lowQualScore : 1111111 222 11111 11111
lowQualScore : 22 88 3 555 44 11 8888888 77 000 44 1 1 1 6 0 6 22 66666666 55555 33 88 3 888 44 1 3 00000
lowQualScore : .. .. . ... .. .. ....... .. ... .. . . . . . . .. ........ ..... .. .. . ... .. . . .....
lowQualScore : 55 44 3 000 33 55 7777777 33 888 55 1 1 1 9 5 9 44 66666666 99999 33 33 1 777 66 4 3 22222
consensus : TACAGTAA--AACC--CCT-C---TAN-T--AAGACCACCTTTG----GGACC-GGG---C--A-AAGG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTAT--TAT--------CG----AGGT-CCAG-AGTCA--T--TGGCAAAAGTTGTAG-GCCT----NTGTAGCCGTAATAGTAAA
Reference ( gi|132385 ) : TACAGTAA--AACC--CCT-C---TAA-T--AAGACCACCTTTG----GGACC-GGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGTGGGGTGATCTTAT--TAT--------CA----AGGT-CCAG-AGTCG--T--TGGCAAAAGTTGCAG-GCCT----TTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132387 : TACAATAA--AACC--CCT-C---AAA-T--AGGACCACCTTTT----GGACC-GGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTAT--TAT--------CG----AGGT-CCAG-AGTCA--T--TGGTAAAAATTGCAT-GCCT----TTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132388 : TACAGTAA--A-TC--CCT-C---TAA-T--AAGACCACCTTTG----GGACC-GGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTAT--TAT--------CG----AGGT-CCAG-AGTCA--T--TGGCAAAAGTTGCAG-GCCT----TTGTA
gi|132389 : TACAGTAA--AACC--CCT-C---TAA-T--AATACCACCTTTG----GGACC-AGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAAATGCGGGGTGGTCTTAT--TAT--------CG----AATT-TCAT-AATCA--T--TGGCAAAAGTTGTAG-GCCT----ATATTACTGTAACAGTAAAcag
gi|132386 : TACAATAA--AACC--CCT-C---TAA-T--AAAACCACCTTTG----GGACC-AGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTAT--TAT--------C-------------G-AATTGTAT--TGCCAAAAGTTGTAG-GCCT----CTGTTACCATAATAGTAGA
gi|132393 : TACAATAA--AACC--CCT-C---TAA-T--AAAACCACCTTTG----GGACC-AGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTAT--TAT--------
gi|132390 : TACAGCAA--AACA--C-T-C---TAA-T--AAAACCACCTTTG----GAACC-AGG---C--A-AAAT-TGGTTTTAGTACCGGAG-----TTAT--TAT--------CA----AATT-ATA---------T--TGGCAAAAGTTGTAG-GCCT----ATGTAACCGTAATCGCAGAccatcattg
gi|132402 : TACAATAA--AACC--CCT-C---AAA-T--AGGACCACCTTTT----GGACC-GGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132391 : TACAGTAA--AACT--CCT-C---TTA-T--AAGATTA-----------------GG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGTGAGTTTGTTCTAT--TAT--------CT----AATT-TCAG-gtagtagcagtagaagtgttagtagtagtagtagtagtagtagtagtggctgtggttgtagcagtagtagtaa
gi|132392 : ATAGTAA--AACC--CCT-C---TAA-T--AAGACCACCTTTG----GGACC-GGG---C--A-AAAT-TGGTCTTTATAGTGGGGTGGTCTTAT--TAT--------CG----AGGT-CCAG-AGTCA--T--TGGCAAAAGTTGCAG-GCCT----TTGTAGCCATAATAGTAAAgaacacattgacataa
gi|132395 : ACAGTAA--AACC--GCT-C---TTA-T--AAGACCACCTTTG----GGACC-GGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTAT--TAT--------CG----AGGT-CGAG-AGTCA--T--TGGCAAAAGTTGCAG-GCCT----TTGTAGCCGTTATAGTAAA
gi|132394 : ACAGTAA--AACC--CCT-C---TAA-T--AAGACCACCTTTG----GGACC-AGA---C--A-AAAG-TGGACTTAATAGCGGGGTGGTCTTAT--TAT--------CA----AGTT-TTAG-AGTCA--T--TGACAAAAGTTGTAG-GCCT----TTGTGGCTGTAATAGTAAA
gi|132388 : ATAATAA--GACCA-CCT-CAC-TAT-T--AAGACCACTTTTG-------CC-CGGTCCC--A-AAGG-TGGTCTTATTAGAGGGAT
gi|132389 : tacagtaaATAATAA--GACCA-CCC-C---GCA-TTTAAGACCACTTTTG-------CC-TGGTCCC--A-AAGG-TGGTATTATTAGAGGGGTcgaggtccagagtcattggcaaaagttgcaggcctttgtacag
gi|132386 : tacagtaaaATAATAA--GACCACCCTGC---TAT-T--AAGACCACTTTTG-------CC-TGGTCCC--A-AAGG-TGGTTTTATTAGAGGGG---TTTTAT--TGT--------cgaatttcataatcattggcaaaagttgtaggcctatattactgtaacagtaaa
gi|132393 : tATAATAA--GACCACCCTGC---TAT-T--AAGACCACTTTTG-------CC-TGGTCCC--A-AAGG-TGGTTTTATTAGAGGGG---TTTTAT--TGT--------cgaattgtattgccaaaagttgtaggcctctgttaccataatagtaga
gi|132396 : ATAATAA--GACCA-CCT-CAC-TAT-T--AAGACCACTTTTG-------CC-CGGTCCC--A-AAGG-TGGTCTTATTAGAGGGATaccatcattg
gi|132401 : ACAGTAA--AACC--GCT-C---TTA-T--AAGACCACCTTTG----GGACC-GGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132397 : CAGTAA--AACC--CCT-C---TAA-T--AAGACCATCTTTG----TGCTC-AGG---C--A-AACA-TGTTCTTAATAGAAGGGTGGTCTTAT--TAT--------CG----AATT-TCAG-AATCA--T--TGGCAAAACTTGTAG-GCCT----ATGTAACCATAATAGTAA
gi|132398 : CAGTAA--AACC--CTT-C---TGA-T--AAGACCACCTTTG----GAACC-AGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTGTTATCGTAT--------T-------GT----------A--T--TGGCAAAAGTTGAAG-GCCT----ATGTATCAGTAATAGTAGA
gi|132405 : CAGTAA--GACCACCCTGC---TAT-T--AAGACCACTGTTG-------TC-TGGTTCC--A-AAGG-TGGTGTT
gi|132399 : GTAAGGAAGT--CTT-C---TAA-T--AAGACCACCTTTG----GGACCAGGA---A--A-AAAA-TGGTCTAAATAGTGGGGTGGACTTAT--TAT--------Caattc
gi|132403 : TAA--GACC--ACT-CCTATAT-T--AATACCACTTTTG------ACT-GGT---CCCA-AAGG-TGGTCTTAgcatatcaggaacattgtca
gi|132392 : tttaagACC--CCA-C---TAT-A--AAGACCAATTTTG-------CC-CGGTCCC--A-AAGG-TGGTCTTATTAGAGGGG---TTTTAC--TAT--------
gi|132395 : ACC--CCG-C---TAT-T--AAGACCACTTTTG-------CC-CGGTCCC--A-AAGG-TGGTCTT-ATA--AGAGCGGTTTTAC--TGT--------ggtcttattatcgaggtccagagtcattggcaaaagttgcaggcctttgtagccataatagtaaa
gi|132387 : ACC--CCG-C---TAT-T--AAGACCACTTTT------GCCC-GGT---CCAA-AAGG-TGGTCCTATT--TGAGG-GGTTTTAT--TGT--------ggtcttattatcgaggtcgagagtcattggcaaaagttgcaggcctttgtagccgttatagtaaa
gi|132394 : tACC--CCG-C---TAT-T--AAGTCCACTTTTGTCT-GGTCC-------C--A-AAGG-TGGTCTTATTAGAGGGGTggtcttattatcgaggtccagagtcattggtaaaaattgcatgcctttgtagccgtaatagtaaa
gi|132397 : acagtaaaACC--CTT-C---TAT-T--AAGAACATGTTTG-------CCTGAG---C--ACAAAGATGGTCTTATTAGAGGGGTggtcttattatcaagttttagagtcattgacaaaagttgtaggcctttgtggctgtaatagtaaa
gi|132398 : cagtaaaACC--CCG-C---TAT-T--AAGACCACTTTTG-------CC-TGGTTCC--A-AAGG-TGGTCTTATCAGAAGGGTggtcttattatcgaatttcagaatcattggcaaaacttgtaggcctatgtaaccataatagtaa
gi|132396 : cagtaaaATC--CCT-C---TAA-T--AAGACCACCTTTG----GGACC-GGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTAT--TAT--------ggtgttatcgtattgtattggcaaaagttgaaggcctatgtatcagtaatagtaga
gi|132401 : ACC--CCG-C---TAT-T--AAGACCACTTTTG-------CC-CGGTCCC--A-AAGG-TGGTCTT-ATA--AGAGCGGTTTTAC--TGT--------
gi|132400 : ACC--CCT-C---TAA-T--AAGACCACCTTTG----GGACC-GGG---C--A-AAAG-TGGTCTTAATAGTGGGGT
gi|132400 : ACC--CCA-C---TAT-T--AAGACCACTTTTG-------CC-CGGTCCC--A-AAGG-TGGTCTTATTAGAGGGGT
gi|132402 : ACC--CCG-C---TAT-T--AAGACCACTTTT------GCCC-GGT---CCAA-AAGG-TGGTCCTATT--TGAGG-GGTTTTAT--TGTAGTAGTAGCAGTAGAAGTGTTAGTAGTAG--TAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGCTGTGGTTGTAGCAGTAGTAGTAA
gi|132399 : ACC--CCA-C---TAT-T--TAGACCATTTTTTTCCTGGTCC-------C--A-AAGG-TGGTCTTATTAG
gi|132403 : gtaaggaagtcttT-T---TAAGT--AAGACCACCTTTG----GGACC-AGT---C--A-AAAG-TGGTATTAATATAGGAGTGGTCTTAggacttattatcgcatatcaggaacattgtca
gi|132404 : T-C---TAC-T--GAG-CCACCTGCG----TGATC-AAA---G--A-AAAG-TGGTCATTATAGCGGGATGATATTGT--TAT--------
gi|132405 : --AACACCACCTTTG----GAACC-AGA---C--A-ACAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTAC--Ttgaat
gi|132406 : CAG-AATCA--T--GGGCAAAACTTGTAG-GCCT----ATGTAACCATAATAGTAGAgaattc
Alignments
lowQualScore : 33 1 1 22 5 33 3 88 4444 3 1
lowQualScore : .. . . .. . .. . .. .... . .
lowQualScore : 44 0 8 55 7 11 5 55 1111 1 0
consensus : TACAGTAA--AACCCCTCTAATAAGACCACCTTTGGGACC-GGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTAT--TATCGAGNTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTT-GCAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
Reference ( family-782 ) : TACAGTAA--AACCCCTCTANTAAGACCACCTTTGGGACC-GGGC--AAAGGTGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTAT--TATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTT-GTAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132385 : TACAGTAA--AACCCCTCTAATAAGACCACCTTTGGGACC-GGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGTGGGGTGATCTTAT--TATCAAGGTCCAG--AGTCGTTGGCAAAAGTT-GCAGGCCTTTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132386 : TACAATAA--AACCCCTCTAATAAAACCACCTTTGGGACC-AGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTAT--TATCGAATT-------GT-ATTGCCAAAAGTT-GTAGGCCTCTGTTACCATAATAGTAGA
gi|132387 : TACAATAA--AACCCCTCAAATAGGACCACCTTTTGGACC-GGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTAT--TATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGTAAAAATT-GCATGCCTTTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132388 : TACAGTAA--A-TCCCTCTAATAAGACCACCTTTGGGACC-GGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTAT--TATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTT-GCAGGCCTTTGTA
gi|132389 : TACAGTAA--AACCCCTCTAATAATACCACCTTTGGGACC-AGGC--AAAAGTGGTCTTAAATGCGGGGTGGTCTTAT--TATCGAATTTCAT--AATCATTGGCAAAAGTT-GTAGGCCTATATTACTGTAACAGTAAAcag
gi|132390 : TACAGCAA--AACAC-TCTAATAAAACCACCTTTGGAACC-AGGC--AAAATTGGTTTTAGTACCGGAG-----TTAT--TATCAAATT--A------TATTGGCAAAAGTT-GTAGGCCTATGTAACCGTAATCGCAGA
gi|132391 : TACAGTAA--AACTCCTCTTATAAGATTA-------------GGC--AAAAGTGGTCTTAATAGTGAGTTTGTTCTAT--TATCTAATTTCAGGAACACATTGACATAA
gi|132392 : ATAGTAA--AACCCCTCTAATAAGACCACCTTTGGGACC-GGGC--AAAATTGGTCTTTATAGTGGGGTGGTCTTAT--TATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTT-GCAGGCCTTTGTAGCCATAATAGTAAA
gi|132393 : TACAATAA--AACCCCTCTAATAAAACCACCTTTGGGACC-AGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTAT--TAT
gi|132394 : ACAGTAA--AACCCCTCTAATAAGACCACCTTTGGGACC-AGAC--AAAAGTGGACTTAATAGCGGGGTGGTCTTAT--TATCAAGTTTTAG--AGTCATTGACAAAAGTT-GTAGGCCTTTGTGGCTGTAATAGTAAAccatcattg
gi|132395 : ACAGTAA--AACCGCTCTTATAAGACCACCTTTGGGACC-GGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTAT--TATCGAGGTCGAG--AGTCATTGGCAAAAGTT-GCAGGCCTTTGTAGCCGTTATAGTAAA
gi|132396 : ATCCCTCTAATAAGACCACCTTTGGGACC-GGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTAT--TAT
gi|132397 : CAGTAA--AACCCCTCTAATAAGACCATCTTTGTGCTC-AGGC--AAACATGTTCTTAATAGAAGGGTGGTCTTAT--TATCGAATTTCAG--AATCATTGGCAAAACTT-GTAGGCCTATGTAACCATAATAGTAA
gi|132398 : CAGTAA--AACCCTTCTGATAAGACCACCTTTGGAACC-AGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGTGGTGTTATCGTATTG-------------TATTGGCAAAAGTT-GAAGGCCTATGTATCAGTAATAGTAGA
gi|132399 : GTAAGGAAGTCTTCTAATAAGACCACCTTTGGGACCAGGAA--AAAAATGGTCTAAATAGTGGGGTGGACTTAT--TATCG
gi|132400 : ACCCCTCTAATAAGACCACCTTTGGGACC-GGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGTGGGGTcatatcaggaacattgtca
gi|132401 : ACAGTAA--AACCGCTCTTATAAGACCACCTTTGGGACC-GGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132402 : TACAATAA--AACCCCTCAAATAGGACCACCTTTTGGACC-GGGC--AAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132402 : ACCCCGCTATTAAGACCACTTTTGC--CC-GGTCCAAAAGGTGGTCCTATTTGAGG---GGTTTTAT--TGTAGTAGT--AG-----CAGTAG-AAGTGTTAGTAG---TA-GTAGTAGTAGTAGTAgtagtagcagtagaagtgttagtagtagtagtagtagtagtagtagtggctgtggttgtagcagtagtagtaa
gi|132403 : AGTAAGACCACCTTTGGGACC-AGTC--AAAAGTGGTATTAATATAGGAGTGGTCTTAgtagtggctgtggttgtagcagtagtagtaa
gi|132404 : tttaTCTACTGAG-CCACCTGCGTGATC-AAAG--AAAAGTGGTCATTATAGCGGGATGATATTGT--TATTGA
gi|132405 : AACACCACCTTTGGAACC-AGAC--AACAGTGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTAC--Tat
gi|132406 : CAG--AATCATGGGCAAAACTT-GTAGGCCTATGTAACCATAATAGTAGAgaattc
Alignments
lowQualScore : 33 2 1 1 7 33 0 1
lowQualScore : .. . . . . .. . .
lowQualScore : 44 0 9 0 7 99 1 0
consensus : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACC-GGGCAAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAGTTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
Reference ( family-782 ) : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACC-GGGCAAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAGNTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132385 : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACC-GGGCAAAAGTGGTCTTAATAGTGGGGTGATCTTATTATCAAGGTCCAG--AGTCGTTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132386 : TACAATAA--AACCCCTCTAA-TAAAACCACCTTTGGGACC-AGGCAAAAGTGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTATTATCGAATT-------GT-ATTGCCAAAAGTTGTAGGCCTCTGTTACCATAATAGTAGA
gi|132387 : TACAATAA--AACCCCTCAAA-TAGGACCACCTTTTGGACC-GGGCAAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGTAAAAATTGCATGCCTTTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132388 : TACAGTAA--A-TCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACC-GGGCAAAAGTGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTA
gi|132389 : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAATACCACCTTTGGGACC-AGGCAAAAGTGGTCTTAAATGCGGGGTGGTCTTATTATCGAATTTCAT--AATCATTGGCAAAAGTTGTAGGCCTATATTACTGTAACAGTAAAcag
gi|132390 : TACAGCAA--AACAC-TCTAA-TAAAACCACCTTTGGAACC-AGGCAAAATTGGTTTTAGTACCGGAG-----TTATTATCAAATT--A------TATTGGCAAAAGTTGTAGGCCTATGTAACCGTAATCGCAGA
gi|132391 : TACAGTAA--AACTCCTCTTA-TAAGATTA-------------GGCAAAAGTGGTCTTAATAGTGAGTTTGTTCTATTATCTAATTTCAGGAACACATTGACATAA
gi|132392 : ATAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACC-GGGCAAAATTGGTCTTTATAGTGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCATAATAGTAAA
gi|132393 : TACAATAA--AACCCCTCTAA-TAAAACCACCTTTGGGACC-AGGCAAAAGTGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTATTAT
gi|132394 : ACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACC-AGACAAAAGTGGACTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCAAGTTTTAG--AGTCATTGACAAAAGTTGTAGGCCTTTGTGGCTGTAATAGTAAAccatcattg
gi|132395 : ACAGTAA--AACCGCTCTTA-TAAGACCACCTTTGGGACC-GGGCAAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCGAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCGTTATAGTAAA
gi|132396 : ATCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACC-GGGCAAAAGTGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTATTAT
gi|132397 : CAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCATCTTTGTGCTC-AGGCAAACATGTTCTTAATAGAAGGGTGGTCTTATTATCGAATTTCAG--AATCATTGGCAAAACTTGTAGGCCTATGTAACCATAATAGTAA
gi|132398 : CAGTAA--AACCCTTCTGA-TAAGACCACCTTTGGAACC-AGGCAAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGTGGT---GTTATCGTATT-------GT-ATTGGCAAAAGTTGAAGGCCTATGTATCAGTAATAGTAGA
gi|132399 : GTAAGGAAGTCTTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCAGGAAAAAAATGGTCTAAATAGTGGGGTGGACTTATTATCGCATATCAG--GAACATTGTCA
gi|132400 : ACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACC-GGGCAAAAGTGGTCTTAATAGTGGGGT
gi|132401 : ACAGTAA--AACCGCTCTTA-TAAGACCACCTTTGGGACC-GGGCAAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132402 : TACAATAA--AACCCCTCAAA-TAGGACCACCTTTTGGACC-GGGCAAAAGTGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132403 : TTTAAGTAAGACCACCTTTGGGACC-AGTCAAAAGTGGTATTAATATAGGAGTGGTCTTAgtagtagcagtagaagtgttagtagtagtagtagtagtagtagtagtggctgtggttgtagcagtagtagtaa
gi|132404 : TCTAC-TGAG-CCACCTGCGTGATC-AAAGAAAAGTGGTCATTATAGCGGGATGATATTGTTATTGA
gi|132405 : AACACCACCTTTGGAACC-AGACAACAGTGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTACTat
gi|132406 : CAG--AATCATGGGCAAAACTTGTAGGCCTATGTAACCATAATAGTAGAgaattc
Alignments
lowQualScore : 33 2 1 6 33 0 1
lowQualScore : .. . . . .. . .
lowQualScore : 44 0 9 4 99 1 0
consensus : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAATTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
Reference ( family-782 ) : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAGTTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132385 : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGGGGTGATCTTATTATCAAGGTCCAG--AGTCGTTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132386 : TACAATAA--AACCCCTCTAA-TAAAACCACCTTTGGGACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTATTATCGAATT-------GT-ATTGCCAAAAGTTGTAGGCCTCTGTTACCATAATAGTAGA
gi|132387 : TACAATAA--AACCCCTCAAA-TAGGACCACCTTTTGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGTAAAAATTGCATGCCTTTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132388 : TACAGTAA--A-TCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTA
gi|132389 : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAATACCACCTTTGGGACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAAATGCGGGGTGGTCTTATTATCGAATTTCAT--AATCATTGGCAAAAGTTGTAGGCCTATATTACTGTAACAGTAAAcag
gi|132390 : TACAGCAA--AACAC-TCTAA-TAAAACCACCTTTGGAACCAGGCAAAAT-TGGTTTTAGTACCGGAG-----TTATTATCAAATT--A------TATTGGCAAAAGTTGTAGGCCTATGTAACCGTAATCGCAGA
gi|132391 : TACAGTAA--AACTCCTCTTA-TAAGATTA------------GGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGAGTTTGTTCTATTATCTAATTTCAGGAACACATTGACATAA
gi|132392 : ATAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAT-TGGTCTTTATAGTGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCATAATAGTAAA
gi|132393 : TACAATAA--AACCCCTCTAA-TAAAACCACCTTTGGGACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTATTAT
gi|132394 : ACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCAGACAAAAG-TGGACTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCAAGTTTTAG--AGTCATTGACAAAAGTTGTAGGCCTTTGTGGCTGTAATAGTAAAccatcattg
gi|132395 : ACAGTAA--AACCGCTCTTA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCGAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCGTTATAGTAAA
gi|132396 : ATCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTATTAT
gi|132397 : CAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCATCTTTGTGCTCAGGCAAACA-TGTTCTTAATAGAAGGGTGGTCTTATTATCGAATTTCAG--AATCATTGGCAAAACTTGTAGGCCTATGTAACCATAATAGTAA
gi|132398 : CAGTAA--AACCCTTCTGA-TAAGACCACCTTTGGAACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGG---TGTTATCGTATT-------GT-ATTGGCAAAAGTTGAAGGCCTATGTATCAGTAATAGTAGA
gi|132399 : GTAAGGAAGTCTTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCAGGAAAAAAATGGTCTAAATAGTGGGGTGGACTTATTATCGCATATCAG--GAACATTGTCA
gi|132400 : ACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGGGGT
gi|132401 : ACAGTAA--AACCGCTCTTA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132402 : TACAATAA--AACCCCTCAAA-TAGGACCACCTTTTGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132403 : TTTAAGTAAGACCACCTTTGGGACCAGTCAAAAG-TGGTATTAATATAGGAGTGGTCTTAgtagtagcagtagaagtgttagtagtagtagtagtagtagtagtagtggctgtggttgtagcagtagtagtaa
gi|132404 : TCTAC-TGAG-CCACCTGCGTGATCAAAGAAAAG-TGGTCATTATAGCGGGATGATATTGTTATTGAAT
gi|132405 : AACACCACCTTTGGAACCAGACAACAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTACT---GAATTC
gi|132406 : CAG--AATCATGGGCAAAACTTGTAGGCCTATGTAACCATAATAGTAGA
Alignments
lowQualScore : 33 2 1 6 33 0 1
lowQualScore : .. . . . .. . .
lowQualScore : 44 0 9 4 99 1 0
consensus : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAATTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
Reference ( family-782 ) : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAATTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132385 : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGGGGTGATCTTATTATCAAGGTCCAG--AGTCGTTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132386 : TACAATAA--AACCCCTCTAA-TAAAACCACCTTTGGGACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTATTATCGAATT-------GT-ATTGCCAAAAGTTGTAGGCCTCTGTTACCATAATAGTAGA
gi|132387 : TACAATAA--AACCCCTCAAA-TAGGACCACCTTTTGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGTAAAAATTGCATGCCTTTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132388 : TACAGTAA--A-TCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTA
gi|132389 : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAATACCACCTTTGGGACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAAATGCGGGGTGGTCTTATTATCGAATTTCAT--AATCATTGGCAAAAGTTGTAGGCCTATATTACTGTAACAGTAAAcag
gi|132390 : TACAGCAA--AACAC-TCTAA-TAAAACCACCTTTGGAACCAGGCAAAAT-TGGTTTTAGTACCGGAG-----TTATTATCAAATT--A------TATTGGCAAAAGTTGTAGGCCTATGTAACCGTAATCGCAGA
gi|132391 : TACAGTAA--AACTCCTCTTA-TAAGATTA------------GGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGAGTTTGTTCTATTATCTAATTTCAGGAACACATTGACATAA
gi|132392 : ATAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAT-TGGTCTTTATAGTGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCATAATAGTAAA
gi|132393 : TACAATAA--AACCCCTCTAA-TAAAACCACCTTTGGGACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTATTAT
gi|132394 : ACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCAGACAAAAG-TGGACTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCAAGTTTTAG--AGTCATTGACAAAAGTTGTAGGCCTTTGTGGCTGTAATAGTAAAccatcattg
gi|132395 : ACAGTAA--AACCGCTCTTA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCGAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCGTTATAGTAAA
gi|132396 : ATCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTATTAT
gi|132397 : CAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCATCTTTGTGCTCAGGCAAACA-TGTTCTTAATAGAAGGGTGGTCTTATTATCGAATTTCAG--AATCATTGGCAAAACTTGTAGGCCTATGTAACCATAATAGTAA
gi|132398 : CAGTAA--AACCCTTCTGA-TAAGACCACCTTTGGAACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGG---TGTTATCGTATT-------GT-ATTGGCAAAAGTTGAAGGCCTATGTATCAGTAATAGTAGA
gi|132399 : GTAAGGAAGTCTTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCAGGAAAAAAATGGTCTAAATAGTGGGGTGGACTTATTATCGCATATCAG--GAACATTGTCA
gi|132400 : ACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGGGGT
gi|132401 : ACAGTAA--AACCGCTCTTA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132402 : TACAATAA--AACCCCTCAAA-TAGGACCACCTTTTGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132403 : TTTAAGTAAGACCACCTTTGGGACCAGTCAAAAG-TGGTATTAATATAGGAGTGGTCTTAgtagtagcagtagaagtgttagtagtagtagtagtagtagtagtagtggctgtggttgtagcagtagtagtaa
gi|132404 : TCTAC-TGAG-CCACCTGCGTGATCAAAGAAAAG-TGGTCATTATAGCGGGATGATATTGTTATTGAAT
gi|132405 : AACACCACCTTTGGAACCAGACAACAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTACT---GAATTC
gi|132406 : CAG--AATCATGGGCAAAACTTGTAGGCCTATGTAACCATAATAGTAGA
blockSeqs : GG G A C GA C
blockSeqs : . . . C . T
blockSeqs : . . . T . T
blockSeqs : . . . T . A
blockSeqs : . . . C . A
blockSeqs : . . . T . T
blockSeqs : . . . C . T
blockSeqs : . . . T . T
blockSeqs : . . . T . A
blockSeqs : . . . C . A
blockSeqs : . . . . . A
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAATTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
finalCons : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAATTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
Alignments
lowQualScore : 33 2 1 6 33 0 1
lowQualScore : .. . . . .. . .
lowQualScore : 44 0 9 4 99 1 0
consensus : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAATTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
Reference ( family-782 ) : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAATTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTNTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132385 : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGGGGTGATCTTATTATCAAGGTCCAG--AGTCGTTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132386 : TACAATAA--AACCCCTCTAA-TAAAACCACCTTTGGGACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTATTATCGAATT-------GT-ATTGCCAAAAGTTGTAGGCCTCTGTTACCATAATAGTAGA
gi|132387 : TACAATAA--AACCCCTCAAA-TAGGACCACCTTTTGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGTAAAAATTGCATGCCTTTGTAGCCGTAATAGTAAA
gi|132388 : TACAGTAA--A-TCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTA
gi|132389 : TACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAATACCACCTTTGGGACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAAATGCGGGGTGGTCTTATTATCGAATTTCAT--AATCATTGGCAAAAGTTGTAGGCCTATATTACTGTAACAGTAAAcag
gi|132390 : TACAGCAA--AACAC-TCTAA-TAAAACCACCTTTGGAACCAGGCAAAAT-TGGTTTTAGTACCGGAG-----TTATTATCAAATT--A------TATTGGCAAAAGTTGTAGGCCTATGTAACCGTAATCGCAGA
gi|132391 : TACAGTAA--AACTCCTCTTA-TAAGATTA------------GGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGAGTTTGTTCTATTATCTAATTTCAGGAACACATTGACATAA
gi|132392 : ATAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAT-TGGTCTTTATAGTGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCCAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCATAATAGTAAA
gi|132393 : TACAATAA--AACCCCTCTAA-TAAAACCACCTTTGGGACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTATTAT
gi|132394 : ACAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCAGACAAAAG-TGGACTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCAAGTTTTAG--AGTCATTGACAAAAGTTGTAGGCCTTTGTGGCTGTAATAGTAAAccatcattg
gi|132395 : ACAGTAA--AACCGCTCTTA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGGTCTTATTATCGAGGTCGAG--AGTCATTGGCAAAAGTTGCAGGCCTTTGTAGCCGTTATAGTAAA
gi|132396 : ATCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGAGGTGGTCTTATTAT
gi|132397 : CAGTAA--AACCCCTCTAA-TAAGACCATCTTTGTGCTCAGGCAAACA-TGTTCTTAATAGAAGGGTGGTCTTATTATCGAATTTCAG--AATCATTGGCAAAACTTGTAGGCCTATGTAACCATAATAGTAA
gi|132398 : CAGTAA--AACCCTTCTGA-TAAGACCACCTTTGGAACCAGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGTGG---TGTTATCGTATT-------GT-ATTGGCAAAAGTTGAAGGCCTATGTATCAGTAATAGTAGA
gi|132399 : GTAAGGAAGTCTTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCAGGAAAAAAATGGTCTAAATAGTGGGGTGGACTTATTATCGCATATCAG--GAACATTGTCA
gi|132400 : ACCCCTCTAA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGTGGGGT
gi|132401 : ACAGTAA--AACCGCTCTTA-TAAGACCACCTTTGGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132402 : TACAATAA--AACCCCTCAAA-TAGGACCACCTTTTGGACCGGGCAAAAG-TGGTCTTAATAGCGGGGT
gi|132403 : TTTAAGTAAGACCACCTTTGGGACCAGTCAAAAG-TGGTATTAATATAGGAGTGGTCTTAgtagtagcagtagaagtgttagtagtagtagtagtagtagtagtagtggctgtggttgtagcagtagtagtaa
gi|132404 : TCTAC-TGAG-CCACCTGCGTGATCAAAGAAAAG-TGGTCATTATAGCGGGATGATATTGTTATTGAAT
gi|132405 : AACACCACCTTTGGAACCAGACAACAG-TGGTCTTAATAGCAGGGTGGTCTTACT---GAATTC
gi|132406 : CAG--AATCATGGGCAAAACTTGTAGGCCTATGTAACCATAATAGTAGA