lowQualScore : 111 333 2222222222222222 1111111 11 111 111 44444444444444444444444
lowQualScore : 000 77 1 777 55 2 1 3 7777777777777777 3 666666 2 1 1 44 7777 2 3 4444 1111111 44 22 0 3 33 1 555 2 000 2 6666 2 66 77 2 33 44444444444444444444444 2 66666 2 33 2 4 4
lowQualScore : ... .. . ... .. . . . ................ . ...... . . . .. .... . . .... ....... .. .. . . .. . ... . ... . .... . .. .. . .. ....................... . ..... . .. . . .
lowQualScore : 000 99 7 222 55 2 4 6 2222222222222222 6 777777 3 6 2 66 1111 9 3 4444 1111111 55 00 2 1 99 5 888 9 777 9 1111 9 88 44 9 44 44444444444444444444444 7 77777 7 77 5 0 2
consensus : GTAACGCGAA---TA--CCCGCAAGTATACTTGGGGTTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTGGACCC-A-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTA----TATGNTC-ATTTG-A--AGGG---AAAAAAG-ATGTCGTAATGATATC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---AGAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGTC-G--TGTGT-----T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
Reference ( gi|118301 ) : GTAACGTGAA---TA--CCTGCAAGTATACTAATGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTGGACCC-A-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTA----TATGATC-ATTTG-A--AAGG---GAAAAAG-ATGTAGTAATGATATC-T--TATATATAGGCTCTACTCAGC---AAAA-A---AGAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGTC----TGT-------T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGACGATGTTGAGAATGAGA
gi|118302 : GTAACGTGAA---TA--CCTGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTGGACCC-A-C-A----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--CGATTA----TATGATC-ATTTG-A--AAGG---AAAACAG-ATGTAGTAATGATATC-TTATATATATAGGCTCTATTCAGC---AAAA-A---AGAA-A----CCTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGTCTG--TGT-------T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATTTTGAGAATGAGA
gi|118304 : GTAACGTGAA---AA--CCTGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTTTTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTTGACCC-ATC-C----T-------CAC-A--C---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTGATACATTTTATA--TGAGTA----TATGATC-ATTTG----AAGG---GAAAAAT-ATGTTGTAATGTTATT-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A-----AA-A----CGTCCCT-CTTTTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGTCTT--TGT-------T-T------CATGCC-AAATGTA-----CATGTT--TTTTTTTACCCTGACGATGTTGAGA
gi|118303 : GTAACGTGAA---TA--CCCGCAAGTATACTTTGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATATATTGTACATTTGACCT-A-C-C------------CTC-A--A---AAAAAAAAATATTGTA-TCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATAATTATGATC-ATTTG-A--AGGA---AAAAAAG-ATGTTGTAATGATATC-T--------TAGGCCCTACTAAGCA--AAAA-A---AGAA-A----GGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGTCTG--TGT-------T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGA---TGAGAATA
gi|118305 : GTAACGTGAT---TA--CCCGCAAGTATACTTCGGGTTCCGGAGATGTTCCTATTTACACAGGTCA--AAGTATCGTACCATGGATCCAA-C-C----TACCAACCCAC-ACTA---AAAAATAAATCTTATATTTATGTGTTT--TACG---------GGATTA----TATGTTC-ATTTG-A----------ACAAAG-ATGTAATAATTATATC-T--TATATATA
gi|118306 : AACGCGAA---TA--CTCGCAAGTATACTTAGGGCTCTCGAGATGTGCTTATTTACACATGCCA--ATATATCGTACATTGGACTC-ACC-C----T-------CAC-A--A---TAATATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATATGTTTTATA--TGAATA----TATGATC--TTTG-A--AGGG---AAAAAAT-ATATTGTAATGATATC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGTA--AAAA-A---AGAA-A----CGTCCCT-C----TTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGTCTG--TGT-------T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCTTGGCAATGTTGAGAAT
gi|118307 : AACGCGAA---TT--CTCGCAAGTATACTTGGGGTTCTTGAGATGTGCTTATTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTGGACCC-ATC-C----T-------CAC-A--A---AAAAG---AT--TGTATTTATCTGTTGTATACGTTTTATA--TGATTA----TATGATC-ACTTG-A--A-GG---GAAACAT-ATGTTGTAATGATATC-T--TATATATATGCCCTACTCAGCAA-AAAA-A---AGAA-A----CGTCCCT-C----TGTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGTCTG--TGT-------T-T------CATGTC-CAATGTA-----CGTG-T--ATTTTTTACCTTGGCGATGTTTAGAATAAGAatga
gi|118308 : AACATGAAAGATAAATCCGTAAGTATACTGGGGATTCTGAAGTTGTGCTTATTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTTGACCC-A-CAC----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCCTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTA----TATGATC-ATTTG-G--AGGGAAAAAAAAAG-ATGTTTTATTATTATC-T--CAT-T-TAGGCCCTACTCAGCAAAAAAA-A---AGAA-A----CGTCCCT-CT-TTTTTTAT-AACTGATGTAGG--TCTGTC----TG
gi|118309 : TATACCTGGGGTTCTGGAAATGTGCCTATTAACACAGGTCA--AAGTATCGTACTTTGGA----A---A----G-------CAC-A--A---AAAAA-AATTCTTGTATTTATGTGTTTTATG-G----------GATTA----TATATTC-ATATG-AAGAAAA---TAAAAAG-ATTTCATAATAATATC-T--TATATATA
gi|118310 : GATTCTGTAGATGTACTTATTTACACACGTCA--ATATATCGTACATTTGACCC-A-CAC----T-------CAC-A--A---AAAATTAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTA----T---------TTG-A--AGGG---AAAAAAG-ATGTTGTAATGTTATA-T--TATATATTGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---AAAACC----CGTCCCTCC--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGTCTG--TGT-------T-T------CATTCC-CAATGTA-----CATG-T--A-TTTTTACCCTGGCGATGTTGAGA
gi|118311 : ggACACAAGGCA--AAGTATCATAC-------CC-A-C-C----C-------CAC-A--C---A----TTATTTTTGTATTTATATGA---ATATGTTCTATA--TGATTA----TTTGTTC-ATTTG-A--AA------AAAAAA-AT-TATT-ATAA-ATA-T--TACACATAAG
gi|118312 : TGTTGTACCTTGGACCC-A-C-CGTAAC-------CACCA--ACACAAAAATAAATCTATTATTTATGTGTTTT---------ATG--GGAATA----AATGTTC-A--TGAA--AAAA---AAAAAAA-ATGCCATAATAATATCTT--TATAAATAtacaaaataaataaaa
gi|118313 : TTTTATAACTGAT-G----TA-GGTCTGTCTG-G--AGTG---AAAAAAATATGTTTTAATATTATC-T--TATATA--GGCCCTACTCAGC---AAAA-A---AAAA-AAAAACGTCCCT-C--TTTTTTTTTAACTGATGTTGC--TCTGTC----TGTGT-----T-T------CATGCC-CAGTGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAG
gi|118314 : TG-A--AAAG---GAAA-------TA-CAATCGTAAA-C--TATCTA-AAACTATACTCAGC---AAAATA---AGAA-A----CGTTTCT-C--TTTT--AT-AACAGATGCAGC--TCTGTC----TGTGT-----T-TGTGTAACATGTT-TAATGTA-----CATG-TGTATTTGTTACCCTGACGATGTTGAGAATAAGA
gi|118316 : --TATTTATATACTATACTCCGG---AAAA-CT--AGAA-A----CGTCCCT-G--TTTT--AT-AGCCGGTGAAGC--TTTGTC----TGTGTAG---T-TGCTA--CATGTT-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTAAACCCTGGCGATGTTCAGAAT
gi|118317 : TACTCAGC---AAGT-AT--AGAA-A----CGTCACT-C--TTTTC-AT-AACTGATGTAGC--TCTGTC----TGTG------C-T------TGTGTTACAATGCA-----TA-G-T--AATCTTTACCCTTGCGATGTTGAGAATAAGAacga
gi|118315 : TGCTCAGC---GAAA-G---AGAA-A----CGTC--------TTTTTAT-AACTGATGTAGC--ACTGTCGG--TGT-------T-CCTTTTACATGTC-TAATGCA-----CATA-T--A-TTTTTACCCTGGCGGT-----GAATAAGA
gi|118318 : aggacaaaacatgtctaaatacagttttataACTCGGC---AAAA-ATATATAT-A----TGTCCCT-C--TTTT--GG-AACTAATGTAGCCGTCTGTGATTATGT-------TAC------CATGTC-CAATGTA-----TATG-T--A-TTTTTACCCTGGTGTTGTCGAGAGCAAGA
gi|118319 : AAA-T---AGAA-A----CGTCCCT-C--TTTT--AT-AACCGATA-AGC--TCTGTC----TGTGTTTGTGT-TA-----CATGTC-CAATGTAGGCTACATG-T--TTTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAAT
gi|118320 : CTGATGTAGC--TCTGTC----TGTGT-----T-T------CATGTT-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGAacga
gi|118321 : C--TCTGTC----TGTGT-----T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCTTGGCAATGTTGAGAAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 111 111 3333 222222
lowQualScore : 1 55 1 0 3 2222222222222222 3 44 555 1 1 2 44 6666 2 888888 33 5 66 555 2 33 444 2 000 2 5555 2 99 55 33 6666 2 666666 2 66666 2 33 1
lowQualScore : . .. . . . ................ . .. ... . . . .. .... . ...... .. . .. ... . .. ... . ... . .... . .. .. .. .... . ...... . ..... . .. .
lowQualScore : 4 00 2 4 3 5555555555555555 3 66 888 3 0 3 22 5555 1 000000 44 7 22 000 9 77 666 7 000 7 7777 7 00 77 22 4444 5 999999 5 22222 5 44 8
consensus : GTAACGCGAATACCCGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTGGACCC-A-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTA----TATGATCATTTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTCGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---AGAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTATAACTGATGTAGC--TCTGTC----TGTGTT-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
Reference ( family-797 ) : GTAACGCGAATACCCGCAAGTATACTTGGGGTTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTGGACCC-A-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTA----TATGNTCATTTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTCGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---AGAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTATAACTGATGTAGC--TCTGTC-G--TGTGTT-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118301 : GTAACGTGAATACCTGCAAGTATACTAATGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTGGACCC-A-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTA----TATGATCATTTGAAAGG---G--AAAAAG-A-TGTAGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCTCTACTCAGC---AAAA-A---AGAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTATAACTGATGTAGC--TCTGTC------TGTT-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGACGATGTTGAGAATGAGA
gi|118302 : GTAACGTGAATACCTGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTGGACCC-A-C-A----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--CGATTA----TATGATCATTTGAAAGG---A--AAACAG-A-TGTAGTAATGATA---TC-TTATATATATAGGCTCTATTCAGC---AAAA-A---AGAA-A----CCTCCCT-C--TTTTTTATAACTGATGTAGC--TCTGTC----TGTGTT-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATTTTGAGAATGAGA
gi|118303 : GTAACGTGAATACCCGCAAGTATACTTTGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATATATTGTACATTTGACCT-A-C-C------------CTC-A--A---AAAAAAAAATATTGTA-TCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATAATTATGATCATTTGAAGGA---A--AAAAAG-A-TGTTGTAATGATA---TC-T--------TAGGCCCTACTAAGCA--AAAA-A---AGAA-A----GGTCCCT-C--TTTTTTATAACTGATGTAGC--TCTGTC----TGTGTT-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGA---TGAGAATAA
gi|118304 : GTAACGTGAAAACCTGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTTTTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTTGACCC-ATC-C----T-------CAC-A--C---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTGATACATTTTATA--TGAGTA----TATGATCATTTGAAGGG------AAAAAT-A-TGTTGTAATGTTA---TT-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A-----AA-A----CGTCCCT-CTTTTTTTTATAACTGATGTAGC--TCTGTC----TTTGTT-T------CATGCC-AAATGTA-----CATGTT--TTTTTTTACCCTGACGATGTTGAGA
gi|118305 : GTAACGTGATTACCCGCAAGTATACTTCGGGTTCCGGAGATGTTCCTATTTACACAGGTCA--AAGTATCGTACCATGGATCCAA-C-C----TACCAACCCAC-ACTA---AAAAATAAATCTTATATTTATGTGTTT--TACG---------GGATTA----TATGTTCATTT-----G---A--ACAAAG-A-TGTAATAATTATA---TC-T--TATATATA
gi|118306 : AACGCGAATACTCGCAAGTATACTTAGGGCTCTCGAGATGTGCTTATTTACACATGCCA--ATATATCGTACATTGGACTC-ACC-C----T-------CAC-A--A---TAATATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATATGTTTTATA--TGAATA----TATGATC-TTTGAAGGG---A--AAAAAT-A-TATTGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGTA--AAAA-A---AGAA-A----CGTCCCT-C----TTTTATAACTGATGTAGC--TCTGTC----TGTGTT-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCTTGGCAATGTTGAGAATATGA
gi|118307 : AACGCGAATTCTCGCAAGTATACTTGGGGTTCTTGAGATGTGCTTATTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTGGACCC-ATC-C----T-------CAC-A--A---AAAAG-A----TTGTATTTATCTGTTGTATACGTTTTATA--TGATTA----TATGATCACTTGAAGGG------AAACAT-A-TGTTGTAATGATA---TC-T--TATATATATGCCCTACTCAGCAA-AAAA-A---AGAA-A----CGTCCCT-C----TGTTATAACTGATGTAGC--TCTGTC----TGTGTT-T------CATGTC-CAATGTA-----CGTG-T--ATTTTTTACCTTGGCGATGTTTAGAATAAGA
gi|118308 : ATCCGTAAGTATACTGGGGATTCTGAAGTTGTGCTTATTTACACATGTCA--ATATATCGTACATTTGACCC-A-CAC----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCCTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTA----TATGATCATTTGGAGGGAAAA--AAAAAG-A-TGTTTTATTATTA---TC-T--CAT-T-TAGGCCCTACTCAGCAAAAAAA-A---AGAA-A----CGTCCCT-CT-TTTTTTATAACTGATGTAGG--TCTGTC-
gi|118309 : aacatgaaagataaTATACCTGGGGTTCTGGAAATGTGCCTATTAACACAGGTCA--AAGTATCGTACTTTGGA----A---A----G-------CAC-A--A---AAAAA-AATTCTTGTATTTATGTGTTTTATG-G----------GATTA----TATATTCATATGAAGAA---AATAAAAAG-A-TTTCATAATAATA---TC-T--TATATATAtg
gi|118310 : GGGATTCTGTAGATGTACTTATTTACACACGTCA--ATATATCGTACATTTGACCC-A-CAC----T-------CAC-A--A---AAAATTAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTA----T--------TTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTTGTAATGTTA---TA-T--TATATATTGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---AAAACC----CGTCCCTCC--TTTTTTATAACTGATGTAGC--TCTGTC----TGTGTT-T------CATTCC-CAATGTA-----CATG-T--A-TTTTTACCCTGGCGATGTTGAGA
gi|118311 : ACACAAGGCA--AAGTATCATAC-------CC-A-C-C----C-------CAC-A--C---A----TTATTTTTGTATTTATATGA---ATATGTTCTATA--TGATTA----TTTGTTCATTTGAA------A--AAAAAA-ATTATTATAA--ATA------T--TACACATAAG
gi|118312 : TGTTGTACCTTGGACCC-A-C-CGTAAC-------CACCA--ACACAAAAATAAATCTATTATTTATGTGTTTTATG-G----------GAATA----AATGTTCAT--GAAAAA---A--AAAAAA-AATGCCATAATAATA---TCTT--TATAAATAtacaaaataaataaaa
gi|118313 : TTTTATAACTGAT-G----TAGGTCTGTCTGGAGTG---A--AAAAAATA-TGTTTTAATATTA---TC-T--TATATA--GGCCCTACTCAGC---AAAA-A---AAAA-AAAAACGTCCCT-CT-TTTTTTTTAACTGATGTTGC--TCTGTC----TGTGTT-T------CATGCC-CAGTGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAG
gi|118314 : TACTCAGC---AAAATA---AGAA-A----CGTTTCT-C--TTTT--ATAACAGATGCAGC--TCTGTC----TGTGTT-TGTGTAACATGTT-TAATGTA-----CATG-TGTATTTGTTACCCTGACGATGTTGAGAATAAGA
gi|118315 : tgaaaaggaaatacaatcgtaaactatctaaaactaGG---A--CAAAAC-A-TGTC-TAA--ATACAGTT-T--TATATG---------CTCAGC---GAAA-G---AGAA-A----CGTC--------TTTTTATAACTGATGTAGC--ACTGTC-G---GTGTT-CCTTTTACATGTC-TAATGCA-----CATA-T--A-TTTTTACCCTGGCGGT-----GAATAAGA
gi|118316 : a--TATTTATATACTATACTCCGG---AAAA-CT--AGAA-A----CGTCCCT-G--TTTT--ATAGCCGGTGAAGC--TTTGTCTG--TGTAGT-TGCTA--CATGTT-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTAAACCCTGGCGATGTTCAGAATACGA
gi|118317 : TACTCAGC---AAGT-AT--AGAA-A----CGTCACT-C--TTTTC-ATAACTGATGTAGC--TCTGTC----TGTGCT-T-------GTGTTACAATGCA-----TA-G-T--AATCTTTACCCTTGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118318 : ACTCGGC---AAAA-ATATATAT-A----TGTCCCT-C--TTTT--GGAACTAATGTAGCCGTCTGT--GATTATGTTAC------CATGTC-CAATGTA-----TATG-T--A-TTTTTACCCTGGTGTTGTCGAGAGCAAGA
gi|118319 : AAA-T---AGAA-A----CGTCCCT-C--TTTT--ATAACCGATA-AGC--TCTGTC----TGTGTT-TGTGTTACATGTC-CAATGTAGGCTACATG-T--TTTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATACGA
gi|118320 : CTGATGTAGC--TCTGTC----TGTGTT-T------CATGTT-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118321 : C--TCTGTC----TGTGTT-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCTTGGCAATGTTGAGAATATGA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 111 11 222222
lowQualScore : 1 44 1 0 5555555555555555 3 44 555 1 1 0 44 6666 2 3 555 33 33 5 66 555 2 33 888 2 000 5 2 5555 2 66 00 2 33 33 33 2 666666 2 66666 2 33 1
lowQualScore : . .. . . ................ . .. ... . . . .. .... . . ... .. .. . .. ... . .. ... . ... . . .... . .. .. . .. .. .. . ...... . ..... . .. .
lowQualScore : 4 66 2 4 8888888888888888 3 66 888 3 0 4 22 5555 0 1 000 99 44 7 22 000 9 77 999 7 000 3 7 7777 7 33 66 7 22 22 44 5 999999 5 22222 5 44 8
consensus : GTAACGCGAATACCCGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCA-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTCGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
Reference ( family-797 ) : GTAACGCGAATACCCGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCA-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTCGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118301 : GTAACGTGAATACCTGCAAGTATACTAATGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCA-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGAAAGG---G--AAAAAG-A-TGTAGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCTCTACTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--C--TGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGACGATGTTGAGAATGAGA
gi|118302 : GTAACGTGAATACCTGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCA-C-A----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--CGATTATA----TGATC-ATTTGAAAGG---A--AAACAG-A-TGTAGTAATGATA---TC-TTATATATATAGGCTCTATTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CCTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATTTTGAGAATGAGA
gi|118303 : GTAACGTGAATACCCGCAAGTATACTTTGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATATATTGTACATTTGACCTA-C-C------------CTC-A--A---AAAAAAAAATATTGTATC-ATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATAATTATGATC-ATTTGAAGGA---A--AAAAAG-A-TGTTGTAATGATA---TC-T--TA------GGCCCTACTAAGC---AAAA-A---AAGAA-A----GGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGA---TGAGAATAA
gi|118304 : GTAACGTGAAAACCTGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTTTTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTTGACCCATC-C----T-------CAC-A--C---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTGATACATTTTATA--TGAGTATA----TGATC-ATTTGAAGGG---A--AAAA-T-A-TGTTGTAATGTTA---TT-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A------AA-A----CGTCCCT-CTTTTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTTTGT--T-T------CATGCC-AAATGTA-----CATGTT--TTTTTTTACCCTGACGATGTTGAGA
gi|118305 : GTAACGTGATTACCCGCAAGTATACTTCGGGTTCCGGAGATGTTCCTATTTACACAGGTCAAAGTAT--CGTACCATGGATCCAAC-C----TACCAACCCAC-ACTA---AAAAATAAATCTTATATTTATGTGTTTTA--CGG---------GATTATA----TGTTC-ATTTGAAC----------AAAG-A-TGTAATAATTATA---TC-T--TATATATA
gi|118306 : AACGCGAATACTCGCAAGTATACTTAGGGCTCTCGAGATGTGCTTATTTACACATGCCAATATAT--CGTACATTGGACTCA-C-CC---T-------CAC-A--A---TAATATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATATGTTTTATA--TGAATATA----TGATC--TTTGAAGGG---A--AAAAAT-A-TATTGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGT---AAAA-A---AAGAA-A----CGTCCCT-C--TTTT--AT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCTTGGCAATGTTGAGAATATGA
gi|118307 : AACGCGAATTCTCGCAAGTATACTTGGGGTTCTTGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCATC-C----T-------CAC-A--A---AAAAG---AT--TGTATTTATCTGTTGTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ACTTGAAGGG---A--AACA-T-A-TGTTGTAATGATA---TC-T--TATATATATGCCCTACTCAGCAA-AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C----TGTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CGTG-T--ATTTTTTACCTTGGCGATGTTTAGAATAAGA
gi|118308 : ATCCGTAAGTATACTGGGGATTCTGAAGTTGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTTGACCCA-CAC----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCCTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGGAGGGAAAA--AAAAAG-A-TGTTTTATTATTA---TC-T--CAT-T-TAGGCCCTACTCAGCAAAAAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-CT-TTTTTTAT-AACTGATGTAGG--TCTGT--CTG
gi|118309 : aacatgaaagataaTATACCTGGGGTTCTGGAAATGTGCCTATTAACACAGGTCAAAGTAT--CGTACTTTGGA---A---A----G-------CAC-A--A---AAAAA-AATTCTTGTATTTATGTGTTTTATG-G----------GATTATA----TATTC-ATATGAAGAA---AATAAAAAG-A-TTTCATAATAATA---TC-T--TATATATA
gi|118310 : GGGATTCTGTAGATGTACTTATTTACACACGTCAATATAT--CGTACATTTGACCCA-CAC----T-------CAC-A--A---AAAATTAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTAT-------------TTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTTGTAATGTTA---TA-T--TATATATTGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-AAACC----CGTCCCTCC--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATTCC-CAATGTA-----CATG-T--A-TTTTTACCCTGGCGATGTTGAGA
gi|118311 : ACACAAGGCAAAGTAT--CATAC-------CCA-C-C----C-------CAC-A--C---A----TTATTTTTGTATTTATATGA---ATATGTTCTATA--TGATTATT----TGTTC-ATTTGAA------A--AAAAAA-ATTATTATAA--ATA------T--TACACATAAG
gi|118312 : TGT--TGTACCTTGGACCCA-C-CGTAAC-------CACCA--ACACAAAAATAAATCTATTATTTATGTGTTTTATG-G----------GAATAAA----TGTTC-AT--GAAAAA---A--AAAAAA-AATGCCATAATAATA---TCTT--TATAAATAtacaaaataaataaaa
gi|118313 : TTTTATAACTGAT-GTA-----GGTCTGTCTGGAGTG---A--AAAAAATA-TGTTTTAATATTA---TC-T--TATATA--GGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-AAA-AAAAACGTCCCT-C--TTTTTTTTTAACTGATGTTGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGCC-CAGTGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAG
gi|118314 : TACTCAGC---AAAATA---A-GAA-A----CGTTTCT-C--TTTT--AT-AACAGATGCAGC--TCTGT--CTGTGT--T-TGTGTAACATGTT-TAATGTA-----CATG-TGTATTTGTTACCCTGACGATGTTGAGAATAAGA
gi|118315 : tgaaaaggaaatacaatcgtaaactatctaaaactaGG---A--CAAAAC-A-TGTC-TAA--ATACAGTT-T--TATATG---------CTCAGC---GAAA-G---A-GAA-A----CGTC--------TTTTTAT-AACTGATGTAGC--ACTGT--CGGTGT--T-CCTTTTACATGTC-TAATGCA-----CATA-T--A-TTTTTACCCTGGCGGT-----GAATAAGA
gi|118316 : a--TATTTATATACTATACTCCGG---AAAA-CT--A-GAA-A----CGTCCCT-G--TTTT--AT-AGCCGGTGAAGC--TTTGT--CTGTGTAGT-TGCTA--CATGTT-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTAAACCCTGGCGATGTTCAGAATACGA
gi|118317 : TACTCAGC---AAGT-AT--A-GAA-A----CGTCACT-C--TTTTC-AT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGC--T-T-------GTGTTACAATGCA-----TA-G-T--AATCTTTACCCTTGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118318 : ACTCGGC---AAAA-ATATA-TAT-A----TGTCCCT-C--TTTT--GG-AACTAATGTAGCCGTCTGTGATTATGT--TAC------CATGTC-CAATGTA-----TATG-T--A-TTTTTACCCTGGTGTTGTCGAGAGCAAGA
gi|118319 : AAA-T---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTT--AT-AACCGATA-AGC--TCTGT--CTGTGT--T-TGTGTTACATGTC-CAATGTAGGCTACATG-T--TTTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATACGA
gi|118320 : CTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTT-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118321 : C--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCTTGGCAATGTTGAGAATATGA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 111 11 222222
lowQualScore : 1 44 1 0 5555555555555555 3 44 555 1 1 0 44 6666 2 3 555 33 33 5 66 555 2 33 888 2 000 5 2 5555 2 66 00 2 33 33 33 2 666666 2 66666 2 33 1
lowQualScore : . .. . . ................ . .. ... . . . .. .... . . ... .. .. . .. ... . .. ... . ... . . .... . .. .. . .. .. .. . ...... . ..... . .. .
lowQualScore : 4 66 2 4 8888888888888888 3 66 888 3 0 4 22 5555 0 1 000 99 44 7 22 000 9 77 999 7 000 3 7 7777 7 33 66 7 22 22 44 5 999999 5 22222 5 44 8
consensus : GTAACGCGAATACCCGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCA-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTCGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
Reference ( family-797 ) : GTAACGCGAATACCCGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCA-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTCGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118301 : GTAACGTGAATACCTGCAAGTATACTAATGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCA-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGAAAGG---G--AAAAAG-A-TGTAGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCTCTACTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--C--TGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGACGATGTTGAGAATGAGA
gi|118302 : GTAACGTGAATACCTGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCA-C-A----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--CGATTATA----TGATC-ATTTGAAAGG---A--AAACAG-A-TGTAGTAATGATA---TC-TTATATATATAGGCTCTATTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CCTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATTTTGAGAATGAGA
gi|118303 : GTAACGTGAATACCCGCAAGTATACTTTGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATATATTGTACATTTGACCTA-C-C------------CTC-A--A---AAAAAAAAATATTGTATC-ATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATAATTATGATC-ATTTGAAGGA---A--AAAAAG-A-TGTTGTAATGATA---TC-T--TA------GGCCCTACTAAGC---AAAA-A---AAGAA-A----GGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGA---TGAGAATAA
gi|118304 : GTAACGTGAAAACCTGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTTTTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTTGACCCATC-C----T-------CAC-A--C---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTGATACATTTTATA--TGAGTATA----TGATC-ATTTGAAGGG---A--AAAA-T-A-TGTTGTAATGTTA---TT-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A------AA-A----CGTCCCT-CTTTTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTTTGT--T-T------CATGCC-AAATGTA-----CATGTT--TTTTTTTACCCTGACGATGTTGAGA
gi|118305 : GTAACGTGATTACCCGCAAGTATACTTCGGGTTCCGGAGATGTTCCTATTTACACAGGTCAAAGTAT--CGTACCATGGATCCAAC-C----TACCAACCCAC-ACTA---AAAAATAAATCTTATATTTATGTGTTTTA--CGG---------GATTATA----TGTTC-ATTTGAAC----------AAAG-A-TGTAATAATTATA---TC-T--TATATATA
gi|118306 : AACGCGAATACTCGCAAGTATACTTAGGGCTCTCGAGATGTGCTTATTTACACATGCCAATATAT--CGTACATTGGACTCA-C-CC---T-------CAC-A--A---TAATATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATATGTTTTATA--TGAATATA----TGATC--TTTGAAGGG---A--AAAAAT-A-TATTGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGT---AAAA-A---AAGAA-A----CGTCCCT-C--TTTT--AT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCTTGGCAATGTTGAGAATATGA
gi|118307 : AACGCGAATTCTCGCAAGTATACTTGGGGTTCTTGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCATC-C----T-------CAC-A--A---AAAAG---AT--TGTATTTATCTGTTGTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ACTTGAAGGG---A--AACA-T-A-TGTTGTAATGATA---TC-T--TATATATATGCCCTACTCAGCAA-AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C----TGTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CGTG-T--ATTTTTTACCTTGGCGATGTTTAGAATAAGA
gi|118308 : ATCCGTAAGTATACTGGGGATTCTGAAGTTGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTTGACCCA-CAC----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCCTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGGAGGGAAAA--AAAAAG-A-TGTTTTATTATTA---TC-T--CAT-T-TAGGCCCTACTCAGCAAAAAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-CT-TTTTTTAT-AACTGATGTAGG--TCTGT--CTG
gi|118309 : aacatgaaagataaTATACCTGGGGTTCTGGAAATGTGCCTATTAACACAGGTCAAAGTAT--CGTACTTTGGA---A---A----G-------CAC-A--A---AAAAA-AATTCTTGTATTTATGTGTTTTATG-G----------GATTATA----TATTC-ATATGAAGAA---AATAAAAAG-A-TTTCATAATAATA---TC-T--TATATATA
gi|118310 : GGGATTCTGTAGATGTACTTATTTACACACGTCAATATAT--CGTACATTTGACCCA-CAC----T-------CAC-A--A---AAAATTAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTAT-------------TTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTTGTAATGTTA---TA-T--TATATATTGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-AAACC----CGTCCCTCC--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATTCC-CAATGTA-----CATG-T--A-TTTTTACCCTGGCGATGTTGAGA
gi|118311 : ACACAAGGCAAAGTAT--CATAC-------CCA-C-C----C-------CAC-A--C---A----TTATTTTTGTATTTATATGA---ATATGTTCTATA--TGATTATT----TGTTC-ATTTGAA------A--AAAAAA-ATTATTATAA--ATA------T--TACACATAAG
gi|118312 : TGT--TGTACCTTGGACCCA-C-CGTAAC-------CACCA--ACACAAAAATAAATCTATTATTTATGTGTTTTATG-G----------GAATAAA----TGTTC-AT--GAAAAA---A--AAAAAA-AATGCCATAATAATA---TCTT--TATAAATAtacaaaataaataaaa
gi|118313 : TTTTATAACTGAT-GTA-----GGTCTGTCTGGAGTG---A--AAAAAATA-TGTTTTAATATTA---TC-T--TATATA--GGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-AAA-AAAAACGTCCCT-C--TTTTTTTTTAACTGATGTTGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGCC-CAGTGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAG
gi|118314 : TACTCAGC---AAAATA---A-GAA-A----CGTTTCT-C--TTTT--AT-AACAGATGCAGC--TCTGT--CTGTGT--T-TGTGTAACATGTT-TAATGTA-----CATG-TGTATTTGTTACCCTGACGATGTTGAGAATAAGA
gi|118315 : tgaaaaggaaatacaatcgtaaactatctaaaactaGG---A--CAAAAC-A-TGTC-TAA--ATACAGTT-T--TATATG---------CTCAGC---GAAA-G---A-GAA-A----CGTC--------TTTTTAT-AACTGATGTAGC--ACTGT--CGGTGT--T-CCTTTTACATGTC-TAATGCA-----CATA-T--A-TTTTTACCCTGGCGGT-----GAATAAGA
gi|118316 : a--TATTTATATACTATACTCCGG---AAAA-CT--A-GAA-A----CGTCCCT-G--TTTT--AT-AGCCGGTGAAGC--TTTGT--CTGTGTAGT-TGCTA--CATGTT-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTAAACCCTGGCGATGTTCAGAATACGA
gi|118317 : TACTCAGC---AAGT-AT--A-GAA-A----CGTCACT-C--TTTTC-AT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGC--T-T-------GTGTTACAATGCA-----TA-G-T--AATCTTTACCCTTGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118318 : ACTCGGC---AAAA-ATATA-TAT-A----TGTCCCT-C--TTTT--GG-AACTAATGTAGCCGTCTGTGATTATGT--TAC------CATGTC-CAATGTA-----TATG-T--A-TTTTTACCCTGGTGTTGTCGAGAGCAAGA
gi|118319 : AAA-T---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTT--AT-AACCGATA-AGC--TCTGT--CTGTGT--T-TGTGTTACATGTC-CAATGTAGGCTACATG-T--TTTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATACGA
gi|118320 : CTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTT-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118321 : C--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCTTGGCAATGTTGAGAATATGA
blockSeqs : T AT A ACCTACCAACC C CT CAC T C AC ATTA A T AAA AT AT T AG CAG T TA AAA T TAT A C AAAA C TT TT T CG GA AG A GTGTAA A GGCTA T GT T
blockSeqs : T . A CCGTAAC . . . A C . . A . . . G A TG . . . AA . T A . . . T TT . . . . . CTTTTA . . . . T
blockSeqs : T . A TCCT . . . T C . . A . . . G . TG . . . . . T . . . . . TT . . . . . GTGTTA . . . . T
blockSeqs : T . C CCCT . . . T C . . T . . . T . AA . . . . . . . . . . . TT . . . . . GCTA . . . . T
blockSeqs : C . A TCCT . . . T T . . A . . . G . TG . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . T
blockSeqs : C . A CACT . . . T C . . A . . . T . TG . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . A CACT . . . T C . . A . . . T . TT . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . T CAT . . . T C . . T . . . G . CA . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . A CCC . . . T T . . T . . . G . TG . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . C CC . . . . . . . T . . . G . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . AG . . . . . . . G . . . A . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . A . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . C . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CCCT************
originalCons : GTAACGCGAATACCCGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCA-C-C----T-------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTCGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
finalCons : GTAACGCGAATACCCGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCACCCT------------CAC-A--A---AAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTCGTAATGATA---TC-T--TATATATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 111 111 222222
lowQualScore : 1 44 1 0 0000000000000000 44 3 1 2 44 6666 2 3 555 33 33 5 66 555 2 33 111 2 000 2 2 5555 2 66 55 2 33 33 33 2 666666 2 66666 2 33 1
lowQualScore : . .. . . ................ .. . . . .. .... . . ... .. .. . .. ... . .. ... . ... . . .... . .. .. . .. .. .. . ...... . ..... . .. .
lowQualScore : 4 66 2 4 4444444444444444 66 2 0 3 22 5555 0 1 000 99 44 7 22 000 9 77 888 7 000 7 7 7777 7 33 77 7 22 22 44 5 999999 5 22222 5 44 8
consensus : GTAACGCGAATACCCGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCACC-------CT-------CACA--AAAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTCGTAATGATA---TC-TTATA--TATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
Reference ( family-797 ) : GTAACGCGAATACCCGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCACC-------CT-------CACA--AAAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTCGTAATGATA---TC-TTATA--TATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118301 : GTAACGTGAATACCTGCAAGTATACTAATGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCACC--------T-------CACA--AAAAAATAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGAAAGG---G--AAAAAG-A-TGTAGTAATGATA---TC-TTATA--TATAGGCTCTACTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--C--TGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGACGATGTTGAGAATGAGA
gi|118302 : GTAACGTGAATACCTGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCACA--------T-------CACA--AAAAAATAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--CGATTATA----TGATC-ATTTGAAAGG---A--AAACAG-A-TGTAGTAATGATA---TC-TTATATATATAGGCTCTATTCAGC---AAAA-A---A-GAA-A----CCTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATTTTGAGAATGAGA
gi|118303 : GTAACGTGAATACCCGCAAGTATACTTTGGATTCTGGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATATATTGTACATTTGACCTACC-------CT-------CA-A--AAAAAA-AAATATTGTATC-ATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATAATTATGATC-ATTTGAAGGA---A--AAAAAG-A-TGTTGTAATGATA---TC-TTA--------GGCCCTACTAAGC---AAAA-A---AAGAA-A----GGTCCCT-C--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGA---TGAGAATAA
gi|118304 : GTAACGTGAAAACCTGCAAGTATACTTGGGATTCTGGAGATGTGCTTTTTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTTGACCCATC-------CT-------CACA--CAAAAATAAATCTTGTATTTATGTGTTTGATACATTTTATA--TGAGTATA----TGATC-ATTTGAAGGG------AAAAAT-A-TGTTGTAATGTTA---TT-TTATA--TATAGGCCCTACTCAGC---AAAA-A------AA-A----CGTCCCT-CTTTTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTTTGT--T-T------CATGCC-AAATGTA-----CATGTT--TTTTTTTACCCTGACGATGTTGAGA
gi|118305 : GTAACGTGATTACCCGCAAGTATACTTCGGGTTCCGGAGATGTTCCTATTTACACAGGTCAAAGTAT--CGTACCATGGATCCAAC-------CTACCAACCCACACTAAAAAATAAATCTTATATTTATGTGTTT--TACG---------GGATTATA----TGTTC-ATTT-----G---A--ACAAAG-A-TGTAATAATTATA---TC-TTATA--TATA
gi|118306 : AACGCGAATACTCGCAAGTATACTTAGGGCTCTCGAGATGTGCTTATTTACACATGCCAATATAT--CGTACATTGGACTCACC-------CT-------CACA--ATAATATAAATCTTGTATTTATGTGTTTTATATGTTTTATA--TGAATATA----TGATC--TTTGAAGGG---A--AAAAAT-A-TATTGTAATGATA---TC-TTATA--TATAGGCCCTACTCAGTA--AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C----TTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCTTGGCAATGTTGAGAATATGA
gi|118307 : AACGCGAATTCTCGCAAGTATACTTGGGGTTCTTGAGATGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTGGACCCATC-------CT-------CACA--AAAAAG---AT--TGTATTTATCTGTTGTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ACTTGAAGGG---A--AACA-T-A-TGTTGTAATGATA---TC-TTATA--TATATGCCCTACTCAGCAA-AAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-C----TGTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CGTG-T--ATTTTTTACCTTGGCGATGTTTAGAATAAGA
gi|118308 : ATCCGTAAGTATACTGGGGATTCTGAAGTTGTGCTTATTTACACATGTCAATATAT--CGTACATTTGACCCACA-------CT-------CACA--AAAAAATAAATCCTGTATTTATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATTATA----TGATC-ATTTGGAGGGAAAA--AAAAAG-A-TGTTTTATTATTA---TC-TCAT---T-TAGGCCCTACTCAGCAAAAAAA-A---A-GAA-A----CGTCCCT-CT-TTTTTTAT-AACTGATGTAGG--TCTGT--CTG
gi|118309 : aacatgaaagataaTATACCTGGGGTTCTGGAAATGTGCCTATTAACACAGGTCAAAGTAT--CGTACTTTGGA---A---------AG-------CACA--AAAAAA-AATTCTTGTATTTATGTGTTTTATG-G----------GATTATA----TATTC-ATATGAAGAA---AATAAAAAG-A-TTTCATAATAATA---TC-TTATA--TATA
gi|118310 : GGGATTCTGTAGATGTACTTATTTACACACGTCAATATAT--CGTACATTTGACCCACA-------CT-------CACA--AAAAATTAAATCTTGTATTCATGTGTTTTATACGTTTTATA--TGATT-------------ATTTGAAGGG---A--AAAAAG-A-TGTTGTAATGTTA---TA-TTATA--TATTGGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-AAACC----CGTCCCTCC--TTTTTTAT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATTCC-CAATGTA-----CATG-T--A-TTTTTACCCTGGCGATGTTGAGA
gi|118311 : ACACAAGGCAAAGTAT--CATAC-------CCACC-------C--------CACA--CA----TTATTTTTGTATTTATATGA---ATATGTTCTATA--TGATTATT----TGTTC-ATTTGAA------A--AAAAAA-ATTATTATAA--ATA------TTACA--CATAAG
gi|118312 : TGT--TGTACCTTGGACCCACCGTAACCACC-------AACA--CAAAAATAAATCTATTATTTATGTGTTTTATG-G----------GAATAAA----TGTTC-AT--GAAAAA---A--AAAAAA-AATGCCATAATAATA---TCTTTATA--AATAtacaaaataaataaaa
gi|118313 : TTTTATAACTGAT-GTA-----GGTCTGTCTGGAGTG---A--AAAAAATA-TGTTTTAATATTA---TC-TTATA--TA--GGCCCTACTCAGC---AAAA-A---A-AAA-AAAAACGTCCCT-C--TTTTTTTTTAACTGATGTTGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGCC-CAGTGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAG
gi|118314 : TACTCAGC---AAAATA---A-GAA-A----CGTTTCT-C--TTTT--AT-AACAGATGCAGC--TCTGT--CTGTGT--T-TGTGTAACATGTT-TAATGTA-----CATG-TGTATTTGTTACCCTGACGATGTTGAGAATAAGA
gi|118315 : tgaaaaggaaatacaatcgtaaactatctaaaactaGG---A--CAAAAC-A-TGTC-TAA--ATACAGTT-TTATA--TG---------CTCAGC---GAAA-G---A-GAA-A----CGTC--------TTTTTAT-AACTGATGTAGC--ACTGT--CGGTGT--T-CCTTTTACATGTC-TAATGCA-----CATA-T--A-TTTTTACCCTGGCGGT-----GAATAAGA
gi|118316 : aTATT--TATATACTATACTCCGG---AAAA-CT--A-GAA-A----CGTCCCT-G--TTTT--AT-AGCCGGTGAAGC--TTTGT--CTGTGTAGT-TGCTA--CATGTT-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTAAACCCTGGCGATGTTCAGAATACGA
gi|118317 : TACTCAGC---AAGT-AT--A-GAA-A----CGTCACT-C--TTTTC-AT-AACTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGC--T-T-------GTGTTACAATGCA-----TA-G-T--AATCTTTACCCTTGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118318 : ACTCGGC---AAAA-ATATA-TAT-A----TGTCCCT-C--TTTT--GG-AACTAATGTAGCCGTCTGTGATTATGT--TAC------CATGTC-CAATGTA-----TATG-T--A-TTTTTACCCTGGTGTTGTCGAGAGCAAGA
gi|118319 : AAA-T---A-GAA-A----CGTCCCT-C--TTTT--AT-AACCGATA-AGC--TCTGT--CTGTGT--T-TGTGTTACATGTC-CAATGTAGGCTACATG-T--TTTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATACGA
gi|118320 : CTGATGTAGC--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTT-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCCTGGCGATGTTGAGAATAAGA
gi|118321 : C--TCTGT--CTGTGT--T-T------CATGTC-CAATGTA-----CATG-T--ATTTTTTACCTTGGCAATGTTGAGAATATGA