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lowQualScore                  :   . .       .  ...                     .  .       ......    .   .                                               ..     ...     .. ......  ...     ...   . ..     .         ..        .     
lowQualScore                  :   6 0       7  000                     6  1       999999    6   3                                               66     222     22 888888  333     111   1 44     3         44        6     
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Reference ( gi|15101 )        : GTAGCTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAGACAA------GTCCAATTTAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAAGTTATGG---TCGGA--G------CG--GTGGTCAAGTAG-TAATAGAGAGTCCGCCTTCAATGCGAAAAGTCGT
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gi|15100                      : GTAGTTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAAACAA------GTCCGATTAAAGATCTCTTTGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAATATATGG---TCGGA--G------CG--GTGGTCAAGTAG-TAATAGAGAGTCCGCTTTCCATGCGAAATGT
gi|15103                      : GTCGTTGTAATA-GT---AATAGTAACAGTAATAAATATTATTAAGACAATGAAAGGCCGGGTTAAAGATCTCCTGGGGACAATATTGTGTGTTCCCCAAATAGTTCGATAATACATGG---CCGGA--G------CG--ATGGTCTAGTAA-ATATAGAGAGTCCGCCTCGCATGCGAAAA-TCGT
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gi|15116                      :                                                                                                                            CGCA--G------CG---TGGTC---TAA-TGGTAGAGCGTCCGCCTTGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15115                      :                                                                                                                            CGCA--G------CG---TGGTC---TAG-TGGTAGAGCGTCCGCCTTGCATGAGGAAGGTCGT
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gi|15114                      :                                                                                                                                           --GTGGTC---TAG-TTGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT





Alignments
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lowQualScore                  :             5  888                        1       888888                                                   5        0  2     22 666666  555    2 777    0 4444     3                         
lowQualScore                  :             .  ...                        .       ......                                                   .        .  .     .. ......  ...    . ...    . ....     .                         
lowQualScore                  :             0  888                        0       888888                                                   6        8  7     99 111111  111    0 888    1 2222     3                         
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Reference ( family-783 )      : GTAGTTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATNAAGACAA------GTCCGATTAAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCGATAATATATGG-TCGGA--G------CG--GTGGT-C-AGTAGTGG----TAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15100                      : GTAGTTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAAACAA------GTCCGATTAAAGATCTCTTTGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAATATATGG-TCGGA--G------CG--GTGGT-CAAGTAGTAA----TAGAGAGTCCGCTTTCCATGCGAAATGT
gi|15101                      : GTAGCTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAGACAA------GTCCAATTTAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAAGTTATGG-TCGGA--G------CG--GTGGT-CAAGTAGTAA----TAGAGAGTCCGCCTTCAATGCGAAAAGTCGT
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gi|15106                      :        TAATGTGT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATTAAGACAA------GTCCGATTAAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCGATAATATATGG-TCGGA--G------CG--GTGGT-CAAGTAATAC----TTAAGAGTCCACCTTTAATGCGAAAAGTCGT
gi|15107                      :  agaaaGTAATA-GTTGTAATAGTCACAGTATTAAATTTAATAAAGACAA------GTCCGATTAAAGATCTCCTGGGGGCAATATAGTCCGTACCCCAAATTATTCAATAATATATGG-TCGGA--G------CG--GTGGT-CAAGTATTAA----TAGAGGGTCCGCCTTCCATGCGAAAAGTCGT
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gi|15109                      :                                                                                                  CAATTAGCTTATTAATA----G-TCAGACCG------CGTCGTGGT-C---TAGTGG----TAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15110                      :                                                                                                   AAA-AGTTCAATAATATATGG-TCGGA--G------TG--GCGAT-CAAGTAGTAA----TAAAGAATCCGCCTTCCACGCAAAAAATCAT
gi|15111                      :                                                                                                     ATAGTCC---AACATGGGGATCGTA--G------CG--GTGGT-C---TAGTGG----TAGAGCGTCTGCCTCGCATGCGGAAGATCGT
gi|15112                      :                                                                                                         TTTAACAGTATAT----CGGA--GTCACATCG--GTGGT-C---CAGTGA----TAGAGTGTCCGCCTTGCATGCGGAATGTCG
gi|15113                      :                                                                                                           CAATCATATA-GA-CCGCA--G------CG--ATGGT-C---TAGTGG----TAGAGAGTCTGCCTTGCATGTGGAAGGTC
gi|15114                      :                                                                                                             ATAATATAAGA-CCGCG--G------CG---TGGT-C---TAGTTG----TAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15115                      :                                                                                                               AATACAGGA-CCGCA--G------CG---TGGT-C---TAGTGG----TAGAGCGTCCGCCTTGCATGAGGAAGGTCGT
gi|15116                      :                                                                                                                          CGCA--G------CG---TGGT-C---TAATGG----TAGAGCGTCCGCCTTGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15117                      :                                                                                                                          CGCA--G------CG---TGGT-C---TAGTAG----TAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15118                      :                                                                                                                             A--G------CG--GTGGT-C-G--AGTGG----TAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15119                      :                                                                                                                             A--G------CG--GTGGT-C---TAGTGG----TAGAGCGTCCGCCCCGCATGCGGAAGGTCGT
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Alignments
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lowQualScore                  :             .  ...                        .       ......                                                               ...     .. ......  ...    . ...    . ....     .                         
lowQualScore                  :             0  888                        8       888888                                                               777     99 111111  111    0 888    1 2222     0                         
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Reference ( family-783 )      : GTAGTTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAGACAA------GTCCGATTAAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAATATATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT-C-AGTAGTGG----TAGAGNGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
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gi|15101                      : GTAGCTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAGACAA------GTCCAATTTAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAAGTTATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT-CAAGTAGTAA----TAGAGAGTCCGCCTTCAATGCGAAAAGTCGT
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gi|15110                      :                                                                                                   AAA-AGTTCAATAATATATGG---TCGGA--G------TG--GCGAT-CAAGTAGTAA----TAAAGAATCCGCCTTCCACGCAAAAAATCAT
gi|15111                      :                                                                                                     ATAGTCCAACA-----TGGGGATCGTA--G------CG--GTGGT-C---TAGTGG----TAGAGCGTCTGCCTCGCATGCGGAAGATCGT
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gi|15114                      :                                                                                                             ATAATATAAGA---CCGCG--G------CG---TGGT-C---TAGTTG----TAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
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Alignments
lowQualScore                  :                                                   222222                                                                                           333                                         
lowQualScore                  :             5  888                        0       888888                                                               444     22 666666  555    2 777    0 4444     1                         
lowQualScore                  :             .  ...                        .       ......                                                               ...     .. ......  ...    . ...    . ....     .                         
lowQualScore                  :             0  888                        8       888888                                                               777     99 111111  111    0 888    1 2222     0                         
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Reference ( family-783 )      : GTAGTTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAGACAA------GTCCGATTAAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAATATATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT-C-AGTAGTGG----TAGAGNGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
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gi|15101                      : GTAGCTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAGACAA------GTCCAATTTAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAAGTTATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT-CAAGTAGTAA----TAGAGAGTCCGCCTTCAATGCGAAAAGTCGT
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gi|15109                      :                                                                                                  CAATTAGCTTATTAATA----G---TCAGACCG------CGTCGTGGT-C---TAGTGG----TAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15110                      :                                                                                                   AAA-AGTTCAATAATATATGG---TCGGA--G------TG--GCGAT-CAAGTAGTAA----TAAAGAATCCGCCTTCCACGCAAAAAATCAT
gi|15111                      :                                                                                                     ATAGTCCAACA-----TGGGGATCGTA--G------CG--GTGGT-C---TAGTGG----TAGAGCGTCTGCCTCGCATGCGGAAGATCGT
gi|15112                      :                                                                                                         TTTAACAGTATAT------CGGA--GTCACATCG--GTGGT-C---CAGTGA----TAGAGTGTCCGCCTTGCATGCGGAATGTCG
gi|15113                      :                                                                                                           CAATCATATA-GA---CCGCA--G------CG--ATGGT-C---TAGTGG----TAGAGAGTCTGCCTTGCATGTGGAAGGTC
gi|15114                      :                                                                                                             ATAATATAAGA---CCGCG--G------CG---TGGT-C---TAGTTG----TAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15115                      :                                                                                                               AATACAGGA---CCGCA--G------CG---TGGT-C---TAGTGG----TAGAGCGTCCGCCTTGCATGAGGAAGGTCGT
gi|15116                      :                                                                                                                            CGCA--G------CG---TGGT-C---TAATGG----TAGAGCGTCCGCCTTGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15117                      :                                                                                                                            CGCA--G------CG---TGGT-C---TAGTAG----TAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15118                      :                                                                                                                               A--G------CG--GTGGT-C-G--AGTGG----TAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15119                      :                                                                                                                               A--G------CG--GTGGT-C---TAGTGG----TAGAGCGTCCGCCCCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15120                      :                                                                                                                                           --GTGGT-C---TAGTGG----TAGAGCGTCCGCCTCCCATGCGGAAGGTCGT


blockSeqs                     :             T  TGT                                TGAAAG                                                               GGA     CC TCACAT  TCG    G AAG      AAAA     A
blockSeqs                     :             .  .                                  TGAAAG                                                               .       .  .       G      . TAG      .        G
blockSeqs                     :             .  .                                  .                                                                    .       .  .       G      . TAG      .        A
blockSeqs                     :             .  .                                  .                                                                    .       .  .       A      . AAG      .        A
blockSeqs                     :             .  .                                  .                                                                    .       .  .       A      . AAG      .        A
blockSeqs                     :             .  .                                  .                                                                    .       .  .       G      . AAG      .        G
blockSeqs                     :             .  .                                  .                                                                    .       .  .       G      . AG       .        A
blockSeqs                     :                                                                                                                        .       .  .       G      . A        .        C
blockSeqs                     :                                                                                                                        .       .  .       G      . G        .        A
blockSeqs                     :                                                                                                                        .       .  .       G      . .        .        C
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blockSeqs                     :                                                                                                                        .       .  .       A      . .        .        A
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blockSeqs                     :                                                                                                                                .  .       .      . .        .        C
blockSeqs                     :                                                                                                                                .  .       .      . .        .        C
blockSeqs                     :                                                                                                                                           .      . .        .        C


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                    ***
originalCons                  : GTAGTTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAGACAA------GTCCGATTAAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAATATATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT-C-AGTAGTGG----TAGAGNGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
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lowQualScore                  :             .  ...                        .       ......                                                               ...     .. ......  ...    ... ...     ........  ...   .                         
lowQualScore                  :             0  888                        8       888888                                                               777     99 111111  111    555 000     55555555  555   0                         
consensus                     : GTAGTTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAGACAA------GTCCGATTAAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAATATATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT---C---TAGTG---G----TA---GAGNGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
Reference ( family-783 )      : GTAGTTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAGACAA------GTCCGATTAAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAATATATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT---C---TAGTG---G----TA---GAGNGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15100                      : GTAGTTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAAACAA------GTCCGATTAAAGATCTCTTTGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAATATATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT---CAAGTAGTA---A----TA---GAGAGTCCGCTTTCCATGCGAAATGT
gi|15101                      : GTAGCTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAGACAA------GTCCAATTTAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCAATAAGTTATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT---CAAGTAGTA---A----TA---GAGAGTCCGCCTTCAATGCGAAAAGTCGT
gi|15102                      : GTAGTTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATAAAGACAA------GTCCGATTTAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTAACCCAAATAGTTCTATAATTTATGG---TCGGA--G------CG--GTGGTGAAG---TAGTA---A----TA---GAAGGTCCGCCTTCCATGCGAAAAGTCGT
gi|15103                      : GTCGTTGTAATA-GT---AATAGTAACAGTAATAAATATTATTAAGACAATGAAAGGCCGGGTTAAAGATCTCCTGGGGACAATATTGTGTGTTCCCCAAATAGTTCGATAATACATGG---CCGGA--G------CG--ATGGT---C---TAGTAAATA----TA---GAGAGTCCGCCTCGCATGC-GAAAATCGT
gi|15104                      : GTCGTTGTAATA-GT---AATAGTAACAGTAATAAATATTATTAAGACAATGAAAGGCCGGGTTAAAGATCTCCTGGGGACAATATTGTGTGTTCCCCAAATAGTTCGATAATACATGG---CCGGA--G------CG--ATAGT---C---TAGTAAATA----TA---GAGAGTCCGCCTCGCATGC-AAAAATCGT
gi|15105                      : GTAATTGTAATA-GT---AATAGTCACAGTATTAAACATGA-AAAGACAA------GTCTTATTAAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCC
gi|15106                      :        TAATGTGT---AATAGTCACAGTATTAAATATAATTAAGACAA------GTCCGATTAAAGATCTCCTGGGGGCAATATTGTCCGTACCCCAAATAGTTCGATAATATATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT---C---AAGTA---A----TACTTAAGAGTCCACCTTTAATGCGAAAAGTCGT
gi|15107                      :  agaaaGTAATA-GTTGTAATAGTCACAGTATTAAATTTAATAAAGACAA------GTCCGATTAAAGATCTCCTGGGGGCAATATAGTCCGTACCCCAAATTATTCAATAATATATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT---CAAGTATTA---A----TA---GAGGGTCCGCCTTCCATGCGAAAAGTCGT
gi|15108                      :                                                                                   ATATTGTCC-TACCTCAAATAGTTCAATAATATATGG---TCGGA--G------CG--GTGGT---C---AAGTA---GAAAATC---GAGAGTCCGCCTTCCATGCGAAAAGTCGT
gi|15109                      :                                                                                                  CAATTAGCTTATTAATA----G---TCAGACCG------CGTCGTGGT---C---TAGTG---G----TA---GAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15110                      :                                                                                                   AAA-AGTTCAATAATATATGG---TCGGA--G------TG--GCGAT---CAAGTAGTA---A----TA---AAGAATCCGCCTTCCACGCAAAAAATCAT
gi|15111                      :                                                                                                     ATAGTCCAACA-----TGGGGATCGTA--G------CG--GTGGT---C---TAGTG---G----TA---GAGCGTCTGCCTCGCATGCGGAAGATCGT
gi|15112                      :                                                                                                         TTTAACAGTATAT------CGGA--GTCACATCG--GTGGT---C---CAGTG---A----TA---GAGTGTCCGCCTTGCATGCGGAATGTCG
gi|15113                      :                                                                                                           CAATCATATA-GA---CCGCA--G------CG--ATGGT---C---TAGTG---G----TA---GAGAGTCTGCCTTGCATGTGGAAGGTC
gi|15114                      :                                                                                                             ATAATATAAGA---CCGCG--G------CG---TGGT---C---TAGTT---G----TA---GAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15115                      :                                                                                                               AATACAGGA---CCGCA--G------CG---TGGT---C---TAGTG---G----TA---GAGCGTCCGCCTTGCATGAGGAAGGTCGT
gi|15116                      :                                                                                                                            CGCA--G------CG---TGGT---C---TAATG---G----TA---GAGCGTCCGCCTTGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15117                      :                                                                                                                            CGCA--G------CG---TGGT---C---TAGTA---G----TA---GAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15118                      :                                                                                                                               A--G------CG--GTGGT---C---GAGTG---G----TA---GAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15119                      :                                                                                                                               A--G------CG--GTGGT---C---TAGTG---G----TA---GAGCGTCCGCCCCGCATGCGGAAGGTCGT
gi|15120                      :                                                                                                                                           --GTGGT---C---TAGTG---G----TA---GAGCGTCCGCCTCCCATGCGGAAGGTCGT