lowQualScore : 1111 44444 1111 1 1111 111 1111111 111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111111 11111 33333333333333333333333333333 222222
lowQualScore : 444 33 0000 7 2 33 8888888 2 0 00000 2 99999 2 88 555 1111 0 2 8888 4 3 8 5555 0 1 8 0 8888888 22 2 2222 777 6 33 5555555 000000000 2 5555 55555555555555555555555555555555555555555555555555 9999999999999999999 0 77777 5555 77777777777777777777777777777 555555
lowQualScore : ... .. .... . . .. ....... . . ..... . ..... . .. ... .... . . .... . . . .... . . . . ....... .. . .... ... . .. ....... ......... . .... .................................................. ................... . ..... .... ............................. ......
lowQualScore : 444 44 6666 6 5 44 1111111 7 5 33333 9 77777 7 00 444 2222 0 6 4444 9 4 4 3333 4 7 0 9 1111111 88 5 8888 555 6 44 3333333 888888888 5 3333 66666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444444444444 8 55555 7777 55555555555555555555555555555 444444
consensus : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--A-------TTGAATGTGGCATCGACTCGAGACGAACCGAGGCTATATCCGGT--ATAC-ACG-----ATACTTCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAACGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAANAATGTACATAT-------T-TA-GA----AAAGT---TTAGTTA--AATTAA----ACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT-----------------------AAA-------------------CGAACT----GATAAA----AT------TG----------C-----GCG--GTGGGTGGGGTAT-TGGG-ATATATATA
Reference ( gi|131529 ) : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--A-------TTGAATGTGGCATCGACTTGAGACGAACCGAGGCTATATCCTG---ATAC-ACA-----ATACTTCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATAT-------T-TA-GA----AAAGT---TTAGTCA--AATTTA----ACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT-----------------------AAA-------------------TGAACA----GATAAA----AT------TG----------C-----ACA--GTGGGTGGGGTAT-TGAG-ATATATATA
gi|131530 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAGTAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--A-------TTGAATGTGGCATCGGCTCGAGACAAACCGAGGCTATATCCCT---ATAC-ACG-----ATACTTCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTCAAATGAGAACACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATAT-------T-TA-GA----AAAGT---TTAGTCA--AATTAA----ACACAGA-------A-AGCA-CGA----A-----------A------------AAT-----------------------AAA-------------------CAAACT----GATAAA----AT------TG----------C-----GTG--GTGGATGGAGTAT-TGGG-ATATATATA
gi|131531 : AGAATAATACTGC---ATTTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--A-------T-GAATGTGGTATCGGCTCGAGACGAACCGAGGCTATAT---------AC-ATG-----ATACTTCCGGTTAACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAGT-TTATTGAAACTCATTCATTCAAATGAGAACATAATTATGATGTTGGTAATAATAATATACATAT-------T-TA-GA----AAAGT---TTAGTCA--AATTAA----ACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT-----------------------AAA-------------------CGAACT----GATAAA----AT------TG----------C-----GCG--GTGGGTGGGGTAT-TGGG-ATATATATA
gi|131532 : AGAATAATACTGT---TACTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGGCAACATTCAAA-GC--A-------TTAAATGTGACATCGACTCGAGACGAACTGAGGCTATATTCGGT--ATAC-ACG-----ATGCTTCAGGTTTACATC-CCGAAT-CTATTTTTTTAGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATAT-------T-TA-GA----AAACT---TTAGTCA--AATTAA----ACACATA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT-----------------------AAC-------------------T---------GATAAA----AC------TG----------C-----GC-----------CATAT-TGGG-ATATATATA
gi|131533 : AGAATAATACTGC---TATTGACTA--GC----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAAAGTTCAAA-GC--A-------TCAAAT------------TGAGATGAACCGAGGCTATATCCAGT--ATAC-ACG-----ACACTTCCGGTTTACATC---------TATTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGAATCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATATACAGAT-------T-TA-GA----AAAGC---TTAGTCA--AATTAA----ACACAGA-------T-AGCA-TGG----A-----------A------------AAT-----------------------ATA-------------------CGAACT----GATAAA----AT------TG----------C-----GCG--GTGTGTTGGGTAA-TGGG-ATATATATA
gi|131534 : AGAATAATAGTGC---TATTTGC----GT----------------CACATTCAGTAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--A-------CTGAATGTGGCGTCAATTTGAGGTGAACCGAGGCTATATCCGGT--ATAC-ACG-----ATACTTCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACGGGTTCATTTAAATGAGAATACA----TGATGTCTGTAATAAAAATGTACATAT-------T-TA-GA----AAAGT---TTAGTTA--AATTAA----AGACAGA-------A-AGCA-TGT----A-----------A------------AAT-----------------------AAA-------------------CAAACT----GATAAA----AT------TG----------C-----ATG--GT-GGTGGGGT-T-T----ATATACAT
gi|131536 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTATTAT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATGAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--A-------TTGAATGCGGCATCGACTCAAGATGAACCGAGGCTTTATCCGGT--ATAC-ACA-----ATACTTCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTACTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTTGTTAATTCAAATGAGAAAAGA----TGATGTTGGTAATAATAATGAACATATAACATAGT-TATGACTATAAAGC---ATA-TCA--AA---------CA-AAA-------T-ATT--TGA----A-----------A------------AAC-----------------------AGA-------------------TGAA
gi|131537 : AAAATAATACTGC---TTTTGGCT-----------GTTTCAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCCG------TTAAAT-TC--A-------TTGAATGTGGCATCGAT---------------GCTATATCTGGT--ATAC-ACG-----ATACTTCTGGTTTACATT-CTGAAT-CTATTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTTAAATGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAAAAATGTTCATAT-------T-TA-GA----AAAGT---TTAGTTA--AATTAA----ACACAAA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AGT-----------------------AAA-------------------TGAAAT----GATAAA----AT------TG----------
gi|131535 : AGAATGATACTGG---TATTAGCTA--GT----CTCTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCT
gi|131538 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--A-------TTGAATGTGGCATCAGCTCAAGACGAACCGAGGCTATATCCCG---ATAT-ACATG---ATACTTCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTcgagacgaaccgaggctatatctggtatacacgatacttcaggtttacatcctgaatctattttttgcatgaaattaattgaaacagattcattcaaatgagaaaacatgatgttggtaataataatgtacagatttagaaacattcagtcaaattaaacacagataacatgaaaaatatacgaactgataaaattgcacggtgggtggggtattgggatatatata
gi|131539 : AGAATAATACTTC---AATTGGCTA--GT----CTGTTTAAGTGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTCCAAA-GC--A-------TT
gi|131540 : AGAATAATACTGC---TATTGACTA--GTTTGTCTGTATAAATGACACATTCAATAAAAAGTGATTCTAACAATGCTGAAA-GC--A-------TT
gi|131541 : AGAATAATACTTC---TATTGACTA--GTTTGTCTGTATAAATGACACATTCAATAAAAAGTTATTCTAACAATGCTCAAA-GC--A-------TT
gi|131542 : GAATGTTACTTCATGTTTTAGCTG--GT----TTATTTAAAAGTCATATTCAATAAAAAGTGCT--TGACAAAGTTAAAATGCCAA-------TTGA
gi|131543 : GAATACTACTGC---TATTGGATG--GT----CT-T---AATTTTATATTCGAT-AAAAGTGCTT-TGACAATGT--AAA-G---A-------TT
gi|131544 : ACTAT---TACTAGCTA--G-----CTATT-----GTTATATTCAGTAAAA-GTGCTT--GACAATGTTAAAA--------------TGA---------TGA-TTAGGAC--ACTGATGCAACATCCAGTATATACCACATAGCCATA--TGCAGTCTACAAT-TTGTAC-CAGATTTCTACATAAAAA-TGATGGAAAATTAGTGATTTAAAGGTAAATACA----TGATGCCAGTAATTAAAATGAACAAAC-------C-AA-GA----AA------TAAGTTA--TACTTA----AGACAAT-------T-ATTA-TGA----T-----------G------------AAT-----------------------GAA-------------------T
gi|131545 : ---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCGTATTCGATCAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-AC--A-------TTGAATGAGACATTGACTCAAGGCCAACGGACACTATAT-CTGGT-ATAC-ACA-----ATACTTCCAGTTTACATC-CTGAAC-CATTTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATT-AAAGGAGATGACA----TGATGTCAACATTAACAATGTACATAA-------T-TA-AA----ACAGT---TTAGTTC--AATTAA----AAACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT-----------------------AAACACAATAGTTCTGTTTTAGCGAACAAACTGATAAA----AT------TG----------C-----GTG--ATGGGTGGGGTACATG----TACATATAa
gi|131538 : ATGCCACATTCAAT-------GCTTTGAACATTGTCAGAA-GC--ACTTTTTATTGAATGTGTCAT
gi|131535 : agaataatactgctattggctagtctgtttaaCTCGAGACGAACCGAGGCTATATCTGGT--ATAC-ACG-----ATACTTCAGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCATGAAAT-TAATTGAAACAGATTCATTCAAATGAGAAAACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACAGAT-------T-TA-GA----AACAT---TCAGTCA--AATTAA----ACACAGA-------T-AACA-TGA----A-----------A------------AAT-----------------------ATA-------------------CGAACT----GATAAA----AT------TG----------C-----ACG--GTGGGTGGGGTAT-TGGG-ATATATATAcagctcaagacgaaccgaggctatatcccgatatacatgatacttccggtttacatcctgaatctattttt
gi|131546 : agaatgatactggtattagctagtctctttaaatgtcacattcaataaaaagtgcttAACTGATGCGACATCCCAC--ATAT-ACA-----ACACTTTCGGTTCATTTC-CTAAAC-CAATCTT--AAATAAAAT-TGACTGAAA---------TAAGATGTTAATG-G----CGATGTCAGTAATGA-AATGTACAGAC-------T-GA-GT----AAAGG---ATAGTTACTGATATACTCGATACAAA-------C-AATA-TGAAATTA-----------A------------AATTAGC-------------------AAA-------------------CAAACT----TATAAA----A-------TG----------C-----ATG--GTAGGTAGGGTAC-TTGT-ATATGCATA
gi|131548 : -ACA-----ACACTTCCGGTTCG-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAATCAAAATTA-TTCAGTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACAT-------T-GT-GAT---AAAGTATGTTA--TA--AATAAT----ACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCGTTCCGTATTAAT-----------------------AAA-------------------TAAACG----GAGAAA----ATACATGATG----------CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT-
gi|131547 : -ACA-----ACACTTCTGGTTCG-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTCATTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACAT-------T-GT-GAT---AAAGTATGTTA--TA--AATATT----ACACAAA-------T-AAAATTGA----AATCATCCCTATA------------AAT-----------------------AAA-------------------TAAACG----GAGAAA----ATACA---TGATGAAGCTGAC-----ATG--GTGGATGGGGTAT----GCATACATGTAgcatacgtgta
gi|131550 : CA-----ACACTTCCGGTTCA-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTCAGTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTTATTAAAATGTACACAT-------T-GT-GAT---AAAGTATGTTA--TA--AATATT----ACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCATTCCCTATTAAT-----------------------AAA-------------------TAAACG----GAGAAAAAACATGA----TG----------CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT-
gi|131549 : CA-----ACACTTCCGGTTCG-ATC----GAT-C-ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTAGT---AACGAGGAAACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACAT-------TGTG-GT----AAAGTATGTTA--TA--AATAAT----ACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCGTTCCTTATTAAT-----------------------AAA-------------------TAAACG----GAGAAA----ATACATGATG----------CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT----GCATACATGTA
gi|131551 : TTAACATCACTGATTACTATTTTT-ACATGAAAT-TGATTGAAA-------ATATAAAGAAGAATTTA----TGATATCAGCAATTAAAATGTACATAT-------T-AA-GA----AAAGT---TGAATTA--AATTAA----ACACAGATATCCAGT-AGCA-TGA----A-----------A------------AATAAATGCAAGAGTTTTCTTTTAGCAAA-------------------TGAACT----GATGAA----AT------TG----------C-----AAA--GCGGGCGGTGTAC------ATATATAT
gi|131552 : ----GATAAA----AT------TG----------C-----GCA--GTCGGTGGGGTAT-TGGG-ATATATACA
Alignments
lowQualScore : 1111 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111 111111 222222222 11111
lowQualScore : 444 33 0000 1 2 33 3 0 444 444 2 77 444 8888 9 1 2 4 4 3 2 7 5555 1 3 0 2 7 666 55555 5 33 55555 2 444 999999999 2 5555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222222 5555 777777 2 444444444 11111
lowQualScore : ... .. .... . . .. . . ... ... . .. ... .... . . . . . . . . .... . . . . . ... ..... . .. ..... . ... ......... . .... ................................................................................ ............ .... ...... . ......... .....
lowQualScore : 111 22 0000 7 5 44 1 2 111 111 0 00 000 3333 4 9 7 7 6 8 7 4 0000 1 3 3 4 1 555 99999 6 22 99999 4 111 666666666 4 0000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888888888 3333 888888 5 444444444 00000
consensus : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGACTCGAGACGAACCGAGGCTATAT-CCGGTATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAACGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAANAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATA
Reference ( family-755 ) : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGACTCGAGACGAACCGAGGCTATAT-CCGGTATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAACGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAANAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATA
gi|131529 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGACTTGAGACGAACCGAGGCTATAT-CCTG-ATACACAATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTCA--A-----AT-TT---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------TGAAC------------AGATAAA----AT------TG-C-AC------AGTGGGTGGGGTAT-TGAGATATATATA
gi|131530 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAGTAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGGCTCGAGACAAACCGAGGCTATAT-CCC-TATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTCAAATGAGAACACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------A-AGCA-CGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CAAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GT------GGTGGATGGAGTAT-TGGGATATATATA
gi|131531 : AGAATAATACTGC---ATTTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--AT-GAATGTGGTATCGGCTCGAGACGAACCGAGGCTATAT--------ACATGATA---CT---TCCGGTTAACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAGT-TTATTGAAACTCATTCATTCAAATGAGAACATAATTATGATGTTGGTAATAATAATATACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATA
gi|131532 : AGAATAATACTGT---TACTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGGCAACATTCAAA-GC--ATTAAATGTGACATCGACTCGAGACGAACTGAGGCTATAT-TCGGTATACACGATG---CT---TCAGGTTTACATC-CCGAAT-CTATTTTTTTAGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATATT-TAGA-AAACT---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACATA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT-------------------------------------------------------AAC------------TGATAAA----AC------TG-C-GC---------------CATAT-TGGGATATATATA
gi|131533 : AGAATAATACTGC---TATTGACTA--GC----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAAAGTTCAAA-GC--ATCAAAT------------TGAGATGAACCGAGGCTATAT-CCAGTATACACGACA---CT---TCCGGTTTACATC---------TATTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGAATCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATATACAGATT-TAGA-AAAGC---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGG----A-----------A------------AAT----AT-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGTGTTGGGTAA-TGGGATATATATA
gi|131534 : AGAATAATAGTGC---TATTTGC--------------------GTCACATTCAGTAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ACTGAATGTGGCGTCAATTTGAGGTGAACCGAGGCTATAT-CCGGTATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACGGGTTCATTTAAATGAGAATACA----TGATGTCTGTAATAAAAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AAGACAGA-------A-AGCA-TGT----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CAAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-AT------GGT-GGTGGGGT-T-T---ATATACAT
gi|131535 : AGAATGATACTGG---TATTAGCTA--GT----CTCTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCT
gi|131535 : CTCGAGACGAACCGAGGCTATAT-CTGGTATACACGATA---CT---TCAGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCATGAAAT-TAATTGAAACAGATTCATTCAAATGAGAAAACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACAGATT-TAGA-AACAT---T-----CAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AACA-TGA----A-----------A------------AAT----AT-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-AC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATAcgagacgaaccgaggctatatctggtatacacgatacttcaggtttacatcctgaatctattttttgcatgaaattaattgaaacagattcattcaaatgagaaaacatgatgttggtaataataatgtacagatttagaaacattcagtcaaattaaacacagataacatgaaaaatatacgaactgataaaattgcacggtgggtggggtattgggatatatata
gi|131536 : agaatgatactggtattagctagtctctttaaatgtcacattcaataaaaagtgcttAGAATAATACTGC---TATTGGCTATTAT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATGAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGCGGCATCGACTCAAGATGAACCGAGGCTTTAT-CCGGTATACACAATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTACTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTTGTTAATTCAAATGAGAAAAGA----TGATGTTGGTAATAATAATGAACATA---TAAC-ATAGT---TATGACTA--TA--AAGCATAT-CA---AACA-AAA-------T-ATT--TGA----A-----------A------------AAC----AG-----------------------A-----------------------TGAA
gi|131537 : AAAATAATACTGC---TTTTGGCT-----------GTTTCAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCCG------TTAAAT-TC--ATTGAATGTGGCATCGAT---------------GCTATAT-CTGGTATACACGATA---CT---TCTGGTTTACATT-CTGAAT-CTATTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTTAAATGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAAAAATGTTCATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AACACAAA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AGT----AA-----------------------A-----------------------TGAAA------------TGATAAA----AT------TG-
gi|131538 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCAGCTCAAGACGAACCGAGGCTATATCCCGATATACATGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTT
gi|131539 : AGAATAATACTTC---AATTGGCTA--GT----CTGTTTAAGTGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTCCAAA-GC--ATT
gi|131540 : AGAATAATACTGC---TATTGACTA--GTTTGTCTGTATAAATGACACATTCAATAAAAAGTGATTCTAACAATGCTGAAA-GC--ATT
gi|131541 : AGAATAATACTTC---TATTGACTA--GTTTGTCTGTATAAATGACACATTCAATAAAAAGTTATTCTAACAATGCTCAAA-GC--ATT
gi|131542 : GAATGTTACTTCATGTTTTAGCTG--GT----TTATTTAAAAGTCATATTCAATAAAAAGTGCT--TGACAAAGTTAAAATGCCAATTGA
gi|131543 : GAATACTACTGC---TATTGGATG--GT----CT-T---AATTTTATATTCGAT-AAAAGTGCTT-TGACAATGT--AAA-G---ATT
gi|131544 : ACTAT---TACTAGCTA--G-----CTATT-----GTTATATTCAGTAAAA-GTGCTT--GACAATGTTAAAA-------TGA---------TGATTAG-GAC--ACTGATGCAACAT-CCAGTATATACCACATAGCCATATGCAGTCTACAAT-TTGTAC-CAGATTTCTACATAAAAA-TGATGGAAAATTAGTGATTTAAAGGTAAATACA----TGATGCCAGTAATTAAAATGAACAAACC-AAGA-AA------T-----AAGTTA--T-----AC-TT---AAGACAAT-------T-ATTA-TGA----T-----------G------------AAT----GA-----------------------A-----------------------
gi|131545 : ---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCGTATTCGATCAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-AC--ATTGAATGAGACATTGACTCAAGGCCAACGGACACTATAT-CTGGTATACACAATA---CT---TCCAGTTTACATC-CTGAAC-CATTTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATT-AAAGGAGATGACA----TGATGTCAACATTAACAATGTACATAAT-TAAA-ACAGT---T-----TAGTTC--A-----AT-TA---AAAACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------ACACAATAGTTCTGTTTTAGCGAACAAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GT------GATGGGTGGGGTACATG---TACATATAta
gi|131546 : AACTGATGCGACAT-CCCACATATACAACA---CT---TTCGGTTCATTTC-CTAAAC-CAATCTT--AAATAAAAT-TGACTGAAA---------TAAGATGTTAATG-G----CGATGTCAGTAATGA-AATGTACAGACT-GAGT-AAAGG---A-----TAGTTACTG-----ATATACTCGATACAAA-------C-AATA-TGAAATTA-----------A------------AATTAGCAA-----------------------A-----------------------CAAAC------------TTATAAA----A-------TG-C-AT------GGTAGGTAGGGTAC-TTGTATATGCATA
gi|131547 : ACAACA---CT---TCTGGTTCG-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTCATTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACATT-GTGATAAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AT---TACACAAA-------T-AAAATTGA----AATCATCCCTATA------------AAT----AA-----------------------A-----------------------TAAACGGAGAAAATACATGATGAA----GC------TGAC-AT------GGTGGATGGGGTAT---GCATACATGTA
gi|131548 : ACAACA---CT---TCCGGTTCG-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAATCAAAATT-ATTCAGTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACATT-GTGATAAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AA---TACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCGTTCCGTATTAAT----AA-----------------------A-----------------------TAAAC------------GGAGAAA----ATACATGATG-CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT---GCATACGTGTA
gi|131549 : CAACA---CT---TCCGGTTCG-ATC----GAT-C-ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTAGT---AACGAGGAAACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACATTGTGGT-AAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AA---TACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCGTTCCTTATTAAT----AA-----------------------A-----------------------TAAAC------------GGAGAAA----ATACATGATG-CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT---GCATACATGTA
gi|131550 : CAACA---CT---TCCGGTTCA-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTCAGTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTTATTAAAATGTACACATT-GTGATAAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AT---TACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCATTCCCTATTAAT----AA-----------------------A-----------------------TAAAC------------GGAGAAAAAACATGA----TG-CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT-
gi|131551 : TTAACATCACTGATTACTATTTTT-ACATGAAAT-TGATTGAAA---AT--AT--AAAGAAGAATTTA----TGATATCAGCAATTAAAATGTACATATT-AAGA-AAAGT---T-----GAATTA--A-----AT-TA---AACACAGATATCCAGT-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AAATGCAAGAGTTTTCTTTTAGCAAA-----------------------TGAAC------------TGATGAA----AT------TG-C-AA------AGCGGGCGGTGTAC-----ATATATAT
gi|131552 : AT------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------AGTCGGTGGGGTAT-TGGGATATATACA
Alignments
lowQualScore : 1111 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111 111111 222222222 11111
lowQualScore : 444 33 0000 1 2 33 3 0 444 444 2 77 444 8888 9 1 2 4 4 3 2 7 5555 1 3 0 2 7 666 55555 5 33 55555 2 444 999999999 2 5555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222222 5555 777777 2 444444444 11111
lowQualScore : ... .. .... . . .. . . ... ... . .. ... .... . . . . . . . . .... . . . . . ... ..... . .. ..... . ... ......... . .... ................................................................................ ............ .... ...... . ......... .....
lowQualScore : 111 22 0000 7 5 44 1 2 111 111 0 00 000 3333 4 9 7 7 6 8 7 4 0000 1 3 3 4 1 555 99999 6 22 99999 4 111 666666666 4 0000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888888888 3333 888888 5 444444444 00000
consensus : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGACTCGAGACGAACCGAGGCTATAT-CCGGTATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAACGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAANAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATA
Reference ( family-755 ) : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGACTCGAGACGAACCGAGGCTATAT-CCGGTATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAACGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAANAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATA
gi|131529 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGACTTGAGACGAACCGAGGCTATAT-CCTG-ATACACAATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTCA--A-----AT-TT---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------TGAAC------------AGATAAA----AT------TG-C-AC------AGTGGGTGGGGTAT-TGAGATATATATA
gi|131530 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAGTAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGGCTCGAGACAAACCGAGGCTATAT-CCC-TATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTCAAATGAGAACACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------A-AGCA-CGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CAAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GT------GGTGGATGGAGTAT-TGGGATATATATA
gi|131531 : AGAATAATACTGC---ATTTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--AT-GAATGTGGTATCGGCTCGAGACGAACCGAGGCTATAT--------ACATGATA---CT---TCCGGTTAACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAGT-TTATTGAAACTCATTCATTCAAATGAGAACATAATTATGATGTTGGTAATAATAATATACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATA
gi|131532 : AGAATAATACTGT---TACTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGGCAACATTCAAA-GC--ATTAAATGTGACATCGACTCGAGACGAACTGAGGCTATAT-TCGGTATACACGATG---CT---TCAGGTTTACATC-CCGAAT-CTATTTTTTTAGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATATT-TAGA-AAACT---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACATA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT-------------------------------------------------------AAC------------TGATAAA----AC------TG-C-GC---------------CATAT-TGGGATATATATA
gi|131533 : AGAATAATACTGC---TATTGACTA--GC----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAAAGTTCAAA-GC--ATCAAAT------------TGAGATGAACCGAGGCTATAT-CCAGTATACACGACA---CT---TCCGGTTTACATC---------TATTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGAATCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATATACAGATT-TAGA-AAAGC---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGG----A-----------A------------AAT----AT-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGTGTTGGGTAA-TGGGATATATATA
gi|131534 : AGAATAATAGTGC---TATTTGC--------------------GTCACATTCAGTAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ACTGAATGTGGCGTCAATTTGAGGTGAACCGAGGCTATAT-CCGGTATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACGGGTTCATTTAAATGAGAATACA----TGATGTCTGTAATAAAAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AAGACAGA-------A-AGCA-TGT----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CAAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-AT------GGT-GGTGGGGT-T-T---ATATACAT
gi|131535 : AGAATGATACTGG---TATTAGCTA--GT----CTCTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCT
gi|131535 : CTCGAGACGAACCGAGGCTATAT-CTGGTATACACGATA---CT---TCAGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCATGAAAT-TAATTGAAACAGATTCATTCAAATGAGAAAACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACAGATT-TAGA-AACAT---T-----CAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AACA-TGA----A-----------A------------AAT----AT-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-AC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATAcgagacgaaccgaggctatatctggtatacacgatacttcaggtttacatcctgaatctattttttgcatgaaattaattgaaacagattcattcaaatgagaaaacatgatgttggtaataataatgtacagatttagaaacattcagtcaaattaaacacagataacatgaaaaatatacgaactgataaaattgcacggtgggtggggtattgggatatatata
gi|131536 : agaatgatactggtattagctagtctctttaaatgtcacattcaataaaaagtgcttAGAATAATACTGC---TATTGGCTATTAT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATGAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGCGGCATCGACTCAAGATGAACCGAGGCTTTAT-CCGGTATACACAATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTACTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTTGTTAATTCAAATGAGAAAAGA----TGATGTTGGTAATAATAATGAACATA---TAAC-ATAGT---TATGACTA--TA--AAGCATAT-CA---AACA-AAA-------T-ATT--TGA----A-----------A------------AAC----AG-----------------------A-----------------------TGAA
gi|131537 : AAAATAATACTGC---TTTTGGCT-----------GTTTCAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCCG------TTAAAT-TC--ATTGAATGTGGCATCGAT---------------GCTATAT-CTGGTATACACGATA---CT---TCTGGTTTACATT-CTGAAT-CTATTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTTAAATGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAAAAATGTTCATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AACACAAA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AGT----AA-----------------------A-----------------------TGAAA------------TGATAAA----AT------TG-
gi|131538 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCAGCTCAAGACGAACCGAGGCTATATCCCGATATACATGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTT
gi|131539 : AGAATAATACTTC---AATTGGCTA--GT----CTGTTTAAGTGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTCCAAA-GC--ATT
gi|131540 : AGAATAATACTGC---TATTGACTA--GTTTGTCTGTATAAATGACACATTCAATAAAAAGTGATTCTAACAATGCTGAAA-GC--ATT
gi|131541 : AGAATAATACTTC---TATTGACTA--GTTTGTCTGTATAAATGACACATTCAATAAAAAGTTATTCTAACAATGCTCAAA-GC--ATT
gi|131542 : GAATGTTACTTCATGTTTTAGCTG--GT----TTATTTAAAAGTCATATTCAATAAAAAGTGCT--TGACAAAGTTAAAATGCCAATTGA
gi|131543 : GAATACTACTGC---TATTGGATG--GT----CT-T---AATTTTATATTCGAT-AAAAGTGCTT-TGACAATGT--AAA-G---ATT
gi|131544 : ACTAT---TACTAGCTA--G-----CTATT-----GTTATATTCAGTAAAA-GTGCTT--GACAATGTTAAAA-------TGA---------TGATTAG-GAC--ACTGATGCAACAT-CCAGTATATACCACATAGCCATATGCAGTCTACAAT-TTGTAC-CAGATTTCTACATAAAAA-TGATGGAAAATTAGTGATTTAAAGGTAAATACA----TGATGCCAGTAATTAAAATGAACAAACC-AAGA-AA------T-----AAGTTA--T-----AC-TT---AAGACAAT-------T-ATTA-TGA----T-----------G------------AAT----GA-----------------------A-----------------------
gi|131545 : ---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCGTATTCGATCAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-AC--ATTGAATGAGACATTGACTCAAGGCCAACGGACACTATAT-CTGGTATACACAATA---CT---TCCAGTTTACATC-CTGAAC-CATTTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATT-AAAGGAGATGACA----TGATGTCAACATTAACAATGTACATAAT-TAAA-ACAGT---T-----TAGTTC--A-----AT-TA---AAAACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------ACACAATAGTTCTGTTTTAGCGAACAAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GT------GATGGGTGGGGTACATG---TACATATAta
gi|131546 : AACTGATGCGACAT-CCCACATATACAACA---CT---TTCGGTTCATTTC-CTAAAC-CAATCTT--AAATAAAAT-TGACTGAAA---------TAAGATGTTAATG-G----CGATGTCAGTAATGA-AATGTACAGACT-GAGT-AAAGG---A-----TAGTTACTG-----ATATACTCGATACAAA-------C-AATA-TGAAATTA-----------A------------AATTAGCAA-----------------------A-----------------------CAAAC------------TTATAAA----A-------TG-C-AT------GGTAGGTAGGGTAC-TTGTATATGCATA
gi|131547 : ACAACA---CT---TCTGGTTCG-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTCATTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACATT-GTGATAAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AT---TACACAAA-------T-AAAATTGA----AATCATCCCTATA------------AAT----AA-----------------------A-----------------------TAAACGGAGAAAATACATGATGAA----GC------TGAC-AT------GGTGGATGGGGTAT---GCATACATGTA
gi|131548 : ACAACA---CT---TCCGGTTCG-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAATCAAAATT-ATTCAGTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACATT-GTGATAAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AA---TACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCGTTCCGTATTAAT----AA-----------------------A-----------------------TAAAC------------GGAGAAA----ATACATGATG-CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT---GCATACGTGTA
gi|131549 : CAACA---CT---TCCGGTTCG-ATC----GAT-C-ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTAGT---AACGAGGAAACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACATTGTGGT-AAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AA---TACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCGTTCCTTATTAAT----AA-----------------------A-----------------------TAAAC------------GGAGAAA----ATACATGATG-CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT---GCATACATGTA
gi|131550 : CAACA---CT---TCCGGTTCA-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTCAGTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTTATTAAAATGTACACATT-GTGATAAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AT---TACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCATTCCCTATTAAT----AA-----------------------A-----------------------TAAAC------------GGAGAAAAAACATGA----TG-CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT-
gi|131551 : TTAACATCACTGATTACTATTTTT-ACATGAAAT-TGATTGAAA---AT--AT--AAAGAAGAATTTA----TGATATCAGCAATTAAAATGTACATATT-AAGA-AAAGT---T-----GAATTA--A-----AT-TA---AACACAGATATCCAGT-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AAATGCAAGAGTTTTCTTTTAGCAAA-----------------------TGAAC------------TGATGAA----AT------TG-C-AA------AGCGGGCGGTGTAC-----ATATATAT
gi|131552 : AT------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------AGTCGGTGGGGTAT-TGGGATATATACA
blockSeqs : ATG TT TTGT A T CA C TAG ATA C AC ACT TGCG A T C G C T A C ATTA A T G T ATG ATGAC G CT AGCAT A CTC TATCCAGT T AATT AAATAAACACAATAGTTCTGTTTTAGCGAA GGAGAAAATACA AAAC ACATGA A AGCTGACAT TGGG
blockSeqs : . . TTGT A . . . . . C C CT TGCG A T C C C T A C . A T . T ATG . G . . . . TA . . AAATAAATGCAAGAGTTTTCTTTTAGCAAA . . ACATGA . AGCTGACAT TGGG
blockSeqs : . . . T . . . . . C C CT TTAG A T C G C T A T . A T . T ATG . G . . . . TA . . ATCGTTCCGTATTAATAAA . . GA . AGCTGACAT TGGG
blockSeqs : . . . T . . . . . C C CT TGCA A T C G C T A T . A T . . ATG . G . . . . TA . . ATCGTTCCTTATTAATAAA . . . . GT TGGG
blockSeqs : . . . T . . . . . C C CT TGCG . T C G T T A T . A A . . . . G . . . . A . . ATCATTCCCTATTAATAAA . . . . GC TGGG
blockSeqs : . . . T . . . . . C C CT TGCA . T C G C T A A . A T . . . . G . . . . T . . ATCATCCCTATAAATAAA . . . . GC TTGT
blockSeqs : . . . T . . . . . C C CT TGCG . T C T C T A A . A T . . . . G . . . . T . . AAATTAGCAAA . . . . GC TGGG
blockSeqs : . . . T . . . . . C C CT TGCA . T C G T T A T . A A . . . . G . . . . T . . AAATAAA . . . . AT ATG
blockSeqs : . . . A . . . . . C C CT TACA . G A T T G T T . T A . . . . G . . . . A . . AAATAAA . . . . AC GC
blockSeqs : . . . A . . . . . C T CA TGCA . T C G A G A G . A C . . . . G . . . . T . . AAATATA . . . . GT GC
blockSeqs : . . . A . . . . . C C CA AAA . T A T A T T T . G A . . . . A . . . . T . . AAATAAA . . . . AT GC
blockSeqs : . . . A . . . . . T C CA ACA . C T T A C A A . T A . . . . . . . . . T . . AAATATA . . . . AT T
blockSeqs : . . . T . . . . C . T . . T A T A C A T . T A . . . . . . . . . T . . AAACAGA . . . . AA .
blockSeqs : . . . T . . . . . . C . . . A . . C . . . T A . . . . . . . . . T . . AAGTAAA . . . . GC
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . T A . . . . . . . . . C . . GAATGAA . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . . . T . . AAAT
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGACTCGAGACGAACCGAGGCTATAT-CCGGTATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAACGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAANAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATA
finalCons : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGACTCGAGACGAACCGAGGCTATAT-CCGGTATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAACGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAANAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATA
Alignments
lowQualScore : 1111 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111 111111 222222222 11111
lowQualScore : 444 33 0000 1 2 33 3 0 444 444 2 77 444 8888 9 1 2 4 4 3 2 7 5555 1 3 0 2 7 666 55555 5 33 55555 2 444 999999999 2 5555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222222 5555 777777 2 444444444 11111
lowQualScore : ... .. .... . . .. . . ... ... . .. ... .... . . . . . . . . .... . . . . . ... ..... . .. ..... . ... ......... . .... ................................................................................ ............ .... ...... . ......... .....
lowQualScore : 111 22 0000 7 5 44 1 2 111 111 0 00 000 3333 4 9 7 7 6 8 7 4 0000 1 3 3 4 1 555 99999 6 22 99999 4 111 666666666 4 0000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888888888 3333 888888 5 444444444 00000
consensus : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGACTCGAGACGAACCGAGGCTATAT-CCGGTATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAACGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAANAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATA
Reference ( family-755 ) : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGACTCGAGACGAACCGAGGCTATAT-CCGGTATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAACGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAANAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATA
gi|131529 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGACTTGAGACGAACCGAGGCTATAT-CCTG-ATACACAATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTCA--A-----AT-TT---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------TGAAC------------AGATAAA----AT------TG-C-AC------AGTGGGTGGGGTAT-TGAGATATATATA
gi|131530 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAGTAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCGGCTCGAGACAAACCGAGGCTATAT-CCC-TATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTCAAATGAGAACACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------A-AGCA-CGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CAAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GT------GGTGGATGGAGTAT-TGGGATATATATA
gi|131531 : AGAATAATACTGC---ATTTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--AT-GAATGTGGTATCGGCTCGAGACGAACCGAGGCTATAT--------ACATGATA---CT---TCCGGTTAACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAGT-TTATTGAAACTCATTCATTCAAATGAGAACATAATTATGATGTTGGTAATAATAATATACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATA
gi|131532 : AGAATAATACTGT---TACTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGGCAACATTCAAA-GC--ATTAAATGTGACATCGACTCGAGACGAACTGAGGCTATAT-TCGGTATACACGATG---CT---TCAGGTTTACATC-CCGAAT-CTATTTTTTTAGTGAAAT-TGATTGAAACTGATTCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACATATT-TAGA-AAACT---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACATA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT-------------------------------------------------------AAC------------TGATAAA----AC------TG-C-GC---------------CATAT-TGGGATATATATA
gi|131533 : AGAATAATACTGC---TATTGACTA--GC----CTGTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAAAGTTCAAA-GC--ATCAAAT------------TGAGATGAACCGAGGCTATAT-CCAGTATACACGACA---CT---TCCGGTTTACATC---------TATTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGAATCATTCAAATGAGAATACA----TGATGTTGGTAATAATAATATACAGATT-TAGA-AAAGC---T-----TAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AGCA-TGG----A-----------A------------AAT----AT-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------GGTGTGTTGGGTAA-TGGGATATATATA
gi|131534 : AGAATAATAGTGC---TATTTGC--------------------GTCACATTCAGTAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ACTGAATGTGGCGTCAATTTGAGGTGAACCGAGGCTATAT-CCGGTATACACGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACGGGTTCATTTAAATGAGAATACA----TGATGTCTGTAATAAAAATGTACATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AAGACAGA-------A-AGCA-TGT----A-----------A------------AAT----AA-----------------------A-----------------------CAAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-AT------GGT-GGTGGGGT-T-T---ATATACAT
gi|131535 : AGAATGATACTGG---TATTAGCTA--GT----CTCTTTAAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCT
gi|131535 : CTCGAGACGAACCGAGGCTATAT-CTGGTATACACGATA---CT---TCAGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTTTGCATGAAAT-TAATTGAAACAGATTCATTCAAATGAGAAAACA----TGATGTTGGTAATAATAATGTACAGATT-TAGA-AACAT---T-----CAGTCA--A-----AT-TA---AACACAGA-------T-AACA-TGA----A-----------A------------AAT----AT-----------------------A-----------------------CGAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-AC------GGTGGGTGGGGTAT-TGGGATATATATAcgagacgaaccgaggctatatctggtatacacgatacttcaggtttacatcctgaatctattttttgcatgaaattaattgaaacagattcattcaaatgagaaaacatgatgttggtaataataatgtacagatttagaaacattcagtcaaattaaacacagataacatgaaaaatatacgaactgataaaattgcacggtgggtggggtattgggatatatata
gi|131536 : agaatgatactggtattagctagtctctttaaatgtcacattcaataaaaagtgcttAGAATAATACTGC---TATTGGCTATTAT----CTGTTTAAATGTCACATTCAATGAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGCGGCATCGACTCAAGATGAACCGAGGCTTTAT-CCGGTATACACAATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTACTTTTTGCGTGAAAT-TGATTGAAACTTGTTAATTCAAATGAGAAAAGA----TGATGTTGGTAATAATAATGAACATA---TAAC-ATAGT---TATGACTA--TA--AAGCATAT-CA---AACA-AAA-------T-ATT--TGA----A-----------A------------AAC----AG-----------------------A-----------------------TGAA
gi|131537 : AAAATAATACTGC---TTTTGGCT-----------GTTTCAATGTCACATTCAATAAAAAGTGCTTCCG------TTAAAT-TC--ATTGAATGTGGCATCGAT---------------GCTATAT-CTGGTATACACGATA---CT---TCTGGTTTACATT-CTGAAT-CTATTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATTTAAATGAGAATACA----TGATGTCGGTAATAAAAATGTTCATATT-TAGA-AAAGT---T-----TAGTTA--A-----AT-TA---AACACAAA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AGT----AA-----------------------A-----------------------TGAAA------------TGATAAA----AT------TG-
gi|131538 : AGAATAATACTGC---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-GC--ATTGAATGTGGCATCAGCTCAAGACGAACCGAGGCTATATCCCGATATACATGATA---CT---TCCGGTTTACATC-CTGAAT-CTATTTTT
gi|131539 : AGAATAATACTTC---AATTGGCTA--GT----CTGTTTAAGTGACACATTCAATAAAAAGTGCTTCTGACAATGTCCAAA-GC--ATT
gi|131540 : AGAATAATACTGC---TATTGACTA--GTTTGTCTGTATAAATGACACATTCAATAAAAAGTGATTCTAACAATGCTGAAA-GC--ATT
gi|131541 : AGAATAATACTTC---TATTGACTA--GTTTGTCTGTATAAATGACACATTCAATAAAAAGTTATTCTAACAATGCTCAAA-GC--ATT
gi|131542 : GAATGTTACTTCATGTTTTAGCTG--GT----TTATTTAAAAGTCATATTCAATAAAAAGTGCT--TGACAAAGTTAAAATGCCAATTGA
gi|131543 : GAATACTACTGC---TATTGGATG--GT----CT-T---AATTTTATATTCGAT-AAAAGTGCTT-TGACAATGT--AAA-G---ATT
gi|131544 : ACTAT---TACTAGCTA--G-----CTATT-----GTTATATTCAGTAAAA-GTGCTT--GACAATGTTAAAA-------TGA---------TGATTAG-GAC--ACTGATGCAACAT-CCAGTATATACCACATAGCCATATGCAGTCTACAAT-TTGTAC-CAGATTTCTACATAAAAA-TGATGGAAAATTAGTGATTTAAAGGTAAATACA----TGATGCCAGTAATTAAAATGAACAAACC-AAGA-AA------T-----AAGTTA--T-----AC-TT---AAGACAAT-------T-ATTA-TGA----T-----------G------------AAT----GA-----------------------A-----------------------
gi|131545 : ---TATTGGCTA--GT----CTGTTTAAATGTCGTATTCGATCAAAAGTGCTTCTGACAATGTTCAAA-AC--ATTGAATGAGACATTGACTCAAGGCCAACGGACACTATAT-CTGGTATACACAATA---CT---TCCAGTTTACATC-CTGAAC-CATTTTTTTGCATGAAAT-TGATTGAAACTGGTTCATT-AAAGGAGATGACA----TGATGTCAACATTAACAATGTACATAAT-TAAA-ACAGT---T-----TAGTTC--A-----AT-TA---AAAACAGA-------T-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AA-----------------------ACACAATAGTTCTGTTTTAGCGAACAAAC------------TGATAAA----AT------TG-C-GT------GATGGGTGGGGTACATG---TACATATAta
gi|131546 : AACTGATGCGACAT-CCCACATATACAACA---CT---TTCGGTTCATTTC-CTAAAC-CAATCTT--AAATAAAAT-TGACTGAAA---------TAAGATGTTAATG-G----CGATGTCAGTAATGA-AATGTACAGACT-GAGT-AAAGG---A-----TAGTTACTG-----ATATACTCGATACAAA-------C-AATA-TGAAATTA-----------A------------AATTAGCAA-----------------------A-----------------------CAAAC------------TTATAAA----A-------TG-C-AT------GGTAGGTAGGGTAC-TTGTATATGCATA
gi|131547 : ACAACA---CT---TCTGGTTCG-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTCATTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACATT-GTGATAAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AT---TACACAAA-------T-AAAATTGA----AATCATCCCTATA------------AAT----AA-----------------------A-----------------------TAAACGGAGAAAATACATGATGAA----GC------TGAC-AT------GGTGGATGGGGTAT---GCATACATGTA
gi|131548 : ACAACA---CT---TCCGGTTCG-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAATCAAAATT-ATTCAGTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACATT-GTGATAAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AA---TACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCGTTCCGTATTAAT----AA-----------------------A-----------------------TAAAC------------GGAGAAA----ATACATGATG-CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT---GCATACGTGTA
gi|131549 : CAACA---CT---TCCGGTTCG-ATC----GAT-C-ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTAGT---AACGAGGAAACA----TAATGTCAGTCATTAAAATGTACACATTGTGGT-AAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AA---TACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCGTTCCTTATTAAT----AA-----------------------A-----------------------TAAAC------------GGAGAAA----ATACATGATG-CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT---GCATACATGTA
gi|131550 : CAACA---CT---TCCGGTTCA-ATC---GAAC---ATTTTT-------AATATAAT-GAAAATTATTCAGTAAAGCG-GAA-ACA----TAATGTCAGTTATTAAAATGTACACATT-GTGATAAAGTATGT-----TA--TA--A-----AT-AT---TACACAAA-------TAAACT-TGA----A-----------ATCATTCCCTATTAAT----AA-----------------------A-----------------------TAAAC------------GGAGAAAAAACATGA----TG-CAGCTGACATGGTGGGTGGGGTAT-
gi|131551 : TTAACATCACTGATTACTATTTTT-ACATGAAAT-TGATTGAAA---AT--AT--AAAGAAGAATTTA----TGATATCAGCAATTAAAATGTACATATT-AAGA-AAAGT---T-----GAATTA--A-----AT-TA---AACACAGATATCCAGT-AGCA-TGA----A-----------A------------AAT----AAATGCAAGAGTTTTCTTTTAGCAAA-----------------------TGAAC------------TGATGAA----AT------TG-C-AA------AGCGGGCGGTGTAC-----ATATATAT
gi|131552 : AT------------TGATAAA----AT------TG-C-GC------AGTCGGTGGGGTAT-TGGGATATATACA