lowQualScore                  :                 4444        7   7 2     5                            3           22 2                   8  22     55555                                                                 6    5   33    
lowQualScore                  :                 ....        .   . .     .                            .           .. .                   .  ..     .....                                                                 .    .   ..    
lowQualScore                  :                 2222        3   9 0     8                            4           99 0                   2  99     33333                                                                 0    4   99    
consensus                     : TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTCTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATACTTCC--TGTC
Reference ( gi|79647 )        : TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAATTCTTA-GTCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTAGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTATATACGTCT--TGTC
gi|79646                      : TATGGAGGGGTATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTTAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCTGCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCGTTGTAAAAGTTACATACGTCT--TGT
gi|79651                      : TATGGAAGG-TATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATGTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGCTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCAATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATACTTCC--CGTC
gi|79650                      : TATGGAAGGGACTCAC----CACCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGTTGTTTGTTCTTTGTGCAATGGTTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGCCTATCCTTCTATATCTTATCATTGTAAAAGTTACATACGTAT--TGTC
gi|79644                      : TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-ATTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTTAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGA--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATGTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATACTTCT--TGT
gi|79654                      : TATGGAAGGGTATCAC----CGCCAAAACCCTTA-ATCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTTTTCTTAGTTCTTTATGGG--AAATT-----AAACATTTCTGCTTTGTTACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTGCATACGTCT--TGTC
gi|79645                      : TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTGTAA-GTTTGTAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCCTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATGTCACCTTTGTAAATTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATACTTCC--TGTC
gi|79649                      : TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTCTAAGTTTGCTATTTGTCTATCCTAATATAGCGTATCATTGTAAAAGTTACATACTTCC--TGTC
gi|79653                      : TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGT----------TTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTGCTTATTGTCTATGCTACTATATCCTATCATTGTAAAAATTACATACGTCTCCTGTC
gi|79656                      : TATGGAAGGGTACCAC----TGCCATAACTCTTA-GACTGAAATTTGTCATTTG--------ACCATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGAGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTATCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTAACATACATCT--TGTC
gi|79648                      : TATGGAAGGGTATCATATATCACCATAAGTCTAA-GTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATTGGTGTACATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGATGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTACTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATACTTCC--TGT
gi|79652                      : TATGGAAGGGTATCAC----CACCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGTCATTTGTTCTTTGTGCAATTGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTATTTGTGAG--AAGTG-----AAATATTTCATCTTTGTAATTTTGCTATTTGTCTATCCTAGTGTATTCTACCATTGTAAAAGTTACATACTTCC--TGTC
gi|79658                      : TATGGAAGGGCATCAC----CGCCATAACTCTAC-GTCTGAAA-----CGTTT--------TGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-CTTTTCCCTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGAAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAAGTCT--TGTC
gi|79659                      : TATAGAAGGGTATCGC----CGCCATTAGTCTAA-GTCTGCGATTTGTCGTTTGTTCT-------ATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCCTTATAAAAGT
gi|79660                      : TATGGAAGGATATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGCCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTGGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTA
gi|79662                      : TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAAAGTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCCTAGGTCTTTTTAGG--AAATG-----AAATATTTC
gi|79663                      : TATAGAAGGGTATCGC----CGCCATTAGTCTAA-GTCTGCGATTTGTCGTTTGTTCT-------ATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAA
gi|79657                      : TATGGAAGGGTATCAC----TGCCATAACTCTAA-GCTTGCAATTTGTTGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTT
gi|79655                      : TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCCAA-GTTTACAATTTGTCATTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTCGGCGTTGCTTTTT--TTCTTCGTTGGTCATATG-----GAACATgtctatcctactatatcctatcattgtaaaagtttcatacttcctgtc
gi|79661                      : TATGGAAGGGTGTCAC----CGCCATAACTCTTA-GT
gi|79664                      : TATGGAAGGGTATTAC----CGCCATAACTCTAA-GTt
gi|79665                      :                                              TGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTAAAAGTTT--C-TATCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACATTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATACTTCC--TGTCt
gi|79657                      :                                                                                     -TTTGTTGTTTGTTCTTTGT--G--CAATGGGTGTAAATGTTTC---TTT----CTTC-----TTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTTCATACTTCC--TGTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                       4444            0 1     1                                        22 1                      22     55555                                                                      555       
lowQualScore                  :                                                       ....            . .     .                                        .. .                      ..     .....                                                                      ...       
lowQualScore                  :                                                       0000            9 9     4                                        88 9                      88     00000                                                                      444       
consensus                     :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTCTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
Reference ( family-779 )      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTCTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79644                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-ATTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTTAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGA--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATGTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCTTGT
gi|79645                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTGTAA-GTTTGTAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCCTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATGTCACCTTTGTAAATTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79646                      :                                       TATGGAGGGGTATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTTAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCTGCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCGTTGTAAAAGTTACATAC--GTCTTGT
gi|79647                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAATTCTTA-GTCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTAGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTATATAC--GTCTTGTC
gi|79648                      :                                       TATGGAAGGGTATCATATATCACCATAAGTCTAA-GTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATTGGTGTACATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGATGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTACTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGT
gi|79649                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTCTAAGTTTGCTATTTGTCTATCCTAATATAGCGTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79650                      :                                       TATGGAAGGGACTCAC----CACCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGTTGTTTGTTCTTTGTGCAATGGTTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGCCTATCCTTCTATATCTTATCATTGTAAAAGTTACATAC--GTATTGTC
gi|79651                      :                                       TATGGAAGG-TATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATGTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGCTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCAATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCCGTC
gi|79652                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CACCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGTCATTTGTTCTTTGTGCAATTGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTATTTGTGAG--AAGTG-----AAATATTTCATCTTTGTAATTTTGCTATTTGTCTATCCTAGTGTATTCTACCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79653                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGT----------TTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTGCTTATTGTCTATGCTACTATATCCTATCATTGTAAAAATTACATACGTCTCCTGTC
gi|79654                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCAAAACCCTTA-ATCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTTTTCTTAGTTCTTTATGGG--AAATT-----AAACATTTCTGCTTTGTTACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTGCATAC--GTCTTGTC
gi|79655                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCCAA-GTTTACAATTTGTCATTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTCGGCGTTGCTTTTT--TTCTTCGTTGGTCATATG-----GAACAT
gi|79656                      :                                       TATGGAAGGGTACCAC----TGCCATAACTCTTA-GACTGAAATTTGTCATTTG--------ACCATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGAGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTATCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTAACATAC--ATCTTGTC
gi|79657                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----TGCCATAACTCTAA-GCTTGCAATTTGTTGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTT
gi|79657                      :                                                                                                                           -TTTGTTGTTTGTTCTTTGTGC----AATGGGTGTAAATGTTTC---TTT----CTTC-----TTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTTCATAC--TTCCTGTCgtctatcctactatatcctatcattgtaaaagtttcatacttcctgtc
gi|79658                      : tatggaagggtatcactgccataactctaagcttgcaaTATGGAAGGGCATCAC----CGCCATAACTCTAC-GTCTGAAA-----CGTTT--------TGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-CTTTTCCCTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGAAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAA--GTCTTGTC
gi|79659                      :                                       TATAGAAGGGTATCGC----CGCCATTAGTCTAA-GTCTGCGATTTGTCGTTTGTTCT-------ATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCCTTATAAAAGT
gi|79660                      :                                       TATGGAAGGATATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGCCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTGGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTA
gi|79661                      :                                       TATGGAAGGGTGTCAC----CGCCATAACTCTTA-GT
gi|79662                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAAAGTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCCTAGGTCTTTTTAGG--AAATG-----AAATATTTCt
gi|79663                      :                                       TATAGAAGGGTATCGC----CGCCATTAGTCTAA-GTCTGCGATTTGTCGTTTGTTCT-------ATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAA
gi|79664                      :                                       TATGGAAGGGTATTAC----CGCCATAACTCTAA-GT
gi|79665                      :                                                                                    TGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTAAAAGTTT--C-TATCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACATTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTCt





Alignments
lowQualScore                  :                                                       4444            0 1     1                                        22 1                      22     55555                                                                      555       
lowQualScore                  :                                                       ....            . .     .                                        .. .                      ..     .....                                                                      ...       
lowQualScore                  :                                                       0000            9 9     4                                        88 9                      88     00000                                                                      444       
consensus                     :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTCTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
Reference ( family-779 )      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTCTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79644                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-ATTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTTAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGA--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATGTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCTTGT
gi|79645                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTGTAA-GTTTGTAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCCTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATGTCACCTTTGTAAATTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79646                      :                                       TATGGAGGGGTATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTTAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCTGCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCGTTGTAAAAGTTACATAC--GTCTTGT
gi|79647                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAATTCTTA-GTCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTAGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTATATAC--GTCTTGTC
gi|79648                      :                                       TATGGAAGGGTATCATATATCACCATAAGTCTAA-GTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATTGGTGTACATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGATGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTACTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGT
gi|79649                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTCTAAGTTTGCTATTTGTCTATCCTAATATAGCGTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79650                      :                                       TATGGAAGGGACTCAC----CACCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGTTGTTTGTTCTTTGTGCAATGGTTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGCCTATCCTTCTATATCTTATCATTGTAAAAGTTACATAC--GTATTGTC
gi|79651                      :                                       TATGGAAGG-TATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATGTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGCTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCAATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCCGTC
gi|79652                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CACCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGTCATTTGTTCTTTGTGCAATTGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTATTTGTGAG--AAGTG-----AAATATTTCATCTTTGTAATTTTGCTATTTGTCTATCCTAGTGTATTCTACCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79653                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGT----------TTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTGCTTATTGTCTATGCTACTATATCCTATCATTGTAAAAATTACATACGTCTCCTGTC
gi|79654                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCAAAACCCTTA-ATCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTTTTCTTAGTTCTTTATGGG--AAATT-----AAACATTTCTGCTTTGTTACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTGCATAC--GTCTTGTC
gi|79655                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCCAA-GTTTACAATTTGTCATTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTCGGCGTTGCTTTTT--TTCTTCGTTGGTCATATG-----GAACAT
gi|79656                      :                                       TATGGAAGGGTACCAC----TGCCATAACTCTTA-GACTGAAATTTGTCATTTG--------ACCATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGAGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTATCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTAACATAC--ATCTTGTC
gi|79657                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----TGCCATAACTCTAA-GCTTGCAATTTGTTGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTT
gi|79657                      :                                                                                                                           -TTTGTTGTTTGTTCTTTGTGC----AATGGGTGTAAATGTTTC---TTT----CTTC-----TTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTTCATAC--TTCCTGTCgtctatcctactatatcctatcattgtaaaagtttcatacttcctgtc
gi|79658                      : tatggaagggtatcactgccataactctaagcttgcaaTATGGAAGGGCATCAC----CGCCATAACTCTAC-GTCTGAAA-----CGTTT--------TGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-CTTTTCCCTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGAAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAA--GTCTTGTC
gi|79659                      :                                       TATAGAAGGGTATCGC----CGCCATTAGTCTAA-GTCTGCGATTTGTCGTTTGTTCT-------ATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCCTTATAAAAGT
gi|79660                      :                                       TATGGAAGGATATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGCCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTGGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTA
gi|79661                      :                                       TATGGAAGGGTGTCAC----CGCCATAACTCTTA-GT
gi|79662                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAAAGTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCCTAGGTCTTTTTAGG--AAATG-----AAATATTTCt
gi|79663                      :                                       TATAGAAGGGTATCGC----CGCCATTAGTCTAA-GTCTGCGATTTGTCGTTTGTTCT-------ATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAA
gi|79664                      :                                       TATGGAAGGGTATTAC----CGCCATAACTCTAA-GT
gi|79665                      :                                                                                    TGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTAAAAGTTT--C-TATCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACATTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTCt


blockSeqs                     :                                                       ATAT              A     T                                        GG G                      TC     GGTGT                                                                      GTC
blockSeqs                     :                                                       .                 .     A                                        .  .                      .      .                                                                          T  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     A                                        .  .                      .      .                                                                          G  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     C                                        .  .                      .      .                                                                          G  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     C                                        .  .                      .      .                                                                          T  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     A                                        .  .                      .      .                                                                          T  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     A                                        .  .                      .      .                                                                          G  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     C                                        .  .                      .      .                                                                          T  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     A                                        .  .                      .      .                                                                          T  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     A                                        .  .                      .      .                                                                          G  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     C                                        .  .                      .      .                                                                          A  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     A                                        .  .                      .      .                                                                          T  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     C                                        .  .                      .      .                                                                          G  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     A                                        .  .                      .      .                                                                          T  
blockSeqs                     :                                                       .                 .     C                                        .  .                      .      .                                                                             
blockSeqs                     :                                                       .                 .     C                                        .  .                      .      .                                                                             
blockSeqs                     :                                                       .                 .     C                                        .  .                      .      .                                                                             
blockSeqs                     :                                                       .                 .     C                                        .  .                      .      .                                                                             
blockSeqs                     :                                                       .                 .                                              .  .                      .      .                                                                             
blockSeqs                     :                                                       .                 .                                                 .                                                                                                           


blockSeqCons                  :                                       
originalCons                  :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTCTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
finalCons                     :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTCTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                       4444            0 1     1                                        22 1                      22     55555                                                                      555       
lowQualScore                  :                                                       ....            . .     .                                        .. .                      ..     .....                                                                      ...       
lowQualScore                  :                                                       0000            9 9     4                                        88 9                      88     00000                                                                      444       
consensus                     :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTCTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
Reference ( family-779 )      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTCTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79644                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-ATTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTTAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGA--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATGTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCTTGT
gi|79645                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTGTAA-GTTTGTAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCCTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATGTCACCTTTGTAAATTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79646                      :                                       TATGGAGGGGTATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTTAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCTGCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCGTTGTAAAAGTTACATAC--GTCTTGT
gi|79647                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAATTCTTA-GTCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTAGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTATATAC--GTCTTGTC
gi|79648                      :                                       TATGGAAGGGTATCATATATCACCATAAGTCTAA-GTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATTGGTGTACATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGATGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTACTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGT
gi|79649                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTCTAAGTTTGCTATTTGTCTATCCTAATATAGCGTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79650                      :                                       TATGGAAGGGACTCAC----CACCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGTTGTTTGTTCTTTGTGCAATGGTTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGCCTATCCTTCTATATCTTATCATTGTAAAAGTTACATAC--GTATTGTC
gi|79651                      :                                       TATGGAAGG-TATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATGTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGCTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCAATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCCGTC
gi|79652                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CACCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGTCATTTGTTCTTTGTGCAATTGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTATTTGTGAG--AAGTG-----AAATATTTCATCTTTGTAATTTTGCTATTTGTCTATCCTAGTGTATTCTACCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTC
gi|79653                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTTA-GTCTGAAATTTGT----------TTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAATATTTCACCTTTGTAACTTTGCTTATTGTCTATGCTACTATATCCTATCATTGTAAAAATTACATACGTCTCCTGTC
gi|79654                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCAAAACCCTTA-ATCTGAAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTTTTCTTAGTTCTTTATGGG--AAATT-----AAACATTTCTGCTTTGTTACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTGCATAC--GTCTTGTC
gi|79655                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCCAA-GTTTACAATTTGTCATTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTCGGCGTTGCTTTTT--TTCTTCGTTGGTCATATG-----GAACAT
gi|79656                      :                                       TATGGAAGGGTACCAC----TGCCATAACTCTTA-GACTGAAATTTGTCATTTG--------ACCATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTTGAGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTATCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTAACATAC--ATCTTGTC
gi|79657                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----TGCCATAACTCTAA-GCTTGCAATTTGTTGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTT
gi|79657                      :                                                                                                                           -TTTGTTGTTTGTTCTTTGTGC----AATGGGTGTAAATGTTTC---TTT----CTTC-----TTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTTCATAC--TTCCTGTCgtctatcctactatatcctatcattgtaaaagtttcatacttcctgtc
gi|79658                      : tatggaagggtatcactgccataactctaagcttgcaaTATGGAAGGGCATCAC----CGCCATAACTCTAC-GTCTGAAA-----CGTTT--------TGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-CTTTTCCCTAGTTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGAAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAA--GTCTTGTC
gi|79659                      :                                       TATAGAAGGGTATCGC----CGCCATTAGTCTAA-GTCTGCGATTTGTCGTTTGTTCT-------ATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCCTTATAAAAGT
gi|79660                      :                                       TATGGAAGGATATCAC----CGCCATAACTCTAA-GTTTGCAATTTGCCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAGTTCTTGGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACCTTTGTAACTTTGCTATTTGTCTA
gi|79661                      :                                       TATGGAAGGGTGTCAC----CGCCATAACTCTTA-GT
gi|79662                      :                                       TATGGAAGGGTATCAC----CGCCATAACTCTAAAGTTTGCAATTTGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGGTGTAAATGTTT--C-TTTCTTCCTAGGTCTTTTTAGG--AAATG-----AAATATTTCt
gi|79663                      :                                       TATAGAAGGGTATCGC----CGCCATTAGTCTAA-GTCTGCGATTTGTCGTTTGTTCT-------ATGGATGTAAATGTTT--C-TTTCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAA
gi|79664                      :                                       TATGGAAGGGTATTAC----CGCCATAACTCTAA-GT
gi|79665                      :                                                                                    TGTCGTTTGTTCTTTGTGCAATGGATGTAAAAGTTT--C-TATCTTCTTAATTCTTTGTGGG--AAATG-----AAACATTTCACATTTGTAACTTTGCTATTTGTCTATCCTACTATATCCTATCATTGTAAAAGTTACATAC--TTCCTGTCt