ATTCCAAAAACTCTAGCAGATCAAGCTCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTATCATTGTTCAC-----AAGAATTAAAT---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACCTATTCTCTTATACAGTGCAGAGATATGGGGAGTGTATGA
gi|17626                      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AGATAGAAGTTGTTGATAATTTC-ACATACTTAAGGATCAATTTTAC--T-TATACAGGTA-GCTTAA-CTAAT--GATGTAAAA-CGTTAACGAATCAAGCCCTTAGGGCTTAT-AATAATCTGTTAACTGTATTTGA-----TAGAGTACATC---TAGATAT---AAAAACAATCTT-TCA---CTATTCGACTTAATGGTCGTTCCTATTTTGTTATACGGATCGGAAGTATGGGGTGTATACAATTATAAAGAA-
gi|17627                      :                                            TTATCAATGGCGAAA-AGATAGAAGTTGTTGATAATTC--ACATACTTAGGGAT-AAATTTTACTT-TACA--AGTA-ATA-AA-CTAAT--GTTGTAAAAACGTTAACAAATCAAGTTCTTAGGGCTTAT-AATAATTTGTTAACTTTGTTTGA-----TAGAGTTCGTC---TAGATAT---AAAAATCAAACTTTCA---TTATTCGATTCAAGGGTCGTTCCTATTTTGTTGTACGGATCGGAGGTATGAGGTGTGTACAATTATAAAGAA-
gi|17628                      :                                            TCATAAATGGTGAAA-AAATGGATATTGTAGACAATTTCTGC-TACTTAGGAGCCAAA-TGTA--TGTATAACGGTA-ATATGA--AAATAAG-TCCAAAAACTCTAGCAGATCAAGCTCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTATCATTGTTCAC-----AAGAATTAAAC---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACGTATTCTCTTATACAGTGCAGAGATATGGGGAGTGTATGACTACAAAGA
gi|17629                      :                                            TCATAAATGGCGAAA-AAATTGAAATGGTAGATAACTT-TACATATTTAGGTATTAACTTTAC--T-CACACCGGTA-ACCTGT-CAAAC--GCTGTTAAAACTTTATCTAATCAAGCCCTTAGGGCATAT-CA-AATTT
gi|17630                      :                                                                                                                                  AGAG--GCTGTTATAACATTAGCTGATCAAGCCCTTAGGGAAAAT-TATAATCTTTTATCACTTTTTGA-----CAGAGTTAAAT---TAAATGTA--AAAAAACAAATTACCT---TTATTTGATAGTATGGTGGTGCTTATTCTTTTATATGG-TCCGAAGTGTGGGGAGTCTATAACTACAAGGAA-tgc
gi|17631                      : tatcaataatgaaagaattgaaatagttggtagctttatctatctATCAATAATGAAAGAAAT-GAAATAGTTGATAGCTTTATC-TATCTAGGTGTCAAGTTTGT--T-CATACAGGTT-ATATGTTCAT-T--GATTTTCAAACATTAGCTGATCAAGCCCTTAGGGCATAT-TATTATCTGTTATCACTTTTTGA-----CAGAGTTAAAT---TTAATGTAAAAAAAAACAAATTATCT---TTATTTGATAGTATGGTGGTAACTATTCTTTTATATGGTTCCGAAGTGTGGAGAGTCTATAACTACAAGGAA-
gi|17632                      :                                              ATAAA--ATGAAA-ATATATAAATTGTTGATAGTTTTTGC-TACTTAGGTATTAAATTCCA--T-TACACTAGAA-ATATGT-CACAT--GCTGTAAAGGCATTATCAGTTCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTTAC-----TAGGATTAAAT---TAGATAT---TAAAACTAAATCATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCATTTCTA-TATATGGATCAAAAGTTTGGGGTATTTATAAAAATTAGAAA-TTAGA
gi|17633                      :                                             taaAAATGGTGAAA-AATTGGATATTGTAGACAGTTTCTGC-TACTTAGGAACCACATT-TA--TGTATAACAGTA-ATATGA--AAATA-ATTCCAAAATCTCTAGCAGATCAAGCCCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTA-------TCGA-----T-------AAC---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACCTATTCTCTTATACAG
gi|17634                      :                                                              ATAGAAGGTGTTGATAATTTC-ACATACTTAGGGATCAA--------T-TATACTGGTACAGGTAG-CAAAT--GCT-TAAAAGCGCTAACGGATCTAGCCCTTAGGGCTAAT-AATAACCTGTTAACTGTATTTGAAATGATAGAGTGCATC---TAGATAT----AAAA--AAATAATTA---GTA---GACTCAATGGTCGTTCAAATTTTGTTATTCGAATCGGAGGTATAGGGTGTATACAACTATAAAGAAGTTA
gi|17635                      :                                               ataatgataataatgATTGAAGTTGTTGACACGTTTTGT-TATTTAGGTATAAAATTCAC--T-CACACGGGTA-ATATGA-CACAC--GCTGTGAACGCGTTATCTGAACAAGCATTGAAGGCTTAT-AACAACTTACTATCTGTTTGTGA-----TAGACTTAATC---TCGACAT---TAAAACCAAGTTATCC---CTTTTTGACTCGATGGTGGTACCTATTATCTTATATGGGGCGGAAGTCTGGGGTATCTATGA
gi|17636                      :                                                                  AAGTTGATGACACGTTTTGT-TATTTAGGTATAAAATTCAC--T-CACACTGGTA-AAATGA-CACAC--GCTGTGAACGCGTTATCTGAACAAGCATTGAAGGCTTAT-AACGACTTACTATCTGTTTGTGA-----TAGACTTAATC---TTGACCT---TAAAACCAAATTATCC---CTTTTTGACTCTATGGTGGTACTAATCATCTTATATGGGGCGGAAGTCTGGGGTATCTATG
gi|17637                      :                                                                                                                                  ACAT---CTGTTAAAACGTTGTGTGAATAAGCTCTAAGGGTATAT-CATAGTTTATTATCTGTATTCGA-----CAGAGTACAGC---TCAATAT---TAAAAC-AAATTGTCA---CTTTTTGACTCTGTGGTCCTACCAATTTTACTGTATGGATCGGATATCTGGGGTGTCTATAACTACAAAGAA-GTAGA
gi|17639                      :                                                                                                                                                                                                                               AT---CATAACTAAATTATCT---TTATTCGATTCTATGATTGTGCCTATCTTATTATATGGATCGGAATTTTGGTGTATTCATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17640                      :                                                                                                                                                                                                                                      AAACTGAATTATTTAAACTGTTTGATACTATGGTAATACCTATTTTAACATATGGAGCGGAAATTTGGGG
gi|17641                      :                                                                                                                                                                                                                                                        TGTTTGATGCTATGGTTGTGCCGATATTAACATATGGATCTGAACTTTGGGG---ATATGAATATatat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17638 ): ACCTTCAAATGTTATTTAATAAAGTTTAAGTTGATGTTAAGGCTAAGTTATCAATAATTGATACCATGGCTGTGTTGATTCTTTTGTACTGTTCTGAAGTTTTGGTTGTGTTTAATCTTGAAAAAGTTAACAAACTGGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                      1                 11111                                                                                                                     1111                                                                                                
lowQualScore                  :                                                           3    2                 55  3        1  3  0  33333 8     3    2     33  1  55 2    0   1 3   1 1        1  1     7   7              3  1  0  66666      1  0 444 1     0000     3        4444  0      1 1     1     1   1 1                 1     0  1     1         3     
lowQualScore                  :                                                           .    .                 ..  .        .  .  .  ..... .     .    .     ..  .  .. .    .   . .   . .        .  .     .   .              .  .  .  .....      .  . ... .     ....     .        ....  .      . .     .     .   . .                 .     .  .     .         .     
lowQualScore                  :                                                           3    2                 11  3        0  1  2  33333 0     1    7     77  0  66 4    4   9 0   0 0        0  0     3   1              4  9  6  22222      9  1 444 8     0000     9        9999  8      3 3     0     0   1 0                 0     9  0     0         3     
consensus                     :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTAGGTATCAAATTCNA--T-TACACCGGTA-ATATGN-CANAT--G-CTGTAAAAGCGTTANCNGATCAAGCNCTNAGGGCATAT-AATAATTTACTATCNGTNTTCGA-----TAGAGTTAAAC---TAGATAT---TAAAACNAAATTATCN---CTATTTGATTCTATGGTNGTACCNATTCTNTTATACGGATCGGAAGTNTGGGGTGTNTATGANTATAAGGAA-TTAGA
Reference ( family-800 )      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTAGGTATCAAATTCNA--T-TACACCGGTA-ATATGN-CANAT--G-CTGTAAAAGCGTTANCNGATCAAGCNCTNAGGGCATAT-AATAATTTACTATCNGTNTTCGA-----TAGAGTTAAAC---TAGATAT---TAAAACNAAATTATCN---CTATTTGATTCTATGGTNGTACCNATTCTNTTATACGGATCGGAAGTNTGGGGTGTNTATGANTATAAGGAA-TTAGA
gi|17621                      :                                            TTATAAATAATGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TACACTGGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TAGGGTTAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCAATTTTATTATACGGATCAGAAATTTGGGGTATTTATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17622                      :                                            TTATAAATAATGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TACACTGGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCGGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TAGGGTTAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCAATTTTATTATACAGATCGGAAATTTGGGGTATTTATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17623                      :                                            TTATAAATAACGAAA-AAATAGAAATTGCTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TAAACTGGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TATGGTAAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATCCTATGGTTATACCAATCCTATTTTTCGGATCGGAAGTTTGGGGTATTTATGAATATAAGGAA-TTAGA
gi|17624                      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATTGAAATGGTAGATAACTT-TACATATTTAGGTATTAACTTTAC--T-CACACCGGTA-ACCTGT-CAAAC--G-CTGTTAAAACTTTATCTAATCAAGCCCGTAGGGTATAT-CATTATTTACTGTAGGTGTTTGA-----CAAAGT---ACCGTTAGACAT---TAAAACAAAACTGTCA---TTATTCGATTCCATGGTTGTACCAATTTTATTGTATGGAGCTGAAGTCTGGGGCGTGTATAATTATAAAG----TAGA
gi|17625                      :                                            TCATAAATGGTGAAA-AATTAGATATTGTAGACAATTTCTGC-TACTTAGGAGCCAAATT-TA--TGTATAACGGTA-ATATGA--ATATA-A-TTCCAAAAACTCTAGCAGATCAAGCTCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTATCATTGTTCAC-----AAGAATTAAAT---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACCTATTCTCTTATACAGTGCAGAGATATGGGGAGTGTATGA
gi|17626                      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AGATAGAAGTTGTTGATAATTTC-ACATACTTAAGGATCAATTTTAC--T-TATACAGGTA-GCTTAA-CTAAT--G-ATGTAAAA-CGTTAACGAATCAAGCCCTTAGGGCTTAT-AATAATCTGTTAACTGTATTTGA-----TAGAGTACATC---TAGATAT---AAAAACAATCTT-TCA---CTATTCGACTTAATGGTCGTTCCTATTTTGTTATACGGATCGGAAGTATGGGGTGTATACAATTATAAAGAA-
gi|17627                      :                                            TTATCAATGGCGAAA-AGATAGAAGTTGTTGATAATTC--ACATACTTAGGGAT-AAATTTTACTT-TACA--AGTA-ATA-AA-CTAAT--G-TTGTAAAAACGTTAACAAATCAAGTTCTTAGGGCTTAT-AATAATTTGTTAACTTTGTTTGA-----TAGAGTTCGTC---TAGATAT---AAAAATCAAACTTTCA---TTATTCGATTCAAGGGTCGTTCCTATTTTGTTGTACGGATCGGAGGTATGAGGTGTGTACAATTATAAAGAA-
gi|17628                      :                                            TCATAAATGGTGAAA-AAATGGATATTGTAGACAATTTCTGC-TACTTAGGAGCCAAA-TGTA--TGTATAACGGTA-ATATGA--AAATAAG--TCCAAAAACTCTAGCAGATCAAGCTCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTATCATTGTTCAC-----AAGAATTAAAC---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACGTATTCTCTTATACAGTGCAGAGATATGGGGAGTGTATGACTACAAAGA
gi|17629                      :                                            TCATAAATGGCGAAA-AAATTGAAATGGTAGATAACTT-TACATATTTAGGTATTAACTTTAC--T-CACACCGGTA-ACCTGT-CAAAC--G-CTGTTAAAACTTTATCTAATCAAGCCCTTAGGGCATAT-CA-AATTT
gi|17630                      :                                                                                                                                  AGAG--G-CTGTTATAACATTAGCTGATCAAGCCCTTAGGGAAAAT-TATAATCTTTTATCACTTTTTGA-----CAGAGTTAAAT---TAAATGTA--AAAAAACAAATTACCT---TTATTTGATAGTATGGTGGTGCTTATTCTTTTATATGG-TCCGAAGTGTGGGGAGTCTATAACTACAAGGAA-tgc
gi|17631                      : tatcaataatgaaagaattgaaatagttggtagctttatctatctATCAATAATGAAAGAAAT-GAAATAGTTGATAGCTTTATC-TATCTAGGTGTCAAGTTTGT--T-CATACAGGTT-ATATGTTCAT-T--G-ATTTTCAAACATTAGCTGATCAAGCCCTTAGGGCATAT-TATTATCTGTTATCACTTTTTGA-----CAGAGTTAAAT---TTAATGTAAAAAAAAACAAATTATCT---TTATTTGATAGTATGGTGGTAACTATTCTTTTATATGGTTCCGAAGTGTGGAGAGTCTATAACTACAAGGAA-
gi|17632                      :                                              ATAAA--ATGAAA-ATATATAAATTGTTGATAGTTTTTGC-TACTTAGGTATTAAATTCCA--T-TACACTAGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGTTCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTTAC-----TAGGATTAAAT---TAGATAT---TAAAACTAAATCATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCATTTCTA-TATATGGATCAAAAGTTTGGGGTATTTATAAAAATTAGAAA-TTAGA
gi|17633                      :                                             taaAAATGGTGAAA-AATTGGATATTGTAGACAGTTTCTGC-TACTTAGGAACCACATT-TA--TGTATAACAGTA-ATATGA--AAAT--AATTCCAAAATCTCTAGCAGATCAAGCCCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTATC-------GA-----TA-------AC---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACCTATTCTCTTATACAG
gi|17634                      :                                                              ATAGAAGGTGTTGATAATTTC-ACATACTTAGGGATCAA--------T-TATACTGGTACAGGTAG-CAAAT--G-CT-TAAAAGCGCTAACGGATCTAGCCCTTAGGGCTAAT-AATAACCTGTTAACTGTATTTGAAATGATAGAGTGCATC---TAGATAT----AAAA--AAATAATTA---GTA---GACTCAATGGTCGTTCAAATTTTGTTATTCGAATCGGAGGTATAGGGTGTATACAACTATAAAGAAGTTA
gi|17635                      :                                               ataatgataataatgATTGAAGTTGTTGACACGTTTTGT-TATTTAGGTATAAAATTCAC--T-CACACGGGTA-ATATGA-CACAC--G-CTGTGAACGCGTTATCTGAACAAGCATTGAAGGCTTAT-AACAACTTACTATCTGTTTGTGA-----TAGACTTAATC---TCGACAT---TAAAACCAAGTTATCC---CTTTTTGACTCGATGGTGGTACCTATTATCTTATATGGGGCGGAAGTCTGGGGTATCTATGA
gi|17636                      :                                                                  AAGTTGATGACACGTTTTGT-TATTTAGGTATAAAATTCAC--T-CACACTGGTA-AAATGA-CACAC--G-CTGTGAACGCGTTATCTGAACAAGCATTGAAGGCTTAT-AACGACTTACTATCTGTTTGTGA-----TAGACTTAATC---TTGACCT---TAAAACCAAATTATCC---CTTTTTGACTCTATGGTGGTACTAATCATCTTATATGGGGCGGAAGTCTGGGGTATCTATG
gi|17637                      :                                                                                                                                  ACAT----CTGTTAAAACGTTGTGTGAATAAGCTCTAAGGGTATAT-CATAGTTTATTATCTGTATTCGA-----CAGAGTACAGC---TCAATAT---TAAAAC-AAATTGTCA---CTTTTTGACTCTGTGGTCCTACCAATTTTACTGTATGGATCGGATATCTGGGGTGTCTATAACTACAAAGAA-GTAGA
gi|17639                      :                                                                                                                                                                                                                                AT---CATAACTAAATTATCT---TTATTCGATTCTATGATTGTGCCTATCTTATTATATGGATCGGAATTTTGGTGTATTCATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17640                      :                                                                                                                                                                                                                                       AAACTGAATTATTTAAACTGTTTGATACTATGGTAATACCTATTTTAACATATGGAGCGGAAATTTGGGG
gi|17641                      :                                                                                                                                                                                                                                                         TGTTTGATGCTATGGTTGTGCCGATATTAACATATGGATCTGAACTTTGGGG---ATATGAATATatat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17638 ): ACCTTCAAATGTTATTTAATAAAGTTTAAGTTGATGTTAAGGCTAAGTTATCAATAATTGATACCATGGCTGTGTTGATTCTTTTGTACTGTTCTGAAGTTTTGGTTGTGTTTAATCTTGAAAAAGTTAACAAACTGGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                      1                 11111                                                                                                                     1111                                                                                                
lowQualScore                  :                                                           3    2                 55  3        1  3  0  33333 8     3    2     33  1  55 2    0   1 3   1 1        1  1     7   7              3  1  0  66666      1  0 444 1     0000     3        4444  0      1 1     1     1   1 1                 1     0  1     1         3     
lowQualScore                  :                                                           .    .                 ..  .        .  .  .  ..... .     .    .     ..  .  .. .    .   . .   . .        .  .     .   .              .  .  .  .....      .  . ... .     ....     .        ....  .      . .     .     .   . .                 .     .  .     .         .     
lowQualScore                  :                                                           3    2                 11  3        0  1  2  33333 0     1    7     77  0  66 4    4   9 0   0 0        0  0     3   1              4  9  6  22222      9  1 444 8     0000     9        9999  8      3 3     0     0   1 0                 0     9  0     0         3     
consensus                     :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTAGGTATCAAATTCNA--T-TACACCGGTA-ATATGN-CANAT--G-CTGTAAAAGCGTTANCNGATCAAGCNCTNAGGGCATAT-AATAATTTACTATCNGTNTTCGA-----TAGAGTTAAAC---TAGATAT---TAAAACNAAATTATCN---CTATTTGATTCTATGGTNGTACCNATTCTNTTATACGGATCGGAAGTNTGGGGTGTNTATGANTATAAGGAA-TTAGA
Reference ( family-800 )      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTAGGTATCAAATTCNA--T-TACACCGGTA-ATATGN-CANAT--G-CTGTAAAAGCGTTANCNGATCAAGCNCTNAGGGCATAT-AATAATTTACTATCNGTNTTCGA-----TAGAGTTAAAC---TAGATAT---TAAAACNAAATTATCN---CTATTTGATTCTATGGTNGTACCNATTCTNTTATACGGATCGGAAGTNTGGGGTGTNTATGANTATAAGGAA-TTAGA
gi|17621                      :                                            TTATAAATAATGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TACACTGGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TAGGGTTAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCAATTTTATTATACGGATCAGAAATTTGGGGTATTTATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17622                      :                                            TTATAAATAATGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TACACTGGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCGGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TAGGGTTAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCAATTTTATTATACAGATCGGAAATTTGGGGTATTTATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17623                      :                                            TTATAAATAACGAAA-AAATAGAAATTGCTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TAAACTGGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TATGGTAAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATCCTATGGTTATACCAATCCTATTTTTCGGATCGGAAGTTTGGGGTATTTATGAATATAAGGAA-TTAGA
gi|17624                      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATTGAAATGGTAGATAACTT-TACATATTTAGGTATTAACTTTAC--T-CACACCGGTA-ACCTGT-CAAAC--G-CTGTTAAAACTTTATCTAATCAAGCCCGTAGGGTATAT-CATTATTTACTGTAGGTGTTTGA-----CAAAGT---ACCGTTAGACAT---TAAAACAAAACTGTCA---TTATTCGATTCCATGGTTGTACCAATTTTATTGTATGGAGCTGAAGTCTGGGGCGTGTATAATTATAAAG----TAGA
gi|17625                      :                                            TCATAAATGGTGAAA-AATTAGATATTGTAGACAATTTCTGC-TACTTAGGAGCCAAATT-TA--TGTATAACGGTA-ATATGA--ATATA-A-TTCCAAAAACTCTAGCAGATCAAGCTCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTATCATTGTTCAC-----AAGAATTAAAT---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACCTATTCTCTTATACAGTGCAGAGATATGGGGAGTGTATGA
gi|17626                      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AGATAGAAGTTGTTGATAATTTC-ACATACTTAAGGATCAATTTTAC--T-TATACAGGTA-GCTTAA-CTAAT--G-ATGTAAAA-CGTTAACGAATCAAGCCCTTAGGGCTTAT-AATAATCTGTTAACTGTATTTGA-----TAGAGTACATC---TAGATAT---AAAAACAATCTT-TCA---CTATTCGACTTAATGGTCGTTCCTATTTTGTTATACGGATCGGAAGTATGGGGTGTATACAATTATAAAGAA-
gi|17627                      :                                            TTATCAATGGCGAAA-AGATAGAAGTTGTTGATAATTC--ACATACTTAGGGAT-AAATTTTACTT-TACA--AGTA-ATA-AA-CTAAT--G-TTGTAAAAACGTTAACAAATCAAGTTCTTAGGGCTTAT-AATAATTTGTTAACTTTGTTTGA-----TAGAGTTCGTC---TAGATAT---AAAAATCAAACTTTCA---TTATTCGATTCAAGGGTCGTTCCTATTTTGTTGTACGGATCGGAGGTATGAGGTGTGTACAATTATAAAGAA-
gi|17628                      :                                            TCATAAATGGTGAAA-AAATGGATATTGTAGACAATTTCTGC-TACTTAGGAGCCAAA-TGTA--TGTATAACGGTA-ATATGA--AAATAAG--TCCAAAAACTCTAGCAGATCAAGCTCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTATCATTGTTCAC-----AAGAATTAAAC---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACGTATTCTCTTATACAGTGCAGAGATATGGGGAGTGTATGACTACAAAGA
gi|17629                      :                                            TCATAAATGGCGAAA-AAATTGAAATGGTAGATAACTT-TACATATTTAGGTATTAACTTTAC--T-CACACCGGTA-ACCTGT-CAAAC--G-CTGTTAAAACTTTATCTAATCAAGCCCTTAGGGCATAT-CA-AATTT
gi|17630                      :                                                                                                                                  AGAG--G-CTGTTATAACATTAGCTGATCAAGCCCTTAGGGAAAAT-TATAATCTTTTATCACTTTTTGA-----CAGAGTTAAAT---TAAATGTA--AAAAAACAAATTACCT---TTATTTGATAGTATGGTGGTGCTTATTCTTTTATATGG-TCCGAAGTGTGGGGAGTCTATAACTACAAGGAA-tgc
gi|17631                      : tatcaataatgaaagaattgaaatagttggtagctttatctatctATCAATAATGAAAGAAAT-GAAATAGTTGATAGCTTTATC-TATCTAGGTGTCAAGTTTGT--T-CATACAGGTT-ATATGTTCAT-T--G-ATTTTCAAACATTAGCTGATCAAGCCCTTAGGGCATAT-TATTATCTGTTATCACTTTTTGA-----CAGAGTTAAAT---TTAATGTAAAAAAAAACAAATTATCT---TTATTTGATAGTATGGTGGTAACTATTCTTTTATATGGTTCCGAAGTGTGGAGAGTCTATAACTACAAGGAA-
gi|17632                      :                                              ATAAA--ATGAAA-ATATATAAATTGTTGATAGTTTTTGC-TACTTAGGTATTAAATTCCA--T-TACACTAGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGTTCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTTAC-----TAGGATTAAAT---TAGATAT---TAAAACTAAATCATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCATTTCTA-TATATGGATCAAAAGTTTGGGGTATTTATAAAAATTAGAAA-TTAGA
gi|17633                      :                                             taaAAATGGTGAAA-AATTGGATATTGTAGACAGTTTCTGC-TACTTAGGAACCACATT-TA--TGTATAACAGTA-ATATGA--AAAT--AATTCCAAAATCTCTAGCAGATCAAGCCCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTATC-------GA-----TA-------AC---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACCTATTCTCTTATACAG
gi|17634                      :                                                              ATAGAAGGTGTTGATAATTTC-ACATACTTAGGGATCAA--------T-TATACTGGTACAGGTAG-CAAAT--G-CT-TAAAAGCGCTAACGGATCTAGCCCTTAGGGCTAAT-AATAACCTGTTAACTGTATTTGAAATGATAGAGTGCATC---TAGATAT----AAAA--AAATAATTA---GTA---GACTCAATGGTCGTTCAAATTTTGTTATTCGAATCGGAGGTATAGGGTGTATACAACTATAAAGAAGTTA
gi|17635                      :                                               ataatgataataatgATTGAAGTTGTTGACACGTTTTGT-TATTTAGGTATAAAATTCAC--T-CACACGGGTA-ATATGA-CACAC--G-CTGTGAACGCGTTATCTGAACAAGCATTGAAGGCTTAT-AACAACTTACTATCTGTTTGTGA-----TAGACTTAATC---TCGACAT---TAAAACCAAGTTATCC---CTTTTTGACTCGATGGTGGTACCTATTATCTTATATGGGGCGGAAGTCTGGGGTATCTATGA
gi|17636                      :                                                                  AAGTTGATGACACGTTTTGT-TATTTAGGTATAAAATTCAC--T-CACACTGGTA-AAATGA-CACAC--G-CTGTGAACGCGTTATCTGAACAAGCATTGAAGGCTTAT-AACGACTTACTATCTGTTTGTGA-----TAGACTTAATC---TTGACCT---TAAAACCAAATTATCC---CTTTTTGACTCTATGGTGGTACTAATCATCTTATATGGGGCGGAAGTCTGGGGTATCTATG
gi|17637                      :                                                                                                                                  ACAT----CTGTTAAAACGTTGTGTGAATAAGCTCTAAGGGTATAT-CATAGTTTATTATCTGTATTCGA-----CAGAGTACAGC---TCAATAT---TAAAAC-AAATTGTCA---CTTTTTGACTCTGTGGTCCTACCAATTTTACTGTATGGATCGGATATCTGGGGTGTCTATAACTACAAAGAA-GTAGA
gi|17639                      :                                                                                                                                                                                                                                AT---CATAACTAAATTATCT---TTATTCGATTCTATGATTGTGCCTATCTTATTATATGGATCGGAATTTTGGTGTATTCATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17640                      :                                                                                                                                                                                                                                       AAACTGAATTATTTAAACTGTTTGATACTATGGTAATACCTATTTTAACATATGGAGCGGAAATTTGGGG
gi|17641                      :                                                                                                                                                                                                                                                         TGTTTGATGCTATGGTTGTGCCGATATTAACATATGGATCTGAACTTTGGGG---ATATGAATATatat


blockSeqs                     :                                                           G    A                 CT  A        T  T     TTACT G     T    C     TT  C  AA A        G A   T A        A  C     A   G              A  A     AATGA      T    CGT A     AAAA     T        TAAA         T T     T     A   T A                 T        T     A         G
blockSeqs                     :                                                           .    A                 CT  A        T  T     CCA   G     T    .     T   C  A  .        G A   T A        A  C     A   G              A  A     .          A    .   A     AA       T        T            C T     T     A   C A                 T        T     A         .
blockSeqs                     :                                                           .    T                 CT  A        T  T     CCA   G     C    .     T   A  .  .        A T   T T        C  T     A   G              G  G     .          T    .   A     C        A        T            T C     T     A   T A                 C        G     T         .
blockSeqs                     :                                                           .    A                 CT  A        A  C     TAC   .     C    .     T   T  .  .        A T   G A        T  A     T   .              A  G     .          A    .   C     C        A        A            A A     A     T   C C                 A        G     T         .
blockSeqs                     :                                                           .    A                 TA  A        G  C     TAC   .     A    .     A   A  .  .        A G   A G        C  T     T   .              T  A     .          T    .   A     T        A        A            T A     C     T   T G                 A        A     T         .
blockSeqs                     :                                                           .    A                 TT  .        G  C     GTA   .     C    .     A   A  .  .        A G   A A        T  T     A   .              T  G     .          T    .   A     T        C        A            T A     C     T   T G                 A        G     C         .
blockSeqs                     :                                                           .    G                 CT  .        A  T     TAC   .     C    .     A   A  .  .        A T   G A        T  A     A   .              A  G     .          T    .   C     A        A        A            A A     A     T   C C                 A        G     C         .
blockSeqs                     :                                                           .    T                 TT  .        T  C     TGT   .     A    .     A   A  .  .        A T   T T        C  T     A   .              A  T     .          T    .   A     A        C        A            A T     G     T   C T                 G        C     C         .
blockSeqs                     :                                                           .    A                 TT  .        T  T     CCA   .     T    .     T   G  .  .        A A   G T        C  T     A   .              A  T     .          T    .   T     T        C        T            A T     G     T   C T                 G        C     A         .
blockSeqs                     :                                                           .    G                 T   .        T  C     CAC   .     C    .     T   T  .  .        G A   G T        C  T     T   .              A  A     .          G    .   A     T        T        T            T T     T     A   C A                 T        T     C         .
blockSeqs                     :                                                           .    A                 C   .        A  C     CAC   .     T    .     A   C  .  .        T A   T A        A  C     T   .              T  A     .          T    .   C     T        A        T            A A     A     T   C C                 A        A     C         .
blockSeqs                     :                                                                T                 T   .        G  A     TA    .     G    .     G   A  .  .        G T   G A        C  A     T   .              T  T     .          T    .   A     T        C        A            T A     C     A   T G                 C        C     A          
blockSeqs                     :                                                                .                 C   .        T  A     TA    .     T    .     A   A  .  .        G G   A G        C  T     A   .              T  T     .          A    .   C     T        C        A            T G     G     T   A C                 C        C     A          
blockSeqs                     :                                                                                  .   .        T  .     .     .     .    .     A   C  .  .        G G   T T        A  G     .   .              T  A     .          .    .   T     T        T        C            T T     G     A   A C                 C        C                
blockSeqs                     :                                                                                                                                   C  .  .        A G   T T        A  G     .   .              .  .     .          .    .   C     C        T        C            T T     C     A   T A                 T        T                
blockSeqs                     :                                                                                                                                   C  .  .        . G   T T        T  A     .   .                                                 .        .        A            T T     T     T   T A                 T        A                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                           .        T            A T     A     T   T A                 T                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                 G T     T     G   T A                                           


blockSeqCons                  :                                            
originalCons                  :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTAGGTATCAAATTCNA--T-TACACCGGTA-ATATGN-CANAT--G-CTGTAAAAGCGTTANCNGATCAAGCNCTNAGGGCATAT-AATAATTTACTATCNGTNTTCGA-----TAGAGTTAAAC---TAGATAT---TAAAACNAAATTATCN---CTATTTGATTCTATGGTNGTACCNATTCTNTTATACGGATCGGAAGTNTGGGGTGTNTATGANTATAAGGAA-TTAGA
finalCons                     :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTAGGTATCAAATTCNA--T-TACACCGGTA-ATATGN-CANAT--G-CTGTAAAAGCGTTANCNGATCAAGCNCTNAGGGCATAT-AATAATTTACTATCNGTNTTCGA-----TAGAGTTAAAC---TAGATAT---TAAAACNAAATTATCN---CTATTTGATTCTATGGTNGTACCNATTCTNTTATACGGATCGGAAGTNTGGGGTGTNTATGANTATAAGGAA-TTAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17638 ): ACCTTCAAATGTTATTTAATAAAGTTTAAGTTGATGTTAAGGCTAAGTTATCAATAATTGATACCATGGCTGTGTTGATTCTTTTGTACTGTTCTGAAGTTTTGGTTGTGTTTAATCTTGAAAAAGTTAACAAACTGGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                      1                 11111                                                                                                                     1111                                                                                                
lowQualScore                  :                                                           3    2                 55  3        1  3  0  33333 8     3    2     33  1  55 2    0   1 3   1 1        1  1     7   7              3  1  0  66666      1  0 444 1     0000     3        4444  0      1 1     1     1   1 1                 1     0  1     1         3     
lowQualScore                  :                                                           .    .                 ..  .        .  .  .  ..... .     .    .     ..  .  .. .    .   . .   . .        .  .     .   .              .  .  .  .....      .  . ... .     ....     .        ....  .      . .     .     .   . .                 .     .  .     .         .     
lowQualScore                  :                                                           3    2                 11  3        0  1  2  33333 0     1    7     77  0  66 4    4   9 0   0 0        0  0     3   1              4  9  6  22222      9  1 444 8     0000     9        9999  8      3 3     0     0   1 0                 0     9  0     0         3     
consensus                     :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTAGGTATCAAATTCNA--T-TACACCGGTA-ATATGN-CANAT--G-CTGTAAAAGCGTTANCNGATCAAGCNCTNAGGGCATAT-AATAATTTACTATCNGTNTTCGA-----TAGAGTTAAAC---TAGATAT---TAAAACNAAATTATCN---CTATTTGATTCTATGGTNGTACCNATTCTNTTATACGGATCGGAAGTNTGGGGTGTNTATGANTATAAGGAA-TTAGA
Reference ( family-800 )      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTAGGTATCAAATTCNA--T-TACACCGGTA-ATATGN-CANAT--G-CTGTAAAAGCGTTANCNGATCAAGCNCTNAGGGCATAT-AATAATTTACTATCNGTNTTCGA-----TAGAGTTAAAC---TAGATAT---TAAAACNAAATTATCN---CTATTTGATTCTATGGTNGTACCNATTCTNTTATACGGATCGGAAGTNTGGGGTGTNTATGANTATAAGGAA-TTAGA
gi|17621                      :                                            TTATAAATAATGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TACACTGGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TAGGGTTAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCAATTTTATTATACGGATCAGAAATTTGGGGTATTTATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17622                      :                                            TTATAAATAATGAAA-AAATAGAAATTGTTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TACACTGGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCGGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TAGGGTTAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCAATTTTATTATACAGATCGGAAATTTGGGGTATTTATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17623                      :                                            TTATAAATAACGAAA-AAATAGAAATTGCTGATAATTTCTGC-TACTTGGGTATTAAATTCCA--T-TAAACTGGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGATCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTCAC-----TATGGTAAAAT---TAGATAT---CAAAACTAAATTATCT---TTATTTGATCCTATGGTTATACCAATCCTATTTTTCGGATCGGAAGTTTGGGGTATTTATGAATATAAGGAA-TTAGA
gi|17624                      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AAATTGAAATGGTAGATAACTT-TACATATTTAGGTATTAACTTTAC--T-CACACCGGTA-ACCTGT-CAAAC--G-CTGTTAAAACTTTATCTAATCAAGCCCGTAGGGTATAT-CATTATTTACTGTAGGTGTTTGA-----CAAAGT---ACCGTTAGACAT---TAAAACAAAACTGTCA---TTATTCGATTCCATGGTTGTACCAATTTTATTGTATGGAGCTGAAGTCTGGGGCGTGTATAATTATAAAG----TAGA
gi|17625                      :                                            TCATAAATGGTGAAA-AATTAGATATTGTAGACAATTTCTGC-TACTTAGGAGCCAAATT-TA--TGTATAACGGTA-ATATGA--ATATA-A-TTCCAAAAACTCTAGCAGATCAAGCTCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTATCATTGTTCAC-----AAGAATTAAAT---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACCTATTCTCTTATACAGTGCAGAGATATGGGGAGTGTATGA
gi|17626                      :                                            TTATAAATGGCGAAA-AGATAGAAGTTGTTGATAATTTC-ACATACTTAAGGATCAATTTTAC--T-TATACAGGTA-GCTTAA-CTAAT--G-ATGTAAAA-CGTTAACGAATCAAGCCCTTAGGGCTTAT-AATAATCTGTTAACTGTATTTGA-----TAGAGTACATC---TAGATAT---AAAAACAATCTT-TCA---CTATTCGACTTAATGGTCGTTCCTATTTTGTTATACGGATCGGAAGTATGGGGTGTATACAATTATAAAGAA-
gi|17627                      :                                            TTATCAATGGCGAAA-AGATAGAAGTTGTTGATAATTC--ACATACTTAGGGAT-AAATTTTACTT-TACA--AGTA-ATA-AA-CTAAT--G-TTGTAAAAACGTTAACAAATCAAGTTCTTAGGGCTTAT-AATAATTTGTTAACTTTGTTTGA-----TAGAGTTCGTC---TAGATAT---AAAAATCAAACTTTCA---TTATTCGATTCAAGGGTCGTTCCTATTTTGTTGTACGGATCGGAGGTATGAGGTGTGTACAATTATAAAGAA-
gi|17628                      :                                            TCATAAATGGTGAAA-AAATGGATATTGTAGACAATTTCTGC-TACTTAGGAGCCAAA-TGTA--TGTATAACGGTA-ATATGA--AAATAAG--TCCAAAAACTCTAGCAGATCAAGCTCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTATCATTGTTCAC-----AAGAATTAAAC---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACGTATTCTCTTATACAGTGCAGAGATATGGGGAGTGTATGACTACAAAGA
gi|17629                      :                                            TCATAAATGGCGAAA-AAATTGAAATGGTAGATAACTT-TACATATTTAGGTATTAACTTTAC--T-CACACCGGTA-ACCTGT-CAAAC--G-CTGTTAAAACTTTATCTAATCAAGCCCTTAGGGCATAT-CA-AATTT
gi|17630                      :                                                                                                                                  AGAG--G-CTGTTATAACATTAGCTGATCAAGCCCTTAGGGAAAAT-TATAATCTTTTATCACTTTTTGA-----CAGAGTTAAAT---TAAATGTA--AAAAAACAAATTACCT---TTATTTGATAGTATGGTGGTGCTTATTCTTTTATATGG-TCCGAAGTGTGGGGAGTCTATAACTACAAGGAA-tgc
gi|17631                      : tatcaataatgaaagaattgaaatagttggtagctttatctatctATCAATAATGAAAGAAAT-GAAATAGTTGATAGCTTTATC-TATCTAGGTGTCAAGTTTGT--T-CATACAGGTT-ATATGTTCAT-T--G-ATTTTCAAACATTAGCTGATCAAGCCCTTAGGGCATAT-TATTATCTGTTATCACTTTTTGA-----CAGAGTTAAAT---TTAATGTAAAAAAAAACAAATTATCT---TTATTTGATAGTATGGTGGTAACTATTCTTTTATATGGTTCCGAAGTGTGGAGAGTCTATAACTACAAGGAA-
gi|17632                      :                                              ATAAA--ATGAAA-ATATATAAATTGTTGATAGTTTTTGC-TACTTAGGTATTAAATTCCA--T-TACACTAGAA-ATATGT-CACAT--G-CTGTAAAGGCATTATCAGTTCAAGCACTCAGAGCATAT-AACAGTTTACTTTCAGTATTTAC-----TAGGATTAAAT---TAGATAT---TAAAACTAAATCATCT---TTATTTGATTCTATGGTTGTGCCATTTCTA-TATATGGATCAAAAGTTTGGGGTATTTATAAAAATTAGAAA-TTAGA
gi|17633                      :                                             taaAAATGGTGAAA-AATTGGATATTGTAGACAGTTTCTGC-TACTTAGGAACCACATT-TA--TGTATAACAGTA-ATATGA--AAAT--AATTCCAAAATCTCTAGCAGATCAAGCCCTAAGAGC-TATGAATAATTTATTATC-------GA-----TA-------AC---TCGATAT---TAAAACAAAATTATCA---CTTTTTGATACAATGGTAGTACCTATTCTCTTATACAG
gi|17634                      :                                                              ATAGAAGGTGTTGATAATTTC-ACATACTTAGGGATCAA--------T-TATACTGGTACAGGTAG-CAAAT--G-CT-TAAAAGCGCTAACGGATCTAGCCCTTAGGGCTAAT-AATAACCTGTTAACTGTATTTGAAATGATAGAGTGCATC---TAGATAT----AAAA--AAATAATTA---GTA---GACTCAATGGTCGTTCAAATTTTGTTATTCGAATCGGAGGTATAGGGTGTATACAACTATAAAGAAGTTA
gi|17635                      :                                               ataatgataataatgATTGAAGTTGTTGACACGTTTTGT-TATTTAGGTATAAAATTCAC--T-CACACGGGTA-ATATGA-CACAC--G-CTGTGAACGCGTTATCTGAACAAGCATTGAAGGCTTAT-AACAACTTACTATCTGTTTGTGA-----TAGACTTAATC---TCGACAT---TAAAACCAAGTTATCC---CTTTTTGACTCGATGGTGGTACCTATTATCTTATATGGGGCGGAAGTCTGGGGTATCTATGA
gi|17636                      :                                                                  AAGTTGATGACACGTTTTGT-TATTTAGGTATAAAATTCAC--T-CACACTGGTA-AAATGA-CACAC--G-CTGTGAACGCGTTATCTGAACAAGCATTGAAGGCTTAT-AACGACTTACTATCTGTTTGTGA-----TAGACTTAATC---TTGACCT---TAAAACCAAATTATCC---CTTTTTGACTCTATGGTGGTACTAATCATCTTATATGGGGCGGAAGTCTGGGGTATCTATG
gi|17637                      :                                                                                                                                  ACAT----CTGTTAAAACGTTGTGTGAATAAGCTCTAAGGGTATAT-CATAGTTTATTATCTGTATTCGA-----CAGAGTACAGC---TCAATAT---TAAAAC-AAATTGTCA---CTTTTTGACTCTGTGGTCCTACCAATTTTACTGTATGGATCGGATATCTGGGGTGTCTATAACTACAAAGAA-GTAGA
gi|17639                      :                                                                                                                                                                                                                                AT---CATAACTAAATTATCT---TTATTCGATTCTATGATTGTGCCTATCTTATTATATGGATCGGAATTTTGGTGTATTCATGAAAATAAGGAA-TTAGA
gi|17640                      :                                                                                                                                                                                                                                       AAACTGAATTATTTAAACTGTTTGATACTATGGTAATACCTATTTTAACATATGGAGCGGAAATTTGGGG
gi|17641                      :                                                                                                                                                                                                                                                         TGTTTGATGCTATGGTTGTGCCGATATTAACATATGGATCTGAACTTTGGGG---ATATGAATATatat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17638 ): ACCTTCAAATGTTATTTAATAAAGTTTAAGTTGATGTTAAGGCTAAGTTATCAATAATTGATACCATGGCTGTGTTGATTCTTTTGTACTGTTCTGAAGTTTTGGTTGTGTTTAATCTTGAAAAAGTTAACAAACTGGA