lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222 11111111 1111111111111111111111111111111111111111111 11111111 111111 1 1111111111111
lowQualScore : 5 5 66 5 5 5 5 55 3 3 2 22 2 0 0 1 33 5555555555555555555555555555555555555 2 33 0 00000000 0 0 4444444444444444444444444444444444444444444 00000000 555 2 7 33 0 2 33 0 77777 0 44 33 6666 222222 6 2 8 5 4444444444444 66 777 1
lowQualScore : . . .. . . . . .. . . . .. . . . . .. ..................................... . .. . ........ . . ........................................... ........ ... . . .. . . .. . ..... . .. .. .... ...... . . . . ............. .. ... .
lowQualScore : 0 0 99 0 2 0 0 00 9 8 0 88 0 1 5 0 11 2222222222222222222222222222222222222 5 99 6 44444444 4 1 4444444444444444444444444444444444444444444 44444444 000 9 9 99 7 9 99 7 11111 1 44 99 1111 333333 3 9 8 0 1111111111111 11 888 4
consensus : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCGTCAACCTACC-GGTTCGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGT--CAACCTT----------------A---ATT-T--A---------GTATAG-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GA-ACACT--GACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC-TAACTAGGGCTAT--AAT----TATGTA---ATTGAAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAATT--T---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
Reference ( gi|125486 ) : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGTTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTACT-AGTTCATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGT--CAACCTT----------------A---ATT-T--G---------GTATAG-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GA-ACACT--GACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC-TAACTAGGGCTAT--AAT----TATGTA---AATGAAAAGAATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAATT--T---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
gi|125488 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGTTGGTTTCATCAAACTACC-AGTTCATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGT--CAACCTT----------------A---ATT-T--A---------GAATAG-TGTT--ATGTGA--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GA-ACACT--GACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC-TAACTAGGGCTAT--AAT----TATGTA---ATTGAAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCTTAAGTTTGTT-TTAATT--T---A------A--TTAACAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATA
gi|125487 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGTTGGTTTCATCAAACTACC-AGTTCATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGT--CAACCTT----------------A---ATT-T--A---------GAATAG-TGTT--ATGTGA--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GA-ACACT--GACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC-TAACTAGGGCTAT--AAT----TATGTA---ATTGAAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCTTAAGTTTGTT-TTAATT--T---A------A--TTAACAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATA
gi|125489 : TTCTCTCAACACACTGTGAGCTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTACAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCAAGGATTATAGTGGTTTCATCAACCTACC-AGTTCATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCAT--CAACCTT----------------A---ATT-A--A---------GTATAG-AGTT--GTGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---AA-ACACT--TACAACT-GTGGTGATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC-TTACTAGGGCTAT--AAT----TATGTA---ATTGAAAAGTATTCATGAGTTATCAAATATTTAGCATTATTTTATT-TTAATT--T---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTAATCATTATCATATATA
gi|125490 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CT--AGTTTTAAT-TTCACA-TGCTTTGG-------GTGTTGGTGGTTTCATCAACCTACC-AGTTCATCTACTTTAATTT-TTT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGT--CAACCTT----------------A---ATT-T--A---------GTATAG-T---------------------------------------------------------------------------------ACAGCAA---GA-ACACT--GACAACT-GTG--TATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC-TAACTAGGGCTAT--AAT----TATGTA---ATTGAAAAGAATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAATT--T---A------A--TTAAAAC---AATTCTAGGCAAAACACTGATCGATATCATATATA
gi|125491 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTACC-AGTTCATCTAC-TTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGT--CAACCTT----------------A---ATT-T--A---------GTATAG-TGTT-----------------ACGCCA---------------------A---------------------ATG--------TACAGCAA---GA-ACACT--GACAACT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC-TAACTAGGGCTAT--AAT----TATGTAATTAATTAAAACAATT--TTAG--ACAAAACACTTATCAATA
gi|125492 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTTTGG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGCGATGGTGGTTTCATCAACCTACC-AGTTCATCTTCTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGAGAGTGGTTTTGT--CA
gi|125493 : TT-GG-GTTAGTGA-CTTTTGGGCCAAT-TTCACA-TGCTTTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTATC-AGTTCATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-ACCAGGTAGTGGTTTTGT--CAATCTT----------------A---ATT-T--A---------GTATAG-TGTT--ATGTGG--------CACGGCA---------------------A---------------------ATA--------TGCAGCAA---TA-GCACT--GACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC-TAACTAGGGCTAT--AAT----TAT-T----AATTAAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATAAGTTTGTT-TTAATT--T---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAAGACTGATCAATATCATATATA
gi|125494 : T-GGTGTC--CGGGCTGTA-CTACAATGTTTACAATGATTTGACACGCGGGAAA-AGTGGTTTCGTCCATCTACC-GGTTCGTCTACCTC-ATTT-T
gi|125495 : CACGGGTGATGGTGGTTTCGTCTACTTACC-GGTTCGTCTACCTTAATTT-AGT-GTT--GAA-AAGACG-AGTGGTTTCAT--C--------------------------------------------TATAA-TGAT--ATGTGG--------CACGC
gi|125496 : ATGGGTGACGGTGGTGTCTTCAACCTACC-AGTTTGTCTACCGTAATTT-TGT-ATT--TCA-AGCAGacgtcagttaattaacgaggtgtgataatcgaatatacagcaatatacagcaagaagattttggataggtgagaattccgggctataataatatcattgaaaagtattattttacttgtttttattattaaattttaaatatttttaggcaa
gi|125497 : CGAATTATAGTGGTTTTGCCAACATACC-GGTTCGTCTACCTTAATTTATATAGTG--AGC-TATA---AGTAGTTTCGT--CTACCTT--------------------ATT-T--G---------ATATGG-TG
gi|125498 : GGGTGACAGTGGTTTCGTCAACCTACC-AGTTCATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCAT--TAACCTT----------------A---CTC-T--A---------GTAAAA-TGTT--ATGTTG--------CATGCCA---------------------ACTAACCAGGTGTGATAATCCAATA--------TACAGCAA---GA-AGACT--GACAACT-ATG--GATGGGTGAGAACCGGTTATTG-----TCTGTTGAAC-AAACTGGGGCTAT--AAG----TAAGTC---ATTGGAAAG---TAACAAGTAATAAAATATTTAATATTA-TTTTTT-TTA--T--TAAAA------A--TTAAAACAATAATTTTAGGTAAAACACTTATCAGAATCAT
gi|125499 : GGATGACGGTGCTTTCGTCAACCTACC-GGTTCGTCTACCTTAATTT-TGC-TTT--GAA-AA
gi|125500 : GGTGACGATTGTTTCGTCAACCAACC-GATTCATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCGT--CAACCTT----------------A---ATA-C--A---------GTATAG-TGTT--ATGAAG--------CATGCCA---------------------ATCAACCAGGTTATACTCCA--ATA--------TACAGAAA---GA-AAACT--GACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGA-----TCTGTTGATTGTAATTA----TATGAAATCAAGTATGTC---ATTGGAAAG--TAAAT-AGTAATAAAATATTCAATATTATTTTATTATT--TT--T---ATCAAAGA--TTAAAAC---AATTTAAGACAAATCACTCATTAATACCAT-TAT
gi|125501 : GGTGATGGTGGTTTCATCTACCTACC-TGTTCATCTACCTTAATTT-ACT-GTTGAAAA-GACA---AGTGATTTCGT--CTACCTTATTTTAGTGTTGTGTCA---ATT-T--T---------GTATAG-TGAT--ATGTGA--------TAAGACAATTAACTAGATGCGATAATTGA---------------------ATA--------TACAGCAA---GA-A---------GATT-GTG--GATAGGTGAGAA----TTCCGG-----GCTAT--AAC-TA--TATG--TAT--TAT----TAT
gi|125502 : GTGATAGTGTTTTTTTCAACCTAGT-AGTTCATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGCTAGTGGTACTGT--CAATCTT----------------A---ATT-C--A---------ACATAG-ATTC--ATGTGG--------CATGCCA---------------------ACTAACTAGGTGTG--------ATAATCCAATTTACAGCAA---CA-AGACT--GAAAATT-GTG--GATAGATGAGAACCAATTATGGTTATATCTGTT------------GGCTAT--AAT----TATATA---
gi|125503 : GTTGTTTCATCTACCTACC-GGTTTGTCTATCTTAATTTATAT-AGT--AAGCCATA---AGTGGTTTCGT--CTACCTT--------------------ATT-T--T---------ATATAG-CGgtcaagtatgtcattggaaagtaacaagta
gi|125504 : TGATTTCATCTA--TACTGATTTCATCTACACTGATTT--GT-GTT--TAT-TACAGAATTTGGTTTCGT--AAACCTTTC--------------ATGTATT-TTAGT--------GTATAGTTATTGCATGCAGATAAACCACATGTTATTAATCC--------------A---------------------ATA--------AACAGTAAGCTGA-A---T--GAAAATT-ATG--CATATATTAGAAT--------G-----TCTGTTCAAC-GGACCAGGGCTAT--GAT----TATAT
gi|125505 : GTTTCCT-ATCTTTCT-AGTCC--TTGCCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCAT--CAA
gi|125506 : TCATAAAT-TACT--GTTCGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAAGTAGTGGTTTCGT--CAACCTT----------------A---ATT-T--A---------GTAAAG-TGTT--ATGTAG--------TATGCCAATTAACCGGGTGTGATAATCCA---------------------ATA--------TATAGCAA---GA-AGACT--GACA----------ATAGGTGAGAACCAGTTACAG-----TCTGCTGAAC-AAACTGGGGTTAT--AAT----TAT
gi|125507 : CGTCTACCTTGATTT-TGT-GTA--AAA-AACAGGTTGTAGTTTCGTTACAA--TT----------------A---AGTAT--GTAAAAATATGTATTA-T-TT--ATGTTG--------CATG-----------------------------------------------------------TAG-AA---GA-A---T--GA-AATTAATG--CATAGATGAGAACATGTAATGG-----TCTGATAAAC-GAGCCAGAAGTAT--AAT----TAagagtgtacttaaaaa
gi|125495 : CG---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---TATACAGCAAGAAGATT-TTG--GATAGGTGAGAAT--------------TCCG--------------GGCTAT--AAT----AATATC---ATTGAAAAGTATTA----------------TT----TTA-CTTGTT-TTTATTATT---A------AATTTTAAAT---ATTTTTAGGCAA
gi|125491 : cacgggtgatggtggtttcgtctacttaccggttcgtctaccttaatttagtgttgaaaagacgagtggtttcatctataatgatatgtggcacgcacgtcagttaattaacgaggtgtgataatTAATT------A------A--TTAAAAC---AATTTTAGACAAAACACTTATCAATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999 11111111 1 1111 111111
lowQualScore : 4 4 66 4 4 4 1 0 1 3 1 22 1 666666 8888888888888888 999999999 2 33 1 99999999 8888888888888888888888888888888888888888888 99999999 444 0 2 33 66666 66 33 1111 66666 555 2 3 4 0 1 3 4 66 777 222222 66 777
lowQualScore : . . .. . . . . . . . . .. . ...... ................ ......... . .. . ........ ........................................... ........ ... . . .. ..... .. .. .... ..... ... . . . . . . . .. ... ...... .. ...
lowQualScore : 4 4 11 4 4 4 9 6 9 6 9 66 9 888888 8888888888888888 444444444 4 77 5 77777777 2222222222222222222222222222222222222222222 33333333 777 0 7 77 77777 33 77 3333 77777 888 5 2 1 7 2 9 4 11 888 888888 11 888
consensus : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCGTCAACCTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
Reference ( family-768 ) : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCGTCAACCTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
gi|125486 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGTTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTACTAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTG----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAAATG---AAAAGAATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
gi|125487 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGTTGGTTTCATCAAACTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTA----------------GAATA---------G-TGTT--ATGTGA--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCTTAAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAACAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATA
gi|125488 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGTTGGTTTCATCAAACTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTA----------------GAATA---------G-TGTT--ATGTGA--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCTTAAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAACAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATA
gi|125489 : TTCTCTCAACACACTGTGAGCTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTACAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCAAGGATTATAGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCATCAACCT------TAATTAA----------------GTATA---------G-AGTT--GTGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---AAACACTTACAACT-GTGGTGATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TTACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTCATGAGTTATCAAATATTTAGCATTATTTTATT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTAATCATTATCATATATA
gi|125490 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CT--AGTTTTAAT-TTCACA-TGCTTTGG-------GTGTTGGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TTT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-T---------------------------------------------------------------------------------ACAGCAA---GAACACTGACAACT-GTG--TATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGAATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTCTAGGCAAAACACTGATCGATATCATATATA
gi|125491 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTA-CTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT-----------------ACGCCA---------------------A---------------------ATG--------TACAGCAA---GAACACTGACAACT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTAATTAAAACAATT--TTAG--ACAAAACACTTATCAATA
gi|125492 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTTTGG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGCGATGGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTTCTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGAGAGTGGTTTTGTCA
gi|125493 : TT-GG-GTTAGTGA-CTTTTGGGCCAAT-TTCACA-TGCTTTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTATCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-ACCAGGTAGTGGTTTTGTCAATCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGGCA---------------------A---------------------ATA--------TGCAGCAA---TAGCACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----T-TAATT----AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATAAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAAGACTGATCAATATCATATATA
gi|125494 : T-GGTGTC--CGGGCTGTA-CTACAATGTTTACAATGATTTGACACGCGGGAAA-AGTGGTTTCGTCCATCTACCGGTT-CGTCTACCTC-ATTT-T
gi|125495 : CACGGGTGATGGTGGTTTCGTCTACTTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-AGT-GTT--GAA-AAGACG-AGTGGTTTCATC-----------------------------------TATA---------A-TGAT--ATGTGG--------CACGC
gi|125495 : ---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAA-------GATT-TTG--GATAGGTGAGAAT--------------TCC---------------GGGCTAT--AAT----AA-----TATCATTG---AAAAGTATT-AT-------------TTTA-------CTTGTT-TTTATTATT---A------AATTTTAAAT---ATTTTTAGGCAAacgtcagttaattaacgaggtgtgataatcgaatatacagcaatatacagcaagaagattttggataggtgagaattccgggctataataatatcattgaaaagtattattttacttgtttttattattaaattttaaatatttttaggcaa
gi|125496 : cacgggtgatggtggtttcgtctacttaccggttcgtctaccttaatttagtgttgaaaagacgagtggtttcatctataatgatatgtggcacgcacgtcagttaattaacgaggtgtgataatcgaatatacagcATGGGTGACGGTGGTGTCTTCAACCTACCAGTT-TGTCTACCGTAATTT-TGT-ATT--TCA-AGCAG
gi|125497 : CGAATTATAGTGGTTTTGCCAACATACCGGTT-CGTCTACCTTAATTTATATAGTG--AGC-TATA---AGTAGTTTCGTCTACCT------T-ATTTG----------------ATATG---------G-TG
gi|125498 : GGGTGACAGTGGTTTCGTCAACCTACCAGTT-CATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCATTAACCT------TACTCTA----------------GTAAA---------A-TGTT--ATGTTG--------CATGCCA---------------------ACTAACCAGGTGTGATAATCCAATA--------TACAGCAA---GAAGACTGACAACT-ATG--GATGGGTGAGAACCGGTTATTG-----TCTGTTGAAC--AAACTGGGGCTAT--AAG----TA-----AGTCATTG---GAAAG---TAACAAGTAATAAAATATTTAATATTA-TTTTTT-TTA----TTAAAA------A--TTAAAACAATAATTTTAGGTAAAACACTTATCAGAATCAT
gi|125499 : GGATGACGGTGCTTTCGTCAACCTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGC-TTT--GAA-AA
gi|125500 : GGTGACGATTGTTTCGTCAACCAACCGATT-CATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATACA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGAAG--------CATGCCA---------------------ATCAACCAGGTTATACTCCA--ATA--------TACAGAAA---GAAAACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGA-----TCTGTTGATTG-TAATTA----TATGAAATCAAGTA-----TGTCATTG---GAAAGTA--AAT-AGTAATAAAATATTCAATATTATTTTATTATT--T--TT---ATCAAAGA--TTAAAAC---AATTTAAGACAAATCACTCATTAATACCAT-TAT
gi|125501 : GGTGATGGTGGTTTCATCTACCTACCTGTT-CATCTACCTTAATTT-ACT-GTTGAAAA-GACA---AGTGATTTCGTCTACCT------TATTTTAGTGTTGTGTCAATTTTGTATA---------G-TGAT--ATGTGA--------TAAGACA---------------------ATTAACTAGATGCG--------ATAATTGAATATACAGCAA---GAA-------GATT-GTG--GATAGGTGAGAA----TTCCGG-----GCTAT--AAC--TA--TATG--TAT--TAT----TA-----T
gi|125502 : GTGATAGTGTTTTTTTCAACCTAGTAGTT-CATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGCTAGTGGTACTGTCAATCT------TAATTCA----------------ACATA---------G-ATTC--ATGTGG--------CATGCCA---------------------ACTAACTAGGTGTG--------ATAATCCAATTTACAGCAA---CAAGACTGAAAATT-GTG--GATAGATGAGAACCAATTATGGTTATATCTGTTG-GCTATAATTA----TAT--AGTCAAGTA-----TGTCATTG---GAAAGTA
gi|125503 : GTTGTTTCATCTACCTACCGGTT-TGTCTATCTTAATTTATAT-AGT--AAGCCATA---AGTGGTTTCGTCTACCT------TATTTTA-----------------TATA---------G-CGacaagta
gi|125504 : TGATTTCATCTA--TACTGATTTCATCTACACTGATTT--GT-GTT--TAT-TACAGAATTTGGTTTCGTAAACCTTTCATGTATTTTAGT--------------GTATA---------GTTATTGCATGCAGATAAACCACATGTTATTAATCC--------------A---------------------ATA--------AACAGTAAGCTGAA---TGAAAATT-ATG--CATATATTAGAAT--------G-----TCTGTTCAAC--GGACCAGGGCTAT--GAT----TA-----TAT
gi|125505 : TGCCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCATCAA
gi|125506 : gtttcctatctttctagtcctGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAAGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTAAA---------G-TGTT--ATGTAG--------TATGCCAATTAACCGGGTGTGATAATCCA---------------------ATA--------TATAGCAA---GAAGACTGACA----------ATAGGTGAGAACCAGTTACAG-----TCTGCTGAAC--AAACTGGGGTTAT--AAT----TATAGAGTGTACTTA---AAAA
gi|125507 : tcataaattact-CGTCTACCTTGATTT-TGT-GTA--AAA-AACAGGTTGTAGTTTCGTTA----------CAATTAA----------------GTATGTAAAAATATG-TATT--ATTT-----------ATGTTG---------------------C---------------------ATG--------T--AG-AA---GAA---TGA-AATTAATG--CATAGATGAGAACATGTAATGG-----TCTGATAAAC--GAGCCAGAAGTAT--AAT----TA-----
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999 11111111 1 1111 111111
lowQualScore : 4 4 66 4 4 4 1 0 1 3 1 22 1 666666 8888888888888888 999999999 2 33 1 99999999 8888888888888888888888888888888888888888888 99999999 444 0 2 33 66666 66 33 1111 66666 555 2 3 4 0 1 3 4 66 777 222222 66 777
lowQualScore : . . .. . . . . . . . . .. . ...... ................ ......... . .. . ........ ........................................... ........ ... . . .. ..... .. .. .... ..... ... . . . . . . . .. ... ...... .. ...
lowQualScore : 4 4 11 4 4 4 9 6 9 6 9 66 9 888888 8888888888888888 444444444 4 77 5 77777777 2222222222222222222222222222222222222222222 33333333 777 0 7 77 77777 33 77 3333 77777 888 5 2 1 7 2 9 4 11 888 888888 11 888
consensus : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCGTCAACCTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
Reference ( family-768 ) : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCGTCAACCTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
gi|125486 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGTTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTACTAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTG----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAAATG---AAAAGAATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
gi|125487 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGTTGGTTTCATCAAACTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTA----------------GAATA---------G-TGTT--ATGTGA--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCTTAAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAACAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATA
gi|125488 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGTTGGTTTCATCAAACTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTA----------------GAATA---------G-TGTT--ATGTGA--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCTTAAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAACAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATA
gi|125489 : TTCTCTCAACACACTGTGAGCTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTACAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCAAGGATTATAGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCATCAACCT------TAATTAA----------------GTATA---------G-AGTT--GTGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---AAACACTTACAACT-GTGGTGATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TTACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTCATGAGTTATCAAATATTTAGCATTATTTTATT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTAATCATTATCATATATA
gi|125490 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CT--AGTTTTAAT-TTCACA-TGCTTTGG-------GTGTTGGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TTT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-T---------------------------------------------------------------------------------ACAGCAA---GAACACTGACAACT-GTG--TATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGAATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTCTAGGCAAAACACTGATCGATATCATATATA
gi|125491 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTA-CTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT-----------------ACGCCA---------------------A---------------------ATG--------TACAGCAA---GAACACTGACAACT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTAATTAAAACAATT--TTAG--ACAAAACACTTATCAATA
gi|125492 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTTTGG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGCGATGGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTTCTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGAGAGTGGTTTTGTCA
gi|125493 : TT-GG-GTTAGTGA-CTTTTGGGCCAAT-TTCACA-TGCTTTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTATCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-ACCAGGTAGTGGTTTTGTCAATCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGGCA---------------------A---------------------ATA--------TGCAGCAA---TAGCACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----T-TAATT----AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATAAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAAGACTGATCAATATCATATATA
gi|125494 : T-GGTGTC--CGGGCTGTA-CTACAATGTTTACAATGATTTGACACGCGGGAAA-AGTGGTTTCGTCCATCTACCGGTT-CGTCTACCTC-ATTT-T
gi|125495 : CACGGGTGATGGTGGTTTCGTCTACTTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-AGT-GTT--GAA-AAGACG-AGTGGTTTCATC-----------------------------------TATA---------A-TGAT--ATGTGG--------CACGC
gi|125495 : ---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAA-------GATT-TTG--GATAGGTGAGAAT--------------TCC---------------GGGCTAT--AAT----AA-----TATCATTG---AAAAGTATT-AT-------------TTTA-------CTTGTT-TTTATTATT---A------AATTTTAAAT---ATTTTTAGGCAAacgtcagttaattaacgaggtgtgataatcgaatatacagcaatatacagcaagaagattttggataggtgagaattccgggctataataatatcattgaaaagtattattttacttgtttttattattaaattttaaatatttttaggcaa
gi|125496 : cacgggtgatggtggtttcgtctacttaccggttcgtctaccttaatttagtgttgaaaagacgagtggtttcatctataatgatatgtggcacgcacgtcagttaattaacgaggtgtgataatcgaatatacagcATGGGTGACGGTGGTGTCTTCAACCTACCAGTT-TGTCTACCGTAATTT-TGT-ATT--TCA-AGCAG
gi|125497 : CGAATTATAGTGGTTTTGCCAACATACCGGTT-CGTCTACCTTAATTTATATAGTG--AGC-TATA---AGTAGTTTCGTCTACCT------T-ATTTG----------------ATATG---------G-TG
gi|125498 : GGGTGACAGTGGTTTCGTCAACCTACCAGTT-CATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCATTAACCT------TACTCTA----------------GTAAA---------A-TGTT--ATGTTG--------CATGCCA---------------------ACTAACCAGGTGTGATAATCCAATA--------TACAGCAA---GAAGACTGACAACT-ATG--GATGGGTGAGAACCGGTTATTG-----TCTGTTGAAC--AAACTGGGGCTAT--AAG----TA-----AGTCATTG---GAAAG---TAACAAGTAATAAAATATTTAATATTA-TTTTTT-TTA----TTAAAA------A--TTAAAACAATAATTTTAGGTAAAACACTTATCAGAATCAT
gi|125499 : GGATGACGGTGCTTTCGTCAACCTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGC-TTT--GAA-AA
gi|125500 : GGTGACGATTGTTTCGTCAACCAACCGATT-CATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATACA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGAAG--------CATGCCA---------------------ATCAACCAGGTTATACTCCA--ATA--------TACAGAAA---GAAAACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGA-----TCTGTTGATTG-TAATTA----TATGAAATCAAGTA-----TGTCATTG---GAAAGTA--AAT-AGTAATAAAATATTCAATATTATTTTATTATT--T--TT---ATCAAAGA--TTAAAAC---AATTTAAGACAAATCACTCATTAATACCAT-TAT
gi|125501 : GGTGATGGTGGTTTCATCTACCTACCTGTT-CATCTACCTTAATTT-ACT-GTTGAAAA-GACA---AGTGATTTCGTCTACCT------TATTTTAGTGTTGTGTCAATTTTGTATA---------G-TGAT--ATGTGA--------TAAGACA---------------------ATTAACTAGATGCG--------ATAATTGAATATACAGCAA---GAA-------GATT-GTG--GATAGGTGAGAA----TTCCGG-----GCTAT--AAC--TA--TATG--TAT--TAT----TA-----T
gi|125502 : GTGATAGTGTTTTTTTCAACCTAGTAGTT-CATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGCTAGTGGTACTGTCAATCT------TAATTCA----------------ACATA---------G-ATTC--ATGTGG--------CATGCCA---------------------ACTAACTAGGTGTG--------ATAATCCAATTTACAGCAA---CAAGACTGAAAATT-GTG--GATAGATGAGAACCAATTATGGTTATATCTGTTG-GCTATAATTA----TAT--AGTCAAGTA-----TGTCATTG---GAAAGTA
gi|125503 : GTTGTTTCATCTACCTACCGGTT-TGTCTATCTTAATTTATAT-AGT--AAGCCATA---AGTGGTTTCGTCTACCT------TATTTTA-----------------TATA---------G-CGacaagta
gi|125504 : TGATTTCATCTA--TACTGATTTCATCTACACTGATTT--GT-GTT--TAT-TACAGAATTTGGTTTCGTAAACCTTTCATGTATTTTAGT--------------GTATA---------GTTATTGCATGCAGATAAACCACATGTTATTAATCC--------------A---------------------ATA--------AACAGTAAGCTGAA---TGAAAATT-ATG--CATATATTAGAAT--------G-----TCTGTTCAAC--GGACCAGGGCTAT--GAT----TA-----TAT
gi|125505 : TGCCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCATCAA
gi|125506 : gtttcctatctttctagtcctGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAAGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTAAA---------G-TGTT--ATGTAG--------TATGCCAATTAACCGGGTGTGATAATCCA---------------------ATA--------TATAGCAA---GAAGACTGACA----------ATAGGTGAGAACCAGTTACAG-----TCTGCTGAAC--AAACTGGGGTTAT--AAT----TATAGAGTGTACTTA---AAAA
gi|125507 : tcataaattact-CGTCTACCTTGATTT-TGT-GTA--AAA-AACAGGTTGTAGTTTCGTTA----------CAATTAA----------------GTATGTAAAAATATG-TATT--ATTT-----------ATGTTG---------------------C---------------------ATG--------T--AG-AA---GAA---TGA-AATTAATG--CATAGATGAGAACATGTAATGG-----TCTGATAAAC--GAGCCAGAAGTAT--AAT----TA-----
blockSeqs : T T AG G G A A T A A GA C TTCATG GTGTTGTGTCAATTTT TAAAAATAT T GC G ATAAACCA ACTAACCAGGTGTGATAATCCA ATTGAATA GCT C A GT TTATA TA GA CAAG TAGAG ATT T A G A G A TA AAA TCAAAG AT AAT
blockSeqs : . . . . . . A . A . . . . GT . . . G . ATTAACCGGGTGTGATAATCCA ATCCAATT . C . . . G . CAAG . . T A G A G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . G . ATCAACCAGGTTATACTCCA . . C . . . . . . . . T C G T T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . G . ATTAACTAGATGCG . . C . . . . . . . . A A G T G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . G . ACTAACTAGGTGTG . . C . . . . . . . . A A T T G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . T . TTAATCCA . . C . . . . . . . . T A G A T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . A . A . . G . . . . . . . . T A A T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . G . A . . A . . . . . . . . T . . T . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . G . A . . G . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . A . A . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCGTCAACCTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
finalCons : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCGTCAACCTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999 11111111 1 1111 111111
lowQualScore : 4 4 66 4 4 4 1 0 1 3 1 22 1 666666 8888888888888888 999999999 2 33 1 99999999 8888888888888888888888888888888888888888888 99999999 444 0 2 33 66666 66 33 1111 66666 555 2 3 4 0 1 3 4 66 777 222222 66 777
lowQualScore : . . .. . . . . . . . . .. . ...... ................ ......... . .. . ........ ........................................... ........ ... . . .. ..... .. .. .... ..... ... . . . . . . . .. ... ...... .. ...
lowQualScore : 4 4 11 4 4 4 9 6 9 6 9 66 9 888888 8888888888888888 444444444 4 77 5 77777777 2222222222222222222222222222222222222222222 33333333 777 0 7 77 77777 33 77 3333 77777 888 5 2 1 7 2 9 4 11 888 888888 11 888
consensus : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCGTCAACCTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
Reference ( family-768 ) : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCGTCAACCTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
gi|125486 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGTTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTACTAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTG----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAAATG---AAAAGAATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATATA
gi|125487 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGTTGGTTTCATCAAACTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTA----------------GAATA---------G-TGTT--ATGTGA--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCTTAAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAACAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATA
gi|125488 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGTTGGTTTCATCAAACTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTA----------------GAATA---------G-TGTT--ATGTGA--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAACACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCTTAAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAACAC---AATTTTAGGCAAAACACTGATCAATATCATATA
gi|125489 : TTCTCTCAACACACTGTGAGCTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTACAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCAAGGATTATAGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCATCAACCT------TAATTAA----------------GTATA---------G-AGTT--GTGTGG--------CACGCCA---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---AAACACTTACAACT-GTGGTGATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TTACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGTATTCATGAGTTATCAAATATTTAGCATTATTTTATT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAACACTAATCATTATCATATATA
gi|125490 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CT--AGTTTTAAT-TTCACA-TGCTTTGG-------GTGTTGGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TTT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTTGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-T---------------------------------------------------------------------------------ACAGCAA---GAACACTGACAACT-GTG--TATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTG---AAAAGAATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATTAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTCTAGGCAAAACACTGATCGATATCATATATA
gi|125491 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTT-GG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTA-CTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT-----------------ACGCCA---------------------A---------------------ATG--------TACAGCAA---GAACACTGACAACT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----TGTAATTAATTAAAACAATT--TTAG--ACAAAACACTTATCAATA
gi|125492 : TTCTCTCAACACACTGTGAGTTTTGG-GTC--CGA-CTGTAGCTTCAAT-TTCACA-TGCTGTGGCCCACGGGCGATGGTGGTTTCATCAACCTACCAGTT-CATCTTCTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-AACAGAGAGTGGTTTTGTCA
gi|125493 : TT-GG-GTTAGTGA-CTTTTGGGCCAAT-TTCACA-TGCTTTGGCCCACGGGTGATGGTGGTTTCATCAACCTATCAGTT-CATCTACTTTAATTT-TGT-GTT--AAA-ACCAGGTAGTGGTTTTGTCAATCT------TAATTTA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGTGG--------CACGGCA---------------------A---------------------ATA--------TGCAGCAA---TAGCACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGG-----TCTGTTGAAC--TAACTAGGGCTAT--AAT----TA-----T-TAATT----AAAAGTATTAATGAGTAATAAAATATTTAGCATAAGTTTGTT-TTAAT--TT---A------A--TTAAAAC---AATTTTAGGCAAAAGACTGATCAATATCATATATA
gi|125494 : T-GGTGTC--CGGGCTGTA-CTACAATGTTTACAATGATTTGACACGCGGGAAA-AGTGGTTTCGTCCATCTACCGGTT-CGTCTACCTC-ATTT-T
gi|125495 : CACGGGTGATGGTGGTTTCGTCTACTTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-AGT-GTT--GAA-AAGACG-AGTGGTTTCATC-----------------------------------TATA---------A-TGAT--ATGTGG--------CACGC
gi|125495 : ---------------------A---------------------ATA--------TACAGCAA---GAA-------GATT-TTG--GATAGGTGAGAAT--------------TCC---------------GGGCTAT--AAT----AA-----TATCATTG---AAAAGTATT-AT-------------TTTA-------CTTGTT-TTTATTATT---A------AATTTTAAAT---ATTTTTAGGCAAacgtcagttaattaacgaggtgtgataatcgaatatacagcaatatacagcaagaagattttggataggtgagaattccgggctataataatatcattgaaaagtattattttacttgtttttattattaaattttaaatatttttaggcaa
gi|125496 : cacgggtgatggtggtttcgtctacttaccggttcgtctaccttaatttagtgttgaaaagacgagtggtttcatctataatgatatgtggcacgcacgtcagttaattaacgaggtgtgataatcgaatatacagcATGGGTGACGGTGGTGTCTTCAACCTACCAGTT-TGTCTACCGTAATTT-TGT-ATT--TCA-AGCAG
gi|125497 : CGAATTATAGTGGTTTTGCCAACATACCGGTT-CGTCTACCTTAATTTATATAGTG--AGC-TATA---AGTAGTTTCGTCTACCT------T-ATTTG----------------ATATG---------G-TG
gi|125498 : GGGTGACAGTGGTTTCGTCAACCTACCAGTT-CATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCATTAACCT------TACTCTA----------------GTAAA---------A-TGTT--ATGTTG--------CATGCCA---------------------ACTAACCAGGTGTGATAATCCAATA--------TACAGCAA---GAAGACTGACAACT-ATG--GATGGGTGAGAACCGGTTATTG-----TCTGTTGAAC--AAACTGGGGCTAT--AAG----TA-----AGTCATTG---GAAAG---TAACAAGTAATAAAATATTTAATATTA-TTTTTT-TTA----TTAAAA------A--TTAAAACAATAATTTTAGGTAAAACACTTATCAGAATCAT
gi|125499 : GGATGACGGTGCTTTCGTCAACCTACCGGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGC-TTT--GAA-AA
gi|125500 : GGTGACGATTGTTTCGTCAACCAACCGATT-CATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATACA----------------GTATA---------G-TGTT--ATGAAG--------CATGCCA---------------------ATCAACCAGGTTATACTCCA--ATA--------TACAGAAA---GAAAACTGACAATT-GTG--GATAGGTGAGAACCAGTTATGA-----TCTGTTGATTG-TAATTA----TATGAAATCAAGTA-----TGTCATTG---GAAAGTA--AAT-AGTAATAAAATATTCAATATTATTTTATTATT--T--TT---ATCAAAGA--TTAAAAC---AATTTAAGACAAATCACTCATTAATACCAT-TAT
gi|125501 : GGTGATGGTGGTTTCATCTACCTACCTGTT-CATCTACCTTAATTT-ACT-GTTGAAAA-GACA---AGTGATTTCGTCTACCT------TATTTTAGTGTTGTGTCAATTTTGTATA---------G-TGAT--ATGTGA--------TAAGACA---------------------ATTAACTAGATGCG--------ATAATTGAATATACAGCAA---GAA-------GATT-GTG--GATAGGTGAGAA----TTCCGG-----GCTAT--AAC--TA--TATG--TAT--TAT----TA-----T
gi|125502 : GTGATAGTGTTTTTTTCAACCTAGTAGTT-CATCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGCTAGTGGTACTGTCAATCT------TAATTCA----------------ACATA---------G-ATTC--ATGTGG--------CATGCCA---------------------ACTAACTAGGTGTG--------ATAATCCAATTTACAGCAA---CAAGACTGAAAATT-GTG--GATAGATGAGAACCAATTATGGTTATATCTGTTG-GCTATAATTA----TAT--AGTCAAGTA-----TGTCATTG---GAAAGTA
gi|125503 : GTTGTTTCATCTACCTACCGGTT-TGTCTATCTTAATTTATAT-AGT--AAGCCATA---AGTGGTTTCGTCTACCT------TATTTTA-----------------TATA---------G-CGacaagta
gi|125504 : TGATTTCATCTA--TACTGATTTCATCTACACTGATTT--GT-GTT--TAT-TACAGAATTTGGTTTCGTAAACCTTTCATGTATTTTAGT--------------GTATA---------GTTATTGCATGCAGATAAACCACATGTTATTAATCC--------------A---------------------ATA--------AACAGTAAGCTGAA---TGAAAATT-ATG--CATATATTAGAAT--------G-----TCTGTTCAAC--GGACCAGGGCTAT--GAT----TA-----TAT
gi|125505 : TGCCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAGGTAGTGGTTTCATCAA
gi|125506 : gtttcctatctttctagtcctGTT-CGTCTACCTTAATTT-TGT-GTT--GAA-AACAAGTAGTGGTTTCGTCAACCT------TAATTTA----------------GTAAA---------G-TGTT--ATGTAG--------TATGCCAATTAACCGGGTGTGATAATCCA---------------------ATA--------TATAGCAA---GAAGACTGACA----------ATAGGTGAGAACCAGTTACAG-----TCTGCTGAAC--AAACTGGGGTTAT--AAT----TATAGAGTGTACTTA---AAAA
gi|125507 : tcataaattact-CGTCTACCTTGATTT-TGT-GTA--AAA-AACAGGTTGTAGTTTCGTTA----------CAATTAA----------------GTATGTAAAAATATG-TATT--ATTT-----------ATGTTG---------------------C---------------------ATG--------T--AG-AA---GAA---TGA-AATTAATG--CATAGATGAGAACATGTAATGG-----TCTGATAAAC--GAGCCAGAAGTAT--AAT----TA-----